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    1. Author response:

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public review):

      Summary:

      Review of the manuscript titled " Mycobacterial Metallophosphatase MmpE acts as a nucleomodulin to regulate host gene expression and promotes intracellular survival".

      The study provides an insightful characterization of the mycobacterial secreted effector protein MmpE, which translocates to the host nucleus and exhibits phosphatase activity. The study characterizes the nuclear localization signal sequences and residues critical for the phosphatase activity, both of which are required for intracellular survival.

      Strengths:

      (1) The study addresses the role of nucleomodulins, an understudied aspect in mycobacterial infections.

      (2) The authors employ a combination of biochemical and computational analyses along with in vitro and in vivo validations to characterize the role of MmpE.

      Weaknesses:

      (1) While the study establishes that the phosphatase activity of MmpE operates independently of its NLS, there is a clear gap in understanding how this phosphatase activity supports mycobacterial infection. The investigation lacks experimental data on specific substrates of MmpE or pathways influenced by this virulence factor.

      We thank the reviewer for this insightful comment and agree that identification of the substrates of MmpE is important to fully understand its role in mycobacterial infection. MmpE is a putative purple acid phosphatase (PAP) and a member of the metallophosphoesterase (MPE) superfamily. Enzymes in this family are known for their catalytic promiscuity and broad substrate specificity, acting on phosphomonoesters, phosphodiesters, and phosphotriesters (Matange et al., Biochem J, 2015). In bacteria, several characterized MPEs have been shown to hydrolyze substrates such as cyclic nucleotides (e.g., cAMP) (Keppetipola et al., J Biol Chem, 2008; Shenoy et al., J Mol Biol, 2007), nucleotide derivatives (e.g., AMP, UDP-glucose) (Innokentev et al., mBio, 2025), and pyrophosphate-containing compounds (e.g., Ap4A, UDP-DAGn) (Matange et al., Biochem J., 2015). Although the binding motif of MmpE has been identified, determining its physiological substrates remains challenging due to the low abundance and instability of potential metabolites, as well as the limited sensitivity and coverage of current metabolomic technologies in mycobacteria.

      (2) The study does not explore whether the phosphatase activity of MmpE is dependent on the NLS within macrophages, which would provide critical insights into its biological relevance in host cells. Conducting experiments with double knockout/mutant strains and comparing their intracellular survival with single mutants could elucidate these dependencies and further validate the significance of MmpE's dual functions.

      We thank the reviewer for the comment. Deletion of the NLS motifs did not impair MmpE’s phosphatase activity in vitro (Figure 2F), indicating that MmpE's enzymatic function operates independently of its nuclear localization. Indeed, we confirmed that Fe<sup>3+</sup>-binding ability via the residues H348 and N359 is required for enzymatic activity of MmpE. We have expanded on this point in the Discussion section “MmpE is a bifunctional virulence factor in Mtb”.

      (3) The study does not provide direct experimental validation of the MmpE deletion on lysosomal trafficking of the bacteria.

      We thank the reviewer for the comment. To validate the role of MmpE in lysosome maturation during infection, we conducted fluorescence colocalization assays in THP-1 macrophages infected with BCG strains, including WT, ∆MmpE, Comp-MmpE, Comp-MmpE<sup>ΔNLS1</sup>, Comp-MmpE<sup>ΔNLS2</sup>, Comp-MmpE<sup>ΔNLS1-2</sup>. These strains were stained with the lipophilic membrane dye DiD, while macrophages were treated with the acidotropic probe LysoTracker<sup>TM</sup> Green (Martins et al., Autophagy, 2019). The result indicated that ΔMmpE and MmpE<sup>NLS1-2</sup> mutants exhibited significantly higher co-localization with LysoTracker compared to WT and Comp-MmpE strains (New Figure 5G), suggesting that MmpE deletion leads to enhanced lysosomal maturation during infection.

      (4) The role of MmpE as a mycobacterial effector would be more relevant using virulent mycobacterial strains such as H37Rv.

      We thank the reviewer for the comment. Previously, the role of Rv2577/MmpE as a virulence factor has been demonstrated in M. tuberculosis CDC 1551, where its deletion significantly reduced bacterial replication in mouse lungs at 30 days post-infection (Forrellad et al., Front Microbiol, 2020). However, that study did not explore the underlying mechanism of MmpE function. In our study, we found that MmpE enhances M. bovis BCG survival in macrophages (THP-1 and RAW264.7 both) and in mice (Figure 3, Figure 7A), consistent with its proposed role in virulence. To investigate the molecular mechanism by which MmpE promotes intracellular survival, we used M. bovis BCG as a biosafe surrogate and this model is widely accepted for studying mycobacterial pathogenesis (Wang et al., Nat Immunol, 2015; Wang et al., Nat Commun, 2017; Péan et al., Nat Commun, 2017).

      Reviewer #2 (Public review):

      Summary:

      In this paper, the authors have characterized Rv2577 as a Fe3+/Zn2+ -dependent metallophosphatase and a nucleomodulin protein. The authors have also identified His348 and Asn359 as critical residues for Fe3+ coordination. The authors show that the proteins encode for two nuclease localization signals. Using C-terminal Flag expression constructs, the authors have shown that the MmpE protein is secretory. The authors have prepared genetic deletion strains and show that MmpE is essential for intracellular survival of M. bovis BCG in THP-1 macrophages, RAW264.7 macrophages, and a mouse model of infection. The authors have also performed RNA-seq analysis to compare the transcriptional profiles of macrophages infected with wild-type and MmpE mutant strains. The relative levels of ~ 175 transcripts were altered in MmpE mutant-infected macrophages and the majority of these were associated with various immune and inflammatory signalling pathways. Using these deletion strains, the authors proposed that MmpE inhibits inflammatory gene expression by binding to the promoter region of a vitamin D receptor. The authors also showed that MmpE arrests phagosome maturation by regulating the expression of several lysosome-associated genes such as TFEB, LAMP1, LAMP2, etc. These findings reveal a sophisticated mechanism by which a bacterial effector protein manipulates gene transcription and promotes intracellular survival.

      Strength:

      The authors have used a combination of cell biology, microbiology, and transcriptomics to elucidate the mechanisms by which Rv2577 contributes to intracellular survival.

      Weakness:

      The authors should thoroughly check the mice data and show individual replicate values in bar graphs.

      We kindly appreciate the reviewer for the advice. We have now updated the relevant mice data in the revised manuscript.

      Reviewer #3 (Public review):

      Summary:

      In this manuscript titled "Mycobacterial Metallophosphatase MmpE Acts as a Nucleomodulin to Regulate Host Gene Expression and Promote Intracellular Survival", Chen et al describe biochemical characterisation, localisation and potential functions of the gene using a genetic approach in M. bovis BCG and perform macrophage and mice infections to understand the roles of this potentially secreted protein in the host cell nucleus. The findings demonstrate the role of a secreted phosphatase of M. bovis BCG in shaping the transcriptional profile of infected macrophages, potentially through nuclear localisation and direct binding to transcriptional start sites, thereby regulating the inflammatory response to infection.

      Strengths:

      The authors demonstrate using a transient transfection method that MmpE when expressed as a GFP-tagged protein in HEK293T cells, exhibits nuclear localisation. The authors identify two NLS motifs that together are required for nuclear localisation of the protein. A deletion of the gene in M. bovis BCG results in poorer survival compared to the wild-type parent strain, which is also killed by macrophages. Relative to the WT strain-infected macrophages, macrophages infected with the ∆mmpE strain exhibited differential gene expression. Overexpression of the gene in HEK293T led to occupancy of the transcription start site of several genes, including the Vitamin D Receptor. Expression of VDR in THP1 macrophages was lower in the case of ∆mmpE infection compared to WT infection. This data supports the utility of the overexpression system in identifying potential target loci of MmpE using the HEK293T transfection model. The authors also demonstrate that the protein is a phosphatase, and the phosphatase activity of the protein is partially required for bacterial survival but not for the regulation of the VDR gene expression.

      Weaknesses:

      (1) While the motifs can most certainly behave as NLSs, the overexpression of a mycobacterial protein in HEK293T cells can also result in artefacts of nuclear localisation. This is not unprecedented. Therefore, to prove that the protein is indeed secreted from BCG, and is able to elicit transcriptional changes during infection, I recommend that the authors (i) establish that the protein is indeed secreted into the host cell nucleus, and (ii) the NLS mutation prevents its localisation to the nucleus without disrupting its secretion.

      We kindly appreciate the reviewer for this insightful comment. To confirm the translocation of MmpE into the host nucleus during BCG infection, we first detected the secretion of MmpE by M. bovis BCG, using Ag85B as a positive control and GlpX as a negative control (Zhang et al., Nat commun, 2022). Our results showed that MmpE- Flag was present in the culture supernatant, indicating that MmpE is secreted by BCG indeed (new Figure S1C).

      Next, we performed immunoblot analysis of the nuclear fractions from infected THP-1 macrophages expressing FLAG-tagged wild-type MmpE and NLS mutants. The results revealed that only wild-type MmpE was detected in the nucleus, while MmpE<sup>ΔNLS1</sup>, MmpE<sup>ΔNLS2</sup> and MmpE<sup>ΔNLS1-2</sup> were not detectable in the nucleus (New Figure S1D). Taken together, these findings demonstrated that MmpE is a secreted protein and that its nuclear translocation during infection requires both NLS motifs.

      Demonstration that the protein is secreted: Supplementary Figure 3 - Immunoblotting should be performed for a cytosolic protein, also to rule out detection of proteins from lysis of dead cells. Also, for detecting proteins in the secreted fraction, it would be better to use Sauton's media without detergent, and grow the cultures without agitation or with gentle agitation. The method used by the authors is not a recommended protocol for obtaining the secreted fraction of mycobacteria.

