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  1. Feb 2024
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    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Reviewer #1 (Public Review):

      • A summary of what the authors were trying to achieve.

      The authors cultured pre- and Post-vaccine PBMCs with overlapping peptides encoding S protein in the presence of IL-2, IL-7, and IL-15 for 10 days, and extensively analyzed the T cells expanded during the culture; by including scRNAseq, scTCRseq, and examination of reporter cell lines expressing the dominant TCRs. They were able to identify 78 S epitopes with HLA restrictions (by itself represents a major achievement) together with their subset, based on their transcriptional profiling. By comparing T cell clonotypes between pre- and post-vaccination samples, they showed that a majority of pre-existing S-reactive CD4+ T cell clones did not expand by vaccinations. Thus, the authors concluded that highly-responding S-reactive T cells were established by vaccination from rare clonotypes.

      • An account of the major strengths and weaknesses of the methods and results.

      Strengths

      • Selection of 4 "Ab sustainers" and 4 "Ab decliners" from 43 subjects who received two shots of mRNA vaccinations.

      • Identification of S epitopes of T cells together with their transcriptional profiling. This allowed the authors to compare the dominant subsets between sustainers and decliners.

      Weaknesses

      • Fig. 3 provides the epitopes, and the type of T cells, yet the composition of subsets per subject was not provided. It is possible that only one subject out of 4 sustainers expressed many Tfh clonotypes and explained the majority of Tfh clonotypes in the sustainer group. To exclude this possibility, the data on the composition of the T cell subset per subject (all 8 subjects) should be provided.

      In accordance with the reviewer’s suggestion, we provided the composition of the T cell subset per subject (all 8 subjects) in the revised manuscript (shown below).

      Author response image 1.

      • S-specific T cells were obtained after a 10-day culture with peptides in the presence of multiple cytokines. This strategy tends to increase a background unrelated to S protein. Another shortcoming of this strategy is the selection of only T cells amenable to cell proliferation. This strategy will miss anergic or less-responsive T cells and thus create a bias in the assessment of S-reactive T cell subsets. This limitation should be described in the Discussion.

      We thank the reviewer for raising the question related to our experimental strategy. We chose this method because a background unrelated to S protein was lower than widely used AIM methods, which is verified by reconstituting many TCRs and testing the responses in vitro. One more reason is this method can identify S-reactive functional (proliferative) T cell clonotypes than anergic or less-responsive T cells as the reviewer mentioned, which is our objective in this study. In accordance with the reviewer’s suggestion, we have carefully described our limitation and rationale of our experimental strategy in the revised manuscript.

      • Fig. 5 shows the epitopes and the type of T cells present at baseline. Do they react to HCoV-derived peptides? I guess not, as it is not clearly described. If the authors have the data, it should be provided.

      As the reviewer mentioned, the pre-existing highly expanded clonotypes that we analyzed did not react to HCoV-derived peptides. After we determined the epitopes of the clonotypes, the S peptide sequences were analyzed for homology in HCoVs. The only two clonotypes whose epitope sequences were relatively conserved in HCoV strains (clonotypes #8-pre_9 and #8-pre_10) were tested for their reactivity to the similar HCoV epitope counterparts, but no activation was observed (shown below). We added these data in the revised manuscript.

      Author response image 2.

      • As the authors discussed (L172), pre-existing S-reactive T cells were of low affinity. The raw flow data, as shown in Fig. S3, for pre-existing T cells may help discuss this aspect.

      As the reviewer mentioned, some pre-existing S-reactive T cells might appear to react with S peptides judging from the NFAT-GFP expression of their reporter cell lines. However, the percentage of GFP-expressing cells is affected by many factors such as TCR expression level and HLA molecule expression level. Thus, the affinity of pre-existing S-reactive T cells was not fully deduced from the activation of reporter cell lines as shown in Fig. S3 in the present manuscript. We thank the reviewer for this constructive suggestion, but we therefore decided not to use these data quantitatively to evaluate affinity in this manuscript.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Summary:

      A short-term comparison of durability of S antibody levels after 2-dose vaccination, showing that better or more poorly sustained responses correlate with the presence of Tfh cells.

      Strengths:

      Novelty of approach in expanding, sequencing and expressing TCRs for functional studies from the implicated populations.

      Weaknesses:

      Somewhat outdated question, short timeline, small numbers, over-interpretation of sequence homology data

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      In line with my above comments, it might be useful for the authors to look at moderating some of the assertions in what is a rather small-scale descriptive account of correlates of some quite nuanced, short-term, S antibody response differences

      We clearly described that some homologous microbe-derived peptides were indeed recognized by S-reactive T cells. Also, we have removed our overstatement from the revised manuscript.

      Reviewer #3 (Public Review):

      Summary:

      The paper aims to investigate the relationship between anti-S protein antibody titers with the phenotypes&clonotypes of S-protein-specific T cells, in people who receive SARS-CoV2 mRNA vaccines. To do this, the paper recruited a cohort of Covid-19 naive individuals who received the SARS-CoV2 mRNA vaccines and collected sera and PBMCs samples at different timepoints. Then they mainly generate three sets of data: 1). Anti-S protein antibody titers on all timepoints. 2) Single-cell RNAseq/TCRseq dataset for divided T cells after stimulation by S-protein for 10 days. 3) Corresponding epitopes for each expanded TCR clones. After analyzing these results, the paper reports two major findings & claims: A) Individuals having sustained anti-S protein antibody response also have more so-called Tfh cells in their single-cell dataset, which suggests Tfh-polarization of S-specific T cells can be a marker to predict the longevity of anti-S antibody. B). S-reactive T cells do exist before the vaccination, but they seem to be unable to respond to Covid-19 vaccination properly.

      The paper's strength is it uses a very systemic and thorough strategy trying to dissect the relationship between antibody titers, T cell phenotypes, TCR clonotypes and corresponding epitopes, and indeed it reports several interesting findings about the relationship of Tfh/sustained antibody and about the S-reactive clones that exist before the vaccination. However, the main weakness is these interesting claims are not sufficiently supported by the evidence presented in this paper. I have the following major concerns:

      (1) The biggest claim of the paper, which is the acquisition of S-specific Tfh clonotypes is associated with the longevity of anti-S antibodies, should be based on proper statistical analysis rather than just a UMAP as in Fig2 C, E, F. The paper only shows the pooled result, but it looks like most of the so-called Tfh cells come from a single donor #27. If separating each of the 4 decliners and sustainers and presenting their Tfh% in total CD4+ T cells respectively, will it statistically have a significant difference between those decliners and sustainers? I want to emphasize that solid scientific conclusions need to be drawn based on proper sample size and statistical analysis.

      In accordance with the reviewer’s request, we have also analyzed the T cells separately (shown below). We observed the average frequency was much lower in decliners than sustainers, while the difference did not reach statistical significance partly because of the large deviation due to one sustainer (#27) who possessed quite a high Tfh%. We modified our description in the revised manuscript.

      Author response image 3.

      (2) The paper does not provide any information to justify its cell annotation as presented in Fig 2B, 4A. Moreover, in my opinion, it is strange to see that there are two clusters of cells sit on both the left and right side of UMAP in Fig2B but both are annotated as CD4 Tcm and Tem. Also Tfh and Treg belong to a same cluster in Fig 2B but they should have very distinct transcriptomes and should be separated nicely. Therefore I believe the paper can be more convincing if it can present more information and discussion about the basis for its cell annotation.

      We agree with the reviewer’s concern. Since antigen stimulation only induced the proliferation of antigen-specific T cells, the multiple clusters were mostly due to the fluctuation of cell cyclerelated genes. We therefore carefully and manually annotated these clusters by selecting the cell type-related genes (Kaech et al, Nat. Rev. Immunol., 2002; Sallusto et al, Annu Rev Immunol., 2004) and determined their subsets regardless of the automatic clustering based on the whole transcriptome. Indeed, antigen-responded Tfh and Treg are close, as ICOS and PDCD1 are expressed. We mainly used IL21 and FOXP3 to distinguish the Tfh and Treg populations, respectively. We thank the reviewer for pointing out this important process that we carefully addressed. We added the description of annotation methods to the revised manuscript.

      (3) Line 103-104, the paper claims that the Tfh cluster likely comes from cTfh cells. However considering the cells have been cultured/stimulated for 10 days, cTfh cells might lose all Tfh features after such culture. To my best knowledge there is no literature to support the notion that cTfh cells after stimulated in vitro for 10 days (also in the presence of IL2, IL7 and IL15), can still retain a Tfh phenotype after 10 days. It is possible that what actually happens is, instead of having more S-specific cTfh cells before the cell culture, the sustainers' PBMC can create an environment that favors the Tfh cell differentiation (such as express more pro-Tfh cytokines/co-stimulations). Thus after 10-days culture, there are more Tfh-like cells detected in the sustainers. The paper may need to include more evidence to support cTfh cells can retain Tfh features after 10-days' culture.

      We thank the reviewer for raising this important issue. As the reviewer pointed out, culturing T cells for 10 days indeed changed the repertoire and features, so the Tfh clonotypes we detected after the expansion may not correspond to the cTfh clonotypes in vivo. Because our observation and analysis were mostly based on the dominant T cell clonotypes expanded in vitro, we modified our description and conclusion accordingly in the revised manuscript.

      (4) It is in my opinion inaccurate to use cell number in Fig4B to determine whether such clone expands or not, given that the cell number can be affected by many factors like the input number, the stimulation quality and the PBMC sample quality. A more proper analysis should be considered by calculating the relative abundance of each TCR clone in total CD4 T cells in each timepoint.

      We thank the reviewer for pointing out our inaccuracy. As the reviewer suggested, we used percentages to demonstrate the relative abundance of each clonotype in Fig. 4B of the revised manuscript.

      (5) It is well-appreciated to express each TCR in cell line and to determine the epitopes. However, the author needs to make very sure that this analysis is performed correctly because a large body of conclusions of the paper are based on such epitope analysis. However, I notice something strange (maybe I am wrong) but for example, Table 4 donor #8 clonotype post_6 and _7, these two clonotypes have exactly the same TRAV5 and TRAJ5 usage. Because alpha chain don't have a D region, in theory these clonotypes, if have the same VJ usage, they should have the same alpha chain CDR3 sequences, however, in the table they have very different CDR3α aa sequences. I wish the author could double check their analysis and I apologize in advance if I raise such questions based on wrong knowledge.

      We thank the reviewer for carefully reading our manuscript. Although the two clonotypes, donor #8 clonotype post_6 and _7, have the exactly same TRAV5 and TRAJ5 usage, they have different CDR3a aa sequences due to random nucleotide addition in the rearrangement. Likewise, donor #27 clonotype post_1 and donor #13 clonotype post_15 had the same TRAV9-2 and TRAJ17 usage but different CDR3a.

      Reviewer #3 (Recommendations For The Authors):

      (1) Related to my public review 1. To make a solid conclusion, I think the author can include more sustainers and decliners if possible, can just stimulate their PBMCs for 10 days and check the Tfh features in proliferated CD4 T cells (e.g. IL21 secretion, PD-1 expression etc). And then compare these values in sustainers vs decliners

      We thank the reviewer for the suggestion. Unfortunately, additional PBMCs from more sustainers and decliners are not available to us. Instead, we carefully described the current observation in the revised manuscript.

      (2) Related to my public review 3. The author can attempt to sort CXCR5+ cTfh and CXCR5- non cTfh, stimulate in vitro for 10 days and compare whether the stimulated cTfh still have more Tfh-related features such as increased IL- 21 secretion.

      As the reviewer recommended, sorting and culturing the cTfh and non cTfh separately will clarify this issue. Due to the limitation of the samples, we could not perform these experiments.

      (3) I couldn't find information about the availability of data and code to analyze the single cell RNA-seq dataset in the manuscript

      We clarified the availability of data and added the codes for the single cell RNA-seq dataset in the revised manuscript.

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      We would like to first thank the Editor as well as the two reviewers for their enthusiasm and careful evaluation of our manuscript. We also appreciate their thoughtful and constructive comments and suggestions. They did, however, have concerns regarding experimental design, data analysis, and over-interpretation of our findings. We endeavored to address these concerns through refinement of our framing, inclusion of additional new analyses, and rewriting some parts of our discussion section. We hope our response can better explain the rationale of our experimental design and data interpretation. In addition, we also acknowledge the limitations of our present study, so that it will benefit future investigations into this topic. Our detail responses are provided below.

      Reviewer #1 (Public Review)

      This study examines whether the human brain uses a hexagonal grid-like representation to navigate in a non-spatial space constructed by competence and trustworthiness. To test this, the authors asked human participants to learn the levels of competence and trustworthiness for six faces by associating them with specific lengths of bar graphs that indicate their levels in each trait. After learning, participants were asked to extrapolate the location from the partially observed morphing bar graphs. Using fMRI, the authors identified brain areas where activity is modulated by the angles of morphing trajectories in six-fold symmetry. The strength of this paper lies in the question it attempts to address. Specifically, the question of whether and how the human brain uses grid-like representations not only for spatial navigation but also for navigating abstract concepts, such as social space, and guiding everyday decision-making. This question is of emerging importance.

      Thanks very much again for the evaluation and comments. Please find our revision plans to each comment below.

      The weak points of this paper are that its findings are not sufficiently supporting their arguments, and there are several reasons for this:

      (1) Does the grid-like activity reflect 'navigation over the social space' or 'navigation in sensory feature space'? The grid-like representation in this study could simply reflect the transition between stimuli (the length of bar graphs). Participants in this study associated each face with a specific length of two bars, and the 'navigation' was only guided by the morphing of a bar graph image. Moreover, any social cognition was not required to perform the task where they estimate the gridlike activity. To make social decision-making that was conducted separately, we do not know if participants needed to navigate between faces in a social space. Instead, they can recall bar graphs associated with faces and compute the decision values by comparing the length of bars. Notably, in the trust game in this study, competence and trustworthiness are not equally important to make a decision (Equation 1). The expected value is more sensitive to one over the other. This also suggests that the space might not reflect social values but perceptual differences.

      The Reviewer raises an interesting point. We apologize for not being clear enough to address this possibility in our original manuscript and we will improve the clarity in our revision. To address this issue, we would like to break it into two sub-questions and answer them separately: 1) Are participants merely memorizing the values associated with each avatar or do they place the avatars on a two-dimensional map in their internal representation. 2) If so, are the two dimensions of this internal representation social dimensions relating to competence and trust or sensory dimensions relating to bar height (i.e., social space or sensory space).

      For the first question, we hope our analysis of the distance effect on the reaction time in the comparison task can address this issue. Specifically, it came from the idea that distance is a measure of similarity between two avatars in the 2D social space. The closer two avatars are, the more similar they are, hence distinguishing them will be harder and result in longer reaction time. If participants are merely memorizing the avatars as six isolated instances without integrating them into a low-dimensional map, then avatars should be equidistant (as if they were lying on the vertices of a 5-simplex), and would not show a distance effect. Therefore, we interpreted the stronger distance effect as a behavioural index of having a better internal map-like representation. This approach is adopted from the work by Park et al. (2020), where they used the distance effect to demonstrate human brains map abstract relationships among entities from piecemeal learning.

      For the second question of ‘social space’ vs. ‘sensory space’, our study adopted the paradigm developed by, in which they used a similar way to construct a conceptual space and found that such space can be represented with grid-like code in the entorhinal and prefrontal cortex. We stayed close to the original design by Constantinescu et al. (2016) and hoped that our work could provide, to some extent, a close replication of their result but using non-spatial social concepts instead. Indeed, this led to the limitation of our study that participants are passively traversing the artificial space rather than actively navigating in the space to make decisions/inferences. And we did not find sufficient evidence as reported in previous grid-like coding fMRI studies. This may have to do with low signal quality in the medial temporal region, we are not entirely sure. Nevertheless, we don’t think our findings contradict or disprove previous findings in any way. Here we would also like to point to the work by Park et al. (2021). Their task involves making novel inferences in a 2D social hierarchy space and found that grid-like code in the entorhinal cortex and medial prefrontal cortex support such novel inferences. Hence, we argue that results from these studies and partial evidence from our study collectively support the idea that the entorhinal is important for representing abstract knowledge (spatial and non-spatial).

      (2) Does the brain have a common representation of faces in a social space? In this study, participants don't need to have a map-like representation of six faces according to their levels of social traits. Instead, they can remember the values of each trait. The evidence of neural representations of the faces in a 2-dimensional social space is lacking. The authors argued that the relationship between the reaction times and the distances between faces provides evidence of the formation of internal representations. However, this can be found without the internal representation of the relationships between faces. If the authors seek internal representations of the faces in the brain, it would be important to show that this representation is not simply driven by perceptual differences between bar graphs that participants may recall in association with each face.

      Considering these caveats, it is hard for me to agree if the authors provide evidence to support their claims.

      With regard to the common representation of faces, this is a potential limitation of our paradigm because our current task design didn’t include a stage of face presentation to properly test this question. With regard to the asymmetry between the two dimensions in determining expected value. We think that the prerequisite for identifying six-fold grid-like coding is to have an abstract space formed by orthogonal dimensions, i.e., competence and trustworthiness in our task are not correlated. In addition, the scanner task does not require computation of expected value. However, we do think that it is worth investigating whether the extent to which each dimension contributes to decision-making and inference will distort the grid-like representation of the map. Our prediction is that the entorhinal cortex will maintain a representation of the map invariant to this aspect so that it can support inferences in different contexts where different weights may be assigned to different dimensions. But this will be an interesting hypothesis for future studies to test. We hope that our revision plans with above considerations could address the Reviewer’s comments.

      Reviewer #2 (Public Review)

      Summary:

      In this work, Liang et al. investigate whether an abstract social space is neurally represented by a grid-like code. They trained participants to 'navigate' around a two-dimensional space of social agents characterized by the traits of warmth and competence, then measured neural activity as participants imagined navigating through this space. The primary neural analysis consisted of three procedures: 1) identifying brain regions exhibiting the hexagonal modulation characteristic of a grid-like code, 2) estimating the orientation of each region's grid, and 3) testing whether the strength of the univariate neural signal increases when a participant is navigating in a direction aligned with the grid, compared to a direction that is misaligned with the grid.

      From these analyses, the authors find the clearest evidence of a grid-like code in the prefrontal cortex and weaker evidence in the entorhinal cortex.

      Strengths:

      The work demonstrates the existence of a grid-like neural code for a socially-relevant task, providing evidence that such coding schemes may be relevant for a variety of two-dimensional task spaces.

      Thank you very much again for your careful evaluation and thoughtful comments. Please find our response to the comments below.

      Weaknesses:

      In various parts of this manuscript, the authors appear to use a variety of terms to refer to the (ostensibly) same neural regions: prefrontal cortex, frontal pole, ventromedial prefrontal cortex (vmPFC), and orbitofrontal cortex (OFC). It would be useful for the authors to use more consistent terminology to avoid confusing readers.

      Thanks for pointing out the use of terms, we will try to improve that in the revision of our manuscript.

      Claims about a grid code in the entorhinal cortex are not well-supported by the analyses presented. The whole-brain analysis does not suggest that the entorhinal cortex exhibits hexagonal modulation; the strength of the entorhinal BOLD signal does not track the putative alignment of the grid code there; multivariate analyses do not reveal any evidence of a grid-like representational geometry.

      On a conceptual level, it is not entirely clear how this work advances our understanding of gridlike encoding of two-dimensional abstract spaces, or of social cognition. The study design borrows heavily from Constantinescu et al. 2016, which is itself not an inherent weakness, but the Constantinescu et al. study already suggests that grid codes are likely to underlie two-dimensional spaces, no matter how abstract or arbitrary. If there were a hypothesis that there is something unique about how grid codes operate in the social domain, that would help motivate the search for social grid codes specifically, but no such theory is provided. The authors do note that warmth and competence likely have ecological importance as social traits, but other past studies have used slightly different social dimensions without any apparent loss of generality (e.g., Park et al. 2021). There are some (seemingly) exploratory analyses examining how individual difference measures like social anxiety and avoidance might affect the brain and behavior in this study, but a strong theoretical basis for examining these particular measures is lacking.

      We acknowledge that we used very similar dimensions to the work by Park et al. (2021). While Park and colleagues (2021) took a more innovative and rigorous approach, we tried to stay close to the original design by Constantinescu et al. (2016) with the hope that our work could provide, to some extent, a close replication of their result. Our data was collected before the 2021 paper came out and as the comment points out, we did not find as complete and convincing evidence as in these previous grid-like coding fMRI papers. This may be due to low signal quality in the medial temporal region, we are not entirely sure. But we don’t think our current findings can contradict or disprove previous findings in any way.

      I found it difficult to understand the analyses examining whether behavior (i.e., reaction times) and individual difference measures (i.e., social anxiety and avoidance) can be predicted by the hexagonal modulation strength in some region X, conditional on region X having a similar estimated grid alignment with some other region Y. It is possible that I have misunderstood the authors' logic and/or methodology, but I do not feel comfortable commenting on the correctness or implications of this approach given the information provided in the current version of this manuscript.

      We apologize for not being clear enough in the manuscript and we will improve the clarity in our revision. This exploratory analysis aims to examine if there is any correlation between the strength of grid-like representation of social value map and behavioral indicators of map-like representation; and test if there are any correlation between the strength of grid-like representation of this social value map and participants’ social trait. For the behavioral indicator, we used the distance effect in the reaction time of the comparison task outside the scanner. The closer a pair of avatars are, the more similar they are, hence distinguishing them will be harder and results in longer reaction time when making comparison judgement. If participants are merely memorizing the avatars as six isolated instances without integrating them into a map, all avatars should be equidistant and there wouldn’t be a distance effect. We interpreted stronger grid-like activity as a neural index of better representation of the 2D social space, and we interpreted stronger distance effect as a behavioral index of having better internal map-like representation.

      It was puzzling to see passing references to multivariate analyses using representational similarity analysis (RSA) in the main text, given that RSA is only used in analyses presented in the supplementary material.

      We speculate if RSA in entorhinal ROI would be more sensitive than the wholebrain univariate analysis to identify grid-like code because a previous paper on grid-like code in olfactory space (Bao et al., 2019) didn’t identify grid-like representation with univariate analysis but identified it with RSA analysis. However, we failed to find evidence of grid-like code in the entorhinal ROI aligned to its own putative grid orientation with the RSA approach. We reported this result in the main text to show that we carried out a relatively thorough investigation to test the hypothesis using various approaches and decided to add references to the RSA approach in the main text as well.

      Reviewer #3 (Public Review)

      Liang and colleagues set out to test whether the human brain uses distance and grid-like codes in social knowledge using a design where participants had to navigate in a two-dimensional social space based on competence and warmth during an fMRI scan. They showed that participants were able to navigate the social space and found distance-based codes as well as grid-like codes in various brain regions, and the grid-like code correlated with behavior (reaction times).

      On the whole, the experiment is designed appropriately for testing for distant-based and grid-like codes and is relatively well-powered for this type of study, with a large amount of behavioral training per participant. They revealed that a number of brain regions correlated positively or negatively with distance in the social space, and found grid-like codes in the frontal polar cortex and posterior medial entorhinal cortex, the latter in line with prior findings on grid-like activity in the entorhinal cortex. The current paper seems quite similar conceptually and in design to previous work, most notably by Park et al., 2021, Nature Neuroscience.

      Thanks very much again for your careful evaluation and comments. Please find our response to the comments below.

      Below, I raise a few issues and questions on the evidence presented here for a grid-like code as the basis of navigating abstract social space or social knowledge.

      (1) The authors claim that this study provides evidence that humans use a spatial / grid code for abstract knowledge like social knowledge.

      This data does specifically not add anything new to this argument. As with almost all studies that test for a grid code in a similar "conceptual" space (not only the current study), the problem is that when the space is not a uniform, square/circular space, and 2-dimensional then there is no reason the code will be perfectly grid-like, i.e., show six-fold symmetry. In real-world scenarios of social space (as well as navigation, semantic concepts), it must be higher dimensional - or at least more than two-dimensional. It is unclear if this generalizes to larger spaces where not all part of the space is relevant. Modelling work from Tim Behrens' lab (e.g., Whittington et al., 2020) and Bradley Love's lab (e.g., Mok & Love, 2019) have shown/argued this to be the case. In experimental work, like in mazes from the Mosers' labs (e.g., Derdikman et al., 2009), or trapezoid environments from the O'Keefe lab (Krupic et al., 2015), there are distortions in mEC cells, and would not pass as grid cells in terms of the six-fold symmetry criterion.

      The authors briefly discuss the limitations of this at the very end but do not really say how this speaks to the goal of their study and the claim that social space or knowledge is organized as a grid code and if it is in fact used in the brain in their study and beyond. This issue deserves to be discussed in more depth, possibly referring to prior work that addressed this, and raising the issue for future work to address the problem - or if the authors think it is a problem at all.

      Thanks very much for the references to the papers that we haven’t considered enough in our discussion. We will endeavour to discuss the topic in more depth in our revision. In summary, we raise this discussion point because various research groups have found gridlike representations in 2D artificial conceptual space. We think that the next step for a stronger claim would be to find the representation of more spontaneous non-spatial maps.

      Data and analysis

      (2) Concerning the negative correlation of distance with activation in the fusiform gyrus and visual cortex: this is a slightly puzzling but potentially interesting finding. However, could this be related to reaction times? The larger the distance, the longer the reaction times, so the original finding might reflect larger activations with smaller distances.

      Thanks very much for the suggestion. However, we didn’t find a correlation between response time in the choice stage in the scanner task and the negative distance activation in the fusiform gyrus (Figures below). Meanwhile, the morph period in each trial remains the same, the negative correlation of distance with activation in the fusiform gyrus could also be interpreted as a positive correlation of morphing speed with activation in the fusiform gyrus. Indeed, stronger negative activation indicates larger activation for smaller distances, but we are uncertain what it indicates concerning the functional role of Fusiform in our current task.

      Author response image 1.

      (3) Concerning the correlation of grid-like activity with behavior: is the correlation with reaction time just about how long people took (rather than a task-related neural signal)? The authors have only reported correlations with reaction time. The issue here is that the duration of reaction times also relates to the starting positions of each trial and where participants will navigate to. Considering the speed-accuracy tradeoff, could performance accuracy be negatively correlated with these grid consistency metrics? Or it could be positively correlated, which would suggest the grid signal reflects a good representation of the task.

      We apologize for not being clear enough in the manuscript and we will improve the clarity in our revision. The reaction time used to calculate the distance effect is from a task outside the scanner. The closer a pair of avatars are, the more similar they are, hence distinguishing them will be harder and results in longer reaction time when making comparison judgement. If participants are merely memorizing the avatars as six isolated instances without integrating them into a map, all avatars should be equidistant and there wouldn’t be a distance effect. We interpreted stronger grid-like activity as a neural index of better representation of the 2D social space, and we interpreted stronger distance effect as a behavioural index of having better internal map-like representation. This was the motivation behind this analysis.

      References

      Bao, X., Gjorgieva, E., Shanahan, L. K., Howard, J. D., Kahnt, T., & Gottfried, J. A. (2019). Grid-like Neural Representations Support Olfactory Navigation of a Two-Dimensional Odor Space. Neuron, 102(5), 1066-1075 e1065. https://doi.org/10.1016/j.neuron.2019.03.034

      Constantinescu, A. O., O'Reilly, J. X., & Behrens, T. E. J. (2016). Organizing conceptual knowledge in humans with a gridlike code. Science,352(6292), 1464-1468. https://doi.org/10.1126/science.aaf0941

      Park, S. A., Miller, D. S., & Boorman, E. D. (2021). Inferences on a multidimensional social hierarchy use a grid-like code. Nat Neurosci, 24(9), 1292-1301. https://doi.org/10.1038/s41593-02100916-3

      Park, S. A., Miller, D. S., Nili, H., Ranganath, C., & Boorman, E. D. (2020). Map Making: Constructing, Combining, and Inferring on Abstract Cognitive Maps. Neuron, 107(6), 1226-1238 e1228. https://doi.org/10.1016/j.neuron.2020.06.030

    2. eLife assessment

      This study provides useful initial information on how humans represent two-dimensional abstract spaces in relation to the social traits of warmth and competence. While the study poses an interesting question, the evidence for a grid-like code at present is incomplete. This study will be of interest to researchers working in the field of spatial navigation as well as the navigation of conceptual abstract space.

    3. Reviewer #2 (Public Review):

      Summary:<br /> In this work, Liang et al. investigate whether an abstract social space is neurally represented by a grid-like code. They trained participants to 'navigate' around a two-dimensional space of social agents characterized by the traits warmth and competence, then measured neural activity as participants imagined navigating through this space. The primary neural analysis consisted of three procedures: 1) identifying brain regions exhibiting the hexagonal modulation characteristic of a grid-like code, 2) estimating the orientation of each region's grid, and 3) testing whether the strength of the univariate neural signal increases when a participant is navigating in a direction aligned with the grid, compared to a direction that is misaligned with the grid. From these analyses, the authors find the clearest evidence of a grid-like code in the prefrontal cortex and weaker evidence in the entorhinal cortex.

      Strengths:<br /> The work demonstrates the existence of a grid-like neural code for a socially-relevant task, providing evidence that such coding schemes may be relevant for a variety of two-dimensional task spaces.

      Weaknesses:<br /> In the revised manuscript, the authors soften their claims about finding a grid code in the entorhinal cortex and provide additional caveats about limitations in their findings. It seems that the authors and reviewers are in agreement about the following weaknesses, which were part of my original review: Claims about a grid code in the entorhinal cortex are not well-supported by the analyses presented. The whole-brain analysis does not suggest that the entorhinal cortex exhibits hexagonal modulation; the strength of the entorhinal BOLD signal does not track the putative alignment of the grid code there; multivariate analyses do not reveal any evidence of a grid-like representational geometry.

      In the authors' response to reviews, they provide additional clarification about their exploratory analyses examining whether behavior (i.e., reaction times) and individual difference measures (i.e., social anxiety and avoidance) can be predicted by the hexagonal modulation strength in some region X, conditional on region X having a similar estimated grid alignment with some other region Y. My guess is that readers would find it useful if some of this language were included in the main text, especially with regard to an explanation regarding the rationale for these exploratory studies.

    4. Reviewer #3 (Public Review):

      Liang and colleagues set out to test whether the human brain uses distance and grid-like codes in social knowledge using a design where participants had to navigate in a two-dimensional social space based on competence and warmth during an fMRI scan. They showed that participants were able to navigate the social space and found distance-based codes as well as grid-like codes in various brain regions, and the grid-like code correlated with behavior (reaction times).

      On the whole, the experiment is designed appropriately for testing for distant-based and grid-like codes, and is relatively well powered for this type of study, with a large amount of behavioral training per participant. They revealed that a number of brain regions correlated positively or negatively with distance in the social space, and found grid-like codes in the frontal polar cortex and posterior medial entorhinal cortex, the latter in line with prior findings on grid-like activity in entorhinal cortex. The current paper seems quite similar conceptually and in design to previous work, most notably Park et al., 2021, Nature Neuroscience.

      (1) The authors claim that this study provides evidence that humans use a spatial / grid code for abstract knowledge like social knowledge.

      This data does specifically not add anything new to this argument. As with almost all studies that test for a grid code in a similar "conceptual" space (not only the current study), the problem is that, when the space is not a uniform, square/circular space, and 2-dimensional then there is no reason the code will be perfectly grid like, i.e., show six-fold symmetry. In real world scenarios of social space (as well as navigation, semantic concepts), it must be higher dimensional - or at least more than two dimensional. It is unclear if this generalizes to larger spaces where not all part of the space is relevant. Modelling work from Tim Behrens' lab (e.g., Whittington et al., 2020) and Bradley Love's lab (e.g., Mok & Love, 2019) have shown/argued this to be the case. In experimental work, like in mazes from the Mosers' labs (e.g., Derdikman et al., 2009), or trapezoid environments from the O'Keefe lab (Krupic et al., 2015), there are distortions in mEC cells, and would not pass as grid cells in terms of the six-fold symmetry criterion.

      The authors briefly discuss the limitations of this at the very end but do not really say how this speaks to the goal of their study and the claim that social space or knowledge is organized as a grid code and if it is in fact used in the brain in their study and beyond. This issue deserves to be discussed in more depth, possibly referring to prior work that addressed this, and raise the issue for future work to address the problem - or if the authors think it is a problem at all.

    1. key variables

      (#37)

      Let's inspect the code for the plm FE model here.

      (McKenna) In the HW6 code, what does “index=c(“id”, “year”) refer to?

      Response: This tells R the structure of the (longitudinal) data; “id” is the i subscript and “year” is the j subscript. I.e., the model will calculate level 2 means based on id. Level 1 is id and year.

    1. Author Response

      Reviewer #1 (Public Review):

      This study used a multi-day learning paradigm combined with fMRI to reveal neural changes reflecting the learning of new (arbitrary) shape-sound associations. In the scanner, the shapes and sounds are presented separately and together, both before and after learning. When they are presented together, they can be either consistent or inconsistent with the learned associations. The analyses focus on auditory and visual cortices, as well as the object-selective cortex (LOC) and anterior temporal lobe regions (temporal pole (TP) and perirhinal cortex (PRC)). Results revealed several learning-induced changes, particularly in the anterior temporal lobe regions. First, the LOC and PRC showed a reduced bias to shapes vs sounds (presented separately) after learning. Second, the TP responded more strongly to incongruent than congruent shape-sound pairs after learning. Third, the similarity of TP activity patterns to sounds and shapes (presented separately) was increased for non-matching shape-sound comparisons after learning. Fourth, when comparing the pattern similarity of individual features to combined shape-sound stimuli, the PRC showed a reduced bias towards visual features after learning. Finally, comparing patterns to combined shape-sound stimuli before and after learning revealed a reduced (and negative) similarity for incongruent combinations in PRC. These results are all interpreted as evidence for an explicit integrative code of newly learned multimodal objects, in which the whole is different from the sum of the parts.

      The study has many strengths. It addresses a fundamental question that is of broad interest, the learning paradigm is well-designed and controlled, and the stimuli are real 3D stimuli that participants interact with. The manuscript is well written and the figures are very informative, clearly illustrating the analyses performed.

      There are also some weaknesses. The sample size (N=17) is small for detecting the subtle effects of learning. Most of the statistical analyses are not corrected for multiple comparisons (ROIs), and the specificity of the key results to specific regions is also not tested. Furthermore, the evidence for an integrative representation is rather indirect, and alternative interpretations for these results are not considered.

      We thank the reviewer for their careful reading and the positive comments on our manuscript. As suggested, we have conducted additional analyses of theoretically-motivated ROIs and have found that temporal pole and perirhinal cortex are the only regions to show the key experience-dependent transformations. We are much more cautious with respect to multiple comparisons, and have removed a series of post hoc across-ROI comparisons that were irrelevant to the key questions of the present manuscript. The revised manuscript now includes much more discussion about alternative interpretations as suggested by the reviewer (and also by the other reviewers).

      Additionally, we looked into scanning more participants, but our scanner has since had a full upgrade and the sequence used in the current study is no longer supported by our scanner. However, we note that while most analyses contain 17 participants, we employed a within-subject learning design that is not typically used in fMRI experiments and increases our power to detect an effect. This is supported by the robust effect size of the behavioural data, whereby 17 out of 18 participants revealed a learning effect (Cohen’s D = 1.28) and which was replicated in a follow-up experiment with a larger sample size.

      We address the other reviewer comments point-by-point in the below.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Li et al. used a four-day fMRI design to investigate how unimodal feature information is combined, integrated, or abstracted to form a multimodal object representation. The experimental question is of great interest and understanding how the human brain combines featural information to form complex representations is relevant for a wide range of researchers in neuroscience, cognitive science, and AI. While most fMRI research on object representations is limited to visual information, the authors examined how visual and auditory information is integrated to form a multimodal object representation. The experimental design is elegant and clever. Three visual shapes and three auditory sounds were used as the unimodal features; the visual shapes were used to create 3D-printed objects. On Day 1, the participants interacted with the 3D objects to learn the visual features, but the objects were not paired with the auditory features, which were played separately. On Day 2, participants were scanned with fMRI while they were exposed to the unimodal visual and auditory features as well as pairs of visual-auditory cues. On Day 3, participants again interacted with the 3D objects but now each was paired with one of the three sounds that played from an internal speaker. On Day 4, participants completed the same fMRI scanning runs they completed on Day 2, except now some visual-auditory feature pairs corresponded with Congruent (learned) objects, and some with Incongruent (unlearned) objects. Using the same fMRI design on Days 2 and 4 enables a well-controlled comparison between feature- and object-evoked neural representations before and after learning. The notable results corresponded to findings in the perirhinal cortex and temporal pole. The authors report (1) that a visual bias on Day 2 for unimodal features in the perirhinal cortex was attenuated after learning on Day 4, (2) a decreased univariate response to congruent vs. incongruent visual-auditory objects in the temporal pole on Day 4, (3) decreased pattern similarity between congruent vs. incongruent pairs of visual and auditory unimodal features in the temporal pole on Day 4, (4) in the perirhinal cortex, visual unimodal features on Day 2 do not correlate with their respective visual-auditory objects on Day 4, and (5) in the perirhinal cortex, multimodal object representations across Days 2 and 4 are uncorrelated for congruent objects and anticorrelated for incongruent. The authors claim that each of these results supports the theory that multimodal objects are represented in an "explicit integrative" code separate from feature representations. While these data are valuable and the results are interesting, the authors' claims are not well supported by their findings.

      We thank the reviewer for the careful reading of our manuscript and positive comments. Overall, we now stay closer to the data when describing the results and provide our interpretation of these results in the discussion section while remaining open to alternative interpretations (as also suggested by Reviewer 1).

      (1) In the introduction, the authors contrast two theories: (a) multimodal objects are represented in the co-activation of unimodal features, and (b) multimodal objects are represented in an explicit integrative code such that the whole is different than the sum of its parts. However, the distinction between these two theories is not straightforward. An explanation of what is precisely meant by "explicit" and "integrative" would clarify the authors' theoretical stance. Perhaps we can assume that an "explicit" representation is a new representation that is created to represent a multimodal object. What is meant by "integrative" is more ambiguous-unimodal features could be integrated within a representation in a manner that preserves the decodability of the unimodal features, or alternatively the multimodal representation could be completely abstracted away from the constituent features such that the features are no longer decodable. Even if the object representation is "explicit" and distinct from the unimodal feature representations, it can in theory still contain featural information, though perhaps warped or transformed. The authors do not clearly commit to a degree of featural abstraction in their theory of "explicit integrative" multimodal object representations which makes it difficult to assess the validity of their claims.

      Due to its ambiguity, we removed the term “explicit” and now make it clear that our central question was whether crossmodal object representations require only unimodal feature-level representations (e.g., frogs are created from only the combination of shape and sound) or whether crossmodal object representations also rely on an integrative code distinct from the unimodal features (e.g., there is something more to “frog” than its original shape and sound). We now clarify this in the revised manuscript.

      “One theoretical view from the cognitive sciences suggests that crossmodal objects are built from component unimodal features represented across distributed sensory regions.8 Under this view, when a child thinks about “frog”, the visual cortex represents the appearance of the shape of the frog whereas the auditory cortex represents the croaking sound. Alternatively, other theoretical views predict that multisensory objects are not only built from their component unimodal sensory features, but that there is also a crossmodal integrative code that is different from the sum of these parts.9,10,11,12,13 These latter views propose that anterior temporal lobe structures can act as a polymodal “hub” that combines separate features into integrated wholes.9,11,14,15” – pg. 4

      For this reason, we designed our paradigm to equate the unimodal representations, such that neural differences between the congruent and incongruent conditions provide evidence for a crossmodal integrative code different from the unimodal features (because the unimodal features are equated by default in the design).

      “Critically, our four-day learning task allowed us to isolate any neural activity associated with integrative coding in anterior temporal lobe structures that emerges with experience and differs from the neural patterns recorded at baseline. The learned and non-learned crossmodal objects were constructed from the same set of three validated shape and sound features, ensuring that factors such as familiarity with the unimodal features, subjective similarity, and feature identity were tightly controlled (Figure 2). If the mind represented crossmodal objects entirely as the reactivation of unimodal shapes and sounds (i.e., objects are constructed from their parts), then there should be no difference between the learned and non-learned objects (because they were created from the same three shapes and sounds). By contrast, if the mind represented crossmodal objects as something over and above their component features (i.e., representations for crossmodal objects rely on integrative coding that is different from the sum of their parts), then there should be behavioral and neural differences between learned and non-learned crossmodal objects (because the only difference across the objects is the learned relationship between the parts). Furthermore, this design allowed us to determine the relationship between the object representation acquired after crossmodal learning and the unimodal feature representations acquired before crossmodal learning. That is, we could examine whether learning led to abstraction of the object representations such that it no longer resembled the unimodal feature representations.” – pg. 5

      Furthermore, we agree with the reviewer that our definition and methodological design does not directly capture the structure of the integrative code. With experience, the unimodal feature representations may be completely abstracted away, warped, or changed in a nonlinear transformation. We suggest that crossmodal learning forms an integrative code that is different from the original unimodal representations in the anterior temporal lobes, however, we agree that future work is needed to more directly capture the structure of the integrative code that emerges with experience.

      “In our task, participants had to differentiate congruent and incongruent objects constructed from the same three shape and sound features (Figure 2). An efficient way to solve this task would be to form distinct object-level outputs from the overlapping unimodal feature-level inputs such that congruent objects are made to be orthogonal from the representations before learning (i.e., measured as pattern similarity equal to 0 in the perirhinal cortex; Figure 5b, 6, Supplemental Figure S5), whereas non-learned incongruent objects could be made to be dissimilar from the representations before learning (i.e., anticorrelation, measured as patten similarity less than 0 in the perirhinal cortex; Figure 6). Because our paradigm could decouple neural responses to the learned object representations (on Day 4) from the original component unimodal features at baseline (on Day 2), these results could be taken as evidence of pattern separation in the human perirhinal cortex.11,12 However, our pattern of results could also be explained by other types of crossmodal integrative coding. For example, incongruent object representations may be less stable than congruent object representations, such that incongruent objects representation are warped to a greater extent than congruent objects (Figure 6).” – pg. 18

      “As one solution to the crossmodal binding problem, we suggest that the temporal pole and perirhinal cortex form unique crossmodal object representations that are different from the distributed features in sensory cortex (Figure 4, 5, 6, Supplemental Figure S5). However, the nature by which the integrative code is structured and formed in the temporal pole and perirhinal cortex following crossmodal experience – such as through transformations, warping, or other factors – is an open question and an important area for future investigation.” – pg. 18

      (2) After participants learned the multimodal objects, the authors report a decreased univariate response to congruent visual-auditory objects relative to incongruent objects in the temporal pole. This is claimed to support the existence of an explicit, integrative code for multimodal objects. Given the number of alternative explanations for this finding, this claim seems unwarranted. A simpler interpretation of these results is that the temporal pole is responding to the novelty of the incongruent visual-auditory objects. If there is in fact an explicit, integrative multimodal object representation in the temporal pole, it is unclear why this would manifest in a decreased univariate response.

      We thank the reviewer for identifying this issue. Our behavioural design controls unimodal feature-level novelty but allows object-level novelty to differ. Thus, neural differences between the congruent and incongruent conditions reflects sensitivity to the object-level differences between the combination of shape and sound. However, we agree that there are multiple interpretations regarding the nature of how the integrative code is structured in the temporal pole and perirhinal cortex. We have removed the interpretation highlighted by the reviewer from the results. Instead, we now provide our preferred interpretation in the discussion, while acknowledging the other possibilities that the reviewer mentions.

      As one possibility, these results in temporal pole may reflect “conceptual combination”. “hummingbird” – a congruent pairing – may require less neural resources than an incongruent pairing such as “bark-frog”.

      “Furthermore, these distinct anterior temporal lobe structures may be involved with integrative coding in different ways. For example, the crossmodal object representations measured after learning were found to be related to the component unimodal feature representations measured before learning in the temporal pole but not the perirhinal cortex (Figure 5, 6, Supplemental Figure S5). Moreover, pattern similarity for congruent shape-sound pairs were lower than the pattern similarity for incongruent shape-sound pairs after crossmodal learning in the temporal pole but not the perirhinal cortex (Figure 4b, Supplemental Figure S3a). As one interpretation of this pattern of results, the temporal pole may represent new crossmodal objects by combining previously learned knowledge. 8,9,10,11,13,14,15,33 Specifically, research into conceptual combination has linked the anterior temporal lobes to compound object concepts such as “hummingbird”.34,35,36 For example, participants during our task may have represented the sound-based “humming” concept and visually-based “bird” concept on Day 1, forming the crossmodal “hummingbird” concept on Day 3; Figure 1, 2, which may recruit less activity in temporal pole than an incongruent pairing such as “barking-frog”. For these reasons, the temporal pole may form a crossmodal object code based on pre-existing knowledge, resulting in reduced neural activity (Figure 3d) and pattern similarity towards features associated with learned objects (Figure 4b).”– pg. 18

      (3) The authors ran a neural pattern similarity analysis on the unimodal features before and after multimodal object learning. They found that the similarity between visual and auditory features that composed congruent objects decreased in the temporal pole after multimodal object learning. This was interpreted to reflect an explicit integrative code for multimodal objects, though it is not clear why. First, behavioral data show that participants reported increased similarity between the visual and auditory unimodal features within congruent objects after learning, the opposite of what was found in the temporal pole. Second, it is unclear why an analysis of the unimodal features would be interpreted to reflect the nature of the multimodal object representations. Since the same features corresponded with both congruent and incongruent objects, the nature of the feature representations cannot be interpreted to reflect the nature of the object representations per se. Third, using unimodal feature representations to make claims about object representations seems to contradict the theoretical claim that explicit, integrative object representations are distinct from unimodal features. If the learned multimodal object representation exists separately from the unimodal feature representations, there is no reason why the unimodal features themselves would be influenced by the formation of the object representation. Instead, these results seem to more strongly support the theory that multimodal object learning results in a transformation or warping of feature space.

      We apologize for the lack of clarity. We have now overhauled this aspect of our manuscript in an attempt to better highlight key aspects of our experimental design. In particular, because the unimodal features composing the congruent and incongruent objects were equated, neural differences between these conditions would provide evidence for an experience-dependent crossmodal integrative code that is different from its component unimodal features.

      Related to the second and third points, we were looking at the extent to which the original unimodal representations change with crossmodal learning. Before crossmodal learning, we found that the perirhinal cortex tracked the similarity between the individual visual shape features and the crossmodal objects that were composed of those visual shapes – however, there was no evidence that perirhinal cortex was tracking the unimodal sound features on those crossmodal objects. After crossmodal learning, we see that this visual shape bias in perirhinal cortex was no longer present – that is, the representation in perirhinal cortex started to look less like the visual features that comprise the objects. Thus, crossmodal learning transformed the perirhinal representations so that they were no longer predominantly grounded in a single visual modality, which may be a mechanism by which object concepts gain their abstraction. We have now tried to be clearer about this interpretation throughout the paper.

      Notably, we suggest that experience may change both the crossmodal object representations, as well as the unimodal feature representations. For example, we have previously shown that unimodal visual features are influenced by experience in parallel with the representation of the conjunction (e.g., Liang et al., 2020; Cerebral Cortex). Nevertheless, we remain open to the myriad possible structures of the integrative code that might emerge with experience.

      We now clarify these points throughout the manuscript. For example:

      “We then examined whether the original representations would change after participants learned how the features were paired together to make specific crossmodal objects, conducting the same analysis described above after crossmodal learning had taken place (Figure 5b). With this analysis, we sought to measure the relationship between the representation for the learned crossmodal object and the original baseline representation for the unimodal features. More specifically, the voxel-wise activity for unimodal feature runs before crossmodal learning was correlated to the voxel-wise activity for crossmodal object runs after crossmodal learning (Figure 5b). Another linear mixed model which included modality as a fixed factor within each ROI revealed that the perirhinal cortex was no longer biased towards visual shape after crossmodal learning (F1,32 = 0.12, p = 0.73), whereas the temporal pole, LOC, V1, and A1 remained biased towards either visual shape or sound (F1,30-32 between 16.20 and 73.42, all p < 0.001, η2 between 0.35 and 0.70).” – pg. 14

      “To investigate this effect in perirhinal cortex more specifically, we conducted a linear mixed model to directly compare the change in the visual bias of perirhinal representations from before crossmodal learning to after crossmodal learning (green regions in Figure 5a vs. 5b). Specifically, the linear mixed model included learning day (before vs. after crossmodal learning) and modality (visual feature match to crossmodal object vs. sound feature match to crossmodal object). Results revealed a significant interaction between learning day and modality in the perirhinal cortex (F1,775 = 5.56, p = 0.019, η2 = 0.071), meaning that the baseline visual shape bias observed in perirhinal cortex (green region of Figure 5a) was significantly attenuated with experience (green region of Figure 5b). After crossmodal learning, a given shape no longer invoked significant pattern similarity between objects that had the same shape but differed in terms of what they sounded like. Taken together, these results suggest that prior to learning the crossmodal objects, the perirhinal cortex had a default bias toward representing the visual shape information and was not representing sound information of the crossmodal objects. After crossmodal learning, however, the visual shape bias in perirhinal cortex was no longer present. That is, with crossmodal learning, the representations within perirhinal cortex started to look less like the visual features that comprised the crossmodal objects, providing evidence that the perirhinal representations were no longer predominantly grounded in the visual modality.” – pg. 13

      “Importantly, the initial visual shape bias observed in the perirhinal cortex was attenuated by experience (Figure 5, Supplemental Figure S5), suggesting that the perirhinal representations had become abstracted and were no longer predominantly grounded in a single modality after crossmodal learning. One possibility may be that the perirhinal cortex is by default visually driven as an extension to the ventral visual stream,10,11,12 but can act as a polymodal “hub” region for additional crossmodal input following learning.” – pg. 19

      (4) The most compelling evidence the authors provide for their theoretical claims is the finding that, in the perirhinal cortex, the unimodal feature representations on Day 2 do not correlate with the multimodal objects they comprise on Day 4. This suggests that the learned multimodal object representations are not combinations of their unimodal features. If unimodal features are not decodable within the congruent object representations, this would support the authors' explicit integrative hypothesis. However, the analyses provided do not go all the way in convincing the reader of this claim. First, the analyses reported do not differentiate between congruent and incongruent objects. If this result in the perirhinal cortex reflects the formation of new multimodal object representations, it should only be true for congruent objects but not incongruent objects. Since the analyses combine congruent and incongruent objects it is not possible to know whether this was the case. Second, just because feature representations on Day 2 do not correlate with multimodal object patterns on Day 4 does not mean that the object representations on Day 4 do not contain featural information. This could be directly tested by correlating feature representations on Day 4 with congruent vs. incongruent object representations on Day 4. It could be that representations in the perirhinal cortex are not stable over time and all representations-including unimodal feature representations-shift between sessions, which could explain these results yet not entail the existence of abstracted object representations.

      We thank the reviewer for this suggestion and have conducted the two additional analyses. Specifically, we split the congruent and incongruent conditions and also investigated correlations between unimodal representations on Day 4 with crossmodal object representations on Day 4. There was no significant interaction between modality and congruency in any ROI across or within learning days. One possible explanation for these findings is that both congruent and incongruent crossmodal objects are represented differently from their underlying unimodal features, and all of these representations can transform with experience.

      However, the new analyses also revealed that perirhinal cortex was the only region without a modality-specific bias after crossmodal learning (e.g., Day 4 Unimodal Feature runs x Day 4 Crossmodal Object runs; now shown in Supplemental Figure S5). Overall, these results are consistent with the notion of a crossmodal integrative code in perirhinal cortex that has changed with experience and is different from the component unimodal features. Nevertheless, we explore alternative interpretations for how the crossmodal code emerges with experience in the discussion.

      “To examine whether these results differed by congruency (i.e., whether any modality-specific biases differed as a function of whether the object was congruent or incongruent), we conducted exploratory linear mixed models for each of the five a priori ROIs across learning days. More specifically, we correlated: 1) the voxel-wise activity for Unimodal Feature Runs before crossmodal learning to the voxel-wise activity for Crossmodal Object Runs before crossmodal learning (Day 2 vs. Day 2), 2) the voxel-wise activity for Unimodal Feature Runs before crossmodal learning to the voxel-wise activity for Crossmodal Object Runs after crossmodal learning (Day 2 vs Day 4), and 3) the voxel-wise activity for Unimodal Feature Runs after crossmodal learning to the voxel-wise activity for Crossmodal Object Runs after crossmodal learning (Day 4 vs Day 4). For each of the three analyses described, we then conducted separate linear mixed models which included modality (visual feature match to crossmodal object vs. sound feature match to crossmodal object) and congruency (congruent vs. incongruent)….There was no significant relationship between modality and congruency in any ROI between Day 2 and Day 2 (F1,346-368 between 0.00 and 1.06, p between 0.30 and 0.99), between Day 2 and Day 4 (F1,346-368 between 0.021 and 0.91, p between 0.34 and 0.89), or between Day 4 and Day 4 (F1,346-368 between 0.01 and 3.05, p between 0.082 and 0.93). However, exploratory analyses revealed that perirhinal cortex was the only region without a modality-specific bias and where the unimodal feature runs were not significantly correlated to the crossmodal object runs after crossmodal learning (Supplemental Figure S5).” – pg. 14

      “Taken together, the overall pattern of results suggests that representations of the crossmodal objects in perirhinal cortex were heavily influenced by their consistent visual features before crossmodal learning. However, the crossmodal object representations were no longer influenced by the component visual features after crossmodal learning (Figure 5, Supplemental Figure S5). Additional exploratory analyses did not find evidence of experience-dependent changes in the hippocampus or inferior parietal lobes (Supplemental Figure S4c-e).” – pg. 14

      “The voxel-wise matrix for Unimodal Feature runs on Day 4 were correlated to the voxel-wise matrix for Crossmodal Object runs on Day 4 (see Figure 5 in the main text for an example). We compared the average pattern similarity (z-transformed Pearson correlation) between shape (blue) and sound (orange) features specifically after crossmodal learning. Consistent with Figure 5b, perirhinal cortex was the only region without a modality-specific bias. Furthermore, perirhinal cortex was the only region where the representations of both the visual and sound features were not significantly correlated to the crossmodal objects. By contrast, every other region maintained a modality-specific bias for either the visual or sound features. These results suggest that perirhinal cortex representations were transformed with experience, such that the initial visual shape representations (Figure 5a) were no longer grounded in a single modality after crossmodal learning. Furthermore, these results suggest that crossmodal learning formed an integrative code different from the unimodal features in perirhinal cortex, as the visual and sound features were not significantly correlated with the crossmodal objects. * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001. Horizontal lines within brain regions indicate a significant main effect of modality. Vertical asterisks denote pattern similarity comparisons relative to 0.” – Supplemental Figure S5

      “We found that the temporal pole and perirhinal cortex – two anterior temporal lobe structures – came to represent new crossmodal object concepts with learning, such that the acquired crossmodal object representations were different from the representation of the constituent unimodal features (Figure 5, 6). Intriguingly, the perirhinal cortex was by default biased towards visual shape, but that this initial visual bias was attenuated with experience (Figure 3c, 5, Supplemental Figure S5). Within the perirhinal cortex, the acquired crossmodal object concepts (measured after crossmodal learning) became less similar to their original component unimodal features (measured at baseline before crossmodal learning); Figure 5, 6, Supplemental Figure S5. This is consistent with the idea that object representations in perirhinal cortex integrate the component sensory features into a whole that is different from the sum of the component parts, which might be a mechanism by which object concepts obtain their abstraction…. As one solution to the crossmodal binding problem, we suggest that the temporal pole and perirhinal cortex form unique crossmodal object representations that are different from the distributed features in sensory cortex (Figure 4, 5, 6, Supplemental Figure S5). However, the nature by which the integrative code is structured and formed in the temporal pole and perirhinal cortex following crossmodal experience – such as through transformations, warping, or other factors – is an open question and an important area for future investigation.” – pg. 18

      In sum, the authors have collected a fantastic dataset that has the potential to answer questions about the formation of multimodal object representations in the brain. A more precise delineation of different theoretical accounts and additional analyses are needed to provide convincing support for the theory that “explicit integrative” multimodal object representations are formed during learning.

      We thank the reviewer for the positive comments and helpful feedback. We hope that our changes to our wording and clarifications to our methodology now more clearly supports the central goal of our study: to find evidence of crossmodal integrative coding different from the original unimodal feature parts in anterior temporal lobe structures. We furthermore agree that future research is needed to delineate the structure of the integrative code that emerges with experience in the anterior temporal lobes.

      Reviewer #3 (Public Review):

      This paper uses behavior and functional brain imaging to understand how neural and cognitive representations of visual and auditory stimuli change as participants learn associations among them. Prior work suggests that areas in the anterior temporal (ATL) and perirhinal cortex play an important role in learning/representing cross-modal associations, but the hypothesis has not been directly tested by evaluating behavior and functional imaging before and after learning cross- modal associations. The results show that such learning changes both the perceived similarities amongst stimuli and the neural responses generated within ATL and perirhinal regions, providing novel support for the view that cross-modal learning leads to a representational change in these regions.

      This work has several strengths. It tackles an important question for current theories of object representation in the mind and brain in a novel and quite direct fashion, by studying how these representations change with cross-modal learning. As the authors note, little work has directly assessed representational change in ATL following such learning, despite the widespread view that ATL is critical for such representation. Indeed, such direct assessment poses several methodological challenges, which the authors have met with an ingenious experimental design. The experiment allows the authors to maintain tight control over both the familiarity and the perceived similarities amongst the shapes and sounds that comprise their stimuli so that the observed changes across sessions must reflect learned cross-modal associations among these. I especially appreciated the creation of physical objects that participants can explore and the approach to learning in which shapes and sounds are initially experienced independently and later in an associated fashion. In using multi-echo MRI to resolve signals in ventral ATL, the authors have minimized a key challenge facing much work in this area (namely the poor SNR yielded by standard acquisition sequences in ventral ATL). The use of both univariate and multivariate techniques was well-motivated and helpful in testing the central questions. The manuscript is, for the most part, clearly written, and nicely connects the current work to important questions in two literatures, specifically (1) the hypothesized role of the perirhinal cortex in representing/learning complex conjunctions of features and (2) the tension between purely embodied approaches to semantic representation vs the view that ATL regions encode important amodal/crossmodal structure.

      There are some places in the manuscript that would benefit from further explanation and methodological detail. I also had some questions about the results themselves and what they signify about the roles of ATL and the perirhinal cortex in object representation.

      We thank the reviewer for their positive feedback and address the comments in the below point-by-point responses.

      (A) I found the terms "features" and "objects" to be confusing as used throughout the manuscript, and sometimes inconsistent. I think by "features" the authors mean the shape and sound stimuli in their experiment. I think by "object" the authors usually mean the conjunction of a shape with a sound---for instance, when a shape and sound are simultaneously experienced in the scanner, or when the participant presses a button on the shape and hears the sound. The confusion comes partly because shapes are often described as being composed of features, not features in and of themselves. (The same is sometimes true of sounds). So when reading "features" I kept thinking the paper referred to the elements that went together to comprise a shape. It also comes from ambiguous use of the word object, which might refer to (a) the 3D- printed item that people play with, which is an object, or (b) a visually-presented shape (for instance, the localizer involved comparing an "object" to a "phase-scrambled" stimulus---here I assume "object" refers to an intact visual stimulus and not the joint presentation of visual and auditory items). I think the design, stimuli, and results would be easier for a naive reader to follow if the authors used the terms "unimodal representation" to refer to cases where only visual or auditory input is presented, and "cross-modal" or "conjoint" representation when both are present.

      We thank the reviewer for this suggestion and agree. We have replaced the terms “features” and “objects” with “unimodal” and “crossmodal” in the title, text, and figures throughout the manuscript for consistency (i.e., “crossmodal binding problem”). To simplify the terminology, we have also removed the localizer results.

      (B) There are a few places where I wasn't sure what exactly was done, and where the methods lacked sufficient detail for another scientist to replicate what was done. Specifically:

      (1) The behavioral study assessing perceptual similarity between visual and auditory stimuli was unclear. The procedure, stimuli, number of trials, etc, should be explained in sufficient detail in methods to allow replication. The results of the study should also minimally be reported in the supplementary information. Without an understanding of how these studies were carried out, it was very difficult to understand the observed pattern of behavioral change. For instance, I initially thought separate behavioral blocks were carried out for visual versus auditory stimuli, each presented in isolation; however, the effects contrast congruent and incongruent stimuli, which suggests these decisions must have been made for the conjoint presentation of both modalities. I'm still not sure how this worked. Additionally, the manuscript makes a brief mention that similarity judgments were made in the context of "all stimuli," but I didn't understand what that meant. Similarity ratings are hugely sensitive to the contrast set with which items appear, so clarity on these points is pretty important. A strength of the design is the contention that shape and sound stimuli were psychophysically matched, so it is important to show the reader how this was done and what the results were.

      We agree and apologize for the lack of sufficient detail in the original manuscript. We now include much more detail about the similarity rating task. The methodology and results of the behavioral rating experiments are now shown in Supplemental Figure S1. In Figure S1a, the similarity ratings are visualized on a multidimensional scaling plot. The triangular geometry for shape (blue) and sound (red) indicate that the subjective similarity was equated within each unimodal feature across individual participants. Quantitatively, there was no difference in similarity between the congruent and incongruent pairings in Figure S1b and Figure S1c prior to crossmodal learning. In addition to providing more information on these methods in the Supplemental Information, we also now provide a more detailed description of the task in the manuscript itself. For convenience, we reproduce these sections below.

      “Pairwise Similarity Task. Using the same task as the stimulus validation procedure (Supplemental Figure S1a), participants provided similarity ratings for all combinations of the 3 validated shapes and 3 validated sounds (each of the six features were rated in the context of every other feature in the set, with 4 repeats of the same feature, for a total of 72 trials). More specifically, three stimuli were displayed on each trial, with one at the top and two at the bottom of the screen in the same procedure as we have used previously27. The 3D shapes were visually displayed as a photo, whereas sounds were displayed on screen in a box that could be played over headphones when clicked with the mouse. The participant made an initial judgment by selecting the more similar stimulus on the bottom relative to the stimulus on the top. Afterwards, the participant made a similarity rating between each bottom stimulus with the top stimulus from 0 being no similarity to 5 being identical. This procedure ensured that ratings were made relative to all other stimuli in the set.”– pg. 28

      “Pairwise similarity task and results. In the initial stimulus validation experiment, participants provided pairwise ratings for 5 sounds and 3 shapes. The shapes were equated in their subjective similarity that had been selected from a well-characterized perceptually uniform stimulus space27 and the pairwise ratings followed the same procedure as described in ref 27. Based on this initial experiment, we then selected the 3 sounds from the that were most closely equated in their subjective similarity. (a) 3D-printed shapes were displayed as images, whereas sounds were displayed in a box that could be played when clicked by the participant. Ratings were averaged to produce a similarity matrix for each participant, and then averaged to produce a group-level similarity matrix. Shown as triangular representational geometries recovered from multidimensional scaling in the above, shapes (blue) and sounds (orange) were approximately equated in their subjective similarity. These features were then used in the four-day crossmodal learning task. (b) Behavioral results from the four-day crossmodal learning task paired with multi-echo fMRI described in the main text. Before crossmodal learning, there was no difference in similarity between shape and sound features associated with congruent objects compared to incongruent objects – indicating that similarity was controlled at the unimodal feature-level. After crossmodal learning, we observed a robust shift in the magnitude of similarity. The shape and sound features associated with congruent objects were now significantly more similar than the same shape and sound features associated with incongruent objects (p < 0.001), evidence that crossmodal learning changed how participants experienced the unimodal features (observed in 17/18 participants). (c) We replicated this learning-related shift in pattern similarity with a larger sample size (n = 44; observed in 38/44 participants). *** denotes p < 0.001. Horizontal lines denote the comparison of congruent vs. incongruent conditions. – Supplemental Figure S1

      (2) The experiences through which participants learned/experienced the shapes and sounds were unclear. The methods mention that they had one minute to explore/palpate each shape and that these experiences were interleaved with other tasks, but it is not clear what the other tasks were, how many such exploration experiences occurred, or how long the total learning time was. The manuscript also mentions that participants learn the shape-sound associations with 100% accuracy but it isn't clear how that was assessed. These details are important partly b/c it seems like very minimal experience to change neural representations in the cortex.

      We apologize for the lack of detail and agree with the reviewer’s suggestions – we now include much more information in the methods section. Each behavioral day required about 1 hour of total time to complete, and indeed, participants rapidly learned their associations with minimal experience. For example:

      “Behavioral Tasks. On each behavioral day (Day 1 and Day 3; Figure 2), participants completed the following tasks, in this order: Exploration Phase, one Unimodal Feature 1-back run (26 trials), Exploration Phase, one Crossmodal 1-back run (26 trials), Exploration Phase, Pairwise Similarity Task (24 trials), Exploration Phase, Pairwise Similarity Task (24 trials), Exploration Phase, Pairwise Similarity Task (24 trials), and finally, Exploration Phase. To verify learning on Day 3, participants also additionally completed a Learning Verification Task at the end of the session. – pg. 27

      “The overall procedure ensured that participants extensively explored the unimodal features on Day 1 and the crossmodal objects on Day 3. The Unimodal Feature and the Crossmodal Object 1-back runs administered on Day 1 and Day 3 served as practice for the neuroimaging sessions on Day 2 and Day 4, during which these 1-back tasks were completed. Each behavioral session required less than 1 hour of total time to complete.” – pg. 27

      “Learning Verification Task (Day 3 only). As the final task on Day 3, participants completed a task to ensure that participants successfully formed their crossmodal pairing. All three shapes and sounds were randomly displayed in 6 boxes on a display. Photos of the 3D shapes were shown, and sounds were played by clicking the box with the mouse cursor. The participant was cued with either a shape or sound, and then selected the corresponding paired feature. At the end of Day 3, we found that all participants reached 100% accuracy on this task (10 trials).” – pg. 29

      (3) I didn't understand the similarity metric used in the multivariate imaging analyses. The manuscript mentions Z-scored Pearson's r, but I didn't know if this meant (a) many Pearson coefficients were computed and these were then Z-scored, so that 0 indicates a value equal to the mean Pearson correlation and 1 is equal to the standard deviation of the correlations, or (b) whether a Fisher Z transform was applied to each r (so that 0 means r was also around 0). From the interpretation of some results, I think the latter is the approach taken, but in general, it would be helpful to see, in Methods or Supplementary information, exactly how similarity scores were computed, and why that approach was adopted. This is particularly important since it is hard to understand the direction of some key effects.

      The reviewer is correct that the Fisher Z transform was applied to each individual r before averaging the correlations. This approach is generally recommended when averaging correlations (see Corey, Dunlap, & Burke, 1998). We are now clearer on this point in the manuscript:

      “The z-transformed Pearson’s correlation coefficient was used as the distance metric for all pattern similarity analyses. More specifically, each individual Pearson correlation was Fisher z-transformed and then averaged (see 61).” – pg. 32

      (C) From Figure 3D, the temporal pole mask appears to exclude the anterior fusiform cortex (or the ventral surface of the ATL generally). If so, this is a shame, since that appears to be the locus most important to cross-modal integration in the "hub and spokes" model of semantic representation in the brain. The observation in the paper that the perirhinal cortex seems initially biased toward visual structure while more superior ATL is biased toward auditory structure appears generally consistent with the "graded hub" view expressed, for instance, in our group's 2017 review paper (Lambon Ralph et al., Nature Reviews Neuroscience). The balance of visual- versus auditory-sensitivity in that work appears balanced in the anterior fusiform, just a little lateral to the anterior perirhinal cortex. It would be helpful to know if the same pattern is observed for this area specifically in the current dataset.

      We thank the reviewer for this suggestion. After close inspection of Lambon Ralph et al. (2017), we believe that our perirhinal cortex mask appears to be overlapping with the ventral ATL/anterior fusiform region that the reviewer mentions. See Author response image 1 for a visual comparison:

      Author response image 1.

      The top four figures are sampled from Lambon Ralph et al (2017), whereas the bottom two figures visualize our perirhinal cortex mask (white) and temporal pole mask (dark green) relative to the fusiform cortex. The ROIs visualized were defined from the Harvard-Oxford atlas.

      We now mention this area of overlap in our manuscript and link it to the hub and spokes model:

      “Notably, our perirhinal cortex mask overlaps with a key region of the ventral anterior temporal lobe thought to be the central locus of crossmodal integration in the “hub and spokes” model of semantic representations.9,50 – pg. 20

      (D) While most effects seem robust from the information presented, I'm not so sure about the analysis of the perirhinal cortex shown in Figure 5. This compares (I think) the neural similarity evoked by a unimodal stimulus ("feature") to that evoked by the same stimulus when paired with its congruent stimulus in the other modality ("object"). These similarities show an interaction with modality prior to cross-modal association, but no interaction afterward, leading the authors to suggest that the perirhinal cortex has become less biased toward visual structure following learning. But the plots in Figures 4a and b are shown against different scales on the y-axes, obscuring the fact that all of the similarities are smaller in the after-learning comparison. Since the perirhinal interaction was already the smallest effect in the pre-learning analysis, it isn't really surprising that it drops below significance when all the effects diminish in the second comparison. A more rigorous test would assess the reliability of the interaction of comparison (pre- or post-learning) with modality. The possibility that perirhinal representations become less "visual" following cross-modal learning is potentially important so a post hoc contrast of that kind would be helpful.

      We apologize for the lack of clarity. We conducted a linear mixed model to assess the interaction between modality and crossmodal learning day (before and after crossmodal learning) in the perirhinal cortex as described by the reviewer. The critical interaction was significant, which is now clarified in the text as well as in the rescaled figure plots.

      “To investigate this effect in perirhinal cortex more specifically, we conducted a linear mixed model to directly compare the change in the visual bias of perirhinal representations from before crossmodal learning to after crossmodal learning (green regions in Figure 5a vs. 5b). Specifically, the linear mixed model included learning day (before vs. after crossmodal learning) and modality (visual feature match to crossmodal object vs. sound feature match to crossmodal object). Results revealed a significant interaction between learning day and modality in the perirhinal cortex (F1,775 = 5.56, p = 0.019, η2 = 0.071), meaning that the baseline visual shape bias observed in perirhinal cortex (green region of Figure 5a) was significantly attenuated with experience (green region of Figure 5b). After crossmodal learning, a given shape no longer invoked significant pattern similarity between objects that had the same shape but differed in terms of what they sounded like. Taken together, these results suggest that prior to learning the crossmodal objects, the perirhinal cortex had a default bias toward representing the visual shape information and was not representing sound information of the crossmodal objects. After crossmodal learning, however, the visual shape bias in perirhinal cortex was no longer present. That is, with crossmodal learning, the representations within perirhinal cortex started to look less like the visual features that comprised the crossmodal objects, providing evidence that the perirhinal representations were no longer predominantly grounded in the visual modality.” – pg. 13

      We note that not all effects drop in Figure 5b (even in regions with a similar numerical pattern similarity to PRC, like the hippocampus – also see Supplemental Figure S5 for a comparison for patterns only on Day 4), suggesting that the change in visual bias in PRC is not simply due to noise.

      “Importantly, the change in pattern similarity in the perirhinal cortex across learning days (Figure 5) is unlikely to be driven by noise, poor alignment of patterns across sessions, or generally reduced responses. Other regions with numerically similar pattern similarity to perirhinal cortex did not change across learning days (e.g., visual features x crossmodal objects in A1 in Figure 5; the exploratory ROI hippocampus with numerically similar pattern similarity to perirhinal cortex also did not change in Supplemental Figure S4c-d).” – pg. 14

      (E) Is there a reason the authors did not look at representation and change in the hippocampus? As a rapid-learning, widely-connected feature-binding mechanism, and given the fairly minimal amount of learning experience, it seems like the hippocampus would be a key area of potential import for the cross-modal association. It also looks as though the hippocampus is implicated in the localizer scan (Figure 3c).

      We thank the reviewer for this suggestion and now include additional analyses for the hippocampus. We found no evidence of crossmodal integrative coding different from the unimodal features. Rather, the hippocampus seems to represent the convergence of unimodal features, as evidenced by …[can you give some pithy description for what is meant by “convergence” vs “integration”?]. We provide these results in the Supplemental Information and describe them in the main text:

      “Analyses for the hippocampus (HPC) and inferior parietal lobe (IPL). (a) In the visual vs. auditory univariate analysis, there was no visual or sound bias in HPC, but there was a bias towards sounds that increased numerically after crossmodal learning in the IPL. (b) Pattern similarity analyses between unimodal features associated with congruent objects and incongruent objects. Similar to Supplemental Figure S3, there was no main effect of congruency in either region. (c) When we looked at the pattern similarity between Unimodal Feature runs on Day 2 to Crossmodal Object runs on Day 2, we found that there was significant pattern similarity when there was a match between the unimodal feature and the crossmodal object (e.g., pattern similarity > 0). This pattern of results held when (d) correlating the Unimodal Feature runs on Day 2 to Crossmodal Object runs on Day 4, and (e) correlating the Unimodal Feature runs on Day 4 to Crossmodal Object runs on Day 4. Finally, (f) there was no significant pattern similarity between Crossmodal Object runs before learning correlated to Crossmodal Object after learning in HPC, but there was significant pattern similarity in IPL (p < 0.001). Taken together, these results suggest that both HPC and IPL are sensitive to visual and sound content, as the (c, d, e) unimodal feature-level representations were correlated to the crossmodal object representations irrespective of learning day. However, there was no difference between congruent and incongruent pairings in any analysis, suggesting that HPC and IPL did not represent crossmodal objects differently from the component unimodal features. For these reasons, HPC and IPL may represent the convergence of unimodal feature representations (i.e., because HPC and IPL were sensitive to both visual and sound features), but our results do not seem to support these regions in forming crossmodal integrative coding distinct from the unimodal features (i.e., because representations in HPC and IPL did not differentiate the congruent and incongruent conditions and did not change with experience). * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001. Asterisks above or below bars indicate a significant difference from zero. Horizontal lines within brain regions in (a) reflect an interaction between modality and learning day, whereas horizontal lines within brain regions in reflect main effects of (b) learning day, (c-e) modality, or (f) congruency.” – Supplemental Figure S4.

      “Notably, our perirhinal cortex mask overlaps with a key region of the ventral anterior temporal lobe thought to be the central locus of crossmodal integration in the “hub and spokes” model of semantic representations.9,50 However, additional work has also linked other brain regions to the convergence of unimodal representations, such as the hippocampus51,52,53 and inferior parietal lobes.54,55 This past work on the hippocampus and inferior parietal lobe does not necessarily address the crossmodal binding problem that was the main focus of our present study, as previous findings often do not differentiate between crossmodal integrative coding and the convergence of unimodal feature representations per se. Furthermore, previous studies in the literature typically do not control for stimulus-based factors such as experience with unimodal features, subjective similarity, or feature identity that may complicate the interpretation of results when determining regions important for crossmodal integration. Indeed, we found evidence consistent with the convergence of unimodal feature-based representations in both the hippocampus and inferior parietal lobes (Supplemental Figure S4), but no evidence of crossmodal integrative coding different from the unimodal features. The hippocampus and inferior parietal lobes were both sensitive to visual and sound features before and after crossmodal learning (see Supplemental Figure S4c-e). Yet the hippocampus and inferior parietal lobes did not differentiate between the congruent and incongruent conditions or change with experience (see Supplemental Figure S4).” – pg. 20

      (F) The direction of the neural effects was difficult to track and understand. I think the key observation is that TP and PRh both show changes related to cross-modal congruency - but still it would be helpful if the authors could articulate, perhaps via a schematic illustration, how they think representations in each key area are changing with the cross-modal association. Why does the temporal pole come to activate less for congruent than incongruent stimuli (Figure 3)? And why do TP responses grow less similar to one another for congruent relative to incongruent stimuli after learning (Figure 4)? Why are incongruent stimulus similarities anticorrelated in their perirhinal responses following cross-modal learning (Figure 6)?

      We thank the author for identifying this issue, which was also raised by the other reviewers. The reviewer is correct that the key observation is that the TP and PRC both show changes related to crossmodal congruency (given that the unimodal features were equated in the methodological design). However, the structure of the integrative code is less clear, which we now emphasize in the main text. Our findings provide evidence of a crossmodal integrative code that is different from the unimodal features, and future studies are needed to better understand the structure of how such a code might emerge. We now more clearly highlight this distinction throughout the paper:

      “By contrast, perirhinal cortex may be involved in pattern separation following crossmodal experience. In our task, participants had to differentiate congruent and incongruent objects constructed from the same three shape and sound features (Figure 2). An efficient way to solve this task would be to form distinct object-level outputs from the overlapping unimodal feature-level inputs such that congruent objects are made to be orthogonal from the representations before learning (i.e., measured as pattern similarity equal to 0 in the perirhinal cortex; Figure 5b, 6, Supplemental Figure S5), whereas non-learned incongruent objects could be made to be dissimilar from the representations before learning (i.e., anticorrelation, measured as patten similarity less than 0 in the perirhinal cortex; Figure 6). Because our paradigm could decouple neural responses to the learned object representations (on Day 4) from the original component unimodal features at baseline (on Day 2), these results could be taken as evidence of pattern separation in the human perirhinal cortex.11,12 However, our pattern of results could also be explained by other types of crossmodal integrative coding. For example, incongruent object representations may be less stable than congruent object representations, such that incongruent objects representation are warped to a greater extent than congruent objects (Figure 6).” – pg. 18

      “As one solution to the crossmodal binding problem, we suggest that the temporal pole and perirhinal cortex form unique crossmodal object representations that are different from the distributed features in sensory cortex (Figure 4, 5, 6, Supplemental Figure S5). However, the nature by which the integrative code is structured and formed in the temporal pole and perirhinal cortex following crossmodal experience – such as through transformations, warping, or other factors – is an open question and an important area for future investigation. Furthermore, these anterior temporal lobe structures may be involved with integrative coding in different ways. For example, the crossmodal object representations measured after learning were found to be related to the component unimodal feature representations measured before learning in the temporal pole but not the perirhinal cortex (Figure 5, 6, Supplemental Figure S5). Moreover, pattern similarity for congruent shape-sound pairs were lower than the pattern similarity for incongruent shape-sound pairs after crossmodal learning in the temporal pole but not the perirhinal cortex (Figure 4b, Supplemental Figure S3a). As one interpretation of this pattern of results, the temporal pole may represent new crossmodal objects by combining previously learned knowledge. 8,9,10,11,13,14,15,33 Specifically, research into conceptual combination has linked the anterior temporal lobes to compound object concepts such as “hummingbird”.34,35,36 For example, participants during our task may have represented the sound-based “humming” concept and visually-based “bird” concept on Day 1, forming the crossmodal “hummingbird” concept on Day 3; Figure 1, 2, which may recruit less activity in temporal pole than an incongruent pairing such as “barking-frog”. For these reasons, the temporal pole may form a crossmodal object code based on pre-existing knowledge, resulting in reduced neural activity (Figure 3d) and pattern similarity towards features associated with learned objects (Figure 4b).” – pg. 18

      This work represents a key step in our advancing understanding of object representations in the brain. The experimental design provides a useful template for studying neural change related to the cross-modal association that may prove useful to others in the field. Given the broad variety of open questions and potential alternative analyses, an open dataset from this study would also likely be a considerable contribution to the field.

    2. eLife assessment

      The fMRI study is important because it investigates fundamental questions about the neural basis of multimodal binding using an innovative multi-day learning approach. The results provide solid evidence for learning-related changes in the anterior temporal lobe, however, the interpretation of these changes is not straightforward, and the study does not (yet) provide direct evidence for an integrative code. This paper is of potential interest to a broad audience of neuroscientists.

    3. Reviewer #1 (Public Review):

      This study used a multi-day learning paradigm combined with fMRI to reveal neural changes reflecting the learning of new (arbitrary) shape-sound associations. In the scanner, the shapes and sounds are presented separately and together, both before and after learning. When they are presented together, they can be either consistent or inconsistent with the learned associations. The analyses focus on auditory and visual cortices, as well as the object-selective cortex (LOC) and anterior temporal lobe regions (temporal pole (TP) and perirhinal cortex (PRC)). Results revealed several learning-induced changes, particularly in the anterior temporal lobe regions. First, the LOC and PRC showed a reduced bias to shapes vs sounds (presented separately) after learning. Second, the TP responded more strongly to incongruent than congruent shape-sound pairs after learning. Third, the similarity of TP activity patterns to sounds and shapes (presented separately) was increased for non-matching shape-sound comparisons after learning. Fourth, when comparing the pattern similarity of individual features to combined shape-sound stimuli, the PRC showed a reduced bias towards visual features after learning. Finally, comparing patterns to combined shape-sound stimuli before and after learning revealed a reduced (and negative) similarity for incongruent combinations in PRC. These results are all interpreted as evidence for an explicit integrative code of newly learned multimodal objects, in which the whole is different from the sum of the parts.

      The study has many strengths. It addresses a fundamental question that is of broad interest, the learning paradigm is well-designed and controlled, and the stimuli are real 3D stimuli that participants interact with. The manuscript is well written and the figures are very informative, clearly illustrating the analyses performed.

      There are also some weaknesses. The sample size (N=17) is small for detecting the subtle effects of learning. Most of the statistical analyses are not corrected for multiple comparisons (ROIs), and the specificity of the key results to specific regions is also not tested. Furthermore, the evidence for an integrative representation is rather indirect, and alternative interpretations for these results are not considered.

    4. Reviewer #2 (Public Review):

      Li et al. used a four-day fMRI design to investigate how unimodal feature information is combined, integrated, or abstracted to form a multimodal object representation. The experimental question is of great interest and understanding how the human brain combines featural information to form complex representations is relevant for a wide range of researchers in neuroscience, cognitive science, and AI. While most fMRI research on object representations is limited to visual information, the authors examined how visual and auditory information is integrated to form a multimodal object representation. The experimental design is elegant and clever. Three visual shapes and three auditory sounds were used as the unimodal features; the visual shapes were used to create 3D-printed objects. On Day 1, the participants interacted with the 3D objects to learn the visual features, but the objects were not paired with the auditory features, which were played separately. On Day 2, participants were scanned with fMRI while they were exposed to the unimodal visual and auditory features as well as pairs of visual-auditory cues. On Day 3, participants again interacted with the 3D objects but now each was paired with one of the three sounds that played from an internal speaker. On Day 4, participants completed the same fMRI scanning runs they completed on Day 2, except now some visual-auditory feature pairs corresponded with Congruent (learned) objects, and some with Incongruent (unlearned) objects. Using the same fMRI design on Days 2 and 4 enables a well-controlled comparison between feature- and object-evoked neural representations before and after learning. The notable results corresponded to findings in the perirhinal cortex and temporal pole. The authors report (1) that a visual bias on Day 2 for unimodal features in the perirhinal cortex was attenuated after learning on Day 4, (2) a decreased univariate response to congruent vs. incongruent visual-auditory objects in the temporal pole on Day 4, (3) decreased pattern similarity between congruent vs. incongruent pairs of visual and auditory unimodal features in the temporal pole on Day 4, (4) in the perirhinal cortex, visual unimodal features on Day 2 do not correlate with their respective visual-auditory objects on Day 4, and (5) in the perirhinal cortex, multimodal object representations across Days 2 and 4 are uncorrelated for congruent objects and anticorrelated for incongruent. The authors claim that each of these results supports the theory that multimodal objects are represented in an "explicit integrative" code separate from feature representations. While these data are valuable and the results are interesting, the authors' claims are not well supported by their findings.

      (1) In the introduction, the authors contrast two theories: (a) multimodal objects are represented in the co-activation of unimodal features, and (b) multimodal objects are represented in an explicit integrative code such that the whole is different than the sum of its parts. However, the distinction between these two theories is not straightforward. An explanation of what is precisely meant by "explicit" and "integrative" would clarify the authors' theoretical stance. Perhaps we can assume that an "explicit" representation is a new representation that is created to represent a multimodal object. What is meant by "integrative" is more ambiguous-unimodal features could be integrated within a representation in a manner that preserves the decodability of the unimodal features, or alternatively the multimodal representation could be completely abstracted away from the constituent features such that the features are no longer decodable. Even if the object representation is "explicit" and distinct from the unimodal feature representations, it can in theory still contain featural information, though perhaps warped or transformed. The authors do not clearly commit to a degree of featural abstraction in their theory of "explicit integrative" multimodal object representations which makes it difficult to assess the validity of their claims.

      (2) After participants learned the multimodal objects, the authors report a decreased univariate response to congruent visual-auditory objects relative to incongruent objects in the temporal pole. This is claimed to support the existence of an explicit, integrative code for multimodal objects. Given the number of alternative explanations for this finding, this claim seems unwarranted. A simpler interpretation of these results is that the temporal pole is responding to the novelty of the incongruent visual-auditory objects. If there is in fact an explicit, integrative multimodal object representation in the temporal pole, it is unclear why this would manifest in a decreased univariate response.

      (3) The authors ran a neural pattern similarity analysis on the unimodal features before and after multimodal object learning. They found that the similarity between visual and auditory features that composed congruent objects decreased in the temporal pole after multimodal object learning. This was interpreted to reflect an explicit integrative code for multimodal objects, though it is not clear why. First, behavioral data show that participants reported increased similarity between the visual and auditory unimodal features within congruent objects after learning, the opposite of what was found in the temporal pole. Second, it is unclear why an analysis of the unimodal features would be interpreted to reflect the nature of the multimodal object representations. Since the same features corresponded with both congruent and incongruent objects, the nature of the feature representations cannot be interpreted to reflect the nature of the object representations per se. Third, using unimodal feature representations to make claims about object representations seems to contradict the theoretical claim that explicit, integrative object representations are distinct from unimodal features. If the learned multimodal object representation exists separately from the unimodal feature representations, there is no reason why the unimodal features themselves would be influenced by the formation of the object representation. Instead, these results seem to more strongly support the theory that multimodal object learning results in a transformation or warping of feature space.

      (4) The most compelling evidence the authors provide for their theoretical claims is the finding that, in the perirhinal cortex, the unimodal feature representations on Day 2 do not correlate with the multimodal objects they comprise on Day 4. This suggests that the learned multimodal object representations are not combinations of their unimodal features. If unimodal features are not decodable within the congruent object representations, this would support the authors' explicit integrative hypothesis. However, the analyses provided do not go all the way in convincing the reader of this claim. First, the analyses reported do not differentiate between congruent and incongruent objects. If this result in the perirhinal cortex reflects the formation of new multimodal object representations, it should only be true for congruent objects but not incongruent objects. Since the analyses combine congruent and incongruent objects it is not possible to know whether this was the case. Second, just because feature representations on Day 2 do not correlate with multimodal object patterns on Day 4 does not mean that the object representations on Day 4 do not contain featural information. This could be directly tested by correlating feature representations on Day 4 with congruent vs. incongruent object representations on Day 4. It could be that representations in the perirhinal cortex are not stable over time and all representations-including unimodal feature representations-shift between sessions, which could explain these results yet not entail the existence of abstracted object representations.

      In sum, the authors have collected a fantastic dataset that has the potential to answer questions about the formation of multimodal object representations in the brain. A more precise delineation of different theoretical accounts and additional analyses are needed to provide convincing support for the theory that "explicit integrative" multimodal object representations are formed during learning.

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Reviewer #1 (Recommendations for The Authors):

      To hopefully contribute to more strongly support the conclusions of the manuscript, I am including a series of concerns regarding the experiments, as well as some recommendations that could be followed to address these issues:

      (1) The Q-nMT bundle is largely unaffected by the nocodazole treatment in most phases during its formation. However, cells were only treated with nocodazole for a very short period of time (15 min). Have the authors analyzed Q-nMT stability after longer nocodazole exposures? Is a similar treatment enough to depolymerize the mitotic spindle? This result could be further substantiated by treatment with other MT-depolymerizing agents. Furthermore, the dynamicity of the Q-nMT bundle could be ideally also assessed by other techniques, such as FRAP.

      The experiments suggested by the reviewer have been published in our previous paper (Laporte et al, JCB 2013). In this previous study, we presented data demonstrating the resistance of the Q-nMT bundle to several MT poisons: TBZ, benomyl, MBC (Sup Fig 2D) and to an increasing amount of nocodazole after a 90 min treatment (Sup Fig2E). These published figures are provided below.

      Author response image 1.

      The nMT array contains highly stable MTS. (A) Variation Of nuclear MT length in function Of time (second) in proliferating cells. Cells express GFP•Tubl (green) and Nup2•RFP (red). Bars, 2 pm. N = l, n is indicated. (B) Variation of the nMT array length in function of time measured for BirnlGFP—expressing cells In = 161, for 6-d•old Dad2GFP—expressing cells In = 171, for Stu2GFP—expressing cells (n = 17), and 6•d-old Nuf2• GFP—expressing cells (n = 17). Examples Of corresponding time lapse are shown. Time is in minutes experiments). Bar, 2 pm. (CJ Nuf2•GFP dots detected along nMT array (arrow) are immobile. Several time lapse images of cells are shown. Time is in minutes. gar, 2 pm _ MT organizations in proliferating cells and 4-d•old quiescent cells before and after a 90-min treatment With indicated drugs. Bar, 2 pm. (E) MT organizations in Sci-old quiescent cells before and after a 90min treatment With increasing concentrations Of nocodazole.

      In the same article, we showed that Q-nMT bundles resist a 3h nocodazole treatment, while all MT structures assembled in proliferating cells, including mitotic spindle, vanished (see Fig 2E below). In addition, in our previous article, FRAP experiments were provided in Fig 2D.

      Author response image 2.

      The nuclear array is composed of stable MTS. Variation of the length in function of time of (A) aMTs in proliferating cells, (B) nMT array in quiescent cells (7 d), and the two MT structures in early quiescent cells (4 d). White arrows point ot dynamic aMTs. In A—C, N = 2, n is indicated ID) FRAP on 7-d-old quiescent cells. White arrows point to bleach areas. Error bars are SEM. In A—D. time is in seconds. (E) nMT array is not affected by nocodazole treatment. Before and various times after carbon exhaustion (red dashed line), cells were incubated for 3 h with 22.5 pg/pL nocodozole and then imaged. The corresponding control experiment is shown in Fig I A. In all panels, cells expressing GFP-TtJbl (green) and Nup2-RFP (red) are shown; bars, 2 pm.

      This previous study was mentioned in the introduction and is now re-cited at the beginning of the results section (line 107-108).

      As expected from our previous study, when proliferating cells were treated with Noc (30 µg/ml) in the same conditions as in Fig1, most of the short and the long mitotic spindles vanished after a 15 min treatment as shown in the graph below.

      Author response image 3.

      Proliferating cells expressing NOf2=GFP and mTQZ-TUb1 (00—2) were treated or not With NOC (30vgfmI) for 15 min.% Of cells With detectable MT and representative cells are shown. Khi-teet values are indicated. Bar: 2 pm,

      (2) The graph in Figure 1B is somewhat confusing. Is the X-axis really displaying the length of the MTs as stated in the legend? If so, one would expect to see a displacement of the average MT length of the population as cells progress from phase II to phase III, as previously demonstrated in Figure 1A. Likewise, no data points would be anticipated for those phases in which the MT length is 0 or close to 0. Moreover, when the length of half pre-anaphase mitotic spindle was measured as a control, how can one get MT lengths that are equal or close to 0 in these cells? The length of the pre-anaphase spindle is between 2-4 um, so MT length values should range from 1 to 2 um if half the spindle is measured.

      The graph in Fig1B represents the fluorescence intensity (a proxy for the Q-nMT bundle thickness) along the Q-nMT bundle length.

      Fluorescence intensity is measured along a “virtual line” that starts 0,5 µm before the extremity of the QnMT bundle that is in contact with the SPB. In other words, we aligned all intensity measurements at the fluorescence increasing onset on the SPB side. We arbitrarily set the ‘zero’ at 0,5um before the fluorescence increased onset. That is why the fluorescence intensity is zero between 0 and 0,5 µm – The X-axis represents this virtual line, the 0 being set 0,5 µm before the Q-nMT bundle extremity on the SPB side. This virtual line allows us to standardize our “thickness” measurements for all Q-nMT bundles.

      Using this standardization, it is clear that the length of the Q-nMT bundles increased from phase II to III (see the red arrow). Yet, as in phase II, Q-nMT bundles are not yet stable, their lengths are shorter in phase II than in phase II after a Noc treatment (compare the end of the orange line and the end of the blue line in phase II).

      Author response image 4.

      This is now explained in details in the Material and Methods section (line 539-545).

      This is the same for the inset of Fig 1B and in Sup Fig 1A, in which we measured fluorescence intensity along the halfmitotic spindle just as we did for MT bundle. The X-axis represent a virtual line along the mitotic spindle, starting 0,5 µm before the SBP spindle extremity.

      Author response image 5.

      (3) Microtubules seem to locate next to or to extend beyond the nucleus in the control cells (DMSO) in Figure 1H. Since both nuclear MTs and cytoplasmic MTs emanate from the SPBs, it would have been desirable to display the morphology of the nucleus when possible. Moreover, since the nucleus is a tridimensional structure, it would also be advisable to image different Z-sections.

      Analysis demonstrating that Q-nMT bundles are located inside the nucleus have been provided in our previous paper (Laporte et al, JCB 2013). In this article most of the images are maximal projections of Z-stacks in which the nuclear envelope is visualized via Nup2-RFP (see Fig1 of Laporte et al, JCB 2013 as an example below).

      Author response image 6.

      MTsare organized as a nuclear array in quiescent cells. (A) MT reorganization upon quiescence entry. Cells expressing GFP-Tub1 (green) and Nup2RFP (red) are shown. Glucose exhaustion is indicated as a red dashed line. Quiescent cells dl expressing Tub I-RFP and either Spc72GFP,

      In Laporte et al, JCB 2013, we also provided EM analysis both in cryo and immune-gold (Fig 1E below).

      Author response image 7.

      (top) or coexpr;sse8 with Tub I-RFP (bottom). Arrows point dot along the nMT array. Bars: (A—C)) 2 pm. (E) AMT arroy visualized in WT cells by EMI Yellow arrows, MTS; red arrowheads, nuclear membrane; pink arrow, SPB. Insets: nMT cut transversally. Bar, 100 nm.

      (4) Movies depicting the process of Q-nMT bundle formation in live cells would have been really informative to more precisely evaluate the MT dynamics. Likewise, together with still images (Fig 1D and Supp. Fig. 1D), movies depicting the changes in the localization of Nuf2-GFP would have further facilitated the analysis of this process.

      In a new Sup Fig 1E, we now provide images of Q-nMT bundle formation initiation in phase I, in which it can be observed that Nuf2-GFP accompanies the growth of MT (mTQZ-TUB1) at the onset of Q-nMT bundle formation. Unfortunately, it is technically very challenging to follow the entire process of Q-nMT bundle formation in individual cells, as it takes > 48h. Indeed, for movies longer than 24h, on both microscope pads or specific microfluidic devices (Jacquel, et al, eLife 2021), phototoxicity and oxygen availability become problematic and affect cells’ viability.

      (5) Western blot images displaying the relative protein levels for mTQZ-Tub1 and of the ADH2 promoter-driven mRuby-Tub1 at the different time points should be included to more strongly support the conclusion that new tubulin molecules are introduced in the Q-nMT bundle only after phase I. It is worth noting, in this sense, that the percentage of cells with 2 colors Q-nMT bundle is analyzed only 1 hour after expression of mRuby-Tub1 was induced for phase I cells, but after 24 hours for phase II cells.<br /> We have modified Fig 1F and now provide images of cells after 3, 6 and 24h after glucose exhaustion and the corresponding percentage of cells displaying Q-nMT bundle with the two colors. We also now provide a western blot in Sup Fig 1H using specific antibodies against mTQZ (anti-GFP) and mRuby (anti-RFP).

      (6) In order to demonstrate that Q-nMT formation is an active process induced by a transient signal and that the Q-nMT bundle is required for cell survival, the authors treated cells with nocodazole for 24 h (Fig 1H and Supp Fig 1K). Both events, however, could be associated with the toxic effects of the extremely prolonged nocodazole treatment leading to cell death.

      We have treated 5 days old cells for 24h with 30 µg/ml Noc. We then washed the drug and transferred the cells into a glucose free medium. We then followed both cell survival, using methylene blue, and the cell’s capacity to form a colony after refeeding. In these conditions, we did not observe any toxic effect of the nocodazole. This result is now provided in Sup Fig 1L and discussed line 172-176.

      (7) The "Tub1-only" mutant displays shorter but stable Q-nMT bundles in phase II, although they are thinner than in wild-type cells. What happens in the "Tub3-only" mutant, which also has beta-tubulin levels similar to wild-type cells (Supp. Fig. 2B)?

      In order to measure Q-nMT bundle length and thickness, we used Tub1 fused to GFP. This cannot be done in a Tub3-only mutant. Yet, we have measured Q-nMT bundle length in Tub3-only cells using Bim1-3GFP as a MT marker (as in Laporte et al, JCB 2013). As shown in the figure below, Q-nMT bundles were shorter in Tub3-only cells than in WT cells whatever the phase.

      Author response image 8.

      We do not know if this effect is directly linked to the absence of Tub1 or if it is very indirect and for example due to the fact that Tub1 and Tub3 interact differently with Bim1 or other proteins that are involved in Q-nMT bundle stabilization. As we cannot give a clear interpretation for that result, we decided not to present those data in our manuscript.

      (8) Why were wild-type and ndc80-1 cells imaged after a 20 min nocodazole treatment to evaluate the role of KT-MT attachments in Q-nMT bundle formation (Fig 3A)? Importantly, this experiment is also missing a control in which Q-nMT length is analyzed in both wild-type and ndc80-1 cells at 25ºC instead of 37ºC.

      In this experiment, we used nocodazole to test both the formation and the stability of the Q-nMT bundle. Fig 3A shows MT length distribution in WT (grey) and ndc80-1 (violet) cells expressing mTQZTub1 (green) and Nuf2-GFP (red), shifted to 37 °C at the onset of glucose exhaustion and kept at this non-permissive temperature for 12 or 96 h then treated with Noc. The control experiment was provided in Sup Fig 3B. Indeed, this figure shows MT length in WT (grey) and ndc80-1 (violet) expressing mTQZ-Tub1 (green) and Nuf2-GFP (red) grown for 4 d (96h) at 25 °C, and treated or not with Noc. This is now indicated in the text line 216 and in the figure legend line 976

      Author response image 9.

      (9) As a general comment linked to the previous concern, it is striking that in many instances, Q-nMT bundle length is measured after nocodazole treatment without any evident reason to do this and without displaying the results in untreated cells as a control. If nocodazole is used, the authors should explicitly indicate it and state the reason for it.

      We provide control experiments without nocodazole for all of the figures. For the sake of figure clarity, for Fig.3A the control without the drug is in Sup. Fig. 3B, for Fig. 3B it is shown in Sup. Fig. 3D, for Fig. 4B, it is shown in Sup. Fig 4A. This is now stated in the text and in the figure legend: for Fig. 3A: line 216 and in the figure legend line 976; for Fig. 3B: line 222 and figure legend line 984; for Fig. 4B: line 280 and in the figure legend line 1017.

      The only figures where the untreated cells are not shown is for Fig 1D since the goal of the experiment is to make dynamic MTs shorten.

      In Fig. 5C and Sup. Fig. 5D to F, we used nocodazole to get rid of dynamic cytoplasmic MTs that form upon quiescence exit in order to facilitate Q-nMT bundle measurement. This was explained in our previous study (Laporte et al, JCB 2013). We now mention it in the figure legends, see for example Fig. 5 legend line 1054.

      (10) Ipl1 inactivation using the ipl1-1 thermosensitive allele impedes Q-nMT bundle formation. The inhibitor-sensitive ipl1-as1 allele could have been further used to show whether this depends on its kinase activity, also avoiding the need to increase the temperature, which affects MT dynamics. As suggested, we have used the ipl1-5as allele. We have thus modified Fig 3B and now show that is it indeed the Ipl1 kinase activity that is required for Q-nMT bundle formation initiation (line 222). In any case, it is surprising that deletion of SLI15 does not affect Q-nMT formation (in fact, MT length is even larger), despite the fact that Sli15, which localizes and activates Ipl1, is present at the Q-nMT (Fig 3C). Likewise, deletion of BIR1 has barely any effect on MT length after 4 days in quiescence (Fig 3D). Do the previous observations mean that Ipl1 role is CPC-independent? Does the lack of Sli15 or Bir1 aggravate the defect in Q-nMT formation of ipl1-1 cells at non-permissive or semi-permissive temperature?

      Thanks to the Reviewer’s comments, we have re-checked our sli15Δ strain and found that it was accumulating suppressors very rapidly. To circumvent this problem, we utilized the previously described sli15-3 strain (Kim et al, JCB 1999). We found that sli15-3 was synthetic lethal with both ipl1-1, ipl1-2 (as described in Kim et al, JCB 1999) and with ipl1-as5, preventing us from addressing the CPC dependence of the Ipl1 effect asked by the Reviewer. However, using the sli15-3 strain, we now show that inactivation of Sli15 upon glucose exhaustion does prevent Q-nMT bundle formation (See new Sup Fig 3F and the text line 226-227).

      (11) Lack of both Bir1 and Bim1 act in a synergistic way with regard to the defect in Q-nMT bundle formation. Although the absence of both Sli15 and Bim1 is proposed to lead to a similar defect, this is not sustained by the data provided, particularly in the absence of nocodazole treatment (Supp. Fig 3E).

      Deletion of bir1 alone has only a subtle effect on Q-nMT bundle length in the absence of Noc, yet in bir1Δ cells, Q-nMT bundles are sensitive to Noc. Deletion of BIM1 (bim1Δ) aggravates this phenotype (Fig. 3D). As mentioned above, Q-nMT bundle formation is impaired in sli15-3 cells. In our hands, and as expected from (Zimnaik et al, Cur Biol 2012), this allele is synthetic lethal with bim1Δ.

      On the other hand, the simultaneous lack of Bir1 and Bim1 drastically reduces the viability of cells in quiescence and this is proposed to be evidence supporting that KT-MT attachments are critical for QnMT bundle assembly (Supp Fig 3G). However, similarly to what was indicated previously for the 24 h nocodazole treatment, here again, the lack of viability could be originated by other reasons that are associated with the lack of Bir1 and Bim1 and not necessarily with problems in Q-nMT formation. In fact, the viability defect of cells lacking Bir1 and Bim1 is similar to that of cells only lacking Bir1 (Supp Fig 3G).

      We have previously shown that many mutants impaired for Q-nMT bundle formation (dyn1Δ, nip100Δ etc) have a reduced viability in quiescence (Laporte et al, JCB 2013). In the current study, a very strong phenotype is observed for other mutants impaired for Q-nMT bundle formation such as bim1Δ bir1Δ cells, but also for slk19Δ bim1Δ.

      Importantly, as shown in the new Sup Fig 1L, in WT cells treated with Noc upon entry into quiescence, a treatment that prevents Q-nMT formation, showed a reduced viability, while a Noc treatment that does not affect Q-nMT bundle formation, i.e. a treatment in late quiescence, has no effect on cell survival. This solid set of data point to a clear correlation between the ability of cells to assemble a Q-nMT bundle and their ability to survive in quiescence. Yet, of course, we cannot formally exclude that in all these mutants, the reduction of cell viability in quiescence is due to another reason.

      (12) Both Mam1 and Spo13 are, to my knowledge, meiosis-specific proteins. It is therefore surprising that mutants in these proteins have an effect on MT bundle formation (Fig 3G-H, Supp. Fig. 3G). Are Mam1 and Spo13 also expressed during quiescence? Transcription of MAM1 or SPO13 does not seem to be induced by glucose depletion in previously published microarray experiments, but if Mam1 are Spo13 are expressed in quiescent cells, the authors should show this together with their results.<br /> Indeed, it is interesting to notice that Mam1 and Spo13 are involved in both meiosis and Q-nMT bundle formation. As suggested by the Reviewer we have performed western blots in order to address the expression of those proteins in proliferation and quiescence (4d). We tagged Spo13 with either GFP, HA or Myc but none of the fusion proteins were functional. Yet, as shown in the new Sup Fig 3I, Mam1-GFP, Csm1-GFP and Lsr4-GFP were expressed both in proliferation and quiescence.

      (13) In the laser ablation experiments that demonstrate that KT-MT attachments are not needed in order to maintain Q-nMT bundles once formed, anaphase spindles of proliferating cells were cut as a control (Supp. Fig 3I). However, late anaphase cells have already segregated the chromosomes, which lie next to the SPBs (this can be evidenced by looking at Dad2-GFP localization in Supp. Fig 3I), so that only interpolar MTs are severed in these experiments. The authors should have instead used metaphase cells as a control, since chromosomes are maintained at the spindle midzone and the length and width of the metaphase spindle is more similar to that of the Q-nMT bundle.

      We have tried to “cut” short metaphase spindles, but as they are < 1 µm, after the laser pulse, it is difficult to verify that spindles are indeed cut and not solely “bleached”. Furthermore, after the cut, the remaining MT structure that is detectable is very short, and we are not confident in our length measurements. Yet, this type of experiment has been done in S. pombe (Khodjakov et al, Cur Biol 2004 and Zareiesfandabadi et al, Biophys. J. 2022). In these articles the authors have demonstrated that after a cut, metaphase spindles are unstable and rapidly shrink through the action of Kinesin14 and dynein. This is now mentioned in the text line 265.

      (14) In the experiment that shows that cycloheximide prevents Q-nMT disassembly after quiescence exit, and therefore that this process requires de novo protein synthesis (Fig. 5A), cells are indicated to express only Spc42-RFP and Nuf2-GFP. However, Stu2-GFP images are also shown next to the graph and, according to the figure legend, it was indeed Stu2-GFP that was used to measure individual QnMT bundles in cells treated with cycloheximide. In the graph, additionally, time t=0 represents the onset of MT bundle depolymerization, but Q-nMT bundle disassembly does not take place after cycloheximide treatment. The authors should clarify these aspects of the experiment.

      Following the Reviewer’s suggestion, to clarify these aspects we have split Fig. 5A into 2 panels.

      Finally, some minor issues are:

      (1) The text should be checked for proper spelling and grammar.

      We have done our best.

      (2) In some instances, there is no indication of how many cells were imaged and analyzed.

      We now provide all these details either in the figure itself or in the figure legend.

      (3) Besides the Q-nMT bundle, it is sometimes noticeable an additional strong cytoplasmic fluorescent signal in cells that express mTQZ-Tub1 and/or mRuby-Tub1 (e.g., Figs 1F, 1H and, particularly, Supp Fig 1H). What is the nature of these cytoplasmic MT structures?

      We did mention this observation in the material and methods section (see line 526-528). This signal is a background fluorescence signal detected with our long pass GFP filter. It is not GFP as it is “yellowish” when we view it via the microscope oculars. This background signal can also be observed in quiescent WT cells that do not express any GFP. We do not know what molecule could be at the origin of that signal but it may be derivative of an adenylic metabolite that accumulates in quiescence and could be fluorescent in the 550nm –ish wavelength, but this is pure speculation.

      (4) It is remarkable that a 20-30% decrease in tubulin levels had such a strong impact on the assembly of the Q-nMT bundle (Supp. Fig. 2). Can this phenotype be recovered by increasing the amount of tubulin in the mutants impaired for tubulin folding?

      Yes, this is astonishing, but we believe our data are very solid since we observed that with both tub3Δ and in all the tubulin folding mutants we have tested (See Sup. Fig. 2). To answer Reviewer’s question, we would need to increase the amount of properly folded tubulin, in a tubulin folding mutant. One way to try to do that would be to find suppressors of GIM mutations, but this is a lengthy process that we feel would not add much strength to this conclusion.

      (5) The graphs displaying the length of the Q-nMT bundle in several mutants in microtubule motors throughout a time course are presented in a different manner than in previous experiments, with data points for individual cells being only shown for the most extreme values (Fig 4C, 4H). It would be advisable, for the sake of comparison, to unify the way to represent the data.

      We have now unified the way we present our figures.

      (6) How was the exit from quiescence established in the experiments evaluating Q-nMT disassembly? How synchronous is quiescence exit in the whole population of cells once they are transferred to a rich medium?

      We set the “zero” time upon cell refeeding with new medium. In fact, quiescence exit is NOT synchronous. We have reported this in previous publications, with the best description of this phenomena being in Laporte et al, MIC 2017 . <br /> The figures below are the same data but on the left graph, the kinetic is aligned upon SPB separation onset, while on the right graph (Fig 5A), it is aligned on MT shrinking onset.

      Author response image 10.

      We can add this piece of data in a Sup Figure if the Reviewer believes it is important.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      General:

      • In general, more precise language that accurately describes the experiments would improve the text. <br /> We have tried to do our best to improve the text.

      • The authors should clearly define what they mean by an active process and provide context to support this statement regarding the Q-nMT.

      We have strived to clarify this point in the text (see paragraph form line 146 to 178).

      • It is reasonable to assume that structures composed of microtubules are dynamic during the assembly process. The authors should clarify what they mean by "stable by default i.e., intrinsically stable." Do they mean that when Q-nMT assembly starts, it will proceed to completion regardless of a change in condition?

      We mean that in phase I the Q-nMT bundle is stabilized as it grows and that stabilization is concomitant with polymerization. By contrast, MTs polymerized during phase II are not stabilized upon elongation beyond the phase I polymer, and get stabilized later, in a separate phase (i.e. in phase III). We hope to have clarified this point in the text (see line 108-110).

      • In lines 33-34, the authors claim that the Q-nMT bundle functions as a "sort of checkpoint for cell cycle resumption." This wording is imprecise, and more significantly the authors do not provide evidence supporting a direct role for Q-nMT in a quiescence checkpoint that inhibits re-entry into the cell cycle.

      We have softened and clarified the text in the abstract (see line 29-30)., in the introduction (line 101104), in the result section (line 331-332) and in the discussion (line 426-430).

      • Many statements are qualitative and subjective. Quantitative statements supported by the results should be used where possible, and if not possible restated or removed.

      We provide statistical data analysis for all the figures.

      • The number of hours after glucose exhaustion used for each phase varies between assays. This is likely a logistical issue but should be explained.

      This is indeed a logistical issue and when pertinent, it is explained in the text.

      • It would be interesting to address how this process occurs in diploids. Do they form a Q-nMT? How does this relate to the decision to enter meiosis?

      Diploid cells enter meiosis when they are starved for nitrogen. Upon glucose exhaustion diploids do form a Q-nMT bundle. This is shown and measured in the new Sup Fig1C. In fact, in diploids, Q-nMT bundles are thicker than in haploid cells.

      • It would be interesting to address how the timescale of this process compares to the types of nutrient stress yeast would be exposed to in the environment.

      We have transferred proliferating yeast cells to water, to try to mimic what could happen when yeast cells face rain in the wild. As shown below, they do form a Q-nMT bundle that becomes nocodazole resistant after 30h. This data is now provided in the new Sup Fig 1D.

      • It is recommended that the authors use FRAP experiments to directly measure the stability of the QnMT bundles.

      This experiment was published in (Laporte et al, 2013). Please see response to Reviewer #1.

      • In many cases, the description of the experimental methods lacks sufficient detail to evaluate the approach or for independent verification of results.

      We have strived to provide a more detailed material and methods section, as well as more detailed figure legends and statistical informations.

      Specific comments on figures:

      • In Figure 1 c), what do the polygons represent? They do not contain all the points of the associated colour.

      The polygon represented the area of distribution of 90% of the data points. As they did not significantly add to the data presentation they have been removed.

      • In Figure 2 a), is the use of two different sets of markers to control for the effect of the markers on microtubule dynamics?

      Yes, we are always concerned about the influence of GFP on our results, so very often we replicate our experiments with different fluorescent proteins or even with different proteins tagged with GFP. This is now mentioned in the text (line 184-186).

      • Is it accurate to say (line 201, figure 3 a)) that no Q-nMT bundles were detected in ndc80-1 cells shifted to 37 degrees, or are they just shorter?

      As shown in Fig 3A, in ndc80-1 cells, most of the MT structures that we measured are below 0,5um. This has been re-phrased in the text (line 214-215).

      • Lines 265-269, figure 4 b), how can the phenotype observed in cin8∆ cells be explained given the low abundance of Cin8 that is detected in quiescent cells?

      Faint fluorescence signal is not synonymous of an absence of function. As shown in Sup Fig 4B, we do detect Cin8-GFP in quiescent cells.

      • Quantification is needed in Figure 4 panels c) and h).

      Fig 4C and 4H have been changed and quantification are provided in the figure legend.

      Reviewer #3 (Recommendations For The Authors):

      A few points should be addressed for clarity:

      (1) Sup. Fig. 1K: are only viable cells used for the colony-forming assay? How were these selected? If not, the assay would just measure survival (as in the viability assay).

      Yes, only viable cells were selected for the colony forming assay. We used methylene blue to stain dead cells. Then, we used a micromanipulation instrument (Singer Spore Play) that is commonly used for tetrad dissection to select “non blue cells” and position them on a plate (as we do with spores). Each micromanipulated cell is then allowed to grow on the plate and we count colonies (see picture in Sup Fig 1L right panel). This was described in Laporte et al, JCB 2011. We have added that piece of information in the legend (line 1129-1130) and in the M&M section (line 580-586).

      (2) Could Tub3 have a role in phase I? It is not clear why the authors conclude involvement only in phase II.

      As it can be seen in Fig 2D, MT bundle length and thickness are quite similar in WT and Tub1-only cells in phase I, indicating that the absence of Tub3 as no effect in phase I. In Tub1-only cells, MT bundles are thinner in both phase II and phase III, yet, they get fully stabilized in phase III. Thus, the effect of Tub3 is largely specific to the nucleation/elongation of phase II MTs. We hope to have clarified that point in the text (line 203-207).

      (3) Quantifications, statistics: for all quantifications, the authors should clearly state the number of experiments (replicates), and number of cells used in each, and what number was used for statistics. For all quantifications in cells, it seems that the values from the total number of cells across different experiments were plotted and used for statistics. This is not very useful and results in extremely small p values. I assume that the values for individual cells were obtained from multiple, independent experiments. Unless there are technical limitations that allow only a very small sample size (not the case here for most experiments), for experiments involving treatments the authors should determine values for each experiment and show statistics for comparison between experiments rather than individual cells pooled from multiple experiments.

      All the experiments have been done at least in replicate. In the new Fig. 1A, we now display each independent experiment with a specific color code. For Fig 2B and 2C we now provide the data obtained for each separate experiment in Sup Fig 2C. Additional details about quantifications and statistics are provided in the M&M section or in the specific figure legends.

    1. Don Quixote's moral code arises from a narcissistic pursuit kleos based on the outdated notion of chivalry. Here, Don Quixote assumes that the farmer will abide by his orders because of an outdated notion of knightly chivalry. However, as soon as Don Quixote leaves, the farmer continues abusing Andres–even intensifying it to spite Don Quixote. This shows that simply abiding by a moral system, individually, doesn't mean that others follow that system which makes Don Quixote's pursuit of justice futile seeing as people will just continue their previous behavior as soon as Don Quixote leaves. This is an example of Don Quixote's narcissism since he believes that everyone abides by knightly chivalry just because he does, and he assumes that his influence is so strong that others will automatically abide by his instructions out of fear. However, that moral system is not compatible with the society Don Quixote lives in, and his reputation is simply not large enough to force compliance with his orders, as shown with this farmer.

      I totally agree. My reading of DQ so far is that his misunderstanding of the situations he finds himself in, be they hallucinations or poor judgement, reflect a greater personification of attitudes toward shifts in European societal structures and the almost melancholy undertones of change. Don Quixote is at once an individualist and someone seeking public recognition. However nuclear his views, he propounds a far simpler perspective that is no doubt appealing to men who feel their only outlet of power is to gain kleos through physical prowess and courtly love.

    1. The increment-after-release model makes sense for branching too. Suppose you have a mainline development branch, and you create maintenance branches for releases. The moment you create your release branch, your development branch is no longer linked to that release's version number. The development branch contains code that is part of the next release, so the version should reflect that.
    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      First, we would like to thank you and all the reviewers for acknowledging the meaningful contribution of our manuscript to the field. Your useful comments helped us improve the manuscript's quality. We understood the key issues of the manuscript were the quantification of inference accuracy and applicability to methylome data. We here therefore present a revised version of the manuscript addressing all major comments.

      For each demographic inference we have added the root mean square error as demanded by the reviewers. These results confirm the previous interpretation of the graphs especially in recent times. We also added TMRCA inference analysis as requested by one reviewer as a proof of principle that integrating multiple markers can improve ARG inference.

      The discussion was rewritten to further discuss the challenges of application to empirical methylation data. We clarify that in the case epimutations are well understood and modelled, they can be integrated into a SMC framework to improve the approaches accuracy. When epimutations are not well understood, our approach can help understand the epimutations process through generations at the evolutionary time scale along the genome. Hence, in both cases our approach can be used to unveil marker evolution processes through generations, and/or deepen our understanding of the population past history. We hope our discussion underlies better how our approach is designed and can be used.

      eLife assessment

      This important study advances existing approaches for demographic inference by incorporating rapidly mutating markers such as switches in methylation state. The authors provide a solid comparison of their approach to existing methods, although the work would benefit from some additional consideration of the challenges in the empirical use of methylation data. The work will be of broad interest to population geneticists, both in terms of the novel approach and the statistical inference proposed.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      The authors developed an extension to the pairwise sequentially Markov coalecent model that allows to simultaneously analyse multiple types of polymorphism data. In this paper, they focus on SNPs and DNA methylation data. Since methylation markers mutate at a much faster rate than SNPs, this potentially gives the method better power to infer size history in the recent past. Additionally, they explored a model where there are both local and regional epimutational processes.

      Integrating additional types of heritable markers into SMC is a nice idea which I like in principle. However, a major caveat to this approach seems to be a strong dependence on knowing the epimutation rate. In Fig. 6 it is seen that, when the epimutation rate is known, inferences do indeed look better; but this is not necessarily true when the rate is not known. A roughly similar pattern emerges in Supp. Figs. 4-7; in general, results when the rates have to be estimated don't seem that much better than when focusing on SNPs alone. This carries over to the real data analysis too: the interpretation in Fig. 7 appears to hinge on whether the rates are known or estimated, and the estimated rates differ by a large amount from earlier published ones.

      Overall, this is an interesting research direction, and I think the method may hold more promise as we get more and better epigenetic data, and in particular better knowledge of the epigenetic mutational process. At the same time, I would be careful about placing too much emphasis on new findings that emerge solely by switching to SNP+SMP analysis.

      Answer: We thank the reviewer 1 for his positive comments and acknowledging the future promises of our method as better and more reliable data will be available in different species. We appreciate the reviewer noticing the complete set of work undertaken here to integrate local and regional effects of methylation into a model containing as much knowledge of the epigenetics mutational processes as possible. Note that in Figure 2 of the manuscript we observed a gain of accuracy even when the rates are unknown. Our results thus suggests that the accuracy gain of additional marker with unknown rates is also possible, although it is most likely be scenario and rate dependent.

      At last, as noticed and highlighted by the very recent work of the Johannes lab (Yao et al. Science 2023) using phylogenetic methods, knowing the epimutation rate is essential at short time scale to avoid confounding effects of homoplasy. In our estimation of the coalescent trees, the same applies, though our model considers finite site markers. We now provide additional evidence for the potential gain of power to infer the TMRCA (Supplementary Table S7) when knowing or not the epimutation rates and revised the discussion to clarify the potential shortcomings/caveats for the analysis of real data.

      Reviewer #2 (Public Review):

      A limitation in using SNPs to understand recent histories of genomes is their low mutation frequency. Tellier et al. explore the possibility of adding hypermutable markers to SNP based methods for better resolution over short time frames. In particular, they hypothesize that epimutations (CG methylation and demethylation) could provide a useful marker for this purpose. Individual CGs in Arabidopsis tends to be either close to 100% methylated or close to 0%, and are inherited stably enough across generations that they can be treated as genetic markers. Small regions containing multiple CGs can also be treated as genetic markers based on their cumulative methylation level. In this manuscript, Tellier et al develop computational methods to use CG methylation as a hypermutable genetic marker and test them on theoretical and real data sets. They do this both for individual CGs and small regions. My review is limited to the simple question of whether using CG methylation for this purpose makes sense at a conceptual level, not at the level of evaluating specific details of the methods. I have a small concern in that it is not clear that CG methylation measurements are nearly as binary in other plants and other eukaryotes as they are in Arabidopsis. However, I see no reason why the concept of this work is not conceptually sound. Especially in the future as new sequencing technologies provide both base calling and methylating calling capabilities, using CG methylation in addition to SNPs could become a useful and feasible tool for population genetics in situations where SNPs are insufficient.

      Answer: We thank the reviewer 2 for his positive comments. Indeed, surveys of CG methylation in other plant species show that its distribution is clearly bimodal (i.e. binary). This is not the case for non-CG methylation, such as CHG and CHH (where H=C,T,A). However, these later types of methylation contexts are also not heritable across generations and can therefore not be used as heritable molecular markers.

      Reviewer #3 (Public Review):

      I very much like this approach and the idea of incorporating hypervariable markers. The method is intriguing, and the ability to e.g. estimate recombination rates, the size of DMRs, etc. is a really nice plus. I am not able to comment on the details of the statistical inference, but from what I can evaluate it seems sound and reasonable. This is an exciting new avenue for thinking about inference from genomic data. I have a few concerns about the presentation and then also questions about the use of empirical methylation data sets.

      I think a more detailed description of demographic accuracy is warranted. For example, in L245 MSMC2 identifies the bottleneck (albeit smoothed) and only slightly overestimates recent size. In the same analysis the authors' approach with unknown mu infers a nonexistent population increase by an order of magnitude that is not mentioned.

      Answer: We thank the reviewer 3 for his positive comments and refer to our answer to reviewer 1 above. We added RMSE (Root Mean Square Error) analyses to quantify the inference accuracy. We apologize for not mentioning this last point. Thank you for pointing this out and we have now fixed it (line 245-253).

      Similarly, it seems problematic that (L556) the approach requiring estimation of site and region parameters (as would presumably be needed in most empirical systems like endangered nonmodel species mentioned in the introduction) does no better than using only SNPs. Overall, I think a more objective and perhaps quantitative comparison of approaches is warranted.

      Answer : See answer to reviewer 1 above, and more elaborate answers below. We provide now new RMSE analyses to quantify the accuracy of our demographic inference (Supplementary Tables 1,6,7,8,9,10). We also discuss the validity and usefulness of our approach when the epimutation rates are unknown. In short, the discussion was rewritten to further discuss the challenges of application to empirical methylation data. We clarify that in the case epimutations are well known and modelled (as much is known in A. thaliana for example), they can be integrated into a SMC framework to improve the accuracy of the method approach. When epimutations are not well understood and rates unknown, our approach can help understand the epimutational process through generations at the evolutionary time scale. Hence, whether makers are understood or not, our approach can be used to study the marker evolutionary processes through generations and/or to deepen our understanding of the population past history. We hope our discussion underlies better how our approach is designed and can be used.

      The authors simulate methylated markers at 2% (and in some places up to 20%). In many plant genomes a large proportion of cytosines are methylated (e.g. 70% in maize: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8496265/). I don't know what % of these may be polymorphic, but this leads to an order of magnitude more methylated cytosines than there are SNPs. Couldn't this mean that any appreciable error in estimating methylation threatens to be of a similar order of magnitude to the SNP data? I would welcome the authors' thoughts here.

      Answer : The reviewer is correct and this is an interesting question. First, studies show that heritable epimutations in plants are restricted to CG dinucleotides that are located well outside of the target regions of de novo methylation pathways in plants. Most of these CGs tend of fall within so-called gene body methylated regions. While it is true that plant species can differ substantially in their proportion of methylation at the genome-wide scale, the number of gene body methylated genes (i.e. genic CG methylation) is relatively similar, and at least well within the same order of magnitude (Takuno et al. Nature Plants 2016, review in Muyle et al. Genome Biol Evol 2022). Moreover, spontaneous CG epimutations in gene body methylated regions has been shown to be neutral (van Der Graaf et al. 2015, Vidali et al. 2016, Yao et al. 2023), which is an ideal property for phylogentic and demographic inference.

      Second, CG methylation calls are sometimes affected by coverage or uncertainty. Stringent filtering for reliable SMP calls typically reduces the total proportion of CG sites that can be used as input for demographic inference. Here we only kept CG sites where the methylation information could be fully trusted after SMP calling (i.e. >99.9% posteriori certainty). Overall, this explains why the percentage of sites with methylation information is so small, and why we have decided to work on simulation with 2% of reliable methylated markers.

      Nevertheless, for the sake of generality, it may be that in some species such as maize a higher percentage of polymorphic methylated sites can be used, and the number of SMPs could be higher than that of SNPs when the effective population size is very small (due to past demographic history and/or life history traits). In this case, any error in the epimutation rate and variance due to the finite site model estimation (and homoplasy) are not corrected by the lack of SNPs and can lead to mis-inference.

      A few points of discussion about the biology of methylation might be worth including. For example, methylation can differ among cell types or cells within a tissue, yet sequencing approaches evaluate a pool of cells. This results in a reasonable fraction of sites having methylation rates not clearly 0 or 1. How does this variation affect the method? Similarly, while the authors cite literature about the stable inheritance of methylation, a sentence or so more about the time scale over which this occurs would be helpful.

      Answer: We thank reviewer 3 for asking those very interesting questions, which we further developed below and mention in the discussion (lines 716-722).

      For Arabidopsis thaliana:

      Following up on our previous comment above, the majority of the CG sites that serve as input to our approach are located in body methylated genes. Previous work has shown that CG methylation in these regions shows essentially no tissue and cellular heterogeneity (e.g. Horvath et al. 2019). This means that bulk methylation measurements only show limited susceptibility to measurement error. That said, to guard against any spurious SMPs call that could arise from residual measurement variation, we applied stringent filtering of CG methylation. We have kept sites where the methylation percentage is close to either 0% or 100% (the rest being removed from the analysis). We have used similar filtering strategies in previous studies of epimutational processes in mutation accumulation lines and long-lived perennials (work of the Johannes lab). In these later studies we found that the SMP calls sufficiently accurate for inferences of phylogenetic parameters in experimental settings (Sharyhary et al. Genome Biology 2021, Yao et al. Science, 2023).

      For other species:

      It is true that currently, evaluating the methylation state of a site from a pool of cells may be problematic for some species for two main reasons: 1) it will add noise to the signal and SMP calling could be erroneous, and 2) the methylation state used in analysis might originate from different tissues at different location of the genome/methylome. Overall, this will lead to spurious SMPs and can render the inference inaccurate (see Sellinger et al 2021 for the effect of spurious SNPs). Hence, caution is advised when calling SMPs in other species and for different tissues.

      Finally, in some species methylated cytosines have mutation rates an order of magnitude higher than other nucleotides. The authors mention they assume independence, but how would violation of this assumption affect their inference?

      Answer: Indeed, we assume the mutation and epimutation process to be independent thus the probability for a SNP to occur does not depend on the local methylation state. If this was the case, the mutation rate use would indeed be wrong to a degree function of the dependency between the processes. We suggest that by ignoring this dependence, we are in the same situation as ignoring the variation of mutation rate along the genome. We have previously documented the effect of ignoring this biological feature of genomes in Strüt et al 2023 and Sellinger et al 2021. The variation in mutation rate along the genome if too extreme and not accounted for can lead to erroneous inference results. However, this problem could be easily solved (modelled) by adapting the emission matrix. To correctly model this dependency, additional knowledge is needed: either the mutation and epimutation rates must be known to quantify the dependency, or the dependency must be known to quantify the resulting rates. As far as we know, these data are at the moment not available, but could maybe be obtained using the MA lines of A. thaliana (used in Yao et al. 2023).

      Recommendations for the authors:

      All three reviewers liked this approach and found it a valuable contribution. I think it is important to address reviewer 1/3 concerns about quantifying the accuracy of inference (the TMRCA approach from reviewer 1 sounds pretty reasonable), and reviewer 1 also highlights an intriguing point about model accuracy being worse when the mutation rate is known. Additionally, I think some discussion is warranted about challenges dealing with empirical methylation data (points from Rev 2 and 3 as well as Rev 1's question about inferred vs published rates of epigenetic mutation).

      Answer : We have added tables containing the root mean square error (RMSE) of every demographic inference in the manuscript to better quantify accuracy. We have below given the explanation on why accuracy in presence of site and region epimutations can in some cases decrease when real rates are known (because methylation state at the region level needs to be first inferred). We added evidence that accounting for methylation can improve the accuracy when recovering the TMRCA along the genome when the rates are known. We also have enhanced the discussion on the challenges of dealing with epimutations data for inference. As is suggested, we hope this study will generate an interest in tackling these challenges by applying the methods to various methylome datasets from different species.

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      Major comments:

      • For all of the simulated demographic inference results, only plots are presented. This allowsfor qualitative but not quantitative comparisons to be made across different methods. It is not easy to tell which result is actually better. For example, in Supp. Fig. 5, eSMC2 seems slightly better in the ancient past, and times the trough more effectively, while SMCm seems a bit better in the very recent past. For a more rigorous approach, it would be useful to have accompanying tables that measure e.g. mean-squared error (along with confidence intervals) for each of the different scenarios, similar to what is already done in Tables 1 and 2 for estimating $r$.

      Answer : We understand the concern of reviewer #1 for a more quantitative approach to compare the inference results. We agree that plots are not sufficient to fully grasp a method performance. To provide better supports to quantity approaches performance, we added Sup tables 1,6,8,9 and 10 containing the RMSE (in log10 for visibility) for all Figures. The root mean-squared error is calculated as in Sellinger 2021 and a description of how the root mean-squared error is calculated and now found in the method section lines 886-893.

      • 434: The discussion downplays the really odd result that inputting the true value of themutation rate, in some cases, produces much worse estimates than when they are learned from data (SFig. 6)! I can't think of any reason why this should happen other than some sort of mathematical error or software bug. I strongly encourage the authors to pin down the cause of this puzzling behaviour.

      Answer : There are unfortunately no errors in this plot and those results are perfectly normal and coherent, but we understand they can be confusing at first.

      As described in the method section and in the appendix, when accounting for regionlevel epimutations, our algorithm requires the regional methylation status which needs to be inferred as a first step from the data (real or simulated). Because region and single site epimutation events are occurring at similar rates in our simulated scenario, the methylation state of the region is very hard to correctly recover (e.g. there will be unmethylated site in methylated regions and methylated sites in unmethylated regions). In other words, the accuracy of the region estimation HMM procedure is decreased by the joint action of site and region epimutation processes.

      When subsequently applying the HMM for inference, as described in the appendix, the probabilities of two CG site being in the same or different methylation state depends on the methlylation state of the "region". Hence the mislabelling of the region methylation state is (to some extent) equivalent to spurious SMPs (or inaccurate SMP calling).

      If the true rates for site and region epimutations are given as input, the model forces the demography (and other inferred parameters) to fit the observed distribution of SMPs (given the inputted rates), resulting in the poor accuracy observed in the Figure (Now Supplementary Figure 7).

      Note: The estimated rates from real data in A. thaliana suffer from the same issue as the region and site epimutation rates are independently estimated, and the existence of regions first quantified using an independent HMM method (Denkena et al. 2022).

      However, when rates are freely inferred, they are inferred accordingly to the estimated methylation status of regions and SNPs. Therefore, even if the inferred rates are wrong, they are used by the SMC in a more consistent way.

      Note: When methylation rates violate the infinite site assumption, such as here, we first estimate the tree sequence along the genome using SNPs (i.e. DNA mutations). The algorithm then infers the epimutations rates given the inferred coalescent times and the observed methylation diversity.

      To summarise: when inputting rates to the model, if the model fails to correctly recover the region methylation status there will be conflicting information between SNPs and SMPs leading to accuracy loss. However if the rates are inferred this is realized with the help of SNPs, leading to less conflicting information and potentially smaller loss of accuracy. We apologize that the explanations were missing from the manuscript and have added them lines 449-460 and 702-716.

      A further argument is that if region and site epimutations occur at rates of at least two orders of magnitude difference, the inference results are better (and accurate) when the true rates are given. The reason is that one epimutational process overrides the other (see Supplementary Table 2). In that case one epimutation process is almost negligible and we fall back to results from Figure 5 or Supplementary Figure 6.

      • As noted at 580, all of the added power from integrating SMPs/DMRs should come fromimproved estimation of recent TMRCAs. So, another way to study how much improvement there is would be to look at the true vs. estimated/posterior TMRCAs. Although I agree that demographic inference is ultimately the most relevant task, comparing TMRCA inference would eliminate other sources of differences between the methods (different optimization schemes, algorithmic/numerical quirks, and so forth). This could be a useful addition, and may also give you more insight into why the augmented SMC methods do worse in some cases.

      Answer : We fully agree with reviewer 1. We have added a comparison in TMRCA inference as proof of principle between using or not using methylation sites. The results are written in Supplementary Table 7 and methodology is inspired by Schiffels 2014 and described at the end of the method section (line 894-907). Those results demonstrate the potential gain in accuracy when using methylation polymorphic. However, TMRCA (or ARG) inference is a very vast and complex subject in its own right. Therefore, we are developing a complete TMRCA/ARG inference investigation and an improve methodology than the one presented in this manuscript. To do so we are currently working on a manuscript focusing on this topic specifically. We hence consider further investigations of TMRCA/ARG inference beyond the scope of this current study.

      • A general remark on the derivations in Section 2 of the supplement: I checked theseformulas as best I could. But a cleaner, less tedious way of calculating these probabilities would be to express the mutation processes as continuous time Markov chains. Then all that is needed is to specify the rate matrices; computing the emission probabilities needed for the SMC methods reduces to manipulating the results of some matrix exponentials. In fact, because the processes are noninteracting, the rate matrix decomposes into a Kronecker sum of the individual rate matrices for each process, which is very easy to code up. And this structure can be exploited when computing the matrix exponential, if speed is an issue.

      Answer: We thank the reviewer for this very interesting suggestion! Unfortunately, it is a bit late to re-implement the algorithm and reshape the manuscript according to this suggestion. Speed is not yet an issue but will most likely become one in the future when integrating many different rates or when using a more complex SMC model. Hence, we added reviewer #1 suggestions to the discussion (line 648) and hope to be using it in our future projects.

      • Most (all?) of the SNP-only SMC methods allow for binning together consecutiveobservations to cut down on computation time. I did not see binning mentioned anywhere, did you consider it? If the method really processes every site, how long does it take to run?

      Answer: This is a very good question. We do the binning exactly as described in Mailund 2013 & Terhorst 2017, and added this information in the method section (lines 801-809). However, as described in Terhorst 2017, one can only bin observation of the same "type" (to compute the Baum-Welch algorithm). Therefore, the computation time gain by binning is reduced when different markers spread along the genome in high proportion. This is the approach we used throughout the study when facing multiple markers as it had the best speed performance. As for example, when the proportion of site with methylated information is 1% or less, computation time is only slightly affected (i.e. same order of magnitude).

      However, the binning method presented in Mailund 2013 can be extended to observation of different types, but parameters need to be estimated through a full likelihood approach (as presented in Figure 2). In our study this approach did not have the best speed performance. However, as our study is the first of its kind, it remains sub-optimal for now. Hence, we did not further investigate the performance of our approach in presence of many multiple different genomic marker (e.g. 5 different markers each representing ~20% of the genome each). Currently, with SMC approaches a high proportion of sites contain the information "No SNPs", making the Baum welch algorithm described in Terhorst 2017 very efficient. But when further developing our theoretical approach, we expect that most of the sites in a genome analysis will contain some "information", which could render the full likelihood approach computationally more tractable.

      • 486: The assumed site and region (de)methylation rates listed here are several OOMdifferent from what your method estimated (Supp. Tables 5-6). Yet, on simulated data your method is usually correct to within an order of magnitude (Supp. Table 4). How are we to interpret this much larger difference between the published estimates and yours? If the published estimates are not reliable, doesn't that call into question your interpretation of the blue line in Fig. 7 at 533?

      Answer: We thank the reviewer for asking this question. We believe answering this question is indeed the most interesting aspect of our study. Beyond demographic inference, our study has indeed unveiled a discrepancy between rates inferred through biological experiment and our study through the use of SNPs and branch length. There are several reasons which could explained the discrepancy between both approaches:

      • Firstly, our underlying HMM hypotheses are certainly violated. We ignoredpopulation structure, variation of mutations and recombination rate along the genome as well as the effect of selection. Hence, the branch lengths used for methylation rate estimations are to some extent inaccurate. We note that this is especially likely for the short branches of coalescent tree originating from background selection events in the coding regions and which are especially observable when using the methylation sites with a higher mutation rate than SNPs (Yao et al. 2023) at body methylated genes.

      • Secondly, calling single methylation site polymorphism is not 100 % reliable. If theerror rate is 0.1%, as the study was conducted on ~10 generations a minimum epimutation rate of 10-4 is to be expected. However, because our approach works at the evolutionary time scale, we expect that it suffers less from this bias as the proportion of diversity originating from actual epimutations, and not SMP calling error, should be greater.

      • Thirdly, as mentioned above, recovering the methylation status of a region is veryhard. Hence false region status inference could affect our inference accuracy as shown in Supplementary Figure 4.

      • Lastly and most importantly, the reason behind this discrepancy is the modelling ofepimutation and methylation between sites and regions. As we discuss, the current combination of rates and models is still limited to describe the observed diversity along the genome (as we intend in SMC methods). This is in contrast to the recent study by Yao et al. where very few regions of polymorphic SMPs are chosen, which implicitly avoids the influence of the methylation region effect. A study just published by Biffra et al. (Cell reports 2023) also uses a functional model of methylation modelling using a mix of region and site epimutation, albeit not tuned for evolutionary analyses. Thus we suggest, in line with functional studies, that epimutations are not independent from the local methylation context and may tend to stabilize the methylation state of a region. Therefore, the estimated methylation rates show a discrepancy to the previously measured ones. Indeed, the biological experiment would reveal a fast epimutation rate because epimutations can actually be tracked at sites which can mutate, while region mutation rate is much slower. However, because the methylation state of a region is rather stable through time it would reduce the methylation diversity over long time scale, and these rates would differ between methylated or unmethylated regions (i.e. the methylation rate is higher in methylated regions). Our results are thus in agreement with the observation by Biffra et al. that region methylation modelling is needed to explain patterns of methylation across the genome.

      To solve the discrepancy, one would need to develop a theoretical region + site epimutation model capable of describing the observed diversity at the evolutionary time scale (possibly based on the Biffra et al. model within an underlying population evolution model), and then use this model to reanalyse the sequence data from the biological experiment (i.e. in de Graaf et al. 2015 & Denkena et al. 2022) to re-estimate the methylation region sizes and epimutation rates.

      Minor comments:

      • 189: "SMCtheo" first occurs here, but it's not mentioned until 247 that this is the newmethod being presented.

      Answer : Fixed

      • 199: Are the estimates in this section from a single diploid sequence? Or is it n=5 (diploid) as mentioned in the earlier section?

      Answer : Yes, those results were obtained with 5 diploid individuals. We added it in the Table 1 description.

      • 336: I'm confused by the wording: it sounds like the test rejects the null if there is positivecorrelation in the methylation status across sites. But then, shouldn't 339 read "if the test is significant" (not non-significant)?

      Answer : We apologize for the confusion and rewrote the sentence line 339-348, the choice of word was indeed misleading .

      • Fig. 6: for some reason fewer simulations were run for 10Mb (panels C nad D) than for100Mb (A and B). Since it's very difficult to tell what's happening on average in the 10Mb case, I suggest running the same number of simulations.

      Answer : Yes we understand your concern. Actually, the same number of simulations were run but we plotted only the first 3 runs as it was less visually confusing. We now have added the missing lines to the plot C and D.

      Typos:

      • 104: "or or"

      • 292: build => built

      • 388: fulfil

      • 683: sample => samples

      Answer : Many thanks to reviewer 1 for pointing out the typos. They are all now fixed.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      The authors may find some valuable information in Pisupati et al (2023) "On the causes of gene-body methylation variation in Arabidopsis thaliana" on interpreting epimutation rates.

      Answer: Many thanks for the recommended manuscript. We add it to the cited literature as it strongly supports our use of heritability or methylation. We also added the recent Biffra et al. paper.

      Reviewer #3 (Recommendations For The Authors):

      There are many places throughout the manuscript with minor grammatical errors. Please review these. A few noted below as I read:

      L104: extra "or"

      L123: built not build

      L 160 "relies" instead of "do rely"

      L161 "events"

      L 336 "from methylation data"

      L 378 "exists"

      L 379 "regions are on average shorter" instead of "there are shorter"

      L 338 "a regional-level"

      L 349 "," instead of "but"

      L 394 DMRs

      Table 1 legend: parentheses not brackets?

      Answer : Many thanks to reviewer #3 for finding those mistakes. They are all now fixed.

      I think a paragraph in the discussion of considerations of when to use this approach might be helpful to readers. Comparison to e.g. increased sample size in MSMC2, while not necessary, might be helpful here. It may often be the case that doubling the number of haplotypes with SNP data may be easier and cheaper estimating methylation accurately.

      Answer : We discuss (lines 691-698) that our approach is always useful by design, but cannot always be used for the same purpose. If the evolutionary properties of the used marker used are not understood, we suggest that our approach can be used to investigate the marker heritability process through generations. This could help to correctly design experiments aiming to study the marker heritability through lineages. And if the properties of the marker are well understood and modelled, it can be integrated into the SMC framework to improve inference accuracy.

      Other minor notes:

      L 486 "known" is a stretch. empirically estimated seems appropriate.

      Answer : Fixed

      L 573 ARG? You are not estimating the full ARG here.

      Answer : We apologize for the wrong choice of word and have rephrased the sentence.

      Fig. 2 is not super useful and could be supplemental.

      Answer : We moved Figure 2 to the appendix (now sup fig 1)

    2. Reviewer #1 (Public Review):

      The authors developed an extension to the pairwise sequentially Markov coalecent model that allows to simultaneously analyze multiple types of polymorphism data. In this paper, they focus on SNPs and DNA methylation data. Since methylation markers mutate at a much faster rate than SNPs, this potentially gives the method better power to infer size history in the recent past. Additionally, they explored a model where there are both local and regional epimutational processes.

      Integrating additional types of heritable markers into SMC is a nice idea which I like in principle. However, a major caveat to this approach seems to be a strong dependence on knowing the epimutation rate. In Fig. 6 it is seen that, when the epimutation rate is known, inferences do indeed look better; but this is not necessarily true when the rate is not known. (See also major comment #1 below about the interpretation of these plots.) A roughly similar pattern emerges in Supp. Figs. 4-7; in general, results when the rates have to be estimated don't seem that much better than when focusing on SNPs alone. This carries over to the real data analysis too: the interpretation in Fig. 7 appears to hinge on whether the rates are known or estimated, and the estimated rates differ by a large amount from earlier published ones.

      Overall, this is an interesting research direction, and I think the method may hold more promise as we get more and better epigenetic data, and in particular better knowledge of the epigenetic mutational process. At the same time, I would be careful about placing too much emphasis on new findings that emerge solely by switching to SNP+SMP analysis.

      Major comments:<br /> - For all of the simulated demographic inference results, only plots are presented. This allows for qualitative but not quantitative comparisons to be made across different methods. It is not easy to tell which result is actually better. For example, in Supp. Fig. 5, eSMC2 seems slightly better in the ancient past, and times the trough more effectively, while SMCm seems a bit better in the very recent past. For a more rigorous approach, it would be useful to have accompanying tables that measure e.g. mean-squared error (along with confidence intervals) for each of the different scenarios, similar to what is already done in Tables 1 and 2 for estimating $r$.

      - 434: The discussion downplays the really odd result that inputting the true value of the mutation rate, in some cases, produces much worse estimates than when they are learned from data (SFig. 6)! I can't think of any reason why this should happen other than some sort of mathematical error or software bug. I strongly encourage the authors to pin down the cause of this puzzling behaviour. (Comment addressed in revision. Still, I find the explanation added at 449ff to be somewhat puzzling -- shouldn't the results of the regional HMM scan only improve if the true mutation rate is given?)

      - As noted at 580, all of the added power from integrating SMPs/DMRs should come from improved estimation of recent TMRCAs. So, another way to study how much improvement there is would be to look at the true vs. estimated/posterior TMRCAs. Although I agree that demographic inference is ultimately the most relevant task, comparing TMRCA inference would eliminate other sources of differences between the methods (different optimization schemes, algorithmic/numerical quirks, and so forth). This could be a useful addition, and may also give you more insight into why the augmented SMC methods do worse in some cases. (Comment addressed in revision via Supp. Table 7.).

      - A general remark on the derivations in Section 2 of the supplement: I checked these formulas as best I could. But a cleaner, less tedious way of calculating these probabilities would be to express the mutation processes as continuous time Markov chains. Then all that is needed is to specify the rate matrices; computing the emission probabilities needed for the SMC methods reduces to manipulating the results of some matrix exponentials. In fact, because the processes are noninteracting, the rate matrix decomposes into a Kronecker sum of the individual rate matrices for each process, which is very easy to code up. And this structure can be exploited when computing the matrix exponential, if speed is an issue.

      - Most (all?) of the SNP-only SMC methods allow for binning together consecutive observations to cut down on computation time. I did not see binning mentioned anywhere, did you consider it? If the method really processes every site, how long does it take to run?

      - 486: The assumed site and region (de)methylation rates listed here are several OOM different from what your method estimated (Supp. Tables 5-6). Yet, on simulated data your method is usually correct to within an order of magnitude (Supp. Table 4). How are we to interpret this much larger difference between the published estimates and yours? If the published estimates are not reliable, doesn't that call into question your interpretation of the blue line in Fig. 7 at 533? (Comment addressed in revision.)

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Reviewer #1 (Public Review):

      Summary:

      This study examines the role of host blood meal source, temperature, and photoperiod on the reproductive traits of Cx. quinquefasciatus, an important vector of numerous pathogens of medical importance. The host use pattern of Cx. quinquefasciatus is interesting in that it feeds on birds during spring and shifts to feeding on mammals towards fall. Various hypotheses have been proposed to explain the seasonal shift in host use in this species but have provided limited evidence. This study examines whether the shifting of host classes from birds to mammals towards autumn offers any reproductive advantages to Cx. quinquefasciatus in terms of enhanced fecundity, fertility, and hatchability of the offspring. The authors found no evidence of this, suggesting that alternate mechanisms may drive the seasonal shift in host use in Cx. quinquefasciatus.

      Strengths:

      Host blood meal source, temperature, and photoperiod were all examined together.

      Weaknesses: The study was conducted in laboratory conditions with a local population of Cx. quinquefasciatus from Argentina. I'm not sure if there is any evidence for a seasonal shift in the host use pattern in Cx. quinquefasciatus populations from the southern latitudes.

      We agree on the reviewers observation about the evidence on seasonal shift in the host use pattern in Cx. quinquefasciatus populations from southern latitudes. We include a paragraph in the Introduction section regarding this. Unfortunately, studies conducted in South America to understand host use by Culex mosquitoes are very limited, and there are virtually no studies on the seasonal feeding pattern. In Argentina, there is some evidence (Stein et al., 2013, Beranek, 2019) regarding the seasonal change in host use by Culex species, including Cx. quinquefasciatus, where the inclusion of mammals during the autumn has been observed. As part of a comprehensive study on characterising bridge vectors for SLE and WN viruses, our research group is currently working on the molecular identification of blood meals from engorged females to gain deeper insights into the seasonal feeding pattern of Culex mosquitoes. While the seasonal change in host use by Culex quinquefasciatus has not been reported in Argentina so far, there has been an observed increase in reported cases of SLE virus in humans between summer and fall (Spinsanti et al., 2008). It is based on this evidence that we hypothesise there is a seasonal change in host use by Cx. quinquefasciatus, similar to what occurs in the United States. This is also considering that both countries (Argentina and the United States) have regions with similar climatic conditions (temperate climates with thermal and hydrological seasonality). Since we work on the same species and in a similar temperate climate regimen, we assumed there is a seasonal shift in the host use by this mosquito species.

      Reviewer #1 (Recommendations for the authors):

      Abstract

      Line 23: fed on two different hosts.

      Accepted as suggested.

      I think the concluding statement should be rewritten to say that immediate reproductive outcomes do not explain the shift in host use pattern of Cx. quinquefasciatus mosquitoes from birds to mammals towards autumn.

      Accepted as suggested.

      Introduction

      No comments.

      Materials and Methods

      Please mention sample sizes in the text as well (n = ?) for each treatment.

      Accepted as suggested.

      Page 99: ......C. quinquefasciatus, since C. pipiens and its hybrids are present as well in Cordoba.

      Accepted as suggested.

      Results – Line 146: subsequently instead of posteriorly

      Accepted all changes as suggested.

      Line 148: were counted instead of was counted.

      Accepted all changes as suggested.

      Line 160: Subsequently instead of posteriorly

      Accepted all changes as suggested.

      Line 171: on fertility

      Accepted all changes as suggested.

      Line 174: there was an interaction effect on…

      Accepted all changes as suggested.

      Line 175: there were no differences in the number of eggs

      Accepted all changes as suggested.

      Discussion

      I think the first paragraph in the discussion section is redundant and should be deleted.

      The whole discussion was rewritten to be focused on our aims and results.

      Line 282: this sentence needs to be rewritten.

      Accepted as suggested.

      Line 299: at 28{degree sign}C

      Line 300: at 30{degree sign}C

      Sorry, but we are not sure about your comment here. We checked. Temperatures are written as stated, 28°C and 30°C.

      Line 363: I think the authors need to discuss more about the bigger question they were addressing. I think that the discussion section can be strengthened greatly by elaborating on whether there is evidence for a seasonal shift in host use pattern in Cx. quinquefasciatus in the southern latitudes. If yes, what alternate mechanisms they believe could be driving the seasonal change in host use in this species in the southern latitudes now that they show the 'deriving reproductive advantages' hypothesis to be not true for those populations.

      Thanks for this observation. We agree and so the Discussion section was restructured to align it with our results, as suggested.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Summary:

      Conceptually, this study is interesting and is the first attempt to account for the potentially interactive effects of seasonality and blood source on mosquito fitness, which the authors frame as a possible explanation for previously observed host-switching of Culex quinquefasciatus from birds to mammals in the fall. The authors hypothesize that if changes in fitness by blood source change between seasons, higher fitness in birds in the summer and on mammals in the autumn could drive observed host switching. To test this, the authors fed individuals from a colony of Cx. quinquefasciatus on chickens (bird model) and mice (mammal model) and subjected each of these two groups to two different environmental conditions reflecting the high and low temperatures and photoperiod experienced in summer and autumn in Córdoba, Argentina (aka seasonality). They measured fecundity, fertility, and hatchability over two gonotrophic cycles. The authors then used a generalized linear mixed model to evaluate the impact of host species, seasonality, and gonotrophic cycle on fecundity and fertility and a null model analysis via data randomization for hatchability. The authors were trying to test their hypothesis by determining whether there was an interactive effect of season and host species on mosquito fitness. This is an interesting hypothesis; if it had been supported, it would provide support for a new mechanism driving host switching. While the authors did report an interactive impact of seasonality and host species, the directionality of the effect was the opposite of that hypothesized. While this finding is interesting and worth reporting, there are significant issues with the experimental design and the conclusions that are drawn from the results, which are described below. These issues should be addressed to make the findings trustworthy.

      Strengths:

      (1) Using a combination of laboratory feedings and incubators to simulate seasonal environmental conditions is a good, controlled way to assess the potentially interactive impact of host species and seasonality on the fitness of Culex quinquefasciatus in the lab.

      (2) The driving hypothesis is an interesting and creative way to think about a potential driver of host switching observed in the field.

      Weaknesses:

      (1) There is no replication built into this study. Egg lay is a highly variable trait, even within treatments, so it is important to see replication of the effects of treatment across multiple discrete replicates. It is standard practice to replicate mosquito fitness experiments for this reason. Furthermore, the sample size was particularly small for some groups (e.g. 15 egg rafts for the second gonotrophic cycle of mice in the autumn, which was the only group for which a decrease in fecundity and fertility was detected between 1st and 2nd gonotrophic cycles). Replicates also allow investigators to change around other variables that might impact the results for unknown reasons; for example, the incubators used for fall/summer conditions can be swapped, ensuring that the observed effects are not artefacts of other differences between treatments. While most groups had robust sample sizes, I do not trust the replicability of the results without experimental replication within the study.

      We agree egg lay is a variable trait and so we consider high numbers of mosquitoes and egg lay during experiments compared to our studies of the same topics. Evaluating variables such as fecundity, fertility, or other types of variables (collectively referred to as "life tables") is a challenging issue that depends on several intrinsic and extrinsic factors. Because all of this, in some experiments, sample sizes might not be very large, and in several articles, lower sample sizes could be found. For instance, in Richards et al. (2012), for Culex quinquefasciatus, during the second gonotrophic cycle, some experiments had 13 or even 6 egg rafts. For species like Aedes aegypti, the sample size for life table analysis is also usually small. As an example, Muttis et al. (2018) reported between 1 and 4 engorged females (without replicates). In addition, small sample size would be a problem if we would not have obtained any effect, which is not the case due to the fact that we were interested in finding an effect, regardless of the effect size. Because of this, we do find our sample sizes quite robust for our results.

      Regarding the need to repeat the experiments in order to give more robustness to the study we also agree. However, after a review of the literature (articles cited in the original manuscript), it is apparent that similar experiments are not frequently repeated as such. Examples of this are the studies of Richards et al. (2012), Demirci et al. (2014) or Telang & Skinner (2019), which even they manipulate several cages at a time as “replicates”, they are not true replicates because they summarise and manipulate all data together, and do not repeat the experiment several times. We see these “replicates” as a way of getting a greater N.

      As was stated by the reviewer, repetition is a resource and time-consuming activity that we are not able to do. Replicating the experiment poses a significant time and resources challenge. The original experiment took over three months to complete, and it is anticipated that a similar timeframe would be necessary for each replication (6 months in total considering two more replicates). Given our existing commitments and obligations, dedicating such an extensive period solely to this would impede progress on other crucial projects and responsibilities.

