To ensure reproducibility, the information to exactly reproduce the package environment is stored in your notebook file.
Me parece interesante también que Pluto piense en la reproducibilidad como una característica importante porque elimina limitaciones y permite que cualquier persona pueda acceder a una libreta y ejecutarlo.
“It’s been a source of ongoing bafflement and consternation for the past 29 years, that with the exception of a few people who get it, the community at large hasn’t really adopted it,” he said. “It’s incalculable, literally ... how much is lost, and how much time is wasted, and how many results are misinterpreted or are misrepresented.”
Grafoscopio incluía los automatismos que permitían exportar un documento/árbol a distintos formatos. Cardumem debería continuar dicha tradición, indicando qué versión y checksum del mismo fue utilizado para la exportación, junto con el algoritmo de selección, traversal y expotación que dieron lugar a un documento exportado en un formato particular. Dicha información debería ser parte del documento fuente, del mismo modo que lo era en Grafoscopio y, eventualmente, del exportado, cuando sea posible. (en Grafoscopio lo colocaba en los anexos.
The more sophisticated science becomes, the harder it is to communicate results. Papers today are longer than ever and full of jargon and symbols. They depend on chains of computer programs that generate data, and clean up data, and plot data, and run statistical models on data. These programs tend to be both so sloppily written and so central to the results that it’s contributed to a replication crisis, or put another way, a failure of the paper to perform its most basic task: to report what you’ve actually discovered, clearly enough that someone else can discover it for themselves.
Una solución serían los artículos de fuente única y salidas distintas (PDF y Web estática/interactiva) en los que la marginalia puede ser usada para colocar notas extendidas en forma de enlaces abreviados, AprilTags o códigos QR que apunten a las versiones expandidas de esos códigos en los formatos estáticos. Esto haría que esos códigos extendidos se presenten por demanda si la lectora/exploradora los desea, en el medio (impreso, web) donde acceda al artículo.
Afortunadamente, para las ciencias humanas y sociales, esta computación está aún en desuso y se pueden explorar otras dinámicas de escritura en digital mientras las acá criticadas maduran y mientras se trabaja el problema de reproducibilidad desdes otros lugares, como Cardumem
A continuación tomaremos nota de las herramientas de flujo de trabajo mencionadas con frecuencia
Comparto algunos aspectos a tener en cuenta en la gestión de datos de la investigación, tomados de UIS:
Esta URL nos amplia lo relacionado a Academia, datos y reproducibilidad de la ciencia, en donde quiero enfatizar en las preguntas que durante las clases hemos compartido:
when provided with identical source code, input data, software, and computing environment configurations, that an independent party can exactly reproduce the results of the original work -- especially published results. Thi
The reproduction of the original source giving as a result the same source code, input data, software and configurations in the system might be considered as Computational reproducibility
La reproducibilidad no garantiza la replicabilidad [Leek y Peng, 2015]. Al
Mientras que la reproducibilidad es un paso inicial crucial, la replicabilidad amplía la confianza en los resultados al demostrar que se mantienen bajo diferentes circunstancias. Ambos conceptos son esenciales para la integridad y la confiabilidad de la investigación científica
reproducibility, which emphasizes transparency of data analysis the logical path to scientific conclusio
According to Patil, P et al. (2016) state that "everyone agrees that scientific studies should be reproducible and replicable. The problem is almost no one agrees upon what those terms mean. A major initiative in psychology used the term reproducibility'' to refer to completely redoing experiments including data collection (1). In cancer biologyreproducibility'' has been used to refer to the re calculation of results using a fixed set of data and code." (pag. 1)
A possible approach to statistical reproducibility is to re-do experiments over and over again gathering all the data available to get the findings, but emphasising in the analysis with transparency in the information to have accurate conclusions.
References
Prasad Patil, Roger D. Peng, Jeffrey T. Leek. (2016). A statistical definition for reproducibility and replicability. see on https://www.biorxiv.org/content/10.1101/066803v1.full.pdf