      We kindly appreciate the reviewer for the advice. To avoid the effects of bacterial lysis, we cultured the BCG strains expressing MmpE-Flag in Middlebrook 7H9 broth with 0.5% glycerol, 0.02% Tyloxapol, and 50 µg/mL kanamycin at 37 °C with gentle agitation (80 rpm) until an OD<sub>600</sub> of approximately 0.6 (Zhang et al., Nat Commun, 2022). Subsequently, we assessed the secretion of MmpE-Flag in the culture supernatant, using Ag85B as a positive control and GlpX as a negative control (New Figure S1C). The results showed that GlpX was not detected in the supernatant, while MmpE and Ag85B were detected, indicating that MmpE is indeed a secreted protein in BCG.

      Demonstration that the protein localises to the host cell nucleus upon infection: Perform an infection followed by immunofluorescence to demonstrate that the endogenous protein of BCG can translocate to the host cell nucleus. This should be done for an NLS1-2 mutant expressing cell also.

      We thank the reviewer for the suggestion. We agree that this experiment would be helpful to further verify the ability of MmpE for nuclear import. However, MmpE specific antibody is not available for us for immunofluorescence experiment. Alternatively, we performed nuclear-cytoplasmic fractionation for the THP-1 cells infected with the M. bovis BCG strains expressing FLAG-tagged wild-type MmpE, as well as NLS deletion mutants (MmpE<sup>ΔNLS1</sup>, MmpE<sup>ΔNLS2</sup>, and MmpE<sup>ΔNLS1-2</sup>). The WT MmpE is detectable in both cytoplasmic and nuclear compartments, while MmpE<sup>ΔNLS1</sup>, MmpE<sup>ΔNLS2</sup> or MmpE<sup>ΔNLS1-2</sup> were almost undetectable in nuclear fractions (New Figure S1D), suggesting that both NLS motifs are necessary for nuclear import.

      (2) In the RNA-seq analysis, the directionality of change of each of the reported pathways is not apparent in the way the data have been presented. For example, are genes in the cytokine-cytokine receptor interaction or TNF signalling pathway expressed more, or less in the ∆mmpE strain?

      We thank the reviewer for the comment. The KEGG pathway enrichment diagrams in our RNA-seq analysis primarily reflect the statistical significance of pathway enrichment based on differentially expressed genes, but do not indicate the directionality of genes expression changes. To address this concern, we conducted qRT-PCR on genes associated with the cytokine-cytokine receptor interaction pathway, specifically IL23A, CSF2, and IL12B. The results showed that, compared to the WT strain, infection with the ΔMmpE strain resulted in significantly increased expression levels of these genes in THP-1 cells (Figure 4F, Figure S4B), consistent with the RNA-seq data. Furthermore, we have submitted the complete RNA-seq dataset to the NCBI GEO repository [GSE312039], which includes normalized expression values and differential expression results for all detected genes.

      (3) Several of these pathways are affected as a result of infection, while others are not induced by BCG infection. For example, BCG infection does not, on its own, produce changes in IL1β levels. As the author s did not compare the uninfected macrophages as a control, it is difficult to interpret whether ∆mmpE induced higher expression than the WT strain, or simply did not induce a gene while the WT strain suppressed expression of a gene. This is particularly important because the strain is attenuated. Does the attenuation have anything to do with the ability of the protein to induce lysosomal pathway genes? Does induction of this pathway lead to attenuation of the strain? Similarly, for pathways that seem to be downregulated in the ∆mmpE strain compared to the WT strain, these might have been induced upon infection with the WT strain but not sufficiently by the ∆mmpE strain due to its attenuation/ lower bacterial burden.

      We thank the reviewer for the comment. Previous studies have shown that wild-type BCG induces relatively low levels of IL-1β, while retaining partial capacity to activate the inflammasome (Qu et al., Sci Adv, 2020). Our data (Figures 3G) show that infection with the ΔMmpE strain results in enhanced IL-1β expression, consistent with findings by Master et al. (Cell Host Microbe, 2008), in which deletion of zmp1 in BCG or M. tuberculosis led to increased IL-1β levels due to reduced inhibition of inflammasome activation.

      In the revised manuscript, we have provided additional qRT-PCR data using uninfected macrophages as a baseline control. These results demonstrate that the WT strain suppresses lysosome-associated gene expression, whereas the ΔMmpE strain upregulates these genes, indicating that MmpE inhibits lysosome-related genes expression (Figure 4G). Furthermore, bacterial burden analysis revealed that ∆mmpE exhibited ~3-fold lower intracellular survival than the WT strain in THP-1 cells. However, when lysosomal maturation was inhibited, the difference in bacterial load between the two strains was reduced to ~1-fold (New Figures S6B and C). These findings indicate that MmpE promotes intracellular survival primarily by inhibiting lysosomal maturation, which is consistent with a previous study (Chandra et al., Sci Rep, 2015).

      (4) CHIP-seq should be performed in THP1 macrophages, and not in HEK293T. Overexpression of a nuclear-localised protein in a non-relevant line is likely to lead to several transcriptional changes that do not inform us of the role of the gene as a transcriptional regulator during infection.

      We thank the reviewer for the comment. We performed ChIP-seq in HEK293T cells based on their high transfection efficiency, robust nuclear protein expression, and well-annotated genome (Lampe et al., Nat Biotechnol, 2024; Marasco et al., Cell, 2022). These characteristics make HEK293T an ideal system for the initial identification of genome-wide chromatin binding profiles by MmpE.

      Further, we performed comprehensive validation of the ChIP-seq findings in THP-1 macrophages. First, CUT&Tag and RNA-seq analyses in THP-1 cells revealed that MmpE modulates genes involved in the PI3K–AKT signaling and lysosomal maturation pathways (Figure 4C; Figure S5A-B). Correspondingly, we found that infection with the ΔMmpE strain led to reduced phosphorylation of AKT (S473), mTOR (S2448), and p70S6K (T389) (New Figure 5E-F), and upregulation of lysosomal genes such as TFEB, LAMP1, and LAMP2 (Figure 4G), compared to infection with the WT strain, and lysosomal maturation in cells infected with the ΔMmpE strain more obviously (New Figure 5G). Additionally, CUT&Tag profiling identified MmpE binding at the promoter region of the VDR gene, which was further validated by EMSA and ChIP-qPCR. Also, qRT-PCR demonstrated that MmpE suppresses VDR transcription, supporting its role as a transcriptional regulator (Figure 6). Collectively, these data confirm the biological relevance and functional significance of the ChIP-seq findings obtained in HEK293T cells.

      (5) I would not expect to see such large inflammatory reactions persisting 56 days post-infection with M. bovis BCG. Is this something peculiar for an intratracheal infection with 1x107 bacilli? For images of animal tissue, the authors should provide images of the entire lung lobe with the zoomed-in image indicated as an inset.

      We thank the reviewer for the comment. The lung inflammation peaked at days 21–28 and had clearly subsided by day 56 across all groups (New Figure 7B), consistent with the expected resolution of immune responses to an attenuated strain like M. bovis BCG. This temporal pattern is in line with previous studies using intravenous or intratracheal BCG vaccination in mice and macaques, which also demonstrated robust early immune activation followed by resolution over time (Smith et al., Nat Microbiol, 2025; Darrah et al., Nature, 2020).

      In this study, the infectious dose (1×10<sup>7</sup> CFU intratracheal) was selected based on previous studies in which intratracheal delivery of 1×10<sup>7</sup> CFU produced consistent and measurable lung immune responses and pathology without causing overt illness or mortality (Xu et al., Sci Rep, 2017; Niroula et al., Sci Rep, 2025). We have provided whole-lung lobe images with zoomed-in insets in the source dataset.

      (6) For the qRT-PCR based validation, infections should be performed with the MmpE-complemented strain in the same experiments as those for the WT and ∆mmpE strain so that they can be on the same graph, in the main manuscript file. Supplementary Figure 4 has three complementary strains. Again, the absence of the uninfected, WT, and ∆mmpE infected condition makes interpretation of these data very difficult.

      We thank the reviewer for the comment. As suggested, we have conducted the qRT-PCR experiment including the uninfected, WT, ∆mmpE, Comp-MmpE, and the three complementary strains infecting THP-1 cells (Figure 4F and G; New Figure S4B–D).

      (7) The abstract mentions that MmpE represses the PI3K-Akt-mTOR pathway, which arrests phagosome maturation. There is not enough data in this manuscript in support of this claim. Supplementary Figure 5 does provide qRT-PCR validation of genes of this pathway, but the data do not indicate that higher expression of these pathways, whether by VDR repression or otherwise, is driving the growth restriction of the ∆mmpE strain.

      We thank the reviewer for the comment. In the updated manuscript, we have provided more evidence. First, the RNA-seq analysis indicated that MmpE affects the PI3K-AKT signaling pathway (Figure 4C). Second, CUT&Tag analysis suggested that MmpE binds to the promoter regions of key pathway components, including PRKCBPLCG2, and PIK3CB (Figure S5A). Third, confocal microscopy showed that ΔMmpE strain promotes significantly increased lysosomal maturation compared to the WT, a process downstream of the PI3K-AKT-mTOR axis (New Figure 5G).

      Further, we measured protein phosphorylation for validating activation of the pathway (Zhang et al., Stem Cell Reports, 2017). Our results showed that cells infected with WT strains exhibited significantly higher phosphorylation of Akt, mTOR, and p70S6K compared to those infected with ΔMmpE strains (New Figures 5E and F). Moreover, the dual PI3K/mTOR inhibitor BEZ235 abolished the survival advantage of WT strains over ΔMmpE mutants in THP-1 macrophages (New Figure S6B and C). Collectively, these results support that MmpE activates the PI3K–Akt–mTOR signaling pathway to enhance bacterial survival within the host.