      Given the limitations of resources and time and the infrequent use of experimental replication in this type of studies, we performed a simulation-based analysis via a Monte Carlo approach. This approach involved generating synthetic data that mimics the expected characteristics of the original experiment and subsequently subjecting it to the same analysis routine. The main goal of this simulation was to evaluate the potential spuriousness and randomness of the results that might arise due to the experimental conditions. So, evaluating the robustness and confidence of our results and data.

      (2) Considering the hypothesis is driven by the host switching observed in the field, this phenomenon is discussed very little. I do not believe Cx. quinquefasciatus host switching has been observed in Argentina, only in the northern hemisphere, so it is possible that the species could have an entirely different ecology in Argentina. It would have been helpful to conduct a blood meal analysis prior to this experiment to determine whether using an Argentinian population was appropriate to assess this question. If the Argentinian populations don't experience host switching, then an Argentinian colony would not be the appropriate colony to use to assess this question. Given that this experiment has already been conducted with this population, this possibility should at least be acknowledged in the discussion. Or if a study showing host switching in Argentina has been conducted, it would be helpful to highlight this in the introduction and discussion.

      Thanks for this observation. We agree. However, we conducted the experiment beside host use data from Argentina since we used the mosquito species, and the centre region of Argentina (Córdoba) has a similar temperate weather regimen that those observed in the east coast of US.

      We are aware that few studies regarding host shifting in South America are available, some such that those conducted by Stein et al. (2013) and Beranek (2019) reported a moderate host switch for Culex quinquefasciatus in Argentina. We have already performed a study about seasonal host feeding patterns for this species. However, even though there are few studies regarding host shifting, our hypothesis is based mainly in the seasonality of human cases of WNV and SLEV, a pattern that has been demonstrated for our region, see for example the study of Spinsanti et al. (2008).

      We include a new paragraph in the Introduction and Discussion sections. Please see answers Reviewer #1.

      (3) The impacts of certain experimental design decisions are not acknowledged in the manuscript and warrant discussion. For example, the larvae were reared under the same conditions to ensure adults of similar sizes and development timing, but this also prevents mechanisms of action that could occur as a result of seasonality experienced by mothers, eggs, and larvae.

      We understand the confusion that may have arisen due to a lack of further details in the methodology. If we are not mistaken, you are referring to our oversight regarding the consideration of carry-over effects of larvae rearing that could potentially impact reproductive traits. When investigating the effects of temperature or other environmental factors on reproductive traits, it is possible to acclimate either larvae or adults. This is due to the significant phenotypic plasticity that mosquitoes exhibit throughout their entire ontogenetic cycle. In our study, we followed an approach similar to that of other authors where the adults are exposed to experimental conditions (temperature and photoperiod). For a similar approach you can refer to the studies conducted by Ferguson et al. (2018) for Cx. pipiens, Garcia Garcia & Londoño Benavides (2007) for Cx. quinquefasciatus or Christiansen-Jucht et al. (2014, 2015) for Anopheles gambiae.

      (4) There are aspects of the data analysis that are not fully explained and should be further clarified. For example, there is no explanation of how the levels of categorical variables were compared.

      The methodology and statistical analysis were expanded for a better understanding.

      (5) The results show the opposite trend as was predicted by the authors based on observed feeding switches from birds to mammals in the autumn. However, they only state this once at the end of the discussion and never address why they might have observed the opposite trend as was hypothesized.

      The discussion was restructured to focus on our results and our model.

      (6) Generally speaking, the discussion has information that isn't directly related to the results and/or is too detailed in certain parts. Meanwhile, it doesn't dig into the meaning of the results or the ways in which the experimental design could have influenced results.

      As mentioned above, the discussion was restructured to reflect our findings. We also included the effect that our design might have influenced our results. However, as stated above we do not fully agree that the design is inadequate for our analysis, we performed standard protocols followed by other researchers and studies in this research field.

      (7) Beyond the issue of lack of replication limiting trust in the conclusions in general, there is one conclusion reached at the end of the discussion that would not be supported, even if additional replicates are conducted. The results do not show that physiological changes in mosquitoes trigger the selection of new hosts. Host selection is never measured, so this claim cannot be made. The results don't even suggest that fitness might trigger selection because the results show that physiological changes are in the opposite direction as what would be hypothesized to produce observed host switches. Similarly, the last sentence of the abstract is not supported by the results.

      We agree with this observation. However, we did not evaluate the impact of fitness on host selection in this study. Instead, we aimed to investigate the potential influence of seasonality on mosquito fitness as a potential trigger for a shift in host selection. We agree that we have incorrectly used the term “host selection” when we should actually be discussing “host use change”. Our results indicate a seasonal alteration in mosquito fitness in response to temperature and photoperiod changes. Building upon this observation, we re-discussed our hypothesis and theoretical model to explain this seasonal shift in host use.

      (8) Throughout the manuscript, there are grammatical errors that make it difficult to understand certain sentences, especially for the results.

      All English grammar and writing of the manuscript was revised and corrected to be easily understood.

      This study is driven by an interesting question and has the potential to be a valuable contribution to the literature.

      Reviewer #2 (Recommendations for The Authors):

      I hope that the authors will consider the suggested revisions and experimental replication to improve the quality of the study and paper.

      This study tests a very interesting hypothesis. I understand that additional replicates are difficult to conduct, but I do believe that fitness studies absolutely require experimental replicates. Unless you are able to replicate the observed effects, I personally would not trust the results of this study. I hope that you will consider conducting replicates so that this important question can be answered in a more robust manner. Below, I expand upon some additional points in the public review and also provide more specific suggestions. I provided some copy-editing feedback, but was not able to point out all grammatical mistakes. I suggest that you use ChatGPT to help you edit the English. For example, you can feed ChatGPT your MS and ask it to bold the grammatical errors or you can ask it to edit grammatical errors and bold the sections that were edited. I understand that writing in a second language is very difficult (from personal experience!), so I view ChatGPT as a great tool to help even the playing field for publishing. Below are line item suggestions. Apologies that wording is curt, I was trying to be efficient in writing.

      20-21: I suggest that you emphasize that you are investigating the interactive effect.

      Accepted as suggested.

      22: they weren't "reared" (from larvae) in different conditions, they were "maintained" as adults

      Accepted as suggested.

      26-27: increased/decreased is a bit misleading since you did not evaluate these groups sequentially in time. It might be more accurate to describe it as less than/greater than. Also, if you say increased/decreased or less than/greater than, you should always say what you are comparing to. The same applies throughout the MS.

      Accepted as suggested.

      29-30: "finding the" is not correct here; could be "with the lowest..."

      Accepted as suggested.

      34-36: I do not think that your results suggest this, even if you were to replicate the results of this experiment. You haven't shown metabolic changes.

      We understand the point. Accepted as suggested.

      42-44: "one of the main responsible" should be "one of the main species responsible..."

      Accepted as suggested.

      48: I think that "host preference" is better than selection here; -philic denotes preference

      Accepted as suggested.

      50: "Moreover" isn't the correct transition word here

      Accepted as suggested.

      57: "could" isn't correct here; consider saying "... species sometimes feed primarily on mammal hosts, including humans, in certain situations."

      Accepted as suggested.

      58: Different isn't correct word here

      Accepted as suggested.

      60: delete "feeding"

      Accepted as suggested.

      66-68: I am not familiar with any blood meal analysis studies in the southern hemisphere that show host switching for Culex species between summer and autumn. If this hasn't been shown, then this critique of the host migration hypothesis doesn't make sense.

      There are some studies pointing this out (Stein et al., 2013, Beranek 2019), and unpublished data from us). However, our hypothesis has supported by epidemiological data observed in human population which indicate a seasonal activity pattern. It was explained in depth in the Introduction section.

      68: ensures is not the right word; I suggest "suggests"

      Accepted as suggested.

      68-70: this explanation isn't clear to me; please revise

      It will be revised. Accepted as suggested.

      70: change cares to care

      Accepted as suggested.

      76-77: can you explain how they were not supported by the data for the benefit of those who are not familiar with these papers please?

      Accepted as suggested.

      87-89: I suggest the following wording: "In the autumn, we expect a greater number of eggs (fecundity) and larvae (fertility) in mosquitoes after feeding on a mammal host compared to an avian host, and the opposite relationship in the summer."

      Accepted as suggested.

      99: edit for grammar

      Accepted as suggested.

      102: suggest: "...offered a blood meal from a restrained chicken twice a month"

      Accepted as suggested.

      107: powder

      Accepted as suggested.

      108: inbred? Is this the term you meant to use?

      Changed as suggested.

      109: "several" cannot be used to describe 20 generations; suggest using "over twenty generations"; also, it would be good to acknowledge in your discussion that lab adaptation could force evolution, especially since mosquitoes are kept at constant temperatures and fed with certain hosts (with easy access) in the lab. Also, it would be good to know when the experiments were conducted to know the lapse of time between the creation of the colony and the experiments.

      Accepted as suggested.

      110-111: Does humidity vary between summer and fall in Córdoba? If so, I suggest acknowledging in the discussion that if humidity differences are involved in a potential interaction between host species and seasonality, then this would not have been captured by your experimental design.

      Several variables change during seasons. We were interested in capturing the effects of temperature and photoperiod, since humidity is a variable difficult to control.

      113-116: I suggest combining into one sentence to make more concise.

      Accepted as suggested.

      135: You might be obscuring the true impact of seasonality by rearing the larvae under the same conditions. There may be signals that mothers/eggs/larvae receive that influence their behavior (e.g. I believe this is the case for diapause), so this limitation should also be acknowledged. I understand why you decided to do this to control for development time and size, but it is something that should be considered in the discussion.

      As it was explained above, Cx. quinquefasciatus do not suffer diapause in our country. Maintaining mosquitoes from adults was an approach selected by us based on other studies.

      138: edit: "with cotton pads soaked in... on plastic..."; what is plastic glass? Do you mean plastic dishes?

      Accepted as suggested.

      141: here and throughout paragraph, full should be "fully"

      Accepted as suggested.

      144: located should be "placed"

      Accepted as suggested.

      147: suggest editing to "at which point, they were fixed with 1 mL of 96% ethanol and the number of L1 larvae per raft was counted."

      Accepted as suggested.

      154-155: edit for grammar

      Accepted as suggested.

      157: Your GLM explanation doesn't say anything about how you made pairwise comparisons between your levels; did you use emmeans?

      This revised version includes a more detailed methodology and statistical analysis. Accepted as suggested.

      158-160: I don't understand why you took this approach - it seems strange to me to use this analysis, but I am not familiar with it, so it might be that I lack the knowledge to be able to adequately evaluate. Please provide more explanation so that readers can better understand this analysis. A citation for this kind of application of the analysis would be helpful.

      It was changed to be in accordance with the remaining analyses.

      173: replace neither with either

      Accepted as suggested.

      174: this applies throughout; edit to : "An interaction effect was observed..."

      Accepted as suggested.

      175: "it was not found" is grammatically incorrect; instead : "We did not find ..." or "no differences in... were detected", etc

      Accepted as suggested.

      183: "it was detected" is grammatically incorrect

      Accepted as suggested.

      185-186: "being this treatment... in terms of fitness": I do not understand what this means. Please rephrase

      Accepted as suggested.

      170-199: you should provide the effect sizes and p values in text and/or in the figure for the pairwise comparisons

      Accepted as suggested.

      193-196. These two sentences are confusing and I am not sure what you mean, especially in the first sentence.

      It was rewritten. Accepted as suggested.

      Figure 1: This figure is great and easy to read and interpret! Thank you for the comment! 218-219: it is important to state which mosquito species you are referring to here.

      Accepted as suggested.

      226-227: you definitely should acknowledge the small sample size here.

      Considered.

      227: "it was observed" should be "We observed" or "A greater hatching rate.... was observed."

      Accepted as suggested.

      228-229: is the result really comparable even though you took very different approaches to the analysis for these outcomes?

      Changed to be comparable.

      230-278: the discussion of these hypotheses is too long and detailed, especially since the comparison of mouse vs chicken wasn't your main question; you really wanted to understand this in the context of seasonality. I suggest cutting this down a lot and making room to dig into your results more, and also to discuss the potential impacts of your experimental design/limitations on the results.

      Discussion was changed to focus on our results and model. Accepted as suggested.

      281: Hoffman is an old citation; I suggest you cite a modern review.

      Accepted as suggested. We deleted it due to the re-writing of the manuscript.

      282: "It can be recognise".. I am not sure what you are trying to say here

      Accepted as suggested.

      1. After the first time you write a species name, you can abbreviate the genus in all future mentions unless it is at the beginning of a sentence.

      Accepted as suggested.

      303-305: Revise this sentence. E.g "Fewer studies are available regarding photoperiod and show mixed results; Mogi (1992) found that mid and long day lengths induced greater fecundity while Costanzo et al. (2015) did not find differences in fecundity by day length."

      Accepted as suggested.

      315-316: typically, unpublished data shouldn't be referenced; I'm not sure if eLife has a policy on this.

      We will check this with eLife guidelines. However, since the lack of evidence on this pattern we consider important to include this unpublished data.

      316: Aegypti should be lowercase

      Accepted as suggested.

      328-330: This sentence is redundant with the first sentence of the paragraph

      Accepted as suggested.

      321-336: You never reintroduced your hypothesis in your discussion. I suggest that you center your whole discussion more directly around the hypothesis that motivated the study. If you decide not to restructure your discussion, you should at least reintroduce your hypothesis here and discuss how your results do not support the hypothesis.

      Accepted as suggested.

      337-348: This paragraph is a bit confusing as you jump between fertility and hatchability

      Accepted as suggested.

      353: is viral transmission the right word to use here? I think you might mean bridge vector transmission to humans specifically?

      Accepted as suggested.

      357: you say "neither" but never define which traits you are referring to

      Accepted as suggested.

      361: I suggest "two variables previously analyzed separately..."

      Accepted as suggested.

      General: There is no statement about the availability of data; it is eLife policy to require all data to be publicly available. Also, it would be helpful to share your code to help understand how you conducted pairwise comparisons, etc.

      In the submission it was not mentioned anything about data availability. However, all data and scripts will be uploaded with the VOR if it is required.

      Recommendations for the authors:

      I found your study interesting and potentially promising. However, there are some fundamental problems with the study design and the hypothesis, including:

      <(1) Seasonality simulation - Seasonality is strongly associated with time, so it is unusual to simulate seasonal factors without accounting for time. The actual factors associated with seasonal change in reproductive output may be neither a difference in host blood meal nor temperature and photoperiod. It is therefore, odd to reduce seasonality to a difference in photoperiod and temperature in summer and autumn without even mentioning the time of year when the experiment was carried (except for the mention of February as the time the stock samples were collected from the wild).

      The temperature and photoperiod settings are established according to a representative day in both autumn and summer. To determine these settings, we utilized climate data spanning a 3-year period (2020-2022), encompassing the most frequently occurring temperatures and day lengths. The weather conditions remained notably consistent throughout this time frame, which is why the specific year was not mentioned. Moreover, including the year in laboratory experiment details is uncommon, as evident in various papers. This practice can be corroborated by referring to multiple sources (cited in the original manuscript). We mention this in the new version.

      (2) Hypothesis - While the hypothesis alludes to the 'reason' for seasonal host shift, the prediction is on the outcome of the interaction between blood meal type and season.

      It might be nicer to frame your hypothesis to be consistent with the aim, which is, testing the partial contributions of blood meal type, versus photoperiod and temperature to seasonal change in the reproductive output of Culex quinquefasciatus. A hypothesis like that can be accompanied by alternative predictions according to the expected individual and interactive effects of both factors.

      It was rewritten in the revised version to be consistent with our predictions and findings.

      Blood meal type, temperature, and photoperiod are all components of seasonality, so the strength of the study is its potential to decouple the effect of blood meal type from that of temperature and photoperiod on the seasonal reproductive output of Culex quinquefasciatus by comparing the two blood meal types under simulated summer and winter conditions. Ideally, this should have been over a natural summer and winter because a natural time difference captures the effect of other seasonal factors other than temperature and photoperiod.

      Furthermore, the hypothesis stemmed from field observations, while the study itself was conducted under laboratory conditions using a local population of Culex quinquefasciatus from Argentina. It remains uncertain whether there is supporting evidence for a seasonal shift in host usage in Culex quinquefasciatus from the stock population. Discussing the field observations within the stock population would provide valuable insights.

      It was considered in the new version.

    1. des exercices qui vous aideront à mettre en place votre code

      Je ne trouve pas ces exercices.. Quelqu'un pourrait m'aider à les trouver ?

    1. The success of the LLM paradigm is enabled in part by the use of tokens that elegantly unify diverse modalities of text—code, math and various natural languages.

      tokenizer的重要性。

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      eLife Assessment

      This useful study could potentially represent a step forward towards personalized medicine by combining cell-based data and a prior-knowledge network to derive Boolean-based predictive logic models to uncover altered protein/signaling networks within cancer cells. However, the level of evidence supporting the conclusions is inadequate, and further validation of the reported approach is required. If properly validated, these findings could be of interest to medical biologists working in the field of cancer and would inform drug development and treatment choices in the field of oncology.

      We thank the editor and the reviewer for their constructive comments, which helped us to improve our story. We have now performed new analyses and experiments to further support our proposed approach.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      (1) The authors deploy a combination of their own previously developed computational methods and databases (SIGNOR and CellNOptR) to model the FLT3 signaling landscape in AML and identify synergistic drug combinations that may overcome the resistance AML cells harboring ITD mutations in the TKI domain of FLT3 to FLT3 inhibitors. I did not closely evaluate the details of these computational models since they are outside of my area of expertise and have been previously published. The manuscript has significant issues with data interpretation and clarity, as detailed below, which, in my view, call into question the main conclusions of the paper.

      The authors train the model by including perturbation data where TKI-resistant and TKIsensitive cells are treated with various inhibitors and the activity (i.e. phosphorylation levels) of the key downstream nodes are evaluated. Specifically, in the Results section (p. 6) they state "TKIs sensitive and resistant cells were subjected to 16 experimental conditions, including TNFa and IGF1 stimulation, the presence or absence of the FLT3 inhibitor, midostaurin, and in combination with six small-molecule inhibitors targeting crucial kinases in our PKN (p38, JNK, PI3K, mTOR, MEK1/2 and GSK3)". I would appreciate more details on which specific inhibitors and concentrations were used for this experiment. More importantly, I was very puzzled by the fact that this training dataset appears to contain, among other conditions, the combination of midostaurin with JNK inhibition, i.e. the very combination of drugs that the authors later present as being predicted by their model to have a synergistic effect. Unless my interpretation of this is incorrect, it appears to be a "self-fulfilling prophecy", i.e. an inappropriate use of the same data in training and verification/test datasets.

      We thank the reviewer for this comment. We have now extensively revised the Figure 2B and edited the text to clarify and better describe the experimental conditions of our multiparametric analysis. As the reviewer stated, we have used different combinations of drugs, including midostaurin and JNK inhibitor to generate two cell-specific predictive models recapitulating the main signal transduction events, down-stream FLT3, occurring in resistant (FLT3ITD-TKD) and sensitive (FLT3ITD-JMD) cells. These experiments were performed by treating cells at very early time points to obtain a picture of the signaling response of FLT3-ITD positive cells. Indeed, we have measured the phosphorylation level of signaling proteins, because at these early time points (90 minutes) we do not expect a modulation of downstream crucial phenotypes, including apoptosis or proliferation. To infer perturbations impacting the apoptosis or proliferation phenotypes, we applied a computational two-steps strategy:

      (1) We extracted key regulators of ‘apoptosis’ and ‘proliferation’ hallmarks from SIGNOR database.

      (2) We applied our recently developed ProxPath algorithm to retrieve significant paths linking nodes of our two optimized models to ‘proliferation’ and ‘apoptosis’ phenotypes.

      This allowed us to evaluate in silico the “proliferation” and “apoptosis” rate upon inactivation of each node of the network. With the proposed approach, we identified JNK as a potential drug target to use in combination with FLT3 to restore sensitivity (i.e. in silico inducing apoptosis and reducing proliferation) of FLT3 ITD-TKD cells. We here want to stress once more that although the first piece of information (the effect of JNK and FLT3 inhibition) on sentinel readouts was provided in the training dataset, the second piece of information (the effect on this treatment over the entire model and, as a consequence, on the cellular phenotype) was purely the results of our computational models. As such, we hope that the reviewer will agree that this could not represent a “self-fulfilling prophecy".

      That said, we understand that this aspect was not clearly defined in the manuscript. For this reason, we have now 1) extensively revised the Figure 2B; 2) edited the text (pg. 6) to clarify the purpose and the results of our approach; and 3) described in further detail (pg. 16-18) the experimental conditions of our multiparametric analysis.

      (2) My most significant criticism is that the proof-of-principle experiment evaluating the combination effects of midostaurin and SP600125 in FLT3-ITD-TKD cell line model does not appear to show any synergism, in my view. The authors' interpretation of the data is that the addition of SP600125 to midostaurin rescues midostaurin resistance and results in increased apoptosis and decreased viability of the midostaurin-resistant cells. Indeed, they write on p.9: "Strikingly, the combined treatment of JNK inhibitor (SP600125) and midostaurin (PKC412) significantly increased the percentage of FLT3ITD-TKD cells in apoptosis (Fig. 4D). Consistently, in these experimental conditions, we observed a significant reduction of proliferating FLT3ITD- TKD cells versus cells treated with midostaurin alone (Fig. 4E)." However, looking at Figs 4D and 4E, it appears that the effects of the midostaurin/SP600125 combination are virtually identical to SP600125 alone, and midostaurin provides no additional benefit. No p-values are provided to compare midostaurin+SP600125 to SP600125 alone but there seems to be no appreciable difference between the two by eye. In addition, the evaluation of synergism (versus additive effects) requires the use of specialized mathematical models (see for example Duarte and Vale, 2022). That said, I do not appreciate even an additive effect of midostaurin combined with SP600125 in the data presented.

      We agree with the reviewer that the JNK inhibitor and midostaurin do not have neither a synergic nor additive effect and we have now revised the text accordingly. It is highly discussed in the scientific community whether FLT3ITD-TKD AML cells benefit from midostaurin treatments. In a recently published retroprospective study of K. Dohner et al. (Rücker et al., 2022), the authors investigated the prognostic and predictive impact of FLT3-ITD insertion site (IS) in 452 patients randomized within the RATIFY trial, which evaluated midostaurin additionally to intensive chemotherapy. Their study clearly showed that “Midostaurin exerted a significant benefit only for JMDsole” patients. In agreement with this result, we have demonstrated that midostaurin treatment had no effects on apoptosis of blasts derived from FLT3ITD-TKD patients (Massacci et al., 2023). On the other hand, we and others observed that midostaurin triggers apoptosis in FLT3ITD-TKD cells to a lesser extent as compared to FLT3ITDJMD cells (Arreba-Tutusaus et al., 2016). The data presented here (Fig. 4) and our previously published papers (Massacci et al., 2023; Pugliese et al., 2023) pinpoint that hitting cell cycle regulators (WEE1, CDK7, JNK) induce a significant apoptotic response of TKI resistant FLT3ITD-TKD cells. Prompted by the reviewer comment, we have now revised the text and discussion (pg.9; 14) highlighting the crucial role of JNK in apoptosis induction.

      (3) In my view, there are significant issues with clarity and detail throughout the manuscript. For example, additional details and improved clarity are needed, in my view, with respect to the design and readouts of the signaling perturbation experiments (Methods, p. 15 and Fig 2B legend). For example, the Fig 2B legend states: "Schematic representation of the experimental design: FLT3 ITD-JMD and FLT3 ITD-JMD cells were cultured in starvation medium (w/o FBS) overnight and treated with selected kinase inhibitors for 90 minutes and IGF1 and TNFa for 10 minutes. Control cells are starved and treated with PKC412 for 90 minutes, while "untreated" cells are treated with IGF1 100ng/ml and TNFa 10ng/ml with PKC412 for 90 minutes.", which does not make sense to me. The "untreated" cells appear to be treated with more agents than the control cells. The logic behind cytokine stimulation is not adequately explained and it is not entirely clear to me whether the cytokines were used alone or in combination. Fig 2B is quite confusing overall, and it is not clear to me what the horizontal axis (i.e. columns of "experimental conditions", as opposed to "treatments") represents. The Method section states "Key cell signaling players were analyzed through the X-Map Luminex technology: we measured the analytes included in the MILLIPLEX assays" but the identities of the evaluated proteins are not given in the Methods. At the same time, the Results section states "TKIs sensitive and resistant cells were subjected to 16 experimental conditions" but these conditions do not appear to be listed (except in Supplementary data; and Fig 2B lists 9 conditions, not 16). In my subjective view, the manuscript would benefit from a clearer explanation and depiction of the experimental details and inhibitors used in the main text of the paper, as opposed to various Supplemental files/Figures. The lack of clarity on what exactly were the experimental conditions makes the interpretation of Fig 2 very challenging. In the same vein, in the PCA analysis (Fig 2C) there seems to be no reference to the cytokine stimulation status while the authors claim that PC2 stratifies cells according to IGF1 vs TNFalpha. There are numerous other examples of incomplete or confusing legends and descriptions which, in my view, need to be addressed to make the paper more accessible.

      We thank the reviewer for his/her comment. We have now extensively revised the text of the manuscript (pg. 6), revised Fig. 2B (now Fig 2C) and methods (pg. 16-18) to improve the clarity of our manuscript, making the take-home messages more accessible. We believe that the revised versions of text and of Figure 2 better explain our strategy and clarify the experimental set up, we added details on the choices of the experimental conditions, and we proposed a better graphic representation of the analysis.

      (4) I am not sure that I see significant value in the patient-specific logic models because they are not supported by empirical evidence. Treating primary cells from AML patients with relevant drug combinations would be a feasible and convincing way to validate the computational models and evaluate their potential benefit in the clinical setting.

      We thank the reviewer for this comment. We have now performed additional experiments in a small cohort of FLT3-ITD positive patient-derived primary blasts. Specifically, we have treated blasts from 2 FLT3ITD-TKD patients and 3 FLT3ITD-JMD+TKD patients with PKC412 (100nM) 24h and/or 10μM SP600125 (JNK inhibitor). After 24h of treatment we have measured the apoptotic rate. As shown below and in the new Fig. 4F (see pg.10, main text), midostaurin triggers higher levels of apoptosis in FLT3ITD-JMD+TKD blasts as compared to FLT3ITD-TKD blasts. Importantly, treatment with the JNK inhibitor SP600125 alone triggers apoptosis in FLT3ITD-TKD blasts, validating the crucial role of JNK in FLT3ITD-TKD cell survival and TKI resistance. The combined treatment of midostaurin and SP600125 increases the percentage of apoptotic cells as compared to midostaurin treatment alone but to a lesser extent than single agent treatment. This result is in agreement with the current debate in the scientific community on the actual beneficial effect of midostaurin treatment in FLT3ITD-TKD AML patients.

      Author response image 1.

      Primary samples from AML patients with the FLT3ITD-TKD mutation (n=2, yellow bars) or the FLT3ITD-JMD/TKD mutation (n=3, blue bars) were exposed to Midostaurin (100nM, PKC412), and JNK inhibitor (10µM, SP600125) for 48 hours, or combinations thereof. The specific cell death of gated AML blasts was calculated to account for treatment-unrelated spontaneous cell death. The bars on the graph represent the mean values with standard errors.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Summary:

      This manuscript by Latini et al describes a methodology to develop Boolean-based predictive logic models that can be applied to uncover altered protein/signalling networks in cancer cells and discover potential new therapeutic targets. As a proof-of-concept, they have implemented their strategy on a hematopoietic cell line engineered to express one of two types of FLT3 internal tandem mutations (FLT3-ITD) found in patients, FLT3-ITD-TKD (which are less sensitive to tyrosine kinase inhibitors/TKIs) and FLT3-ITD-JMD (which are more sensitive to TKIs).

      Strengths:

      This useful work could potentially represent a step forward towards personalised targeted therapy, by describing a methodology using Boolean-based predictive logic models to uncover altered protein/signalling networks within cancer cells. However, the weaknesses highlighted below severely limit the extent of any conclusions that can be drawn from the results.

      Weaknesses:

      While the highly theoretical approach proposed by the authors is interesting, the potential relevance of their overall conclusions is severely undermined by a lack of validation of their predicted results in real-world data. Their predictive logic models are built upon a set of poorlyexplained initial conditions, drawn from data generated in vitro from an engineered cell line, and no attempt was made to validate the predictions in independent settings. This is compounded by a lack of sufficient experimental detail or clear explanations at different steps. These concerns considerably temper one's enthusiasm about the conclusions that could be drawn from the manuscript.

      We thank the reviewer for the thorough review and kind comments about our manuscript. We hope the changes and new data we provide further strengthen it in his or her eyes.

      Some specific concerns include:

      (1) It remains unclear how robust the logic models are, or conversely, how affected they might be by specific initial conditions or priors that are chosen. The authors fail to explain the rationale underlying their input conditions at various points. For example: - at the start of the manuscript, they assert that they begin with a pre-PKN that contains "76 nodes and 193 edges", though this is then ostensibly refined with additional new edges (as outlined in Fig 2A). However, why these edges were added, nor model performance comparisons against the basal model are presented, precluding an evaluation of whether this model is better.

      We understand the reviewer’s concern. We have now complemented the manuscript with an extended version of the proposed modelling strategy offering a detailed description of the pipeline and the rationale behind each choice (Supplementary material, pg.14-19). Furthermore, we also referenced the manuscript to a GitHub repository where users can follow and reproduce each step of the pipeline (https://github.com/SaccoPerfettoLab/FLT3ITD_driven_AML_Boolean_models).

      • At a later step (relevant to Fig S4 and Fig 3), they develop separate PKNs, for each of the mutation models, that contain "206 [or] 208 nodes" and "756 [or] 782 edges", without explaining how these seemingly arbitrary initial conditions were arrived at. Their relation to the original parameters in the previous model is also not investigated, raising concerns about model over-fitting and calling into question the general applicability of their proposed approach. The authors need to provide a clearer explanation of the logic underlying some of these initial parameter selections, and also investigate the biological/functional overlap between these sets of genes (nodes).

      We thank the reviewer for raising this question. Very briefly, the proposed optimization strategy falls in a branch of the modelling, where the predictive model is, indeed, driven by the data (Blinov and Moraru, 2012). From a certain point of view, the scope of optimization is the one of fitting the experimental data in the best way possible. To achieve this, we followed standard practices (Dorier et al., 2016; Traynard et al., 2017). To address the issue of “calling into question the general applicability of their proposed approach”, we have compared the activity status of nodes in the models with ‘real data’ extracted from cell lines and patients’ samples to reassure about the robustness and scalability of the strategy (please see below, response to point 3 pg. 9).

      Finally, as mentioned in the previous point, we have now provided a detailed supplementary material, where we have described all the aspects mentioned by the reviewer: step-by-step changes in the PKN, the choice of the parameters and other details can be traced over the novel text and are also available in the GitHub repository (https://github.com/SaccoPerfettoLab/FLT3-ITD_driven_AML_Boolean_models).

      (2) There is concern about the underlying experimental data underpinning the models that were generated, further compounded by the lack of a clear explanation of the logic. For example, data concerning the status of signalling changes as a result of perturbation appears to be generated from multiplex LUMINEX assays using phosphorylation-specific antibodies against just 14 "sentinel" proteins. However, very little detail is provided about the rationale underlying how these 14 were chosen to be "sentinels" (and why not just 13, or 15, or any other number, for that effect?). How reliable are the antibodies used to query the phosphorylation status? What are the signal thresholds and linear ranges for these assays, and how would these impact the performance/reliability of the logic models that are generated from them?

      We thank the reviewer for this comment as it gives us the opportunity to clarify and better explain the criteria behind the experimental data generation.

      Overall, we revised the main text at page 6 and the Figure 2B to improve the clarity of our experimental design. Specifically, the sentinels were chosen because they were considered indirect or direct downstream effectors of the perturbations and were conceived to serve as both a benchmarking system of the study and a readout of the global perturbation of the system. To clarify this aspect, we have added a small network (compressed PKN) in Figure 2B to show that the proteins (green nodes) we chose to measure in the LUMINEX multiplex assay are “sentinels” of the activity of almost all the pathways included in the Prior knowledge network. Moreover, we implemented the methods section “Multiparametric experiment of signaling perturbation” (pg. 16-18), where we added details about the antibodies used in the assay paired with the target phosphosites and their functional role (Table 3). We also better specified the filtering process based on the number of beads detected per each antibody used (pg. 18). About the reliability of the measurements, we can say that the quality of the perturbation data impacts greatly on the logic models’ performance. xMAP technology been already used by the scientific community to generate highly reproducible and reliable multiparametric dataset for model training (Terfve et al., 2012). Additionally, we checked that for each sentinel we could measure a fully active state, a fully inactive state and intermediate states. Modulation of individual analytes are displayed in Figure S3.

      Author response image 2.

      Partial Figure of normalization of analytes activity through Hill curves. Experimental data were normalized and scaled from 0 to 1 using analyte-specific Hill functions. Raw data are reported as triangles, normalized data and squares. Partial Figure representing three plots of the FLT3 ITD-JMD data (Complete Figure in Supplementary material Fig S3).

      (3) In addition, there are publicly available quantitative proteomics datasets from FLT3-mutant cell lines and primary samples treated with TKIs. At the very least, these should have been used by the authors to independently validate their models, selection of initial parameters, and signal performance of their antibody-based assays, to name a few unvalidated, yet critical, parameters. There is an overwhelming reliance on theoretical predictions without taking advantage of real-world validation of their findings. For example, the authors identified a set of primary AML samples with relevant mutations (Fig 5) that could potentially have provided a valuable experimental validation platform for their predictions of effective drug combination. Yet, they have performed Boolean simulations of the predicted effects, a perplexing instance of adding theoretical predictions on top of a theoretical prediction!

      Additionally, there are datasets of drug sensitivity on primary AML samples where mutational data is also known (for example, from the BEAT-AML consortia), that could be queried for independent validation of the authors' models.

      We thank the reviewer for this comment that helped us to significantly strengthen our story. Prompted by his/her comment, we have now queried three different datasets for independent validation of our logic models. Specifically, we have taken advantage of quantitative phosphoproteomics datasets of FLT3-ITD cell lines treated with TKIs (Massacci et al., 2023), phosphoproteomic data of FLT3-ITD positive patients-derived primary blast (Kramer et al., 2022) and of drug sensitivity data on primary FLT3-ITD positive AML samples (BEAT-AML consortia)

      • Comparison with phosphoproteomic data of FLT3-ITD cell lines treated with TKIs (Massacci et al., 2023)

      Here, we compared the steady state of our model upon FLT3 inhibition with the phosphoproteomic data describing the modulation of 16,319 phosphosites in FLT3-ITD BaF3 cells (FLT3ITD-TKD and FLT3ITD-JMD) upon TKI treatment (i.e. quizartinib, a highly selective FLT3 inhibitor). As shown in the table below and new Figure S5A, the activation status of the nodes in the two generated models is highly comparable with the level of regulatory phosphorylations reported in the reference dataset. Briefly, to determine the agreement between each model and the independent dataset, we focused on the phosphorylation level of specific residues that (i) regulate the functional activity of sentinel proteins (denoted in the ‘Mode of regulation’ column) and (ii) that were measured in this work to train the model. So, we cross-referenced the sentinel protein status in FLT3 inhibition simulation (as denoted in the 'Model simulation of FLT3 inhibition' column) with the functional impact of phosphorylation measured in Massacci et. al dataset (as denoted in the 'Functional impact in quizartinib dataset' column). Points of congruence were summarized in the 'Consensus' column. As an example, if the phosphorylation level of an activating residue decreases (e.g., Y185 of Mapk1), we can conclude that the protein is inhibited (‘Down-reg’) and this is coherent with model simulation in which Mapk1 is ‘Inactive’.

      Author response image 3.

      • Comparison with phosphoproteomic data of FLT3-ITD patient-derived primary blasts (Kramer et al., 2022)

      Using the same criteria, we extended our validation efforts by comparing the activity status of the proteins in the “untreated” simulation (i.e. reproducing the tumorigenic state where FLT3, IGF1R and TNFR are set to be active) with their phosphorylation levels in the dataset by Kramer et al. (Kramer et al., 2022). Briefly, this dataset gathers phosphoproteomic data from a cohort of 44 AML patients and we restricted the analysis to 11 FLT3-ITD-positive patients. Importantly, all patients carry the ITD mutation in the juxta membrane domain (JMD), thus allowing for the comparison with FLT3 ITD-JMD specific Boolean model, exclusively.

      The results are shown in the heatmap below. Each cell in the heatmap reports the phosphorylation level of sentinel proteins’ residues in the indicated patient (red and blue indicate up- or- down-regulated phosphoresidues, respectively). Patients were clustered according to Pearson correlation. We observed a good level of agreement between the patients’ phosphoproteomics data and our model (reported in the column “Tumor simulation steady state”) for a subset of patients highlighted within the black rectangle. However, for the remaining patients, the level of agreement is poor. The main reason is that our work focuses on FLT3-ITD signaling and a systematic translation of the Boolean modeling approach to the entire cohort of AML patients would require the inclusion of the impact of other driver mutations in the network. This is actually a current and a future line of investigation of our group. We have revised the discussion, taking this result into consideration.

      Author response image 4.

      • Comparison with drug sensitivity data on primary FLT3-ITD positive AML samples (BEAT-AML consortia)

      Here we took advantage of the Beat AML programme on a cohort of 672 tumour specimens collected from 562 patients. The BEAT AML consortium provides whole-exome sequencing, RNA sequencing and analyses of ex vivo drug sensitivity of this large cohort of patient-derived primary blasts. We focused on drug sensitivity screening on 134 patients carrying the typical FLT3-ITD mutation in the JMD region. Unfortunately, the ITD insertion in the TKD region is less characterized and additional in-depth sequencing studies are required to identify in this cohort FLT3ITD-TKD positive blasts. Next, we focused on those compounds hitting nodes present in the FLT3ITD-JMD Boolean model. Specifically, we selected drugs inhibiting FLT3, PI3K, mTOR, JNK and p38 and we calculated the average IC50 of FLT3ITD-JMD patient-derived primary blasts for each drug. These results are reported as a bar graph in the new Fig. S5B and below (upper panel) and were compared with the apoptotic and proliferation rate measured in silico simulation of the FLT3ITD-JMD Boolean model. Drug sensitivity screening on primary FLT3ITD-JMD blasts revealed that inhibition of FLT3, PI3K and mTOR induces cell death at low drug concentrations in contrast with JNK and p38 inhibitors showing higher IC50 values. These observations are consistent with our simulation results of the FLT3ITD-JMD model. As expected, in silico inhibition of FLT3 greatly impacts apoptosis and proliferation. Additionally, in silico suppression of mTOR and to a lesser extent PI3K and p38 affect apoptosis and proliferation. Of note, JNK inhibition neither in silico nor in vitro seems to affect viability of FLT3ITD-JMD cells.

      Author response image 5.

      Altogether these publicly available datasets independently validate our models, strengthening the reliability and robustness of our approach.

      We have now revised the main text (pg. 8; 9) and added a new Figure (Fig. S5) in the supplementary material; we collected the results of the analysis in TableS6.

      (4) There are additional examples of insufficient experimental detail that preclude a fuller appreciation of the relevance of the work. For example, it is alluded that RNA-sequencing was performed on a subset of patients, but the entire methodological section detailing the RNA-seq amounts to just 3 lines! It is unclear which samples were selected for sequencing nor where the data has been deposited (or might be available for the community - there are resources for restricted/controlled access to deidentified genomics/transcriptomics data).

      We apologize for the lack of description regarding the RNA sequencing of patient samples. We have now added details of this approach in the method section (pg. 24), clearly explained in text how we selected the patients for the analysis. Additionally, data has now been deposited in the GEO database (accession number: GSE247483).

      The sentences we have rephrased are below:

      “We analyzed the mutational and expression profiles of 262 genes (Table S7), relevant to hematological malignancies in a cohort of 14 FLT3-ITD positive de novo AML patients (Fig. 5A, panel a). Since, follow-up clinical data were available for 10 out of 14 patients (Fig. 5B, Table S9), we focused on this subset of patients. Briefly, the classification of these 10 patients according to their ITD localization (see Methods) was as follows: 8 patients with FLT3ITD-JMD, 4 with FLT3ITD-JMD+TKD, and 2 with FLT3ITD-TKD (Fig. 5A, panel b). The specific insertion sites of the ITD in the patient cohort are shown in Table S8.

      Similarly, in the "combinatory treatment inference" methods, it states "...we computed the steady state of each cell line best model....." and "Then we inferred the activity of "apoptosis" and "proliferation" phenotypes", without explaining the details of how these were done. The outcomes of these methods are directly relevant to Fig 4, but with such sparse methodological detail, it is difficult to independently assess the validity of the presented data.

      Overall, the theoretical nature of the work is hampered by real-world validation, and insufficient methodological details limit a fuller appreciation of the overall relevance of this work.

      We thank the reviewer for the insightful feedback regarding the methodology in our paper.<br /> About ‘real-world validation’ we have extensively replied to this issue in point 3 (pg. 9-14 of this document). For what concerns the ‘insufficient methodological details’, we have made substantial improvements to enhance clarity and reproducibility, that encompass: (i) revisions in the main text and in the Materials and Methods section; (ii) detailed explanation of each step and decisions taken that can be accessed either as an extended Materials and Methods section (Supplementary material, pg. 14-19) and through our GitHub repository (https://github.com/SaccoPerfettoLab/FLT3-ITD_driven_AML_Boolean_models). We sincerely hope this addition addresses concerns and facilitates a more thorough and independent assessment of our work.

      Reviewer #3 (Public Review):

      Summary:

      The paper "Unveiling the signaling network of FLT3-ITD AML improves drug sensitivity prediction" reports the combination of prior knowledge signaling networks, multiparametric cell-based data on the activation status of 14 crucial proteins emblematic of the cell state downstream of FLT3 obtained under a variety of perturbation conditions and Boolean logic modeling, to gain mechanistic insight into drug resistance in acute myeloid leukemia patients carrying the internal tandem duplication in the FLT3 receptor tyrosine kinase and predict drug combinations that may reverse pharmacoresistant phenotypes. Interestingly, the utility of the approach was validated in vitro, and also using mutational and expression data from 14 patients with FLT3-ITD positive acute myeloid leukemia to generate patient-specific Boolean models.

      Strengths:

      The model predictions were positively validated in vitro: it was predicted that the combined inhibition of JNK and FLT3, may reverse resistance to tyrosine kinase inhibitors, which was confirmed in an appropriate FLT3 cell model by comparing the effects on apoptosis and proliferation of a JNK inhibitor and midostaurin vs. midostaurin alone.

      Whereas the study does have some complexity, readability is enhanced by the inclusion of a section that summarizes the study design, plus a summary Figure. Availability of data as supplementary material is also a high point.

      We thank the reviewer for his/her constructive comments about our manuscript. We believe that our story has been significantly strengthened by the changes and new data we provided.

      Weaknesses:

      (1) Some aspects of the methodology are not properly described (for instance, no methodological description has been provided regarding the clustering procedure that led to Figs. 2C and 2D).

      We apologize for the lack of proper description of the methodology. We have extensively revised the methods section and worked to improve the clarity. We have now added a description of the clustering procedures in the methods section (pg. 19) of new Fig. S2D., Fig. S2E.

      It is not clear in the manuscript whether the patients gave their consent to the use of their data in this study, or the approval from an ethical committee. These are very important points that should be made explicit in the main text of the paper.

      We thank the reviewer for this comment. We have now added the following sentence (pg. 24): “Peripheral blood (PB) samples from 14 AML patients were obtained upon patient’s informed consent.”

      The authors claim that some of the predictions of their models were later confirmed in the follow-up of some of the 14 patients, but it is not crystal clear whether the models helped the physicians to make any decisions on tailored therapeutic interventions, or if this has been just a retrospective exercise and the predictions of the models coincide with (some of) the clinical observations in a rather limited group of patients. Since the paper presents this as additional validation of the models' ability to guide personalized treatment decisions, it would be very important to clarify this point and expand the presentation of the results (comparison of observations vs. model predictions).

      As described in the introduction section, this study was inspired by an urgent clinical problem in AML research: patients carrying the ITD in the TKD domain of the FLT3 receptor display poor prognosis and do not respond to current therapy: Midostaurin (which on the other hand is effective in patients with the ITD in the JMD domain).

      To fill this gap, we gathered a team of 18 participants, of which 7 have a clinical background and have expertise in the diagnosis, treatment and management of AML patients and 5 are experts in Boolean modeling. The scope of the project is the development of a computational approach to identify possible alternative solutions for FLT3ITD-TKD AML patients, generating future lines of investigations. Drug combinations are currently under investigation as a potential means of avoiding drug resistance and achieving more effective and durable treatment responses. However, it is impractical to test for potential synergistic properties among all available drugs using empirical experiments alone. With our approach, we developed models that recreated in silico the main differences in the signaling of sensitive and resistant cells to support the prioritization of novel therapies. Prompted by the reviewer suggestions, we have now extended the validation of our models, through the comparison with publicly available cell lines and patient-derived dataset. We have also confirmed our results by performing in vitro experiments in patient-derived primary blasts treated with midostaurin and/or JNK inhibitor. Importantly, we have already demonstrated that hitting cell cycle regulators in FLT3ITD-TKD cells can be an effective approach to kill resistant leukemia cells (Massacci et al., 2023; Pugliese et al., 2023). We are aware that changing the clinical practice and the therapies for patients require a proper clinical study which goes far beyond the scope of this manuscript.

      However, we hope that our results can be translated soon from “bench-to-bed”. Importantly, we believe that our study can open lines of investigations aimed at the application of our approach to identify promising therapeutic strategies in other clinical settings.

      Recommendations for the authors

      The reviewers have highlighted significant issues regarding the inadequate level of evidence to support some of the conclusions, plus lack of an exhaustive methodological description that may jeopardize reproducibility.

      We hope that the editor and the reviewers will appreciate the extensive revision we made and new data and analysis we provided to strengthen our story.

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      (1) In Fig 2D the hierarchical tree is off-set in relation to the treatment symbols and names in the middle of the Figure. In addition, I do not see FLT3i combination with JNKi in the JMD cells (perhaps, a coloring error?).

      We thank the reviewer for this observation. We have now revised the hierarchical tree, which is now in Figure S2D, we have aligned the tree with the symbols and names and corrected the colouring error for the sample FLT3i+JNKi in JMD cells.

      (2) Midostaurin and PKC412 refer to the same drug and are used interchangeably in the manuscript. Using one name consistently would improve readability.

      We have now improved the readability of the text and the Figures by choosing “Midostaurin” when we refer to the FLT3 inhibitor.

      (3) It is not clear to me why the FLT3-ITD-JMD cells are not presented in Fig. 4B. Perhaps their values are 0? In that case, the readability would be improved by including a thin blue line representing zero values. Additionally, on p.8 the authors state "Interestingly, in the FLT3ITDTKD model, the combined inhibition of JNK and FLT3, exclusively, in silico restores the TKI sensitivity, as revealed by the evaluation of the apoptosis and proliferation levels (Fig. 4B-C)." but Fig. 4C shows no differential effects of JNK inhibition in sensitive versus resistant cells.

      To address the reviewer's point, we’ve added a thin blue line representing the zero values of the FLT3ITD-JMD in the results of the simulations in Figure 4B. Regarding the Figure 4C, the reviewer is right in saying that there is no difference in terms of proliferation between sensitive and resistant cells upon JNKi and FLT3i co-inhibition. However, we can see lower proliferation levels in both cell lines as compared to the “untreated” condition. Indeed, the simulation suggests that by combining JNK and FLT3 inhibition we restore the resistant phenotype lowering the proliferation rate of the resistant cells to the TKI-sensitive levels.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      I have addressed a number of concerns in the public review. Much better effort needs to be made to provide sufficient methodological detail (to permit independent validation by a sufficiently capable and motivated party) and explain the rationale of important parameter selections. Furthermore, I urge the authors to take advantage of the plethora of publicly available real-world data to validate their predicted outcomes.

      We are grateful to the reviewer for the careful revisions. All the aspects raised have been discussed in the specific sections of the public review. In summary, we have provided more methodological details, by revising the text, the methods session, by adding a new step-by-step description of the modelling strategy, the parameters and the criteria adopted in each phase (supplementary methods) and by referring to the entire code developed. Prompted by the reviewer suggestions, we have performed a novel and extensive comparison of our model with three different publicly available datasets. This analysis significantly strengthens our story, and a new supplementary Figure (Fig. S5) summarizes our findings (pg. 9-14 of this document).

      Reviewer #3 (Recommendations For The Authors):

      (1) At first sight, the distribution of the data points in the PCA space does not really seem to speak of nice clustering. Have the authors computed any clustering validation metric to assess if their clustering strategy is adequate and how informative the results are? Further analysis of this point of the article is precluded by the absence of a clear methodological description.

      Here we have used the PCA analysis to obtain a global view of our complex multiparametric data. We have now worked on the PCA to improve its readability. As shown in the new Figure 2D, PCA analysis showed that the activity level of sentinel proteins stratifies cells according to FLT3 activation status (component 1: presence vs absence of FLT3i) and cytokine stimulation (component 2: IGF1 vs TNF⍺). We have now added new experimental details on this part in the methods section (pg. 19) and we deposited the code used for the clustering strategy on the GitHub repository (https://github.com/SaccoPerfettoLab/FLT3ITD_driven_AML_Boolean_models).

      (2) Whereas scientists and medical professionals who work in the field of oncology may be familiar with some of the abbreviations used here, it would be good for improved readability by a more general audience to make sure that all the abbreviations (e.g., TKI) are properly defined the first time that they appear in the text.

      We thank the reviewer for this observation. To improve the readability of the text, we properly defined all the abbreviations in their first appearance, and we added the “Abbreviation” paragraph at page 15 of the manuscript to summarize them all.

      (3) How were the concentrations of the combined treatments chosen in the cell assays used as validation?

      We thank the reviewer for giving us the chance to clarify this point. We implemented the Methods with additional information about the treatments used in the validations. We detailed the SP600125 IC50 evaluation and usage in our cell lines (pg.22): IC50 values are approximately 1.5 µM in FLT3-ITD mutant cell lines; the SP600125 treatment affects cell viability, reaching a plateau phase of cell death and at about 2 µM. I used the minimal dose of SP600125 (10µM) to properly inhibit JNK. (Kim et al., 2010; Moon et al., 2009).

      We also specified (pg.22) that the concentration of Midostaurin was chosen based on the previously published work (Massacci et al., 2022): FLT3 ITD-TKD cells treated with Midostaurin 100nM show lower apoptotic rate and higher cell viability compared to FLT3 ITD-JMD cells.

      The concentration of SB203580 and UO126 was chosen based on previous data available in the lab and set up experiments (pg.22).

      (4) The authors say that "we were able to derive patient-specific signaling features and enable the identification of potential tailored treatments restoring TKI resistance" and that "our predictions were confirmed by follow-up clinical data for some patients". However, the results section on this part of the manuscript is rather scarce (the main text should be much more descriptive about the results summarized in Fig. 5, which are not self-explanatory).

      We thank the reviewer for this observation. We have now expanded the text to provide a more comprehensive description of the results about personalized Boolean model generation and usage and the content presented in Fig. 5 (pg.10-12).

      (5) I do not really agree with the final conclusion about this paper being "the proof of concept that our personalized informatics approach described here is clinically valid and will enable us to propose novel patient-centered targeted drug solutions". First, the clinical data used here belongs to a rather low number of patients. Second, as mentioned before, it is not clear if the models have been used to make any prospective decision or if this conclusion is drawn from an in vitro assay plus a retrospective analysis on a limited number of patients. Moreover, a description of the results and the discussion of the part of the manuscript dealing with patientspecific models is rather scarce, and it is difficult to see how the authors support their conclusions. Also, the statement " In principle, the generalization of our strategy will enable to obtain a systemic perspective of signaling rewiring in different cancer types, driving novel personalized approaches" may be a bit overoptimistic if one considers that so far, the approach has only been applied to a single type of drug-resistant cancer.

      We thank the reviewer for this comment. We agree with the referees that the clinical data we used belongs to a rather low number of patients. However, during the revision we have extensively worked to support the clinical relevance of our models and our discoveries. Specifically, we have compared our Boolean logic models with two different publicly available datasets on phosphoproteomics and drug sensitivity of FLT3ITD-JMD and FLT3ITD-TKD cell lines and blasts (FigS5 and answer to reviewer 2, point 3). Importantly, these datasets independently validated our models, highlighting that our approach has a translational value. Additionally, we have performed novel experiments by measuring the apoptotic rate of patient-derived primary blasts upon pharmacological suppression of JNK (Fig. 4H, pg. 10 of main text). Our data highlights that our approach has the potential to suggest novel effective treatments.

      That said, we have now revised the discussion to avoid overstatements.

      References

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      Kramer, M.H., Zhang, Q., Sprung, R., Day, R.B., Erdmann-Gilmore, P., Li, Y., Xu, Z., Helton, N.M., George, D.R., Mi, Y., Westervelt, P., Payton, J.E., Ramakrishnan, S.M., Miller, C.A., Link, D.C., DiPersio, J.F., Walter, M.J., Townsend, R.R., Ley, T.J., 2022. Proteomic and phosphoproteomic landscapes of acute myeloid leukemia. Blood 140, 1533–1548. https://doi.org/10.1182/blood.2022016033

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      Pugliese, G.M., Venafra, V., Bica, V., Massacci, G., Latini, S., Graziosi, S., Fischer, T., Mougiakakos, D., Boettcher, M., Perfetto, L., Sacco, F., 2023. Impact of FLT3-ITD location on cytarabine sensitivity in AML: a network-based approach. Leukemia 37, 1151–1155. https://doi.org/10.1038/s41375-023-01881-5

      Rücker, F.G., Du, L., Luck, T.J., Benner, A., Krzykalla, J., Gathmann, I., Voso, M.T., Amadori, S., Prior, T.W., Brandwein, J.M., Appelbaum, F.R., Medeiros, B.C., Tallman, M.S., Savoie, L., Sierra, J., Pallaud, C., Sanz, M.A., Jansen, J.H., Niederwieser, D., Fischer, T., Ehninger, G., Heuser, M., Ganser, A., Bullinger, L., Larson, R.A., Bloomfield, C.D., Stone, R.M., Döhner, H., Thiede, C., Döhner, K., 2022. Molecular landscape and prognostic impact of FLT3-ITD insertion site in acute myeloid leukemia: RATIFY study results. Leukemia 36, 90–99. https://doi.org/10.1038/s41375-021-01323-0

      Terfve, C., Cokelaer, T., Henriques, D., MacNamara, A., Goncalves, E., Morris, M.K., van Iersel, M., Lauffenburger, D.A., Saez-Rodriguez, J., 2012. CellNOptR: a flexible toolkit to train protein signaling networks to data using multiple logic formalisms. BMC Syst Biol 6, 133. https://doi.org/10.1186/1752-0509-6-133

      Traynard, P., Tobalina, L., Eduati, F., Calzone, L., Saez-Rodriguez, J., 2017. Logic Modeling in Quantitative Systems Pharmacology: Logic Modeling in Quantitative Systems Pharmacology. CPT Pharmacometrics Syst. Pharmacol. 6, 499–511. https://doi.org/10.1002/psp4.12225

    2. Reviewer #3 (Public Review):

      Summary: The paper "Unveiling the signaling network of FLT3-ITD AML improves drug sensitivity prediction" reports the combination of prior knowledge signaling networks, multiparametric cell-based data on the activation status of 14 crucial proteins emblematic of the cell state downstream of FLT3 obtained under a variety of perturbation conditions and Boolean logic modeling, to gain mechanistic insight into drug resistance in acute myeloid leukemia patients carrying the internal tandem duplication in the FLT3 receptor tyrosine kinase and predict drug combinations that may reverse pharmacoresistant phenotypes. Interestingly, the utility of the approach was validated in vitro and using real-world data.

      Strengths:

      The model predictions have been validated in vitro and using external data.

      This is a complex study, but readability is enhanced by the inclusion of a section that summarizes the study design, plus relevant figures. The availability of data as supplementary material and the availability of code in GitHub are also high points.

      Weaknesses:

      There are some apparent discrepancies between predicted and observed data that have been seemingly overlooked.

    1. ABSTRACTAs genomic sequencing technology continues to advance, it becomes increasingly important to perform joint analyses of multiple datasets of transcriptomics. However, batch effect presents challenges for dataset integration, such as sequencing data measured on different platforms, and datasets collected at different times. Here, we report the development of BatchEval Pipeline, a batch effect workflow used to evaluate batch effect on dataset integration. The BatchEval Pipeline generates a comprehensive report, which consists of a series of HTML pages for assessment findings, including a main page, a raw dataset evaluation page, and several built-in methods evaluation pages. The main page exhibits basic information of the integrated datasets, a comprehensive score of batch effect, and the most recommended method for removing batch effect from the current datasets. The remaining pages exhibit evaluation details for the raw dataset, and evaluation results from the built-in batch effect removal methods after removing batch effect. This comprehensive report enables researchers to accurately identify and remove batch effects, resulting in more reliable and meaningful biological insights from integrated datasets. In summary, the BatchEval Pipeline represents a significant advancement in batch effect evaluation, and is a valuable tool to improve the accuracy and reliability of the experimental results.

      This work has been published in GigaByte Journal under a CC-BY 4.0 license (https://doi.org/10.46471/gigabyte.108) as part of our Spatial Omics Methods and Applications series (https://doi.org/10.46471/GIGABYTE_SERIES_0005), and has published the reviews under the same license as follows:

      **Reviewer 1. Chunquan Li **

      1. Page 1, Lines 14-16. The authors indicate that “it is crucial to thoroughly investigate the batch effects in the dataset before integrating and processing the data”. The term “thoroughly” may be not accurate enough. The current method can alleviate the batch effects, but it can’t thoroughly solve the related problems. In addition, this work proposes a batch evaluation tool, such “reasonably evaluate the batch effects” may be more accurate than “thoroughly investigate the batch effects”.
      2. In Figure 1, does the first box is “integrated datasets”?
      3. Page 5, Line 168, and Page 6, Lines 169-175, the content of these two paragraphs is similar, with some redundant descriptions. It is recommended to organize and write them into one paragraph.
      4. There is Table 1 in the table list, but Table 1 is missing in the main text.
      5. Page 8, Discussion section, it is better to discuss the differences between the proposed tool and a similar tool “batchQC”, especially the advantages of the proposed tool.
      6. Some other minor issues: Page 1, Line 22, “to do so” should be “to do it”. Page 3, Line 100, Ref. [13] should be cited when it first appears on Line 97. Page 4, Line 114 and Page 5, Line 146, “UMAP” should be given its full name when it first appears and abbreviated directly in the following text. The variable should be in italics, such as “p” on Page 4, Line 119, “H” on Page 6, Line 184.

      Reviewer 2. W. Evan Johnson and Howard Fan

      Is the source code available, and has an appropriate Open Source Initiative license (https://opensource.org/licenses) been assigned to the code?

      Yes. However, the code could use substantial improvements.

      Is installation/deployment sufficiently outlined in the paper and documentation, and does it proceed as outlined?

      No. The manuscript is missing a section describing the software and its implementation.

      Is there enough clear information in the documentation to install, run and test this tool, including information on where to seek help if required?

      Yes. But it took a while to get it installed.

      Have any claims of performance been sufficiently tested and compared to other commonly-used packages?

      No. I think the most glaring deficiency in the paper is the lack of comparison with other methods. For example, there is no comparison of the tools available in BatchEval compared to other methods, such as BatchQC. Also, they mention that BatchQC might not work on larger datasets, but they perform no performance evaluation for BatchEval, and no comparison with BatchQC to demonstrate improved performance.

      Are there (ideally real world) examples demonstrating use of the software?

      Yes. Missed opportunity--I think the most exciting thing I observed from the paper was that the example data were from spatial transcriptomics data! To my knowledge, existing batch effect methods are not directly adapted to manage these data (although they did mention tools like BatchQC cannot handle large datasets, which may be true). But they don’t mention anything about batch adjustment/evaluation in spatial data in the manuscript. I feel that if the authors address this niche it would increase the value/impact of their work!

      Additional Comments:

      This review was conducted and written by Evan Johnson, who developed the competing BatchQC software.

      The authors provide an interesting toolkit for assessing batch effects in genomics data. The paper was clear and well-written, albeit I had a few concerns (see below). We were also able to download the associated software and test it out (comments below as well).

      I think the most exciting thing I observed from the paper was that the example data were from spatial transcriptomics data! To my knowledge, existing batch effect methods are not directly adapted to manage these data (although they did mention tools like BatchQC cannot handle large datasets, which may be true). But they don’t mention anything about batch adjustment/evaluation in spatial data in the manuscript. I feel that if the authors address this niche it would increase the value/impact of their work!

      In addition, this toolkit is written in Python, while BatchQC and other tools are written in R, so this is an advantage of the method as well—it addresses an audience that uses Python for gene expression analysis (not as big as the R community, but substantial). Their Python toolkit might also be more accessible to implementation in a pipeline workflow (for a core or large project) than R-based tools like BatchQC—this might be important to mention this as well.

      I think the most glaring deficiency in the paper is the lack of comparison with other methods. For example, there is no comparison of the tools available in BatchEval compared to other methods, such as BatchQC. Also, they mention that BatchQC might not work on larger datasets, but they perform no performance evaluation for BatchEval, and no comparison with BatchQC to demonstrate improved performance.

      Similarly, the authors claim: “Manimaran [10] has developed user-friendly software for evaluating batch effects. However, the software does not take into account nonlinear batch effects and may not be able to provide objective conclusions.” I don’t understand what the authors mean by “may not be able to provide objective conclusions” – BatchQC provides – several visual and numerical evaluations of batch effect – more so than even the proposed BatchEval does. Did the authors mean something else, maybe that the lack of non-linear correction may lead to less accurate conclusions?

      A related concern: does BatchEval provide non-linear adjustments? I may have missed this, but it seems that BatchEval is not providing non-linear adjustments either. Also, regarding non-linear adjustments, the authors should show in an example the problems with a lack non-linear adjustments and show that pre-transforming the data before using BatchQC does not perform as well as the non-linear BatchEval adjustments.

      In Equation 10, should “batchScore” be BatchEvalScore?

      Also, in the bottom of Figure on page 15, should the “BatchQCScore” also be BatchEvalScore??

      The manuscript is missing a section describing the software and its implementation.

      I asked my research scientist, who recently graduated with his PhD in Bioinformatics, to assess the software and examples. First of all, much of the software is named “BatchQC”. I think this is confusing, since the method is really named BatchEval and it will be confused with BatchQC which is another existing/competing software. Furthmore, it took him a significant effort to install the BatchEval software and get is working on our cluster. I would recommend the authors make their software more accessible and easier to install.

      The output of the software was a nice .html report diagnosing the batch effects in the data—very useful (attached is a combined .pdfs of the .htmls that we generated). We were also able to generate a report for the harmony adjusted example using their code. One major disadvantage was that these reports are separate files, and this could get very complicated comparing cases using multiple batch effect methods that will all be in separate reports (refer to a recent single cell batch comparison that compared more than a dozen methods – Tran et al. Genome Biology, 2020 – it would be hard to use BatchEval for this comparison).

      Also, it seems that the user is required to conduct the batch correction themselves, BatchEval does not help with the correction except for their example code for Harmony.

      Finally, on comparing the raw and Harmony adjusted datasets, inspection of the visual assessments (e.g. PCA) show some improvement—although not a perfect correction. But must of the numerical assessments are still the sample. The BatchEvalScore in both cases leads to the conclusion “Need to do batch effect removal”. What’s missing is the difference or improvement that Harmony makes on its correction. Maybe this is just because Harmony doesn’t fully remove the batch effects? Or is there something not working in the code? Might be good to see another example where the batch effect correction improves the BatchEvalScore significantly.

      Additional Files: https://gigabyte-review.rivervalleytechnologies.com/journal/gx/download-files?YXJ0aWNsZT00NDImZmlsZT0xNzEmdHlwZT1nZW5lcmljJnZpZXc9dHJ1ZQ~~

      Re-review:

      I find this paper to be much improved in this version. The authors have clearly worked hard to address my concerns and have addressed them in a satisfactory manner. I fully support the publication of this paper, and I believe their tools are a nice addition to the field.

    1. Two-factor authentication, or two-step authentication, is a login process where the user is asked to provide two authentication points, such as a password and a code shared through a text message. Two-factor authentication enhances login security.

      While two-factor authentication is a great method for authorizing identity, it does have it's drawbacks. One example is if you use your cell phone number and you change phone numbers. It can be very difficult to access your account and you may have to go through lots of red tape! Speaking from personal experience.

    2. Two-factor authentication, or two-step authentication, is a login process where the user is asked to provide two authentication points, such as a password and a code shared through a text message. Two-factor authentication enhances login security.

      Two-factor authentication is such a blessing sometimes! It can be a little annoying because it takes more time to access sites but it is so worth it by protecting your information. The only downside is the trouble you may have to go through if you cannot remember your password, safeword, etc.

    1. Regardless of the native tongue of the subjects, or whether they were baboons, college students or robots, the results were the same. When individuals passed the code on to one another, the code became simpler but also less precise.

      this is strange because baboons and humans are from the same evolution

    1. Vous pouvez retrouver le code du screencast dans le repository GitHub de cette partie du cours : le fichier HTML et le fichier JS.

      le lien ne correspond pas aux bon fichiers, en plus de ça le code ne correspond pas du tout à celui de la vidéo, c'est vraiment inacceptable sachant que le cours est présenté pour des débutants qu'ils ont besoins de comprendre étapes par étape

    1. a production version in assembly code

      production version in assembly

    1. Caller Site vs. Type (HCF - family, Other - code)???

    Annotators

    1. dernière question de la part de Cécile qui dit pour un scénario complexe vaut-il mieux faire une seule 01:18:16 automatisation ou décomposer en plusieurs étapes
    2. Gérald qui demande lorsque le collaborateur s'en va comment fait-on pour récupérer les flux d'automatisation problématique qui paraît doit se présenter régulièrement 01:16:23 en amont ce sujet là et donc aujourd'hui l'idée c'est que ces outils là soient utilisés et là tout à l'heure clairement Erwan a dit à me connecter j'ai pas mon 01:16:37 outil de mot de passe clairement nous chez nos codes forgots on utilise un outil qui nous permet de sauvegarder les mots de passe pour que l'ensemble des membres y est axé pour se connecter aux outils qu'on a décidé d'utiliser pour 01:16:48 pour le fonctionnement de la plateforme et du reste et donc en gros si moi je suis absent ou pour X raisons la Saône n'est pas bloquée parce que les mots de passe sont dans ce coffre-fort qui est 01:16:59 qui est protégé et commun à quelques-uns d'entre nous
    3. troisième cas ah il y a pas d'intégration de pire et ben là il faut regarder si l'outil a une API l'API c'est le tuyau qui va vous 01:13:58 permettre de venir vous connecter à l'outil par contre c'est un peu plus technique ça avec du code je vous raconte pas je vous dis à l'époque que je sais ce fondateur de simplon.co les API on voyait ça au bout du cinquième mois de formation au code c'est complexe 01:14:10 mais en de nos codes avec zapper ou avec Make on a déjà vu des gens qui avaient trois jours dans les pattes et qui ont commencé à interconnecter les API voire moins donc vous pouvez vous connecter à un service s'il a une API via zapia ou 01:14:24 via mage qui a un outil qui a une fonctionnalité de connexion aux API et s'il y a pas d'API et ben vous avez qu'à demander à l'outil qui fasse une API parce que ça veut dire qu'il est pas connectable
    4. Benjamin se demande si s'il cherche des logiciels qu'ils utilisent mais qu'aucun figure sur les outils ne codes est-ce que dans 01:13:05 ce cas-là c'est possible de créer la liaison
    5. qu'est-ce que ce serait des exemples un peu pour mettre la main à la pâte en sortant de ce webinaire
    6. je remets la slide où il y avait des 01:08:58 exemples qui sont une dizaine d'exemples parmi des centaines possible
    7. par exemple chez solidatech on se sert à la fois de 01:07:42 RTBF et de et de zappyer pour interconnecter justement nos posts sur les réseaux sociaux mais en fait ça permet de centraliser aussi bien Twitter que LinkedIn que 01:07:57 Twitter etc et ça nous permet de conserver un historique centralisé au même endroit sans avoir justement besoin au cas par cas d'aller voir ce qu'on a publié sur Twitter et en même temps sur Facebook etc et en fait tout en se 01:08:09 mettant en forme à calendrier on a les choses très clairement notre historique et donc on sait que bah oui on a déjà publié il y a trois mois sur Twitter tel sujet on va plutôt varier les plaisirs ou au contraire en parler sur Facebook pour pas oublier
    8. on a une question de Gabriel qui qui est en plein dans le sujet des 01:06:08 automatisations et qui me paraissait pertinente qui demande avant d'automatiser des tâches comment savoir si les outils les applis sur lesquels on travaille sont interconnectables
    9. démo de 20 secondes
    10. rtbble dont parlait à Roanne propose une réduction de 50% 00:56:52 pour le secteur associatif sachant que typiquement rtbble c'est vraiment parmi les outils de code un de ceux je pense dont il y a le plus de chances que la version gratuite vous suffit amplement moi je vais chez solidatech on se contente de la 00:57:04 on s'est contenter longtemps de la version gratuite et et on a vraiment pu faire déjà beaucoup de choses avec
    11. des questions sur les tarifs de de toutes ces solutions
    12. les outils no code c'est il y a une version gratuite puis 10 euros par 00:48:24 mois ou 20 euros par mois
    13. Résumé de la vidéo [00:00:00][^1^][1] - [01:22:34][^2^][2]:

      Cette vidéo est un webinaire organisé par Solidatech et Contournement, deux programmes de solidarité numérique qui aident les associations à renforcer leur impact grâce au numérique. Le webinaire présente les concepts et les outils du no code, c'est-à-dire la possibilité de créer des sites web, des applications, des outils internes et des automatisations sans avoir besoin de coder. Le webinaire explique les avantages du no code pour les associations, les différents types d'outils disponibles, les bonnes pratiques à adopter, et propose des démonstrations concrètes de création de projets no code.

      Points clés: + [00:00:00][^3^][3] Présentation de Solidatech * Programme de solidarité numérique créé en 2008 * Facilite l'accès au numérique financièrement et accompagne aux usages * Propose des logiciels à tarif réduit, du matériel reconditionné, des ressources, des webinaires et des formations + [00:04:53][^4^][4] Présentation de Contournement * Programme de solidarité numérique créé en 2017 * Aide les associations à créer des sites, des applis et des automatisations sans coder * Propose des vidéos, des podcasts, des formations en ligne et des offres solidaires + [00:08:10][^5^][5] Introduction au no code * No code = créer des projets numériques visuellement sans écrire de code * Avantages : gain de temps, d'argent, d'autonomie, de créativité * Inconvénients : dépendance aux éditeurs, limites techniques, besoin de se former + [00:14:29][^6^][6] Panorama des outils no code * Différents types d'outils selon les besoins : site web, appli mobile, outil interne, automatisation, etc. * Différents niveaux d'accessibilité selon les compétences : débutant, confirmé, avancé * Exemples d'outils : Dorik, Webflow, Bubble, Glide, Zapier, Airtable, Notion, etc. + [00:20:10][^7^][7] Démonstration de Zapier * Zapier = outil no code qui permet d'interconnecter des outils entre eux pour automatiser des tâches * Exemple : automatiser le traitement des candidatures à une formation * Explication pas à pas de la création d'un zap (automatisation) + [00:29:00][^8^][8] Démonstration de Softr * Softr = outil no code qui permet de créer des sites web et des applis à partir de bases de données Airtable * Exemple : créer un site de recrutement pour les métiers du no code * Explication pas à pas de la création d'un site avec Softr + [00:36:38][^9^][9] Bonnes pratiques du no code * Commencer par définir son besoin et son objectif * Choisir l'outil le plus adapté à son projet * Se former et se documenter sur l'outil choisi * Tester et itérer son projet * Se faire accompagner par des experts si besoin + [00:39:34][^10^][10] Questions-Réponses * Réponses aux questions des participants sur le no code, les outils, la sécurité, le rgpd, etc. * Présentation d'un bon d'achat de 80 euros valable un mois sur les formations de Contournement * Conclusion et remerciements

    14. partage les coulisses de contournement là vous voyez un tableau dans le ça alors on va juste faire un truc c'est imaginons que je veux veiller à chaque 00:33:09 fois qu'il y a le mot clé #noode sur Twitter ou alors qu'il y a hâte solidatech
    15. exemple maison c'est nos codes for good
    1. [00'00'09] Ces travaux s'intéressent à la place et au rôle. [00'00'14] De l'école et des structures socio-éducatives dans la construction des iniques des inégalités sociales et scolaires. [00'00'21] Il étudie les processus de scolarisation en lien avec les processus de socialisation et ça, ça nous intéresse particulièrement dans l'équipe vissée. [00'00'33] Donc articulations, deux de ces processus sur les territoires. [00'00'38] Les plus sensibles. [00'00'41] Ces interrogations de recherche. Alors je vais en donner quelques-unes et puis il développera. Comment les professionnels gérent-ils les désordres dans des institutions éducatives normées? [00'00'53] Comment sont décennies? comment sont désignés, comment sont nommés ces enfants et ces jeunes en difficulté? [00'00'59] Quelles sont les politiques publiques mises en place pour les prévenir ou les gérer? qu'en est-il d'une prise en charge spécialisée ou d'une protection éducative? va prolonger le débat de ce matin. [00'01'09] Que nous apprennent aussi les évaluations des politiques et des programmes de prévention sur la violence à l'école, le décrochage scolaire ou la délinquance juvénile. [00'01'20] Benjamin moignard a coordonné une recherche qui s'intitulait lutter contre le décrochage scolaire par la prévention de la violence entre pairs et la justice restaurative en milieu scolaire. [00'01'32] Il codirige actuellement: [00'01'35] Une recherche à heiner avec eric debarbieux sur la prévention des violences à l'école. [00'01'42] Voilà. [00'01'46] Merci. [00'01'47] Cette présentation. [00'01'49] Merci beaucoup de l'invitation, genet. [00'01'52] C'est très agréable de pouvoir. [00'01'55] Venir vous présenter mes résultats de ces travaux et puis de d'intervenir dans le cadre d'une journée d'étude en plus qui qui s'inscrit dans la durée, parce que y'a pas beaucoup d'universités qui qui réussissent. [00'02'06] Comme ça avoir une septième édition. [00'02'09] De ces, de ces journées d'études. [00'02'12] Je suis très heureux de pouvoir y contribuer. [00'02'14] Contribuer cette année. [00'02'16] J'ai profité de l'occasion pour présenter un projet de recherche. [00'02'22] Pas de recherche de coloc. [00'02'24] Pas encore. [00'02'25] Officialisé, qui va être officialisé d'ici une dizaine de jours. [00'02'30] C'est un colloque, le seize, dix, sept, dix, huit novembre deux mille seize, qui se tiendra à l'université paris-est créteil. [00'02'36] Autour d'eux des nouvelles problématiques éducatives, avec un enjeu qui est celui de penser des questions. [00'02'43] Qui sont souvent prises sous l'angle des milieux professionnels. [00'02'49] Travail social d'un côté comme de l'autre. [00'02'52] L'un des enjeux de ce colloque, c'est penser ces questions ensemble et sur les trois journées. Il y aura une journée qui sera aussi consacrée à restituer des expérimentations de terrain, des projets de terrain autour de ces nouvelles problématiques éducatives. [00'03'07] Avec quatre langues dans ce colloque: français, l'anglais, le portugais espagnol. [00'03'12] Et des des intervenants du terrain, qui viendront aussi de ne pas mal d'endroits du monde. Donc, je me permets de me faire cette. Cette information peut intéresser certains d'entre vous. [00'03'30] Alors sur la ma présentation pour cet après-midi manger. [00'03'35] J'ai l'avantage intervenir en deuxième sept jours. [00'03'39] Agréable parce qu'en plus, j'avais une power point avant. Donc je savais qu'il y avait certaines choses sur laquelle je n'avais pas besoin de revenir. Donc, je vais pas reprendre un certain nombre de choses que tu as déjà présenté. [00'03'52] Qui ont été présentés ici ce matin sur les questions de définition notionnels. J'en parlerai un petit peu, mais mais assez rapidement. [00'04'01] Je vais m'appuyer pour pour mettre au travail avec vous cette question de d'une urgence, sur une recherche que j'ai menée autour des exclusions temporaires au collège. [00'04'13] En région parisienne. [00'04'15] En particulier, et en prenant c'est cette recherche comme un révélateur de la manière avec laquelle on on peut s'intéresser à ce que j'appelle la recomposition des espaces scolaires et éducatifs, comment les acteurs éducatifs, au sens large du terme, non pas seulement d'un point de vue, [00'04'35] Scolaire, mais bien aussi beaucoup d'autres acteurs éducatifs. Il y en a dans la salle. [00'04'39] Quand s'opère. Je pense à des dispositifs municipaux, para municipaux, je pense aux au développement, dans les conseils généraux, les conseils régionaux, d'un certain nombre de formes d'encadrement de la jeunesse qui n'existaient pas il y a dix ou quinze ans et qui marque une recomposition forte des espaces scolaires éducatifs et qui interrogent peut-être de manière [00'04'59] Un peu spécifique, mais certains aspects. [00'05'03] Des situations, des situations d'urgence. [00'05'08] Je vous présenterai cette salle intervention. Il y aura quatre grandes grandes parties. [00'05'15] D'abord poser et prendre le temps. [00'05'18] Une dizaine de minutes de, de poser le contexte et punir les entrées théoriques qui sont les miennes. [00'05'24] Pour voir un peu d'où je parle et puis mettre aussi éventuellement en discussion certains postulats que je vais poser d'entrée. Certains peuvent être un peu. [00'05'34] Choquant. J'ai passé un terme, en tout cas interpellé, donc n'hésitez pas à m'interpeller ensuite sur c'est sur ces postulats. [00'05'42] Mais c'est important de ne de situer de delahousse pas. [00'05'46] Deuxième partie de l'intervention. [00'05'50] Qui portera plus particulièrement sur le fait de rendre compte de ce que c'est que ces exclusions temporaires et de leurs mesures. Il y a très peu de mesures sur ces, ce type de sanction, qui est une sanction relativement dure dans l'arsenal. [00'06'05] Diy répressif à disposition des équipes. [00'06'08] Non que je prendrai le temps de présenter de manière assez détaillée. [00'06'13] Ces résultats. Là, une troisième partie n'en est sonné, dans laquelle je m'intéresserai plutôt au dispositif. [00'06'19] Qui prennent en charge les élèves qui sont temporairement exclus, et là, on touche bien à cette question de la recomposition des espaces scolaires éducatifs. Ces dispositifs, ce sont des dispositifs qui sont portés par des pairs qui sont portés. [00'06'34] Par des associations de prévention spécialisée qui sont portées par beaucoup de structures de l'intervention sociale et du travail social. [00'06'41] En dehors de de l'école et qui pose un certain nombre de questions sur les formes de prise en charge et sur la manière avec laquelle, peut-être, un certain nombre de situations d'urgence- j'y reviendrai- peuvent être masqués malgré. [00'06'54] Une volonté de prise en charge. [00'06'57] Ça nous amène à la quatrième. [00'07'00] Quatrième partie, qui viendra un peu ramasser les différents éléments qu'on aura pu voir avant pour les re positionner autour des des enjeux qu'on discute ensemble aujourd'hui. [00'07'15] Donc première partie. [00'07'18] Autour du, du contexte et de quelques précisions. [00'07'23] Épistémologiques qui permettront de dire un peu de delahousse par. [00'07'28] Premier élément. [00'07'30] Important, celui de que je considère, dans ses travaux avec d'autres, qu'on est dans une période de forte recomposition des espaces scolaires et éducatifs. [00'07'40] Dans les démocraties modernes et que c'est très important pour penser les questions éducatives aujourd'hui, pas seulement les pensées à l'aune des structures du vingtième siècle. Je le dis un peu vite comme ça, mais il y a un enjeu très fort à considérer que les frontières de la prise en charge des enfants [00'07'57] Et des jeunes. [00'07'58] Sont en train de bouger de manière relativement, relativement forte. [00'08'03] Que les territoires institutionnels de l'école, du travail social, de l'intervention sociale, des structures socio-éducatives, socioculturelles sont en train plutôt de s'entremêler que seulement de se distinguer, ce qui avait été un des marqueurs des formes de prise en charge éducative du vingtième siècle. [00'08'23] On voit que c'est ces institutions où ces structures deviennent de plus en plus perméables les unes aux autres, et que c'est un marqueur qui est partagé du point de vue international. Ce n'est pas simplement quelque chose qu'on observe en france. [00'08'38] C'est quelque chose qu'on qu'on observe de manière relativement cohérente dans la plupart des démocraties contemporaines. [00'08'45] Ce set, recomposition des espaces scolaires, éducatifs, elle va de pair- et ça, par contre, c'est un marqueur français très singulier- avec l'affirmation de l'échelon local dans les politiques éducatives. [00'08'58] Qui est relativement une inflammation relativement récente en france, beaucoup plus ancienne dans d'autres pays, beaucoup de pays anglo-saxons en particulier. En france, on considère que c'est depuis une dizaine ou quinzaine d'années, tout au plus on a une accélération. [00'09'12] Deux dispositifs locaux qui sont mis en place, développer, déployer. Avec un changement d'échelle, un changement d'ampleur, ça veut dire quoi? très concrètement? ça veut dire que on n'est plus seulement. Il y a toujours eu des dispositifs locaux, il y a toujours eu une action locale. [00'09'27] Éducative, mais elle n'a pas toujours été structurée comme elle l'est depuis une dizaine d'années. Je vais donner quelques exemples, par exemple sur les collectivités locales et territoriales, les conseils généraux, les conseils régionaux, dans leurs obligations administratives et légales. [00'09'43] Jusqu'à présent, il n'y a pas d'obligation à prendre en charge les aspects pédagogiques ou des problématiques éducatives. [00'09'52] Lié à l'école, par exemple, de manière forte. Pourtant, il y a beaucoup de dispositifs qui se démultiplient, qui se mettent en place depuis une dizaine, une quinzaine d'années, y compris en lien avec l'école, mais pas par des acteurs scolaires. Il y a des politiques locales qui sont développées et qui était inimaginable il y a encore quinze ans. [00'10'12] Une bonne et simple raison si je prends le registre scolaire, mais on pourrait en prendre d'autres sur le le registre scolaire en particulier, il était inimaginable d'avoir des travailleurs sociaux qui puisse s'intéresser à la prendre en charge, la question du décrochage scolaire, par exemple, de manière avec une ampleur. [00'10'31] Relativement forte. C'est le cas aujourd'hui et c'est quelque chose de relativement récent et il faut bien le positionner comme tel. [00'10'40] Deuxième élément de cette recomposition des espaces scolaires et éducatifs: le fait qu'on assiste à une mobilisation d'acteurs pluriels est, là aussi, qui s'accélère avec le temps. [00'10'50] On a des professionnels de l'éducation, on a des professionnels de l'intervention sociale et du travail social, mais on observe le fait que de plus en plus de professionnels du champ éducatif interviennent dans l'école. [00'11'04] De plus en plus aussi d'acteurs scolaires changent de métier. [00'11'08] Évolue pas beaucoup vont vers les métiers du travail social. [00'11'13] Mais en tout cas, on voit bien qu'il y a une une, une mobilité. [00'11'17] Qui est relativement récente et qui témoigne de cette recomposition des espaces scolaires et éducatifs. [00'11'25] Dernier élément sur ce premier point: deux, deux contexte, le fait que on assiste, [00'11'31] Selon les contextes nationaux. [00'11'33] À des recompositions différenciées. [00'11'36] Selon les pays. Je m'explique entre des pays où les systèmes éducatifs, les systèmes d'encadrement de la jeunesse sont plutôt anciens, liés à des révolutions industrielles, ne trouve pas dans dans tout le détail. [00'11'49] Historique. Mais, en gros, dans les pays qui ont massifier leurs systèmes d'enseignement dans les années soixante, dix, quatre, vingt, cette recomposition est plus marquée que dans d'autres pays, les pays dits émergents- je prends des raccourcis de vocabulaire parce qu'on pourrait discuter ces termes-là- mais qui sont des pays très puissants du point de vue économe. [00'12'09] Mike. Je pense à des pays d'amérique latine, par exemple, comme le brésil ou l'argentine, pour ne citer qu'eux, qui sont des pays où cette recomposition est encore très relative, parce que les institutions éducatives sont moins fortes que dans les pays à tradition démocratique plus anciennes. On voit que c'est souvent là-dessus que se se joue les choses. [00'12'28] Et on a un certain nombre de travaux qui attestent bien de ça. Je pense aux travaux d'un carré et paillé, par exemple, qui s'intéresse à la transformation des systèmes éducatifs dans les pays du sud et qui montre que même si on a des tendances fortes à la recomposition des espaces scolaires éducatifs, elle est distincte entre des pays européens et occidentaux en général. [00'12'48] Dans lesquels les institutions se rapprochent les unes des autres de manière de plus en plus forte et des pays en voie de développement dans lesquels les institutions sont plutôt dans une phase d'affirmation de structuration. Mais on peut imaginer, sans avoir une lecture seulement chronologique, mais on peut imaginer malgré tout que finalement, c'est recompose. [00'13'08] Mission soient liées à des mouvements historiques qu'on pourra retrouver, retrouver ailleurs. [00'13'14] Donc ça, c'est un premier élément. [00'13'16] De contexte épistémologique qui me semble important de de rappeler, sur lequel je reviendrai de manière plus illustrative. Là, c'est vraiment. [00'13'24] Pardon, posez les les les grandes notions et les grands axes théoriques. [00'13'31] Desquels je je pars. [00'13'33] Deuxième élément, il y en aura trois en tout. Le deuxième, c'est le fait de considérer, dans mes travaux, [00'13'41] Ce qu'on a appelé les hampes, les nouvelles problématiques éducatives. [00'13'45] Qui sont des qu'on appellera des objets de mobilisation partagée, qui peuvent recouper des situations d'urgence. Ces nouvelles problématiques éducatives, c'est quoi? pour être très concret, c'est par exemple la violence à l'école, par exemple le décrochage scolaire, par exemple les questions de genre. C'est par exemple: [00'14'03] Discrimination, etc. Etc. Des problématiques qui sont qui ont émergé dans l'espace scolaire d'abord, mais dans l'espace éducatif plus largement ensuite, de manière relativement récente. [00'14'17] Souvent ces nouvelles problématiques éducatives. Elles sont travaillées y compris scientifiquement. [00'14'22] Les unes indépendamment des autres. On a des spécialistes de la violence à l'école, on a des spécialistes du décrochage scolaire, on a des spécialistes des discriminations sexuées, racialisées, etc. Et il nous semble- et c'est un travail qu'on a fait avec stéphanie ruby, qui a un intérêt à essayer de penser ensemble ces nouvelles problématiques éducatives- [00'14'43] Et de les penser ensemble avec quatre grandes entrées pour pour les interroger. D'abord, ces nouvelles problématiques éducatives. Elles perturbent ou questionnent le fonctionnement ordinaire de l'école ou remettent en cause ses fonctions sociales élémentaires. C'est des thématiques- je les ai données- qui font que, qui alimentent cette idée d'institutions en crise déco. [00'15'02] En crise. [00'15'04] Qui est en crise toujours depuis en gros qu'elle et massifier. [00'15'09] À un moment donné. C'est aussi interroger cette ce constat. La deuxième élément: elle interroge l'articulation des, des, des [00'15'20] Missions traditionnelles de l'école autour de l'instruction, de la transmission des savoirs et de la construction des apprentissages avec des formes éducatives plus large. C'est quoi? très concrètement? ça renvoie toujours à cet éternel débat que vous connaissez bien, entre écoles comme espace d'instruction ou école comme espace d'éducation, et on pourrait [00'15'40] Repositionner la question sur d'autres espaces éducatifs. On assiste à une forme de scolarisation du ce, du social- c'est des termes qu'utilise chokri belaïd- et on voit de plus en plus de structures socio-éducatives. Non, ce n'est absolument pas le métier que de faire de l'école, finalement, proposer aussi des formes d'intervention très scolaire. [00'16'00] Ou même des thématiques d'intervention qui sont totalement liées à des enjeux scolaires. Par ailleurs, [00'16'06] Troisième élément, ces nouvelles problématiques éducatives. Elles ne peuvent être considérées que comme tel, qu'à la condition qu'elles soient le résultat d'une forme de promotion, de désignation et de publicisation. C'est le terme qu'utilise ces failles, en particulier dans le débat public. [00'16'24] Et qui les rendre, qui les rendent lisibles et intelligibles. Je prendrai un exemple pour essayer d'illustrer ça: l'exemple de la violence à l'école. [00'16'33] Que la violence à l'école aujourd'hui. Moi, je travaille beaucoup cette question-là depuis depuis longtemps maintenant. [00'16'38] Quand je dis, quand on me dit sur quoi vous travaillez en général, je m'amuse pas à répondre: la recomposition des espaces scolaires éducatives, mais parce que cela les joindre. [00'16'47] Jeudi: la violence à l'école. [00'16'49] Et non quand on est la violence à l'école. On a dû avoir du boulot. C'est violences à l'école. Il y a beaucoup de travail. [00'16'57] C'est vrai qu'on ne manque pas de boulot. [00'17'00] Sauf que si on considère ça de manière un peu distancé, [00'17'05] On est là typiquement dans un, un objet sociologique, mais qui est objet aussi un objet médiatique très fort. [00'17'13] Avec, finalement, un décalage extrêmement important entre la réalité sociale de ce qu'est la violence à l'école aujourd'hui. [00'17'20] Et son traitement médiatique, public, politique, qui en fait un problème énorme, alors que, très objectivement, on a des difficultés, on a des, des, des [00'17'30] Ce que dit anne barrère: on est dans un nouvel âge de l'organisation scolaire, avec une multiplication d'incidents, avec tout un tas de choses. Mais si je prends par contre la question des violences les plus durs, les plus les plus spectaculaires, jamais l'école n'a été aussi sûre qu'elle ne l'est aujourd'hui, y compris quand elle était réservée à une petite élite qui était pourtant très, très mobilisée. [00'17'51] Sur. Il y a des travaux historiques très intéressant là-dessus- qui raconte par exemple la manière avec laquelle, chaque année, dans le collège, [00'17'59] Le collège henri quatre à paris, il y avait des émeutes. [00'18'03] Lycéenne qui finissait par des morts, avec des surveillants et des surveillants généraux, je passais des heures dans la salle. [00'18'11] Des surveillants généraux qui étaient pendus. [00'18'13] Dans la cour des établissements fassent pas tout à fait. Vous imaginez la chose aujourd'hui coincée, c'est alors. Ça ne veut pas dire qu'il y a pas de violence à l'école, ça veut simplement dire que c'est typiquement le le le le type d'objets. [00'18'26] Qui peut être considéré comme un objet, qui est devenu un problème public qui fait l'objet d'une attention. [00'18'33] Médiatique particulière d'une attention politique particulière d'une attention scientifique. [00'18'38] Particulière et spécifique. Donc, ça ne veut pas dire qu'il n'y a pas d'objet, ça veut simplement dire qu'on recompose et qu'on reconsidère l'objet aussi comme un objet et un problème public. En d'autres termes, on va en considérer un certain nombre comme [00'18'54] Comme pertinent. Ça veut pas dire que les nouvelles problématiques éducatives suffisent à dire toute la réalité des difficultés ou des problèmes. [00'19'02] Que rencontre l'école ou les structures socio-éducatives. C'est simplement celles qui vont être l'objet d'une attention publique, médiatique, politique, scientifique, spécifique. [00'19'13] Dernier élément. Donc, bon, ça, je l'ai déjà dit. Elles sont désignées au travers d'objets comme l'échec scolaire, la violence à l'école, le décrochage de discriminations ethniques, racialisés, etc. [00'19'22] Et donc, c'est autour de ces problématiques éducatives que s'organisent les alliances éducatives dans des espaces scolaires et éducatifs recomposés. Je m'explique: c'est bien souvent sur ces thèmes-là- pas seulement sur ces thèmes là, mais beaucoup sur ces thèmes-là- que l'on va voir se rencontrer des professionnalité qui, jusqu'à présent, étaient plutôt séparées. [00'19'42] L'exemple des peureux est assez significatif par rapport à ça. Mes pères, eux, vont travailler ces questions de l'échec scolaire. C'est question du décrochage scolaire et d'autres questions encore. [00'19'52] Des structures jeunesse, des associations de proximité vont travailler ces questions et ces objets-là. Et donc, on voit bien, et il ne s'agit pas de dire que ce n'est pas pertinent de les travailler, mais il s'agit de de penser la manière avec laquelle, finalement, on en vient à voir des lignes qui bougent sur les espaces institutionnels. [00'20'13] Des institutions les unes par rapport aux autres, les territoires des prises en charge de la jeunesse, en particulier, sont en train de bouger fortement par rapport à ces, à ces éléments-là, bien entendu, il faut pas non plus réduire à ses seules questions- là, je ne traite pas là- des aspects socioculturels, culturels, qui [00'20'33] Norme est, mais ce n'est pas mon objet, dans le cadre d'objets qui sont plutôt ceux de la marge, de la déviance du problème, pour nous dire de manière très, très générique: [00'20'44] Alors on observe cette, cette évolution très forte, très forte, dennis. [00'20'48] Dernier élément: [00'20'50] De contexte, quelque chose là aussi, qui est qui, qui me semble. [00'20'54] Vraiment très, très important. [00'20'56] Le fait qu'on observe, dans cette recomposition des espaces scolaires, éducatifs, l'émergence, l'accélération. [00'21'03] De la présence des fameux dispositif. [00'21'07] Je suis sûr que, comme on a une salle composée en partie de deux personnes mobilisées sur le terrain éducatifs, vous avez tous la connaissance de multiples, voire d'une multitude de dispositifs spécifiques d'intervention. [00'21'22] Qui permettent la prise en charge d'un certain nombre de problèmes de questions. [00'21'27] Assez fort. [00'21'30] Ces dispositifs. C'est quelque chose qui est très issu du monde du travail social, de l'intervention sociale, qui était assez peu marquée dans le secteur de de l'école. [00'21'40] Et en france en particulier. C'est moins vrai dans d'autres pays, mais en france, c'est un marqueur important. On est dans un système. [00'21'47] D'école qui était très centralisée, très descendante, l'éducation nationale, très peu de place à aux espaces locaux. On sait que depuis deux mille cinq, il y a beaucoup de choses qu'on très fortement et évolué par rapport à ça. Je rentre pas dans le détail- et on a vu l'émergence de beaucoup de dispositifs dans l'école, autour de l'école. [00'22'07] Que barère dans une, dans un article de deux mille treize. [00'22'12] Elle propose trois, trois marqueurs pour pour définir ces dispositifs et je je pense qu'ils sont vraiment très, très, très opérant sur les questions qui nous, qui nous intéresse aujourd'hui. Mendy. [00'22'24] Les dispositifs émergent autour d'eux. D'abord, d'un rapport singulier de la structure à son territoire. Un dispositif, ce n'est pas un dispositif national. Un dispositif, c'est quelque chose qui répond à un besoin particulier, à un besoin local spécifique et particulier. Ce n'est pas une moi qui va dire ce qu'est un dispositif. D'accord, on est sur quelque. [00'22'44] Chose de plus immédiat, de plus lié à l'échelon local. Donc, ça recoupe ce que je présentais tout à l'heure sur la mobilisation de de l'échelon local. [00'22'54] Deuxième élément: on est sur un rapport singulier. [00'23'00] J'ai oublié de mettre mon chronomètre en marche. [00'23'02] Un rapport. [00'23'04] Singulier au public visé. Je voulais beaucoup insister là-dessus. [00'23'08] Entre traitements ciblés et universaliste. Ça veut dire quoi? ça veut dire que on est dans un moment aussi de l'action sociale, de l'intervention sociale, de l'action éducative, ou la désignation des publics n'est plus une désignation universelle comme elle a longtemps marqué. [00'23'26] Les politiques éducatives, qu'elles soient locales, nationales, voire internationales, au travers des des grandes wenger. [00'23'33] Ou d'institutions comme l'onu, dans la prise en charge des enfants et des jeunes, et c'est très vrai pour les enfants et les jeunes, même si c'est aussi vrai pour d'autres types de de population. [00'23'44] Qu'est-ce que ça veut dire très, très concrètement? ça veut dire, par exemple, que on en est sur des systèmes de désignation qui ne considèrent pu des niveaux et des bassins, par exemple des bassins territoriaux de manière générale, qui diront: mais tous les enfants et les jeunes de ce territoire ont droit à une prise en charge spécifique, parce qu [00'24'03] C'est un territoire ségréguées ou en difficulté. Ça existe encore, bien sûr, mais en termes de tendances qu'on voit de plus en plus arriver, c'est plutôt la désignation de ces territoires spécifiques dans lesquels, effectivement, il y a une concentration de populations dites en difficulté. Mais encore faut-il que lesdites populations, c [00'24'23] Sois prête. [00'24'25] Soit. [00'24'28] En mesure de mériter la prise en charge dont elles peuvent faire l'objet. [00'24'32] Évidemment, c'est moins vrai pour des cas extrêmement difficiles, extrêmement lourds, tels que les présenter bernadette ce matin. Mais de manière plus générique, je vais vous donner un exemple: l'éducation prioritaire en france. [00'24'43] Il y a un certain nombre de travaux qui montrent sa trame. Ça a très bien, c'est une tendance assez générale. Depuis, en gros, les années deux mille, on est passé d'une logique de zone- les ep- à une logique de plus en plus ciblée d'abord sur les établissements et puis ensuite sur les individus. Quelque chose qu'avait bien illustré ce mouvement là, mais qui est toujours d'une certaine actualité en deux mille six peu. [00'25'04] Que vous vous souvenez, on avait créé les internats d'excellence. [00'25'07] Les internats d'excellence, c'était dire: on va plus aider tous les enfants de zep à mieux réussir. [00'25'13] On renverse la manière avec laquelle on considère ça. On dit: on va permettre aux élèves les plus méritants. [00'25'20] De réussir et d'avoir accès aux meilleures écoles et donc de créer quelques internats d'excellence- il y en a une dizaine sur le territoire- qui doivent permettre d'accueillir ces élèves méritants et de leur donner. [00'25'35] Plus, le fameux, fameux slogan: donner plus à ceux qui ont ceux qui ont moins. Sauf qu'en termes de proportion, on passe de politique dans les années quatre, vingt quatre, vingt dix, qui donnent plus, même si on peut discuter ce plus, mais ce n'est pas l'objet d'aujourd'hui, mais on pourrait vraiment discuter juste un chiffre quand même, parce que ça [00'25'54] Préoccupe toujours. En deux mille dix, il y avait eu un en deux mille douze, un rapport de la de la cour des comptes qui montrait que l'etat investissait plus dans n'importe quel collège parisien que dans un collège. [00'26'10] Deux rep fin de de zep à l'époque de de rares. [00'26'14] Donc de l'éducation prioritaire de l'académie de créteil. [00'26'17] Et pourtant, c'était eux qui étaient censés être prioritaires. Mais quand on regarde au final, [00'26'21] Les dotations et l'inégalité de dotation entre les académies faisait que les des académies les plus en difficulté. C'est le cas de créteil, de versailles, de strasbourg, de marseille. [00'26'30] En particulier, était nettement moins doté d'autres académiquement. C'est une parenthèse. [00'26'35] Ce qu'il faut retenir là, sur cette question du rapport singulier pour au public visé, c'est cette, ce glissement vers le fait qu'on soit de plus en plus sur des publics dits méritants, sur des publics qui doivent faire la preuve de leurs capacités. [00'26'50] A être pris en charge. [00'26'52] Isabelle astier, le monde très bien dans un ouvrage que je vous recommande parce que c'est un des rares ouvrages qui qui travaille à la fois la question sociale et la question éducative. [00'27'00] Qui s'appelle les nouvelles règles du social, qui est un ouvrage qui est paru en deux mille sept et qui renvoie très, très bien à ça. Comment finalement, sur les populations les plus en difficulté? [00'27'11] On renvoie quand même une part de la responsabilité de la prise en charge à cette population. Il faut quand même, même si elles sont en difficulté, qu'elles se montre en capacité de d'être d'être prises en charge. Et les dispositifs sont des dispositifs qui visent des publics particuliers, pas seulement sur le seul aspect. [00'27'31] Deux du mérite, mais aussi sur le fait que ils visent des populations spécifiques, par exemple les élèves dits en décrochage, par exemple les élèves identifiés comme à risque pour tout un tas de sur tout un tas de de deux registres. [00'27'47] Donc, c'est pas des dispositifs qui s'adressent à tous ces dispositifs qui s'adressent à quelques-uns parmi une population. [00'27'53] Plus large. [00'27'55] Troisième élément: [00'27'56] De ces dispositifs, le fait que il pose un rapport singulier à l'organisation et à ses temporalités. C'est quelque chose de très important. Là aussi, c'est pas des politiques publiques lancées. [00'28'07] Avec un grand barouf, huit ministres présents, etc. On est pas sur ses registres là. On est sur des dispositifs qui renvoient au pouvoir des acteurs locaux d'agir. [00'28'17] Et avec cet impératif de l'action est souvent de l'action dans l'urgence, au sens où on a identifié un problème sur un terrain, sur un territoire, on doit pouvoir mettre en place une réponse politique, institutionnelle, éducative, sur le champ qui nous, qui nous intéresse ici, et on va mettre en place un dispositif, donc un dispositif de réussite. [00'28'37] A l'école, un dispositif de prise en charge du décrochage, un dispositif d'accès à la culture des jeunes, un dispositif de, etc. Etc. Qui vient traduire une politique. [00'28'47] Local, en sus de politique nationale éventuellement, mais un marqueur très fort sur le fait que on a constaté, on a diagnostiqué des besoins spécifiques sur un territoire qui soit en général pas si spécifique que ça, mais les acteurs locaux considèrent que inné, ce sont des des des des choses particulières qui nécessitent une intervention et la force. [00'29'07] Dispositif, c'est qu'elle le permet. [00'29'09] Sont des. Finalement, si on prend une image, la politique publique, c'est une armée qu'il faut organiser, réglementer, etc. Le dispositif, c'est un petit commando qui va très, très vite à mettre en place, c'est des cellules, c'est des choses dont on voit vraiment, il y a, il y a un basculement à partir des années deux mille. [00'29'30] Une accélération, depuis deux mille dix, à la démultiplication de ces types et de ses formes d'intervention. La [00'29'42] Donc l'enjeu- je rappelle un reste- c'était vraiment de situer quelques grands axes. [00'29'47] Théorique et épistémologique. Alors c'est toujours difficile à deux heures et demie. [00'29'51] Après le repas: [00'29'52] Mais si je le mets à la fin, ça ne fait pas, parce que ça m'obligerait à revenir systématiquement sur sur plein de choses. Mais on s'approche. [00'30'02] Deux choses un peu plus. [00'30'05] Un peu plus significative du point de vue du deux deux des résultats de recherche. [00'30'12] Avec donc l'après, je vous présente ce travail sur les exclusions temporaires, que j'utilise ici comme un révélateur des tensions à l'école et qui permet de réinterroger un certain nombre de choses autour du caractère d'urgence. Je vous ai dit, je viendrai à l'urgence plutôt en fin d'intervention pour pour ramasser et remettre tout ça en perspective. [00'30'34] Point, juste pour qu'on parte tous à peu près sur la laine. [00'30'40] Les mêmes considérations sur ce que c'est que ces exclusions temporaires. [00'30'44] Donc dont je vais vous parler après. Les exclusions temporaires sur les textes prévoient que ce sont des mesures qui doivent être exceptionnelles. [00'30'52] C'est ce que prévoient les textes. Il y a eu plusieurs réformes. Deux de ces textes [00'30'57] Qui sont liés au code de l'éducation, qui sont liées à ce qu'on appelle [00'31'00] D d? c'est pas le code. J'ai perdu les mesures disciplinaires dans le second degré. [00'31'06] Avec des choses extrêmement balisé. Je vais pas rentrer dans le détail de tout, c'est pas l'enjeu, mais simplement dire que ces exclusions temporaires, elles sont limitées à huit jours maximum. C'était trois semaines avant deux mille cinq. Après deux mille cinq, on est passé à huit jours maximum. [00'31'22] C'est des exclusions qui sont à la seule sous la responsabilité des chefs d'établissement. [00'31'28] Légalement, c'est qu'il y a que le chef d'établissement qui peut promulguer des exclusions temporaires. [00'31'33] La réalité est dans la vraie vie, mais beaucoup de de ces pays en particulier, [00'31'38] Qui ont une délégation de fait de la part du chef d'établissement pour promulguer ces exclusions temporaires. [00'31'46] Elles sont parmi les sanctions les plus dures à la disposition des personnels scolaires. [00'31'52] Après les exclusions temporaires, c'est l'exclusion définitive. [00'31'55] Là une précision: je vais parler seulement d'exclusion temporaire externalisée, c'est-à-dire dans les chiffres que je vais vous présenter. [00'32'03] Le texte législatif prévoit que une exclusion temporaire [00'32'07] Peut être faite à l'intérieur d'un établissement non prise en charge et continuité éducative dans un établissement pendant le temps de l'exclusion. Il y a l'obligation légale pour les acteurs scolaires de s'assurer de la continuité scolaire et éducative du parcours des élèves pendant le temps de leur exclusion, donc en d'autres termes, pendant les trois jours gamin est pas à l'école ou les quatre jours où les cinq jours [00'32'28] Les six jours, les huit jours, il est censé non seulement avoir du travail, mais en plus pouvoir rattraper le travail. [00'32'35] Qui est fait pendant le temps de son absence. En d'autres termes, ce que pensent les textes, c'est l'idée que il n'y a pas de double peine: le fait d'être à la fois exclu du temps scolaire et, en plus, d'être largué. [00'32'46] À son retour. [00'32'48] Absolument pas le cas. Qu'on soit très, très clair par rapport à ça. Il y a très peu d'établissements, il y en a quelques-uns, qui mettent en place cette continuité éducative, mais il y en a extrêmement peu. Moi, je parlerai là des exclusions temporaires et externalisées, et pas des exclusions temporaires internalisée. Il y en a quelques-unes, mais là encore, c'est très, très marginal, même si on voit que [00'33'08] Ça commence à venir. [00'33'10] Pourquoi on a travaillé cette question des exclusions temporaires, parce que il y a une corrélation très forte, que monte déjà beaucoup de travaux sur la la question, entre les exclusions scolaires et puis les phénomènes de décrochage, voire de de rupture scolaire. On a des liens, y compris de causalité, qu'on ne trouve pas si fréquemment que ça en matière d'éducation, qui sont [00'33'30] Extrêmement fort. [00'33'31] Sur le l'usage et le registre de l'exclusion temporaire. Il y avait ce premier argument là. L'autre argument, c'était con j'ai mené des des travaux sur d'autres questions dans les établissements scolaires et on constatait qu'il y avait un volume d'élèves exclus extrêmement significatif. [00'33'48] Avec parfois des tiers de classe entière, avec des élèves exclus temporairement. Et quand on a essayé d'avoir les chiffres sur les académies de créteil et de versailles, sur lesquels on travaillait, on a réussi à avoir aucun chiffre. Et plus que de ne pas avoir de chiffres, on a constaté qu'il y avait, de la part de l'institut, [00'34'08] Eussions scolaires. Un certain embarras sur ce sujet-là. [00'34'12] Quand on disait: mais combien est un gamin temporairement exclu? là, on nous répondait presque toujours. Je vais vous donner les chiffres des conseils de discipline. [00'34'21] Non, ce n'est pas. La question n'était pas tout à fait. Celle à la question, c'était: combien d'exclusion temporaire? les conseils de discipline, c'est quelque chose de complètement différent. Là, on a l'obligation légale d'avoir ces signes, des signalements et des remontés au rectorat, pas sur les exclusions temporaires. Et on a constaté que non seulement, il y avait une sorte d'invisibilité de ces rues, [00'34'41] Montée, mais que, même s'il n'y avait pas de chiffres officiels, il y avait une, une, une préoccupation très forte des acteurs éducatifs. [00'34'52] Et des acteurs institutionnels sur le fait que [00'34'56] Cette proportion d'actions temporaire était très forte, mais sans avoir de chiffres. Donc il n'en fallait pas plus pour qu'on s'y intéresse. [00'35'03] Ça faisait pas très, très plaisir et, en plus, on n'avait pas vraiment de de chiffres. Donc, on a essayé de travailler sur cette question-là. [00'35'13] Juste en quelques mots. [00'35'17] Je ne vais pas m'appesantir. Mais là aussi, c'est l'enjeu pour moi de vous présenter ces éléments-là. C'est en rester à une présentation de résultats. [00'35'27] Brut et surtout que il y a pas mal de de tableaux de chiffres, etc. Ça peut paraître un peu un peu. [00'35'33] Lointain ou froid. [00'35'36] On a travaillé ces questions sur plusieurs années, avec une première phase exploratoire dans trois départements. [00'35'42] Quatre vingt treize, soixante dix sept, quatre vingt onze. [00'35'45] Et on a pu travailler- c'est cette question- que parce qu'on avait des relais dans les établissements. [00'35'53] Scolaire en particulier. [00'35'55] Quand on faisait des demandes officielles de remontée des exclusions temporaires, on n'arrivait pas du tout. [00'36'01] Donc, je vais être très transparent là aussi. [00'36'03] On a réussi parce que moi, j'étais, j'intervenais dans le master deux. [00'36'09] Maif. C'est donc au fur et à mesure des années, mais j'ai un réseau de sur l'académie de créteil qui est extrêmement fort et extrêmement précieux. [00'36'18] Je leur fais une spéciale dédicace à la caméra, s'ils me regarde après au moment du montage, tout ça. [00'36'24] Parce que sans eux. [00'36'26] Y avait pas de remontée de ces données. [00'36'29] Il y avait quelques profs, il y avait aussi des chefs d'établissements croisés dans des des réseaux syndicaux ou militants par ailleurs, mais c'était quand même beaucoup les cèpes et beaucoup d'essais sur notre échantillon. Je vous présenterai en détail après qui n'ont pas remonté ces informations là officiellement. [00'36'46] Dire qu'on a accepté la mise en place d'un protocole de recension interne à la vie scolaire, qui nous ont fait remonter parce que les chefs d'établissement ne souhaitaient pas que ce soit remonté et trouvé que c'était une donnée trop sensible pour prendre le risque de dévoiler le volume de ces exclusions temporaires. Ce n'était pas systématiquement le cas. Il y a quand même eu un certain nombre d'établissements et [00'37'06] Prix. On a fait des restitutions en établissement sur ses ses relevés. [00'37'12] Mais très majoritairement quand même, c'était des données plutôt données en. [00'37'18] En vis-à-vis. [00'37'22] Au départ aussi, je vous dis tout comme ça: [00'37'24] On est à l'aise. On avait imaginé, vous savez, le vrai fantasme de sociologue. On avait une grille de deux mesures, de ces exclusions temporaires, avec tout un tas de détails sur les motifs leur le prof. [00'37'40] Presque le temps qu'il faisait enfin un truc. On avait près d'une quinzaine de variables, et puis, au bout d'un mois, l'essai en question, nous ont rappelé, nous ont dit: vous êtes gentil, mais fait-on un peu de choses à faire? donc, là, c'est pas possible de le renseigner comme ça, c'est trop détaillé. Et c'est comme ça qu'on en est arrivé à détailler seulement quatre variables: le relevé du nombre d'exclusions prononcée par semaine. [00'37'59] La durée de chaque exclusion, le sexe de l'élève exclu et sa classe. Il y a un truc qu'on aurait voulu garder, mais qu'on n'a pas pu garder, c'est le prof. [00'38'09] Et on ne l'a pas gardé pour des raisons, y compris éthiques, parce que on avait des remontées. On a commencé à coder le nom des profs pour, parce que si on a une remontée nominative, on rentre dans des circuits ou on ne peut pas se contenter d'être sous le manteau. En gros, [00'38'24] Mais le codage des profs, ça rajoutait vraiment beaucoup de contraintes pour laisser les collègues qui faisaient le boulot sur le terrain de recension de se rappeler que mes primes, c'était m grecque et x, c'était m machin. Donc, on apprend: n'a pas fait ça, et c'est une vraie limite. Mais j'en dirai quelques mots après. [00'38'44] On a eu. [00'38'46] Des renseignements mensuels sur sur deux années. [00'38'51] Par quatre vingt pour cent de ses quinze pour cent personnel de direction, quatre pour cent d'enseignants et, à chaque fois, évidemment, la garantie de l'anonymat des établissements et des personnels qui ont, qui ont participé à cette enquête. C'est quelque chose, et c'est un travail qui est toujours en cours dans certains établissements, mais on a on a arrêté dans un très grand nombre d'établissements, puisque là on est arrivé. [00'39'12] A travailler dans soixante seize établissements. Donc, les chiffres que je vais vous présenter sont tirés d'une enquête sur soixante seize établissements. [00'39'19] J'ai, j'ai. Les tableaux je vous présente sont très simplifiés. Ça n'a pas pris plein de précautions statistiques sur les écarts de moyenne, sur des choses comme ça. [00'39'28] Pour les rendre intelligibles. [00'39'30] Ensuite, vous voyez aussi qu'on a des mois où on avait moins d'établissements qui répondaient et d'autres, moi, on n'avait plus d'établissements qui répondaient. Donc qui, c'est des chiffres. [00'39'41] Qui sont produits avec des limites, mais quand même sur des échantillons qui sont qui nous semblent particulièrement. [00'39'50] Significatif, à défaut d'être représentatif. [00'39'54] En tout, ces soixante seize établissements, ça représente trente huit min. Six cent soixante quinze élèves, et vous voyez aussi que c'est pas un échantillon représentatif. [00'40'02] Deux, deux, aucune académie, puisque quatre vingt onze à l'académie de versailles, de quatre, vingt treize et soixante dix sept l'académie de créteil. C'est volontairement qu'on a fait ça, qu'on a mis des établissements d'autres académies, pour pas qu'on dise après: c'est un échantillon de l'académie de créteil. [00'40'17] Y a beaucoup d'établissements de la scène s'ennuient parce que c'est là qu'on a beaucoup de réseau. Donc, c'est pour ça que je dis aussi: c'est pas représentatif ni de la seine-saint-denis, ni de l'académie de créteil, c'est juste un grand nombre d'établissements. On a été voir un petit peu ce qui se passait et ce qui se faisait avec certaines limites. Il y a des établissements de l'éducation prioritaire, mais il y a pas que des [00'40'37] Établissement de l'éducation prioritaire. Vous voyez, et sur l'ensemble des élèves, on a treize pour de filles et quatre. Vingt sept pour cent garçons ont été temporairement exclus sur ses relevés. Je reviendrai aussi éventuellement par la suite. [00'40'53] Ça va. [00'40'56] Maintenant on arrive au résultat. [00'41'04] D'après vous sur un établissement moyen? [00'41'09] Combien on a, on va dire, un établissement de six cents élèves. [00'41'14] Combien on a d'exclusion. [00'41'17] Par moi, ou plutôt combien on a d'élèves exclus par mois. [00'41'20] Une proportion d'après vous. [00'41'25] Vous diriez quoi: [00'41'27] On prend un mois. Alors, je prends pas le mois de janvier, je prends pas le mois de décembre. [00'41'32] Ce que ces adeptes des gens de l'education nationale de la rue m'attendais, ça dépend septembre, janvier, et ils auront raison. [00'41'39] Donc, moi, je suis, voila, je suis sur la moyenne sur un mois, sans enjeu, sans conseil de classe, sans tout ça. [00'41'48] Un mois ordinaire, vous diriez quoi? [00'41'53] Non, le nombre d'élèves exclus. Nash ne parle pas du nombre de journées d'exclusion. Ça, c'est ma deuxième question. [00'41'59] La première, c'est combien d'élèves sont concernés dans un établissement de six cents élèves en gros? [00'42'05] Par mois sur l'exclusion temporaire d'après vous. [00'42'11] Quatre. [00'42'17] Design. [00'42'22] Je vais quinze à droite. [00'42'28] Par mois, par mois, par mois. [00'42'32] Vingt cinq attention. [00'42'36] Six cent, jeudi six cents. [00'42'38] Six, sans moi ordinaire. On va prendre le moins de le mois de mars, un mois calme. [00'42'44] Mois de mars. Six cents élèves, établissement ordinaire, il n'est pas classé, je ne sais pas quoi, et c'est une normalité. [00'42'55] Donc on est entre quatre et vingt cinq. [00'43'01] Alors, comme tu me poses des questions compliquées, [00'43'06] Je vais en prendre une autre. C'est combien de journée d'exclusion? [00'43'11] Comme ça t'as trois jours. Un combien ça représente. [00'43'16] Voyez si on prend quatre élèves. [00'43'19] Été exclu trois jours en moyenne. Ça fait trois fois quatre quoi. [00'43'24] Combien, d'après vous, est-ce que vous avez une idée de la proportion? [00'43'34] C'est plus dur. [00'43'41] Combien. [00'43'44] Deux jours en moyenne d'exclusion. [00'43'48] Mais alors au final, donc, si on dit, il y a en gros et à vingt, vingt, trois journées, [00'43'54] Dans deux mois. [00'43'58] C'est quoi? c'est une cinquantaine, une centaine. [00'44'00] Vingt cinq n. [00'44'04] Trente. [00'44'06] On se met d'accord sur trente. [00'44'10] Non, je sens qu'il y a pas un enthousiasme. Alors il y a trente. Et à quoi d'autre? [00'44'16] Combien tu dis. [00'44'17] Vingt cinq. [00'44'19] Tu pinaille. [00'44'24] C'est comme le jeu en train de me dire. En fait, ça fait très. [00'44'28] Dans le le truc quand je regardais quand j'étais petit. [00'44'34] Une famille en or. [00'44'35] Un un petit peu les exclusions. [00'44'40] Vingt cinq trente. [00'44'43] Soixante quinze. [00'44'46] Ok. [00'44'49] Très bien, ça rigole pas. [00'44'54] Alors ça, ça vous présente les résultats. [00'44'58] De cette enquête par moi. [00'45'01] Vous voyez sur cette colonne, là, vous avez le nombre d'élèves exclus. [00'45'07] Ce que ça représente sur chacun des mois, sur les soixante seize établissements. [00'45'11] Ok, là vous avez le nombre d'élèves exclus en moyenne par mois et par établissement. [00'45'18] Donc ça veut dire qu'on est à quarante cinq élèves exclus temporairement. [00'45'23] En septembre, en moyenne par mois et par établissement. Si un élève a été exclu deux fois, par contre, il compte deux fois. [00'45'31] Ça peut, ça peut arriver, parce qu'en septembre, comme ça fais pas ça fait. Bref. [00'45'36] En par jours ouvrés dans l'établissement. Ça nous fait chaque jour une moyenne de deux virgule. Cinquante-quatre élèves l'un, par exemple, qui sont exclus temporairement. Mais on est en octobre, on a une forte, forte augmentation à sept, vingt neuf. [00'45'53] Et là, vous avez la précision du nombre de jours ouvrés selon les mois sur cette année-là. [00'45'58] Ok. [00'45'59] Tout ce que je vais vous présenter, la fin, pas tous, mais cet aspect exclusion, vous le retrouvez de manière détaillée dans un, dans un article de deux lits, j'y s. [00'46'09] Qui s'appelle les exclusions temporaires, une routine punitive, et il est en libre accès en ligne. Je vous donnerai les coordonnées à la fin, si ça vous intéresse, pour aller voir deux de plus près. [00'46'19] Donc, vous voyez que sur nos, sur nos chiffres là, ce que vous évoquez, ont été entre quatre et vingt cinq élèves, dont on voit qu'on est vraiment très au-dessus. [00'46'30] Sur une moyenne d'établissement. [00'46'35] Pareil sur le nombre d'élèves exclus ou bien le nombre de journées de l'exclusion. Une précaution cependant: là on a un effet, on a une moyenne. [00'46'45] Du coup, ça veut dire quoi? ça veut dire que on a en fait une volatilité. [00'46'49] Des. [00'46'50] Des deux. [00'46'53] Du nombre d'exclusions. [00'46'54] Qui est assez significatif, et des établissements qui excluent vraiment beaucoup, et des exclus des établissements qui excluent vraiment peu. [00'47'01] Mais la moyenne, évidemment, va écraser ces différences. Là donc, je reviendrai sur ces différences. Mais malgré tout, avec des chiffres comme ça, ça veut dire qu'on a près de la moitié, voire les trois quarts de l'échantillon qui sont sur des exclusions forte, voire très forte. [00'47'20] Il y a deux chiffres sur lesquels je voudrais attirer votre attention. [00'47'26] Il y a d'abord- vous voyez que on est pas sur quelque chose de régulier. [00'47'30] S'avère que, selon les mois, on a une différenciation du nombre moyen d'élèves exclus. [00'47'37] Vous voyez que le mois de septembre, on est à deux cinquante quatre. On a octobre, à sept vingt neuf. [00'47'42] Ça augmente, la ça re diminue, augmente, sa re diminue, etc. [00'47'46] Comment vous vous comprenez ce chiffre, la sept vingt neuf. [00'47'52] Pourquoi- et on l'a sur deux ans, et on l'a vérifié sur deux ans- on a une explosion en octobre. [00'47'57] Quelles sont vos hypothèses pour ça? [00'48'02] Ouais, mais là t'es, en octobre. [00'48'16] Ouais, donc, de fait, c'est effectivement y a ça, il y a des élèves qui sont: [00'48'23] Qui sont ainsi touchés. Mais qui sont ces élèves? [00'48'27] Si tu. [00'48'30] Ouais, mais ça te fait quand même beaucoup d'élèves mal orientés lin. [00'48'38] Ça, c'est toutes classes confondues. [00'48'40] Ouais. [00'48'48] Ouais. [00'48'53] C'est. [00'48'57] Ouais, c'est, ça peut être avant les vacances, mais mais sur les autres, moi aussi, il y a, tu vois, sur les autres mois, il y a aussi les vacances de pâques, les vacances de. [00'49'09] D'après vous, si on prend en sixième, cinquième, quatrième, troisième, c'est plutôt lesquels? [00'49'15] En octobre. Je parle en octobre. [00'49'19] Le quatrième, troisième. [00'49'41] Hum, hum et bienveillant à l'égard des sixièmes. [00'49'57] En fait, c'est les élèves de sixième et cinquième qui sont massivement exclus sur le mois d'octobre et c'est ça qui explique l'explosion par rapport aux autres mois. [00'50'06] Si on regarde les chiffres, vous voyez, là on a quarante six pour cent des élèves exclus. [00'50'11] Qui sont des élèves de sixième en septembre. Vingt quatre pour cent qui sont des élèves de cinquième. Quarante sept pour cent. [00'50'18] En octobre et trente deux pour cent. [00'50'21] Sur les élèves de cinquième et vous voyez qu'après les répartitions, elles sont beaucoup moins marquées. [00'50'26] Là, c'est vraiment septembre-octobre. C'est très fort si je le présente autrement. [00'50'32] Si je réunis sixième, cinquième, quatrième, troisième, vous le voyez très nettement. [00'50'36] Parce qu'on a un début d'année qui est très marqué par des exclusions temporaires vers les petits, les sixièmes et cinquièmes. [00'50'43] Et après, en revanche, on a une augmentation sur les mois de janvier, février et mars, un grand classique pour mes bahuts et dans les établissements. Sur la deuxième partie de l'année, on a les grands contient. [00'50'55] À utiliser contient moins que au début de l'année et on voit là les le rapport finalement s'inverser. Mais c'est c'est ça qui est très marquant sur ce, sur ces chiffres, là, c'est le fait qu'on a une concentration des exclusions temporaires sur des élèves très jeunes et qui vont- nous, c'est notre analyse aussi- qui vont. [00'51'15] Dans le sens d'une affirmation d'un cadre scolaire en rupture avec le cadre scolaire précédent. [00'51'20] Une affirmation aussi du pouvoir des adultes sur les élèves. [00'51'25] Qui marque un niveau d'exclusion et de recours à l'exclusion très fort, malgré le fait que ce soit une mesure exceptionnelle. [00'51'33] Un censé être une mesure exceptionnelle. [00'51'36] Et vous allez voir pourquoi ça va rejoindre une interrogation sur le caractère d'urgence et que ça peut être quelque chose d'assez révélateur d'effets pervers d'un certain nombre de choses. [00'51'53] Ça va sur ça. S'il y a des questions sur ce tableau et ses premières données, [00'52'02] Vous êtes dégouté, en fait. [00'52'07] Julie. [00'52'12] Parce que les grands sont plus là, en fait. [00'52'15] Donc là, la les qu'à noël. Du coup, l'écart proportionnel fait que les, même si c'est pas trop en nombre, c'est proportionnellement, ça retouche plus les petits que les grands, parce que les grands sont, et en particulier les grands, les plus en rupture ou les plus en opposition à l'école, sont plus là. [00'52'31] Nous, l'hypothèse qu'on fait et qu'on formule, et vous allez voir qu'on l'a retrouvé après sur d'autres, d'autres aspects de ce travail. [00'52'38] C'est que, finalement, l'exclusion temporaire est devenue une sanction ordinaire. [00'52'42] Elle a plus du tout de caractère exceptionnel. [00'52'44] C'est une sanction qui est très peu coûteuse dans les établissements. Une heure de colle, c'est plus contraignant qu'une exclusion temporaire. De fait, une heure de colle, il faut l'encadrer pour accueillir le gamin, faut le gérer. Une exclusion temporaire, il y en a pas, il y en a pas besoin. C'est une sanction, nous disent les chefs d'établissements, dont c'est la responsabilité de la donner ou pas. [00'53'04] Qui est perçu comme la seule sanction vraiment significative par beaucoup d'équipes éducatives. Là encore, je parle de manière un peu générique. Il y a évidemment des équipes ou c'est pas le cas, mais de manière générale, on voit qu'il y a une sensibilité très forte à cette question de l'ordre scolaire, de la déviance à l'ordre scolaire qui appelle une manifestation. [00'53'24] Au nom de la solidarité de l'équipe de direction, donc très souvent les équipes pédagogiques. [00'53'30] Considère qu'elle passe d'abord par une exclusion temporaire. Pas systématiquement, mais c'est vraiment un des marqueurs qui permet d'expliquer cette explosion du nombre d'exclusion temporaire. [00'54'04] Regardez, je vais vous montrer quelque chose. [00'54'13] Là. Quand j'arrive là dans un mois, j'ai fini. [00'54'17] Et j'ai mis bonus. [00'54'20] Si la question distinction fille garçon est posée. [00'54'26] Donc. [00'54'29] Je vous dirai ça en bonus. [00'54'49] Non sur les motifs, mais on peut déjà dévoilé sage, mais je vais revenir. Mais la grande difficulté, c'est qu'on [00'54'56] Il y a deux aspects. Le premier aspect, qui est sur le fait que cette sanction soit devenue d'un usage ordinaire. Si elle est devenue d'un usage ordinaire, il y a deux hypothèses: soit c'est une guerre permanente dans les salles de classe et donc ça va dans le sens aussi d'une forme de spectacularisation de la violence à l'école. [00'55'15] De tout ça, nous, ce qu'elle ne sait pas, ce qu'on observait du point de vue ethnographique dans les classes, dans les établissements. [00'55'22] C'est un travail que j'ai fait aussi avec deux doctorantes, julienne garnier et myriam wolinski, qui ont fait beaucoup de terrain dans ces établissements. [00'55'31] Et c'est pas du tout ce qu'on ce qu'on ce qu'on a constaté. Y a des difficultés, il y a des difficultés, il y a des incidents liés à tout ça, mais les motifs, très souvent, sont des motifs qui renvoie plutôt au danger de la mise en scène de l'enseignant ou de l'enseignante face à sa classe que à un événement qui est [00'55'51] Advenu et qui nécessitent l'intervention d'une sanction de ce type-là. Je m'explique ce qu'on nous renvoie beaucoup et quand j'ai des entretiens avec des enseignants et des enseignantes, c'est: je peux pas laisser passer ça parce que c'est risqué par rapport aux autres exemples. [00'56'09] Un gamin qui lève les yeux au ciel. [00'56'11] On a trouvé beaucoup de billets sur insolence, puisque les motifs après [00'56'15] On pourrait revenir à nos traces. [00'56'18] Sur les fiches d'incidents, etc. Ce n'est pas toujours très, très, très étayé. Quoi, ces insolences? insolence: trois jours d'exclusion demandée. Insolences répétées. [00'56'27] Et quand on creuse, on a parfois attention. Parfois, il y a des fois, c'est pas ça, mais on a trouvé beaucoup, beaucoup de fois, des, des, des des choses de ce type là, c'est-à-dire à lever les yeux au ciel. [00'56'40] Ah. [00'56'41] À siffloter à des choses qui sont plutôt du registre de la bande. Un début d'opposition, mais vraiment très, très lointaine. [00'56'50] Et ce besoin de dire tout de suite stop, avec cette crainte du débordement très, très forte chez les enseignants qu'on a interrogés, pas chez tous. Il y en a un certain nombre qui même sont très préoccupés par la proportion et l'usage ordinaire de ces sanctions, mais beaucoup d'autres- pas forcément des jeunes enseignants d'ailleurs- beaucoup d'autres qui disent de toute manière, [00'57'11] On est dans un rapport de deux du maître à l'élève, qui fait que je ne peux pas laisser passer ce genre de comportement est le seul. La seule manière de ne pas la laisser passer, c'est l'exclusion temporaire. Les heures de colle, ça sert à rien, et puis en plus, sinon il faut que je revienne le mercredi. On a des noms, qu'on a des marqueurs, comme ça, donc les, les motifs, on en a beaucoup qui sont finalement sur les registres. [00'57'32] Très secondaire et qui correspondent pas à ce que préconise le code de l'éducation, mais ça témoigne en revanche d'une crispation très forte et c'est pour ça qu'on le prend vraiment, nous, comme un révélateur. [00'57'43] Deux. Deux d'un certain nombre d'enjeux autour de l'école, d'une crispation très forte entre les enseignants et les élèves, mais surtout des attendus en termes de comportement. [00'57'54] Des jeunes et une tolérance à la sociabilité juvénile beaucoup moins forte qu'elle n'a pu être. [00'58'06] Si on prend ces chiffres là et qu'on les projette sur un département comme la seine-saint-denis- même si on pourrait les projeter sur d'autres départements- [00'58'13] Cette projection là, elle vous montre combien il y a d'élèves chaque jour en moyenne dehors, selon les mois, pour exclusion temporaire. [00'58'22] Sur un département comme la seine-saint-denis, a cent vingt établissements. On est à cent soixante sept élèves en septembre. Quatre cent quatre, vingt neuf, trois cent douze, etc. Etc. Tous les jours. [00'58'34] C'est ce qui fait qu'on a appelé ça. [00'58'37] J'ai intitulé un article que vous trouverez ainsi en ligne, s'il vous intéresse. [00'58'41] Le collège fantôme. [00'58'43] On assure un certain nombre de mois, l'équivalent de l'effectif d'un établissement. [00'58'49] Des élèves temporairement exclus qui sont dehors. [00'58'52] Qui sont dans la rue. [00'58'53] Dans un département comme la seine-saint-denis. [00'58'56] Le. Le gros écueil, et je j'attire votre attention là-dessus, c'est qu'on pourrait dire: oui, mais ça, c'est la seine-saint-denis. [00'59'03] Donc. [00'59'05] C'est pas pareil ailleurs. [00'59'06] Sauf qu'on a eu l'occasion de travailler avec le, la médiatrice de l'éducation nationale, qui, dans son dernier rapport, a fait remonter des préoccupations et une augmentation très forte des interpellations par les familles. [00'59'22] Au médiateur de l'éducation nationale, au service règle taureau de parents qui conteste? [00'59'28] L'usage des exclusions temporaires en seine-saint-denis pas beaucoup, beaucoup dans d'autres départements. [00'59'35] Et on fait l'hypothèse sur la base d'échanges qu'on a avec d'autres collègues, même s'il n'y a pas d'autres recherches ont été menées. [00'59'41] Sur des échantillons aussi large. [00'59'43] Qui a un usage aujourd'hui en france très fort, de l'exclusion temporaire est extrêmement fort et qui est un marqueur de différenciation avec d'autres pays. [00'59'55] Très comparable: ou l'exclusion temporaire est soit limitée, soit interdite, et ça, c'est un marqueur d'ailleurs très intéressant avec des pays dans lesquels les institutions scolaires est en train de s'affirmer. [01'00'06] Qui ne comprennent même pas qu'on autorise le fait d'interdire à des élèves d'aller à l'école, quoi qu'il ait fait. [01'00'13] Je travaille beaucoup sur le brésil et la comparaison avec le entre la france et le brésil, on a des situations autrement plus compliquées. [01'00'21] Au brésil que ce qu'on peut vivre en france, même s'il y en a qui sont compliqués, il n'y a pas de souci là-dessus. [01'00'26] L'exclusion temporaire est interdite. [01'00'28] Vous devez trouver une solution en interne, d'accueil. Et là, vous voyez qu'on est bien sûr aussi- et vous allez voir comment on glisse- vers ces enjeux de recomposition des espaces scolaires et éducatifs et de mobilisation de nouveaux acteurs de l'école dont on va considérer que ils sont indispensables pour faire vivre. [01'00'49] Des réponses institutionnelles. [01'00'51] De prise en charge. [01'00'53] De ces publics dits défavorisés ou qui ne correspondent pas à l'image que l'on a. [01'01'01] Élève ordinaire. [01'01'09] Du coup. [01'01'10] Vous voyez que dans ces [01'01'14] Par rapport à cette problématique. Là, on a beaucoup d'élèves. [01'01'17] Qui sont temporairement exclus, avec très peu de dispositifs mis en place par l'éducation nationale pour les prendre en charge. [01'01'25] Et on a vu émerger de nombreux dispositifs de prise en charge des élèves temporairement exclus, portés par des acteurs non scolaires. [01'01'35] J'insiste là-dessus. [01'01'37] Porté par des perreux, portés par des centres de prêt spécialisés, portés par des structures d'animation ou d'éducation populaire, portée par des maisons de quartier, des musées, etc. Etc. [01'01'54] Et le registre de l'urgence a été très, très utilisé pour justifier de la mise en place de ces dispositifs. En gros, on constatait qu'il y avait la présence de jeunes. [01'02'06] Parfois en difficulté, voire en grande difficulté, dans la rue, et qu'il est nécessaire de les prendre en charge. La question n'a pas été de dire comment l'école arrête d'exclure. [01'02'17] La question a été de dire comment les travailleurs sociaux et institutions socio-éducatives- des institutions socio-éducatives- prennent en charge ces éléments. [01'02'25] C'est un glissement, moi, qui me semble très important à avoir en tête. [01'02'30] Il n'y a pas et il y a très peu de réflexion finalement sur le fait que ces élèves soient à la rue. [01'02'34] La réflexion, c'est comment on encadre ses élèves alors qu'ils devraient être à l'école, ce qui devrait être le cheminement dans dans le cadre légal ordinaire. Ça devrait être ça. [01'02'45] Donc, à mon sens, c'est encore un marqueur de plus de cette recomposition des espaces scolaires et éducatifs, des centres de prévention spécialisée s'autorise aujourd'hui. [01'02'54] À prendre part à la résolution d'un problème scolaire. [01'02'57] C'était sans doute culturellement inenvisageable il y a dix ou quinze ans. [01'03'01] Culturellement. [01'03'02] Sur le registre d'éducateur ne met pas notre boulot. L'école fait n'importe quoi on devrait. Je ne dis pas que l'école fait bien ou pas bien. Je ne me situe pas sur ce, ce, ce positionnement là, mais culturellement, [01'03'14] On observe bien ce glissement là qui est un marqueur fort des nouvelles formes de prise en charge sur le caractère. [01'03'22] De l'urgence à répondre à cette contrainte là. [01'03'26] Un entretien avec un, un coordinateur, un responsable de collectivités territoriales qui a mis en place un dispositif de ce type-là. Après, il faut le dire aussi, il y avait une grosse demande des collèges. [01'03'40] Il ne voulait pas entendre parler de garder ces jeunes. Mais ces jeunes étaient là dans la mise en place du dispositif, dans ce qui a poussé à se mobiliser, c'est bien aussi la difficulté, dans certaines villes, à gérer ces jeunes. On se retrouve avec des coups de fil des élus locaux qui avaient des grosses difficultés à gérer les abords des établissements ou certains espaces publics. [01'03'56] Car on s'est rendu compte que si une partie de ces jeunes avaient clairement décroché de l'école, d'autres avaient été mis à la porte- a été exclu temporairement. [01'04'01] Le problème, c'est que, sans encadrement, ce public devenait difficile à gérer dans certaines communes en plus, avec des nombre de jeunes concernés très significatifs. Donc, je dirais que la mise en place du dispositif s'inscrit clairement dans ce besoin d'encadrement d'une partie de la jeunesse sur le territoire. Nous, on peut pas se substituer à l'école. On peut regretter certaines situations, mais on ne peut pas remplacer l'école et d'ailleurs, je pense que ce n'est pas facile. Alors, notre solution: [01'04'22] À nous, collectivités, ces dispositifs. [01'04'24] Voyez, on revient sur ce que j'ai évoqué en introduction. [01'04'28] Cette organisation spécifique qui répond à un besoin particulier. [01'04'35] Du coup. [01'04'36] Juste un point. [01'04'38] Là ce que je vais vous présenter sur les dispositifs. Ça a été mis en place dans le cas d'une recherche sur les formes d'encadrement des collégiens exclus et au travers d'une évaluation d'un dispositif départemental d'accueil des collégiens exclus en seine-saint-denis. Là aussi, vous trouverez le rapport, s'il vous intéresse. [01'04'55] De cette évaluation. [01'04'58] En ligne. [01'05'00] Juste pour situer la recherche. Il y avait un volet qualitatif avec des entretiens auprès d'élèves, auprès de responsables de dispositifs, auprès de principaux de collèges de sep, etc. Des observations in situ également. Un volet quantitatif avec des questionnaires, ont été administrés à la fois. [01'05'19] Sur des échantillons académiques et à la fois sur des échantillons d'élèves. [01'05'24] Qui sont passés par le le dispositif. [01'05'27] Travail. Qu'on a fait donc avec juliette garnier? j'ai myriam waf, qui est stéphanie ruby. [01'05'37] Ce qu'on observe sur ces dispositifs. [01'05'40] C'est qu'on a. [01'05'41] Et ça, c'est un marqueur important, j'insiste: on n'est plus à l'aune d'un dispositif sur une seule commune ou dans un seul établissement, on est sur une organisation où ces types de dispositifs qui deviennent très importants- celui dont on parle là y concerne vingt sept villes- il y a vingt neuf dispositifs locaux qui sont mis en place. [01'06'02] Ça touche soixante treize des cent vingt collèges de la seine-saint-denis. [01'06'06] Avec comme constat le fait que c'est nécessaire de lutter contre le décrochage au travers de la mise en place de ces dispositifs et que l'encadrement éducatif des élèves perturbateurs nécessite l'intervention de spécialistes. [01'06'20] Fais que. Mais les élèves qui sont temporairement exclus, le diagnostic qui est fait par les collectivités locales, c'est que si ils sont exclus temporairement, c'est que ce sont des élèves très difficiles. [01'06'31] Ce qui est assez logique dans une lecture. [01'06'34] Diners et traditionnel. Vous voyez que c'est soixante huit pour cent de dispositifs ce sont des services municipaux qui les portent. Trente deux pour cent ce sont des associations. [01'06'43] Ce qui est important de noter aussi, c'est que ce sont jamais d'une ville à l'autre les mêmes dispositifs. [01'06'48] Il y a le même public, il y a le même financement, mais il y a des ajustements selon les dispositifs des lieux. [01'06'58] Dans la manière avec laquelle est organisé l'accueil, via des dispositifs qui prennent les enfants que une semaine, il y a des dispositifs qui prennent seulement trois jours. Il y a des dispositifs qui font beaucoup d'activités culturelles, il y en a qui n'en font aucune, qu'il y a des dispositifs qui sont, avec des psychologues, beaucoup. Quatre vingt pour cent des dispositifs font [01'07'17] L'avenir des psychologues. [01'07'18] D'autres ne le font pas avant. Voilà, vous avez donc un cadre générique. [01'07'23] Autour de ces dispositifs. [01'07'25] Mais une déclinaison locale spécifique et particulière, qui va répondre au caractère d'urgence local de manière spécifique. Et ça, c'est un marqueur très fort, c'est qu'à chaque fois, c'est: oui, mais nous, ici, athènes, dans ta ville, c'est pas comme dans la ville de juste à côté. Nous, ce qu'on fait dans le dispositif, c'est plutôt ça, et la ville à côté de nous, ce qu'on fait, c'est c'est plutôt comme ça. [01'07'45] C'est. Ne s'agit pas de dire que c'est pas justifié. Il s'agit de constater qu'on a une mobilisation de registres de justification qui s'ancre sur une légitimité de lecture, de diagnostic local très spécifique et pas du tout sur l'application d'une politique nationale, comme on a marqué longtemps les politiques éducatives locales. [01'08'12] Une des des choses qu'on a constaté très rapidement sur ces dispositifs. [01'08'17] C'est que, devant l'ampleur des exclusions temporaires, [01'08'23] On s'est interrogé sur qui est la cible qui est finalement touchée par ces dispositifs. [01'08'29] Le conseil général. Lui, sa démarche était de dire zéro pourcent de collégiens exclus à rue. [01'08'34] On doit pouvoir prendre en charge tous les élèves temporairement exclus. [01'08'38] Sauf que la proportion d'élèves temporairement exclus est-elle? [01'08'43] Qu'il faudrait multiplier par dix, voire par quinze, la capacité d'accueil des dispositifs existants pour permettre l'accueil systématique de tous les élèves. [01'08'53] Sur les vingt sept villes dont il est question, il y en a trois qui réussissent à accueillir systématiquement tous les élèves. [01'09'01] Parce que y a un accord avec les collèges, le secteur, qui fait que tous les élèves temporairement exclus sont accueillis dans le dispositif, tous. [01'09'10] Mais dans tous les autres établissements, dans toutes les autres villes, on ne voit. Et trois sur vingt sept, c'est très minoritaire. Non, toutes les autres, c'est très majoritaire. [01'09'19] Les élèves sont orientés ou non dans le dispositif. [01'09'24] Il y en a qui vont, y en a qui vont pas, et c'est l'établissement scolaire qui fait le choix d'orienter ses élèves vers le dispositif, avec toujours le besoin d'un accord de la famille. [01'09'35] Et de l'élève. [01'09'38] C'est clair, la source, ces dispositifs, comment ils sont. [01'09'45] Et juste, c'est des dispositifs qui sont en dehors de l'école. [01'09'49] Dans des espaces soient liés aux associations ou structures. [01'09'53] Soit dédié pour quelques-uns dans l'établissement, mais on a vraiment pas beaucoup. [01'10'02] Ce qu'on nous a dit très vite, avant qu'on vérifie ça avec des une enquête un peu plus approfondie, c'est que quelque chose qui revenait beaucoup. Les porteurs de dispositifs étaient très étonnés du public. [01'10'13] Mon disait: ce n'était pas du tout le public auquel je m'attendais. [01'10'16] Par exemple, monsieur vanneau nous dit: on n'en voit pas tous les élèves au pair, c'est assez peu. [01'10'22] Pour dire clairement: on ne voit pas les cas désespérés dont on sait très bien qu'ils feront rien que ça les intéressera pas. Ou les récidivistes, multirécidivistes, pareil, on les envoie pas non plus. [01'10'31] Alors que d'autres qui sont un peu plus sur la tangente, on les prend en quelque sorte en amont. [01'10'36] Donc, ce sont les élèves qui n'ont pas beaucoup de sanctions- dernière euh, pas vraiment non- et qui sont dans la coopération avec les référents du collège, dont on sait que quand on va lui proposer, il va faire un peu la tête, mais on sait qu'on va réussir à le convaincre. [01'10'49] Et ça, c'est quelque chose de très fort. C'est là qu'on s'est rendu compte que, finalement, les élèves, il y avait des dispositifs qui étaient mis en place, créer. [01'10'58] Les élèves qui étaient orientés. [01'11'00] Orienté dans ces dispositifs étaient massivement pas les élèves les plus en difficulté. [01'11'06] De décrochage, voire de glissement vers des activités déviantes et délinquantes, parce que c'est ça qui avait motivé en plus les collectivités à mettre en place. [01'11'16] Ces dispositifs. Là, c'était un enjeu de prévention de la délinquance. Il faut beaucoup se méfier de ces rapports de cause à effet: décrochage, délinquance. Mais là, malgré tout, sans rentrer dans ces considérations-là, on voit, et ce qu'on a constaté, c'est que il y avait une orientation d'hélène. [01'11'33] Qui était plutôt ceux d'élèves dont on dira qu'ils sont scolairement bien doté. [01'11'38] Qui reste, des élèves qui ont eu un incident avec un enseignant, etc. Mais pas des élèves en forte rupture. [01'11'46] Pas des élèves en situation d'urgence. [01'11'59] Un responsable associatif nous nous dit comme ça nous dit ainsi. Mais en revanche, je suis très surpris parce que ce n'est pas le public des jeunes en difficulté que l'on reçoit ici. Il y en a quelques-uns, mais franchement, par rapport à d'autres, c'est rien, ils ont fait une bêtise. Il y en a certains qui ont des problèmes relationnels avec des profs ou avec un assistant d'éducation. [01'12'14] Non, on ne peut pas dire qu'il y ait de grosses difficultés, même sincèrement. Des fois, nous intervenons, nous nous disent: mais ça va en fait. [01'12'22] Enfin, il nous disait ça au début, parce que maintenant ils savent que c'est pas des terreurs non plus. Mais c'est vrai aussi qu'on a été un peu surpris. Moi en tout cas, je sais que c'est pas l'image que je me faisais- un élève exclu. [01'12'37] On a essayé de regarder ça dans le détail sur une mesure de l'appréciation du climat scolaire par ses élèves pris en charge dans le dispositif. [01'12'47] Pour vous expliquer la lecture de ce tableau. On est parti de questionnaires, les questionnaires debarbieux qui mesurent le climat scolaire. Climat scolaire, c'est. [01'12'59] Les niveaux relationnels, l'appréciation relationnelle. [01'13'03] Des élèves envers les profs, envers la vie scolaire, le sentiment de justice, le sentiment d'injustice, sentiment de sécurité, etc. [01'13'11] Théoriquement, lorsqu'on a des élèves en forte rupture scolaire, ils ont une perception du climat scolaire très dégradé. [01'13'19] Ok, les travaux qui portent là-dessus, soixante miniers étant ceux de debarbieux. Cette playa montre ça: les élèves en forte rupture, voire un fort risque de décrochage, sont les élèves qui ont une perception très négative du climat scolaire. [01'13'32] Inversement, les autres ont une vision, les, les élèves les mieux dotés ont une vision plus positive du climat scolaire. [01'13'39] Là vous voyez que si on va, [01'13'42] Ça, ça vous donne les résultats d'un questionnaire. [01'13'46] Plus c'est écrit là, plus le score est proche de quatre, plus la perception du climat scolaire est négative. [01'13'52] Ok. [01'13'53] Là vous avez l'échantillon. [01'13'56] Expérimental ici donc, c'est-à-dire l'échantillon. [01'14'00] Des élèves qui sont passés dans le dispositif. [01'14'03] Là vous avez un échantillon endémique de l'académie de créteil. [01'14'08] Théoriquement, on devrait avoir beaucoup d'élèves de l'échantillon expérimental ici. [01'14'14] Cette ligne là, elle marche, en gros, la laisser les élèves pour une version, une vision positive du climat, à des degrés divers. Voyez qu'on a classé en trois, en trois catégories, mais en gros, là, c'est très, très positif. C'est des gamins qui répondent: ouais, c'est super, l'école, c'est génial, j'adore. [01'14'31] Là, les quarante pourcents, c'est ce qu'ils disent. C'est très bien l'école, mais [01'14'38] Là, c'est des gamins qui disent: ça va. [01'14'40] Ok, sur ces trois catégories, on a à peu près là-dessus. Là, c'est ça va pas trop. [01'14'46] Ça va pas du tout. C'est n'importe quoi de façon l'école, tous pourris, tout ça. [01'14'51] Donc théoriquement, si on était sur des profils d'élèves. [01'14'55] En forte opposition, en forte rupture. [01'14'59] En décrochage, etc. On devrait avoir nettement plus de proportion d'élèves ici qu'on en a. Vous voyez qu'il y a une proximité très forte entre les deux échantillons, ce qui nous a amenés à dire que, finalement, les élèves qui étaient pris en charge dans le dispositif était représentatif des élèves de l'académie, pas du tout d'élèves en situation. [01'15'18] De risque ou d'urgence tels que la cible avait été pensé par les pouvoirs publics pour justifier de la mise en place de ces dispositifs. [01'15'27] Voyez le l'écart. [01'15'35] Non, ça veut dire qu'ils sont pas pris en charge dans les dispositifs d'exclusion. [01'15'41] Ils sont exclus, mais restent dans la rue. [01'15'44] Malgré le fait qu'il y ait des dispositifs de proposée qui visent à les prendre en charge. [01'15'51] Parce que c'est spécifiquement cette cible là, les deux partenaires, c'est la pj, c'est des des intervenants qui sont beaucoup plus tournés, c'est la protection de l'enfance. [01'16'01] Beaucoup plus tournée vers ses angela que ceux des élèves ordinaires. Et du coup, je redis, il y a quelques dispositifs, ou c'est pas le cas- ceux qui réussissent à toucher ces élèves là, c'est ceux où il y a une systématisation de l'orientation. [01'16'15] Des dispositifs verts. [01'16'18] Des élèves exclus vers les dispositifs parce qu'ils y passent tous. [01'16'22] Mais ça n'est possible que dans des établissements qui excluent relativement peu. [01'16'26] Dans des établissements qui excluent beaucoup. C'est pas possible, parce que le flux est-elle. [01'16'30] Que on n'y arrive pas et quand le flux est important, et on n'envoie pas les élèves les plus en difficulté, on envoie ceux qui sont le moins. [01'16'38] En. [01'16'39] Nos positions à l'école, avec voilà, avec un motif qui a été relativement. Il y en a plusieurs, j'en ai évoqué quelques-uns, mais il y en a un autre que je n'ai pas évoqué. [01'16'47] Qui est que les professionnels considèrent que c'est pas en une semaine qu'on va pouvoir résoudre son problème. C'est pas faux. [01'16'54] Mais. [01'16'56] La difficulté, c'est que du coup, les dispositifs et les intervenants. [01'17'01] Encadre des élèves qui sont pas ceux pour qui ça pourrait être un levier vers l'orientation, vers d'autres dispositifs, d'autres formes de prise en charge, etc. Etc. [01'17'16] Deuxième problème qu'on a, sa question, qu'on pose aux fins de cette recherche là et qui interroge plus particulièrement les porteurs de dispositifs: [01'17'27] C'est le fait que les dispositifs en viennent finalement à à prendre en charge plutôt une forme d'externalisation. [01'17'36] De la prise en charge des élèves. [01'17'38] Un travail véritablement partenariale avec l'institution scolaire. [01'17'43] On a, par exemple, un responsable de dispositif- et c'est quelque chose qu'on a beaucoup, beaucoup entendu- qui nous dit: le gros problème, c'est que les établissements, ils savent nous trouver, mais ils ne s'impliquent dans rien de leur côté. On signe la convention, il amène l'élève avec le peut, on fait le point rapidement par rapport à l'incident et ensuite, ciao fait la fête avec lui, par exemple, sur la continuité scolaire. Il nous bassine là-haut, il fait allusion à sa direction avec la con. [01'18'03] Continuité scolaire, mais on n'a rien. On demande à chaque fois si les profs ont donné quelque chose. On n'a jamais rien en trois ans, une fois. Une fois, il y a un prof qui a filmé un truc, le sait peu. A chaque fois, il est désolé, le pauvre. C'est même devenu une blague. Je lui dis: quand on en arrive? quand on arrive à ça, comme d'habitude, il me répond: comme d'hab. [01'18'19] Ça. Ça renvoie à cette question de ce que j'évoquais tout à l'heure de la continuité scolaire et de la tendance. [01'18'26] A cette recomposition des espaces scolaires et éducatifs et à une offre nouvelle mais qui, si sur le papier, elle est très positionnée sur des aspects partenariaux, d'organisations pluriprofessionnelles, etc. Etc. Est très difficile à faire vivre sur le terrain sur un registre de coopération qui soit réel avec. [01'18'45] Une institution scolaire qui n'est pas dans cette culture là- même si évidemment, un certain nombre d'établissements ne le font pas du tout de cette manière-là- que l'âge d'un point de vue générique, sur un grand nombre d'établissements. Mais on a aussi des exemples d'établissements qui travaillent très en lien avec, par exemple, des eux et qui sont sur une logique partenaire. [01'19'06] De long terme, mais c'est pas la tendance générale. La tendance générale, c'est plutôt celle d'une externalisation de la prise en charge de ces élèves. [01'19'15] Et ce n'est même pas une externalisation de la prise en charge des plus difficiles. On pourrait se dire si c'était difficile, mais c'est même pas les plus difficiles, mais par contre, ça témoigne bien d'une difficulté dans la construction d'un rapport de partenariat à gérer et prendre en charge, designer, gérer et prendre en charge des élèves dont on pourrait compter. [01'19'35] Sidéré que parce qu'ils sont en situation d'urgence pour une raison ou pour une autre liée à un événement scolaire et parfois à d'autres événements, [01'19'43] Puisse être accompagné. Là ce qu'on constate- et c'est pour ça que j'ai utilisé le fait que on avait finalement des dispositifs qui pouvaient masquer- [01'19'51] Des situations d'urgence, le sentiment collectif sur ces bassins, là, c'est, il y a une prise en charge qui est proposée. [01'19'58] Une: on sait qu'il y a un problème sur les exclusions, mais il y a une prise en charge qui est proposée pour les élèves en difficulté, sauf que nous, les élèves les plus en difficulté, je redis, à l'exception de quelques bassins- [01'20'10] Ne sont pas pris en charge. [01'20'17] Du coup les familles aussi. Sur cette question-là, on voit que ça alimente une forme de, de de rupture. Le terme est peut-être fort, mais de entendu, d'autres ont théorisé rail you beauty, etc. Ont théorisé aux shakes cette question du malentendu scolaire, et là, on est exactement dans le type de chose qui peut l'alimenter. Un exemple d'entretien avec une. [01'20'37] Mère de celio, douze ans, qui a été exclu pour la deuxième fois aussi. Je dois bien reconnaître que cela m'inquiète beaucoup, et son père aussi d'ailleurs. Deux exclusions en trois mois, mais il va aller jusqu'où comme ça. Alors, on lui a dit, on lui a dit: de toute manière, il est privé de tout jusqu'aux prochaines vacances: plus de consoles, plus de foot, plus de sorties exclus. C'est grave quand même être exclu. [01'20'56] Et je lui demande: vous pensez que c'est grave? [01'20'58] Je pense que c'est très grave. Bon, après aussi, c'est vrai que j'ai l'impression que dans ce collège, il donne facilement une exclusion. Moi, je crois qu'à mon époque, c'était plus pour des trucs graves une exclusion, que maintenant, je crois que c'est un peu plus utilisé. Mais moi, je me dis: ils savent ce qu'ils font, ils savent où ils vont. Moi, je vois mon fils, si vous l'écoutez, il n'a rien fait et c'est injuste. Moi, je lui dis: de toute manière, [01'21'19] Raison et t'as joué, t'as perdu. Mais bon, maintenant il faudrait que ça se calme, parce que s'il me fait une troisième exclusion, alors là, mais même si les motifs sont trop, pas trop grave, je crois. [01'21'29] Moi, je pense qu'une exclusion, c'est grave. Vous voulez bien me dire ce que c'était, les motifs? oui, oui, je veux bien. Je ne suis pas fier, mais ça va à la première. Ça faisait deux fois qu'il avait oublié son carnet, alors il a pris une journée. La deuxième, c'était pour insolence avec le prof de maths. Il a levé les yeux au ciel. Il a pris trois jours. [01'21'46] Donc, c'est voilà ça. Ça renvoie bien à ce qu'on évoquait tout à l'heure sur le l'utilisation et les usages des registres punitifs plutôt que des registres éducatifs au sein d'une institution scolaire. [01'21'58] Hé. [01'22'00] Avec un jour. J'ai pris cet extrait là. Il y en a beaucoup d'autres où les parents comprennent pas, en fait. [01'22'06] Comment ça se fait que leur, leurs enfants, leur fils ou leur fille est exclu temporairement pour ça. [01'22'13] Mais malgré tout, se retrouve face à cette injonction à soutenir la décision de l'école pour ne pas paraître en décalage avec des familles. [01'22'25] Moins proches scolairement, on dira des moins dotés scolairement, font cet effort là également, mais en imaginant du coup que leur et leurs enfants sont vraiment dans une attitude extrêmement défiante à l'égard de l'institution scolaire. Et donc, ça provoque des inquiétudes et c'est ce que nous disent beaucoup les porteurs de dispositifs. Il ne l'est pas avec les élèves qu'on a des soucis. [01'22'45] C'est avec les parents qui vivent très mal le fait que leurs gamins soient pris en charge dans une structure socio-éducative, etc. Etc. Alors que c'est pas pour le coup un public qui est en besoin ou en demande forte de ce type d'encadrement. [01'23'03] Très souvent, les dispositifs sont appelés à la rescousse par les établissements sur le registre de. Vous avez une meilleure relation. [01'23'11] À la, à la famille que nous, et donc, c'est cet aspect supplétif, il est très demandé sur le registre de la proximité avec la famille. [01'23'20] Reste que on retrouve, dans un certain nombre des entretiens qu'on a pu faire, cette même difficulté. Mon cas a déjà été montré plein de fois. Je pense aux travaux de teint, je pense aux travaux. [01'23'31] De gamme, je pense, beaucoup de travaux sur ces questions-là. Qui monte cette difficulté a avec les populations. [01'23'39] Les les moins dotés. [01'23'42] Culturellement, sur des proximités avec les travailleurs sociaux. [01'23'45] Qui alimentent les les parfois les malentendus. Aussi j'ai mis celui-ci. [01'23'51] On aurait pu en mettre d'autres- mme m, qui est la maman d'amadou, quatorze ans. Deuxième exclusion: [01'23'56] Moi, je pensais que c'était bien pour lui, mais au début je ne voulais pas qu'il y aille aussi. Mais ça faisait un peu peur au début, en fait. [01'24'02] Et je demande: mais qu'est-ce ce qui faisait peur? vous pouvez me dire un peu? [01'24'06] C'était en fait, c'était en fait. J'avais mal, mal compris. En fait, comme il travaille avec une cellule là, au début je croyais que c'était une cellule comme en prison. [01'24'14] Alors je refusais. Et puis l'éducateur m'a expliqué. Il a rigolé aussi. Il s'est un peu foutu de ma gueule, mais c'était gentil. [01'24'20] Ah bon, mais pourquoi? [01'24'22] La rigolé, en fait à cause du nom, parce qu'il travaille à une cellule. Lui et moi, je croyais que c'était une cellule de prison pour les enfants, mais il m'a dit que c'était le même nom, mais que ce n'était pas du tout une prison, que c'était pour qu amadou ne soit pas dehors, qu'il soit pris en charge par des éducateurs. Alors j'ai compris et j'ai dit: d'accord, et après, c'était bien, car en fait, il n'allait pas dehors. Le père de cette ville se présente sous l'intitulé cellule. [01'24'42] Superbe. [01'24'44] Et voilà après, sur les familles. On a beaucoup, de nous deux. [01'24'49] Sur les selles qu'on a interrogé de cet acte, soit, un côté, une incompréhension sur pourquoi est-il là, ici. Là, s'il est là, c'est que c'est très grave et c'est un vrai problème, soit ça, typiquement, c'est dans une, dans un pays heureux, qui prend en charge systématiquement les gamins, et c'est plutôt des gamins qui sont déjà plutôt en rupture avec l'école qui y sont accueillis. [01'25'10] Et on a juste ce qu'on observe déjà par ailleurs sur les difficultés relationnelles ordinaires, entre grands guillemets, entre travailleur social et population. [01'25'21] Puis marginalisés. Rien de plus que ce qu'on observe par ailleurs. [01'25'27] Dernier élément: les élèves. [01'25'29] J'ai mis un extrait aussi de d'entretien d'élèves. [01'25'33] Pour savoir un peu comment les les les élèves parlent du dispositif. [01'25'38] Il y a deux catégories. Il y a ceux qui considèrent qu'ils y sont, mais qu'ils ont rien à y faire. Ils sont nombreux, mais ils sont polis. [01'25'44] Ils font le truc et ils disent à la fin: non, mais c'était bien, c'était bien, c'était sympa. [01'25'50] Mais qui sont pas dans dans des niveaux de défiance à l'école. Fort après. On en a d'autres qui sont ceux qui sont plutôt dans des situations de de de rupture, plus plus, plus fortes, voire parfois très fortes. Ceux qui sont pris en charge systématiquement ou les quelques-uns qui, malgré tout, sont pris en charge. [01'26'10] Quand même qui sont pris en charge. [01'26'13] Qui sont des éléments en grande difficulté. [01'26'16] Ce qui nous a beaucoup marqué, c'est le fait que ces élèves-là considérer que la vraie punition, ce n'était pas tant d'être dans le dispositif ou deux, mais d'être privés d'école. Effectivement, le marqueur symbolique était très, très fort et il le formule assez bien. [01'26'32] J'ai mis deux extraits. [01'26'33] Abdoulaye qui nous dit: tu réfléchis bien quand t'es exclu avec l'éducateur et tout, tu vois, qui es-tu que t'aurais pu? t'aurais pu réagir autrement? [01'26'42] Mais je pense que ça arrange pas. Ça n'arrange pas la situation, pour pas te mentir. Je pense que tu vois, pour moi, c'est un site encore plus à faire de la merde, c'est sûr. [01'26'51] Mais pourquoi ça incite encore plus à faire de mien? [01'26'53] Parce que ça fout la haine. Après, quand tu reviens en cours, tu vois les gens, les gens, ils travaillent, et toi t'es en retard. Je comprends rien à ce que dit le prof. Après, tu peux pas suivre. [01'27'01] Comment tu fais pour suivre, bien tranquille, bien posé, quand tu comprends pas. Après, tu vas parler. Après, je ne sais pas, tu vas faire de la merde après quand exclu, c'est pire. Et du coup, t'es revenu au collège, tu voulais te calmer, mais même c'est pas facile. Tu vas parler, tu vas énerver, et voilà, tu vois là, tu vas encore plus être exclue. [01'27'18] Un autre qui nous dit: [01'27'20] Donc l'enquêtrice lui demande: ça sert à quoi pour vous de venir ici? ça sert à nous casser les couilles par nous? [01'27'26] C'est pas grave, on parle comme tu veux. Moi je pense que ça nous donne une leçon quand même. Cuisson deux, il y a deux élèves. [01'27'32] Ça nous donne une leçon. Quand même, tu dis ça parce que c'est la première fois que t'es exclu. [01'27'36] Si ça sert à nous apprendre des trucs sur comment il faut se tenir, pas se laisser emporter et tout. [01'27'42] Moi, je pense que pour apprendre des trucs, c'est mieux d'être en cours. [01'27'46] Et puis, c'est pas ça qui va nous faire comprendre, ça va pas nous faire comprendre. [01'27'50] Comment il faut se tenir en cours, et tout ça. Là, on sait déjà. En plus, ils croient quoi. On est éduqués, on sait déjà. [01'27'57] Ouais, c'est vrai. Après les profs, ils disent: t'es mal élevé. C'est normal qu'on s'énerve. Moi, je n'accepte pas qu'on dise que mes parents, ils font mal leur travail. [01'28'05] Et on aurait pu, voilà, avoir encore d'autres, d'autres extraits d'entretiens. On retrouve vraiment très souvent ces marques là, c'est-à-dire sur le premier. Le fait de dire finalement, le retour dans l'établissement est plus dur. [01'28'17] Que. [01'28'19] Qu'avant, parce que il y a un an, parce que on n'arrive pas à raccrocher fin. C'est ce que déjà très, très bien montré dans les, dans les travaux sur le décrochage, cette difficulté a raccroché. Je pense aux travaux de du l'azalée, en particulier sur ces questions-là. [01'28'34] Et le deuxième aspect, plutôt sur le fait qu'il y a une remise en cause. [01'28'39] De la la, la lecture institutionnelle des familles sur l'importance de l'école, sur le fait de comment on doit se tenir à l'école, sur une entreprise de normalisation autour de ce qu'est l'école. [01'28'51] Loin d'être partagé par les, par les élèves. [01'28'57] Pour conclure. [01'28'59] Sept points. [01'29'00] Le premier point, le fait que cette routine punitive [01'29'04] Fait qu'on est passé d'une mesure qui est pensée comme une mesure d'urgence à une mesure ordinaire. Une mesure d'urgence où elle est censée être exceptionnelle, où elle est censée répondre à un caractère. C'est indiqué dans les textes. [01'29'18] D'urgence en août, entre autres choses. [01'29'21] Et qu'on voit bien, avec les chiffres que je vous ai proposé, qu'on n'est pas du tout sur le l'exceptionnel, l'extraordinaire, comme disait bernadette ce matin, mais bien sûr l'ordinaire. [01'29'31] Deuxième aspect: [01'29'33] Des élèves en difficulté, à la difficulté de travailler avec les élèves. [01'29'37] Nous, nous sommes que ça, c'est un point important qui interroge vraiment l'école dans sa capacité à penser. [01'29'44] La question, j'ai, j'y reviendrai, mais la question de l'éduc habilité des élèves, c'est-à-dire, quelle tolérance finalement aux socialisations et aux sociabilités juvéniles ordinaire en milieu scolaire? l'école est effectivement pas la rue, l'école est effectivement. [01'29'58] Une institution est un espace spécifique marqué par une forme scolaire fortement. [01'30'02] Instituée. Mais pour autant, on voit bien que l'enjeu d'une école démocratique pose aussi la question de la cohabitation de la norme scolaire, des normes scolaires, avec les normes juvéniles. Là, ce qu'on observe, nous, sur nos terrains, c'est une crispation très forte sur ces registres de tolérance à l'écart, à la norme, et qui pose la question de l'entreprise d'éduquer. [01'30'22] Unité? est-ce qu'elle est encore posée en ces termes-là ou pas, dans un certain nombre d'établissements? [01'30'29] Le fait d'interroger la la continuité éducative. Ce qu'on a observé, c'est que les élèves qui sont les plus en rupture, les plus en difficulté, sont ceux qui sont le plus exclues, mais, en plus, qui sont le moins prise en charge du point de vue socio-éducatif. Après, par ailleurs, donc, on en vient à ce paradoxe fort, ce sont les [01'30'49] Les élèves qui ont le plus besoin d'école, qui, finalement, du point de vue du registre des apprentissages, en bénéficient le moins. Je ne suis pas rentré dans le détail d'autres travaux qu'on mène. Et puis des collègues, comme arnaud dubois, par exemple, soulignant lemoine à limoges. Arnaud dubois, versailles. [01'31'03] Travail sur les exclusions de classe. Travail sur: [01'31'08] Les, les temps d'exclusion dans l'établissement, sur des choses comme ça, et on voit qu'il y a beaucoup d'élèves qui, de plus en plus, ont une trajectoire scolaire marquée. [01'31'19] Par un manque d'école, pas sur le fait qu'ils n'y vont plus, mais dans l'école elle-même. On a plus, finalement, de de prise en charge à hauteur de ce qui pourrait être attendu pour ses élèves. [01'31'32] Quatrième élément: le fait qu'on a des alliances éducatives. [01'31'37] Qui pose la question? [01'31'39] De l'autonomie- deux de ces dispositifs- et du risque d'externalisation par l'école. [01'31'45] D'une partie de ses missions et de la prise en charge des élèves. [01'31'48] Moi, je vais être très, très clair par rapport à ça. Je pense qu'il y a un vrai danger à ce qu'il y a une dérive d'une prise de position, y compris avec des enjeux. [01'31'57] On peut tout à fait entendre de parfois financier ou de développement des structures. [01'32'05] Sur des problématiques éducatives et scolaires qui font que, l'école étant en difficulté, faites appel à ces structures là, mais dans une logique d'externalisation plus que de partenariat. Et il me semble que ça, c'est vraiment un marqueur fort de la recomposition des espaces scolaires et éducatifs qui pose et qui porte atteinte, à un moment donné, au projet. [01'32'25] Démocratique de l'école, des travailleurs sociaux et des intervenants sociaux ne peuvent pas faire à la place de l'école ce que l'école devrait faire. Ça ne veut pas dire qu'ils ne peuvent pas travailler sur des enjeux scolaires ou autres avec l'école, mais en revanche, on sait que sur le registre des apprentissages, sur le registre des savoirs, sur le registre la reconnaissance institute, [01'32'45] Lionel dans les trajectoires de vie. L'école reste dans les sociétés démocratiques. C'est le modèle pour l'instant. Ça sera peut-être un autre plus tard, mais en tout cas, c'est quand même ça, aujourd'hui, l'école, le principal levier qui est censé assurer d'une forme de mobilité et d'émancipation. Parler, parler, savoir. Donc, je vois que ça, ça pose vraiment des vraies questions. [01'33'04] Et que du coup. [01'33'05] Il faut réussir à dépasser. [01'33'08] Des dispositifs qu'on a appelé avec stéphanie rubi, les dispositifs how to the league stellaire, qui s'auto alimente, qui sont légitimes par eux-mêmes et pour eux-mêmes, qui prennent en charge un public qui n'est pas celui pour lequel ils sont conçus. Ils sont pensés et organisés. On sait très bien qu'il y a toujours une marge. Il y a aussi pas mal de travaux là-dessus en politique publique embarque. [01'33'28] Séculier de sociologie politique. [01'33'31] Qui montre bien qu'on ne peut pas être sur des modes de ciblage, à moins d'être dans des formes de big browser norme avec des fichiers, avec plein de choses. [01'33'39] Rib. [01'33'41] On ne peut pas avoir toujours la la, la cible qui est visée parfaitement, mais entre le toujours et le presque jamais, il y a il y a quand même une petite marge qui est peut-être importante. [01'33'53] Surtout quand on parle des élèves les plus en les plus en difficulté. [01'33'58] Une attention à avoir sur le cac. [01'34'00] Le fait que on a douze pour cent de notre échantillon. [01'34'04] Qui sont les établissements qui excluent peu. [01'34'07] De façon pérenne et stable. [01'34'10] Avec trois à quatre élèves exclus temporairement par mois. [01'34'14] On voyait qu'on est très loin de ce qu'on avait tout à l'heure. Quand même, douze pour cent de l'échantillon, c'est pas beaucoup. [01'34'19] Mais c'est quand même significatif. Et dans ceux-là les élèves. [01'34'24] En situation de d'urgence, eux, sont pris en charge dans les dispositifs starck. Les dispositifs ont la place de prendre en charge ces élèves. Là, on est plus dans une gestion de flux qui interdit la prise en charge des élèves en situation d'urgence, on est dans une gestion éducative des élèves en grande difficulté. C'est très différent et nous, c'est vraiment quelque chose. [01'34'44] Bataille comporte, sur ces terrains, là, pour essayer de, de, de. [01'34'50] D'attirer l'attention sur le fait qu'on doit pouvoir avoir une réflexion collective sur ces enjeux. Là. [01'34'56] Évidemment, un certain nombre de limites sur cette recherche. D'abord, le fait qu'elle est, elle pose le la focale sur un territoire. [01'35'03] Particuliers. [01'35'04] Ce serait intéressant de comparer avec des espaces plus mixtes, moins ségréguées. Là, on est quand même beaucoup sur des espaces ségréguées. Après, je fais l'hypothèse que les différences serait pas si énorme que ça. On a fait sur des échantillons plus petits, au travers des enquêtes de climat scolaire et de victimation, des études, là, sur un échantillon par exemple, des détails. [01'35'25] En rep, on a près de quatorze pour cent des élèves qui des classes avoir été temporairement exclus dans l'année. [01'35'31] Sur l'année l'année dernière. Quatorze pour cent, ça fait quand même beaucoup, de beaucoup d'élèves. [01'35'38] On a peu. Aussi, on n'a pas travaillé la question de l'articulation avec les exclusions de ponctuelles de classe qui ne sont pas comptabilisées ici. On sait qu'en place, et seulement les exclusions temporaires. [01'35'51] On a pas non plus- je l'ai évoqué rapidement tout à l'heure- travailler sur les caractéristiques sociologiques des enseignants, qui excluent ou qui n'exclut pas, parce que là, on a observé aussi une forte différenciation à l'intérieur des établissements. On a des dés, on a peu d'établissements où c'est très homogène sur qui exclue. Il y a un effet là, établissement qui masque le. [01'36'10] Fais que des étapes des enseignants excluent beaucoup, demandent beaucoup d'exclusion parce que c'est pas eux qui excluent un seul chef d'établissement. [01'36'16] Et d'autres qui n'en demandent quasiment jamais. [01'36'19] Ça, c'est aussi quelque chose qui serait intéressant de travailler. [01'36'25] Et enfin, voilà le travail sur les critères en usage d'élection- ou de mon élection- au dispositif. C'est quelque chose qu'on a un peu travaillé, mais qu'on est en train de d'approfondir de manière plus plus fine. [01'36'39] Ça, c'est des éléments bibliographiques autour de ce que j'ai, ce que j'ai présenté là, vous trouverez sur ce lien. Alors c'est un peu long, mais sinon, via google, vous trouverez. [01'36'51] Tous ces articles, la fin, ça c'est un livre qui est à paraître en deux mille seize. Mais ces deux articles et d'autres, vous les trouverez en libre accès ici. [01'37'00] Et voilà. [01'37'03] J'étais là parce, puisque je n'étais pas très longtemps, [01'37'08] Au fil des années. [01'37'58] Dans le droit chemin, si je puis dire. Est-ce qu'il y a d'autres raisons qui sont données par l'établissement et est-ce que toi, tu en vois d'autres? comment est-ce qu'on peut approfondir ce jour-là? [01'38'09] Par rapport à ça. [01'38'12] Moi, il me semble qu'il y a un enjeu essentiel- c'est ce qu'on a observé dans le changement sur certains dispositifs, certains qui n'accueille quasiment aucun gamin vraiment en difficulté et qui l'ont fait l'année suivante- c'est la gestion de flux. [01'38'26] C'est assez terrible, mais le fait que quand t'es dans un établissement où t'as en gros dix gamins par jour, exclus [01'38'31] Il y a quasiment pas de travail éducatif, voire aucun travail éducatif, sur cette question de l'accompagnement et de l'orientation vers le dispositif. [01'38'41] Pour autant, le dispositif est très important parce qu'il nous permet- je dis nous- [01'38'45] Dans un établissement, d'avoir une réponse institutionnelle à une difficulté locale qui est reconnue, s'avère qu'on a jamais eu. De quand on a fait des restitutions dans certains établissements ont donné des chiffres, on a toujours eu de la surprise. [01'38'59] Mais on n'a jamais eu ni de la négation, ni du contentement, aucun établissement. Alibaba, oui, on exclut vingt élèves par jour. Et alors, c'est quoi le problème? jamais on n'a pas eu, on a. On a toujours ressenti une équipe très mal à l'aise, voire très en difficulté par rapport à ça, mais du coup, quand on en a dix, par [01'39'18] Jour à orienter n'en remet pas en cause le le dispositif. On est tout à fait dans le registre méritocratique que j'évoquais tout à l'heure. Il y a ceux qui méritent d'aller dans le dispositif et d'avoir une prise en charge, et à ceux qui ne méritent pas cette prise en charge, et quand on met dos à dos ce qu'ils méritent, c'est-à-dire qui sont le moins, [01'39'38] Éloigné de la norme scolaire et ce qui ne mériterait pas parce qu'ils feraient pas assez d'efforts. [01'39'43] On est sur ce registre là, mais beaucoup sous la pression du flux. [01'39'46] Dans les étamines, dans les dispositifs où ils accueillent les élèves les plus en difficulté, mais pas que cela. Il y a des fois des élèves qui sont pas non plus en très grande difficulté, mais qui ont été exclus. On est, il y a beaucoup plus de distance par rapport à, à ce registre de la légitimité à être orientés ou pas dans le dispositif, parce que l'exclusion devient un marqueur. [01'40'05] Et c'est salles angela, c'est que, finalement, le marqueur est déplacé. [01'40'09] Pour les structures socio-éducatives, leurs marqueurs, c'est l'exclusion. [01'40'13] Et c'est ça la grande surprise de ce qu'il disait. Mais on pensait qu'un élève exclu un élève. [01'40'17] Vraiment, il avait été loin quoi avant d'être exclu et de se rendre compte qu'en fait, non. [01'40'22] Et c'est pour ça que sur cette, ce travail-là, il y a notre sens, il articule plusieurs dimensions. Ce n'est possible que parce que il y a recomposition des espaces scolaires, éducatifs, que parce que les travailleurs sociaux se mettent sur ce marché- entre grands guillemets- de la lutte contre le décrochage scolaire, que parce que il y a des flux. [01'40'42] Important. Que voilà, enfin. On voit les choses s'articuler après, au fur et à mesure, mais cette question de la responsabilité renvoyée aux élèves, elle est très forte. [01'40'53] Merci beaucoup. [01'40'55] Ça va, ça va, ça fonctionne, je pense. [01'40'57] Donc, je voulais dire que, en fait, j'étais très intéressé sur cette question de d'un dispositif qui cible en fait des jeunes qui sont dans une situation un peu moyenne, qui sont pas les plus en difficulté, parce qu'elle rejoint beaucoup d'autres écrits. [01'41'17] Sur des interventions sociales. [01'41'21] Qui montre que je pense en particulier à la thèse de linda la vitry, qui a eu un prix du monde l'année dernière. [01'41'29] Sur le travail des conseillers à pôle emploi. [01'41'32] Et qui montre aussi que, en fait, [01'41'37] Il est pour des raisons de gestion de flux. [01'41'40] Mais aussi pour des raisons de comment dirais-je? [01'41'46] Deux: dévaluation du travail des déconseillés. [01'41'51] Finalement, ils ont comme cœur de cible des des personnes qui ne sont pas des les les chômeurs de longue durée et les plus en difficulté, mais que cette politique d'activation dont ils parlent, dont ils parlent beaucoup, s'adressent à des gens qui sont susceptibles de [01'42'11] Revenir dans le monde du travail quand même. [01'42'13] Plus rapidement que d'autres. [01'42'15] Et c'est aussi ce qu'on voit dans les travaux, par exemple, de jean-philippe melchior. [01'42'21] Sur les. [01'42'24] L'évaluation du travail des des travailleurs sociaux. Chez hum, je me souviens bien ça part, ça parlait de travailleurs sociaux des carpates, mais je ne suis plus très sûr. En tout cas, ça parlait du travail social aussi dans un autre domaine d'intervention, qui montre que pour des questions d'évaluation de leur travail, [01'42'44] Il règle les problèmes qui vont être réglés les plus vite. [01'42'48] Le plus rapidement, donc, de fait, leur. Leur travail ne se centre pas sur les personnes qui auraient le plus besoin de leur intérieur intervention. Donc, ma sœur, ma remarque, c'est: c'est peut-être justement que [01'43'04] Finalement, quels sont les mécanismes? [01'43'09] Qui font que ce sont ces personnes-là qui sont le plus ciblés, parce que peut-être que c'est pas seulement pour des questions de [01'43'20] Peut-être que ça rejoint des questions de gestion de flux et que ce que, comme tu le disais, et que finalement, il y a et fin. [01'43'28] C'est assez frappant, ce cette centration sur des, sur la situation moyenne. [01'43'33] Après. La difficulté pour les travailleurs sociaux, c'est qu'ils ont pas la main sur le public qu'ils accueillent. [01'43'40] C'est là, c'est pas eux qui, en fonction de. [01'43'44] Exemple d'un impératif de résultat. [01'43'47] Nous, quand on a fait l'évaluation, la grande préoccupation, c'était alors: est-ce que ça marche? quel pourcentage d'élèves qui, quand tu sors du dispositif, n'est plus exclu? [01'43'56] Donc la première chose à dire, évidemment, c'est: un dispositif d'une semaine peut pas suffire à expliquer le fait qu'un gamin soit exclu ou pas après, mais c'est le fantasme très fort et compréhensible. [01'44'08] Mais de ne des financeurs et des dés. [01'44'13] Les administrations qui mettent en place ce dispositif là, mais les travailleurs sociaux. [01'44'18] C'est les épées ou les chefs d'établissement qui leur envoient les gamins. N'oublions pas la main sur l'horizon, pas la prise sur qui vient et le fait de ne choisir ou non. [01'44'29] De favoriser tel ou tel. [01'44'32] Le public a même été, ce que ce que j'essaie d'illustrer, la surprise pour beaucoup, deux d'entre eux à dire: non, c'était, voire même parfois, on a observé des situations vraiment cocasses, c'est-à-dire sur, par exemple, le rapport à la norme scolaire, des ateliers sur citoyenneté. [01'44'49] Citoyenneté- je ne sais plus comment ça plait, mais quelque chose ça ne s'appelait pas comme ça- mais en gros, des citoyens, des énormes scolaires. [01'44'56] Gamin. Ma voilà ce que l'école profilé, comme ces conflits, comme ça. [01'45'01] Et. Mais les intervenants avaient préparé quelque chose pour des gamins dont ils imaginaient que je n'étais pas trop au fait de de ses aspects normatifs là. Et puis si? [01'45'13] Des gamins un proche. [01'45'15] Pas comme un élève, un élève droite. [01'45'17] Mais un prof viendra dire ça parce que c'est un adulte. [01'45'20] Incorporez meilleur, très, très forte des relations de deux, de domination, voire de pouvoir, entre profs et élèves qui étaient, qui étaient très, très marqués. Ça tombait très à plat ces ateliers. [01'45'31] Mais avec ce ce, cette difficulté pour retrait exprimé de ne pas même pas pouvoir avoir ce choix là, finalement, et c'est là que se pose la question de la sous-traitance ou du partenariat. [01'45'42] Comme comment. [01'45'44] Sur un rapport partenarial, tu dois pouvoir composer et travailler sur quel est le type de gamin qu'on va prendre en charge et pourquoi ceux-là et pas les autres. Là, on l'a peu vu. Ça existe un peu, mais on l'a peu vu. [01'45'59] Oui, j'aurais des réflexions par rapport à tout ce que vous avez dit et par rapport à ce qu'on a dit ce matin. [01'46'06] Notamment. [01'46'07] Comment dire par rapport à l'exclusion en tant que telle? [01'46'12] Par rapport au constat que vous en faites, par rapport au motif d'exclusion au jour d'aujourd'hui. [01'46'17] J'ai le sentiment que les modalités d'exclusion telle qu'elle était prévue, [01'46'22] Dans l'échelle des sanctions punitives au niveau des collèges. [01'46'26] N'est plus appliquée. [01'46'28] Tenant, c'est-à-dire que on a perdu de vue le, le cadre. [01'46'32] Générateur de cette exclusion et que la banalisation de cette mesure vient aussi du fait que la mise en place des dispositifs supplétifs viennent traiter les conséquences de l'exclusion et ce qui est visible de l'exclusion, et non pas la question de fond, la question de [01'46'53] Faux, c'est plus par rapport à la, je dirais à la légalité et à l'origine de la légalité de cette mesure punitive. Est-ce que les collèges et les chefs d'établissement qui prennent au jour d'aujourd'hui cette décision? [01'47'07] Prenne dans le cadre, je dirais, légale et formalisé. [01'47'11] Qui était prévu à l'origine. [01'47'15] La deuxième. Ces question, c'est aussi. [01'47'17] A, qui appartiennent les enfants. [01'47'20] Par rapport à la responsabilité. L'école est obligatoire jusqu'à seize ans et les enfants qui sont à l'école sont sous la responsabilité. [01'47'28] Du directeur d'école et de l'éducation nationale. [01'47'31] Quand ils sont exclus? quelle est la responsabilité lorsqu'ils ne soit pas pris dans une structure éducative? puisque, si j'ai bien compris, [01'47'41] C'est une action volontaire. [01'47'43] De l'élève qui accepte d'aller dans le, le pays heureux. Il n'est pas obligé d'y aller, puisqu'il a le choix de l'élève qui va y aller. Et il y a le choix, l'acceptation de l'élève. Dans quelle mesure on lui laisse un choix à partir du moment où l'école est obligatoire? est-ce que ce n'est pas la solution de facilité? [01'48'02] De dire: [01'48'04] On se dégage pendant qu'on vient dire, pendant deux, trois jours, on est plus responsable de lui et s'il arrive quelque chose, l'assurance scolaire va-t-elle le couvrir? quel est le débat- je dirais juridique, légal- en termes de responsabilité, de prise en charge par rapport à cette, à cet enfant qui n'a pas l'autonomie? [01'48'25] A la fois civile et décisionnelle pour palier à son comportement. [01'48'32] Donc, c'est toutes ces questions-là qui sont paradoxales, en fait. [01'48'37] Sur sur l'aspect. Le premier aspect, l'aspect légal. [01'48'43] Le cadre légal depuis, en gros, depuis deux mille cinq. Ça s'amorce en deux mille, mais depuis deux mille cinq, il a vraiment changé en matière de procédure disciplinaire, dans les ordres, dans nos établissements du second degré en particulier, en valorisant beaucoup, quelles que soient les gouvernements d'ailleurs, [01'49'02] Le registre éducatif. [01'49'04] En insistant sur la notion de sanction éducative, en insistant sur [01'49'09] Des aspects de prise en charge de tout ça, mais ce qu'on observe, c'est qu'il y a un hiatus très fort entre les textes et l'esprit des textes. [01'49'19] Et la réalité des pratiques. [01'49'21] Sur le, sur le terrain. [01'49'25] Du coup sur ces pratiques, et c'est ce fort niveau de l'usage des sanctions de manière générale, parce que les versions temporaires, mais sur les enquêtes climat que j'évoquais, c'est plus de cinquante pour cent des élèves qui sont qui sont collés dans l'année. [01'49'40] Dans certains établissements ça monte à quatre vingt. [01'49'43] Il y a même des établissements où ces quatre, vingt, seize pour cent des élèves sont collés dans l'année. Donc, le registre de la sanction éducative, il est. [01'49'53] Loin. [01'49'54] Il est très, très loin. Mais il témoigne aussi de plusieurs choses. D'abord, d'une vraie souffrance des équipes enseignantes- et je pense qu'il faut pas les prendre de haut et il ne faut pas déconsidérer ça- c'est-à-dire que ça témoigne de difficultés ressenties par les premiers acteurs concernés, et donc c'est préoccupant. [01'50'12] On peut pas juste dire que que on a une dérive autoritaire de de l'école. Il y a quelque chose là qui est de l'ordre. [01'50'22] De la souffrance enseignante des dit françoise fantôme qu'il faut pouvoir travailler. [01'50'28] Et entendre. Deuxième élément: on a une difficulté des chefs d'établissement. Ça, ça témoigne de beaucoup de choses en termes de difficultés de management pour les chefs d'établissement. [01'50'39] Elle a écrit des nouveaux manager de la république, en parlant des chefs d'établissement est clairement beaucoup non. On dit l'exclusion temporaire, c'est une variable. [01'50'49] Importante d'achat de la paix sociale au sein de l'établissement. C'est un marqueur symbolique extrêmement fort. [01'50'56] Pour les équipes. [01'50'57] Ça témoigne d'une solidarité. [01'50'59] Très forte envers les vraies difficultés- entre guillemets- éprouvée par les, par les équipes, et beaucoup de chefs nous ont dit: on sait que ça, ça a rien à voir, on sait que c'est pire avec certains élèves, mais au moins, [01'51'13] Ça permet de d'être un peu libéré sur des enjeux. [01'51'20] Locaux. [01'51'22] Et internes. [01'51'24] Après: est-ce que l'exclusion temporaire est légal ou pas? [01'51'28] Elle est légale à partir du moment où elle déborde pas des cadres de d'une exclusion de plus de huit jours, etc. Sur la continuité éducative, la loi prévoit que le chef d'établissement doit s'assurer de la continuité éducative et scolaire. [01'51'42] Mais. [01'51'44] S'il ne le fait pas, ça le regarde lui et il est peu mis en cause par son institution par rapport à ça. Mais c'est là-dessus quand même que la médiatrice de l'éducation nationale alerte dans son rapport en disant: là y a un lien, un problème. [01'51'59] Et on voit bien que l'institution scolaire est pas très à l'aise avec cette question des exclusions temporaires parce que, effectivement, c'est pas cohérent avec l'esprit de la loi. Mais le décalage avec le terrain est-elle? [01'52'14] Que donc? on peut imaginer deux choses: soit la loi rattrape le terrain, et c'est demander à chaque fois qu'il y a une réforme sur les procédures. [01'52'22] Là-dessus. [01'52'23] Des syndicats demandent à ce que soit supprimée la valence éducative. [01'52'28] Sur, par exemple, l'exclusion temporaire, la continuité scolaire et l'obligation d'encadrement éducatif des élèves, en disant de façon: ça ne se fait pas. Donc, plutôt que de faire comme si ça se faisait, ça se fait pas pour l'instant, ça, ça n'a pas été, ou alors c'est essayer de faire vivre d'autres types de mesures qui commencent à se développer, qui existe dans l'arsenal législatif. [01'52'48] Les mesures de responsabilisation. [01'52'50] Les exclusions, inclusions que moi j'appelle les suspensions, comme les appelle les québécois, qui me semble plus juste. [01'52'57] Ou alors des mesures plus radicales qui existent dans un certain nombre de pays: la suède, l'allemagne, l'espagne. [01'53'03] Brésil, le portugal, l'interdiction des exclusions temporaires. [01'53'07] Mais ça décompose ça. Si vous voulez animer un, une conférence avec des équipes de proches, [01'53'15] Et que ce soit dynamique. Vous commencez par ça. [01'53'19] Moi je le fais, c'est-à-dire: [01'53'22] Poser cette question-là supprimant les exclusions temporaires. Et ça renvoie tout de suite à plusieurs aspects: l'aspect institutionnel, le registre punitif de l'institution, puisque foucault a déjà montré, ça a été montré et remontré par rapport à ça, le poids symbolique, l'exclusion du corps de l'élève, pour le coup. Voilà, c'est, c'est très, très sensé. [01'53'42] Cible extrêmement sensible. [01'53'44] Mais ça reste dans le cadre de la loi, avec après des des libertés qui sont prises par les chefs d'établissement. [01'53'53] Peut-être, je vais répondre à la question. De même, sur la question des filles. [01'54'02] Bonus. [01'54'11] Donc les filles, en fait, on a. C'est quelque chose qui nous avait. [01'54'16] Interpellé sur nos premières enquêtes ethnographiques sur les dispositifs. Je caricature un peu, mais ce qu'on a plus beaucoup de temps, mais en gros, on avait des, des garçons qui étaient assez calmes. [01'54'27] Assez stéréotypés sur des élèves moyens au comportement assez ordinaire. [01'54'33] Et défis. [01'54'35] Qui était remontée, mais bien comme il faut et qui correspond beaucoup plus aux profils d'élèves dites déviantes que les garçons. [01'54'43] On a fait un dispositif de dispositifs, trois dispositifs. On s'est rendu compte que ce n'était pas systématique, mais que, très souvent, les filles qui étaient orientées dans les dispositifs étaient sur des registres normatifs beaucoup plus durs que ceux des garçons. [01'54'57] De fait, ce qu'on a constaté. [01'54'59] D'abord la. La deuxième chose qui nous a mis la puce à l'oreille, c'est que, selon les années, [01'55'04] On avait, je l'ai dit tout à l'heure, en gros, treize pour cent des exclusions. C'est pour les filles, mais dans les dispositifs, on avait vingt à vingt cinq pour cent de filles. [01'55'12] Accueil, théoriquement, s'il n'y avait pas de sexuation. [01'55'16] De l'orientation dans le dispositif. [01'55'18] On devrait avoir treize pour cent de filles dans les dispositifs net tv. Vingt à vingt cinq pour cent. [01'55'24] Donc, on a essayé de comprendre pourquoi. [01'55'27] On a regardé des chiffres. Si vous voyez, j'ai repris juste quelques variables sur, par exemple, l'appréciation des élèves dans les questionnaires qu'on avait fait passer sur la sanction: est-ce que la sanction que t'as reçu allez juste, ou bien il n'est pas juste? [01'55'41] Vous voyez qu'elle est juste pour cinquante sept pour cent des garçons, pas juste pour quarante cinq pour cent. [01'55'47] Et juste pour quarante cinq pour cent défis. [01'55'50] Un juste pour vingt trois pour cent des garçons. [01'55'53] Et un juste pour trente et un pour cent des filles. Donc, les filles c'était plus plus dur que les, que les garçons. [01'55'59] Il y a plein de variables qu'on avait comme ça, ou, en fait, les filles répondaient toujours sur les essais, sur les indices de climat scolaire. [01'56'05] La perception des filles était beaucoup plus négative, sur celles qui étaient dans le dispositif, que celle des garçons. [01'56'11] On a regardé aussi. Vous voyez, là, vous avez les pourcentages d'élèves. [01'56'17] Par niveau de classe. [01'56'21] Et vous voyez la queue au niveau des défis et des garçons. On a des filles qui arrivent plus [01'56'28] Tardivement que les garçons et on avait des filles plus grandes en moyenne que les garçons qui étaient accueillies dans les dispositifs. Quand on creuse un peu tout ça, et au bout de deux ans et demi d'enquête, on a eu finalement des registres. [01'56'45] Normatif de la part des des établissements et de la part des travailleurs sociaux. [01'56'50] Très fort du point de vue de la sexuation, de l'orientation dans ces dispositifs, sur un registre qui est que les filles étaient récupérables et que les garçons étaient perdus. [01'56'59] C'est, et on a intitulé un article qui n'est pas encore publié comme ça: [01'57'04] C'est cette idée que les filles qui étaient orientées dans ces dispositifs. [01'57'10] Là aussi, je parle de manière générique. Ils n'avancent pas toutes les filles, mais as un grand nombre des filles qui étaient orientées dans ces dispositifs. [01'57'19] L'était pas en sixième, pas en cinquième, mais plutôt en quatrième, voire en troisième, avec cette idée que [01'57'28] Vraiment, on les envoyait quand, dans l'école, on n'y arrivait plus. [01'57'32] Mais que, comme elle était fille, [01'57'36] Ce n'était pas normal qu'elle se comporte comme ça. [01'57'39] Et que donc, comme ce n'était pas normal, c'était sans doute- elle devait avoir des difficultés familiales. [01'57'45] Et que, comme du coup ce n'était pas leur faute, on rentrait pas dans le registre que j'évoquais tout à l'heure. [01'57'50] De responsabilisation, de la prise en charge qu'on faisait peser sur les garçons qui, de façon, était dur, mais parce qu'il était dur. [01'57'57] Pas parce qu'il avait des problèmes familiaux ou des voilà. [01'58'01] Donc, on a vraiment une sexuation de l'orientation dans les dispositifs qui est très marqué par rapport à ça, parce que non seulement on a beaucoup de filles, [01'58'08] Proportionnellement, devront avoir treize pour cent. On a parfois dix pour cent de plus. [01'58'13] Mais en plus, les filles qui y vont sont des figues, sont pas du tout sur le même profil que le garçon et si on re découpe nos questionnaires de tout à l'heure, comprend que les garçons, on enlève les filles sur l'échantillon expérimental. [01'58'26] L'échantillon du coup expérimental des élèves qui sont passés dans le dispositif. L'appréciation climat est nettement plus positive que celle de la moyenne académique. [01'58'35] Mais. [01'58'36] Du coup. [01'58'40] Et puis on a défi. Voilà ça, c'est un extrait d'entretien. [01'58'43] On a des filles qui sont beaucoup sur des des exclus, sur des questions de problèmes de groupes de bande. [01'58'51] D'affrontements entre groupes juvénile manière très, très forte. C'est très identifié. [01'58'56] Et il y avait un un, un responsable de dispositif qui nous le dit, mais en fait, qui s'en était pas rendu compte. C'est quelque chose qui n'est jamais verbalisé. [01'59'05] Et c'est très important ça, jamais un dispositif ou un acteur de dispositif nous a dit: nous, on reçoit plus de filles que ce qu'on devrait recevoir. [01'59'12] Et les filles sont. [01'59'14] Bizarrement pas comme les garçons. Il y a toujours un peu de distance par rapport à ça. Là, m kalla, quatre vingt dix, quatre vingt quinze pour cent des élèves que l'on accueille viennent pour des choses. Il y a des violences verbales, physiques, insolence et filles-garçons. C'est la même chose, c'est pareil. [01'59'27] Des actes individuels ou collectifs dont c'est la même chose. On a beaucoup de filles qui viennent de certains collèges et qui se battent énormément. [01'59'33] Et puis, en fin de rencontre, il reprend précisément les données informatisées. À propos: défi, accueil et commente abassi. Dix des vingt filles qui sont venues proviennent en fait d'un même établissement, dont une est revenue deux fois, quatre sont de quatrième, de troisième, quatre de cinquième. C'est bien le même réseau d'interconnaissance. Elles se connaissent. Oui, elles n'ont pas été orientés à la suite d'une action collective, excepté. [01'59'53] Élève, les sept autres se connaissent et un phénomène de groupe très important pour ses fils a beaucoup de bagarres, parfois très violentes. Elles sont suivies par un éduc. Il y a un pic entre en cinquième, quatrième du même collège, puis on voit aussi beaucoup de garçons plus dur et on a plus de problèmes avec ces élèves-là. Les filles sont violentes et pour les bagarres, tout est filmé automatiquement et mis sur anti-poux cave. [02'00'11] C'est un site. [02'00'13] Cave qui pue ligne ou sur des où voilà qui balance des, des, des vidéos de ce type-là. Il nous demande de travailler en amont, de développer en amont un travail éducatif avant, l'exclusion, avec des actions collectives ou individuelles. [02'00'31] Et donc on a avoué, en gros: [02'00'35] On a trois éléments, l'un sur les éléments de sexuation. Le premier, c'est beaucoup de choses sur les ailes, les garçons de sixième, cinquième, [02'00'42] Pour les cadrer, les garçons sont plus sanctionnés que les filles. Sur sixième, cinquième et plus exclusif, les filles, en sixième, cinquième, le registre des filles pubères. Qui faut remo l'arri re moraliser avec les sanctions pour les, pour les sauver, ça c'est vraiment très, très, très, très utilisé. [02'01'02] Et puis l'appréhension, déficit scénariste des élèves et de leurs familles, mais surtout des filles, patent des garçons. [02'01'09] Ce registre de si les filles se comportent comme ça, si elles se battent, qu'elles sont dans des bandes. [02'01'14] C'est qu'elles ont un problème familial. [02'01'17] Le garçon sait que c'est un garçon dur de quartier populaire inédit. [02'01'21] La fille. Elle est perdue. [02'01'23] Donc, effectivement, il y a un marqueur fort là-dessus et donc un marqueur aussi sur la sexuation de la prise en charge. [02'01'36] Moi, je voulais poser une question sur l'amont de tout ça. [02'01'40] Parce que finalement, [02'01'43] Les enseignants, les chefs d'établissement ont énormément recours aux exclusions temporaires. [02'01'49] Alors peut-être qu'ils sont en souffrance, j'entends bien, peut-être aussi qu'ils sont démunis. [02'01'55] Du point de vue pédagogique, et donc, à ce moment-là, on en revient peut-être à des questions de deux formations. [02'02'02] Ou, en tout cas, ils ont l'air démunis sur la mise en œuvre de conditions éducatives, finalement, qui font sens pour les gamins. Donc, on est vraiment sur le paris de l'est. L'éducatibilité, quoi? enfin, je crois qu'il y a quelque chose qui est assez. [02'02'18] C'est troublant. [02'02'20] Et puis on retrouve ça: [02'02'23] Voici ce que si on avait eu un échange de mails là-dessus. Mais on retrouve ça dans: [02'02'31] Dans ce qu'écrit eric pereira, par exemple, sur le projet d'éducation, il renvoie un devoir d'hospitalité, un devoir, une préséance de l'accueil, du créera un devoir de sollicitude et un devoir de confiance. Donc, qu'est-ce qui se joue? voilà où sont ses devoirs, là, dans le paris des ducs habilités, des enfants. [02'02'50] En amont de tout ça. [02'02'52] Avant finalement d'en arriver à ce ou être complètement démunis et pas savoir quoi faire, et pour se retrouver face à des des- voilà des décisions qui ne sont pas forcément cohérent, mais juste. [02'03'06] Et puis arrivé aussi à cette situation de souffrance, parce que ça, c'est vraiment un signe de souffrance du monde enseignant, enfin moi, [02'03'13] Mais on est en plein dans le nom, dans ce paradoxe d'avoir des institutions éducatives. [02'03'21] Très institué, au sens où il énumère et: [02'03'25] Forte. [02'03'28] Mais qui sont aussi des institutions éducatives et scolaires, là en l'occurrence. [02'03'33] Dans lequel les registres entre inscription as instructions, pardon et éducation. [02'03'39] Berne. [02'03'41] En vigueur au fur et à mesure de la démocratisation et la massification des systèmes. [02'03'46] Et ça, c'est quelque chose que la la comparaison internationale, sur lequel la comparaison internationale est vraiment intéressante. [02'03'52] On voit que, dans les systèmes éducatifs, massifier, démocratiser depuis un certain temps, avec des niveaux d'accès aux diplômes et de ce qu'on appelle des sociétés des diplômes, sert de de fait une obligation à la diplomation pour. [02'04'07] Justifier la mobilité des trajectoires sociales. [02'04'12] Un ancrage. [02'04'14] Qui est de plus en plus difficile à établir sur le registre du cp habilité au profit de celui de l'instruction et de la diplomation, comme s'il y avait une forme d'antagonisme entre le fait d'éduquer ou d'instruire en france, qui est très fort parce que, historiquement, en plus, il est constitutif quand même du second degré. [02'04'33] Parce que ce dont on parle là, c'est du collège, qui est construit sur des références disciplinaires. [02'04'38] Des références disciplinaires qui sont issues d'une histoire et d'une tradition. [02'04'42] Très forte qui fait peu de cas des enjeux d'éducation. Voir qu'il est qu'il l'est. [02'04'47] Qui renonce fin? qui c'est un? [02'04'50] Lorsqu'on qu'on rejette très fortement, là, on sait que le modèle démocratique d'une école oblige. [02'04'56] À travailler. Cette question n'éduque habilité. [02'04'58] Et du registre de l'éduc habilité. Donc, [02'05'03] Il y a ça comme premier point. Le deuxième point, c'est les nouvelles problématiques éducatives. On voit aussi qu'elle qu'elle rentre dans les inquiétudes. Elles sont prises comme des inquiétudes par les nouveaux professionnels de l'éducation. Je pense aux travaux d'une vingtaine greyhound, perrier et joineau sur les nouveaux enseignants. On voit que ces préoccupations sur la conduite de classe, [02'05'23] Sur les questions de genre à l'école, sur tout ça. Ça inquiète beaucoup et donc, c'est très visible et ça alimente sans doute aussi des inquiétudes fortes qui ne sont pas traduites sur le plan du registre éducatif, qui nécessite forcément de l'instabilité. Elles sont traduites, selon beaucoup, sur le registre de la délégation à la société ou à des travailleurs sociaux, dont ça. [02'05'43] Doit être ou dont c'est censé être le métier, mais pas comme un retour au cœur du métier d'enseignant et donc du registre de les éducation et déductibilité. Mais c'est moi, je pense, que là-dessus, il y a, il y a vraiment, et c'est pour ça que ces enjeux autour de la recomposition des espaces scolaires et éducatifs, [02'06'00] De les repositionner comme des marqueurs de l'est de ce qu'est l'école démocratique aujourd'hui. C'est vraiment important et que la comparaison internationale est très révélatrice par rapport à ça. [02'06'10] Je prends l'exemple, vois. [02'06'12] Redonne celui-là, mais du brésil, il y a dix ans. [02'06'16] Le brésil, on était sur un registre très paternaliste. [02'06'22] Avec un enjeu. [02'06'24] D'encadrement dans l'école publique était celui que les élèves aillent à l'école. [02'06'27] Et qu'on les entoure, et qu'on les aime, et que tout ça. [02'06'31] En douze ans, treize ans, on a complètement changé nos registres. [02'06'36] En donnant une priorité aux apprentissages, pas au fait d'aller à l'école, mais d'être scolarisés et d'avoir des diplômes. [02'06'42] Et de rhodes, rattraper les autres puissances dans la compétition internationale sur ce que c'est que des compétences à obtenir. [02'06'49] Et on voit apparaître des problèmes et des préoccupations sur la violence à l'école, le décrochage scolaire, etc. C'est pas que ça existait pas avant, c'est que ça devient un problème public qui pénètre aussi les préoccupations des enseignants et dont la réponse apportée n'est pas celle du registre éducatif, elle est souvent celle du registre disciplinaire qui, à mon sens, est inadaptée. [02'07'10] Ah ça. Donc, ça veut dire aussi que, à un moment donné, et sans tomber dans un écueil qui opposerait une pédagogie d'un côté, les disciplinaires de l'autre, qui est aussi ridicule que plein de choses. [02'07'23] La question du modèle démocratique de l'école. [02'07'26] Ne peut pas ne pas penser. Le registre éducatif, aujourd'hui, dans la formation des enseignants, c'est optionnel. [02'07'34] C'est pas pas quelque chose qui est systématiquement mis en place, cette question-là. [02'07'40] Et on est ce que je suis là-dessus, mais on est le seul pays du monde. [02'07'45] Et pourtant, je suis très attaché au cep en tant que personne. [02'07'49] Et de ressources, et d'étudiants, etc. Mais on est quand même le seul pays du monde qui a délégué à un corps particulier dans le second degré. [02'07'58] La mission d'éducation. [02'08'01] Ça n'existe nulle part ailleurs. [02'08'03] Donc les profs. Il y a une tendance est à une organisation quand même institutionnelle, qui pousse pas à ce que les registres éducatifs concernent tout le monde, puisqu'on a des spécialistes même en interne de l'éducation. [02'08'16] Et je pense que c'est un vrai à la fois. Ça témoigne de beaucoup de choses, mais c'est aussi un levier à [02'08'22] Interrogée: [02'08'31] Par rapport aux douze pour cent des établissements où il y a moins de d'exclusion. Est-ce que vous avez constaté? [02'08'39] Un fonctionnement différent? est-ce que le dispositif interne à l'établissement? [02'08'46] Vous direz quelque chose de de nouveau. [02'08'49] Par rapport aux autres établissements. [02'08'52] Alors on n'a pas fait d'enquête systématique au sens. [02'08'57] Performatif du terme. [02'08'59] Il faudrait plus de travail, plus fin, pour vraiment répondre précisément à la question. Donc, ce que je vais vous donner, c'est plutôt de l'ordre du sentiment. [02'09'08] Que du l'ordre du résultat de recherche. [02'09'11] Mon sentiment, c'est que, sur ces douze pourcents d'établissement, y a toujours une volonté très forte de la direction de limiter le nombre d'actions temporaires. [02'09'18] On n'a pas un seul établissement où on n'a pas un chef ou une cheffe d'établissement engagé sur cette question-là et, du coup, engagé sur le registre éducatif. C'est très, très clair. Ça, c'est pas du tout des des chefs d'établissement manager au sens de ce que décrit anne barrère, c'est des chefs d'établissement. [02'09'36] Plutôt à l'ancienne, plutôt sur des registres militants, par ailleurs parfois militant d'éducation populaire. [02'09'41] Qui défendent une certaine idée et qui se cognent parfois à une partie de l'équipe- mais une partie seulement- et qui sont très soutenues par une autre partie de l'équipe. [02'09'51] C'est des chefs d'établissements qui sont là depuis longtemps et ce sont des équipes où il y a pas un turnover de soixante dix pour cent par an. [02'09'56] Ça, c'est systématique aussi. [02'09'58] On sait que c'est des équipes relativement stabilisées dans nos académies. Ça veut dire quoi? ça veut dire vingt trente pour cent de turnover par an, mais pas soixante dix, parce qu'on a en moyenne de plus de soixante pour cent. [02'10'11] Donc c'est, c'est énorme. [02'10'14] Ça, c'est le deuxième. Deuxième élément. [02'10'19] Ce sont presque toujours des établissements où il y a des exclusions. [02'10'23] Externalisez nous, il y a aussi des exclusions internalisée. Donc, ça veut dire concrètement que l'exclusion externalisée [02'10'30] Rajouter une couche en fait. [02'10'32] Préalable excité, exclu temporairement. C'est que vraiment. [02'10'36] Il y a eu un, un acte fort. On ne trouve pas d'exemple dans ces établissements, là où l'exclusion temporaire c'est parce que t'as levé les yeux au ciel ou que tu as été absent, son adhésion à dix pourcent des gamins exclus temporairement qu'ils le sont pour absentéisme. [02'10'52] Dix pour cent. [02'10'54] C'est un homme essayé, mais c'est très révélateur. Je crois que c'est ça qui est. [02'11'00] Donc on a on assets ces aspects là. [02'11'03] Après. [02'11'06] Surtout fin. Le marqueur, c'est- ça renvoie à ce qu'on se disait- c'est que des établissements travaillent beaucoup la question du climat scolaire, même s'ils ne disent pas comme ça. [02'11'15] Mais qui travaille la question de la bienveillance envers les élèves qui travaillent la question. [02'11'21] De comment on arrive à stabiliser une équipe dans une académie où c'est pas stable. Mais on y arrive en travaillant sur des projets, en étant soutenus parfois par les municipalités sur des des projets. [02'11'31] De classe. [02'11'32] Transplanter une femme ne s'appelle pas comme ça, mais de classe. [02'11'36] Le terme m'échappe. [02'11'39] Classes de neige, classes vertes, classes- voilà, il les appelle pas comme ça, mais bon, vous voyez l'idée. Classe de découverte, etc. [02'11'47] Et des établissements qui travaillent beaucoup avec les partenaires locaux. [02'11'54] Père, quand tu en as service, éducation, des vies, etc. Mais vraiment en partenariat et qu'on construit des partenariats souvent de longue durée, parfois pas avec des mairies, ça peut être des associations de proximité, mais où il y a des retours et des allers-retours. [02'12'10] Assez, assez fort pour que les ressources soient mutualisées et que il y ait vraiment des appuis là-dessus. [02'12'16] Donc, c'est pas ce que je vous dis. Là, c'est vraiment de l'ordre du jeu, redire du sentiment. Il y a peut-être des choses qui jouent sur la taille des établissements, sur l'environnement, sursis, sur ça, mais ça n'a pas du tout testé, ça, c'est par contre systématiquement. On a les chefs d'établissements très mobilisés là-dessus. Ça veut pas dire que d'autres, qui n'ont pas ces résultats, ne le sont pas aussi. [02'12'36] On a des chefs d'établissements qui voudraient bien arriver à ça, mais qui n'y arrivent pas et qui nous disent: je ne peux pour l'instant. Je ne peux pas parce que si je fais ça, je mets le feu à mon établissement et je ne veux pas mettre le feu à mon établissement. Donc, on, on est sur ces difficultés là, et des équipes aussi qui nous disent: dans certains établissements, on a fait les restitutions et on dit: chez vous, c'est cent quarante. [02'12'56] Cinq élèves ont été exclus en octobre. [02'12'58] Et qui disent: c'est pas possible, et parfois ça nous arrivait d'avoir des et c'est pas notre rôle, et donc il faut qu'on soit très vigilant quand on travaille sur ça. [02'13'08] À constater des clivages d'équipe très fort entre les tenants d'une vision plutôt instructions, plutôt dur. [02'13'16] De l'encadrement et des tenants d'une vision, on dira, plus éducative, plus bienveillante, avec des tensions très, très forte au sein des, au sein des équipes. [02'13'51] Si je veux bien. C'est une expérience qui a lieu dans un collège qui s'appelle guillaume de normandie. [02'13'57] Quartier de la guérinière à caen, où ils ont essayé, à l'interne du collège, de mettre en place quelque chose avant que la situation n'explose. Non, quand un élève est susceptible d'être exclu, il peut fréquenter un endroit qui s'appelle respire. Alors, je pensais que c'était respire, euh. En fait, c'est pas du tout ça, c'est air, euh, plus long. [02'14'17] Un espace vert. [02'14'19] J'ai une collègue qui est allée chercher entre midi et deux, ce que voulait dire tous pire. [02'14'23] Et ce serait en fait. C'est en fait un lieu qui évoque le, le fait d'avoir eu une chance supplémentaire. Enfin, voilà, il se trouve dans ce lieu dont deux personnes de l'établissement que l'élève peut choisir. [02'14'36] Qui peuvent être l'infirmière. Un enseignant implique un personnel de service fin. C'est vraiment des personnes de tous les niveaux de du du college. [02'14'44] Ou il vient pour exprimer ses difficultés. Pourquoi il en est là? qu'est ce qui est difficile. Voilà, et elle disait que c'était d'abord, c'était très bien accepté par les élèves. [02'14'55] Qui viennent, qui déversent, en fait un flot de choses. [02'14'59] Un lieu d'accueil de la parole avant tout, et que les élèves, une fois, qui y sont allés une fois redemande, a fréquenté cela parce que c'est pour eux en fait un loup. Ils viennent déposer leurs difficultés. [02'15'10] Qui évite que ça, ça, ça dégénère. Est-ce que c'est un peu ça? [02'15'17] C'est ça. C'est-à-dire, l'idée, c'est de ne pas venir sur les exclusions temporaires, de ne pas aller jusque-là, non de trouver des solutions. [02'15'27] Avant. [02'15'28] Donc là, c'est un dispositif qui est tentait, mais [02'15'32] Il y a aussi si, malgré tout pouvoir à l'exclusion temporaire, elle est internalisée via une prise en charge sous une réflexion éducative. [02'15'42] A l'interne et une prise en charge collective. [02'15'46] Ne repose pas seulement sur un individu. Ça repose sur sur une partie de un groupe ou une équipe. [02'15'52] C'est là-dessus que on est du coup dans une approche très différenciée. [02'15'57] Et les enseignants sont pas moins. [02'16'00] Impacter. [02'16'02] Que notre profession, sur une tendance très générale qu'on observe, sur ce qu'on a déjà dit ce matin et tout à l'heure. [02'16'10] Reste le fait de pas être sur un registre de responsabilisation des élèves ou des jeunes ou des enfants ou des adultes sur le fait qu'il y ait ou non droit à un accompagnement spécifique dans des conditions. [02'16'22] Spécifique aussi ce type de dispositif. C'est ça à faire, c'est non, je sais pas si l'élève, il a le droit ou pas de bénéficier de ça, et il y va parce que ça fait partie de quelque chose qui est plutôt- même si le terme est galvaudé, mais bienveillant de manière générale. J'imagine que si j'allais faire des relevés dans cet établissement des écrits. [02'16'43] Temporaire, je ne serai pas à cent cinquante par par mois sur sur octobre. [02'16'48] Non [02'16'51] Bite, c'est qu'en fait ça stigmatise certains profs, parce que il y a des élèves qui viennent se plaindre de relations avec certains profs et ils ne savent pas quoi faire de ça. Un cercueil ayant fait un corporatisme qui fait que on peut pas aller. [02'17'06] C'est difficile d'aller mettre en difficulté un collègue. Voilà alors que c'est des choses qui sont vraiment très bien identifiées et qui remontre. [02'17'13] Ouais, c'est ça recoupe, nous le constat qu'on a fait sur. Alors, après, il y a les cas particuliers, il y a des profs qui [02'17'22] Voilà qui est exclu. [02'17'25] Qui demande énormément. Ceci dit, quand il en demande vraiment trop, les chefs d'établissement régulent. Aussi sévère que il y a quand même. [02'17'33] Souvent dans les équipes, c'est plutôt des groupes de d'enseignants. [02'17'38] Qui font appel à ce type de mesures, mais qui renvoient à des registres éducatifs et pédagogiques. [02'17'45] Singulier après moi. Il me semble qu'effectivement une des voix, et c'est ce qu'on en termes de recommandations, tout en restant très prudent là-dessus- [02'17'53] Mais quand même. [02'17'55] Le fait qu'on ait beaucoup de pays qui, de plus en plus, aillent vers une interdiction. [02'18'00] Des exclusions temporaires et mise en place de suspension. [02'18'04] Internaliser. Ça doit quand même nous préoccuper. [02'18'08] On sait que le le rapport entre on ne peut pas d'un côté. [02'18'13] Déployer des tas de dispositifs de lutte contre le décrochage, puis de l'autre, [02'18'18] Savoir qu'on fabrique parfaitement du décrochage pour un certain nombre d'élèves au travers de ces mesures qui sont parfaitement légales même si, dans l'esprit de la loi, elles sont pas appliquées comme l'esprit de la loi le dit. Mais on est vraiment quand même là-dessus, sur un paradoxe fort. Et dernier point par rapport à ce que vous dites: [02'18'36] Je pense aussi qu'il faut bien qu'on bien distinguer le fait de quelques cas d'élèves très difficiles. [02'18'43] Qui pose des idées, des contraintes et parfois qui laisse des établissements démunis. [02'18'48] Qu'il n'y arrive plus. [02'18'50] Avec certains gamins, mais on a vraiment pas beaucoup finalement. [02'18'54] Et là, l'un des constats que l'on a fait sur nos terrasses et que la tendance était de formaliser des dispositifs pour cela. [02'19'03] De les appliquer à tous et qu'au final, cela n'était même plus du tout concerné. [02'19'09] Et que il y avait de fait une proportionnalité à avoir selon les cadres et selon la manière avec laquelle les élèves, en l'occurrence, vivaient. [02'19'20] Vivez à l'école, mais que les cas qu'on avait vraiment de très grandes souffrances d'élèves qui nécessitaient des prises en charge, y compris psychologique parfois, qui, de fait, sont plus du seul registre des équipes éducatives traditionnelles, étaient malgré tout. [02'19'35] Très marginale, même si elle existe. [02'19'38] Surtout pas glisser vers comment on construit l'ordinaire en fonction des cas les plus durs, mais plutôt comment on construit une ordinaire en fonction de tous, même si on se donne des moyens autres pour les cas les plus difficiles qu'on a à traiter. [02'20'17] La conclusion. [02'20'20] T'es dur à faire la gueule. [02'20'22] Ça. [02'20'28] Non, mais après, c'est juste vous dire que c'est une femme. [02'20'32] Travaux, qui qui continue ses travaux, qu'on fait localement un peu de bruit. Femmes, mobiliser aussi le, la direction académique, le conseil généraux. [02'20'43] Stc. [02'20'44] Ce qu'il y a quand même était réjouissant, c'est que, même si nos résultats étaient pas toujours très enthousiasmant- ce que je disais rapidement et peut-être trop rapidement tout à l'heure- [02'20'52] Il y a jamais eu de. [02'20'55] De contentement à ces résultats, nous à nous. Au début, quand on les a présentés, y compris dans des établissements, on craignait ça, qu'on lise bas. [02'21'02] Et alors. [02'21'04] Ouais, on exclut beaucoup. [02'21'06] Ça fait. Il y a des dispositifs qui sont prévus pour d'autres types d'élèves. C'est pas eux qui vont comme ça. On fait ce qu'on peut avec ce qu'on a. [02'21'13] Et on n'a jamais eu ça sert, qu'on a eu vraiment une forme de de remise en cause- le terme est peut-être fort- mais en tout cas de d'essayer de travailler à comment on peut réussir à réduire ces, ces exclusions, en les prenant comme un symptôme chez nous. C'est toujours là-dessus qu'on insiste aussi. [02'21'30] Les exclusions temporaires en tant que tel, on s'en fout, on s'en fiche un peu, se passe pas la question, n'est-ce pas? voilà, c'est une sanction parmi plein d'autres. C'est plutôt le révélateur que c'est et comment ça peut devenir pour des équipes des espaces de mobilisation sur des enjeux essentiels, quand on travaille avec des équipes et quand on travaille en plus des équipes. [02'21'51] Air et des acteurs éducatifs qui sont autour de l'école sur ce type de question. Là, ça pose les fondamentaux. On revient vraiment sur la question de déductibilité, la question de la bienveillance, la question de l'encadrement éducatif, la question des socialisations juvéniles, la question de la confrontation des normes scolaires éducatives adultes aux normes [02'22'11] Juvénile et enfantine. On revient sur tout ça et que, à un moment donné, pour travailler sur des milieux complexes, il faut trouver des leviers. [02'22'20] Pour parler de cette complexité et ce levier là, dans ces espaces là, c'est devenu un levier parmi d'autres pour essayer de travailler ensemble mieux et en posant vraiment les fondamentaux sur ce que c'est que l'acte d'éduquer aujourd'hui.

