How to know whether you have batches? Were all RNA isolations performed on the same day? Were all library preparations performed on the same day? Did the same person perform the RNA isolation/library preparation for all samples? Did you use the same reagents for all samples? Did you perform the RNA isolation/library preparation in the same location? If any of the answers is ‘No’, then you have batches.
RNAseq batches effects
1 million to 5 million reads per sample.
miRNA-Seq or small RNA
git config --global --unset http.proxy
git config --global http.proxy http://proxyuser:proxypwd@proxy.server.com:8080
Setting the proxy for Git
git config --global --add http.proxy http://USERNAME:PASSWORD@PROXY_ADDRESS:PROXY_PORT git config --global --add https.proxy http://USERNAME:PASSWORD@PROXY_ADDRESS:PROXY_PORT
Setting the proxy for other tasks
export HTTPS_PROXY=http://USERNAME:PASSWORD@PROXY_ADDRESS:PROXY_PORT
are already done: E[S]E[(y−y^)2]=E[(y−y^)2]=(y−E[y^])2+E[(E[y^]−y^)2]=[Bias]2+Variance
bias variance decomposition 两个都定义不清就容易混
可是检测 lncRNA 的干扰效率时，有 5 条的 lncRNA 干扰效率达不到 30%，甚至有 2 条 lncRNA 干扰效率只有 10%，所以非常郁闷
RNA 干扰是发生在转录后水平胞浆内的，也就是说 RNA 要被干扰就要定位在胞浆中
（1）充分条件和原因所谓充分条件就是仅有这条件就足以带来结果，无需考虑别的条件了。P是Q的充分条件是指：如果P出现，Q一定出现。相应地，充分条件原因是对于给定的结果而言能够独自产生这一结果的一个事实或条件。 当满足下列原因时，P是Q的充分条件原因（P、Q代表事件或属性）： ①任何时候，P出现时，Q也出现； ②P不出现时，Q可出现，也可不出现（即P不一定是唯一可以产生Q的原因）； ③不会有“P出现时，Q却不出现”的情况。 这种关系可图示如下（其中，蕴含符号“→”表示“必然得出”）：
充分条件和原因
（2）必要条件和原因所谓必要条件就是没有这个条件，结果一定不会产生。P是Q的必要条件是指：如果P不出现，Q一定不出现。相应地，必要条件原因是这样一个事实，对于给定的结果而言，必然有这一个事实存在，或者说没有这一事实这个结果则不可能产生。 当满足下列原因时，P是Q的必要条件原因： ①任何时候，P不出现时，Q不出现； ②P出现时，Q可出现，也可不出现（虽然有了P但不一定就产生Q）； ③不会有“P不出现时，Q却出现”的情况。
必要条件和原因
1. 临床样本出发的研究；2. 细胞功能为主的研究；3. 动物模型出发的研究；4. 通量组学的研究；5. 大数据挖掘的研究。