      (8) The relevance of the NLS and the phosphatase activity is not completely clear in the CFU assays and in the gene expression data. Firstly, there needs to be immunoblot data provided for the expression and secretion of the NLS-deficient and phosphatase mutants. Secondly, CFU data in Figure 3A, C, and E must consistently include both the WT and ∆mmpE strain.

      We thank the reviewer for the comment. We have now added immunoblot analysis for expression and secretion of MmpE mutants. The result show that NLS-deficient and phosphatase mutants can detected in supernatant (New Figure S1C). Additionally, we have revised Figures 3A, 3C, and 3E to consistently include both the WT and ΔMmpE strains in the CFU assays (Figures 3A, 3C, and 3E).

      Recommendations for the authors:

      Reviewer #2 (Recommendations for the authors):

      The authors should attempt to address the following comments:

      (1) Please perform densitometric analysis for the western blot shown in Figure 1E.

      We sincerely thank the reviewer for the suggestion. In the updated manuscript, we have performed densitometric analysis of the western blot shown in New Figure 1F and G.

      (2) Is it possible to measure the protein levels for MmpE in lysates prepared from infected macrophages.

      We thank the reviewer for the comment. In the revised manuscript, we performed immunoblot analysis to measure MmpE levels in lysates from infected macrophages. The results demonstrated that wild-type MmpE was present in both the cytoplasmic and nuclear fractions during infection in THP-1 cells (New Figure S1D).

      (3) The authors should perform circular dichroism studies to compare the secondary structure of wild type and mutant proteins (in particular MmpEHis348 and MmpEAsn359.

      We thank the reviewer for this valuable suggestion. We agree that circular dichroism spectroscopy could provide useful information in comparison of the differences on the secondary structures. However, due to the technical limitations, we instead compared the structures of wild-type MmpE and the His348 and Asn359 mutant proteins predicted by AlphaFold. These structural models showed almost no differences in secondary structures between the wild-type and mutants (Figure S1B).

      (4) The authors should perform more experiments to determine the binding motif for MmpE in the promoter region of VDR.

      We thank the reviewer for this suggestion. In the current study, we have identified the MmpE-binding motif within the promoter region of VDR using CUT&Tag sequencing. This prediction was further validated by ChIP-qPCR and EMSA (Figure 6). These complementary approaches collectively support the identification of a specific MmpE-binding motif and demonstrate its functional relevance. Such approach was acceptable in many publications (Wen et al., Commun Biol, 2020; Li et al., Nat Commun, 2022).

      (5) Were the transcript levels of VDR also measured in the lung tissues of infected animals?

      We thank the reviewer for this suggestion. In the revised manuscript, we have performed qRT-PCR to assess VDR transcript levels in the lung tissues of infected mice (New Figure S8B).

      (6) How does MmpE regulate the expression of lysosome-associated genes?

      We thank the reviewer for this question. Our experiments suggested that MmpE suppresses lysosomal maturation probably by activating the host PI3K–AKT–mTOR signaling pathway (New Figure 5E–I). This pathway is well established as a negative regulator of lysosome biogenesis and function (Yang et al., Signal Transduct Target Ther, 2020; Cui et al., Nature, 2023; Cui et al., Nature, 2025). During infection, THP-1 cells infected with the WT showed increased phosphorylation of Akt, mTOR, and p70S6K compared to those infected with ΔMmpE (New Figure S5C, New Figure 5E and F), and concurrently downregulated key lysosomal maturation markers, including TFEB, LAMP1, LAMP2, and multiple V-ATPase subunits (Figure 4G). Given that PI3K–AKT–mTOR signaling suppresses TFEB activity and lysosomal gene transcription (Palmieri et al., Nat Commun, 2017), we propose that MmpE modulates lysosome-associated gene expression and lysosomal function probably by PI3K–AKT–mTOR signaling pathway.

      (7) Mice experiment:

      (a) The methods section states that mice were infected intranasally, but the legend for Figure 6 states intratracheally. Kindly check?

      (b) Supplementary Figure 7 - this is not clear. The legend says bacterial loads in spleens (CFU/g) instead of DNA expression, as shown in the figure.

      (c) The data in Figure 6 and Figure S7 seem to be derived from the same experiment, but the number of animals is different. In Figure 6, it is n = 6, and in Figure S7, it is n=3.

      We thank the reviewer for the comments.

      (a) The infection was performed intranasally, and the figure legend for New Figure 7 has now been corrected.

      (b) We adopted quantitative PCR method to measure bacterial DNA levels in the spleens of infected mice. We have now revised the legend.

      (c) We have conducted new experiments where each experiment now includes six mice. The results are showed in Figure 7B and C, as well as in the new Figure S8.

      (8) The authors should show individual values for various replicates in bar graphs (for all figures).

      We thank the reviewer for this helpful suggestion. We have now updated all relevant bar graphs to include individual data points for each biological replicate.

      (9) The authors should validate the relative levels of a few DEGs shown in Figure 3F, Figure 3G, and Figure S4C, in the lung tissues of mice infected with wild-type, mutant, and complemented strains.

      We thank the reviewer for this suggestion. In the revised manuscript, we have performed qRT-PCR to validate the expression levels of selected DEGs, including inflammation-related and lysosome-associated genes, in lung tissues from mice infected with wild-type, mutant, and complemented strains (New Figure S8C-H).

      (10) Did the authors perform an animal experiment using a mutant strain complemented with the phosphatase-deficient MmpE (Comp-MmpE-H348AN359H)?

      We appreciate the reviewer's comment. We agree that an additional animal experiment would be useful to assess the effects of the phosphatase. However, our study mainly focused on interpreting the function of the nuclear localization of MmpE during BCG infection. Additionally, we have assessed the role of the phosphatase of MmpE during infection with cell model (Figure 3E).

      Minor comment:

      The mutant strain should be verified by either Southern blot or whole genome sequencing.

      We thank the reviewer for this comment. We verified deletion of mmpE gene by PCR method (Figure S3A-D) which was acceptable in many publications (Zhang et al., PLoS Pathog, 2020; Zhang et al., Nat Commun, 2022).

      Reviewer #3 (Recommendations for the authors):

      (1) Line 195: cytokine.

      We thank the reviewer for the comments. We have now corrected it.

      (2) Line 225: rewording required.

      Corrected.

      (3) Figure 4A. "No difference" instead of "No different".

      Corrected.

      (4) "KommpE" should be replaced with "∆mmpE strain" (∆=delta symbol).

      Corrected.

      (5) Supplementary Figure 7. The figure legend states CFU assays, but the y-axis and the graph seem to depict IS1081 quantification.

      We thank the reviewer for the comment. The figure is based on IS1081 quantification using qRT-PCR, not CFU assays. We have now revised the legend for New Figure S8A.

      References

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    1. Note de Synthèse : Réalités et Idées Reçues sur le Trouble Déficitaire de l'Attention avec ou sans Hyperactivité (TDAH)

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise les interventions d'experts — Franck Ramus (chercheur au CNRS), Magalie Laviel Guida (psychologue et orthophoniste) et Clément Freze (patient et illusionniste) — lors d'une table ronde consacrée au TDAH.

      Les points clés à retenir sont les suivants :

      Définition Officielle : Le TDAH est un trouble neurodéveloppemental caractérisé par une inattention persistante et/ou une hyperactivité-impulsivité, impactant négativement le fonctionnement social, scolaire ou professionnel.

      Augmentation des Diagnostics : Il ne s'agit pas d'une "épidémie" mais d'une meilleure connaissance du trouble par les professionnels et le public, ainsi que d'une meilleure intégration dans les formations médicales.

      Origine et Histoire : Contrairement aux idées reçues, le TDAH n'est pas une invention de "Big Pharma" ; il est décrit par la médecine depuis la fin du XVIIIe siècle, bien avant la synthèse des premiers traitements.

      Prise en Charge : Le traitement pharmacologique (méthylphénidate) est efficace et non addictif, mais il doit s'insérer dans une approche pluridisciplinaire incluant les Thérapies Cognitivo-Comportementales (TCC), la psychomotricité et l'activité physique.

      Enjeux Sociaux : La France souffre d'un retard de diagnostic dû à une influence persistante de la psychanalyse et à des inégalités d'accès aux soins selon le milieu socio-économique.

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      I. Définition et Cadre Clinique du TDAH

      Le TDAH est classé par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) dans la 11e version de la Classification internationale des maladies (CIM-11) parmi les troubles neurodéveloppementaux.

      Les Deux Catégories de Symptômes

      1. Inattention : Difficulté à maintenir sa concentration, distractibilité.

      2. Hyperactivité et Impulsivité : Besoin de mouvement incessant, difficulté à inhiber les comportements inappropriés.

      Bien que souvent combinées, ces catégories peuvent se manifester isolément.

      Par exemple, le trouble de l'attention sans hyperactivité (TDA) est souvent plus discret et détecté tardivement par le biais des performances scolaires ou professionnelles.

      Comorbidités Fréquentes

      Le TDAH se présente rarement seul. Les experts soulignent la fréquence des troubles associés :

      Troubles neurodéveloppementaux : Autisme (TSA), dyslexie, troubles du langage, troubles de la coordination motrice.

      Troubles psychiatriques : Dépression, troubles anxieux généralisés, trouble bipolaire, trouble borderline.