    1. [00'00'07] Alors je vais, je propose qu'on commence. [00'00'10] Sans tarder- on s'est donné à environ deux heures- pour non pas épuisé sujet, mais on y votive. [00'00'17] Tout à teneur et tous les enjeux, dont bienvenue à toutes et tous, ravis de vous retrouver. [00'00'22] Ce soir pour le second volet de notre colloque deux mille vingt trois, consacré au bien-être des élèves. [00'00'27] La première partie, organisée il y a un mois environ, a rassemblé deux cents participants autour des interventions de carbet, chef du bureau de de la santé et de l'action sociale de la direction générale de l'enseignement scolaire- la fameuse dgesco au ministère de l'education nationale, et eric delamarre, défenseur des droits défenseur des enfants adjoint. [00'00'48] Du guéridon, défenseur des droits des enfants et droit tout court. Pas ce premier temps d'échange nous a permis d'explorer les enjeux de la santé mentale des enfants et des jeunes dans le contexte de crises multiples que notre société subit. [00'01'02] Aujourd'hui est donc le rôle majeur que l'école doit jouer pour prévenir et y repérer ces mots, parce que nous croyons. [00'01'09] Fortement été, foncièrement, l'école de la première chance, avec si peu aussi pour nous, quelque chose d'extrêmement important d'avoir une école forte y est présent, puissante pour pouvoir répondre aux besoins des enfants et des jeunes. Des constats ont été posés, mais également des pistes pour améliorer la prévention, le dépistage et la prise en charge des enfants qui en avaient besoin. [00'01'29] Ce webinaire et, si vous souhaitez, visible en replay sur notre site internet. Et c'est peu pour un sou, point et éphémère. [00'01'36] Donc, aujourd'hui, seconde partie de ce colloque qui va nous permettre de zoomer sur la place des parents à l'école. Une place importante parce que c'est une question fondamentale et évidemment, chers élèves, si peu puisqu'elle met, de fait, la question de la co-éducation au centre des échanges et ainsi, le rôle et la place des parents dans l'école, sujet inépuisable et jaunâtre. [00'01'56] Ulis. [00'01'57] Comme le de l'unesco et il revendique le projet éducatif de la cible. L'école étanche est essentielle pour faire société. [00'02'05] Elle est essentielle également pour l'éducation et peut contribuer et contribuent à changer la vie. Elle me permet aussi d'éradiquer, comme le dit l'unesco, la pauvreté et elle participe pleinement à la construction de l'epr de la paix. Ils ont une place tout à fait centrale pour faire société. Alors, école et familles doivent avancer la main dans la main afin d'assurer le bien-être de l'homme. [00'02'24] Enfant. Cela veut dire que l'école doit veiller à tisser un lien étroit et respectueux avec les parents et, bien sûr, vice-versa. C'est un dialogue animé. Y a un équilibre sensible tout à fait particulière à construire. [00'02'39] Tout en respectant les prérogatives de chacun, bien entendu, et les droits de chacun également. Nous vivons, et l'actualité nous montrera tous les jours, dans une société en pension, en proie, non, à de nombreux doutes. [00'02'52] Donc, dans ce contexte, cet équilibre est parfois à l'image de société compliquée. [00'02'58] Difficile à trouver. [00'03'00] Enfant. [00'03'01] Famille, école porn, pensons un trépied fondateur, et nous allons donc parler ce soir d'un écosystème où tout le monde doit trouver sa place. [00'03'09] Tu as dit cela, pardon, doit se construire. [00'03'13] Très régulièrement, parfois même sur reconstruire chaque jour. [00'03'17] Plus un enfant, un adolescent se sentira entouré. [00'03'21] Toute nue à l'école par ses parents, six enseignants parlent, toutes les personnes et tous les adultes qui fréquentent l'établissement scolaire pullulent seront en situation d'apprendre sereinement. Il sera ainsi dans les meilleures dispositions possibles pour issue, pour réussir son parcours scolaire et construire son projet de vie. Et on rebouche avec la question de l'unesco et du projet éducatif de l'évier peu. [00'03'42] Que j'évoquais il y a quelques instants. [00'03'44] La qualité de la relation parents- école influe très directement sur la qualité du climat scolaire d'un établissement et c'est aujourd'hui en fait une évidence. [00'03'53] A partir de là, consolider les liens entre enfants, parents, écoles, apporte un cadre sécurisant. [00'04'00] C'est rassurant pour l'enfant dans ses apprentissages du bouquet quelques instants. [00'04'03] L'or pour cela. [00'04'05] Des textes fondateurs au code de l'éducation et la loi d'orientation. De mille neuf cent quatre-vingt-neuf, le décret d'appliquer le décret d'août deux mille six, reconnaissent et définissent la place des parents d'élèves dans la communauté éducative. [00'04'18] Faire vivre la co-éducation, c'est un partage de l'acte éducatif et, pour les parents et l'institution scolaire, agir autour des enfants, chacun dans son rôle, chacun dans ses compétences. [00'04'29] Et attire donc le d'emblée votre attention sur un glissement sémantique auquel nous assistons depuis quelques années. [00'04'36] Le glissement du terme de parents qu'aux éducateurs, comme je l'évoquais, au regard du texte et de la culture qui s'est construite dans ce pays depuis maintenant quelques décennies, a à un vocable de parents partenaires de l'éducation et de l'école. [00'04'51] Et on le réaffirme ici, comme nous le faisions à chaque fois que cela est nécessaire. Un partenaire, sa sœur, choisit: [00'04'57] Et on peut même s'en séparer quand on n'en veut plus. [00'05'00] Alors qu'à l'inverse, un parent est un co éducateur qui ne se choisit pas, il sera toujours là, il est constitutif même de l'enfant et de l'élève. [00'05'09] Donc il est inconscient, incontournable, qui sera forcément toujours légitime. [00'05'14] Donc, c'est un terme sur lequel on tient dans elijah, à remettre quelques, quelques bornes pour éviter ce glissement de prédicateurs à partenaires et en affirmant un terme qui est tout à fait important et essentiel pour la vie: peut, si le terme deco éducateur. [00'05'29] Donc à partir de là. La relation parents- école est donc au cœur des questions qui animent le vivre ensemble. [00'05'35] Et cela participe de la façon chaque parent, chaque enfant vit les valeurs de la république. Et cela renvoie même à la notion de contrat social, puisqu'on évoquait que l'école, c'était une façon faire société. Ça construisait pleinement la société et au travers de la relation que l'on a à l'école, en tant que enfant, en tant que parents, en tant qu'enseignant, [00'05'56] Se joue aussi la confiance que l'on peut avoir dans les institutions de la république. [00'06'00] Donc, là y a un point extrêmement d'actualité et très sensible à évoquer, mais je pense que ce sera au cœur des débats, des échanges, ce soit la thématique de ce colloque. Est donc au cœur des questions qui nient notre pays. Ils posent même la crise démocratique. [00'06'14] Elle traverse en ce moment la crise sociale et crise économique et la crise démocratique. [00'06'20] Tous ces enjeux nécessitent en finir avec les discours simplistes ou certains parents serait considéré comme démissionnaire et absolument irrémédiablement en dehors de l'école. [00'06'29] Et d'autres seraient tout à fait experts. Il est tout à fait adaptés et rompu aux exercices du système éducatif. [00'06'37] Il est donc indispensable de donner à chaque parent les moyens de comprendre et de s'approprier le fonctionnement du système vif éducatif, afin qu'il puisse assumer son rôle en toute connaissance de cause. À cela, la fier peut participe, comme une association, comme fédération reconnue d'utilité publique, au travers de la coopération, de l'accompagnement. [00'06'57] D'entraide, de l'information, de l'information, et c'est d'ailleurs l'exorciste auquel on va se livrer, tout son sens que ce soit. C'est ce qui fonde notre bénévolat, nos engagements. [00'07'06] Il est urgent de créer les conditions d'un véritable accueil des parents, l'école. [00'07'10] Et nous aurons gagné le jour où tous les enfants trouveront normal de voir leurs parents. [00'07'15] Et leurs enseignants: échanger, dialoguer, se rencontrer, de façon simple, évidente, sans avoir à se dire à mes parents sont en train de discuter avec le prof, ou avec maître, ou l'enseignant, et ce soir, je risque fort de me prendre la foudre. Donc là, son mari va créer de cette habitude, cette chose, tout à fait non. [00'07'35] Mal d'un dialogue régulier, fréquent et apaisé entre parents et enseignants, on aura gagné. [00'07'41] Et évidemment, plus les enfants voient les parents dans l'école, plus, comment je l'évoquais, le climat scolaire s'en ressent. Alors, j'aime brosser très rapidement les enjeux et on va voir avec nos deux intervenants ce soir. [00'07'54] Ce qu'il estime important de de pointer, bien entendu, toutes les pistes de travail, toutes les pistes à explorer pour pouvoir rendre cette coéducation active, efficace et pleine et entière au quotidien. Et pour cela, on a plaisir d'accueillir deux intervenants: oléoduc, qui est agrégé d'histoire- je vais revenir- et jérémy fontana, qui va nous rejoindre dans quelques minutes. [00'08'14] Alors en quelques mots. Jean-luc duc est donc agrégé d'histoire, spécialiste enfance, en sciences de l'éducation, et a notamment été directeur adjoint du fem de créteil, où il a mis en place des formations sur les relations, justement, parents- enseignants, qui a publié de nombreux ouvrages que vous trouverez ainsi facilement, librairies et articles sur cette question, fut autorité et il a une expertise tout à fait pointue sur le fond. [00'08'34] Fonctionnement du système éducatif. [00'08'36] L'assurance. Individus qui ont évoqué il y a quelques instants, tous les deux que l'on sait bien l'évier peut y a eu déjà eu l'occasion de s'exprimer nombreuses reprises, d'intervenir lors du colloque de journées thématiques organisées par notre fédération, dont c'est avec plaisir que on va, seront l'accueil ce soir. Bienvenue parmi nous, et il aura l'occasion de revenir sur l'importance d'ouvrir l'école. C'est pas ici qu'on dit: [00'08'57] Contraire aux familles et tout battu, tout particulièrement, pardon, aux familles plus élevés éloignés de l'école. [00'09'04] Et on accueillera, à partir de dix-neuf heures environ, jérémy fontana e, qui est un enseignant en sciences économiques et sociales et, depuis dix ans, mis au point une méthode pédagogique basée sur un suivi au plus près des élèves et un dialogue tout à fait constant avec les familles. Les résultats, notamment en termes de réussite au baccalauréat, ont été spectaculaires et donc il y revient. [00'09'24] Drap. Il a publié un ouvrage qui s'appelle l'école de la réconciliation. [00'09'28] Qui est paru en deux mille vingt deux, qui a fait beaucoup, beaucoup d'écho et pour lesquels vous trouverez beaucoup d'articles ou d'émissions de radio sur le sujet ou de passage notamment la télé ou au quotidien. [00'09'40] Et ils vont témoigner ce soir de son expérience au lycée. [00'09'44] Dans un lycée de drancy où il a pu grandement améliorer la réussite et la confiance en soi, en soi de ses élèves, ni- on l'évoquait tout à l'heure- l'importance de cette confiance et de cette sérénité. [00'09'55] L'école. C'est maintenant cette méthode- pardon les vêtements- reprise par de nombreux enseignants, et aussi de dire: fait école. Je crois même savoir- mon nom charmant parle avec lui- qu'un film est en préparation. [00'10'07] Réconcilier les élèves avec l'école nécessite d'abord de réconcilier les familles avec l'institution. [00'10'14] Le rôle de la famille est donc fondamental. Les on va voir ensemble comment il fait pour nouer ce lien entre l'équipe de julien confiance entre l'équipe éducative, et également comment il permet à ses élèves de reprendre confiance en eux là où sont peut-être un sentiment d'échec. Monsieur ou du bonsoir, et vous avez la parole. [00'10'35] Peter, je vous remercie et mon intervention, être récent, vous en donnera pas dans la prolongation de ce que vous disiez. J'ai été très heureux du rappel, effectivement, qu'il n'y a pas de parents démissionnaires, il y a. [00'10'54] Des parents désemparés par rapport à une école qui se complexifie et pour moi, c'est un enjeu primordial, effectivement, de permettre à tous les parents, et notamment ceux qui sont éloignés de l'école. [00'11'14] De maîtriser. [00'11'17] Notre système éducatif. [00'11'19] Je voudrais dire également que la notion de bien-être [00'11'25] L'enjeu de diminuer la souffrance. [00'11'30] À l'école et pour moi aujourd'hui. [00'11'34] Un enjeu décisif. [00'11'37] Nous sommes dans une période de tension. On a des élèves stressés. [00'11'44] Angoissé. [00'11'46] Parce que je crois qu'un des éléments, c'est que en ce vingt-et-unième siècle, [00'11'53] L'école doit redéfinir son sens et ses missions pour éviter effectivement qu'elle soit un moment de souffrance. Pourquoi je dis redéfinir son sens et ses missions? je vais prendre un seul exemple: l'élève qui [00'12'13] Va rentrer à l'école maternelle en deux mille vingt-trois. [00'12'17] Il sera. Prenons la retraite à soixante. Deux ans encore au travail. [00'12'24] Autour des années deux mille quatre-vingts. [00'12'28] Or, nous ne savons pas effectivement quelles vont être les enjeux des compétences nécessaires à partir de deux mille quarante-deux mille quarante-cinq. Y a des mutations extrêmement rapides dans les compétences. Donc, [00'12'48] De manière primordiale la grande mutation de l'école qu'un certain nombre de gens ont saisi, mais qui plus que jamais est vrai, c'est que le diplôme n'est plus une finalité, mais c'est un point de départ par rapport à la faute. [00'13'08] Formation tout au long de la vie. [00'13'12] Pourquoi je dissèque germain en relation avec la souffrance à l'école, c'est que si on a fait des améliorations sur le décrochage scolaire immédiat, [00'13'25] Où, en france, nous avons diminué de moitié. [00'13'29] Nous avons un accroissement de ce que j'appelle, moi, le décrochage scolaire à terme, c'est-à-dire que des jeunes qui ont été en souffrance dans l'école sont dans le refus de plan de reconversion de la formation continue et que de ce [00'13'49] Point de vue là, quand on voit les chiffres de la formation continue en entreprise, ce sont les plus diplômés qui ont été dans une situation favorable à l'école qui l'accepte, et pas les autres. Donc, pour moi plus que jamais, [00'14'09] Combattre la souffrance à l'école, développer le bien-être, c'est un enjeu de société si on veut effectivement réussir la formation tout au long de la vie et réussir cet enjeu de la confiance, de la diminution du stress. [00'14'29] Et de l'angoisse. Ça signifie un travail sur d'autres formes de pédagogie, voire d'évaluation, et pour moi, c'est un chantier extrêmement important. [00'14'42] Et ça signifie aussi: [00'14'45] Une présence plus importante de toutes les familles à l'école, et notamment celles qui sont éloignées de l'école. Et de ce point de vue là, trois réflexions. [00'15'01] La première, c'est que moi, j'ai souhaité. J'ai pas toujours eu gain de cause. [00'15'09] Pas sur ce thème là que dans les programmes scolaires ddm, c'est dès le primaire et au collège, la place des parents soit évoquée dans l'école, pour que celle-ci soit normale par rapport aux jeunes. [00'15'27] Votre président. [00'15'29] Rappelaient effectivement que le jeune, quand il voit ses parents, c'est un élément de stress, voire d'angoisse. Sur mes caisses qui se sont dit: il faut mettre les élèves, si vous me le permettez, dans le coup en leur expliquant que c'est normal que leurs parents, membres de la communauté et du [00'15'49] Créative, soit présent dans l'école. Ça doit faire partie effectivement de la formation à la citoyenneté des jeunes. Nos jeunes, dans le cadre de la citoyenneté, sont de futurs parents et il faut qu'ils sachent effectivement le. [00'16'09] Le rôle, la finalité des parents d'élèves par rapport à l'école. Deuxième piste, et qui est pour moi très importante, par rapport au bien-être à l'école, c'est que lejeune, et c'est normal, il va, pendant sa scolarité, avoir des barrières. [00'16'29] Affranchir, baisser ses barrières. C'est le travail en commun des enseignants. [00'16'38] Et des parents, et il faut une cohérence du soutien à l'élève. Pour moi, la coéducation, c'est effectivement la définition de la cohérence menée par rapport à la réussite des jeunes, par rapport aux apprentis. [00'16'58] Sage entre les parents et l'école. [00'17'02] Il y a une notion que, moi, j'ai essayé d'introduire dans un certain nombre de réflexions, c'est de dire que c'est pas toujours effectivement épanouissant à l'école de faire tel ou tel exercice. Mr brown, comparaison sportive. Si je veux réussir dans [00'17'22] Un sport collectif, il faut faire effectivement des tours et des tours de stade à des moments. Si je veux réussir en natation, il faut faire des longueurs et des longueurs. Pour moi, enseignants et parents, c'est des coups entraîneurs pour la réussite de l'élève. [00'17'42] Et si y a pas qu'aux entraînements, on risque d'y avoir effectivement problème. Donc, c'est extrêmement important que les parents s'approprient ce qui va être l'émission, le sens. [00'18'02] De l'école, de l'année scolaire, que va faire leurs enfants. C'est pourquoi je pense important de dire aux enseignants de présenter ce que j'ai appelé, à chaque rentrée, le plan de vol de l'année, c'est-à-dire d'où je pars. [00'18'23] Où je vais arriver. [00'18'24] Par rapport à ma classe en primaire, par rapport à ma discipline. [00'18'29] En college. Comment je vais m'y prendre? comment je vais mener les évaluations? [00'18'36] En faisant effectivement que l'évaluation soit autre chose que la notation par ski. Évaluer un élève, ce n'est pas seulement noter, c'est aussi mener un diagnostic pour pouvoir donner des réponses. Et l'enjeu de [00'18'57] Inscrire dans la formation des enseignants l'évaluation diagnostique, la culture du diagnostic. [00'19'04] Est un enjeu. [00'19'06] Extrêmement important, qui devrait d'ailleurs irriguer l'ensemble du système éducatif. Ça veut dire, de ce point de vue-là, redonner tout son sens au projet d'établissement qui est le projet commun de la cause. [00'19'26] Communauté éducative et pour moi, si vous me permettez cette notion de communauté éducative, qui fait effectivement qu'on découpa le jeune en tranches de saucisson selon qu'il est en classe, qu'il est dans tel ou tel lieu, qu'il est dans telle activité, est extrêmement important. [00'19'47] Et puisque on a rappelé qu'il m'est arrivé aussi d'écrire concernant la laïcité, je pense que, en termes de citoyenneté, une communauté éducative vivant avec toutes les composantes de ce qui fait un établissement, tous les mots. [00'20'06] Métiers de ski fait un établissement, pas seulement les enseignants et l'administration, mais aussi les personnels ouvriers. Service de cantine. [00'20'18] Des élèves, les élèves, cette communauté, vie éducative vivante, c'est le meilleur rempart contre le communautarisme. Communauté éducative contre communautarisme, c'est un vrai enjeu. C'est pour ça que je ne comprends pas pourquoi, effectivement, y a pas. [00'20'38] Pas cette volonté dans le combat qui est affirmé de faire que les parents soient parties prenantes, y compris- je viens de le voir et j'y suis pour- de la rédaction du projet d'établissement. Dieu pour moi et l'expression, adaptée au terrain de ce que [00'20'59] La communauté éducative pense le mieux possible pour atteindre un certain nombre d'éléments. [00'21'07] Donc, c'est vrai que ça bouge, ça bouge lentement. Nous avons des problèmes culturels qui s'opposent dans le cadre d'un certain nombre. [00'21'22] Deux secteurs sur la place des familles. Pourtant, on le voit bien à l'étranger, dans les pays nordiques, en allemagne. [00'21'36] Au québec ou ailleurs, des parents qui sont reconnus comme parties prenantes de l'école. C'est un plus par rapport à la réussite des jeunes. Ici aussi, on ne le dit pas assez, un plus par rapport, effectivement. [00'21'54] Ou à laquelle, à condition d'enseignement des parents. Et donc, de ce point de vue-là, ce qu'on avait fait à l'iufm de créteil, et qui s'était arrêté lors de la mastérisation, c'était de faire que la formation au travail avec les familles [00'22'15] Soit un axe obligatoire de formations, parce qu'il nous semblait important, pour les conditions d'enseignement des jeunes, qu'ils se sentent aussi soutenus par les familles comme par les enseignants. [00'22'32] Et l'enjeu, effectivement, du bien-être à l'école, que je dirais l'enjeu de la souffrance. C'est un enjeu extrêmement important parce que, dans une société de tension, [00'22'48] Où on peut avoir des élèves stressés, des élèves angoissés, ou je ne suis pas sûr que les modalités [00'22'57] Du nouveau baccalauréat ne soient pas des éléments de stress, c'est faire que l'école ne soit pas un moment d'épanouissement permettant lejeune d'être dans une situation d'apprendre à apprendre et, comme je le disais, au dos. [00'23'16] Débute cette intervention dans un monde en mutation. [00'23'21] Ou le souci, effectivement, d'être dans une [00'23'27] Volonté de formation tout au long de la vie. Ça signifie que l'école doit s'interroger sur les moyens de faire que ça soit un lieu d'épanouissement qui puisse rejaillir sur l'ensemble du rapport du jeune au sav. [00'23'47] Voir y a là un chantier extrêmement important, parce que c'est le chantier du futur. Ça signifie aussi qu'on considère les parents comme des membres à part entière de la communauté éducative et qu'on comprenne bien que la [00'24'07] Coéducation, c'est respecter la place de chacun, mais de voir que, dans le soutien aux élèves, que dans le processus, effectivement, d'encouragement de l'élève, c'est important que famille et école [00'24'28] Marche ensemble. Le jeune tyran a trois ans à l'école, il va sortir à dix-huit ans. Pendant ses quinze ans, il pourra avoir des moments d'incertitude, de difficultés. Il faut qui sentent, la communauté éducative, les parents, dans une cohérence. [00'24'48] De soutien. C'est un vrai enjeu, effectivement, de société et je trouve très intéressant que, sur ce thème du bien-être live, cbd. [00'25'01] Et eu la volonté de faire un webinaire. Voilà ce que je voulais dire en introduction, mais je suis prêt à répondre et à développer. [00'25'12] Nombre de points. [00'25'16] Merci beaucoup pour ce propos introductif alors, y a quelques petites heures, voire des réactions dans le tchat tout court. [00'25'22] Un. [00'25'23] Ne la première que qu'on vous dit vous poser ce que l'on voit fleurir les, les unités nigériennes, les environnements numériques de travail pour les élèves, dans la relation principalement maintenant. [00'25'37] Collège, lycée. Mais on voit, effectivement, des dispositifs numériques se sont développés. [00'25'43] En alimentaire. [00'25'44] Je voudrais avoir votre regard sur ces outils. [00'25'48] Ainsi, son facteur d'inclusion des parents dans l'école, ou facteur d'exclusion de des parents dans l'école, dit comment on peut prendre à bras-le-corps ces outils-là dans la relation parents- école. Effectivement, parce qu'un portail, des fois, on reste devant et on n'ouvre pas la porte. [00'26'05] C'est une bonne question. [00'26'09] Je crois qu'il faut pas une vision magique par rapport aux au t, il faut aussi faire une analyse de ce que sont les familles autour de l'école, parce que on a quand même au niveau de la fracture numérique- et vous citiez tout à l'heure que vous [00'26'28] Vous aviez l'adjoint claire hédouin. Je l'entendais hier à la télévision dans une émission, la vingt heures expliqué, qui avait un quart de la population, qui étaient éloignés du numérique, ce qui posait question par rapport à la ds. [00'26'48] Matériel, isolation d'un certain nombre de services publics. Donc, de ce point de vue là, si je mets en place un t, i faut que je voie avec des associations partenaires, voir l'établissement lui-même, pour assurer effectivement. [00'27'08] Le fait que tous les parents soient sensibilisés au numérique. [00'27'14] Deuxième élément, c'est peut-être mon âge, mais je pense qu'à des moments, par rapport à l'enfant, par rapport au diagnostic qu'on va mener, le face à face est important, y compris, si vous me permettez, pour reprendre une expression, pour qu'il se transmet. [00'27'34] Formons côte à côte à côté de l'élève. Donc, je ne crois pas que le numérique puisse remplacer. [00'27'43] Tout les contacts, parce qu'il y aura des moments. [00'27'48] Ou il faudra mieux expliciter qu'effectivement la et la famille se sentent partie prenante. Et quand je dis la famille et on voit bien dans notre société, c'est que nous avons pendant tout départ parler lepage. [00'28'08] Parents. [00'28'09] Je dis toujours quand j'interviens dès parents, y a diversité de structures familiales et n'ayons pas présent à l'esprit qui aurait des parents idéal. Il n'existe pas. Y a des parents, y a des enjeux spécifiques par rapport, dans un certain cas, l'absence du père, [00'28'29] Par rapport à d'autres à telle situation. Je pense que, de ce point de vue-là, justement, des parents qui participent l'ensemble du projet d'établissement sont les mieux à même que le projet d'établissement travaille sur un territoire. Et dernier point, moins. [00'28'49] Je trouve totalement anormal tant ce que j'appelle la cohérence éducative, c'est dire le fait qu'on traite ensemble jeunes dans l'école, dans les structures socio-culturelles que les parents sont et les organisations représentatives, départ soit absent tout le travail autour des cités du [00'29'09] Créative autour des territoires éducatifs ruraux. [00'29'13] J'ai tenu le discours que je suis en train de vous dire à l'invitation d'un forum dans les yvelines, des cités éducatives, par que ça me semble effectivement quelque chose qui dénie une partie du rôle éducative et qui peut fragiliser les enfants. Donc, sur votre question d'une hum. [00'29'33] Eric, oui, mais il faut bien analyser. Ça peut être un outil d'immédiateté d'information. [00'29'43] Mais l'éducation, c'est pas toujours l'immédiateté, c'est du temps, et ça, ça ne peut pas éliminer des conversations en face à face. [00'29'58] Pour l'anecdote. On connaît les établissements où les élèves disent à leurs parents que pronote et payant pour être tout à fait certain qu'inutile ne change pas l'appli. [00'30'07] Pis pour eux, pour le petit clin d'oeil. Une autre question qui a été posée dans le chatte: [00'30'14] On a vu, notamment avec laredo me, yann, moix, arriver et se poser, dans les nouveaux mots, qui, qui, qui sont utilisés dans notre, dans notre jargon commun, la notion d'alliance éducative. [00'30'29] Quel est votre sentiment sur la notion de l'alliance éducative? [00'30'35] Moi, j'aime bien le mode coéducation, parce que co, ça veut dire qu'on a des éléments en commun, et c'est important. [00'30'46] Il y a le métier de l'enseignant, la transmission, y a le rôle des parents éducateurs de leurs enfants. Il y a tout une zone en commun qu'il faut gérer. Qui fait effectivement ca nécessite que cohérence, et le terme deco, et là le terme [00'31'06] D'alliance compte de pays sally y par de phénomènes différents, et on est ensemble. Moi, ce que je préfère dans la coéducation centaine guêpes- à la mode en france, c'est le terme de construire des compromis avec des familles qui sera un désaccord sur telle ou telle chose? et moi, [00'31'27] Moi, quand j'étais enseignant et il y avait des parents avec lequel, sur les modalités d'évaluation, notamment à ses notes. [00'31'37] Tel type de travail, vas y fallait, non pas contraindre ceux que trop souvent fait, mais essayer de convaincre. Pour construire un compromis où les parents sachent où on va, pourquoi on va. Et ça faisait effectivement qu'à la limite, on revoyait l'année d'après. [00'31'57] Ses parents, plus investis dans l'école, de pont à coéducation et culture du compromis avec les familles. Et ce que je vois trop souvent, y compris ce que nous disent les médiateurs et médiatrices académiques de l'éducation nationale, c'est que cette notion du compromis [00'32'18] Pour faire avancer l'élève et la société était un élément de la citoyenneté. Chacun apporte un peu du sien à avancent dans le sens, il est en diminution. Henry lai, au cœur d'un projet social. [00'32'35] Justement tout à l'heure, j'évoquais le, le glissement de la notion de communicateur, communauté éducative- là, on a parlé de la notion d'alliance éducative que vous avez eu sont très futile au profit de la coéducation. Comment l'implanter au début du du du webinaire? la notion de partenaire, est-ce que vous l'avez aussi vu apparaître? est-ce que vous l'avez constaté? [00'32'54] Où est-ce qu'on est du sol? la si peu à s'étonner de ce glissement sémantique qui pousse un peu partout. [00'33'00] Je l'ai vu et j'ai eu la même critique que vous par rapport à la journée là sur les cités éducatives. J'ai vu les parents d'élèves apparaître à côté des associations et d'autres, dans les partenaires, ont pour moi, effectivement. [00'33'18] Je vais reprendre: leurs partenaires ont choisi: les parents y sont effectivement les éducateurs de leurs enfants et, justement, ce positionnement tend à déresponsabiliser les parents. Et aujourd'hui, en un discours sur la responsabilité des parents de paix, [00'33'38] Personnes qui veulent, d'une certaine manière ou à travers un certain nombre d'écrits, les faire sortir des instances de l'école. Pour moi, justement, responsabiliser, c'est donner des pouvoirs, des possibilités d'être présent. [00'33'59] Et on voit bien lisse. [00'34'01] Moi j'ai fait. [00'34'03] Ça date, mais en deux mille un pour le conseil de l'europe, et à l'époque, il y avait la fcb qu'était partenaire une étude sur les relations entre les parents et l'école dans les divers pays européens, qui est d'ailleurs paru. [00'34'21] En synthèse dans la revue deux du centre international d'études pédagogiques de sèvres. Et on voit bien, là où des parents, des responsabilités, ça ne déresponsabilise pas les enseignants, mais ça fait effectivement, tient une discussion où chacun ça. [00'34'41] Propri les enjeux de l'autre est dans une période de mutation. J'essayais d'expliquer où né. Là où les programmes changent, ou les modalités pédagogiques peuvent changer ou, comme je le disais, c'est un phénomène de fond culturel. Notre diplôme n'est plus une fin. [00'35'01] Finalité, mais un point de départ. Pour reprendre une expression j'ai entendu en finlande, par rapport aux enjeux, effectivement, de skai, l'école de demain, donnons leur place aux parents pour qui participent avec nous. À y a une chose que je dis souvent, c'est: [00'35'21] Quand on fait un bon repas. [00'35'24] On peut goûter le repas, même s'il est excellent, mais si on veut le reproduire, il faut qu'on connaisse tous les ingrédients qu'on a mis dedans. Pour moi, ça ne me gêne pas que les parents connaissent les ingrédients qui font effectivement ce qu'est la transmission du savoir scolaire. [00'35'43] Ça les rendra effectivement plus efficaces pour être deux contre des coups entraîneurs. [00'35'49] À un jugement, une discussion mucha et tient à ce que vous avez face à vous des parents très investis dans le dans l'école. [00'35'56] Il se considère à part entière comme dico educateur, qu'il revendique chaque matin, chaque jour. [00'36'02] Plus près du terrain. [00'36'04] On a du mal. [00'36'07] On a réussi à entraîner avec nous d'autres parents pour faire du mal. [00'36'12] On arrive plus ou moins bien. [00'36'14] Notamment, y avait rendez-vous immanquables, comme le conseil d'école, le conseil de classe, lorsqu'on arrive à investir les parents à nos côtés au sein du conseil d'administration, par exemple. [00'36'24] Il est aujourd'hui. [00'36'27] Mais nous aussi les premiers agents. [00'36'29] De ce premier coach. Cet entraînement est long quand on se pose la question de savoir si vous avez quelques éléments à nous communiquer pour faciliter l'implication des parents dans l'école, puisque c'est aussi ça qu'on vient chercher ce soir vu. Écoutez-moi, j'ai une expérience avec un nouveau président. [00'36'47] Qui était à l'époque dans le quatre-vingt-treize. [00'36'51] Il se trouve qu'un élu d'une ville de seine-saint-denis m'avait entendu. [00'36'56] Il était en tant que parents. [00'36'59] Développer une formation sur parents enseignants et il l'a fait en invitant votre président et moi-même. Une réunion pour toutes les familles de la ville. C'était à la courneuve, sur l'entrée en sixième. [00'37'15] Comment le faire. Il y avait une salle bourrée, comme sans doute silex et pierre avait été la seule, ou s'il avait été une conférence, qui était là, et le discours a pu être tenu sur les enjeux du passage à en sixième, ce qui était là, et [00'37'35] Et puis, bien évidemment, rodrigo arenas a développé le rôle des fédérations de parents d'élèves dans un discours. Écoutez donc. Je pense que solliciter des élus pour des moments décisifs, où c'est la mairie qui va inviter les chercheurs et les parents, nous avez dit, on est [00'37'56] T'es très heureux que ça soit quelqu'un qui soit ni un directeur d'école ni un chef d'établissement. C'est quelqu'un- je mets des guillemets parce que je ne le suis pas- mais qui était neutre par rapport à l'analyse de l'école et pas jugé partie. Et bien, ce type de chose qui peut être suscite, [00'38'16] Qu'est, qui existe sûrement ailleurs. C'est à mon avis quelque chose d'important et souvent, les élus de demande ce qui peut faire. Mais moi, j'ai un souvenir de cette réunion, de la pertinence des questions qui étaient posées, du fait, effectivement, qu'on a pu expliquer à ses parents qui avaient [00'38'36] Pas de délégués parents par classe en primaire, mais qui en avait au collège, donc de leur donner toute une série d'éléments que, peut-être, on ne l'aurait pas donné à l'entrée. Voilà une initiative. Je crois que les parents, plus que jamais, sont en demande de comprendre l'école. [00'38'56] Si je regarde dans d'autres pays. [00'38'59] Nous sommes le seul pays en france où il y a des émissions grand public sur les chaînes publiques, sur la cuisine, la santé, les chiens, les chats. [00'39'13] Le jardinage. En france, il y a aucune émission grand public sur l'école, à l'inverse de ce qui existe dans des pays où, sur le modèle de l'ancienne émission de six messes et carrère d'encausse, on étudie quelle langue choisir. Pourquoi on a changé tel programme. [00'39'34] Hum, qu'est-ce que ça signifie? l'orientation professionnelle? j'en passe. Il y a des tas de sujets. En france, l'école reste un délit d'initié. Donc, le fait qu'on ait ces réunions, ouvert pour casser ce délit d'initié, c'est un enjeu important et une des propositions des fédérations de parents. [00'39'54] Grand pourrait être qu'enfin on ait une émission grand public. Quand je vois ce qui se fait ailleurs d'ailleurs, ça peut être amusant et pas stressant, mais pour faire que l'école soit l'affaire de tous, et là y a un souci effectivement d'information, j'oserais dire de vulgarisation. [00'40'14] Notre école délit d'initié de plus en plus complexe. [00'40'19] Euh, y a une question. Je vois une question extrêmement riche. Savez, dans l'ouvrage qu'on avait fait au moment de nos modules parents enseignants, en faisant d'ailleurs [00'40'34] Le mémoire professionnel que devait faire chaque enseignant, soit autour de la relation parents saignant, et on avait publié dans un petit ouvrage les meilleurs mémoires et ce que nous avait dit des témoignages des enseignants. C'est la première peur des parents, c'était [00'40'54] Celle de représailles s'il venait poser des questions par rapport à l'école. Donc, je crois que c'est un discours extrêmement important de la part des chefs d'établissement, des enseignants, de dire que une discussion entre adultes, qu'on est là, n'a pas à avoir de retour. [00'41'15] Par rapport à l'enfant. Mais je suis heureux qu'on souligne ça puisque à l'époque- et ça date, c'était deux mille sept, c'était la première angoisse des parents. C'est six. J'interviens: est-ce qu'on n'aura pas des représailles par rapport à mon enfant de la part de l'enseignant? [00'41'35] La petite question: est-ce qu'à votre avis aujourd'hui, au regard du cursus de formations et de la masterisation des les enseignants? [00'41'44] La question de la relation parents- enseignants. [00'41'48] Suffisamment intégré et cultivé. [00'41'52] Puisque vous donnez un des précurseurs. Donc je me permets de de vous poser la question. [00'41'59] Parce qu'on pourra varier un stéréotype et n'hésitez pas à déconstruire sir ci-joint supporter de d'enseignants qui sont plutôt en réussite avec l'école depuis toujours, qui n'ont pas fait. [00'42'10] A eu du chagrin nicholson. [00'42'12] Ni des élèves, ni ne ressemblent pas à ce qu'ils ont été comme élève keita, le vrai enjeu. D'où l'importance de travailler sur la relation. Alors, moi, je vais être clair. [00'42'24] Depuis la mastérisation? c'est non. Ça veut dire que, au mieux, ils ont une conférence. [00'42'33] Et malgré ma retraite, effectivement, je continue à être sollicité par des cv pour faire une conférence sur les enjeux des relations par enseignant, ce que j'accepte toujours en étonnant qu'il n'ait pas d'autre, même si pierre périer fait les. [00'42'53] Tiennent du côté de l'ouest, mais je dirais, ils n'ont pas de formations, ils ont de l'information, ce qui est complètement démunis par rapport à ça. Par exemple, qu'est-ce que c'est mener un entretien avec des parents? qu'est-ce que c'est effectivement? [00'43'13] La communication avec des parents, réfléchir sur les différents types de parents pour faire que on ne considère pas que sont des bons parents, que les parents connivence. Ça, aujourd'hui, c'est absent de la formation. Sissi aide. [00'43'33] Xii, j'ai vu à dijon très bien. [00'43'36] Ah, ils ont des choses, mais aujourd'hui, dans le cahier des charges, [00'43'42] Dès. [00'43'44] J'y ai fait des zines spé, ce n'est pas effectivement une priorité. Or, pour moi, c'est un vrai enjeu, parce que vous avez raison, vu ce que sont les concours de recrutement, vu ce qu'est le profil qui viennent, [00'44'04] C'est plus seulement, je dirais, des catégories sociales, parce qu'on voit une mutation des catégories. [00'44'12] Sociale au niveau du recrutement, notamment prof d'école, mais c'est le fait que cités et des élèves qui ont été en réussite à l'école et non en souffrance est donc pour moi. Ils vont avoir d'énormes difficultés par rapport à des élèves en souffrance, j'allais dire y compris. [00'44'32] Et je le vois bien sur l'académie de créteil, où je continue à suivre un certain nombre de choses. S'ils viennent de milieux défavorisés et qu'ils ont réussi à adhérer à l'école, ils vont vouloir reproduire ce schéma par rapport à des élèves qui n'ont peut être pas lu. [00'44'52] Les mêmes situations, exactement que donc, un vrai enjeu de formation des personnels à la diversité des parents d'élèves. C'est pour ça que je reprenais: c'est pas les parents d'élèves, c'est des parents d'élèves dont, de ce point de vue-là, ça bouge. [00'45'10] Je connais pas les collègues de dijon, je travaille beaucoup avec pierre perrier à rennes, et tout le travail qu'il a fait, tous les documents qu'on a, y compris utiliser avec athée d'écart monde, sur la manière de s'adresser à divers publics. Donc, de ce côté-là, il y a des choses qui bougent. Cela étant, [00'45'30] Bouger, c'est une chose. Avoir une impulsion ministérielle, c'est important pour les enseignants. [00'45'41] Et de ce point de vue-là, pour le moment, en termes d'impulsion, de mise en avant de projets avec les familles, ben, on reste plutôt sur sa faim, même si, aujourd'hui, ce que vous évoquez par rapport au bien-être et à la souffrance, [00'46'01] En fait qu'un certain nombre de structures. [00'46'05] Bouche sur la question, je pense par rapport aux sollicitations. J'ai eu des des caf départementale où j'ai eu un certain nombre de sollicitations et où je leur dis toujours: c'est très bien que vous fassiez ça, inviter les fédérations de parents d'élèves également des hum. [00'46'26] Également, c'est-à-dire qu'à aujourd'hui, on voit bien, il y a des parents, je le disais d'entrée, désemparée par rapport à une école qui ne ressemble pas à celle qu'il l'étaient, par rapport. [00'46'39] Un certain nombre. [00'46'42] A dijon. Le module est conçu en font un fort, en conformation avec les fédérations de parents d'élèves. Vous ecoutez, je vais y mulhouse, manga d'exception, julie joindre. Mais c'est une chose qui est importante, y compris pour pouvoir travailler. Nous le travaillons dans ces éléments. [00'47'01] Là avec, effectivement, la réalité de l'entretien, parce que, vous me permettez l'expression, ont un peu l'impression que quand on va avoir le concours, capet sous serp. [00'47'15] C'est un peu comme l'évangile de la pentecôte, où les langues de feu permettaient aux apôtres de parler toutes les langues. Là, les enseignants vont savoir menés tous les types d'entretien. Rond s'aperçoit que c'est une professionnalité de l'entretien et que, justement, la co-intervention avec des parents [00'47'35] La permet de travailler la nature de l'entretien et diminue les tensions. [00'47'41] Très bien, a dit. Merci beaucoup pour ce complément. On a une question du comment rassurer sur la place de chacun dans la co-éducation, lorsqu'on a effectivement dit des enjeux, peut-être du territoire, alors qu'ils n'ont pas dû l'être. Si on parle bien coéducation et hideuse de la communauté éducative, alors je n'ai pas dit dans mon on peut. Maintenant, on allait dire que mon avis. [00'48'01] Pense à rajouter de cible, mais y a un proverbe africain qui dit qu'il faut tout un village pour élever un enfant. [00'48'08] On l'utilise beaucoup ces derniers temps, donc je vais veiller à ne pas lui dire mon introduction. Mais le le sens du propriétaire, c'est: comment peut-on rassurer chacun sur sa place? [00'48'17] Mais vous avez raison, je ne l'ai pas utilisé, même si je l'avais utilisé dans la conférence sur les cités éducatives dans les yvelines pour, effectivement, [00'48'27] A impliqué. [00'48'29] Les parents. Je crois que c'est très clair. Il s'agit pas transformer les pas. On a là quelque chose qui a complètement [00'48'39] Un désarçonné- et les enseignants, les parents, qu'est la période du covid. [00'48'44] Où on a été dans une certaine situation, n'ait eu l'impression qu'on demandait aux parents de faire le métier enseignant. Et je pense que pèse dans ces éléments-là cette période des deux ans du covid. Donc, il faut être clair chaque. [00'49'04] Ca a son métier et légitime dans ses fonctions. L'enseignant a été légitimé par un concours ou par un recrutement par un corps d'inspection. Le parent est légitime, donc chacun. Je le disais. [00'49'24] Ouais. [00'49'26] A cinq. Pourtant, y a terrain- comme c'est pour ça que j'aime bien le terme de coéducation- chez, justement, le terrain commun qui est amenée parce que tout ne se fait pas à l'école, tout ne s'apprend pas. Terrain commun. [00'49'45] Ou jour-nuit. Y a un certain nombre de jeunes qui sont plus de temps devant les réseaux sociaux- si je prends sur un an- que dans une salle de classe. Voilà un terrain commun à échanger- parents- enseignants- sur ces questions, parce que le [00'50'06] Au moins. [00'50'08] On l'aborde, ça risque et on le voit, développement du complotisme développant d'autres choses, comme je le vois passer. Bien évidemment, les parents peuvent être des ressources et sur cette question-là, on peut organiser un forum en faisant intervenir des [00'50'28] Parents qui sont là. Mais c'est un vrai enjeu, ce terrain, comme si on le désert, y a déséquilibre si tous les parents. [00'50'39] Réplique: pas inquiète les parents, connivence. Ce déséquilibre va défavoriser un certain nombre d'élèves. Donc, c'est important. Par rapport à un élément, vous disiez comment faire venir les parents qui peuvent être impressionnés par l'enseignant, le chef d'établissement. [00'50'57] Je le disais tout à l'heure, la communauté éducative, ces vingt métiers dans une école, des a e, s, h, mentionne un homme suffisant: assistants d'éducation, personnels, ouvriers de santé, sociale, de services. Pensons, dans la relation avec les familles, à faire de. [00'51'17] C'est personnel, des ponts. [00'51'20] Avec les familles, souvent, à l'inverse de l'enseignant yvon, vont habiter dans les mêmes yeux que les parents. Souvent, ils vont effectivement les connaître. Servons nous aussi, dans les écoles comme dans les collèges et lycées, de ces personnels qui sont partie prenante. [00'51'40] De la communauté éducative et, au fond, ça montrera aux parents que l'école c'est vraiment une micro-société parce a des tas d'autres choses, et moi, je conseille aux enseignants. [00'51'51] Notamment, quatrième et troisième, quand il commence l'éducation à l'orientation, de le commencer par une enquête dans l'établissement sur les diplômes qu'ont tous les personnels, de la secrétaire au chef de cuisine, et tout pour montrer effectivement qu'une société, c'est un tout. Et [00'52'12] Casser cette séparation de l'intellectuel et du manuel, si on n'avait pas assez professions dans l'établissement, ne poserait pas, et mon expérience a montré, et les projets que j'ai pu suivre, que si on fait que ces personnels se sentent partie. [00'52'32] Prenante du projet de l'école. Ce sont des ponts par rapport aux familles souvent les plus défavorisées. Et pensons aussi à une chose: [00'52'42] A s'en servir de ces personnels s'il y a des problèmes de traduction avec des familles maîtrisant mal le français. [00'52'50] Comme m'a dit un jour une femme de service, c'était une paire de gifles pour moi que l'établissement ait payé un traducteur alors que, vous le savez bien, je maîtrise le français. Je parle la même langue que la personne que vous avez reçu. Si on avait pensé à ça, on l'intègre, ça faisait. [00'53'10] Un pont avec, effectivement, le parcours formidable, un tranquille question avant que l'on passe à un. Je voudrais pas gêner ces groupes. Alors, et pas de soucis, on est, on est bien, bien, bien en étant. [00'53'24] Une question dont le tchate évoquait les les, l'impact du confinement, la crise sanitaire. Je l'ai évoqué là. Est-ce que vous pourriez revenir aujourd'hui pour savoir si les traces de deux de cet isolement sont toujours perceptibles, si ça empêche des parents aujourd'hui de repousser la porte d'entrée de l'état? [00'53'45] Glissement scolaire du portail ou de la porte du collège et lycée. [00'53'49] Nous voilà au mit point et on nous signalons: chatte nue, belles ressource d'attiser quart monde sur la place des parents. Mais je crois que vous l'avez évoqué, indien, qui me est amer, c'est la pire période, chiot. [00'54'01] Sur les gains des ressources, sur comment faire venir les parents l'école, mais est-ce que je reviens sur la question qui gardien aujourd'hui? [00'54'09] Est-ce qu'on a pansé les plaies du covid et du confinement sur la relation parents- école? et après, j'en ai deux autres à vous poser la pâte. Alors je serai très rapide. Pas totalement. Y a des parents qui se sont sentis isolés, méprisés par une école qui les a laissé tout seul, je pense. [00'54'29] Que, de ce point de vue-là, ça sera lentement et on n'a pas pris la mesure, effectivement, du choc que ça a pu ressentir. Même chose, des enseignants ou des parents ont fait l'école, après l'école, et qu'ils n'étaient pas d'accord avec eux pour telle et telle raison. Les pédagogies, [00'54'49] Situés se sont crispés par rapport aux familles. Là encore, on n'a pas soldé totalement à cette période dite de la continuité pédagogique. [00'55'01] Qui n'a vraiment pas suffisamment fait l'objet de formations, qui n'a pas suffisamment effectivement été soldée. Je pense que on en a encore pour un ou deux ans dans les traces. [00'55'15] Par rapport à sa grande famille. Jeudi. Traces, parce que elles ont été importantes, notamment par rapport aux parents qui avaient des enfants au moment de l'apprentissage de la lecture et qui se sont sentis un peu isolés. Ça donnait d'ailleurs le fit. [00'55'35] Financement de toute une série. [00'55'39] De gens qui nous ont relancé des manuels des années cinquante, voir. [00'55'44] Antérieurement. Donc là il y a eu un vrai problème sur une gestion insuffisante de ce que signifiait le confinement et la commune, la continuité éducative. [00'55'58] Est-ce qu'il ne faudrait pas, là aussi, à l'échelle des établissements? [00'56'02] Instaurer un droit à la déconnexion. [00'56'06] Au sens où l'esprit peut considérer que ces unités qui, s'ils sont mal maîtrisés par les familles ou par les enseignants, [00'56'14] Génère des notifications. [00'56'16] Vie. [00'56'17] Didi digne d'une des devoirs ou des communications à dix heures ou à des moments des fois un peu compliqué, pour les familles comme pour les enseignants. [00'56'26] Est-ce qu'il ne faudrait pas travailler dans le règlement intérieur de chaque établissement? [00'56'31] Elle a un code de bonne conduite et de bonnes pratiques autour de ces unités. [00'56'36] Parce que moi bien apparaître. [00'56'39] Des familles qui voient contact des enseignants des moments totalement inapproprié. [00'56'44] Un ou des enseignants qui publient des fois des devoirs ou des consignes à des moments pas toujours très adaptés et qui viennent perturber la vie, la famille, le week-end ou au dernier moment. [00'56'55] Parce que ça peut arriver à un proche, n'a pas anticipé un devoir, ou à la fin. Mais en tout cas, quand ça arrive le dimanche matin, pour le lundi matin, mardi matin, dans la famille, ça crée un émoi certain quand on s'apprête à partir quelque part où on pensait pouvoir voir un dimanche tranquille. Bon voilà, est-ce que du côté des filles qui participent, du coup, climat scolaire à part entière. Mais tant qu'ils sont, [00'57'15] J'arrive en paysage. Ce n'est pas quelque chose à réfléchir? et après, j'aurai une dernière question. Porte alors sur cette question. Je vais être très rapide. Oui, y a des choses à réfléchir. [00'57'24] Il se trouve que, entre autres casquettes, [00'57'28] J'essaye du de président du comité d'éthique et déontologie pour l'académie de créteil et qu'au cours de la séance d'hier, on s'est dit que, par rapport au problème d e n t, [00'57'42] Ouch à des politiques très différentes selon des établissements. Il fallait sans doute qu'on écrive une recommandation pour les écoles, les collèges et lycées sur le code de bonne conduite, le droit à la déconnexion, et donc, on va se mettre au travail et consulter sur cette question dans le cadre du comité. [00'58'02] D'éthique et d'odontologie de l'académie de créteil. Voyez, vous êtes au cœur. [00'58'07] Eh bien, euh, d'une autre réflexion, et je pense que seront auditionnés les fédérations de parents d'élèves. [00'58'14] Nous voilà. Euh, je pense qu'ils se feront un plaisir d'être contributeurs et auditionné pour alimenter vos réflexions en ce domaine. A, en tout cas, dans les prochaines semaines, la fibule va pousser. [00'58'25] Une faveur de ce droit à la déconnection, parce que ibrahim, mais nous le leterme, si vous voulez, ça sera une partie. C'est vraiment un code de bonne conduite. Pas, on voit tout et n'importe quoi. Des choses très laxistes dans des établissements, des choses très restrictives. Donc, de ce point de vue là, le ministère ne faisant pas, on s'est dit: [00'58'45] Décidez, on va travailler avec le clemi et on va travailler à consulter pour essayer, pour la rentrée, d'avoir ce texte. L'as la décision d'hier soir. [00'58'58] On a écouté, les grands esprits se rencontrent. J'en profite, pour faire une parenthèse, pour envoyer l'ensemble des personnes qui sont connectées ce soir à la dernière revue du parent, qui est disponible sur la plateforme, notamment caféine, ou, bien entendu, sur le site internet de la fibule, puisqu'on est une interview croisée de sociologues et de spécialistes en droit bien, en usage des écrans et [00'59'18] S'interroge sur cette question des unités à l'école et du lien parent- enfant, de la question de l'autonomie de l'enfant dans l'usage de ces outils et de la relation que ça peut générer dans les familles aussi. Donc, [00'59'30] Chose intéressante à regarder dans la dernière revue des parents à ce sujet. Dernière question pour vous, monsieur duc, et jérémy va pouvoir prendre la parole. [00'59'39] Dans la relation parents- enfants. [00'59'42] Bouzid lucky demi-mot, et on vous rejoint amplement là-dessus, sur le stress induit par la réforme du musicien. [00'59'50] Qui produit des effets dans une anxiété et un calendrier scolaire, par calendrier de travail, absolument fou chez les élèves et chez les enseignants. [01'00'00] Mais le poids de cette réforme du lien étroit qui est maintenant nourrie avec parcoursup, fait que on a des parents qui deviennent des négociateurs en note et qui mettent une sorte de pression. [01'00'13] Au vu des enjeux qu'il y a avec parcoursup et un jour sur les lili suite à des études supérieures, on en est là aussi dans quelque chose qui se dégrade probablement. [01'00'24] Au regard de l'enjeu de la note de l'évaluation nous, quel est votre regard là-dessus? en quoi ça joue sur le climat parents, enfants et élèves? parce que au lycée, qui sont pleinement mon lucia, autant de stress chez les élèves. [01'00'38] Chez les meilleurs, comme toujours les amis, les élèves en difficulté. D'ailleurs, c'est pas son. On voit bien que la question du stress, lire à tous les étages. Donc, quel est votre regard là-dessus? [01'00'50] Et n'hésitez pas à réagir. Et après je parviens à me mélanger. J'ai très rapide. Vous avez parfaitement raison. [01'00'58] L'analyse qu'on peut en faire et que j'en ai fait par rapport à divers contacts. C'est d'abord chez des parents, et souvent des parents de milieu. [01'01'11] Plus favorisés. [01'01'14] Que la moyenne, qui sont dans le cadre de la négociation parce que ils ont une stratégie sur leurs enfants. Deuxième élément: quand je regarde ce qui s'est passé à peu près dans toutes les régions, la surprise, sur ces éléments de négociation, de ces crispations sexe a quasiment plus touche. [01'01'33] Chez des établissements privés sous contrat que des établissements publics où les parents disaient: on paye, donc qu'on a des droits. Et de ce point de vue là, il y a eu beaucoup de réactions de deux syndicats de l'enseignement privé par rapport à ça. J'ai même eu des demandes d'interviews. [01'01'53] Selon sur qu'est-ce que c'est que la relation parent enseignant. J'ai pas le temps de le faire, mais ah, je dirais, de ce point de vue là, on a bien vu qu'un type de parents aujourd'hui- robert bat lyon appelait ça les consommateurs d'école- qui ont aujourd'hui une stratégie pour leurs enfants et qui attend. [01'02'14] De l'école qu'elle se plaque dans cette stratégie, y compris en marchant sur d'autres. C'est une vraie question. C'est effectivement, je dirais, un effet totalement pervers de la réforme actuelle du baccalauréat. Je pense qu'il. [01'02'34] La vraie chantier pour effectivement faire que, parcoursup, les spécialités s'assoient, pas une course. Effectivement, obtenir telle ou telle chose, mec, ça s'inscrit vraiment dans le projet de vie de l'élève. Et quand je disais que mon inquiétude, c'est [01'02'54] Dès que la souffrance, le stress mis par ses élèves face qui soit dans un refus de l'accès au savoir et qu'on ait une situation canton leur proposera dans dix ans des plans de reconversion nécessaires par rapport aux compétences. Ils en ont tellement soupé de. [01'03'14] Tel ou tel type d'approche dans l'école, c'est qu'ils ne veulent pas le faire. Pour moi, c'est gros d'un décrochage scolaire à terre de gens qui ont longtemps souffert à l'école qu'ils ne voudront pas y aller. Donc, là, il y a un chantier à revoir sur le baccalauréat d'évidence. Alors, merci beaucoup, monsieur ducasse. [01'03'34] Sur la la réforme du lycée. On est en plein dedans. [01'03'38] Ouah, effectivement, on participe au meeting national de de nous sur la de suivi de cette réforme. Nous pouvons, on ne doit pas être avare de retour. [01'03'49] Sauf qu'on observe en ce moment même à boston. [01'03'52] Spécialité sur la pression due aux élèves. [01'03'55] Compris avec l'absence d'élèves, maintenant qu'ils ont joué la spécialité, avons eu affaire. Moi, la rocky termine. C'est pour ça que je dis que ça met en cause leur rapport aux savoirs et aux apprentissages des élèves. Ce type est effectivement de dévaluation, notation. Alors je je me permettrai, mais sans être trop long, épargner du temps. [01'04'16] Sur jérémy. C'est pas faute d'avoir prévenu à tous les étages sur les dangers. [01'04'21] De cette escapade. Désaccord avec jérémy, qu'on voit là, sur les conséquences. On craignait en tout cas, ronse, rapporteur nous d'une note, droit à l'erreur. [01'04'29] Pouvant faire l'objet d'un effacement. [01'04'32] Quand on constate que lydia. [01'04'36] Un accident, parcours de façon à faire baisser la pression sur la course, à la note et à la moyenne pour pouvoir parler. Arrive en parcours pendant, parcoursup, tel qu'on l'entend, et y faire baisser notamment la pression, tous les étages. La question du calendrier qu'on évoque après. [01'04'51] Après les les épreuves de ce pays, l'absence des élèves, mais ce n'est pas l'objet de ce surnom. Tout cas, on est au cœur de la relation parents, école et enseignants, parce que là, sur le lycée, la pression était extrêmement forte. [01'05'03] Merci beaucoup pour votre intervention, monsieur odieux. Il y a bientôt. [01'05'06] Reste avec nous, je vous en prie. [01'05'08] On passe la parole à jérémy. [01'05'10] Son adieu, que j'ai présenté tout à l'heure. [01'05'14] Comme étant quelqu'un qui avait travaillé d'arrache-pied sur une méthode. [01'05'19] De façon à redonner confiance à ses élèves et à tisser un lien tout à fait particulier avec les parents, comme étant des coûts et chercheurs à part entière, est l'un des partenaires majeurs. Donc, hum, jérémy, on vous passe la parole pour pas que l'inquisition votre temps. Vous avez tout le temps qu'il vous faut pour intervenir et on prendra les questions. [01'05'39] Dans le château, juste après, juste après votre intervention. [01'05'44] C'est à vous. [01'05'45] Merci, vous m'entendez bien parfaitement. [01'05'48] Merci beaucoup, excusez-moi de vous avoir rejoint plutôt moi. J'étais en classe. [01'05'53] Je suis au lycée. [01'05'55] Et je finis les cours à dix-huit heures. [01'05'58] J'ai un peu tardé pour quitter le lycée. Du coup, j'y suis resté afin de de pouvoir faire cette intervention, non pas dans la rue. [01'06'05] Jusqu'à aulnay-sous-bois, où j'habite, mais mais ici même. [01'06'09] Et du coup, suis navré d'avoir manqué les débuts. Excusez-moi. [01'06'13] Le le. Le projet réconciliation qui a été évoqué consiste en effet à mettre ce que l'on appelle l'alliance entre les parents et les professeurs ou, au centre de tout. [01'06'24] Il est souvent présenté sur ce projet ou cette méthode. [01'06'28] Comme quelque chose qui a comme but de faire réussir tous les élèves ou qui a comme but de de d'intégrer les parents, en quelque sorte. [01'06'36] Alors qu'en fait la réalité, c'est que ce projet pédagogique, cette méthode qu'on a élaboré, moi d'abord seul, puis avec un collègue, au bout de quelques années, on a commencé à travailler dessus il y a dix ans maintenant, en deux mille douze. [01'06'47] A drancy ici même. [01'06'49] En fait, l'origine du projet, c'était un sentiment d'impuissance que nous, on avait en tant qu'enseignant, puisque, évidemment, au lycée delacroix, à drancy, les élèves ont des caractéristiques particulières. On est dans un département, celui de la famille, qui est le plus pauvre de la métropole. Évidemment, les élèves, en raison de deux de leurs origines sociales et en raison du [01'07'09] Caractère injuste du système scolaire, comme vous savez, je crois. [01'07'13] Ne sont pas aidés du coup aveux. Ils sont non pas en terrain hostile, mais sur un terrain qui n'est pas favorable. [01'07'18] L'école française est difficile avec les enfants de catégories populaires. [01'07'23] Donc, bien sûr, qui a ses caractéristiques particulières. En est: [01'07'26] Drancy ses parents. [01'07'28] Michel delacroix drancy n'est pas un lycée tout à fait comme les autres, mais dans le même temps, [01'07'32] Les élèves que nous avons en face de nous, en seconde générale et technologique, en première et terminale générale, ce sont d'abord et avant tout des ados et donc, du coup, ils font beaucoup de petites bêtises. [01'07'43] Ils ont beaucoup la flemme, il manque beaucoup de confiance en eux, ils font très peu de de choses que nous, les professeurs, leur demandant de faire. Ils ne s'investissent pas assez et ne prennent pas assez au sérieux notre parole d'enseignant. Bref, il y a dix ans, notre, notre point de départ de la méthode, ayant un sentiment d'impuissance parce que on avait face à nous des classes d'élèves qui ne sont pas méchants, mais qui sont pas [01'08'04] Foncièrement de bonne volonté. [01'08'07] J'imagine qu'en tant que parent d'élève, on ayant des enfants ou des ados à la maison pourrait témoigner du fait que, parfois, ils peuvent manquer de de de d'enthousiasme au sujet des efforts à fournir vis-à-vis de l'école et donc, évidemment, vous pouvez imaginer ce que ce que ça veut dire quand il y en a vingt cinq, trente ou trente cinq. [01'08'25] En face de nos enseignants et donc, en fait, on n'y arrivait pas. [01'08'28] Et donc on a commencé à à faire appel aux parents d'élèves. [01'08'33] Dans ce qui ressemble à de la coéducation, en effet, mais moi, j'ai l'impression que notre projet. [01'08'38] Diffère peut-être un petit peu de la coéducation, dans la mesure ou non, on considère que on ne peut pas y arriver sans les parents. Donc, on ne veut pas mettre les parents ou les familles sur un piédestal, mais on considère que, de par l'influence, de par l'autorité que les parents ont sur leurs enfants, [01'08'52] Qui est dix fois supérieure à la nôtre. [01'08'54] Du coup, nous ne pouvons pas arriver à mettre les élèves pleinement au travail, ne vont pas faire en sorte que les élèves ne soient plus absents, qu'il n'est plus de bagdad et qu'il est bien tous leurs matériels, qu'ils fassent bien leur révision, pas juste la veille au soir, mais deux, trois jours avant, etc. On peut pas arriver à faire tout cela, à obtenir tout cela comme résultat, sans le soutien des parents et donc [01'09'15] Finalement. [01'09'17] Lorsque les années de d'expérimentation, d'élaboration de la méthode nous a permis de deux mètres. [01'09'23] Un jour, c'est une sorte de protocole, de façon à ce que les parents des élèves soient systématiquement et tous à nos côtés, c'est-à-dire que nous allons les chercher très tôt. En fait, c'est une démarche qui est très proactive, si je puis dire parler. [01'09'38] Tout à l'heure de de pronote de l'environnement institutionnel qui existe. [01'09'43] En fait, et y a pascal qui est qui a érigé, au moment même où je parle au sujet de l'ump. [01'09'50] Le npd dysfonctionne complètement chez nous. C'est un désastre. Un pronote ne fonctionne pas bien du tout à environ quinze pour cent des parents d'élèves se connectent ici à apprenants et lorsqu'il se connecte, ils ont du mal parfois. [01'10'03] Parce que pronote est un outil qui n'est pas du tout intuitif ou qui parle bien foutu du tout. [01'10'08] Donc, en fait, on on casse un petit peu le rapport institutionnel que souvent, nous, les professeurs, avons avec les parents, que les parents ont souvent avec nous, le professeurs. [01'10'18] Et l'idée d'aller chercher les parents personnellement. [01'10'21] En se présentant, en leur parlant de manière gentil. [01'10'24] Leur proposant de faire alliance, en leur disant qu'on a besoin d'eux. Donc, c'est à la fois très valorisant pour les parents, mais c'est aussi, en quelque sorte, responsabiliser. Enfin, non pas qu'il y ait besoin de la responsabilité, excusez-moi, mais c'est simplement que les parents ont parfois le sentiment particulier. Ici, il y a une forte foi dans l'école comme ascenseur social que l'école est capable de faire connaître une autre. [01'10'45] Tensions sociales à leurs enfants et que c'est le rôle des professeurs de deux de cire. [01'10'49] Deux si employer les parents, d'élèves, disais-je. [01'10'54] Elles ont souvent une forte foi dans l'école comme égalé, comme dans ascenseur social et sauf que nous, nous leur disons que nous sommes compétents, qu'ils peuvent compter sur nous. C'est l'objet de notre premier message, mais en même temps notre premier appel téléphonique individuel, ce qui ne se fait pas du tout ici à drancy, et d'une manière générale, je crois, les parents qui sont contactés individuellement par les, par les professeurs. [01'11'14] Au tout début de l'année scolaire, ça serra. C'est ce que nous nous faisons et qui, du coup, mêler les parents dans un état d'esprit très favorable. Ils ont l'impression que [01'11'22] Souvent, ils ont l'impression que nous sommes très investis, ce qui est pas tout à fait le cas. On n'est pas plus investi que les collègues, mais simplement, ce temps en plus comprend en début d'année permet de créer une relation humaine. Finalement, c'est en ça que on casse un petit peu. [01'11'36] Pardon, le verbe casser n'est pas bon. [01'11'39] Hum, on ne dépend pas de l'environnement institutionnel, pronote et lointain, qui ne fonctionne pas bien et qui sont institutionnels et, du coup, l'institutionnalisation des choses comporte une part de déshumanisation, je le crois. Là, l'idée est de leur parler directement, individuellement, avec la voix, de les rassurer sur le fait que nous sommes compétents et nous allons faire reus. [01'11'59] Sir leurs enfants, mais nous leur disons que nous avons besoin d'eux, donc on les responsabilise. Intrigue, mais dans la mesure où on leur dit que nous sommes capables de faire de grandes et belles choses avec leurs enfants. [01'12'11] Et qu'ils peuvent compter sur nous. Mais en même temps, nous avons besoin qu'il fasse une partie du travail qui souvent, hé hé, hé hé. [01'12'19] Elle est implicite, elle n'est pas, elle n'est pas formulée de manière claire par les enseignants. [01'12'24] Il y a beaucoup de travaux en sociologie qui montrent que nous, les professeurs, on a tendance à attendre de la part des familles en a un comportement de parents d'élèves- idéal pour nous enseignants- mais sans exactement expliquer aux parents comment faire ce travail-là. Donc, très concrètement, par exemple, vous voyez, moi, demain, dans ma petite matière en sciences économiques et sociales, du parent, je [01'12'44] Je vois votre enfant chaque semaine et chaque semaine une évaluation. Moi, je dis aux enfants que il faut réviser plusieurs fois dans la semaine, trois fois de près. Ça prend cinq minutes, dont soixante secondes. En terminale, évidemment, la charge de travail plus lourde. Mais en second, je leur dis: réviser trois fois cinq minutes votre cours dans la semaine. [01'13'00] Sauf que moi, je ne les vois qu'une fois par semaine, donc je peux pas leur rappeler, ni donc j'ai besoin que les parents [01'13'05] Deux jours après, trois jours, après, quatre jours en paix. [01'13'08] Sans attendre la veille de l'évaluation, rappelle, tu te souviens, et tu qui s'aiment, avec m fontanel et une évaluation, et donc, n'oublie pas de passer cinq minutes, pas grand-chose, mais fais le, sinon tu vas oublier. Et donc les parents, avec des consignes claires qui viennent de de nous, de manière individuelle, si je puis dire. [01'13'24] Font un, un effort en transmettant ces consignes holà, et donc ils s'impliquent davantage ou de manière peut-être plus pratique, concrète que qu'auparavant, ce qui favorise du coup le l'investissement des élèves qui vont faire ces efforts là et qui, du coup, progressent et derrière un cercle vertueux s'enclenche, c'est-à-dire que les élèves en début d'année nous redoutent beaucoup. [01'13'45] Mon collègue et moi, parce que ils ont peur de ces professeurs qui sont en contact avec leurs parents. On envoie des petits comptes compte-rendu chaque semaine aux familles pour les tenir au courant. On s'engage à ce que la relation soit régulière. Elle est à la fois précoce, comme vous l'avez compris, et surtout elle est très régulière. [01'14'00] Puisque on envoie des petits semaines chaque semaine, qui sont assez courts et assez superficiels, mais qui visent à la fois à tenir notre promesse en tant que enseignant et, dans le même temps, à [01'14'10] A à faire en sorte que les parents restent mobilisés et continuent de faire ce qu'ils n'ont. En tant que proviseur, nous nous arrange, c'est-à-dire: [01'14'18] Passez un deuxième, deuxième couche, repasser le message du nom d'un patient à la maison qu'on a passé à l'école. C'est-à-dire: n'oublie pas d'une part, ne révise pas juste la veille, n'oublie pas, tes affaires ne traînent pas trop dans la récréation, parce que elle arrive à la fin de la récré, il faut monter en classe pour être en retard, etc. Donc, le fait que les parents passent une deuxième couche nous assure du sérieux des élèves. [01'14'39] Mais comme les parents ont quinze mille choses à gérer, comme vous le savez, ils ont tendance à oublier ces consignes la sont que nous nous le rappelons chaque semaine. D'une certaine manière. Donc, c'est le coeur de la méthode consiste à créer cette relation précoce, régulière, comme je vous disais, qui, assez rapidement, fait place à la confiance, est une chose qui existe assez tôt, comme vous savez, hélas, dans dans, dans l'école pubs. [01'14'59] Blick que dans l'école privée. Je crois aussi. [01'15'02] Et en fait, cette confiance là, cette alliance la fête. Les élèves assez rapidement se mettent au travail et très rapidement. [01'15'12] Progressent et réussissent, ce qui permet à la fois de supprimer la frustration chez les élèves, chez les enseignants et chez les pains. Et ce qui est formidable, c'est que de cette méthode-là que, à l'origine, moi j'utilisais pour ma petite matière, puis mon collègue, et moi, avec mon collègue, que mathématiquement, que les élèves, petit à petit, se sont mis à appliquer. [01'15'32] Dans d'autres matières, ainsi que les élèves sont pas bêtes rampantes quand ils révisent plus que la veille du contrôle. [01'15'38] Bah, ça marche. On suède, ça marche en maths et donc bas. De même, il l'applique en histoire-géo, dans les autres langues, dans les autres matières, comme les langues vivantes, la philosophie, par exemple. [01'15'48] Respecter un physique, etc. Les élèves, du coup, petit à petit, généralisent leurs efforts et mal [01'15'56] Élargir cette alliance avec d'autres. [01'15'59] D'autres professeurs de l'équipe pédagogique qui nous transmettent les informations, qu'on remonte aux familles. Et donc, laisse la messe qui, à l'origine, n'était qu'au sujet de ma matière, la matière de mon collègue et moi de deux mathias. [01'16'11] S'applique à toutes les matières, donc, où la plupart des matières, en fonction aussi de certains professeurs qui ne veulent pas forcément remonter les informations famille, on respecte absolument, mais disons que les élèves se mettent au travail pleinement, arrête de gâcher leur potentiel, et donc, ça change beaucoup de choses avant pour eux, pour les professeurs, et puis pour les parents. Et je finirai là avant de répondre volontiers. [01'16'31] Beau à vos questions. [01'16'35] Les le la, la joie que nous on a ici à drancy, depuis cinq ans, y a pas un seul élève qui ne décroche le covid a eu peu d'impact sur nous. Cette phrase semble très, très peu probables, mais [01'16'49] On n'a pas du tout été, ou très peu été, affectés par le covid, puisque les élèves étaient tous en ligne en cours. [01'16'55] Il n'y avait pas beaucoup de professeurs qui ont été frustrés du fait que [01'17'01] Le covid parfois, ou le contexte très compliqué servait d'excuse aux élèves pour ne pas assister aux cours en ligne ou ne pas faire les efforts nécessaires. Nous élève grâce au soutien- les parents étaient tous en ligne, faisait tous les efforts. Il y a une véritable continuité pédagogique pour le couple, alors que ça ressemble quand même un slogan débile du ministère de l'education nationale. Pour nous, on a eu la chance de devises. [01'17'21] Donc, c'est vraiment formidable et ça fait cinq ans qu'il y a plus de décrochage dans nos classes. C'est extraordinaire, avec notamment une grande réussite au baccalauréat, mais pas que parce que maintenant la méthode je l'utilise moins pour toutes mes classes. Entrée en seconde. [01'17'33] Et ce qui est formidable, c'est que les résultats assez formidable et impressionnant que que les classes ont obtenu à drancy, ici. [01'17'42] Nous ont poussé, mon collègue et moi, à faire connaître la méthode de façon à ce que d'autres professeurs qui le souhaiteraient, qui auraient envie, [01'17'49] Du coup. Qui voudrait essayer de créer cette alliance avec les parents pour ne plus subir et pour ne plus souffrir du sentiment d'impuissance qui était le nôtre, nous-mêmes, y a dix ans? [01'17'59] De deux façons alors: présenter ces outils-là et de de les encourager à se lancer. Et ça fait un an et demi maintenant que c'est le cas, grâce à la médiatisation en grasset: un livre qui est sorti, un film documentaire qui sort dans quelques mois au cinéma, en septembre. [01'18'14] Qui montre une année à drancy. [01'18'16] Et en fait, [01'18'18] L'année dernière, il y avait une dizaine de professeurs qui appliquait la méthode et cette année, il y a une centaine de professeurs. [01'18'26] Un peu partout en france, à la fois des professeurs du lycée général, technologique, professionnel, de college. [01'18'31] Professeur des écoles maternelles. [01'18'34] Et élémentaire, enfin la fois maternelle et primaire. Pardon, [01'18'39] Y a des professeurs qui sont en banlieue, en quartier populaire, comme nous, en zone rurale, en zone péri-urbaine, en centre-ville aussi, c'est très intéressant. Y a en fait l'une des forces de la méthode du projet vient de de son, son adaptabilité, si je puis dire. C'est que chaque professeur, en fonction de son propre contexte, ses propres élèves. [01'18'56] De sa propre trajectoire personnelle au site, son propre caractère, de sa propre matière, s'approprie de façon très subjective cette méthode-là qui consiste finalement, pour le résumer, à créer cette alliance avec les parents, comme vous l'avez compris, je pense. [01'19'09] Et ce qui est formidable, c'est que les collègues vivent tous ce sentiment de libération, de ne plus avoir l'impression de de de d'être seuls face aux élèves et donc de subir, ou d'être seul face aux élèves et donc d'espérer que leur bonne volonté sera suffisante, ce qui est rarement le cas. Et donc, avec, avec cette alliance là, les collègues, [01'19'29] Qui soit en école primaire, en collège ou en lycée, ont l'impression de redécouvrir leur métier. Donc, c'est formidable, indispensable, qu'on appelle le projet réconciliation avec un s, parce que c'est à la fois réconciliation entre les parents, les profs, entre les élèves et le travail, puis entre les profils et leur métier lui-même, si je puis dire. [01'19'46] Alors. Merci beaucoup pour ce propos. Il y a il y a de nombreuses réactions qui vont globalement dans le même sens ici. Vous pourriez nous repréciser comment fonctionne le lien avec les parents? on a bien entendu l'appel qui est fait. [01'20'02] Un un les enseignants, l'envoi des insultes qui fait régulièrement, mais cela veut dire que un parent reçoit, séduit, dix estimés dans la semaine de chaque enseignant, un par discipline. [01'20'15] L'appel jusqu'à huit appels différents ou spécial. Comment vous cour du lycée et comment monde ou gérer le côté intrusif ou pas? comment est-ce que c'est perçu côté parents? [01'20'25] Oui. [01'20'27] Alors ne, comme je disais, on nous pendant des années. On est des seuls à faire ça. [01'20'33] L'année dernière, on était une dizaine et cette année, on a une centaine, dont il n'existe pas en france aujourd'hui, de parents d'élèves recevant plusieurs coups de téléphone, puisque les professeurs qui appliquent cette méthode sont sont isolés. On est très peu nombreux. Je pense que le projet va beaucoup grandir et je je vais m'y attacher personnellement pour l'aider. [01'20'52] Dissout les vingt prochaines années. Je pense qu'on sera quelques milliers dans quelques années, mais pour l'instant, ce n'est pas du tout le cas. Et donc, ce qui se passe aujourd'hui, c'est que, du point de vue d'un apparent, il reçoit le coup de téléphone d'un ou d'une prof qui lui propose de le tenir au courant tout au long de l'année, chaque semaine, avec des sa messe, au sujet de de sa matière. [01'21'11] Un professeur du projet qu'il nous faut en tant que prof principal dont, comme je le disais et comme nous ont influencé, il récupère les informations au sein de l'équipe pédagogique, il envoie un essai collectif, [01'21'20] Hé, hé. [01'21'23] Et c'est tout, c'est-à-dire que les parents d'élèves reçoivent à ces messes par semaine et les réactions des parents sont extraordinairement positives parce que, dans les quartiers populaires en particulier, beaucoup de parents ont l'impression de ne pas être légitime. [01'21'36] L'école, comme vous le savez, n'est pas l'endroit le plus accueillant pour les parents et en particulier pour les parents qui n'ont pas forcément fait de longues études, comme c'est beaucoup le cas en un quartier populaire où beaucoup de parents qui n'ont pas fait leurs études. [01'21'51] Souvent courtes, en france, dans un milieu, dans un pays étranger, et donc pour eux, l'école, le rapport à, l'écrit, toutes les choses qui vont de soi pour les professeurs, pour l'école, pour l'institution. [01'22'02] Ou pour une association comme la fcb, ne va pas de soi pour plein de parents, comme vous le savez, et donc, le fait de deux de leur tendre la main, de les valoriser et de leur dire qu'on a besoin d'eux et, en même temps, de leur assurer que nous allons bien faire notre travail et qu'on s'engage à les tenir au courant du coup, provoquerait des réactions très, très positives. [01'22'22] Chez les deux tiers des parents et puis parfois un peu dubitative, chez un indépendant qui dit: mais c'est quoi ce truc, un peu bizarre. [01'22'31] C'est la première fois qu'on propose un truc comme ça, en effet, et donc la nouveauté surprend toujours et donc, après nous, on on la manière dont on parle aux parents de manière très gentille et très douce, au fait que les parents souvent nous suivent et surtout, très vite les résultats. [01'22'47] Son sont très convaincants que les enfants [01'22'50] Les enfants se mettent au boulot, progresse. [01'22'53] Parle davantage de l'école à la maison. [01'22'56] Les parents recevoir, reçoivent les notes, les appréciations qui sont de plus en plus positives. Donc, les parents, à la fin de l'année, nous disent tous: mais c'est superbe, très câlin. Et je me permets de finir cette réponse en en réagissant à une réaction je viens de voir passer. [01'23'10] Il faut que je réponde à la question du temps, mais sur la généralisation, sophie duval. [01'23'15] C'est souvent une remarque, en effet, qui est gentille mais qui est dangereuse. Il faut absolument pas que notre manière de faire soit généralisée, parce que, tout d'abord, elle n'est pas généralisable, c'est-à-dire que, comme vous le sentez, il y a beaucoup dans la méthode qui dépend de l'état d'esprit ou de du tempérament, si je puis dire, des enseignants qui se lancent faveur. [01'23'35] Part de folie, je crois à une part d'optimisme. [01'23'38] Pour aller chercher les parents et penser que il est possible de créer cette alliance là. [01'23'43] Autrement dit, pour le dire de manière familière, si demain à bingham macron. [01'23'48] Qui ont cherché à en savoir plus, mais que nous avons repoussé gentiment. Et si, demain, il il généralise cette méthode, ce sera un échec cuisant, puisque les professeurs, comme vous le savez, n'aiment pas qu'on leur impose des choses. La liberté pédagogique est fondamentale et, surtout, la méthode n'a n'a de de sens et ne peut être efficace. [01'24'08] Que si elle est incarnée ou que si elle est appliquée de façon volontaire, donc demain, ainsi, sans l'oblige, ce sera pas du tout efficace. Et puis ça, ça, même si je vous remercie pour le compliment, même duval. Mais simplement, c'est aussi sous-entendre que il n'existe qu'une manière de faire. Ce qui est sûr, c'est que [01'24'28] Cette manière de faire réussit. [01'24'30] Mais il faut se garder, si vous le voulez bien, de deux. [01'24'35] Deux, de penser que, du coup, il n'y a que celle-ci. Je pense qu'il y a tout à fait, sur la base du volontariat, on est d'accord, de très belles choses à faire, et c'est ce que moi, je fais de manière individuelle. Je vais chercher les collègues, un parrain, pour qu'on soit une petite armée dans dans quelque temps. [01'24'48] Un, deux, trois questions complément. Nous, on a largement le temps. Nous devons nous sous obligé du vôtre. [01'24'54] Bar-le-duc, du coup, dans cette relation, le redire, réanimer peut être aussi, si je peux m'exprimer ainsi, [01'25'01] Au niveau de votre lycée? quelle est la place du sérieux ou du? oui, j'ai vu passer l'information. Alors, c'est une très bonne question, parce que c'est vrai que la relation avec les parents est souvent dévolue ou perçue comme quelque chose relevant du domaine réservé des cbd. Eux, c'est eux qui, comme vous le savez, je crois, ou je me permets de delà de rappeler- [01'25'19] Est un métier qui n'existe qu'en france. [01'25'22] Mais disons que dans notre lycée, en raison du décrochage, [01'25'26] Très important et des difficultés considérables qui existent ici. [01'25'30] Origines sociales. Surtout, laisser peu joint un travail de de de pompiers. [01'25'37] Ou de policier, je ne sais pas trop comment le dire. Ce qui est sûr, c'est que dans les deux cas, ce soit. [01'25'42] Policiers, aux pompiers qui réagissent quand il y a des rapports pour après les élèves, pour qu'ils arrêtent de sécher les cours ou de s'absenter de manière parler ou de manière structurelle. [01'25'51] Les, les professeurs, les cibles par dance croulent sous le travail et ont souvent l'impression de de d'être là trop tard. [01'25'59] Ou de debat faire vraiment. [01'26'02] Un travail tel que il il l'espère au début, comme nous enseignant aussi d'ailleurs. Et donc, en fait, souvent, les civils sont soulagés que nous prenions en charge le travail avec les familles, parce que ça leur enlève un peu de leur poids. [01'26'17] De la charge de travail qui est considérable. Et surtout, ça leur donne un autre statut aux yeux de la classe. C'est-à-dire que ici au moins, en tant que professeur, je, je, je viens. Thermalisme, le travail de flic, pardon de fliquer les absences, etc. Que font souvent les sbires. Du coup, les citoyens n'ont pas non plus besoin de le faire et donc, du coup, les élus [01'26'36] Eve redoute a habituellement laissé peu, parce qu'il ne perçoit comme des gendarmes chinois, en tout cas. [01'26'43] Là, maintenant, c'est plutôt moi qu'ils redoutent et donc ils vont voir différemment et c'est eux qui peuvent jouer un rôle du coup qui est nouveau et qui est très enrichissant intellectuellement pour eux, parce que son rôle d'adulte extérieur à l'équipe enseignante et qui, en même temps, [01'26'56] Cadre fait partie de la communauté éducative et donc, du coup, ils vont recevoir les élèves de manière individuelle pour le les encourager, pour les les accompagner, plutôt que d'être davantage dans le fonçage de sourcils que nous on con, qu'on utilise, si je puis dire. Nos relations avec si peu sont très bonnes parce que [01'27'17] D'accord, ça leur donne du souffle. [01'27'19] Merci beaucoup pour ces précisions, pour votre question et pour la moitié finesse, outre le fait d'avoir attribué l'opérateur, [01'27'26] Est-ce que vous utilisez votre iphone, onze perso, et comment vous gérez votre droit à la déconnection et celui des familles? [01'27'34] Oui, on en ingère un à la fin de l'intervention de deux, de jean-louis a dit que le droit à la connexion est fondamental, en fait, [01'27'44] On est. On est cent cinquante-trois aujourd'hui. Donc y en a beaucoup qui utilisent leur téléphone perso, comme c'est mon cas. [01'27'51] D'autres qui utilisent une deuxième carte sim ou un autre téléphone portable ou le téléphone du lycée. Il y en a qui passent par le mail ou par le n? t lorsque les familles sont connectées. Donc, vraiment, encore une fois, la méthode. [01'28'04] Et elle l'est réapproprié et utilisé de manière très différente en fonction des collègues. [01'28'09] Mais du coup, moi je le fais avec mon numéro perso. J'ai vu passer la question du temps. Je peux, si vous m'avez posé, excusez-moi. [01'28'16] Hum et voulut: tant que ça vous prend. [01'28'19] Deuxièmement, le temps. Je ne fais que ça prend deux, trois heures en début d'année pour appeler les parents. Ça, ça prend du temps. [01'28'26] Ce combat. Cinq minutes au téléphone, avec chacun un mot. [01'28'29] Mais ensuite, ça prend une demi-heure par semaine l'envoi de sms, parce que avec classe par classe ou tout confondant par classe, et les collègues qui se lancent dans le, dans la méthode, ne le font qu'avec une classe, parce que le travail avec les familles, nous-mêmes, on a fait que avec une seule classe pendant cinq ans. Aujourd'hui, je le fais pour l'ensemble de mes classes, mais pas avant pas. [01'28'48] Dix ans. C'est la sixième année que j'ai généralisé mes classes, parce que travailler avec les familles de manière régulière est quelque chose qui est tellement gueule. [01'28'56] On est tellement pas préparée. Non enseignant n'a jamais dit que les parents pouvaient être une aide. [01'29'00] Et puis, on l'imagine tout simplement pas, et puis on a déjà la tête sous l'eau, pour plein de raisons, comme vous savez, je pense. [01'29'07] Que, du coup, apprivoiser cette relation régulière, forte, avec les parents prend du temps. Donc, tous les collègues qui se lancent, ne le font qu'avec une classe et ça prend une demi-heure par an, par semaine, pas plus. [01'29'18] Grâce à des petites techniques que je ne dévoilerai pas ici, mais que je dévoile aux collectivités, selon si elle est professeur parmi les parents d'élèves ici présente et écrivez-moi avec grand plaisir. [01'29'27] Mon adresse académique. [01'29'29] Mais, mais en fait la question du temps de travail. [01'29'34] À laquelle on pense spontanément est en fait une non question. Manche entourée à drancy de collègues qui sont dévoués, qui sont investis, parfois plus que moi. Moi, j'ai un emploi du temps sur trois jours, ces trois jours qui sont intenses, mais je ne viens que trois jours par semaine au lycée. [01'29'49] Je ne retouche plus à mes cours, je n'en touche plus à mes évaluations depuis plusieurs années. S'entourer de collègues qui emportent des copies pendant les vacances, qui refont leurs cours pendant les pendant les vacances, le week-end. [01'29'59] Qui organise des, des sorties, des des projets, qui font intervenir des intervenants externes et etc. [01'30'08] Et qui en fait pour beaucoup, comme sont dans une relation encore. [01'30'14] Solitaire face aux élèves, parce que c'est comme ça qu'on nous a formés et c'est comme ça quatre, vingt dix neuf pour cent d'entre nous. [01'30'20] En faisant ce, ce, ce métier-là, [01'30'23] Du coup. Oui, il passe beaucoup de temps à refaire leurs cours, en espérant que la qualité intrinsèque du cours permettent d'amener à eux les élèves. [01'30'32] Je je ne consacre absolument pas ce temps-là ni à préparer ses cours de manière aussi. [01'30'37] Appliquer avec mes collègues et, dans le même temps, j'utilise de manière très pragmatique les cuisses et m comme outil d'évaluation, ce qui me prend très peu de temps à corriger. Donc, c'est: voyez, si la question n'est pas mon travail plus, c'est plutôt: comment est-ce qu'on? [01'30'52] Qu'est-ce qu'on choisit? comment ont choisi sa crémation? [01'30'55] Et donc, au final, on travaille pas plus que les collègues, ou on travaille différemment, on contourne l'obstacle, on va chercher les parents, parce que face aux élèves, on n'y arrive pas. [01'31'04] Il part quand on fait davantage. Papa. Les parents ont fait davantage travailler, les parents, si je puis dire, et et les élèves travaillent davantage, ce qui fait que nous, derrière, au final, le travail est très facilité à la fin de l'année scolaire. On travaille pas puisque que les collègues et surtout, par contre, on ne souffre plus en-dessous, on ne subit plus, et donc c'est formidable. [01'31'22] Petite question. [01'31'24] Également: est-ce que après cinq à six années de recul, et donc d'un bilan, [01'31'29] Plus ou moins collectif et à géométrie variable selon les classes ou dans l'établissement, vous avez constaté un effet. [01'31'37] Positif, neutre ou négatif sur le conseil de classe, son rôle, l'investissement des parents dans le conseil de classe. [01'31'45] Ils ont également au sein du conseil d'administration? est-ce que ça a eu un effet sur la place dans l'établissement des parents au sein des instances qui sont prévues par les textes? considèrent la laïcité peu présent, en particulier avec ces peuples, même si ce n'est pas la seule, ce sont, comme vous savez. [01'32'01] Elle est présente à drancy, mais [01'32'06] Le, le, le. L'école est si lointaine des familles ici. [01'32'11] Que c'est un travail. [01'32'13] Qui? qui est, qui est noble? [01'32'15] Hey, qui est courageux et et moi, j'ai des, j'ai des bonnes relations avec eux, avec les, avec les représentants de la fcb. [01'32'24] Notamment, mais, mais, mais. Quatre-vingts pour cent des familles ne sont pas en contact avec avec les associations ou avec les représentants. [01'32'33] Quatre, vingt quinze pour cent ne savent pas quelles sont les les enjeux du conseil d'administration, par exemple, donc, encore une fois, en quartiers populaires, là où l'école est perçue comme une institution dans laquelle elle et les parents ne se sentent pas forcément les bienvenus. [01'32'47] Je ne dis pas que c'est ce que l'école fait, je dis juste que les parents se sentent éloignés et donc, même avec la méthode qui est la nôtre, qui fait que les parents sont très investis, s'applique de manière extraordinaire et ailée et les résultats qui sont moins impressionnants ici sont absolument autant dû à notre engagement que ça. [01'33'07] Celui des élèves, des familles. [01'33'08] Bon pour. Pour autant, cet engagement et cet investissement considérable des parents ne se fait que dans le cadre de la relation individuelle que nous avons créé ensemble et donc l'institution. [01'33'21] L'institution détruit, lorsque le distingue, détruira. Pardon, mais je veux dire que que que il n'y a pas de de de conséquence d'un point de vue de l'établissement ou d'un point de vue de de de l'institution. On est dans un gros lycée et je ne suis pas moi-même au au conseil d'administration, parce que j'ai déjà [01'33'40] A la tête sous l'eau, si je puis dire, avec mes élèves et et donc moi-même, je m'implique assez peu dans l'institution et je, comme vous le sentez, je redoute quelque peu l'institution. Bon, donc, pas d'effet va dire sur la dynamique collective au sein de l'école, de sur l'amnésie faron, d'accord, ok. [01'33'57] Et puis, excusez-moi, comme on est dans un très, très grand lycée, il y a deux mille cinq cents élèves issus de son professeur, on est deux à appliquer cette méthode. Donc, notre, notre, notre expérimentation aussi fontaine, incorporez le souhaitez, n'est qu'une expérimentation parmi tant d'autres. Et donc le lait. [01'34'14] Nous ne sommes pas grand-chose pour l'instant. Alors là, vous me faites nîmes accueil ma curiosité: comment est-ce que vous gérez la distorsion- je l'appli comme ça- qui peut y avoir entre des professeurs qui, comme vous, tissus ces passerelles régulières avec les familles? on les utilise, élèves, harris, aimé, par mail, etc. Et les enseignants qui ne le [01'34'34] Font pas par choix pédagogiques ou parce que ils ont investi autrement. Faites refondre leurs cours comme vous évoquez. Il n'y a pas de jugement, mais cela a un effet. [01'34'45] Vendre une distorsion, préfère vers une plus pervers. [01'34'48] Absolument. [01'34'50] Évidemment, je vous disais, les deux tiers des parents sont enthousiastes dès le premier jour. Le dernier tiers finit par l'être au bout de quelques semaines, à quelques mois. [01'34'58] Et donc, il est évident que les parents ont beaucoup, beaucoup d'affection pour nous. Je dis nous à la fois, mon collègue et moi. Et c'est ce que vivent les collègues un peu partout en france qui reprennent la méthode. [01'35'08] Le lien tissé est extraordinairement fort et beaucoup de parents sont soulagés de deux deux d'avoir cette relation. Il avait l'impression parfois que, que, que, que l'école était lointaine. [01'35'21] Y'a aucune famille pour répondre à une question du mois passé à melody. [01'35'25] Y a aucune famille qui dit non. Puisque qu'on appelle les parents, on leur dit: est-ce que vous êtes d'accord pour qu'on vous tienne au courant de l'évolution de votre enfant? [01'35'33] Favoriser la réussite de celui-ci. Donc, du coup. [01'35'37] Le, le, les les. [01'35'41] Les parents ne disent tous oui, et c'est pareil pour les collègues du du. En formulant les choses d'une certaine manière, il n'y a pas de soucis. [01'35'48] Et après. C'est vrai que parfois les parents [01'35'51] Nous nous écrivons, nous disent: ah ah, ah, bah, c'est dommage qu'il n'y ait pas d'autres professeurs qui passa. [01'35'55] Bah, c'est. C'est dommage que que y'a plus de profs qui reprennent cette méthode-là. Et, comme nous, on est très attachés à la liberté pédagogique, même si je vois qu'il y en a qui râlent dans les commentaires sur le fait que la liberté pédagogique empêche de généraliser. Encore une fois, et la généralisation n'est pas souhaitable. Si vous avez du respect pour ce que nous faisons ou si vous trouvez ça intéressant, je vous prie. [01'36'15] Guide de mesurer vos jugements. [01'36'18] Parce que, encore une fois, généralisé, ou appelé à la généralisation, ou avoir l'impression que on rase les murs en salle des profs, comme je viens de voir passer à david dumont, c'est se tromper sur la réalité de la profession. [01'36'33] Non entouré de collègues qui sont, encore une fois, aussi investis et et qui sont aussi motivés et, si je puis dire, ou dévoué que nous. C'est juste qu'ils n'utilisent pas les mêmes outils. [01'36'44] Et que, évidemment, d'un point de vue extérieur, on peut avoir envie de, de, de de plaquer cette méthode. Mais mais non, on pense que c'est pas souhaitable, parce que quand, quand, comme notre but est de faire école et de développer ce moment-là, pour nous, la seule manière de faire c'est par l'attrait et parle là par là, là-bas. [01'37'03] One volonté et donc il faut surtout pas blesser les collègues du coup. Pour répondre à votre question, [01'37'08] On demande aux familles de de faire attention parce que parfois les parents- y compris remise de bulletin n [01'37'13] Parfois n'arrive pas à se retenir de dire un récit: bien, et c'est pratique pour aller faire ça en maths aussi ou en histoire-géo. [01'37'19] Et donc en fait: [01'37'22] Les, les parents d'élèves. On leur demande de retenir ces jugements là, et puis, non, s'excuse auprès des collègues- aussi payer cet impact là, parce que, encore une fois, [01'37'32] Y a pas de y a pas de recette miracle. Il y a plein de façons différentes de faire réussir les élèves et donc, on veut surtout pas l'imposer aux colis. Alors justement, jérémy, question pour les lily et lily, les enseignants comme vous qui font le choix de cette méthode de surveillance lire: est-ce que c'est venu influer sur les appréciations du bulletin trimestriel aussi? [01'37'52] Ou pas, le lait, les nôtres, les vôtres. [01'37'55] Est-ce que vous, du coup, parce que comme il y a sur ce lien, on va dire hebdomadaire, ou du moins très fripon, est une famille, bref, où il quitte les lèvres ou le conseil de casque joue potentiellement sur votre matière un rôle différent et l'appréciation qui est mise dans le bulletin trimestriel, est-ce que ça fait évoluer le contenu ou est-ce que? [01'38'16] Tel qu'il est: mon mois, cinq ans, et pour vous- moi je parle pour vous, en fait, il eut le le, les choses se déroulent de manière. [01'38'24] Assez simple finalement et c'est presque inquiétant, dit comme ça les élèves en début d'année. [01'38'29] Redoute un petit peu et se mettent au travail et réussissent tous. [01'38'33] Donc moi, j'ai pas un élève qui ne réussit pas aussi. [01'38'37] Inquiétante, wolfgang, semble cette, cette affirmation. Moi, j'ai pas un bulletin d'élèves. J'ai deux cents élèves de seconde chaque année. J'ai trente élèves de terminale. Ça fait cinq ans qu'il y a plus d'échecs. C'est dire que y a pas une appréciation qui n'est pas positive, y'a pas. [01'38'51] Un élève qui, à la fin d'un semestre en semestre, ici. [01'38'54] Dis: c'est trop dur à suez ou j'y arrive pas, y compris des élèves qui travaillent, les difficultés qui sont extraordinaires, y compris les élèves qui sont virés en cours d'année, les conseils de discipline et tout le tintouin, y compris des élèves. [01'39'07] Dont on a l'impression parfois que ils ne sont pas adaptés pour le système scolaire. [01'39'11] Les élèves réussissent tous vraiment, et donc, après moi, je je passe un plaisir pour moi de d'enseigner, parce que comme les élèves font de super efforts, font des supers progrès, le conseil de classe et est à la rédaction des bulletins, même s'il est chronophage. [01'39'27] Le sampson plaisir, parce que le bilan est systématiquement positif. [01'39'32] Et donc ça, ça pas eu trop d'impact, aura cinq ans. Ça m'a rendu plus optimiste, je pense, parce que les élèves réussissent systématiquement et donc les appréciations ne reflètent absolument, je pense, que le travail avec les familles- je n'aime pas beaucoup parler musicale. [01'39'45] Besoin de vous convaincre là-dessus. Le fait d'être en lien régulier avec les familles m'oblige à une certaine rigueur, m'oblige à une certaine. [01'39'54] Modestie aussi sur mes moyens, à une certaine heure. [01'39'59] Exigences, et donc les parents renforcent mon autorité et il me [01'40'04] Et il me renforce beaucoup. [01'40'06] Par le fait que je leur ai promis que ça allait bien se passer et, d'une certaine manière, [01'40'12] J'oubliais de me débrouiller derrière pour que ça se passe bien, que que tous les élèves réussissent. Je crois beaucoup dans la capacité des professeurs à réinventer leur cours, à réinventer leur manière de faire, et c'est pour ça aussi que, même si je comprends beaucoup de commentaires qui défilent et qui, de manière consciente ou non, le dénigrent- une partie de mes collègues, [01'40'29] Une partie des enseignants. Moi, je, j'ai absolument confiance dans la capacité tous les profs de français à se réinventer pour faire mieux. [01'40'37] Mais je pense que là, la première des conditions, comme face à des élèves, c'est de les respecter et même peut-être de les encourager ou de les choyer. [01'40'45] Justement, euh, par rapport à tout ça, commence le votre hiérarchie, le chef d'établissement, corps, d'inspection, à regarder votre méthode. [01'40'54] Vice-président, encourager celui de freiner, même si vous avez un devoir de réserve. [01'40'59] Derrière lequel vous pouvez, vont-ils vous retrancher si vous souhaitez, mais comment c'est perçu? [01'41'04] Comment va la situe. Ce sont ces expérimentations qui, maintenant, fut généralisée, y fait école que du bien moins celui-ci se diffuse en se généralisant et qu'il en fait. [01'41'16] La direction nous a accompagné quand on a commencé. [01'41'21] Comme elle accompagne tous les expérimentations. [01'41'25] L'orientation pédagogique dans notre lycée. [01'41'28] Comme je disais, notre projet n'en est qu'un parmi les trente ou cinquante qui existent ici. [01'41'33] Et donc la direction fait un travail de suivi. [01'41'36] Comme je vous disais, il y a deux cents professeurs et une direction à quatre ou cinq têtes. Y ont beaucoup, beaucoup de choses à gérer et donc, monsieur, ou les choses que, de manière lointaine, nous [01'41'46] N'a jamais demandé le feu vert au chef. On a utilisé notre liberté pédagogique, on allait chercher les familles et chaque année, des miracles viennent en classe. De cette manière-là, le le, la direction, de manière pragmatique, a vu que ça marchait et nous soutient. [01'42'01] Nous a permis de continuer, mon collègue et moi, en tant que binôme professeurs principaux, tous les deux. [01'42'07] Mais après, si vous voulez, les personnels de direction sont quand même assez loin de notre réalité d'enseignants inquiets face aux élèves, terres, cours évalués, etc. Accompagnés de petits. Donc, on l'aura jamais vraiment demandé l'heure mon feu vert. On n'a jamais vraiment obtenu, et encore moins pour l'institution vis-à-vis de laquelle quand [01'42'27] Vous l'avez compris, j'ai pas beaucoup de de des stimuli de tes sentiments positifs. [01'42'34] Moi, je me suis fait inspecté deux fois avant. On dit plus inspecter ma poche, les éléments. En fin d'année, ils disent bravo, merci, c'est génial. Et surtout, ils ont beaucoup grandi. Les élèves adorent. C'est les premiers et les premiers représentants de premier porte-parole de la méthode. [01'42'51] Mais en fait, le, le l'institution, comme vous le savez, a une gestion des ressources humaines qui est catastrophique dans l'éducation nationale. Donc, moi, je fais fils de de l'institution. J g j'ai débattu il y a six mois dans une émission sur france deux, avec à peine gars. [01'43'09] A qui je ne demande rien, si ce n'est de de d'augmenter, mes camarades et moi. [01'43'13] Qui. [01'43'15] Va être fait de manière ridicule, a-t-on appris aujourd'hui ma femme. Voilà le but de cesser ce discours pénible sur les profs, qui sont des feignasses, etc. [01'43'22] Mais, mais, sinon lui-même m'a demandé: est-ce que, est-ce que les escaliers? [01'43'29] Est-ce que le chef d'établissement vous soutiens? je dis oui, mais voilà. Est-ce que le benzène vous soutient? non, mais je pense pas. Qui c'est qui? on est que le recteur de soutien. Non, donc, je pense que l'institution a un rôle à jouer, mais on dit beaucoup aux collègues: lancez-vous. Et l'esprit de la méthode est aussi de deux, deux m. [01'43'49] Brouillé avec ce qu'on a dit julien. [01'43'51] Alors petite question, est-ce? [01'43'53] Peut-être la dernière ou l'une des dernières reconstruites. [01'43'57] Est-ce que vous vous sentez? [01'44'01] Ouais, je joue sur le mot de de se sentir seul. Vous évoquez face aux élèves à aura un contexte d'enseignement. Est-ce qu'avec cette méthode, il vous là, vous l'avez dépouillé? extrémité, vous vous sentez moins seul dans votre relation aux élèves. Est-ce que c'est iso par rapport à avant vingt? [01'44'18] Comment je l'assume dans les pratiques pédagogiques pour l'acide nue: sarah, sarah, samus, impuissances, pas avoir évolué. C'est le cœur de la méthode, si vous voulez. [01'44'27] Aujourd'hui, j'avais, j'avais, j'ai fait un contrôle avec des élèves de seconde a et quatre classes de seconde. Aujourd'hui, j'avais cent élèves. [01'44'37] Il n'en manquait pas un. [01'44'40] Non pas par la grâce du saint-esprit, ou alors on parlait de tout à l'heure de jean-louis duc la, une fédération laïque. [01'44'46] Sien. [01'44'48] Je n'ai pas entendu. Je disais: nous sommes une fédération laïque, donc yverdon est donc réduite. Que vous ne croyez pas publiquement en disant à la grâce du saint-esprit. En tout cas, moi j'y crois à titre personnel, mais c'est pas ça qui fait que tous les élèves étaient là. [01'45'02] Les élèves étaient tout cela parce que les parents savaient qu'aujourd'hui les contrôles et que ça fait trois à quatre jours qu'ils disent aux élèves: attention, n'oublie pas de réviser quinze minutes à plus cent ans en suède, la porte contre là où il avait quinze minutes, trente minutes maximum. Je les charge pas trop en travail. Mais donc du coup, les parents savaient qu'aujourd'hui et contrôle, ça fait une semaine qu'ils en parlent aux élèves. [01'45'22] Les épreuves de spécialité sont passées en terminale générale. [01'45'27] Ça fait un mois maintenant. Comme vous savez, il ne manque pas un seul élève de terminale à mes cours. Hier, on a fait cours- il était tout cela- lundi aussi. [01'45'37] Demain nous serons tout cela. [01'45'39] Les parents d'élèves disent aux enfants: il faut aller en cours même si tes copains n'y vont pas. Donc, en fait, assez justement parce que je ne suis plus seul qu'un jeu, que je ne souffre plus absolument, et comme je vous le disais de manière brève tout à l'heure, le fait de ne plus être seul m'oblige aussi à une forme de réussite à aider. C'était explicité dans les commentaires d'une passé tout à l'heure, excusez-moi. [01'45'59] Commentaire auquel je réponds. Pas le fait de muscler, mais mais en effet, j'ai une sorte d'obligation de résultat qui est très désagréable parce que nous, en tant qu'enseignants, on n'a pas d'obligation de résultat. Je pense que c'est une bonne chose, dans l'absolu même. [01'46'10] Cette obligation là me sort de ma zone de confort autant que nous sortons les élèves de leur zone de confort et que nous sortons les parents aussi de leur zone de confort, parce que, avec des, des consignes ou des informations qui sont précises et claires, [01'46'23] Nous mettons un petit peu la pression aussi sur les parents d'élèves qui, parfois, ayant plein de choses à gérer, [01'46'28] Ils ne veulent pas forcément jouer complètement le rôle que nous nommerons. Qui joue. Donc, l'idée est de se sortir collectivement de la zone de confort. [01'46'35] Et ici, encore une fois, la ville arrête avec mon auto promo. S'il y a des déchets, pas s'il y a des enseignants parmi les professeurs, forcément. Il y a quelques-uns qui sont morts, il fait donc. Il y en a qui sont intéressés, mêlant à titre enseignant. Écrivez-moi avec plaisir. J'ai écrit mon, mon adresse mail dans le, dans le, dans le dans la chatte. [01'46'54] Jérémy pour enfant teigneux, arobase, assez créteil pour faire. Mais il y a plein de questions auxquelles j'ai pas répondu. Je vous prie de m'excuser. Là, une question qui est qui est revenu à plusieurs reprises et que je n'ai pas posé. Si suspentes, donnons-leur la dernière. Votre conclure. Comment faites-vous avec les familles qui ont des difficultés avec le français, pour le comprendre, lui parler la langue n'est pas. [01'47'14] Un obstacle. [01'47'16] En fait, si vous voulez, dans toutes les langues du monde, huit sur dix, on comprend ce que ça veut dire. Et donc, c'est ça qui est formidable, avec la méthode, pour les collègues qui se lancent. [01'47'25] Et elle casse complètement le fatalisme qui est très répandu à la fois chez les élèves, chez les parents aussi. [01'47'32] Puis chez nous en tant qu'enseignant. [01'47'34] Parce que quand les élèves se mettent à produire des efforts considérables et à faire des progrès considérables, [01'47'40] Ça change complètement notre vision de ce qui est possible, de ce qui est impossible ou de ce qui relève de difficultés ou d'obstacles. La langue n'est absolument pas un obstacle. Donc, il arrive chez les parents tamouls en particulier, des parents chinois ou des parents turcs. Eux, c'est les les communautés où y a le un peu moins francophones que dans les communautés. [01'48'00] Slave maghrébines, ou d'origine maghrébine ou d'origine d'afrique noire, qui maîtrisent bien plus la langue française. [01'48'09] Et qui sont parfois en france depuis plus d'une génération. Donc, lorsque les parents maîtrisent peu la langue, on on on demande à parler au grand frère, grande sœur ou petit frère ou cousin, aux collègues voisins, on se débrouille. Mais une fois que les parents ont compris que nous étions des profs gentils, [01'48'29] Il nous aime bien et du coup, il parle de nous à leurs enfants. Du coup les enfants font plus d'efforts et derrière, le cercle vertueux s'enclenche. [01'48'37] Merci beaucoup pour cette intervention, jérémy. On en arrive là. Le mail intimidante tchat stéphanie c, vous pouvez le le retrouver. [01'48'46] On combat le republier, si besoin était. En tout cas, merci beaucoup. On arrive au terme de ce webinar colloque. [01'48'52] Quittez donc moi, mon lieu centré sur les relations. [01'48'56] Parents, école, et on y ajouter dès l'introduction: [01'49'00] Qu'est-ce que j'ai pu faire? et puis, avec ce propos, monsieur duc, et le vôtre, la relation. [01'49'05] École, parents et enfants, puisqu'on voit bien que on est là sur un équilibre de deux à trois pieds qui qu'il faut construire. Vous êtes une méthode. Vous avez propose une méthode plus pratique pour l'alimenter et l'alimenter au quotidien, la rendre la plus nourrissante possible, et non que les bouses interventions avec monsieur le duc se sont parfaitement complétées. [01'49'25] Effectivement pas parents démissionnaires, mais souvent des parents désemparés. Nous rentrons, je n'arrive à leur donner les outils. A, effectivement, ils s'en emparent, ils arrivent, vous en êtes. [01'49'35] L'un des témoignages vivants, la capacité investir les des portes qui s'ouvrent et avec eux également, tout le travail que nous pouvons faire en tant que fédération parents d'élèves, via les conseillers locaux dans les établissements, et vous l'avez rappelé. Merci, elle est extrêmement utile. [01'49'51] L'importance de nourrir cette relation aujourd'hui, puisque dans le rapport à la formation et l'évaluation, on prépare aussi le la capacité pour les personnes en situation de travail d'une formation continue par la suite sur moi, ni à accepter ou à refuser ce dispositif de formation continue de reconversion, puisque ils ruinent timothy. [01'50'10] Richesse. J'étais parfaitement. [01'50'13] D'illustration. Si les métiers de demain n'existent pas encore pour nombre d'entre eux, dont il faudra effectivement que nous soyons et que nos enfants sont particulièrement en capacité de s'adapter à cette nouvelle donne du métier qui évolue, qui équivalent et évoluer. [01'50'28] L'importance également du projet d'établissement dont on ne cesse de dire qu'elle est au coeur. [01'50'33] De la réflexion et d'animation de la communauté éducative au sens large, mais dont on voit bien les difficultés que l'on a à faire vivre. Ou aujourd'hui, le une épice de denis par jean-louis leduc, est travailler en tant que fédération parents d'élèves sur les moments charnières clés de la scolarité, au niveau de la sixième niveau, plutôt de l'entrée au lycée. Quand vit-on la carapace? [01'50'53] Cité pour les fédérations et les parents d'élèves à nouer. [01'50'56] Des liens particuliers sur ces moments-clés communes, comme parcoursup d'ailleurs, mais bon, même si t'arrives en fin de parcours, les soins à donner les clés de compréhension, et donc, tony, des liens y a à rendre, fécond ces sites, chimie, ces temps d'échanges et donc de contact entre l'école, les enfants, tir y puis les parents, et [01'51'17] Voilà où on a noté tous ces éléments-là pour vous, diront aussi, est désigné comme tenu par aucun devoir de réserve, vous dire toutes les inquiétudes qu'on a sur la rentrée. Deux mille vingt trois, puisque, pour pouvoir accomplir tous ces, tous ces liens, tous ces temps d'échanges, dans toute cette animation d'une relation étroite, parents, enfants, écoles- [01'51'38] Il faut des enseignants présents, il faut des adultes investis et en capacité thermicien dans les établissements. [01'51'44] On va vous publier dans quelques instants, si vous n'avez pas encore signé, une pétition pour protéger l'école publique qui réunit dans elijah plus de soixante-dix mille signatures. On attend un mois. Un mois et demi plus tard a un très beau score pour, pour notre fédération. Et on ne compte pas s'en arrêter là, bien au contraire. On estime, on espère pouvoir. [01'52'04] Pour toucher les cent dix mille et aller au sénat ou à l'assemblée avec cette pétition. [01'52'10] Aidez-nous, et aidez-nous, pardon à à, à, à rendre publique, à diffuser le plus largement possible autour de vous cette pétition, parce que, avec la suppression de mille cinq cents postes à la rentrée prochaine, ça pose des questions très claires sur la capacité à avoir des adultes face aux élèves, dans de bonnes conditions de scolarité, faire parler du climat scolaire, parler du bien-être à l'école. [01'52'30] Paul parler. [01'52'31] De la capacité à être bien lancé dans sa scolarité. Ça touchait évidemment en premier lieu la question du moyen y a, de l'ambition qu'on l'on a pour l'école et pour ses enseignants, pour ses enfants et pour ses parents. Donc, n'hésitez pas, s'il vous plait, à diffuser cette pétition le plus largement possible. On a besoin de vous. [01'52'48] En tout cas, merci beaucoup pour la qualité des échanges avec nos deux intervenants ce soir là, la multitude des questions qu'on a essayé de relayer le plus largement possible. [01'52'58] Auprès de jean-louis duc et de jérémy fontana, eux. [01'53'03] Bien sûr ce webinaire et il sera visible dans quelques jours sur notre site internet comme la première partie. [01'53'09] On vous donne rendez-vous bientôt. Et la question du climat scolaire. [01'53'13] On va continuer à travailler avec si peu, puisque c'est le thème central de notre congrès de vierzon, qui se déroulera mi-juin. Donc, on va continuer de creuser ce sillon, notamment avec l'académie d'orléans qui a proposé un certain nombre d'outils très concrets et qui a beaucoup travaillé sur cette notion de climat scolaire et qui va même conduire à une généralisation. [01'53'33] Tion d'outils et de dispositifs. Mais ça, on en parlera au congrès de vierzon. [01'53'37] Qui nous accueillera. En tout cas, merci beaucoup. [01'53'40] On ne lâche pas ce qu'on fait, parce qu'on voit bien qu'aujourd'hui, dans le contexte de crises multiples que vivent nos enfants et que l'on vit nous-mêmes la question, l'école centrale, c'est un projet de société et donc on va continuer à s'y investir. Merci beaucoup, en tout cas, pour le les interventions des uns et des autres. On vous dit à très bientôt. Et puis, n'hésitez pas à nous alimenter. [01'54'00] Faire part de vos questionnements pour qu'on puisse s'en faire l'écho et continuer à faire des propositions concrètes pour améliorer la scolarisation des enfants et des adolescents et, surtout, à promouvoir et à défendre l'école publique. Merci beaucoup et à bientôt. [01'54'18] Oh.

