Le règlement intérieur comporte un chapitre consacré à la discipline des élèves. Il reproduit l'échelle des sanctions prévues à l'article R. 511-13 et prévoit les modalités de mise en œuvre des mesures de prévention, de responsabilisation et d'accompagnement, notamment lorsqu'elles font suite à la réintégration d'un élève exclu temporairement pour des faits de violence. Le règlement intérieur est porté à la connaissance des membres de la communauté éducative. Tout manquement au règlement intérieur justifie la mise en œuvre d'une procédure disciplinaire ou de poursuites appropriées.

Le règlement intérieur doit désormais prévoir les mesures de prévention, de responsabilisation et d’accompagnement pour les élèves ayant fait l’objet d’une exclusion temporaire (article R 421-5):«... prévoit les modalités de mise en œuvre des mesures de prévention, de responsabilisation et d'accompagnement, notamment lorsqu'elles font suite à la réintégration d'un élève exclu temporairement pour des faits de violence.»