      --------------------------------------------------------------------------------

      II. Déconstruction des Idées Reçues

      La table ronde s'est attachée à invalider plusieurs mythes persistants dans l'opinion publique et certains milieux médicaux.

      | Idée Reçue | Réalité Scientifique et Clinique | | --- | --- | | Diagnostic à la mode | L'augmentation des cas reflète une meilleure formation des professionnels et une sensibilisation accrue de la société. | | Invention de "Big Pharma" | Le trouble est décrit dès le XVIIIe et XIXe siècles (ex: cas de Mozart). Les médicaments n'ont été synthétisés qu'à partir des années 1940. | | Simple manque de volonté | Le TDAH est un trouble des fonctions cognitives (planification, régulation) et non un trait de caractère ou de la paresse. | | Faute des parents | Le comportement de l'enfant n'est pas causé par une "éducation défaillante" ; au contraire, le stress des parents est souvent une réaction au trouble de l'enfant. | | Disparition à l'âge adulte | Bien que les symptômes puissent s'atténuer ou repasser sous un seuil clinique, le trouble peut persister toute la vie. |

      --------------------------------------------------------------------------------

      III. Diagnostic et Parcours de Soins

      Le Processus Diagnostique

      Le diagnostic doit être posé par une équipe pluridisciplinaire et validé par un médecin (psychiatre ou pédopsychiatre). Il repose sur :

      • Une batterie de tests évaluant les fonctions cognitives (planification, attention sélective et soutenue).

      • Des examens médicaux complémentaires pour exclure d'autres pathologies (EEG, ECG, IRM, prises de sang).

      • L'identification d'un impact négatif direct sur la vie quotidienne.

      L'Opposition Psychanalytique en France

      La France se distingue par une résistance culturelle forte issue de la psychanalyse, qui tend à interpréter le TDAH exclusivement sous l'angle de causes affectives ou relationnelles (ex: complexe d'Œdipe).

      Cette approche engendre des retards de diagnostic et des erreurs d'orientation thérapeutique.

      --------------------------------------------------------------------------------

      IV. Stratégies Thérapeutiques

      Approche Pharmacologique

      Le méthylphénidate (Ritaline) est le traitement de première intention.

      Efficacité : Très élevée pour une grande proportion de patients.

      Sécurité : Molécule non addictive. Les effets secondaires (perte d'appétit, léger retard de croissance) sont modérés et gérables par un suivi médical.

      Usage : Permet souvent de briser le cercle vicieux de l'échec pour instaurer un cercle vertueux de réussite sociale et scolaire.

      Thérapies Non Médicamenteuses

      TCC et Thérapie ACT : Travaillent sur l'acceptation des émotions, la régulation du comportement et la modification des schémas de pensée automatiques.

      Remédiation Cognitive : Travail spécifique sur la planification et l'organisation des tâches.

      Orthophonie : Intervient sur la pragmatique de la communication (respect des tours de parole, continuité thématique).

      Activité Physique : Le sport aide à canaliser l'hyperactivité, sécrète des endorphines et facilite le sommeil.

      --------------------------------------------------------------------------------

      V. Impacts Environnementaux et Sociaux

      L'École comme Révélateur

      Le milieu scolaire, par son exigence d'immobilité et de concentration prolongée, agit comme un révélateur des symptômes du TDAH.

      Un enfant qui grimperait aux arbres en plein air pourrait ne pas être perçu comme "troublé", mais il devient "inadapté" dans une salle de classe.

      Le Biais de Genre

      Il existe un écart de diagnostic entre les sexes :

      • Les garçons manifestent plus souvent une hyperactivité externe, jugée gênante, ce qui mène à un diagnostic rapide.

      • Les filles peuvent présenter des symptômes plus "sages" ou intériorisés, ou être victimes de critères diagnostiques historiquement basés sur des comportements masculins.

      Conséquences Socio-économiques

      Le TDAH non traité a un impact négatif mesurable sur :

      • La stabilité professionnelle (difficulté à garder un emploi).

      • La gestion financière (achats impulsifs, oublis administratifs).

      • La santé mentale globale (risque accru de harcèlement scolaire, anxiété, troubles du sommeil).

      Conclusion

      Le TDAH est une réalité clinique documentée nécessitant une approche scientifique et bienveillante.

      L'accès au diagnostic reste inégal, dépendant fortement du milieu socio-économique et de la proximité avec des professionnels formés aux troubles neurodéveloppementaux (plateformes TND, associations de patients).

      La réussite de la prise en charge repose sur la collaboration entre le patient, sa famille, les médecins et le corps enseignant.

    1. L’Enseignement Explicite des Comportements : Synthèse et Stratégies de Mise en Œuvre

      Résumé Exécutif

      L'enseignement explicite des comportements est une approche pédagogique structurée visant à transformer les attentes comportementales, souvent implicites, en objets d'apprentissage formels.

      Fondée sur les travaux de chercheurs tels que Steve Bissonnette, Clermont Gautier et Mire Castonget, cette méthode repose sur l'idée que les comportements pro-sociaux doivent être enseignés avec la même rigueur que les matières académiques.

      Le processus suit quatre étapes clés : la présentation des attentes, la modélisation (ou verbalisation de la pensée), la pratique guidée et la pratique autonome.

      La mise en œuvre réussie nécessite une adhésion massive des équipes éducatives (au moins 80 %) et une traduction des valeurs de l'établissement en comportements observables et positifs.

      Les recherches menées en Belgique, au Canada et aux États-Unis démontrent des résultats probants, notamment une réduction significative des incidents disciplinaires (jusqu'à 50 %) et une amélioration globale du climat scolaire.

      Fondements et Définition de l'Enseignement Explicite

      L'enseignement explicite est initialement défini comme une méthode permettant aux élèves de s'approprier les processus mentaux nécessaires aux apprentissages. Lorsqu'elle est appliquée aux comportements, elle rompt avec l'idée que les règles de vie sont des évidences acquises.

      Les quatre étapes de la démarche pédagogique

      Le passage d'un comportement inapproprié à un comportement positif s'articule autour d'un cycle précis :

      1. Présentation des attendus : L'enseignant définit clairement la tâche et réactive les prérequis. Il explique le "pourquoi" de la règle (ex: se lever quand un adulte entre pour montrer du respect et écouter).

      2. Modélisation (Le "haut-parleur sur la pensée") : L'enseignant verbalise sa propre réflexion en réalisant la tâche ou en expliquant le comportement. Il rend visible le raisonnement derrière l'action.

      3. Pratique guidée : Les élèves réalisent la tâche sous la supervision de l'enseignant ou de leurs pairs, bénéficiant d'un étayage constant.

      4. Pratique autonome : L'élève répète le comportement de manière indépendante pour consolider les connaissances et tendre vers l'automatisation.

      Protocole de Mise en Œuvre dans l'Établissement

      Le déploiement de cette pratique ne peut être individuel ; il doit s'inscrire dans un projet d'établissement global et cohérent, du jardin d'enfants au lycée.

      Conditions de succès et étapes initiales

      Adhésion de l'équipe : Un seuil minimal de 80 % du personnel doit soutenir le projet pour garantir sa cohérence et son efficacité.

      Identification des valeurs : Les équipes doivent s'accorder sur trois valeurs fondamentales à développer (ex: autonomie, respect, bienveillance, esprit critique).

      Définition des moments de vie : Identifier les contextes où ces valeurs s'appliquent (travaux de groupe, récréation, couloirs, cantine).

      Traduction en comportements observables

      Les valeurs abstraites sont converties en "observables" formulés de manière affirmative. L'objectif est de dire à l'élève ce qu'il doit faire plutôt que ce qui est interdit.

      | Lieu | Valeur : Respect / Autonomie | Comportement Observable (Exemple) | | --- | --- | --- | | Classe | Engagement | "Je sors mon matériel et je présente mes devoirs." | | Couloirs | Sécurité | "Je marche à droite, je regarde devant moi et je parle bas." | | Cantine | Politesse | "Je dis bonjour au personnel de service." |

      Gestion des Écarts de Conduite

      Le système prévoit une réponse structurée aux comportements inappropriés, distinguant la gravité et la récurrence des faits.

      Écarts mineurs : Comportements ne perturbant pas l'ensemble de la classe. Ils sont gérés directement par l'enseignant via un rappel au comportement positif attendu.

      Écarts majeurs : Comportements répétés ou perturbant gravement le fonctionnement collectif. Ces écarts sont pris en charge par la direction de l'établissement.

      Soutien et Valorisation du Comportement Positif

      L'enseignement explicite s'appuie sur le "soutien au comportement positif". Il ne s'agit pas seulement de corriger, mais de célébrer les réussites :

      Feedback qualitatif : Fournir un retour précis sur la posture de l'élève (ex: "Bravo d'avoir levé la main comme convenu, je te donne la parole").

      Supports visuels : Utilisation d'affiches co-conçues avec les élèves dans tous les lieux de vie pour rappeler les attendus.

      Transitions facilitées : L'alignement des attentes entre les cycles (maternelle, élémentaire, collège, lycée) renforce la confiance des élèves envers les adultes et les institutions.

      Analyse des Impacts et Résultats Scientifiques

      L'efficacité de cette approche est documentée par plusieurs études internationales qui soulignent une amélioration notable du climat scolaire et de la réussite éducative.

      | Source de l'étude | Localisation | Résultats observés | | --- | --- | --- | | Caroline Deltour | Belgique | Réduction des problèmes de gestion de classe et augmentation du taux de présence. | | Étude 2004 | États-Unis | Réduction de 50 % des incidents disciplinaires après un an de mise en œuvre. | | Recherche nationale | Canada | Diminution de 39 % des écarts de conduite majeurs. |

      Conclusion

      L'enseignement explicite des comportements offre un cadre rigoureux qui transforme la gestion de classe.