    1. [00'00'03] Clive, si peu nationale, organise des webinaire de plus en plus, ce qui est une bonne chose. On est désolé, on est un petit peu en retard, ce qu'on avait quelques soucis techniques, mais tout va bien, donc on va. On va donc passer une bonne soirée sur ce sujet très important et à. [00'00'20] Avec des solutions, avec des intervenants, des experts sur la question, et je suis donc accompagné, donc, moi-même, je suis carla d'hugo, coprésidente de la fcb nationale, et je suis accompagné en plateau avec carol to be, or, donc secrétaire générale adjointe. [00'00'36] Ainsi que najat belkacem, co-présidente de la f, c, p e nationale. Je laisserai ensuite najat et carole vous expliquer un peu comment cette soirée va se passer. Alors, moi, j'ai juste un dernier, enfin une dernière chose à vous dire. Donc, n'hésitez pas, puisque c'est un webinaire, donc, vous avez au niveau de votre écran, en bas au milieu. [00'00'56] Une petite bulle qui s'appelle q et r. Donc, ces questions et réponses, n'hésitez pas à poser vos questions sur cet espace là. On vous répondra donc dans le cadre de ce webinaire. Voilà, je ne veux pas. Je veux pas être plus longue puisqu'on a perdu un petit peu de temps. Début, très bonne soirée et merci à toutes et à tous dont je donne la parole à carreaux. [00'01'16] Hollande. [00'01'19] Bonsoir à tous et à toutes. [00'01'21] Je vous remercie de votre présence. [00'01'24] Aussi nombreuses qu'on saurait être binaires de ce soir. C'est vrai que la prostitution des mineurs est un phénomène complexe qui prend des formes multiples. [00'01'33] Touche deux, qui touche tous les milieux et tous les territoires. [00'01'38] Géographique, malheureusement. [00'01'42] Merci, carla. C'est un phénomène difficile à quantifier précisément, mais qui, selon de nombreuses sources, est en expansion. [00'01'52] On évoque même soixante pour cent d'eau entre sept mille dix mille adolescents qui seraient concernés, et malheureusement encore majoritairement des filles. [00'02'02] Oui, faire face. Un plan de lutte gouvernemental a été lancé en automne dernier. [00'02'08] Et est doté de quatorze millions d'euros et d'une campagne sensibilise, sensibilisation qui vient de débuter. [00'02'15] C'est un plan de lutte entre deux, quatre volets principaux pour sensibiliser, repérer, protéger et réprimer. Il y a quatre pays, a treize actions qui s'appuient sur un rapport très complet. [00'02'30] Auquel ont participé plusieurs de nos intervenants de ce soir. [00'02'34] Face à l'ampleur que prend le phénomène et au désarroi des parents concernés, la fcb a souhaité s'emparer de ce sujet qu'elle n'avait encore jamais traité. [00'02'44] Najat, je te laisse continue. [00'02'47] Merci, carole, merci. [00'02'49] Donc j'ai de la scène. Je suis co-présidente de l'epci. Peut est en effet carole. [00'02'54] Poser le constat. Aujourd'hui, nous, en tant que parents, on se pose énormément de questions. On se pose des questions sur les signaux notamment. [00'03'04] Qui devrait nous alerter. On se pose des questions sur comment identifier aussi le comportement, de comportement à risque de nos enfants. [00'03'12] Est-ce qu'il existe des dénominateurs communs aux enfants victimes de prostitution? [00'03'18] Et lorsque son enfant est concerné, à qui s'adresser? [00'03'23] Qui alerté et comment être accompagné. [00'03'25] Comment accompagner également les mineurs concernés vers la sortie de la prostitution. Toutes ces questions-là que nous, parents, nous nous posons, nous avons voulu les poser ce soir comme un cadre pour pouvoir agir. [00'03'38] Dans la grande difficulté pour agir. C'est la multitude de formes que revêt la prostitution et on le sait bien, la prostitution [00'03'47] N'est pas une prostitution comme elle était, elle a pu être avant. Elle prend de nouvelles formes, notamment par la cyber prostitution aujourd'hui, qui [00'03'56] Fin qui émerge aussi via les réseaux sociaux et qui est un fléau, en fait, pour la jeunesse. [00'04'04] La prostitution en ligne, qui prend des caractères quelquefois aussi pornographiques, en ligne donc, et qui revêt ce caractère aussi. [00'04'14] Très, très facile d'accès pour nos enfants et très compliqué à identifier aussi. [00'04'19] Toutes ces questions-là, il va falloir qu'on se on se les pose, ce soit pour pouvoir agir. [00'04'24] Alors une autre difficulté aussi, qui réside dans le fait que, souvent, les jeunes mineurs prostitués ne soient pas comme des victimes. [00'04'32] Ils ont souvent le sentiment trompeur de maîtriser la situation. D'ailleurs, c'est- on reviendra là-dessus- par rapport à la campagne nationale qui a été lancée. [00'04'40] Qui s'appelle je gère. [00'04'43] Par le gouvernement et que on aura l'occasion, dont on aura l'occasion de reparler durant ce webinaire. Alors, bien évidemment, nos enfants, souvent, n'ont pas conscience du danger et lorsqu'il se retrouve pris dans cette spirale, il est souvent trop tard. [00'04'59] Et malheureusement. [00'05'01] Souvent, on a du mal à les sortir de ceux de cette spirale infernale. [00'05'07] Alors on peut pas parler aujourd'hui. [00'05'10] Deux, deux la prostitution, sans parler de cette culpabilité des parents qui souvent va avec ce phénomène, parce que quelquefois on se sent bien seul et voir même quelquefois l'institution nous rend coupable de cette situation. [00'05'25] Nous identifie comme, ou identifient en tout cas, le cadre familial comme un terreau fertile pour cette, pour ce phénomène. Et il n'en est absolument rien. On va le voir tout au long du webinaire avec nos intervenants qui vont pouvoir nous expliquer que ce phénomène ne touche pas une catégorie socio-professionnelle de famille ou de deux parents ou [00'05'45] Deux d'enfants, mais bel et bien n'importe qui, à n'importe quel moment, et c'est pour ça qu'il faut qu'on reste vigilants, nous parents. [00'05'53] Alors la culpabilité aussi pour pour nos enfants, quand ils sont touchés par ce phénomène. Le regard de la société vis-à-vis de ce deux, de cette situation qui est difficile aussi, apporté autant pour les mineurs que pour les ont eu les parents. [00'06'07] Qui est très, très compliqué et qui quelquefois laisse des séquelles. [00'06'10] Qu'on a du mal à surmonter. [00'06'13] Alors, il faut garder quand même à l'esprit que la lutte contre la prostitution des mineurs, elle s'inscrit dans une problématique beaucoup plus large que simplement la prostitution des mineurs. Elle s'inscrit dans une, dans une catégorie que l'on qualifie de protection de l'enfance, parce que on oublie souvent, mais les jeunes qui se prostituent, même s'ils sont [00'06'32] Sont à l'aube de leurs dix, huit ans, restent des mineurs et restent donc des enfants. Et ces enfants, il faut les protéger. [00'06'41] Alors c'est bien d'enfants dont il s'agit et aux risques. [00'06'45] Quelquefois de l'oublier, en fait au prétexte que certains de ces adolescents sont justement à l'aube de leur majorité. [00'06'53] Et c'est pour ça que nous avons, nous avons souhaité. [00'06'58] Prendre ce problème à bras le corps. [00'07'00] Parce que nous pensons que la réponse doit être globale. [00'07'03] Elle doit être globale de la part des associations, comme nous, mais elle doit être aussi globale de la part des institutions. [00'07'10] Et toujours, toujours en lien avec les familles. [00'07'15] Donc, pour ce faire, nous vous proposons, en introduction de ce webinaire, de visionner un petit court-métrage, justement. [00'07'23] Qui a été fait par une association. [00'07'25] Et qui donc, euh, reflète faim, relate en tout cas le témoignage de plusieurs de deux mamans et deux, et d'intervenants dans le champ de la protection de l'enfance et qui va pouvoir nous, nous éclairer, en tout cas nous donner au moins un premier cadre pour pouvoir lancer notre débat. [00'07'43] Donc, je laisse la vidéo se lancer et on se retrouve après la vidéo. Merci à tous. [00'08'32] Ma fille avait seize ans quand j'ai découvert le se prostituer. Ma fille- [00'08'36] Elle avait quatorze ans. Je ne pensais pas que ça existait, ce n'était pas possible. On ne pourrait pas prendre des jeunes filles comme ça, les mettre sur le trottoir. Ça n'existait pas pour moi, pas ici en france. Existait ailleurs. [00'08'45] Non, pas ici, ce n'était pas possible. Je ne savais même pas que des enfants vont être dans cette situation. Pense plus: prostitution. [00'08'54] Des mineurs en thaïlande d'ailleurs, y trouve plus de mal à l'imaginer. [00'08'59] À côté de chez nous. On a du mal à imaginer. [00'09'02] Une banalisation. Aucune jeune fille pour dix, vingt euros fasse une fellation comme si [00'09'09] Comme si acheter une clope, comme si elle donnait un moment de l'effet, ont commencé au lycée. Elle a commencé à rentrer très tard. Elles se rendent à des soirées. Elle me dit qu'elle va chez une copine passer une soirée. Elle reçoit un appel et elle se prépare ça tous les jours comme ça avant la rentrée. Mais maintenant, ça, c'est bon. Moi, j'ai pas eu le rôle des éducateurs, alors déjà, et les deux. [00'09'29] De soutenir les, les familles, il est également de soutenir ces jeunes filles quoi qu'il arrive. [00'09'36] C'est-à-dire que il va y avoir plein de va-et-vient. Ça peut fatiguer aussi le professionnel, les va-et-vient, parce qu'on se dit: bah, finalement, ça sert à rien ce que je dis et ce que je fais. [00'09'44] Elle a commencé quelque chose qu'elle a pas fini. [00'09'47] J'ai passé des heures à parler avec elle et elle recommence. [00'09'50] Penser d'être tout le temps là. En fait, je vois quelque chose de très fort. [00'09'54] Sur comment établir un lien. [00'09'58] Entre un éducateur et un jeune. [00'10'02] Qui va permettre que le jeune ne se sent pas jugé? [00'10'07] Sur les actes qu'il peut commettre, dont il ne comprend peut-être pas forcément le sens. La première éducatrice m'avait carrément dit d'arrêter de regarder les experts schreiber. Ce n'était pas possible. Ma fille rentre de plus en plus tard. Quand je le lui reprocha d'une amie, tu n'es pas rentrée, elle me répondait: bah écoute, tu as entendu. Le centre social, pour lâcher du lest, ne m'a pas cru jusqu'au fameux jour où ma fille a déclaré qu'en effet, elle était prostituée. Certes, [00'10'27] Un processus professionnel, ont du mal à reconnaître que ça existe. [00'10'32] Que c'est très gras. [00'10'34] Hé. [00'10'37] Et que c'est pas des choses à prendre à la légère, il faut s'en occuper. Ça, c'est rare qu'on se soit aperçu de ce phénomène. Pour nous, les accompagnons souvent ça après coup. [00'10'48] Donc les, les clandestins c'est? je pense que non. [00'10'53] Ça participe justement, nous, peut-être, de ce sentiment, d'une, d'une absence de déconsidération. Y a aussi, je pense, un manque d'information. [00'11'01] Et un manque de formation chez certains professionnels pour aborder le sujet, l'orienter chez les professionnels, ce qui pourrait peut-être répondre à cette problématique. [00'11'12] Alors, j'ai été faire beaucoup de déclarations pour fugueurs au commissariat- la brigade des mineurs déjà, ils me voyaient souvent. Ils savaient pour la plupart que ma fille était dans la prostitution, qu'elle était mineure. Dans mon quartier, tous les commissariats de police me commet jusqu'à médicament et boum code fidélité. Je n'avais même pas encore franchi la porte du commissaire. [00'11'32] Aria que la personne me reconnaissant me disait: ça y est, elle est repartie, mais vous n'arrivez pas à la gérer, madame, vous n'arrivez pas à la tenir. [00'11'39] Moi, j'aurais bien aimé que ces gens-là, ils me disent comment tenir ma fille lorsqu'on doit se lever pour aller travailler le matin. C'est vrai que moi, je l'ai souvent entendu dans le cadre de mes audiences- fait des parents qui s'ennuient parce qu'on leur dit: mais y'a trop de déclarations dessus. [00'11'51] Finalement, même les adultes au commissariat se sentent impuissants, puisque ils ont l'impression uniquement de noter. [00'11'59] L'existence de ces fugues, mais, en même temps, c'est le seul moyen de savoir, d'une part, que l'enfant [00'12'04] Il est en vie. [00'12'05] On a des nouvelles et parfois, selon le degré de description des fugues, il peut y avoir des éléments intéressants et importants. Alors, cet agent, regardez ce messe. Il m'a dit: mais madame, votre fille se prostituent volontairement. Je vois rien ici qui dit qu'elle est forcée. [00'12'22] On peut rien faire. Non, elle ne va pas volontairement. Je connais aucune petite fille. [00'12'27] Belle prostituée. Ce n'était pas résigné. [00'12'30] Forcer, contraindre sous influence. Probablement en aucun cas on ne prend en considération que sont des enfants. [00'12'36] C'est-à-dire que on ne peut rien faire. Elle est d'accord avec ça. Un mineur qui se prostitue est avant tout un mineur victime, qui doit être protégé. Il est vrai que on parle souvent de majorité sexuelles avec des mineurs. Or, c'est une notion qui, juridiquement, n'existe pas. Le système pénalise le recours. [00'12'56] La prostitution, fils d'une victime peuvent être coupables. Les coupables, ce sont ces individus. Lac pour fuir, justement, de jeune fille un peu naïve. Elle n'a qu'à déclarer elle-même. Elle a déclaré être en danger. [00'13'07] Menacé. On avait menacé sa famille. Minibar. Y a des gens qui sont derrière nous. [00'13'13] Ici, on ne sait pas, ils vont nous tuer ou tuer ma famille. J'aurais pu avoir des informations. Non, on m'a rien demandé du tout. Moi, mon enquête, je l'ai fait toute seule. Ça m'a brisé le cœur, j'ai très mal, mais je l'ai fait toute seule. Qu'effectivement la maman le dit clairement: sa fille est en danger. [00'13'32] Et à ce titre-là, effectivement, un mineur ont donc cher, relève du du champ de la protection de l'enfance et donc du champ de l'assistance éducative du juge des enfants. Le juge des enfants, il n'est pas là pour chercher un coupable, surtout en matière de protection de l'enfance. Donc, il est plutôt là pour encourager les parents, pour les rassurer par rapport à ce qu'il se passe. Mais les rires. [00'13'52] Investir dans leur fonction parentale. [00'13'54] Le juge des enfants. [00'13'56] Il est là pour prendre une décision dans l'intérêt de l'enfant, tout en respectant l'autorité des parents. Déjà, c'est fondamental, parce qu'on ne pourra jamais faire sans, mais pas. Notre prochain rendez-vous, c'est le mois de décembre, avec le juge pour enfants qui devait décider ce qu'il allait faire de ma fille, quelle solution elle allait pouvoir m'apporter. Donc, j'attendais beaucoup de ce rendez-vous et ça s'est plutôt mal passé. En fait, on dit: elle est trop vieille, maintenant, on peut plus rien faire. [00'14'16] Donc, on n'a rien fait pendant un an et demi et ensuite, quand j'ai été les voir en peinture, [00'14'21] Stop, c'est trop tard. Allemands, les pratiquants maintenant. [00'14'26] Je pense que ça, c'est des positionnements personnels qui relèvent de la responsabilité de chacun des juges. Moi, je considère que jusqu'à la veille de la majorité, je dois être présente, donc, c'est pas quelque chose qui va me freiner. Le problème lié à l'atteinte de la majorité civile- donc, elle arrivait à l'âge de dix, huit ans- c'est que le juge des enfants n'est plus compétent. Pareil, nous allons. [00'14'45] Antoine, disait-on, ans et dix. Oui, moi, le juge des enfants, c'est que à dix, huit ans et devra clôturer le dossier d'assistance éducative. Et qui sera plus compétent? elle a bientôt dix, huit ans et les a pas encore. Donc elle peut encore être protégé. [00'14'59] Peut être protégée. Même si c'est un mois avant majorité, elle peut être protégée, une mesure peut être prise. Les délais d'intervention peuvent être quand même très long, c'est-à-dire qu'on peut se retrouver avec des délais de mise en œuvre des mesures qui sont [00'15'17] De trois à six mois, voire un an. [00'15'19] Donc, c'est vrai que quand on est dans une situation où une jeune fille est là seize, dix, sept ans, [00'15'26] Le temps, des choses se mettent en place parce que c'est faute de moyens. [00'15'31] Ça peut être complexe. [00'15'34] Et ça ralentit l'intervention. [00'15'37] C'est un premier point. Le deuxième point: il faut savoir que le juge des enfants, il intervient en dessous de dix, huit ans, mais il peut permettre aussi. [00'15'44] Qu'il y ait des, des mesures qui aillent au-delà, dans le cas de la protection de l'enfance, qu'on peut aller jusqu'à vingt et un ans. En tout cas, c'était vrai il y a encore pas si longtemps que ça, mais qu'aujourd'hui ça devient, ça devient difficile, parce que l'aide sociale à l'enfance a de moins en moins de moyens. Donc, du coup, pour pouvoir effectuer un accompagnement au-delà de la majorité. [00'16'02] C'est extrêmement rare. Pendant c'est un an et demi, je vais frapper à ta porte, mais je pense que la plupart du temps n'ait pas été entendu. Malheureusement, il y a pas que deux mamans dans ce genre de cave. [00'16'14] Y en a tout un tas. J'ai eu l'impression que tu es un peu l'autruche quand tu étais un sujet tabou. Fallait pas en parler, fallait pas que ça se sache que si ces brutes pour moi, ces gens-là, ils n'ont voulu rien faire. [00'16'26] Et non, ils n'ont pas cherché à m'aider. On pas cherché à aider ma fille. Tant que cette pratique ne sera pas reconnue en tant que telle, [00'16'34] Ne sera pas traitée. [00'16'36] En tout cas, n'essaiera pas de la traiter. Moi, je ne peux que regretter et constater que y a très peu de coopération et de préparation en amont, dans la mesure où tout le monde est surchargé en quantité de travail. [00'16'47] Avec peu de moyens. Ils ont du goût. C'est ce qui fait que la coopération [00'16'52] Elle se fait non pas dans le cadre, moi, je trouve institutionnel, mais c'est de relations de personne à personne, et tu faut que ça devienne du coup. Ça marche comme ça. Il faut vraiment qu'une volonté, cette volonté, notre volonté politique, c'est une volonté aussi des acteurs de terreau. [00'17'07] Un shooting d'union sacrée, c'est-à-dire clair sur les droits des enfants, pour lequel il faut le dire non-stop. [00'18'06] Nous venons de voir ce film sur la prostitution des enfants. Les murs parlent. [00'18'11] Ca a été réalisé par l'association agir contre la prostitution des enfants. [00'18'16] Et maintenant, nous allons accueillir mme bérengère aux alertes, qui est la déléguée générale de l'aspect pas. [00'18'23] Euh, qui va nous dresser un état des lieux de ce phénomène et nous parlera des actions mises en place dans cet axe. [00'18'30] Cette association. [00'18'32] Mme bérengère bodin. [00'18'37] Bonjour. [00'18'38] Bonjour, je ne sais pas signé. Je ne sais pas si vous me voyez, si c'est bon. [00'18'43] Oui, vous voyez, on vous entend très bien. Bienvenue à vous. Euh qu'ici faire. [00'18'47] Alors, merci, merci de m'accueillir. Donc, oui, c'est notre association, la sybille qui a, qui a produit ce film, mais j'ai un peu de satisfaction l'envoyant. Il a été produit à cinq, six ans et je trouve quand même que quelqu'un ça un petit peu changé. Il y a des choses qui ont changé. En particulier, c'est vrai qu'à l'époque, il y avait un déni très, très, très profond. [00'19'06] Et que aujourd'hui, le sujet a quand même émergé quand on dit: il faut qu'il y ait une volonté. [00'19'11] Faut que ça devienne une cause. Crois que c'est le cas depuis quelques mois, et donc on est très heureux parce que les choses vont bouger. [00'19'16] Alors, nous, notre association agir contre la prostitution des enfants, c'est une association qui existe depuis mille neuf cent quatre vingt six. Nous sommes uniquement concentrés sur la prostitution des enfants depuis le début, sachant qu'à l'époque, il y a trente, cinq ans, si on parlait de la prostitution enfantine, [00'19'35] Kidd et des de la prostitution qui était consommé. [00'19'40] En asie, on parlait du tourisme sexuel. [00'19'43] Depuis quelques années. [00'19'44] Huit, dix ans, on s'est recentré sur la prostitution des enfants en france, d'abord parce que d'autres associations, plus larges, puis internationales, ont récupéré la question du tourisme sexuel, qui était quand même plus facile pour nous, et que, dans le même mouvement, [00'19'58] La prostitution française a émergé de façon assez nette. Alors pour nous, [00'20'04] Du mal à apparaître au grand public, mais je crois que maintenant, aujourd'hui, tout le monde est bien conscient de la difficulté. Alors, d'abord, je brosse un tout petit tableau rapide de la prostitution des mineurs. [00'20'17] Sachant que najat belkacem a déjà bien planté le tableau, je trouve que les le la problématique était quand même tout à fait posée dans les termes que j'aurais que j'aurais pu donner aussi. [00'20'32] C'est un phénomène qui est difficile à chiffrer, très difficile à chiffrer parce que il a beaucoup de visages différents, dont certains disent que c'est de la position. Est-ce que c'est pas de la prostitution? je vais vous en dire un petit mot. [00'20'45] Je vous donne déjà les chiffres. Alors, les chiffres que vous avez relayé tout à l'heure sont les nôtres, que relaye aussi le gouvernement. Mais depuis trois, quatre mois, on a des nouveaux chiffres, donc a priori. Donc, on a un chercheur. [00'20'57] Qui a travaillé sur la prostitution des mineurs et qui évalue, au sein, rien qu'au sein de l'aide sociale à l'enfance, un quinze mille jeunes en six ans victimes de prostitution. [00'21'06] Donc, ça veut dire que, dans la population générale, vingt, trente mille, largement certainement. [00'21'11] Donc, c'est un phénomène qui a pris une ampleur époustouflante. [00'21'18] Qu'est-ce qu'on appelle la prostitution? je ne vais pas rentrer dans les détails. [00'21'22] Pour la loi, donc la protection des enfants est interdite. [00'21'25] Ou écrite dans le texte: depuis deux mille deux. [00'21'28] Et comme on disait dans le film, les enfants, c'est-à-dire les mots, les jeunes de moins de dix, huit ans victime de prostitution, relève de la protection de l'enfance. [00'21'37] Du juge des enfants. [00'21'40] Qu'est-ce qui relève vraiment de la prostitution? est-ce que quand ce dont on parle beaucoup, les fellations pratiquée dans les toilettes contre un macdo, contre un paquet de clopes, est-ce que c'est de la prostitution? [00'21'49] Les cam girls, les filles qui se masturbent en direct et qui reçoit devant leur leurs caméras- et reçus, reçoivent des pourboires en ligne. Est-ce que c'est de la prostitution? alors, pour la loi, il faut créer un contact physique dont, pour l'instant, les camgirls ne relèvent pas de la prostitution, même si, dans beaucoup de visages. [00'22'07] Voilà, il faut que. [00'22'09] Faut qu'il aient un contact physique, mais les choses sont en train de changer. [00'22'13] Alors. [00'22'15] Très rapidement, parce que je trouve que c'est intéressant de vous parler de vous, parents- vous êtes nombreux à des parents- est une association de parents. Il faudrait pour vous centrer. Mais comme on m'a demandé de faire un rapide exposé, je lui donne, je vous donne quelques mots, c'est que [00'22'27] Ces jeunes victimes de prostitution. [00'22'30] Elles ont des profils. [00'22'32] Assez varié. Le profil social est très varié. On peut trouver: [00'22'36] Des jeunes en situation de prostitution dans dans toutes sortes de. [00'22'41] Toutes sortes de milieux de culture d'origine. [00'22'46] Il y a quelque chose qu'elles ont dit: elle, parce que le féminin l'emporte dans le sens où, a priori, il y a beaucoup plus de femmes, de jeunes filles, de jeunes filles même si les garçons existent, mais un très grand tabou dans la prostitution des garçons, puisque les clients sont des hommes, les garçons victimes de prostitution. [00'23'02] Sont dans la prostitution homosexuelle, même si eux-mêmes ne sont pas forcément homosexuels, et donc il y a un tabou supplémentaires, et donc on a beaucoup, beaucoup de mal à connaître. Les chiffres des garçons, c'est encore pire. [00'23'14] Donc je j'utilise le féminin en estimant quand même une large mérité. Majorité sont des et son défi. [00'23'20] Dans la plupart des situations, ces jeunes filles ont vécu des événements traumatiques, des événements difficiles. [00'23'28] Et beaucoup. Vous savez, on parle de psycho trauma, ça, et beaucoup des viols, des violences sexuelles intrafamiliales, des, on a des harcèlements scolaire un peu dur, et donc on retrouve dans le, dans l'histoire de ces jeunes filles, souvent des difficultés majeures. C'est aussi pour ça, certainement, qu'on rencontre en grand nombre [00'23'47] Dans les foyers de l'aide sociale à l'enfance, c'est que souvent, ils ont vécu des choses suffisamment difficiles en famille pour avoir été confié justement à autrui. [00'23'55] Donc voilà, on voit aussi un dans leur profil. Il y a quelque chose qu'il faut quand même souligner très fort, c'est un refus de se reconnaître comme victime. [00'24'06] Alors l'âge. Je prendrai un petit temps parce que je sais que vous êtes. [00'24'11] Il y a d'autres associations qui interviennent sur ce, sur ce sujet-là, et là je distingue vraiment de population depuis longtemps. Il y a des goûts, des jeunes filles qui viennent de pays étrangers- jean, nigéria, de roumanie- et qui sont en fait, on peut utiliser par des gros réseau de proxénètes qui viennent les prostituées. [00'24'31] Les deux parfois. [00'24'33] Sûr dans une prostitution assez traditionnelle dans le bois de boulogne, sur le dos, sur le trottoir. [00'24'40] Et qui sont elles-mêmes extrêmement victimes et pas du tout volontaires pour faire cette prostitution. [00'24'49] Leurs problématiques sont très proches de prostitution, de la prostitution des majeurs. C'est des situations vraiment dramatiques, comme toutes les situations de prostitution. Et voilà, alors, nous nous nous occupons très peu de ce profil. Là, nous, dans notre association, on s'occupe des des jeunes filles. Là, l'immense majorité née en france, [00'25'08] Et donc même si elles sont victimes en de nombreux points, [00'25'12] Tout en étant absolument victime, même si elles ne se reconnaissent pas comme tel. Nous ne faisons pas berner. Elles sont victimes, mais elles y vont de façon en général assez volontaires dans des, dans des situations d'emprise, parfois d'addiction de stupéfiants. [00'25'29] De traumatismes, mais elles y vont quand même. Y'a une motivation de leur part pour y aller de façon. Leur consentement est très mal éclairée. Mais évidemment y a y a, et c'est pour ça que c'est très difficile d'intervenir sur ce phénomène, parce qu'elles vont pas venir vers nous en disant: c'est terrible ce qui m'arrive, venez m'aider, je veux m'en sortir à tout prix. Ça va pas être ça, les filles, les ficelles. [00'25'49] Voilà, et il y en a dans les familles. [00'25'52] Et c'est pour ça que je voudrais avoir un, avoir quelques minutes pour vous parler de deux de ce qui se passe peut-être dans les familles, parce que des parents parmi parmi nous- je suis moi-même mère de famille nombreuse, qu'est-ce qui est bien évidemment des signes qui peuvent repérer, des signes de repérage pour voir que qu'un enfant pourrait être dans une cite. [00'26'12] Tu as une prostitution. Mais il y a autre chose sur lequel je voudrais vous alerter spécifiquement: les parents. C'est ce qu'on appelle peut-être le mot n'est pas très juste, mais c'est difficile de trouver un des termes. [00'26'22] Allaitement, adapter les conduites prêt prostitutionnel, c'est-à-dire sont des conduites des [00'26'28] Des comportements, des attitudes des enfants. [00'26'31] Ski, traverse qui, finalement, on s'est rendu compte souvent, malheureusement, pouvait mener ensuite à la prostitution, et ça, je pense que c'est intéressant de l'avoir bien en tête, ça ilya. [00'26'44] En particulier quand les les jeunes [00'26'48] On voit souvent des its peuvent arriver, des images, des news, par exemple, ou des vidéos à caractère sexuel. T'as, souvent, ça peut être une première étape. Parfois, c'est parfois une image de un, une étape de la marchandisation du corps. Parfois, c'est comment ça? on envoyer une photo de ses pieds. Oui, ça commence de façon assez innocence. [00'27'05] Sont prises par des prédateurs qui leur demandent de plus en plus. [00'27'08] Il y a aussi le harcèlement. Il faut s'arrêter un instant sur le harcèlement, parce qu'on se rend compte que beaucoup de jeunes filles, en particulier, sont harcelées. [00'27'15] À la suite, en particulier de jeux, des jeux type action ou vérité, ou le jeu de la bouteille, où on va comme gage leur donner, tu fais une fellation de façon très spontanée. On saurait, on est, on est désemparé à notre génération de voir à quel point ça se fait de façon spontanée. [00'27'30] Même si c'est toujours un traumatisme pour la jeune fille qui le traverse, évidemment. Et donc, les filles songeuse, les jeunes filles, très innocent, souvent très jeunes, dès le début du collège, peuvent être soumises à ce genre de gage, n'osent pas s'opposer à la pression du groupe. Ensuite, une ou des vidéos sont prises, elles tournent dans le collège. Ensuite, cette [00'27'50] Jeune fille reçoit dépression, subit un harcèlement scolaire. [00'27'55] Un harcèlement dans le cadre de son collège très dur. [00'27'59] Et pour eux, avec eux, dépression de toutes sortes qui va les amener. Mais là, j'ai pas le temps d'en parler, parce que j'ai plusieurs heures pour en parler là, vers quelques minutes, c'est difficile parfois aller vers des conduites de prostitutionnel. Voilà donc, elles sont déjà victimes d'un d'un premier traumatisme, le harcèlement du coussin. C'est un enjeu majeur. [00'28'18] Les signes de repérage via les fugues? fait-il que l on élit des biens de consommation très cher- des chaussures, des sacs? y a une hyper connexion, y'a des décrochages scolaires et des difficultés avec les parents relationnels. Chacun de ces éléments n'est pas significatif, mais mis ensemble, on peut se poser des questions. Voilà, [00'28'35] Je vais très vite. Je voudrais juste faire un petit peu plaidoyer auprès de vous sur [00'28'41] Pourquoi il faut agir au niveau de l'école et en particulier avec les parents, parce que nous, alors nous, dans notre association, a une spécificité, c'est que on veut dans tous les cas associer les parents. On reçoit beaucoup les parents, au téléphone en particulier, mais aussi dans nos locaux, et on travaille avec eux, pas seulement avec les professionnels, mais beaucoup avec les parents. [00'28'59] Il y a- et je pense que chaque membre de des gens à peu près de notre génération doit en avoir conscience- la société a changé sur le plan de la sexualité, la secte. Il y a trois éléments qu'il faut absolument qu'on ait en tête en tant que parents. Un: aujourd'hui, il y a une mise en scène de soi, avec une hyper sexualisation, car il est très, très tôt. Avec un: [00'29'18] Instagram, on se met tout de suite en avant, y compris en mettant ses formes féminines en avant, etc. Et c'est tout à fait dévalorisé, pourrait dire, avec des stéréotypes de genre très fort aussi dans la télé-réalité. On ne veut pas vous faire tout un exposé, mais c'est des éléments. [00'29'34] Avec un culte de l'argent qui, quand même, atteint aujourd'hui des, en partie dans la télévision, est aussi dans l'intérêt les réalités, y a quand même une mise en valeur de l'argent qui qui grandit toujours et il y a un élément majeur, un essor de la pornographie des plus jeunes qui a débuté. J'ai fait une grosse étude là-dessus en deux mille dix neuf. [00'29'53] Débuté en deux mille treize. [00'29'55] Ça correspond à l'équipement de nos ados en smartphone, donc la possibilité de recevoir internet tout seul dans sa chambre, grosso modo. Et donc, la pornographie a pris une ampleur. La moyenne d'âge est de quatorze ans, ça veut dire que tout, tout jeune. [00'30'11] La sexualité à travers des images de pornographie. [00'30'14] Ces images évidemment. [00'30'17] Ce sont des images, construit pas par des marchands, pour des hommes hétéro normé beaucoup plus âgé. Donc, évidemment, la course la sexualité adolescente se construit dans des stéréotypes, qui ne qui n'est pas du tout adapté à leur, à leur profit, et donc [00'30'33] Y aurait beaucoup de choses à dire là-dessus, mais ces trois éléments se font que les jeunes aujourd'hui manquent de repères sur en, particules et dignité du corps. Parce que si on ne leur parle pas, si on dit pas que le corps, c'est un une marchandise différente des autres, [00'30'47] Si. Si ça n'a pas de dignité particulière, je peux le vendre, et ça coûte cher. [00'30'51] Donc voilà. [00'30'53] Ii faut, il est urgent que les parents et l'école, mais en plus les parents, et un contre-discours sur le corps et la sexualité. Voilà, et je vais juste en venir très rapidement aux actions de la sépia. Nous, on fait de la formation partout en france, on fait des campagnes de communication et plaidoyer. [00'31'11] Et on fait beaucoup de procès. Une quarantaine de procès en cours fait beaucoup pour des proxénètes, parce que les clients, pour l'instant, ne sont pas du tout poursuivis, et c'est un vrai sujet. Ce sont comme des des pédocriminels, les clients. Mais je ne sais pas, ça a pas l'air de poser problème et j'aimerais dire que ces sujets émergent et, surtout, on développe un réseau: ados sexo. [00'31'30] On a en seulement huit permanences pour l'instant, mais on est en train de le multiplier énormément partout en france. [00'31'36] Pour que les jeunes en situation de prostitution, leurs parents, les éducateurs et [00'31'42] Et des personnes. [00'31'43] Au bout du fil et qui puissent se les accompagner. [00'31'47] Et allez l'école. On propose plusieurs actions, une double conférence, et là, je vous en parle, vous, en tant que membre de la cité. Nous, on peut proposer des doubles conférences: une conférence pour les parents et les professeurs. [00'31'58] Pour un peu poser un peu le cas de cette sexualité des risques. [00'32'03] Des risques hum. [00'32'05] Des risques de la sexualité, nos sens profond, voyez, je dirai plutôt c'est. [00'32'11] Les réseaux et la place de l'adolescent. Rolala contre les réseaux et la construction de l'adolescent. Quelque chose a donc deux conférences: une pour les adultes et une pour les jeunes. [00'32'20] On fait de l'animation de débats, et puis on fait aussi des, alors des l'animation de débats en classe, en demi classe, et puis des ateliers. Voilà, et, mais je m'arrête là parce que j'ai beaucoup de choses à dire. Et surtout, je pense qu'il y a une urgence absolue à développer la prévention, parce que quand un jeune entre dans la prostitution, n'est bien placé pour le dire, c'est extrêmement long. [00'32'40] Difficile et coûteux lui ont fait leur en faire sortir et hasardeux. [00'32'44] C'est compliqué sortir la prostitution, donc il faut arriver avant. [00'32'48] Et donc j'interpelle l'ensemble des parents disant i il faut arriver dans la prévention avant ce fléau se déploie. [00'32'55] Merci de m'avoir écouté. [00'32'57] Coucou, merci, merci, bérangère alerte. Merci beaucoup. Merci pour votre intervention. Alors, en effet, on va, on va continuer ce tour de table. [00'33'07] Juste, juste avant de laisser la parole, je voudrais juste dire quelques, quelques réactions à votre intervention, parce que ce n'est pas vraiment des questions, donc je préfère, voulez lire maintenant, comme ça on ne perd pas trop le fil. [00'33'21] Donc c'est agnès. [00'33'23] Rouler, qui nous dit- je suis gêné par le terme de volontaire, car si la majeur, la majeur d'entre elles viennent de là, euh, c'est parce qu'elles ont déjà vécu, vécu un trauma. Elles ont l'impression de leur rue de leur rejouer, de le rejouer de façon active, avec le sentiment de la maîtrise, alors qu'elles ont été sous emprise. Donc, le point de vue d'un psychologue serait intéressant. [00'33'44] Cela dit bien faim, c'est bien le manque de tels moyens. Est-ce que ça vous ennuie, pardon? [00'33'51] Qui est-ce que ça vous ennuie? juste, je voudrais intervenir parce que je suis totalement aligné, et d'ailleurs, une partie de mes conférences, c'est sur le psycho trauma et la façon de rejouer la prison. Si quoi trauma dans le, dans la prostitution, de quoi je suis bien aligné. J'espère que vous n'avez pas compris le contraire. Non, non, pas de soucis bérangère, on va. On va justement y revenir. Je voulais juste. [00'34'11] Vous lire la réaction, mais vous pourrez intervenir à la fin de la table ronde. [00'34'15] Laissez nous, nos invités, intervenir tour à tour et ensuite, je veux, bien évidemment, je vous laisserai réagir à toutes les questions et les réactions qu'on a pu avoir pendant le webinaire. Pas de problème, merci en tout cas pour pour cette, cette première intervention. Alors, on continue notre, notre tour de table et nous avons plaisir alors de vraiment. J'insiste parce que [00'34'36] C'est assez, c'est, c'est, c'est assez exceptionnel pour le souligner. [00'34'41] Parce que en fait, [00'34'43] C'est un acteur, c'est un partenaire essentiel dans cette lutte. [00'34'47] Nous accueillons benoît rochon, chef du bureau de l'action sociale et de la santé au ministère de l'éducation nationale, et qui va donc maintenant aborder, et où on va s'intéresser un peu plus spécifiquement à l'aspect éducation, et qui va donc aborder les actions mises en place au sein de l'institution scolaire par le, par le ministère et plus largement. [00'35'08] Merci, monsieur ronchon, nous d'avoir répondu positivement à notre invitation. Nous sommes ravis de vous avoir ce soir parmi nous. Merci encore. [00'35'16] Je vous en prie, je reviendrai, si vous mourez. Avis divergent, entre autres: les allemands préparent mon bureau. [00'35'24] La relation école- famille. [00'35'28] Du jeu. Je pense que je pourrais venir plusieurs fois sans épuiser tous les sujets de conversation. [00'35'35] Au revoir. Alors je reviendrai pas un peu sur la description du phénomène prostitution pour les mineurs. [00'35'43] Je vous dis d'avance, je ne parlerai pas non plus de professionnels de santé d'éducation nationale, puisque j'ai vu qu'on avait une collègue infirmière à qui je ne vais pas voler. [00'35'54] Son intervention est donc juste de me concentrer plutôt sur ce qu'on fait. [00'35'59] Entre les deux. [00'36'02] Alors le intervenantes d'avant avait raison le souligner. C'est un sujet pur émergent. [00'36'11] Notre, qui émerge fortement ces dernières années, surtout ces derniers mois. [00'36'16] À l'education nationale. On se bat excessivement d'engie suis-je arrivé? [00'36'21] Y un an et demi, quand on m'a dit: je suis désolé, je vous raconte ma vie, mais quand aurélie m'a dit: il va falloir vous occuper de prostitution, jauge, bon, d'accord. Il s'avère que mes pense que les deux enseignants n'ont que mon père et ses petits vingt ans dans le, dans la loi. Donc j'ai appelé gibbons. Comment ça se passe, comment tu fais pour repérer ce que la vie scolaire [00'36'41] Quand même un endroit où on voit pas mal de choses, m'a dit: en vingt ans de carrière, j'ai jamais vu un cas de prostitution. Je regardais dessus, je me suis dit: bon bien, un problème, c'est que facebook n'en a pas eu. C'est gênant, et tu ne les as pas vus. [00'36'54] Et c'est là, à mon avis, là le vrai. [00'36'58] Un axe de progression. [00'37'00] Un pont entre un des deux grands axes de progression. [00'37'05] Je vends nous. [00'37'08] Je tiens d'abord à souligner inclus. [00'37'10] Les mineurs sont victimes, n'est-ce pas basque? [00'37'14] Une personne prostituée devient majeur, qu'elle cesse d'être victime. [00'37'18] Je pense que vers l'âge de dix-huit ans n'est pas une frontière en ce qui concerne. En ce qui concerne. [00'37'26] Sous ce sujet-là. [00'37'30] Un rôle. Que fait l'éducation nationale? elle fait trois choses. Elle fait de la prévention primaire, de la prévention secondaire, la prévention tertiaire, donc, elle intervient en amont: un pour limiter le risque de prostitution, a la fois caustique prostituée, mais aussi caustique prostitua. Elle fait de la prévention secondaire. [00'37'49] Du repérage, finalement pas du traitement. Et là, elle fait de la prévention tertiaire ans, malheureusement. [00'37'57] Moins, puisqu'au moins c'est moins son rôle, mais donc avec contribué. [00'38'02] Dans une dynamique de de sortie d'un postiche. [00'38'08] Alors comment on fait pour réduire le risque d'entrer? [00'38'12] Dans la prostitution. Quand vous l'avez dit, c'est pas un phénomène qui épargne certains milieux. [00'38'19] En revanche, on a un certain nombre de fragilités chez les jeunes disposent situé à un, quand bien même on connaît mal le phénomène. [00'38'27] On sait que la capacité du jeune [00'38'30] Ah. [00'38'33] Un protéger son corps, à avoir une bonne estime de soi. [00'38'38] À percevoir les risques d'une situation. [00'38'42] C'est susceptible de le protéger. [00'38'47] De l'inciter à ne pas entrer ou, en tout cas, à voir les dangers d'une situation d'entrée dans la prostitution. [00'38'55] Pour un éventuel consommateur. [00'38'57] Un, y compris dans les témoignages, une voix. [00'39'01] Rajouter. Y a peu d'études, mais a quand même quelques-unes, qui ont été faites par la la. La vie de paris et le département de la seine-saint-denis, notamment, sont assermentés à intéressantes de ce point de vue-là. Y a, des jeunes mineurs se prostituent. [00'39'16] Avec des jeunes prospects net mineurs qui les prostituent et des jeunes clients mineurs. [00'39'24] Et donc, on doit travailler à l'éducation nationale sur l'ensemble de ces aspects. Concrètement, qu'est-ce qu'on a? comme on dit, on a tout ce qu'on fait autour la promotion de la santé et en particulier autour de l'éducation à la sexualité. Je voyais que dans le, le, le tchad, [00'39'42] Avait été un point qu'a été soulevé. [00'39'45] L'éducation à la sexualité. Bien entendu, elle s'intéresse à la santé sexuelle. [00'39'51] Et à la présidence de j s t, mais heureusement pas que on travaille. [00'39'56] Autour des questions à d'égalité de filles-garçons, de lutte contre les violences, de respect d'autrui et, plus généralement, en train de converger. [00'40'07] Différentes stratégies éducatives hors programme, que l'on qualifie d'éducation transversale. [00'40'16] C'est notre travail autour du développement des compétences psychosociales. Ce qu'on voit bien aujourd'hui que le temps des élèves. [00'40'25] Il tend des enseignants aussi est limité dans la semaine, on a beaucoup, beaucoup d'objectifs autour. [00'40'32] Jv, je ne vais citer que ce que je porte dans mon bureau, mais l'éducation à l'alimentation, l'éducation à la sexualité, la promotion de la santé. [00'40'42] La l'éducation à la sécurité routière, le l'éducation au secourisme, la prévention des conduites addictives. [00'40'51] Moi, j'en change, et je n'ai cité qu'une partie des missions que je porte dans mon bureau. Et je ne suis pas le seul à porter des éducations transversales. [00'40'59] Et donc à un moment donné. [00'41'01] Non, on a intérêt à construire une politique qui soit cohérente, avec des synergies entre ces différentes éducations. En se disant qu'un jeune [00'41'11] Nicky a été. [00'41'13] Sensibiliser à se prémunir d'une situation à risque, par exemple autour de la prévention des addictions ou dans le cadre de l'éducation à la sécurité routière. Il sera capable de remobiliser cette compétence dans une autre situation à risques liés à la prostitution, même si on travaille autour du harcèlement- la prévention du harcèlement, à respecter les autres. Qui sera plus? [00'41'34] Enclin à ne pas aller acheter un service sexuel. [00'41'40] Donc, on essaye d'avoir une politique cohérente autour de ça. [00'41'44] Mais ça n'épuise pas le sujet, et on doit construire et on travaille notamment avec le mouvement du nid. [00'41'52] À réfléchir à comment on peut se doter d'outils performants autour de la question de la sensibilisation. [00'42'02] Au risque de nous, aux dangers de la prostitution. [00'42'08] Et moi, j'aimerais vous dire, puisque là où je suis né à avec des parents d'élèves, [00'42'15] Quel peut être votre, votre rôle à vous? [00'42'19] Et moi, je pense que vous avez un rôle à jouer dans cette prévention, à la fois auprès de vous, vos propres enfants. [00'42'26] Deux, de leur parler de cette question-là, de leur parler d'éducation à la sexualité, parce que [00'42'33] Moi, je je suis assez convaincu que c'est le rôle de l'école d'y contribuer. [00'42'39] Mesnil et de l'école n'a pas le monopole de cette, de cette éducation, et ca doit se faire de manière conjointe entre les parents et y. [00'42'52] Entre les parents et l'école. Et à ce titre-là, on a un site. [00'42'56] Fréquenté mais peut-être pas suffisamment, s'appelle la mallette des parents, dans lequel on va très prochainement mettre un peu en ligne de nouvelles pages autour de la question de la prostitution et qui permettront de proposer des ressources pour vous aider à en parler. [00'43'11] Avec, avec vos enfants. Le deuxième et le deux, le deuxième rôle. [00'43'16] Hélas, il est un peu plus délicat. [00'43'19] Je ne juge pas tout à fait sûr que je reste taffer fait dans mon devoir de réserve, mais il y a un enjeu autour de l'éducation à la sexualité entre des parents et entre les parents et l'école. [00'43'32] C'est que si on veut que ce soit efficace, je dois commencer tôt, de manière adaptée à l'âge. Mais on roule, delphine delcourt. [00'43'41] Dcb. [00'43'44] C'est souvent difficile à accepter pour les, pour les parents, et il y a beaucoup d'enseignants qui serait freine, qui n'en parlent pas, qui refusent d'aborder cette question en classe parce qu'ils ont peur de la réaction des parents d'élèves. Or, nous, on cherche à les accompagner et à les aider. [00'44'02] Aider à trouver la manière de présenter les choses qui permettent de recueillir l'adhésion de la communauté des parents d'élèves n'est pas toujours simple, et ce serait sans doute utile qu'une association comme la vôtre [00'44'15] Elle soit un peu plus proactive, y compris pour challenger les équipes éducatives pour qu'elles mettent en place [00'44'23] Dvd: stratégies d'éducation à la sexualité dans les écoles et dans les établissements. [00'44'29] Le deuxième enjeu, j'ai des soucis. Peuvent t-il être sensibilisés? le sont-ils actuellement? art. J'y viendrai. [00'44'35] C'est une très bonne question dont j'ai prévu de parler. [00'44'38] Juste après. [00'44'42] Autour de la question du repérage et l'alerte que pour le coup sur l'éducation à la sexualité. [00'44'49] Tenté de vous dire. Quand on travaille autour du respect du but du corps, par exemple, on travaille aussi bien à la prévention des violences sexuelles, à la prévention de la prostitution qu'à la prévention des violences sexuelles intrafamiliales. [00'45'00] Sur la question du repérage et. [00'45'03] Et de l'alerte. Je parlais de moi, mon père ou moi, ça, ça, ça m'a fait chier. [00'45'07] Quand même quelqu'un d'expérimenté s'il n'a pas vu si peu à ce qu'on lui a pas dit de regarder. Et quoi regarder? une des difficultés, c'est que les dessines sont pas évident à voir. [00'45'19] Mais comme sur les violences sexuelles intrafamiliales par ailleurs. [00'45'23] D'ici ne sont pas habitant à avoir et surtout, les gens sont pas exercé parce qu'on leur a pas dit qu'il fallait regarder. [00'45'30] Et l'autre. La troisième difficulté, c'est que une des princes, un des principaux indices de la prostitution, c'est le décrochage et la déscolarisation. Vous voyez toutes les difficultés qu'a l'école à repérer ce type de. [00'45'44] Ce type de phénomène. [00'45'47] Alors y a quand même un indice, ainsi, le changement brutal de niveau de vie et changement brutal de comportement, avec des comportements très sexualisé. [00'45'57] Mais ça, il faut être capacité en capacité de le voir très rapidement et que ça crée un signal d'alerte au sein de la communauté éducative. [00'46'06] Les enseignants, la vie scolaire. [00'46'08] Un certain nombre de personnels, ressources, dont le le service social et des personnels de santé. Mais si je vous l'ai dit, ce sujet-là, je et je le laisse. [00'46'18] Amas collègues, dont l'un gagne une vraie nécessité de former les personnels. [00'46'24] En mai, si j'ai bonne mémoire. Je ne me souviens plus des cafés, des dates. On a une action, on organise en haleine une, en administration centrale, un plan national de formation des cadres academy. [00'46'36] Sur le mont aaron, dont tous les ans, on a un séminaire. [00'46'41] Autour de l'éducation à la sexualité. Cette année, on le dédie en très grande partie. [00'46'46] A la question des violences sexuelles. [00'46'49] A la question des violences sexuelles sous plusieurs prises, dont on aborde la question des violences sexuelles intrafamiliales, on aborde la question de la prostitution et on aborde la question de l'éducation à la sexualité dans le premier degré, dont vous aurez compris que c'est un levier très important de de la prévention. [00'47'07] Et on s'attend ce c'est généralement ce space que les outils, les ressources, la connaissance qu'on aura transmis à ses cadres académiques ruissellent dans les plans académiques de formation, tout comme ça qu'on a organisé. [00'47'22] Où ces cadres reviennent avec ce mal, le matériau continuera à donner pour organiser eux-mêmes leurs propres séminaires pour les collègues en acadie. [00'47'32] On travaille également avec le mouvement du nid qu'on a financé pour que pour créer un nouveau guide. [00'47'38] Sûr, sur la prostitution. Moi, je me suis questionné à un moment donné si il fallait qu'on en fasse un. Pour être très honnête, j'aurais deux. On aura des difficultés à faire mieux que ce qu'a fait cette association et donc, si vous voulez un panorama assez claire de comment on repère, [00'47'55] Une situation. Moi, je vous invite à relire via le lien sur joujou. Mettrai des liens sur eduscol dans la conversation quand je rattraperai, puisque sinon je vais avoir du mal à continuer. Mais vous pouvez télécharger en ligne. [00'48'07] Ce guide via un lien ou sur sur une sur la page eduscol consacrée à cette question-là. Il est vraiment très bien fait où on les diffuse au sein de notre, notre réseau, notre réseau académique. [00'48'23] Et puis après, on a deux gars aussi à développer une culture du signalement. C'est pas tout de repérer des situations, mais il faut aussi être en capacité de passer le relais à une institution dont c'est le le métier. [00'48'37] Soit la crypte. Mais là, on est quand même sur des situations qui nécessitent de saisir le parquet. Et si j'ai bien vu, [00'48'45] Dans la liste, de vous inviter à un autre collègue du ministère de la justice qui pourra. [00'48'51] Vous en parlez. [00'48'53] Mieux que moi, mais en tout cas on a une maladie. [00'48'57] À un blocage un peu culturel- qui, par ailleurs, est de moins en moins vrai- sur le fait de signaler des situations. [00'49'05] A plus en plus une culture de la du signalement au sein de l'éducation nationale. [00'49'11] Et de passer le relais à une institution qui est capable de faire quelque chose. [00'49'15] Puisqu'en la matière, à part repérer, on est un met un peu du rebelle à alerter, on est un peu démunis en la ou les parents et les élèves peuvent nous accompagner. C'est sur le signalement de. [00'49'30] Deux, deux situations qu'il voit après. On n'a pas une stratégie axée sur la prévention par les pairs. [00'49'37] Dans la mesure où on en tout cas, on n'a pas une stratégie de la prévention axée sur la prévention par les pairs en matière de protection de l'enfance. [00'49'47] La prévention des addictions, par exemple, c'est un axe mal, ou le harcèlement, c'est un axe majeur de notre politique. [00'49'52] Parce qu'il nous semble. [00'49'54] Pas adapté de faire peser la responsabilité du repérage et du signalement, et donc de la culpabilité, si jamais on n'a pas fait, sur les élèves et sur les copains de classe. [00'50'07] Il n'empêche que si, à un moment, un parent ou un élève, ou le parent d'un élève qui a vu quelque chose est obi-wan, faut bien entendu. [00'50'15] On s'attend à ce qu'on puisse compter les uns sur les autres pour alerter, repérer et signaler une situation. Et puis enfin- mais là je serai bref parce que c'est plutôt une mission d'appui sur la prévention tertiaire- on a toute la stratégie de scolarisation des élèves. [00'50'36] Partir. [00'50'37] Deux de la constitution et être encore en âge scolaire. [00'50'42] Pour leur permettent de reprendre une vie. [00'50'47] Plus normal. [00'50'49] Et de deux, de se réinsérer dans un parcours scolaire et un parcours de vie. [00'50'56] West ne serait pas victime à georges bach, et quand vous n'avez pas parlé un peu des des objectifs de l'intervention, comme avant, je me disais que ces informations pour nous être utiles, mais j'ai prévu de rester, contrairement à ce que je vous avez dit, jusqu'à la fin. [00'51'13] Du séminaire et donc serais ravie de répondre à vos questions à la fin de la séance. [00'51'25] Questions qui ont été posées également sur le tchatche, que vous avez pris le temps d'y répondre. [00'51'31] C'est vrai aujourd'hui. Il y a également un lieu où nos enfants se rendent lorsqu'ils sont gays: scolaires. [00'51'38] C'est là une infirmerie. [00'51'40] Où il y a des infirmières qui qui sont là à leur écoute, qui les accompagnent. [00'51'45] Pour leur donner des conseils qui sont là pour tous, pour mettre en avant tout ce qui est prévention, et c'est tout naturellement que nous avons estimé [00'51'56] Inviter mme samia pommery, qui, infirmière scolaire et secrétaire départementale du sni effectue et qui va nous parler de son expérience de terrain et évoquera également les actions de prévention et de repérage qui peuvent être mises en place auprès de nos jeunes. [00'52'14] Madame maunoury, c'est à vous. [00'52'18] Oui, bonsoir à tous. Merci pour elle, accès pea pour cette invitation. [00'52'24] Non, donc effectivement. [00'52'27] J'ai abordé concernant la prostitution des mineurs. Quelles sont les actions de sensibilisation en milieu scolaire? [00'52'35] Donc euh, concernant nos collègues, selon la dernière étude du centre de victimologie pour les mineurs, d'après les données enregistrées par les services de police et de gendarmerie concernant les crimes et délits en france, [00'52'49] En deux mille vingt. [00'52'51] Environ une victime de proxénétisme de nationalité française sur deux est mineur. [00'52'58] Les victimes de prostitution de mineurs sont majoritairement des filles âgées entre quatorze ans et dix sept ans. [00'53'04] Il est donc évident, même si ce sujet reste tabou, que des infirmières de l'education nationale sont confrontés à des élèves qui la pratiquent. [00'53'14] Les programmes de prévention en milieu scolaire constituent donc un levier d'action efficace pour limiter les risques d'entrer dans ce cercle vicieux. [00'53'24] Ils doivent permettre de définir ce qu'est la prostitution, d'expliquer en quoi elle constitue une violence commise envers la personne prostituée, prostituée. [00'53'34] Loin de tout comportement sexuel déviant. [00'53'39] Le défenseur des droits recommande d'ailleurs dans ses rapports de favoriser une approche globale de la sexualité, intégrant ses aspects affectifs. [00'53'50] Psychologiques et sociaux. [00'53'52] En même temps que reproductif. [00'53'55] Sans oublier les notions de respect, de consentement et d'intégrité. [00'54'01] Mais ne nous y trompons pas, les jeunes qui se prostituent ou envisagent de le faire sous souvent dans une forme de déni des risques et des conséquences. [00'54'11] Pour certains, en rupture ou pas, subvenir économiquement à ses besoins ou à ceux de sa famille peut être une source de motivation. [00'54'21] Ces adolescentes peuvent en effet avoir une vision idéaliste de la prostitution. [00'54'26] Ou bien la considérer comme une prise de risque mineurs parmi d'autres, sans avoir conscience des violences auxquelles ils s'exposent. [00'54'35] Toutes les actions pour le développement des compétences psychosociales et l'éducation à la sexualité peuvent permettre d'empêcher l'entrée dans le système prostitutionnel ou d'aider à prendre conscience des dangers pour en sortir. [00'54'49] Aborder le respect, le consentement, l'estime de soi et la relation à soi, à l'autre, dès le plus jeune âge est une nécessité. [00'55'00] Et le discours doit évoluer selon le niveau de compréhension de deux élèves. [00'55'04] Comme le défenseur des droits, le snk s'effectue, identifient des obstacles aux actions de prévention, dont le manque de professionnels qualifiés et la résistance de certaines familles pour que ces questions soient abordées en milieu scolaire. [00'55'19] C'est pourquoi le snes fsu revendique des créations massives de postes infirmiers, afin que chaque établissement soit doté, a minima, d'un poste d'infirmier. [00'55'30] De la même façon, les lycées généraux et technologiques, qui ont vu supprimer les postes d'assistantes sociales pour couvrir le premier degré, à l'effectif, à effectifs constants, doivent être redouté. [00'55'44] Sur cette thématique comme sur de nombreux autres, le travail en équipe de toute la communauté éducative en lien avec les cbc, donc plus comité d'éducation à la santé et à l'assiste à la citoyenneté. [00'55'57] Et les conseil de vie collégien ou lycéen est impératif. [00'56'01] Il permet ainsi de croiser nos regards et de favoriser une meilleure analyse et prise en charge du jeu. [00'56'08] Mais la prévention de la prostitution des mineurs ne s'arrête pas aux actions collectives. Elle passe aussi par l'éducation à la santé individuelle lors des consultations infirmières de premier recours, consultation dont le snuipp fsu revendique sans relâche le renforcement. [00'56'24] En effet, un certain nombre de signes ou de vulnérabilités constituent des signaux d'alerte qu'il faut pouvoir repérer afin de venir en aide aux jeunes entrés dans la prostitution. [00'56'36] A savoir: [00'56'37] Le décrochage scolaire. [00'56'39] Des rapports conflictuels et difficiles avec l'école. [00'56'43] Faible estime de soi. [00'56'45] La drague, la dague, pardon, la dégradation de l'hygiène de vie, troubles du sommeil, de l'alimentation. [00'56'52] Le changement d'apparence physique. [00'56'55] Les carences affectives et ou éducatives liées à des contextes familiaux dysfonctionnels que l'élève peut aborder lors de soins ou d'entretien. [00'57'05] Des fugues. [00'57'06] Des prises de risques, des risques sexuels, des addictions- alcool, stupéfiants, etc. [00'57'13] Et des violences pendant l'enfance, principalement intra-familiales et ou sexuelles. [00'57'20] Pourquoi? voilà, c'est un, un. Voilà les les, un exemple majeur de ce qu'on peut retrouver. [00'57'28] Dans l'étude citée au début de ses propos. [00'57'31] Avant les faits prostitutionnel. Les mineurs victimes rapportent un parcours marqué par l'absentéisme et la et la déscolarisation. [00'57'40] Tous ces signes ne permettent pas toujours le repérage et peuvent laisser penser les difficultés psychologiques, sans qu'il soit possible de déterminer facilement si elles s'inscrivent dans le cadre de violences sexuelles. [00'57'52] En cas de doute, il faut établir une relation de confiance avec l'élève concerné pour aborder le sujet. [00'57'59] Cette relation peut être facilitée par la notion de secret professionnel favorable à la libération de la parole. [00'58'07] Il apparaît donc évident que les consultations infirmières à la demande de l'élève ou de l'équipe éducative, [00'58'13] Libre et gratuite, sans jugement, au sein d'un de leurs principaux lieux de vie. [00'58'20] Es primonial sont un cadre privilégié. [00'58'24] Il arrive aussi que l'infirmière reçoive un élève en consultation afin de l'alerter au sujet d'un ou d'une amie. [00'58'31] Dont ils craignent qu'elle soit, où qu'il soit dans un ordre entrée en dans un, dans un engrenage prostitutionnel. [00'58'42] Outre l'augmentation des postes infirmiers, le phœnix revendique: il revendique des formations pour améliorer les actions d'éducation à la santé collective et la prise en charge des élèves et du suivi qui en découlent. [00'58'55] Parce que les méthodes de prévention et les problématiques évoluent. Ces sujets doivent être abordés dans la formation initiale, mais aussi en formation continue, afin d'outiller les infirmières à prévenir, repérer et accompagner. [00'59'11] Lors de son dernier congrès rassemblant la profession et auquel lave ses plats, nous a fait l'amitié de participer. Nos deux organisations ont rédigé dix propositions simples et réalistes, capables d'agir concrètement sur la santé des jeunes aujourd'hui pour les adultes de demain. [00'59'29] Je vous en cite trois appropriées au sujet qui nous rassemble ce soir. [00'59'34] Donc la proposition par exemple numéro trois. [00'59'37] De la maternelle à l'université. [00'59'40] Tout élève ou étudiante ou étudiant. [00'59'43] Doit avoir le droit et pouvoir accéder de façon inconditionnelle. [00'59'48] A la consultation infirmière dans son établissement scolaire. [00'59'53] La proposition numéro cinq. [00'59'56] Tout élève et étudiant a le droit d'avoir accès à des professionnels de santé autonomes, responsables et dûment formés. [01'00'05] Capable de lui apporter un accueil et des réponses de qualité en totale indépendance. [01'00'12] La proposition numéro sept. [01'00'15] La simplification du parcours des élèves, des étudiants et de leurs familles. [01'00'20] Par le remboursement à cent pour cent des consultations des psychologues suite à l'adressage par une infirmière de l'education nationale de l'enseignement supérieur. [01'00'30] Je vous remercie pour votre votre attention. [01'00'35] Merci, samia. Juste avant de laisser la parole au prochain intervenant, je voulais juste que l'on reste encore quelques minutes avec vous. [01'00'44] Ce que je sais que vous avez. [01'00'47] Vous avez une expérience aussi du sujet qui nous intéresse. [01'00'51] Sur, sur un élève, qui qui veut, qui est venu justement, ou une élève qui est venu vous voir et sur lequel il y a eu un signe, et un signal justement a détecté. Que est-ce que vous pouvez nous en parler? [01'01'02] Parce que je, je sais que vous, vous connaissez bien le sujet aussi du de la pornographie et ça, c'est. Ça serait très intéressant d'avoir votre, votre regard là-dessus en quelques, en quelques mots, si vous, si vous pouvez compléter votre propos. Merci beaucoup, samia. Je suis désolé de vous prendre un peu à court comme ça, mais ça reste pour alimenter un peu notre, notre vision. [01'01'22] Au global et le débat. Merci encore à vous. [01'01'26] Alors je vais préciser donc, je travaille sur un collège et sur trois groupes scolaires, dont je suis de la maternelle jusqu'à jusqu'à l'âge de quinze ans, quinze, seize ans. [01'01'36] Donc effectivement, juste pour reprendre, par rapport aux actions de prévention. [01'01'41] J'effectue cette année beaucoup d'action, ou quoi. Enfin, disons qu'on a bon, je crée, j'ai élaboré de nouvelles actions de prévention, puisqu'on évolue effectivement avec les thèmes qui nous qui, qui, comment dirais-je, qui accaparent nos jeunes. Donc, cette année, effectivement, en ce qui me concerne, [01'02'01] Dès l'école, élément élémentaire. J'ai plusieurs actions de prévention. Une sur le consentement. [01'02'08] Une autre qui est réservée plus pour les lâches sème de l'âge des des dix, onze ans. [01'02'14] Autour de la puberté. [01'02'17] Le harcèlement, l'on classe et pour toutes les classes. Et la dernière, excusez-moi, je cherche le harcèlement, la puberté, le consentement. [01'02'31] Samsung, je ne m'en souviens pas. [01'02'33] Sarde reviendra, et donc, effectivement, pour les collégiens, donc, c'est autour, effectivement, de la contraception sexualité, le sexisme. [01'02'43] Le respect et le consentement. Voilà tout cas beaucoup, beaucoup d'interventions qui se mettent en place. [01'02'51] Ski ensuite amène certains jeunes à venir nous rencontrer en individuel. [01'02'58] Ados, par exemple, il y a quelques années. On va dire ça comme ça: j'ai deux jeunes qui sont venus me voir en disant: ben, écoutez-vous, on vous connaît depuis un moment. [01'03'08] Donc voilà, on sait pas quoi faire. On reçoit régulièrement, ces derniers temps, des vidéos. Donc c'était trois vidéos. [01'03'17] D'une jeune fille d'un autre établissement scolaire, qui postait ça à tout, toute la commune a priori. [01'03'23] Voilà se mettant en scène, enfin, étant et ayant des rapports sexuels filmés. [01'03'30] D'aucune mineur qui avait autour d'eux d'une quinzaine d'années. [01'03'35] Et donc voilà, c'est, c'était l'heure. [01'03'38] J'étais très, très inquiet pour cette jeune fille et donc que la question de la prostitution s'est posée. Voilà donc, après, il y a eu tout un tout, un signalement de faits, etc. Des réseaux se sont mis en place, les établissements. Enfin, moi, j'ai contacté ma collègue infirmière dans l'autre établissement. Voilà donc bouillet, ça peut venir aussi par cette porte. [01'03'58] Cela est. Il est vrai que ça passe pas mal aussi par les réseaux sociaux. [01'04'03] Donc ça c'est. [01'04'06] On n'a pas de visibilité par rapport à ça. [01'04'10] Et puis aussi souvent sépare des jeunes filles. Effectivement. [01'04'14] Qui voilà, qui ont des tenues vestimentaires qui changent à cuisson. [01'04'19] Qui mettent en relief beaucoup plus leur forme. [01'04'22] Le maquillage, etc. Donc, voilà des idées de maquillage qui sont loin, ah, c'est à dire prononcé. [01'04'31] Voilà donc, il y a toute une, toute une panoplie qui peuvent effectivement nous nous alerter, nous mettre, nous mettre en branle pour essayer de de de créer une relation de confiance, une relation d'aide. [01'04'44] Sans jugement, pour les amener à pouvoir se confie. [01'04'48] Mais ça prend du temps. [01'04'50] Merci, merci beaucoup, samia. Merci pour votre intervention. [01'04'55] Les chiffres sont inquiétants, ils nous effraient. [01'04'58] Ils font frémir et j'ai le plaisir de passer la parole à maître simon bernard combes court- bon pardon- substitut du procureur au parquet de bobigny, qui est cohérent sur la prostitution et la traite. [01'05'14] Des mineurs et qui va évoquer ce soir avec nous les actions et les réponses de l'institution judiciaire. [01'05'24] Handball. [01'05'25] Oui, bonjour, bonsoir. Je partageais un, un écran, mais de joie que je bloquais, je peux avoir partagé mon, mon écran. Est-ce qu'on peut m'autoriser à le faire ou redire? on va vous donner la main, bien sûr, on va, on va vous permettre de le faire. Juste, donc, uniquement quelques minutes en bas. [01'05'42] Aurélien écran partagé. Est-ce que on peut? [01'05'47] Autorisé. [01'05'51] Voilà tous les participants. [01'05'53] Merci. [01'05'55] Aurélien. Normalement, ça devrait. Cependant, c'est bon, est-ce que vous le voyez pas? [01'06'00] Un. [01'06'02] Là le moment. Pour l'instant, non. [01'06'06] Partager. [01'06'08] Ce que c'est. Voilà très bien, mais voilà donc nous. Bonsoir à toutes et à tous. Donc, sont probants. Je suis substitut du procureur de la république au tribunal de bobigny. [01'06'17] Embarquer des mineurs. Comme on le dit nous, je suis magistrat judiciaire. Je travaille depuis quatre ans. [01'06'23] Dans ce tribunal, et notamment sur la question de la prostitution chez l'un et un déco référente cette matière. [01'06'28] Pour ce tribunal depuis quatre ans. [01'06'32] Donc, euh, le jeu intitulée: dansons sur la lutte du proxénétisme. Exemple: l'assomption, ni mes vêtements. J'ai abordé les réponses judiciaires qu'il me demandait. [01'06'42] L'ascenseur très rapidement. Un département assez hors-norme en france, le plus criminogène de france, de métropole, l'un des plus jeunes est l'un des plus pauvres. Non que je parle d'humains dans une perspective assez particulière, mais en tout cas sur la prostitution des mineurs qui travaillent, très touchés, très concernés. [01'06'58] Comment est-ce que la justice est là? et le poker? la république en concurrence est et est saisie de ces affaires-là. Je prends l'exemple. [01'07'04] De l'appel de nuit à la permanence, donc du procureur, un quai qui fonctionne, ventre, grâce un cadre commun, comme un hôpital. [01'07'12] Donc les policiers nous appellent la nuit, nous indiquent que des parents ou des amis ont signalé qu'une jeune fille était prostituée dans un appartement dans un hôtel et les policiers vont intervenir immédiatement à prendre un pour entrer dans cet appartement et récupérer la jeune fille glacée. Un cas concret: à la jeune oak était âgée de quatorze ans et qui a habité [01'07'32] A paris. [01'07'34] A partir de là, on va interpeller un jeune qui avait quelques, qui fait un agent de sécurité, afin que la surveille en tout cas, et l'enquête, après, va se dérouler pendant six mois avant qu'on démantèle le réseau de proxénètes qui l'exploiter. Je j'évoquerai à la fin de mon intervention les réponses judiciaires qui ont été apportées à cette, à cette affaire. [01'07'53] Très rapidement, je viens donner un cadre juridique précis à ofelia ad hoc de la procédure de prostitution, puisque celle-ci définira, dans la drogue, dans la jurisprudence depuis assez longtemps, depuis une trentaine d'années, il faut trois à trois éléments constitutifs à un des contacts physiques, à un acte vénal et la satisfaction d'un besoin situé. [01'08'13] D'autrui ou qui évoquent les trois éléments sont caractérisés. Vous avez de la prostitution. [01'08'18] Il y avait évitant la production numérique, et ça, c'est évident. [01'08'21] Il y a un tout, un tas d'infractions qui permettent de poursuivre la position numérique. [01'08'27] Les études sur la question des images pédopornographiques, un lien ouvre une nouvelle infraction, qui s'appelle extorsion également. Donc, même si la pression n'est pas ne pas poursuivre sur ce qui se passe numériquement, d'autres infractions le permettent. [01'08'39] La protection des mineurs est interdite en france depuis deux mille deux. Donc, ça fait vingt ans aujourd'hui que dans la loi, c'est très clair: ce n'est pas autorisé en france, en fait, c'est c'est interdit. [01'08'50] Cette interdiction a plusieurs conséquences juridiques. Le fait que le, le ou la mineur ait plus de quinze ans ou moins de quinze ans ne change rien. Il n'y a pas de majorité sexuelle en la matière. Ça reste interdit. [01'08'59] Il n'y a pas de consentement valable. [01'09'02] On ne peut pas parler de prostitution volontaire, parce que ça veut dire que je lirai: les enfants ont un libre arbitre sur le fait de vendre leur corps. Ça n'a aucun sens, en tout cas même en philosophie. En termes pratiques, il n'y a pas de prostitution involontaire en tant que tel. [01'09'16] Et ça reste extrêmement marginal. Si c'était le cas, [01'09'20] Ça reste contestable, par ailleurs. [01'09'22] Le mineur ou la mineure est une victime au sens de la loi, de une victime de son client qui achète le rapport sexuel et de son proxénète qui l'exploite. C'est quasiment systématique et toujours, presque toujours, un proxénète qui va exploiter un enfant aube. C'est très rare que qu'une jeune fille arrive à regagner sa position toute seule. C'est à nouveau très marginal. Et quand je dis qu'elle est victime, ça veut dire qu'elle ne peut pas être. [01'09'42] En garde à vue, on ne peut pas être poursuivi ou un envoyé en prison. C'est une victime qu'il faut protéger, ses vêtements, avec la quatrième conséquence que j'évoque, le mineur prostituée est en danger au sens de la loi et doit donc être protégé. [01'09'57] Locminé zéro dix-huit ans. Prostitution, c'est un danger, il faut protéger. C'est ce que dit la loi très clairement. [01'10'03] Elle a pratiqué la protection. Elle s'articule de deux façons: d'une part avec un suivi, une protection éducative, et, d'autre part, par la répression des clients et des proxénètes. Donc, s'agissant du suivi éducatif, dans un premier temps, effectivement, ça a été évoqué tout à l'heure, para- [01'10'19] Par un intervenant sur la question du signalement à ces faits de prostitution. Dès lors qu'il y a des doutes autour d'une situation de prostitution d'un enfant, d'un collégien, un lycéen, il faut le signaler. [01'10'31] Auprès de deux du département de la grippe en particulier. [01'10'35] Ou auprès du tribunal. Un les parents peuvent écrire directement au tribunal auprès du procureur de la république. [01'10'40] Pour que des solutions soient apportées sur le plan judiciaire ou administratif, en fonction de la situation. [01'10'48] Ne s'applique pas qu'on soit médecin enseignant. [01'10'50] Infirmières, etc. Il n'y a pas de secret professionnel en la matière. On est sur des faits extrêmement graves qui justifient de signaler ces faits à l'autorité judiciaire, à la police, aux services sociaux. [01'11'01] Le suivi éducatif qui part de femmes en jupe, je n'y reviens pas, assez complexe, mais on y revient si vous voulez. [01'11'07] Je parle là d'un protocole particulier en seine-saint-denis, où depuis bientôt deux ans, [01'11'13] On a mis en place avec différents intervenants, et notamment l'amicale ville de seine-saint-denis. [01'11'18] Les juges des enfants, donc le procureur. [01'11'20] Et des services sociaux que la habituelle, à un principe, à un système de co-intervention pour les situations de mineurs en situation de prostitution. Vous avez d'un côté, [01'11'29] Les services éducatifs classiques qui connaissent un des deux dés des questions d'enfants en danger, maltraités, etc. Et on fait intervenir même temps l'association amicale du nid avec un spécialiste pour accompagner les équipes éducatives, un, mais aussi l'enfant et les parents vers une sortie. La prostitution, puisque c'est une thématique, c'est une problématique et très complet. [01'11'50] Beaucoup de professionnels sont effectivement démunis. Donc, c'est un dispositif qui a un an et qui, on l'a évoqué tout à l'heure, il y a un plan national qui va naître. [01'11'58] Mis en place par le gouvernement, qui va être doublé en. Le nombre de mesures va être doublé grâce à un financement de l'etat à destination de la seine-saint-denis. Je pourrais revenir, plomb ou non, si vous le souhaitez, par la suite. [01'12'11] Deuxième volet de la protection, c'est la répression. [01'12'13] Donc des clients et des proxénètes. [01'12'17] La répression des clients quelques-uns. Qui est qui est client concrètement? le client, c'est celui qui va solliciter, accepter ou obtenir des relations sexuelles contre rémunération ou promesse de rémunération de la part d'un mineur qui se livre à la prostitution. [01'12'31] Solliciter, accepter. Ça veut dire que même si on envoie simplement un sms ou un message à une jeune fille ou un jeune garçon qui se prostitue, mais qu'on n'a pas de rapport sexuel, on est déjà client et on peut être poursuivi. [01'12'41] Au sens du code pénal. [01'12'43] Si le mineur a moins de sens, à moins de deux deux entre quinze et dix huit ans, la peine encourue est de cinq ans d'emprisonnement et soixante quinze mille euros d'amende au maximum si le mineur ou la mineur a moins de quinze ans. [01'12'57] On est sur dix ans d'emprisonnement encourue et cent cinquante mille euros d'amende. [01'13'02] Maximum. [01'13'03] Son. Voilà donc le législateur a montre à quel point il a un, il a, il se concentre sur ces faits là qui sont qui sont des actions graves et qui peut être poursuivi du coup devant le tribunal correctionnel. [01'13'14] La distinction importante avec les. Les victimes majeures dont depuis deux mille seize, et les victimes majeures de la du système prostitutionnel sont également protégées par la loi. Avons-nous été poursuivi pour racolage? mais ce n'est plus le cas aujourd'hui. [01'13'28] Lorsque l'on est une victime majeure de la position, lorsqu'on a avec un client, le client risque à minima une amende. [01'13'35] Et voir maximum lorsque la victime est conseillé majeure. [01'13'39] A la différence des mineurs ou une peine d'emprisonnement qui est encourue. [01'13'43] Deuxième volet de la, la répression, c'est les proxénètes. Un, ceux qui exploitent les exploitants de deux, des relations sexuelles tarifées des enfants. [01'13'52] Qu'est-ce que le proxénétisme? c'est très large en droit, en droit français. [01'13'56] C'est une activité qui est matérialisée par le fait de participer et ou de tirer profit de la procédure d'autrui. Dès lors qu'on gravite autour d'une personne prostituée, mineure ou majeure, on est qualifié de proxénète à un endroit foncé. C'est très stressant de qualifier un deux deux, d'attraper un proxénète ou garrot au texte. [01'14'15] Qui le réprime? [01'14'17] Si la victime a est âgée de quinze à dix, huit ans, le proxénète risque dix ans d'emprisonnement, notamment, et si la victime est âgée de moins de quinze ans, c'est un crime que la cour d'assises, c'est vingt ans d'emprisonnement qui sont encourus. [01'14'31] Très rapidement aussi a un point sur l'ampleur du phénomène, le proxénétisme, l'exploitation sexuelle d'autrui. [01'14'38] Ciel, l'une des activités les plus lucratives au monde et à l'avant. [01'14'42] À côté de la vente d'armes et de drogues. [01'14'44] Une activité qui est extrêmement dangereuse pour les victimes, sur le plan physique, sur le plan psychique. Elles risquent leur vie et leur santé. [01'14'50] À être exploité. [01'14'52] C'est une activité qui est aujourd'hui très mobile. [01'14'55] Les livres. Les réseaux de proxénètes bouge beaucoup. Il reste en moyen dans un appartement pendant quelques jours, quatre, cinq jours. Ils changent d'appartement ou d'hôtel qu'il loue via différentes applications booking, airbnb, etc. C'est une activité qui est très facile à mettre en œuvre. Malheureusement, il suffit de trouver un jeune adolescent ou une adolescente en perdition. N'attend pas malin. [01'15'14] Et un appartement ou une chambre d'hôtel louer. Cinquante euros, un téléphone portable, une annonce et vous pouvez commencer votre activité de proxénète. [01'15'23] À mettre en comparaison avec le trafic de stupéfiants, puisque beaucoup de proxénètes sont souvent un peu impliqués dans un trafic de stupéfiants à un moment donné de leur vie. Et pour le trafic de stupéfiants, c'est beaucoup plus difficile. Il faut de la matière première, il faut un point de deal. [01'15'36] Et c'est dangereux aussi. Voici la santé. Un peu de thriller, très facilement. [01'15'39] A l'inverse du proxénétisme, qui est beaucoup plus caché. Tout se passe dans des appartements et les hôtels en seine-saint-denis, on n'a pas de prostitution de rue. Donc c'est très difficile de déceler une situation de prostitution comme ça à budapest. [01'15'52] C'est une activité qu'on peut appeler de point zéro. Ça a été évoqué en introduction, un de cyber proxénétisme. Proxénétisme, tout se fait, tout se fait sur internet, que ce soit le recrutement sur snapchat, instagram et compagnie. [01'16'04] Puis après, on va chercher son appartement ou sa chambre d'hôtel sur une application et son application mobile, puis après, on va mettre une annonce sur internet pour avoir recruté les clients et ensuite les clients viendront toquer à la porte de l'appartement de l'hôtel pour avoir une relation sexuelle. Mais vraiment, l'importance de l'aspect numérique, un qui fait qu'aujourd'hui cette activité est très cachée. [01'16'23] Est difficile à identifier. [01'16'25] Le proxénétisme, c'est aussi une branche de l'actualité organisée. [01'16'29] C'est ce que le législateur estime, que le proxénétisme, c'est une activité de de grande délinquance avec qui justifie des moyens très spécifiques pour l'arrêt, pour enquêter et condamner. C'est les proxénètes. [01'16'42] Je vais dresser un rapide état des lieux du proxénétisme en ancienne annie pour donner un exemple. [01'16'48] Ans, depuis deux mille dix neuf depuis, je suis référent. [01'16'51] Ou reçoit en moyenne deux, si on nous signale. [01'16'54] Au parquet des mineurs, de mineurs en situation de prostitution. C'est énorme, puisque la justice ne nécessite que des situations les plus évidentes, les plus connues, les plus repérés. On vous imagine la réalité du du, du chiffre. En évoquer la question des chiffres, on est au début. [01'17'09] Mais de deux mineurs signalés par semaine, c'est déjà énorme. Et c'est une constante depuis deux mille dix neuf. [01'17'15] Les auteurs, qui nous, ce qui nous saisit de ces faits là, c'est principalement la police, les services éducatifs. [01'17'21] D'autres acteurs de la justice et à en quinzième position, les l'education nationale, qui repèrent des situations [01'17'28] Le profil des victimes, on l'a évoqué- principalement des jeunes filles âgées de quinze ans, quinze ans et demi en moyenne. On sait aujourd'hui qu'en réalité, l'entrée dans la prostitution se fait plutôt autour de quatorze ans. [01'17'36] Dans mes affaires, les mineurs sont à soixante quinze pour cent originaire de seine-saint-denis à française, vivant en france depuis longtemps, mais toutes françaises. C'est un point important. Mais vingt-cinq pour cent ne viennent de province. La seine-saint-denis, ile-de-france, attire énormément. [01'17'50] Les jeunes filles de deux de province, et même jusque dans les territoires ultramarins. [01'17'56] Issus tous les milieux sociaux, on l'a dit, mais quand même majoritairement des personnes de milieux défavorisés, puisque cette question de l'argent, comme kiki, qui tourne autour de du progrès de la prostitution. Ce sont des jeunes qui sont massés, massivement connu du juge des enfants qu'avec des vulnérabilités, déjà repéré avant l'entrée en prostitution. [01'18'12] Déscolarisé, on l'a dit régulièrement fugue, ayant subi des violences par le passé, quelles qu'elles soient, physiques, psychiques, sexuelles, ce sont. Les études sont unanimes, cette question: si quatre-vingts, quatre, vingt dix pour cent des enfants étaient victimes à adam avant l'entrée en question d'elle deux d'abus. [01'18'27] L'âge minimum, ses douze ans. [01'18'29] Effectivement, et on constate depuis quelques mois avec mes collègues un rajeunissement- [01'18'33] Cette semaine, j'ai traité un dossier avec trois victimes qui avaient toutes moins de quinze ans. [01'18'37] C'est, c'est une réalité qu'on constate depuis quelques mois, avec un rajeunissement des victimes. Donc, douze envoyés, c'est la sixième et ça veut dire que même avant, il y avait déjà des signes de détresse, donc avant l'entrée au collège. [01'18'50] J'ai ce schéma assez, assez terrible on qui a été qu'a pu être évoqué à tout à l'heure, sur comment est-ce qu'on entre dans la prostitution. [01'18'57] Vous avez donc les violences sexuelles, physiques, psychiques. Dans un peu avant l'entrée, on envoie des nudes, des photos ou vidéos dénudées à des garçons ou des jeunes ou des filles, qui vont les diffuser. [01'19'08] Ça va s'ensuivre du harcèlement scolaire, une mauvaise réputation. On va ceux-là, le jeune ou la jeune va se déscolariser et se marginaliser. Elle va fuguer, faire des mauvaises rencontres, la mauvaise copine, le mauvais, le proxénète, et on entre dans la prostitution et on recommence avec les violences sexuelles, physiques et psychiques. [01'19'25] C'est très, très systématique dans les dossiers que je vois. [01'19'29] Effectivement deux notions importantes pour comprendre pourquoi les c'est des c'est des situations complexes. Il y a d'une part, d'un côté, le psycho traumatisme, qui explique: [01'19'37] Toutes ces spécificités, qui fait que ces jeunes filles sont très vulnérables et c'est difficile de les aider. D y a aussi l'emprise des proxénètes. [01'19'47] Du réseau. [01'19'48] Comme dans les violences conjugales, l'emprise fait qu'on n'arrive pas à se protéger parce que, en fait, on est trop quand on convient. Donc pris dans les liens, pas les proxénètes. [01'19'58] Les proxénètes? qui sont-ils? un des hommes, des femmes âgés de seize à trente ans- c'est vraiment un peu tout le monde autour de la pointe, en moyenne connu selon la justice pour la petite délinquance sur du trafic de stupéfiants. [01'20'09] Et issus du même quartier très souvent, qu'ils connaissent, qui sont coincés approvisionnement, les qui- et on c'est, monsieur tout le monde, un souvent insérés, sont souvent qu'à des moyens financiers pour payer des prestations qui rendent, monsieur tout le monde. [01'20'21] L'exemple de l'introduction d'intrusion. Vous évoquez l'affaire de la jeune ou âgé de quatorze ans. [01'20'27] Ces trois proxénètes ont des très jeunes nageurs, nés en deux mille un. [01'20'31] On était donc en juin deux mille vingt à sept ans. Six ans et cinq ans d'emprisonnement. [01'20'36] Pour l'effet qu'ils ont commis. Pendant deux semaines, ils ont exploité la jeune fille. [01'20'40] Quelques fois un petit focus sur les réponses qu'on apporte. [01'20'44] Un tribunal judiciaire unis pour les victimes de prostitution. [01'20'49] Donc, comme moi, on est trois actuellement sur onze magistrats par des mineurs, ce qui est énorme. [01'20'55] Qui montre à quel point ça aussi c'est important, de trail cette question-là et villers le lac. L'importance quantitative en a beaucoup d'affaires à traiter, comme je vous l'ai dit, [01'21'04] Par rapport à nos services d'enquête, ont créé des services d'enquête spécialisés. On a des stratégies pour faire avancer les enquêteurs le plus rapidement possible en forme enquêteurs également. Régulièrement, on les a. On les suit vraiment de très près pour l'effet, pour faire avancer ces procédures. [01'21'18] De deux éléments pour la, pour aider les victimes aussi, puisque très souvent, les parents sont défaillants ou vont être défaillant lorsque l'enveloppe laura, l'enfant est victime de proxénétisme. [01'21'28] Parce qu'ils ont déjà défaillant avant. Ils sont les leçons souvent après, parce qu'ils seront épuisés. [01'21'33] On désigne un administrateur ad hoc qui va. [01'21'36] Choisir un avocat pour le mineur et l'assister tout au long de la procédure pénale. [01'21'40] Et permettre de faire le lien avec les différents interlocuteurs. On gagnera également avec des associations spécialisées à qui on fait des avis pour qu'elles aillent aux audiences et qu'elle qu'elle se présente aux audiences pour faire une présence déjà physique pour la victime si elle est présente également. [01'21'56] Apporter un éclairage auprès des juges sur cette problématique de la protection des mineurs. [01'22'03] Très récemment, on a mis en place un protocole de prise en charge des, des auteurs, du staff, postulant donc les clients, d'une part, puisque depuis deux mille seize, on peut créer un stage spécifique pour prendre en charge les auteurs, donc, les clients s'installent, ce stage a donc aussi, une fois qu'on les a attrapés à en ayant eu recours à la prostitution. Donc, qui vont faire ce stage? [01'22'22] Pouvoir payer trois cents euros et suivre à une journée de sensibilisation à la lutte contre l'achat d'actes sexuels. Donc, ça montre à quel point la justice se focalise sur les clients, bien évidemment. [01'22'33] C'est, mais ça se passe à lames multiples si vous les proxénètes par ailleurs. [01'22'38] Clef, que c'est plutôt le lac. On se concentre, mais les clients sont siens, à un angle d'attaque et on est ont cette notion, bien évidemment, à beaucoup. Tribunaux, en france, ont ce type de partenariat de protocole pour prendre en charge les clients, et on a mis en place aussi un contrôle judiciaire renforcé par les proxénètes, puisque habituellement on demande à ce que les proxénètes soient incarcérés, soient détenus. [01'22'58] Avant d'être en de leur jugement. Mais ce n'est pas le cas. On demande à un contrôle judiciaire très renforcé pour éviter la récidive. [01'23'05] Voilà ce que je voulais vous dire sur les réponses judiciaires et le proxénétisme. Je suis à dix-sept minutes, millions déjà trop long. [01'23'13] Quelques références. Voilà, il y a un livre très intéressant sur le sujet. [01'23'17] Écrit par un papa et sa fille: papa, viens me chercher à thierry delcroix et nina. [01'23'21] Un récit terrible, mais très fidèle. Ah, ah, vraiment. [01'23'25] Très. Comment dire réelle fin ces séances? c'est vraiment ce que je vois dans mes dossiers quotidiennement. [01'23'31] De l'exploitation sexuelle d'enfants en france. [01'23'34] J'invite les parents qui souhaitaient avoir un- ce sont ce qu'on dira- acquérir davantage de connaissances, une question à lire ce livre également, donc aider. Il y a des séries qui ont été diffusées sur téléphone sur la question vint schéhérazade, et vous avez une multitude de rapports ont été publiés depuis, depuis les derniers, les derniers mois, dernières années, avec beaucoup de d'outils. [01'23'54] Pour comprendre le phénomène, pour l'analyser. Donc, aujourd'hui, alors que quand moi j'ai commencé à être référent deux mille dix huit, on avait peu d'outils, aujourd'hui, il y a beaucoup de documentation qui permettent d'outiller les professionnels de l'enfance, mais également les enseignants, les parents, pour mieux comprendre le phénomène et y répondre. Merci pour votre attention. [01'24'13] Merci, maître simon bénard coupon. Merci pour cette interview, intervention pardon- qui nous éclaire au niveau juridique et qui est très importante pour les parents puisque eux aussi, [01'24'24] C'est un déboulé très compliqué pour les parents qui sont confrontés à ce phénomène, souvent face. [01'24'31] Face au système judiciaire, ils sont aussi tout autant démunis. Alors, je, je n'ai pas été plus long, mais on a, on a le dernier interventions qui seront justement, alors, vous l'avez, vous l'avez cité vous-même, [01'24'47] Papa vient me chercher qui quitte un livre. [01'24'50] Sur lesquels, justement alors, la compagnie le cri d'escargot a fait une adaptation théâtrale. Et, sans plus tarder, je vais laisser la parole à pascal conty valls et rémi chevillard, justement. [01'25'03] De la compagnie le cri d'escargot, qui vont justement nous dire a priori un extrait de l'adaptation théâtrale du témoignage d'une jeune fille confrontée à la prostitution et que son père donc, si je ne me trompe pas, c'est bien nina et son papa, et qui sont donc les deux personnages du livre papa vient me chercher. [01'25'23] Il s'agit d'un projet, bien évidemment, à visée pédagogique, avant tout. [01'25'28] Et qui est destiné aux adolescents. Donc, je je remercie pascal conti valls et rémi chevillard d'être là parmi nous et, sans plus tarder, je vous laisse la parole pour ensuite. Eh bien, écoutez, vous serez les derniers intervenants et ensuite on pourra échanger avec la salle. Merci à vous deux. [01'25'47] Merci, bonsoir à toutes et à tous. [01'25'49] Juste avant de vous lire l'extrait, je voulais vous parler un peu l'origine du projet. Je trouve qu'en deux mille vingt, j'ai j'ai participé à une conférence, un webinaire autour de la prostitution des mineurs. [01'26'02] Et, très honnêtement, je n'étais pas au courant de ce fléau. [01'26'04] Et suite à ce webinaire, j'étais assez choquée parce que j'entendais et ce que je voyais, et du coup, je me suis posé la question, à savoir: est-ce que le théâtre s'était emparé de ce sujet? parce qu'il se trouve que nous travaillons vingt dans ma compagnie. Nous avons tendance à travailler sur des sujets actuels. On a fait un spectacle aussi sur l'art, sur les enfants soldats, par exemple. [01'26'25] Et je trouve que on y a très peu de compagnie théâtre qui vont en ile-de-france, qui s'était emparé du sujet. Donc voilà, j'ai demandé à rémi, avec qui je travaille depuis huit, huit, neuf ans, si ça l'intéressé. Du coup, je travaille sur ce projet et du coup, nous sommes porteurs tous deux, donc deux, deux, de ce projet prêt. [01'26'45] Ici et nous sommes tombés par hasard sur le livre de thierry et nina delcroix et nous avons décidé de l'adapter. [01'26'51] Voilà en gros points pour faire court. [01'26'54] Ouais, exactement, et donc du coup. [01'26'58] Donc, la forme, c'est vraiment l'idée, c'est de faire un spectacle débat, c'est-à-dire de d'intervenir directement dans les établissements scolaires. [01'27'07] Donc, à partir du collège et du lycée, de leur proposer donc une courte représentation théâtrale de la durée à peu près d'une heure de cours, dont quarante cinq, cinquante minutes, et puis de poursuivre ensuite l'échange, d'ouvrir la parole chez les, chez les jeunes, [01'27'24] Avec ensuite un intervenant extérieur issu du milieu associatif ou du milieu. [01'27'30] Des, des psychologues et, effectivement, de pouvoir. [01'27'34] Ouvrir la parole des jeunes et les sensibiliser via plusieurs missions est effectivement une mission de sensibilisation directement de potentielles victimes ou de comportements à risque. [01'27'43] Et puis a également sensibiliser les jeunes autour. [01'27'49] À ce fléau pour pour qui est aussi un système de de prévention qui puisse se mettre tout autour et d'accompagnement. [01'27'57] Qui puisse se mettre effectivement tout autour. [01'28'00] Concernant donc la, la scène qu'on va vous lire, donc le spectacle dure. [01'28'04] En environ quarante cinq minutes reprend. [01'28'07] Vraiment le le. Le témoignage de de nina et thierry delcroix. [01'28'13] Qu'est-ce qui nous a intéressés dans ce témoignage? c'est justement le regard croisé entre une victime [01'28'19] Nina. [01'28'21] Comment elle y elle entre petit à petit effectivement dans la prostitution. Et puis comment elle dit elle: [01'28'28] J'ai une véritable descente en enfer- et puis, en même temps, d'avoir un en permanence le rock, le regard d'un parent- il se trouve qu'on a effectivement tous les deux parents de deux jeunes filles- et ce regard là, et cette question-là, elle nous semblait effectivement en intéressante de voir que, effectivement, les enfants sont rarement complètement. [01'28'48] Seul et a été et est laissé à l'abandon, et donc d'avoir effectivement le rappel de et le témoignage de du père qui accompagne l'extrait, qu'on va vous lire. [01'29'00] Il intervient donc plutôt dans la zone de la deuxième moitié de de la pièce. [01'29'06] Et au moment où nina a effectivement donc la, la première partie de la pièce montre comment elle adopte petit à petit des comportements à risque, comment, effectivement, elle est elle-même victime de harcèlement, puis, [01'29'22] D'un viol initial. [01'29'24] Comment, elle tombe dans la drogue. [01'29'27] Comment elle se met en danger et effectivement, au bout d'un moment, il finit par basculer dans la prostitution et donc l'emmener dans un extrait où elle est tombée dans la prostitution et où elle qui donne à voir un peu. [01'29'40] Comment elle essaye de s'en sortir, comment elle elle, comment elle gère cette chose. [01'29'45] Pour reprendre le lol, effectivement le, la phrase de, de, de de la campagne de ministériel. [01'29'52] Hein, je gère. Mais voilà, on va voir. Ici, on essaye de mettre en scène un peu, effectivement, comment est elle digérée et comment fait de l'intérieur, elle ne gère plus du tout, et puis, en parallèle, comment son père essaye de de de lutter et de gérer cette chose-là. Donc, du coup, juste pour information, je lirai donc le père jean, le père oui, et je dirais nina, dans la pièce, et: [01'30'13] Évidemment, nous avons une troisième comédienne à nous deux. [01'30'16] À nos côtés. [01'30'18] Qui joue effectivement le personnage de nina. [01'30'20] Pascal joue le personnage du père. Et puis, moi, j'ai lu un rôle un peu de qui joue tous les autres personnages, que ce soit les clients, les amis, les proxénètes, les, le programme, les proxénètes, ou également les institutions. Qui essaye de l'aider est donc là dans la scène. Je vais jouer nina. [01'30'40] Et pascal va jouer thierry. [01'30'44] A partir de là, notre vie ressemble à un jeu de piste. J'ai un but précis. [01'30'48] Rembourser mes parents et prendre mon indépendance. Rien ne se mettra en travers de mon chemin. Nous parvenons à géolocaliser notre fille en train de quitter la ville. [01'30'58] Ex d'argent en un minimum de temps pour pouvoir rapidement arrêter et repartir de zéro. Elle prend la direction de la belgique. [01'31'05] Les crayons me dégoûtent physiquement et moralement. Je leur mens sur mon âge, ils me mentent sur tout, mais nous perdons sa trace. Il arrive qu'ils discutent froidement les prix au téléphone, parfois méchamment. [01'31'16] Quelques jours plus tard, grâce à une photo, nous découvrons qu'elle se trouve à amiens. [01'31'20] Et en cas de refus, ils me bombardent de messages me traitant de pute. Mais quand la police arrive, elle est déjà partie. [01'31'27] J'apprends à trier les clients. Puis on la retrouve à paris. J'arrête de prendre des jeunes, c'est trop dangereux. La gendarmerie parvient à localiser très précisément son appartement, il appréhende. Le risque, c'est de tomber sur des types qui te frappe de vols et de viols ou te racoler, te force à travailler pour eux. Les gendarmes l'ont placé dans un foyer d'hébergement. [01'31'47] Mais elle s'enfuit et disparaît à nouveau. La constitution me plombe le moral. J'ai envie d'arrêter. Les clients ne se bousculent pas. Nina finit par nous rappeler. Je la ramène à lille. [01'31'59] Elle se dispute violemment avec un de ses frères. [01'32'01] Elle part habiter chez ses grands-parents. [01'32'03] Elle nous supplie de lui pardonner. Elle nous répète qu'elle va prendre un nouveau départ. [01'32'08] Mais quelques jours plus tard elle fugue à nouveau. [01'32'10] Je recommence à me prostituer. [01'32'12] J'ai besoin de ma dose de cannabis. [01'32'15] J'aime tout ce qui m'en brume le cerveau et nous annonce qu'elle part en suisse. J'ai tout ce que je voulais de l'argent des amis- en tout cas, c'est ce que je me raconte- mais nous découvrons via les réseaux sociaux qu'elle part pour salou en espagne. Je poursuis mon chemin vers l'autodestruction. [01'32'30] Je fuis dans l'alcool, le cannabis, l'argent sale et les compliments miteux. On suit sa trace à montpellier, puis quelques jours à lyon. [01'32'38] Durant cette période, je rencontre des clients dangereux. [01'32'41] L'un me séquestre chez lui pendant cinq jours. Un autre, fortuné, me montre sur son smartphone des vidéos qui me font froid dans le dos. [01'32'49] On le voit attacher des gamines au corps de onze ans, les fouetter, les frapper, les insulter puis les violer. [01'32'55] Un autre encore me bande les yeux et me pénètre avec des objets. [01'32'58] Elle rentre à lille le vingt sept juin. Deux semaines plus tard, la justice nous enlève la garde de nina. Elle est placée dans une famille d'accueil chez omar et delphine. [01'33'07] Quand tu fais quelque chose d'intime avec quelqu'un que tu n'aimes pas juste par intérêt. [01'33'12] Il y a des images qui s'incrustent dans ta mémoire et qui te rappellent à quel point tu as souffert pour décrocher cet argent. [01'33'18] Des images qui ne s'effaceront jamais. En fait, je n'en peux plus. [01'33'22] Je suis hors de moi. Je ne lui pardonne plus cette surenchère permanente. C'est comme ces comportements à risque. [01'33'28] Je lui en veux d'autant plus qu'elle gâche la vie de toute la famille. [01'33'31] Nous l'avons pourtant tous tant gâtés. [01'33'34] C'était une enfant de l'amour. [01'33'36] Nous n'en menions partout. On voulait qu'elle découvre le monde. [01'33'39] C'était une petite fille curieuse, percutante têtue. [01'33'45] Voilà pour l'extrait. [01'33'49] Juste aussi. Ce que je voulais rajouter, c'est que, du coup, quand on a commencé à travailler autour de ce projet avec rémy, [01'33'56] On a cherché aussi qu'elle était wallonie. Vos institutions, niveau association. [01'34'02] Qui? qui s'occupait de ce sujet, qui s'y intéresser? c'est là qu'on a découvert la première association qu'on a contacté, l'asbl, voilà, et c'est vrai qu'avec en a eu l'occasion de rencontrer bérengère et qui nous a apporté aussi beaucoup d'informations. [01'34'17] Pareil pour la même pcs. Voilà, c'est ça. [01'34'20] Les gens qui nous vont aussi. [01'34'22] Mais qu'il nous aide aussi à construire ce qu'on veut faire et voir en sachant que c'est vraiment pour nous un ce qui est important. [01'34'28] Rémi l'a dit, mais je préfère citer que c'est: ça doit être un outil de prévention. [01'34'33] C'est comme ça qu'on rend- ont envie de le défendre- un outil de prévention et de pédagogie auprès des jeunes. [01'34'38] Voilà, et c'est pour ça aussi qu'on veut être accompagné. [01'34'41] Nous sommes comédiens d'abord. Et voilà là, on a eu déjà le témoignage de beaucoup de gens qui sont vraiment au plus près des jeunes. [01'34'49] Et des collégiens en particulier. Donc, c'est important pour nous aussi d'avoir cette partie débat après le spectacle. On ne peut pas les laisser sur le spectacle, n'est pas possible. Bon, voilà donc juste aussi une précision. Donc, le spectacle est encore en cours de création puisque, effectivement, le le [01'35'07] On a commencé les recherches et le et le, le travail illégal. [01'35'12] Un peu plus d'un an et [01'35'15] Et donc on est encore en élaboration, etc. Et cet outil, [01'35'20] Puisqu'on l'envisage effectivement vraiment comme un outil de prévention. [01'35'23] Cet outil vrai voir le jour. [01'35'27] A la fin de l'année scolaire. [01'35'29] L'art en deux mille vingt deux. [01'35'32] Dans les, dans les mois qui viennent, et, effectivement, pouvoir se déployer, être mise en place dans les dents les élus, dans les milieux scolaires. [01'35'41] A partir de deux mille vingt deux la saison. Deux mille vingt deux, deux mille vingt trois. [01'35'45] Quoi. [01'35'46] Merci, merci, merci. Merci à vous, merci pascal et merci rémy, on excellent, excellent, j'allais dire- au travail, en fait de d'en une pièce de théâtre court pour faire de la prévention. Merci à vous de vous être emparés de ce sujet qui qui touche malheureusement beaucoup de jeunes et [01'36'06] Et qui qui affecte forcément nombreuses familles. Alors nous allons justement alors, parce qu'on a pris un peu de retard, bien évidemment, on va passer aux questions réponses. [01'36'17] Je voudrais aussi remercier inès, qui est sur ma gauche. [01'36'21] D'être présente, qui est lycéenne et représentante du medef, emmanuel pardon- et donc qui va pouvoir aussi réagir à toutes tout ce qui a été dit ce soir. Alors, je sais qu'elle, elle, mais elle laisse un peu en off. Mais on va commencer. [01'36'36] On va commencer peut-être déjà avec les questions des des des participants. Donc je vais, je vais commencer, puis ensuite je vais laisser carol continuer. Alors on avait déjà une première réaction. [01'36'49] D'agnès à lyon, deux ans. Je pense qu'elle est de quand. Une bague agnès- lyon- quand, excusez-moi? [01'36'55] Comment faire pour organiser la prévention primaire auprès des jeunes collégiens, organisation au sein du collège, où ce sont les parents d'élèves qui doit prévoir des réunions de prévention. Alors, je pense que cette question s'adresse principalement à la dgesco. [01'37'09] Ou pas? [01'37'10] Si vous êtes d'accord, je suis. Je vais vous laisser la parole. [01'37'15] Je ne sais pas tout et je n'ai pas bien entendu la question, alors je voulais aussi vous la redire, peut-être pas de souci. Donc, comment faire pour organiser la prévention primaire? [01'37'26] Auprès des jeunes collégiens. [01'37'28] Première question. Deuxième question qui englobe le tout: organisation au sein du collège, où ce sont les parents d'élèves qui doivent prévoir des réunions. Prévention par rapport à votre intervention du début, ou alors, si c'est, [01'37'43] Je vous rassure, c'est pas aux parents d'élèves d'organiser des éducations transversales au sein de l'établissement d'un séjour dans la carrière fait une sacrée régression au sein d'institutions scolaires, fort heureusement. Non un aria de chaussée, un le ham le. [01'38'01] La sensibilisation à une association. Là on peut s'inscrire deux dans deux cadres qui sont souvent hybrides: soit dans des soies, c'est dans des [01'38'12] Séance d'éducation à la sexualité. Hein, j'ai vu. [01'38'15] Qui avait un certain nombre de collègues. Qui de collègues? euh pardon, excusez-moi, deux âmes de parents d'élèves, et j'ai l'habitude d'intervenir dans un séminaire de l'institution. Donc, [01'38'26] Puis quelques tics des usagers, quelques tics de langage. [01'38'29] Ceci dit, il peut y avoir des collègues aussi dans la salle, mais non. [01'38'33] Le ces séances. [01'38'36] Hi, c'est pas faux de le dire, on est pas, on n'atteint pas les objectifs très ambitieux la loi nous a fixés. [01'38'45] On essaye de de de faire augmenter. [01'38'48] Par ailleurs. Mais il faut bien avoir conscience que l'éducation à la sexualité des séances spécifiques n'épuise pas tous les temps on parle de sexualité avec des jeunes sont peut les avoir en étant informel, on peut les avoir dans des lieux privilégiés, je pense notamment au sein des infirmeries. [01'39'05] Nous avions peur et étions là dans le cadre des programmes scolaires. [01'39'10] Et en particulier un: la terre, en sciences de la vie et de la terre par nom, et en éducation morale et civique sur la question qui nous intéresse également en une éducation aux médias. Je n'ai pu intituler en noémie. [01'39'26] Dans médias d'information pas. [01'39'29] Là, au moins, je pense que les parents, ils, ont leur rôle à jouer. C'est un, pour soutenir l'institution scolaire quand elle met en oeuvre l'éducation à la sexualité via beaucoup de freins. Seize, cette éducation à la sexualité. Un des freins, c'est la réticence des parents à ce que l'institution scolaire mettent en œuvre cette éducation à la sexualité qu'il considère comme étant le mot. [01'39'49] Monobloc, monopole éducatif, de partir de leur monopole éducatif. [01'39'53] Ce qui ne veut pas dire qu'ils ont pas de rôle. Passionné aussi d'autres parents qui pensent que c'est le monopole de l'école. [01'39'58] Mes questions, c'est que c'est une responsabilité partagée. [01'40'03] Donc là où est le moulin? à mon sens, le le, la responsabilité des parents d'élèves, c'est un peu d'en parler avec leurs enfants. [01'40'13] Et puis le plus tôt possible, pas forcement parler de la prostitution, mais [01'40'17] Parler du respect du corps, du consentement et du délice décédé. On peut expliquer à un enfant que un adulte n'a pas droit de toucher sans son consentement. [01'40'27] Qui doit pas se dévêtir devant un adulte, fait des choses assez simples pour expliquer à des ressources en eau dans la, dans la littérature jeunesse, sont très bien faits. Pour nous servir de support à ce type de discussion, je vous ai mis dans le le lien discussion un des ressources sont plutôt destinés aux enseignants mais ne sont [01'40'47] Lequel vous retrouverez la bibliographie, qui peut très bien être utilisée par des parents d'élèves. [01'40'55] Le deuxième robe, c'est nous pousser. [01'40'58] Nous donner un signal positif de nous en d'encourager les équipes indicatif, en disant: moi oui, y a des parents. [01'41'07] On doit pas parler de d'éducation à la sexualité en classe. [01'41'12] Nous, on fait partie de ses parents. [01'41'15] Y pensons qu'en fait, c'est bien que l'école le fasse et il faut pas vous sentir inhibé ou vous sentir en danger vis-à-vis des parents quand vous le faites. [01'41'25] Et puis, il y a un espace statisticien d'investissement des parents d'élèves au sein des établissements scolaires. En particulier, c'est des comités d'éducation à la santé, à la citoyenneté et à l'environnement désormais, puisque leur périmètre a évolué depuis un an. [01'41'42] Dans. Lequel. [01'41'43] On cherche à coconstruire avec l'ensemble des des acteurs de la communauté scolaire, dont vous faites partie, des projets éducatifs sur le temps scolaire ou sur le temps périscolaire, autour notamment des questions d'éducation à la sexualité. [01'42'00] Je j'ai l'impression d'avoir répondu à votre question. [01'42'03] Oui, tout à fait. [01'42'04] Tout à fait. Nous avons également quelques réflexions de des personnes qui sont en salle, notamment une qui dit: il est important, dans la prévention, de s'adresser aussi aux garçons, futurs consommateurs de prostitution, car cela est une entrée banalisée dans la sexualité. [01'42'23] Et nous avons une question deux: est-ce que les enseignants sont correctement formés, est-ce qu'ils sont vraiment formés à ce fléau? [01'42'37] Est. [01'42'39] Oui, et là, votre micro est coupé. Pardon, benoît, pour votre micro-entreprise. Expliquez-moi, je coupe. J'ai coupé mon micro en pensant l'allumer. Merci et suis désolé. Si c'est encore une question, pourvoi pour le coup. [01'42'49] J'ai bien fait de rester, c'est bien. Merci, madame. [01'42'54] Oui, donc, je disais le un. Alors, est-ce qu'ils le sont? oui, ceux qui ne sont suffisamment pas encore. Voilà, je pense qu'il faut être transparent un peu. Je vous ai dit que c'était une préoccupation récente. C'est ma responsabilité de faire en sorte que ce cette sensibilité se développe. Alors, on a quand même des [01'43'12] Des lieux privilégiés pour le faire sont là. [01'43'17] On a ajouté, dans le cadre de la formation initiale des enseignants, dans les inhiber, un module égalité. [01'43'26] Douze- j'ai perdu le nombre d'heures- mais dans lequel on va parler d'égalité filles-garçons, la marchandisation du corps, de la pornographie, la prostitution, des violences sexuelles. [01'43'36] Et dans ce cadre-là on mange. [01'43'39] Dirais pas qu'on a épuisé le sujet, mais en tout cas, on a on a avancé sur la sensibilisation. [01'43'47] Je rappelle, comme les élèves le l'information des enseignants. Elle est essentiellement centrée sur l'acquisition de compétences et donc, de voir un professeur en s v? t, on va le former sur ton sdt. [01'44'01] Et donc le, le, le temps. [01'44'04] Des élèves et le temps des professionnels les contraint dans ma semaine. [01'44'11] Et donc parfois faire des choix pour l'éducation à la sexualité, on forme des enseignants ou d'autres personnels. Un, parce que, pour le coup, y'a des personnels de vie scolaire, personnels de santé, qui s'investissent beaucoup dans cette section, vous enverra via un exemple: [01'44'25] Tout à fait intéressant. [01'44'29] Eux, ils sont spécifiquement formés à faire ça. Mais après, sur le repérage, il faut vraiment sensibiliser l'ensemble de la communauté disque éducatif. Donc, on peut avoir des sessions de sensibilisation. [01'44'39] Là, on va plutôt passer par des. [01'44'42] Le dvd. Mais comme on en a fabriqué un sur la question des violences sexuelles intrafamiliales, l'on a estimé que celui du mouvement du nid [01'44'51] N'eut été. [01'44'54] Un outil dont on pouvait y arriverez difficilement à faire quelque chose de plus qualitatif. Allons travailler avec eux à ce que ce soit bien. Non, mais on partait déjà d'une bonne base. Donc, on cherche à diffuser plus largement possible, et puis, on prie, on s'appuie sur le réseau académique, le réseau déconcentré, pour diffuser. [01'45'11] Maximum. [01'45'12] Ces outils après, il faut avoir en tête qu'à chaque fois qu'on va aborder un sujet [01'45'18] Les gens vont me dire: mais il faut sensibiliser tout le monde. [01'45'21] Mais voilà, le sion, sion, sion sensibilise tout le monde. Surtout, y a un moment donné, vous aurez plus de d'enseignants en face de vous, en face de vos enfants. [01'45'33] Merci beaucoup, benoît. [01'45'35] Merci pour pour ces réponses. Alors on continue la série de deux. Deux questions. En a une, c'est une question de linda. [01'45'42] Et je pense que qu'elle est adressé un peu plus à samia. En fait, comment peut-on introduire en école primaire une discussion autour de ce sujet sans forcément heurter les sensibilités des uns et des autres, notamment? [01'45'56] Parce que ce sont des des enfants un peu plus jeunes que les collégiens, bien évidemment, et les lycéens. Mais c'est surtout comment aborder le sujet. On l'aborde pas de la même manière, est-ce que c'est bien? vous avez une fin, une première piste. [01'46'11] Pour, pour les parents qui nous, qui nous écoutent. Huit, on parle le prisme du consentement. Moi je dis: voilà, je trouve que c'est vraiment un très bon outil. Moi, je j'utilise un petit outil, aucun canadien. [01'46'25] Voilà une petite petite série animée: un, deux, deux d'un petit personnage. [01'46'31] Et donc le thème style consentement, et donc ces petits personnages dailly, plusieurs, plusieurs choses, par exemple, les parents qui lui disent: faire un bisou à ta tante emma, est-ce que mon envie forcément, tout le temps, de faire un bisou à sa tante pour lui dire bonjour, a forcément, est-ce qu'on a droit de dire non, oui, on a loi dit. [01'46'51] Hier. Nous voilà, et puis la représentation du corps à qui appartient, son corps. Donc, ça, c'est pas toujours clair dans la tête des enfants, par exemple. [01'46'59] Certains enfants qui disent que leur corps appartiennent à leurs parents. [01'47'02] Et même même même plus grand, au collège. Les formules surpris par composent cette question toute simple. On par des réponses yahoo pareil, ils estiment que leur corps appartient à leurs parents. Donc, c'est déjà définir les limites du corps et que c'est à eux d'accorder ou non. [01'47'21] Leur accord. Le fait de mal, alors oui, ou leur nom. [01'47'25] Pour qu'on les touche, mais ne serait-ce que toucher l'épaule ou les cheveux. Voilà, on voilà sur des choses très simples. Et puis, pour en élémentaire, je dirais, à partir d'un schéma, [01'47'37] Voilà, depuis quelques années, la envie de dire trois, quatre ans, et puis, surtout avec la pandémie. [01'47'42] Qui a fait que danser tous confinés chez nous et ont eu tous besoin d'utiliser les outils numériques. [01'47'52] Ne serait-ce que pour les enfants. Continuer pour certains. [01'47'57] D'étudier via les outils numériques, et puis garder ce lien social entre malaga. C'est cette problématique là. Et donc, on s'aperçoit que maintenant, schémas, on va dire bien, trois quarts de la classe sont détenteurs d'un téléphone portable. [01'48'14] Non pas, non pas de nom, pas de, parfois, de contrôles parentaux, et c'est en général un téléphone qui l'aurait parfois donner son sang vraiment. [01'48'26] Cent, sans explication, sans prévention autour des d'internet et ses risques et ses dangers. [01'48'35] De ne pas, par exemple, étaler, assume identité personnelle, etc. Donc ça, c'est un autre prisme. [01'48'42] Que j'utilise. [01'48'43] Donc internet et ses dangers. [01'48'46] Voilà pour parler de de ne pas envoyer sa photo sur sur sur les réseaux sociaux. [01'48'53] L'âge à laquelle on peut accéder aux réseaux sociaux qu'on s'aperçoit qu'un enfant de neuf ans a des arts, a déjà snapchat. [01'49'01] Oh bah, ça peut poser question. [01'49'03] Voilà, plus du tout. Alors on parlait de la pornographie. [01'49'07] Effectivement. Bah, y a aussi toutes ces images violentes et choquantes, images et vidéos violentes et choquantes. Donc voilà, on ne détaille pas ce point-là, mais je trouvais que c'est intéressant d'aborder, internet, chianti, formidable, mais qu'il peut y avoir des dangers. Et donc, par la suite, si possible, aux classes, une nouveauté cette année. [01'49'27] Par exemple, que que je mets en place dans mes, dans mes établissements, et donc, on va voir avec les équipes qui sont partantes. [01'49'34] Ensuite de faire une exposition sur dans internet et ses dangers. [01'49'39] Avec les parents, et puis pour pouvoir aussi sensibiliser les parents sur cette question-là. Merci beaucoup, samia, merci donna, même si c'est c'est très complet. Merci beaucoup. Alors, juste, je réponds à quelques questions qui sont identiques. Un sur sur le tchate: oui, bien évidemment, vous aurez le diaporama non seulement de disques. [01'49'59] Nous approuvons, proposé le substitut du procureur, donc de bobigny, mais également l'ensemble des des intervenants. Donc, pas de souci là-dessus, par contre. Alors je juste un regard de lycéenne. [01'50'13] Inès, si tu veux bien, peut-être que je sais que t'as des questions à poser, mais peut-être une et une première réaction de ta part, et puis ensuite la question que que tu veux faire, les questions que tu voulais te poser. [01'50'24] Du coup, j'ai pas spécialement de questions. Par contre, j'avais quelques réactions à faire. [01'50'28] Notamment sur la question de l'éducation sexuelle, la prévention, qui a été beaucoup abordée pendant ce we. [01'50'35] Dans ses interventions. [01'50'37] Aujourd'hui donc, on est censé avoir trois séances, donc an, donc, depuis la loi de deux mille un, et je pense que c'est clair. [01'50'45] Dix, pendant ce temps, ce webinaire, que c'était vraiment un outil primordial dans la prévention et la lutte contre la prostitution, mais aussi contre les violences sexistes et sexuelles. [01'50'56] C'est vraiment un outil qui est primordial et aujourd'hui, bah, c'est pas appliqué et en plus de deux mètres dans le, dans les programmes, la notion de de la lutte contre la prostitution. Je pense qu'il faut vraiment faire attention à. [01'51'11] Sur des professeurs, sur les budgets qui sont alloués aux associations qui viennent faire ces ces interventions, parce qu'il y a des sujets. [01'51'18] À des associations qui sont compétentes pour faire de la prévention en milieu scolaire et ses interventions. Elles peuvent pas être réduites à quelques, à quelques professeurs volontaires qui font ces interventions. Ça doit être quelque chose de global et donc il y a il y a un besoin de financement et de deux volontés de formation. [01'51'39] Globale, pour que vraiment tout le monde puisse avoir ces outils-là. Ça me paraissait des des interventions ponctuelles de certaines infirmières, de certains professeurs, parce que, en plus de naître, [01'51'49] Beaucoup ne sont pas pas. [01'51'52] Pas correctement formé, j'en ai fait l'expérience. Donc, j'ai eu, j'ai quasiment eu, aucun cours donc d'éducation sexuelle, par exemple, et on en a eu avec des professeurs qui, ne saisissez pas de leur faute, mais ils ne savaient pas comment aborder ces sujets. Et donc bien, il y a un réel besoin de l'education nationale de de mettre la priorité sur que c'est. [01'52'12] Sur cette question-là. [01'52'14] Merci, inès, pour cette réaction. Alors, justement, avant de laisser la parole à carol, il y avait des questions sur le tchate, sur le combien de séances sont les élèves. Est-ce que je peux? [01'52'25] Permettre de rebondir? excusez-moi, je peux me permettre de rebondir. Oui, samia. Alors juste, je pose la question et je laisse la parole tout de suite après, parce que, du coup, on est un peu pris par le temps. C'est pour ça je voudrais que tous les intervenants et leurs questions. C'est un peu compliqué, mais mais on va vous donner la parole et pas de problème. Donc, combien de séances sont les élèves parents au collège d'éducation? [01'52'45] La sexualité? est est-ce que, bien évidemment, ce sont des heures dédiées? bon, je pense que les questions sont liées. [01'52'51] Donc là, je vous laisse répondre également. Benoît, je suis désolé si c'est encore pour vous, et ensuite on laissera samia réagir à ce qui vient d'être dit aussi. [01'53'05] Votre micro est toujours coupé. [01'53'07] Du coup, je l'ai laissé comme ça. Ça bien voulez prendre la parole, je la laisse intervenir après, puis ensuite je répondrai. Ça me convient. [01'53'14] Ben, écoutez comme vous voulez. [01'53'16] Vous êtes du même, des dans le même domaine. Donc, pas de soucis, samia, c'est à vous. [01'53'22] Alors je voulais pas rebondir par part. L'utilise fin par le lit le fait que les associations [01'53'30] Puisse venir. [01'53'32] Va effectuer un petit peu jean-louis dire l'émission. [01'53'36] Qui sont aussi les nôtres. Le souci, c'est que, effectivement, c'est très intéressant parce que c'est sous formes variées de théâtre, forum, etc. Mais après ces associations, elles partent, elles restent pas, demeure dans les établissements scolaires. [01'53'51] Et, en plus, il faut qu'elle puisse être agréée, etc. Que le contenu soit, comment dirais-je, vérifiés et validés par l'education nationale et ne reste pas, donc, à demeure au sein des établissements. Donc, ça, ça pose question, parce que, ensuite, le jeune, on sait bien les jeunes, lorsqu'ils ont une question ou une préoccupation, ils ont. [01'54'10] Besoin de trouver un interlocuteur immédiat. [01'54'14] En qui j'ai confiance et qui a les compétences pour pouvoir. [01'54'18] Les écouter, les soutenir, les guider et les orienter, les accompagner, etc. Et là, j'ai envie de dire: voilà donc que si, effectivement, on fait pénétrer des aloès, des associations, à l'éducation nationale, [01'54'32] Bah euh, après les rediriger à l'extérieur. On sait que c'est très compliqué. Voilà qu'on leur dit: baba, tél adresse par exemple une jeune fille qui a pris un risque sexuel et qui a besoin. [01'54'43] Deux, deux, deux, de se faire dépister, etc. Qu'on lui dit d'aller au planning familial, etc. Et parfois c'est pas fait dans l'immédiat, parce que ça lui demande une démarche, elle, elle a besoin d'un alliant santé, une réponse t avec une action t immédiate. Donc voilà, c'est pour ça que ça sommes-nous à l'ademe, l'amour, en tout cas de snap, sexe et suce, ça nous préoccupe. [01'55'02] Je tenais à dire aussi qu'effectivement n'était en tout cas pour les infirmières, sept mille sept cents infirmières pour soixante-deux mille sites scolaires et treize millions d'élèves, donc, effectivement, [01'55'16] Je pense qu'il y a aussi un problème de moyens. [01'55'19] Je m'en excuse, monsieur rojo, mais je me permets de vous interpeller par rapport à ça. [01'55'25] Donc, il faudrait effectivement pouvoir. [01'55'30] Va créer des postes supplémentaires pour qu'on puisse développer et avoir le temps, effectivement, de de pouvoir mettre créer et mettre à disposition des actions de prévention et de pouvoir poursuivre, au sein des infirmeries, des consultations infirmières individuelles. [01'55'50] Avec un suivi. Là, actuellement on est, on a beaucoup de mal à effectuer le suivi. [01'55'56] Nez à chaque fois dans l'urgence, c'est-à-dire qu'on reçoit un jeune ou traite entre guillemets l'urgence, et puis cette urgence va aller chasser par une autre urgence. Donc, c'est difficile ensuite de reprendre de voilà, d'avoir une certaine continuité et suivi d'élèves. Voilà donc face et nos préoccupations vraiment de terrain, et c'est ce qui nous mine et qui nous met en souffrance actu. [01'56'16] Element: les infirmières à l'education nationale. [01'56'19] Voilà, parce qu'on a l'impression de toujours courir après le temps et et après les différents sites. [01'56'26] Pour lesquels on se partage. [01'56'29] Merci, samia, on va. Je vais répondre aux deux questions alors. [01'56'35] Je je m'appelais, ne doit pas polémiquer sur, mais juste rappeler, quand même inconnu, le corps des infirmiers. [01'56'42] Ses effectifs augmenter de quarante pour cent en vingt ans, alors qu'on a une stagnation du nombre d'élèves. Peut-être que c'est c'est pas suffisant. On a encore créé cinquante postes cette année sur deux, d'infirmiers et d'infirmières, lhomme et la femme seule. [01'56'58] Zozo. Donc, on voit bien qu'à un moment soit sur la question de la santé, de la protection de l'enfance. [01'57'04] Le béton. [01'57'05] A fait des efforts. Un moins, je comprends la position. [01'57'10] Les organisations syndicales de découvrir plus, certainement faire plus de plein de choses d'ailleurs. [01'57'17] Noé a. En revanche, sur la question des associations- et vous pourrez dire à votre, à votre direction, que j'ai dit ça parce que c'est quand même un comminges- absolument d'accord avec tout ce que ragot jusqu'à raconter la collègue du phœnix. [01'57'31] Le voilà. Moi, je trouve que les interventions sont particulièrement utiles. [01'57'37] La, le la la. La présentation qui nous a été faite de la pièce de théâtre, c'est très intéressant et c'est vraiment vraiment intéressant pour une équipe éducative, pour peu que ce soit co-organisé avec l'équipe. [01'57'50] Mais je tiens quand même à souligner qu'il y a des grosses différences territoriales. [01'57'55] Par exemple, à paris, l'intégrale des séances sont quasiment toutes faites. Dans tous les établissements, elles sont faites quasiment pas. [01'58'02] Que des associations. [01'58'03] Vous allez en corrèze. [01'58'06] Pas d'association. [01'58'09] Donc en fait même son souhaitait. [01'58'12] L'education nationale. Elle dispose d'une ressource d'appui très utile, très intéressante, mais qui ne peut être qu'une ressource d'appui. [01'58'22] On pige pas. J'ai j'ai dit samia, mais j'ai l'habitude de tutoyer les gens à la maison. On peut appeler ça samia, benoît. [01'58'32] Né le le. Le nodejs te dit: treize millions d'usagers. [01'58'38] Des lèvres, on trouvera plus d'usagers, plus leurs parents, ça va encore plus d'usagers. [01'58'43] Les treize millions d'élèves ont à peine ressources associatives qui couvrent trois séances par an. Pour treize millions d'élèves, donc, à un moment donné. [01'58'52] On ne peut ou ne doit, qu'on doit construire une stratégie qui repose sur les personnels de l'éducation nationale. [01'59'00] Et si on a des associations, et bien, c'est tant mieux. [01'59'04] Et après, oui, sur les, sur les trois sens, on a encore à progresser, c'est vrai. [01'59'10] Mais a une une difficulté à avancer. Je pense que certains de vous êtes. Quel moment vous avez cédé l'égalité. [01'59'18] Soudan, la difficulté qu'on a eue de parler de ce sujet. [01'59'23] Alors, merci, merci, benoît. Je suis désolé, on est un peu pris par le temps, donc, c'est pour ça que je me permets. Je vais donner la parole à carole tiède qui a, justement, vous parliez des associations et des compagnies de questions. Je crois, carole sûr pour la compagnie de théâtre. [01'59'38] J'ai deux questions pour la compagnie de théâtre et j'aurai également après une question à benoît. [01'59'44] S'il pourrait me répondre, ce serait magnifique. Alors là la question pour la compagnie de théâtre. Je voulais savoir: est-ce que c'est prévu une tournée de cette pièce de théâtre, le cri de l'escargot, au niveau de la france? et puis, quel type de public au niveau scolaire, qui peut, qui peut venir la regarder? [02'00'04] Alors, euh, en ce qui concerne la tournée, donc, évident, nous envisageons, dans un premier temps, nous envie, nous envisageons, excusez-moi, de [02'00'13] De le représenter en île-de-france. Vraiment, nous habitons paris. La compagnie vert est basée à paris, mais [02'00'22] En fait. Hum, c'était très compliqué en fait, parce que ce n'est pas un spectacle, enfin, on va pas faire la tournée des théâtres et tout ça. Même parler de tournée, pour moi, c'est, c'est assez étrange l'idée, vraiment, et j'insiste, de proposer cette pièce comme un outil de prévention. Donc oui, durant l'année. [02'00'42] A partir de deux mille vingt deux, deux mille vingt trois de cette année scolaire, la donc la prochaine. [02'00'46] Oui, on, on, nous pourrons aller. [02'00'50] Partout où les collèges seraient intéressés par cet outil. La voie en ile-de-france et sur le national, effectivement, pour préciser l'idée, c'est cette étape, c'est se déplacer directement dans les établissements scolaires, c'est-à-dire que c'est un spectacle qu'on envisage vraiment de jouer dans une salle de classe ou dans une salle d'activités au sein. [02'01'10] L'établissement super qu'effectivement, on amène le théâtre directement lus, dans le lieu où sont les premiers concernés à partir de là. Du coup, effectivement, et concernant le coût de cette intervention, la plupart des établissements scolaires n'ont pas forcément les moyens d'acheter directement. [02'01'30] Façon théâtrale, parce qu'effectivement, c'est un coup pour payer les comédiens, pour payer l'intervention, non après, etc. Et donc non pas forcément ses moyens. Et donc, effectivement, dans le financement de l'intervention, il est à chercher ailleurs, par le biais, effectivement, de subventions d'action, etc. Et donc, à partir de là, nous on [02'01'51] On se met à disposition si effectivement. [02'01'55] Un collège en corrèze ou ailleurs, est intéressé. Mais c'est simplement qu'on va avoir plus de déplacements et que c'est une logistique qui est un peu plus grande puisque, effectivement là, la compagnie est implantée en île-de-france. Mais rien n'est impossible et tout est envisageable, c'est-à-dire qu'effectivement le spectacle est suffisamment léger. [02'02'15] Pour se déplacer et et être disponible. [02'02'20] Effectivement, il tient le spectacle, on l'envisage, y tient dans, dans une voiture à peine, et on peut se déplacer. Et voilà simplement, si on a six heures de route pour arriver dans l'établissement, ça veut dire que derrière, il faut aussi prévoir. [02'02'35] Les infrastructures pour se loger, etc. Et que ça complique la chose, la chose, mais en soi, nous, on serait ravis de pouvoir effectivement [02'02'44] Tourner ce spectacle partout. Ils ont parlé d'en parler. Y'a des besoins et est sauvegardé. [02'02'52] Nous vous invitons peur. [02'02'56] Un. [02'02'59] Des paquets plus belles? non, [02'03'03] On, nous entend plus. [02'03'06] Benoît, c'était une boutade. [02'03'08] On en discutera, vous inquiétez pas. C'est alors. Je vais laisser la parole à carole pour une question pour monsieur le substitut du procureur, pour mettre bernard au bout. Alors, en fait, je voudrais savoir: vous avez dit lors de votre intervention qu'il y a au moins onze procureurs ont qui sont référents sur la prostitution. Il attend? [02'03'27] Fête des mineurs. Je voudrais savoir, au niveau des drôme des départements des régions d'outre-mer, est-ce qu'il y en a qui sont dédiés également? [02'03'34] Pour cette thématique. [02'03'37] Hé. [02'03'43] Du coup, vous me voyez me demander: ah oui, non, j'ai pas dit onze magistrats référents à l'agneau. J'ai pas du tout. [02'03'50] Dans au parquet des de bobigny que sagan zad magistrats. Onze au parquet des mineurs, à nos contrats, de toutes les affaires en lien avec les mineurs, victimes ou mineurs auteurs, et surveiller donc. Non, parmi mes onze collègues, dont je fais partie, on est trois référents. [02'04'04] Sur cette question de la prostitution. [02'04'07] Je n'ai aucune idée de ce qui se passe dans les territoires ultramarins. [02'04'12] La france compte à peu près cent quatre-vingts tribunaux. En aucun cas vous imaginez la difficulté de connaître toutes les situations dans chaque tribunal de france. Je sais qu'en ile-de-france, la plupart des tribunaux ont un référent. [02'04'25] Un ou deux référents sur la prostitution des mineurs ou des majeurs. [02'04'29] Comme c'est le cas à lille aussi, également à marseille ou lannoy, dans les grands tribunaux qui qui peuvent se permettre d'avoir des magistrats spécialisés. [02'04'38] Sachant que c'est un luxe. Dans les tribunaux de taille plus petite ou taille moyenne en général, les magistrats sont beaucoup moins spécialisés que je ne le suis. [02'04'45] Ainsi que mes collègues. [02'04'48] Merci, beaucoup, beaucoup merci pour cette réponse. Alors, une, une réaction, justement d'isabelle mathieu, qui nous dit: il faudrait ouvrir des événements aux représentants de parents sur ces sujets, par exemple, des formations ouvertes aux personnels de l'education nationale et, en début de soirée, par exemple, aux représentants de parents. Donc voilà, c'est une idée. [02'05'07] Pourquoi pas? alors on a une question. [02'05'11] Sur sur le tchad. Ne serait-il pas possible, pour le premier degré, que les mairies sensibilise également le personnel qui intervient pour l'encadrement périscolaire? cela permettrait de déployer cela sur l'ensemble du territoire national en complément de l'éducation nationale. Alors ça, c'est une question. [02'05'27] Je ne suis pas benoît si vous avez une réponse et ensuite j'aurais une question aussi pour pour un autre intervenant. Merci beaucoup. [02'05'36] Avant de répondre à la question. [02'05'39] J'aimerais dire à la compagnie qui fut jamais jouée à paris: suis très preneur d'aller voir comment ça se passe. [02'05'46] Avec les. Les élèves vont, qu'elles vont jouer. S'ils pouvaient me prévenir, moi, en équipe, je suis confiné dans mon bureau avec le covid et, pour être très honnête, j'ai très envie d'en sortir pour aller voir des choses qui se passent dans les établissements scolaires et je pense que ça pourrait être une très bonne occasion. [02'06'03] Très bon prétexte pour aller prendre un peu l'air. [02'06'07] Avec grand plaisir. Avec grand plaisir, le football. [02'06'11] Du coup sur la question des collectivités territoriales. [02'06'15] Mais quand même pas prendre des engagements à la place des autres. [02'06'19] Ce qu'il faut savoir souvent, fixer les collectivités territoriales qui financent des écoles et établissements pour payer les associations qui viennent. [02'06'29] Voilà donc si elles choisissent. [02'06'31] Voilà le fonctionnement un peu différent si on a un peu plus la main sur l'utilisation des crédits dans les établissements scolaires que dans les écoles. [02'06'40] Néanmoins un partenariat noué avec les collectivités autour de ces éducations transversales. [02'06'47] Nous qu'on a. [02'06'50] On a une action de là, on a en action le des collectivités territoriales, en sens, sur l'information des animateurs. Voici mes collègues de la de la geneva. [02'07'03] Force d'utiliser des d'acronymes, on nous oblige. Qui veulent dire la direction générale. [02'07'08] De la jeunesse. [02'07'11] Et de la vie associative. [02'07'15] Contribue à former les réseaux associatifs, et donc sans savoir précisément ce qui se passe. J'imagine que la ligue de l'enseignement ou d'autres associations forment d'ores et déjà des animateurs. [02'07'28] Maia sans doute à renforcer les liens sur ces questions-là entre les les différents acteurs qui sont en contact avec le public jeune tout au long de la semaine. [02'07'39] Même si l'institution scolaire, elle née après les familles, l'endroit où les jeunes passent le plus de temps. [02'07'47] Merci beaucoup. [02'07'48] Alors moi, j'ai une dernière question. [02'07'52] Justement, ça fait un peu le lien avec ce que vous venez de dire et pour l'aspect, euh donc, [02'07'57] Bérangère si. [02'08'00] Elle est allée partie d'accord pour bébés rangés, répartis. Pour ça, on lui posera la question. Mais en tout cas, si l'un de vous veut répondre à cette question-là, peut-on envisager des formations ou des liens, justement, entre les professeurs et les professionnels de la protection de l'enfance. Peut-être, monsieur le substitut ou benoît, je ne sais pas. [02'08'17] Et si quelqu'un a une réponse là-dessus. [02'08'22] Vous vous m'entendez. [02'08'23] Oui. [02'08'25] Ben, oui, oui, on vous entend. Ah oui, donc ça se fête, ça se fait effectivement très régulièrement, en tout cas ensemble. [02'08'34] L'amicale du nid que j'évoquais tout à l'heure a dispose d'un temps plein. [02'08'39] Chargé de mission à temps plein qui vient intervenir dans les établissements scolaires. [02'08'42] Collège, collège, lycée, pour former les professionnels. [02'08'47] Sur cette question-là de la prostitution des mineurs, mais de manière générale des violences sexuelles, à des questions du consentement. [02'08'53] Tant à l'égard des jeunes qu'elle a gardé des professionnels de l'établissement scolaire. Il y a d'autres associations qui font la même chose, d'autres qui sont: [02'09'00] Accès de manière générale sur les violences sexuelles faites aux enfants et donc effectuer des rencontres impossible. Je sais qu'en en seine-saint-denis a souvent des rencontres avec des partenaires. [02'09'12] Sociale à l'enfance, établissements professionnels scolaires. [02'09'16] Les services sociaux des mairies. [02'09'18] Donc avec des actions de sensibilisation sur une demi-journée, une journée, en fonction des dynamiques locales, locales. [02'09'25] Par exemple, je suis intervenu à trois. [02'09'28] A la demande de la préfecture et du tribunal requis. Il y a vraiment des possibilités d'intervention très large en fonction de de ce que des idées, des besoins et des demandes des établissements scolaires ou des préfectures ou des mairies. [02'09'44] Merci beaucoup pour pour cette réponse. Alors, comment toucher? le webinaire touche à sa fin. Je ne vais pas abuser, simplement vous donner les deux dernières réactions qu'on a eu. Donc, comment l'infirmière arrive-t-elle à tout faire? donc sa billard. [02'09'57] Bravo, bravo pour le travail que vous faites. Je pense que c'était un remerciement. Et le dernier, la dernière question était: comment peut on peut être prise en compte un suivi psychothérapeutique pour les jeunes? donc là, je pense que le la question s'adresser plus si on est sûr qu'on. [02'10'14] On va poser la question notamment ou au psychologue scolaire ou à d'autres, et puis on reviendra vers vous pour vous répondre sur cette question-là. Donc, notre webinaire touche à sa fin. Merci à tous de votre présence. [02'10'27] Je vais laisser un dernier mot à nos intervenants, donc en une phrase. [02'10'32] La question qu'on va vous poser, puisque on est en pleine campagne électorale. Fins électorales: oui. [02'10'39] Est-ce que, qu'est-ce que ça serait pour, justement endiguer ce phénomène? qu'est-ce que seraient les [02'10'46] Qu'est ce que vous proposez? auriez, par exemple: [02'10'48] Aux candidats à la présidentielle. [02'10'51] En une phrase. [02'10'52] S'il vous plaît. Alors on va commencer par aller. Honneur aux femmes samia. [02'10'59] C'est du sexisme. [02'11'03] À écouter en une phrase: [02'11'05] Plus de moyens humains en termes de assistante sociale, infirmière, psy, hum, etc. Pour pouvoir, justement, rendre garcin. [02'11'17] Comment dirais-je repérer, sensibiliser les équipes éducatives, etc. Tous ces, toutes ces problématiques. [02'11'25] Voilà lié autour de deux. [02'11'28] De la prostitution, la pornographie, etc. Parce qu'il y en a des thèmes malheureusement: le harcèlement, etc. Donc, il faut beaucoup plus de professionnels sur le terrain. Merci beaucoup, samia se doit peut-être une réaction. [02'11'43] Les invoquer: l'article cinq de la constitution de la fonction publique et mon devoir de réserve. [02'11'50] Merci, benoît, je me doutais un peu. [02'11'53] Alors simon peut-être. [02'11'55] C'est pas un avis, peut-être juste une phrase. Votre micro est désactivé de manière h, astreint à un devoir de réserve sur des questions politiques, mais je tiens à souligner que, de manière factuelle, le gouvernement actuel a à débloquer quatorze millions d'euros. [02'12'11] Sur cette question de la protection des mineurs. [02'12'14] Donc, avec un plan national, avec un rapport qui a été rendu, qui a été rendu il y a quelques mois, [02'12'20] Donc voilà, il y a pas mal de choses qu'ont été faites et qui vont être faites encore dans les années à venir, puisque le plan national a vocation à à se répéter pour les années à suivre. [02'12'30] Vous avez tout à fait raison. Quand les choses se font bien, il faut le souligner aussi. Merci aussi pour cette intervention tout à fait. [02'12'38] Peut-être que pascal ou non a effectivement souhaité il y a. Il y a effectivement la question des moyens. [02'12'46] Et après, c'est fait aussi. [02'12'50] Humainement. [02'12'52] Réussira à établir les liens et les contextes de façon à ce que les initiatives puissent effectivement se rencontrer. [02'12'59] F? s? et voilà, quand on voit que, effectivement, il y a un milieu associatif qui est florissant et qui s'empare de la question. C'est: comment réussir à mieux? peut être titré, tisser des passerelles entre ce milieu associatif et et et l'éducation nationale, de manière à ce que- est-ce que ça puisse porter ses fruits? [02'13'19] Et comme on en voit le résultat, sur le terrain, et si je peux, et avec les jeunes, [02'13'25] Lorsque vous faites, de temps en temps, on a tellement envie qu'on a tendance, mais pas à oublier en fait les principaux intéressés. [02'13'33] F l, les enfants. Voilà donc tout à fait, vous avez tout à fait raison. Merci, merci, justement, inès. Un dernier mot peut-être. [02'13'42] Ah bah déjà, merci de m'avoir invité. C'est super intéressant. J'ai appris beaucoup de trucs et je connaissais pas d'un nouveau sujet. [02'13'48] Et moi je continue. On peut les faire, les revendications de de mme l'infirmière. [02'13'56] Samia, samia. [02'13'58] Sur les moyens dans les, dans les établissements, est accordée aux professionnels de santé qui accompagnent les jeunes, parce que je pense que c'est primordial et j'espère que la présidentielle aura un impact sur ça et que, peut-être, le prochain gouvernement sera puissant, ouvert à l'idée de financer ça. Merci, merci, inès, plein de sagesse. [02'14'19] La jeunesse. Carole steiner, c'est carole carla. Dernier mot, merci. Merci à tous d'avoir joué le jeu, merci d'être présent, d'avoir participé à ce webinaire. C'est wagner qui- c'est un sujet qui n'est pas très facile à aborder, mais qui a été, pour ma part, [02'14'38] Très clair vis-à-vis des interventions des différents internautes, mais également dit des comment dire des intervenants, et merci à mes collègues de la etc. [02'14'51] Car carla carlos. Alors, un dernier mot pour. Pour moi, en fait, c'est déjà une bonne chose, en fait. On parle de plus en plus de ce sujet. [02'15'00] La prostitution des mineurs. Donc, il faut continuer. C'est vrai que là peu un rôle à jouer. [02'15'06] Justement sur sur ces questions-là, c'est vrai que j'ai beaucoup entendu, donc vrai, à un webinaire qualité. [02'15'12] Très enrichissant parce qu'on avait des intervenants. [02'15'15] Très complémentaire avec des visions différentes. Donc, ça va nous faire avancer. L'éducation à la sexualité: la f p e l'exige aussi davantage après. Certains intervenants l'ont souligné, les parents ne sont pas toujours encore assez sensibilisés à la question de l'éducation. [02'15'35] Sexualité. [02'15'37] Au sein de l'école. Donc, ça, c'est aussi un travail que nous devons faire avec benoît de la dgesco et tous les acteurs, en fait, de la communauté éducative. Voilà donc, merci beaucoup à tout le monde, n'achète. [02'15'50] Merci, merci, carla, merci à tous. Alors moi, simplement un dernier mot, déjà pour vous remercier tous d'être d'être intervenu, parce que, c'est vrai, comme l'a dit carole, le sujet était sensible. [02'16'01] Allez-y si peu. C'est l'une des des premières fois, en fait, qu'on aborde ce sujet, qui est assez transversal. Finalement, puisqu'on a parlé de harcèlement, on a parlé de de cyber, cyber prostitution, dont de cyber. [02'16'14] Pornographie aussi. Donc, c'est un sujet qui qui peut toucher n'importe qui à n'importe quel moment. Malheureusement, les réseaux sociaux n'ont pas fait que du bien sur ce sujet, mais nous on garde espoir. En tout cas, elle a eu si peu. [02'16'27] C'était la raison de ce, de ce webinaire et du binaire. Nous, nous, vraiment nous nous tenait à cœur. [02'16'32] De pouvoir trouver des actions et de travailler avec tous les acteurs, justement. [02'16'37] Que ce soit le ministère, d'autres acteurs de la protection de l'enfance. [02'16'43] Autour de cette thématique, parce que c'est vrai que on est sollicité de plus en plus par les parents qui sont souvent démunis. Et l'idée donc, demain matin, nous aurons des ateliers avec nos élus départementaux et l'idée, ce sera justement de trouver un axe des actions qui seront menées localement. [02'17'03] Anne a proposé à nos partenaires pour les mener localement mais aussi nationalement, et je voudrais juste revenir sur sur ce livre. [02'17'12] Je vous invite vraiment à le lire. Il est poignant, il est enrichissant, il est il est vraiment aussi plein d'espoir parce que nina, au final, retrouve ses parents et- et c'est vraiment un message que l'on veut aujourd'hui- [02'17'27] Donner un message fort, c'est-à-dire que rien n'est perdu. Il faut absolument, absolument garder espoir, nous, en tant que parents, mais aussi en tant que qu'acteur de la communauté éducative, garder espoir et continuer le combat, parce que rien n'est perdu d'avance. La preuve: nina s'en est sortie. Elle est sortie de cette, de cet enfer. [02'17'47] Donc, merci à tous. Nous espérons en tout cas que vous avez passé un agréable moment avec nous et que vous avez eu des informations qui vont justement vous amener à vous intéresser au sujet, à ce phénomène, et on vous proposera d'autres, d'autres webinaire, bien évidemment, comme l'a dit carla, et d'autres sujets. [02'18'06] A envisager aussi sur la question de l'éducation. Je rappelle juste que demain, nous avons une autre journée thématique. [02'18'13] Petit clin d'oeil à mes collègues, parce que on a cumulé ce week-end. La journée thématique concerne les segpa, donc n'hésitez pas à vous inscrire. Vous avez le lien sur la page facebook et twitter de de la pub nationale. Vous pouvez vous inscrire. Il y a encore encore un peu de place. Donc, n'hésitez pas aussi à participer, parce que les segpa, c. [02'18'33] Sont aussi un sujet à part entière. Merci à tous, bonne soirée et à bientôt. Juste merci à sophie. Pardon, excusez-moi. Oui, merci, tu as tout à fait raison, carottes. Merci sophie qui nous a accompagnés. Que vous ne voyez pas qui est derrière. [02'18'48] Derrière les caméras. Mais merci à sophie, notre chargée de mission, qui a nous a accompagné durant tout le montage de ce de ce webinaire. Merci à elle, parce que c'est vrai qu'elle nous a beaucoup, beaucoup, beaucoup aider. Beaucoup, merci à toi. [02'19'02] Bonne soirée à bientôt. Et puis va, portez-vous bien. Merci beaucoup, on va enfin.

