La terminación de la transcripción es diferente para las tres polimerasas de ARN eucariotas diferentes. Los genes de ARNr ribosomal transcritos por la ARN polimerasa I contienen una secuencia específica de pares de bases (11 pb de longitud en humanos; 18 pb en ratones) que es reconocida por una proteína de terminación llamada TTF-1 (Factor de terminación de la transcripción para la ARN polimerasa I). ​​Esta proteína se une al ADN en su secuencia de reconocimiento y bloquea la transcripción posterior, lo que hace que la ARN polimerasa I se desprenda de la cadena de ADN molde y libere su ARN recién sintetizado.

La ARN polimerasa II (RNAPII) transcribe la mayor parte de los genes eucariotas