      En explicitant les règles de vie et en les enseignant comme des compétences à part entière, les établissements scolaires créent un environnement sécurisant et propice aux apprentissages, tout en fédérant les équipes pédagogiques autour d'objectifs communs et mesurables.

    1. La Production de l'Ignorance Collective en Éducation : Analyse de la Structuration du Débat Public

      Résumé Exécutif

      Ce document de synthèse analyse les recherches de Xavier Pons, sociologue de l'action publique, concernant les mécanismes de production de l'ignorance collective dans le champ de l'éducation en France.

      Contrairement à une vision simpliste, l'ignorance n'est pas une simple absence de savoir, mais le résultat d'une construction sociale et culturelle appelée « agnotologie ».

      L'analyse repose sur une étude de quatre ans portant sur trois dossiers majeurs : les enquêtes PISA, l'absentéisme scolaire et la Loi organique relative aux lois de finances (LOLF).

      Elle démontre que le débat public français est structuré par cinq logiques dominantes — émotionnalisation, instrumentalisation, confinement, routinisation et fragmentation — qui empêchent l'émergence d'une discussion sereine et scientifiquement étayée.

      La notion de « configuration de dissibilité » explique que ce qui peut être dit publiquement dépend étroitement des rapports d'interdépendance entre les acteurs.

      En fin de compte, cette ignorance collective freine l'apprentissage institutionnel et maintient une expertise publique concentrée entre les mains d'une élite administrative, au détriment d'un débat démocratique informé.

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      1. Le Concept d'Agnotologie et l'Ignorance Collective

      L'étude se fonde sur l'agnotologie, un terme emprunté à l'historien Robert Proctor, défini comme la symétrie de l'épistémologie : c'est l'étude de l'ignorance et des conditions de sa production culturelle.

      Définitions et Mécanismes

      Ignorance Collective : Ensemble des questions qu'un groupe social n'approfondit pas, soit par méconnaissance, soit parce qu'elles sont volontairement minorées.

      Stratégies de production : L'ignorance peut résulter de stratégies délibérées telles que le déni d'agenda (refus d'aborder un problème), la désinformation, le secret d'État ou la création d'un doute scientifique artificiel (stratégie des « marchands de doute »).

      Application à l'éducation : L'analyse cherche à expliquer pourquoi certains sujets éducatifs sont systématiquement occultés ou simplifiés, sans nécessairement invoquer le cynisme pur des acteurs, mais plutôt en étudiant la structuration même du débat public.

      --------------------------------------------------------------------------------

      2. Analyse des Trois Dossiers de Politique Éducative

      L'étude compare trois thèmes aux caractéristiques techniques et médiatiques distinctes pour observer l'évolution de la connaissance et de l'ignorance dans l'espace public.

      | Dossier | Nature du sujet | Évolution du débat | | --- | --- | --- | | PISA | Évaluation internationale (OCDE) | Passage d'un débat d'initiés (2001-2004) à une politisation banalisée où l'on parle moins de statistiques que de diagnostics idéologiques anciens. | | Absentéisme | Enjeu social et disciplinaire | Transition d'un simple indicateur de malaise (1997-2001) vers une problématisation centrée sur la sanction des parents et la violence (2001-2012). | | LOLF | Réforme budgétaire technique | Phase d'enthousiasme technique (2003-2005) suivie d'un durcissement et d'un repli sur le débat classique des « moyens » plutôt que de l'efficacité (2008-2012). |

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      3. Les Cinq Logiques de Structuration de l'Ignorance

      La production de l'ignorance collective résulte de la combinaison de cinq logiques interdépendantes qui cadrent ce qui est dicible ou non.

      I. L'Émotionnalisation

      Les acteurs s'appuient sur des « sentiments publics » (présupposés normatifs) plutôt que sur des faits.

      Exemple : Le sentiment diffus que les parents manquent d'autorité (80 % des Français le pensent pour les autres parents) cadre les réformes de l'absentéisme vers la sanction.

      Conséquence : Préférence pour la persuasion émotionnelle au détriment de la conviction étayée, menant à des politiques de court terme (ex: proposer un examen d'entrée en 6ème pour rassurer sur le « niveau »).

      II. L'Instrumentalisation Politique

      Les enjeux éducatifs sont utilisés comme marqueurs idéologiques pour des gains partisans (« politics »).

      Exemple : La suspension des allocations familiales pour absentéisme ne concernait que 6 000 familles sur 12 millions d'élèves.

      C'est une mesure mineure mais utilisée comme un puissant levier de distinction politique.

      Conséquence : Le débat se fige sur des oppositions binaires et répétitives.

      III. Le Confinement

      Certaines dimensions d'un problème sont marginalisées pour se concentrer sur une définition étroite et commode.

      Exemple : Focalisation sur la baisse du niveau dans PISA, occultant les questions d'approche par compétences ou de stratégie d'influence internationale de la France.

      Conséquence : Exclusion des visions alternatives du problème.

      IV. La Routinisation

      Les discours deviennent des jeux de rôles prévisibles où chaque acteur intègre les nouveaux faits (comme PISA) pour justifier ses positions préexistantes.

      Exemple : Pour certains, PISA prouve l'échec du collège unique ; pour d'autres, il prouve la nécessité de le renforcer.

      Conséquence : Saturation de l'espace de parole par des positions connues, empêchant tout renouvellement de la pensée.

      V. La Fragmentation

      L'espace public est une mosaïque de fragments (médiatique, politique, académique, institutionnel) qui communiquent mal entre eux.

      Le rôle des médias : La médiatisation tend à réduire les enjeux, dramatiser les faits et privilégier la parole politique sur l'expertise.

      L'obstacle à la circulation : Les conclusions techniques (ex: rôle de l'institution dans l'absentéisme) peinent à passer des sphères académiques vers les sphères politiques et médiatiques.

      --------------------------------------------------------------------------------

      4. La Configuration de « Dissibilité »

      Xavier Pons introduit le concept de configuration de dissibilité (néologisme issu des travaux de Norbert Elias) pour expliquer pourquoi certains discours l'emportent sur d'autres.

      Interdépendance des acteurs : Ce qui est dit dépend de la relation entre les politiques, les médias et les experts.

      Cas de l'absentéisme : La radicalisation de l'offre politique à droite (2004-2007) a rencontré un écho favorable car :

      ◦ L'opinion publique était réceptive (soutien aux sanctions).  

      ◦ Les médias privilégiaient les journalistes politiques (traitant l'annonce gouvernementale) sur les journalistes spécialisés en éducation.  

      ◦ Les chercheurs (experts du sujet) communiquent peu hors de la sphère académique.  

      ◦ Il n'y avait pas de contre-pouvoir professionnel fort (les conseillers principaux d'éducation étant peu structurés politiquement).

      --------------------------------------------------------------------------------

      5. Conséquences sur la Politique Éducative

      L'ancrage de l'ignorance collective dans le débat public entraîne trois effets délétères majeurs :

      1. Entrave à l'apprentissage collectif : L'impossibilité de refroidir les débats et de relativiser les problématisations dominantes empêche toute véritable évaluation et évolution de la gouvernance éducative.

      2. Maintien d'une « doxa » : L'illusion de connaissance (« 60 millions d'experts ») fondée sur l'expérience personnelle de scolarité occulte la technicité réelle des enjeux éducatifs.

      3. Faible démocratisation de l'expertise : L'expertise reste concentrée au sein d'une élite administrative (inspecteurs généraux, directeurs centraux) soumise au devoir de réserve.

      Le débat public, pauvre en contenu technique, ne parvient pas à compenser cette rétention de savoir par les hautes sphères de l'État.

    1. De l'Éducation des Parents au Soutien à la Parentalité : Analyse des Politiques Publiques et des Dynamiques Sociales

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise l'intervention de Claude Martin, directeur de recherche émérite au CNRS, consacrée à l'évolution de l'attitude de l'État et des pouvoirs publics à l'égard des parents.

      L'analyse met en lumière le passage historique d'une « éducation des parents » directive à un « soutien à la parentalité » plus diffus, mais tout aussi normatif.

      Les points clés identifiés sont :

      L'Emprise Scolaire : Une pression croissante sur la réussite scolaire transforme les parents en « coaches » et génère une épidémie d'anxiété chez les jeunes (phobie scolaire, retrait social).

      L'Invention de la Parentalité : Un néologisme apparu dans les années 1990 qui déplace l'attention de l'identité du parent (géniteur) vers ses pratiques et sa fonction (parenting).

      La Médicalisation de la Souffrance : Une augmentation alarmante de la consommation de psychotropes chez les mineurs, palliant les carences du système de soin psychiatrique.

      Le Risque du Déterminisme Parental : Une tendance des politiques publiques à rendre les parents individuellement responsables des problèmes sociaux, occultant la « condition parentale » (contexte socio-économique).

      La Diversité des Cultures Parentales : La nécessité de reconnaître que les modèles d'éducation varient selon les classes sociales et les origines culturelles, s'opposant à l'imposition d'un modèle unique de la classe moyenne éduquée.

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      I. Évolution Historique : De l'Hygiénisme à l'Expertise Psychologique

      L'intervention de l'État dans la sphère familiale n'est pas nouvelle, mais ses objectifs ont évolué au fil des siècles.

      1. Le XIXe siècle et la culture de la puériculture

      Dès le XIXe siècle, les pouvoirs publics se centrent sur le « maternage » pour répondre à des priorités sociales :

      • Lutte contre la mortalité infantile.

      • Protection sanitaire et hygiène des enfants pauvres pour éviter qu'ils ne deviennent des « problèmes sociaux » futurs.

      • Construction d'un cadre juridique sur le statut de l'enfant.

      2. L'entre-deux-guerres et l'idéologie conservatrice

      L'École des Parents, créée dans les années 1930, naît dans un contexte de crise morale.