    1. 16.3.2. Well-Intentioned Harm# Sometimes even well-intentioned efforts can do significant harm. For example, in the immediate aftermath of the 2013 Boston Marathon bombing, FBI released a security photo of one of the bombers and asked for tips. A group of Reddit users decided to try to identify the bomber(s) themselves. They quickly settled on a missing man (Sunil Tripathi) as the culprit (it turned out had died by suicide and was in no way related to the case), and flooded the Facebook page set up to search for Sunil Tripathi, causing his family unnecessary pain and difficulty. The person who set up the “Find Boston Bomber” Reddit board said “It Was a Disaster” but “Incredible”, and Reddit apologized for online Boston ‘witch hunt’.

      Personally, I see similar stuff to this online. People are always trying to force their morals onto others, and in certain areas of the internet, people will collaborate to erase something that doesn't align with their moral code or beliefs. I often see people defending others and adopting a hive mind mentality when, in reality, the thing I said wasn't meant to set anyone off or be rude in the first place. Since I was already marked as an enemy, those who want to protect someone online often end up doing a terrifying action that they were originally fighting against. I observe this behavior frequently, and I usually call out people who engage in these types of actions because nobody is perfect, and everyone has their own story. The internet, when it comes to helping, is similar to playing a large game of telephone; eventually, the message will be misinterpreted, causing negative actions.

    1. Résumé vidéo [00:00:00][^1^][1] - [00:24:52][^2^][2] : La vidéo aborde la recherche de la justice dans le droit, la législation et l'application judiciaire. Elle souligne les défis de définir une justice universelle et l'importance de la conscience et de la raison dans la création des lois.

      Points clés : + [00:00:19][^3^][3] Introduction à la table ronde * Discussion sur la loi naturelle et le droit naturel * Difficultés d'une définition universelle de la justice + [00:07:35][^4^][4] La fonction de législation * L'impact des principes de 1789 sur la loi positive * La légitimité de la loi une fois votée et son acceptation sociale + [00:23:25][^5^][5] Le rôle du juge et de l'enseignant * La formation influence la capacité de rendre une justice équitable * Importance de la conscience du législateur et de la recherche du bien commun Résumé de la vidéo [00:24:54][^1^][1] - [00:47:21][^2^][2] : La vidéo aborde la question de la justice et du rôle des juges, en se concentrant sur l'évolution du serment des magistrats en France et l'importance de l'équité dans le système judiciaire.

      Points clés : + [00:24:54][^3^][3] La justice et les juges * Interrogation sur la justice dans la formation des juges * Évolution du serment des magistrats depuis 1958 + [00:29:01][^4^][4] L'équité dans la loi * L'article 700 du code de procédure civile et l'équité * L'influence de la Cour européenne des droits de l'homme + [00:32:06][^5^][5] Le rôle des avocats * Les avocats comme yeux de la justice * Importance de l'écoute et de la compréhension des justiciables + [00:38:01][^6^][6] La recherche du juste * La loi naturelle et l'individualisation de la peine * La contribution des avocats à la justice par la partialité Résumé de la vidéo 00:47:23 - 01:03:12 : La vidéo aborde la dialectique judiciaire, l'importance de l'écoute et de la prudence dans la pratique du droit, ainsi que les défis posés par une approche trop légale de la justice. Elle souligne la nécessité d'une justice équilibrée qui tienne compte des circonstances réelles et de l'équité.

      Points forts : + [00:47:23][^1^][1] Dialectique judiciaire * Critique de la rigidité légale * Exemples de justice scolaire + [00:48:32][^2^][2] Légitime défense * Cas de Monsieur Legras * Débat sur la proportionnalité + [00:51:01][^3^][3] Vertus des praticiens * Importance de l'écoute et de la prudence * Vertus pour législateurs, magistrats, avocats + [00:57:06][^4^][4] Pouvoir du juge * Discussion sur l'équité et la loi * Exemple de jugement pendant le COVID-19

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      eLife assessment

      This study uses a multi-pronged empirical and theoretical approach to advance our understanding of how differences in learning relate to differences in the ways that male versus female animals cope with urban environments, and more generally how reversal learning may benefit animals in urban habitats. The work makes an important contribution and parts of the data and analyses are solid, although several of the main claims are only partially supported or overstated and require additional support.

      Public Reviews:

      We thank the Editor and both Reviewers for their time and for their constructive evaluation of our manuscript. We worked to address each comment and suggestion offered by the Reviewers in our revision—please see our point-by-point responses below.

      Reviewer #1 (Public Review):

      Summary:

      In this highly ambitious paper, Breen and Deffner used a multi-pronged approach to generate novel insights on how differences between male and female birds in their learning strategies might relate to patterns of invasion and spread into new geographic and urban areas.

      The empirical results, drawn from data available in online archives, showed that while males and females are similar in their initial efficiency of learning a standard color-food association (e.g., color X = food; color Y = no food) scenario when the associations are switched (now, color Y = food, X= no food), males are more efficient than females at adjusting to the new situation (i.e., faster at 'reversal learning'). Clearly, if animals live in an unstable world, where associations between cues (e.g., color) and what is good versus bad might change unpredictably, it is important to be good at reversal learning. In these grackles, males tend to disperse into new areas before females. It is thus fascinating that males appear to be better than females at reversal learning. Importantly, to gain a better understanding of underlying learning mechanisms, the authors use a Bayesian learning model to assess the relative role of two mechanisms (each governed by a single parameter) that might contribute to differences in learning. They find that what they term 'risk sensitive' learning is the key to explaining the differences in reversal learning. Males tend to exhibit higher risk sensitivity which explains their faster reversal learning. The authors then tested the validity of their empirical results by running agent-based simulations where 10,000 computersimulated 'birds' were asked to make feeding choices using the learning parameters estimated from real birds. Perhaps not surprisingly, the computer birds exhibited learning patterns that were strikingly similar to the real birds. Finally, the authors ran evolutionary algorithms that simulate evolution by natural selection where the key traits that can evolve are the two learning parameters. They find that under conditions that might be common in urban environments, high-risk sensitivity is indeed favored.

      Strengths:

      The paper addresses a critically important issue in the modern world. Clearly, some organisms (some species, some individuals) are adjusting well and thriving in the modern, human-altered world, while others are doing poorly. Understanding how organisms cope with human-induced environmental change, and why some are particularly good at adjusting to change is thus an important question.

      The comparison of male versus female reversal learning across three populations that differ in years since they were first invaded by grackles is one of few, perhaps the first in any species, to address this important issue experimentally.

      Using a combination of experimental results, statistical simulations, and evolutionary modeling is a powerful method for elucidating novel insights.

      Thank you—we are delighted to receive this positive feedback, especially regarding the inferential power of our analytical approach.

      Weaknesses:

      The match between the broader conceptual background involving range expansion, urbanization, and sex-biased dispersal and learning, and the actual comparison of three urban populations along a range expansion gradient was somewhat confusing. The fact that three populations were compared along a range expansion gradient implies an expectation that they might differ because they are at very different points in a range expansion. Indeed, the predicted differences between males and females are largely couched in terms of population differences based on their 'location' along the rangeexpansion gradient. However, the fact that they are all urban areas suggests that one might not expect the populations to differ. In addition, the evolutionary model suggests that all animals, male or female, living in urban environments (that the authors suggest are stable but unpredictable) should exhibit high-risk sensitivity. Given that all grackles, male and female, in all populations, are both living in urban environments and likely come from an urban background, should males and females differ in their learning behavior? Clarification would be useful.

      Thank you for highlighting a gap in clarity in our conceptual framework. To answer the Reviewer’s question—yes, even with this shared urban ‘history’, it seems plausible that males and females could differ in their learning. For example, irrespective of population membership, such sex differences could come about via differential reliance on learning strategies mediated by an interaction between grackles’ polygynous mating system and malebiased dispersal system, as we discuss in L254–265 (now L295–306). Population membership might, in turn, differentially moderate the magnitude of any such sex-effect since an edge population, even though urban, could still pose novel challenges—for example, by requiring grackles to learn novel daily temporal foraging patterns such as when and where garbage is collected (grackles appear to track this food resource: Rodrigo et al. 2021 [DOI: 10.1101/2021.06.14.448443]). We now introduce this important conceptual information— please see L89–96.

      Reinforcement learning mechanisms:

      Although the authors' title, abstract, and conclusions emphasize the importance of variation in 'risk sensitivity', most readers in this field will very possibly misunderstand what this means biologically. Both the authors' use of the term 'risk sensitivity' and their statistical methods for measuring this concept have potential problems.

      Please see our below responses concerning our risk-sensitivity term.

      First, most behavioral ecologists think of risk as predation risk which is not considered in this paper. Secondarily, some might think of risk as uncertainty. Here, as discussed in more detail below, the 'risk sensitivity' parameter basically influences how strongly an option's attractiveness affects the animal's choice of that option. They say that this is in line with foraging theory (Stephens and Krebs 2019) where sensitivity means seeking higher expected payoffs based on prior experience. To me, this sounds like 'reward sensitivity', but not what most think of as 'risk sensitivity'. This problem can be easily fixed by changing the name of the term.

      We apologise for not clearly introducing the field of risk-sensitive foraging, which focuses on how animals evaluate and choose between distinct food options, and how such foraging decisions are influenced by pay-off variance i.e., risk associated with alternative foraging options (seminal reviews: Bateson 2002 [DOI: 10.1079/PNS2002181]; Kacelnik & Bateson 1996 [DOI: 10.1093/ICB/36.4.402]). We have added this information to our manuscript in L494–497. We further apologise for not clearly explaining how our lambda parameter estimates such risk-sensitive foraging. To do so here, we need to consider our Bayesian reinforcement learning model in full. This model uses observed choice-behaviour during reinforcement learning to infer our phi (information-updating) and lambda (risksensitivity) learning parameters. Thus, payoffs incurred through choice simultaneously influence estimation of each learning parameter—that is, in a sense, they are both sensitive to rewards. But phi and lambda differentially direct any reward sensitivity back on choicebehaviour due to their distinct definitions. Glossing over the mathematics, for phi, stronger reward sensitivity (bigger phi values) means faster internal updating about stimulus-reward pairings, which translates behaviourally into faster learning about ‘what to choose’. For lambda, stronger reward sensitivity (bigger lambda values) means stronger internal determinism about seeking the non-risk foraging option (i.e., the one with the higher expected payoffs based on prior experience), which translates behaviourally into less choice-option switching i.e., ‘playing it safe’. We hope this information, which we have incorporated into our revised manuscript (please see L153–161), clarifies the rationale and mechanics of our reinforcement learning model, and why lamba measures risk-sensitivity.

      In addition, however, the parameter does not measure sensitivity to rewards per se - rewards are not in equation 2. As noted above, instead, equation 2 addresses the sensitivity of choice to the attraction score which can be sensitive to rewards, though in complex ways depending on the updating parameter. Second, equations 1 and 2 involve one specific assumption about how sensitivity to rewards vs. to attraction influences the probability of choosing an option. In essence, the authors split the translation from rewards to behavioral choices into 2 steps. Step 1 is how strongly rewards influence an option's attractiveness and step 2 is how strongly attractiveness influences the actual choice to use that option. The equation for step 1 is linear whereas the equation for step 2 has an exponential component. Whether a relationship is linear or exponential can clearly have a major effect on how parameter values influence outcomes. Is there a justification for the form of these equations? The analyses suggest that the exponential component provides a better explanation than the linear component for the difference between males and females in the sequence of choices made by birds, but translating that to the concepts of information updating versus reward sensitivity is unclear. As noted above, the authors' equation for reward sensitivity does not actually include rewards explicitly, but instead only responds to rewards if the rewards influence attraction scores. The more strongly recent rewards drive an update of attraction scores, the more strongly they also influence food choices. While this is intuitively reasonable, I am skeptical about the authors' biological/cognitive conclusions that are couched in terms of words (updating rate and risk sensitivity) that readers will likely interpret as concepts that, in my view, do not actually concur with what the models and analyses address.

      To answer the Reviewer’s question—yes, these equations are very much standard and the canonical way of analysing individual reinforcement learning (see: Ch. 15.2 in Computational Modeling of Cognition and Behavior by Farrell & Lewandowsky 2018 [DOI: 10.1017/CBO9781316272503]; McElreath et al. 2008 [DOI: 10.1098/rstb/2008/0131]; Reinforcement Learning by Sutton & Barto 2018). To provide a “justification for the form of these equations'', equation 1 describes a convex combination of previous values and recent payoffs. Latent values are updated as a linear combination of both factors, there is no simple linear mapping between payoffs and behaviour as suggested by the reviewer. Equation 2 describes the standard softmax link function. It converts a vector of real numbers (here latent values) into a simplex vector (i.e., a vector summing to 1) which represents the probabilities of different outcomes. Similar to the logit link in logistic regression, the softmax simply maps the model space of latent values onto the outcome space of choice probabilities which enter the categorial likelihood distribution. We can appreciate how we did not make this clear in our manuscript by not highlighting the standard nature of our analytical approach—we now do so in our revised manuscript (please see L148–149). As far as what our reinforcement learning model measures, and how it relates cognition and behaviour, please see our previous response.

      To emphasize, while the authors imply that their analyses separate the updating rate from 'risk sensitivity', both the 'updating parameter' and the 'risk sensitivity' parameter influence both the strength of updating and the sensitivity to reward payoffs in the sense of altering the tendency to prefer an option based on recent experience with payoffs. As noted in the previous paragraph, the main difference between the two parameters is whether they relate to behaviour linearly versus with an exponential component.

      Please see our two earlier responses on the mechanics of our reinforcement learning model.

      Overall, while the statistical analyses based on equations (1) and (2) seem to have identified something interesting about two steps underlying learning patterns, to maximize the valuable conceptual impact that these analyses have for the field, more thinking is required to better understand the biological meaning of how these two parameters relate to observed behaviours, and the 'risk sensitivity' parameter needs to be re-named.

      Please see our earlier response to these suggestions.

      Agent-based simulations:

      The authors estimated two learning parameters based on the behaviour of real birds, and then ran simulations to see whether computer 'birds' that base their choices on those learning parameters return behaviours that, on average, mirror the behaviour of the real birds. This exercise is clearly circular. In old-style, statistical terms, I suppose this means that the R-square of the statistical model is good. A more insightful use of the simulations would be to identify situations where the simulation does not do as well in mirroring behaviour that it is designed to mirror.

      Based on the Reviewer’s summary of agent-based forward simulation, we can see we did a poor job explaining the inferential value of this method—we apologise. Agent-based forward simulations are posterior predictions, and they provide insight into the implied model dynamics and overall usefulness of our reinforcement learning model. R-squared calculations are retrodictive, and they say nothing about the causal dynamics of a model. Specifically, agent-based forward simulation allows us to ask—what would a ‘new’ grackle ‘do’, given our reinforcement learning model parameter estimates? It is important to ask this question because, in parameterising our model, we may have overlooked a critical contributing mechanism to grackles’ reinforcement learning. Such an omission is invisible in the raw parameter estimates; it is only betrayed by the parameters in actu. Agent-based forward simulation is ‘designed’ to facilitate this call to action—not to mirror behavioural results. The simulation has no apriori ‘opinion’ about computer ‘birds’ behavioural outcomes; rather, it simply assigns these agents random phi and lambda draws (whilst maintaining their correlation structure), and tracks their reinforcement learning. The exercise only appears circular if no critical contributing mechanism(s) went overlooked—in this case computer ‘birds’ should behave similar to real birds. A disparate mapping between computer ‘birds’ and real birds, however, would mean more work is needed with respect to model parameterisation that captures the causal, mechanistic dynamics behind real birds’ reinforcement learning (for an example of this happening in the human reinforcement learning literature, see Deffner et al. 2020 [DOI: 10.1098/rsos.200734]). In sum, agent-based forward simulation does not access goodness-of-fit—we assessed the fit of our model apriori in our preregistration (https://osf.io/v3wxb)—but it does assess whether one did a comprehensive job of uncovering the mechanistic basis of target behaviour(s). We have worked to make the above points on the method and the insight afforded by agent-based forward simulation explicitly clear in our revision—please see L192–207 and L534–537.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Summary:

      The study is titled "Leading an urban invasion: risk-sensitive learning is a winning strategy", and consists of three different parts. First, the authors analyse data on initial and reversal learning in Grackles confronted with a foraging task, derived from three populations labeled as "core", "middle" and "edge" in relation to the invasion front. The suggested difference between study populations does not surface, but the authors do find moderate support for a difference between male and female individuals. Secondly, the authors confirm that the proposed mechanism can actually generate patterns such as those observed in the Grackle data. In the third part, the authors present an evolutionary model, in which they show that learning strategies as observed in male Grackles do evolve in what they regard as conditions present in urban environments.

      Strengths:

      The manuscript's strength is that it combines real learning data collected across different populations of the Great-tailed grackle (Quiscalus mexicanus) with theoretical approaches to better understand the processes with which grackles learn and how such learning processes might be advantageous during range expansion. Furthermore, the authors also take sex into account revealing that males, the dispersing sex, show moderately better reversal learning through higher reward-payoff sensitivity. I also find it refreshing to see that the authors took the time to preregister their study to improve transparency, especially regarding data analysis.

      Thank you—we are pleased to receive this positive evaluation, particularly concerning our efforts to improve scientific transparency via our study’s preregistration (https://osf.io/v3wxb).

      Weaknesses:

      One major weakness of this manuscript is the fact that the authors are working with quite low sample sizes when we look at the different populations of edge (11 males & 8 females), middle (4 males & 4 females), and core (17 males & 5 females) expansion range. Although I think that when all populations are pooled together, the sample size is sufficient to answer the questions regarding sex differences in learning performance and which learning processes might be used by grackles but insufficient when taking the different populations into account.

      In Bayesian statistics, there is no strict lower limit of required sample size as the inferences do not rely on asymptotic assumptions. With inferences remaining valid in principle, low sample size will of course be reflected in rather uncertain posterior estimates. We note all of our multilevel models use partial pooling on individuals (the random-effects structure), which is a regularisation technique that generally reduces the inference constraint imposed by a low sample size (see Ch. 13 in Statistical Rethinking by Richard McElreath [PDF: https://bit.ly/3RXCy8c]). We further note that, in our study preregistration (https://osf.io/v3wxb), we formally tested our reinforcement learning model for different effect sizes of sex on learning for both target parameters (phi and lambda) across populations, using a similarly modest N (edge: 10 M, 5 F; middle: 22 M, 5 F ; core: 3 M, 4 F) to our actual final N, that we anticipated to be our final N at that time. This apriori analysis shows our reinforcement learning model: (i) detects sex differences in phi values >= 0.03 and lambda values >= 1; and (ii) infers a null effect for phi values < 0.03 and lambda values < 1 i.e., very weak simulated sex differences (see Figure 4 in https://osf.io/v3wxb). Thus, both of these points together highlight how our reinforcement learning model allows us to say that across-population null results are not just due to small sample size. Nevertheless the Reviewer is not wrong to wonder whether a bigger N might change our population-level results (it might; so might muchneeded population replicates—see L310), but our Bayesian models still allow us to learn a lot from our current data. We now explain this in our revised manuscript—please see L452–457.

      Another weakness of this manuscript is that it does not set up the background well in the introduction. Firstly, are grackles urban dwellers in their natural range and expand by colonising urban habitats because they are adapted to it? The introduction also fails to mention why urban habitats are special and why we expect them to be more challenging for animals to inhabit. If we consider that one of their main questions is related to how learning processes might help individuals deal with a challenging urban habitat, then this should be properly introduced.

      In L74–75 (previously L53–56) we introduce that the estimated historical niche of grackles is urban environments, and that shifts in habitat breadth—e.g., moving into more arid, agricultural environments—is the estimated driver of their rapid North American colonisation. We hope this included information sufficiently answers the Reviewer’s question. We have worked towards flushing out how urban-imposed challenges faced by grackles, such as the wildlife management efforts introduced in L64–65 (now L85–86), may apply to animals inhabiting urban environments more broadly; for example, we now include an entire paragraph in our Introduction detailing how urban environments may be characterised differently to nonurban environments, and thus why they are perhaps more challenging for animals to inhabit— please see L56–71.

      Also, the authors provide a single example of how learning can differ between populations from more urban and more natural habitats. The authors also label the urban dwellers as the invaders, which might be the case for grackles but is not necessarily true for other species, such as the Indian rock agama in the example which are native to the area of study. Also, the authors need to be aware that only male lizards were tested in this study. I suggest being a bit more clear about what has been found across different studies looking at: (1) differences across individuals from invasive and native populations of invasive species and (2) differences across individuals from natural and urban populations.

      We apologise for not including more examples of such learning differences. We now include three examples (please see L43–49), and we are careful to call attention to the fact that these data cover both resident urban and non-urban species as well as urban invasive species (please see L49–50). We also revised our labelling of the lizard species (please see L44). We are aware only male lizards were tested but this information is not relevant to substantiating our use of this study; that is, to highlight that learning can differ between urbandwelling and non-urban counterparts. We hope the changes we did make to our manuscript satisfy the Reviewer’s general suggestion to add biological clarity.

      Finally, the introduction is very much written with regard to the interaction between learning and dispersal, i.e. the 'invasion front' theme. The authors lay out four predictions, the most important of which is No. 4: "Such sex-mediated differences in learning to be more pronounced in grackles living at the edge, rather than the intermediate and/or core region of their range." The authors, however, never return to this prediction, at least not in a transparent way that clearly pronounces this pattern not being found. The model looking at the evolution of risk-sensitive learning in urban environments is based on the assumption that urban and natural environments "differ along two key ecological axes: environmental stability 𝑢 (How often does optimal behaviour change?) and environmental stochasticity 𝑠 (How often does optimal behaviour fail to pay off?). Urban environments are generally characterised as both stable (lower 𝑢) and stochastic (higher 𝑠)". Even though it is generally assumed that urban environments differ from natural environments the authors' assumption is just one way of looking at the differences which have generally not been confirmed and are highly debated. Additionally, it is not clear how this result relates to the rest of the paper: The three populations are distinguished according to their relation to the invasion front, not with respect to a gradient of urbanization, and further do not show a meaningful difference in learning behaviour possibly due to low sample sizes as mentioned above.

      Thank you for highlighting a gap in our reporting clarity. We now take care to transparently report our null result regarding our fourth prediction; more specifically, that we did not detect credible population-level differences in grackles’ learning (please see L130). Regarding our evolutionary model, we agree with the Reviewer that this analysis is only one way of looking at the interaction between learning phenotype and apparent urban environmental characteristics. Indeed, in L282–288 (now L325–329) we state: “Admittedly, our evolutionary model is not a complete representation of urban ecology dynamics. Relevant factors—e.g., spatial dynamics and realistic life histories—are missed out. These omissions are tactical ones. Our evolutionary model solely focuses on the response of reinforcement learning parameters to two core urban-like (or not) environmental statistics, providing a baseline for future study to build on”. But we can see now that ‘core’ is too strong a word, and instead ‘supposed’, ‘purported’ or ‘theorised’ would be more accurate—we have revised our wording throughout our manuscript to say as much (please see, for example, L24; L56; L328). We also further highlight the preliminary nature of our evolutionary model, in terms of allowing a narrow but useful first-look at urban eco-evolutionary dynamics—please see L228–232. Finally, we now detail the theorised characteristics of urban environments in our Introduction (rather than in our Results; please see L56–71), and we hope that by doing so, how our evolutionary results relate to the rest of our paper is now better set up and clear.

      In conclusion, the manuscript was well written and for the most part easy to follow. The format of eLife having the results before the methods makes it a bit harder to follow because the reader is not fully aware of the methods at the time the results are presented. It would, therefore, be important to more clearly delineate the different parts and purposes. Is this article about the interaction between urban invasion, dispersal, and learning? Or about the correct identification of learning mechanisms? Or about how learning mechanisms evolve in urban and natural environments? Maybe this article can harbor all three, but the borders need to be clear. The authors need to be transparent about what has and especially what has not been found, and be careful to not overstate their case.

      Thank you, we are pleased to read that the Reviewer found our manuscript to be generally digestible. We have worked to add further clarity, and to tempter our tone (please see our above and below responses).

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      Several of the results are based on CIs that overlap zero. Tone these down somewhat.

      We apologise for overstating our results, which we have worked to tone down in our revision. For instance, in L185–186 we now differentiate between estimates that did or did not overlap zero (please also see our response to Reviewer 2 on this tonal change). We note we do not report confidence intervals (i.e., the range of values expected to contain the true estimate if one redoes the study/analysis many times). Rather, we report 89% highest posterior density intervals (i.e., the most likely values of our parameters over this range). We have added this definition in L459, to improve clarity.

      The literature review suggesting that urban environments are more unpredictable is not convincing. Yes, they have more noise and light pollution and more cars and planes, but does this actually relate to the unpredictability of getting a food reward when you choose an option that usually yields rewards?

      To answer the Reviewer’s question—yes. But we can see that by not including empirical examples from the literature, we did a poor job of arguing such links. In L43–49 we now give three empirical examples; more specifically, we state: “[...] experimental data show the more variable are traffic noise and pedestrian presence, the more negative are such human-driven effects on birds' sleep (Grunst et al., 2021), mating (Blickley et al., 2012), and foraging behaviour (Fernández-Juricic, 2000).” We note we now detail such apparently stable but stochastic urban environmental characteristics in our Introduction rather than our Results section, to hopefully improve the clarity of our manuscript (please see L56–71). We further note that we cite three literature reviews—not one—suggesting urban environments are stable in certain characteristics and more unpredictable in others (please see L59–60). Finally, we appreciate such characterisation is not certain, and so in our revision we have qualified all writing about this potential dynamic with words such as “apparent”, “supposed”, “theorised”, “hypothesised” etc.

      It would be interesting to see if other individual traits besides sex affect their learning/reversal learning ability and/or their learning parameters. Do you have data on age, size, condition, or personality? Or, the habitat where they were captured?

      We do not have these data. But we agree with the Reviewer that examining the potential influence of such covariates on grackles’ reinforcement learning would be interesting in future study, especially habitat characteristics (please see L306–309).

      For most levels of environmental noise, there appears to be an intermediate maximum for the relationship between environmental stability and the risk sensitivity parameter. What does this mean?

      There is indeed an intermediate maximum for certain values of environmental stochasticity (although the differences are rather small). The most plausible reason for this is that for very stable environments, simulated birds essentially always “know” the rewarded solution and never need to “relearn” behaviour. In this case, differences in latent values will tend to be large (because they consistently get rewarded for the same option), and different lambda values (in the upper range) will produce the same choice behaviour, which results in very weak selection. While in very unstable environments, optimal choice behaviour should be more exploratory, allowing learners to track frequently-changing environments. We now note this pattern in L240–248.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      L2: I'd encourage the authors to reconsider the term "risk-sensitive learning", at least in the title. It's not apparent to me how 'risk' relates to the investigated foraging behaviour. Elsewhere, risk-reward sensitivity is used which may be a better term.

      We apologise for not clearly introducing the field of risk-sensitive foraging, which focuses on how animals evaluate and choose between distinct food options, and how such foraging decisions are influenced by pay-off variance i.e., risk associated with alternative foraging options (seminal reviews: Bateson 2002 [DOI: 10.1079/PNS2002181]; Kacelnik & Bateson 1996 [DOI: 10.1093/ICB/36.4.402]). We have added this information to our manuscript in L494–497. In explaining our reinforcement model, we also now detail how risk relates to foraging behaviour. Specifically, in L153–161 we now state: “Both learning parameters capture individual-level internal response to incurred reward-payoffs, but they differentially direct any reward sensitivity back on choice-behaviour due to their distinct definitions (full mathematical details in Materials and methods). For 𝜙, stronger reward sensitivity (bigger values) means faster internal updating about stimulus-reward pairings, which translates behaviourally into faster learning about ‘what to choose’. For 𝜆, stronger reward sensitivity (bigger values) means stronger internal determinism about seeking the nonrisk foraging option (i.e., the one with the higher expected payoffs based on prior experience), which translates behaviourally into less choice-option switching i.e., ‘playing it safe’.” We hope this information clarifies why lamba measures risk-sensitivity, and why we continue to use this term.

      L1-3: The title is a bit misleading with regard to the empirical data. From the data, all that can be said is that male grackles relearn faster than females. Any difference between populations actually runs the other way, with the core population exhibiting a larger difference between males and females than the mid and edge populations.

      It is customary for a manuscript title to describe the full scope of the study. In our study, we have empirical data, cognitive modelling, and evolutionary simulations of the background theory all together. And together these analytical approaches show: (1) across three populations, male grackles—the dispersing sex in this historically urban-dwelling and currently urban-invading species—outperform female counterparts in reversal learning; (2) they do this via risk-sensitive learning, so they’re more sensitive to relative differences in reward payoffs and choose to stick with the ‘safe’ i.e., rewarding option, rather than continuing to ‘gamble’ on an alternative option; and (3) risk-sensitive learning should be favoured in statistical environments characterised by purported urban dynamics. So, we do not feel our title “Leading an urban invasion: risk-sensitive learning is a winning strategy” is misleading with regard to our empirical data; it just doesn’t summarise only our empirical data. Finally, as we now state in L312–313, we caution against speculating about any between-population variation, as we did not infer any meaningful behavioural or mechanistic population-level differences.

      L13: "Assayed", is that correctly put, given that the authors did not collect the data?

      Merrian-Webster defines assay as “to analyse” or “examination or determination as to characteristics”, and so to answer the Reviewer’s question—yes, we feel this is correctly put. We note we explicitly introduce in L102–103 that we did not collect the data, and we have an explicit “Data provenance” section in our methods (please see L342–347).

      L42-46: The authors provide a single example of how learning can differ between populations from more urban and more natural habitats. I would like to point out that many of these studies do not directly confirm that the ability in question has indeed led to the success of the species tested (e.g. show fitness consequences). Then the authors could combine these insights to form a solid prediction for the grackles. As of now, this looks like cherry-picking supportive literature without considering negative results.

      Here are some references that might be helpful in identifying relevant literature to cite:

      Szabo, B., Damas-Moreira, I., & Whiting, M. J. (2020). Can cognitive ability give invasive species the means to succeed? A review of the evidence. Frontiers in Ecology and Evolution, 8, 187.

      Griffin AS, Tebbich S, Bugnyar T, 2017. Animal cognition in a human-dominated world. Anim Cogn 20(1):1-6.

      Kark, S., Iwaniuk, A., Schalimtzek, A., & Banker, E. (2007). Living in the city: Can anyone become an "urban exploiter"? Journal of Biogeography, 34(4), 638-651.

      We apologise for not including more examples of such learning differences. We now include three examples (please see L43–49). We are aware that direct evidence of fitness consequences is entirely lacking in the scientific literature on cognition and successful urban invasion; hence why such data is not present in our paper. But we now explicitly point out a role for likely fitness-affecting anthropogenic disturbances on sleep, mate, and foraging behaviour on animals inhabiting urban environments (please see L63–68). We hope these new data bolster our predictions for our grackles. Finally, the Reviewer paints a (in our view) inaccurate picture of our use of available literature. Nevertheless, to address their comment, we now highlight a recent meta-analysis advocating for further research to confirm apparent ‘positive’ trends between animal ‘smarts’ and successful ‘city living’ (please see L43).

      L64: Is their niche historically urban, or have they recently moved into urban areas?

      In L74–75 (previously L53–56) we introduce that the estimated historical niche of grackles is urban environments, and that shifts in habitat breadth—e.g., moving into more arid, agricultural environments—is the estimated driver of their rapid North American colonisation. We hope this included information sufficiently answers the Reviewer’s question.

      L66-67: This is an important point that is however altogether missing from the discussion.

      We thank the Reviewer for highlighting a gap in our discussion regarding populationlevel differences in grackles’ reinforcement learning. In L310–312 we now state: “The lack of spatial replicates in the existing data set used herein inherently poses limitations on inference. Nevertheless, the currently available data do not show meaningful population-level behavioural or mechanistic differences in grackles’ reinforcement learning, and we should thus be cautious about speculating on between-population variation”.

      L68-71: The paper focuses on cognitive ability. The whole paragraph sets up the prediction of why male grackles should be better learners due to their dispersal behaviour. This example, however, focuses on aggression, not cognition. Here is a study showing differences in learning in male and female mynas that might be better suited:

      Federspiel IG, Garland A, Guez D, Bugnyar T, Healy SD, Güntürkün O, Griffin AS, 2017. Adjusting foraging strategies: a comparison of rural and urban common mynas (Acridotheres tristis). Anim Cogn 20(1):65-74.

      We thank the Reviewer for suggesting this paper. We feel it is better suited to substantiating our point in the Discussion about reversal learning not being indicative of cognitive ability—please see L276–277.

      L73: Generally, I suggest not writing "for the first time" as this is not a valid argument for why a study should be conducted. Furthermore, except for replication studies, most studies investigate questions that are novel and have not been investigated before.

      The Reviewer makes a fair point—we have removed this statement.

      L80-81: Here again, this is left undiscussed later on.

      By ‘this’ we assume the Reviewer is referring to our hypothesis, which is that sex differences in dispersal are related to sex differences in learning in an urban invader— grackles. At the beginning of our Discussion, we state how we found support for this hypothesis (please see L250–261); and in our ‘Ideas and speculation’ section, we discuss how these hypothesis-supporting data fit into the literature more broadly (please see L294–331). We feel this is therefore sufficiently discussed.

      L77-81: This sentence is very long and therefore hard to read. I suggest trying to split it into at least 2 separate sentences which would improve readability.

      Per the Reviewer’s useful suggestion, we have split this sentence into two separate sentences—please see L97–115.

      L83: Please explain choice-option switches. I am not aware of what that is and it should be explained at first mention.

      We apologise for this operational oversight. We now include a working definition of speed and choice-option switches at first mention. Specifically, in L107–108 we state: “[...] we expect male and female grackles to differ across at least two reinforcement learning behaviours: speed (trials to criterion) and choice-option switches (times alternating between available stimuli)”.

      L83-87: Again, a very long sentence. Please split.

      We thank the Reviewer for their suggestion. In this case we feel it is important to not change our sentence structure because we want our prediction statements to match between our manuscript and our preregistration.

      L96-97: Important to not overstate this. It merely demonstrates the potential of the proposed (not detected) mechanism to generate the observed data.

      As in any empirical analysis, our drawn conclusions depend on causal assumptions about the mechanisms generating behaviour (Pearl, J. (2009). Causality). Therefore, we “detected” specific learning mechanisms assuming a certain generative model, namely reinforcement learning. As there is overwhelming evidence for the widespread importance of value-based decision making and Rescorla-Wagner updating rules across numerous different animals (Sutton & Barto (2018) Reinforcement Learning), we would argue that this assumed model is highly plausible in our case. Still, we changed the text to “inferred” instead of “detected” learning mechanisms to account for this concern—please see L123–124.

      L99: "urban-like settings" again a bit confusing. The authors talk about invasion fronts, but now also about an urbanisation gradient. Is the main difference between the size and the date of establishment, or is there additionally a gradient in urbanisation to be considered?

      We now include a paragraph in our Introduction detailing apparent urban environmental characteristics (please see 56–71), and we now refer to this dynamic specifically when we define urban-like settings (please see L126–127). To answer the Reviewer’s question—we consider both differences. Specifically, we consider the time since population establishment in our paper (with respect to our behavioural and mechanistic modelling), as well as how statistical environments that vary in how similar they are to apparently characteristically urban-like environments, might favour particular learning phenotypes (with respect to our evolutionary modelling). We hope the edits to our Introduction as a whole now make both of the aims clear.

      L11-112: Above the authors talk about a comparable number of switches (10.5/15=0.7), and here of fewer number of switches (25/35=0.71), even though the magnitude of the difference is almost identical and actually runs the other way. The authors are probably misled by their conservative priors, which makes the difference appear greater in the second case than in the first. Using flat priors would avoid this particular issue.

      Mathematically, the number of trials-to-finish and the number of choice-optionswitches are both a Poisson distributed outcome with rate λ (we note lambda here is not our risk-sensitivity parameter; just standard notation). As such, our Poisson models infer the rate of these outcomes by sex and phase—not the ratio of these outcomes by sex and phase. So comparing the magnitude of divided medians of choice-option-switches between the sexes by phase is not a meaningful metric with respect to the distribution of our data, as the Reviewer does above. For perspective, 1 vs. 2 switches provides much less information about the difference in rates of a Poisson distribution than 50 vs 100 (for the former, no difference would be inferred; for the latter, it would), but both exhibit a 1:2 ratio. To hopefully prevent any such further confusion, and to focus on the fact that our Poisson models estimate the expected value i.e., the mean, we now report and graph (please see Fig. 2) mean and not median trialsto-finish and total-switch-counts. Finally, we can see that our use of the word “conservative” to describe our weakly informative priors is confusing, because conservative could mean either strong priors with respect to expected effect size (not our parameterisation) or weak priors with respect to such assumptions (our parameterisation). To address this lack of clarity, we now state that we use “weakly informative priors” in L457–458.

      L126: It is not clear what risk sensitivity means in the context of these experiments.

      Thank you for pointing out our lack of clarity. In L153–161 we now state: “Both learning parameters capture individual-level internal response to incurred reward-payoffs, but they differentially direct any reward sensitivity back on choice-behaviour due to their distinct definitions (full mathematical details in Materials and methods). For 𝜙, stronger reward sensitivity (bigger values) means faster internal updating about stimulus-reward pairings, which translates behaviourally into faster learning about ‘what to choose’. For 𝜆, stronger reward sensitivity (bigger values) means stronger internal determinism about seeking the nonrisk foraging option (i.e., the one with the higher expected payoffs based on prior experience), which translates behaviourally into less choice-option switching i.e., ‘playing it safe’.” We hope this information clarifies what risk sensitivity means and measures, with respect to our behavioural experiments.

      L128-129: I find this statement too strong. A plethora of other mechanisms could produce similar patterns, and you cannot exclude these by way of your method. All you can show is whether the mechanism is capable of producing broadly similar outcomes as observed

      In describing the inferential value of our reinforcement learning model, we now qualify that the insight provided is of course conditional on the model, which is tonally accurate. Please see L161.

      L144: As I have already mentioned above, here is the first time we hear about unpredictability related to urban environments. I suggest clearly explaining in the introduction how urban and natural environments are assumed to be different which leads to animals needing different cognitive abilities to survive in them which should explain why some species thrive and some species die out in urbanised habitats.

      Thank you for this suggestion. We now include a paragraph in our Introduction detailing as much—please see L56–71.

      L162: "almost entirely above zero" again, this is worded too strongly.

      In reporting our lambda across-population 89% HPDI contrasts in L185–186, we now state: “[...] across-population contrasts that lie mostly above zero in initial learning, and entirely above zero in reversal learning”. Our previous wording stated: ““[...] across-population contrasts that lie almost entirely above zero”. The Reviewer was correct to point out that this previous wording was too strong if we considered the contrasts together, as, indeed, we find the range of the contrast in initial learning does minimally overlap zero (L: -0.77; U: 5.61), while the range of the contrast in reversal learning does not (L: 0.14; U: 4.26). This rephrasing is thus tonally accurate.

      L178-179: I think it should be said instead that the model accounts well for the observed data.

      We have rephrased in line with the Reviewer’s suggestion, now stating in L217–218 that “Such quantitative replication confirms our reinforcement learning model results sufficiently explain our behavioural sex-difference data.”

      L188-190: I am not convinced this is a general pattern. It is quite a bold claim that I don't find to be supported by the citations. Why should biotic and abiotic factors differ in how they affect behavioural outcomes? Also, events in urban environments such as weekend/weekday could lead to highly regular optimal behaviour changes.

      Please see our response to Reviewer 1 on this point. We note we now touch on such regular events in L94–96.

      L209-211: The first sentence is misleading. The authors have found that males and females differ in 'risk sensitivity', that their learning model can fit the data rather well, and that under certain, not necessarily realistic assumptions, the male learning type is favoured by natural selection in urban environments. A difference between core, middle, and edge habitats however is barely found, and in fact seems to run the other way than expected.

      In our study, we found: (1) across three populations, male grackles—the dispersing sex in this historically urban-dwelling and currently urban-invading species—outperform female counterparts in reversal learning; (2) they do this via risk-sensitive learning, so they’re more sensitive to relative differences in reward payoffs and choose to stick with the ‘safe’ i.e., rewarding option, rather than continuing to ‘gamble’ on an alternative option; (3) we are sufficiently certain risk-sensitive learning generates our sex-difference data, as our agentbased forward simulations replicate our behavioural results (not because our model ‘fits’ the data, but because we inferred meaningful mechanistic differences—see our response to Reviewer 1 on this point); and (4) under theorised dynamics of urban environments, natural selection should favour risk-sensitive learning. We therefore do not feel it is misleading to say that we mapped a full pathway from behaviour to mechanisms through to selection and adaptation. Again, as we now state in L311–313, we caution against speculating about any between-population variation, as we did not infer any meaningful behavioural or mechanistic population-level differences. And we note the Reviewer is wrong to assume an interaction between learning, dispersal, and sex requires population-level differences on the outcome scale—please see our discussion on phenotypic plasticity and inherent species trait(s) in L313–324.

      L216: "indeed explain" again worded too strongly.

      We have tempered our wording. Specifically, we now state in L218: “sufficiently explain”. This wording is tonally accurate with respect to the inferential value of agent-based forward simulations—please see L192–207 on this point.

      L234: "reward-payoff sensitivity" might be a better term than risk-sensitivity?

      Please see our earlier response to this suggestion. We note we have changed this text to state “risk-sensitive learning” rather than “reward-payoff sensitivity”, to hopefully prevent the reader from concluding only our lambda term is sensitive to rewards—a point we now include in L153–154.

      L234-237: I think these points may be valuable, but come too much out of the blue. Many readers will not have a detailed knowledge of the experimental assays. It therefore also does not become clear how they measure the wrong thing, what this study does to demonstrate this, or whether a better alternative is presented herein. It almost seems like this should be a separate paper by itself.

      We apologise for this lack of context. We now explicitly state in L275 that we are discussing reversal learning assays, to give all readers this knowledge. In doing so, we hope the logic of our argument is now clear: reversal learning assays do not measure behavioural flexibility, whatever that even is. The Reviewer’s suggestion of a separate paper focused on what reversal learning assays actually measure, in terms of mechanism(s), is an interesting one, and we would welcome this discussion. But any such paper should build on the points we make here.

      L270-288: Somewhere here the authors have to explain how they have not found differences between populations, or that in so far as they found them, they run against the originally stated hypothesis.

      We thank the Reviewer for these suggestions. In L310—313 we now state: “The lack of spatial replicates in the existing data set used herein inherently poses limitations on inference. Nevertheless, the currently available data do not show meaningful population-level behavioural or mechanistic differences in grackles’ reinforcement learning, and we should thus be cautious about speculating on between-population variation”.

      L284: should be "missing" not "missed out"

      We have made this change.

      L290-291: It is unclear what "robust interactive links" were found. A pattern of sexbiased learning was found, which can potentially be attributed to evolutionary pressures in urban environments. An interaction e.g. between learning, dispersal, and sex can only be tentatively suggested (no differences between populations). Also "fully replicable" is a bit misleading. The analysis may be replicable, but the more relevant question of whether the findings are replicable we cannot presently answer.

      We apologise for our lack of clarity. By “robust” we mean “across population”, which we now state in L333. We again note the Reviewer is wrong to assume an interaction between learning, dispersal, and sex requires population-level differences on the outcome scale— please see our discussion on phenotypic plasticity and inherent species trait(s) in L313–324. Finally, the Reviewer makes a good point about our analyses but not our findings being replicable. In L334 we now make this distinction by stating “analytically replicable”.

      L306-315: I think you have a bit of a sample size issue not so much when populations are pooled but when separated. This might also factor in the fact that you do not really find differences across the populations in your analysis. When we look at the results presented in Figure 2 (and table d), we can see a trend towards males having better risk sensitivity in core (HPDI above 0) and middle populations (HPDI barely crossing 0) but the difference is very small. Especially the results on females are based on the performance of only 8 and 4 females respectively. I suggest making this clear in the manuscript.

      In Bayesian statistics, there is no strict lower limit of required sample size as the inferences do not rely on asymptotic assumptions. With inferences remaining valid in principle, low sample size will of course be reflected in rather uncertain posterior estimates. We note all of our multilevel models use partial pooling on individuals (the random-effects structure), which is a regularisation technique that generally reduces the inference constraint imposed by a low sample size (see Ch. 13 in Statistical Rethinking by Richard McElreath [PDF: https://bit.ly/3RXCy8c]). We further note that, in our study preregistration (https://osf.io/v3wxb), we formally tested our reinforcement learning model for different effect sizes of sex on learning for both target parameters (phi and lambda) across populations, using a similarly modest N (edge: 10 M, 5 F; middle: 22 M, 5 F ; core: 3 M, 4 F) to our actual final N, that we anticipated to be our final N at that time. This apriori analysis shows our reinforcement learning model: (i) detects sex differences in phi values >= 0.03 and lambda values >= 1; and (ii) infers a null effect for phi values < 0.03 and lambda values < 1 i.e., very weak simulated sex differences (see Figure 4 in https://osf.io/v3wxb). Thus, both of these points together highlight how our reinforcement learning model allows us to say that across-population null results are not just due to small sample size. Nevertheless the Reviewer is not wrong to wonder whether a bigger N might change our population-level results; it might; so might muchneeded population replicates—see L310. But our Bayesian models still allow us to learn a lot from our current data, and, at present, we infer no meaningful population-level behavioural or mechanistic differences in grackles’ behaviour. To make clear the inferential sufficiency of our analytical approach, we now include some of the above points in our Statistical analyses section in L452–457. Finally, we caution against speculating on any between-population variation, as we now highlight in L311—313 of our Discussion.

      Figure 2: I think the authors should rethink their usage of colour in this graph. It is not colour-blind friendly or well-readable when printed in black and white.

      We used the yellow (hex code: #fde725) and green (hex code: #5ec962) colours from the viridis package. As outlined in the viridis package vignette (https://cran.rproject.org/web/packages/viridis/index.html), this colour package is “designed to improve graph readability for readers with common forms of color blindness and/or color vision deficiency. The color maps are also perceptually-uniform, both in regular form and also when converted to black-and-white for printing”.

      Figure 3B: Could the authors turn around the x-axis and the colour code? It would be easier to read this way.

      We appreciate that aesthetic preferences may vary. In this case, we prefer to have the numbers on the x-axis run the standard way i.e., from small to large. We note we did remove the word ‘Key’ from this Figure, in line with the Reviewer’s point about these characteristics not being totally certain.

      I also had a look at the preregistration. I do think that there are parts in the preregistration that would be worth adding to the manuscript:

      L36-40: This is much easier to read here than in the manuscript.

      We changed this text generally in the Introduction in our revision, so we hope the Reviewer will again find this easier to read.

      L49-56: This is important information that I would also like to see in the manuscript.

      We no longer have confidence in these findings, as our cleaning of only one part of these data revealed considerable experimenter oversight (see ‘Learning criterion’).

      L176: Why did you remove the random effect study site from the model? It is not part of the model in the manuscript anymore.

      The population variable is part of the RL_Comp_Full.stan model that we used in our manuscript to assess population differences in grackles’ reinforcement learning, the estimates from which we report in Table C and D (please note we never coded this variable as “study cite”). But rather than being specified as a random effect, in our RL_Comp_Full.stan model we index phi and lambda by population as a predictor variable, to explicitly model population-level effects. Please see our code:

      https://github.com/alexisbreen/Sex-differences-in-grackles- learning/blob/main/Models/Reinforcement%20learning/RL_Comp_Full.stan

      L190-228: I am wondering if the model validation should also be part of the manuscript as well, rather than just being in the preregistration?

      We are not sure how the files were presented to the Reviewer for review, but our study preregistration, which includes our model validation, should be part of our manuscript as a supplementary file.

    1. Modify the given code to find the maximum, minimum, average, and count of all of the values read in from the file. You have attempted 1 of 1 activities on this page

      how would you do this?

    1. "One of your code blocks includes unescaped HTML" (XSS attack vector)

      for highlighterjs

    1. Explanation objects ContentsExplainablesExplain queryExplanationFull exampleLearn more

      This page is very sparse on code explanations!

    1. Data objects

      Same comments apply as before: * Could link to other manuals for sending queries * Introduction of example goes before example * Some explanation of the code highlighting the specificities of individual drivers

    1. The above example set the user type as the supertype to the admin type, making admin a subtype of user.

      GENERAL THOUGHT It might be worth, in general, to point out language specificities in example. E.g. why we need drop(...) etc. Overall, some parts of the code could do with more explanation.

  2. iroh.computer iroh.computer
    1. Your own shared, programmable drive

      own shared programmable drive

      • Expose data as a shared folder on your computer or phone - free-to-use direct connections.
      • Write code that reacts to changes &
      • write back to the drive on the fly.
    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      Summary:

      This work describes a new method for sequence-based remote homology detection. Such methods are essential for the annotation of uncharacterized proteins and for studies of protein evolution.

      Strengths:

      The main strength and novelty of the proposed approach lies in the idea of combining stateof-the-art sequence-based (HHpred and HMMER) and structure-based (Foldseek) homology detection methods with recent developments in the field of protein language models (the ESM2 model was used). The authors show that features extracted from high-dimensional, information-rich ESM2 sequence embeddings can be suitable for efficient use with the aforementioned tools.

      The reduced features take the form of amino acid occurrence probability matrices estimated from ESM2 masked-token predictions, or structural descriptors predicted by a modified variant of the ESM2 model. However, we believe that these should not be called "embeddings" or "representations". This is because they don't come directly from any layer of these networks, but rather from their final predictions.

      We agree that there is some room for discussion about whether the amino acid probabilities returned by pre-trained ESM-2 and the 3Di sequences returned by ESM-2 3B 3Di can be properly referred to as “embeddings”. The term “embedding” doesn’t have a formal definition, other than some kind of alternative vector representation of the input data which, preferably, makes the input data more suitable for some downstream task. In that simple sense of the word “embedding”, amino acid probabilities and 3Di sequences output by our models are, indeed, types of embeddings. We posed the question on Twitter (https://twitter.com/TrichomeDoctor/status/1715051012162220340) and nobody responded, so we are left to conclude that the community is largely ambivalent about the precise definition of “embedding”.

      We’ve added language in our introduction to make it more clear that this is our working definition of an “embedding”, and why that definition can apply to profile HMMs and 3Di sequences.

      The benchmarks presented suggest that the approach improves sensitivity even at very low sequence identities <20%. The method is also expected to be faster because it does not require the computation of multiple sequence alignments (MSAs) for profile calculation or structure prediction.

      Weaknesses:

      The benchmarking of the method is very limited and lacks comparison with other methods. Without additional benchmarks, it is impossible to say whether the proposed approach really allows remote homology detection and how much improvement the discussed method brings over tools that are currently considered state-of-the-art.

      We thank the reviewer for the comment. To address the question, we’ve expanded the results by adding a new benchmark and added a new figure, Figure 4. In this new content, we use the SCOPe40 benchmark, originally proposed in the Foldseek paper (van Kempen et al., 2023), to compare our best method, ESM-2 3B 3Di coupled to Foldseek, with several other recent methods. We find our method to be competitive with the other methods.

      We are hesitant to claim that any of our proposed methods are state-of-the-art because of the lack of a widely accepted standard benchmark for remote homology detection, and because of the rapid pace of advancement of the field in recent years, with many groups finding innovative uses of pLMs and other neural-network models for protein annotation and homology detection.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Summary:

      The authors present a number of exploratory applications of current protein representations for remote homology search. They first fine-tune a language model to predict structural alphabets from sequence and demonstrate using these predicted structural alphabets for fast remote homology search both on their own and by building HMM profiles from them. They also demonstrate the use of residue-level language model amino acid predicted probabilities to build HMM profiles. These three implementations are compared to traditional profile-based remote homology search.

      Strengths:

      • Predicting structural alphabets from a sequence is novel and valuable, with another approach (ProstT5) also released in the same time frame further demonstrating its application for the remote homology search task.

      • Using these new representations in established and battle-tested workflows such as MMSeqs, HMMER, and HHBlits is a great way to allow researchers to have access to the state-of-the-art methods for their task.

      • Given the exponential growth of data in a number of protein resources, approaches that allow for the preparation of searchable datasets and enable fast search is of high relevance.

      Weaknesses:

      • The authors fine-tuned ESM-2 3B to predict 3Di sequences and presented the fine-tuned model ESM-2 3B 3Di with a claimed accuracy of 64% compared to a test set of 3Di sequences derived from AlphaFold2 predicted structures. However, the description of this test set is missing, and I would expect repeating some of the benchmarking efforts described in the Foldseek manuscript as this accuracy value is hard to interpret on its own.

      The preparation of training and test sets are described in the methods under the heading “Fine tuning ESM-2 3B to convert amino acid sequences into 3Di sequences”. Furthermore, there is code in our github repository to reproduce the splits, and the entire model training process: https://github.com/seanrjohnson/esmologs#train-esm-2-3b-3di-starting-from-the-esm-2-3bpre-trained-weights

      We didn’t include the training/validation/test splits in the Zenodo repository because they are very large: train 33,924,764; validation 1,884,709; test 1,884,710 sequences, times 2 because there are both amino acid and 3Di sequences. It comes out to about 30 Gb total, and is easily rebuilt from the same sources we built it from.

      We’ve added the following sentence to the main text to clarify:

      “Training and test sets were derived from a random split of the Foldseek AlphaFold2 UniProt50 dataset (Jumper et al., 2021; van Kempen et al., 2023; Varadi et al., 2022), a reducedredundancy subset of the UniProt AlphaFold2 structures (see Methods for details).”

      To address the concern about comparing to Foldseek using the same benchmark, we’ve expanded the results section and added a new figure, Figure 4 using the SCOPe40 benchmark originally presented in the Foldseek paper, and subsequently in the ProstT5 paper to compare Foldseek with ESM-2 3B 3Di to Foldseek with ProstT5, AlphaFold2, and experimental structures.

      • Given the availability of predicted structure data in AFDB, I would expect to see a comparison between the searches of predicted 3Di sequences and the "true" 3Di sequences derived from these predicted structures. This comparison would substantiate the innovation claimed in the manuscript, demonstrating the potential of conducting new searches solely based on sequence data on a structural database.

      See response above. We’ve now benchmarked against both ProstT5 and AF2.

      • The profile HMMs built from predicted 3Di appear to perform sub-optimally, and those from the ESM-2 3B predicted probabilities also don't seem to improve traditional HMM results significantly. The HHBlits results depicted in lines 5 and 6 in the figure are not discussed at all, and a comparison with traditional HHBlits is missing. With these results and presentation, the advantages of pLM profile-based searches are not clear, and more justification over traditional methods is needed.

      We thank the reviewer for pointing out the lack of clarity in the discussion of lines 5 and 6.

      We’ve re-written that section of the discussion, and reformatted Figure 3 to enhance clarity.

      We agree, a comparison to traditional HHBlits could be interesting, but we don’t expect to see stronger performance from the pLM-predicted profiles than from traditional HHBlits, just as we don’t see stronger performance from pLM-hmmscan or pLM-Foldseek than from the traditional variants. We think that the advantages of pLM based amino acid hmm searches are primarily speed. There are many variables that can influence speed of generating an MSA and HMM profile, but in general we expect that it will be much slower than generating an HMM profile from a pLM.

      We don’t know why making profiles of 3Di sequences doesn’t improve search sensitivity, we just think it’s an interesting result that is worth presenting to the community. Perhaps someone can figure out how to make it work better.

      • Figure 3 and its associated text are hard to follow due to the abundance of colors and abbreviations used. One figure attempting to explain multiple distinct points adds to the confusion. Suggestion: Splitting the figure into two panels comparing (A) Foldseek-derived searches (lines 7-10) and (B) language-model derived searches (line 3-6) to traditional methods could enhance clarity. Different scatter markers could also help follow the plots more easily.

      We thank the reviewer for this helpful comment. We’ve reformatted Figure 3 as suggested, and we think it is much easier to read now.

      • The justification for using Foldseek without amino acids (3Di-only mode) is not clear. Its utility should be described, or it should be omitted for clarity.

      To us, the use of 3Di-only mode is of great theoretical interest. From our perspective, this is one of our most significant results. Previous methods, such as pLM-BLAST and related methods, have made use of very large positional embeddings to achieve sensitive remote homology search. We show that with the right embedding, you don’t need very many bits per position to get dramatically improved search sensitivity from Smith-Waterman, compared to amino acid searches. We also doubt that predicted 3Di sequences are the optimal small encoding for remote homology detection. This result and observation opens up an exciting avenue for future research in developing small, learned positional embeddings that are optimal for remote homology detection and amenable to SIMD-optimized pre-filtering and Smith-Waterman alignment steps.

      We’ve expanded the discussion, explaining why we are excited about this result.

      • Figure 2 is not described, unclear what to read from it.

      It's just showing that ESM-2-derived amino acid probabilities closely resemble amino acid frequencies in MSAs. We think it gives readers some visual intuition about why predicted profile HMMs perform as well as they do. We’ve added some additional explanation of it in the text.

      Recommendations for the authors:

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      The paper would mainly benefit from a more comprehensive benchmark:

      We suggest that the authors extend the benchmark by including the reference methods (HHpred and Foldseek) run with their original representations, i.e., MSAs obtained with 2-3 iterations of hhblits (for HHpred) and experimental or predicted structures (for Foldseek). HHpred profile-profile comparisons and Foldseek structure-structure comparisons would be important reference points for assessing the applicability of the proposed approach in distant homology detection. It is also essential to compare the method with other emerging tools such as EBA (DOI: 10.1101/2022.12.13.520313), pLM-BLAST (DOI: 10.1101/2022.11.24.517862), DEDAL (DOI: 10.1038/s41592-022-01700-2), etc.

      We also suggest using an evolutionary-oriented database for the benchmark, such as ECOD or CATH (these databases classify protein domains with known structures, which is important in the context of including Foldseek in the benchmark). We ran a cursory benchmark using the ECOD database and generated HH-suite .hhm files (using the single_seq_to_hmm.py and hhsearch_multiple.py scripts). Precision and recall appear to be significantly lower compared to "vanilla" hhsearch runs with MSA-derived profiles. It would also be interesting to see benchmarks for speed and alignment quality.

      The pLM-based methods for homology detection are an emerging field, and it would be important to evaluate them in the context of distinguishing between homology and analogy. In particular, the predicted Foldseek representations may be more likely to capture structural similarity than homology. This could be investigated, for example, using the ECOD classification (do structurally similar proteins from different homology groups produce significant matches?) and/or resources such as MALISAM that catalog examples of analogy.

      We’ve added the SCOPe40 benchmark, which we think at least partially addresses these comments, adding a comparison to pLM-BLAST, ProstT5, and AF2 followed by Foldseek. The question of Analogy vs homology is an interesting one. It could be argued that the SCOPe40 benchmark addresses this in the difference between Superfamily (distant homology) and Fold (analogy, or very distant homology).

      Our focus is on remote homology detection applications rather than alignment quality, so we don’t benchmark alignment quality, although we agree that those benchmarks would be interesting.

      Page 2, lines 60-67. This paragraph would benefit from additional citations and explanations to support the superiority of the proposed approach. The fact that flattened embeddings are not suitable for annotating multidomain proteins seems obvious. Also, the claim that "current search implementations are slow compared to other methods" should be supported (tools such as EBA or pLM-BLAST have been shown to be faster than standard MSA-based methods). Also, as we mentioned in the main review, we believe that the generated pseudo-profiles and fine-tuned ESM2 predictions should not be called "smaller positional embeddings".

      Discriminating subdomains was a major limitation of the influential and widely-cited PfamN paper (Bileschi et al., 2022), we’ve added a citation to that paper in that paragraph for readers interested in diving deeper.

      To address the question of speed, we’ve included data preparation and search benchmarks as part of our presentation of the SCOPe40 benchmark.

      Finally, we were not sure why exactly every 7th residue is masked in a single forward pass. Traditionally, pseudo-log likelihoods are generated by masking every single token and predicting probabilities from logits given the full context - e.g. https://arxiv.org/pdf/1910.14659.pdf. Since this procedure is crucial in the next steps of the pipeline, it would be important to either experiment with this hyperparameter or explain the logic used to choose the mask spacing.

      We’ve added discussion of the masking distance to the Methods section.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      • While the code and data for the benchmark are available, the generation of searchable databases using the methods described for a popular resource such as Pfam, AFDB, SCOP/CATH which can be used by the community would greatly boost the impact of this work.

      3Di sequences predicted by ESM-2 3B 3Di can easily be used as queries against any Foldseek database, such as PDB, AFDB, etc. We’ve added Figure 4E to demonstrate this possibility, and added some related discussion.

      • Minor: In line 114, the text should likely read "compare lines 7 and 8" instead of "compare lines 6 and 7."

      We’ve clarified the discussion of Figure 3.

    1. AbstractIntegrative analysis of spatially resolved transcriptomics datasets empowers a deeper understanding of complex biological systems. However, integrating multiple tissue sections presents challenges for batch effect removal, particularly when the sections are measured by various technologies or collected at different times. Here, we propose spatiAlign, an unsupervised contrastive learning model that employs the expression of all measured genes and the spatial location of cells, to integrate multiple tissue sections. It enables the joint downstream analysis of multiple datasets not only in low-dimensional embeddings but also in the reconstructed full expression space. In benchmarking analysis, spatiAlign outperforms state-of-the-art methods in learning joint and discriminative representations for tissue sections, each potentially characterized by complex batch effects or distinct biological characteristics. Furthermore, we demonstrate the benefits of spatiAlign for the integrative analysis of time-series brain sections, including spatial clustering, differential expression analysis, and particularly trajectory inference that requires a corrected gene expression matrix.

      Reviewer 1. Lamda Moses.

      This papers presents spatiAlign, a package that batch corrects spatial transcriptomics data and performs spatially informed clustering. Spatial information is incorporated in the graph layers in the variational graph autoencoder which performs dimension reduction, and in the reduced dimensional space, self-supervised contrastive learning is used to batch correct and to assign cells/spots to clusters. The autoencoder then reconstructs a batch corrected gene count matrix for downstream use with methods that require a full gene count matrix. The method seems reasonable for this task and is well-described, more intuitively in the Results section and in more details in the Methods section.

      Then spatiAlign is benchmarked against several popular and state of the art methods for batch correction, including two recently published methods that use spatial information (GraphST and PRECAST) and several not using spatial information but commonly used (e.g. Seurat, Harmony, COMBAT). The choice of existing methods to benchmark is fair. The LISI F1 score is a reasonable metric to quantify performance in both batch correction and cluster separation when the spatial clusters in the brain datasets used in benchmarking are already annotated. The iLISI (batch correction) and cLISI (cluster separation), analogous to precision and recall in the original F1, are shown separately in the supplement. The F1 score is around 0.8 for spatiAlign, which is pretty good. When there is no a priori annotation, the iLISI is used to quantify how well different batches mix and Moran's I is used to indicate spatial coherence of the clusters, which are then validated with differential expression. spatiAlign is also demonstrated to integrate data from different technologies—Stereo-seq and Visium—which have different spatial resolutions. Finally, spatiAlign is demonstrated on the developing mouse brain integrating data across multiple time points.

      The language of this paper is good and does not require extensive editing for clarity. The spatiAlign package can be installed with pip and has a minimal tutorial on the documentation website.

      Overall, I find this paper well-written and a valuable contribution to this field. There are many methods that perform batch correction without using spatial information, and several that align different tissue sections, some using transcriptome information, but without correcting for batch effect in the transcriptomes. Not all methods that take spatial information into account give a batch corrected full gene count matrix as an output. The metrics reasonably demonstrate superior performance of spatiAlign compared to other methods benchmarked on the datasets used.

      Below are my questions and comments that may improve this paper:

      1. All the benchmarking datasets are from the brain, though different parts of the brain, from human and mouse, with different morphologies. The brain has a stereotypical structure. As spatiAlign uses the spatial neighborhood graph rather than the original coordinates, can it be applied to tissues without such stereotypical structure, such as tumors, skeletal muscle, colon, liver, lung, and adipose tissue? Benchmarking on a dataset from a tissue without a stereotypical structure would make a stronger case, to be more representative of the full breadth of spatial transcriptomics datasets.
      2. Biological variability is mentioned, such as from different regions of hippocampus and different stages of development. Many studies have a disease or experiment group and a control group, often with multiple subjects in each group. There are biological differences among the subjects and technical batch effects between sections, but the differences between case and control are of interest, so we have different kinds of batches. Benchmarking on a case/control study would be really helpful. How well does spatiAlign preserve biological differences between case and control while correcting for technical batch effects?
      3. The Methods section says, "Inspired by unsupervised contrastive clustering[32], we map each spot/cell i into an embedding space with d dimensions, where d is equal to the number of pseudoprototypical clusters." In Tutorial 2 on the documentation website, the latent dimension is set to be 100. Why is this number chosen? Can you clarity how to choose the number of latent dimensions? How does this affect downstream results?
      4. Since you use the k nearest neighbor graph when constructing the spatial neighborhood graph that feeds into the variational graph autoencoder, what are the reasons why k=15 is chosen? Should it be different for array-based technologies such as Visium and Stereo-seq and imaging-based technologies with single cell resolution such as MERFISH? Furthermore, due to different spatial resolutions, the spatial neighborhood graph has different biological meanings for Visium and MERFISH.
      5. All the benchmarking datasets are from array-based technologies: Visium, Slide-seq, and Stereo-seq. Imaging-based technologies are getting commercialized and getting more widely adopted, especially MERFISH and Molecular Cartography. It would be great if you benchmark using an imaging-based dataset and perhaps integrate an imaging-based and an array-based dataset, to be more representative of the full breadth of spatial transcriptomics technologies. This should also take into consideration that imaging-based datasets typically only profile a few hundred genes while array-based datasets are transcriptome-wide. This might be too much for this paper, but should at least be mentioned in the Discussions section.
      6. Is the code used to reproduce the figures available?
      7. Generally, the y axes of bar charts for F1 scores, ARI, normalized iLISI, and normalized cLISI are really confusing when they don't start at 0 and end at 1. This exaggerates how much better spatiAlign performs compared to other methods when the other methods aren't that much worse based on the numbers, such as in Figure 2c.
      8. In Supplementary Figure S4b, do you actually mean 1 - cLISI? If a smaller cLISI is better, then spatiAlign performs the worst in this case, and should have a low F1 score in Figure 2c.
      9. It would be helpful to include a computational time and memory usage benchmark.
      10. The join count statistic is a spatial autocorrelation statistic designed for binary data, and may thus be more appropriate than Moran's I to indicate spatial coherence of clusters, although Moran's I does convey the message of spatial coherence here.
      11. The documentation website can be improved by making a description of all parameters of the functions available, to explain what each parameter means and what kind of input and output is expected.
      12. It would be helpful to include preprocessing in the tutorial on the documentation website. Do we need to log normalize the data first and why? Does the data need to be scaled?

      Below are minor technical comments: 1. The notation for the LISI F1 score in the Methods sections is very confusing. Based on context and the definition of the F1 score, you probably meant to put parentheses around 1 - cLISInorm . 2. Typo in "SCAlEX" in Supplementary Figure S5a; you seem to mean "SCALEX". It's more aesthetically pleasing to be consistent in capitalizing according to the original names of the packages in Supplementary Figure S5.

      Re-review

      For the most part, the authors have satisfactorily addressed concerns raised by the reviewers. Below are my followup comments on the revised manuscript: 1. The authors missed the point of my second comment on case/control studies. What I was asking for is performance of spatiAlign and other related packages when integrating case datasets and control datasets while preserving biological differences of interest to the study. For example, data from healthy liver (control) and hepatic steatosis (case) are integrated. Case and control samples were collected from different patients and may be mounted on different slides. How well does spatiAlign preserve differences between healthy and steatosis, while correcting for technical batch effect? In Figure S7, the two sub-slices are still from the same disease condition. Case/control studies should at least be mentioned in the Discussions section. 2. The authors have provided thoughtful explanations on data scaling, number of latent dimensions, and number of neighbors in the k nearest neighbor graph in the response to reviewers. However, these explanations are not found in the manuscript or on the documentation website. Because these explanations are very relevant to users, it would be helpful to add them to either the manuscript or the documentation website. 3. For the bar charts, I suggest assigning a fixed color to each data integration method and keeping it consistent throughout this study. Right now the bar charts don't have a consistent color scheme even within the same figure. Keeping a consistent color scheme can reduce the mental burden of readers since the colors are a stand-in for the different methods. Also, a colorblind-friendly palette should be used. 4. I agree with Reviewer 3 that the grammar in this paper should be improved. For example, in lines 75-76, "in which gene expression is adjustment" should be "in which gene expression is adjusted". In lines 82-83, the "adjusted" in "laminar organization with adjusted, and clear boundaries between regions" does not make sense given the context referring to Figure 2f. In line 332, "the benchmarking methods" should be "the benchmarked methods", because the methods are being benchmarked and the methods themselves are not meant for benchmarking. Grammar in the newly added section from line 344 onwards should be corrected.

    1. The above example creates a database with the name typedb, defines a schema with the person type, then inserts an instance of the person type into the database.

      move this into the example. Delete the enumeration in the example. Just text + code.

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      We thank the editors and reviewers for their tremendously helpful comments. We outline below changes we have made to the manuscript in response to each point. These include new analyses and a substantial rewrite to address the concerns about lack of clarity.

      We believe the revisions strengthen the evidence for our conclusion that grid fields can be either anchored to or independent from a task reference frame, and that anchoring is selectively associated with successful path integration-dependent behaviour. Our additional analyses of non-grid cells indicate that while some are coherent with the grid population, many are not, suggesting cell populations within the MEC may implement grid-dependent and grid-independent computations in parallel.

      We hope the reviewers will agree that our novel experimental strategy complements and avoids limitations of perturbation-based approaches, and by providing evidence to dissociate the two major hypotheses for whether and when grid cells contribute to behaviour our results are likely to have a substantial impact on the field.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      In this study, Clark et. al. uncovered an association between the positional encoding of grid cell activity with good performance in spatial navigation tasks that requires path integration, highlighting the contribution of grid firing to behaviour… The conclusions of this paper are mostly well supported by data, the finding about the association between grid cell encoding and behaviour in spatial memory tasks is important. However, some aspects of the analysis need to be clarified or extended.

      Thankyou for the overview and constructive comments.

      (1) While the current dataset aims to demonstrate a "correlation" between grid cell encoding and task performance, the other variables that could confound this correlation should be carefully examined.

      (1.1) The exact breakdown of the fraction of beaconed/non-beaconed/probe trials is never shown. if the session makeup has a significant effect on the coding scheme or other results, this variable should be accounted for.

      The lack of information about the trial organisation was a substantial oversight in our preparation of the first version of the manuscript. Session make up can not account for effects on grid stability and its relationship to behavioural outcome but this was not made at all clear.

      In all sessions trial types were varied in a fixed repeating sequence. Therefore, continuous blocks of trials on which grid firing is anchored (or independent from) the track can not be explained by the mouse experiencing a particular trial type. We have revised the manuscript to make this clearer, e.g. p 5, ‘These switches could not be explained by variation between trials in the availability of cues or rewards, as these were interleaved in blocks that repeated throughout a session (see Methods), whereas periods in which grid cell activity was in a given mode extended across the repeating blocks (e.g. Figures 3D,E, 4A, 5E,F).’ and methods p 12, ‘Trials were delivered in repeating blocks throughout a recording session…’

      (1.2) The manuscript did not provide information about whether individual mice experienced sessions with different combinations of the three trial types, and whether they show different preferences in position or distance encoding even in comparable sessions. This leads to the question of whether different behaviour and activity encoding were dominated by experimental or natural differences between individual mice. Presenting the data per mouse will be helpful.

      As we note above, because trial types were interleaved in a fixed sequence, experience of a particular trial type can not account for switching between task-anchored and taskindependent firing modes. This was insufficiently clear in the first version of the manuscript.

      We varied the proportions of trials of a particular type between sessions with the aim of maximising the number of non-beaconed and probe trials. This was necessary because we find that if we introduce too high a proportion of these trials early in training then mice appear to ‘lose interest’ in the task and their performance drops off. We therefore used an approach in which we increased the proportions of non-beaconed and probe trials over training days as mice became familiar with the task. This is now described in the methods (p 12).

      Because the decision for when to vary the proportion of trial types was based on the previous day’s performance, the experimental design was not optimised for addressing the reviewer’s question about dissociating experimental from natural differences in mice. To provide some initial insight we have analysed the relationship between task anchored coding and proportion of beaconed trials in a session (Figure 3, Figure Supplement 7). While on average there is a higher proportion of trials in which grid fields are task-anchored in sessions with more beaconed trials, this effect is small and most of the variance is independent from the proportion of beaconed trials.

      (1.3) Related to the above point, in Figure 5, the mice appeared to behave worse in probe trials than non-beaconed trials. If the mouse did not know if a trial is a probe or a non-beacon trial, they should behave equivalently until the reward location and thus should stop an equal amount. If this difference is because multiple probe trials are placed consecutively, did the mouse learn that it will not get a reward and then stop trying to get rewards? Did this affect switching between position and distance coding?

      Thankyou for flagging this. This reflected an inconsistency arising from the way we detected stops that we have now corrected. Briefly, the temporal resolution of the processed location data against which the stop detection threshold was applied was insufficiently high. As a result, stops in the non-beaconed group were picked up, as they tended to be longer because mice remained still to consume rewards, whereas some stops in the probe group were missed because they were relatively short. We have corrected this by repeating the analyses on raw position data at the highest temporal resolution available. This analysis is now clearly described in the Methods (see p13 “A stop was registered in Blender3D if the speed of the mouse dropped below 4.7 cm/s. Speed was calculated on a rolling basis from the previous 100 ms at a rate of 60 Hz.”).

      (1.4) It is not shown how the behaviours (e.g., running speed away from the reward zone, licking for reward) in beaconed/non-beaconed/probe trials were different and whether the difference in behaviours led to the different encoding schemes.

      Because trial types were interleaved and repeated with a period less than the length of typical trial sequences during which grid cell activity remained either task-anchored or taskindependent, differences between trial types are unlikely to explain use of the different coding schemes. Hopefully, this is clarified by the comments above.

      To further describe the relationship between behavioural outcomes, trial types and grid anchoring, we now also show running speed as a function of location for each combination of trial types and trial outcomes (Figure 6, Figure Supplement 1). This illustrates and replicates our previous findings (Tennant et al. 2018) that running speed profiles are similar for a given trial outcome regardless of trial type (Figure 6, Figure Supplement 1A), and further further shows that the behavioural profile for a given trial outcome and trial-type does not differ when grid cells are in task-anchored and task-independent modes (Figure 6, Figure Supplement 1B). This further argues against the possibility that difference in behaviours leads to the different encoding schemes.

      (2) Regarding the behaviour and activity encoding on a trial-by-trial basis, did the behavioural change occur first, or did the encoding switch occur first, or did they happen within the same trial? This analysis will potentially determine whether the encoding is causal for the behaviour, or the other way around.

      This is a good question but our experimental design lacks sufficient statistical power to address the timing of mode switches within a trial. This is because mode switching is relatively infrequent (so the n for switching is low) and only a subset of trials are uncued (making the relevant n even lower), while at a trial level the behavioural outcome is variable (increasing the required n for adequate power).

      (3) The author determined that the grid cell coding schemes were limited to distance encoding and position encoding. However, there could be other schemes, such as switching between different position encodings (with clear spatial fields but at different locations), as indicated by Low et. al., 2021, and switching between different distant encodings (with different distance periods). If these other schemes indeed existed in the data, they might contribute to the variation of the behaviours.

      Switching between position encoding schemes appears to be rare within our dataset and unlikely to contribute to variation in behaviour. In most sessions we did not observe switching between grid phases / position encodings (e.g. Figures 2A-B, 3B-E, 4A, 5C-D, F). In one session we found switching between different phases when grid cells were taskanchored. Because the grid period was unchanged, the spatial periodograms remained similar. We report this example in the revised manuscript (Figure 5E).

      (4) The percentage of neurons categorised in each coding scheme was similar between nongrid and grid cells. This implies that non-grid cells might switch coding schemes in sync with grid cells, which would mean the whole MEC network was switching between distance and position coding. This raises the question of whether the grid cell coding scheme was important per se, or just the MEC network coding scheme.

      We very much appreciate this suggestion. We note first that while the proportion of taskanchored grid and non-grid cells is similar, task-independent periodic firing of non-grid cells is much rarer than for grid cells (Figure 2E), suggesting a dissociation between the populations. To further address the question we have included additional analyses of nongrid cells (Figure 3, Figure Supplement 5). This shows that while some non-grid cells have anchoring that switches coherently with simultaneously recorded grid cells, others do not. Figures 4 and 5 now show examples of non-grid cell activity recorded simultaneously with grid cells.

      Together, our data suggest that the MEC implements multiple coding schemes: one that is associated with the grid network and includes some non-grid cells; and one (or more) that can be independent from the grid network. This dissociation adds to the insights into MEC function that are provided by our study and is now highlighted in the abstract and discussion.

      (5) In Figure 2 there are several cell examples that are categorised as distance or position coding but have a high fraction of the other coding scheme on a per-trial basis. Given this variation, the full session data in F should be interpreted carefully, since this included all cells and not just "stable" coding cells. It will be cleaner to show the activity comparison only between the stable cells.

      We have now included examples in Figure 2A-C where the grid mode is stable throughout a session. As the view of activity at a session level is important, we have not updated Figure 2F, but have clarified the terminology to now clearly refer to classification at either season or trial levels. In addition, we have repeated the analyses shown in Figure 2F but after grouping cells according to whether their firing has a single mode on >85% of the trials (Figure 3 Figure Supplement 4). This analysis supports similar conclusions to those of Figure 2F.

      (6) The manuscript is not well written. Throughout the manuscript, there are many unexplained concepts (especially in the introduction) and methods, mis-referenced figures, and unclear labels.

      We very much appreciate the feedback and have substantially rewritten the manuscript. We have paid particular attention to explaining key concepts in the introduction and have carefully checked the figures. We welcome further feedback on whether this is now clearer.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Clark and Nolan's study aims to test whether the stability of grid cell firing fields is associated with better spatial behaviour performance on a virtual task… This study is very timely as there is a pressing need to identify/delimitate the contribution of grid cells to spatial behaviours. More studies in which grid cell activity can be associated with navigational abilities are needed.

      Thank you for the supportive comments and highlighting the importance of the question.

      The link proposed by Clark and Nolan between "virtual position" coding by grid cells and navigational performance is a significant step toward better understanding how grid cell activity might support behaviour. It should be noted that the study by Clark and Nolan is correlative. Therefore, the effect of selective manipulations of grid cell activity on the virtual task will be needed to evaluate whether the activity of grid cells is causally linked to the behavioural performance on this task. In a previous study by the same research group, it was shown that inactivating the synaptic output of stellate cells of the medial entorhinal cortex affected mice's performance of the same virtual task (Tennant et al., 2018). Although this manipulation likely affects non-grid cells, it is still one of the most selective manipulations of grid cells that are currently available.

      Again, thank you for the supportive comments. We recognise the previous version of the manuscript did not sufficiently clarify the motivation for our approach, or the benefits of capitalising on behavioural variable variability as a complementary strategy to perturbation approaches. We now make this clearer in the revised introduction (p 2, paragraphs 2 and 3).

      When interpreting the "position" and "distance" firing mode of grid cells, it is important to appreciate that the "position" code likely involves estimating distance. The visual cues on the virtual track appear to provide mainly optic flow to the animal. Thus, the animal has to estimate its position on the virtual track by estimating the distance run from the beginning of the track (or any other point in the virtual world).

      We appreciate the ambiguity here was confusing. We have re-named the groups to ‘taskanchored’, corresponding to when grid cells encode position on the track (as well as distance as the reviewer correctly points out), and ‘task-independent’, corresponding to the group we previously referred to as distance encoding.

      It is also interesting to consider how grid cells could remain anchored to virtual cues. Recent work shows that grid cell activity spans the surface of a torus (Gardner et al., 2022). A run on the track can be mapped to a trajectory on the torus. Assuming that grid cell activity is updated primarily from self-motion cues on the track and that the grid cell period is unlikely to be an integer of the virtual track length, having stable firing fields on the virtual track likely requires a resetting mechanism taking place on each trial. The resetting means that a specific virtual track position is mapped to a constant position on the torus. Thus, the "virtual position" mode of grid cells may involve 1) a trial-by-trial resetting process anchoring the grid pattern to the virtual cues and 2) a path integration mechanism. Just like the "virtual position" mode of grid cell activity, successful behavioural performance on non-beaconed trials requires the animal to anchor its spatial behaviour to VR cues.

      Reviewer #3 (Public Review):

      This study addresses the major question of 'whether and when grid cells contribute to behaviour'. There is no doubt that this is a very important question. My major concern is that I'm not convinced that this study gives a significant contribution to this question, although this study is well-performed and potentially interesting. This is mainly due to the fact that the relation between grid cell properties and behaviour is exclusively correlative and entirely based on single cell activity, although the introduction mentions quite often the grid cell network properties and dynamics. In general, this study gives the impression that grid cells exclusively support the cognitive processes involved in this task. This problem is in part related to the text.

      Thank you for the comments. We recognise now that the previous text was insufficiently clear. We have modified the introduction to clarify the value of an approach that takes advantage of behavioural variability. Importantly, this approach is complementary to perturbation strategies we and others have used previously. In particular it addresses critical limitations of perturbation strategies which can be confounded by off-target effects and possible adaptation, both of which are extremely difficult to fully rule out. We hope that with this additional clarification it is now clear that as for any important question multiple and complementary testing strategies are required to make progres, and second, that our study makes a new and important contribution by introducing a novel experimental approach and by following this up with careful analyses that clearly distinguish competing hypotheses.

      However, it would be interesting to look at the population level (even beyond grid cells) to test whether at the network level, the link between behavioural performance and neural activity is more straightforward compared to the single-cell level. This approach could reconcile the present results with those obtained in their previous study following MEC inactivation.

      We’re unclear here about what the reviewer means by ‘more straightforward’ as clear relationships between activity of single grid cells and populations of grid cells are well established (Gardner et al., 2021; Waaga et al., 2021; Yoon et al., 2013).

      To give a clearer indication of the corresponding population level representations, as mentioned in response to Reviewer #1, we now include additional data showing many simultaneously recorded neurons, and analyses of non-grid as well as grid cells (Figures 4, 5, Figure 5 Figure Supplement 2).

      To reconcile results with our previous study of MEC inactivation we have paid additional attention to the roles of non-grid cells (following suggestions by Reviewer #1). We show that while some non-grid cells show transitions between task-anchored and task-independent firing that are coherent with the grid population, many others have more stable firing that is independent of grid representations. This is consistent with the idea that the MEC supports localised behaviour in the cued and uncued versions of the task (Tennant et al., 2018), and suggests that while grid cells preferentially contribute when cues are absent, non-grid cells could also support the cued version. We make this additional implication clear in the revised abstract and discussion.

      The authors used a statistical method based on the computation of the frequency spectrum of the spatial periodicity of the neural firing to classify grid cells as 'position-coding' (with fields anchored to the virtual track) and 'distance-coding' (with fields repeating at regular intervals across trials). This is an interesting approach that has nonetheless the default to be based exclusively on autocorrelograms. It would be interesting to compare with a different method based on the similarities between raw maps.

      While our main analyses use a periodogram-based method to identify when grid cells are / are not anchored to the task environment, we validate these analyses by examination of the rate maps in each condition (Figures 2-4). For example, when grid cells are task-anchored, according to the periodogram analysis, the rate maps clearly show spatially aligned peaks, whereas when grid cells are not anchored the peaks in their rate maps are not aligned (Figure 2A vs 2B; Figure 3B-E; Figure 4C). We provide further validation by showing that spatial information (in the track reference frame) is substantially higher when grid cell activity is task-anchored vs task-independent (Figures 2F, 3G, 4F and Figure 3 Figure Supplement 4).

      To further address this point we have carried out additional complementary analyses in which we identify task anchored vs task independent modes using a template matching method applied to the raw rate maps (Figure 6, Figure Supplement 2). These analyses support similar conclusions to our periodogram-based analyses.

      Beyond this minor point, cell categorization is performed using all trial types.

      Each trial type (i.e. beacon or non-beacon) is supposed to force mice to use different strategies and should induce different spatial representations within the entorhinal-hippocampal circuit (and not only in the grid cell system). In that context, since all trials are mixed, it is difficult to extrapolate general information.

      We recognise that the description of the task design was insufficiently clear but are unsure why ‘it is difficult to extrapolate general information’. Before addressing this point, we should first be clear that mice are not ‘forced’ to adopt any particular strategy. Rather, on uncued trials a path integration strategy is the most efficient way to solve the task. However, mice could instead use a less efficient strategy, for example by stopping at short intervals they still obtain rewards. Detailed behavioural analyses indicate that such random stopping strategies are used by naive mice, while with training mice learn to use spatial stopping strategies (Tennant et al. 2018).

      In terms of ‘extracting general information’ from the task, the following findings lead to general predictions: 1) Grid cells can exist in either task-anchored or task-independent periodic firing modes; 2) These modes can be stable across a session, but often modeswitching occurs within a session; 3) While some non-grid cells show task-independent periodic firing, this is much less common than for grid cells, which suggests a model in which many non-grid MEC neurons operate independently from the grid network; 4) When a marker cue is available mice locate a reward equally well when grid cells are in taskanchored versus task-independent modes, which argues against theories in which grid cells are a key part of a general system for localisation; 5) When markers cues are absent taskanchored grid firing is associated with successful reward localisation, which corroborates a key prediction of theories in which grid cells contribute to path integration.

      In revising the manuscript we have attempted to improve the writing to make these advances clearer, and have clarified methodological details that made interpretation more challenging than it should have been. For example, as noted in our response to Reviewer #1, we have included additional details to clarify the organisation of trials and relationships between trials, behavioural outcomes and neural codes observed.

      On page 5 the authors state that 'Since only position representations should reliably predict the reward location, ..., we reasoned that the presence of positional coding could be used to assess whether grid firing contributes to the ongoing behaviour'. I do not agree with this statement. First of all, position coding should be more informative only in a cue-guided trial. Second, distance coding could be as informative as position coding since at the network level may provide information relevant to the task (such as distance from the reward).

      Again, this point perhaps reflects a lack of clarity on our part in writing the manuscript. When grid cells are anchored to the track reference frame (now called ‘tasked anchored’, previously ‘position encoding’), then the location of the rate peaks in grid firing is reliable from trial to trial. This is the case whether or not the trial is cued. When grid cells are independent of the track reference frame (now called ‘task independent’, previously ‘distance encoding’), then the location of the firing rate peaks vary from trial to trial. In the latter case, position can not be read out directly from trial to trial.

      In principle, in the task-independent mode track position could be calculated by storing the grid network configuration at the start of the track, which would differ on each trial, and then implementing a mechanism to readout relative distance as mice move along the track. However, if mice do use this computation we would expect them to do so equally well on cued and uncued trials. By contrast, our results clearly show a dissociation between trial types in the relationship between grid firing and behavioural outcome. We highlight and discuss this possibility in the revised manuscript (p 10, ‘Alternatively, mice could in principle estimate track location with a system that utilises information about distance travelled obtained from task-independent grid representations’).

      Third, position-coding is interpreted as more relevant because it predominates in correct trials. However, this does not imply that this coding scheme is indeed used to perform correct trials.

      We have revised the manuscript to clarify our goal of distinguishing major hypotheses for the roles of grid cells in behaviour (Introduction, ‘On the one hand, theoretical arguments that grid cell populations can generate high capacity codes imply that they could in principle contribute to all spatial behaviours (Fiete et al., 2008; Mathis et al., 2012; Sreenivasan and Fiete, 2011). On the other hand, if the behavioural importance of grid cells follows from their hypothesised ability to generate position representations by integrating self-motion signals (McNaughton et al., 2006), then their behavioural roles may be restricted to tasks that involve path integration strategies.’

      By showing that performance on cued trials is similar regardless of whether grid cells are task-anchored or not, we provide strong evidence against the idea that grid firing is in general necessary for location-based behaviours. By showing that task anchoring is associated with successful localisation when cues are absent we corroborate a key prediction of hypothesised roles for grid cells in path integration-dependent behaviour. Therefore, we substantially reduce the space of behaviours to which grid cells might contribute. Importantly, this space is much larger for the MEC, which is required for cued and uncued versions of the task. We have revised the introduction and discussion to make these points clearer.

      While we believe our results add a key piece of evidence to the puzzle of when and where grid cells contribute to behaviour, we agree that further work will be required to develop and test more refined hypotheses. Alternative models also remain plausible, for example perhaps the behaviourally relevant computations are implemented elsewhere in the brain with grid anchoring to the track as an indirect consequence. Nevertheless, explanations of this kind are more difficult to reconcile with evidence that inactivation of stellate cells in the MEC impairs learning of the task, and other manipulations that modify grid firing impair performance on similar tasks. We now discuss these possibilities (discussion p 10, ‘mice could in principle estimate track location with a system that utilises information about distance travelled obtained from task-independent grid representations’).

      It could be more informative to push forward the correlative analysis by looking at whether behavioural performance can be predicted by the coding scheme on a trial-by-trial basis.

      The previous version of the manuscript showed these analyses (now in Figure 6). Thus, task anchored grid firing predicts more successful performance on uncued trials at the session level (Figure 6A-B) and at the trial level (Figure 6C-D).

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      (1) The author particularly mentioned that the 1D tracks are different from the "cue-rich environments that are typically used to study grid cells". It is not clear what conclusions would hold for a cue-rich environment or a track, which may require relatively less path integration compared to the cue-sparse environment. This point should be discussed.

      This is an important point that we did not pay sufficient attention to in the previous version of the manuscript. Our finding of successful localisation in the cued environment when grid cells are not task anchored implies that grid anchoring is not required to solve cued tasks. The implication here is that cue rich environments may then not be the most suitable for investigation of grid roles in behaviour as non-grid mechanisms may suffice, although this does not rule out the possibility that anchored grid codes may play important roles in learning about cue rich environments. We now address this point in the discussion (p 10, ‘An implication of this result is that cue rich tracks often used to investigate grid activity patterns may not engage behaviours that require anchored grid firing.’).

      (2) It would be good to see the statistics for the number of different cells (stable position or distance encoding, and unstable cells) identified per mouse/session and the number of grid cells per session.

      These are now added to Supplemental Data 2 and will also be accessible through code and datasets that we will make available alongside the version of record.

      (3) Figure 2F: any explanation about why AG cells had high spatial information?

      Previously the calculation used bits per spike and as aperiodic cells have low firing rates the spatial information was high. We have replaced this with bits per second, which provides a more intuitive measure and no longer implies high spatial information. We have amended this in the methods (p 15, ‘Spatial information was calculated in bits per second…’).

      (4) The following methods sections should provide additional details:

      (4.1) Details of the training protocol are largely left to reference papers. The reference papers give a general outline of the training protocol, but the details are not completely comparable given the single experiment performed on these mice. More details should be given on training stages and experience at the time of the experiment.

      The task is more clearly described in the introduction (p 3), and additional details of the training protocol are now provided in the methods (p 12-13).

      (4.2) The methods reference mean speed across sessions, but it is not clear where this was used.

      This was very poor wording. We have now changed this to ‘For each session the mean speed was calculated for each trial outcome’.

      (4.3) The calculation of the spatial autocorrelogram on a per-trial basis should be more explicitly stated. Is it the average of each 10 cm increment with the centre trial?

      We have added additional information to the methods (p 16-18).

      (4.4) 1D field detection is not sufficiently explained in Figure 1/S2. This information should also appear in the methods section.

      This is now clarified on page 16 in section ‘Analysis of neural activity and behaviour during the location memory task’.

      (5) The data in Figure 4A and B only shows speed vs. location for one example mouse. The combined per mouse or per session data should also be shown.

      This is now shown in Figure 5A and Figure 5, Figure Supplemental 2

      (6) Figure 5 is somewhat confusing. Why are A/B by session and C/D by trial? The methods imply that A/B are originally averaged by cell, but that duplicate cells in the same session are excluded because behaviour versus session type is identical. This method should be valid if all grid cells within a session are all "stable". This is likely given the synchrony of code-switching between grid cells, but not all co-active grid cells behaved identically.

      It is understandable that C/D are performed by trial, but it should be made clear that it is not a comparable analysis to A/B. It is unclear what N refers to in C. The figure says by trial, but the legend says the error bar is by cell. If data is calculated by trial and then averaged by cell, this should be more clearly stated.

      In Figure 6A/B (previously Figure 5A/B) we focus our analysis on sessions in which the mode of grid firing, either task-anchored or task-independent, was relatively stable on a trialto-trial basis (see Figure 3F for definitions). This enables us to then compare behaviour averaged across each session, with sessions categorised as task-anchored and task independent. This analysis has the advantage that it focuses on large blocks of time (whole sessions) in which the mode of grid firing is unambiguous, but the disadvantage is that it excludes many sessions in which grid firing switches between task-anchored and taskindependent modes.

      Figure 6C/D (previously Figure 5C/D) addresses this limitation by carrying out similar analyses with behaviour sorted into task-anchored versus task-independent groups at the level of trials. A potential limitation for this analysis is that grid firing is somewhat variable on a trial-by-trial basis and so some trials may be mis-classified. We don’t expect this to lead to systematic bias, but it may make the data more noisy. Nevertheless, these analyses are important to include as they allow assessment of whether conclusions from 6A/B hold when all sessions are considered.

      We have added additional clarification of the rationale for these analyses to the main text (p7-8, ‘’We addressed this by using additional trial-level comparisons’). We have also added clarification in the methods section for categorisation of task-anchored versus taskindependent trials when multiple grid cells were recorded simultaneously (p 17, ‘When assigning a common classification across a group of cells recorded simultaneously...’) and an explanation for the N in the figure legend. We also clarify that the analyses use a nested random effects design to account for dependencies at the levels of sessions and mice (methods, p 20, ‘Random effects had a nested structure to account for animals and sessions…’) .

      (7) Panels E and F of Figure 5 are not explained in the main text.

      This is now corrected (see p8, ‘Additional analyses…’).

      (8) Figure 5: Since stable grid cells and all grid cells are shown, it will be better to show unstable cells, which can be compared with grid cells.

      Given that the rationale for differences between Figure 6A/B and C/D (previously Figure 5AD) were not previously clear, the reason for focussing on stable grid cells here was likely also not clear (see point 6 above). We don’t show unstable grid cells in Figure 6A-B as the behaviour averaged at the level of a session would be a mix of trials when they are taskanchored and when they are task-independent. Therefore, the analysis would not test predictions about the relationship between task-anchored vs task-independent modes and behaviour. We hope this is now clear in the manuscript given the revisions introduced to address point 6 above.

      (9) The methods describing the statistics for these experiments are also confusing. The methods section should be written more clearly, and it should be made clear in the text or figure legend whether this data is the "original" data or is processed in relation to the model, such as excluding duplicate grid cells within a session. The figure legend should also state that a GLMM was used to calculate the statistics.

      We have revised the methods section with the goal of improving clarity, adding detail and removing ambiguity. This includes updates of the methods for the GLMM analysis, which are referred to within the Figure 6 legend. A clear definition of a stable session is now also added to the Figure 6 legend.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      When grid fields are anchored to the virtual world (position mode), there is probably small trialto-trial variability in the firing location of the firing fields. Is this trial-to-trial variability related to the variability in the stop location? This would provide a more direct link between path integration in grid cell networks and behaviour that depends on path integration.

      When attempting to address this we find that the firing of individual grid cells is too variable to allow sufficiently precise decoding of their fields at a single trial level. This is expected given the Poisson statistics of spike generation and previous evaluations of grid coding (e.g. (Stemmler et al., 2015)).

      The conclusion of the abstract is: "Our results suggest that positional anchoring of grid firing enhances the performance of tasks that require path integration." This statement is slightly confusing. The task requires 1) anchoring the behaviour to the visual cues presented at the start of the trial and 2) path integration from thereon to identify the rewarded location. The performance is higher when grid cells anchor to the visual cues presented at the start of the trial. What the results show is that the anchoring of grid firing fields to visual landmarks enhances the performance of tasks that require path integration from visual landmarks (i.e. grid cells being anchored to the reference frame that is behaviorally relevant).

      To try to more clearly explain the logic and conclusion we have rewritten the abstract, including the final sentence.

      Similar comment for the title of Figure 5: "Positional grid coding is not required for cued spatial localisation but promotes path integration-dependent localisation." Positional coding means that grid cells are anchored to the behaviorally relevant reference frame.

      To address the lack of clarity we have modified the little of Figure 6 (previously Figure 5) to read ‘Anchoring of grid firing to the task reference frame promotes localisation by path integration but is not required for cued localisation’.

      In Figure 1, there is a wide range of beaconed (40-80%) and non-beaconed (10-60%) trials given. It is not 100% clear whether these refer to the percentage of trials of a given type within the recording sessions. Was the proportion of non-beaconed trials manipulated? If so, was the likelihood of position and distance coding changing according to the percentage of nonbeaconed trials?

      The ranges given refer to proportions across different behavioural sessions. Within any given behavioural session the proportion was constant. We now make this clear in the figure legend and in the results and methods sections.

      We did not manipulate proportions of trial types during a session. Manipulations betweens sessions were carried out with the goal of maximising the numbers of uncued trials that the mice would carry out (see response to public comments above). While the effect of trial-type at the session level is not relevant to the hypotheses we aim to test here, we have included an additional analysis of the relationship between task anchoring and the proportions of trial types in a session (Figure 3, Figure Supplement 7)(also discussed above). As disentangling the effects of learning and motivation will be complex and likely require new experimental designs we have not drawn strong conclusions or pursued the analysis further..

      I was not convinced that the labels "position" and "distance" were appropriate for the two grid cell firing modes. My understanding is that the "position" code also requires the grid cell network to estimate distance. It seems that the main difference between the "position" and "distance" modes is that when in the "position" mode, the activity on the torus is reset to a constant toroidal location when the animal reaches a clearly identifiable location on the virtual track. In the "distance" mode, this resetting does not take place.

      As previously mentioned, we agree these terms weren’t the best and have since relabelled these as “task-anchored” and “task-independent”.

      There are a few sections in the manuscript that implicitly suggest that a causal link between grid cell activity and behaviour was demonstrated. For instance: "It has been challenging to directly test whether and when grid cells contribute to behaviour.": The assumption here is that the manuscript overcomes this challenge, but the study is correlative.

      We have modified the wording to be clear that we are introducing new tests of predictions made by hypotheses about causal relationships between grid coding and behaviour (introduction, p 1-2). We also clarify that our results argue against the hypothesis that grid cells provide a general coded for behaviour, but corroborate predictions of hypotheses in which they are specifically important for path integration (discussion, p 10).

      We have modified the title abstract and main text to try to treat claims about causality with care. We now more thoroughly introduce and contrast the approach we report here with previous experiments that use perturbations (introduction, p2). While it is tempting to make stronger claims for causality with these approaches, there are also logical limitations with perturbation-based approaches, for example the challenges of fully excluding off target effects and adaptation. We now explain how these strategies are complementary. Our view is that both strategies will be required to develop strong arguments for whether and when grid cells contribute to behaviour. From this perspective, it is encouraging that our conclusions are in agreement with what are probably the most specific perturbations of grid cells reported to date (Gil et al. 2017), while perturbations that more generally affect MEC function appear to impair cued and path integration-dependent behaviours (Tennant et al. 2018). We now discuss these points more clearly (introduction, p 2).

      I am slightly confused by the references to the panels in Figure 4.

      "In some sessions, localization of the reward occurred almost exclusively when grid cells were anchored to position and not when they encoded distance (Figure 4C). Figure 4C only shows position coding.

      "In other sessions, animals localised the reward when grid firing was anchored to position or distance, but overall performance was improved on positional trials (Figure 4D-E)." The reference should probably point to Figure 4E-F or just to 4E.

      "In a few sessions, we observed spatial stopping behaviour comparable to cued trials, even when grid firing almost exclusively encoded distance rather than position (Figure 4F)." From Figure 4F, it seems that the performance on non-beaconed trials is better during "position" coding.

      We have now updated Figure 5 (Figure 4 in the original manuscript) and references to the Figure in the text. Now Figure 5 shows the activity of cells recorded in stable and unstable task-anchored and task-independent sessions (see Figure 5C-F).

      Minor issues:

      Is this correct: (Figure 4A and Figure 4, Figure Supplement 1).

      This has been corrected.

      Figure 4B: There could be an additional label for position and distance.

      Figure 4B from the original manuscript has now been removed.

      Figure 4C-F. The panels on the right side should be explained in the Figure Legend.

      Legends for Figure 5C-F (previously Figure 4C-F) have now been updated.

      Reviewer #3 (Recommendations For The Authors):

      Specific questions :

      (1) Position coding reflects a coding scheme in which fields are spaced by a fixed distance; previous studies have shown that a virtual track grid map is a slice of the 2D classic grid. In that case, the fields are still anchored to the track but would produce a completely different map. Did the authors check whether it is the case at least for some cells? If not, what could explain such a major difference?

      Το avoid confusion we now use the term ‘task-anchored’ rather than ‘position coding’ (see comments above). We should further clarify that our conclusions rest on whether or not the grid fields are anchored to the track. Task anchored firing does not require that grid fields maintain their spacing from 2D environments, only that fields are at the same track position on each trial. Thus, whether the spacing of the fields corresponds to a slice through a 2D grid makes no difference to the hypotheses we test here.

      We agree that the relationship between 1D and 2D field organisation could be an interesting future direction, for example anchoring could involve resetting the grid phase while maintaining a stable period, or it could be achieved through local distortions in the grid period. However, since these outcomes would not help distinguish the hypotheses we test here we have not included analyses to address them.

      (2) Previous studies have highlighted the role of grid cells in goal coding. Here there is an explicit reward in a particular area. Are there any grid modifications around this area? This question is not addressed in this study.

      Again, we note that the hypotheses we test here relate to the firing mode of grid cells - taskanchored or task-independent - and interpretation of our results is independent from the specific pattern of grid fields on the track. This question nevertheless leads to an interesting prediction that if grid fields cluster in the goal area then this clustering should be apparent in the task-anchored but not the task-independent firing mode.

      We test this by considering the average distribution of firing fields across all grid cells in each firing mode (Reviewer Figure 1). We find that when grid firing is task-anchored there is a clear peak around the reward zone, which is consistent with previous work by Butler et al. and Boccara et al. Consistent with our other prediction, this peak is reduced when grid cells are in the task-independent mode.

      Author response image 1.

      Plot shows the grid field distribution during stable grid cell session (> 85 % task-anchored or task-independent) (A) or during task-anchored and task-independent trials (B). Shaded regions in A and B represent standard error of the mean measured across sessions and epochs respectively.

      (3) The behavioural procedure during recording is not fully explained. Do trial types alternate within the same session by blocks? How many trials are within a block? Is there any relation between trial alternation and the switch in the coding scheme observed in a large subset of the grid cells?

      We agree this wasn’t sufficiently clear in the previous version of the manuscript. Trial types were interleaved in a fixed order within each session. We have updated the results and methods sections to provide details (see responses above).

      (4) From the examples in Figure 2 it seems that firing fields tend to shift toward the start position. Is it the case in all cells? Could this reflect some reorganisation at the network level with cells signalling the starting as time progresses?

      This is inconsistent between cells. To make this variability clear we have included additional examples of spiking profiles from different grid cells (Figure 2 - 5). Because quantification of the phenomena would not, so far as we can tell, help distinguish our core hypotheses we have not included further analyses here.

      (5) Are grid cells with different coding properties recorded in different parts of the MEC? Are there any differences between these cell categories in the 2D map?

      The recordings we made are from the dorsal region of the MEC (stated at the start of the results section). We don’t have data to speak to other parts of the MEC.

      Minor:

      There are very few grid cell examples that repeat in the different figures. I would suggest showing more examples both in the main text and supplementary material.

      We have now provided multiple additional examples in Figures 2, 4 and 5. Grid cell examples repeat in the main figures twice, in both cases only when showing additional examples are shown from the same recording session (Figure 2A example #1 with Figure 5C, Figure 3E with Figure 4A). Further similar repeats are found in the supplemental figures (Figure 3D with Figure 5, Figure Supplement 2A, Figure 3C with Figure 5, Figure Supplement 2F).

      Fig1 A-B shows the predictions in a 1D track based on distance or position coding. The A inset represents the modification of field distribution from a 2D arena to a 1D track, as performed in this study. The inset B is misleading since it represents the modifications expected from a circular track to a 1D track as in Jacob et al 2019, that is not what the authors studied. It would be better to present either the predictions based on the present study or the prediction based on previous studies. In that case, they should mention the possibility that the 1D map is a slice of the 2D map.

      The goal of Figure 1A-B is to illustrate predictions (right) based on conclusions from previous studies (left). Figure 1A shows predicted 1D track firing given anchoring to the environment typically observed in grid cell studies in 2D arenas. Figure 1B shows predicted 1D track firing given the firing shifting firing patterns observed by Jacob et al. in a circular 2D track. To improve clarity, we have modified the legend to make clear that the schematics to the right are predictions given the previous evidence summarised to the left. As we outline above, the critical prediction relates to whether the representations anchor to the track. Whether the 1D representation is a perfect slice isn’t relevant to the hypotheses tested and so isn’t included in the schematic (see comments above).

    2. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      We thank the editors and reviewers for their tremendously helpful comments. We outline below changes we have made to the manuscript in response to each point. These include new analyses and a substantial rewrite to address the concerns about lack of clarity.

      We believe the revisions strengthen the evidence for our conclusion that grid fields can be either anchored to or independent from a task reference frame, and that anchoring is selectively associated with successful path integration-dependent behaviour. Our additional analyses of non-grid cells indicate that while some are coherent with the grid population, many are not, suggesting cell populations within the MEC may implement grid-dependent and grid-independent computations in parallel.

      We hope the reviewers will agree that our novel experimental strategy complements and avoids limitations of perturbation-based approaches, and by providing evidence to dissociate the two major hypotheses for whether and when grid cells contribute to behaviour our results are likely to have a substantial impact on the field.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      In this study, Clark et. al. uncovered an association between the positional encoding of grid cell activity with good performance in spatial navigation tasks that requires path integration, highlighting the contribution of grid firing to behaviour… The conclusions of this paper are mostly well supported by data, the finding about the association between grid cell encoding and behaviour in spatial memory tasks is important. However, some aspects of the analysis need to be clarified or extended.

      Thankyou for the overview and constructive comments.

      (1) While the current dataset aims to demonstrate a "correlation" between grid cell encoding and task performance, the other variables that could confound this correlation should be carefully examined.

      (1.1) The exact breakdown of the fraction of beaconed/non-beaconed/probe trials is never shown. if the session makeup has a significant effect on the coding scheme or other results, this variable should be accounted for.

      The lack of information about the trial organisation was a substantial oversight in our preparation of the first version of the manuscript. Session make up can not account for effects on grid stability and its relationship to behavioural outcome but this was not made at all clear.

      In all sessions trial types were varied in a fixed repeating sequence. Therefore, continuous blocks of trials on which grid firing is anchored (or independent from) the track can not be explained by the mouse experiencing a particular trial type. We have revised the manuscript to make this clearer, e.g. p 5, ‘These switches could not be explained by variation between trials in the availability of cues or rewards, as these were interleaved in blocks that repeated throughout a session (see Methods), whereas periods in which grid cell activity was in a given mode extended across the repeating blocks (e.g. Figures 3D,E, 4A, 5E,F).’ and methods p 12, ‘Trials were delivered in repeating blocks throughout a recording session…’

      (1.2) The manuscript did not provide information about whether individual mice experienced sessions with different combinations of the three trial types, and whether they show different preferences in position or distance encoding even in comparable sessions. This leads to the question of whether different behaviour and activity encoding were dominated by experimental or natural differences between individual mice. Presenting the data per mouse will be helpful.

      As we note above, because trial types were interleaved in a fixed sequence, experience of a particular trial type can not account for switching between task-anchored and taskindependent firing modes. This was insufficiently clear in the first version of the manuscript.

      We varied the proportions of trials of a particular type between sessions with the aim of maximising the number of non-beaconed and probe trials. This was necessary because we find that if we introduce too high a proportion of these trials early in training then mice appear to ‘lose interest’ in the task and their performance drops off. We therefore used an approach in which we increased the proportions of non-beaconed and probe trials over training days as mice became familiar with the task. This is now described in the methods (p 12).

      Because the decision for when to vary the proportion of trial types was based on the previous day’s performance, the experimental design was not optimised for addressing the reviewer’s question about dissociating experimental from natural differences in mice. To provide some initial insight we have analysed the relationship between task anchored coding and proportion of beaconed trials in a session (Figure 3, Figure Supplement 7). While on average there is a higher proportion of trials in which grid fields are task-anchored in sessions with more beaconed trials, this effect is small and most of the variance is independent from the proportion of beaconed trials.

      (1.3) Related to the above point, in Figure 5, the mice appeared to behave worse in probe trials than non-beaconed trials. If the mouse did not know if a trial is a probe or a non-beacon trial, they should behave equivalently until the reward location and thus should stop an equal amount. If this difference is because multiple probe trials are placed consecutively, did the mouse learn that it will not get a reward and then stop trying to get rewards? Did this affect switching between position and distance coding?

      Thankyou for flagging this. This reflected an inconsistency arising from the way we detected stops that we have now corrected. Briefly, the temporal resolution of the processed location data against which the stop detection threshold was applied was insufficiently high. As a result, stops in the non-beaconed group were picked up, as they tended to be longer because mice remained still to consume rewards, whereas some stops in the probe group were missed because they were relatively short. We have corrected this by repeating the analyses on raw position data at the highest temporal resolution available. This analysis is now clearly described in the Methods (see p13 “A stop was registered in Blender3D if the speed of the mouse dropped below 4.7 cm/s. Speed was calculated on a rolling basis from the previous 100 ms at a rate of 60 Hz.”).

      (1.4) It is not shown how the behaviours (e.g., running speed away from the reward zone, licking for reward) in beaconed/non-beaconed/probe trials were different and whether the difference in behaviours led to the different encoding schemes.

      Because trial types were interleaved and repeated with a period less than the length of typical trial sequences during which grid cell activity remained either task-anchored or taskindependent, differences between trial types are unlikely to explain use of the different coding schemes. Hopefully, this is clarified by the comments above.

      To further describe the relationship between behavioural outcomes, trial types and grid anchoring, we now also show running speed as a function of location for each combination of trial types and trial outcomes (Figure 6, Figure Supplement 1). This illustrates and replicates our previous findings (Tennant et al. 2018) that running speed profiles are similar for a given trial outcome regardless of trial type (Figure 6, Figure Supplement 1A), and further further shows that the behavioural profile for a given trial outcome and trial-type does not differ when grid cells are in task-anchored and task-independent modes (Figure 6, Figure Supplement 1B). This further argues against the possibility that difference in behaviours leads to the different encoding schemes.

      (2) Regarding the behaviour and activity encoding on a trial-by-trial basis, did the behavioural change occur first, or did the encoding switch occur first, or did they happen within the same trial? This analysis will potentially determine whether the encoding is causal for the behaviour, or the other way around.

      This is a good question but our experimental design lacks sufficient statistical power to address the timing of mode switches within a trial. This is because mode switching is relatively infrequent (so the n for switching is low) and only a subset of trials are uncued (making the relevant n even lower), while at a trial level the behavioural outcome is variable (increasing the required n for adequate power).

      (3) The author determined that the grid cell coding schemes were limited to distance encoding and position encoding. However, there could be other schemes, such as switching between different position encodings (with clear spatial fields but at different locations), as indicated by Low et. al., 2021, and switching between different distant encodings (with different distance periods). If these other schemes indeed existed in the data, they might contribute to the variation of the behaviours.

      Switching between position encoding schemes appears to be rare within our dataset and unlikely to contribute to variation in behaviour. In most sessions we did not observe switching between grid phases / position encodings (e.g. Figures 2A-B, 3B-E, 4A, 5C-D, F). In one session we found switching between different phases when grid cells were taskanchored. Because the grid period was unchanged, the spatial periodograms remained similar. We report this example in the revised manuscript (Figure 5E).

      (4) The percentage of neurons categorised in each coding scheme was similar between nongrid and grid cells. This implies that non-grid cells might switch coding schemes in sync with grid cells, which would mean the whole MEC network was switching between distance and position coding. This raises the question of whether the grid cell coding scheme was important per se, or just the MEC network coding scheme.

      We very much appreciate this suggestion. We note first that while the proportion of taskanchored grid and non-grid cells is similar, task-independent periodic firing of non-grid cells is much rarer than for grid cells (Figure 2E), suggesting a dissociation between the populations. To further address the question we have included additional analyses of nongrid cells (Figure 3, Figure Supplement 5). This shows that while some non-grid cells have anchoring that switches coherently with simultaneously recorded grid cells, others do not. Figures 4 and 5 now show examples of non-grid cell activity recorded simultaneously with grid cells.

      Together, our data suggest that the MEC implements multiple coding schemes: one that is associated with the grid network and includes some non-grid cells; and one (or more) that can be independent from the grid network. This dissociation adds to the insights into MEC function that are provided by our study and is now highlighted in the abstract and discussion.

      (5) In Figure 2 there are several cell examples that are categorised as distance or position coding but have a high fraction of the other coding scheme on a per-trial basis. Given this variation, the full session data in F should be interpreted carefully, since this included all cells and not just "stable" coding cells. It will be cleaner to show the activity comparison only between the stable cells.

      We have now included examples in Figure 2A-C where the grid mode is stable throughout a session. As the view of activity at a session level is important, we have not updated Figure 2F, but have clarified the terminology to now clearly refer to classification at either season or trial levels. In addition, we have repeated the analyses shown in Figure 2F but after grouping cells according to whether their firing has a single mode on >85% of the trials (Figure 3 Figure Supplement 4). This analysis supports similar conclusions to those of Figure 2F.

      (6) The manuscript is not well written. Throughout the manuscript, there are many unexplained concepts (especially in the introduction) and methods, mis-referenced figures, and unclear labels.

      We very much appreciate the feedback and have substantially rewritten the manuscript. We have paid particular attention to explaining key concepts in the introduction and have carefully checked the figures. We welcome further feedback on whether this is now clearer.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Clark and Nolan's study aims to test whether the stability of grid cell firing fields is associated with better spatial behaviour performance on a virtual task… This study is very timely as there is a pressing need to identify/delimitate the contribution of grid cells to spatial behaviours. More studies in which grid cell activity can be associated with navigational abilities are needed.

      Thank you for the supportive comments and highlighting the importance of the question.

      The link proposed by Clark and Nolan between "virtual position" coding by grid cells and navigational performance is a significant step toward better understanding how grid cell activity might support behaviour. It should be noted that the study by Clark and Nolan is correlative. Therefore, the effect of selective manipulations of grid cell activity on the virtual task will be needed to evaluate whether the activity of grid cells is causally linked to the behavioural performance on this task. In a previous study by the same research group, it was shown that inactivating the synaptic output of stellate cells of the medial entorhinal cortex affected mice's performance of the same virtual task (Tennant et al., 2018). Although this manipulation likely affects non-grid cells, it is still one of the most selective manipulations of grid cells that are currently available.

      Again, thank you for the supportive comments. We recognise the previous version of the manuscript did not sufficiently clarify the motivation for our approach, or the benefits of capitalising on behavioural variable variability as a complementary strategy to perturbation approaches. We now make this clearer in the revised introduction (p 2, paragraphs 2 and 3).

      When interpreting the "position" and "distance" firing mode of grid cells, it is important to appreciate that the "position" code likely involves estimating distance. The visual cues on the virtual track appear to provide mainly optic flow to the animal. Thus, the animal has to estimate its position on the virtual track by estimating the distance run from the beginning of the track (or any other point in the virtual world).

      We appreciate the ambiguity here was confusing. We have re-named the groups to ‘taskanchored’, corresponding to when grid cells encode position on the track (as well as distance as the reviewer correctly points out), and ‘task-independent’, corresponding to the group we previously referred to as distance encoding.

      It is also interesting to consider how grid cells could remain anchored to virtual cues. Recent work shows that grid cell activity spans the surface of a torus (Gardner et al., 2022). A run on the track can be mapped to a trajectory on the torus. Assuming that grid cell activity is updated primarily from self-motion cues on the track and that the grid cell period is unlikely to be an integer of the virtual track length, having stable firing fields on the virtual track likely requires a resetting mechanism taking place on each trial. The resetting means that a specific virtual track position is mapped to a constant position on the torus. Thus, the "virtual position" mode of grid cells may involve 1) a trial-by-trial resetting process anchoring the grid pattern to the virtual cues and 2) a path integration mechanism. Just like the "virtual position" mode of grid cell activity, successful behavioural performance on non-beaconed trials requires the animal to anchor its spatial behaviour to VR cues.

      Reviewer #3 (Public Review):

      This study addresses the major question of 'whether and when grid cells contribute to behaviour'. There is no doubt that this is a very important question. My major concern is that I'm not convinced that this study gives a significant contribution to this question, although this study is well-performed and potentially interesting. This is mainly due to the fact that the relation between grid cell properties and behaviour is exclusively correlative and entirely based on single cell activity, although the introduction mentions quite often the grid cell network properties and dynamics. In general, this study gives the impression that grid cells exclusively support the cognitive processes involved in this task. This problem is in part related to the text.

      Thank you for the comments. We recognise now that the previous text was insufficiently clear. We have modified the introduction to clarify the value of an approach that takes advantage of behavioural variability. Importantly, this approach is complementary to perturbation strategies we and others have used previously. In particular it addresses critical limitations of perturbation strategies which can be confounded by off-target effects and possible adaptation, both of which are extremely difficult to fully rule out. We hope that with this additional clarification it is now clear that as for any important question multiple and complementary testing strategies are required to make progres, and second, that our study makes a new and important contribution by introducing a novel experimental approach and by following this up with careful analyses that clearly distinguish competing hypotheses.

      However, it would be interesting to look at the population level (even beyond grid cells) to test whether at the network level, the link between behavioural performance and neural activity is more straightforward compared to the single-cell level. This approach could reconcile the present results with those obtained in their previous study following MEC inactivation.

      We’re unclear here about what the reviewer means by ‘more straightforward’ as clear relationships between activity of single grid cells and populations of grid cells are well established (Gardner et al., 2021; Waaga et al., 2021; Yoon et al., 2013).

      To give a clearer indication of the corresponding population level representations, as mentioned in response to Reviewer #1, we now include additional data showing many simultaneously recorded neurons, and analyses of non-grid as well as grid cells (Figures 4, 5, Figure 5 Figure Supplement 2).

      To reconcile results with our previous study of MEC inactivation we have paid additional attention to the roles of non-grid cells (following suggestions by Reviewer #1). We show that while some non-grid cells show transitions between task-anchored and task-independent firing that are coherent with the grid population, many others have more stable firing that is independent of grid representations. This is consistent with the idea that the MEC supports localised behaviour in the cued and uncued versions of the task (Tennant et al., 2018), and suggests that while grid cells preferentially contribute when cues are absent, non-grid cells could also support the cued version. We make this additional implication clear in the revised abstract and discussion.

      The authors used a statistical method based on the computation of the frequency spectrum of the spatial periodicity of the neural firing to classify grid cells as 'position-coding' (with fields anchored to the virtual track) and 'distance-coding' (with fields repeating at regular intervals across trials). This is an interesting approach that has nonetheless the default to be based exclusively on autocorrelograms. It would be interesting to compare with a different method based on the similarities between raw maps.

      While our main analyses use a periodogram-based method to identify when grid cells are / are not anchored to the task environment, we validate these analyses by examination of the rate maps in each condition (Figures 2-4). For example, when grid cells are task-anchored, according to the periodogram analysis, the rate maps clearly show spatially aligned peaks, whereas when grid cells are not anchored the peaks in their rate maps are not aligned (Figure 2A vs 2B; Figure 3B-E; Figure 4C). We provide further validation by showing that spatial information (in the track reference frame) is substantially higher when grid cell activity is task-anchored vs task-independent (Figures 2F, 3G, 4F and Figure 3 Figure Supplement 4).

      To further address this point we have carried out additional complementary analyses in which we identify task anchored vs task independent modes using a template matching method applied to the raw rate maps (Figure 6, Figure Supplement 2). These analyses support similar conclusions to our periodogram-based analyses.

      Beyond this minor point, cell categorization is performed using all trial types.

      Each trial type (i.e. beacon or non-beacon) is supposed to force mice to use different strategies and should induce different spatial representations within the entorhinal-hippocampal circuit (and not only in the grid cell system). In that context, since all trials are mixed, it is difficult to extrapolate general information.

      We recognise that the description of the task design was insufficiently clear but are unsure why ‘it is difficult to extrapolate general information’. Before addressing this point, we should first be clear that mice are not ‘forced’ to adopt any particular strategy. Rather, on uncued trials a path integration strategy is the most efficient way to solve the task. However, mice could instead use a less efficient strategy, for example by stopping at short intervals they still obtain rewards. Detailed behavioural analyses indicate that such random stopping strategies are used by naive mice, while with training mice learn to use spatial stopping strategies (Tennant et al. 2018).

      In terms of ‘extracting general information’ from the task, the following findings lead to general predictions: 1) Grid cells can exist in either task-anchored or task-independent periodic firing modes; 2) These modes can be stable across a session, but often modeswitching occurs within a session; 3) While some non-grid cells show task-independent periodic firing, this is much less common than for grid cells, which suggests a model in which many non-grid MEC neurons operate independently from the grid network; 4) When a marker cue is available mice locate a reward equally well when grid cells are in taskanchored versus task-independent modes, which argues against theories in which grid cells are a key part of a general system for localisation; 5) When markers cues are absent taskanchored grid firing is associated with successful reward localisation, which corroborates a key prediction of theories in which grid cells contribute to path integration.

      In revising the manuscript we have attempted to improve the writing to make these advances clearer, and have clarified methodological details that made interpretation more challenging than it should have been. For example, as noted in our response to Reviewer #1, we have included additional details to clarify the organisation of trials and relationships between trials, behavioural outcomes and neural codes observed.

      On page 5 the authors state that 'Since only position representations should reliably predict the reward location, ..., we reasoned that the presence of positional coding could be used to assess whether grid firing contributes to the ongoing behaviour'. I do not agree with this statement. First of all, position coding should be more informative only in a cue-guided trial. Second, distance coding could be as informative as position coding since at the network level may provide information relevant to the task (such as distance from the reward).

      Again, this point perhaps reflects a lack of clarity on our part in writing the manuscript. When grid cells are anchored to the track reference frame (now called ‘tasked anchored’, previously ‘position encoding’), then the location of the rate peaks in grid firing is reliable from trial to trial. This is the case whether or not the trial is cued. When grid cells are independent of the track reference frame (now called ‘task independent’, previously ‘distance encoding’), then the location of the firing rate peaks vary from trial to trial. In the latter case, position can not be read out directly from trial to trial.

      In principle, in the task-independent mode track position could be calculated by storing the grid network configuration at the start of the track, which would differ on each trial, and then implementing a mechanism to readout relative distance as mice move along the track. However, if mice do use this computation we would expect them to do so equally well on cued and uncued trials. By contrast, our results clearly show a dissociation between trial types in the relationship between grid firing and behavioural outcome. We highlight and discuss this possibility in the revised manuscript (p 10, ‘Alternatively, mice could in principle estimate track location with a system that utilises information about distance travelled obtained from task-independent grid representations’).

      Third, position-coding is interpreted as more relevant because it predominates in correct trials. However, this does not imply that this coding scheme is indeed used to perform correct trials.

      We have revised the manuscript to clarify our goal of distinguishing major hypotheses for the roles of grid cells in behaviour (Introduction, ‘On the one hand, theoretical arguments that grid cell populations can generate high capacity codes imply that they could in principle contribute to all spatial behaviours (Fiete et al., 2008; Mathis et al., 2012; Sreenivasan and Fiete, 2011). On the other hand, if the behavioural importance of grid cells follows from their hypothesised ability to generate position representations by integrating self-motion signals (McNaughton et al., 2006), then their behavioural roles may be restricted to tasks that involve path integration strategies.’

      By showing that performance on cued trials is similar regardless of whether grid cells are task-anchored or not, we provide strong evidence against the idea that grid firing is in general necessary for location-based behaviours. By showing that task anchoring is associated with successful localisation when cues are absent we corroborate a key prediction of hypothesised roles for grid cells in path integration-dependent behaviour. Therefore, we substantially reduce the space of behaviours to which grid cells might contribute. Importantly, this space is much larger for the MEC, which is required for cued and uncued versions of the task. We have revised the introduction and discussion to make these points clearer.

      While we believe our results add a key piece of evidence to the puzzle of when and where grid cells contribute to behaviour, we agree that further work will be required to develop and test more refined hypotheses. Alternative models also remain plausible, for example perhaps the behaviourally relevant computations are implemented elsewhere in the brain with grid anchoring to the track as an indirect consequence. Nevertheless, explanations of this kind are more difficult to reconcile with evidence that inactivation of stellate cells in the MEC impairs learning of the task, and other manipulations that modify grid firing impair performance on similar tasks. We now discuss these possibilities (discussion p 10, ‘mice could in principle estimate track location with a system that utilises information about distance travelled obtained from task-independent grid representations’).

      It could be more informative to push forward the correlative analysis by looking at whether behavioural performance can be predicted by the coding scheme on a trial-by-trial basis.

      The previous version of the manuscript showed these analyses (now in Figure 6). Thus, task anchored grid firing predicts more successful performance on uncued trials at the session level (Figure 6A-B) and at the trial level (Figure 6C-D).

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      (1) The author particularly mentioned that the 1D tracks are different from the "cue-rich environments that are typically used to study grid cells". It is not clear what conclusions would hold for a cue-rich environment or a track, which may require relatively less path integration compared to the cue-sparse environment. This point should be discussed.

      This is an important point that we did not pay sufficient attention to in the previous version of the manuscript. Our finding of successful localisation in the cued environment when grid cells are not task anchored implies that grid anchoring is not required to solve cued tasks. The implication here is that cue rich environments may then not be the most suitable for investigation of grid roles in behaviour as non-grid mechanisms may suffice, although this does not rule out the possibility that anchored grid codes may play important roles in learning about cue rich environments. We now address this point in the discussion (p 10, ‘An implication of this result is that cue rich tracks often used to investigate grid activity patterns may not engage behaviours that require anchored grid firing.’).

      (2) It would be good to see the statistics for the number of different cells (stable position or distance encoding, and unstable cells) identified per mouse/session and the number of grid cells per session.

      These are now added to Supplemental Data 2 and will also be accessible through code and datasets that we will make available alongside the version of record.

      (3) Figure 2F: any explanation about why AG cells had high spatial information?

      Previously the calculation used bits per spike and as aperiodic cells have low firing rates the spatial information was high. We have replaced this with bits per second, which provides a more intuitive measure and no longer implies high spatial information. We have amended this in the methods (p 15, ‘Spatial information was calculated in bits per second…’).

      (4) The following methods sections should provide additional details:

      (4.1) Details of the training protocol are largely left to reference papers. The reference papers give a general outline of the training protocol, but the details are not completely comparable given the single experiment performed on these mice. More details should be given on training stages and experience at the time of the experiment.

      The task is more clearly described in the introduction (p 3), and additional details of the training protocol are now provided in the methods (p 12-13).

      (4.2) The methods reference mean speed across sessions, but it is not clear where this was used.

      This was very poor wording. We have now changed this to ‘For each session the mean speed was calculated for each trial outcome’.

      (4.3) The calculation of the spatial autocorrelogram on a per-trial basis should be more explicitly stated. Is it the average of each 10 cm increment with the centre trial?

      We have added additional information to the methods (p 16-18).

      (4.4) 1D field detection is not sufficiently explained in Figure 1/S2. This information should also appear in the methods section.

      This is now clarified on page 16 in section ‘Analysis of neural activity and behaviour during the location memory task’.

      (5) The data in Figure 4A and B only shows speed vs. location for one example mouse. The combined per mouse or per session data should also be shown.

      This is now shown in Figure 5A and Figure 5, Figure Supplemental 2

      (6) Figure 5 is somewhat confusing. Why are A/B by session and C/D by trial? The methods imply that A/B are originally averaged by cell, but that duplicate cells in the same session are excluded because behaviour versus session type is identical. This method should be valid if all grid cells within a session are all "stable". This is likely given the synchrony of code-switching between grid cells, but not all co-active grid cells behaved identically.

      It is understandable that C/D are performed by trial, but it should be made clear that it is not a comparable analysis to A/B. It is unclear what N refers to in C. The figure says by trial, but the legend says the error bar is by cell. If data is calculated by trial and then averaged by cell, this should be more clearly stated.

      In Figure 6A/B (previously Figure 5A/B) we focus our analysis on sessions in which the mode of grid firing, either task-anchored or task-independent, was relatively stable on a trialto-trial basis (see Figure 3F for definitions). This enables us to then compare behaviour averaged across each session, with sessions categorised as task-anchored and task independent. This analysis has the advantage that it focuses on large blocks of time (whole sessions) in which the mode of grid firing is unambiguous, but the disadvantage is that it excludes many sessions in which grid firing switches between task-anchored and taskindependent modes.

      Figure 6C/D (previously Figure 5C/D) addresses this limitation by carrying out similar analyses with behaviour sorted into task-anchored versus task-independent groups at the level of trials. A potential limitation for this analysis is that grid firing is somewhat variable on a trial-by-trial basis and so some trials may be mis-classified. We don’t expect this to lead to systematic bias, but it may make the data more noisy. Nevertheless, these analyses are important to include as they allow assessment of whether conclusions from 6A/B hold when all sessions are considered.

      We have added additional clarification of the rationale for these analyses to the main text (p7-8, ‘’We addressed this by using additional trial-level comparisons’). We have also added clarification in the methods section for categorisation of task-anchored versus taskindependent trials when multiple grid cells were recorded simultaneously (p 17, ‘When assigning a common classification across a group of cells recorded simultaneously...’) and an explanation for the N in the figure legend. We also clarify that the analyses use a nested random effects design to account for dependencies at the levels of sessions and mice (methods, p 20, ‘Random effects had a nested structure to account for animals and sessions…’) .

      (7) Panels E and F of Figure 5 are not explained in the main text.

      This is now corrected (see p8, ‘Additional analyses…’).

      (8) Figure 5: Since stable grid cells and all grid cells are shown, it will be better to show unstable cells, which can be compared with grid cells.

      Given that the rationale for differences between Figure 6A/B and C/D (previously Figure 5AD) were not previously clear, the reason for focussing on stable grid cells here was likely also not clear (see point 6 above). We don’t show unstable grid cells in Figure 6A-B as the behaviour averaged at the level of a session would be a mix of trials when they are taskanchored and when they are task-independent. Therefore, the analysis would not test predictions about the relationship between task-anchored vs task-independent modes and behaviour. We hope this is now clear in the manuscript given the revisions introduced to address point 6 above.

      (9) The methods describing the statistics for these experiments are also confusing. The methods section should be written more clearly, and it should be made clear in the text or figure legend whether this data is the "original" data or is processed in relation to the model, such as excluding duplicate grid cells within a session. The figure legend should also state that a GLMM was used to calculate the statistics.

      We have revised the methods section with the goal of improving clarity, adding detail and removing ambiguity. This includes updates of the methods for the GLMM analysis, which are referred to within the Figure 6 legend. A clear definition of a stable session is now also added to the Figure 6 legend.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      When grid fields are anchored to the virtual world (position mode), there is probably small trialto-trial variability in the firing location of the firing fields. Is this trial-to-trial variability related to the variability in the stop location? This would provide a more direct link between path integration in grid cell networks and behaviour that depends on path integration.

      When attempting to address this we find that the firing of individual grid cells is too variable to allow sufficiently precise decoding of their fields at a single trial level. This is expected given the Poisson statistics of spike generation and previous evaluations of grid coding (e.g. (Stemmler et al., 2015)).

      The conclusion of the abstract is: "Our results suggest that positional anchoring of grid firing enhances the performance of tasks that require path integration." This statement is slightly confusing. The task requires 1) anchoring the behaviour to the visual cues presented at the start of the trial and 2) path integration from thereon to identify the rewarded location. The performance is higher when grid cells anchor to the visual cues presented at the start of the trial. What the results show is that the anchoring of grid firing fields to visual landmarks enhances the performance of tasks that require path integration from visual landmarks (i.e. grid cells being anchored to the reference frame that is behaviorally relevant).

      To try to more clearly explain the logic and conclusion we have rewritten the abstract, including the final sentence.

      Similar comment for the title of Figure 5: "Positional grid coding is not required for cued spatial localisation but promotes path integration-dependent localisation." Positional coding means that grid cells are anchored to the behaviorally relevant reference frame.

      To address the lack of clarity we have modified the little of Figure 6 (previously Figure 5) to read ‘Anchoring of grid firing to the task reference frame promotes localisation by path integration but is not required for cued localisation’.

      In Figure 1, there is a wide range of beaconed (40-80%) and non-beaconed (10-60%) trials given. It is not 100% clear whether these refer to the percentage of trials of a given type within the recording sessions. Was the proportion of non-beaconed trials manipulated? If so, was the likelihood of position and distance coding changing according to the percentage of nonbeaconed trials?

      The ranges given refer to proportions across different behavioural sessions. Within any given behavioural session the proportion was constant. We now make this clear in the figure legend and in the results and methods sections.

      We did not manipulate proportions of trial types during a session. Manipulations betweens sessions were carried out with the goal of maximising the numbers of uncued trials that the mice would carry out (see response to public comments above). While the effect of trial-type at the session level is not relevant to the hypotheses we aim to test here, we have included an additional analysis of the relationship between task anchoring and the proportions of trial types in a session (Figure 3, Figure Supplement 7)(also discussed above). As disentangling the effects of learning and motivation will be complex and likely require new experimental designs we have not drawn strong conclusions or pursued the analysis further..

