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  1. Last 7 days
    1. 图 4. 指标本身、它的分布、混杂项、以及低值与高值分别长什么样

      这个肿瘤区域的熵值能不能用于预测response或者os/pfs

  2. Aug 2026
    1. 图 t18:风险 c-index forest(含 95% bootstrap CI 与置换 p,0.5 参考线)。CellPA 5-fold OOF c = 0.70(perm p = 0.011) 与 CellPA LOPO c = 0.68(perm p = 0.016) 两个评估协议下均显著;作为对照,仅用细胞类型成分、不含空间信息的 composition-logistic c = 0.551(perm p = 0.515,不显著)。即两种协议下 CellPA 的序数信号显著,而单靠成分不显著。

      我想知道这里的置信区间到底是5fold/LOPO 的范围还是bootstrap的抽样范围, 具体的计算可以一步一步演示一下吗?

    1. tables/T3_power_per_domain_trueauc080.csv 我希望能把这个 table 补全,也就是补充一些我们现在已经计算好的指标,整理成一张表放在这里。具体要求如下:

      1. 每一个数据集原始文献中的 AUC: 这是一整列。下面已经列出了一些,不确定的部分先列“未确定”就好。

      2. 我们现在真实的 AUC: 按照下面的值填进去,其他不用管。

      3. 我们过去 report 的 AUC: 按照下面的值填进去,其他不用管。

      4. 新增三行 in-domain 的训练结果: 每一行的 title 分别是模型的名字:CellPA、SpaceGM 和 CELTA Community。在这五个数据集上 in-domain 的结果,底下的 report 中已经有相关的数据了,需要汇总一下。如果没有的,就先写“不清楚”,后续再补充。

    2. 再看功效(真实 AUC 恰为 0.80、单侧 α=0.05、5 万次模拟): 域 n 临界 AUC 功效 Bonferroni-65 临界 校正后功效 达 80% 功效所需 n codex_hcc_pre 13 0.8095 0.553 1.0000 0.048 21(还差 8 人) codex_tnbc_pre 26 0.7218 0.802 0.8947 0.185 26 mibi_tnbc_pre 34 0.6702 0.946 0.8140 0.462 21 safe_hnscc_pre 41 0.6614 0.964 0.7989 0.538 24 imc_tnbc_pre 243 0.5614 1.000 0.6176 1.000 21 (出处:tables/T3_power_per_domain_trueauc080.csv)

      我希望把这个 table 补全:

      1. 首先,把这每一篇文章中他们原始预测 response 的 AUC 添加到这里面,只要是能加的都加上。如果有什么加不上的,可以单独再列一个 table(比如你搜不到文章正文,或者有什么不确定的,需要一个 table 让我来确认,在下面进行一个补充)
      2. 第二,把我们之前测试中最好的、无论是不是准确真实的版本的 AUC,加到中间一列
      3. 第三,把现在比较真实的最好的 AUC,添加到另外一列
    1. 以病理学家的癌症 ROI 轮廓为参照,计算各 niche 细胞到该轮廓的带符号距离(负为轮廓内

      这个table能不能用一个展示figure来展示这种距离关系并且能够直观的highlight出来 这个niche

    2. 按 ROI 计算九类 niche 组成的熵(上限 ln 9 = 2.197)

      这个怎么计算,有什么生物学含义,缺少指标figure和不同指标下代表性的图像

  3. Jul 2026
    1. 图 3b:每行是一个类别,每张图是一个随机抽到的真实 tile(覆盖率 ≥ 0.9)

      这里有一些tile看上不去不对或者不典型, 能不能你用视觉来check一下下面的tile Cancer:第3、7张 TLS/lymphoid:第1、5张 Vessel:基本整行,尤其第2–8张 Adipose:第1、4、8张 Nerve:第1、3、4张

      然后在一个约8*8个tile的放大视野区域把annotion的的区域也画上,来判断一下是不是位于annotion边界还是内部的不均匀区域?