      Madame Verine, figure de proue de ce mouvement et proche du régime de Vichy, prônait une vision traditionnelle :

      Citation de Madame Verine (1941) : « La femme épouse et mère est faite pour l'homme, pour le foyer, pour l'enfant. [...] L'œuvre d'art de la femme, ses chefs-d'œuvre, doivent être ses enfants. »

      • Cette approche visait à protéger le rôle des parents contre l'intrusion jugée excessive de l'État républicain, notamment sur les questions de sexualité.

      3. L'après-guerre et le marché du conseil

      À partir de 1945, l'influence idéologique recule au profit d'un marché d'experts en psychologie :

      Benjamin Spock (1946) : Valorisation du savoir inné des mères.

      Françoise Dolto et Laurence Pernoud : Médiatisation des conseils éducatifs en France.

      Psychologie positive : Émergence aux États-Unis (Norman Vincent Peale, Martin Seligman) mettant l'accent sur le bien-être et la performance émotionnelle.

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      II. L'Emprise Scolaire et les Nouveaux Symptômes Sociaux

      Claude Martin souligne que l'interaction entre parents, enfants et école est aujourd'hui « polluée » par l'enjeu de la réussite.

      1. La métamorphose des parents en « coaches »

      La massification scolaire a transformé l'école en une « course au rat » ou une « guerre des places ».

      Le diplôme, bien qu'insuffisant pour garantir l'emploi, est devenu une condition nécessaire.

      En conséquence :

      • Les interactions familiales sont colonisées par le suivi scolaire (notes, devoirs, Pronote).

      • L'école exerce une véritable « emprise » sur l'éducation familiale.

      2. L'épidémie d'anxiété et de retrait social

      Cette pression engendre des pathologies nouvelles :

      Phobie scolaire et retrait social anxieux : Phénomènes en forte augmentation, touchant même des élèves issus de milieux favorisés.

      Le phénomène Hikikomori : Importé du Japon, il concerne des centaines de milliers de jeunes se repliant dans leur chambre.

      Consommation de psychotropes : Entre 2014 et 2021, la consommation chez les enfants a bondi de :

      +63 % pour les antidépresseurs.  

      +80 % pour les psychostimulants.  

      +155 % pour les hypnotiques et sédatifs.

      --------------------------------------------------------------------------------

      III. Les Politiques de Soutien à la Parentalité : Cadre et Tensions

      Le « soutien à la parentalité » se structure comme politique publique dans les années 1990, sous l'impulsion de conventions internationales (Convention sur les droits des enfants, 1989).

      1. Définition et dispositifs

      Selon Mary Daly (Conseil de l'Europe), ce soutien regroupe l'information, le conseil et la formation visant à aider les parents à assumer leur rôle.

      En France, cela s'est traduit par :

      • La création des REAAP (Réseaux d'écoute, d'accueil et d'accompagnement des parents) en 1998.

      • Le développement de programmes « fondés sur des preuves » (evidence-based), comme le Triple P (Positive Parenting Program), d'origine australienne.

      2. Un champ de lutte idéologique

      Claude Martin identifie plusieurs tensions majeures dans la mise en œuvre de ces politiques :

      Soutien vs Contrôle : Oscillation entre l'accompagnement bienveillant et la volonté de punir les « parents défaillants » (ex: discours post-émeutes de 2023).

      Universalité vs Ciblage : Doit-on aider tous les parents ou seulement ceux jugés « à problèmes » ?

      Prévention de la délinquance : Dérive vers une détection précoce de comportements dits « déviants » dès la maternelle (controverse du rapport Inserm 2005).

      --------------------------------------------------------------------------------

      IV. Critiques du Déterminisme et du « Neuroparenting »

      L'analyse dénonce un glissement vers un déterminisme qui fait peser une responsabilité démesurée sur les épaules des parents, et particulièrement des mères.

      1. Le mythe des 1000 premiers jours

      Le rapport de la commission Cyrulnik est critiqué pour son approche exclusivement centrée sur la psychiatrie et la neurologie, omettant les sciences sociales.

      Critique de John Bruer : Le concept du « tout se joue avant trois ans » est qualifié de mythe.

      L'usage politique des neurosciences simplifie des données scientifiques complexes pour imposer un « parentage contrôlé ».

      L'injonction au plaisir : On demande désormais aux mères de prendre du plaisir (ex: lors de l'allaitement) pour garantir la bonne connectivité cérébrale de l'enfant, faisant entrer la science « sous la peau » des individus.

      2. Déterminisme social vs Déterminisme parental

      Déterminisme social (Bourdieu) : La réussite dépendait du capital culturel et du diplôme de la mère.

      Déterminisme parental (Furedi) : Aujourd'hui, on considère que le déficit de compétence parentale est la source unique de tous les maux (santé mentale, antisocialité), ignorant le contexte de vie.

      --------------------------------------------------------------------------------

      V. Cultures de Parentalité et Inégalités de Classe

      Il n'existe pas de modèle unique et universel de « bonne » parentalité. Les pratiques sont profondément ancrées dans la stratification sociale.

      | Modèle (Annette Lareau) | Caractéristiques | Milieu Social | | --- | --- | --- | | Mise en culture concertée | Investissement intense, contrôle des loisirs, valorisation des talents, capital culturel. | Couches moyennes et supérieures | | Croissance naturelle | Confiance en la pousse naturelle, autonomie de l'enfant dans un cadre prédéfini, moins de contrôle. | Couches populaires |

      Le concept de « Condition Parentale »

      Claude Martin propose de substituer la notion de « parentalité » par celle de condition parentale. Celle-ci inclut :

      • Les ressources économiques et le capital social.

      • Les conditions d'habitat et les horaires de travail.

      • Les trajectoires migratoires et les héritages culturels.

      --------------------------------------------------------------------------------

      VI. Conclusions et Recommandations

      Pour améliorer les interactions entre l'école, les parents et les enfants, l'analyse suggère de :

      1. Désindividualiser les problèmes : Cesser de pointer la défaillance individuelle pour reconnaître une responsabilité générationnelle collective.

      2. Baisser la pression scolaire : L'anxiété de performance est contre-productive.

      Il faut privilégier la « découverte du monde » plutôt que de redoubler l'école à la maison.

      3. Favoriser l'immersion : Permettre aux parents de comprendre la réalité concrète du travail enseignant (effectifs, bruit, complexité) et réciproquement.

      4. Reconnaître la pluralité : Éviter d'imposer le modèle des couches moyennes éduquées comme norme universelle, au risque de disqualifier les parents issus d'autres cultures ou classes sociales.

    1. Reviewer #2 (Public review):

      Summary:

      This paper uses an optogenetic approach to either activate or inhibit separate neural pathways projecting to the ventral CA1 hippocampal subregion, from either CA3 or the entorhinal cortex. The authors report that manipulation of the vCA3→vCA1 pathway affected behavioural performance on a number of tasks: elevated plus maze, open field, Vogel conflict test and freezing behaviour to both context and a trace CS cue. In contrast, optogenetic manipulation of neural activity in the EC→vCA1 pathway only affected behaviour on the trace CS/context fear memory test but had no effect on the elevated plus maze, open field or Vogel conflict test. The authors suggest different roles for these two ventral hippocampal pathways in fear versus anxiety.

      Strengths:

      This is an interesting study addressing an important question in a highly topical subject area. The experiments are well conducted and have generated interesting and important data.

      Weaknesses:

      While I am broadly sympathetic to the overall narrative of the paper, I have some questions/comments around the specific interpretation of the results presented. In my view, the authors' claims may not be completely supported by their data, but the data are interesting nonetheless.

      In terms of the framework presented by the authors for interpreting their data, many would argue that freezing (or at least reduced activity/behavioural inhibition) to the context provides a readout of conditioned anxiety rather than fear. In this sense, the context is a signal of potential threat (i.e. the context becomes associated with both shock and with the absence of shock) and thus generates anxiety rather than fear. Likewise, the trace CS cue could be considered as an ambiguous predictor of shock in that the shock doesn't occur straight away. In contrast, a punctate CS cue which co-terminates with shock would be a reliable signal of imminent threat and thus generates a fear response. Thus, it might be argued that all of the assays adopted by the authors are readouts of anxiety (albeit comprising tests of both conditioned and unconditioned anxiety). For example, from the authors' perspective, it is not clear a priori why the Vogel conflict test is considered anxiety, but contextual freezing is considered fear? Indeed, in the Discussion, the authors mention another study in which the data from the Vogel conflict test align with fear assays rather than anxiety tests. Can the authors elaborate on their distinction? I appreciate that, in practice, it might be difficult to distinguish between fear and anxiety at the behavioural level in rodents (although opposing effects of fear and anxiety on pain responses might be one option). At the very least, this issue merits further discussion.

      Another question is whether rather than representing a qualitative difference between the contributions of the vCA3→vCA1 and EC→vCA1 pathways to different aspects of fear/anxiety behaviours, the different results reflect a quantitative difference between the magnitude of effects in vCA1 that are generated from optogenetic manipulation of the two pathways, coupled with the possibility that behaviour on the trace CS/context fear memory task is more sensitive to manipulation than the "anxiety tests". The possibility that vCA3→vCA1 stimulation is more effective is potentially supported by the c-fos measurements in vCA1. vCA3→vCA1 stimulation produced a much bigger vCA1 c-fos response (approx. 350% c-fos cell activation; see Figure 1E) compared to activation of the EC→vCA1 pathway (approx. 170% c-fos cell activation; see Figure 4E).