      I was not convinced that the labels "position" and "distance" were appropriate for the two grid cell firing modes. My understanding is that the "position" code also requires the grid cell network to estimate distance. It seems that the main difference between the "position" and "distance" modes is that when in the "position" mode, the activity on the torus is reset to a constant toroidal location when the animal reaches a clearly identifiable location on the virtual track. In the "distance" mode, this resetting does not take place.

      As previously mentioned, we agree these terms weren’t the best and have since relabelled these as “task-anchored” and “task-independent”.

      There are a few sections in the manuscript that implicitly suggest that a causal link between grid cell activity and behaviour was demonstrated. For instance: "It has been challenging to directly test whether and when grid cells contribute to behaviour.": The assumption here is that the manuscript overcomes this challenge, but the study is correlative.

      We have modified the wording to be clear that we are introducing new tests of predictions made by hypotheses about causal relationships between grid coding and behaviour (introduction, p 1-2). We also clarify that our results argue against the hypothesis that grid cells provide a general coded for behaviour, but corroborate predictions of hypotheses in which they are specifically important for path integration (discussion, p 10).

      We have modified the title abstract and main text to try to treat claims about causality with care. We now more thoroughly introduce and contrast the approach we report here with previous experiments that use perturbations (introduction, p2). While it is tempting to make stronger claims for causality with these approaches, there are also logical limitations with perturbation-based approaches, for example the challenges of fully excluding off target effects and adaptation. We now explain how these strategies are complementary. Our view is that both strategies will be required to develop strong arguments for whether and when grid cells contribute to behaviour. From this perspective, it is encouraging that our conclusions are in agreement with what are probably the most specific perturbations of grid cells reported to date (Gil et al. 2017), while perturbations that more generally affect MEC function appear to impair cued and path integration-dependent behaviours (Tennant et al. 2018). We now discuss these points more clearly (introduction, p 2).

      I am slightly confused by the references to the panels in Figure 4.

      "In some sessions, localization of the reward occurred almost exclusively when grid cells were anchored to position and not when they encoded distance (Figure 4C). Figure 4C only shows position coding.

      "In other sessions, animals localised the reward when grid firing was anchored to position or distance, but overall performance was improved on positional trials (Figure 4D-E)." The reference should probably point to Figure 4E-F or just to 4E.

      "In a few sessions, we observed spatial stopping behaviour comparable to cued trials, even when grid firing almost exclusively encoded distance rather than position (Figure 4F)." From Figure 4F, it seems that the performance on non-beaconed trials is better during "position" coding.

      We have now updated Figure 5 (Figure 4 in the original manuscript) and references to the Figure in the text. Now Figure 5 shows the activity of cells recorded in stable and unstable task-anchored and task-independent sessions (see Figure 5C-F).

      Minor issues:

      Is this correct: (Figure 4A and Figure 4, Figure Supplement 1).

      This has been corrected.

      Figure 4B: There could be an additional label for position and distance.

      Figure 4B from the original manuscript has now been removed.

      Figure 4C-F. The panels on the right side should be explained in the Figure Legend.

      Legends for Figure 5C-F (previously Figure 4C-F) have now been updated.

      Reviewer #3 (Recommendations For The Authors):

      Specific questions :

      (1) Position coding reflects a coding scheme in which fields are spaced by a fixed distance; previous studies have shown that a virtual track grid map is a slice of the 2D classic grid. In that case, the fields are still anchored to the track but would produce a completely different map. Did the authors check whether it is the case at least for some cells? If not, what could explain such a major difference?

      Το avoid confusion we now use the term ‘task-anchored’ rather than ‘position coding’ (see comments above). We should further clarify that our conclusions rest on whether or not the grid fields are anchored to the track. Task anchored firing does not require that grid fields maintain their spacing from 2D environments, only that fields are at the same track position on each trial. Thus, whether the spacing of the fields corresponds to a slice through a 2D grid makes no difference to the hypotheses we test here.

      We agree that the relationship between 1D and 2D field organisation could be an interesting future direction, for example anchoring could involve resetting the grid phase while maintaining a stable period, or it could be achieved through local distortions in the grid period. However, since these outcomes would not help distinguish the hypotheses we test here we have not included analyses to address them.

      (2) Previous studies have highlighted the role of grid cells in goal coding. Here there is an explicit reward in a particular area. Are there any grid modifications around this area? This question is not addressed in this study.

      Again, we note that the hypotheses we test here relate to the firing mode of grid cells - taskanchored or task-independent - and interpretation of our results is independent from the specific pattern of grid fields on the track. This question nevertheless leads to an interesting prediction that if grid fields cluster in the goal area then this clustering should be apparent in the task-anchored but not the task-independent firing mode.

      We test this by considering the average distribution of firing fields across all grid cells in each firing mode (Reviewer Figure 1). We find that when grid firing is task-anchored there is a clear peak around the reward zone, which is consistent with previous work by Butler et al. and Boccara et al. Consistent with our other prediction, this peak is reduced when grid cells are in the task-independent mode.

      Author response image 1.

      Plot shows the grid field distribution during stable grid cell session (> 85 % task-anchored or task-independent) (A) or during task-anchored and task-independent trials (B). Shaded regions in A and B represent standard error of the mean measured across sessions and epochs respectively.

      (3) The behavioural procedure during recording is not fully explained. Do trial types alternate within the same session by blocks? How many trials are within a block? Is there any relation between trial alternation and the switch in the coding scheme observed in a large subset of the grid cells?

      We agree this wasn’t sufficiently clear in the previous version of the manuscript. Trial types were interleaved in a fixed order within each session. We have updated the results and methods sections to provide details (see responses above).

      (4) From the examples in Figure 2 it seems that firing fields tend to shift toward the start position. Is it the case in all cells? Could this reflect some reorganisation at the network level with cells signalling the starting as time progresses?

      This is inconsistent between cells. To make this variability clear we have included additional examples of spiking profiles from different grid cells (Figure 2 - 5). Because quantification of the phenomena would not, so far as we can tell, help distinguish our core hypotheses we have not included further analyses here.

      (5) Are grid cells with different coding properties recorded in different parts of the MEC? Are there any differences between these cell categories in the 2D map?

      The recordings we made are from the dorsal region of the MEC (stated at the start of the results section). We don’t have data to speak to other parts of the MEC.

      Minor:

      There are very few grid cell examples that repeat in the different figures. I would suggest showing more examples both in the main text and supplementary material.

      We have now provided multiple additional examples in Figures 2, 4 and 5. Grid cell examples repeat in the main figures twice, in both cases only when showing additional examples are shown from the same recording session (Figure 2A example #1 with Figure 5C, Figure 3E with Figure 4A). Further similar repeats are found in the supplemental figures (Figure 3D with Figure 5, Figure Supplement 2A, Figure 3C with Figure 5, Figure Supplement 2F).

      Fig1 A-B shows the predictions in a 1D track based on distance or position coding. The A inset represents the modification of field distribution from a 2D arena to a 1D track, as performed in this study. The inset B is misleading since it represents the modifications expected from a circular track to a 1D track as in Jacob et al 2019, that is not what the authors studied. It would be better to present either the predictions based on the present study or the prediction based on previous studies. In that case, they should mention the possibility that the 1D map is a slice of the 2D map.

      The goal of Figure 1A-B is to illustrate predictions (right) based on conclusions from previous studies (left). Figure 1A shows predicted 1D track firing given anchoring to the environment typically observed in grid cell studies in 2D arenas. Figure 1B shows predicted 1D track firing given the firing shifting firing patterns observed by Jacob et al. in a circular 2D track. To improve clarity, we have modified the legend to make clear that the schematics to the right are predictions given the previous evidence summarised to the left. As we outline above, the critical prediction relates to whether the representations anchor to the track. Whether the 1D representation is a perfect slice isn’t relevant to the hypotheses tested and so isn’t included in the schematic (see comments above).

    1. Why do some of these films focus on technology?

      The focus on technology and the innovations that came about as a result of the war is due to the fact that without them, the war could have come to a very different conclusion. While Germany had the V2 and jet-propulsion technology that made the Allies very fearful, the Allies largely had better equipment than their German counterparts. In terms of medicine, paratroopers, infantry, and naval power, the Allies were superior to the Germans. A key example would be the German 'Enigma' machine that was created as a technological marvel that could encrypt military messages in a way that even if they were intercepted by the Allies they would be of no use, as they may as well have been written in Egyptian hieroglyphics without a way to decrypt them. If anything they were far more difficult to decipher. But this would come to an end when the Allies were able crack the 'Enigma' code with the help of most notably, Alan Turing. This was one of, if not the most important technological breakthroughs for the Allies. Having bright minds to help the Allies war effort was crucial.

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      The authors of this study seek to visualize NS1 purified from dengue virus infected cells. They infect vero cells with DV2-WT and DV2 NS1-T164S (a mutant virus previously characterized by the authors). The authors utilize an anti-NS1 antibody to immunoprecipitate NS1 from cell supernatants and then elute the antibody/NS1 complex with acid. The authors evaluate the eluted NS1 by SDS-PAGE, Native Page, mass spec, negative-stain EM, and eventually Cryo-EM. SDS-PAGE, mas spec, and native page reveal a >250 Kd species containing both NS1 and the proteinaceous component of HDL (ApoA1). The authors produce evidence to suggest that this population is predominantly NS1 in complex with ApoA1. This contrasts with recombinantly produced NS1 (obtained from a collaborator) which did not appear to be in complex with or contain ApoA1 (Figure 1C). The authors then visualize their NS1 stock in complex with their monoclonal antibody by CryoEM. For NS1-WT, the major species visualized by the authors was a ternary complex of an HDL particle in complex with an NS1 dimer bound to their mAB. For their mutant NS1-T164S, they find similar structures, but in contrast to NS1-WT, they visualize free NS1 dimers in complex with 2 Fabs (similar to what's been reported previously) as one of the major species. This highlights that different NS1 species have markedly divergent structural dynamics. It's important to note that the electron density maps for their structures do appear to be a bit overfitted since there are many regions with electron density that do not have a predicted fit and their HDL structure does not appear to have any predicted secondary structure for ApoA1. The authors then map the interaction between NS1 and ApoA1 using cross-linking mass spectrometry revealing numerous NS1-ApoA1 contact sites in the beta-roll and wing domain. The authors find that NS1 isolated from DENV infected mice is also present as a >250 kD species containing ApoA1. They further determine that immunoprecipitation of ApoA1 out of the sera from a single dengue patient correlates with levels of NS1 (presumably COIPed by ApoA1) in a dose-dependent manner.

      In the end, the authors make some useful observations for the NS1 field (mostly confirmatory) providing additional insight into the propensity of NS1 to interact with HDL and ApoA1. The study does not provide any functional assays to demonstrate activity of their proteins or conduct mutagenesis (or any other assays) to support their interaction predications. The authors assertion that higher-order NS1 exists primarily as a NS1 dimer in complex with HDL is not well supported as their purification methodology of NS1 likely introduces bias as to what NS1 complexes are isolated. While their results clearly reveal NS1 in complex with ApoA1, the lack of other NS1 homo-oligomers may be explained by how they purify NS1 from virally infected supernatant. Because NS1 produced during viral infection is not tagged, the authors use an anti-NS1 monoclonal antibody to purify NS1. This introduces a source of bias since only NS1 oligomers with their mAb epitope exposed will be purified. Further, the use of acid to elute NS1 may denature or alter NS1 structure and the authors do not include controls to test functionality of their NS1 stocks (capacity to trigger endothelial dysfunction or immune cell activation). The acid elution may force NS1 homo-oligomers into dimers which then reassociate with ApoA1 in a manner that is not reflective of native conditions. Conducting CryoEM of NS1 stocks only in the presence of full-length mAbs or Fabs also severely biases what species of NS1 is visualized since any NS1 oligomers without the B-ladder domain exposed will not be visualized. If the residues obscured by their mAb are involved in formation of higher-order oligomers then this antibody would functionally inhibit these species from forming. The absence of critical controls, use of one mAb, and acid elution for protein purification severely limits the interpretation of these data and do not paint a clear picture of if NS1 produced during infection is structurally distinct from recombinant NS1. Certainly there is novelty in purifying NS1 from virally infected cells, but without using a few different NS1 antibodies to purify NS1 stocks (or better yet a polyclonal population of antibodies) it's unclear if the results of the authors are simply a consequence of the mAb they selected.

      Data produced from numerous labs studying structure and function of flavivirus NS1 proteins provide diverse lines of evidence that the oligomeric state of NS1 is dynamic and can shift depending on context and environment. This means that the methodology used for NS1 production and purification will strongly impact the results of a study. The data in this manuscript certainly capture one of these dynamic states and overall support the general model of a dynamic NS1 oligomer that can associate with both host proteins as well as itself but the assertions of this manuscript are overall too strong given their data, as there is little evidence in this manuscript, and none available in the large body of existing literature, to support that NS1 exists only as a dimer associated with ApoA1. More likely the results of this paper are a result of their NS1 purification methodology.

      Suggestions for the Authors:

      Major:

      (1) Because of the methodology used for NS1 purification, it is not clear from the data provided if NS1 from viral infection differs from recombinant NS1. Isolating NS1 from viral infection using a polyclonal antibody population would be better to answer their questions. On this point, Vero cells are also not the best candidate for their NS1 production given these cells do not come from a human. A more relevant cell line like U937-DC-SIGN would be preferable.

      We performed an optimization of sNS1 secretion from DENV infection in different cell lines (Author response image 1 below) to identify the best cell line candidate to obtain relatively high yield of sNS1 for the study. As shown in Author response image 1, the levels of sNS1 in the tested human cell lines Huh7 and HEK 293T were at least 3-5 fold lower than in Vero cells. Although using a monocytic cell line expressing DC-SIGN as suggested by the reviewer would be ideal, in our experience the low infectivity of DENV in monocytic cell lines will not yield sufficient amount of sNS1 needed for structural analysis. For these practical reasons we decided to use the closely related non-human primate cell line Vero for sNS1 production supported by our optimization data.

      Author response image 1.

      sNS1 secretion in different mammalian and mosquito cell lines after DENV2 infection. The NS1 secretion level is measured using PlateliaTM Dengue NS1 Ag ELISA kit (Bio-Rad) on day 3 (left) and day 5 (right) post infection respectively.

      (2) The authors need to support their interaction predictions and models via orthogonal assays like mutagenesis followed by HDL/ApoA1 complexing and even NS1 functional assays. The authors should be able to mutate NS1 at regions predicted to be critical for ApoA1/HDL interaction. This is critical to support the central conclusions of this manuscript.

      In our previous publication (Chan et al., 2019 Sci Transl Med), we used similarly purified sNS1 (immunoaffinity purification followed by acid elution) from infected culture supernatants from both DENV2 wild-type and T164S mutant (both also studied in the present work) to carry out stimulation assay on human PBMCs as described by other leading laboratories investigating NS1 (Modhiran et al., 2015 Sci Transl Med). For reader convenience we have extracted the data from our published paper and present it as Author response image 2 below.

      Author response image 2.

      (A) IL6 and (B) TNFa concentrations measured in the supernatants of human PBMCs incubated with either 1µg/ml or 10µg/ml of the BHK-21 immunoaffinity-purified WT and TS mutant sNS1 for 24 hours. Data is adapted from Chan et al., 2019.

      Incubation of immunoaffinity-purified sNS1 (WT and TS) with human PBMCs from 3 independent human donors triggered the production of proinflammatory cytokines IL6 and TNF in a concentration dependent manner (Author response image 2), consistent with the published data by Modhiran et al., 2015 Sci Transl Med. Interestingly the TS mutant derived sNS1 induced a higher proinflammatory cytokines production than WT virus derived sNS1 that appears to correlate with the more lethal and severe disease phenotype in mice as also reported in our previous work (Chan et al., 2019). Additionally, the functionality of our immune-affinity purified infection derived sNS1 (isNA1) is now further supported by our preliminary results on the NS1 induced endothelial cell permeability assay using the purified WT and mutant isNS1 (Author response image 3). As shown in Author response image 3, both the isNS1wt and isNS1ts mutant reduced the relative transendothelial resistance from 0 to 9 h post-treatment, with the peak resistance reduction observed at 6 h post-treatment, suggesting that the purified isNS1 induced endothelial dysfunction as reported in Puerta-Guardo et al., 2019, Cell Rep.) It is noteworthy that the isNS1 in our study behaves similarly as the commercial recombinant sNS1 (rsNS1 purchased from the same source used in study by Puerta-Guardo et al., 2019) in inducing endothelial hyperpermeability. Collectively our previous published and current data suggest that the purified isNS1 (as a complex with ApoA1) has a pathogenic role in disease pathogenesis that is also supported in a recent publication by Benfrid et al., EMBO 2022). The acid elution has not affected the functionality of NS1.

      Author response image 3.

      Functional assessment of isNS1wt and isNS1ts on vascular permeability in vitro. A trans-endothelial permeabilty assay via measurement of the transendothelial electrical resistance (TEER) on human umbilical vascular endothelial cells (hUVEC) was performed, as described previously (Puerta-Guardo et al., 2019, Cell Rep). Ovalbumin serves as the negative control, while TNF-α and rsNS1 serves as the positive controls.

      We agree with reviewer about the suggested mutagnesis study. We will perform site-directed mutagenesis at selected residues and further structural and functional analyses and report the results in a follow-up study.

      (3) The authors need to show that the NS1 stocks produced using acid elution are functional compared to standard recombinantly produced NS1. Do acidic conditions impact structure/function of NS1?

      We are providing the same response to comments 1 & 2 above. We would like to reiterate that we have previously used sNS1 from immunoaffinity purification followed by acid elution to test its function in stimulating PBMCs to produce pro-inflammatory cytokines (Chan et al., 2019; Author response image 2). Similar to Modhiran et al. (2015) and Benfrid et al. (2022), the sNS1 that we extracted using acid elution are capable of activating PBMCs to produce pro-inflammatory cytokines. We have now further demonstrated the ability of both WT and TS isNS1 in inducing endothelial permeability in vitro in hUVECs, using the TEER assay (Author response image 3). Based on the data presented in the rebuttal figures as well as our previous publication we do not think that the acid elution has a significant impact on function of isNS1.

      We performed affinity purification to enrich the complex for better imaging and analysis (Supp Fig. 1b) since the crude supernatant contains serum proteins and serum-free infections also do not provide sufficient isNS1. The major complex observed in negative stain is 1:1 (also under acidic conditions which implies that the complex are stable and intact). We agree that it is possible that other oligomers can form but we have observed only a small population (74 out of 3433 particles, 2.15%; 24 micrographs) of HDL:sNS1 complex at 1:2 ratio as shown in the Author response image 4 below and in the manuscript (p. 4 lines 114-117, Supp Fig. 1c). Other NS1 dimer:HDL ratios including 2:1 and 3:1 have been reported by Benfrid et al., 2022 by spiking healthy sera with recombinant sNS1 and subsequent re-affinity purification. However, this method used an approximately 8-fold higher sNS1 concentration (400 ug/mL) than the maximum clinically reported concentration (50 ug/mL) (Young et al., 2000; Alcon et al., 2002; Libraty et al., 2002). In our hands, the sNS1 concentration in the concentrated media from in vitro infection was quantified as 30 ug/mL which is more physiologically relevant.

      We conclude that the integrity of the HDL of the complex is not lost during sample preparation, as we are able to observe the complex under the negative staining EM as well as infer from XL-MS. Our rebuttal data and our previous studies with our acid-eluted isNS1 from immunoaffinity purification clearly show that our protein is functional and biologically relevant.

      Author response image 4.

      (A) Representative negative stain micrograph of sNS1wt (B) Representative 2D averages of negative stained isNS1wt. Red arrows indicating the characteristic wing-like protrusions of NS1 inserted in HDL. (C) Data adapted from Figure 2 in Benfrid et al. (2022).

      (4) Overall, the data obtained from the mutant NS1 (contrasted to WT NS1) reveals how dynamic the oligomeric state of NS1 proteins are but the authors do not provide any insight into how/why this is, some additional lines of evidence using either structural studies or mutagenesis to compare WT and their mutant and even NS1 from a different serotype of DENV would help the field to understand the dynamic nature of NS1.

      The T164S mutation in DENV2 NS1 was proposed as the residue associated with disease severity in 1997 Cuban dengue epidemic (Halsted SB. “Intraepidemic increases in dengue disease severity: applying lessons on surveillance and transmission”. Whitehorn, J., Farrar. J., Eds., Clinical Insights in Dengue: Transmission, Diagnosis & Surveillance. The Future Medicine (2014), pp. 83-101). Our previous manuscript examined this mutation by engineering it into a less virulent clade 2 DENV isolated in Singapore and showed that sNS1 production was higher without any change in viral RNA replication. Transcript profiling of mutant compared to WT virus showed that genes that are usually induced during vascular leakage were upregulated for the mutant. We also showed that infection of interferon deficient AG129 mice with the mutant virus resulted in disease severity, increased complement protein expression in the liver, tissue inflammation and greater mortality compared to WT virus infected mice. The lipid profiling in our study (Chan et al., 2019) suggested small differences with WT but was overall similar to HDL as described by Gutsche et al. (2011). We were intrigued by our functional results and wanted to explore more deeply the impact of the mutation on sNS1 structure which at that stage was widely believed to be a trimer of NS1 dimers with a central channel (~ X Å) stuffed with lipid as established in several seminal publications (Flamand et al., 1999; Gutsche et al., 2011; Muller et al., 2012). In fact “This Week in Virology” netcast (https://www.microbe.tv/twiv/twiv-725/) discussed two back-to-back publications in Science (Modhiran et al., 371(6625)190-194; Biering et al., Science 371(6625):194-200)) which showed that therapeutic antibodies can ameliorate the NS1 induced pathogenesis and expert discussants posed questions that also pointed to the need for more accurate definition of the molecular composition and architecture of the circulating NS1 complex during virus infection to get a clearer handle on its pathogenic mechanism. Our current studies and also the recent high resolution cryoEM structures (Shu et al., 2022) do not support the notion of a central channel “stuffed with lipid”. Even in the rare instances where trimer of dimers are shown, the narrow channel in the center could only accommodate one molecule of lipoid molecule no bigger than a typical triglyceride molecule. This hexamer model cannot explain the lipid proeotmics data in the literature.

      In our study we observed predominantly 1:1 NS1 dimer to HDL (~30 μg/mL) mirroring maximum clinically reported concentration of sNS1 in the sera of DENV patients (40-50 μg/mL) as we highlighted in our main text (P. 18, lines 461-471). What is often quoted (also see later) is the recent study of Flamand & co-workers which show 1-3 NS1 dimers per HDL (Benfrid et al, 2022) by spiking rsNS1 (400 μg/mL) with HDL. This should not be confused with the previous models which suggested a lipid filled central channel holding together the hexamer. The use of physiologically relevant concentrations is important for these studies as we have highlighted in our main text (P. 18, lines 461-471).

      Our interpretation for the mutant (isNS1ts) is that it is possible that the hydrophilic serine at residue 164 located in the greasy finger loop may weaken the isNS1ts binding to HDL hence the observation of free sNS1 dimers in our immunoaffinity purified (acid eluted sample). The disease severity and increased complement protein expression in AG129 mice liver can be ascribed to weakly bound mutant NS1 with fast on/off rate with HDL being transported to the liver where specific receptors bind to free sNS1 and interact with effector proteins such as complement to drive inflammation and associated pathology. Our indirect support for this is that the XL-MS analysis of purified isNS1ts identified only 7 isNS1ts:ApoA1 crosslinks while 25 isNS1wt:ApoA1 crosslinks were identified from purified isNS1wt (refer to Fig. 4 and Supp. Fig. 8).

      Taken together, the cryoEM and XL-MS analysis of purified isNS1ts suggest that isNS1ts has weaker affinity for HDL compared to isNS1wt. We welcome constructive discussion on our interpretation that we and others will hopefully obtain more data to support or deny our proposed explanation. Our focus has been to compare WT with mutant sNS1 from DENV2 and we agree that it will be useful to study other serotypes.

      Reviewer #2:

      CryoEM:

      Some of the neg-stain 2D class averages for sNS1 in Fig S1 clearly show 1 or 2 NS1 dimers on the surface of a spherical object, presumably HDL, and indicate the possibility of high-quality cryoEM results. However, the cryoEM results are disappointing. The cryo 2D class averages and refined EM map in Fig S4 are of poor quality, indicating sub-optimal grid preparation or some other sample problem. Some of the FSC curves (2 in Fig S7 and 1 in Fig S6) have extremely peculiar shapes, suggesting something amiss in the map refinement. The sharp drop in the "corrected" FSC curves in Figs S5c and S6c (upper) indicate severe problems. The stated resolutions (3.42 & 3.82 Å) for the sNS1ts-Fab56.2 are wildly incompatible with the images of the refined maps in Figs 3 & S7. At those resolutions, clear secondary structural elements should be visible throughout the map. From the 2D averages and 3D maps shown in the figures this does not seem to be the case. Local resolution maps should be shown for each structure.

      The same sample is used for negative staining and the cryoEM results presented. The cryoEM 2D class averages are similar to the negative stain ones, with many spherical-like densities with no discernible features, presumably HDL only or the NS1 features are averaged out. The key difference lies in the 2D class averages where the NS1 could be seen. The side views of NS1 (wing-like protrusion) are more obvious in the negative stain while the top views of NS1 (cross shaped-like protrusion) are more obvious under cryoEM. HDL particles are inherently heterogeneous and known to range from 70-120 Å, this has been highlighted in the main text (p. 8, lines 203 and 228). This helps to explain why the reviewer may find the cryoEM result disappointing. The sample is inherently challenging to resolve structurally as it is (not that the sample is of poor quality). In terms of grid preparation, Supp Fig 4b shows a representative motion-corrected micrograph of the isNS1ts sample whereby individual particles can be discerned and evenly distributed across the grid at high density.

      We acknowledge that most of the dips in the FSC curves (Fig S5-7) are irregular and affect the accuracy of the stated resolutions, particularly for the HDL-isNS1ts-Fab56.2 and isNS1ts-Fab56.2 maps for which the local resolution maps are shown (Fig S7d-e). Probable reasons affecting the FSC curves include (1) the heterogeneous nature of HDL, (2) preferred orientation issue (p 7, lines 198 -200), and (3) the data quality is intrinsically less ideal for high resolution single particle analysis. Optimizing of the dynamic masking such that the mask is not sharper than the resolution of the map for the near (default = 3 angstroms) and far (12 angstroms) parameters during data processing, ranging from 6 - 12 and 14 - 20 respectively, did not help to improve the FSC curves. To report a more accurate global resolution, we have revised the figures S5-7 with new FSC curve plots generated using the remote 3DFSC processing server.

      Regardless, the overall architecture and the relative arrangement of NS1 dimer, Fab, and HDL are clearly visible and identifiable in the map. These results agree well with our biochemical data and mass-spec data.

      The samples were clearly challenging for cryoEM, leading to poor quality maps that were difficult to interpret. None of the figures are convincing that NS1, Ab56.2 or Fab56.2 are correctly fit into EM maps. There is no indication of ApoA1 helices. Details of the fit of models to density for key regions of the higher-resolution EM maps should be shown and the models should be deposited in the PDB. An example of modeling difficulty is clear in the sNS1ts dimer with bound Fab56.2 (figs 3c & S7e). For this complex, the orientation of the Fab56.2 relative to the sNS1ts dimer in this submission (Fig 3c) is substantially different than in the bioRxiv preprint (Fig 3c). Regions of empty density in Fig 3c also illustrate the challenge of building a model into this map.

      We acknowledge the modelling challenge posed by low resolution maps in general, such as the handedness of the Fab molecule as pointed out by the reviewer (which is why others have developed the use of anti-fab nanobody to aid in structure determination among other methods). The change in orientation of the Fab56.2 relative to the sNS1ts dimer was informed by the HDX-MS results which was not done at the point of bioRxiv preprint mentioned. With regards to indication of ApoA1 helices, this is expected given the heterogeneous nature of HDL. To the best of our knowledge, engineered apoA1 helices were also not reported in many cryoEM structures of membrane proteins solved in membrane scaffold protein (MSP) nanodiscs. This is despite nanodiscs, comprised of engineered apoA1 helices, having well-defined size classifications.

      Regions of weak density in Fig 3c is expected due to the preferred orientation issue acknowledged in the results section of the main text (p. 9, line 245). The cryoEM density maps have been deposited in the Electron Microscopy Data Bank (EMDB) under accession codes EMD-36483 (isNS1ts:Fab56.2) and EMD-36480 (Fab56.2:isNS1ts:HDL). The protein model files for isNS1ts:Fab56.2 and Fab56.2:isNS1ts:HDL model are available upon request. Crosslinking MS raw files and the search results can be downloaded from https://repository.jpostdb.org/preview/14869768463bf85b347ac2 with the access code: 3827. The HDX-MS data is deposited to the ProteomeXchange consortium via PRIDE partner repository51 with the dataset identifier PXD042235.

      Mass spec:

      Crosslinking-mass spec was used to detect contacts between NS1 and ApoA1, providing strong validation of the sNS1-HDL association. As the crosslinks were detected in a bulk sample, they show that NS1 is near ApoA1 in many/most HDL particles, but they do not indicate a specific protein-protein complex. Thus, the data do not support the model of an NS1-ApoA1 complex in Fig 4d. Further, a specific NS1-ApoA1 interaction should have evidence in the EM maps (helical density for ApoA1), but none is shown or mentioned. If such exists, it could perhaps be visualized after focused refinement of the map for sNS1ts-HDL with Fab56.2 (Fig S7d). The finding that sNS1-ApoA1 crosslinks involved residues on the hydrophobic surface of the NS1 dimer confirms previous data that this NS1 surface engages with membranes and lipids.

      We thank the reviewer for the comment. The XL-MS is a method to identify the protein-protein interactions by proximity within the spacer arm length of the crosslinker. The crosslinking MS data do support the NS1-ApoA1 complex model obtained by cryo-EM because the identified crosslinks that are superimposed on the EM map are within the cut-off distance of 30 Å. We agree that the XL-MS data do not dictate the specific interactions between specific residues of NS1-ApoA1 in the EM model. We also do not claim that specific residue of NS1 in beta roll or wing domain is interacting with specific residue of ApoA1 in H4 and H5 domain. We claim that beta roll and wing domain regions of NS1 are interacting with ApoA1 in HDL indicating the proximity nature of NS1-ApoA1 interactions as warranted by the XL-MS data.

      As explained in the previous response on the lack of indication of ApoA1 helical density, this is expected given the heterogeneous nature of HDL. It is typical to see lipid membranes as unstructured and of lower density than the structured protein. In our study, local refinement was performed on either the global map (presented in Fig S7d) or focused on the NS1-Fab region only. Both yielded similar maps as illustrated in the real space slices shown in Author response image 5. The mask and map overlay is depicted in similar orientations to the real space slices, and at different contour thresholds at 0.05 (Author response image 5e) and 0.135 (Author response image 5f). While the overall map is of poor resolution and directional anisotropy evident, there is clear signal differences in the low density region (i.e. the HDL sphere) indicative of NS1 interaction with ApoA1 in HDL, extending from the NS1 wing to the base of the HDL sphere.

      Author response image 5.

      Real Space Slices of map and mask used during Local Refinement for overall structure (a-b) and focused mask on NS1 region (c-d). The corresponding map (grey) contoured at 0.05 (e) and 0.135 (f) in similar orientations as shown for the real space slices of map and masks. The focused mask of NS1 used is colored in semi-transparent yellow. Real Space Slices of map and mask are generated during data processing in Cryosparc 4.0 and the map figures were prepared using ChimeraX.

      Sample quality:

      The paper lacks any validation that the purified sNS1 retains established functions, for example the ability to enhance virus infectivity or to promote endothelial dysfunction.

      Please see detailed response for question 2 in Reviewer #1’s comments. In essence, we have showed that both isNS1wt and isNS1ts are capable of inducing endothelial permeability in an in vitro TEER assay (Rebuttal Fig 3) and also in our previous study that quantified inflammation in human PBMC’s (Rebuttal Fig 2).

      Peculiarities include the gel filtration profiles (Fig 2a), which indicate identical elution volumes (apparent MWs) for sNS1wt-HDL bound to Ab562 (~150 kDa) and to the ~3X smaller Fab56.2 (~50 kDa). There should also be some indication of sNS1wt-HDL pairs crosslinked by the full-length Ab, as can be seen in the raw cryoEM micrograph (Fig S5b).

      Obtaining high quality structures is often more demanding of sample integrity than are activity assays. Given the low quality of the cryoEM maps, it's possible that the acidification step in immunoaffinity purification damaged the HDL complex. No validation of HDL integrity, for example with acid-treated HDL, is reported.

      Please see detailed response for question 3 in Reviewer #1’s comments.

      Acid treatment is perhaps discounted by a statement (line 464) that another group also used immunoaffinity purification in a recent study (ref 20) reporting sNS1 bound to HDL. However the statement is incorrect; the cited study used affinity purification via a strep-tag on recombinant sNS1.

      We thank the Reviewer for pointing this out and have rewritten this paragraph instead (p 18, line 445-455). We also expanded our discussion to highlight our prior functional studies showing that acid-eluted isNS1 proteins do induce endothelial hyperpermeability (p 18-19, line 470-476).

      Discussion:

      The Discussion reflects a view that the NS1 secreted from virus-infected cells is a 1:1 sNS1dimer:HDL complex with the specific NS1-ApoA1 contacts detected by crosslinking mass spec. This is inconsistent with both the neg-stain 2D class average with 2 sNS1 dimers on an HDL (Fig S1c) and with the recent study of Flamand & co-workers showing 1-3 NS1 dimers per HDL (ref 20). It is also ignores the propensity of NS1 to associate with membranes and lipids. It is far more likely that NS1 association with HDL is driven by these hydrophobic interactions than by specific protein-protein contacts. A lengthy Discussion section (lines 461-522) includes several chemically dubious or inconsistent statements, all based on the assumption that specific ApoA1 contacts are essential to NS1 association with HDL and that sNS1 oligomers higher than the dimer necessarily involve ApoA1 interaction, conclusions that are not established by the data in this paper.

      We thank the Reviewer and have revised our discussion to cover available structural and functional data to draw conclusions that invariably also need further validation by others. One point that is repeatedly brought up by Reviewer 1 & 2 is the quality and functionality of our sample. Our conclusion now reiterates this point based on our own published data (Chan et al., 2019) and also the TEER assay data provided as Author response image 3.

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      Minor:

      (1) Fig. S3B, should the label for lane 4 be isNS1? In figure 1C you do not see ApoA1 for rsNS1 but for S3B you do? Which is correct?

      This has been corrected in the Fig. S3B, the label for lane 4 has been corrected to isNS1 and lane 1 to rsNS1, where no ApoA1 band (25 kDa) is found.

      (2) Line 436, is this the correct reference? Reference 43?

      This has been corrected in the main text. (p 20, Line 507; Lee et al., 2020, J Exp Med).

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      The cryoEM data analysis is incompletely described. The process (software, etc) leading to each refined EM map should be stated, including the use of reference structures in any step. These details are not in the Methods or in Figs S4-7, as claimed in the Methods. The use of DeepEMhancer (which refinements?) with the lack of defined secondary structural features in the maps and without any validation (or discussion of what was used as "ground truth") is concerning. At the least, the authors should show pre- and post-DeepEMhancer maps in the supplemental figures.

      The data processing steps in the Methods section have been described with improved clarity. DeepEMhancer is a deep learning solution for cryo-EM volume post-processing to reduce noise levels and obtain more detailed versions of the experimental maps (Sanchez-Garcia, et al., 2021). DeepEMhancer was only used to sharpen the maps and reduce the noise for classes 1 and 2 of isNS1wt in complex with Ab56.2 for visualization purpose only and not for any refinements. To avoid any confusion, the use of DeepEMhancer has been removed from the supp text and figures.

      Line 83 - "cryoEM structures...recently reported" isn't ref 17

      This reference has been corrected in to Shu et al. (2022) in p 3, line 83.

      Fig. S3 - mis-labeled gel lanes

      This has been corrected in the Fig. S3B, the label for lane 4 has been corrected to isNS1 and lane 1 to rsNS1.

      Fig S6c caption - "Representative 2D classes of each 3D classes, white bar 100 Å. Refined 3D map for classes 1 and 2 coloured by local resolution". The first sentence is unclear, and there is no white scale bar and no heat map.

      Fig S6c caption has been corrected to “Representative 3D classes contoured at 0.06 and its particle distribution as labelled and coloured in cyan. Scale bar of 100 Å as shown. Refined 3D maps and their respective FSC resolution charts and posterior precision directional distribution as generated in crysosparc4.0”.

    1. Coding practices

      What do you think about adding a tip here to explicitly specify dependencies? Something like - explicitly specify dependencies in your code using a description file (for packages) or a readme file (for scripts). This helps users understand what packages are required and aids reproducibility.

    2. Making edits with code enables you to keep track of all the steps you have taken.

      Creating a script that processes the raw data and creates a new version enables you to keep track of all the steps you have taken.

    1. The education of programmersWorsening the differences between software and otherareas of teclinology is a personnel problem. Most de-signers in traditional engineering disciplines have beeneducated to understand the mathematical tools that areavailable to them. Most programmers cannot even be-gin to use the meager tools that are available to soft-ware engineers

      Here Parnas says that one of the main reasons the SDI software is unreliable due to the issue of personnel. The lack of crossover of skills between software engineers and programmers, this is more than likely due to the fact that they just learn different tools for their different tasks, and due to that the SDI software ends up being harder and harder to use since people who work on it struggle to work on , as mentioned above the paragraph about how even just the math for these programs has become harder to understand then the code itself.

    1. But the hero redeems himself with — and “Beaumont” promotes —  the super-secret explanation of why the British have been losing to the Russians. Through a spy ring they recruited at Oxford, the Russians have their agents in the top jobs in Whitehall and Downing Street. This spy ring, code named COSTELLO, is so secret that in Moscow it’s run by the Kremlin apart from the foreign and military intelligence services, the SVR and GRU.

      Christ

    1. article L.312-17-1 du code de l’éducation, l’égalité entre les hommes et les femmes, la lutte contre les préjugéssexistes et la lutte contre les violences faites aux femmes et les violences commises au sein du couple doivent donner lieu à une information à tous les stades de la scolarité32
    2. l’article L.121-1 du code del’éducationa prévu que les établissements scolaires «assurent une mission d’information sur les violences et une éducation à la sexualité ainsi qu’une obligation de sensibilisation des personnelsenseignants aux violences sexistes et sexuelles et à la formation au respect du non-consentement29»
    3. ’article L.542-3du code de l’éducation, une séance annuelle d’information et de sensibilisation à l’enfance maltraitée, entre autres sur les violences intrafamiliales à caractère sexuel, a été inscrite dans l’emploi du temps des élèves des écoles, des collèges et des lycées
    4. trois dispositions nécessiteraient des modifications législatives (sur l’article L.312-16 du code de l’éducation)
    1. Résumé de la vidéo [00:00:00][^1^][1] - [00:49:33][^2^][2] :

      Cette vidéo est la première d'une série sur la justice pénale, animée par un passionné de droit. Il raconte et analyse une audience de comparution immédiate qu'il a assistée, portant sur des violences conjugales. Il explique les notions juridiques liées à cette affaire, comme les différents types de violences, les circonstances aggravantes, les peines encourues, le sursis, l'aménagement de peine, etc. Il illustre ses propos avec des articles du code pénal et du code de procédure pénale. Il donne son avis sur la décision du tribunal et sur la réforme pénale de 2019.

      Points clés : + [00:00:00][^3^][3] Introduction de la série et du sujet * Présentation du projet de raconter des audiences pénales * Choix du thème des violences conjugales * Annonce du plan de la vidéo + [00:02:31][^4^][4] Les violences et leurs conséquences juridiques * Définition des violences et de l'ITT * Distinction entre contravention, délit et crime * Échelle des peines selon la gravité des violences * Circonstances aggravantes et cas particulier des violences habituelles + [00:11:11][^5^][5] Le déroulement de l'audience de comparution immédiate * Présentation de la procédure de comparution immédiate * Récit des faits reprochés au prévenu et de son parcours * Exposé des réquisitions du procureur et de la plaidoirie de l'avocat * Annonce du délibéré du tribunal + [00:23:17][^6^][6] L'aménagement de la peine d'emprisonnement * Principe de l'aménagement des peines inférieures à six mois * Modalités possibles : bracelet électronique, placement extérieur, semi-liberté * Conditions et critères pour bénéficier d'un aménagement * Cas particulier du prévenu qui avait déjà une peine avec sursis + [00:32:12][^7^][7] Le sursis et ses modalités * Différence entre sursis simple et sursis probatoire * Obligations et interdictions liées au sursis probatoire * Durée et délai d'épreuve du sursis * Révocation du sursis en cas de nouvelle infraction + [00:40:09][^8^][8] La réforme pénale de 2019 et ses conséquences * Suppression des peines d'emprisonnement ferme inférieures à un mois * Obligation d'aménagement des peines inférieures ou égales à six mois * Création du sursis probatoire unique * Objectifs de la réforme : éviter la surpopulation carcérale et favoriser la réinsertion + [00:47:40][^9^][9] Conclusion et avis personnel * Synthèse des points abordés dans la vidéo * Appréciation de la décision du tribunal * Remarque sur la non-application de la circonstance des violences habituelles * Invitation à donner son avis et à suivre la série

    1. Résumé de la vidéo [00:00:00][^1^][1] - [01:30:42][^2^][2] :

      Cette vidéo est une présentation en français sur les outils numériques pour les associations, organisée par Solidatech et animée par Erwan Khezzar, cofondateur de Contournement. Elle aborde les sujets suivants :

      Points forts : + [00:00:00][^3^][3] Présentation de Solidatech * Un programme de solidarité numérique créé en 2008 * Une filiale des Ateliers du Bocage, membre du mouvement Emmaüs * Plus de 32 000 associations bénéficiaires et plus de 500 000 outils numériques distribués + [00:04:12][^4^][4] Présentation de Contournement * Une entreprise qui forme à contourner les obstacles techniques du numérique * Une approche basée sur les outils no code, qui permettent de créer des sites, des applis, des outils sans écrire de code * Un exemple de projet réalisé avec Glide : H24 Urgence, une appli qui cartographie les maisons de santé + [00:15:32][^5^][5] Panorama des outils no code * Une typologie des outils selon leur fonctionnalité : création de sites, d'applis, d'outils, d'automatisation, etc. * Une présentation de plusieurs outils avec leurs avantages et leurs limites : Webflow, Bubble, Glide, Airtable, Zapier, Notion, etc. * Une démonstration de Airtable, un outil de gestion de bases de données visuelles et collaboratives + [01:11:22][^6^][6] Questions-réponses * Des réponses aux questions des participants sur les outils no code, leur utilisation, leur coût, leur sécurité, etc. * Des conseils et des ressources pour se former et se lancer dans le no code * Une offre de réduction pour la formation initiation au no code de Contournement

    1. Author Response

      We are grateful for the reviewers' appreciation of our work and for their constructive feedback. We will address their comments through a revised version of the manuscript.

      Reviewer #1 (Public Review):

      This study by Paoli et al. used a resonant scanning multiphoton microscope to examine olfactory representation in the projection neurons (PNs) of the honeybee with improved temporal resolution. PNs were classified into 9 groups based on their response patterns. Authors found that excitatory repose in the PNs precedes the inhibitory responses for ~40ms, and ~50% of PN responses contain inhibitory components. They built the neural circuit model of the mushroom body (MB) with evolutionally conserved features such as sparse representation, global inhibition, and a plasticity rule. This MB model fed with the experimental data could reproduce a number of phenomena observed in experiments using bees and other insects, including dynamical representations of odor onset and offset by different populations of Kenyon cells, prolonged representations of after-smell, different levels of odor- specificity for early/delay conditioning, and shift of behavioral timing in delay conditioning. The trace conditioning was not modeled and tested experimentally. Also, the experimental result itself is largely confirmatory to preceding studies using other organisms. Nonetheless, the experimental data and the model provide a solid basis for future studies.

      We thank the reviewer for summarizing the value of our study and recognizing its generality and significance. As suggested, in a revised version of the manuscript, we will discuss the implication of our approach for the context of trace conditioning. The model we presented hinges on the learning-induced plasticity of KC-to-MBON synapses recruited during the learning window (i.e., the simulated US arrival). In the case of trace conditioning, the model predicts that the time of the behavioral response time should match the expected US arrival. Contrary to this prediction, preliminary analyses on empirical measurements of PER latency upon trace conditioning indicate this is not the case. In a revised version of the manuscript, we will discuss the differences between the predictions of the model and the experimental observations in a trace conditioning paradigm.

      Reviewer #2 (Public Review):

      The study presented by Paoli et al. explores temporal aspects of neuronal encoding of odors and their perception, using bees as a general model for insects. The neuronal encoding of the presence of an odor is not a static representation; rather, its neuronal representation is partly encoded by the temporal order in which parallel olfactory pathways participate and are combined. This aspect is not novel, and its relevance in odor encoding and recognition has been discussed for more than the past 20 years.

      The temporal richness of the olfactory code and its significance have traditionally been driven by results obtained based on electrophysiological methods with temporal resolution, allowing the identification and timing of the action potentials in the different populations of neurons whose combination encodes the identity of an odor. On the other hand, optophysiological methods that enable spatial resolution and cell identification in odor coding lack the temporal resolution to appreciate the intricacies of olfactory code dynamics.

      (1) In this context, the main merit of Paoli et al.'s work is achieving an optical recording that allows for spatial registration of olfactory codes with greater temporal detail than the classical method and, at the same time, with greater sensitivity to measure inhibitions as part of the olfactory code.

      The work clearly demonstrates how the onset and offset of odor stimulation triggers a dynamic code at the level of the first interneurons of the olfactory system that changes at every moment as a natural consequence of the local inhibitory interactions within the first olfactory neuropil, the antennal lobe. This gives rise to the interesting theory that each combination of activated neurons along this temporal sequence corresponds to the perception of a different odor. The extent to which the corresponding postsynaptic layers integrate this temporal information to drive the perception of an odor, or whether this sequence is, in a sense, a journey through different perceptions, is challenging to address experimentally.

      In their work, the authors propose a computational approach and olfactory learning experiments in bees to address these questions and evaluate whether the sequence of combinations drives a sequence of different perceptions. In my view, it is a highly inspiring piece of work that still leaves several questions unanswered.

      We thank the reviewer for considering that our work has an inspiring nature. Below we have tried to answer the questions raised by the following comments, and we will include part of these answers in the revised version of our manuscript.

      (2) In my opinion, the detailed temporal profile of the response of projection neurons and their respective probabilities of occurrence provide valuable information for understanding odor coding at the level of neurons transferring information from the antennal lobes to the mushroom bodies. An analysis of these probabilities in each animal, rather than in the population of animals that were measured, would aid in better comprehending the encoding function of such temporal profiles. Being able to identify the involved glomeruli and understanding the extent to which the sequence of patterns and inhibitions is conserved for each odor across different animals, as it is well known for the initial excitatory burst of activity observed in previous studies without the fine temporal detail, would also be highly significant.

      We thank the reviewer for recognizing the relevance of the findings in understanding the logic of olfactory coding. We agree about the importance of establishing if the different glomerular response profiles are evenly distributed across individuals or have individual biases. In the revised version of the manuscript, we will provide data on the distribution of response profiles for each animal and for different olfactory stimuli. Also, we fully agree on the importance of assessing to what extent such response profiles - largely determined by the local network of AL interneurons - are glomerulus-specific and conserved across individuals.

      In my view, the computational approach serves as a useful tool to inspire future experiments; however, it appears somewhat simplistic in tackling the complexity of the subject. One question that I believe the researchers do not address is to what extent the inhibitions recorded in the projection neurons are integrated by the Kenyon cells and are functional for generating odor-specific patterns at that level.

      The model we proposed represents, indeed, a simplification of olfactory signal processing throughout the honey bee olfactory circuit. Still, it shows that simple but realistic rules can be sufficient to grasp some fundamental aspects of olfactory coding. However, we agree with the reviewer and believe that such a minimalistic model can provide a basis for designing future experiments in which complexity can be increased by adding relevant features, such as the learning-induced plasticity of PN-to-KC synapses or the divergence of multiple PNs from the same glomerulus to different KCs

      Concerning the reviewer's question on the involvement of inhibitory inputs in generating odor-specific patterns at the level of the KCs, the short answer is yes, they contribute to the summed input of a target KC, thus to the odor representation. In designing the model, we considered that a given glomerulus provides maximal input at maximal excitation and minimal input (=0 input) at maximal inhibition. For this reason, an inhibited glomerulus contributes less (to KC action potential probability) than a glomerulus showing baseline activity. This, in turn, contributes less than an excited glomerulus. From the modeling point of view, normalizing the signal between 0 and 1 (i.e., setting minimal inhibition to 0 and maximal excitation to 1) would yield a similar result as with the current approach, where values range from -25% to +30% F/F. We implement the model's description to clarify this point.

      Lastly, the behavioral result indicating a difference in conditioned response latency after early or delayed learning protocol is interesting. However, it does not align with the expected time for the neuronal representation that was theoretically rewarded in the delayed protocol. This final result does not support the authors' interpretation regarding the existence of a smell and an after-smell as separate percepts that can serve as conditioned stimuli.

      Considering that our odor stimulus lasted 5 seconds, glomerular activity is highly variable at odor onset (i.e., within the first 1s) because of short excitatory response profiles and the delayed and slower onset of inhibitory responses. After the initial phase, the neural representation of the stimulus becomes more stable. Consequently, a neural signature learned in the case of delay conditioning, i.e., with the US appearing towards the end of the olfactory stimulation (t = 4 - 5s), may present itself much earlier (t = 1.5s), triggering a behavioral response that largely anticipates the expected US arrival time.

      In the model, we observe an early decrease in action potential probability even in the case of delay conditioning. This occurs because the synapses recruited during the last second of olfactory stimulation (within the learning window during which CS and US overlap) become inactive. Because odorant-induced activity recruits highly overlapping synaptic populations between 1.5 and 5 s from the onset, a learning-induced inactivation of part of these synapses will result in a reduced action-potential probability in the modeled MBON. Importantly, this event will not be governed by time but by the appearance of the learned synaptic configuration.

      We will add a new section to the revised version of the manuscript to clarify this concept and perform further analyses to characterize the contribution of different response types to the modeled response latency.

    2. Reviewer #2 (Public Review):

      The study presented by Paoli et al. explores temporal aspects of neuronal encoding of odors and their perception, using bees as a general model for insects. The neuronal encoding of the presence of an odor is not a static representation; rather, its neuronal representation is partly encoded by the temporal order in which parallel olfactory pathways participate and are combined. This aspect is not novel, and its relevance in odor encoding and recognition has been discussed for more than the past 20 years.

      The temporal richness of the olfactory code and its significance have traditionally been driven by results obtained based on electrophysiological methods with temporal resolution, allowing the identification and timing of the action potentials in the different populations of neurons whose combination encodes the identity of an odor. On the other hand, optophysiological methods that enable spatial resolution and cell identification in odor coding lack the temporal resolution to appreciate the intricacies of olfactory code dynamics.

      1) In this context, the main merit of Paoli et al.'s work is achieving an optical recording that allows for spatial registration of olfactory codes with greater temporal detail than the classical method and, at the same time, with greater sensitivity to measure inhibitions as part of the olfactory code.

      The work clearly demonstrates how the onset and offset of odor stimulation triggers a dynamic code at the level of the first interneurons of the olfactory system that changes at every moment as a natural consequence of the local inhibitory interactions within the first olfactory neuropil, the antennal lobe. This gives rise to the interesting theory that each combination of activated neurons along this temporal sequence corresponds to the perception of a different odor. The extent to which the corresponding postsynaptic layers integrate this temporal information to drive the perception of an odor, or whether this sequence is, in a sense, a journey through different perceptions, is challenging to address experimentally.

      In their work, the authors propose a computational approach and olfactory learning experiments in bees to address these questions and evaluate whether the sequence of combinations drives a sequence of different perceptions. In my view, it is a highly inspiring piece of work that still leaves several questions unanswered.

      2) In my opinion, the detailed temporal profile of the response of projection neurons and their respective probabilities of occurrence provide valuable information for understanding odor coding at the level of neurons transferring information from the antennal lobes to the mushroom bodies. An analysis of these probabilities in each animal, rather than in the population of animals that were measured, would aid in better comprehending the encoding function of such temporal profiles. Being able to identify the involved glomeruli and understanding the extent to which the sequence of patterns and inhibitions is conserved for each odor across different animals, as it is well known for the initial excitatory burst of activity observed in previous studies without the fine temporal detail, would also be highly significant.

      In my view, the computational approach serves as a useful tool to inspire future experiments; however, it appears somewhat simplistic in tackling the complexity of the subject. One question that I believe the researchers do not address is to what extent the inhibitions recorded in the projection neurons are integrated by the Kenyon cells and are functional for generating odor-specific patterns at that level.

      Lastly, the behavioral result indicating a difference in conditioned response latency after early or delayed learning protocol is interesting. However, it does not align with the expected time for the neuronal representation that was theoretically rewarded in the delayed protocol. This final result does not support the authors' interpretation regarding the existence of a smell and an after-smell as separate percepts that can serve as conditioned stimuli.

    1. You have not configured the shadow frustum for your instance of DirectionalLight correctly. Try it with this code: var dlight = new THREE.DirectionalLight( 0xaabbff, 0.3 ); dlight.position.x = 0; dlight.position.y = 750; dlight.position.z = 0; dlight.castShadow = true; dlight.shadow.camera.top = 2500; dlight.shadow.camera.bottom = - 2500; dlight.shadow.camera.left = - 2500; dlight.shadow.camera.right = 2500; dlight.shadow.camera.near = 1; dlight.shadow.camera.far = 1000; dlight.shadow.mapSize.set( 2048, 2048 );
    1. Author Response

      eLife assessment

      The manuscript explores the ways in which the genetic code evolves, specifically how stop codons are reassigned to become sense codons. The authors present phylogenetic data showing that mutations at position 67 of the termination factor are present in organisms that nevertheless use the UGA codon as a stop codon, thereby questioning the importance of this position in the reassignment of stop codons. Alternative models on the role of eRF1 would reflect a more balanced view of the data. Overall, the data are solid and these findings will be valuable to the genomic/evolution fields.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      The issue:

      The ciliates are a zoo of genetic codes, where there have been many reassignments of stop codons, sometimes with conditional meanings which include retention of termination function, and thus > 1 meaning. Thus ciliate coding provides a hotspot for the study of genetic code reassignments.

      The particular issue here is the suggestion that translation of a stop (UGA) in Blastocritihidia has been attributed to a joint change in the protein release factor that reads UGA's and also breaking a base pair at the top of the anticodon stem of tRNATrp (Nature 613, 751, 2023).

      The work:

      However, Swart, et al have looked into this suggestion, and find that the recently suggested mechanism is overly complicated.

      The broken pairing at the top of the anticodon stem of tRNATrp indeed accompanies the reading of UGA as Trp as previously suggested. It changes the codon translated even though the anticodon remains CCA, complementary to UGG. A compelling point is that this misreading matches previous mutational studies of E coli tRNA's, in which breaking the same base pair in a mutant tRNATrp suppressor tRNA stimulated the same kind of miscoding.

      This is a fair characterization, and we would also note the additional positive aspect: that we observed there is consistency in the presence of 4 bp tRNA-Trp anticodon stems in those ciliates which translate UGA as tryptophan, and generally 5 bp anticodon stems in those that do not (including Euplotes with UGA=Cys).

      But the amino acid change in release factor eRF1, the protein that catalyzes termination of protein biosynthesis at UGA is broadly distributed. There are about 9 organisms where this mutation can be compared with the meaning of UGA, and the changes are not highly correlated with a change in the meaning of the codon. Therefore, because UGA can be translated as Trp with or without the eRF1 mutation, Swart et al suggest that the tRNA anticodon stem change is the principal cause of the coding change.

      We do think multiple lines of evidence support the shorter tRNA anticodon stem promoting UGA translation, but also think other changes in the translation system may be important. For instance, structural studies suggest interaction of ribosomal RNA with extended stop codons (particularly the base downstream of the triplet) during translation termination (Brown et al. 2015, Nature). As we noted, previous studies have sought to correlate individual eRF1 substitutions with genetic code changes, but the proposed correlations have invariably disappeared once new tranches of eRF1 sequences and alternative genetic codes for different species became available. This is why we concluded that there needs to be more focus on obtaining and understanding molecular structures during translation termination, particularly in the organisms with alternative codes.

      The review:

      Swart et al have a good argument. I would only add that eRF1 participation is not ruled out, because finding that UGA encodes Trp does not distinguish between encoding Trp 90% of the time and encoding it 99% of the time. The release factor could still play a measurable quantitative role, but the major inference here seems convincing.

      We agree that eRF1 may participate and compete with the tRNA, but we question the hypothesis that the particular amino acid position/substitution proposed by Kachale et al. 2023 is the key. There is experimental evidence in the form of Ribo-seq for the ciliate Condylostoma magnum (A67), which does appear to efficiently translate UGA sense codons (Swart et al. 2016, Figure S3: https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.06.020): we observed no dip in ribosome footprints downstream of these codons, as there would be in the case of classical translational readthrough in standard genetic code organisms (which is usually relatively inefficient - certainly well below 50% of upstream translation from our reading of the literature). Ribo-seq also supports efficient termination at those Condylostoma UGA codons that are stops.

      Of course, the entire translation system may have evolved to be as efficient as what we currently observe, and it is not unreasonable to consider that it may have been less efficient in the past. However, not so inefficient that the error rate incurred would have been strongly deleterious. Importantly also, we believe the role of multiple eRF1 paralogs in translation termination in the ciliates really needs to be investigated, given that translation is inherently probabilistic with any of these proteins potentially being incorporated into the ribosome.

      Reviewer #2 (Public Review):

      The manuscript raises interesting observations about the potential evolution of release factors and tRNA to readdress the meaning of stop codons. The manuscript is divided into two parts: The first consists of revealing that the presence of a trp tRNA with an AS of 5bp in Condylostoma magnum is probably linked to contamination in the databases by sequences from bacteria. This is an interesting point which seems to be well supported by the data provided. It highlights the difficulty of identifying active tRNA genes from poorly annotated or incompletely assembled genomes.

      We will consider adding subheadings in revising the manuscript to make the structure more explicit, as it really has three parts to it, with the third largely in the supplement. The “good” was that there is a range of support for the 4 bp AS stem, with new evidence we supplied from ciliates and older studies with E. coli tRNAs. The “bad” is that scrutiny of eRF1 sequences, with the addition of ones we provided, contradicts the hypothesis by Kachale et al. that a S67A/G substitution is necessary for genetic code evolution in Blastocrithidia and certain ciliates. The “ugly” is that a tRNA shown in a main figure in Kachale et al. 2023, and which was investigated in a number of subsequent experiments, is almost certainly a bacterial contaminant.

      Proper scrutiny of the bacterial tRNA should have led to its immediate recognition and rejection, as one of us did years ago in searches of tRNAs in a preliminary Condylostoma genome assembly (only predicted 4 bp AS tRNA secondary structures were shown in Swart et al. 2016, Fig S4B and C). Evidence for the bacterial nature of this tRNA was placed in the supplement of the present manuscript, as the meat of the critique was the consideration of the evidence for and against its good and bad aspects. The bacterial tRNA secondary structure has been removed from the main figure by Kachale et al. 2023, and downstream experiments based on synthetic constructs for this tRNA have also been revised (https://www.nature.com/articles/s41586-024-07065-0).

      Much of the rest of the supplement served to correct multiple errors in genetic codes in public sequence databases that led to additional errors and difficulties in interpreting the eRF1 substitutions in Kachale et al. 2023. It is important that these codes get corrected. If not they create multiple headaches for users besides those investigating genetic codes, as we found out in communications with authors and a colleague of Kachale et al. 2023 (in particular, leading to thousands of missing genes in the macronuclear genome of the standard code ciliate Stentor coeruleus that were removed in automated GenBank processing due to incorrectly having an alternative genetic code specified).

      Recently the NCBI Genetic Codes curators reinstated a genetic code incorrectly attributed to the ciliate Blepharisma (“Blepharisma nuclear genetic code”) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi#SG15), despite us requesting a reasonable fix years ago. This would be very confusing for those that are not in the know. We have explained this confusion in our supplement too. Thus we also hope that this paper will aid in communication with the genetic code database curators and in correcting such issues.

      The second part criticises the fact that a mutation at position S67 of eRF1 is required to allow the UGA codon to be reassigned as a sense codon. As supporting evidence, they provide a phylogenetic study of the eRF1 factor showing that there are numerous ciliates in which this position is mutated, whereas the organism shows no trace of the reassignment of the UGA codon into a sense codon. While this criticism seems valid at first glance, it suffers from the lack of information on the level of translation of UGA codons in the organisms considered.

      Firstly, we not only showed that there are organisms with the S67 substitution but no UGA reassignment, but also provided evidence for the converse: organisms with a UGA=Trp reassignment but without the S67 substitution (both ciliates and a non-ciliate). So, two related lines of substitutions were not consistent with the eRF1 substitution hypothesis proposed.

      Secondly, we disagree that there is a “lack of information about UGA translation in the organisms considered”. Evolution has already supplied information as to whether UGA codons are translated at an appreciable level in the organisms of interest, in the form of codon frequencies within their protein-coding sequences and those ending them. If UGA was translated at appreciable levels, it would be found at a corresponding frequency in coding sequences. In genomes with thousands of genes, if not predicted as amino acids, they likely primarily serve as stops. Low levels of potential readthrough of actual stops would not change the arguments. With the exception of selenocysteine translation (which is restricted to a limited number of genes by the condition of requiring a specific mRNA secondary structure) there is no expectation of meaningful levels of UGA translation when this codon is missing from the bulk of coding sequences (CDSs).

      This is well illustrated by the heterotrichs, a clade of ciliates that use a variety of genetic codes. In heterotrichs that use the standard code, UGA is virtually absent from coding sequences, only appearing at the 3’ end of transcripts in the predicted stop codon and 3’-UTR (Seah et al. 2022, Figure 5). This contrasts notably with other genera like Blepharisma where appreciable levels of UGA codons occur throughout coding sequences, upstream of the predicted UAA and UAG stops (Seah et al. 2022, Figure 5: https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2022/07/12/2022.04.12.488043/F5.large.jpg). The difference in the UGA, UAG and UAA codon frequencies in 3’ UTRs compared to the upstream frequencies in CDSs of standard genetic code heterotrichs is stark. Frequencies of all three codons are elevated in the 3’ UTRs of all heterotrich ciliates, irrespective of their genetic codes (Seah et al. 2022, Figure 5), according with these codons not being deleterious in this region and strongly selected against upstream, within CDSs.

      The reviewer raises the possibility that UGA may appear to be a stop codon but still have biologically significant translational readthrough. We think that this is unlikely in the heterotrich ciliate species discussed here, which have extremely short (median 21-26 bp) and AU-rich 3’-UTRs compared to yeast and animals (Seah et al. 2022). Therefore, in heterotrichs where UGA is predicted to be a stop, translational readthrough would lead to extensions of only a few amino acids and be relatively inconsequential, as there are plenty of secondary UAA, UAG and UGA codons downstream of the typical stop.

      If one were to consistently pursue the reviewer’s line of argumentation, one would also have to argue against the very reasoning used in Kachale et al. 2023 about all the stop codon predictions/reassignments in protists for which experiments were not conducted in S. cerevisiae or other translation systems, as well as decades of prior work using sequence conservation in multiple sequence alignments to infer alternative genetic codes.

      Furthermore, experimental information for UGA translation levels is available for the ciliate Condylostoma magnum, predominantly in the form of Ribo-seq (Swart et al. 2016). Similarly to Condylostoma’s UAA and UAG codons, Ribo-seq shows that the UGA codons are generally either efficiently translated when present in the bodies of CDSs or terminate translation as actual stops close to mRNA 3’ termini/poly(A) tails (Swart et al. 2016). Thus, irrespective of the presence of the hypothesized eRF1 substitution there is an example of relatively discrete reading of UGA codons in ciliates as either stops or amino acids. This contrasts with Kachale et al 2023’s experiments in yeast with yeast eRF1 S67G or Blastocrithida eRF1 which also has glycine at the equivalent position that appear to lead to modest readthrough. In addition, efficient reading of codons in either of two ways also occurs in the ciliate genus Euplotes in which “stop” codons can either serve as frameshift sites during translation within coding sequences or be actual stops when they are close to 3’ mRNA termini (Lobanov et al. 2017), as verified by Ribo-seq and protein mass spectrometry.

      It has been clearly shown that S67G or S67A mutations allow a strong increase in the reading of UGA codons by tRNAs, so this point is not in doubt. However, this has been demonstrated in model organisms, and we now need to determine whether other changes in the translational apparatus could accompany this mutation by modifying its impact on the UGA codon. This is a point partly raised at the end of the manuscript.

      There is no doubt that S67G or S67A mutations lead to increased translational readthrough, but this is restricted to experiments with or in baker’s yeast or other standard genetic code surrogate model organisms. Experiments introducing eRF1 sequences from alternative genetic code eukaryotes into translation systems of such standard genetic code eukaryotes are not compelling because the rest of the associated translation system has also evolved tremendously. As far as we are aware, no in vivo experiments with ciliate eRF1s have been conducted to determine if position 67 or other substitutions have any effect. These considerations are critical given the vast evolutionary distances between yeasts, Blastocrithidia, the ciliates and Amoebophrya sp. ex Karlodinium veneficum. On the other hand, the evolutionary information presented contradicts the importance of this substitution in the Amoebophyra species and ciliates. We will consider how to incorporate these ideas in the revised version of the manuscript.

      Indeed, it is quite possible that in these organisms the UGA codon is both used to complete translation and is subject to a high level of readthrough. Actually, in the presence of a mutation at position 67 (or elsewhere), the reading of the UGA can be tolerated under specific stress conditions (nutrient deficiency, oxidative stress, etc.), so the presence of this mutation could allow translational control of the expression of certain genes.

      As explained a couple replies above, it is not constructive to invoke the additional complexity of conditional translation or any other kinds of factors that lead to enhanced readthrough, because the translation of UGA sense codons in the ciliate Condylostoma, where we have supporting experimental evidence, does not resemble translational readthrough. These codons occur in constitutively expressed single-copy genes, like a tryptophan tRNA synthetase and an eRF1 protein (Swart et al. 2016), not ones that might be expected to be conditionally translated.

      On the other hand, it seems obvious to me that there are other ways of reading through a stop codon without mutating eRF1 at position S67. So the absence of a mutation at this position is not really indicative of a level of reading of the UGA codon.

      It may seem obvious to the reviewer, but that is neither what Kachale et al. originally proposed nor what we questioned. Kachale et al. hypothesized that mutation of S67 to A or G is necessary for UGA=Trp translation, but we provided evidence that it is not: multiple organisms with S67 or C67 that translate UGA as tryptophan. Kachale et al. also originally suggested that the S67 to A/G substitution is also necessary in Condylostoma for UGA translation as tryptophan by weakening its recognition of this codon as a stop (from their abstract: “Virtually the same strategy has been adopted by the ciliate Condylostoma magnum.”). However, as we have stated, Condylostoma (A67) is both able to efficiently terminate at UGA stop codons and to efficiently translate (other) UGA sense codons, which does not fit this hypothesis.

      Before writing such a strong assertion as that found on page 3, experiments should be carried out. The authors should therefore moderate their assertion.

      Experiments should be carried out in the organisms in which stop codon reassignments have readily occurred and their close relatives that have not, not distantly related ones where they rarely, if ever, occur, like yeasts. We made this point in the conclusion. There is too much emphasis on models for investigation of genetic code evolution via stop codon reassignments in questionable models and too little investigation in the really good ones, particularly the ciliates. This clade has genera that are amenable to molecular experiments including Paramecium, Tetrahymena and Oxytricha. We plan to add some text about these considerations in revision.

      To make a definitive conclusion, we would need to be able to measure the level of termination and readthrough in these organisms. So, from my point of view, all the arguments seem rather weak.

      We reiterate: there is experimental information about translation and termination in two ciliate species worth considering, including one that translates UGA codons depending on their context. If one chooses to ignore the evolutionary information presented, this not only ignores all prior approaches to infer genetic codes, but also the fact that there is experimental verification and other lines of evidence supporting these approaches.

      Moreover, the authors themselves indicate that the conjunction between a Trp tRNA that is efficient at reading the UGA codon and an eRF1 factor that is not efficient at recognising this stop codon could be the key to reassignment.

      This does not convey well what we wrote, since the main consideration was overall eRF1 structure, rather than individual amino acid substitutions. Here are the key sentences:

      “Instead, in a transitional evolutionary phase, codons may be interpreted in two ways, with potential eRF1-tRNA competition. With time, beneficial mutations or modifications in either the tRNA or eRF1 (or other components of translation) that reduce competition may be selected.

      Instead of focusing on individual eRF1 substitutions, we propose future investigations should more generally explore the structure of non-standard genetic code eRF1’s captured in translation termination in the context of their own ribosomes.”

    2. eLife assessment

      The manuscript explores the ways in which the genetic code evolves, specifically how stop codons are reassigned to become sense codons. The authors present phylogenetic data showing that mutations at position 67 of the termination factor are present in organisms that nevertheless use the UGA codon as a stop codon, thereby questioning the importance of this position in the reassignment of stop codons. Alternative models on the role of eRF1 would reflect a more balanced view of the data. Overall, the data are solid and these findings will be valuable to the genomic/evolution fields.

    3. Reviewer #1 (Public Review):

      The issue:<br /> The ciliates are a zoo of genetic codes, where there have been many reassignments of stop codons, sometimes with conditional meanings which include retention of termination function, and thus > 1 meaning. Thus ciliate coding provides a hotspot for the study of genetic code reassignments.

      The particular issue here is the suggestion that translation of a stop (UGA) in Blastocritihidia has been attributed to a joint change in the protein release factor that reads UGA's and also breaking a base pair at the top of the anticodon stem of tRNATrp (Nature 613, 751, 2023).

      The work:<br /> However, Swart, et al have looked into this suggestion, and find that the recently suggested mechanism is overly complicated.

      The broken pairing at the top of the anticodon stem of tRNATrp indeed accompanies the reading of UGA as Trp as previously suggested. It changes the codon translated even though the anticodon remains CCA, complementary to UGG. A compelling point is that this misreading matches previous mutational studies of E coli tRNA's, in which breaking the same base pair in a mutant tRNATrp suppressor tRNA stimulated the same kind of miscoding.

      But the amino acid change in release factor eRF1, the protein that catalyzes termination of protein biosynthesis at UGA is broadly distributed. There are about 9 organisms where this mutation can be compared with the meaning of UGA, and the changes are not highly correlated with a change in the meaning of the codon. Therefore, because UGA can be translated as Trp with or without the eRF1 mutation, Swart et al suggest that the tRNA anticodon stem change is the principal cause of the coding change.

      The review:<br /> Swart et al have a good argument. I would only add that eRF1 participation is not ruled out, because finding that UGA encodes Trp does not distinguish between encoding Trp 90% of the time and encoding it 99% of the time. The release factor could still play a measurable quantitative role, but the major inference here seems convincing.

    1. Résumé de la vidéo [00:00:00][^1^][1] - [01:04:26][^2^][2]:

      Cette vidéo est un webinaire sur les logiciels libres et open source, animé par Laurent Destailleur, expert en solutions libres pour les associations. Il présente les principes, les avantages et les exemples de logiciels libres et open source, ainsi que les solutions adaptées aux besoins des associations.

      Points clés: + [00:04:13][^3^][3] Qu'est-ce qu'un logiciel libre et open source ? * Un logiciel qui respecte les quatre libertés fondamentales : utiliser, étudier, modifier et redistribuer le logiciel * Un logiciel dont le code source est accessible et modifiable par tous * Un logiciel qui s'oppose au logiciel propriétaire, qui est fermé et restrictif * Un logiciel qui peut être gratuit ou payant, mais qui garantit la liberté des utilisateurs + [00:11:21][^4^][4] Quels sont les avantages des logiciels libres et open source ? * Une meilleure sécurité, car les failles sont détectées et corrigées plus rapidement par la communauté * Une meilleure transparence, car on peut savoir ce que fait le logiciel et éviter les mouchards ou les logiciels malveillants * Une meilleure pérennité, car le logiciel ne dépend pas d'un éditeur unique et peut être maintenu par d'autres acteurs * Une meilleure adaptabilité, car le logiciel peut être modifié et personnalisé selon les besoins des utilisateurs + [00:19:19][^5^][5] Quels sont les exemples de logiciels libres et open source ? * Il existe des logiciels libres et open source pour presque tous les domaines et tous les besoins * Il existe des logiciels libres et open source qui sont des alternatives aux logiciels propriétaires les plus connus, comme LibreOffice, GIMP, Firefox, etc. * Il existe des logiciels libres et open source qui sont des solutions spécifiques pour les associations, comme Dolibarr, AssoConnect, DoliAsso, etc. * Il existe des logiciels libres et open source qui sont des services en ligne, qui s'installent dans le cloud et qui offrent plus de simplicité et de mobilité + [00:32:51][^6^][6] Quelles sont les solutions libres et open source pour les associations ? * Il faut choisir les solutions en fonction des besoins et des contraintes de chaque association, en tenant compte du budget, du niveau technique, du nombre d'utilisateurs, etc. * Il faut comparer les solutions entre elles, en utilisant des critères objectifs, comme les fonctionnalités, la facilité d'utilisation, le support, etc. * Il faut tester les solutions avant de les adopter, en profitant des périodes d'essai, des versions de démonstration, des formations, etc. * Il faut se faire accompagner par des experts ou des prestataires, qui peuvent aider à installer, configurer, former, maintenir, etc. les solutions choisies

      Résumé de la vidéo [00:35:00][^1^][1] - [01:04:26][^2^][2]:

      Cette partie de la vidéo présente les solutions libres et open source pour les associations, en distinguant les logiciels installés en local et les logiciels dans le cloud. Elle donne des exemples de logiciels libres pour différents besoins, tels que la bureautique, la comptabilité, la gestion des contacts, la communication, etc. Elle explique également les avantages et les inconvénients de chaque type de logiciel, ainsi que les critères de choix à prendre en compte.

      Points clés: + [00:35:00][^3^][3] Les logiciels installés en local * Nécessitent une installation et une maintenance sur chaque poste * Permettent de garder le contrôle des données * Exemples : LibreOffice, Dolibarr, Gimp, Inkscape, etc. + [00:46:00][^4^][4] Les logiciels dans le cloud * Accessibles depuis n'importe quel navigateur web * Facilitent le travail collaboratif et la mobilité * Exemples : BlueMind, Framasoft, AssoConnect, DoliCloud, etc. + [00:58:00][^5^][5] Les critères de choix d'un logiciel libre * La fonctionnalité et la compatibilité avec les besoins * La facilité d'utilisation et la documentation * La pérennité et la communauté du projet * Le coût et le modèle économique * La sécurité et la confidentialité des données

    1. Modern development is built on files. Files have myriad strengths, but the strongest is interoperability. When every tool uses files, it’s far easier to incorporate a new tool — and now Observable — into your workflow.This isn’t just about using your preferred text editor. Now you can bring your own source control and code review system, too. You can write unit tests and run linters. You can automate builds with continuous integration or deployment. You can work offline. You can self-host. You can generate or edit content programmatically, say to format code or to find-and-replace across files.

      Observable says files are where modern development is focused. Because it aids the agency of the user of their tool, mostly through interoperability. This is [[Technologie kleiner dan ons 20050617122905]] en [[Local First Software 20190531162132]]

    1. Students with only smartphone access or no device at home at all are at a disadvantage compared to their classmates who have a laptop, desktop, or tablet at home. Smartphones often do not have sufficiently large screens or keyboards to facilitate a greater range of opportunities such as reading from e-textbooks, taking online tests, learning to code, using editing and design software, utilizing accessibility aids, or accessing website resources not formatted for mobile phones. Students without access to larger devices have fewer opportunities to explore new ideas, reinforce concepts from school, and hone new skills.

    1. Code Hearings Officer shall specify when andunder what conditions the graffiti shall be abated.

      So, the property owner has bought themselves 30 business days to eventually be told by the Hearings Officer when and under what conditions the graffiti shall be abated. Again, overreach.

    2. may appeal the notice from the Manager to the Code Hearings

      Code of Hearings Officer is the change from the previous ordinance. The Hearings Officer is similar to a judge who will issue warrants for graffiti abatement if necessary. Seems like a bit much to me.

    1. Assimilée à un homicide en France, l’euthanasie active y est interdite. La loi Leonetti de 2005 autorise cependant un patient, lorsqu’il juge que le traitement qui lui est administré relève d’une “obstination déraisonnable”, à refuser ledit traitement, quand bien même ce refus l’expose à mourir. La législation offre cette faculté aux équipes médicales pour les patients ne pouvant plus exprimer leur volonté lorsque la poursuite des traitements n’a plus de sens sur le plan médical. La loi Claeys-Leonetti, votée en 2016, donne la possibilité de formuler des “directives anticipées” ou de demander une sédation profonde jusqu’au décès. Dans un avis publié le 13 septembre 2022, le Comité consultatif national d’éthique (CCNE) ouvre la voie à une légalisation du suicide assisté, à condition de développer les soins palliatifs et l’accès à la sédation profonde. Le comité évoque la possibilité d’un accès légal à l’euthanasie destiné seulement aux personnes qui ne sont physiquement plus aptes au suicide assisté, sous la condition d’un pronostic vital engagé à un horizon de moyen terme. Lancée en décembre 2022, une convention citoyenne sur la fin de vie a eu lieu dans le pays. Son but : faire évoluer le débat, à la fois sur la sédation, l’aide assistée au suicide et l’euthanasie active. Les 184 citoyens tirés au sort ont débattu pendant 27 jours, se prononçant majoritairement le 2 avril 2023 en faveur d’une “aide active à mourir”. Dans certains pays européens, la jurisprudence a permis de faire évoluer la législation sur l’euthanasie, comme en Autriche, en Allemagne et en Italie. En Autriche, depuis le 1er janvier 2022, l’assistance au suicide est dépénalisée. Celle-ci se limite aux personnes gravement malades et en phase terminale, les mineurs étant exclus de la réglementation. La nouvelle loi avait été approuvée par le Parlement en décembre 2021, un an après que le Cour constitutionnelle a demandé au gouvernement de revoir la législation qui punissait l’aide à mourir d’une peine de cinq ans de prison.  En Allemagne, en février 2020, la Cour de Karlsruhe a annulé l’interdiction de l’assistance au suicide votée par le Bundestag en 2015 et a précisé que les personnes avaient le droit de mourir de manière autonome, même avec l’aide de tiers. L’euthanasie active reste interdite et poursuivie en vertu de l’article 216 du code pénal allemand, mais l’euthanasie passive est quant à elle autorisée. Le Parlement allemand a récemment lancé plusieurs consultations et doit prochainement débattre des possibilités de réforme de l’euthanasie. En Italie, la Cour constitutionnelle a ouvert en 2019 la possibilité de demander le suicide médicalement assisté. Quatre conditions sont requises : la personne qui le demande doit être pleinement capable de comprendre, doit être atteinte d’une pathologie irréversible entraînant de graves souffrances physiques ou psychiques, et doit survivre grâce à un traitement de maintien en vie. L’euthanasie active est toujours considérée comme un crime et relève des hypothèses prévues et punies par l’article 579 (meurtre de la personne consentante) ou l’article 580 (incitation ou aide au suicide) du code pénal. Au Danemark, l’euthanasie active et le suicide assisté sont condamnés. Plusieurs textes évoquent pourtant l’euthanasie sans la nommer, cela dans le but de limiter l’acharnement thérapeutique. Ainsi, un médecin peut s’abstenir de soigner un patient dont la mort est inévitable. Un malade peut aussi rédiger un testament de vie dans lequel il exprime son refus de tout traitement médical dans certaines circonstances. Abonnezvous NewsletterSociété Questions sociétales, égalité femme-homme, culture, santé... Recevez tous nos articles sur les sociétés européennes. Je m’abonne L’euthanasie n’est pas un acte légal en Finlande. Une initiative citoyenne visant à autoriser l’euthanasie a été rejetée par le Parlement en mai 2018. Un groupe de travail a été établi dans l’objectif de rechercher une meilleure qualité de soins palliatifs. La Suède et l’Estonie ont une position similaire et autorisent l’arrêt d’un traitement de survie, comme l’arrêt d’un ventilateur ou l’interruption de l’alimentation, lorsque le patient en fait la demande. Même chose en Croatie où l’euthanasie passive est autorisée si elle est pratiquée en ne traitant pas, en éteignant l’appareil médical, en arrêtant la thérapie et en laissant le patient mourir. En Grèce, la volonté du patient de refuser et d’interrompre un traitement à tout moment est pleinement reconnue. La loi tolère l’euthanasie passive qui présuppose le consentement du patient et la survenue physique de la mort comme une certitude. Situation analogue en Hongrie où la loi ne reconnaît actuellement que l’euthanasie passive. Les patients ont le droit de refuser un traitement lorsque la maladie entraînera la mort à brève échéance. Un comité médical doit toutefois se prononcer sur la recevabilité de la demande. La Slovaquie permet elle aussi l’euthanasie passive, à condition que le patient ait fait part de son consentement libre et éclairé. Législation similaire en Slovénie, où le patient a le droit de faire tout ce qui est possible pour éliminer ou atténuer sa douleur et les autres souffrances liées à sa maladie. Il a également le droit de se voir éviter toute douleur inutile et toute souffrance liée à une intervention médicale au cours de ses soins médicaux.

    2. Dans neuf pays européens, comme en Bulgarie, l’euthanasie ou l’aide au suicide n’est envisagée que sous le prisme pénal. Le code pénal bulgare prévoit ainsi une peine allant jusqu’à six ans de prison pour quiconque aide ou incite une autre personne à se suicider. A Chypre, l’euthanasie est qualifiée de complicité dans le suicide d’une autre personne et est passible d’un emprisonnement de dix ans. Il s’agit de l’une des législations les plus fermes sur le sujet, avec Malte où la peine d’emprisonnement peut aller jusqu’à douze ans pour quiconque incite une personne à se suicider ou l’aide à le faire. L’euthanasie est aussi illégale et pénalisée, parfois très sévèrement, en Pologne, en Irlande, en République tchèque, en Roumanie, en Lettonie et en Lituanie

    1. code source suivant
      • ligne 10 manque le / devant header
      • require_once(DIR . '/header.php');
      • idem pour ligne 25 avec footer

      C'était pour appliquer le chapitre précédent ;) ?

    1. un référentiel fixant le contenu du PPE a fait l’objet d’un décret publié le 30 septembre 2016
      • Objet du décret : définir le contenu du projet pour l'enfant établi pour tout enfant bénéficiant d'une mesure administrative ou judiciaire de protection de l'enfance.
      • Contenu du projet pour l'enfant : un document unique et structuré indiquant les objectifs et la nature des interventions menées en direction de l'enfant, des titulaires de l'autorité parentale et de son environnement, dans les domaines de vie suivants : le développement, la santé physique et psychique, les relations avec la famille et les tiers, la scolarité et la vie sociale.
      • Modalités d'élaboration et d'actualisation du projet pour l'enfant : le projet pour l'enfant est établi par le président du conseil départemental dans un délai de trois mois à compter du début de la prestation ou de la mesure, en concertation avec les titulaires de l'autorité parentale, l'enfant et les services chargés de l'exécution des mesures. Il est actualisé sur la base des rapports de situation établis au moins tous les ans ou tous les six mois selon l'âge de l'enfant.
      • Références : le décret est pris pour l'application des articles L. 223-1-1 et L. 223-1-2 du code de l'action sociale et des familles, tels qu'issus de l'article 21 de la loi n° 2016-297 du 14 mars 2016.
    1. Wine isn't an emulator, it's a collection of code that interprets Windows executables for various different systems: "Instead of simulating internal Windows logic like a virtual machine or emulator, Wine translates Windows API calls into POSIX calls on-the-fly, eliminating the performance and memory penalties of other methods and allowing you to cleanly integrate Windows applications into your desktop." https://www.winehq.org/ FWIW, the Steam Deck relies heavily on a derivative of Wine for getting existing programs to run on the platform.Some programs will actually run faster under Linux + Wine than under Windows, which wouldn't be possible for an emulator running on the same hardware system.
    2. The high-level view of your responses are that they are an attack on the developer of this game, someone who has already put in seven years of effort to get to this point already (as demonstrated in the game development blog). The developer does not need that, and digging in deeper to become more aggressive will not help you get what you want. There are reasons for not developing on Linux, as there are for other platforms (e.g. MacOS, PS5, Switch). As great as it would be to just drop the same code on different platforms and have it work perfectly every time, that's not the reality. There are *always* platform-specific issues that crop up: "If you don't design your software with platform-nonspecificity in mind, then it just makes it harder. Nothing is truly impossible to port, disregarding hardware capabilities and computing speed. There's no such comprehensive "tool" for porting games to other platforms, though, since they all work differently under the hood." https://gamedev.stackexchange.com/questions/49375/what-are-the-main-requirements... Regardless of your own personal opinions on what should or shouldn't be done, the developer has already answered your question about Linux ports, in particular mentioning that it is appropriate for users to use Wine (in the form of Proton) to play Taiji on Linux. And, if the game not working on Linux is a showstopper for you, the developer recommends you consider purchasing on Steam due to a better refund poli
    1. Même si nous ne verrons pas ces propriétés dans ce cours, vous aurez besoin du bout de code dans les sélecteurs  .grid-paysages img  et  .grid-portraits img  afin que la taille de vos images s'adaptent à la taille de votre grid.

      Obliger de regarder le corrigé pour comprendre ces sélecteurs. Je me suis prise la tête toute la journée à tenter de redimensionner les photos.

    1. Code of Conduc

      Let's substitute another visual motif for underlining.

    Annotators

    1. Note: This response was posted by the corresponding author to Review Commons. The content has not been altered except for formatting.

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      Reply to the reviewers

      We would like to sincerely thank both reviewers for taking the time to examine our work, for the cogent points they have raised, and their constructive attitude aimed at improving our manuscript.

      Reviewer #1

      • Single-cell RNAseq (Fig. 1B) and in situ (Fig. 3D) results both indicate that SNHG7 is broadly expressed in multiple epidermal layers but more enriched in the spinous layer. Although most assays, such as colony formation and Ki67 staining, did not specifically examine the role of SNHG7 in the spinous layer, the raft culture experiment seemed to indicate specific reduction of the spinous layer (Fig. 3H), which was more prominent than basal defects. The authors should examine the defects more carefully in the raft culture system by using basal, spinous and granular markers. It is possible that SNHG7 functions to maintain limited cell proliferation while restrict premature differentiation. In addition, they should perform serial passage experiments to distinguish whether overexpression of SNGH7 can indeed confer self-renewal in long-term experiments.*

      We have included staining of a range of epidermal markers in the raft cultures (ITGB1, K14, K10 and IVL) in the revised manuscript (Fig. S6B). We do not observe major changes in the distribution of any of the differentiation markers.

      In terms of serial passage, we have cultured SNHG7-overexpressing or control cells for multiple passages until their growth capacity was exhausted. The SNHG7-overexpressing cells grew for approximately seven more passages than the control cells. We have added this information to the revised manuscript (Fig. S6L).

      • The main proposed mechanism is the sequestration of miR34 by SNHG7. While miR34 is well known for its function in inhibiting cell proliferation, the ability of coding or noncoding RNA to sequestrate miRNAs is highly dependent on the stability and copy number of these RNAs. Since they have single-cell data with UMI information, they should estimate the copy number of SNHG7 in epithelial cell populations, and this could provide a range for the "buffering" capacity of SNHG7. They should also examine, ideally by in situ hybridization, the expression patterns of miR34 in human vs mouse skin. While miR34 expression can be induced by p53 activation, it is possible that its expression varies in different species. It'll be interesting to determine whether the lack of miR34 expression in mouse keratinocyte or mouse skin could explain the insensitivity of mouse keratinocytes to SNHG7. Finally, to further demonstrate the competition between SNHG7 and miR34 targets, they can use a heterologous luciferase reporter system with a canonical miR34 targeting site in the 3'UTR and quantify luciferase activities with or without SNHG7 (or SNHG7 mut34 variant). This assay could quantify the impact of SNHG7 on individual miR34 targets.*

      We will include the analysis of the scRNAseq data to estimate the copy number of SNHG7 in the epidermal populations.

      We will also perform in situ hybridization staining for miR-34 in human and mouse epidermis as well as mouse keratinocytes.

      Finally, we will carry out the luciferase reporter experiments.

      Reviewer #2

      Major comments:

      1) The premise of the study relies on the observation that SNHGs have low levels of sequence conservation. Indeed the authors aim to prove that biological functions can be identified even in the absence of evolutionary conservation. However, the extent of evolutionary conservation strongly depends on the phylogenetic scale at which it is analyzed. Here, the authors evaluate sequence conservation using PhastCons and PhyloP scores determined using alignments of human and 99 other vertebrate species. These scores reflect the extent of long-term sequence conservation. At this scale, only a small percentage of the human genome can be considered to be "conserved". It is thus not surprising that SNHG and other lncRNAs are not conserved at this scale, even if they carry some biological functions in the human genome. Here, it would be useful to redo the sequence conservation analyses using PhastCons and PhyloP scores computed on less distant species. Pre-computed scores exist for alignments containing human and other mammalian species, mainly primates (UCSC genome browser). It would also be good to provide comparisons of sequence conservation levels on the snoRNA genes and on the non-snoRNA parts of SNHGs. In addition to protein-coding genes, pseudogenes and lncRNAs, it would be good to add a perfectly neutral control for the sequence conservation in Figure 1C - for example, flanking intergenic regions for SNHGs. It might also be a good idea to analyze the GC content of SNHGs compared to other lncRNAs, since GC content can be correlated with sequence conservation levels, in particular in noncoding regions.

      Importantly, the SNHG selected for detailed investigation (SNHG7) appears to be more conserved than the bulk of human lncRNAs, given that it is found in another primate and in mouse. It would be interesting to analyze in details what sequence features of this lncRNAs are conserved among species - for example, are the SNHG7 splice sites and promoter regions conserved? Are the snoRNA genes always located in the introns?

      The reviewer raises very good points. We have added the conservation data of snoRNA genes (all or SNHG-resident, both significantly more conserved than SNHGs or lncRNA), and a “true neutral” control (we used the introns of 10,000 randomly sampled genes) to our PhastCons analysis (Fig.1C). We also added a conservation analysis of the promoters (defined as the 500 bp upstream of the transcription start site) of coding genes, pseudogenes, lncRNA and SNHGs (Fig, S1B). We have now performed all our conservation analyses using both PhastCons scores generated from the 100-vertebrate alignment and PhastCons scores generated from the 30-mammals (28 primate) alignment (Fig. S1E-G). We do not detect any marked difference between the two alignment sets. We have also added a comparison of the GC content in lncRNA, SNHGs, coding genes and introns (Fig.S1C).

      Due to the nature of the PhyloP scores, the 30-mammal PhyloP track (phyloP30) would be unsuitable to detect additional conservation in the primate lineage using the thresholding analysis we employed in Fig. 1E. The PhyloP track gives base-wise p-values for conservation (positive values) or accelerated evolution (negative values). Using alignments of genomes that are overall more similar to each other (as in the 30-mammal alignment set) makes it more difficult to distinguish between conserved and neutrally evolving regions, because even segments that are not under constraint will look relatively similar due to the evolutionary proximity of the species in the set. For the same reason this alignment set is quite sensitive to accelerated evolution, as it contains many relatively similar genomes it the alignment.

      This causes the PhyloP30 scores to be very asymmetrical around zero: the conservation (positive) scores never reach 2 (p-value of 0.01) in the whole track (not even coding regions of very well-conserved genes), while acceleration scores can reach very significant values, down to -20. Conversely, the PhyloP100 track (used in Fig.1E) is quite symmetrical around 0 and is thus better suited for the purposes of the analysis in Fig.1E, which are to detect both conserved and accelerated portions of SNHGs. We have however also inspected the PhyloP30 track manually and do not observe any clear evidence of presence of additional conserved elements in SNHG7. We have added all conservation tracks for SNHG7 to Fig. 3A.

      While lncRNA orthologs can be identified by using a combination of sequence conservation, conserved synteny with surrounding genes and in some cases conserved gene structure, SNHG orthologs can additionally be identified by the embedded (conserved) intronic snoRNA sequence, which makes them easier to find even when the transcript sequence bears no similarity across species. The mouse SNHG7 sequence, for example, does not match with human SNHG7 even using the least stringent BLAST parameters. The monkey sequence is similar enough to match with the human in the 3’ of the gene, but the intron-exon structure of the 5’ is completely different. We agree with the reviewer’s assessment, however, when it comes to identification of SNHG orthologs in more evolutionary distant species, closer to the root of the vertebrate clade.

      Regarding splice sites, they are often conserved among lncRNA in general (gene structure conservation occurs more frequently than sequence conservation, see Ulitsky, Nat Rev Genet, 2016). In the case of SNHG7 the structure of the gene appears conserved in the mouse (though this annotation has likely not been fully confirmed experimentally), and in the monkey based on genome alignments. However, our RACE experiments show that the 5’ end of SNHG7 in the monkey has a radically different splicing pattern when compared to human, so it is difficult to assess splicing conservation in the absence of full isoform characterization.

      2) I am not perfectly convinced by the enrichment of miRNA target genes among the genes that are downregulated upon SNHG knockdown. The methods do not clearly explain how this enrichment is calculated. What is the background used for this enrichment analysis? In Figure 5C, we see that the genes predicted to be targeted by the top 10 microRNAs tend to have negative fold changes in the differential expression analysis (downregulation following knockdown). However, from Figure 5A it seems that the great majority of significantly differentially expressed (DE) genes have negative fold changes. How do the miRNA target genes differ from all other DE genes? What proportions of all predicted miRNA target genes (expressed in keratinocytes) are DE following knockdown, and how does this compare with the target genes of other miRNAs?

      We have added a description of the statistical test used by MIENTURNET for the enrichment analysis to the methods section. More details can be found in the original publication. The significance of the enrichment is calculated by performing a hypergeometric test using as background the total number of miRNA-target interactions in the database and the total interactions the individual miRNA being tested engages in.

      Figure 5C only includes the genes we used in our enrichment analysis (i.e. the significantly downregulated genes, not all DE genes) and it’s meant to show the extent of downregulation exhibited by the targets of the most significantly enriched miRNAs within this group of genes.

      The reviewer is correct in pointing out that the imbalance between downregulated and upregulated genes (which we now further highlight in the plots in Fig. 5A-B) will tend to skew any group of genes towards having a relatively large number of downregulated genes. However, we found this bias to be particularly strong in the case of our candidate miRNAs. We now show this in volcano plots for validated targets of the candidate miRNAs and a control miRNA (Fig. S8E). In a similar way, when looking at the cumulative distributions of the fold changes of all predicted targets for a certain miRNA and comparing it to the fold change cumulative distribution of all other genes, our candidate miRNAs displayed a more pronounced shift towards downregulation than the control miR-21-5p (which we now added in Fig. S8F).

      3) If keratinocyte RNA-seq data is available for other species (for example mouse), it would be interesting to test whether the high expression levels of SNHG7 and the other analyzed SNHGs are also conserved in the other species.

      We will include the RNA-seq data, if available.

      Minor comments:

      1) The AD (atopic dermatitis) abbreviation should be explained the first time it is mentioned in the text.

      We thank the reviewer for pointing out the missing abbreviation, we have now added it.

      2) More details are needed regarding the MIENTURNET analyses in the methods and in the main text

      We have added more details about the statistics involved to the methods (see above).

      *3) Figure 5C, it is not clear how to interpret the color code for the boxplot. Does this represent the median or mean FDR of the target genes? Are only genes with FDRThe genes included in the enrichment analysis are all downregulated genes with an adjusted p-value (or FDR adjustment after the Wald test) adj”. The color scale in Fig 5C reports the significance of the enrichment for targets of the single miRNAs within the significantly downregulated genes list (FDR adjustment after the hypergeometric test), not the significance of the downregulation itself. FDR values are also used for all other enrichment analyses (GO terms, REACTOME Pathways). We apologise to the reviewer for the confusion, we have now modified the text and figures to make this clearer.

      4) Figure 6D, I am not sure how to the D panel. Do the gray rectangles represent the exonic length of the SNHGs? Do the dots correspond to the positions of the miRNA target sites? Here, a more quantitative comparison with the extent of sequence conservation of miRNA binding sites in SNHGs, other lncRNAs and in protein-coding genes would be perhaps better suited.

      The grey rectangles in Fig. 6D represent the total exonic length of the SNHGs (basically all exons are “stitched together” head to tail irrespective of the actual isoforms) and the dots represent the positions of the miRNA binding sites within this “maximum exonic coverage”. Since not all individual isoforms are analysed it is possible that some additional miRNA sites can be created at alternatively spliced junctions, however we would estimate the number of such sites to be small. We have added this caveat to the methods section.

      The degree of conservation that is estimated by TargetScan to underlie a functional MRE in coding genes is taken into account in this analysis, as sites within SNHGs that pass this threshold are highlighted with yellow borders in the figure. We have now added a plot of the distribution of Branch length scores for MREs in SNHGs and the distribution of Branch length scores for MREs in a random sample of 250 Coding genes UTRs (Fig. S9E). A similar comparison for lncRNA is more challenging as the data is not readily available and is likely to be confounded by the nuclear localisation of a majority of lncRNA species.

    2. Note: This preprint has been reviewed by subject experts for Review Commons. Content has not been altered except for formatting.

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      Referee #2

      Evidence, reproducibility and clarity

      Summary

      The manuscript submitted by M. Vietri Rudan and co-authors presents a functional analysis of a specific class of long non-coding RNA transcripts, namely the small nucleolar RNA host genes (SNHGs). These genes are defined by the fact that snoRNA molecules are embedded within their loci, often in the SNHGs introns. The rationale presented by the authors for studying this specific class of lncRNA genes is the fact that they display very low levels of evolutionary sequence conservation (even compared to the generally low conserved lncRNA transcripts) and that they are expressed at remarkably high levels (contrary to most lncRNA genes, which are very weakly expressed). The overarching goal of this study thus appears to be determining whether functional transcripts can exist in the absence of evolutionary conservation.

      The authors study SNHGs in the human keratinocytes model system. They analyze the expression levels of SNHGs in skin affected by atopic dermatitis and psoriasis, compared to normal skin. They identify several SNHGs that are differentially expressed between diseased and normal skin, and which are also detected at strong expression levels in single cell RNA-seq assays of human keratinocytes. The authors use knockdown assays to investigate the potential roles of these SNHGs in keratinocytes and show that the knockdown of each of 5 selected SNHGs results in a loss of clonogenicity.

      The last part of the manuscript focuses on the functional characterization of SNHG7, chosen because it is dysregulated in both atopic dermatitis and psoriasis and because its knockdown strongly affects clonogenicity. Additional assays showed that SNHG7 knockdown results in a reduced rate of proliferation and an increase in the fraction of differentiating cells. To ensure that the effects of the knockdown are not simply due to the absence of the snoRNA molecules embedded in the SNHG7 locus, the authors overexpressed the spliced form of SNHG7 (which lacks the snoRNA genes), successfully rescuing the cellular phenotype. They also verified that the knockdown does not affect the abundance of the corresponding snoRNA molecules.

      To propose a potential mechanism for the involvement of SNHG7 in keratinocyte proliferation, the authors investigated its capacity to act as a miRNA "decoy". They searched for an enrichment of miRNA binding sites among the genes that are downregulated following SNHG7. They identified several miRNAs which are predicted to target SNHG7 as well as (a substantial fraction of) the genes that are downregulated following SNHG7 knockdown. The transfection of two of these miRNAs (miR-193-3p and miR-34-5p) has a negative effect on keratinocyte proliferation, supporting the authors's hypothesis that SNHG7 may act via "sponging" these miRNAs, thereby positively contributing to the control of the expression of the other miRNA target genes. Consistent with this hypothesis, the authors show that overexpression of a SNHG7 mutant sequence that lacks the miRNA binding sites is not able to rescue the knockdown phenotype.

      However, this hypothesis is not supported (or at leat not further reinforced) by the evolutionary analysis performed by the authors. They were able to identify homologues for SNHG7 in another primate species (night monkey) and in the mouse. Transfection of the human SNHG7 sequence was able to increase clonogenicity in night monkey cells, but not in mouse cells. Given that miR-34 is also present in mouse and was previously shown to affect keratinocyte proliferation, it is not clear why the human SNHG7 sequence is not able to act as a miRNA sponge in this species. Likewise, only a slight effect on clonogenicity is observed upon SNHG7 transfection in night monkey. The authors conclude (correctly, in my view) that further investigations are needed to confirm the potential functions of SNHG7.

      Overall, I find that this study is interesting and carefully conducted. Nevertheless, I have several comments that I hope can improve this manuscript.

      Major comments:

      1. The premise of the study relies on the observation that SNHGs have low levels of sequence conservation. Indeed the authors aim to prove that biological functions can be identified even in the absence of evolutionary conservation. However, the extent of evolutionary conservation strongly depends on the phylogenetic scale at which it is analyzed. Here, the authors evaluate sequence conservation using PhastCons and PhyloP scores determined using alignments of human and 99 other vertebrate species. These scores reflect the extent of long-term sequence conservation. At this scale, only a small percentage of the human genome can be considered to be "conserved". It is thus not surprising that SNHG and other lncRNAs are not conserved at this scale, even if they carry some biological functions in the human genome. Here, it would be useful to redo the sequence conservation analyses using PhastCons and PhyloP scores computed on less distant species. Pre-computed scores exist for alignments containing human and other mammalian species, mainly primates (UCSC genome browser). It would also be good to provide comparisons of sequence conservation levels on the snoRNA genes and on the non-snoRNA parts of SNHGs. In addition to protein-coding genes, pseudogenes and lncRNAs, it would be good to add a perfectly neutral control for the sequence conservation in Figure 1C - for example, flanking intergenic regions for SNHGs. It might also be a good idea to analyze the GC content of SNHGs compared to other lncRNAs, since GC content can be correlated with sequence conservation levels, in particular in noncoding regions.

      Importantly, the SNHG selected for detailed investigation (SNHG7) appears to be more conserved than the bulk of human lncRNAs, given that it is found in another primate and in mouse. It would be interesting to analyze in details what sequence features of this lncRNAs are conserved among species - for example, are the SNHG7 splice sites and promoter regions conserved? Are the snoRNA genes always located in the introns? 2. I am not perfectly convinced by the enrichment of miRNA target genes among the genes that are downregulated upon SNHG knockdown. The methods do not clearly explain how this enrichment is calculated. What is the background used for this enrichment analysis? In Figure 5C, we see that the genes predicted to be targeted by the top 10 microRNAs tend to have negative fold changes in the differential expression analysis (downregulation following knockdown). However, from Figure 5A it seems that the great majority of significantly differentially expressed (DE) genes have negative fold changes. How do the miRNA target genes differ from all other DE genes? What proportions of all predicted miRNA target genes (expressed in keratinocytes) are DE following knockdown, and how does this compare with the target genes of other miRNAs? 3. If keratinocyte RNA-seq data is available for other species (for example mouse), it would be interesting to test whether the high expression levels of SNHG7 and the other analyzed SNHGs are also conserved in the other species.

      Minor comments:

      1. The AD (atopic dermatitis) abbreviation should be explained the first time it is mentioned in the text.
      2. More details are needed regarding the MIENTURNET analyses in the methods and in the main text
      3. Figure 5C, it is not clear how to interpret the color code for the boxplot. Does this represent the median or mean FDR of the target genes? Are only genes with FDR<5% included in this analysis?
      4. Figure 6D, I am not sure how to the D panel. Do the gray rectangles represent the exonic length of the SNHGs? Do the dots correspond to the positions of the miRNA target sites? Here, a more quantitative comparison with the extent of sequence conservation of miRNA binding sites in SNHGs, other lncRNAs and in protein-coding genes would be perhaps better suited.

      Significance

      Overall, this study is highly relevant in the field of lncRNA functionality and evolution. It presents evidence for a potential involvement in the regulation of cell proliferation for SNHGs, a role that appears to be independent of the snoRNAs produced by these loci. This study reinforces the current body of work suggesting that lncRNAs and other noncoding transcripts can sometimes function as miRNA "decoy" targets. This study will be of interest for a specialized audience, oriented towards understanding lncRNA biological functions.

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      eLife assessment

      The manuscript from Richter et al. is a very thorough anatomical description of the external sensory organs in Drosophila larvae. It represents an important tool for investigating the relationship between the structure and function of sensory organs. Using improved electron microscopy analysis and digital modeling, the authors provide compelling evidence offering the basis for molecular and functional studies to decipher the sensory strategies of larvae to navigate through their environment.

      Public Reviews:

      Summary

      This is a very meticulous and precise anatomical description of the external sensory organs (sensillia) in Drosophila larvae. Extending on their previous study (Rist and Thum 2017) that analyzed the anatomy of the terminal organ, a major external taste organ of fruit fly larva, the authors examined the anatomy of the remaining head sensory organs - the dorsal organ, the ventral organ, and the labial organ-also described the sensory organs of the thoracic and abdominal segments. Improved serial electron microscopy and digital modeling are used to the fullest to provide a definitive and clear picture of the sensory organs, the sensillia, and adjacent ganglia, providing an integral and accurate map, which is dearly needed in the field. The authors revise all the data for the abdominal and thoracic segments and describe in detail, for the first time, the head and tail segments and construct a complete structural and neuronal map of the external larval sensilla.

      Strengths

      It is a very thorough anatomical description of the external sensory organs of the genetically amenable fruitfly. This study represents a very useful tool for the research community that will definitely use it as a reference paper. In addition to the classification and nomenclature of the different types of sensilla throughout the larval body, the wealth of data presented here will be valuable to the scientific community. It will allow for investigating sensory processing in depth. Serial electron microscopy and digital modeling are used to the fullest to provide a comprehensive, definitive, and clear picture of the sensory organs. The discussion places the anatomical data into a functional and developmental frame. The study offers fundamental anatomical insights, which will be helpful for future functional studies and to understand the sensory strategies of Drosophila larvae in response to the external environment. By analyzing different larval stages (L1 and L3), this work offers some insights into the developmental aspects of the larval sense organs and their corresponding sensory cells.

      Weaknesses

      There are no apparent weaknesses, although it is not a complete novel anatomical study. It revisits many data that already existed, adding new information. However, the repetitiveness of some data and prior studies may be avoided for easy readability.

      We would like to thank the reviewers for their respective reviews. The detailed comments and efforts have helped us to improve our manuscript. In the following, we have listed the comments one by one and provide the respective information on how we addressed the concerns.

      Recommendations for the authors:

      We have tried to address every single comment as far as possible. In order to structure our response a little better, we have listed the relevant page number and the original comments once again. Directly following this you will find our response and a description of what we have changed in the manuscript.

      REVIEWER #1 (Recommendations For The Authors):

      I have a few comments that will help the reader navigate this long and detailed paper.

      REVIEWER 1.1. page 4

      The final section of "the Structural organization of Drosophila larvae" needs some reorganization.

      Specifically:

      "The DO and the TO are prominently located on the tip of the head lobes" Can the authors rewrite the sentence in a way that it is clear that there is one DO and one VO on each side of the head? Check at the beginning of each section, please. There is a mention about hemi-segments but it is still confusing.

      Done – replaced with “The largest sense organs of Drosophila larvae are arranged in pairs on the right and left side of the head.”

      REVIEWER 1.2. page 5

      "The sequence of sensilla is always similar for and different between T1, T2-T3, and A1-A7" This sentence is not clear, please break it into two sentences.

      Done – replaced with: “We noticed varying arrangements for T1, T2-T3, and A1-A7, with a consistent sequence of sensilla in each configuration.”

      REVIEWER 1.3. figures page 4

      Double hair can't be found in Figure 1B or C (is it h3, h4?) - please clarify.

      Done - changed to double hair organ in page 11, included double hair sketch in legend in figure 1B. We changed the name of the structure to double hair organ, to clarify that this is a compound sensillum consisting of two individual sensilla.

      REVIEWER 1.4. page 5

      The authors go back and forth in their descriptions of the different sensory organs. Knob sensilla and then papilla sensilla are discussed and then a few lines later a further description is done. Please unify the description of each separately.

      Done – we restructured the whole section.

      REVIEWER 1.5. figures page 6

      "We found three hair sensilla on T1-T3, and "two" on A1-A7" - in the figure there seem to be "four" on A1-A7.

      Done – we included the two hair sensilla of the double hair organ

      REVIEWER 1.6. figures page 6

      DORSAL ORGAN:

      Can the authors explain the colour map meaning in Figure 2A? It is explained in 2C but the image already has colours. Add your sentence "Color code in A applies to all micrographs in this Figure".

      Done – we added a sentence to explain that the color code in A applies to the whole figure.

      REVIEWER 1.7. page 6

      Page 10: which comprises seven olfactory sensilla "composing" three dendrites each: replace this with"with". At the end, we want to think 7 X 3= 21 ORNs.

      Done – replaced.

      REVIEWER 1.8. page 9

      CHORDOTONAL ORGANS:

      "We find these these DO associated ChO (doChO).. .". Please remove one "these"

      Done – removed.

      REVIEWER 1.9. page 8

      Is the DO associated ChO part of the dorsal ganglion???? It does not look like it. Could you clarify?

      Done – we added a sentence that clarifies that the ChO neuron is not iside the DOG.

      REVIEWER 1.10. page 9 VENTRAL ORGAN: A figures page 12

      Please add to the Figure 8 legend the description of 8c' and 8c'?

      Done – added description in figure legend.

      B page 9

      8H, what are the *, arrows? Please clarify - it is hard to interpret the figure.

      Done – we added parentheses in the figure legend that state which structures the asterisks and arrows indicate.

      C page 9

      "Three of them are innervated by a single neuron () and one by two neurons () (Figure 8F-I). Please add which are innervated by 1 (VO1, VO2-VO4) and which by 2 (VO3).

      Done – we added parentheses that clarify which sensilla are innervated by 1 or 2 neurons.

      REVIEWER 1.11. page 9

      Can you add something (or speculate) about the difference in sensory processing of the different types of sensilla?

      Done – new sentence in discussion:

      ‘Their different size and microtubule organization likely correlate with processing of different stimulus intesities applied to the mechanotransduction apparatus (Bechstedt et al. 2010).’

      REVIEWER 1.12. figures page 16

      PAPILLA AND HAIR SENSILLA:

      FIGURE 10a, please add the name of each sensillum from p1, p2, px py, etc... (if not we have to go back to figure 1 when you describe specific ps.)

      Thanks for the comment, it really makes it a lot easier for the reader.

      REVIEWER 1.13. figures page 18 Figure 11, can you add the name of each hair, please?

      Done – updated figure.

      REVIEWER 1.14. figures pages 16, 18, 20

      In Figures 10, 11, and 12 you clearly draw an area on the internal side that I assume is what you call the "electron-dense sheath". It is wider in papilla sensilla than in hair sensilla, most likely due to the difference in stimuli sensed that you explain in detail in the discussion. Can you say in the figure what this "internal" thing is? Can you add this difference to your list "Apart from the difference in outer appearance and structure of the tubular body"?

      This is the basal septum, but it is not certain that it is wider in the papillae sensillae, at least we could not observe this in our data sets. The impression could have been created by different scales in the 3D reconstructions and a perspective view. Therefore, we do not want to list this as a difference here, as we are not sure.

      However, we have now specified the socket septum in the figure legends and in Figures 10A, 11A and 12A.

      REVIEWER 1.15. page 11

      KNOB SENSILLA:

      Page 25;" Knob sensilla have been described under "vaious" names such as": add various.

      Done

      REVIEWER 1.16. page 12

      "reveals that the three hair and the two papilla sensilla are associated with a single dendrite." Can you write that "reveals THAT EACH OF the three hair and the two papilla sensilla" if not it seems that there is only one dendrite.

      Done

      REVIEWER 1.17. figures page 25 TERMINAL SENSORY CONES:

      Please name the t1-t7 cones in Figure 15A.

      Done – we updated the figure.

      REVIEWER 1.18. page 13

      The spiracle sense organ deserves a new paragraph. As does the papilla sensillum of the anal plate.

      Done – we added subtitles before the prargraphs.

      Discussion:

      REVIEWER 1.19. page 15

      Page 38: "v'entral" correct typo

      PAGE 15

      Done – we have updated the nomenclature  ventral 1 (v), ventral 2 (v’) and ventral 3 (v’’)

      REVIEWER #2 (Recommendations For The Authors):

      I have only a few comments:

      REVIEWER 2.1. page 5

      p.5, right column, middle: the use of trichoid, campaniform, and basiconical (sensilla) in previous works were based on even older papers and reviews that attempted to link EM architecture to function (e.g., KEIL, T. A. & STEINBRECHT, R. A. (1986). Mechanosensitive and olfactory sensilla of insects. In Insect Ultrastructure, vol. 2. (ed. R. C. King & H. Akai), pp. 477-516. New York/London: Plenum Press). Trichoid sensilla can be mechano-sensitive, olfactory, or gustatory; trichoid simply refers to the shape (hair). The same applies to basiconical sensilla. The use of "campaniform", which Ghysen et al called "papilla sensilla", was the only really problematic case, because these (Drosophila larval) sensilla did not really resemble closely the classical campaniform sensilla (e.g., adult haltere). The only reason we called them campaniform is because they were not more similar to any other type of (previously named) sensillum.

      Thank you for the explanation. The nomenclature of structures is generally always a complex topic with often different approaches and principles. We are aware of this and have therefore tried to be as careful as possible. We were not sure from this comment whether you were suggesting to change the text or whether you wanted to explain how these names were assigned to the sensilla in the past. However, we hope that the current version is in line with your understanding, but could of course make changes if necessary (see also comments of reviewer 1).

      REVIEWER 2.2. page 9

      p.21, Labial Organ: the ventral lip is the labium; the dorsal one is the labrum.

      Done – replaced labrum with labium.

      REVIEWER 2.3. page 9

      p.20/21, Ventral organ and labial organ: here, the projection of the axons could be mentioned as an ordering principle. In the previous literature, for larva and embryo, a labial organ (lbo) was described that most likely corresponds to the labial organ presented here. This (previously mentioned) lbo characteristically projects along the labial nerve to the labial segment (hence the name). It fasciculates with axons of another sensory complex, also generated by the labial segment, namely the ventral pharyngeal sensory organ (VPS). Does the labial organ described here share this axonal path?

      Yes, it has the same axonal pathway and is the same organ as the lbo. We have tried to standardise the nomenclature for all important external head organs (DO, TO, VO, LO) and have therefore used abbreviations with two letters. However, to avoid confusion, we have now added that the LO was also called lbo in the past.

      For the ventral organ, the segmental origin (to my knowledge) was never clarified. The axons of the ventral organ project along the maxillary nerve (which carries axons of the terminal=maxillary organ). This nerve, closely before entering the VNC, splits into a main branch to the maxillary segment (TO axons) and a thinner branch that appears to target the mandibular segment. This branch could contain the axons of the ventral organ (as described previously and in this paper). Could the authors confirm this axonal projection of the VO?

      In this work, we did not focus on the axonal projections into the SEZ. This is also not a simple and fast process, as in the entire larval dataset, the large head nerves unfortunately exhibit a highly variable quality of representation. Therefore, the reconstruction of nerves and individual neurons within it is often challenging and very time-consuming. The research question is, of course, very intriguing, and one could also attempt to match each sensory neuron of the periphery with the existing map of the brain connectome. However, this is a project in itself, exceeding the scope of this work, and is therefore more feasible as a subsequent project.

      REVIEWER #3 (Recommendations For The Authors):

      Minor suggestions that the authors might consider:

      REVIEWER 3.1. figures all

      Recheck the scale bar in figures and figure legends. Missing in a few places.

      Done – we replaced or added some (missing) scale bars in figures and figure legends (see annotated figure document).

      REVIEWER 3.2. figures page 4

      The color schematic in Figure 1 can be improved for readability.

      Done – we changed the color schematic, especially for the head region to improve readability.

    1. hus, the objectifi cation of female bodies and the implementation of school dress codes are not neutral. Not all adolescent girls are equally impacted by, or punished for, their styles of dress, and the subjective interpretations of the primarily middle-class and White school offi cials determine modes of comportment.

      This is a complicated issue. If no dress codes are applied then there will be no regulations on what the students wear to school. But if there is a dress code, then it applies to everyone differently and it is not fair.

    2. he school’s emphasis on “distraction free” dress codes assumes that if girls’ tops are low and shorts high, young men are unable to control their sexual desires, placing blame on female bodies for arousing excitement and interfering with schooling

      In my opinion, dress codes can be annoying when there is a rule that is not clear and sometimes misleads students. In China, my middle school provided uniforms for each student to wear every day, which was a clear rule for everyone to understand. However, a dress code can be confusing because you need to think about whether the outfit you wear today goes against the rule or not.

    1. The APA’s Ethical Principles of Psychologists and Code of Conduct

      Adherence to Standard 8 of the APA Ethics Code promotes ethical conduct in psychological research, safeguarding the rights and well-being of participants and upholding the integrity of the scientific process.

    1. To update the purpose codes, follow these steps.

      This is redundant as you are explaining the update purpose code below in the page ,

      Let us add the point that , the purpose code selected will be applicable for all International transactions of the business

    2. Consult Financial Institutions: Seek guidance from your bank or financial institution to assist in selecting the appropriate purpose code.

      Replace : "Check RBI Purpose code list : Refer to the RBI's comprehensive list of purpose codes and their corresponding descriptions to choose the correct purpose code, you can check with your bank for the purpose code list"

    3. List of Purpose Codes
      • Lets add the RBI link as well somewhere in here
      • Add some section about the update of purpose code properly taking about this is mandatory to be filled during international enablement and then how to update
    1. I use Bash shell .sh scripts in my Windows projects to automate Infrastructure as Code, then run these scripts using Windows Subsystem for Linux - WSL I need to make sure the line endings of my Bash scripts are in the Unix style LF or \n and not Windows CFLF or \r\n

      This is different from the typical use case within windows, for example using git bash

    1. 3:15 My technique would be to copy it, paste it on stackoverflow and ask if someone knows what it does.

      in south america, they would find the original author, drug him with scopolamine, and make him give out the original source code : D aka social engineering<br /> they use this method to steal crypto from wealthy smart asses, who believe their money is "safe"

      similar to the $5 wrench in the "security" xkcd https://xkcd.com/538/

      see also<br /> https://www.youtube.com/watch?v=XJwU8Hiq4HM<br /> Careful with the New Crime Wave of Latin America

      1:42<br /> Scopolamine is a drug<br /> that basically makes you into a little slave, into a little servant,<br /> and you'll do whatever the attacker wants.

    1. Reviewer #1 (Public Review):

      Summary:<br /> The goal of Pawel et al. is to provide a more rigorous and quantitative approach for judging whether or not an initial null finding (conventionally with p >= 0.05) has been replicated by a second similarly null finding. They discuss important objections to relying on the qualitative significant/non-significant dichotomy to make this judgement. They present two complementary methods (one frequentist and the other Bayesian) which provide a superior quantitative framework for assessing the replicability of null findings.

      Strengths:<br /> Clear presentation; illuminating examples drawn from the well-known Reproducibility Project: Cancer Biology data set; R-code that implements suggested analyses. Using both methods as suggested provides a superior procedure for judging the replicability of null findings.

      Weaknesses:<br /> The frequentist and the Bayesian methods can be used to make binary assessments of an original finding and its replication. The authors clarify, though, that they can also be used to make continuous quantitative judgements about strength of evidence. I believe that most will use the methods in a binary fashion, but the availability of more nuanced assessments is welcome. This revision has addressed what I initially considered a weakness.

    1. He expects computers to eventually solve legal problems too: "At the end of the day, law is just natural language code for how to operate the system, and there's no reason why technology can't have impact there in terms of social problems.” Not everyone agrees that engineering is the answer to societal problems. “The world is just not like that. It just isn’t,” said Fred Turner, a professor of communications at Stanford University who has studied accelerationism. “But if you can convince people that it is, then you get a lot of the power that normally accrues to governments.” E/acc is also a reaction to another Silicon Valley movement: effective altruism (or EA). While it was originally focused on optimizing each person’s ability to help others (and is known for some of its most famous adherents’ willingness to engage in fraud), EA has also become a hotbed for people concerned about whether AI might become sentient and murder humans — so-called “doomers” that Jezos says “are instrumental to forces of evil and civilizational decline.”

      Fascinating social dynamics.

    1. To be clear, the life of the black citizen in America is no more envied or desired today than it was back in 1963. Her schools are still avoided and her housing still substandard and her neighborhood still feared and her personal and professional outcomes disproportionately linked to her zip code.

      I would describe this as a racial context that gives us insight as to why the film is so important.

    1. Third, we recommend that if a person has engaged in seriously concerning behavior (e.g., hate crimes, hate speech), and there is undeniable evidence, then concerns should be brought directly to the person in question, not social media

      At what point in the ethics resolution process is it appropriate to document perceived transgressions against specific individuals and weave them into a public-facing, open-access manuscript?

      Would this be consistent with the BACB Ethics Code? "Behavior analysts collaborate with colleagues from their own and other professions in the best interest of clients and stakeholders. Behavior analysts address conflicts by compromising when possible and always prioritizing the best interest of the client. Behavior analysts document all actions taken in these circumstances and their eventual outcomes." https://www.bacb.com/ethics-information/ethics-codes/

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      The manuscript by Zhu and colleagues aimed to clarify the importance of isoform diversity of PCDHg in establishing cortical synapse specificity. The authors optimized 5' single-cell sequencing to detect cPCDHg isoforms and showed that the pyramidal cells express distinct combinations of PCDHg isoforms. Then, the authors conducted patch-clamp recordings from cortical neurons whose PCDHg diversity was disrupted. In the elegant experiment in Figure 3, the authors demonstrated that the neurons expressing the same sets of cPCDHg isoforms are less likely to form synapses with each other, suggesting that identical cPCDHg isoforms may have a repulsive effect on synapse formation. Importantly, this phenomenon was dependent on the similarity of the isoforms present in neurons but not on the amount of proteins expressed.

      One of the major concerns in an earlier version was whether PCDHg isoforms, which are expressed at a much lower level than C-type isoforms, have true physiological significance. The authors conducted additional experiments to address this point by using PCDHg cKO and provided convincing data supporting their conclusion. The results from PCDHg C4 overexpression, showing no impact on synaptic connectivity, further clarified the importance of isoforms. I have no further concerns, however, I would like to point out that the evidence for the necessity of the PCDHg isoform is still lacking because most experiments were done by overexpression. It would be helpful for the readers if the authors could add this point to the discussion.

      Thank you for the positive feedback on our work. We have now incorporated a discussion of the limitations associated with overexpression.

      Reviewer #2 (Public Review):

      This short manuscript by Zhu et al. describes an investigation into the role of gamma protocadherins in synaptic connectivity in the mouse cerebral cortex. First, the authors conduct a single-cell RNA-seq survey of postnatal day 11 mouse cortical neurons, using an adapted 10X Genomics method to capture the 5' sequences that are necessary to identify individual gamma protocadherin isoforms (all 22 transcripts share the same three 3' "constant" exons, so standard 3'biased methods can't distinguish them). This method adaptation is an advance for examining individual gamma transcripts, and it is helpful to publish the method, the characterization of which is improved in this revised manuscript. The results largely confirm what was known from other approaches, which is that a few of the 19 A and B subtype gamma protocadherins are expressed in an apparently stochastic and combinatorial fashion in each cortical neuron, while the 3 C subtype genes are expressed ubiquitously. Second, using elegant paired electrophysiological recordings, the authors show that in gamma protocadherin cortical slices, the likelihood of two neurons on layers 2/3 being synaptically connected is increased. That suggests that gamma protocadherins generally inhibit synaptic connectivity in the cortex; again, this has been reported previously using morphological assays, but it is important to see it confirmed here with physiology. Finally, the authors use an impressive sequential in utero electroporation method to provide evidence that the degree of isoform matching between two neurons negatively regulates their reciprocal synaptic connectivity. These are difficult experiments to do, and while some caveats remain, the main result is consistent. Strengths include the impressive methodology and improved demonstration of the previously-reported finding that gamma protocadherins work via homophilic matching to put a brake on synapse formation in the cortex. Weaknesses include the writing, which even in the revision fails to completely put the new results in context with prior work, which together has largely shown similar results; a still-incomplete characterization of a new alpha protocadherin KO mouse (a minor point but it should still be addressed); and a lack of demonstration of protein levels in electroporated brains. Because of the unique organization and expression pattern of the gamma protocadherins, it is unlikely that these results will be directly applicable to the broader understanding of the role of cell adhesion molecules in synapse development. However, the methodology, which is now better described, should be applicable more broadly and the improved demonstration of the role of gamma protocadherin's negative role in cortical synaptogenesis is helpful.

      Thank you for the positive comments on our work. We have taken your suggestion into account and expanded our discussion to contextualize our research within the broader field of PCDH. Additionally, we have included more data to further illustrate the decrease in αPCDH expression in Pcdha conditional knockout mice. Your feedback has been invaluable in enhancing our manuscript.

      Reviewer #3 (Public Review):

      In this study, Zhu and authors investigate the expression and function of the clustered Protocadherins (cPcdhs) in synaptic connectivity in the mouse cortex. The cPcdhs encode a large family of cadherin-related transmembrane molecules hypothesized to regulate synaptic specificity through combinatorial expression and homophilic binding between neurons expressing matching cPcdh isoforms. But the evidence for combinatorial expression has been limited to a few cell types, and causal functions between cPcdh diversity and wiring specificity have been difficult to test experimentally. This study addresses two important but technically challenging questions in the mouse cortex: 1) Do single neurons in the cortex express different cPcdh isoform combinations? and 2) Does Pcdh isoform diversity or particular combinations among pyramidal neurons influence their connectivity patterns? Focusing on the Pcdh-gamma subcluster of 22 isoforms, the group performed 5'end-directed single-cell RNA sequencing from dissociated postnatal (P11) cortex. To address the functional role of Pcdhg diversity in cortical connectivity, they asked whether the Pcdhgs and isoform matching influence the likelihood of synaptic pairing between 2 nearby pyramidal neurons. They performed simultaneous whole-cell recordings of 6 pyramidal neurons in cortical slices, and measured paired connections by evoked monosynaptic responses. In these experiments, they measured synaptic connectivity between pyramidal neurons lacking the Pcdhgs, or overexpressing dissimilar or matching sets of Pcdhg isoforms introduced by electroporation of plasmids encoding Pcdhg cDNAs.

      Overall, the study applies elegant methods that demonstrate that single cortical neurons express different combinations of Pcdh-gamma isoforms, including the upper layer Pyramidal cells that are assayed in paired recordings. The electrophysiology data demonstrate that nearby Pyramidal neurons lacking the entire Pcdhg cluster are more likely to be synaptically connected compared to the control neurons, and that overexpression of matching isoforms between pairs decreases the likelihood to be synaptically connected. These are important and compelling findings that advance the idea that the Pcdhgs are important for cortical synaptic connectivity, and that the repertoire of isoforms expressed by neurons influence their connectivity patterns potentially through a self/nonself discrimination mechanism. However, the findings are limited to probability in connectivity and do they do not support the authors' conclusions that Pcdhg isoforms regulate synaptic specificity, 'by preventing synapse formation with specific cells' or to 'unwanted partners'. Characterizations of the cellular basis of these defects are needed to determine whether they are secondary to other roles in cell positioning, axon/dendrite branching and synaptic pruning, and overall synaptic formation. Claims that Pcdh-alpha and Pcdhg C-type isoforms are not functionally required are premature, due to limitations of the experiments. Moreover, claims that 'similarity level of γPCDH isoforms between neurons regulate the synaptic formation' are not supported due to weak statistical analyses presented in Fig4. The overstatements should be corrected. There was also missed opportunity to clearly discuss these results in the context of other published work, including recent publications focused on the cortex.

      Thank you for your feedback on the strengths and weaknesses of our work. In terms of the cellular basis of affected synaptic connectivity caused by γ-PCDH isoforms, we have compared the probability of connectivity for neuronal pairs with similar range of distance. Our findings indicate that the manipulation primarily affects pairs within the 50-150 micrometer range, suggesting that cell positioning might be a critical factor for the impact of γ-PCDH on synapse formation. However, we acknowledge that we couldn't definitively determine whether the negative effect on synaptic connectivity stems directly from impaired synapse formation or indirectly from synaptic pruning or the influence of PCDHγ on axon/dendritic branching. We've added these limitations to our discussion to provide a more comprehensive view of our research. Furthermore, we've adjusted our statements to better reflect the significance of our findings. Your feedback has been instrumental in improving the clarity and depth of our manuscript.

      Strengths:

      • The 5' end sequencing with a Pcdhg-amplified library is a technical feat and addresses the pitfall of conventional scRNA-Seq methods due to the identical 3'sequences shared by all Pcdhg isoform and the low abundance of the variable exons. New figures with annotated cell types confirm that several pyramidal and inhibitory cortical subpopulations were captured.

      Statistical assessment of co-occurrence of isoform expression within clusters is also a strength.

      • By establishing the combinatorial expression of Pcdhgs by maturing pyramidal cells, the study further substantiates the 'single neuron combinatorial code for cPcdhs' model. Although combinatorial expression is not universal (ie. serotonergic neurons), there was limited evidence. The findings that individual pyramidal neurons express ~1-3 variable Pcdhg transcripts plus the Ctype transcripts aligns with single RT-PCR studies of single Purkinje cells (Esumi et al 2005; Toyoda et al 2014). They differ from the findings by Lv et al 2022, where C-type expression was lower among pyramidal neurons. OSNs also do not substantially express C-type isoforms (Mountoufaris et al 2017; Kiefer et al 2023). Differences, and the advantages of the 5'end -directed sequencing (vs. SmartSeq) could be raised in the discussion.

      • Simultaneous whole-cell recordings and pairwise comparisons of pyramidal neurons is a technically outstanding approach. They assess the effects of Pcdhg OE isoform on the probability of paired connections.

      • The connectivity assay between nearby pairs proved to be sensitive to quantify differences in probability in Pcdhg-cKO and overexpression mutants. The comparisons of connectivity across vertical vs lateral arrangement are also strengths. Overexpressing identical Pcdhg isoform (whether 1 or 6) reduces the probability of connectivity, but there are caveats to the interpretations (see below).

      Weaknesses:

      n earby pairs but are not sufficient evidence for synapse specificity. The cPcdhs play multiple roles in neurite arborization, synaptic density, and cell positioning. Kostadinov 2015 also showed that starburst cells lacking the Pcdhgs maintained increased % connectivity at maturity, suggesting a lack of refinement in the absence of Pcdhgs. The known roles raise questions on how these manipulations might have primary effects in these processes and then subsequently impact the probability of connectivity. Investigations of morphological aspects of pyramidal development would strengthen the study and potentially refine the findings. The authors should more clearly relate their findings to the body of cPcdh studies in the discussion.

      Previous studies revealed the adverse effects of γ-PCDHs on dendritic spines, demonstrating that their absence results in increased dendritic spines density, while overexpression leads to a reduction. In our study, we consistently observed that γ-PCDHs exert a negative influence on synaptic connectivity. This consistency strengthens the overall body of evidence in support of the role of γ-PCDHs in synaptic connectivity and dendritic spine regulation. While we have previously mentioned this point in our discussion to highlight the concordance between our findings and prior research, your input is greatly appreciated in reinforcing the scientific context of our work.

      • Pcdhg cKO-dependent effects on connectivity occur between closely spaced soma (50-100um - Figure 2E), highlighting the importance of spatial arrangement to connectivity (also noted by Tarusawa 2016). Was distance considered for the overexpression (OE) assays, and did the authors note changes in cell distribution which might diminish the connectivity? Recent work by Lv et al 2022 reported that manipulating Pcdhgs influences the dispersion of clonally-related pyramidal neurons, which also impacts the likelihood of connections. Overexpression of Pcdhgc3 increased cell dispersion and decreased the rate of connectivity between pairs. Though these papers are mentioned, they should be discussed in more detail and related to this work.

      Our data indicated that variable γ-PCDH isoforms primarily influence synaptic connectivity in neuronal pairs within the 50-150 micrometer range. Notably, as the distance between neurons increases, we observed a corresponding reduction in synaptic connectivity, as illustrated in Figure 2E. We have also included additional discussion regarding potential variances among different C-type isoforms.

      • Though the authors added suggested citations and improved the contextualization of the study, several statements do not accurately represent the cited literature. It is at the expense of crystalizing the novelty and importance of this present work. For instance, Garrett et al 2012 PMID: 22542181 was the first to describe roles for Pcdhgs in cortical pyramidal cells and dendrite arborization, and that pyramidal cell migration and survival are intact. Line 52 cited Wang et al 2002, but this was limited to gross inspection. Garrett et al is the correct citation for: 'The absence of γ-PCDH does not cause general abnormality in the development of the cerebral cortex, such as cell differentiation, migration, and survival (Wang et al., 2002).' Second, single cell cPcdh diversity is introduced very generally, as though all neuron types are expected to show combinatorial variable expression with ubiquitous C-Type expression. But those initial studies were limited to Purkinje cells (Esumi 2005 and Toyoda 2014). Profiling of serotonergic neurons and OSN reveals different patterns (citations needed for Chen 2017 PMID: 28450636; Mountofaris et al PMID: 2845063; Canzio 2023 PMID: 37347873), raising the idea that cPcdh diversity and ubiquitous Ctype expression is not universal. Thus, the authors missed the opportunity to emphasize the gap regarding cPcdh diversity in the cortex.

      We would like to extend our gratitude to the reviewer for pointing out the citation related to the roles of γ-PCDHs in the neocortex. After a thorough review of both papers, Wang et al., 2002 and Garrett et al., 2012, we concur that it would be more appropriate to cite both of these papers here. Your suggestion to underscore the diverse expression patterns of γPCDHs in neocortical neurons is well-received, and we have integrated this aspect of our findings with previous observations into a new paragraph within the discussion section. Your insights have greatly enriched the depth of our paper, and we genuinely appreciate your contribution.

      • They have not shown rigorously and statistically that the rate of connectivity changes with% isoform matching. In Figure 4D, comparisons of % isoform matching in OE assays show a single statistical comparison between the control and 100% groups, but not between the 0%, 11% and 33% groups. Is there a significant difference between the other groups? Significant differences are claimed in the results section, but statistical tests are not provided. The regression analysis in 4E suggests a correlation between % isoform similarity and connectivity probability, but this is not sound as it is based on a mere 4 data points from 4D. The authors previously explained that they cannot evaluate the variance in these recordings as they must pool data together. However, there should be some treatment of variability, especially given the low baseline rate of connectivity. Or at the very least, they should acknowledge the limitations that prevent them from assessing this relationship. Claims in lines 230+ are not supported: ' Overall, our findings demonstrate a negative correlation between the probability of forming synaptic connections and the similarity level of γPCDH isoforms expressed in neuron pairs (Fig. 4E)".

      We employed a bootstrap method to estimate the potential variance in the analysis presented in Fig. 4E. It's important to note that due to methodological limitations, a comprehensive assessment of variance based solely on recordings from a single animal is challenging. As such, we have adjusted our claims to be more aligned with our observations.

      • Figure 4 provides connectivity probability, but this result might be affected by overall synapse density. Did connection probability change with directionality (e.g between red to green cells, or green to red cells).

      As suggested by the reviewer, we have conducted an analysis to assess the directionality of connections under different conditions. This analysis involved comparing the directionalities of connections following the overexpression of six variable isoforms, as depicted in Fig. 3E. Upon examining 33 connected OE-Ctrl pairs following the electroporation of these 6 isoforms, we observed 3 pairs with bidirectional connections, 19 pairs with connections from OE to Ctrl, and 11 with connections from Ctrl to OE. To assess the statistical significance of these observations, we applied a Chi-square test. The results from this analysis indicated that there was no significant difference in the directionality of connections. These findings offer further support for the idea that overexpressing multiple γ-PCDH isoforms within a single neuron might not be sufficient to alter its connections with other neurons.

      • Generally, the statistical approaches were not sufficiently described in the methods nor in the figure legends, making it difficult to assess the findings. They do not report on how they calculated FDR for connectivity data, when this is typically used for larger multivariate datasets.

      We employed the False Discovery Rate (FDR) correction, specifically the BenjaminiHochberg method, to determine which values remained statistically significant. This method is widely accepted and involves inputting all the p-values and the total number, 'n.' Additional details about this correction are now provided in the Method section for clarity.

      • The possibility that the OE effects are driven by total Pcdhg levels, rather isoform matching, should be examined. As shown by qRT-PCR in Fig. 3, expression of individual isoforms can vary. It is reasonable that protein levels cannot be measured by IHC, although epitope tags could be considered as C-terminal tagging of cPcdhs preserves the function in mice (see Lefebvre 2008). Quantification of constant Pcdhg RNA levels by qRT-PCR or sc-RT-PCR would directly address the potential caveat that OE levels vary with isoform combinations.

      Through a series of multiple whole-cell recordings, we examined neuronal pairs within the 0% group, where both neurons exhibited overexpression of different combinations of γPCDH isoforms. What we discovered is that the connectivity level within pairs of neurons where both neurons overexpressed γ-PCDH isoforms, pairs with only one neuron overexpressing these isoforms, and pairs with two control neurons (lacking overexpression) was remarkably similar. However, as we incrementally raised the similarity level between the recorded neurons by increasing the overlap in the combinatorial expression of γ-PCDH isoforms, we observed a gradual decrease in the connectivity probability between these neurons. Notably, the connectivity probability reached its minimum when the recorded cells had the exact same combinatorial expression of γ-PCDH isoforms at the 100% similarity level. These findings suggest that the similarity level between neurons, rather than the absolute expression level of γ-PCDH isoforms, plays a critical role in affecting synapse formation.

      -A caveat for the relative plasmid expression quantifications in Figure 3-S1 is that IHC was used to amplify the RFP-tagged isoform, and thus does not likely preserve the relationship between quantities and detection.

      We attempted to enhance the mNeongreen signal, known for its exceptional signal-tonoise ratio, by utilizing the 32f6-100 antibody from Chromotek. However, our observations did not reveal any additional cells through immunostaining compared to the images obtained solely based on the mNeongreen signal. This indicates that the application of the available antibody did not yield a significant improvement in cell detection.<br /> It's important to emphasize that if the RFP signal is overvalued, it would result in an increase in both the "red only" and "red in total" categories. However, it's worth noting that the "red only" category is more sensitive to the outcome than the "red in total" category. Therefore, an overvaluation of the RFP signal would lead to an underestimation of the total estimated plasmid content in electroporated neurons. Consequently, this would result in a lower estimate for the proportion of co-expression cells rather than a higher estimate. We have updated the calculation method in the "Estimating the numbers of overexpressed γPCDH isoform" section to reflect these considerations.

      • Figure 1 didn't change in response to reviews to improve clarity. New panels relating to the scRNASeq analyses were added to supplementary data but many are central and should be included in Figure 1 (ie. S1-Fig6D). In the Results, the authors state that neuronal subpopulations generally show a combinatorial expression of some variable RNA isoforms and near ubiquitous C-type expression. But they only show data for the Layer 2/3 neuron-specific cluster in S1-Fig-6D, and so it is not clear if this pattern applies to other clusters. Fig. S1-5 show a low number of expressed isoforms per cell, but specific descriptions on whether these include C-type isoforms would be helpful. Figure 1F showing isoform profile in all neurons is not particularly meaningful. There is a lot of interest in neuron-type specific differences in cPcdh diversity, and the authors could highlight their data from S1-5 accordingly.

      In addition to the layer 2/3 cluster, we observed a diverse combinatorial expression of various variable γ-PCDH isoforms alongside nearly ubiquitous C-type expression in all other clusters of cells. We have now explicitly mentioned this observation in the main text. To underscore this point further, we have included a new figure, Fig. 1-S6, which provides information on the similarity analysis for all other clusters. It's important to note that the data in previous Fig. S1-5 (now renumbered as S1-7) were solely related to "variable" isoforms. We apologize for any confusion and have made this clarification by including it in the title of the figure.

      • The concept of co-occurrence and results should be explained within the results section, to more clearly relate this concept to data and interpretations. Explanations are now found in the methods, but this did not improve the clarity of this otherwise very interesting aspect of the study.

      Thanks for your suggestion. We have incorporated some of the explanations from the methods section into the main text t, mainly for the concept of “co-occurence”.

      • The claim that C-type Pcdhgs do not functionally influence connectivity is premature. Tests were limited to PcdhgC4, which has unique properties compared to the other 2 C-type isoforms (Garrett et al 2019 PMID: 31877124; Mancia et al PMID: 36778455). The text should be corrected to limit the conclusion to PcdhgC4, and not generally to C-type. The authors should test PcdhgC3 and PcdhgC5 isoforms.

      We have changed the claim for PcdhgC4, but not generally for C-type to better reflect our observation.

      • The group generated a novel conditional Pcdh-alpha mouse allele using CRISPR methods, and state that there were no changes in synaptic connectivity in these Pcdh-alpha mutants. But this claim is premature. The Southern blots validate the targeting of the allele. But further validations are required to establish that this floxed allele can be efficiently recombined, disrupting Pcdha protein levels and function. Pcdha alleles have been validated by western blots and by demonstration of the prominent serotonergic axonal phenotype of Pcdha-KO (ie. Chen 2017 PMID: 28450636; IngEsteves 2018 PMID: 29439167).

      We have obtained a new set of qRT-PCR data that confirms the decreased expression of α-PCDH in Pcdha CKO mice. These data have been integrated into Figure 2-S2D.

      • The Discussion would be strengthened by a deeper discussion of the findings to other cPcdh roles and studies, and of the limitations of the study. The idea that the Pcdhgs are influencing the rate of connectivity through a repulsion mechanism or synaptic formation (ie through negative interactions with synaptic organizers such as Nlgn - Molumby 2018, Steffen 2022) could be presented in a model, and supported by other literature.

      I would like to express my sincere appreciation to the reviewer for their invaluable comments and suggestions, which have led to extended discussions within our work. We have incorporated these suggestions into our paper to establish stronger connections between our observations and prior research findings.

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      1) In Figure S6, the authors measured Euclidean distance from the single cell data to take account of the isoform expression levels in explaining diversity. However, it is hard to interpret the data without any control. The authors could measure the same value from a shuffled /randomized dataset for comparison (similarly to Fig 1F).

      We understand the reviewer's concern about the significance of the Euclidean distance analysis without an appropriate control. The inclusion of the Euclidean distance metric was initially a response to suggestions from other reviewers who recommended incorporating diverse methods for analyzing expression patterns among neurons.

      In response to your valuable feedback, we have taken measures to address these concerns. We have introduced shuffled data for comparison, thus enhancing the meaningful context for interpreting the results derived from the Euclidean distance analysis.

      2) The authors need to clarify which cortical regions were used for electrophysiological experiments.

      Apologies for any confusion. To clarify, all recordings were conducted on neurons located in layer 2/3 of the neocortex without further discrimination. We have reinstated this information in both the main text and the methods section to ensure its clarity.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      There are still some issues that must be addressed.

      1) The references to gamma protocadherin repulsion are not correct in context. A repulsive role of homophilic interaction has been inferred from certain knockout phenotypes in a subset of neurons (not in cortical neurons). However, repulsion has never been shown to follow gamma protocadherin engagement. The authors present no new evidence that their results are attributable to cellular repulsion at nascent synaptic contacts. The mechanism is unknown. The references to repulsion to explain their results should make it clear that this is one possible explanation, but it is not shown. Also some references in the text are not correct. For example, line 63/64: the results of Molumby and Steffen are not involving homophilic adhesion or repulsion, but rather a cis interaction with neuroligins. Those papers should not be discussed as involving repulsion as in the reference to Lefebvre 2012. Also line 268/269 "Together with previous findings (Molumby,,,Tarusawa), our observations solidify repulsion effect of g-PCDH on synapse formation. . .". This is not the case. Neither Molumby nor Tarusawa demonstrated any such repulsion.

      Thank you to the reviewer for pointing out the errors in our citations. We have made the necessary corrections to the citations and have also refined the descriptions of our observations to improve clarity and accuracy.

      2) The discussion of the results when C4 is overexpressed must also be greatly toned down. C4 is a strange C-type protein--it cannot get to the cell surface alone but relies on other cPCDHs for this, and its primary role is in preventing cell death. It is odd that the authors used this isoform to represent C-types. They should have used C3, which two recent papers showed have specific roles at some synapses (Meltzer et al 2023, Ginty lab) and in dendrite branching (Steffen et al 2023, Weiner lab) , or C5. It is entirely possible that just C4 has no role in synaptic matching--but C3 and C5 might. They should not conclude that the C-types have no such role and only A and B types do. That must be toned down (e.g., line 198/199, line 281).

      We acknowledge that using C4 to represent all three C-types (C3, C4, and C5) is not accurate. We have now modified the statement in the main text to rectify this.

      3) For the citation of Pcdhg flox/flox mice (line 126), Prasad et al., Development, 2008, Weiner lab, should also be cited as it fully characterized that line that was also used in Lefebvre et al 2008. They were co-published.

      Thank you for highlighting the missing citation, and we have now included it in the relevant section.

      4) the Pcdh alpha KO Mouse characterization is still insufficient. The authors must show that alpha expression is gone following introduction of Cre, either by RT-PCR using alpha constant domain primers, or an alpha antibody on Western. blot. The southern and off-target sequencing do not confirm that all alpha gene expression is gone.

      Thank you for your feedback. We have conducted the qRT-PCR analysis as per your suggestion. The results clearly indicate a substantial reduction in α-PCDH expression within the neocortex of Pcdha cKO mice. We have thoughtfully incorporated this data into the manuscript, and it is visually represented in the new panel of Figure 2-S2D. Your valuable input has contributed to enhancing the quality of our work, and we sincerely appreciate the opportunity to address this important aspect.

      5) I do not understand something in Figure 4-S1A. Why with 0% matching is synaptic connectivity so low? This is not the same as in Figure 3E. This has to be explained because it does suggest that overexpression of ANY isoforms can inhibit synapse formation, which is consistent with Molumby 2017, even though this paper says it is not just the levels but the isoform specificity.

      The panel of Fig.4-S1A illustrates the connection rate between neurons with the same color (icons in upper left), representing cells that express the same combination of γ-PCDHs (100% of similarity). The X-axis (0%, 11%, 33%, and 100%) reflects the similarity level between the 2 populations of cells (GFP and RFP).

      6) There are still issues with the English grammar in the paper. It is not too bad in the main text but someone should re-edit it. However, the figure legends are indeed much worse and truly must be edited professionally before they are acceptable.

      We apologize for our English writings in the paper. We have now polished most part of the manuscript, especially the parts for figure legends.

      Reviewer #3 (Recommendations For The Authors):

      • This study has many strengths and innovative findings. Most comments above included suggestions to strengthen the paper. The overall message that Pcdhgs influence the rate of synaptic connectivity between nearby cells is compelling. How this Pcdhg-isoform-dependent process could influence synaptic specificity can be explored in a model in the discussion. But this study did not test a role in 'synaptic specificity'; this term should be removed from the title and line 81 in the intro.

      Thank you for your invaluable comments aimed at improving our paper. Regarding the title, we believe that "synaptic connectivity" might be a more suitable choice than "synaptic specificity." However, we're open to considering other alternatives as well.

      • The manuscript and overall quality of the science will be improved by removing those sections that are not adequately investigated (ie.Pcdh-a cKO; PcdhgC4 is assessed but findings can't be extended to other C-type isoforms) and by outlining limitations of the study.

      We have modified the related claim mentioned in the main text.

      • The studies negatively correlating between isoform matching and connectivity are not robust. Additional approaches are needed if the authors want to make this claim.

      In Figure 4E, we have implemented a bootstrapping method. Bootstrapping is a statistical technique falling under the broader category of resampling methods. It involves random sampling from the observed data with replacement, enabling the calculation of standard errors, confidence intervals, and supporting hypothesis testing.

      • Statistical approaches should be described in methods, figure legends.

      More information about statistical approaches has been added in the figure legends.

      • The discussion should elaborate on the limitations of the study, and relate to other studies, including Lv et al 2022.

      We have added more discussion to relate our observations to previous findings.

    1. se of Morse Code as a standardized structure for the language of telegraphic dispatches meant that telegrams, in one sense, were a classless language. For example, A

      Had society stayed in the era of the Telegraph for another decade I wonder how it would have impacted slang and spoken speech. Would people ironically speak in a series of spoken dashes and dots the way we say "lol"?

    1. Lidl heeft een eigen Code of Conduct opgesteld, gebaseerd op het internationale model van de Business Social Compliance Initiative. Hierin staan sociale en ecologische minimumstandaarden gedefinieerd die door elke leverancier moeten worden nageleefd. Onder andere de volgende onderwerpen worden opgenomen in de Code of Conduct:verbod op kinderarbeid,naleving van wettelijke voorschriften,goede en menswaardige arbeidsomstandigheden,milieubescherming.100% van onze leveranciers verbindt zich ertoe om onze Code of Conduct na te leven.

      The supermarket supports suppliers in implementing labour standards and human rights as described in a Supplier Code of Conduct.

      training & material support worden in de CoC niet benoemd

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      eLife assessment

      This valuable study reports on the potential of neural networks to emulate simulations of human ventricular cardiomyocyte action potentials for various ion channel parameters with the advantage of saving simulation time in certain conditions. The evidence supporting the claims of the authors is solid, although the inclusion of open analysis of drop-off accuracy and validation of the neural network emulators against experimental data would have strengthened the study. The work will be of interest to scientists working in cardiac simulation and quantitative pharmacology.

      Thank you for the kind assessment. It is important for us to point out that, while limited, experimental validation was performed in this study and is thoroughly described in the work.

      Reviewer 1 - Comments

      This manuscript describes a method to solve the inverse problem of finding the initial cardiac activations to produce a desired ECG. This is an important question. The techniques presented are novel and clearly demonstrate that they work in the given situation. The paper is well-organized and logical.

      Strengths:

      This is a well-designed study, which explores an area that many in the cardiac simulation community will be interested in. The article is well written and I particularly commend the authors on transparency of methods description, code sharing, etc. - it feels rather exemplary in this regard and I only wish more authors of cardiac simulation studies took such an approach. The training speed of the network is encouraging and the technique is accessible to anyone with a reasonably strong GPU, not needing specialized equipment.

      Weaknesses:

      Below are several points that I consider to be weaknesses and/or uncertainties of the work:

      C I-(a) I am not convinced by the authors’ premise that there is a great need for further acceleration of cellular cardiac simulations - it is easy to simulate tens of thousands of cells per day on a workstation computer, using simulation conditions similar to those of the authors. I do not really see an unsolved task in the field that would require further speedup of single-cell simulations. At the same time, simulations offer multiple advantages, such as the possibility to dissect mechanisms of the model behaviour, and the capability to test its behaviour in a wide array of protocols - whereas a NN is trained for a single purpose/protocol, and does not enable a deep investigation of mechanisms. Therefore, I am not sure the cost/benefit ratio is that strong for single-cell emulation currently.

      An area that is definitely in need of acceleration is simulations of whole ventricles or hearts, but it is not clear how much potential for speedup the presented technology would bring there. I can imagine interesting applications of rapid emulation in such a setting, some of which could be hybrid in nature (e.g. using simulation for the region around the wavefront of propagating electrical waves, while emulating the rest of the tissue, which is behaving more regularly/predictable, and is likely to be emulated well), but this is definitely beyond of the scope of this article.

      Thank you for this point of view. Simulating a population of few thousand cells is completely feasible on single desktop machines and for fixed, known parameters, emulation may not fill ones need. Yet we still foresee a great untapped potential for rapid evaluations of ionic models, such as for the gradient-based inverse problem, presented in the paper. Such inverse optimization requires several thousand evaluations per cell and thus finding maximum conductances for the presented experimental data set (13 cell pairs control/drug → 26 APs) purely through simulations would require roughly a day of simulation time even in a very conservative estimation (3.5 seconds per simulation, 1000 simulations per optimization). Additionally, the emulator provides local sensitivity information between the AP and maximum conductances in the form of the gradient, which enables a whole new array of efficient optimization algorithms [Beck, 2017]. To further emphasize these points, we added the number of emulations and runtime of each conducted experiment in the specific section and a paragraph in the discussion that addresses this point:

      "Cardiomyocyte EP models are already very quick to evaluate in the scale of seconds (see Section 2.3.1), but the achieved runtime of emulations allows to solve time consuming simulation protocols markedly more efficient. One such scenario is the presented inverse maximum conductance estimation problem (see Section 3.1.2 and Section 3.1.3), where for estimating maximum conductances of a single AP, we need to emulate the steady state AP at least several hundred times as part of an optimization procedure. Further applications include the probabilistic use of cardiomyocyte EP models with uncertainty quantification [Chang et al., 2017, Johnstone et al., 2016] where thousands of samples of parameters are potentially necessary to compute a distribution of the steady-state properties of subsequent APs, and the creation of cell populations [Muszkiewicz et al., 2016, Gemmell et al., 2016, Britton et al., 2013]." (Section 4.2)

      We believe that rapid emulations are valuable for several use-cases, where thousands of evaluations are necessary. These include the shown inverse problem, but similarly arise in uncertainty quantification, or cardiomyocyte population creation. Similarly, new use-cases may arise as such efficient tools become available. Additionally, we provided the number of evaluations along with the runtimes for each of the conducted experiments, showing how essential these speedups are to realize these experiments in reasonable timeframes. Utilizing these emulations in organ-level electrophysiological models is a possibility, but the potential problems in such scenarios are much more varied and depend on a number of factors, making it hard to pin-point the achievable speed-up using ionic emulations.

