初级转录本（也称为 pre-mRNA）首先涂有 RNA 稳定蛋白，以保护其在处理和输出到细胞核外时免受降解。 第一种处理在初级转录本仍在合成过程中开始；在生长转录本的5'末端添加一种特殊的7-甲基鸟苷核苷酸，称为5'上限。 除了防止降解外，后续蛋白质合成所涉及的因素还可以识别上限，这有助于启动核糖体的翻译。 伸长完成后，另一种加工酶会在 3' 末端添加一串大约 200 个腺嘌呤核苷酸，称为 Poly-A 尾巴。 这种修饰进一步保护 pre-mRNA 免受降解，并向细胞因子发出信号，表明转录本需要输出到细胞质中。

原核生物和真核生物之间最重要的区别是后者的膜结合核，这影响了使用RNA分子进行蛋白质合成的便捷性。 当基因结合在细胞核中后，真核细胞必须将编码蛋白质的 RNA 分子运送到要翻译的细胞质。 编码蛋白质的初级转录本，即由RNA聚合酶直接合成的RNA分子，必须经过多个处理步骤，以保护这些RNA分子在从细胞核转移到细胞质并转化为蛋白质期间免受降解。 例如，真核生物 mRNA 可能持续几个小时，而典型的原核生物 mRNA 的持续时间不超过 5 秒。

在大肠杆菌中，RNA聚合酶包含六个多肽亚基，其中五个构成聚合酶核心酶，负责向生长链中添加RNA核苷酸。 第六个亚单位被称为西格玛 (α)。 α 因子使 RNA 聚合酶能够与特定的启动子结合，从而允许转录各种基因。 有多种α因子允许转录各种基因。

当单链 RNA 分子氢键中的互补碱基相互暴露时，成熟的 tRNA 呈现出三维结构（图33\PageIndex{3}）。 这种形状将氨基酸结合位点定位在 tRNA 的 3' 末端，称为 CCA 氨基酸结合端，这是胞嘧啶-胞嘧啶-腺嘌呤序列，另一端是抗密码子。 抗密码子是一种三核苷酸序列，通过互补碱基配对与 mRNA 密码子结合。

在细菌和古细菌中，在转录终止之前，每个蛋白质编码转录本已经被用来开始合成大量编码多肽拷贝，因为转录和翻译过程可以同时发生，形成多核糖体（图22\PageIndex{2}）。 转录和翻译之所以可以同时发生，是因为这两个过程都发生在相同的 5' 到 3' 方向上，它们都发生在细胞的细胞质中，也因为 RNA 转录一经转录就不会被处理。 这使原核细胞能够非常迅速地对需要新蛋白质的环境信号做出反应。 相比之下，在真核细胞中，不可能同时转录和翻译。 尽管多核糖体也会在真核生物中形成，但在 RNA 合成完成、RNA 分子被修饰并运出细胞核之前，它们无法生成。

每个 mRNA 分子都由许多核糖体同时翻译，所有核糖体都朝着相同的方向合成蛋白质：从 5' 读取 mRNA 到 3'，然后将多肽从 N 末端合成到 C 末端。 包含 mRNA 和多个相关核糖体的完整结构称为多核糖体（或多体）。

在大肠杆菌中，小亚基被描述为30S（包含16S rRNA亚基），大亚基为50S（包含5S和23S rRNA亚基），总共为70S（Svedberg单位不是累加单位）。 真核生物核糖体有一个小的40S亚单位（包含18S rRNA亚基）和一个大型的60S亚单位（包含5S、5.8S和28S rRNA亚基），总共为80年代。 小亚基负责结合 mRNA 模板，而大亚基结合 tRNA（将在下一小节中讨论）。