      Furthermore, in some studies, there seem to be quite large differences between the laser OFF conditions for the different groups (which presumably one would not expect to be different). For example, compare laser OFF for the Inhibition group for time in open arms of EPM in Figure 5C (> 40%) versus laser OFF for the Inhibition group for time in open arms of EPM in Fig. 2C (< 20%). This could potentially result in ceiling effects, such that it is very hard to see a further increase in time in the open arms from a level already above 40% when the laser is then switched on. This could complicate the interpretation of the laser ON condition.

      Likewise, there is a big difference between the behavioral performance of the two SHAM groups in Figure 3 (compare SHAM in 3 B, C and SHAM in 3 D, E). How is this explained? Could this generate a ceiling effect? This may also merit some discussion. More details on the SHAM procedure(s) in the main manuscript may also be helpful.

      According to Figure 3A, the test of freezing response to the trace Tone CS is conducted in a different context from the conditioning context. The data presented in Figure 3 for tone fear are the levels of freezing during the presentation of this cue in the different contexts. It would be important to present both pre-CS and CS freezing levels here to determine how much of the freezing is actually driven by the punctate tone CS. The pre-CS freezing levels in this different context would also provide a nice control for the contextual fear conditioning.

    2. Author response:

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public review):

      Summary:

      The hippocampus, especially the ventral subregion, has been related to emotional processing. However, the specific circuitry involved deserves further investigation. By using a bidirectional optogenetic modulation, Kambali et al. have investigated the role of different inputs to vCA1 (i.e., from vCA3 and entorhinal cortex) in anxiety- and fear-related responses. The major findings of this work suggested that both inputs to vCA1 control fear-related responses, whereas only the projection between vCA3 and vCA1 controls anxiety-related behavior. Overall, the authors used an advanced methodological approach, which allows them to modulate specific brain circuits, to study specific hippocampal projections, providing some new information regarding the hippocampal function in anxiety and fear.

      Strengths:

      (1) The manuscript is well written, clear and has a detailed and specific discussion.

      (2) Results from each optogenetic manipulation are clear in different anxiety- and fear-related tasks, demonstrating the robustness of the findings.

      (3) The overall conclusions are very interesting and might be relevant for the field of mental health disorders accompanied by anxiety- and fear-related alterations.

      Weaknesses:

      (1) The major differences in basal behavioral performance in the different paradigms between the two optogenetic modulations prevent the achievement of strong conclusive results.

      The two projections of ventral CA1 were studied independently in different cohorts of animals tested at different times during the study. This difference in timing may have contributed to variations in the basal behavioral performance between the two projections. Importantly we found that within each cohort – control and optogenetic manipulation, the basal performance within each set of experiments (i.e., corresponding to projections) is highly consistent, e.g., basal cued and contextual freezing responses and responses to OFF conditions in Vogel conflict test. Moreover, the ANOVA statistics conducted across the baseline and ON conditions for each task revealed robust significant effects of bidirectional optogenetic modulation for each cohort. In case of the fear responses, a point to note is that the freezing levels in SHAM controls differ between projections but are consistent between two types of assessments (tone and context) within each projection. We will mention these limitations in the revised manuscript.

      (2) Data presentation and representative figures need a major revision.

      The figures will be rearranged according to the projections. The anxiety-related figures and fear response related figures will be grouped for each projection to improve clarity and readability. The revised manuscript will include representative heat maps for each behavioral task for both projections in addition to population quantification data.

      (3) No analysis has been performed to analyze potential sex differences in behavioral domains where sex is important.

      This assessment was not done in the original submission. We will perform statistical analysis for male and female mice separately and if the results are sex-dependent, we will present separate figures. Otherwise, the combined data presentation will be followed.

      Reviewer #2 (Public review):

      Summary:

      This paper uses an optogenetic approach to either activate or inhibit separate neural pathways projecting to the ventral CA1 hippocampal subregion, from either CA3 or the entorhinal cortex. The authors report that manipulation of the vCA3→vCA1 pathway affected behavioural performance on a number of tasks: elevated plus maze, open field, Vogel conflict test and freezing behaviour to both context and a trace CS cue. In contrast, optogenetic manipulation of neural activity in the EC→vCA1 pathway only affected behaviour on the trace CS/context fear memory test but had no effect on the elevated plus maze, open field or Vogel conflict test. The authors suggest different roles for these two ventral hippocampal pathways in fear versus anxiety.

      Strengths:

      This is an interesting study addressing an important question in a highly topical subject area. The experiments are well conducted and have generated interesting and important data.

      Weaknesses:

      While I am broadly sympathetic to the overall narrative of the paper, I have some questions/comments around the specific interpretation of the results presented. In my view, the authors' claims may not be completely supported by their data, but the data are interesting nonetheless.

      In terms of the framework presented by the authors for interpreting their data, many would argue that freezing (or at least reduced activity/behavioural inhibition) to the context provides a readout of conditioned anxiety rather than fear. In this sense, the context is a signal of potential threat (i.e. the context becomes associated with both shock and with the absence of shock) and thus generates anxiety rather than fear. Likewise, the trace CS cue could be considered as an ambiguous predictor of shock in that the shock doesn't occur straight away.

      In contrast, a punctate CS cue which co-terminates with shock would be a reliable signal of imminent threat and thus generates a fear response. Thus, it might be argued that all of the assays adopted by the authors are readouts of anxiety (albeit comprising tests of both conditioned and unconditioned anxiety).

      We agree with the reviewer that context and trace fear conditioning do not represent an “imminent” threat as severe as would likely be internalized in delay fear conditioning. However, the goal of the study was to probe hippocampal dependent processes (contextual and trace fear conditioning are strongly modulated by the hippocampus while delay conditioning is not). Consistent with several other studies, we believe the conditional nature of the task (context and trace are invariably linked to shock) provides support for a “non-ambiguous” relationship that is conducive for measuring the assessment of fear-based behavior.

      Several studies show clear differences in the involvement of amygdala and hippocampus in delay vs. trace fear conditioning. Inactivating amygdala led to deficits in contextual and delay conditioning but had no effect on trace conditioning. In contrast, inactivating hippocampus led to deficits in trace and contextual but not delay fear conditioning. These findings suggest that a temporal gap between the CS and US can generate amygdala-independent but hippocampal-dependent fear conditioning (Raybuck J. D., Lattal K. M 2011, PMID: 21283812). Lesions of the entorhinal cortex impair the acquisition of trace fear conditioning but not the acquisition of delay fear conditioning (Raybuck J. D., Lattal K. M 2011, PMID: 21283812) . Further, using single unit recording during fear retention tests after delay or trace fear conditioning, the study showed that entorhinal neurons specifically respond after trace but not after delay fear conditioning (Kong et al 2023, PMID: 36919333). These findings demonstrate that trace fear conditioning and delay fear conditioning may involve overlapping but largely different neuronal circuits. A knockdown of the expression of the α5-subunit–containing GABA<sub>𝐴</sub> receptors in the CA1 region (α5CA1KO mice) leads to improved spatial learning and enhanced trace fear conditioning memory, actually to the level of delay fear conditioning, suggesting that α5GABA<sub>𝐴</sub>Rs in CA1 pyramidal neurons normally constrain hippocampus-dependent memory processes and that trace fear conditioning in the absence of a5-GABA<sub>𝐴</sub> receptors in CA1 has the same effect size as delay fear conditioning (Engin et al 2020, PMID: 32934095), supporting the view that trace fear conditioning is not “ambiguous”.

      For example, from the authors' perspective, it is not clear a priori why the Vogel conflict test is considered anxiety, but contextual freezing is considered fear? Indeed, in the Discussion, the authors mention another study in which the data from the Vogel conflict test align with fear assays rather than anxiety tests. Can the authors elaborate on their distinction? I appreciate that, in practice, it might be difficult to distinguish between fear and anxiety at the behavioral level in rodents (although opposing effects of fear and anxiety on pain responses might be one option). At the very least, this issue merits further discussion.

      We will make this distinction clearer in the revisions. Briefly, behavioral actions in the Vogel conflict test are generally considered to be most pertinent to general anxiety disorders in humans and anxiolytics have high predictive validity in animals in this task. In particular, the robust actions of benzodiazepines and 5-HT<sub>1A</sub> partial agonists parallel their clinical efficacy in patients (McMillan and Brocco, 2003, PMID: 12600703).

      Our previous study (Engin et al 2016, PMID: 26971710) used global diazepam-induced neuronal inhibition and identified that positive modulation of α2-GABA<sub>𝐴</sub>Rs in dentate gyrus granule cells and CA3 pyramidal neurons is required to reduce anxiety-like behaviors while inhibition of positive modulation of α2-GABA<sub>𝐴</sub>Rs in CA1 pyramidal neurons is required to reduce fear-related behaviors. The effects were absent when α2-GABA<sub>𝐴</sub>Rs was knocked out in the respective subregions. These results indicate that these intrahippocampal subregions can modulate fear and anxiety-like behaviors independently of the amygdala. In the previous study we used conditional α2-GABA<sub>𝐴</sub>R knockouts in hippocampal subregions and subjected these mice to systemic diazepam. In these experiments, diazepam still acts on α1-, α3- and α5-<sub>𝐴</sub>Rs in the hippocampal subregions and cell types in which when α2-GABA<sub>𝐴</sub>Rs are lacking. Therefore, for example when α2CA1KO mice were administered diazepam, diazepam still led to inhibition of pyramidal neurons in CA3 and DG via α1-, α2-, α3- and α5- GABA<sub>𝐴</sub>Rs, and in addition, diazepam also inhibited α1-, α3- and α5- GABA<sub>𝐴</sub>Rs in CA1 itself. Diazepam also acted on GABA<sub>𝐴</sub>Rs in amygdala or other brain regions. These are fundamentally different experimental conditions compared to the optogenetic experiment described in this paper. Moreover, in contrast to the current paper, the previous work did not examine projections but used global diazepam-induced neuronal inhibition as a baseline. Moreover, whereas the previous paper examined whether a specific neuronal cell type was required for anxiolytic-like or fear-like actions, the current manuscript examined whether activation or inhibition of neuronal projections is sufficient to modulate anxiety- and fear-related behaviors. Overall, one cannot easily compare the results in the Vogel conflict test in both papers.