      C I-(b) The authors run a cell simulation for 1000 beats, training the NN emulator to mimic the last beat. It is reported that the simulation of a single cell takes 293 seconds, while emulation takes only milliseconds, implying a massive speedup. However, I consider the claimed speedup achieved by emulation to be highly context-dependent, and somewhat too flattering to the presented method of emulation. Two specific points below:

      First, it appears that a not overly efficient (fixed-step) numerical solver scheme is used for the simulation. On my (comparable, also a Threadripper) CPU, using the same model (”ToR-ORd-dyncl”), but a variable step solver ode15s in Matlab, a simulation of a cell for 1000 beats takes ca. 50 seconds, rather than 293 of the authors. This can be further sped up by parallelization when more cells than available cores are simulated: on 32 cores, this translates into ca. 2 seconds amortized time per cell simulation (I suspect that the NN-based approach cannot be parallelized in a similar way?). By amortization, I mean that if 32 models can be simulated at once, a simulation of X cells will not take X50 seconds, but (X/32)50. (with only minor overhead, as this task scales well across cores).

      Second, and this is perhaps more important - the reported speed-up critically depends on the number of beats in the simulation - if I am reading the article correctly, the runtime compares a simulation of 1000 beats versus the emulation of a single beat. If I run a simulation of a single beat across multiple simulated cells (on a 32-core machine), the amortized runtime is around 20 ms per cell, which is only marginally slower than the NN emulation. On the other hand, if the model was simulated for aeons, comparing this to a fixed runtime of the NN, one can get an arbitrarily high speedup.

      Therefore, I’d probably emphasize the concrete speedup less in an abstract and I’d provide some background on the speedup calculation such as above, so that the readers understand the context-dependence. That said, I do think that a simulation for anywhere between 250 and 1000 beats is among the most reasonable points of comparison (long enough for reasonable stability, but not too long to beat an already stable horse; pun with stables was actually completely unintended, but here it is...). I.e., the speedup observed is still valuable and valid, albeit in (I believe) a somewhat limited sense.

      We agree that the speedup comparison only focused on a very specific case and needs to be more thoroughly discussed and benchmarked. One of the main strengths of the emulator is to cut the time of prepacing to steady state, which is known to be a potential bottleneck for the speed of the single-cell simulations. The time it takes to reach the steady state in the simulator is heavily dependant on the actual maximum conductance configuration and the speed-up is thus heavily reliant on a per-case basis. The differences in architecture of the simulator and emulator further makes direct comparisons very difficult. In the revised version we now go into more detail regarding the runtime calculations and also compare it to an adaptive time stepping simulation (Myokit [Clerx et al., 2016]) in a new subsection:

      "The simulation of a single AP (see Section 2.1) sampled at a resolution of 20kHz took 293s on one core of a AMD Ryzen Threadripper 2990WX (clock rate: 3.0GHz) in CARPentry. Adaptive timestep solver of variable order, such as implemented in Myokit [Clerx et al., 2016], can significantly lower the simulation time (30s for our setup) by using small step sizes close to the depolarization (phase 0) and increasing the time step in all other phases. The emulation of a steady state AP sampled at a resolution of 20kHz for t ∈ [−10, 1000]ms took 18.7ms on a AMD Ryzen 7 3800X (clock rate: 3.9GHz) and 1.2ms on a Nvidia A100 (Nvidia Corporation, USA), including synchronization and data copy overhead between CPU and GPU.

      "The amount of required beats to reach the steady state of the cell in the simulator has a major impact on the runtime and is not known a-priori. On the other hand, both simulator and emulator runtime linearly depends on the time resolution, but since the output of the emulator is learned, the time resolution can be chosen at arbitrarily without affecting the AP at the sampled times. This makes direct performance comparisons between the two methodologies difficult. To still be able to quantify the speed-up, we ran Myokit using 100 beats to reach steady state, taking 3.2s of simulation time. In this scenario, we witnessed a speed-up of 171 and 2 · 103 of our emulator on CPU and GPU respectively (again including synchronization and data copy overhead between CPU and GPU in the latter case). Note that both methods are similarly expected to have a linear parallelization speedup across multiple cells.

      For the inverse problem, we parallelized the problem for multiple cells and keep the problem on the GPU to minimize the overhead, achieving emulations (including backpropagation) that run in 120µs per AP at an average temporal resolution of 2kHz. We consider this the peak performance which will be necessary for the inverse problem in Section 3.1.2." (Section 2.3.1)

      Note that the mentioned parallelization across multiple machines/hardware applies equally to the emulator and simulator (linear speed-up), though the utilization for single cells is most likely different (single vs. multi-cell parallelization).

      C I-(c) It appears that the accuracy of emulation drops off relatively sharply with increasing real-world applicability/relevance of the tasks it is applied to. That said, the authors are to be commended on declaring this transparently, rather than withholding such analyses. I particularly enjoyed the discussion of the not-always amazing results of the inverse problem on the experimental data. The point on low parameter identifiability is an important one and serves as a warning against overconfidence in our ability to infer cellular parameters from action potentials alone. On the other hand, I’m not that sure the difference between small tissue preps and single cells which authors propose as another source of the discrepancy will be that vast beyond the AP peak potential (probably much of the tissue prep is affected by the pacing electrode?), but that is a subjective view only. The influence of coupling could be checked if the simulated data were generated from 2D tissue samples/fibres, e.g. using the Myokit software.

      Given the points above (particularly the uncertain need for further speedup compared to running single-cell simulations), I am not sure that the technology generated will be that broadly adopted in the near future.

      However, this does not make the study uninteresting in the slightest - on the contrary, it explores something that many of us are thinking about, and it is likely to stimulate further development in the direction of computationally efficient emulation of relatively complex simulations.

      We agree that the parameter identifiability is an important point of discussion. While the provided experimental data gave us great insights already, we still believe that given the differences in the setup, we can not draw conclusions about the source of inaccuracies with absolute certainty. The suggested experiment to test the influence of coupling is of interest for future works and has been integrated into the discussion. Further details are given in the response to the recommendation R III- (t)

      Reviewer 2 - Comments

      Summary:

      This study provided a neural network emulator of the human ventricular cardiomyocyte action potential. The inputs are the corresponding maximum conductances and the output is the action potential (AP). It used the forward and inverse problems to evaluate the model. The forward problem was solved for synthetic data, while the inverse problem was solved for both synthetic and experimental data. The NN emulator tool enables the acceleration of simulations, maintains high accuracy in modeling APs, effectively handles experimental data, and enhances the overall efficiency of pharmacological studies. This, in turn, has the potential to advance drug development and safety assessment in the field of cardiac electrophysiology.

      Strengths:

      1) Low computational cost: The NN emulator demonstrated a massive speed-up of more than 10,000 times compared to the simulator. This substantial increase in computational speed has the potential to expedite research and drug development processes

      2) High accuracy in the forward problem: The NN emulator exhibited high accuracy in solving the forward problem when tested with synthetic data. It accurately predicted normal APs and, to a large extent, abnormal APs with early afterdepolarizations (EADs). High accuracy is a notable advantage over existing emulation methods, as it ensures reliable modeling and prediction of AP behavior

      C II-(a) Input space constraints: The emulator relies on maximum conductances as inputs, which explain a significant portion of the AP variability between cardiomyocytes. Expanding the input space to include channel kinetics parameters might be challenging when solving the inverse problem with only AP data available.

      Thank you for this comment. We consider this limitation a major drawback, as discussed in Section 4.3. Identifiability is already an issue when only considering the most important maximum conductances. Further extending the problem to include kinetics will most likely only increase the difficulty of the inverse problem. For the forward problem though, it might be of interest to people studying ionic models to further analyze the effects of channel kinetics.

      C II-(b) Simplified drug-target interaction: In reality, drug interactions can be time-, voltage-, and channel statedependent, requiring more complex models with multiple parameters compared to the oversimplified model that represents the drug-target interactions by scaling the maximum conductance at control. The complex model could also pose challenges when solving the inverse problem using only AP data.

      Thank you pointing out this limitation. We slightly adapted Section 4.3 to further highlight some of these limitations. Note however that the experimental drugs used have been shown to be influenced by this drug interaction in varying degrees [Li et al., 2017] (e.g. dofetilide vs. cisapride). However, the discrepancy in identifiability was mostly channel-based (0%-100%), whereas the variation in identifiability between drugs was much lower (39%-66%).

      C II-(c) Limited data variety: The inverse problem was solved using AP data obtained from a single stimulation protocol, potentially limiting the accuracy of parameter estimates. Including AP data from various stimulation protocols and incorporating pacing cycle length as an additional input could improve parameter identifiability and the accuracy of predictions.

      The proposed emulator architecture currently only considers the discussed maximum conductances as input and thus can only compensate when using different stimulation protocols. However, the architecture itself does not prohibit including any of these as parameters for future variants of the emulator. We potentially foresee future works extending on the architecture with modified datasets to include other parameters of importance, such as channel kinetics, stimulation protocols and pacing cycle lengths. These will however vary between the actual use-cases one is interested in.

      C II-(d) Larger inaccuracies in the inverse problem using experimental data: The reasons for this result are not quite clear. Hypotheses suggest that it may be attributed to the low parameter identifiability or the training data set were collected in small tissue preparation.

      The low parameter identifiability on some channels (e.g. GK1) poses a problem, for which we state multiple potential reasons. As of yet, no final conclusion can be drawn, warranting further research in this area.

      Reviewer 3 - Comments

      Summary:

      Grandits and colleagues were trying to develop a new tool to accelerate pharmacological studies by using neural networks to emulate the human ventricular cardiomyocyte action potential (AP). The AP is a complex electrical signal that governs the heartbeat, and it is important to accurately model the effects of drugs on the AP to assess their safety and efficacy. Traditional biophysical simulations of the AP are computationally expensive and time-consuming. The authors hypothesized that neural network emulators could be trained to predict the AP with high accuracy and that these emulators could also be used to quickly and accurately predict the effects of drugs on the AP.

      Strengths:

      One of the study’s major strengths is that the authors use a large and high-quality dataset to train their neural network emulator. The dataset includes a wide range of APs, including normal and abnormal APs exhibiting EADs. This ensures that the emulator is robust and can be used to predict the AP for a variety of different conditions.

      Another major strength of the study is that the authors demonstrate that their neural network emulator can be used to accelerate pharmacological studies. For example, they use the emulator to predict the effects of a set of known arrhythmogenic drugs on the AP. The emulator is able to predict the effects of these drugs, even though it had not been trained on these drugs specifically.

      C III-(a) One weakness of the study is that it is important to validate neural network emulators against experimental data to ensure that they are accurate and reliable. The authors do this to some extent, but further validation would be beneficial. In particular for the inverse problem, where the estimation of pharmacological parameters was very challenging and led to particularly large inaccuracies.

      Thank you for this recommendation. Further experimental validation of the emulator in the context of the inverse problem would be definitely beneficial. Still, an important observation is that the identifiability varies greatly between channels. While the inverse problem is an essential reason for utilizing the emulator, it is also empirically validated for the pure forward problem and synthetic inverse problem, together with the (limited) experimental validation. The sources of problems arising in estimating the maximum conductances of the experimental tissue preparations are important to discuss in future works, as we now further emphasize in the discussion. See also the response to the recommendations R III-(t).

      Reviewer 1 - Recommendations

      R I-(a) Could further detail on the software used for the emulation be provided? E.g. based on section 2.2.2, it sounds like a CPU, as well as GPU-based emulation, is possible, which is neat.

      Indeed as suspected, the emulator can run on both CPUs and GPUs and features automatic parallelization (per-cell, but also multi-cell), which is enabled by the engineering feats of PyTorch [Paszke et al., 2019]. This is now outlined in a bit more detail in Sec. 2 and 5.

      "The trained emulator is provided as a Python package, heavily utilizing PyTorch [Paszke et al., 2019] for the neural network execution, allowing it to be executed on both CPUs and NVidia GPUs." (Section 5)

      R I-(b) I believe that a potential use of NN emulation could be also in helping save time on prepacing models to stability - using the NN for ”rough” prepacing (e.g. 1000 beats), and then running a simulation from that point for a smaller amount of time (e.g. 50 beats). One could monitor the stability of states, so if the prepacing was inaccurate, one could quickly tell that these models develop their state vector substantially, and they should be simulated for longer for full accuracy - but if the model was stable within the 50 simulated beats, it could be kept as it is. In this way, the speedup of the NN and accuracy and insightfulness of the simulation could be combined. However, as I mentioned in the public review, I’m not sure there is a great need for further speedup of single-cell simulations. Such a hybrid scheme as described above might be perhaps used to accelerate genetic algorithms used to develop new models, where it’s true that hundreds of thousands to millions of cells are eventually simulated, and a speedup there could be practical. However one would have to have a separate NN trained for each protocol in the fitness function that is to be accelerated, and this would have to be retrained for each explored model architecture. I’m not sure if the extra effort would be worth it - but maybe yes to some people.

      Thank you for this valuable suggestion. As pointed out in C I-(a), one goal of this study was to reduce the timeconsuming task of prepacing. Still, in its current form the emulator could not be utilized for prepacing simulators, as only the AP is computed by the emulator. For initializing a simulation at the N-th beat, one would additionally need all computed channel state variables. However, a simple adaptation of the emulator architecture would allow to also output the mentioned state variables.

      R I-(c) Re: ”Several emulator architectures were tried on the training and validation data sets and the final choice was hand-picked as a good trade-off between high accuracy and low computational cost” - is it that the emulator architecture was chosen early in the development, and the analyses presented in the paper were all done with one previously selected architecture? Or is it that the analyses were attempted with all considered architectures, and the well-performing one was chosen? In the latter case, this could flatter the performance artificially and a test set evaluation would be worth carrying out.

      We apologize for the unclear description of the architectural validation. The validation was in fact carried out with 20% of the training data (data set #1), which is however completely disjoint with the test set (#2, #3, #4, formerly data set #1 and #2) on which the evaluation was presented. To further clarify the four different data sets used in the study, we now dedicated an additional section to describing each set and where it was used (see also our response below R I-(d)), and summarize them in Table 1, which we also added at R II-(a). The cited statement was slightly reworked.

      "Several emulator architectures were tried on the training and validation data sets and the final choice was hand-picked as a good trade-off between high accuracy on the validation set (#1) and low computational runtime cost." (Section 2.2.2)

      R I-(d) When using synthetic data for the forward and inverse problem, with the various simulated drugs, is it that split of the data into training/validation test set was done by the drug simulated (i.e., putting 80 drugs and the underlying models in the training set, and 20 into test set)? Or were the data all mixed together, and 20% (including drugs in the test set) were used for validation? I’m slightly concerned by the potential of ”soft” data leaks between training/validation sets if the latter holds. Presumably, the real-world use case, especially for the inverse problem, will be to test drugs that were not seen in any form in the training process. I’m also not sure whether it’s okay to reuse cell models (sets of max conductances) between training and validation tests - wouldn’t it be better if these were also entirely distinct? Could you please comment on this?

      We completely agree with the main points of apprehension that training, validation and test sets all serve a distinct purpose and should not be arbitrarily mixed. However, this is only a result of the sub-optimal description of our datasets, which we heavily revised in Section 2.2.1 (Data, formerly 2.3.1). We now present the data using four distinct numbers: The initial training/validation data, now called data set #1 (formerly no number), is split 80%/20% into training and validation sets (for architectural choices) respectively. The presented evaluations in Section 2.3 (Evaluation) are purely performed on data set #2 (normal APs, formerly #1), #3 (EADs, formerly #2) and #4 (experimental).

      R I-(e) For the forward problem on EADs, I’m not sure if the 72% accuracy is that great (although I do agree that the traces in Fig 12-left also typically show substantial ICaL reactivation, but this definitely should be present, given the IKr and ICaL changes). I would suggest that you also consider the following design for the EAD investigation: include models with less severe upregulation of ICaL and downregulation of IKr, getting a population of models where a part manifests EADs and a part does not. Then you could run the emulator on the input data of this population and be able to quantify true, falsexpositive, negative detections. I think this is closer to a real-world use case where we have drug parameters and a cell population, and we want to quickly assess the arrhythmic risk, with some drugs being likely entirely nonrisky, some entirely risky, and some between (although I still am not convinced it’s that much of an issue to just simulate this in a couple of thousands of cells).

      Thank you for pointing out this alternative to address the EAD identification task. Even though the values chosen in Table 2 seem excessively large, we still only witnessed EADs in 171 of the 950 samples. Especially border cases, which are close to exhibiting EADs are hardest to estimate for the NN emulator. As suggested, we now include the study with the full 950 samples (non-EAD & EAD) and classify the emulator AP into one of the labels for each sample. The mentioned 72.5% now represent the sensitivity, whereas our accuracy in such a scenario becomes 90.8% (total ratio of correct classifications):

      "The data set #3 was used second and Appendix C shows all emulated APs, both containing the EAD and non-EAD cases. The emulation of all 950 APs took 0.76s on the GPU specified in Section 2.2.3 We show the emulation of all maximum conductances and the classification of the emulation. The comparison with the actual EAD classification (based on the criterion outlined in Appendix A) results in true-positive (EAD both in the simulation and emulation), false-negative (EAD in the simulation, but not in the emulation), false-positive (EAD in the emulation, but not in the simulation) and true-negative (no EAD both in the emulation and simulation). The emulations achieved 72.5% sensitivity (EAD cases correctly classified) and 94.9% specificity (non-EAD cases correctly classified), with an overall accuracy of 90.8% (total samples correctly classified). A substantial amount of wrongly classified APs showcase a notable proximity to the threshold of manifesting EADs. Figure 7 illustrates the distribution of RMSEs in the EAD APs between emulated and ground truth drugged APs. The average RMSE over all EAD APs was 14.5mV with 37.1mV being the maximum. Largest mismatches were located in phase 3 of the AP, in particular in emulated APs that did not fully repolarize." (Section 3.1.1)

      R I-(f) Figure 1 - I think a large number of readers will understand the mathematical notation describing inputs/outputs; that said, there may be a substantial number of readers who may find that hard to read (e.g. lab-based researchers, or simulation-based researchers not familiar with machine learning). At the same time, this is a very important part of the paper to explain what is done where, so I wonder whether using words to describe the inputs/outputs would not be more practical and easier to understand (e.g. ”drug-based conductance scaling factor” instead of ”s” ?). It’s just an idea - it needs to be tried to see if it wouldn’t make the figure too cluttered.

      We agree that the mathematical notation may be confusing to some readers. As a compromise between using verbose wording and mathematical notation, we introduced a legend in the lower right corner of the figure that shortly describes the notation in order to help with interpreting the figure.

      R I-(g) ”APs with a transmembrane potential difference of more than 10% of the amplitude between t = 0 and 1000 ms were excluded” - I’m not sure I understand what exactly you mean here - could you clarify?

      With this criterion, we try to discard data that is far away from fully repolarizing within the given time frame, which applies to 116 APs in data set #1 and 50 APs in data set #3. We added a small side note into the text:

      "APs with a transmembrane potential difference of more than 10% of the amplitude between t = 0 and 1000ms (indicative of an AP that is far away from full repolarization) were excluded." (Section 2.2.1)

      R I-(h) Speculation (for the future) - it looks like a tool like this could be equally well used to predict current traces, as well as action potentials. I wonder, would there be a likely benefit in feeding back the currents-traces predictions on the input of the AP predictor to provide additional information? Then again, this might be already encoded within the network - not sure.

      Although not possible with the chosen architecture (see also R I-(b)), it is worth thinking about an implementation in future works and to study differences to the current emulator.

      Entirely minor points:

      R I-(i) ”principle component analysis” → principal component analysis

      Fixed

      R I-(j) The paper will be probably typeset by elife anyway, but the figures are often quite far from their sections, with Results figures even overflowing into Discussion. This can be often fixed by using the !htb parameters (\begin{figure}[!htb]), or potentially by using ”\usepackage[section]{placeins}” and then ”\FloatBarrier” at the start and end of each section (or subsection) - this prevents floating objects from passing such barriers.

      Thank you for these helpful suggestions. We tried reducing the spacing between the figures and their references in the text, hopefully improving the reader’s experience.

      R I-(k) Alternans seems to be defined in Appendix A (as well as repo-/depolarization abnormalities), but is not really investigated. Or are you defining these just for the purpose of explaining what sorts of data were also included in the data?

      We defined alternans since this was an exclusion criterion for generating simulation data.

      Reviewer 2 - Recommendations

      R II-(a) Justification for methods selection: Explain the rationale behind important choices, such as the selection of specific parameters and algorithms.

      Thank you for this recommendation, we tried to increase transparency of our choices by introducing a separate data section that summarizes all data sets and their use cases in Section 2.2.1 and also collect many of the explanations there. Additionally we added an overview table (Table 1) of the utilized data.

      Author response table 1.

      Table 1: Summary of the data used in this study, along with their usage and the number of valid samples. Note that each AP is counted individually, also in cases of control/drug pairs.

      R II-(b) Interpretation of the evaluation results: After presenting the evaluation results, consider interpretations or insights into what the results mean for the performance of the emulator. Explain whether the emulator achieved the desired accuracy or compare it with other existing methods. In the revised version, we tried to further expand the discussion on possible applications of our emulator (Section 4.2). See also our response to C I-(a). To the best of our knowledge, there are currently no out-of-the-box methods available for directly comparing all experiments we considered in our work.

      Reviewer 3 - Recommendations

      R III-(a) In the introduction (Page 3) and then also in the 2.1 paragraph authors speak about the ”limit cycle”: Do you mean steady state conditions? In that case, it is more common to use steady state.

      When speaking about the limit cycle, we refer to what is also sometimes called the steady state, depending on the field of research and/or personal preference. We now mention both terms at the first occurence, but stick with the limit cycle terminology which can also be found in other works, see e.g. [Endresen and Skarland, 2000].

      R III-(b) On page 3, while comparing NN with GP emulators, I still don’t understand the key reason why NN can solve the discontinuous functions with more precision than GP.

      The potential problems in modeling sharp continuities using GPs is further explained in the referenced work [Ghosh et al., 2018] and further references therein:

      "Statistical emulators such as Gaussian processes are frequently used to reduce the computational cost of uncertainty quantification, but discontinuities render a standard Gaussian process emulation approach unsuitable as these emulators assume a smooth and continuous response to changes in parameter values [...] Applying GPs to model discontinuous functions is largely an open problem. Although many advances (see the discussion about non-stationarity in [Shahriari et al., 2016] and the references in there) have been made towards solving this problem, a common solution has not yet emerged. In the recent GP literature there are two specific streams of work that have been proposed for modelling non-stationary response surfaces including those with discontinuities. The first approach is based on designing nonstationary processes [Snoek et al., 2014] whereas the other approach attempts to divide the input space into separate regions and build separate GP models for each of the segmented regions. [...]"([Ghosh et al., 2018])

      We integrated a short segment of this explanation into Section 1.

      R III-(c) Why do authors prefer to use CARPentry and not directly openCARP? The use of CARPentry is purely a practical choice since the simulation pipeline was already set up. As we now point out however in Sec. 2.1 (Simulator), simulations can also be performed using any openly available ionic simulation tool, such as Myokit [Clerx et al., 2016], OpenCOR [Garny and Hunter, 2015] and openCARP [Plank et al., 2021]. We emphasized this in the text.

      "Note, that the simulations can also be performed using open-source software such as Myokit [Clerx et al., 2016], OpenCOR [Garny and Hunter, 2015] and openCARP [Plank et al., 2021]." (Section 2.1)

      R III-(d) In paragraph 2.1:

      (a) In this sentence: ”Various solver and sampling time steps were applied to generate APs and the biomarkers used in this study (see Appendix A)” this reviewer suggests putting the Appendix reference near “biomarkers”. In addition, a figure that shows the test of various solver vs. sampling time steps could be interesting and can be added to the Appendix as well.

      (b) Why did the authors set the relative difference below 5% for all biomarkers? Please give a reference to that choice. Instead, why choose 2% for the time step?

      1) We adjusted the reference to be closer to “biomarkers”. While we agree that further details on the influence of the sampling step would be of interest to some of the readers, we feel that it is far beyond the scope of this paper.

      2) There is no specific reference we can provide for the choice. Our goal was to reach 5% relative difference, which we surpassed by the chosen time steps of 0.01 ms (solver) and 0.05 ms (sampling), leading to only 2% difference. We rephrased the sentence in question to make this clear.

      "We considered the time steps with only 2% relative difference for all AP biomarkers (solver: 0.01ms; sampling: 0.05ms) to offer a sufficiently good approximation." (Section 2.1)

      R III-(e) In the caption of Figure 1 authors should include the reference for AP experimental data (are they from Orvos et al. 2019 as reported in the Experimental Data section?)

      We added the missing reference as requested. As correctly assumed, they are from [Orvos et al., 2019].

      R III-(f) Why do authors not use experimental data in the emulator development/training?

      For the supervised training of our NN emulator, we need to provide the maximum conductances of our chosen channels for each AP. While it would be beneficial to also include experimental data in the training to diversify the training data, the exact maximum conductances in our the considered retrospective experiments are not known. In the case such data would be available with low measurement uncertainty, it would be possible to include.

      R III-(g) What is TP used in the Appendix B? I could not find the acronymous explanation.

      We are sorry for the oversight, TP refers to the time-to-peak and is now described in Appendix A.

      R III-(h) Are there any reasons for only using ST and no S1? Maybe are the same?

      The global sensitivity analysis is further outlined in Appendix B, also showing S1 (first-order effects) and ST (variance of all interactions) together (Figure 11) [Herman and Usher, 2017] and their differences (e.g. in TP) Since S1 only captures first-order effects, it may fail to capture higher-order interactions between the maximum conductances, thus we favored ST.

      R III-(i) In Training Section Page 8. It is not clear why it is necessary to resample data. Can you motivate?

      The resampling part is motivated by exactly capturing the swift depolarization dynamics, whereas the output from CARPentry is uniformly sampled. This is now further highlighted in the text.

      "Then, the data were non-uniformly resampled from the original uniformly simulated APs, to emphasize the depolarization slope with a high accuracy while lowering the number of repolarization samples. For this purpose, we resamled the APs [...]" (Section 2.2.1)

      R III-(j) For the training of the neuronal network, the authors used the ADAM algorithm: have you tested any other algorithm?

      For training neural networks, ADAM has become the current de-facto standard and is certainly a robust choice for training our emulator. While there may exist slightly faster, or better-suited training algorithms, we witnessed (qualitative) convergence in the training (Equation (2)). We thus strongly believe that the training algorithm is not a limiting factor in our study.

      R III-(k) What is the amount of the drugs tested? Is the same dose reported in the description of the second data set or the values are only referring to experimental data? Moreover, it is not clear if in the description of experimental data, the authors are referring to newly acquired data (since they described in detail the protocol) or if they are obtained from Orvos et al. 2019 work.

      In all scenarios, we tested 5 different drugs (cisapride, dofetilide, sotalol, terfenadine, verapamil). We revised our previous presentation of the data available, and now try to give a concise overview over the utilized data (Section 2.2.1 and table 1) and drug comparison with the CiPA distributions (Table 5, former 4). Note that in the latter case, the available expected channel scaling factors by the CiPA distributions vary, but are now clearly shown in Table 5.

      R III-(l) In Figure 4, I will avoid the use of “control” in the legend since it is commonly associated with basal conditions and not with the drug administration.

      The terminology “control” in this context is in line with works from the CiPA initiative, e.g. [Li et al., 2017] and refers to the state of cell conditions before the drug wash-in. We added a minor note the first time we use the term control in the introduction to emphasize that we refer to the state of the cell before administering any drugs

      "To compute the drugged AP for given pharmacological parameters is a forward problem, while the corresponding inverse problem is to find pharmacological parameters for given control (before drug administration) and drugged AP." (Section 1)

      R III-(m) In Table 1 when you referred to Britton et al. 2017 work, I suggest adding also 10.1371/journal.pcbi.1002061.

      We added the suggested article as a reference.

      R III-(n) For the minimization problem, only data set #1 has been used. Have you tested data set #2?

      In the current scenario, we only tested the inverse problem for data set #2 (former #1). The main purpose for data set #3 (former #2), was to test the possibility to emulate EAD APs. Given the overall lower performance in comparison to data set #2 (former #1), we also expect deteriorated results in comparison to the existing inverse synthetic problem.

      R III-(o) In Figure 6 you should have the same x-axis (we could not see any points in the large time scale for many biomarkers). Why dVmMax is not uniformed distributed compared to the others? Can you comment on that?

      As suggested, we re-adjusted the x-range to show the center of distributions. Additionally, we denoted in each subplot the number of outliers which lie outside of the shown range. The error distribution on dVmMax exhibits a slightly off-center, left-tailed normal distribution, which we now describe a bit more in the revised text:

      "While the mismatches in phase 3 were simply a result of imperfect emulation, the mismatches in phase 0 were a result of the difficulty in matching the depolarization time exactly. [...] Likewise, the difficulty in exactly matching the depolarization time leads to elevated errors and more outliers in the biomarkers influenced by the depolarization phase (TP and dVmMax)," (Section 3.1.1)

      R III-(p) Page 14. Can the authors better clarify ”the average RMSE over all APs 13.6mV”: is it the mean for all histograms in Figure 7? (In Figure 5 is more evident the average RMSE).

      The average RMSE uses the same definition for Figures 5 and 7: It is the average over all the RMSEs for each pair of traces (simulated/emulated), though the amount of samples is much lower for the EAD data set and not normal distributed.

      R III-(q) In Table 4, the information on which drugs are considered should be added. For each channel, we added the names of the drugs for which respective data from the CiPA initiative were available.

      R III-(r) Pag. 18, second paragraph, there is a repetition of ”and”.

      Fixed

      R III-(s) The pair’s combination of scaling factors for simulating synthetic drugs reported in Table 2, can be associated with some effects of real drugs? In this case, I suggest including the information or justifying the choice.

      The scaling factors in Table 2 are used to create data set #3 (former #2), and is meant to provide several APs which expose EADs. This is described in more detail in the new data section, Section 2.2.1:

      "Data set #3: The motivation for creating data set #3 was to test the emulator on data of abnormal APs showing the repolarization abnormality EAD. This is considered a particularly relevant AP abnormality in pharmacological studies because of their role in the genesis of drug-induced ventricular arrhythmia’s [Weiss et al., 2010]. Drug data were created using ten synthetic drugs with the hERG channel and the Cav1.2 channel as targets. To this end, ten samples with pharmacological parameters for GKr and PCa (Table 2) were generated and the synthetic drugs were applied to the entire synthetic cardiomyocyte population by scaling GKr and PCa with the corresponding pharmacological parameter. Of the 1000 APs simulated, we discarded APs with a transmembrane potential difference of more than 10% of the amplitude between t = 0 and 1000ms (checked for the last AP), indicative of an AP that does not repolarize within 1000ms. This left us with 950 APs, 171 of which exhibit EAD (see Appendix C)." (Section 2.2.1)

      R III-(t) A general comment on the work is that the authors claim that their study highlights the potential of NN emulators as a powerful tool for increased efficiency in future quantitative systems pharmacology studies, but they wrote ”Larger inaccuracies were found in the inverse problem solutions on experimental data highlight inaccuracies in estimating the pharmacological parameters”: so, I was wondering how they can claim the robustness of NN use as a tool for more efficient computation in pharmacological studies.

      The discussed robustness directly refers to efficiently emulating steady-state/limit cycle APs from a set of maximum conductances (forward problem, Section 3.1.1). We extensively evaluated the algorithm and feel that given the low emulation RMSE of APs (< 1 mV), the statement is warranted. The inverse estimation, enabled through this rapid evaluation, performs well on synthetic data, but shows difficulties for experimental data. Note however that at this point there are multiple potential sources for these problems as highlighted in the Evaluation section (Section 4.1) and Table 5 (former 4) highlights the difference in accuracy of estimating per-channel maximum conductances, revealing a potentially large discrepancy. The emulator also offers future possibilities to incorporate additional informations in the forms of either priors, or more detailed measurements (e.g. calcium transients) and can be potentially improved to a point where also the inverse problem can be satisfactorily solved in experimental preparations, though further analysis will be required.

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    2. Reviewer #1 (Public Review):

      Summary:

      The authors present a neural network (NN)-based approach to computationally cheaper emulation of simulations of biophysically relatively detailed cardiac cell models based on systems of ordinary differential equations. Relevant case studies are used to demonstrate the performance in prediction of standard action potentials, as well as action potentials manifesting early depolarizations. Application to the "reverse problem" (inferring the effect of pharmacological compounds on ion channels based on action potential data before and after drug treatment) is also explored, which is a task of generally high interest.

      Strengths:

      This is a well-designed study, which explores an area that many in the cardiac simulation community will be interested in. The article is well written and I particularly commend the authors on transparency of methods description, code sharing, etc. - it feels rather exemplary in this regard and I only wish more authors of cardiac simulation studies took such an approach. The training speed of the network is encouraging and the technique is accessible to anyone with a reasonably strong GPU, not needing specialized equipment.

      Weaknesses:

      Below are several points that I consider to be weaknesses and/or uncertainties of the work:

      1. The scope for acceleration of single cell simulations is not vast, as it is easy to simulate tens of thousands of cells per day on a workstation computer, using simulation conditions similar to those of the authors. While this covers a large part of what is needed in the field, I agree with the authors that there are applications where the presented technology is helpful. In such cases, e.g., in uncertaintly quantification, it will enable studies that would be difficult to carry out previously. In addition, any application involving long-term pre-pacing of a large number of cells will benefit greatly from the reported tool.

      An area which is definitely in need of acceleration is simulations of whole ventricles or hearts, but it is not clear how much potential for speedup would the presented technology bring there. I can imagine interesting applications of rapid emulation in such a setting, some of which could be hybrid in nature (e.g. using simulation for the region around the wavefront of propagating electrical waves, while emulating the rest of the tissue, which is behaving more regularly/predictable, and is likely to be emulated well), but this is definitely beyond of the scope of this article.

      2. The exact speed-up achieved by the NN emulation is somewhat context-dependent. In particular, the reported speedup critically depends on the number of beats in the simulation. The emulator learns to directly estimate the state of the cell after X beats (where X is decided by the operator of training). The speedup appears to be relatively marginal when a single beat is simulated versus emulated - but when 1000 beats are simulated, this takes 1000fold more time for simulation, but unchanged time for emulation.

      While the initial submission did not communicate the practical speedup entirely clearly, this was addressed well by the authors in the revised version.

      3. It appears that the accuracy of emulation drops off relatively sharply with increasing real-world applicability/relevance of the tasks it is applied to. That said, the authors are to be commended on declaring this transparently, rather than withholding such analyses. I particularly enjoyed the discussion of the not always amazing results of the inverse problem on the experimental data. The point on low parameter identifiability is an important one, and serves as a warning against overconfidence in our ability to infer cellular parameters from action potentials alone. On the other hand, I'm not that sure the difference between small tissue preps and single cells which authors propose as another source of the discrepancy will be that vast beyond the AP peak potential (probably much of the tissue prep is affected by the pacing electrode?), but that is a subjective view only. The influence of coupling could be checked if the simulated data were generated from 2D tissue samples/fibres, e.g. using the Myokit software.

      In summary, I believe the range of tasks where the emulator provides a major advance is relatively narrow, particularly given the relatively limited need for further speedup compared to simulations. However, this does not make the study uninteresting in the slightest - on the contrary, it explores something that many of us are thinking about, and it is likely to stimulate further development in the direction of computationally efficient emulation of relatively complex simulations.

    3. Reviewer #3 (Public Review):

      Summary:

      1. Grandits and colleagues were trying to develop a new tool to accelerate pharmacological studies by using neural networks to emulate the human ventricular cardiomyocyte action potential (AP). The AP is a complex electrical signal that governs the heartbeat, and it is important to accurately model the effects of drugs on the AP to assess their safety and efficacy. Traditional biophysical simulations of the AP are computationally expensive and time-consuming. The authors hypothesized that neural network emulators could be trained to predict the AP with high accuracy and that these emulators could also be used to quickly and accurately predict the effects of drugs on the AP.

      Strengths:

      2. One of the study's major strengths is that the authors use a large and high-quality dataset to train their neural network emulator. The dataset includes a wide range of APs, including normal and abnormal APs exhibiting EADs. This ensures that the emulator is robust and can be used to predict the AP for a variety of different conditions.

      Another major strength of the study is that the authors demonstrate that their neural network emulator can be used to accelerate pharmacological studies. For example, they use the emulator to predict the effects of a set of known arrhythmogenic drugs on the AP. The emulator is able to predict the effects of these drugs, even though it had not been trained on these drugs specifically.

      Weaknesses:

      One weakness of the study is that it is important to validate neural network emulators against experimental data to ensure that they are accurate and reliable. The authors do this to some extent, but further validation would be beneficial. In particular for the inverse problem, where the estimation of pharmacological parameters very challenging and led to particularly large inaccuracies.

      Additional context:

      4. The work by Grandits et al. has the potential to revolutionize the way that pharmacological studies are conducted. Neural network emulation has the promise to reduce the time and cost of drug development and to improve the safety and efficacy of new drugs. The methods and data presented in the paper are useful to the community because they provide a starting point for other researchers to develop and improve neural network emulators for the human ventricular cardiomyocyte AP. The authors have made their code and data publicly available, which will facilitate further research in this area.

      5. It is important to note that neural network emulation is still a relatively new approach, and there are some challenges that need to be addressed before it can be widely adopted in the pharmaceutical industry. For example, neural network emulators need to be trained on large and high-quality datasets. Additionally, it is important to validate neural network emulators against experimental data to ensure that they are accurate and reliable. Despite these challenges, the potential benefits of neural network emulation for pharmacological studies are significant. As neural network emulation technology continues to develop, it is likely to become a valuable tool for drug discovery and development.

    1. Author Response

      We are grateful for the insightful suggestions and comments provided by the reviewers. Your constructive feedback has been valuable, and we are thankful for the opportunity to address each point.

      We appreciate both reviewers’ recognition of our devotion to rigorous methodology and experimental control in this study, as evidenced by the comments: “remarkable efforts were made to isolate peripheral confounds”, “a clear strength of the study is the multitude of control conditions … that makes results very convincing”, and “thorough design of the study”. Indeed, we hope to have provided more than solid, but compelling evidence for sound-driven motor inhibitory effects of online TUS. We hope that this will be reflected in the assessment. Our conclusions are supported by multiple experiments across multiple institutions using exemplary experimental control including (in)active controls and multiple sound-sham conditions. This contrasts with the sole use of flip-over sham or no-stimulation conditions used in the majority of work to date. Indeed, the current study communicates that substantiated inferences on the efficacy of ultrasonic neuromodulation cannot be made under insufficient experimental control.

      In response to the reviewers' comments, we have substantially changed our manuscript. Specifically, we have open-sourced the auditory masking stimuli and specified them in better detail in the text, we have improved the figures to reflect the data more closely, we have clarified the intracranial doseresponse relationship, we have elaborated in the introduction, and we have further discussed the possibility of direct neuromodulation. We hope that you agree these changes have helped to substantially improve the manuscript.

      Public reviews

      1.1) Despite the main conclusion of the authors stating that there is no dose-response effects of TUS on corticospinal inhibition, both the comparison of Isppa and MEP decrease for Exp 1 and 2, and the linear regression between MEP decrease (relative to baseline) and the estimated Isppa are significant, arguing the opposite, that there is a dose-response function which cannot be fully attributed to difference in sound (since the relationship in inversed, lower intracranial Isppa leads to higher MEP decrease). These results suggest that doseresponse function needs to be further studied in future studies.

      We thank the reviewer for bringing up this point. While we are convinced our study provides no evidence for a direct neuromodulatory dose-response relationship, we have realized that the manuscript could benefit from improved clarity on this point.

      A dose-response relationship between TUS intensity and motor cortical excitability was assessed by manipulating free-water Isppa (Figure 4C). Here, no significant effect of free-water stimulation intensity was observed for Experiment I or II, thus providing no evidence for a dose-response relationship (Section 3.2). To aid in clarity, ‘N.S.’ has been added to Figure 4C in the revised manuscript.

      However, it is likely that the efficacy of TUS would depend on realized intracranial intensity, which we estimated with 3D simulations for on-target stimulation. These simulations resulted in an estimated intracranial intensity for each applied free-water intensity (i.e., 6.35 and 19.06 W/cm2), for each participant. We then tested whether inter-individual differences in intracranial intensity during on-target TUS affected MEP amplitude. We have realized that the original visualization used to display these data and its explanation was unintuitive. Therefore, we have completely revised Supplementary Figure 6. Because of the substantial length of this section, we have not copied it here. Please see the Supplementary material for the implemented improvements.

      In brief, we now show MEP amplitudes on the y-axis, rather than expressing values a %change. This plot depicts how individuals with higher intracranial intensities during ontarget TUS exhibit higher MEP amplitudes. However, this same relationship is observed for active control and sound-sham conditions. If there were a direct neuromodulatory doseresponse relationship of TUS, this would be reflected as the difference between on-target and control conditions changing as the estimated intracranial intensity increases. This was not the case. Further, the fact that the difference between on-target stimulation and baseline changes across intracranial intensities is notable, but this occurs to an equal degree in the control conditions. Therefore, these data cannot be interpreted as evidence for a doseresponse relationship.

      We hope the changes in Supplementary Figure 6 will make it clear that there is no evidence for direct intracranial dose-response effects.

      1.2) Other methods to test or mask the auditory confound are possible (e.g., smoothed ramped US wave) which could substantially solve part of the sound issue in future studies or experiments in deaf animals etc... 

      We agree with the reviewer’s statement. We aimed to replicate the findings of online motor cortical inhibition reported in prior work using a 1000 Hz square wave modulation frequency. While ramping can effectively reduce the auditory confound, as noted in the discussion, this is not feasible for the short pulse durations (0.1-0.3 ms) employed in the current study (Johnstone et al., 2021). We have further clarified this point in the methods section of the revised manuscript as follows:

      “While ramping the pulses can in principle mitigate the auditory confound (Johnstone et al., 2021; Mohammadjavadi et al., 2019), doing so for such short pulse durations (<= 0.3 ms) is not effective. Therefore, we used a rectangular pulse shape to match prior work.”

      Mitigation of the auditory confound by testing deaf subjects is a valid approach, and has now been added to the revised manuscript in the discussion as follows:

      “Alternative approaches could circumvent auditory confounds by testing deaf subjects, or perhaps more practically by ramping the ultrasonic pulse to minimize or even eliminate the auditory confound.”

      1.3) Dose-response function is an extremely important feature for a brain stimulation technique. It was assessed in Exp II by computing the relationship between the estimated intracranial intensities and the modulation of corticospinal excitability (Fig. 3b, 3c). It is not clear why data from Experiment I could not be integrated in a global intracranial dose-response function to explore wider ranges of intracranial intensities and MEP variability.

      We chose not to combine data from Experiment 1 in a global intracranial dose-response function because TUS was applied at different fundamental frequencies and focal depths (Experiment I: 500 kHz, 35 mm; Experiment II: 250 kHz, 28 mm). We have now explicitly communicated this under Supplementary Figure 6:

      “It was not appropriate to combine data from Experiments I and II given the different fundamental frequencies and stimulation depths applied… we ran simple linear models for Experiment II, which had a sufficient sample size (n = 27) to assess inter-individual variability.”

      1.4) Furthermore, the dose response function as computed with the MEP change relative to baseline shows a significant effect (6.35W/cm2) or a trend (19.06 W/cm2) for a positive linear relationship. This comparison cannot disentangle the auditory confound from the pure neuromodulatory effect but given the direction of the relationship (lower Isppa associated with larger neuromodulatory effect), it is unlikely that it is driven by sound. This relationship is absent for the Active control condition or the Sound Sham condition, more or less matched for peripheral confound. This needs to be further discussed. 

      Please refer to point 1.1

      1.5) The clear auditory confound arises from TUS pulsing at audible frequencies, which can be highly subject to inter-individual differences. Did the authors individually titrate the auditory mask to account for this intra- and inter-individual variability in auditory perception? 

      In Experiments I-III, the auditory mask was identical between participants. In Experiment IV, the auditory mask volume and signal-to-noise ratio were adjusted per participant. In the discussion we recommend individualized mask titration. However, we do note that masking successfully blinded participants in Experiment II, despite using uniform masking stimuli (Supplementary Figure 5).

      1.6) How different is the masking quality when using bone-conducting headphones (e.g., Exp. 1) compared to in-ear headphones (e.g., Exp. 2)?

      In our experience, bone conducting headphones produce a less clear, fuzzier, sound than in-ear headphones. However, in-ear headphones block the ear canal and likely result in the auditory confound being perceived as louder. We have included this information in the discussion of the revised manuscript:

      “Titrating auditory mask quality per participant to account for intra- and inter-individual differences in subjective perception of the auditory confound would be beneficial. Here, the method chosen for mask delivery must be considered. While bone-conducting headphones align with the bone conduction mechanism of the auditory confound, they might not deliver sound as clearly as in-ear headphones or speakers. Nevertheless, the latter two rely on airconducted sound. Notably, in-ear headphones could even amplify the perceived volume of the confound by obstructing the ear canal.”

      1.7) I was not able to find any report on the blinding efficacy of Exp. 1. Do the authors have some data on this? 

      We do not have blinding data available for Experiment I. Following Experiment I, we decided it would be useful to include such an assessment in Experiment II.

      1.8) Was the possibility to use smoothed ramped US wave form ever tested as a control condition in this set of studies, to eventually reduce audibility? For such fast PRF, for fast PRF, the slope would still need to be steep to stimulate the same power (AUC), it might not be as efficient. 

      We indeed tested smoothing (ramping) the waveform. There was no perceptible impact on the auditory confound volume. Indeed, prior research has also indicated that ramping over

      such short pulse durations is not effective (Johnstone et al., 2021). Taken together, we chose to continue with a square wave modulation as in prior TUS-TMS studies. We have updated the methods section of the manuscript with the following:

      “While ramping the pulses can in principle mitigate the auditory confound (Johnstone et al., 2021; Mohammadjavadi et al., 2019), doing so for such short pulse durations (<= 0.3 ms) is not effective. Therefore, we used a rectangular pulse shape to match prior work.”

      Importantly, our research shows that auditory co-stimulation can confound effects on motor excitability, and this likely occurred in multiple seminal TUS studies. While some preliminary work has been done on the efficacy of ramping in humans, future work is needed to determine what ramp shapes and lengths are optimal for reducing the auditory confound.

      1.9) There are other models or experiments that need to be discussed in order to clearly disassociate the TUS effect from the auditory confound effect, for instance, testing deaf animal models or participants, or experiments with multi-region recordings (to rule out the effects of the dense structural connectivity between the auditory cortex and the motor cortex). 

      The suggestion to consider multi-region recording in future experiments is important. Indeed, the effects of the auditory confound are expected to vary between brain regions. In the primary motor cortex, we observe a learned inhibition, which is perhaps supported by dense structural connectivity with the auditory system. In contrast, in perceptual areas such as the occipital cortex, one might expect tuned attentional effects in response to the auditory cue. We suggest that it is likely that the impact of the auditory confound also operates on a more global network level. It is reasonable to propose that, in a cognitive task for example, the confound will affect task performance and related brain activity, ostensibly regardless of the extent of direct structural connectivity between the auditory cortex and the (stimulated) region of interest.

      Regarding the testing of deaf subjects, this has been included in the revised discussion as follows:

      “Alternative approaches could circumvent auditory confounds by testing deaf subjects, or perhaps more practically by ramping the ultrasonic pulse to minimize or even eliminate the auditory confound.”

      1.10) The concept of stochastic resonance is interesting but traditionally refers to a mechanism whereby a particular level of noise actually enhances the response of non-linear systems to weak sensory signals. Whether it applies to the motor system when probed with suprathreshold TMS intensities is unclear. Furthermore, whether higher intensities induce higher levels of noise is not straightforward neither considering the massive amount of work coming from other NIBS studies in particular. Noise effects are indeed a function of noise intensity, but exhibit an inverted U-shape dose-response relationship (Potok et al., 2021, eNeuro). In general SR is rather induced with low stimulation intensities in particular in perceptual domain (see Yamasaki et al., 2022, Neuropsychologia).  In the same order of ideas, did the authors compare inter-trials variability across the different conditions? 

      We thank the reviewer for these insightful remarks. Indeed, stochastic resonance is a concept first formalized in the sensory domain. Recently, the same principles have been shown to apply in other domains as well. For example, transcranial electric noise (tRNS) exhibits similar stochastic resonance principles as sensory noise (Van Der Groen & Wenderoth, 2016). Indeed, tRNS has been applied to many cortical targets, including the motor system. In the current manuscript, we raise the question of whether TUS might engage with neuronal activity following principles similar to tRNS. One prediction of this framework would be that TUS might not modulate excitation/inhibition balance overall, but instead exhibit an inverted U-shape dose-dependent relationship with stochastic noise. Please note, we do not use the ‘suprathreshold TMS intensity’ to quantify whether noise could bring a sub-threshold input across the detection threshold, nor whether it could bring a sub-threshold output across the motor threshold. Instead, we use the MEP read-out to estimate the temporally varying excitability itself. We argue that MEP autocorrelation captures the mixture of temporal noise and temporal structure in corticospinal excitability. Building on the non-linear response of neuronal populations, low stochastic noise might strengthen weakly present excitability patterns, while high stochastic noise might override pre-existing excitability. It is therefore not the overall MEP amplitude, but the MEP timeseries that is of interest to us. Here, we observe a non-linear dose-dependent relationship, matching the predicted inverted U-shape. Importantly, we did not intend to assume stochastic resonance principles in the motor domain as a given. We have now clarified in the revised manuscript that we propose a putative framework and regard this as an open question:

      “Indeed, human TUS studies have often failed to show a global change in behavioral performance, instead finding TUS effects primarily around the perception threshold where noise might drive stochastic resonance (Butler et al., 2022; Legon et al., 2018). Whether the precise principles of stochastic resonance generalize from the perceptual domain to the current study is an open question, but it is known that neural noise can be introduced by brain stimulation (Van Der Groen & Wenderoth, 2016). It is likely that this noise is statedependent and might not exceed the dynamic range of the intra-subject variability (Silvanto et al., 2007). Therefore, in an exploratory analysis, we exploited the natural structure in corticospinal excitability that exhibits as a strong temporal autocorrelation in MEP amplitude.”

      Following the above reasoning, we felt it critical to estimate noise in the timeseries, operationalized as a t-1 autocorrelation, rather than capture inter-trial variability that ignores the timeseries history and requires data aggregation thereby reducing statistical power. Importantly, we would expect the latter index to capture global variability, putatively masking the temporal relationships which we were aiming to test. The reviewer raises an interesting option, inviting us to wonder if inter-trial variability might be sensitive enough, nonetheless. To this end, we compared inter-trial variability as suggested. This was achieved by first calculating the inter-trial variability for each condition, and then running a three-way repeated measures ANOVA on these values with the independent variables matching our autocorrelation analyses, namely, procedure (on-target/active control)intensity (6.35/19.06)masking (no mask/masked). This analysis did not reveal any significant interactions or main effects.

      Author response table 1.

      1.11) State-dependency/Autocorrelations: These values were extracted from Exp2 which has baseline trials. Can the authors provide autocorrelation values at baseline, with and without auditory mask?  Can the authors comment on the difference between the autocorrelation profiles of the active TUS condition at 6.35W/cm2 or at 19.06W/cm2. They should somehow be similar to my understanding.  Besides, the finding that TUS induces noise only when sound is present and at lower intensities is not well discussed. 

      In the revised manuscript, we have now included baseline in the figure (Figure 4D). Regarding baseline with and without a mask, we must clarify that baseline involves only TMS (no mask), and sham involves TMS + masking stimulus (masked).

      The dose-dependent relationship of TUS intensity with autocorrelation is critical. One possible observation would have been that TUS at both intensities decreased autocorrelation, with higher intensities evoking a greater reduction. Here, we would have concluded that TUS introduced noise in a linear fashion.

      However, we observed that lower-intensity TUS in fact strengthened pre-existing temporal patterns in excitability (higher autocorrelation), while during higher-intensity TUS these patterns were overridden (lower autocorrelation). This non-linear relationship is not unexpected, given the non-linear responses of neurons.

      If this non-linear dependency is driven by TUS, one could expect it to be present during conditions both with and without auditory masking. However, the preparatory inhibition effect of TUS likely depends on the salience of the cue, that is, the auditory confound. In trials without auditory masking, the salience of the confound in highly dependent on (transmitted) intensity, with higher intensities being perceived as louder. In contrast, when trials are masked, the difference in cue salience between lower and higher intensity stimulation in minimized. Therefore, we would expect for any nuanced dose-dependent direct TUS effect to be best detectable when the difference in dose-dependent auditory confound perception is minimized via masking. Indeed, the dose-dependent effect of TUS on autocorrelation is most prominent when the auditory confound is masked.

      “In sum, these preliminary exploratory analyses could point towards TUS introducing temporally specific neural noise to ongoing neural dynamics in a dose-dependent manner, rather than simply shifting the overall excitation-inhibition balance. One possible explanation for the discrepancy between trials with and without auditory masking is the difference in auditory confound perception, where without masking the confound’s volume differs between intensities, while with masking this difference is minimized. Future studies might consider designing experiments such that temporal dynamics of ultrasonic neuromodulation can be captured more robustly, allowing for quantification of possible state-dependent or nondirectional perturbation effects of stimulation.”

      1.12) Statistical considerations. Data from Figure 2 are considered in two-by-two comparisons. Why not reporting the ANOVA results testing the main effect of TUS/Auditory conditions as done for Figure 3. Statistical tables of the LMM should be reported. 

      Full-factorial analyses and main effects for TUS/Auditory conditions are discussed from Section 3.2 onwards. These are the same data supporting Figure 2 (now Figure 3). We would like to note that the main purpose of Figure 2 is to demonstrate to the reader that motor inhibition was observed, thus providing evidence that we replicated motor inhibitory effects of prior studies. A secondary purpose is to visually represent the absence of direct and spatially specific neuromodulation. However, the appropriate analyses to demonstrate this are reported in following sections, from Section 3.2 onwards, and we are concerned that mentioning these analyses earlier will negatively impact comprehensibility.

      Statistical tables of the LMMs are provided within the open-sourced data and code reported at the end of the paper, embedded within the output which is accessible as a pdf (i.e., analysis/analysis.pdf).

      1.13) Startle effects: The authors dissociate two mechanisms through which sound cuing can drive motor inhibition, namely some compensatory expectation-based processes or the evocation of a startle response. I find the dissociation somehow artificial. Indeed, it is known that the amplitude of the acoustic startle response habituates to repetitive stimulation. Therefore, sensitization can well explain the stabilization of the MEP amplitude observed after a few trials. 

      Thank you for bringing this to our attention. Indeed, an acoustic startle response would habituate over repetitive stimulation. A startle response would result in MEP amplitude being significantly altered in early trials. As the participant would habituate to the stimulus, the startle response would decrease. MEP amplitude would then return to baseline levels. However, this is not the pattern we observe. An alternative possibility is that participants learn the temporal contingency between the stimulus and TMS. Here, compensatory expectation-based change in MEP amplitude would be observed. In this scenario, there would be no change in MEP amplitude during early trials because the stimulus has not yet become informative of the TMS pulse timing. However, as participants learn how to predict TMS timing by the stimulus, MEP amplitude would decrease. This is also the pattern we observe in our data. We have clarified these alternatives in the revised manuscript as follows:

      “Two putative mechanisms through which sound cuing may drive motor inhibition have been proposed, positing either that explicit cueing of TMS timing results in compensatory processes that drive MEP reduction (Capozio et al., 2021; Tran et al., 2021), or suggesting the evocation of a startle response that leads to global inhibition (Fisher et al., 2004; Furubayashi et al., 2000; Ilic et al., 2011; Kohn et al., 2004; Wessel & Aron, 2013). Critically, we can dissociate between these theories by exploring the temporal dynamics of MEP attenuation. One would expect a startle response to habituate over time, where MEP amplitude would be reduced during startling initial trials, followed by a normalization back to baseline throughout the course of the experiment as participants habituate to the starling stimulus. Alternatively, if temporally contingent sound-cueing of TMS drives inhibition, MEP amplitudes should decrease over time as the relative timing of TUS and TMS is being learned, followed by a stabilization at a decreased MEP amplitude once this relationship has been learned.”

      1.14) Can the authors further motivate the drastic change in intensities between Exp1 and 2? Is it due to the 250-500 carrier difference? It this coming from the loss power at 500kHz? 

      The change in intensities between Experiments I and II was not an intentional experimental manipulation. Following completion of data acquisition, our TUS system received a firmware update that differentially corrected the 250 kHz and 500 kHz stimulation intensities. In this manuscript, we report the actual free-water intensities applied during our experiments.

      1.15) Exp 3: Did 4 separate blocks of TUS-TMS and normalized for different TMS intensities used with respect to baseline. But how different was it. Why adjusting and then re adjusting intensities? 

      The TMS intensities required to evoke a 1 mV MEP under the four sound-sham conditions significantly differed from the intensities required for baseline. In the revised appendix, we have now included a figure depicting the TMS intensities for these conditions, as well as statistical tests demonstrating each condition required a significantly higher TMS intensity than baseline.

      TMS intensities were re-adjusted to avoid floor effects when assessing the efficacy of ontarget TUS. Sound-sham conditions themselves attenuate MEP amplitude. This is also evident from the higher TMS intensities required to evoke a 1 mV MEP under these conditions. If direct neuromodulation by TUS would have further decreased MEP amplitude, the concern was that effects might not be detectible within such a small range of MEP amplitudes.

      1.16) In Exp 4, TUS targeted the ventromedial WM tract. Since direct electrical stimulation on white matter pathways within the frontal lobe can modulate motor output probably through dense communication along specific white matter pathways (e.g., Vigano et al., 2022, Brain), how did the authors ensure that this condition is really ineffective? Furthermore, the stimulation might have covered a lot more than just white matter. Acoustic and thermal simulations would be helpful here as well. 

      Thank you for pointing out this possibility. Ultrasonic and electrical stimulation have quite distinct mechanisms of action. Therefore, it is challenging to directly compare these two approaches. There is a small amount of evidence that ultrasonic neuromodulation of white matter tracts is possible. However, the efficacy of white matter modulation is likely much lower, given the substantially lesser degree of mechanosensitive ion channel expression in white matter as opposed to gray matter (Sorum et al., 2020, PNAS). Further, recent work has indicated that ultrasonic neuromodulation of myelinated axonal bundles occurs within the thermal domain (Guo et al., 2022, SciRep), which is not possible with the intensities administered in the current study. Nevertheless, based on Experiment IV in isolation, it cannot be definitively excluded that there TUS induced direct neuromodulatory effects in addition to confounding auditory effects. However, Experiment IV does not possess sufficient inferential power on its own and must be interpreted in tandem with Experiments I-III. Taken together with those findings, it is unlikely that a veridical neuromodulation effect is seen here, given the equivalent or lower stimulation intensities, the substantially deeper stimulation site, and the absence of an additional control condition in Experiment IV. This likelihood is further decreased by the fact that inhibitory effects under masking descriptively scale with the audibility of TUS.

      Off-target effects such as unintended co-stimulation of gray matter when targeting white matter is always an important factor to consider. Unfortunately, individualized simulations for Experiment IV are not available. However, the same type of transducer and fundamental frequency was used as in Experiment II, for which we do have simulations. Given the size of the focus and the very low in-situ intensities extending beyond the main focal point, it is incredibly unlikely that effective stimulation was administered outside white matter in a meaningful number of participants. Nevertheless, the reviewer is correct that this can only be directly confirmed with simulations, which remain infeasible due to both technical and practical constraints. We have included the following in the revised manuscript:

      “The remaining motor inhibition observed during masked trials likely owes to, albeit decreased, persistent audibility of TUS during masking. Indeed, MEP attenuation in the masked conditions descriptively scale with participant reports of audibility. This points towards a role of auditory confound volume in motor inhibition (Supplementary Fig. 8). Nevertheless, one could instead argue that evidence for direct neuromodulation is seen here. This unlikely for a number of reasons. First, white matter contains a lesser degree of mechanosensitive ion channel expression and there is evidence that neuromodulation of these tracts may occur primarily in the thermal domain (Guo et al., 2022; Sorum et al., 2021). Second, Experiment IV lacks sufficient inferential power in the absence of an additional control and must therefore be interpreted in tandem with Experiments I-III. These experiments revealed no evidence for direct neuromodulation using equivalent or higher stimulation intensities and directly targeting grey matter while also using multiple control conditions. Therefore, we propose that persistent motor inhibition during masked trials owes to continued, though reduced, audibility of the confound (Supplementary Fig. 8). However, future work including an additional control (site) is required to definitively disentangle these alternatives.”

      1.17) Still for Exp 4. the rational for the 100% MSO or 120% or rMT is not clear, especially with respect to Exp 1 and 2. Equipment is similar as well as raw MEPs amplitudes, therefore the different EMG gain might have artificially increased TMS intensities. Could it have impacted the measured neuromodulatory effects?

      Experiment IV was conducted independently at a different institute than Experiments I-II. In contrast to Experiments I-II, a gel pad was used to couple TUS to the participant’s head. The increased TMS-to-cortex distance introduced by the gel pad necessitates higher TMS intensities to compensate for the increased offset. In fact, in 9/12 participants, the intended intensity at 120% rMT exceeded the maximum stimulator output. In those cases, we defaulted to the maximum stimulator output (i.e., 100% MSO). We have clarified in the revised supplementary material as follows:

      “We aimed to use 120% rMT (n =3). However, if this intensity surpassed 100% MSO, we opted for 100% MSO instead (n = 9). The mean %MSO was 94.5 ± 10.5%. The TMS intensities required in this experiment were higher than those required in Experiment I-II using the same TMS coil, though still within approximately one standard deviation. This is likely due to the use of a gel pad, which introduces more distance between the TMS coil and the scalp, thus requiring a higher TMS intensity to evoke the same motor activity.”

      Regarding the EMG gain, this did not affect TMS intensities and did not impact the measured neuromodulatory effects. The EMG gain at acquisition is always considered during signal digitization and further analyses.

      1.18) Exp. 4. It would be interesting to provide the changes in MEP amplitudes for those subjects who rated "inaudible" in the self-rating compared to the others. That's an important part of the interpretation: inaudible conditions lead to inhibition, so there is an effect. The auditory confound is not additive to the TUS effect. 

      Previously, we only provided participant’s ratings of audibility, and showed that conditions that were rated as inaudible more often showed less inhibition, descriptively indicating that inaudible stimulation does not lead to inhibition. This interpretation is in line with our conclusion that the TUS auditory confound acts as a cue signaling the upcoming TMS pulse, thus leading to preparatory inhibition.

      We have now included an additional plot and discussion in Supplementary Figure 8 (Subjective Report of TUS Audibility). Here, we show the change in MEP amplitude from baseline for the three continuously masked TUS intensities as in the main manuscript, but now split by participant rating of audibility. Descriptively, less audible sounds result in no marked change or a smaller change in MEP amplitude. This supports our conclusion that direct neuromodulation is not being observed here. When participants were unsure whether they could hear TUS, or when they did hear TUS, more inhibition was observed. However, this is still to a lesser degree than unmasked stimulation which was nearly always audible, and likely also more salient. This also supports our conclusion that these results indicate a role of cue salience rather than direct neuromodulation. Regarding masked conditions where participants were uncertain whether they heard TUS, the sound was likely sufficient to act as a cue, albeit potentially subliminally. After all, preparatory inhibition is not a conscious action undertaken by the participant either. We would also like to note that participants reported perceived audibility after each block, not after each trial, so selfreported audibility was not a fine-grained measurement. The data from Experiment IV suggest that the volume of the cue has an impact on motor inhibition. Taken together with the points mentioned in 1.16, it is not possible to conclude there is evidence for direct neuromodulation in Experiment IV.

      1.19) I suggest to re-order sub panels of the main figures to fit with the chronologic order of appearance in the text. (e.g Figure 1 with A) Ultrasonic parameters, B) 3D-printed clamp, C) Sound-TMS coupling, D) Experimental condition). 

      We have restructured the figures in the manuscript to provide more clarity and to have greater alignment with the eLife format.

      2.1) Although auditory confounds during TUS have been demonstrated before, the thorough design of the study will lead to a strong impact in the field.

      We thank the reviewer for recognition of the impact of our work. They highlight that auditory confounds during TUS have been demonstrated previously. Indeed, our work builds upon a larger research line on auditory confounds. The current study extends on the confound’s presence by quantifying its impact on motor cortical excitability, but perhaps more importantly by invalidating the most robust and previously replicable findings in humans. Further, this study provides a way forward for the field, highlighting the necessity of (in)active control conditions and tightly matched sham conditions for appropriate inferences in future work. We have amended the abstract to better reflect these points:

      “Primarily, this study highlights the substantial shortcomings in accounting for the auditory confound in prior TUS-TMS work where only a flip-over sham control was used. The field must critically reevaluate previous findings given the demonstrated impact of peripheral confounds. Further, rigorous experimental design via (in)active control conditions is required to make substantiated claims in future TUS studies.”

      2.2) A few minor [weaknesses] are that (1) the overview of previous related work, and how frequent audible TUS protocols are in the field, could be a bit clearer/more detailed

      We have expanded on previous related work in the revised manuscript:

      “Indeed, there is longstanding knowledge of the auditory confound accompanying pulsed TUS (Gavrilov & Tsirulnikov, 2012). However, this confound has only recently garnered attention, prompted by a pair of rodent studies demonstrating indirect auditory activation induced by TUS (Guo et al., 2022; Sato et al., 2018). Similar effects have been observed in humans, where exclusively auditory effects were captured with EEG measures (Braun et al., 2020). These findings are particularly impactful given that nearly all TUS studies employ pulsed protocols, from which the pervasive auditory confound emerges (Johnstone et al., 2021).”

      2.3) The acoustic control stimulus can be described in more detail

      We have elaborated upon the masking stimulus for each experiment in the revised manuscript as follows:

      Experiment I: “In addition, we also included a sound-only sham condition that resembled the auditory confound. Specifically, we generated a 1000 Hz square wave tone with 0.3 ms long pulses using MATLAB. We then added white noise at a signal-to-noise ratio of 14:1. This stimulus was administered to the participant via bone-conducting headphones.”

      Experiment II: “In this experiment, the same 1000 Hz square wave auditory stimulus was used for sound-only sham and auditory masking conditions. This stimulus was administered to the participant over in-ear headphones.”

      Experiment III: “Auditory stimuli were either 500 or 700 ms in duration, the latter beginning 100 ms prior to TUS (Supplementary Fig. 3.3). Both durations were presented at two pitches. Using a signal generator (Agilent 33220A, Keysight Technologies), a 12 kHz sine wave tone was administered over speakers positioned to the left of the participant as in Fomenko and colleagues (2020). Additionally, a 1 kHz square wave tone with 0.5 ms long pulses was administered as in Experiments I, II, IV, and prior research (Braun et al., 2020) over noisecancelling earbuds.”

      Experiment IV: “We additionally applied stimulation both with and without a continuous auditory masking stimulus that sounded similar to the auditory confound. The stimulus consisted of a 1 kHz square wave with 0.3 ms long pulses. This stimulus was presented through wired bone-conducting headphones (LBYSK Wired Bone Conduction Headphones). The volume and signal-to-noise ratio of the masking stimulus were increased until the participant could no longer hear TUS, or until the volume became uncomfortable.”

      In the revised manuscript we have also open-sourced the audio files used in Experiments I, II, and IV, as well as a recording of the output of the signal generator for Experiment III:

      “Auditory stimuli used for sound-sham and/or masking for each experiment are accessible here: https://doi.org/10.5281/zenodo.8374148.”

      2.4) The finding that remaining motor inhibition is observed during acoustically masked trials deserves further discussion.

      We agree. Please refer to points 1.16 and 1.18.

      2.5) In several places, the authors state to have "improved" control conditions, yet remain somewhat vague on the kind of controls previous work has used (apart from one paragraph where a similar control site is described). It would be useful to include more details on this specific difference to previous work.

      In the revised manuscript, we have clarified the control condition used in prior studies as follows:

      Abstract:

      “Primarily, this study highlights the substantial shortcomings in accounting for the auditory confound in prior TUS-TMS work where only a flip-over sham control was used.”

      Introduction:

      “To this end, we substantially improved upon prior TUS-TMS studies implementing solely flip-over sham by including both (in)active control and multiple sound-sham conditions.”

      Methods:

      “We introduced controls that improve upon the sole use of flip-over sham conditions used in prior work. First, we applied active control TUS to the right-hemispheric face motor area, allowing for the assessment of spatially specific effects while also better mimicking ontarget peripheral confounds. In addition, we also included a sound-only sham condition that closely resembled the auditory confound.”

      2.6) I also wondered how common TUS protocols are that rely on audible frequencies. If they are common, why do the authors think this confound is still relatively unexplored (this is a question out of curiosity). More details on these points might make the paper a bit more accessible to TUS-inexperienced readers. 

      Regarding the prevalence of the auditory confound, please refer to point 2.2.

      Peripheral confounds associated with brain stimulation can have a strong impact on outcome measures, often even overshadowing the intended primary effects. This is well known from electromagnetic stimulation. For example, the click of a TMS pulse can strongly modulate reaction times (Duecker et al., 2013, PlosOne) with effect sizes far beyond that of direct neuromodulation. Unfortunately, this consideration has not yet fully been embraced by the ultrasonic neuromodulation community. This is despite long known auditory effects of TUS (Gavrilov & Tsirulnikov, 2012, Acoustical Physics). It was not until the auditory confound was shown to impact brain activity by Guo et al., and Sato et al., (2018, Neuron) that the field began to attend to this phenomenon. Mohammadjavadi et al., (2019, BrainStim) then showed that neuromodulation persisted even in deaf mice, and importantly, also demonstrated that ramping ultrasound pulses could reduce the auditory brainstem response (ABR). Braun and colleagues (2020, BrainStim) were the first bring attention to the auditory confound in humans, while also discussing masking stimuli. This was followed by a study from Johnstone and colleagues (2021, BrainStim) who did preliminary work assessing both masking and ramping in humans. Recently, Liang et al., (2023) proposed a new form of masking colourfully titled the ‘auditory Mondrian’. Further research into the peripheral confounds associated with TUS is on the way.

      However, we agree that the confound remains relatively unexplored, particularly given the substantial impact it can have, as demonstrated in this paper. What is currently lacking is an assessment of the reproducibility of previous work that did not sufficiently consider the auditory confound. The current study constitutes a strong first step to addressing this issue, and indeed shows that results are not reproducible when using control conditions that are superior to flip-over sham, like (in)active control conditions and tightly matched soundsham conditions. This is particularly important given the fundamental nature of this research line, where TUS-TMS studies have played a central role in informing choices for stimulation protocols in subsequent research.

      We would speculate that, with TUS opening new frontiers for neuroscientific research, there comes a rush of enthusiasm wherein laying the groundwork for a solid foundation in the field can sometimes be overlooked. Therefore, we hope that this work sends a strong message to the field regarding how strong of an impact peripheral confounds can have, also in prior work. Indeed, at the current stage of the field, we see no justification not to include proper experimental control moving forward. Only when we can dissociate peripheral effects from direct neuromodulatory effects can our enthusiasm for the potential of TUS be warranted.

      2.7) Results, Fig. 2: Why did the authors not directly contrast target TUS and control conditions? 

      Please refer to point 1.1.

      2.8) The authors observe no dose-response effects of TUS. Does increasing TUS intensity also increase an increase in TUS-produced sounds? If so, should this not also lead to doseresponse effects? 

      We thank the reviewer for this insightful question. Yes, increasing TUS intensity results in an increased volume of the auditory confound. Under certain circumstances this could lead to ‘dose-response’ effects. In the manuscript, we propose that the auditory confounds acts as a cue for the upcoming TMS pulse, thus resulting in MEP attenuation once the cue is informative (i.e., when TMS timing can be predicted by the auditory confound). In this scenario, volume can be taken as the salience of the cue. When the auditory confound is sufficiently salient, it should cue the upcoming TMS pulse and thus result in a reduction of MEP amplitude.

      If we take Experiment II as an example (Figure 3B), the 19.06 W/cm2 stimulation would be louder than the 6.35 W/cm2 intensity. However, as both intensities are audible, they both cue the upcoming TMS pulse. One could speculate that the very slight (nonsignificant) further decrease for 19.06 W/cm2 stimulation could owe to a more salient cueing.

      One might notice that MEP attenuation is less strong in Experiment I, even though higher intensities were applied. Directly contrasting intensities from Experiments I and II was not feasible due to differences in transducers and experimental design. From the perspective of sound cueing of the upcoming TMS pulse, the auditory confound cue was less informative in Experiment I than Experiment II, because TUS stimulus durations of both 100 and 500 ms were administered, rather than solely 500 ms durations. This could explain why descriptively less MEP attenuation was observed in Experiment I, where cueing was less consistent.

      Perhaps more convincing evidence of a sound-based ‘dose-response’ effect comes from Experiment IV (Figure 4B). Here, we propose that continuous masking reduced the salience of the auditory confound (cue), and thus, less MEP attenuation was be observed. Indeed, we see less MEP change for masked stimulation. For the lowest administered volume during masked stimulation, there was no change in MEP amplitude from baseline. For higher volumes, however, there was a significant inhibition of MEP amplitude, though it was still less attenuation than unmasked stimulation. These results indicate a ‘doseresponse’ effect of volume. When the volume (intensity) of the auditory confound was low enough, it was inaudible over the continuous mask (also as reported by participants), and thus it did not act as a cue for the upcoming TMS pulse, therefore not resulting in motor inhibition. When the volume (intensity) was higher, less participants reported not being able to hear the stimulation, so the cue was to a given extent more salient, and in line with the cueing hypothesis more inhibition was observed.

      In summary, because the volume of the auditory confound scales with the intensity of TUS, there may be dose-response effects of the auditory confound volume. Along the border of (in)audibility of the confound, as in masked trials of Experiment IV, we may observe dose-response effects. However, at clearly audible intensities (e.g., Experiment I & II), the size of such an effect would likely be small, as both volumes are sufficiently audible to act as a cue for the upcoming TMS pulse leading to preparatory inhibition.

      2.9) I wonder if the authors could say a bit more on the acoustic control stimulus. Some sound examples would be useful. The authors control for audibility, but does the control sound resemble the one produced by TUS? 

      Please refer to point 2.3.

      2.10) The authors' claim that the remaining motor inhibition observed during masked trials is due to persistent audibility of TUS relies "only" on participants' descriptions. I think this deserves a bit more discussion. Could this be evidence that there is a TUS effect in addition to the sound effect? 

      Please refer to points 1.16 and 1.18.

    1. Background Applying good data management and FAIR data principles (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) in research projects can help disentangle knowledge discovery, study result reproducibility, and data reuse in future studies. Based on the concepts of the original FAIR principles for research data, FAIR principles for research software were recently proposed. FAIR Digital Objects enable discovery and reuse of Research Objects, including computational workflows for both humans and machines. Practical examples can help promote the adoption of FAIR practices for computational workflows in the research community. We developed a multi-omics data analysis workflow implementing FAIR practices to share it as a FAIR Digital Object.Findings We conducted a case study investigating shared patterns between multi-omics data and childhood externalizing behavior. The analysis workflow was implemented as a modular pipeline in the workflow manager Nextflow, including containers with software dependencies. We adhered to software development practices like version control, documentation, and licensing. Finally, the workflow was described with rich semantic metadata, packaged as a Research Object Crate, and shared via WorkflowHub.Conclusions Along with the packaged multi-omics data analysis workflow, we share our experiences adopting various FAIR practices and creating a FAIR Digital Object. We hope our experiences can help other researchers who develop omics data analysis workflows to turn FAIR principles into practice.

      Reviewer 3 Megan Hagenauer - Original Submission

      Review of "A Multi-omics Data Analysis Workflow Packaged as a FAIR Digital Object" by Niehues et al. for GigaScience08-31-2023I want to begin by apologizing for the tardiness of this review - my whole family caught Covid during the review period, and it has taken several weeks for us to be functional again.OverviewAs a genomics data analyst, I found this manuscript to be a fascinating, inspiring, and, quite honestly, intimidating, view into the process of making analysis code and workflow truly meet FAIR standards. I have added recommendations below for elements to add to the manuscript that would help myself and other analysts use your case study to plan out our own workflows and code release. These recommendations fall quite solidly into the "Minor Revision" category and may require some editorial oversight as this article type is new to me. Please note that I only had access to the main text of the manuscript while writing this review.Specific Comments1) As a case study, it would be useful to have more explicit discussion of the expertise and effort involved in the FAIR code release and the anticipated cost/benefit ratio:As a data analyst, I have a deep, vested interest in reproducible science and improved workflow/code reusability, but also a limited bandwidth. For me, your overview of the process of producing a FAIR code release was both inspiring and daunting, and left me with many questions about the feasibility of following in your footsteps. The value of your case study would be greatly enhanced by discussing cost/benefit in more detail:a. What sort of expertise or training was required to complete each step in the FAIR release? E.g.,i. Was your use of tools like Github, Jupyter notebook, WorkflowHub, and DockerHub something that could be completed by a scientist with introductory training in these tools, or did it require higher level use?ii. Was there any particular training required for the production of high quality user documentation or metadata? (e.g., navigating ontologies?)b. With this expertise/training in place, how much time and effort do you estimate that it took to complete each step of adapting your analysis workflow and code release to meet FAIR standards?i. Do you think this time and effort would differ if an analyst planned to meet FAIR standards for analysis code prior to initiating the analysis versus deciding post-hoc to make the release of previously created code fit FAIR standards?c. The introduction provides an excellent overview of the potential benefits of releasing FAIR analysis code/workflows. How did these benefits end up playing out within your specific case study?i. e.g., I thought this sentence in your discussion was a particularly important note about the benefits of FAIR analysis code in your study: "Developing workflows with partners across multiple institutions can pose a challenge and we experienced that a secure shared computing environment was key to the success of this project."ii. Has the FAIR analysis workflow also been useful for collaboration or training in your lab?iii. How many of the analysis modules (or other aspects of the pipeline) do you plan on reusing? In general, what do you think is the size for the audience for reuse of the FAIR code? (e.g., how many people do you think will have been saved significant amounts of work by you putting in this effort?)iv. … Or is the primary benefit mostly just improving the transparency/reproducibility of your science?d. If there is any way to easily overview these aspects of your case study (effort/time, expertise, immediate benefits) in a table or figure, that would be ideal. This is definitely the content that I would be skimming your paper to find.2) As a reusable code workflow, it would be useful to provide additional information about the data input and experimental design, so that readers can determine how easily the workflow could be adapted to their own datasets. This information could be added to the text or to Fig 1. E.g.,i. The dimensionality of the input (sample size, number of independent variables & potential co-variates, number of dependent variables in each dataset, etc)ii. Data types for the independent variables, co-variates, and dependent variables (e.g., categorical, numeric, etc)iii. Any collinearity between independent variables (e.g., nesting, confounding).3) As documentation of the analysis, it would be useful to provide additional information about how the analysis workflow may influence the interpretation of the results.a. It would be especially useful to know which aspects of the analysis were preplanned or following a standard procedure/protocol, and which aspects of the analysis were customized after reviewing the data or results. This information can help the reader assess the risk of overfitting or HARKing.b. It would also be useful to call out explicitly how certain analysis decisions change the interpretation of the results. In particular, the decision to use dimension reduction techniques within the analysis of both the independent and dependent variables, and then focus only on the top dimensions explaining the largest sources of variation within the datasets, is especially important to justify and describe its impact on the interpretation of the results. Is there reason to believe that externalizing behavior should be related to the largest sources of variation within buccal DNA methylation or urinary metabolites? Within genetic analyses, the assumption tends to be the opposite - that genetic variation related to behavior (such as externalizing) is likely to be present in a small percent of the genome, and that the top sources of variation within the genetics dataset are uninteresting (related to population) and therefore traditionally filtered out of the data prior to analysis. Within transcriptomics, if a tissue is involved in generating the behavior, some of the top dimensions explaining the largest sources of variation in the dataset may be related to that behavior, but the absolute largest sources of variation are almost always technical artifacts (e.g., processing batches, dissection batches) or impactful sources of biological noise (e.g., age, sex, cell type heterogeneity in the tissue). Is there reason to believe that cheek cells would have their main sources of epigenetic variation strongly related to externalizing behavior? (maybe as a canary in a coal mine for other whole organism events like developmental stress exposure?). Is there reason to believe that the primary variation in urinary metabolites would be related to externalizing behavior? (perhaps as a stand-in for other largescale organismal states that might be related to the behavior - hormonal states? metabolic states? inflammation?). Since the goal of this paper is to provide a case study for creating a FAIR data analysis workflow, it is less important that you have strong answers for these questions, and more important that you are transparent about how the answers to these questions change the interpretation of your results. Adding a few sentences to the discussion is probably sufficient to serve this purpose. Thank you for your hard work helping advance our field towards greater transparency and reproducibility. I look forward to seeing your paper published so that I can share it with the other analysts in our lab.

    1. Background Machine learning (ML) has emerged as a vital asset for researchers to analyze and extract valuable information from complex datasets. However, developing an effective and robust ML pipeline can present a real challenge, demanding considerable time and effort, thereby impeding research progress. Existing tools in this landscape require a profound understanding of ML principles and programming skills. Furthermore, users are required to engage in the comprehensive configuration of their ML pipeline to obtain optimal performance.Results To address these challenges, we have developed a novel tool called Machine Learning Made Easy (MLme) that streamlines the use of ML in research, specifically focusing on classification problems at present. By integrating four essential functionalities, namely Data Exploration, AutoML, CustomML, and Visualization, MLme fulfills the diverse requirements of researchers while eliminating the need for extensive coding efforts. To demonstrate the applicability of MLme, we conducted rigorous testing on six distinct datasets, each presenting unique characteristics and challenges. Our results consistently showed promising performance across different datasets, reaffirming the versatility and effectiveness of the tool. Additionally, by utilizing MLme’s feature selection functionality, we successfully identified significant markers for CD8+ naive (BACH2), CD16+ (CD16), and CD14+ (VCAN) cell populations.Conclusion MLme serves as a valuable resource for leveraging machine learning (ML) to facilitate insightful data analysis and enhance research outcomes, while alleviating concerns related to complex coding scripts. The source code and a detailed tutorial for MLme are available at https://github.com/FunctionalUrology/MLme.

      Reviewer 2 Ryan J. Urbanowicz Revision 2

      At this point I earnestly wish to see this paper published, and in acknowledging my own potential bias as a developer of STREAMLINE and participant in the development of TPOT, I am still recommending minor revision. At minimum, for me to recommend acceptance of this paper the following small but critical issue needs to be addressed, otherwise I must recommend reject. I believe this concern is well justified by scientific standards. I also still strongly recommend the authors re-consider the other non-critical issues reiterated below as a way to make their paper stronger and to be better received by the scientific community. If the journal editor disagrees with my assessment, I would still be happy to see this work published, however I must stand by my assertions below.Critical Issue:Limitations section: The authors updated the text - "excells in it's core objective of addressing classification tasks." To "it excels in its primary objective of addressing pipeline development for classification tasks.The use of the word 'excells' is the key problem, as this word is defined as "to do or be better than others". While the change in phrasing correctly no longer implies that MLme performed better than the other evaluated AutoML tools, it does still imply that it is the best in developing a pipeline for classification tasks, but no specific evidence is provided in the paper to support this assertion. I.e. there were no studies comparing how easy the tool was for users to apply than other autoML, and no detailed comparison of what pipeline elements could be included by MLme vs other autoML or pipeline development tools. The fact that MLme doesn't include hyperparameter optimization is in itself a limitation that I think would prevent MLme from being claimed as excelling or superior in pipeline development to other tools/platforms, even if it's easier to use that other tools. As phrased in the reviewer response, the authors could say that MLme is well-equipped to handle pipeline development as this would be a fair statement. All together I'd strongly encourage the authors not to make statements about the superior aspects of MLme without clearly backing up these statements with direct comparisons. Instead I'd suggest highlighting elements of MLme that are 'unique' or provide more functionality in contrast with other tools. In the reviewer response the authors make the claim that MLme is superior in terms of ease of use for visualization and exploratory analysis. If they want to make that statement in the paper backed up by accurate comparisons to other tools, I'd agree with that addition.Non-Critical Issues that I feel still should be addressed:1. Table S1 has been updated to remove the inaccuracies I previously pointed out, however this alone does not change the broader concern I had regarding the intention of this table (which is to highlight the parts of MLme that appear better than other AutoML tools without fairly pointing out the limitations of MLme in contrast with other tools). As a supplemental materials table, I do not feel this is critical, but I think making a table that more fairly reflects strengths and limitations of different tools would greatly strengthen this paper.2. The pipeline design in Figure 2 and and S10 are both high-level and still do not provide enough detail/clarity to understand exactly what happens and in what order when applying the autoML element of MLme. They key words here being transparency and reproducibility. The supplemental materials could describe a detailed walk through of what the autoML does at each step. At minimum this could also be clearly addressed in the software documentation on GitHub.3. While I understand the need for brevity, I think the addition of a sentence that indicates specifically what AutoML tools are most similar to MLme is a reasonable request that better places MLme in the context of the greater AutoML research space.

    2. Background Machine learning (ML) has emerged as a vital asset for researchers to analyze and extract valuable information from complex datasets. However, developing an effective and robust ML pipeline can present a real challenge, demanding considerable time and effort, thereby impeding research progress. Existing tools in this landscape require a profound understanding of ML principles and programming skills. Furthermore, users are required to engage in the comprehensive configuration of their ML pipeline to obtain optimal performance.Results To address these challenges, we have developed a novel tool called Machine Learning Made Easy (MLme) that streamlines the use of ML in research, specifically focusing on classification problems at present. By integrating four essential functionalities, namely Data Exploration, AutoML, CustomML, and Visualization, MLme fulfills the diverse requirements of researchers while eliminating the need for extensive coding efforts. To demonstrate the applicability of MLme, we conducted rigorous testing on six distinct datasets, each presenting unique characteristics and challenges. Our results consistently showed promising performance across different datasets, reaffirming the versatility and effectiveness of the tool. Additionally, by utilizing MLme’s feature selection functionality, we successfully identified significant markers for CD8+ naive (BACH2), CD16+ (CD16), and CD14+ (VCAN) cell populations.Conclusion MLme serves as a valuable resource for leveraging machine learning (ML) to facilitate insightful data analysis and enhance research outcomes, while alleviating concerns related to complex coding scripts. The source code and a detailed tutorial for MLme are available at https://github.com/FunctionalUrology/MLme.

      **Reviewer 2 Ryan J. Urbanowicz ** Revision 1

      Overall I think the authors have made some good improvements to this paper, although it does not seem like the main body of the paper has changed much with most of the updates going into supplemental materials. However, I think this work is worthy of publication once the following items are addressed. (which I still feel strongly should be addressed, but should be fairly easy to do so).

      1. Limitations section: While the authors added some basic comparisons to a few other AutoML tools, I do not see how they are justified in saying that MLme 'excells' in it's core objective of addressing classification tasks. This implies it is better performing a classification than other methods, which is not at all backed up here, and indeed would be very difficult to prove as it would require a huge amount of analyes over a broad range of simulated and real world benchmark datasets, and incomparison to many or all orther other autoML tools. At best i think the authors can say here that it is at least comparable in performance to AutoML tools (X, Y, Z) in its ability to conduct classification analyses. And according to Figure S9 this is only across 7 datasets, and focused only on the F1 score which could also be missleading or cherry picked. At best I believe the authors can say in the paper that "Initial evaluation across 7 datasets suggested that MLMe performed comparably to TPOT and Hyperopt-sklearn with respect to F1 score performance. This suggests that MLme is effective as an automated ML tool for classification tasks. " (or something similar).

      2. While the authors lengthened the supplemental materials table comparing ML algorithms (mainly by adding some other autoML tools, this table is intentionally presenting the capabilities of tools in a way that make it appear like MLme does the most (with the exception of the 'features' column) . For example, what about a column to indicate if an autoML tool has an automated pipeline discovery component (like TPOT)? In terms of AutoML, this table is structured to highlight the benefits of MLme, rather than give a fair comparison of AutoML tools (which is my major concern here). In terms of AutoML performance and usability there is alot more to these different tools than the 6 columns presented. In this table 'features' seems like an afterthought, but is arguably the most important aspect of an AutoML.

      3. Additionally, the information presented in the autoML comparison table does not seem to be entirely accurate, or at least how the columns are defined is not made entirely clear. Looking at STREAMLINE, which can be run by users with no coding experience (as a google colab notebook), it has a code free option (just not a GUI), STREAMLINE also generates more than two exploratory analysis plots, and more results visualizations plots than indicated). While I agree that MLme has many more ease of use functionality in comparison to STREAMLINE (which is a very nice plus), a reader might look at this table and think they need to know how to code in order to use STREAMLINE, which is not the case. Could the authors at least define their criteria for the "code free" column. As it's presented now it seems to be the same exact criteria as for GUI (in which case this is redundant). The same is true for the legend for the table where '*' indicates that coding experience is required for designing a custom pipeline. This requires more clarification, as STREAMLINE can be customized easily without coding experience by simply changing options in the Google Colab notebook, and TPOT automatically discovers new analysis pipelines which isn't reflected at all.

      4. While I appreciate the authors adding a citation for STREAMLINE and some other autoML tools not previously cited, it would be nice for the authors to discuss other AutoML tools further in their main paper, as well as to acknowledge in the main paper which AutoML tools are most similar to MLme in overall design and capabilities. Based on my own review of AutoML tools the most similar tools would include STREAMLINE and MLIJAR-supervised.

      5. I like the addition of Figure S10 that more clearly lays out the elements included in MLme, but I still think the paper and documentation lacks a clear and transparent walk through of exactly what happens to the data and how the analyses are conducted from start to finish when using the AutoML (at least by default). This is important to trusting what happens under the hood for reporting results, etc.

      Other comments responding to author responses: * I still disagree with the authors that a dataset with up to 1500 samples or up to 5520 features could be considered large by today's standards across all research domains. Even within biomedical data, datasets up to 100K subjects are becoming common, and 'omics' datasets regularly reach hundreds of thousands to multiple millions of features. I am glad to see the authors adding a larger dataset, but i would still be cautions when making suggestions about how well MLme handles 'large' datasets without including specifics for context. However ultimately this is subjective, and not preventing me from endorsing publication. * I also disagree that MLme isn't introducing a new methodology. The steps comprising an AutoML tool can be considered in itself a new methodology, even if it is built on established components, because there are still innumerable ways to put a machine learning analysis pipeline together that adds bias, data leakage, or just yields poorer performance. Thus I also don't think it's fair to just 'assume' your method will work as well as other AutoML tools, especially when you've ran it on a limited number of datasets/problems.

    3. Background Machine learning (ML) has emerged as a vital asset for researchers to analyze and extract valuable information from complex datasets. However, developing an effective and robust ML pipeline can present a real challenge, demanding considerable time and effort, thereby impeding research progress. Existing tools in this landscape require a profound understanding of ML principles and programming skills. Furthermore, users are required to engage in the comprehensive configuration of their ML pipeline to obtain optimal performance.Results To address these challenges, we have developed a novel tool called Machine Learning Made Easy (MLme) that streamlines the use of ML in research, specifically focusing on classification problems at present. By integrating four essential functionalities, namely Data Exploration, AutoML, CustomML, and Visualization, MLme fulfills the diverse requirements of researchers while eliminating the need for extensive coding efforts. To demonstrate the applicability of MLme, we conducted rigorous testing on six distinct datasets, each presenting unique characteristics and challenges. Our results consistently showed promising performance across different datasets, reaffirming the versatility and effectiveness of the tool. Additionally, by utilizing MLme’s feature selection functionality, we successfully identified significant markers for CD8+ naive (BACH2), CD16+ (CD16), and CD14+ (VCAN) cell populations.Conclusion MLme serves as a valuable resource for leveraging machine learning (ML) to facilitate insightful data analysis and enhance research outcomes, while alleviating concerns related to complex coding scripts. The source code and a detailed tutorial for MLme are available at https://github.com/FunctionalUrology/MLme.

      Reviewer 1 Joe Greener Revision 1

      The authors have adequately addressed my concerns and I believe that the manuscript is ready for publication.

    4. Background Machine learning (ML) has emerged as a vital asset for researchers to analyze and extract valuable information from complex datasets. However, developing an effective and robust ML pipeline can present a real challenge, demanding considerable time and effort, thereby impeding research progress. Existing tools in this landscape require a profound understanding of ML principles and programming skills. Furthermore, users are required to engage in the comprehensive configuration of their ML pipeline to obtain optimal performance.Results To address these challenges, we have developed a novel tool called Machine Learning Made Easy (MLme) that streamlines the use of ML in research, specifically focusing on classification problems at present. By integrating four essential functionalities, namely Data Exploration, AutoML, CustomML, and Visualization, MLme fulfills the diverse requirements of researchers while eliminating the need for extensive coding efforts. To demonstrate the applicability of MLme, we conducted rigorous testing on six distinct datasets, each presenting unique characteristics and challenges. Our results consistently showed promising performance across different datasets, reaffirming the versatility and effectiveness of the tool. Additionally, by utilizing MLme’s feature selection functionality, we successfully identified significant markers for CD8+ naive (BACH2), CD16+ (CD16), and CD14+ (VCAN) cell populations.Conclusion MLme serves as a valuable resource for leveraging machine learning (ML) to facilitate insightful data analysis and enhance research outcomes, while alleviating concerns related to complex coding scripts. The source code and a detailed tutorial for MLme are available at https://github.com/FunctionalUrology/MLme.

      ** Reviewer 2 Ryan J. Urbanowicz ** Original Submission

      In this paper the authors introduce MLme, a comprehensive toolkit for machine-learning driven analysis. The authors discuss the benefits and limitations of their toolkit and provide a demonstration evaluation on 6 datasets suggesting it's potential value. Overall MLme seems like a nice, easy to use tool with a good deal of potential and value. However as the developer of STREAMLINE, an AutoML toolkit with a number of very similar goals and design architecture to MLme it was very surprising to have it not referenced or compared to in this paper. My major concerns involve the limited details about what this specifically does/includes (e.g. what 16 ML algorithms are built in), as well as what seems like a limited and largely biased comparison of this toolkit's capabilities to other autoML tools (most specifically STREAMLINE which has a significant degree of similarity).- There are many other autoML tools out there that that authors have not considered in their Table S1 or referenced. Eg. MLBox, AutoWeka, H20, Devol, Auto-Keras, TransmorgriffAI, and most glaringly in for this reviewer, STREAMLINE (https://github.com/UrbsLab/STREAMLINE).- In particular, with respect to STREAMLINE (https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-981-19-8460-0_9), there are a large number of pipeline similarities and a similar analysis mission/goals to MLme that make it extremely relevant to cite and contrast to in this manuscript as well as in Table S1. STREAMLINE has a similar focus on the end-to-end ML analysis pipeline including automated exploratory analysis, data processing, feature selection, ML modeling with 16 algorithms, evaluation, and results visualization generation, interactive visualizations, pickled output storage, etc. The first STREAMLINE paper was published March of 2023, and a preprint of that manuscript published June 2022, as well as a precursor implementation of this pipeline published as a preprint in Aug of 2020 (https://arxiv.org/abs/2008.12829). This in contrast with MLme's preprint published July of 2023. While MLme has a number of potentially nice features that STREAMLINE does not (i.e. a GUI interface, spider plots, easy color palate selection, inclusion of a dummy classifier, ability to handle multi-class classification [which is not yet available, but in development for STREAMLINE along with regression]), it lacks other potentially important features that STREAMLINE does have (i.e. automated hyperparameter optimization, basic data cleaning and feature engineering [in the newest release], collective feature selection, pickled models for later reuse, collective feature importance visualizations, a pdf analysis summary report, the ability to quickly evaluate models on new replication data, and potentially other capabilities that I can't highlight because of limited details on what MLme includes). The absence of hyperparameter optimization is a particularly problematic omission from MLme, as this a fairly critical element of any machine learning analysis pipeline.-Table S1 should be expanded to highlight a broader range of toolkit features to better highlight the strengths and weaknesses of a greater variety of methodologies. The present table seems a bit cherry picked to make MLme stand out as appearing to have more capabilities than other tools, but there are uncaptured advantages to these other approaches.-This manuscript includes no citations justifying their pipeline design choices. In particular, I'm most concerned with the author's justification of automatically including data resampling by default as it is well known that this can introduce bias in modeling. It's also not clear what determines if data resampling is required, and whether this only impacts training data or also testing data.- Its not clear that resampling is a good/reliable strategy for an automated machine learning framework since data resampling to create a more balanced dataset can also incorporate bias in to an ML model.- In the context of potential datasets from different domains (including biomedical data), the datasets identified in this paper as being "large" have only up to 1500 sample and only up to 5520 features, which would not be considered large by most data scientist standards.- There are largely limited details in this paper and the software's github documentation in terms of transparently indicating exactly what this pipeline does, and what options, algorithms, evaluation metrics, and visualizations it includes.- Since the authors do not benchmark MLme against any other autoML tool and they have a very limited set of benchmarked datasets (6 total, with limited diversity of data types, sizes, feature types), I don't think it's fair to claim that their methodology necessarily excels in it's core objective of addressing classification tasks. Ideally the authors would conduct benchmarking comparisons to STREAMLINE, as well as other autoML toolkits, however this might also understandably be outside the scope of this current paper. I do suggest the authors be more conservative in what assertions they make and conclusions they draw with respect to MLme. The authors might consider using established ML or AutoML benchmark benchmark datasets used by other algorithms and frameworks to compare or facilitate comparison of their pipeline toolkit to others.

    5. Background Machine learning (ML) has emerged as a vital asset for researchers to analyze and extract valuable information from complex datasets. However, developing an effective and robust ML pipeline can present a real challenge, demanding considerable time and effort, thereby impeding research progress. Existing tools in this landscape require a profound understanding of ML principles and programming skills. Furthermore, users are required to engage in the comprehensive configuration of their ML pipeline to obtain optimal performance.Results To address these challenges, we have developed a novel tool called Machine Learning Made Easy (MLme) that streamlines the use of ML in research, specifically focusing on classification problems at present. By integrating four essential functionalities, namely Data Exploration, AutoML, CustomML, and Visualization, MLme fulfills the diverse requirements of researchers while eliminating the need for extensive coding efforts. To demonstrate the applicability of MLme, we conducted rigorous testing on six distinct datasets, each presenting unique characteristics and challenges. Our results consistently showed promising performance across different datasets, reaffirming the versatility and effectiveness of the tool. Additionally, by utilizing MLme’s feature selection functionality, we successfully identified significant markers for CD8+ naive (BACH2), CD16+ (CD16), and CD14+ (VCAN) cell populations.Conclusion MLme serves as a valuable resource for leveraging machine learning (ML) to facilitate insightful data analysis and enhance research outcomes, while alleviating concerns related to complex coding scripts. The source code and a detailed tutorial for MLme are available at https://github.com/FunctionalUrology/MLme.

      This work has been published in GigaScience Journal under a CC-BY 4.0 license (https://doi.org/10.1093/gigascience/giad111), and has published the reviews under the same license. These are as follows.

      ** Reviewer 1 Joe Greener ** Original Submission

      Akshay et al. present MLme, a toolkit for exploring data and automatically running machine learning (ML) models. This software could be useful for those with less experience in ML. I believe it is suitable for publication provided the following points are addressed.# Major1. The performance of models is consistently over 90% but without a reference point it is unclear how good this is. Are there results from previous studies on the same data that can be compared to, with a table comparing accuracy with MLme to previous work? Otherwise it is unclear whether MLme is supposed to be a quick way to have a first go at prediction on the data or can entirely replace manual model refinement.2. With any automated ML system it is important to impress upon users the risks of ML. For example, the splitting of data into training and test sets is done randomly, but there are cases where this is not appropriate as it will lead to data leakage between the training and test sets. This could be mentioned in the manuscript and somewhere on the GUI. There isn't really a replacement for domain knowledge, and users of MLme should have this in mind when using the software.# Minor3. More experienced ML users may want to use the software to have a first go at prediction on the data. For these users it may be useful to provide access to commands or scripts, or at least information on which functions were used, as additional options in the GUI. Users could then run these scripts themselves to tweak hyperparameters etc.4. The visualisation tab lacks an info button by the file upload to say what the file format should be.

    1. The rapidly growing collection of public single-cell sequencing data have become a valuable resource for molecular, cellular and microbial discovery. Previous studies mostly overlooked detecting pathogens in human single-cell sequencing data. Moreover, existing bioinformatics tools lack the scalability to deal with big public data. We introduce Vulture, a scalable cloud-based pipeline that performs microbial calling for single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data, enabling meta-analysis of host-microbial studies from the public domain. In our scalability benchmarking experiments, Vulture can outperform the state-of-the-art cloud-based pipeline Cumulus with a 40% and 80% reduction of runtime and cost, respectively. Furthermore, Vulture is 2-10 times faster than PathogenTrack and Venus, while generating comparable results. We applied Vulture to two COVID-19, three hepatocellular carcinoma (HCC), and two gastric cancer human patient cohorts with public sequencing reads data from scRNA-seq experiments and discovered cell-type specific enrichment of SARS-CoV2, hepatitis B virus (HBV), and H. pylori positive cells, respectively. In the HCC analysis, all cohorts showed hepatocyte-only enrichment of HBV, with cell subtype-associated HBV enrichment based on inferred copy number variations. In summary, Vulture presents a scalable and economical framework to mine unknown host-microbial interactions from large-scale public scRNA-seq data. Vulture is available via an open-source license at https://github.com/holab-hku/Vulture.

      ** Reviewer 1 Liuyang Zhao ** R1 version

      The manuscript presented by the authors provides a useful tool on the microbiome, which named "Vulture: Cloud-enabled scalable mining of microbial reads in public scRNA-seq data", using a large and valuable dataset. The study is important in deepening our understanding of "microbiome in public data". However, the author comments not fully address my concerned, there are some issues for improvement in the manuscript. Here are the requirements for new software that is good enough to be published: 1. A docker provided is better, however, most used install method conda is still missing. 2. The more microbial detect example is missing. Can you provide an example of using like Kraken2 full NCBI database (RefSeq) to check all the microbial is more useful. 3. Author still not promotion his software in social media. If no more people take part in use it, how can we know it's useful? The reviewers still have may work to do. Not have enough time to test this software. Just promote it in twitter and Chinese WeChat will help software better. 4. The software name should be unique, which is convenient to count the real users through all available resources (such as QIIME, ImageGP, and EasyAmplicon). However, the name vulture is unacceptable, due to millions of hits in Google scholar. Must be no hit is a unique name,OK? Otherwise, hardly to know the read number of users. 5. The source code to support the generation of individual figures in this paper will be available on the GigaDB after being published. Where to check by the reviewers?

    1. Remote Content

      In Markdown editors (Code / Markdown, Slides, Kanban),

      CryptPad blocks images and other remotely hosted content - to prevent potential tracking.

    1. Python 3

      The post discusses the confusion and challenges faced while learning to code in Python 3. Specifically related to functions and parameters. With a focus on solving tasks and understanding the distinctions between variables and parameters.

    2. Python 3
      • Who: The author of the post, Anmitsu.
      • What: Anmitsu's diary entry about learning to code in Python 3, specifically discussing confusions and problem-solving related to functions and parameters in the course material.
      • Why: Anmitsu is sharing their experiences and seeking advice and suggestions from others.
      • When: The post was made after Anmitsu encountered and solved some issues related to functions and parameters in Python 3.
      • How: Anmitsu discusses two specific tasks related to defining and calling functions, sharing their process of confusion, attempts at solving the problems, and the final solution they arrived at. They also mention seeking help from Code Academy for clarification.
    1. Elegant suggestion: write comments in code that are clearly outdated when the surrounding code changes.

    1. Résumé de la vidéo [00:00:00][^1^][1] - [01:14:01][^2^][2] :

      Cette vidéo est un webinaire organisé par l'Association des Psychologues de l'Enfance et de l'Adolescence (APPEA) sur le thème de la parole de l'enfant dans la justice. L'intervenant principal est Jean-Pierre Rosenzweig, magistrat honoraire et spécialiste du droit de l'enfant. Il expose les principes, les enjeux et les difficultés liés à l'écoute, au recueil et à la prise en compte de la parole de l'enfant dans les différentes procédures judiciaires qui le concernent, que ce soit en tant que victime, témoin ou auteur d'infractions. Il illustre son propos par des exemples concrets tirés de sa pratique et de l'actualité. Il répond également aux questions des participants, qui sont des professionnels de l'enfance et de l'adolescence.

      Points forts : + [00:00:00][^3^][3] La présentation de l'intervenant et du contexte * Il se présente comme un magistrat, un militant et un expert * Il précise son approche juridique et politique de l'enfant * Il rappelle les sources du droit de l'enfant, notamment la Convention internationale des droits de l'enfant + [00:14:11][^4^][4] La parole de l'enfant victime * Il distingue les différentes formes de parole : verbale, non verbale, sous emprise * Il explique les conditions et les modalités du recueil de la parole : le consentement, le respect, la confiance, la compétence * Il souligne les limites et les risques du recueil de la parole : la manipulation, la répétition, la contradiction, la rétractation + [00:31:49][^5^][5] La parole de l'enfant auteur * Il présente les principes et les objectifs de la justice des mineurs : l'éducatif, le contradictoire, le spécialisé * Il critique la réforme du code pénal des mineurs : la priorité à la sanction, la complexité, la confusion * Il plaide pour une meilleure prise en charge des mineurs délinquants : la prévention, la protection, la responsabilisation + [00:44:05][^6^][6] La parole de l'enfant dans le conflit familial * Il aborde les situations de séparation, de divorce, de placement * Il analyse les enjeux et les difficultés de la parole de l'enfant : l'expression, l'intérêt, l'autonomie * Il propose des pistes et des solutions pour favoriser la parole de l'enfant : l'information, l'accompagnement, la médiation + [00:56:16][^7^][7] Les questions des participants * Il répond aux interrogations, aux remarques, aux témoignages des professionnels * Il apporte des éclairages, des conseils, des références * Il lance un appel à signer une pétition pour la protection de l'enfance

  3. docs.djangoproject.com docs.djangoproject.com
    1. It’s important to remember to call the superclass method – that’s that super().save(*args, **kwargs) business – to ensure that the object still gets saved into the database. If you forget to call the superclass method, the default behavior won’t happen and the database won’t get touched. It’s also important that you pass through the arguments that can be passed to the model method – that’s what the *args, **kwargs bit does. Django will, from time to time, extend the capabilities of built-in model methods, adding new arguments. If you use *args, **kwargs in your method definitions, you are guaranteed that your code will automatically support those arguments when they are added. If you wish to update a field value in the save() method, you may also want to have this field added to the update_fields keyword argument. This will ensure the field is saved when update_fields is specified. For example: from django.db import models from django.utils.text import slugify class Blog(models.Model): name = models.CharField(max_length=100) slug = models.TextField() def save( self, force_insert=False, force_update=False, using=None, update_fields=None ): self.slug = slugify(self.name) if update_fields is not None and "name" in update_fields: update_fields = {"slug"}.union(update_fields) super().save( force_insert=force_insert, force_update=force_update, using=using, update_fields=update_fields, ) See Specifying which fields to save for more details. Overridden model methods are not called on bulk operations Note that the delete() method for an object is not necessarily called when deleting objects in bulk using a QuerySet or as a result of a cascading delete. To ensure customized delete logic gets executed, you can use pre_delete and/or post_delete signals. Unfortunately, there isn’t a workaround when creating or updating objects in bulk, since none of save(), pre_save, and post_save are called.

      In web development, a "slug" is a URL-friendly version of a string, typically used to represent a title or a name in a way that can be easily included in a URL. The purpose of a slug is to make the URL readable and SEO-friendly, replacing spaces and special characters with hyphens or underscores.

      Example: - Original Title: "How to Make a Delicious Cake" - Slug: "how-to-make-a-delicious-cake"

      Now, let's talk about slugify. slugify is a function or method that takes a string and converts it into a slug. It removes any special characters, replaces spaces with hyphens or underscores, and converts the string to lowercase.

      Example using Python: ```python from django.utils.text import slugify

      title = "How to Make a Delicious Cake" slug = slugify(title)

      print(slug) ```

      Output: how-to-make-a-delicious-cake

      In this example, slugify has taken the original title, removed spaces, converted it to lowercase, and replaced spaces with hyphens, resulting in a slug that can be used in a URL.

      Using slugs in URLs makes them more readable for both humans and search engines. It's a common practice in web development to use slugs when creating URLs for blog posts, articles, or any content with a title.Certainly! Let's break it down in simpler terms:

      Why you might want to use update_fields in Django models:

      • When you save an object in Django using the save() method, it might involve updating multiple fields. However, sometimes you only want to update specific fields for optimization or other reasons.

      Example in Simple Words:

      Imagine you have a Blog model with many fields, including a name and a slug. The slug field is automatically generated from the name using slugify before saving.

      ```python class Blog(models.Model): name = models.CharField(max_length=100) slug = models.TextField()

      def save(self, force_insert=False, force_update=False, using=None, update_fields=None):
          # Update the slug field value based on the name
          self.slug = slugify(self.name)
      
          # Check if 'name' is in the fields to be updated
          if update_fields is not None and "name" in update_fields:
              # Include 'slug' in the fields to be updated
              update_fields = {"slug"}.union(update_fields)
      
          # Call the superclass method to save the object with specified fields
          super().save(force_insert=force_insert, force_update=force_update, using=using, update_fields=update_fields)
      

      ```

      Explanation:

      1. The save method is overridden to customize how the object is saved.
      2. It updates the slug field based on the name using slugify.
      3. It checks if the name field is in the update_fields. If it is, it ensures that the slug field is also included in the update_fields.
      4. Finally, it calls the original save method of the parent class (super().save()) with the specified update_fields.

      By doing this, you ensure that when you only want to update the name field, the slug field is also updated as a part of the save operation. This can be useful for efficiency and optimization, especially when dealing with large datasets.

    2. Overriding predefined model methods¶ There’s another set of model methods that encapsulate a bunch of database behavior that you’ll want to customize. In particular you’ll often want to change the way save() and delete() work. You’re free to override these methods (and any other model method) to alter behavior. A classic use-case for overriding the built-in methods is if you want something to happen whenever you save an object. For example (see save() for documentation of the parameters it accepts): from django.db import models class Blog(models.Model): name = models.CharField(max_length=100) tagline = models.TextField() def save(self, *args, **kwargs): do_something() super().save(*args, **kwargs) # Call the "real" save() method. do_something_else()

      Certainly! Let's break down the concept of overriding predefined model methods in Django in simple terms with an example.

      Understanding Model Methods in Django:

      In Django models, there are predefined methods like save() and delete() that encapsulate database behavior. These methods are part of the model's lifecycle and are automatically triggered when you save or delete an object.

      Overriding the save() Method:

      Purpose:

      You might want to override the save() method when you need to perform specific actions or customizations every time an object is saved to the database.

      Example:

      ```python from django.db import models

      class Blog(models.Model): name = models.CharField(max_length=100) tagline = models.TextField()

      def save(self, *args, **kwargs):
          # Custom action before saving
          do_something()
      
          # Call the original save() method to perform the default save operation
          super().save(*args, **kwargs)
      
          # Custom action after saving
          do_something_else()
      

      ```

      Explanation:

      1. Custom Action Before Saving (do_something()):
      2. You can include any custom logic or actions that need to happen before saving the object to the database.

      3. Call the Original save() Method:

      4. The super().save(*args, **kwargs) line calls the original save() method, performing the standard save operation.

      5. Custom Action After Saving (do_something_else()):

      6. Include any additional actions or logic that should happen after the object has been successfully saved.

      Use-Case:

      Imagine you want to update a timestamp or trigger some specific behavior every time a new blog post is saved. By overriding the save() method, you can easily inject your custom logic into the save process.

      General Concept:

      The general concept is to customize the default behavior of model methods by providing your own implementation. This allows you to add, modify, or extend functionality according to the specific needs of your application.

      In summary, overriding predefined model methods like save() provides a way to insert your custom logic into the process of saving or deleting objects in the database. It's a powerful tool for tailoring the behavior of your models to suit your application's requirements. Sure! In Python, args and kwargs are used to pass a variable number of arguments to a function.

      1. args (Positional Arguments):
      2. In simple words, args stands for "arguments," and it allows you to pass a variable number of positional arguments to a function.
      3. The syntax involves placing an asterisk (*) before the parameter name, like *args.
      4. Example:

        ```python def example_function(*args): for arg in args: print(arg)

        example_function(1, 2, 3) ```

      Output: 1 2 3

      Here, *args allows the function to accept any number of positional arguments, and it prints each argument in the function.

      1. kwargs (Keyword Arguments):
      2. kwargs stands for "keyword arguments," and it allows you to pass a variable number of keyword arguments to a function.
      3. The syntax involves placing two asterisks (**) before the parameter name, like **kwargs.
      4. Example:

        ```python def example_function(**kwargs): for key, value in kwargs.items(): print(key, value)

        example_function(name="John", age=25, city="New York") ```

      Output: name John age 25 city New York

      Here, **kwargs allows the function to accept any number of keyword arguments, and it prints each key-value pair in the function.

      Why use them: - args and kwargs provide flexibility when you don't know the exact number of arguments a function might receive. - They are handy when you want to create more generic functions that can handle various input scenarios. - They make your code more readable and adaptable.

      Syntax: - For args: *args - For kwargs: **kwargs

      You can use any name after the asterisk(s), but args and kwargs are commonly used conventions. The important part is the single asterisk () for args and double asterisks (*) for kwargs.

    3. Field options¶ Each field takes a certain set of field-specific arguments (documented in the model field reference). For example, CharField (and its subclasses) require a max_length argument which specifies the size of the VARCHAR database field used to store the data. There’s also a set of common arguments available to all field types. All are optional. They’re fully explained in the reference, but here’s a quick summary of the most often-used ones: nullIf True, Django will store empty values as NULL in the database. Default is False. blankIf True, the field is allowed to be blank. Default is False. Note that this is different than null. null is purely database-related, whereas blank is validation-related. If a field has blank=True, form validation will allow entry of an empty value. If a field has blank=False, the field will be required. choicesA sequence of 2-value tuples, a mapping, an enumeration type, or a callable (that expects no arguments and returns any of the previous formats), to use as choices for this field. If this is given, the default form widget will be a select box instead of the standard text field and will limit choices to the choices given. A choices list looks like this: YEAR_IN_SCHOOL_CHOICES = [ ("FR", "Freshman"), ("SO", "Sophomore"), ("JR", "Junior"), ("SR", "Senior"), ("GR", "Graduate"), ] Note A new migration is created each time the order of choices changes. The first element in each tuple is the value that will be stored in the database. The second element is displayed by the field’s form widget. Given a model instance, the display value for a field with choices can be accessed using the get_FOO_display() method. For example: from django.db import models class Person(models.Model): SHIRT_SIZES = { "S": "Small", "M": "Medium", "L": "Large", } name = models.CharField(max_length=60) shirt_size = models.CharField(max_length=1, choices=SHIRT_SIZES) >>> p = Person(name="Fred Flintstone", shirt_size="L") >>> p.save() >>> p.shirt_size 'L' >>> p.get_shirt_size_display() 'Large'

      Certainly! Let's dive deeper into the choices option in Django models with a detailed explanation and examples.

      1. Purpose of choices:

      The choices option is used to define a predefined set of valid values for a field. It's particularly useful when you want to restrict the possible values that a field can have. This is commonly used with fields like CharField to ensure that the data entered adheres to a specific set of options.

      2. Syntax:

      The choices option takes a sequence of 2-value tuples, a mapping, an enumeration type, or a callable that returns any of the previous formats. Each tuple represents a valid choice for the field. The first element of the tuple is the value that will be stored in the database, and the second element is the human-readable representation of that value.

      3. Example:

      Let's go through the provided example:

      python class Person(models.Model): SHIRT_SIZES = [ ("S", "Small"), ("M", "Medium"), ("L", "Large"), ] shirt_size = models.CharField(max_length=1, choices=SHIRT_SIZES)

      Here, we have a Person model with a field shirt_size. The choices option is set to a list SHIRT_SIZES, which contains tuples representing valid choices. The shirt_size field can only have one of the specified choices: "S", "M", or "L."

      • The database will store "S", "M", or "L" based on the selected option.
      • In forms, when you provide options for this field, it will be presented as a select box with "Small," "Medium," and "Large" as options.

      4. Modifying Choices:

      If you ever need to modify the choices, you should be cautious. Each time you change the order or add/remove choices, Django will create a new migration to reflect these changes in the database.

      5. Displaying Choices:

      When you have a model instance and want to display the human-readable version of a field with choices, you can use the get_FOO_display() method. In the example:

      python p = Person(shirt_size="L") p.save() print(p.get_shirt_size_display()) # Outputs: 'Large'

      This is a convenient way to get the readable representation of the chosen value.

      6. Enumerations:

      Starting from Django 3.10, you can use enumeration classes for defining choices in a more structured manner. Here's an example:

      ```python from django.db import models

      class Person(models.Model): class ShirtSize(models.TextChoices): SMALL = 'S', 'Small' MEDIUM = 'M', 'Medium' LARGE = 'L', 'Large'

      shirt_size = models.CharField(max_length=1, choices=ShirtSize.choices)
      

      ```

      This allows for more maintainable and self-documenting code.

    1. without any spooky action at a distance.

      Confirmed. Einstein. Physics.

    2. The behaviour of a unit of code should be as obvious as possible by looking only at that unit of code

      Locality is also a principle in physics.

    1. C57BL/6N mice (strain code 027

      DOI: 10.1101/2023.12.05.570078

      Resource: (IMSR Cat# CRL_027,RRID:IMSR_CRL:027)

      Curator: @abever99

      SciCrunch record: RRID:IMSR_CRL:027


      What is this?

    1. This has led to debates about the ethics and legality of collecting and using such data without consent from (or compensation for) those whose words (or lines of code) are used to build and license commercial products

      It's literally words. Stop being greedy.

    1. Résumé vidéo [00:00:23][^1^][1] - [01:35:04][^2^][2]:

      Cette vidéo est une rencontre consacrée à la protection de l'enfance en France, animée par Mathieu de Mougins, avec Jean-Pierre Rosenczveig, ancien président du tribunal pour enfants de Bobigny, et Gauthier Arnaud Melchior, auteur d'un rapport sur la protection de l'enfance. Ils abordent les enjeux, les limites et les perspectives de la protection administrative et judiciaire des enfants en danger ou en conflit avec la loi.

      Temps forts: + [00:00:23][^3^][3] La présentation de la rencontre * Chloé Sutton, du service Savoirs Pratiques de la BPI, introduit le cycle des droits pour toutes et tous * Mathieu de Mougins expose les chiffres et les problématiques de la protection de l'enfance + [00:05:08][^4^][4] La protection administrative de l'enfance * Jean-Pierre Rosenczveig explique le rôle des départements, des services sociaux et des juges des enfants * Il critique le concept d'enfants placés et plaide pour une meilleure prise en compte de la parole des enfants * Il évoque les difficultés de l'accueil hôtelier, des familles d'accueil et des foyers + [00:20:07][^5^][5] La protection judiciaire de la jeunesse * Jean-Pierre Rosenczveig présente les principes et les modalités de la justice des mineurs * Il analyse les évolutions législatives, notamment le nouveau code de justice pénale des mineurs * Il défend l'idée d'une justice éducative, préventive et restaurative + [00:34:09][^6^][6] La nouvelle loi sur la protection de l'enfance * Jean-Pierre Rosenczveig commente les apports et les limites de la loi votée le 7 février 2022 * Il souligne les avancées sur l'audition des enfants, l'accompagnement des jeunes majeurs et la prévention des violences * Il regrette le manque d'ambition sur le statut des enfants confiés et l'adoption + [00:52:27][^7^][7] Les questions du public * Jean-Pierre Rosenczveig et Gauthier Arnaud Melchior répondent aux questions des personnes présentes dans la salle * Ils abordent des sujets comme la formation des travailleurs sociaux, le soutien à la parentalité, la participation des enfants, etc.

    1. basic intuition

      (#36) R example of FD

      F7. (Mia) Can we go over the intuition of the R code where we know that death rate for time time is -2 for the states with open container laws but then we when regress it we get a 1.82**?

      Response: This is a question from the cb_basic-intuition in section 4.2 of class F. http://www.tedmouw.info/soc709new/class-F_n.html#42_basic_intuition The 1.82 is the estimate we would get if we mistakenly ran an ols model on the data in lin 54, as shown in the stargazer command in line 56. The reason this is the wrong model is that the states that adopted an open container law were a selective sample. In lines 21-25 they are the 30 states with the highest death rates.

    1. keypress

      Deprecated: This feature is no longer recommended. Though some browsers might still support it, it may have already been removed from the relevant web standards, may be in the process of being dropped, or may only be kept for compatibility purposes. Avoid using it, and update existing code if possible; see the compatibility table at the bottom of this page to guide your decision. Be aware that this feature may cease to work at any time.

    1. Software faults occur through the following process: A programmer makes an error (mistake), which results in a fault (defect, bug) in the software source code. If this fault is executed, in certain situations the system will produce wrong results, causing a failure.

      Différence entre fault et failure

    1. As you gathered from this activity, there is not always one right “answer” to any given situation. A Code of Ethics provides moral standards to help guide your decision making and teaching practice. It helps with what you should do. It does not provide specific directions on what to do or even how to do it.

      I believe this are mindful because for all teachers to make a choice for most things in their career, they are trying to figure out if their decision was right or wrong. But, in reality most of the times there isn't a right or wrong choice.

    2. Yet professional ethics and dispositions, as well as the legal responsibilities of teachers, are central in defining how students view their favorite teacher.

      I never considered whether my teachers were ethical during teaching, however now it makes me think of how I will need to manage what I teach based on the code of ethics

    3. A professional Code of Ethics governs a teacher’s relationships, roles, conduct, interactions, and communication with students, as well as families, administrators and the larger community. It provides educators with a way to regulate personal conduct and ethical decision making. It does not tell a teacher why he or she should do something. Having an informed awareness of statutes, laws, and other legal influences will assist you in defining your role as an ethical teacher who is also fair and responsible.

      A point I want to be more mindful of when I become a teacher is understanding the professional Code of Ethics. SInce it governs how teachers interact with students, families, and colleagues, guiding conduct and decision-making. While it doesn't always work for every situation I think it is going to be aware of these influences that help define my role to become a more ethical and open minded teacher.

    4. The educator recognizes the magnitude of the responsibility inherent in the teaching process. The desire for the respect and confidence of one’s colleagues, of students, of parents, and of the members of the community provides the incentive to attain and maintain the highest possible degree of ethical conduct (NEA, Code of Ethics, 2019).

      All of this is really weird because obviously everyones ethics are different . Like a very religious teacher could see books involving same sex couples as being inappropriate and not want to share it. THis teacher is inclined to think this is ethically wrong because of the ethics they follow through religious practice where some one as myself as a teacher would think that not sharing a piece of literature due to same sex involvment would be ethically wrong.

    1. What strategies do you think might work to improve how social media platforms use recommendations?

      I think there should be a higher code of ethics for social media platforms. This includes avoiding discriminatory messages and practices and emphasizing the importance of avoiding discriminatory practices in algorithms. This includes detecting and correcting biases related to differences such as race, gender, etc.

    1. Jackson LaboratoryStrain Code: Jax 664

      DOI: 10.1016/j.celrep.2024.113724

      Resource: (IMSR Cat# JAX_000664,RRID:IMSR_JAX:000664)

      Curator: @evieth

      SciCrunch record: RRID:IMSR_JAX:000664


      What is this?

    1. key=lambda x: -x[1]

      The lambda function makes the code much simple. There is no need to create an additional "get" function to retrieve the first index (value) of the key-value pair.

    1. you might want to check for functionality, readability, performance, security, documentation, testing, or compliance

      Review the code 6/7 times to check each property, or try to remember each property while review it the first time?

    1. Résumé vidéo [00:00:00][^1^][1] - [01:06:02][^2^][2]:

      Cette vidéo est une conférence en ligne sur la commission indépendante sur l'inceste et les violences sexuelles faites aux enfants (CIVISE), animée par Karine TP et Elsa Bertagnolo, deux psychologues cliniciennes spécialisées dans l'évaluation de la vulnérabilité des victimes. Elles présentent le contexte, les objectifs, les méthodes et les préconisations de la CIVISE, ainsi que les enjeux pour les professionnels et les victimes.

      Temps forts: + [00:00:00][^3^][3] Introduction et présentation des intervenantes * Karine TP et Elsa Bertagnolo sont psychologues cliniciennes et formatrices * Elles travaillent à l'évaluation de la vulnérabilité des victimes auprès du tribunal judiciaire de Paris * Elles sont sensibles à la problématique de l'inceste et des violences sexuelles faites aux enfants + [00:10:17][^4^][4] Contexte et création de la CIVISE * La CIVISE a été créée le 23 janvier 2021 par le président de la République Emmanuel Macron * Elle fait suite à la publication du livre de Camille Kouchner "La familia grande" qui a révélé l'inceste subi par son frère jumeau * Elle est présidée par Édouard Durand, juge pour enfants, et Nathalie Mathieu, inspectrice générale des affaires sociales + [00:19:07][^5^][5] Objectifs et méthodes de la CIVISE * La CIVISE a pour objectifs de faire connaître l'ampleur des violences sexuelles faites aux enfants, de sensibiliser la société et les professionnels, et de formuler des recommandations pour renforcer la prévention et la protection * La CIVISE a recueilli les témoignages de plus de 5000 victimes adultes d'inceste, par le biais d'un numéro vert et d'auditions publiques * La CIVISE a également consulté des experts, des associations, des institutions et des acteurs de terrain + [00:38:38][^6^][6] Premières préconisations de la CIVISE * La CIVISE a présenté 20 premières préconisations le 25 novembre 2021, regroupées en 4 axes : le repérage, le traitement judiciaire, la réparation et la prévention * Parmi ces préconisations, on peut citer : la formation des professionnels, la création de cellules de recueil de la parole de l'enfant, la prise en charge thérapeutique et indemnitaire des victimes, la diffusion d'un film de sensibilisation, la modification de la définition de l'inceste dans le code pénal, etc. * La CIVISE poursuit ses travaux et rendra son rapport final en janvier 2023 + [00:54:02][^7^][7] Questions et réponses avec les participants * Les intervenantes répondent aux questions des participants sur divers sujets liés à l'inceste et aux violences sexuelles faites aux enfants * Elles abordent notamment les difficultés du repérage, du signalement, de l'accompagnement et du soin des victimes * Elles donnent des conseils, des ressources et des références pour les professionnels et les victimes + [01:04:12][^8^][8] Conclusion et annonce du prochain webinaire * Les intervenantes remercient les participants, la CIVISE et la PEA pour cette conférence * Elles annoncent le prochain webinaire gratuit sur l'accompagnement psychologique des enfants victimes de traumatisme, le 6 février 2024 * Elles invitent les participants à s'inscrire sur le site de la PEA

    1. 2 695 vues 19 mai 2021 INSTITUT DES HAUTES ÉTUDES DE L'ÉDUCATION ET DE LA FORMATION (IH2EF) La déontologie, cet ensemble des règles et des devoirs qui régissent une profession, la conduite de ceux qui l'exercent, les rapports entre ceux-ci et les publics avec lesquels ils collaborent, est un axe essentiel de l’exercice des personnels d’encadrement. Il est capitale pour les acteurs du monde éducatif de connaître précisément les règles juridiques applicables et de mesurer les conséquences de leur méconnaissance. Ce direct a vocation à aborder la déontologie sous l’angle juridique. Il sera ainsi proposé de construire une réflexion partagée sur cette question en appui de l’expertise des intervenants présents, spécialistes de ce domaine. Cadre réglementaire, spécificités liées à l’enseignement scolaire et supérieur seront abordés au cours de notre émission. Nous aurons également à cœur de soulever la question de la réponse juridique et notamment des contentieux.

      Prochain direct : Déontologie : enjeux et application dans le cadre de l’enseignement scolaire et supérieur Le 18 mai 2021 de 17h à 18h sur le site de l’IH2EF et sur sa chaîne Youtube. Lors de ce direct, nous tenterons de construire ensemble les réponses aux questions suivantes : - Quelle définition et historique donnés au terme de Déontologie ? - Existe-t-il un encadrement juridique précis et quelles sont les spécificités de la déontologie dans le cadre de l’enseignement scolaire et supérieur ? - Quels sont les outils à disposition des cadres ?

      Intervenants : Emmanuel Aubin– Professeur des Universités de droit public à l’Université de Tours Timothée Gallaud – Conseiller de Tribunal administratif – Bastia (Corse) Fabrice Melleray – Professeur des Universités de droit public à Sciences Po – Paris Béatrice Penin – Cheffe de service juridique Académie de Nantes Antony Taillefait – Professeur des Université de droit public à l’Université d’Angers Guy Waiss – Inspecteur général - IGESR

      Avant et pendant le direct, posez vos questions aux intervenants sur Twitter avec le hashtag #directIh2ef - menti.com – code affiché lors du direct

    1. sjPlot::plot_grid(plot(ggpredict(glmPdace), add.data = TRUE, one_plot = FALSE))

      This line of code yielded error "Error in if (ci) { : the condition has length > 1"

    1. Embed both. For context, I was working on a regulatory knowledgebase. So, I chunked and embedded all the regulatory docs. I asked a question that should have been answered in a particular doc, but somehow the OpenAI model just couldn’t get it right. So, I added the question to the doc itself and re-embedded. Now, the doc comes up when that question (and similar questions) are asked. Based on that, I actually created a Q & A dataset, like yours, with the answers to questions embedded with the questions. In fact, I wrote code to prompt the LLM to create 10 questions for each document and append to that document before it is embedded. Needless to say, this has improved search results on those datasets.

      For question-like work embed questions to compare them with context

    1. Les équipes ont accès à des actifs tels que le code, les exigences, les documents de conception, les modèles, les scripts de test et les résultats de tests.

      En phase avec l'idée de synchroniser le WP9 et WP10

    1. API File information Each file contains the following information: Key Description Note fieldname Field name specified in the form originalname Name of the file on the user's computer encoding Encoding type of the file mimetype Mime type of the file size Size of the file in bytes destination The folder to which the file has been saved DiskStorage filename The name of the file within the destination DiskStorage path The full path to the uploaded file DiskStorage buffer A Buffer of the entire file MemoryStorage multer(opts) Multer accepts an options object, the most basic of which is the dest property, which tells Multer where to upload the files. In case you omit the options object, the files will be kept in memory and never written to disk. By default, Multer will rename the files so as to avoid naming conflicts. The renaming function can be customized according to your needs. The following are the options that can be passed to Multer. Key Description dest or storage Where to store the files fileFilter Function to control which files are accepted limits Limits of the uploaded data preservePath Keep the full path of files instead of just the base name In an average web app, only dest might be required, and configured as shown in the following example. const upload = multer({ dest: 'uploads/' }) If you want more control over your uploads, you'll want to use the storage option instead of dest. Multer ships with storage engines DiskStorage and MemoryStorage; More engines are available from third parties. .single(fieldname) Accept a single file with the name fieldname. The single file will be stored in req.file. .array(fieldname[, maxCount]) Accept an array of files, all with the name fieldname. Optionally error out if more than maxCount files are uploaded. The array of files will be stored in req.files. .fields(fields) Accept a mix of files, specified by fields. An object with arrays of files will be stored in req.files. fields should be an array of objects with name and optionally a maxCount. Example: [ { name: 'avatar', maxCount: 1 }, { name: 'gallery', maxCount: 8 } ] .none() Accept only text fields. If any file upload is made, error with code "LIMIT_UNEXPECTED_FILE" will be issued. .any() Accepts all files that comes over the wire. An array of files will be stored in req.files. WARNING: Make sure that you always handle the files that a user uploads. Never add multer as a global middleware since a malicious user could upload files to a route that you didn't anticipate. Only use this function on routes where you are handling the uploaded files.

      Let's break down the provided information in simpler terms:

      File Information:

      Each file uploaded using Multer contains the following information:

      • fieldname: The name of the field specified in the form.
      • originalname: The name of the file on the user's computer.
      • encoding: The encoding type of the file.
      • mimetype: The MIME type of the file.
      • size: Size of the file in bytes.
      • destination: The folder where the file has been saved (applicable to DiskStorage).
      • filename: The name of the file within the destination folder (applicable to DiskStorage).
      • path: The full path to the uploaded file (applicable to DiskStorage).
      • buffer: A Buffer containing the entire file (applicable to MemoryStorage).

      Multer Options:

      Multer accepts an options object that can be passed when configuring it. The most basic option is dest, which specifies where to upload the files. If you omit the options object, files will be kept in memory and not written to disk.

      Example using dest: javascript const upload = multer({ dest: 'uploads/' });

      Additional options include: - storage: Allows more control over file storage (you can use DiskStorage or MemoryStorage). - fileFilter: Function to control which files are accepted. - limits: Specifies limits for the uploaded data. - preservePath: Keeps the full path of files instead of just the base name.

      Methods for Handling File Uploads:

      • .single(fieldname): Accepts a single file with the specified field name. The file will be stored in req.file.
      • .array(fieldname[, maxCount]): Accepts an array of files with the specified field name. Optionally, an error will occur if more than maxCount files are uploaded. The array of files will be stored in req.files.
      • .fields(fields): Accepts a mix of files specified by fields. An object with arrays of files will be stored in req.files.
      • .none(): Accepts only text fields. If any file upload is made, an error with code "LIMIT_UNEXPECTED_FILE" will be issued.
      • .any(): Accepts all files that come over the wire. An array of files will be stored in req.files.

      Sure, let's break down the provided information with examples and HTML files for a better understanding.

      1. File Information:

      Example HTML Form:

      ```html

      <form action="/upload" method="post" enctype="multipart/form-data"> <label for="file">Choose a file:</label> <input type="file" name="myFile" id="file"> <input type="submit" value="Upload"> </form>

      ```

      Example Node.js Server (using Express and Multer):

      ```javascript const express = require('express'); const multer = require('multer'); const app = express(); const port = 3000;

      // Multer setup const storage = multer.memoryStorage(); // Use MemoryStorage to keep files in memory const upload = multer({ storage: storage });

      app.post('/upload', upload.single('myFile'), (req, res) => { // Access uploaded file information const file = req.file; console.log(file); res.send('File uploaded successfully!'); });

      app.listen(port, () => { console.log(Server is listening on port ${port}); }); ```

      In this example, the HTML form allows users to choose a file. The Node.js server uses Multer to handle file uploads. It specifies memoryStorage to keep the file in memory.

      2. Multer Options:

      ```javascript // Example using dest option const uploadDest = multer({ dest: 'uploads/' });

      // Additional options const uploadCustomStorage = multer({ storage: multer.diskStorage({ destination: 'custom-uploads/', filename: (req, file, cb) => { cb(null, file.originalname); } }), fileFilter: (req, file, cb) => { // Implement your custom file filtering logic // Example: allow only image files if (file.mimetype.startsWith('image/')) { cb(null, true); } else { cb(new Error('Invalid file type')); } }, limits: { fileSize: 1024 * 1024, // Limit file size to 1MB }, }); ```

      3. Methods for Handling File Uploads:

      .single(fieldname):

      javascript app.post('/upload-single', upload.single('myFile'), (req, res) => { const file = req.file; console.log(file); res.send('File uploaded successfully!'); });

      .array(fieldname[, maxCount]):

      javascript app.post('/upload-array', upload.array('myFiles', 3), (req, res) => { const files = req.files; console.log(files); res.send('Files uploaded successfully!'); });

      .fields(fields):

      ```javascript const fields = [ { name: 'avatar', maxCount: 1 }, { name: 'gallery', maxCount: 8 } ];

      app.post('/upload-fields', upload.fields(fields), (req, res) => { const files = req.files; console.log(files); res.send('Files uploaded successfully!'); }); ```

      .none() and .any():

      ```javascript app.post('/upload-none', upload.none(), (req, res) => { // This route only accepts text fields res.send('Text fields accepted successfully!'); });

      app.post('/upload-any', upload.any(), (req, res) => { // This route accepts all files const files = req.files; console.log(files); res.send('Files uploaded successfully!'); }); `` Certainly! The difference betweenpathanddestination` in the context of file uploads using Multer can be clarified as follows:

      1. path:

      • Description: path refers to the full path to the uploaded file.
      • Usage: It's particularly useful when you're using DiskStorage with Multer, which means files are saved directly to the filesystem.
      • Example: Suppose you have a file upload endpoint /upload and you're using DiskStorage. If the destination folder is uploads/, and a user uploads a file named example.jpg, the path would be something like uploads/example.jpg.

      2. destination:

      • Description: destination refers to the folder to which the file has been saved.
      • Usage: Similar to path, it's primarily used with DiskStorage.
      • Example: Continuing from the previous example, if the destination folder is uploads/, then destination would simply be uploads/. It doesn't include the filename itself, just the directory where the file is saved.

      Example:

      Let's demonstrate with a simple Node.js server using Multer:

      ```javascript const express = require('express'); const multer = require('multer'); const app = express(); const port = 3000;

      // Multer setup const storage = multer.diskStorage({ destination: function (req, file, cb) { cb(null, 'uploads/') // specify the destination folder }, filename: function (req, file, cb) { cb(null, file.originalname) // use the original filename } }); const upload = multer({ storage: storage });

      // Upload endpoint app.post('/upload', upload.single('myFile'), (req, res) => { const file = req.file; console.log('Path:', file.path); console.log('Destination:', file.destination); res.send('File uploaded successfully!'); });

      app.listen(port, () => { console.log(Server is listening on port ${port}); }); ```

      Suppose a user uploads a file named example.jpg. After the upload, if you check the console logs:

      • Path: Would be something like uploads/example.jpg, indicating the full path to the uploaded file.
      • Destination: Would be uploads/, indicating the folder where the file is saved.

      In summary, while both path and destination provide information about where the file is stored, path gives the full path including the filename, whereas destination only gives the directory where the file is saved. These examples illustrate how to handle file uploads using Multer in a Node.js server with Express. Adjustments can be made based on specific project requirements.

      Warning:

      • Handle Uploaded Files Carefully: Always handle the files that a user uploads and never add Multer as a global middleware. Adding Multer globally could allow a malicious user to upload files to routes you didn't anticipate. Only use Multer on routes where you specifically handle the uploaded files.
    2. Installation $ npm install --save multer Usage Multer adds a body object and a file or files object to the request object. The body object contains the values of the text fields of the form, the file or files object contains the files uploaded via the form. Basic usage example: Don't forget the enctype="multipart/form-data" in your form. <form action="/profile" method="post" enctype="multipart/form-data"> <input type="file" name="avatar" /> </form> const express = require('express') const multer = require('multer') const upload = multer({ dest: 'uploads/' }) const app = express() app.post('/profile', upload.single('avatar'), function (req, res, next) { // req.file is the `avatar` file // req.body will hold the text fields, if there were any }) app.post('/photos/upload', upload.array('photos', 12), function (req, res, next) { // req.files is array of `photos` files // req.body will contain the text fields, if there were any }) const cpUpload = upload.fields([{ name: 'avatar', maxCount: 1 }, { name: 'gallery', maxCount: 8 }]) app.post('/cool-profile', cpUpload, function (req, res, next) { // req.files is an object (String -> Array) where fieldname is the key, and the value is array of files // // e.g. // req.files['avatar'][0] -> File // req.files['gallery'] -> Array // // req.body will contain the text fields, if there were any })

      Certainly! Let's break down the installation, usage, and examples of Multer in simple terms:

      Installation:

      To use Multer in your Node.js project, you need to install it using npm. Open your terminal and run:

      bash $ npm install --save multer

      Usage:

      Multer adds a body object and a file or files object to the request (req) object. The body object contains the values of text fields in the form, while the file or files object contains the files uploaded via the form.

      Basic Usage Example:

      1. HTML Form:
      2. Don't forget to set enctype="multipart/form-data" in your HTML form to enable file uploads.

      ```html <br /> <form action="/profile" method="post" enctype="multipart/form-data"> <input type="file" name="avatar" /> </form>

      ```

      1. Server-Side (using Express and Multer):
      2. In your Node.js server code:

      ```javascript const express = require('express'); const multer = require('multer'); const upload = multer({ dest: 'uploads/' });

      const app = express();

      // Handling a single file upload app.post('/profile', upload.single('avatar'), function (req, res, next) { // req.file is the uploaded avatar file // req.body will hold the text fields, if any });

      // Handling multiple file uploads app.post('/photos/upload', upload.array('photos', 12), function (req, res, next) { // req.files is an array of photos files // req.body will contain the text fields, if any });

      // Handling a combination of single and multiple file uploads const cpUpload = upload.fields([{ name: 'avatar', maxCount: 1 }, { name: 'gallery', maxCount: 8 }]); app.post('/cool-profile', cpUpload, function (req, res, next) { // req.files is an object where fieldname is the key, and the value is an array of files // req.body will contain the text fields, if any });

      app.listen(3000, () => { console.log('Server is running on port 3000'); }); ```

      Summary:

      • Multer is a middleware for handling file uploads in Node.js.
      • It adds objects to the request (req) to handle both form fields (body) and uploaded files (file or files).
      • Use enctype="multipart/form-data" in your HTML form to enable file uploads.
      • The upload.single('avatar') middleware handles a single file upload.
      • The upload.array('photos', 12) middleware handles multiple file uploads.
      • The upload.fields([...]) middleware handles a combination of single and multiple file uploads.

      When you use upload.single('myFile') middleware in your route (/upload-single), it indicates that you are expecting a single file with the field name 'myFile' in the request. The uploaded file information will be available in the req.file object. Let's break down the information you'll get in req.file:

      Example:

      Suppose you have a simple HTML form like this:

      ```html

      <form action="/upload-single" method="post" enctype="multipart/form-data"> <label for="file">Choose a file:</label> <input type="file" name="myFile" id="file"> <input type="submit" value="Upload"> </form>

      ```

      And your server code is:

      ```javascript const express = require('express'); const multer = require('multer'); const app = express(); const port = 3000;

      const storage = multer.memoryStorage(); const upload = multer({ storage: storage });

      app.post('/upload-single', upload.single('myFile'), (req, res) => { const file = req.file; console.log(file); res.send('File uploaded successfully!'); });

      app.listen(port, () => { console.log(Server is listening on port ${port}); }); ```

      If a user submits the form by choosing a file named "example.txt", you might get the following information in the req.file object:

      javascript { fieldname: 'myFile', originalname: 'example.txt', encoding: '7bit', mimetype: 'text/plain', size: 1234, // size in bytes buffer: <Buffer ...> // file content as a Buffer }

      Explanation of req.file properties:

      • fieldname: The name of the field specified in the form ('myFile' in this case).
      • originalname: The original name of the file on the user's computer ('example.txt').
      • encoding: The encoding type of the file ('7bit').
      • mimetype: The MIME type of the file ('text/plain' for a text file).
      • size: Size of the file in bytes (1234 in this example).
      • buffer: A Buffer containing the entire file (useful if you want to process the file in memory).

      This information provides details about the uploaded file, and you can use it as needed in your server logic.

    3. storage DiskStorage The disk storage engine gives you full control on storing files to disk. const storage = multer.diskStorage({ destination: function (req, file, cb) { cb(null, '/tmp/my-uploads') }, filename: function (req, file, cb) { const uniqueSuffix = Date.now() + '-' + Math.round(Math.random() * 1E9) cb(null, file.fieldname + '-' + uniqueSuffix) } }) const upload = multer({ storage: storage }) There are two options available, destination and filename. They are both functions that determine where the file should be stored. destination is used to determine within which folder the uploaded files should be stored. This can also be given as a string (e.g. '/tmp/uploads'). If no destination is given, the operating system's default directory for temporary files is used. Note: You are responsible for creating the directory when providing destination as a function. When passing a string, multer will make sure that the directory is created for you. filename is used to determine what the file should be named inside the folder. If no filename is given, each file will be given a random name that doesn't include any file extension. Note: Multer will not append any file extension for you, your function should return a filename complete with an file extension. Each function gets passed both the request (req) and some information about the file (file) to aid with the decision. Note that req.body might not have been fully populated yet. It depends on the order that the client transmits fields and files to the server. For understanding the calling convention used in the callback (needing to pass null as the first param), refer to Node.js error handling MemoryStorage The memory storage engine stores the files in memory as Buffer objects. It doesn't have any options. const storage = multer.memoryStorage() const upload = multer({ storage: storage }) When using memory storage, the file info will contain a field called buffer that contains the entire file. WARNING: Uploading very large files, or relatively small files in large numbers very quickly, can cause your application to run out of memory when memory storage is used. limits An object specifying the size limits of the following optional properties. Multer passes this object into busboy directly, and the details of the properties can be found on busboy's page. The following integer values are available: Key Description Default fieldNameSize Max field name size 100 bytes fieldSize Max field value size (in bytes) 1MB fields Max number of non-file fields Infinity fileSize For multipart forms, the max file size (in bytes) Infinity files For multipart forms, the max number of file fields Infinity parts For multipart forms, the max number of parts (fields + files) Infinity headerPairs For multipart forms, the max number of header key=>value pairs to parse 2000 Specifying the limits can help protect your site against denial of service (DoS) attacks. fileFilter Set this to a function to control which files should be uploaded and which should be skipped. The function should look like this: function fileFilter (req, file, cb) { // The function should call `cb` with a boolean // to indicate if the file should be accepted // To reject this file pass `false`, like so: cb(null, false) // To accept the file pass `true`, like so: cb(null, true) // You can always pass an error if something goes wrong: cb(new Error('I don\'t have a clue!')) } Error handling When encountering an error, Multer will delegate the error to Express. You can display a nice error page using the standard express way. If you want to catch errors specifically from Multer, you can call the middleware function by yourself. Also, if you want to catch only the Multer errors, you can use the MulterError class that is attached to the multer object itself (e.g. err instanceof multer.MulterError). const multer = require('multer') const upload = multer().single('avatar') app.post('/profile', function (req, res) { upload(req, res, function (err) { if (err instanceof multer.MulterError) { // A Multer error occurred when uploading. } else if (err) { // An unknown error occurred when uploading. } // Everything went fine. }) }) Custom storage engine For information on how to build your own storage engine, see Multer Storage Engine. License MIT

      Let's break down the provided information about Multer's storage engines and related options:

      DiskStorage:

      The DiskStorage engine provides full control over storing files to disk. You can configure it with the following options:

      ```javascript const storage = multer.diskStorage({ destination: function (req, file, cb) { cb(null, '/tmp/my-uploads'); // Specify the destination folder }, filename: function (req, file, cb) { const uniqueSuffix = Date.now() + '-' + Math.round(Math.random() * 1E9); cb(null, file.fieldname + '-' + uniqueSuffix); // Specify the filename } });

      const upload = multer({ storage: storage }); `` In the context of the provided code,cbstands for "callback." It is a function that you pass to another function, and it gets executed once the other function has completed its task. In Node.js, callbacks are commonly used to handle asynchronous operations. The first parameter of the callback function (null` in this case) conventionally represents an error parameter. If an error occurs during the execution of the function, it will be passed as the first argument to the callback.

      Now, let's break down the code:

      ```javascript const storage = multer.diskStorage({ destination: function (req, file, cb) { cb(null, '/tmp/my-uploads'); // Specify the destination folder }, filename: function (req, file, cb) { const uniqueSuffix = Date.now() + '-' + Math.round(Math.random() * 1E9); cb(null, file.fieldname + '-' + uniqueSuffix); // Specify the filename } });

      const upload = multer({ storage: storage }); ```

      1. storage: This variable is an instance of multer.diskStorage, which is a storage engine for multer that allows you to control the storage destination and file naming.

      2. destination: This is a function that determines the folder where the uploaded files will be stored. In this case, it is set to '/tmp/my-uploads'. The cb function is called with null (indicating no error) and the destination folder path.

      3. filename: This is a function that determines the name of the uploaded file. It appends a unique suffix to the original filename using the current timestamp and a random number. The cb function is called with null (indicating no error) and the generated filename.

      Here's an example of how you might use this setup in an Express route:

      ```javascript const express = require('express'); const multer = require('multer'); const app = express(); const port = 3000;

      app.post('/upload', upload.single('myFile'), (req, res) => { res.send('File uploaded successfully!'); });

      app.listen(port, () => { console.log(Server is running on port ${port}); }); ```

      In this example, a file with the field name 'myFile' is expected to be uploaded. The upload.single('myFile') middleware handles the file upload using the configured storage engine. - destination: Determines the folder where uploaded files should be stored. If not provided, the operating system's default directory for temporary files is used. It can be either a string or a function. - filename: Determines the name of the file inside the destination folder. If not provided, each file is given a random name without an extension.

      MemoryStorage:

      The MemoryStorage engine stores files in memory as Buffer objects. It doesn't have additional options:

      javascript const storage = multer.memoryStorage(); const upload = multer({ storage: storage });

      When using memory storage, the file info will contain a field called buffer that contains the entire file.

      Warning: Uploading very large files or numerous small files quickly can cause your application to run out of memory when using memory storage.

      Limits:

      An object specifying size limits for different properties when uploading files. It's passed into busboy directly, and you can set the following limits:

      • fieldNameSize: Max field name size (default: 100 bytes)
      • fieldSize: Max field value size (default: 1MB)
      • fields: Max number of non-file fields (default: Infinity)
      • fileSize: Max file size for multipart forms (default: Infinity)
      • files: Max number of file fields for multipart forms (default: Infinity)
      • parts: Max number of parts (fields + files) for multipart forms (default: Infinity)
      • headerPairs: Max number of header key=>value pairs to parse for multipart forms (default: 2000)

      Specifying limits helps protect your site against denial of service (DoS) attacks.

      fileFilter:

      You can set a function to control which files should be uploaded and which should be skipped. The function should look like this:

      javascript function fileFilter(req, file, cb) { // The function should call `cb` with a boolean to indicate if the file should be accepted // To reject a file, pass `false`, to accept, pass `true` // You can pass an error if something goes wrong cb(null, true); }

      Error Handling:

      Multer delegates errors to Express. If you want to catch errors specifically from Multer, you can call the middleware function yourself. Additionally, you can use the MulterError class attached to the multer object to catch only Multer-specific errors:

      ```javascript const upload = multer().single('avatar');

      app.post('/profile', function (req, res) { upload(req, res, function (err) { if (err instanceof multer.MulterError) { // A Multer error occurred when uploading. } else if (err) { // An unknown error occurred when uploading. } // Everything went fine. }); }); ```

      Custom Storage Engine:

      For information on building your own storage engine, refer to the "Multer Storage Engine" documentation.

      License:

      Multer is licensed under the MIT license.

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Major changes:

      Removed any claim of label-free detection, clarifying that ADeS can predict apoptotic events without apoptotic probes

      Provided a github repository with the executable code ( https://github.com/mariaclaudianicolai/ADeS )

      Uploaded all imaging data used to train and benchmark ADeS on Zenodo ( https://zenodo.org/uploads/10260643 )

      Added supplementary movie showing degraded performance on noisy movie in vivo (Supplementary Movie 3)

      Generated a supplementary figure showing the effect of noise on prediction accuracy (Supplementary Figure 4)

      Minor changes:

      Line 6: added Benjamin Grädel and Mariaclaudia Nicolai to the list of authors

      Line 44: dynamics

      Line 54: updated reference to a published paper

      Line 65: fixed spelling of "chronic"

      Line 74: fixed spelling of "limitations"

      Line 76: changed “biochemical reporters” to “fluorescent probes”

      Line 77: changed “label-free” to “probe-free”

      Line 85: “can apply” to "can be applied"

      Line 109: The citation is updated to appear in the reference

      Lines 143-144: Fixed statement about apoptotic cells having non-significant displacement compared to arrested cells

      Line 156: Figure 3 is cited

      Line 185 and Fig 3 legends: “chore” to "core"

      Lines 187 and 248: “withouth” to "without"

      Lines 177-178: introduced acronyms for deep learning networks

      Lines 276-277: Added interval ranges to clarify subgroups observed in Figure 6F

      Line 284: substituted “SNR” with “signal-to-noise ratio”

      Line 286: mentioned “Supplementary Movie 3”

      Line 515: explicitly defined “field of view” instead of “FOVs”

      Lines 604-606: Added data availability section

      Line 822: modified caption of Figure 1D to explain the estimation of nuclear area over time

      Lines 911-912: Explained gray area in caption of figure 8B-C

      Supplementary figure 1: removed “Neu” and “Eos” acronyms from caption. Introduced definition of “FOV” and “SNR” acronyms

      Editorial assessment

      This valuable work by Pulfer et al. advances our understanding of spatial-temporal cell dynamics both in vivo and in vitro. The authors provide convincing evidence for their innovative deep learning-based apoptosis detection system, ADeS, that utilizes the principle of activity recognition. Nevertheless, the work is incomplete due to the authors' claim that their system is valid for non-fluorescently labeled cells, without evidence supporting this notion. After revisions, this work will be of broad interest to cell biologists and neuroscientists

      We acknowledge that the “label-free” claim was misleading, and in the revised manuscript we addressed this aspect by stating that ADeS is “probe-free”, not requiring any apoptotic marker. For this reason we kindly ask the editor to modify its assessment concerning the work being incomplete, as our tool was specifically meant for fluorescent microscopy.

      Reviewer #1 (Public Review):

      Summary:

      Pulfer et al., describe the development and testing of a transformer-based deep learning architecture called ADeS, which the authors use to identify apoptotic events in cultured cells and live animals. The classifier is trained on large datasets and provides robust classification accuracies in test sets that are comparable to and even outperform existing deep learning architectures for apoptosis detection. Following this validation, the authors also design use cases for their technique both in vitro and in vivo, demonstrating the value of ADeS to the apoptosis research space.

      Strengths:

      ADeS is a powerful tool in the arsenal of cell biologists interested in the spatio-temporal co-ordinates of apoptotic events in vitro, since live cell imaging typically generates densely packed fields of view that are challenging to parse by manual inspection. The authors also integrate ADeS into the analysis of data generated using different types of fluorescent markers in a variety of cell types and imaging modalities, which increases its adaptability by a larger number of researchers. ADeS is an example of the successful deployment of activity recognition (AR) in the automated bioimage analysis space, highlighting the potential benefits of AR to quantifying other intra- and intercellular processes observable using live cell imaging.

      Weaknesses:

      A major drawback was the lack of access to the ADeS platform for the reviewers; the authors state that the code is available in the code availability section, which is missing from the current version of the manuscript. This prevented an evaluation of the usability of ADeS as a resource for other researchers.

      We acknowledge that having access to the code is pivotal, and therefore in this revised version we deposited the Python code deploying our DL model on github (link). Moreover, we included in the revised manuscript the training datasets (in vitro and in vivo), as well as all the testing videos used to benchmark ADeS.

      The authors also emphasize the need for label-free apoptotic cell detection in both their abstract and their introduction but have not demonstrated the performance of ADeS in a true label-free environment where the cells do not express any fluorescent markers.

      The system was developed to primarily analyze data acquired via fluorescent microscopy, which relies on fluorescent staining to visualize cells. Therefore, it is not possible to evaluate our methodology in a 100% label-free environment. What we meant using the term “label-free” is that our method can detect apoptotic events based exclusively on morphological cues, without the use of fluorescent apoptotic reporters. We acknowledge that this terminology was misleading and we apologize for the misunderstanding. To amend this, in our revised paper we avoid using the term “label-free”, referring instead to “probe-free” detection.

      While Pulfer et al., provide a wealth of information about the generation and validation of their DL classifier for in vitro movies, and the utility of ADeS is obvious in identifying apoptotic events among FOVs containing ~1700 cells, the evidence is not as strong for in vivo use cases. They mention the technical challenges involved in identifying apoptotic events in vivo, and use 3D rotation to generate a larger dataset from their original acquisitions. However, it is not clear how this strategy would provide a suitable training dataset for understanding the duration of apoptotic events in vivo since the temporal information remains the same.

      One of the main challenges encountered in vivo was the difficulty of capturing rare events such as apoptosis in physiological conditions. Moreover the lack of publicly available datasets further prevented us from collecting an extended training dataset suitable for data-hungry techniques such as supervised deep learning. Resorting to 3D rotations was a strategy to exploit the visual information within acquisition volumes to train our classifiers for 2D detection. This approach is a common data augmentation technique that can naturally increment the size of a dataset by displaying the same object from different angles. However this technique does not explicitly address temporal aspects of the apoptotic events, such as their duration. The duration of the apoptotic events was empirically estimated to obtain a temporal window suitable for detection (Supplementary Figure 1K-L).

      The authors also provide examples of in vivo acquisitions in their paper, where the cell density appears to be quite low, questioning the need for automated apoptotic detection in those situations. In the use cases for in vivo apoptotic detection using ADeS (Fig 8), it appears that the location of the apoptotic event itself was obvious and did not need ADeS, as in the case of laser ablation in the spleen and the sparse distribution of GFP labeled neutrophils in the lymph nodes.

      Before addressing the need for these methodologies in vivo, we provide a proof of concept for their applicability. Accordingly, in vivo acquisitions present several visual artifacts and challenges that can hamper activity recognition techniques. Therefore, from a computer vision perspective, the successful implementation of ADeS in vivo is an achievement per se.

      Concerning its need, we showed in supplementary figure 3 that ADeS is robust to increasingly populated fields of view, and might be useful in detecting hindered apoptotic events as well as in reducing human-bias.

      Finally, the authors also mention that video quality altered the sensitivity of ADeS in vivo (Fig 6L) but fail to provide an example of ADeS implementation on a video of poor quality, which would be useful for end users to assess whether to adopt ADeS for their own live cell movies.

      In figure 6L we quantitatively showed that videos affected by low quality were negatively affecting the sensitivity of ADeS. In this revised version we included a supplementary movie (supplementary movie X) depicting ADeS performances in high signal-to-noise conditions. We also addressed this aspect in vitro, by generating a synthetic degradation of the movie quality and measuring the effect on the performances (supplementary figure 4).

      Reviewer #2 (Public Review):

      Summary:

      Pulfer A. et al. developed a deep learning-based apoptosis detection system named ADeS, which outperforms the currently available computational tools for in vitro automatic detection. Furthermore, ADeS can automatically identify apoptotic cells in vivo in intravital microscopy time-lapses, preventing manual labeling with potential biases. The authors trained and successfully evaluated ADeS in packed epithelial monolayers and T cells distributed in 3D collagen hydrogels. Moreover, in vivo, training and evaluation were performed on polymorphonucleated leukocytes in lymph nodes and spleen.

      Strengths:

      Pulfer A. et colleagues convincingly presented their results, thoroughly evaluated ADeS for potential toxicity assay, and compared its performance with available state-of-the-art tools.

      Weaknesses:

      The use of ADeS is still restricted to samples where cells are fluorescently labeled either in the cytoplasm or in the nucleus, which limits its use for in vitro toxicity assays that are performed on primary cells or organoids (e.g., iPSCs-derived systems) that are normally harder to transfect. In conclusion, ADeS will be a useful tool to improve output quality and accelerate the evaluation of assays in several research areas with basic and applied aims.

      As addressed in the answer to reviewer one, we primarily focused on fluorescent microscopy, which implies fluorescent labeling of the cells. The application to other imaging platforms was not the scope of our study. However, a model to infer apoptosis within other imaging solutions, e.g. brightfield, could be explored in future analogue studies.

    2. Reviewer #1 (Public Review):

      Summary:<br /> Pulfer et al., describes the development and testing of a transformer based deep learning architecture called ADeS, which the authors use to identify apoptotic events in cultured cells and live animals. The classifier is trained on large datasets and provides robust classification accuracies in test sets that are comparable to and even outperform existing deep learning architectures for apoptosis detection. Following this validation, the authors also design use cases for their technique both in vitro and in vivo, demonstrating the value of ADeS to the apoptosis research space.

      Strengths:

      ADeS is a powerful tool in the arsenal of cell biologists interested in the spatio-temporal co-ordinates of apoptotic events in vitro, since live cell imaging typically generates densely packed fields of view that are challenging to parse by manual inspection. The authors also integrate ADeS into the analysis of data generated using different types of fluorescent markers in a variety of cell types and imaging modalities, which increases its adaptability by a larger number of researchers. ADeS is an example of successful deployment of activity recognition (AR) in the automated bioimage analysis space, highlighting the potential benefits of AR to quantifying other intra- and intercellular processes observable using live cell imaging.

      Weaknesses:

      A major drawback was the lack of access to the ADeS platform for the reviewers; the authors state that the code is available in the code availability section, which is missing from the current version of the manuscript. This prevented an evaluation of the usability of ADeS as a resource for other researchers. The authors also emphasize the need for label-free apoptotic cell detection in both their abstract and their introduction but have not demonstrated the performance of ADeS in a true label-free environment where the cells do not express any fluorescent markers. While Pulfer et al., provides a wealth of information about the generation and validation of their DL classifier for in vitro movies, and the utility of ADeS is obvious in identifying apoptotic events among FOVs containing ~1700 cells, the evidence is not as strong for in vivo use cases. They mention the technical challenges involved in identifying apoptotic events in vivo, and use 3D rotation to generate a larger dataset from their original acquisitions. However, it is not clear how this strategy would provide a suitable training dataset for understanding the duration of apoptotic events in vivo since the temporal information remains the same. The authors also provide examples of in vivo acquisitions in their paper, where the cell density appears to be quite low, questioning the need for automated apoptotic detection in those situations. In the use cases for in vivo apoptotic detection using ADeS (Fig 8), it appears that the location of the apoptotic event itself was obvious and did not need ADeS, as in the case of laser ablation in the spleen and the sparse distribution of GFP labeled neutrophils in the lymph nodes. Finally, the authors also mention that video quality altered the sensitivity of ADeS in vivo (Fig 6L) but fail to provide an example of ADeS implementation on a video of poor quality, which would be useful for end users to assess whether to adopt ADeS for their own live cell movies.

    1. Assistive technologies give tools to disabled people to help them become more “normal.”

      I’ve seen this being done in coding through screen readers for visually impaired people. When someone wants to write out code, the screen reader will assist in reading out what a person is typing. However, assistive technology still has a long way to go. For instance, it cannot tell what an image is and can only read out the image ID.

    1. A web designer can change a single letter on a single page, and someone viewing the page thousands of miles away can hit “refresh” on their browser and have the change instantly before them.

      When I made my first website with HTML and CSS I noticed that every time I changed the code and hit refresh the change would apply to the website, it was a really cool and helpful thing it allowed me to test out some ideas and find out what fits best.

    1. Résumé vidéo [00:29:16][^1^][1] - [00:50:12][^2^][2]:

      La deuxième partie de la vidéo parle de l'enseignement explicite, une méthode pédagogique qui vise à rendre explicites les objectifs, les stratégies et les critères d'évaluation d'une activité d'apprentissage. L'enseignement explicite repose sur des principes issus de la recherche en psychologie cognitive et en didactique.

      Points forts: + [00:29:26][^3^][3] Les avantages de l'enseignement explicite * Permet aux élèves de développer des compétences métacognitives * Donne des outils et des modèles pour structurer et organiser la pensée * Favorise la confiance et la motivation des élèves + [00:32:40][^4^][4] L'enseignement explicite et la réduction des inégalités * Bénéficie à tous les élèves, mais surtout aux plus faibles * Compense le manque d'explications et de soutien dans certains milieux * Rend visible ce qui est souvent implicite dans le code scolaire + [00:38:05][^5^][5] Comment se former à l'enseignement explicite * S'appuyer sur des ouvrages, des manuels et des travaux de recherche * Analyser l'activité à enseigner et la découper en étapes * Expliciter les objectifs, les procédures et les critères de réussite * Montrer et verbaliser les processus de résolution de problèmes

    1. https://github.com › microsoft › vscode-docs › blob › main › docs › setup › linux.mdVisual Studio Code on Linux - GitHub

    1. Author Response

      We thank the editors and the reviewers for their assessment of our revised manuscript. Please see bellow, our answers to the recommendations by reviewer #2.

      Figure S2F - Seems like a very narrow range of parameters. Is there some fine tuning here?

      The range of values of tau_P that yields previous-trial biases is bounded by below and above for the following reasons: above a certain value of tau_P (therefore large integration time), the bump that had formed in the previous trial is not strong enough to remain stable for a long time, and therefore dissipates by the time the current trial starts (especially when adaptation is fast, towards the left of the third panel). Below a certain value, instead, this integration timescale is small enough to quickly form a representation of the current trial, hence the bump from the previous trial quickly dissipates (due to mutual inhibition). This interplay between the integration and the adaptation timescale as well as considering a phenomenon which is bounded in time (how close the activity bump is to the second stimulus of the previous trial which is presented between -22.4 and -5.6 seconds from the moment we are considering) yields a region for tau_P which is bounded. This region, however, appears narrow due to the limited number of points we have considered for the simulation grid.

      Regarding my comment on lapse at the boundaries (old line 221). Lapse parameters in psychometric curves correspond to errors on the "easy" trials. But the mechanistic explanation for lapse trials is that there is a non-zero probability for the subject to respond in a manner that is random and independent of the stimulus. In the case of extreme stimuli, this is the only reason for errors, and thus looking at the edges of the psychometric curves allows to calculate lapse rate. But - the usual assumption for underlying mechanism is that the subject lapses in all trials, regardless of stimulus. If I understand correctly, this is different than the mechanistic reason for lapses in the network model, which was described as something that happens more in the edges than in the center. Or more generally, to be a stimulus-dependent effect.

      We thank the reviewer for this clarification. The reviewer is right that in our mechanistic model, lapses (as defined by errors on easy trials) are more likely to occur for extreme stimuli, due to the vicinity to the boundary of the attractor. Such errors also occur for non-extreme stimuli, when delay intervals are long enough for the bump in PPC to drift to the boundaries. In experiments, lapse trials as described by the reviewer occur due to multiple different reasons; for lapse that is independent of the stimuli, mechanisms such as attention have been thought to play a role, this however is not included in our model.

      What are the parameters for the distributions (skewed, bimodal, ...)?

      These parameters are reported in the legend of Fig.6, where the distributions appear.

      Bump with adaptation. Sorry for the draft-like comment. I don't think the existing studies are in the form you describe. I do think it might be useful to point readers to these studies. If an interested reader wishes to understand network dynamics in this and similar scenarios, it might be useful to have the pointers. The reference I had in mind was Romani, S., & Tsodyks, M. (2015). Short‐term plasticity based network model of place cells dynamics. Hippocampus, 25(1), 94-105.

      We thank the reviewer for the clarification, and we will include this reference in the Version of Record.


      The following is the authors’ response to the original reviews.

      eLife assessment

      This is an important study about the mechanisms underlying our capacity to represent and hold recent events in our memory and how they are influenced by past experiences. A key aspect of the model put forward here is the presence of discrete jumps in neural activity with the posterior parietal region of the cortex. The strength of evidence is largely solid, with some weaknesses noted in the methodology. Both reviewers suggested ways in which this aspect of the model can to be tested further and resolve conflicts with previously published experimental results, in particular the study by Papadimitriou et al 2014 in Journal of Neurophysiology.

      We thank the editors for their assessment. As mentioned in the cover letter, we have addressed all the reviewers’ concerns and would like to request and update of the assessment to reflect the revisions we have made.

      Public Reviews:

      We thank both reviewers for their careful reading and feedback that helped clarify many aspects of the model. Below, we address their comments.

      Reviewer #1 (Public Review):

      This paper aims to explain recent experimental results that showed deactivating the PPC in rats reduced both the contraction bias and the recent history bias during working memory tasks. The authors propose a twocomponent attractor model, with a slow PPC area and a faster WM area (perhaps mPFC, but unspecified). Crucially, the PPC memory has slow adaptation that causes it to eventually decay and then suddenly jump to the value of the last stimulus. These discrete jumps lead to an effective sampling of the distribution of stimuli, as opposed to a gradual drift towards the mean that was proposed by other models. Because these jumps are single-trial events, and behavior on single events is binary, various statistical measures are proposed to support this model. To facilitate this comparison, the authors derive a simple probabilistic model that is consistent with both the mechanistic model and behavioral data from humans and rats. The authors show data consistent with model predictions: longer interstimulus intervals (ISIs) increase biases due to a longer effect over the WM, while longer intertrial intervals (ITIs) reduce biases. Finally, they perform new experiments using skewed or bimodal stimulus distributions, in which the new model better fits the data compared to Bayesian models.

      The mechanistic proposed model is simple and elegant, and it captures both biases that were previously observed in behavior, and how these are affected by the ISI and ITI (as explained above). Their findings help rethink whether our understanding of contraction bias is correct.

      On the other hand, the main proposal - discrete jumps in PPC - is only indirectly verified.

      We agree with the reviewer that the evidence for discrete jumps in PPC has been provided in behavioural results (short-term, n-back trial biases), and not from neural data. However, we believe electrophysiological investigations are out of the scope of the current manuscript and future works are needed to further verify the results.

      The model predicts a systematic change in bias with inter-trial-interval. Unless I missed it, this is not shown in the experimental data. Perhaps the self-paced nature of the experiments allows to test this?

      We thank the reviewer for this great suggestion.

      We had not previously looked at this in the data for the reason that in the simulations, the ITI is set to either 2.2, 6 or 11 seconds, whereas the experiment is self-paced. Therefore, any comparison with the simulation should be made carefully.

      However, after the reviewer’s suggestion, we did look at the change in the bias with the inter-trial interval, by dividing trials according to ITIs lower than 3 seconds (“short” ITI), and higher than 3 seconds (“long” ITI). This choice was motivated by the shape of the distribution of ITIs, which is bimodal, with a peak around 1 second, and another after 3 seconds (new Fig 8F). Hence, we chose 3 seconds as it seemed a natural division. However, 3 seconds also happens to be approximately the 75th percentile of the distribution, and this means that there is much more data in the “short” ITI than the “long” ITI set. In order to have sufficient data in the “long” ITI for clearer effects we used all of our dataset – the negatively skewed, and also two bimodal distributions (of which only one was shown in the manuscript, for succinctness). This larger dataset allows us to clearly see not only a decreasing contraction bias with increasing ITI (Fig 8G), but also a decreasing onetrial-back attractive bias with increasing ITI (Fig 8H). We have uploaded all the datasets as well as scripts used to analyze them to this repository: https://github.com/vboboeva/ParametricWorkingMemory_Data.

      The data in some of the figures in the paper are hard to read. For instance, Figure 3B might be easier to understand if only the first 20 trials or so are shown with larger spacing. Likewise, Figure 5C contains many overlapping curves that are hard to make out.

      We have limited the dynamics in Fig 3B to the first 50 trials for better visibility. Likewise, as suggested, we report the standard error of the mean instead of the standard deviation in old Fig 5C (new Fig 6C) – this allows for the different curves to be better discernible.

      There is a gap between the values of tau_PPC and tau_WM. First - is this consistent with reports of slower timescales in PFC compared to other areas?

      Recent studies by Xiao-Jing Wang and colleagues (Refs. 1-3 below) suggest that may be the case. In Wang et al 2023, Ref 1 below), the authors use a generative model to study the concept of bifurcation in space in working memory, that is accompanied by an inverted-V shape of the time constants as a function of cortical hierarchy.

      Briefly, they propose a generative model of the cortex with modularity, incorporating repeats of a canonical local circuit connected via long-range connections. In particular, the authors define a hierarchy for each local circuit. At a critical point in this hierarchy axis, there is a phase transition from monostability to bistability in the firing rate. This means that a local circuit situated below the critical point will only display a low activity steady state, while those above the critical point additionally display a persistent activity steady state.

      The model predicts a critical slowing down of the neural fluctuations at the critical point, resulting in an inverted-V shape of the time constants as a function of the hierarchy. They test the predictions of their model – the bifurcation in space and that inverted-V-shaped time constants as a function of the hierarchy - on connectome-based models of the macaque and mouse cortex. Interestingly both datasets show similar behavior. In particular, during working memory, frontal areas (higher in the hierarchy, e.g. area 24c in macaques) has a smaller time constant relative to posterior parietal areas (lower in the hierarchy, like LIP or f7). We have now cited this new work.

      [1] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.04.543639v1

      [2] https://elifesciences.org/articles/72136

      [3] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.12.05.519094v3.abstract

      Second - is it important for the model, or is it mostly the adaptation timescale in PPC that matters?

      We have run simulations producing a phase diagram with tau_theta^P on the x-axis, tau^P on the y-axis, and in color, the fraction of trials in which the bump is in the vicinity of a target (Fig S2 F), before the network is presented with the second stimulus. This target can be the first stimulus s_1 (left), mean over stimuli (middle) and previous trial’s stimulus (right)). White point corresponds to parameters of the default network.

      In this phase diagram, the lowest value that tau_P takes is tau_WM=0.01. When tau_P=tau_WM, the bump is rarely in the vicinity of 1-trial-back stimulus, and we can see that tau_PPC should be greater than tau_WM in order for the model to yield 1-trial back effects. We conclude that it is indeed important for tau_PPC > tau_WM.

      We have included this in Fig S2 F of the manuscript.

      Regarding the relation to other models, the model by Hachen et al (Ref 45) also has two interacting memory systems. It could be useful to better state the connection, if it exists.

      The model proposed by Hachen et al is conceptually different in that one module stores the mean of the sensory stimulus; it could be related to a variant of our model where adaptation is turned off in the PPC network (Fig S2 A). However, the task they model is also different: subjects have to learn the location of a boundary according to which the stimulus is classified as ‘weak’ or ‘strong’, set by the experimenter. Hence, it is a task where learning is needed - this contrasts with the task we are modelling, where only working memory is required. How task demands reconfigure existing circuits via dynamics and/or learning to perform different computations is a fascinating area of research that is outside the scope of this work.

      Reviewer #2 (Public Review):

      Working memory is not error free. Behavioral reports of items held in working memory display several types of bias, including contraction bias and serial dependence. Recent work from Akrami and colleagues demonstrates that inactivating rodent PPC reduces both forms of bias, raising the possibility of a common cause.

      In the present study, Boboeva, Pezzotta, Clopath, and Akrami introduce circuit and descriptive variants of a model in which the contents of working memory can be replaced by previously remembered items. This volatility manifests as contraction bias and serial dependence in simulated behavior, parsimoniously explaining both sources of bias. The authors validate their model by showing that it can recapitulate previously published and novel behavioral results in rodents and neurotypical and atypical humans.

      Both the modeling and the experimental work is rigorous, providing compelling evidence that a model of working memory in which reports sometimes sample past experience can produce both contraction bias and serial dependence, and that this model is consistent with behavioral observations across rodents and humans in the parametric working memory (PWM) task.

      Evidence for the model advanced by the authors, however, remains incomplete. The model makes several bold predictions about behavior and neural activity, untested here, that either conflict with previous findings or have yet to be reported but are necessary to appropriately constrain the model.

      First, in the most general (descriptive) formulation of the Boboeva et al. model, on a fraction of trials items in working memory are replaced by items observed on previous trials. In delayed estimation paradigms, which allow a more direct behavioral readout of memory items on a trial-by-trial basis than the PWM task considered here, reports should therefore be locked to previous items on a fraction of trials rather than display a small but consistent bias towards previous items. However, the latter has been reported (e.g., in primate spatial working memory, Papadimitriou et al., J Neurophysiol 2014). The ready availability of delayed estimation datasets online (e.g., from Rademaker and colleagues, https://osf.io/jmkc9/) will facilitate in-depth investigation and reconciliation of this issue.

      As pointed out by the reviewer, in the PWM task that we are modelling here, the activity in the network is used to make a binary decision. However, it is possible to directly analyse the network activity before the onset of the second stimulus.

      In their manuscript, Papadimitriou et al. study a memory-guided saccade task in nonhuman primates and argue that the animals display a small but consistent bias towards previous items (Fig 2). In that figure, the authors compute the error as the difference between the saccade direction and target direction in each trial. They compute this error for all trials in which the preceding trial’s target direction is between 35° and 85° relative to the current trial (counterclockwise with respect to the current trial’s target). They discover that the residual error distribution is unimodal with a mode at 1.29° and a mean at 2.21° (positive, so towards the preceding target’s direction), from which they deduce a small but systematic bias towards previous trial targets.

      We have computed a similar measure for our network with default parameters (Table 1), by subtracting the location of the bump at the end of the delay interval (s_hat(t), ‘saccade’) from the initial location of the first stimulus in the current trial (s1(t) or the ‘target’). We have done this for all trials where s1(t)=0.2, and where s2(t-1) takes specific values. These distributions are characterized by two modes. The first corresponds to those trials where the bump is not displaced in WM (i.e. mean of zero). We can also see the appearance of a second mode at the location of s1(t) - s2(t-1), corresponding to the displacements towards the preceding trial’s stimulus described in the main text. If, instead, we limit the analysis to a small range of previous trials close to s1(t) (similar to Papadimitriou et al) then the distribution of residual errors will appear unimodal, as the two modes merge. Importantly, note that there is a large variability around the second mode, expressing a more complex dynamics in the network. As can be seen in Fig 3B, the location of the bump is not always slaved to the one in the PPC in a straightforward way -- due to the adaptation in the PPC, the global inhibition in the connectivity kernel, as well as interleaved design for various delay intervals, the WM bump can be displaced in nontrivial ways (see also Recommendation no 4), yielding the dispersion around the second peak. It remains to be seen whether such patterns can be observed in the data from previous works on continuous working memory recall (including Papadimitriou et al). However, to our knowledge, such detailed and full analysis of errors at the level of individual trials has not been done.

      In summary, this analysis shows that the type of dynamics in our network is not one of the two cases: 1) small and systematic bias in each and every trial or 2) large error that occurs only rarely; rather, the dispersion around both modes suggests that the dynamics in our model are a mixture of these two limit cases.

      We have also performed another typical analysis, reported in several continuous recall tasks (e.g. Jazayeri and Shadlen 2010) where contraction bias has been reported. We plot WM bump locations after the delay period for every trial (s_hat(t)), and their averages, against the nominal value of s1(t). We see that the mean WM location deviates from the identity line toward the mean values of s1(t), again showing contraction bias as an average effect, while individual trials follow the dynamics explained above.

      We have now included a new section on continuous recall (Sect. 1.5 and a new figure (Fig 5)), which details the two above-mentioned analyses. The analysis of freely available datasets of delayed estimation tasks, unfortunately, is out of the scope of this work, and we leave such analyses to future studies.

      Second, the bulk of the modeling efforts presented here are devoted to a circuit-level description of how putative posterior parietal cortex (PPC) and working-memory (WM) related networks may interact to produce such volatility and biases in memory. This effort is extremely useful because it allows the model to be constrained by neural observations and manipulations in addition to behavior, and the authors begin this line of inquiry here (by showing that the circuit model can account for effects of optogenetic inactivation of rodent PPC).

      Further experiments, particularly electrophysiology in PPC and WM-related areas, will allow further validation of the circuit model. For example, the model makes the strong prediction that WM-related activity should display 'jumps' to states reflecting previously presented items on some trials. This hypothesis is readily testable using modern high-density recording techniques and single-trial analyses.

      As mentioned in response to the previous comment, we note again that in the WM network, the bump ‘displacement’ has a complex dynamics -- the examples we have provided in Fig 1A and 2B mainly show the cases in which jumps occur in the WM network, but this is not the only type of dynamics we observe in the model. We do have instances in which the continuity of the model causes drift across values, and we have now replaced the right panel in Fig 2B with one such instance, in order to emphasize that this displacement towards the previous trial’s stimulus (s2(t-1)) can occur in various ways. For a more thorough analysis, we have analyzed the distance between s1(t) and the position of the bump in the WM network at the end of the delay period s_hat(t), conditioned on specific values of s1(t) and s2(t-1) (Fig 5C). In this figure, we can see the appearance of two modes: one centered around 0, corresponding to the correct trials where the stimulus is kept in WM (s1(t) = s_hat(t)), and another mode centered around s2(t-1), the location of the second stimulus of the previous trial, where the bump is displaced. Note, as we explain in Sect. 1.5, the large dispersion around this second mode, which suggests that the bump is not always displaced to that specific location and may undergo drift.

      We agree with the reviewer that future electrophysiological experiments (or analysis of existing datasets) are necessary for validation of these results.

      Finally, while there has been a refreshing movement away from an overreliance on p-values in recent years (e.g., Amrhein et al., PeerJ 2017), hypothesis testing, when used appropriately, provides the reader with useful information about the amount of variability in experimental datasets. While the excellent visualizations and apparently strong effect sizes in the paper mitigate the need for p-values to an extent, the paucity of statistical analysis does impede interpretation of a number of panels in the paper (e.g., the results for the negatively skewed distribution in 5D, the reliability of the attractive effects in 6a/b for 2- and 3- trials back).

      We share the reviewer’s criticism towards the misuse of p-values – in order for a clearer interpretation of old Fig 5D (new Fig 7E), we have looked at the 2 and 3 trials-back biases by using all of our dataset – the negatively skewed, and also two bimodal distributions (of which only one was shown in the manuscript). This larger dataset of 43 subjects (approximately 17,200 trials) allows us to clearly see the 2 and 3 trial back attractive biases, and the effect that the delay interval exerts on them.

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      Fig 5 A&C - It might be beneficial to separate the distribution of stimuli from the performance. It is hard to read the details of the performance, especially with error bars.

      Following the next recommendation, we have exchanged the standard deviation to standard errors of the mean, hopefully this allows to better read the performance.

      Fig 5C. The number of participants should be written. Perhaps standard errors instead of standard deviation?

      We have now changed the standard deviation to standard errors of the mean and included the number of participants in the figure.

      Fig 2B - hard to understand, because there is no marking of where "perfect" memory of s1 would be.

      The perfect memory of s1 is shown in the upper panel as black bars.

      Fig 3B. dot number 9 (blue, around 0.7) - why is WM higher than stimulus?

      This trial has a long ISI (blue means 10s). During this delay, the bump in the PPC, under the influence of adaptation, drifts far below the first stimulus (note that the previous trial also had its first stimulus in the same location, as a result of which the adaptative thresholds have built up significantly, causing the bump to move away from that location). During this delay period, neurons in the WM network receive inputs from the PPC network: if this input is strong enough, it can disrupt an existing bump; if not, this input still exerts inhibiting influence on the existing bump via the global inhibition in the connectivity. This can cause an existing bump to slowly drift in a random direction, and finally dissipate. Note that the lines in Fig 2B represent the neuron with the maximal activity, this activity may be a stable bump, or an unstable bump that may soon dissipate.

      Other examples with similar dynamics include trials 43 and 54.

      L167 fewer -> smaller

      We have now corrected this.

      Fig 3C - bump can also be in between. Is this binned?

      We have not binned the length of the attractor; to produce that figure, we check whether the position of the neuron with the maximal firing rate is within a distance of ±5% of the length of the whole line attractor from the target location.

      L221 Lapse at the boundary of attractor. This seems very different from behavior. Specifically, if it is in the boundaries, it should be stimulus dependent.

      Very sorry, we did not manage to understand the reviewer’s comment.

      L236 are -> is

      We have now corrected this.

      Fig S4 - should be mostly in main text.

      Part of this figure is in Fig 6A, but given the amount of detail, we think Supplementary Material is better suited.

      L253-254. Differences across all distributions - very minor except the bimodal case.

      That is correct, this is why we conducted the experiment with the bimodal distribution, to better differentiate the predictions of the two models.

      L273 extra comma after "This probability"

      We have now corrected this.

      ITI was only introduced in section 1.5.2. Perhaps worth mentioning the default 5s value earlier in the paper.

      We have now mentioned this in line 97-98.

      Fig S6B title: perhaps "previous stimuli"?

      We have now corrected this.

      L364 i"n A given trial"

      Equation 2 - no decay term?

      Thank you for pointing out this error, we have now corrected this.

      Equation 5,6 are j^W and j^P indices of neurons in those populations?

      Yes, j^W indexes neurons in the WM network, and j^P those in the PPC. We have now added this in the text for clarity.

      Bump with adaptation - other REFs? Sandro?

      We are aware of continuous bump attractors implementing short-term synaptic plasticity in various studies (including by Sandro Romani), but not in the form we have described. May the reviewer kindly point us towards the relevant literature.

      Free boundary - what is the connectivity for neurons 1 and N? Is it weaker than others? Is the integral still 1? Does this induce some bias on the extreme values?

      The connectivity of the network is all-to-all. However, as expressed by Eq. (3), the distance-dependent contribution to the weights, K, decreases exponentially as we move from neuron 1 onwards, and from neuron N down. The sum (or integral, in the large-N limit) of the K_ij for j on either side of neuron i is unity only when i is sufficiently far from 1 or N. We have rephrased the paragraph starting in line 516 to make this clearer.

      The presence of a boundary could introduce a bias in theory, but in practice, it affects the dynamics only when the bump drifts sufficiently close to it. The smallest stimulus in the simulated task has amplitude 0.2, with width 0.05, which implies the activation of 50 neurons on either side of neuron 400. If one compares this with the width of the kernel K in stimulus space (d_0 = 0.02), which spans ~10 neurons, we can see that the bump of activity stays mostly far from the boundary. It is possible, though it is observed rarely, when several consecutive long delay intervals happen to occur, that the bump in PPC drifts beyond the location corresponding to either the minimum or maximum stimulus.

      Code availability?

      Code simulating the dynamics of the network as well as analysing the resulting data can be found in the following repository: https://github.com/vboboeva/ParametricWorkingMemory Code used to analyse human behavioural data and fit them with our statistical model can be found in this repository: https://github.com/vboboeva/ParametricWorkingMemory_Data Code used to run the auditory PWM experiments with human subjects (adapted from Akrami et al 2018) can be found here: https://github.com/vboboeva/Auditory_PWM_human

      L547 stimuli

      We have now corrected this.

      Equation 14 uses both stimuli. Was this the same for the rest of analysis in the paper (first figures for instance)?

      This equation was used for all GLM analyses (Figs 9 and S6).

      D0 is very small (0.02). Does this mean that activity is essentially discrete in the model? Fig 1A & 2B - the two examples of model activity suggest this is the case. In other words - are there cases where the continuity of the model causes drift across values? Can you show an example (similar to Fig 1A)?

      Since this point has been raised beforehand, we refer to the first comment, Fig 2B and Sect. 1.5 for the response to this question.

      Table 1 - inter trial interval 6. Text says 5

      We have now corrected this in the text.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      In addition to my review above, I just have a few minor comments:

      • If I understood correctly, the squares inside the purple rectangle in Figure 1B are meant to show a gradation from red to blue, but this was hard to make out in the pdf.

      Actually the squares are all on one side or the other of the diagonal, therefore they do not have any gradation.

      • line 164: "The resulting dynamics... [are]?"

      We have corrected this in the text.

      • Fig 7B legend: "The network performance is on average worse for longer ITIs" – correct?

      This was a mistake, we have replaced worse with better.

      Other comments

      We realized that the colorbar reported the incorrect fraction classified in Figs 1B, 2C, 7B (new 8B), S2C, S3A, S5B. We have corrected this in the new version of the manuscript.

      We also found a minor mistake in one of our analysis codes that computed the n-trial back biases for different delay intervals. This did not change our results, actually made the effects clearer. The figures concerned are Fig 3F and new Fig 7E.

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      eLife assessment

      This article describes a useful python-based image-analysis tool for bacteria growing in the 'mother-machine' microfluidic device. This new method for image segmentation and tracking offers a user-friendly graphical interface based on the previously developed, promising environment for image analysis 'Napari'. The authors demonstrate the usefulness of their software and its robust performance by comparing it to other methods used for the same purpose. The comparison provides solid support for the new method, although it would have been even stronger if tested using data sets from other groups. This article will be of interest for scientists who utilize the 'mother machine', not least because it also provides a short overview of how to set up this widely used device.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public Review):

      The authors aim to develop an easy-to-use image analysis tool for the mother machine that is used for single-cell time-lapse imaging. Compared with related software, they tried to make this software more user-friendly for non-experts with a design of "What You Put Is What You Get". This software is implemented as a plugin of Napari, which is an emerging microscopy image analysis platform. The users can interactively adjust the parameters in the pipeline with good visualization and interaction interface.

      Strengths:

      • Updated platform with great 2D/3D visualization and annotation support.

      • Integrated one-stop pipeline for mather machine image processing.

      • Interactive user-friendly interface.

      • The users can have a visualization of intermediate results and adjust the parameters.

      We thank the reviewer for their positive comments.

      Weaknesses:

      • Based on the presentation of the manuscript, it is not clear that the goals are fully achieved.

      • Although there is great potential, there is little evidence that this tool has been adopted by other labs.

      • The comparison of Otsu and U-Net results does not make much sense to me. The systematic bias could be adjusted by threshold change. The U-Net output is a probability map with floating point numbers. This output is probably thresholded to get a binary mask, which is not mentioned in the manuscript. This threshold could also be adjusted. Actually, Otsu is a segmentation method and U-Net is an image transformation method and they should not be compared together. U-Net output could also be segmented using Otsu.

      We agree that the comparison of the classical and U-Net results may be misleading. As the reviewer points out, the issue ultimately comes down to thresholding. Indeed, the threshold of both the Otsu and U-Net outputs could be adjusted to bring them into line with each other. The comparison between the Otsu pipeline and U-Net pipeline is meant to illustrate that any pipeline (making use of a variety of methods) may be highly susceptible to the value of a user-input (or hard-coded threshold).

      We have clarified the discussion to emphasize that the comparison is not specifically between U-Net and Otsu but between the two pipelines (lines 238 - 257).

      We have also clarified that the U-Net probability map output was binarized with a threshold of 0.5 (lines 538-541). We note the same activation function and threshold are used in DeLTA. As the reviewer points out, Otsu’s method could indeed be applied to threshold the U-Net output as well. What we referred to as the “Otsu” MM3 method itself uses Otsu thresholding coupled with a Euclidean distance transform and a Random Walker algorithm. For clarity we now refer to it as a classical or non-learning method in the text.

      • The diversity of datasets used in this study is limited.

      We have added a section “Testing napari-MM3 on other datasets” (lines 187-196) evaluating the performance of MM3 on 4 datasets (3 E. coli, 1 Corynebacterium glutamicum) from outside our lab, demonstrating its versatility.

      • There is some ambiguity in the main point of this manuscript, the title and figures illustrate a complete pipeline, including imaging, image segmentation, and analysis. While the abstract focus only on the software MM3. If only MM3 is the focus and contribution of this manuscript, more presentations should focus on this software tool. It is also not clear whether the analysis features are also integrated with MM3 or not.

      We have added a line (lines 160-162) clarifying that final analysis and plotting must be done outside of napari. MM3 itself processes raw microscopy images, segments cells and reconstructs cell lineages (Figure 2).

      • The impact of this work depends on the adoption of the software MM3. Napari is a promising platform with expanding community. With good software user experience and long-term support, there is a good chance that this tool could be widely adopted in the mother machine image analysis community.

      We thank the reviewer for their endorsement of MM3’s potential.

      • The data analysis in this manuscript is used as a demo of MM3 features, rather than scientific research.

      Reviewer #2 (Public Review):

      The authors present an image-analysis pipeline for mother-machine data, i.e., for time-lapses of single bacterial cells growing for many generations in one-dimensional microfluidic channels. The pipeline is available as a plugin of the python-based image-analysis platform Napari. The tool comes with two different previously published methods to segment cells (classical image transformation and thresholding as well as UNet-based analysis), which compare qualitatively and quantitatively well with the results of widely accessible tools developed by others (BACNET, DelTA, Omnipose). The tool comes with a graphical user interface and example scripts, which should make it valuable for other mother-machine users, even if this has not been demonstrated yet.

      We thank the reviewer for their positive comments.

      The authors also add a practical overview of how to prepare and conduct mother-machine experiments, citing their previous work and giving more advice on how to load cells using centrifugation. However, the latter part lacks detailed instructions.

      We have added a more detailed experimental protocol, including the procedure we use for cell loading, to the lab github page https://github.com/junlabucsd/mother-machine-protocols (linked in the main text).

      Finally, the authors emphasize that machine-learning methods for image segmentation reproduce average quantities of training datasets, such as the length at birth or division. Therefore, differences in training can propagate to difference in measured average quantities. This result is not surprising and is normally considered a desired property of any machine-learning algorithm as also commented on below.

      Points for improvement:

      Different datasets: The authors demonstrate the use of their method for bacteria growing in different growth conditions in their own microscope. However, they don't provide details on whether they had to adjust image-analysis parameters for each dataset. Similarly, they say that their method also works for other organisms including yeast and C. elegans (as part of the Results section) but they don't show evidence nor do they write whether the method needs to be tuned/trained for those datasets. Finally, they don't demonstrate that their method works on data from other labs, which might be different due to differences in setup or imaging conditions.

      We have added a section “Testing napari-MM3 on other datasets” (lines 187-196) evaluating the performance of MM3 on 4 datasets (3 E. coli, 1 Corynebacterium glutamicum) from outside our lab, demonstrating its versatility. We provide details of the procedure and parameters used in the Methods section. (“Analysis of external datasets” lines 476-486).

      Bias due to training sets:

      The bias in ML-methods based on training datasets is not surprising but arguably a desired property of those methods. Similarly, threshold-based classical segmentation methods are biased by the choice of threshold values and other segmentation parameters. A point that would have profited from discussion in this regard: How to make image segmentation unbiased, that is, how to deliver physical cell boundaries? This can be done by image simulations and/or by comparison with alternative methods such as fluorescence microscopy.

      We agree this is an important point. We have revised the relevant sections (lines 238 - 270) to add context to the discussion of bias in both classical and deep learning methods. We have added a subsection (lines 401 - 410) discussing methods to this end, such as synthetic training data generation or calibrating the segmentation to fluorescence images.

      The authors stress the user-friendliness of their method in comparison to others. For example, they write: 'Unfortunately, many of these tools present a steep learning curve for most biologists, as they require familiarity with command line tools, programming, and image analysis methods.' I suggest to instead emphasize that many of the tools published in recent years are designed to be very use friendly. And as will all methods, MM3 also comes at a prize, which is to install Napari followed by the installation of MM3, which, according to their own instructions, is not easy either.

      We have modified our language to acknowledge that indeed recent software such as DeLTA and BACMMAN make a point to be user-friendly and accessible (lines 52-53).

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      -The resources, including documentation and code, are referenced and are not easy to find. It should be easier for readers to curate them in a separate Resources section.

      We have created a Resources section in the Methods (top of first page) with the documentation, code and protocols hyperlinked.

      • It would be easier to understand the usage of MM3 with a screen recording video. I found a video from the GitHub paper, but the resolution is a bit low. Attaching a high-resolution screenshot video would be helpful.

      A high resolution tutorial video has been made more visible on the github page.

      • In Table 1, AMD GPU is used which is not easy to use for Deep Learning. It is not clear whether the GPU is used for Deep Learning training and inference.

      We have clarified this point in the Table 1 caption, and linked to a reference on how to use AMD GPUs with Tensorflow on Macs.

      • Some paragraphs in the Discussion section are like blogs with general recommendations. Although the suggestions look pretty useful, it is not the focus of this manuscript. It might be more appropriate to put it in the GitHub repo or a documentation page. The discussion should still focus on the software, such as features, software maintenance, software development roadmap, and community adoption.

      • It would be easier for reviewers to add line numbers in the manuscript.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      Software Installation: This might be something for the GitHub forum, but briefly trying to install the plugin myself, I already failed at the first line of the GitHub instructions, which is to use mamba for installation. This relates to my point above: Any program that is not stand-alone requires some user-savviness and trial-and-error, which is just hard to avoid for any method. I suggest being less critical of 'other methods' and instead focus on the advantage of the mother-machine-specific aspects of napari-mm3.

      The authors write 'Still, most labs do not have the time and resources to evaluate other tools they do not use critically, [...]'. The sentence is not very clear. Evaluating tools not used is obviously difficult/impossible.

      We have reworded this sentence to be more clear (lines 54-55).

      The authors write: 'The supervised learning method uses a convolutional neural net (CNN) with the U-Net architecture [20].' Can the authors cite previous work that has taken advantage of this approach before (e.g., DelTA)?

      We have added citations to DeLTA and other previous software (line 151).

      Cell tracking and lineage reconstruction should be described in more detail and/or with reference to previous work.

      We have added more details to the SI (lines 554 - 567) discussing the method in the context of existing mother machine analysis software.

      The authors provide a figure for a '3D printed cell loader', but as far they don't give instructions including a CAD file and the model of the fan used for spinning. The same holds for the stage inset (which, as far as I see, is not referred to in the manuscript text nor described in a figure caption).

      Thank you for pointing out this omission. The centrifuge is referenced in Box 1. We have updated the manuscript with a link to a Github repository containing CAD files & details of the centrifuge construction. We decided to remove the stage insert from the figure.

      Figure S3: Is the asymmetry in growth rate due to the expression of a fluorescent protein, due to strain differences, or due to imaging artifacts? Maybe this is impossible to tell based on the available datasets, but this could be discussed.

      Based on previous work (DOI 10.1099/mic.0.057240-0) it is likely due to the expression of the fluorescent protein and fluorescence imaging. We have added a brief discussion in the Figure S3 caption.

    1. all the essential equations and code needed to correct for biases in our effect size estimates

      "all" is a strong word here. Maybe back it down a little.

    1. hat a lawgiver should frame his code with an eyeon three things: the freedom, unity and wisdom of the city for which helegislates. That’s right, isn’t it?

      Again, more evidence for the claim that politicians should rule for their constituents, not themselves

    1. "There seem to be different codes for the different situations, such as a home code, a school code, a Sunday school code, a club code" (Hartshorne et al., 16). By which code shall the personality of the child be judged?

      This stands true to date, as we all wear different "hats" based on our environment and comfort level. Say our "mom hat" is different from our "work hat" and "friend hat."

    1. Compléter l’article L. 312-16 du Code de l’éducation en inscrivant au moins trois séancesannuelles dédiées à l’ES dans l’emploi du temps des élèves des écoles, des collèges etdes lycées
    1. Résumé vidéo [01:14:41][^1^][1] - [01:38:12][^2^][2]:

      La quatrième partie de la vidéo parle de l'expérience d'un groupement d'achat bio pour la restauration collective dans les Hauts-de-France. Il s'agit d'un réseau d'acteurs qui regroupe des collèges, des lycées et d'autres structures éligibles au code de la commande publique. Le groupement d'achat vise à favoriser l'approvisionnement en produits bio locaux, en adaptant l'allotissement, les critères et le suivi du marché aux besoins des adhérents et aux capacités des fournisseurs. Le groupement d'achat travaille en collaboration avec des structures associatives, des collectivités et la région pour construire et améliorer le marché.

      Points forts: + [01:16:36][^3^][3] Le contexte historique et territorial du groupement d'achat bio * Issu d'un réseau de groupements d'achat existant dans l'académie de Lille * Couvre les cinq départements des Hauts-de-France * Ouvert à toute structure éligible au code de la commande publique + [01:20:02][^4^][4] La construction du marché en fonction des produits et des zones géographiques * Un travail de dentelle pour identifier les fournisseurs potentiels et leur capacité de production et de distribution * Une géométrie variable selon les produits, avec des lots à l'échelle régionale ou plus restreints * Une prise en compte des attentes des adhérents et des spécificités du territoire + [01:24:03][^5^][5] Les critères de choix des fournisseurs et le plan de progrès * Une pondération des critères selon le type de produit et l'offre du territoire * Une valorisation des critères de performance en matière de développement durable, de traçabilité et de sensibilisation des convives * Une possibilité de faire évoluer les modalités d'exécution du marché en fonction des besoins et des contraintes + [01:27:09][^6^][6] Le suivi du marché et les enquêtes de satisfaction * Une remontée régulière des données des fournisseurs et des adhérents * Une vérification du respect des engagements et des commandes * Une évaluation de la satisfaction des adhérents et des fournisseurs

    1. Un document administratif ne sera un document communicable que si, entre autres conditions, il EXISTE, s’il est déjà un document existant (et définitif et administratif etc.) et non pas un document à créer pour le demandeur (articles L. 311-1 et L. 300-2 du code des relations entre le public et l’administration ; CRPA).

      OUI MAIS… avec les bases de données, désormais, la frontière entre un document existant et inexistant s’estompe. De nombreux documents n’existent pas mais peuvent exister en deux clics…

      Par une série d'arrêts, le juge a fixé un mode d'emploi, équilibré, en ce domaine.

      CE, 20 décembre 2023, 467161, au rec. ; CE, 27 septembre 2022, n° 452614, n° 451627, n° 450739 et n° 450737, aux tables.

    1. nought of good Can spring from mutual slaughter! Lo, I hate Triumph and domination, wealth and ease, Thus sadly won! Aho! what victory Can bring delight,

      While Arjuna is not an avatar of Lord Vishnu, he is a jiva reincarnation of Nara, who represents Vishnu's knowledge and wisdom. In this passage we can compare how his morals and thoughts differ from Vishnu's "duty of preserving and protecting the world as well as the law of the Vedas," (Rallapalli, 2015). The way Arjuna denounces murder and killing in battle as a means of acquiring worldy possessions, most notably wealth, reminds me of one of Vishna's first avatars, Kurma. According to Rallapalli, Kurma helped save the gods from a sage who had cursed them for showing too much contentment from their wealth. In this form, Vishnu's purpose was to show that “wealth eludes the insecure,” (Pattanaik, 2011). Despite Arjuna technically being linked to the god, their sense of purpose and right and wrong differs greatly. Where Vishnu values duty as moral code, Arjuna believes all life has value, and strives to honor filial piety over worldly possessions like wealth and power.

      Rallapalli, Monisha . “Vishnu: The Savior, the Preserver, and the Protector.” Religion 100Q: Hinduism Project A Student Blog about Aspects of Hinduism, Word Press, 2015. https://scholarblogs.emory.edu/rel100hinduism/2015/11/24/vishnu-the-savior-the-preserver-and-the-protector/ [accessed digitally: February 3, 2024.]

      Pattanaik, Devdutt. 7 Secrets of Vishnu. Chennai: Westland, 2011. Print. http://bookwormsrecos.blogspot.com/2011/11/7-secrets-of-vishnu.html [accessed digitally: February, 3, 2024.]

    2. I know not what would heal the grief Burned into soul and sense, If I were earth’s unchallenged chief– A god–and these gone thence!

      In this portion of the text, Arjuna is facing a battle of ethical consequences. He can choose to particiapte in a battle against his family members, which he feels goes against his family's dharma (a moral code vital to Hinduism), or not partake in the battle, which Krishna claims would be cowardly. Arjuna is saying that even if he won the battle and got to rule over earth, the cost would be an irremovable grief at his core. Krishna goes onto explain that Arjuna should not worry about battling his kinsmen because their souls will not die with their bodies, but be reincarnated (Bina Gupta/"Bhagavad Gītā" as Duty and Virtue Ethics: Some Reflections 8-9). This is relevant to the text as a whole because it reflects the idea of battles that was discussed in the module. Arjuna is battling with two sides of himself in an attempt to live by his moral code.

      Gupta, Bina. “bhagavad gītā as duty and virtue ethics.” Journal of Religious Ethics, vol. 34, no. 3, 29 Aug. 2006, pp. 373–395, https://doi.org/10.1111/j.1467-9795.2006.00274.x.

    1. Résumé vidéo [00:00:00][^1^][1] - [00:24:55][^2^][2]:

      Cette vidéo traite de la bataille scolaire entre l'école privée et l'école publique en France. Elle compare les avantages et les inconvénients de chaque système, en s'immergeant dans un collège privé et dans un établissement public. Elle s'intéresse aux critères de choix des parents, aux méthodes de sélection des élèves, à la discipline, à l'encadrement, aux résultats et aux valeurs de chaque type d'enseignement.

      Points forts: + [00:00:00][^3^][3] L'école privée, un choix de plus en plus prisé * Attire 2 millions d'élèves en France * Promet un encadrement personnalisé et un succès aux examens * Séduit les classes moyennes prêtes à payer + [00:05:04][^4^][4] L'école publique, une mission d'accueil pour tous * Doit gérer la diversité des élèves et des niveaux * Fait face à des problèmes de discipline et de perturbateurs * Cherche à redorer son image et à éviter la fuite des bons élèves + [00:10:00][^5^][5] La sélection des élèves, une méthode implacable du privé * Refuse les élèves trop faibles ou trop bavards * Privilégie les très bons élèves qu'il pique au public * Impose un dress code et une discipline quasi militaire + [00:15:00][^6^][6] L'enseignement du programme, une difficulté du public * Perd du temps à faire de la discipline en classe * Doit accueillir des élèves sans connaître leur niveau * Ne peut pas se débarrasser des cancres ou des perturbateurs + [00:20:00][^7^][7] Les résultats aux examens, un enjeu pour les deux systèmes * Le privé affiche de meilleurs taux de réussite au brevet * Le public tente de rattraper son retard avec des projets innovants * Les deux revendiquent des valeurs différentes pour l'éducation

    1. Résumé vidéo [00:57:46][^1^][1] - [01:15:41][^2^][2]:

      La troisième partie de la vidéo parle de la représentation graphique des moments spéciaux des élèves dans une classe, à travers un outil appelé "mots scop". L'outil permet de visualiser les émotions, les déclencheurs, les paramètres et les processus évaluatifs des élèves à l'échelle individuelle et collective. L'outil peut servir à analyser la systémie émotionnelle de la classe, à comparer les pratiques, à interroger l'efficacité des dispositifs et à explorer les émotions comme indicateurs d'apprentissage.

      Points forts: + [00:58:06][^3^][3] Le mots scop dans son entier * Représente une journée du 3 mai dans une classe * Utilise un code couleur pour les déclencheurs, des bulles pour les émotions, des pictos pour les paramètres et des flèches pour les processus évaluatifs * Permet d'osciller entre le niveau individuel et le niveau global + [01:01:36][^4^][4] Les questions qui émergent suite à la recherche * Comment donner du sens au faible nombre de moments négatifs ? * Comment intégrer la perspective diachronique et sexuée ? * Comment utiliser d'autres modalités de recueil et de représentation des émotions ? + [01:02:04][^5^][5] Les perspectives pour le chercheur, l'enseignant et le formateur * Comparer des pratiques pour une même classe de plusieurs enseignants * Rendre lisible des processus d'apprentissage * Partager des mots scop avec les élèves * Étudier des mots scop variés pour conscientiser la systémie émotionnelle * Explorer les émotions des élèves comme indicateurs de progression

    1. Résumé vidéo [00:00:02][^1^][1] - [00:24:05][^2^][2]:

      Cette vidéo est la conférence de Delphine Brühlmann, responsable de l'unité recherche et études à l'École nationale de protection judiciaire de la jeunesse (PJJ), sur la scolarité des jeunes accompagnés par la PJJ. Elle présente le contexte, les enjeux et les perspectives de cette question scolaire, en lien avec la justice des mineurs et la protection de l'enfance.

      Points forts: + [00:00:11][^3^][3] La PJJ, une institution méconnue mais essentielle pour la protection des mineurs délinquants * Présentation de la PJJ, ses missions, ses structures, ses professionnels * Entrée en vigueur du nouveau code de justice pénale des mineurs en 2021 * Primauté de l'éducatif sur le répressif et principe d'éducabilité + [00:08:06][^4^][4] L'histoire scolaire à la PJJ, une histoire complexe et peu documentée * Peu de recherches et de données sur la scolarité des jeunes à la PJJ * Des évolutions historiques entre les années 60 et 70 * Une question récurrente : les éducateurs doivent-ils être des spécialistes de l'école ? + [00:16:12][^5^][5] Une jeunesse irrégulière dans une école ordinaire, des parcours scolaires chaotiques et des collaborations difficiles * Des jeunes en situation de décrochage, de déscolarisation ou de désaffiliation scolaire * Des difficultés à maintenir ou à réintégrer les jeunes dans leur statut d'élève * Des cultures professionnelles différentes entre la PJJ et l'Éducation nationale + [00:21:26][^6^][6] Des perspectives pour renforcer la communauté éducative et soutenir les parcours scolaires des jeunes * Reconnaître la PJJ comme un acteur de la communauté éducative * Développer des partenariats entre la PJJ et l'Éducation nationale * Accompagner les jeunes dans leurs projets scolaires et professionnels

    1. Résumé vidéo [00:27:37][^1^][1] - [00:57:33][^2^][2]:

      La deuxième partie de la vidéo parle de la recherche menée par Amélie Courtinat-Camps sur les fablabs comme espaces d'apprentissage et de motivation pour les élèves. Elle présente les objectifs, les hypothèses, les méthodes et les résultats de son projet, en s'appuyant sur des cadres théoriques issus des sciences de l'information et de la communication, de la psychologie cognitive et de la pédagogie. Elle montre comment les fablabs peuvent favoriser la confiance, le sens, l'engagement, la persévérance et les compétences psychosociales des élèves, en mobilisant des projets collaboratifs, des médiations humaines et numériques, et des formes de documentation des activités.

      Points forts: + [00:28:43][^3^][3] Les objectifs de la recherche * Identifier les représentations, les pratiques et les apprentissages des élèves, des enseignants et des médiateurs dans les fablabs * Comprendre le design pédagogique à l'œuvre dans les fablabs * Proposer des indicateurs pour évaluer la relation entre motivation et projet + [00:31:45][^4^][4] Les cadres théoriques mobilisés * La théorie de l'activité de Engeström * La notion de dispositif socio-technique de Albero * Le concept de communauté de pratique de Lave et Wenger * Les modèles de la motivation et de la persévérance de Viau, Dinet, Tricot, etc. + [00:38:08][^5^][5] Les hypothèses de départ * Le fablab peut être un dispositif socio-technique qui favorise la motivation et l'engagement des élèves * Le fablab permet de mobiliser une diversité de facteurs de motivation et de persévérance * Le fablab permet de retrouver confiance en soi et en interaction * Le fablab permet de trouver du sens dans les activités, en documentant les projets * Le fablab doit s'adapter au code et aux valeurs des publics concernés + [00:46:01][^6^][6] Les méthodes d'observation et d'analyse * Des observations ethnographiques dans différents fablabs, avec des publics variés * Des entretiens semi-directifs avec les élèves, les enseignants, les médiateurs, etc. * Des analyses de corpus de traces d'activités (vidéos, podcasts, plateformes, etc.) * Des études des projets d'ingénierie pédagogique et des systèmes de communication et de documentation + [00:51:02][^7^][7] Les résultats et les perspectives * Des témoignages sur la confiance, le sens, l'engagement, la persévérance et les compétences psychosociales développés dans les fablabs * Des exemples de projets collaboratifs, de médiations humaines et numériques, et de formes de documentation des activités * Des liens avec la formation des étudiants et des enseignants * Des pistes pour explorer d'autres fablabs, notamment en Afrique

    1. send emails, html and attachments (files, streams and strings) from node.js to any smtp server INSTALLING npm install emailjs Copy And SaveShareAsk Copilot FEATURES works with SSL and TLS smtp servers supports smtp authentication ('PLAIN', 'LOGIN', 'CRAM-MD5', 'XOAUTH2') emails are queued and the queue is sent asynchronously supports sending html emails and emails with multiple attachments (MIME) attachments can be added as strings, streams or file paths supports utf-8 headers and body built-in type declarations automatically handles greylisting REQUIRES auth access to an SMTP Server if your service (ex: gmail) uses two-step authentication, use an application specific password

      An application-specific password is a unique, randomly generated password that is used to provide secure access to your account when you are using a non-browser application or device that cannot directly ask for your account password. It's a way to enhance security by allowing you to use specific passwords for different applications or devices, reducing the risk associated with sharing your main account password.

      Here's how you can generate an application-specific password, using Gmail as an example:

      1. Enable Two-Step Verification:
      2. Go to your Google Account settings.
      3. Under "Security," find the "Signing in to Google" section and select "2-Step Verification."
      4. Follow the on-screen instructions to enable two-step verification for your Google account.

      5. Generate an Application-Specific Password:

      6. After enabling two-step verification, go back to your Google Account settings.
      7. Under "Security," find the "Signing in to Google" section and select "App passwords."
      8. You may need to enter your Google account password again.
      9. Select the app and device for which you want to generate the application-specific password.
      10. Click "Generate."

      11. Use the Application-Specific Password:

      12. The generated password is what you use with the specific application or device you chose.
      13. Treat this password like any other password. Keep it secure and don't share it.

      Remember, you'll need to generate separate application-specific passwords for each application or device that requires access to your Google account. If you ever stop using the application or device, you can revoke its access by simply revoking the associated application-specific password.

      Certainly! The instructions are for using the "emailjs" library in Node.js to send emails with various features. Let's break it down:

      1. Installation: Use the following command to install the necessary library: bash npm install emailjs

      2. Features:

      3. Works with both SSL and TLS SMTP servers.
      4. Supports different SMTP authentication methods like 'PLAIN', 'LOGIN', 'CRAM-MD5', and 'XOAUTH2'.
      5. Emails are queued, and the queue is sent asynchronously, allowing for efficient handling.
      6. Supports sending HTML emails and emails with multiple attachments using MIME (Multipurpose Internet Mail Extensions).
      7. Attachments can be added as strings, streams, or file paths.
      8. Supports UTF-8 for headers and body of the email.
      9. Built-in type declarations for ease of use.
      10. Automatically handles situations like greylisting.

      11. Requirements:

      12. Requires authentication access to an SMTP server. This is usually provided by your email service provider (like Gmail, Yahoo, etc.).
      13. If your email service uses two-step authentication (like Gmail with a verification code), you should use an application-specific password for security.

      In simpler terms, it's a tool for Node.js that helps you send emails using various advanced features like attachments, HTML content, and different authentication methods. It's designed to work with different email services, and you just need to follow the provided instructions to set it up with your SMTP server.

    1. let configOptions = { host: "smtp.example.com", port: 587, tls: { rejectUnauthorized: true, minVersion: "TLSv1.2" } } I have issues with DNS / hosts file Node.js uses c-ares to resolve domain names, not the DNS library provided by the system, so if you have some custom DNS routing set up, it might be ignored. Nodemailer runs dns.resolve4() and dns.resolve6() to resolve hostname into an IP address. If both calls fail, then Nodemailer will fall back to dns.lookup(). If this does not work for you, you can hard code the IP address into the configuration like shown below. In that case, Nodemailer would not perform any DNS lookups. let configOptions = { host: "1.2.3.4", port: 465, secure: true, tls: { // must provide server name, otherwise TLS certificate check will fail servername: "example.com" } } I have an issue with TypeScript types Nodemailer has official support for Node.js only. For anything related to TypeScript, you need to directly contact the authors of the type definitions. I have a different problem If you are having issues with Nodemailer, then the best way to find help would be Stack Overflow or revisit the docs. License Nodemailer is licensed under the MIT No Attribution license The Nodemailer logo was designed by Sven Kristjansen.

      1. DNS/Hosts File Issues:

      • Problem:<br /> If you're facing DNS or hosts file problems, Nodemailer might not resolve domain names as expected.

      • Solution:<br /> You can bypass DNS resolution and directly use an IP address in the configuration.

      Example: javascript let configOptions = { host: "1.2.3.4", port: 465, secure: true, tls: { servername: "example.com" } };

      In this example, we're using the IP address "1.2.3.4" instead of the domain name.

      2. TypeScript Types Issue:

      • Problem:<br /> Nodemailer officially supports Node.js only, and TypeScript issues need to be addressed with the type definition authors.

      • Solution:<br /> If you encounter TypeScript problems, it's recommended to contact the authors of the type definitions directly for assistance.

      3. Other Problems:

      • Problem:<br /> If you have a different problem with Nodemailer, seeking help on Stack Overflow or revisiting the documentation is recommended.

      4. License Information:

      • License:<br /> Nodemailer is licensed under the MIT No Attribution license.

      5. Simple Syntax and Examples:

      Here's a consolidated example of Nodemailer configuration combining the mentioned solutions:

      ```javascript let configOptions = { // Using IP address to bypass DNS resolution host: "1.2.3.4", port: 465, secure: true, tls: { servername: "example.com" } };

      // Creating a Nodemailer transporter const nodemailer = require('nodemailer'); let transporter = nodemailer.createTransport(configOptions);

      // Defining email content let mailOptions = { from: 'your_email@gmail.com', to: 'recipient@example.com', subject: 'Hello from Nodemailer!', text: 'This is a test email.' };

      // Sending the email transporter.sendMail(mailOptions, (error, info) => { if (error) { console.error(error); } else { console.log('Email sent: ' + info.response); } }); ```

      This example covers using an IP address, configuring TLS, and sending a simple email using Nodemailer in a Node.js environment.

    2. ee nodemailer.com for documentation and terms. TipCheck out EmailEngine – a self-hosted email gateway that allows making REST requests against IMAP and SMTP servers. EmailEngine also sends webhooks whenever something changes on the registered accounts. Using the email accounts registered with EmailEngine, you can receive and send emails. EmailEngine supports OAuth2, delayed sends, opens and clicks tracking, bounce detection, etc. All on top of regular email accounts without an external MTA service. Having an issue? First review the docs Documentation for Nodemailer can be found at nodemailer.com. Nodemailer throws a SyntaxError for "..." You are using an older Node.js version than v6.0. Upgrade Node.js to get support for the spread operator. Nodemailer supports all Node.js versions starting from Node.js@v6.0.0. I'm having issues with Gmail Gmail either works well, or it does not work at all. It is probably easier to switch to an alternative service instead of fixing issues with Gmail. If Gmail does not work for you, then don't use it. Read more about it here. I get ETIMEDOUT errors Check your firewall settings. Timeout usually occurs when you try to open a connection to a firewalled port either on the server or on your machine. Some ISPs also block email ports to prevent spamming. Nodemailer works on one machine but not in another It's either a firewall issue, or your SMTP server blocks authentication attempts from some servers. I get TLS errors If you are running the code on your machine, check your antivirus settings. Antiviruses often mess around with email ports usage. Node.js might not recognize the MITM cert your antivirus is using. Latest Node versions allow only TLS versions 1.2 and higher. Some servers might still use TLS 1.1 or lower. Check Node.js docs on how to get correct TLS support for your app. You can change this with tls.minVersion option You might have the wrong value for the secure option. This should be set to true only for port 465. For every other port, it should be false. Setting it to false does not mean that Nodemailer would not use TLS. Nodemailer would still try to upgrade the connection to use TLS if the server supports it. Older Node versions do not fully support the certificate chain of the newest Let's Encrypt certificates. Either set tls.rejectUnauthorized to false to skip chain verification or upgrade your Node version

      Certainly! Sending emails from Node.js using Nodemailer is indeed easy. Let's break down the information into simpler terms, along with some syntax examples.

      1. Nodemailer Basics:

      • What is it?<br /> Nodemailer is a Node.js module that makes it easy to send emails using Node.js applications.

      • How to use it?<br /> Install Nodemailer using npm: bash npm install nodemailer

      2. EmailEngine:

      • What is it?<br /> EmailEngine is a self-hosted email gateway that enhances Nodemailer functionalities.

      • Useful features:

        • REST requests against IMAP and SMTP servers.
        • Supports OAuth2, delayed sends, opens and clicks tracking, bounce detection, etc.
      • Where to find more information?<br /> Visit EmailEngine for documentation.

      3. Troubleshooting Tips:

      • SyntaxError with "..."

        • Upgrade Node.js to v6.0.0 or later.
      • Issues with Gmail

        • Consider switching to an alternative service if Gmail causes problems.
      • ETIMEDOUT errors

        • Check firewall settings; ensure email ports are not blocked.
      • Nodemailer on one machine but not another

        • Likely a firewall issue or SMTP server blocking certain servers.
      • TLS errors

        • Check antivirus settings.
        • Ensure Node.js supports correct TLS versions.
        • Set tls.minVersion if needed.
        • Adjust secure option based on port.

      4. Simple Syntax and Examples:

      • Sending an Email: ```javascript const nodemailer = require('nodemailer');

        let transporter = nodemailer.createTransport({ service: 'gmail', auth: { user: 'your_email@gmail.com', pass: 'your_password' } });

        let mailOptions = { from: 'your_email@gmail.com', to: 'recipient@example.com', subject: 'Hello from Nodemailer!', text: 'This is a test email.' };

        transporter.sendMail(mailOptions, (error, info) => { if (error) { console.error(error); } else { console.log('Email sent: ' + info.response); } }); ```

      • Custom SMTP Server: ```javascript const nodemailer = require('nodemailer');

        let transporter = nodemailer.createTransport({ host: 'smtp.example.com', port: 587, secure: false, auth: { user: 'your_username', pass: 'your_password' } });

        // ... rest of the email configuration

        transporter.sendMail(mailOptions, (error, info) => { // ... handle response }); ```

      This should help you get started with sending emails using Nodemailer in Node.js!

    1. Verifying compliance will also require that scientists and engineersadopt a strong code of ethical conduct, resembling the Hippocraticoath, and that they have the courage to whistleblow as necessary, evenat high personal cost.

      another suggestion for professional ethics oaths for scientists and engineers...

    1. To predict the kinetic parameter kcat/KM for enzymes, we followed the variant prediction workflow proposed in the ESM repository (“examples/sup_variant_prediction.ipynb”).

      I think even if you followed a publicly available notebook, it would be great to have your own code publicly available as well

    1. call it and see what happens. This kind of behavior makes it hard to predict what the code will do before it runs, which means it’s harder to know what your code is going to do while you’re writing it. Seen in this way, a type is the concept of describing which values can be passed to fn and which will crash. JavaScript only truly provides dynamic typing - running the code to see what happens.

      A type is the concept of describing values that can be passed to fn

    2. The main benefit of TypeScript is that it can highlight unexpected behavior in your code, lowering the chance of bugs.

      Lowering the chances of bugs ≠ bug-free code. Typescript is a tool to help you write better code

    1. Developers who report fast code-review turnaround times feel 20 percent more innovative compared with developers who report slow turnaround times. Code reviews that are completed quickly allow developers and teams to move to their next idea quickly, setting the stage for coming up with the next great thing.

      There's a pretty substantial difference between "feeling innovative" and actually being innovative. This leap feels unsubstantiated.

    2. Our research measures cognitive load as the ease of deploying changes, how easy it is to understand code, and how intuitive it is to work with processes and developer tools.

      As Cat Hicks points out, these are examples of friction, not cognitive load.

    1. Buprenorphine

      will also be used for pain management, Yongmei will send me the ICD code for identifying Pain patients, check if all Buprenorphine user in NonOUD cases are due to pain

    2. Naltrexone

      will also be used for AUD, Silvia will send me the ICD code for identifying AUD patients, check if all Naltrexone user in NonOUD cases are due to AUD

    Annotators

    1. Increasingly these collections are digital. This change of state is the productof decades of digitization effort commingling with the collection of contemporaryculture that begins its life in digital form – think email, word documents, photos frommobile phones, websites, software, code, and social media data.How does Historical scholarship change when the evidentiary basis shifts toward thedigital? How is interacting with digital archives different or similar? What does it evenmean to have a “digital archive”?

      I think we are at a point where the outcomes of digitization in the realm of historical documentation and archives are quite apparent. Having a "digital archive" over a "physical archive" in my opinion, offers more pros than cons considering the increased accessibility and efficiency of accessing historical knowledge. However, it is true that there is defiantly less of an emotional connection to work when millions of files are shown on your laptop screen versus physically analyzing them in person at some sort of historical library.

    1. Process data and text in Python Working with selected Python libraries Practical project for the automation of work processes Object-oriented programming (OOP) with focus on classes and attributes Use inheritances for code reusability Get to know more advanced functions for simplifying classes Final project for the configuration of a password manager

      assign the pointers 2-3 each for each of the three logos above and separate them horizontally

    2. Course description Learning to program in Python is now easier than ever. With the certified online Python Programmer training, you'll get started in software development with Python. You will learn the basics of the Python programming language and become familiar with the most important programming concepts such as variables, types, functions and methods. Based on this, you develop and extend classes and modules independently. You perform unit tests and thus ensure the functionality of your code. You work with the widely used Python Standard Library and dedicate yourself to advanced concepts of object-oriented programming such as inheritance and composition. You'll finish the online course with a company-relevant final project to configure a password manager, and upon successful completion of the career path, you'll qualify for a job role as a Python Programmer, Python Developer, or Software Developer.

      Remove this

    1. Résumé vidéo [00:23:52][^1^][1] - [00:52:17][^2^][2]:

      La deuxième partie de la vidéo traite de la situation des personnes placées en rétention administrative dans les territoires d'outre-mer, notamment à Mayotte. Les intervenants dénoncent les conditions d'enfermement, les violations des droits fondamentaux et le non-respect des décisions de justice par l'administration.

      Points forts: + [00:23:52][^3^][3] La rétention administrative en outre-mer * Une augmentation de l'enfermement des mineurs accompagnés ou isolés * Une utilisation abusive des lieux de rétention administrative * Une absence de perspectives d'éloignement vers les pays d'origine + [00:31:18][^4^][4] Les questions-réponses sur les conditions d'interpellation et de rétention * Les contrôles d'identité et les convocations en préfecture comme principales causes d'interpellation * Les sortants de prison comme profil majoritaire des personnes placées en rétention * Les disparités entre les préfectures sur le placement des familles avec enfants + [00:41:07][^5^][5] Le non-respect des décisions de justice par l'administration * La suspension de l'éloignement et/ou de l'enfermement par la Cour européenne des droits de l'homme * La violation de la Convention européenne des droits de l'homme et du code de l'entrée et du séjour des étrangers et du droit d'asile * Les conséquences graves pour les personnes dont les droits sont bafoués

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Reviewer #1 (Public Review):

      Trenker et al. report cryo-EM structures of HER4/HER2 heterodimers and HER4 homodimers bound to Neuregulin-1b (Nrg1b) and Betacellulin (BTC). As observed for prior cryo-EM structures of full-length or near full-length HER-family receptors only the extracellular regions are visualized, presumably owing to flexibility in the relative orientation of extra- and intra-cellular regions. The authors observe no appreciable differences between Nrg1b and BTC bound heterodimers, both ligands, in this case being high-affinity ligands, and modest "scissor-like" differences in the subunit relationships in HER4 homodimers with Nrg1b and BTC bound.

      The authors also show that, as they showed for HER3, the HER4 dimerization arm is not indispensable for forming heterodimers with HER2 despite the HER4 dimerization arm forming a more canonical interaction with HER2. Perhaps most interestingly, the authors observe glycan interactions that appear to stabilize intra- and inter-subunit interactions in HER4 homodimers but that inter-subunit glycans are not present in HER2/HER4 heterodimers. The authors speculate that these glycan interactions may contribute to the apparent propensity of HER4 to homodimerize vs. heterodimerize with HER2.

      I realize that an important role of reviewers is to provide authors with informed and critical comments, but I found this manuscript a well-written, thoughtful, and important contribution. My only note is that I am not an electron microscopist so have assumed the microscopy has been carried out expertly and rely on other reviewers to vet structure determinations.

      We thank the reviewer for sharing our enthusiasm and the positive assessment of our manuscript. We have carefully reviewed the all microscopy-related concerns while responding to the assessment of reviewer #2.

      Reviewer #2 (Public Review):

      With the data presented in this manuscript, the authors help complete the set of high-resolution HER2-associated complex heterodimer structures as well as HER4 homodimer structures in the presence of NRG1b and BTC. Purification of HER2-HER4 heterodimers appears to be inherently challenging due to the propensity of HER4 to form homodimers. The authors have used an effective scheme to isolate these HER2-HER4 heterodimers and have employed graphene-oxide grid chemistry to presumably overcome the issues of low sample yield for solving cryo-EM structures of these complexes. The authors conclude HER2-HER4 heterodimers with either ligand are conformationally homogeneous relative to the HER4 homodimers. The HER2-HER4 heterodimers also appear to be better stabilized compared to other published HER2 heterodimers. The ability to model glycans in the context of HER4 homodimers is exciting to see and provides a strong rationale for the stability of these structures. Overall, the work is of great interest and the methods described in this work would benefit a wide variety of structural biology projects.

      We thank the reviewer for their positive assessment of our manuscript.

      Major comments:

      1) The HER2-HER4 heterodimer with BTC appears to be the lowest resolution of the reported structures. Although the authors claim the overall structure is similar to the HER2-HER4 heterodimer with NRG1b, it is therefore unclear whether the lower resolution of the BTC is due to challenging data collection conditions, sample preparation, or conformational dynamics not discernible due to the lower resolution. The authors should minimally clarify where they see the possible issues arising for the lower resolution as this is a key aspect of the work.

      The most likely reason for the lower resolution of the HER2/HER4/BTC reconstruction is not the underlying fundamental biology but a certain degree of preferred orientations in the sample, as can be seen from the directional FSC curves in the supplemental materials (Figure S3). We would like to note that while the overall resolution of the HER2/HER4/BTC reconstruction may be comparatively lower than other reconstructions presented in the manuscript, it remains of sufficiently high quality to substantiate our key claims. Specifically, our analysis indicates a close resemblance between the HER2/HER4/BTC reconstruction and the HER2/HER4/NRG reconstruction. For example, individual beta strands can still be well resolved allowing their accurate placement. There may be differences in features at higher resolution than 4.5Å between these two reconstructions which we cannot observe due to the lower resolution of HER2/HER4/BTC map, but these would amount to side chain motions rather than larger secondary structure movement. In the manuscript, we only draw comparisons between domain movements in different heterodimer structures and do not see any conformational variability in the final reconstructions, nor in their 3D classification analyses. Thus, we do not attribute the lower resolution of HER2/HER4/BTC reconstruction to increased dynamics at resolution scales that are discussed in the manuscript. What is more likely, is that variability in data quality, which we commonly observe between different GO grids, contributes to differences in resolution between different samples and potentially to the different orientation distributions. To comment on these possibilities, we added the following text to the manuscript (italic, underlined):

      Page 8 top paragraph:

      “Despite the diverse sequences of the NRG1β and BTC ligands, the larger-scale domain conformation of the HER2/HER4 heterodimers stabilized by each ligand is identical with only small differences in the ligand binding pockets (Figure 1d). Due to the lower resolution of the HER2/HER4/BTC complex, we cannot exclude the possibility of differences in side-chain arrangements between the two structures. However, we attribute the lower resolution to variability in data collection on GO grids, which we frequently observe, rather than differences in conformational heterogeneity of HER2/HER4/BTC.”

      Page 10, second paragraph:

      “Our cryo-EM structures of the full-length HER2/HER4 complexes bound to either NRG1β or BTC, did not reveal discernible differences at the receptor dimerization interface and larger-scale domain arrangements (Figure 1d).”

      2) For all maps, authors should display Euler angle plots from their final refinements to assess the degree of preferred orientation. Judging by the sphericity, it appears all the structures, except HER2-HER4-BTC, have well-sampled projection distributions. However, a formal clarification would be useful to the reader.

      We thank the reviewer for pointing this out. We regarded the 3DFSC curves included in our original submission as sufficient measure for projection distributions. In the revised manuscript, we now also include Euler angle plots from respective CryoSPARC refinements in the supplemental Figures.

      3) The authors should also include map-model FSCs to ascertain the quality of the map with respect to model building, as this is currently missing in the submission.

      We included map-model FSCs from Phenix validation runs in our supplemental material.

      Minor comments:

      1) With respect to complex formation, is there a reason why HER2 expression is dramatically lower than HER4?

      The expression of HER2 and HER4 in Expi293F cells, and consequently the amount of HER2 and HER4 receptors at the beginning of our first purification step, which is the NRG1b-mediated pulldown of HER4, is not noticeably different. After this initial purification step, a significant portion of HER2 is lost due to the fact that HER2/HER4 complexes constitute only a small fraction of the total HER complexes because HER4 homodimers preferentially tend to form. This is the reason why HER4 levels after the first purification step shown on the gel in Figure S1b are significantly higher than those of HER2. In the revised manuscript, in Figure S1d, we now show that both receptors are expressed at a comparable levels at the beginning of purification. In this experiment, levels of HER2-MBP-TS and HER4-TS purified separately from the equivalent volumes of transfected Exp293F cell culture via their shared TS-tags (MBP=Maltose Binding Protein, TS=Twin-Strep) are evaluated on a Coomassie-stained gel. When equal volumes of these elutions are then mixed and either subjected to HER4-directed pulldown using NRG1b-coated Flag-resin (lane 3, Figure S1d of the revised manuscript) or HER2-MBP-directed pulldown using amylose resin in the presence of NRG1b (lane 4, Figure S1d of revised manuscript), none of these pulldowns reveals substantial HER2/HER4 heterodimerization indicating that HER4 homodimerization is favored.

      2) Figures S1e authors should clarify if HER2 substitutions are VR alone or do these include GD substitutions as well. These should be suitably clarified in the main text.

      The HER2 constructs used in all cellular assays do not include the G778D mutation. We clarified this in Figure S1e, in the Materials and Methods section and in the main text on page 6.

      3) The validation reports for all 4 reported structures suggest the user-provided FSC-derived resolutions are different from those calculated by the deposition server. Are the masks deposited significantly different compared to the ones generated within cryoSPARC?

      The user-provided FSC-derived resolutions are different from those calculated by the server because the server only calculates resolution of unmasked curves from half maps while we provide the resolution derived from masked FSCs. These were all calculated using masks generated within the respective refinement job in cryoSPARC. However, we did notice that our author-provided FSC curves were from unmasked maps and we replaced the provided unmasked FSCs with masked FSCs as generated in cryoSPARC. These FSC plots in the validation reports now reflect the author-provided resolution in our validation reports and the plots generated by cryoSPARC shown in Figures S2, S3, S9 and S10.

      4) For interpretation regarding activation through phosphorylation in Figure 2e, have the authors considered HER4 could homodimerize as well? It appears from the data presented in Figure 4 and S12 that the propensity to form homodimers is greater for HER4 than to heterodimerize with HER2, despite the VR/IQ substitutions. This also appears to be supported by the reasonable amount of signal for pERK in lanes with HER4-IQ alone in the presence of NRG1b. It is recommended that the authors comment on this possibility.

      The IQ mutation, originally engineered to disrupt the receiver interface in EGFR, has been shown to have residual activity, which is greater than the mutation on the opposite site of the asymmetric dimer interface (VR) (PMID:16777603). This might be because this mutation partially destabilizes an inactive state of HER kinases by disrupting the hydrophobic interactions, which are both important for kinase inhibition and for stabilization of the active dimer. While IQ mutation is significantly inhibitory, as evidenced by the fact that we do not detect NRG1b-dependent HER4 phosphorylation in cells expressing HER4-IQ alone, it is possible that undetectable levels of phosphorylated HER4 cause the small increase in pERK signal. To acknowledge this possibility, we added the following sentence to the appropriate paragraph on page 10 in the main text:

      “Small increases in pERK levels in cells expressing the HER4-IQ construct are consistent with previous observations that the IQ mutation in HER kinase domains has small residual activity through homodimerization (PMID:16777603).”

      5) In the following line, "NRG1b-induced phosphorylation of HER2, HER4, ERK and AKT was not notably affected by substitution of the HER4 dimerization arm to a GS-arm relative to wild type receptors", it is unclear what the authors mean by wild-type receptors? There is presently no wildtype HER2 and/or HER4 tested in this blot.

      We thank the reviewer for pointing this out. Wild type receptors here refer to WT dimerization arm sequences in contrast to GS-arm mutants. We corrected the language in the appropriate place in the main text:

      “NRG1b-induced phosphorylation of HER2, HER4, ERK and AKT was not notably affected by substitution of the HER4 dimerization arm to a GS-arm relative to receptors featuring wild type dimerization arm sequences, indicating that the HER4 dimerization arm is not required for assembly and activation of HER2/HER4 heterodimers (Figure 2e).”

      6) Considering the asparagine residues can potentially mediate stabilization of HER2-HER4 dimers through glycosylation, the authors should include western blot data for receptor-activation for mutants where glycosylation can be disrupted. This could minimally instruct the reader on how functionally relevant the identified interactions like N576-N358 are.

      We agree with the Reviewer that this is a very interesting and important point, and it is subject of our future investigations. The different spectra of glycosylation that we observe between HER4 homodimers and HER2/HER4 heterodimers suggest that glycans will modulate these interactions differently. We speculate that glycans will likely be more important for HER4 homodimerization where glycosylation is more pronounced in our reconstructions. To investigate how these interactions change in the absence of single glycan modifications or their combinations, will also require taking into consideration how glycan mutations will alter an equilibrium between HER4 homodimers and HER2/HER4 heterodimerization. Such studies will require months of mutagenesis and optimization of controlled expression of such mutants, ideally generation of stable cell lines, and likely and ideally structural follow up studies. We respectfully argue that this undertaking is beyond the main scope of the current manuscript, and conceptually constitutes a separate, very important question that we are working on.

      Reviewer #1 (Recommendations For The Authors):

      The structural coordinates should be deposited in the RCSB.

      The coordinates will be released upon publication of the revised manuscript.

      Reviewer #2 (Recommendations For The Authors):

      1) Figure S1b authors should ideally include a silver stain gel to assess the purity of the heterodimer-ligand complex. Although HER subunits are discernible, there is no clear band for NRG1b.

      Given its small size (9.7 kDa) our NRG1b construct is typically difficult to detect in our samples, but we would like to respectfully argue that the fact that we can resolve it at high resolution in our cryo-EM reconstructions provides sufficient evidence that it is present. Likewise, we argue that the Coomassie-stained gel we present in the manuscript is sufficient. It demonstrates that our purifications yield a stoichiometric complex of enough purity to obtain a high resolution cryo-EM reconstruction. Since we are not making any other claims about these preparations, we respectfully argue that providing a silver stain gel is not necessary to support conclusions of our study.

      We thank the reviewer for point this out. To best reflect what we wanted to convey, we change it to: “and is the same as observed in structures of an isolated HER2 ectodomain.”

      3) Page 8 first paragraph line 3, although one can deduce where the ligand binding pocket is, it would be clearer if this is marked in Figure 1d.

      We added arrows in the figure to indicate the ligand-binding pocket.

      4) Figure 2b inset A needs to be labeled 'A'.

      The inset was already labelled but in a different corner. We rearranged the label to make it clearer.

      5) Figure S5c will benefit from inset images zooming into the dimerization arm. It is hard to visualize the subtleties of the structural changes in the current format.

      Figure 5c predominantly shows side-views of various heterodimer overlays to highlight subtle differences in larger-scale assembly that correlate with differences in dimerization arm engagement. This side-orientation is not suitable for zooming into the dimerization arm regions, which can only be effectively visualized in front views (the view of the heart-shaped dimer illustrated in Figure 1a). We show a zoomed-in view of this representation in main Figure 2c, which is what we understand the Reviewer is requesting.

      6) Fig 3e is it A102 or A202 in the bottom-most panel.

      This is now corrected, thank you.

      7) Fig S9 revisit the color code for NRG1b, it appears there is no blue subunit of NRG1b. Also revisit the RMSD in the figure legend, since the text appears to suggest a different set of RMSDs for the 3 overlays.

      We fixed the color code in the Figure, thank you.

      In reference to Figure S9 (Figure S11 in the revised manuscript) we discuss two types of RMSDs:

      1) RMSDs between our cryo-EM homodimers and the crystal structure homodimers. The structure overlays are shown in Figure S9a and RMSD values were mentioned in the Figure legends. However, in the original manuscript we did not explicitly mention these values in the main text but have now added them to the main text of the revised version of the manuscript.

      2) RMSDs between monomers within our cryo-EM structures and within monomers of the crystal structure. Figure S11b and Figure S11c of the revised manuscript show these overlays for the cryo-EM structures only and the values are present in the Figure legend. We do not show the respective overlay for the crystal structures, which is why the values are not mentioned in the Figure legends, but we discuss the values in the main text.

      We recognize that this is confusing and added RMSD values for 1. to the main text and discuss this more carefully:

      “Our cryo-EM structures of the HER4/NRG1b homodimer differs slightly from the three HER4/NRG1b homodimers per asymmetric unit in the 3U7U crystal structure in which each monomer adopts a different orientation of the domain IV relative to the rest of the ectodomain (Figure S9a, RMSD: 5.438 Å, 5.435 Å and 3.662 Å). Notably, our two cryo-EM HER4 homodimer structures are more symmetric than the crystal structures of the HER4/NRG1β ectodomain homodimer. RMSDs for monomers within our cryo-EM structures are 1.42 Å in the cryo-EM HER4/NRG1b homodimer and 1.58 Å in the HER4/BTC homodimer (Figure S9b+c) compared to the monomers in the crystal structures which align with RMSDs of 1.67 Å, 5.76 Å and 2.38 Å”

      8) Page 12 paragraph 2 last line, expand on the abbreviation NAG.

      It is now expanded.

      9) What is the slit width used for the energy filter during data collection?

      The slit width was 20 eV. We added this information to the Methods section.

      10) The crosslinking conditions of 0.2% glutaraldehyde for 40 min on ice, with no quenching seems rather harsh. Have the authors attempted other crosslinking conditions? Do milder conditions or GraFix not help with complex stabilization?

      We thank the Reviewer for pointing this out. The reaction was quenched after 40 min by addition of 40 µl of 1M Tris pH 7.4 buffer. This information is now included in the Methods section. We have screened ideal crosslinking conditions for HER4 homodimers, and previously for HER2/HER3 heterodimers, and found that these crosslinking conditions were the mildest conditions that achieved complete crosslinking as assessed by SDS-PAGE.

      11) Have the authors used default parameters for all their data processing steps? Were additional steps like local per-particle CTF refinement and global defocus refinement employed during refinement?

      We did not perform any per particle CTF refinements as we previously have not observed any improvement from running such refinement on our size particles on top of per patch CTF estimation that already takes into account local CTF differences per micrograph. To make the manuscript clearer in this regard we added the following statement to the Methods section: “Unless specifically mentioned here or in the processing workflow, default parameters in CryoSPARC were used for each processing step.”

    1. Author Response

      The following is the authors’ response to the previous reviews.

      To the Senior Editor and the Reviewing Editor:

      We sincerely appreciate the valuable comments provided by the reviewers, the reviewing editor, and the senior editor. After carefully reviewing and considering the comments, we have addressed the key concerns raised by the reviewers and made appropriate modifications to the article in the revised manuscript.

      The main revisions made to the manuscript are as follows:

      1) We have added comparison experiments with TNDM (see Fig. 2 and Fig. S2).

      2) We conducted new synthetic experiments to demonstrate that our conclusions are not a by-product of d-VAE (see Fig. S2 and Fig. S11).

      3) We have provided a detailed explanation of how our proposed criteria, especially the second criterion, can effectively exclude the selection of unsuitable signals.

      4) We have included a semantic overview figure of d-VAE (Fig. S1) and a visualization plot of latent variables (Fig. S13).

      5) We have elaborated on the model details of d-VAE, as well as the hyperparameter selection and experimental settings of other comparison models.

      We believe these revisions have significantly improved the clarity and comprehensibility of the manuscript. Thank you for the opportunity to address these important points.

      Reviewer #1

      Q1: “First, the model in the paper is almost identical to an existing VAE model (TNDM) that makes use of weak supervision with behaviour in the same way [1]. This paper should at least be referenced. If the authors wish they could compare their model to TNDM, which combines a state space model with smoothing similar to LFADS. Given that TNDM achieves very good behaviour reconstructions, it may be on par with this model without the need for a Kalman filter (and hence may achieve better separation of behaviour-related and unrelated dynamics).”

      Our model significantly differs from TNDM in several aspects. While TNDM also constrains latent variables to decode behavioral information, it does not impose constraints to maximize behavioral information in the generated relevant signals. The trade-off between the decoding and reconstruction capabilities of generated relevant signals is the most significant contribution of our approach, which is not reflected in TNDM. In addition, the backbone network of signal extraction and the prior distribution of the two models are also different.

      It's worth noting that our method does not require a Kalman filter. Kalman filter is used for post hoc assessment of the linear decoding ability of the generated signals. Please note that extracting and evaluating relevant signals are two distinct stages.

      Heeding your suggestion, we have incorporated comparison experiments involving TNDM into the revised manuscript. Detailed information on model hyperparameters and training settings can be found in the Methods section in the revised manuscripts.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q2: “Second, in my opinion, the claims regarding identifiability are overstated - this matters as the results depend on this to some extent. Recent work shows that VAEs generally suffer from identifiability problems due to the Gaussian latent space [2]. This paper also hints that weak supervision may help to resolve such issues, so this model as well as TNDM and CEBRA may indeed benefit from this. In addition however, it appears that the relative weight of the KL Divergence in the VAE objective is chosen very small compared to the likelihood (0.1%), so the influence of the prior is weak and the model may essentially learn the average neural trajectories while underestimating the noise in the latent variables. This, in turn, could mean that the model will not autoencode neural activity as well as it should, note that an average R2 in this case will still be high (I could not see how this is actually computed). At the same time, the behaviour R2 will be large simply because the different movement trajectories are very distinct. Since the paper makes claims about the roles of different neurons, it would be important to understand how well their single trial activities are reconstructed, which can perhaps best be investigated by comparing the Poisson likelihood (LFADS is a good baseline model). Taken together, while it certainly makes sense that well-tuned neurons contribute more to behaviour decoding, I worry that the very interesting claim that neurons with weak tuning contain behavioural signals is not well supported.”

      We don’t think our distilled signals are average neural trajectories without variability. The quality of reconstructing single trial activities can be observed in Figure 3i and Figure S4. Neural trajectories in Fig. 3i and Fig. S4 show that our distilled signals are not average neural trajectories. Furthermore, if each trial activity closely matched the average neural trajectory, the Fano Factor (FF) should theoretically approach 0. However, our distilled signals exhibit a notable departure from this expectation, as evident in Figure 3c, d, g, and f. Regarding the diminished influence of the KL Divergence: Given that the ground truth of latent variable distribution is unknown, even a learned prior distribution might not accurately reflect the true distribution. We found the pronounced impact of the KL divergence would prove detrimental to the decoding and reconstruction performance. As a result, we opt to reduce the weight of the KL divergence term. Even so, KL divergence can still effectively align the distribution of latent variables with the distribution of prior latent variables, as illustrated in Fig. S13. Notably, our goal is extracting behaviorally-relevant signals from given raw signals rather than generating diverse samples from the prior distribution. When aim to separating relevant signals, we recommend reducing the influence of KL divergence. Regarding comparing the Poisson likelihood: We compared Poisson log-likelihood among different methods (except PSID since their obtained signals have negative values), and the results show that d-VAE outperforms other methods.

      Author response image 1.

      Regarding how R2 is computed: , where and denote ith sample of raw signals, ith sample of distilled relevant signals, and the mean of raw signals. If the distilled signals exactly match the raw signals, the sum of squared error is zero, thus R2=1. If the distilled signals always are equal to R2=0. If the distilled signals are worse than the mean estimation, R2 is negative, negative R2 is set to zero.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q3: “Third, and relating to this issue, I could not entirely follow the reasoning in the section arguing that behavioural information can be inferred from neurons with weak selectivity, but that it is not linearly decodable. It is right to test if weak supervision signals bleed into the irrelevant subspace, but I could not follow the explanations. Why, for instance, is the ANN decoder on raw data (I assume this is a decoder trained fully supervised) not equal in performance to the revenant distilled signals? Should a well-trained non-linear decoder not simply yield a performance ceiling? Next, if I understand correctly, distilled signals were obtained from the full model. How does a model perform trained only on the weakly tuned neurons? Is it possible that the subspaces obtained with the model are just not optimally aligned for decoding? This could be a result of limited identifiability or model specifics that bias reconstruction to averages (a well-known problem of VAEs). I, therefore, think this analysis should be complemented with tests that do not depend on the model.”

      Regarding “Why, for instance, is the ANN decoder on raw data (I assume this is a decoder trained fully supervised) not equal in performance to the relevant distilled signals? Should a well-trained non-linear decoder not simply yield a performance ceiling?”: In fact, the decoding performance of raw signals with ANN is quite close to the ceiling. However, due to the presence of significant irrelevant signals in raw signals, decoding models like deep neural networks are more prone to overfitting when trained on noisy raw signals compared to behaviorally-relevant signals. Consequently, we anticipate that the distilled signals will demonstrate superior decoding generalization. This phenomenon is evident in Fig. 2 and Fig. S1, where the decoding performance of the distilled signals surpasses that of the raw signals, albeit not by a substantial margin.

      Regarding “Next, if I understand correctly, distilled signals were obtained from the full model. How does a model perform trained only on the weakly tuned neurons? Is it possible that the subspaces obtained with the model are just not optimally aligned for decoding?”:Distilled signals (involving all neurons) are obtained by d-VAE. Subsequently, we use ANN to evaluate the performance of smaller and larger R2 neurons. Please note that separating and evaluating relevant signals are two distinct stages.

      Regarding the reasoning in the section arguing that smaller R2 neurons encode rich information, we would like to provide a detailed explanation:

      1) After extracting relevant signals through d-VAE, we specifically selected neurons characterized by smaller R2 values (Here, R2 signifies the proportion of neuronal activity variance explained by the linear encoding model, calculated using raw signals). Subsequently, we employed both KF and ANN to assess the decoding performance of these neurons. Remarkably, our findings revealed that smaller R2 neurons, previously believed to carry limited behavioral information, indeed encode rich information.

      2) In a subsequent step, we employed d-VAE to exclusively distill the raw signals of these smaller R2 neurons (distinct from the earlier experiment where d-VAE processed signals from all neurons). We then employed KF and ANN to evaluate the distilled smaller R2 neurons. Interestingly, we observed that we could not attain the same richness of information solely through the use of these smaller R2 neurons.

      3) Consequently, we put forth and tested two hypotheses: First, that larger R2 neurons introduce additional signals into the smaller R2 neurons that do not exist in the real smaller R2 neurons. Second, that larger R2 neurons aid in restoring the original appearance of impaired smaller R2 neurons. Our proposed criteria and synthetic experiments substantiate the latter scenario.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q4: “Finally, a more technical issue to note is related to the choice to learn a non-parametric prior instead of using a conventional Gaussian prior. How is this implemented? Is just a single sample taken during a forward pass? I worry this may be insufficient as this would not sample the prior well, and some other strategy such as importance sampling may be required (unless the prior is not relevant as it weakly contributed to the ELBO, in which case this choice seems not very relevant). Generally, it would be useful to see visualisations of the latent variables to see how information about behaviour is represented by the model.”

      Regarding "how to implement the prior?": Please refer to Equation 7 in the revised manuscript; we have added detailed descriptions in the revised manuscript.

      Regarding "Generally, it would be useful to see visualizations of the latent variables to see how information about behavior is represented by the model.": Note that our focus is not on latent variables but on distilled relevant signals. Nonetheless, at your request, we have added the visualization of latent variables in the revised manuscript. Please see Fig. S13 for details.

      Thank you for your valuable feedback.

      Recommendations: “A minor point: the word 'distill' in the name of the model may be a little misleading - in machine learning the term refers to the construction of smaller models with the same capabilities.

      It should be useful to add a schematic picture of the model to ease comparison with related approaches.”

      In the context of our model's functions, it operates as a distillation process, eliminating irrelevant signals and retaining the relevant ones. Although the name of our model may be a little misleading, it faithfully reflects what our model does.

      I have added a schematic picture of d-VAE in the revised manuscript. Please see Fig. S1 for details.

      Thank you for your valuable feedback.

      Reviewer #2

      Q1: “Is the apparently increased complexity of encoding vs decoding so unexpected given the entropy, sparseness, and high dimensionality of neural signals (the "encoding") compared to the smoothness and low dimensionality of typical behavioural signals (the "decoding") recorded in neuroscience experiments? This is the title of the paper so it seems to be the main result on which the authors expect readers to focus. ”

      We use the term "unexpected" due to the disparity between our findings and the prior understanding concerning neural encoding and decoding. For neural encoding, as we said in the Introduction, in previous studies, weakly-tuned neurons are considered useless, and smaller variance PCs are considered noise, but we found they encode rich behavioral information. For neural decoding, the nonlinear decoding performance of raw signals is significantly superior to linear decoding. However, after eliminating the interference of irrelevant signals, we found the linear decoding performance is comparable to nonlinear decoding. Rooted in these findings, which counter previous thought, we employ the term "unexpected" to characterize our observations.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q2: “I take issue with the premise that signals in the brain are "irrelevant" simply because they do not correlate with a fixed temporal lag with a particular behavioural feature hand-chosen by the experimenter. As an example, the presence of a reward signal in motor cortex [1] after the movement is likely to be of little use from the perspective of predicting kinematics from time-bin to time-bin using a fixed model across trials (the apparent definition of "relevant" for behaviour here), but an entire sub-field of neuroscience is dedicated to understanding the impact of these reward-related signals on future behaviour. Is there method sophisticated enough to see the behavioural "relevance" of this brief, transient, post-movement signal? This may just be an issue of semantics, and perhaps I read too much into the choice of words here. Perhaps the authors truly treat "irrelevant" and "without a fixed temporal correlation" as synonymous phrases and the issue is easily resolved with a clarifying parenthetical the first time the word "irrelevant" is used. But I remain troubled by some claims in the paper which lead me to believe that they read more deeply into the "irrelevancy" of these components.”

      In this paper, we employ terms like ‘behaviorally-relevant’ and ‘behaviorally-irrelevant’ only regarding behavioral variables of interest measured within a given task, such as arm kinematics during a motor control task. A similar definition can be found in the PSID[1].

      Thank you for your valuable feedback.

      [1] Sani, Omid G., et al. "Modeling behaviorally relevant neural dynamics enabled by preferential subspace identification." Nature Neuroscience 24.1 (2021): 140-149.

      Q3: “The authors claim the "irrelevant" responses underpin an unprecedented neuronal redundancy and reveal that movement behaviors are distributed in a higher-dimensional neural space than previously thought." Perhaps I just missed the logic, but I fail to see the evidence for this. The neural space is a fixed dimensionality based on the number of neurons. A more sparse and nonlinear distribution across this set of neurons may mean that linear methods such as PCA are not effective ways to approximate the dimensionality. But ultimately the behaviourally relevant signals seem quite low-dimensional in this paper even if they show some nonlinearity may help.”

      The evidence for the “useless” responses underpin an unprecedented neuronal redundancy is shown in Fig. 5a, d and Fig. S9a. Specifically, the sum of the decoding performance of smaller R2 neurons and larger R2 neurons is significantly greater than that of all neurons for relevant signals (red bar), demonstrating that movement parameters are encoded very redundantly in neuronal population. In contrast, we can not find this degree of neural redundancy in raw signals (purple bar).

      The evidence for the “useless” responses reveal that movement behaviors are distributed in a higher-dimensional neural space than previously thought is shown in the left plot (involving KF decoding) of Fig. 6c, f and Fig. S9f. Specifically, the improvement of KF using secondary signals is significantly higher than using raw signals composed of the same number of dimensions as the secondary signals. These results demonstrate that these dimensions, spanning roughly from ten to thirty, encode much information, suggesting that behavioral information exists in a higher-dimensional subspace than anticipated from raw signals.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q5: “there is an apparent logical fallacy that begins in the abstract and persists in the paper: "Surprisingly, when incorporating often-ignored neural dimensions, behavioral information can be decoded linearly as accurately as nonlinear decoding, suggesting linear readout is performed in motor cortex." Don't get me wrong: the equivalency of linear and nonlinear decoding approaches on this dataset is interesting, and useful for neuroscientists in a practical sense. However, the paper expends much effort trying to make fundamental scientific claims that do not feel very strongly supported. This reviewer fails to see what we can learn about a set of neurons in the brain which are presumed to "read out" from motor cortex. These neurons will not have access to the data analyzed here. That a linear model can be conceived by an experimenter does not imply that the brain must use a linear model. The claim may be true, and it may well be that a linear readout is implemented in the brain. Other work [2,3] has shown that linear readouts of nonlinear neural activity patterns can explain some behavioural features. The claim in this paper, however, is not given enough”

      Due to the limitations of current observational methods and our incomplete understanding of brain mechanisms, it is indeed challenging to ascertain the specific data the brain acquires to generate behavior and whether it employs a linear readout. Conventionally, the neural data recorded in the motor cortex do encode movement behaviors and can be used to analyze neural encoding and decoding. Based on these data, we found that the linear decoder KF achieves comparable performance to that of the nonlinear decoder ANN on distilled relevant signals. This finding has undergone validation across three widely used datasets, providing substantial evidence. Furthermore, we conducted experiments on synthetic data to show that this conclusion is not a by-product of our model. In the revised manuscript, we added a more detailed description of this conclusion.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q6: “Relatedly, I would like to note that the exercise of arbitrarily dividing a continuous distribution of a statistic (the "R2") based on an arbitrary threshold is a conceptually flawed exercise. The authors read too much into the fact that neurons which have a low R2 w.r.t. PDs have behavioural information w.r.t. other methods. To this reviewer, it speaks more about the irrelevance, so to speak, of the preferred direction metric than anything fundamental about the brain.”

      We chose the R2 threshold in accordance with the guidelines provided in reference [1]. It's worth mentioning that this threshold does not exert any significant influence on the overall conclusions.

      Thank you for your valuable feedback.

      [1] Inoue, Y., Mao, H., Suway, S.B., Orellana, J. and Schwartz, A.B., 2018. Decoding arm speed during reaching. Nature communications, 9(1), p.5243.

      Q7: “I am afraid I may be missing something, as I did not understand the fano factor analysis of Figure 3. In a sense the behaviourally relevant signals must have lower FF given they are in effect tied to the temporally smooth (and consistent on average across trials) behavioural covariates. The point of the original Churchland paper was to show that producing a behaviour squelches the variance; naturally these must appear in the behaviourally relevant components. A control distribution or reference of some type would possibly help here.”

      We agree that including reference signals could provide more context. The Churchland paper said stimulus onset can lead to a reduction in neural variability. However, our experiment focuses specifically on the reaching process, and thus, we don't have comparative experiments involving different types of signals.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q8: “The authors compare the method to LFADS. While this is a reasonable benchmark as a prominent method in the field, LFADS does not attempt to solve the same problem as d-VAE. A better and much more fair comparison would be TNDM [4], an extension of LFADS which is designed to identify behaviourally relevant dimensions.”

      We have added the comparison experiments with TNDM in the revised manuscript (see Fig. 2 and Fig. S2). The details of model hyperparameters and training settings can be found in the Methods section in the revised manuscripts.

      Thank you for your valuable feedback.

      Reviewer #3

      Q1.1: “TNDM: LFADS is not the best baseline for comparison. The authors should have compared with TNDM (Hurwitz et al. 2021), which is an extension of LFADS that (unlike LFADS) actually attempts to extract behaviorally relevant factors by adding a behavior term to the loss. The code for TNDM is also available on Github. LFADS is not even supervised by behavior and does not aim to address the problem that d-VAE aims to address, so it is not the most appropriate comparison. ”

      We have added the comparison experiments with TNDM in the revised manuscript (see Fig. 2 and Fig. S2). The details of model hyperparameters and training settings can be found in the Methods section in the revised manuscripts.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q1.2: “LFADS: LFADS is a sequential autoencoder that processes sections of data (e.g. trials). No explanation is given in Methods for how the data was passed to LFADS. Was the moving averaged smoothed data passed to LFADS or the raw spiking data (at what bin size)? Was a gaussian loss used or a poisson loss? What are the trial lengths used in each dataset, from which part of trials? For dataset C that has back-to-back reaches, was data chopped into segments? How long were these segments? Were the edges of segments overlapped and averaged as in (Keshtkaran et al. 2022) to avoid noisy segment edges or not? These are all critical details that are not explained. The same details would also be needed for a TNDM comparison (comment 1.1) since it has largely the same architecture as LFADS.

      It is also critical to briefly discuss these fundamental differences between the inputs of methods in the main text. LFADS uses a segment of data whereas VAE methods just use one sample at a time. What does this imply in the results? I guess as long as VAEs outperform LFADS it is ok, but if LFADS outperforms VAEs in a given metric, could it be because it received more data as input (a whole segment)? Why was the factor dimension set to 50? I presume it was to match the latent dimension of the VAE methods, but is the LFADS factor dimension the correct match for that to make things comparable?

      I am also surprised by the results. How do the authors justify LFADS having lower neural similarity (fig 2d) than VAE methods that operate on single time steps? LFADS is not supervised by behavior, so of course I don't expect it to necessarily outperform methods on behavior decoding. But all LFADS aims to do is to reconstruct the neural data so at least in this metric it should be able to outperform VAEs that just operate on single time steps? Is it because LFADS smooths the data too much? This is important to discuss and show examples of. These are all critical nuances that need to be discussed to validate the results and interpret them.”

      Regarding “Was the moving averaged smoothed data passed to LFADS or the raw spiking data (at what bin size)? Was a gaussian loss used or a poisson loss?”: The data used by all models was applied to the same preprocessing procedure. That is, using moving averaged smoothed data with three bins, where the bin size is 100ms. For all models except PSID, we used a Poisson loss.

      Regrading “What are the trial lengths used in each dataset, from which part of trials? For dataset C that has back-to-back reaches, was data chopped into segments? How long were these segments? Were the edges of segments overlapped and averaged as in (Keshtkaran et al. 2022) to avoid noisy segment edges or not?”:

      For datasets A and B, a trial length of eighteen is set. Trials with lengths below the threshold are zero-padded, while trials exceeding the threshold are truncated to the threshold length from their starting point. In dataset A, there are several trials with lengths considerably longer than that of most trials. We found that padding all trials with zeros to reach the maximum length (32) led to poor performance. Consequently, we chose a trial length of eighteen, effectively encompassing the durations of most trials and leading to the removal of approximately 9% of samples. For dataset B (center-out), the trial lengths are relatively consistent with small variation, and the maximum length across all trials is eighteen. For dataset C, we set the trial length as ten because we observed the video of this paradigm and found that the time for completing a single trial was approximately one second. The segments are not overlapped.

      Regarding “Why was the factor dimension set to 50? I presume it was to match the latent dimension of the VAE methods, but is the LFADS factor dimension the correct match for that to make things comparable?”: We performed a grid search for latent dimensions in {10,20,50} and found 50 is the best.

      Regarding “I am also surprised by the results. How do the authors justify LFADS having lower neural similarity (fig 2d) than VAE methods that operate on single time steps? LFADS is not supervised by behavior, so of course I don't expect it to necessarily outperform methods on behavior decoding. But all LFADS aims to do is to reconstruct the neural data so at least in this metric it should be able to outperform VAEs that just operate on single time steps? Is it because LFADS smooths the data too much?”: As you pointed out, we found that LFADS tends to produce excessively smooth and consistent data, which can lead to a reduction in neural similarity.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q1.3: “PSID: PSID is linear and uses past input samples to predict the next sample in the output. Again, some setup choices are not well justified, and some details are left out in the 1-line explanation given in Methods.

      Why was a latent dimension of 6 chosen? Is this the behaviorally relevant latent dimension or the total latent dimension (for the use case here it would make sense to set all latent states to be behaviorally relevant)? Why was a horizon hyperparameter of 3 chosen? First, it is important to mention fundamental parameters such as latent dimension for each method in the main text (not just in methods) to make the results interpretable. Second, these hyperparameters should be chosen with a grid search in each dataset (within the training data, based on performance on the validation part of the training data), just as the authors do for their method (line 779). Given that PSID isn't a deep learning method, doing a thorough grid search in each fold should be quite feasible. It is important that high values for latent dimension and a wider range of other hyperparmeters are included in the search, because based on how well the residuals (x_i) for this method are shown predict behavior in Fig 2, the method seems to not have been used appropriately. I would expect ANN to improve decoding for PSID versus its KF decoding since PSID is fully linear, but I don't expect KF to be able to decode so well using the residuals of PSID if the method is used correctly to extract all behaviorally relevant information from neural data. The low neural reconstruction in Fid 2d could also partly be due to using too small of a latent dimension.

      Again, another import nuance is the input to this method and how differs with the input to VAE methods. The learned PSID model is a filter that operates on all past samples of input to predict the output in the "next" time step. To enable a fair comparison with VAE methods, the authors should make sure that the last sample "seen" by PSID is the same as then input sample seen by VAE methods. This is absolutely critical given how large the time steps are, otherwise PSID might underperform simply because it stopped receiving input 300ms earlier than the input received by VAE methods. To fix this, I think the authors can just shift the training and testing neural time series of PSID by 1 sample into the past (relative to the behavior), so that PSID's input would include the input of VAE methods. Otherwise, VAEs outperforming PSID is confounded by PSID's input not including the time step that was provided to VAE.”

      Thanks for your suggestions for letting PSID see the current neural observations. We did it per your suggestions and then performed a grid search for the hyperparameters for PSID. Specifically, we performed a grid search for the horizon hyperparameter in {2,3,4,5,6,7}. Since the relevant latent dimension should be lower than the horizon times the dimension of behavior variables (two-dimensional velocity in this paper) and increasing the dimension will reach performance saturation, we directly set the relevant latent dimensions as the maximum. The horizon number of datasets A, B, C, and synthetic datasets is 7, 6, 6 and 5, respectively.

      And thus the latent dimension of datasets A, B, and C and the synthetic dataset is 14, 12, 12 and 10, respectively.

      Our experiments show that KF can decode information from irrelevant signals obtained by PSID. Although PSID extracts the linear part of raw signals, KF can still use the linear part of the residuals for decoding. The low reconstruction performance of PSID may be because the relationship between latent variables and neural signals is linear, and the relationship between latent variables and behaviors is also linear; this is equivalent to the linear relationship between behaviors and neural signals, and linear models can only explain a small fraction of neural signals.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q1.4: “CEBRA: results for CEBRA are incomplete. Similarity to raw signals is not shown. Decoding of behaviorally irrelevant residuals for CEBRA is not shown. Per Fig. S2, CEBRA does better or similar ANN decoding in datasets A and C, is only slightly worse in Dataset B, so it is important to show the other key metrics otherwise it is unclear whether d-VAE has some tangible advantage over CEBRA in those 2 datasets or if they are similar in every metric. Finally, it would be better if the authors show the results for CEBRA on Fig. 2, just as is done for other methods because otherwise it is hard to compare all methods.”

      CEBRA is a non-generative model, this model cannot generate behaviorally-relevant signals. Therefore, we only compared the decoding performance of latent embeddings of CEBRA and signals of d-VAE.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q2: “Given the fact that d-VAE infers the latent (z) based on the population activity (x), claims about properties of the inferred behaviorally relevant signals (x_r) that attribute properties to individual neurons are confounded.

      The authors contrast their approach to population level approaches in that it infers behaviorally relevant signals for individual neurons. However, d-VAE is also a population method as it aggregates population information to infer the latent (z), from which behaviorally relevant part of the activity of each neuron (x_r) is inferred. The authors note this population level aggregation of information as a benefit of d-VAE, but only acknowledge it as a confound briefly in the context of one of their analyses (line 340): "The first is that the larger R2 neurons leak their information to the smaller R2 neurons, causing them contain too much behavioral information". They go on to dismiss this confounding possibility by showing that the inferred behaviorally relevant signal of each neuron is often most similar to its own raw signals (line 348-352) compared with all other neurons. They also provide another argument specific to that result section (i.e., residuals are not very behavior predictive), which is not general so I won't discuss it in depth here. These arguments however do not change the basic fact that d-VAE aggregates information from other neurons when extracting the behaviorally relevant activity of any given neuron, something that the authors note as a benefit of d-VAE in many instances. The fact that d-VAE aggregates population level info to give the inferred behaviorally relevant signal for each neuron confounds several key conclusions. For example, because information is aggregated across neurons, when trial to trial variability looks smoother after applying d-VAE (Fig 3i), or reveals better cosine tuning (Fig 3b), or when neurons that were not very predictive of behavior become more predictive of behavior (Fig 5), one cannot really attribute the new smoother single trial activity or the improved decoding to the same single neurons; rather these new signals/performances include information from other neurons. Unless the connections of the encoder network (z=f(x)) is zero for all other neurons, one cannot claim that the inferred rates for the neuron are truly solely associated with that neuron. I believe this a fundamental property of a population level VAE, and simply makes the architecture unsuitable for claims regarding inherent properties of single neurons. This confound is partly why the first claim in the abstract are not supported by data: observing that neurons that don't predict behavior very well would predict it much better after applying d-VAE does not prove that these neurons themselves "encode rich[er] behavioral information in complex nonlinear ways" (i.e., the first conclusion highlighted in the abstract) because information was also aggregated from other neurons. The other reason why this claim is not supported by data is the characterization of the encoding for smaller R2 neurons as "complex nonlinear", which the method is not well equipped to tease apart from linear mappings as I explain in my comment 3.”

      We acknowledge that we cannot obtain the exact single neuronal activity that does not contain any information from other neurons. However, we believe our model can extract accurate approximation signals of the ground truth relevant signals. These signals preserve the inherent properties of single neuronal activity to some extent and can be used for analysis at the single-neuron level.

      We believe d-VAE is a reasonable approach to extract effective relevant signals that preserve inherent properties of single neuronal activity for four key reasons:

      1) d-VAE is a latent variable model that adheres to the neural population doctrine. The neural population doctrine posits that information is encoded within interconnected groups of neurons, with the existence of latent variables (neural modes) responsible for generating observable neuronal activity [1, 2]. If we can perfectly obtain the true generative model from latent variables to neuronal activity, then we can generate the activity of each neuron from hidden variables without containing any information from other neurons. However, without a complete understanding of the brain’s encoding strategies (or generative model), we can only get the approximation signals of the ground truth signals.

      2) After the generative model is established, we need to infer the parameters of the generative model and the distribution of latent variables. During the inference process, inference algorithms such as variational inference or EM algorithms will be used. Generally, the obtained latent variables are also approximations of the real latent variables. When inferring the latent variables, it is inevitable to aggregation the information of the neural population, and latent variables are derived through weighted combinations of neuronal populations [3].

      This inference process is consistent with that of d-VAE (or VAE-based models).

      3) Latent variables are derived from raw neural signals and used to explain raw neural signals. Considering the unknown ground truth of latent variables and behaviorally-relevant signals, it becomes evident that the only reliable reference at the signal level is the raw signals. A crucial criterion for evaluating the reliability of latent variable models (including latent variables and generated relevant signals) is their capability to effectively explain the raw signals [3]. Consequently, we firmly maintain the belief that if the generated signals closely resemble the raw signals to the greatest extent possible, in accordance with an equivalence principle, we can claim that these obtained signals faithfully retain the inherent properties of single neurons. d-VAE explicitly constrains the generated signal to closely resemble the raw signals. These results demonstrate that d-VAE can extract effective relevant signals that preserve inherent properties of single neuronal activity.

      Based on the above reasons, we hold that generating single neuronal activities with the VAE framework is a reasonable approach. The remaining question is whether our model can obtain accurate relevant signals in the absence of ground truth. To our knowledge, in cases where the ground truth of relevant signals is unknown, there are typically two approaches to verifying the reliability of extracted signals:

      1) Conducting synthetic experiments where the ground truth is known.

      2) Validation based on expert knowledge (Three criteria were proposed in this paper). Both our extracted signals and key conclusions have been validated using these two approaches.

      Next, we will provide a detailed response to the concerns regarding our first key conclusion that smaller R2 neurons encode rich information.

      We acknowledge that larger R2 neurons play a role in aiding the reconstruction of signals in smaller R2 neurons through their neural activity. However, considering that neurons are correlated rather than independent entities, we maintain the belief that larger R2 neurons assist damaged smaller R2 neurons in restoring their original appearance. Taking image denoising as an example, when restoring noisy pixels to their original appearance, relying solely on the noisy pixels themselves is often impractical. Assistance from their correlated, clean neighboring pixels becomes necessary.

      The case we need to be cautious of is that the larger R2 neurons introduce additional signals (m) that contain substantial information to smaller R2 neurons, which they do not inherently possess. We believe this case does not hold for two reasons. Firstly, logically, adding extra signals decreases the reconstruction performance, and the information carried by these additional signals is redundant for larger R2 neurons, thus they do not introduce new information that can enhance the decoding performance of the neural population. Therefore, it seems unlikely and unnecessary for neural networks to engage in such counterproductive actions. Secondly, even if this occurs, our second criterion can effectively exclude the selection of these signals. To clarify, if we assume that x, y, and z denote the raw, relevant, and irrelevant signals of smaller R2 neurons, with x=y+z, and the extracted relevant signals become y+m, the irrelevant signals become z-m in this case. Consequently, the irrelevant signals contain a significant amount of information. It's essential to emphasize that this criterion holds significant importance in excluding undesirable signals.

      Furthermore, we conducted a synthetic experiment to show that d-VAE can indeed restore the damaged information of smaller R2 neurons with the help of larger R2 neurons, and the restored neuronal activities are more similar to ground truth compared to damaged raw signals. Please see Fig. S11a,b for details.

      Thank you for your valuable feedback.

      [1] Saxena, S. and Cunningham, J.P., 2019. Towards the neural population doctrine. Current opinion in neurobiology, 55, pp.103-111.

      [2] Gallego, J.A., Perich, M.G., Miller, L.E. and Solla, S.A., 2017. Neural manifolds for the control of movement. Neuron, 94(5), pp.978-984.

      [3] Cunningham, J.P. and Yu, B.M., 2014. Dimensionality reduction for large-scale neural recordings. Nature neuroscience, 17(11), pp.1500-1509.

      Q3: “Given the nonlinear architecture of the VAE, claims about the linearity or nonlinearity of cortical readout are confounded and not supported by the results.

      The inference of behaviorally relevant signals from raw signals is a nonlinear operation, that is x_r=g(f(x)) is nonlinear function of x. So even when a linear KF is used to decode behavior from the inferred behaviorally relevant signals, the overall decoding from raw signals to predicted behavior (i.e., KF applied to g(f(x))) is nonlinear. Thus, the result that decoding of behavior from inferred behaviorally relevant signals (x_r) using a linear KF and a nonlinear ANN reaches similar accuracy (Fig 2), does not suggest that a "linear readout is performed in the motor cortex", as the authors claim (line 471). The authors acknowledge this confound (line 472) but fail to address it adequately. They perform a simulation analysis where the decoding gap between KF and ANN remains unchanged even when d-VAE is used to infer behaviorally relevant signals in the simulation. However, this analysis is not enough for "eliminating the doubt" regarding the confound. I'm sure the authors can also design simulations where the opposite happens and just like in the data, d-VAE can improve linear decoding to match ANN decoding. An adequate way to address this concern would be to use a fully linear version of the autoencoder where the f(.) and g(.) mappings are fully linear. They can simply replace these two networks in their model with affine mappings, redo the modeling and see if the model still helps the KF decoding accuracy reach that of the ANN decoding. In such a scenario, because the overall KF decoding from original raw signals to predicted behavior (linear d-VAE + KF) is linear, then they could move toward the claim that the readout is linear. Even though such a conclusion would still be impaired by the nonlinear reference (d-VAE + ANN decoding) because the achieved nonlinear decoding performance could always be limited by network design and fitting issues. Overall, the third conclusion highlighted in the abstract is a very difficult claim to prove and is unfortunately not supported by the results.”

      We aim to explore the readout mechanism of behaviorally-relevant signals, rather than raw signals. Theoretically, the process of removing irrelevant signals should not be considered part of the inherent decoding mechanisms of the relevant signals. Assuming that the relevant signals we extracted are accurate, the conclusion of linear readout is established. On the synthetic data where the ground truth is known, our distilled signals show a significant improvement in neural similarity to the ground truth when compared to raw signals (refer to Fig. S2l). This observation demonstrates that our distilled signals are accurate approximations of the ground truth. Furthermore, on the three widely-used real datasets, our distilled signals meet the stringent criteria we have proposed (see Fig. 2), also providing strong evidence for their accuracy.

      Regarding the assertion that we could create simulations in which d-VAE can make signals that are inherently nonlinearly decodable into linearly decodable ones: In reality, we cannot achieve this, as the second criterion can rule out the selection of such signals. Specifically,z=x+y=n^2+y, where z, x, y, and n denote raw signals, relevant signals, irrelevant signals and latent variables. If the relevant signals obtained by d-VAE are n, then these signals can be linear decoded accurately. However, the corresponding irrelevant signals are n^2-n+z; thus, irrelevant signals will have much information, and these extracted relevant signals will not be selected. Furthermore, our synthetic experiments offer additional evidence supporting the conclusion that d-VAE does not make inherently nonlinearly decodable signals become linearly decodable ones. As depicted in Fig. S11c, there exists a significant performance gap between KF and ANN when decoding the ground truth signals of smaller R2 neurons. KF exhibits notably low performance, leaving substantial room for compensation by d-VAE. However, following processing by d-VAE, KF's performance of distilled signals fails to surpass its already low ground truth performance and remains significantly inferior to ANN's performance. These results collectively confirm that our approach does not convert signals that are inherently nonlinearly decodable into linearly decodable ones, and the conclusion of linear readout is not a by-product by d-VAE.

      Regarding the suggestion of using linear d-VAE + KF, as discussed in the Discussion section, removing the irrelevant signals requires a nonlinear operation, and linear d-VAE can not effectively separate relevant and irrelevant signals.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q4: “The authors interpret several results as indications that "behavioral information is distributed in a higher-dimensional subspace than expected from raw signals", which is the second main conclusion highlighted in the abstract. However, several of these arguments do not convincingly support that conclusion.

      4.1) The authors observe that behaviorally relevant signals for neurons with small principal components (referred to as secondary) have worse decoding with KF but better decoding with ANN (Fig. 6b,e), which also outperforms ANN decoding from raw signals. This observation is taken to suggest that these secondary behaviorally relevant signals encode behavior information in highly nonlinear ways and in a higher dimensions neural space than expected (lines 424 and 428). These conclusions however are confounded by the fact that A) d-VAE uses nonlinear encoding, so one cannot conclude from ANN outperforming KF that behavior is encoded nonlinearly in the motor cortex (see comment 3 above), and B) d-VAE aggregates information across the population so one cannot conclude that these secondary neurons themselves had as much behavior information (see comment 2 above).

      4.2) The authors observe that the addition of the inferred behaviorally relevant signals for neurons with small principal components (referred to as secondary) improves the decoding of KF more than it improves the decoding of ANN (red curves in Fig 6c,f). This again is interpreted similarly as in 4.1, and is confounded for similar reasons (line 439): "These results demonstrate that irrelevant signals conceal the smaller variance PC signals, making their encoded information difficult to be linearly decoded, suggesting that behavioral information exists in a higher-dimensional subspace than anticipated from raw signals". This is confounded by because of the two reasons explained in 4.1. To conclude nonlinear encoding based on the difference in KF and ANN decoding, the authors would need to make the encoding/decoding in their VAE linear to have a fully linear decoder on one hand (with linear d-VAE + KF) and a nonlinear decoder on the other hand (with linear d-VAE + ANN), as explained in comment 3.

      4.3) From S Fig 8, where the authors compare cumulative variance of PCs for raw and inferred behaviorally relevant signals, the authors conclude that (line 554): "behaviorally-irrelevant signals can cause an overestimation of the neural dimensionality of behaviorally-relevant responses (Supplementary Fig. S8)." However, this analysis does not really say anything about overestimation of "behaviorally relevant" neural dimensionality since the comparison is done with the dimensionality of "raw" signals. The next sentence is ok though: "These findings highlight the need to filter out relevant signals when estimating the neural dimensionality.", because they use the phrase "neural dimensionality" not "neural dimensionality of behaviorally-relevant responses".”

      Questions 4.1 and 4.2 are a combination of Q2 and Q3. Please refer to our responses to Q2 and Q3.

      Regarding question 4.3 about “behaviorally-irrelevant signals can cause an overestimation of the neural dimensionality of behaviorally-relevant responses”: Previous studies usually used raw signals to estimate the neural dimensionality of specific behaviors. We mean that using raw signals, which include many irrelevant signals, will cause an overestimation of the neural dimensionality. We have modified this sentence in the revised manuscripts.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q5: “Imprecise use of language in many places leads to inaccurate statements. I will list some of these statements”

      5.1) In the abstract: "One solution is to accurately separate behaviorally-relevant and irrelevant signals, but this approach remains elusive due to the unknown ground truth of behaviorally-relevant signals". This statement is not accurate because it implies no prior work does this. The authors should make their statement more specific and also refer to some goal that existing linear (e.g., PSID) and nonlinear (e.g., TNDM) methods for extracting behaviorally relevant signals fail to achieve.

      5.2) In the abstract: "we found neural responses previously considered useless encode rich behavioral information" => what does "useless" mean operationally? Low behavior tuning? More precise use of language would be better.

      5.3) "... recent studies (Glaser 58 et al., 2020; Willsey et al., 2022) demonstrate nonlinear readout outperforms linear readout." => do these studies show that nonlinear "readout" outperforms linear "readout", or just that nonlinear models outperform linear models?

      5.4) Line 144: "The first criterion is that the decoding performance of the behaviorally-relevant signals (red bar, Fig.1) should surpass that of raw signals (the red dotted line, Fig.1).". Do the authors mean linear decoding here or decoding in general? If the latter, how can something extracted from neural surpass decoding of neural data, when the extraction itself can be thought of as part of decoding? The operational definition for this "decoding performance" should be clarified.

      5.5) Line 311: "we found that the dimensionality of primary subspace of raw signals (26, 64, and 45 for datasets A, B, and C) is significantly higher than that of behaviorally-relevant signals (7, 13, and 9), indicating that behaviorally-irrelevant signals lead to an overestimation of the neural dimensionality of behaviorally-relevant signals." => here the dimensionality of the total PC space (i.e., primary subspace of raw signals) is being compared with that of inferred behaviorally-relevant signals, so the former being higher does not indicate that neural dimensionality of behaviorally-relevant signals was overestimated. The former is simply not behavioral so this conclusion is not accurate.

      5.6) Section "Distilled behaviorally-relevant signals uncover that smaller R2 neurons encode rich behavioral information in complex nonlinear ways". Based on what kind of R2 are the neurons grouped? Behavior decoding R2 from raw signals? Using what mapping? Using KF? If KF is used, the result that small R2 neurons benefit a lot from d-VAE could be somewhat expected, given the nonlinearity of d-VAE: because only ANN would have the capacity to unwrap the nonlinear encoding of d-VAE as needed. If decoding performance that is used to group neurons is based on data, regression to the mean could also partially explain the result: the neurons with worst raw decoding are most likely to benefit from a change in decoder, than neurons that already had good decoding. In any case, the R2 used to partition and sort neurons should be more clearly stated and reminded throughout the text and I Fig 3.

      5.7) Line 346 "...it is impossible for our model to add the activity of larger R2 neurons to that of smaller R2 neurons" => Is it really impossible? The optimization can definitely add small-scale copies of behaviorally relevant information to all neurons with minimal increase in the overall optimization loss, so this statement seems inaccurate.

      5.8) Line 490: "we found that linear decoders can achieve comparable performance to that of nonlinear decoders, providing compelling evidence for the presence of linear readout in the motor cortex." => inaccurate because no d-VAE decoding is really linear, as explained in comment 3 above.

      5.9) Line 578: ". However, our results challenge this idea by showing that signals composed of smaller variance PCs nonlinearly encode a significant amount of behavioral information." => inaccurate as results are confounded by nonlinearity of d-VAE as explained in comment 3 above.

      5.10) Line 592: "By filtering out behaviorally-irrelevant signals, our study found that accurate decoding performance can be achieved through linear readout, suggesting that the motor cortex may perform linear readout to generate movement behaviors." => inaccurate because it us confounded by the nonlinearity of d-VAE as explained in comment 3 above.”

      Regarding “5.1) In the abstract: "One solution is to accurately separate behaviorally-relevant and irrelevant signals, but this approach remains elusive due to the unknown ground truth of behaviorally-relevant signals". This statement is not accurate because it implies no prior work does this. The authors should make their statement more specific and also refer to some goal that existing linear (e.g., PSID) and nonlinear (e.g., TNDM) methods for extracting behaviorally relevant signals fail to achieve”:

      We believe our statement is accurate. Our primary objective is to extract accurate behaviorally-relevant signals that closely approximate the ground truth relevant signals. To achieve this, we strike a balance between the reconstruction and decoding performance of the generated signals, aiming to effectively capture the relevant signals. This crucial aspect of our approach sets it apart from other methods. In contrast, other methods tend to emphasize the extraction of valuable latent neural dynamics. We have provided elaboration on the distinctions between d-VAE and other approaches in the Introduction and Discussion sections.

      Thank you for your valuable feedback.

      Regarding “5.2) In the abstract: "we found neural responses previously considered useless encode rich behavioral information" => what does "useless" mean operationally? Low behavior tuning? More precise use of language would be better.”:

      In the analysis of neural signals, smaller variance PC signals are typically seen as noise and are often discarded. Similarly, smaller R2 neurons are commonly thought to be dominated by noise and are not further analyzed. Given these considerations, we believe that the term "considered useless" is appropriate in this context. Thank you for your valuable feedback.

      Regarding “5.3) "... recent studies (Glaser 58 et al., 2020; Willsey et al., 2022) demonstrate nonlinear readout outperforms linear readout." => do these studies show that nonlinear "readout" outperforms linear "readout", or just that nonlinear models outperform linear models?”:

      In this paper, we consider the two statements to be equivalent. Thank you for your valuable feedback.

      Regarding “5.4) Line 144: "The first criterion is that the decoding performance of the behaviorally-relevant signals (red bar, Fig.1) should surpass that of raw signals (the red dotted line, Fig.1).". Do the authors mean linear decoding here or decoding in general? If the latter, how can something extracted from neural surpass decoding of neural data, when the extraction itself can be thought of as part of decoding? The operational definition for this "decoding performance" should be clarified.”:

      We mean the latter, as we said in the section “Framework for defining, extracting, and separating behaviorally-relevant signals”, since raw signals contain too many behaviorally-irrelevant signals, deep neural networks are more prone to overfit raw signals than relevant signals. Therefore the decoding performance of relevant signals should surpass that of raw signals. Thank you for your valuable feedback.

      Regarding “5.5) Line 311: "we found that the dimensionality of primary subspace of raw signals (26, 64, and 45 for datasets A, B, and C) is significantly higher than that of behaviorally-relevant signals (7, 13, and 9), indicating that behaviorally-irrelevant signals lead to an overestimation of the neural dimensionality of behaviorally-relevant signals." => here the dimensionality of the total PC space (i.e., primary subspace of raw signals) is being compared with that of inferred behaviorally-relevant signals, so the former being higher does not indicate that neural dimensionality of behaviorally-relevant signals was overestimated. The former is simply not behavioral so this conclusion is not accurate.”: In practice, researchers usually used raw signals to estimate the neural dimensionality. We mean that using raw signals to do this would overestimate the neural dimensionality. Thank you for your valuable feedback.

      Regarding “5.6) Section "Distilled behaviorally-relevant signals uncover that smaller R2 neurons encode rich behavioral information in complex nonlinear ways". Based on what kind of R2 are the neurons grouped? Behavior decoding R2 from raw signals? Using what mapping? Using KF? If KF is used, the result that small R2 neurons benefit a lot from d-VAE could be somewhat expected, given the nonlinearity of d-VAE: because only ANN would have the capacity to unwrap the nonlinear encoding of d-VAE as needed. If decoding performance that is used to group neurons is based on data, regression to the mean could also partially explain the result: the neurons with worst raw decoding are most likely to benefit from a change in decoder, than neurons that already had good decoding. In any case, the R2 used to partition and sort neurons should be more clearly stated and reminded throughout the text and I Fig 3.”:

      When employing R2 to characterize neurons, it indicates the extent to which neuronal activity is explained by the linear encoding model [1-3]. Smaller R2 neurons have a lower capacity for linearly tuning (encoding) behaviors, while larger R2 neurons have a higher capacity for linearly tuning (encoding) behaviors. Specifically, the approach involves first establishing an encoding relationship from velocity to neural signal using a linear model, i.e., y=f(x), where f represents a linear regression model, x denotes velocity, and y denotes the neural signal. Subsequently, R2 is utilized to quantify the effectiveness of the linear encoding model in explaining neural activity. We have provided a comprehensive explanation in the revised manuscript. Thank you for your valuable feedback.

      [1] Collinger, J.L., Wodlinger, B., Downey, J.E., Wang, W., Tyler-Kabara, E.C., Weber, D.J., McMorland, A.J., Velliste, M., Boninger, M.L. and Schwartz, A.B., 2013. High-performance neuroprosthetic control by an individual with tetraplegia. The Lancet, 381(9866), pp.557-564.

      [2] Wodlinger, B., et al. "Ten-dimensional anthropomorphic arm control in a human brain− machine interface: difficulties, solutions, and limitations." Journal of neural engineering 12.1 (2014): 016011.

      [3] Inoue, Y., Mao, H., Suway, S.B., Orellana, J. and Schwartz, A.B., 2018. Decoding arm speed during reaching. Nature communications, 9(1), p.5243.

      Regarding Questions 5.7, 5.8, 5.9, and 5.10:

      We believe our conclusions are solid. The reasons can be found in our replies in Q2 and Q3. Thank you for your valuable feedback.

      Q6: “Imprecise use of language also sometimes is not inaccurate but just makes the text hard to follow.

      6.1) Line 41: "about neural encoding and decoding mechanisms" => what is the definition of encoding/decoding and how do these differ? The definitions given much later in line 77-79 is also not clear.

      6.2) Line 323: remind the reader about what R2 is being discussed, e.g., R2 of decoding behavior using KF. It is critical to know if linear or nonlinear decoding is being discussed.

      6.3) Line 488: "we found that neural responses previously considered trivial encode rich behavioral information in complex nonlinear ways" => "trivial" in what sense? These phrases would benefit from more precision, for example: "neurons that may seem to have little or no behavior information encoded". The same imprecise word ("trivial") is also used in many other places, for example in the caption of Fig S9.

      6.4) Line 611: "The same should be true for the brain." => Too strong of a statement for an unsupported claim suggesting the brain does something along the lines of nonlin VAE + linear readout.

      6.5) In Fig 1, legend: what is the operational definition of "generating performance"? Generating what? Neural reconstruction?”

      Regarding “6.1) Line 41: "about neural encoding and decoding mechanisms" => what is the definition of encoding/decoding and how do these differ? The definitions given much later in line 77-79 is also not clear.”:

      We would like to provide a detailed explanation of neural encoding and decoding. Neural encoding means how neuronal activity encodes the behaviors, that is, y=f(x), where y denotes neural activity and, x denotes behaviors, f is the encoding model. Neural decoding means how the brain decodes behaviors from neural activity, that is, x=g(y), where g is the decoding model. For further elaboration, please refer to [1]. We have included references that discuss the concepts of encoding and decoding in the revised manuscript. Thank you for your valuable feedback.

      [1] Kriegeskorte, Nikolaus, and Pamela K. Douglas. "Interpreting encoding and decoding models." Current opinion in neurobiology 55 (2019): 167-179.

      Regarding “6.2) Line 323: remind the reader about what R2 is being discussed, e.g., R2 of decoding behavior using KF. It is critical to know if linear or nonlinear decoding is being discussed.”:

      This question is the same as Q5.6. Please refer to the response to Q5.6. Thank you for your valuable feedback.

      Regarding “6.3) Line 488: "we found that neural responses previously considered trivial encode rich behavioral information in complex nonlinear ways" => "trivial" in what sense? These phrases would benefit from more precision, for example: "neurons that may seem to have little or no behavior information encoded". The same imprecise word ("trivial") is also used in many other places, for example in the caption of Fig S9.”:

      We have revised this statement in the revised manuscript. Thanks for your recommendation.

      Regarding “6.4) Line 611: "The same should be true for the brain." => Too strong of a statement for an unsupported claim suggesting the brain does something along the lines of nonlin VAE + linear readout.”

      We mean that removing the interference of irrelevant signals and decoding the relevant signals should logically be two stages. We have revised this statement in the revised manuscript. Thank you for your valuable feedback.

      Regarding “6.5) In Fig 1, legend: what is the operational definition of "generating performance"? Generating what? Neural reconstruction?””:

      We have replaced “generating performance” with “reconstruction performance” in the revised manuscript. Thanks for your recommendation.

      Q7: “In the analysis presented starting in line 449, the authors compare improvement gained for decoding various speed ranges by adding secondary (small PC) neurons to the KF decoder (Fig S11). Why is this done using the KF decoder, when earlier results suggest an ANN decoder is needed for accurate decoding from these small PC neurons? It makes sense to use the more accurate nonlinear ANN decoder to support the fundamental claim made here, that smaller variance PCs are involved in regulating precise control”

      Because when the secondary signal is superimposed on the primary signal, the enhancement in KF performance is substantial. We wanted to explore in which aspect of the behavior the KF performance improvement is mainly reflected. In comparison, the improvement of ANN by the secondary signal is very small, rendering the exploration of the aforementioned questions inconsequential. Thank you for your valuable feedback.

      Q8: “A key limitation of the VAE architecture is that it doesn't aggregate information over multiple time samples. This may be why the authors decided to use a very large bin size of 100ms and beyond that smooth the data with a moving average. This limitation should be clearly stated somewhere in contrast with methods that can aggregate information over time (e.g., TNDM, LFADS, PSID) ”

      We have added this limitation in the Discussion in the revised manuscript. Thanks for your recommendation.

      Q9: “Fig 5c and parts of the text explore the decoding when some neurons are dropped. These results should come with a reminder that dropping neurons from behaviorally relevant signals is not technically possible since the extraction of behaviorally relevant signals with d-VAE is a population level aggregation that requires the raw signal from all neurons as an input. This is also important to remind in some places in the text for example:

      • Line 498: "...when one of the neurons is destroyed."

      • Line 572: "In contrast, our results show that decoders maintain high performance on distilled signals even when many neurons drop out."”

      We want to explore the robustness of real relevant signals in the face of neuron drop-out. The signals our model extracted are an approximation of the ground truth relevant signals and thus serve as a substitute for ground truth to study this problem. Thank you for your valuable feedback.

      Q10: “Besides the confounded conclusions regarding the readout being linear (see comment 3 and items related to it in comment 5), the authors also don't adequately discuss prior works that suggest nonlinearity helps decoding of behavior from the motor cortex. Around line 594, a few works are discussed as support for the idea of a linear readout. This should be accompanied by a discussion of works that support a nonlinear encoding of behavior in the motor cortex, for example (Naufel et al. 2019; Glaser et al. 2020), some of which the authors cite elsewhere but don't discuss here.”

      We have added this discussion in the revised manuscript. Thanks for your recommendation.

      Q11: “Selection of hyperparameters is not clearly explained. Starting line 791, the authors give some explanation for one hyperparameter, but not others. How are the other hyperparameters determined? What is the search space for the grid search of each hyperparameter? Importantly, if hyperparameters are determined only based on the training data of each fold, why is only one value given for the hyperparameter selected in each dataset (line 814)? Did all 5 folds for each dataset happen to select exactly the same hyperparameter based on their 5 different training/validation data splits? That seems unlikely.”

      We perform a grid search in {0.001, 0.01,0.1,1} for hyperparameter beta. And we found that 0.001 is the best for all datasets. As for the model parameters, such as hidden neuron numbers, this model capacity has reached saturation decoding performance and does not influence the results.

      Regarding “Importantly, if hyperparameters are determined only based on the training data of each fold, why is only one value given for the hyperparameter selected in each dataset (line 814)? Did all 5 folds for each dataset happen to select exactly the same hyperparameter based on their 5 different training/validation data splits”: We selected the hyperparameter based on the average performance of 5 folds data on validation sets. The selected value denotes the one that yields the highest average performance across the 5 folds data.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q12: “d-VAE itself should also be explained more clearly in the main text. Currently, only the high-level idea of the objective is explained. The explanation should be more precise and include the idea of encoding to latent state, explain the relation to pip-VAE, explain inputs and outputs, linearity/nonlinearity of various mappings, etc. Also see comment 1 above, where I suggest adding more details about other methods in the main text.”

      Our primary objective is to delve into the encoding and decoding mechanisms using the separated relevant signals. Therefore, providing an excessive amount of model details could potentially distract from the main focus of the paper. In response to your suggestion, we have included a visual representation of d-VAE's structure, input, and output (see Fig. S1) in the revised manuscript, which offers a comprehensive and intuitive overview. Additionally, we have expanded on the details of d-VAE and other methods in the Methods section.

      Thank you for your valuable feedback.

      Q13: “In Fig 1f and g, shouldn't the performance plots be swapped? The current plots seem counterintuitive. If there is bias toward decoding (panel g), why is the irrelevant residual so good at decoding?”

      The placement of the performance plots in Fig. 1f and 1g is accurate. When the model exhibits a bias toward decoding, it prioritizes extracting the most relevant features (latent variables) for decoding purposes. As a consequence, the model predominantly generates signals that are closely associated with these extracted features. This selective signal extraction and generation process may result in the exclusion of other potentially useful information, which will be left in the residuals. To illustrate this concept, consider the example of face recognition: if a model can accurately identify an individual using only the person's eyes (assuming these are the most useful features), other valuable information, such as details of the nose or mouth, will be left in the residuals, which could also be used to identify the individual.

      Thank you for your valuable feedback.

    2. Reviewer #1 (Public Review):

      This work seeks to understand how behaviour-related information is represented in the neural activity of the primate motor cortex. To this end, a statistical model of neural activity is presented that enables a non-linear separation of behaviour-related from unrelated activity. As a generative model, it enables the separate analysis of these two activity modes, here primarily done by assessing the decoding performance of hand movements the monkeys perform in the experiments. Several lines of analysis are presented to show that while the neurons with significant tuning to movements strongly contribute to the behaviourally-relevant activity subspace, less or un-tuned neurons also carry decodable information. It is further shown that the discovered subspaces enable linear decoding, leading the authors to conclude that motor cortex read-out can be linear.

      Strengths:

      In my opinion, using an expressive generative model to analyse neural state spaces is an interesting approach to understand neural population coding. While potentially sacrificing interpretability, this approach allows capturing both redundancies and synergies in the code as done in this paper. The model presented here is a natural non-linear extension of a previous linear model PSID) and uses weak supervision in a manner similar to a previous non-linear model (TNDM).

      Weaknesses:

      This revised version provides additional evidence to support the author's claims regarding model performance and interpretation of the structure of the resulting latent spaces, in particular the distributed neural code over the whole recorded population, not just the well-tuned neurons. The improved ability to linearly decode behaviour from the relevant subspace and the analysis of the linear subspace projections in my opinion convincingly demonstrates that the model picks up behaviour-relevant dynamics, and that these are distributed widely across the population. As reviewer 3 also points out, I would, however, caution to interpret this as evidence for linear read-out of the motor system - your model performs a non-linear transformation, and while this is indeed linearly decodable, the motor system would need to do something similar first to achieve the same. In fact to me it seems to show the opposite, that behaviour-related information may not be generally accessible to linear decoders (including to down-stream brain areas).

      As in my initial review, I would also caution against making strong claims about identifiability although this work and TNDM seem to show that in practise such methods work quite well. CEBRA, in contrast, offers some theoretical guarantees, but it is not a generative model, so would not allow the type of analysis done in this paper. In your model there is a para,eter \alpha to balance between neural and behaviour reconstruction. This seems very similar to TNDM and has to be optimised - if this is correct, then there is manual intervention required to identify a good model.

      Somewhat related, I also found that the now comprehensive comparison with related models shows that the using decoding performance (R2) as a metric for model comparison may be problematic: the R2 values reported in Figure 2 (e.g. the MC_RTT dataset) should be compared to the values reported in the neural latent benchmark, which represent well-tuned models (e.g. AutoLFADS). The numbers (difficult to see, a table with numbers in the appendix would be useful, see: https://eval.ai/web/challenges/challenge-page/1256/leaderboard) seem lower than what can be obtained with models without latent space disentanglement. While this does not necessarily invalidate the conclusions drawn here, it shows that decoding performance can depend on a variety of model choices, and may not be ideal to discriminate between models. I'm also surprised by the low neural R2 for LFADS I assume this is condition-averaged) - LFADS tends to perform very well on this metric.

      One statement I still cannot follow is how the prior of the variational distribution is modelled. You say you depart from the usual Gaussian prior, but equation 7 seems to suggest there is a normal prior. Are the parameters of this distribution learned? As I pointed out earlier, I however suspect this may not matter much as you give the prior a very low weight. I also still am not sure how you generate a sample from the variational distribution, do you just draw one for each pass?

      Summary:

      This paper presents a very interesting analysis, but some concerns remain that mainly stem from the complexity of deep learning models. It would be good to acknowledge these as readers without relevant background need to understand where the possible caveats are.

    3. Reviewer #4 (Public Review):

      I am a new reviewer for this manuscript, which has been reviewed before. The authors provide a variational autoencoder that has three objectives in the loss: linear reconstruction of behavior from embeddings, reconstruction of neural data, and KL divergence term related to the variational model elements. They take the output of the VAE as the "behaviorally relevant" part of neural data and call the residual "behaviorally irrelevant". Results aim to inspect the linear versus nonlinear behavior decoding using the original raw neural data versus the inferred behaviorally relevant and irrelevant parts of the signal.

      Overall, studying neural computations that are behaviorally relevant or not is an important problem, which several previous studies have explored (for example PSID in (Sani et al. 2021), TNDM in (Hurwitz et al. 2021), TAME-GP in (Balzani et al. 2023), pi-VAE in (Zhou and Wei 2020), and dPCA in (Kobak et al. 2016), etc). However, this manuscript does not properly put their work in the context of such prior works. For example, the abstract states "One solution is to accurately separate behaviorally-relevant and irrelevant signals, but this approach remains elusive", which is not the case given that these prior works have done that. The same is true for various claims in the main text, for example "Furthermore, we found that the dimensionality of primary subspace of raw signals (26, 64, and 45 for datasets A, B, and C) is significantly higher than that of behaviorally-relevant signals (7, 13, and 9), indicating that using raw signals to estimate the neural dimensionality of behaviors leads to an overestimation" (line 321). This finding was presented in (Sani et al. 2021) and (Hurwitz et al. 2021), which is not clarified here. This issue of putting the work in context has been brought up by other reviewers previously but seems to remain largely unaddressed. The introduction is inaccurate also in that it mixes up methods that were designed for separation of behaviorally relevant information with those that are unsupervised and do not aim to do so (e.g., LFADS). The introduction should be significantly revised to explicitly discuss prior models/works that specifically formulated this behavior separation and what these prior studies found, and how this study differs.

      Beyond the above, some of the main claims/conclusions made by the manuscript are not properly supported by the analyses and results, which has also been brought up by other reviewers but not fully addressed. First, the analyses here do not support the linear readout from the motor cortex because i) by construction, the VAE here is trained to have a linear readout from its embedding in its loss, which can bias its outputs toward doing well with a linear decoder/readout, and ii) the overall mapping from neural data to behavior includes both the VAE and the linear readout and thus is always nonlinear (even when a linear Kalman filter is used for decoding). This claim is also vague as there is no definition of readout from "motor cortex" or what it means. Why is the readout from the bottleneck of this particular VAE the readout of motor cortex? Second, other claims about properties of individual neurons are also confounded because the VAE is a population-level model that extracts the bottleneck from all neurons. Thus, information can leak from any set of neurons to other sets of neurons during the inference of behaviorally relevant parts of signals. Overall, the results do not convincingly support the claims, and thus the claims should be carefully revised and significantly tempered to avoid misinterpretation by readers.

      Below I briefly expand on these as well as other issues, and provide suggestions:

      1) Claims about linearity of "motor cortex" readout are not supported by results yet stated even in the abstract. Instead, what the results support is that for decoding behavior from the output of the dVAE model -- that is trained specifically to have a linear behavior readout from its embedding -- a nonlinear readout does not help. This result can be biased by the very construction of the dVAE's loss that encourages a linear readout/decoding from embeddings, and thus does not imply a finding about motor cortex.

      2) Related to the above, it is unclear what the manuscript means by readout from motor cortex. A clearer definition of "readout" (a mapping from what to what?) in general is needed. The mapping that the linearity/nonlinearity claims refer to is from the *inferred* behaviorally relevant neural signals, which themselves are inferred nonlinearly using the VAE. This should be explicitly clarified in all claims, i.e., that only the mapping from distilled signals to behavior is linear, not the whole mapping from neural data to behavior. Again, to say the readout from motor cortex is linear is not supported, including in the abstract.

      3) Claims about individual neurons are also confounded. The d-VAE distilling processing is a population level embedding so the individual distilled neurons are not obtainable on their own without using the population data. This population level approach also raises the possibility that information can leak from one neuron to another during distillation, which is indeed what the authors hope would recover true information about individual neurons that wasn't there in the recording (the pixel denoising example). The authors acknowledge the possibility that information could leak to a neuron that didn't truly have that information and try to rule it out to some extent with some simulations and by comparing the distilled behaviorally relevant signals to the original neural signals. But ultimately, the distilled signals are different enough from the original signals to substantially improve decoding of low information neurons, and one cannot be sure if all of the information in distilled signals from any individual neuron truly belongs to that neuron. It is still quite likely that some of the improved behavior prediction of the distilled version of low-information neurons is due to leakage of behaviorally relevant information from other neurons, not the former's inherent behavioral information. This should be explicitly acknowledged in the manuscript.

      4) Given the nuances involved in appropriate comparisons across methods and since two of the datasets are public, the authors should provide their complete code (not just the dVAE method code), including the code for data loading, data preprocessing, model fitting and model evaluation for all methods and public datasets. This will alleviate concerns and allow readers to confirm conclusions (e.g., figure 2) for themselves down the line.

      5) Related to 1) above, the authors should explore the results if the affine network h(.) (from embedding to behavior) was replaced with a nonlinear ANN. Perhaps linear decoders would no longer be as close to nonlinear decoders. Regardless, the claim of linearity should be revised as described in 1) and 2) above, and all caveats should be discussed.

      6) The beginning of the section on the "smaller R2 neurons" should clearly define what R2 is being discussed. Based on the response to previous reviewers, this R2 "signifies the proportion of neuronal activity variance explained by the linear encoding model, calculated using raw signals". This should be mentioned and made clear in the main text whenever this R2 is referred to.

      7) Various terms require clear definitions. The authors sometimes use vague terminology (e.g., "useless") without a clear definition. Similarly, discussions regarding dimensionality could benefit from more precise definitions. How is neural dimensionality defined? For example, how is "neural dimensionality of specific behaviors" (line 590) defined? Related to this, I agree with Reviewer 2 that a clear definition of irrelevant should be mentioned that clarifies that relevance is roughly taken as "correlated or predictive with a fixed time lag". The analyses do not explore relevance with arbitrary time lags between neural and behavior data.

      8) CEBRA itself doesn't provide a neural reconstruction from its embeddings, but one could obtain one via a regression from extracted CEBRA embeddings to neural data. In addition to decoding results of CEBRA (figure S3), the neural reconstruction of CEBRA should be computed and CEBRA should be added to Figure 2 to see how the behaviorally relevant and irrelevant signals from CEBRA compare to other methods.

      References:

      Kobak, Dmitry, Wieland Brendel, Christos Constantinidis, Claudia E Feierstein, Adam Kepecs, Zachary F Mainen, Xue-Lian Qi, Ranulfo Romo, Naoshige Uchida, and Christian K Machens. 2016. "Demixed Principal Component Analysis of Neural Population Data." Edited by Mark CW van Rossum. eLife 5 (April): e10989. https://doi.org/10.7554/eLife.10989.

      Sani, Omid G., Hamidreza Abbaspourazad, Yan T. Wong, Bijan Pesaran, and Maryam M. Shanechi. 2021. "Modeling Behaviorally Relevant Neural Dynamics Enabled by Preferential Subspace Identification." Nature Neuroscience 24 (1): 140-49. https://doi.org/10.1038/s41593-020-00733-0.

      Zhou, Ding, and Xue-Xin Wei. 2020. "Learning Identifiable and Interpretable Latent Models of High-Dimensional Neural Activity Using Pi-VAE." In Advances in Neural Information Processing Systems, 33:7234-47. Curran Associates, Inc. https://proceedings.neurips.cc/paper/2020/hash/510f2318f324cf07fce24c3a4b89c771-Abstract.html.

      Hurwitz, Cole, Akash Srivastava, Kai Xu, Justin Jude, Matthew Perich, Lee Miller, and Matthias Hennig. 2021. "Targeted Neural Dynamical Modeling." In Advances in Neural Information Processing Systems. Vol. 34. https://proceedings.neurips.cc/paper/2021/hash/f5cfbc876972bd0d031c8abc37344c28-Abstract.html.

      Balzani, Edoardo, Jean-Paul G. Noel, Pedro Herrero-Vidal, Dora E. Angelaki, and Cristina Savin. 2023. "A Probabilistic Framework for Task-Aligned Intra- and Inter-Area Neural Manifold Estimation." In . https://openreview.net/forum?id=kt-dcBQcSA.