      Another question is whether rather than representing a qualitative difference between the contributions of the vCA3→vCA1 and EC→vCA1 pathways to different aspects of fear/anxiety behaviours, the different results reflect a quantitative difference between the magnitude of effects in vCA1 that are generated from optogenetic manipulation of the two pathways, coupled with the possibility that behaviour on the trace CS/context fear memory task is more sensitive to manipulation than the "anxiety tests". The possibility that vCA3→vCA1 stimulation is more effective is potentially supported by the c-fos measurements in vCA1. vCA3→vCA1 stimulation produced a much bigger vCA1 c-fos response (approx. 350% c-fos cell activation; see Figure 1E) compared to activation of the EC→vCA1 pathway (approx. 170% c-fos cell activation; see Figure 4E).

      Furthermore, in some studies, there seem to be quite large differences between the laser OFF conditions for the different groups (which presumably one would not expect to be different). For example, compare laser OFF for the Inhibition group for time in open arms of EPM in Figure 5C (> 40%) versus laser OFF for the Inhibition group for time in open arms of EPM in Fig. 2C (< 20%). This could potentially result in ceiling effects, such that it is very hard to see a further increase in time in the open arms from a level already above 40% when the laser is then switched on. This could complicate the interpretation of the laser ON condition.

      The magnitude of activation as evidenced by c-fos measurements differs between the two projections. This might reflect different levels of modulations of CA1 neuronal activity. The fact that the two projections were studied at different time points (see response to reviewer 1) may also have contributed to the difference. The revised manuscript will include a formal discussion about magnitude of modulation that could contribute to differential sensitivity for the modulation of anxiety-like behaviors. However, the inputs from these two projections systems target different regions of CA1 pyramidal neurons and each pathway has distinct roles in other processes (sensory versus memory-based completion) – thus a dissociation may also be present for other types of behavior as well including the modulation of anxiety-like behaviors.

      While it is possible that ceiling effects could impact our interpretation, we believe ceiling effects would only impact one direction of the optogenetic manipulation and there was no effect of activation (Fig. 5C) or bidirectional modulation of anxiety-related behavior in the novel open field test (Fig. 5F) which has levels of behavior comparable to Figure 2F.

      Likewise, there is a big difference between the behavioral performance of the two SHAM groups in Figure 3 (compare SHAM in 3 B, C and SHAM in 3 D, E). How is this explained? Could this generate a ceiling effect? This may also merit some discussion. More details on the SHAM procedure(s) in the main manuscript may also be helpful.

      With respect to contextual fear, ceiling effects are not a major factor as we still see enhanced freezing in the activation condition. With tone fear, we cannot formally exclude a ceiling effect, and this will be addressed as a potential confound in the manuscript.

      According to Figure 3A, the test of freezing response to the trace Tone CS is conducted in a different context from the conditioning context. The data presented in Figure 3 for tone fear are the levels of freezing during the presentation of this cue in different contexts. It would be important to present both pre-CS and CS freezing levels here to determine how much of the freezing is actually driven by the punctate tone CS. The pre-CS freezing levels in this different context would also provide a nice control for the contextual fear conditioning.

      We agree and will analyze and report the pre-CS freezing data in the revision.

      Reviewer #3 (Public review):

      Summary:

      In their paper entitled "Ventral hippocampal temporoammonic and Schaffer collateral pathways differential control fear- and anxiety-related behaviors" the authors use a bidirectional optogenetic approach to elucidate the role of temporammonic (TA) and Schaffer collateral (SC) inputs to the ventral hippocampus (CA1) in modulating both fear and anxiety-related behaviors. While fear and anxiety behaviors are often considered on a continuous spectrum, identifying neural pathways that are differentially activated represents an important open question in the field. The authors find that optogenetic stimulation or inhibition of the Schaffer Collateral pathway in the ventral hippocampus (CA3-CA1) bidirectionally modulates both fear-related and anxiety-related behavioral paradigms. More specifically, optogenetic excitation of the CA3-CA1 pathway using ChR2-expressing viral constructs increases anxiety-like behaviors in numerous behavioral paradigms (elevated plus maze, open field, Vogel conflict test). Conversely, optogenetic inhibition using halorhodopsin reduced anxiety-like behaviours. To examine fear behaviors, the authors examined contextual and trace fear conditioning. Similar to their results with anxiety-like behaviors, the authors observed bidirectional fear modulation following optogenetic stimulation of the vCA3-vCA1 pathway. The authors next examined the temporammonic pathway originating from the lateral entorhinal cortex to vCA1. Unlike with SC stimulation, stimulation of the TA pathway had no effect on anxiety-like behaviors but did bidirectionally modulate contextual fear conditioning. Together, these results differentiate the SC and TA pathways in the ventral hippocampus as distinct regulators of affective behavior.

      Strengths:

      The paper has numerous technical strengths, including dissecting the role of both excitation and inhibition of both pathways and the use of behavioral measures of anxiety and fear. This balanced and internally controlled design allows readers to evaluate the effects of both pathways in a single study, thereby reducing technical complications from experiments being completed across laboratories and experimental conditions.

      Weaknesses:

      There are a few limitations of the study, however, which bear discussion.

      (1) The authors use halorhodopsin to achieve optogenetic inhibition. Halorhodopsin is generally considered a first-generation optogenetic actuator, as it is a Cl- pump rather than an ion channel. This limits the degree of inhibition (i.e. by preventing shunting inhibition) and can result in altered chloride gradients in the period immediately following optogenetic stimulation. This is of particular concern in this paper as the stimulation parameters and behavioral analysis are not temporally correlated, therefore confounds of disrupted chloride cannot be experimentally accounted for or controlled.

      Choice of halorhodopsin was in part influenced by a report that spontaneous archaerhodopsin activation was paradoxically associated with increased spontaneous release of neurotransmitter from presynaptic terminals, whereas activation of chloride-reducing halorhodopsin triggered neurotransmitter release upon light onset (Mahn et al., PMID: 26950004), suggesting that halorhodospin may be advantageous in studies inhibiting presynaptic nerve terminals. Halorhodpsin has been used in several studies to effectively silence activity and had substantial influence on behavioral in our studies that was inversely proportional to ChR2 stimulation. While perhaps not optimal out of an abundance of caution, we chose it over Archaerhodopsin based on the cited literature.

      (2) The authors use an AAV-CaMKII-eGFP as a control (Sham) throughout the dataset; however, in the trace fear conditioning experiments, there are no AAV-CaMKII-ChR2-eYFP or AAV-CaMKII-eNpHR3.0-eYFP controls without optogenetic stimulation. Therefore, it is unclear the extent to which viral expression of optogenetic actuators impacts behavior. Additionally, the authors only provided optogenetic stimulation during contextual fear recall and tone fear recall. Additional experiments disrupting each pathway during trace conditioning would have provided additional insight into the role of each pathway in the initial encoding of fear memories.

      Thank you for your observation. We have used a SHAM control that was injected with the AAV vector without any opsins. In fear conditioning experiments we performed optogenetic manipulations only during the fear response either with context or cue recall. This aligned well with our hypothesis to test whether the intrahippocampal projections play any role in fear response modulation. Investigating the role of each pathway during acquisition of trace and/or contextual fear conditioning is also highly relevant; however, evaluating these projections in fear memory formation was beyond the scope of this study. The observation that we can bidirectionally modulate fear responses with light is consistent with (although it does not prove) a light-specific modulation. In any case, even if there were baseline effects without light, they would still be suggestive of the effects observed being mediated by the optogenetic actuators.

      (3) The location and extent of viral expression across animals were not systematically quantified.Overall, however, these weaknesses do not significantly detract from the main conclusions of the paper. The authors' data convincingly demonstrates that disruption of the trisynaptic circuit bidirectionally modulates both fear- and anxiety-like behaviors while disruption of the temporammonic pathway has no effect on anxiety-like behaviors but disrupts fear-related behaviors. It is interesting to note, however, that the TA activation had no effect on tone-related fear conditioning, suggesting a potential specialized role of the temporammonic pathway specifically in contextual fear memory.

      Thank you for your thoughtful description of the present study. It is true that TA pathway is distinct from vCA3 to vCA1 pathway in various ways, one being the synapse formation of these two projections are at different locations or layers on vCA1 neurons i.e., the TA pathway synapses on the stratum lacunosum-moleculare (LMol) layer while the vCA3 to vCA1 pathway synapses at stratum radiatum (Rad), close to the CA1 pyramidal cell layer, which is in line with differential functions of the two projections They modulate the pyramidal cell activity in a different way, with TA pathway synapses being distinct from vCA3 to vCA1 synapses on the pyramidal cell layer, which may result in different computational properties of the two projections. Additionally, TA projections are modulated by dopamine while projections from vCA3 are not, but the projections from vCA3 receive inputs from various sources including collaterals, and entorhinal via dentate gyrus. These distinct features of the two projections may contribute to differential modulation of vCA1 activity. We note that cue-related fear is not affected by the TA activation, however even in this case, the TA pathway activation by channelrhodopsin or inhibition by halorhodopsin results in a decrease or an increase of the contextual fear response, respectively.

    1. Two molecular weights work together - low-weight HA penetrates the scalp for deep hydration, while high-weight HA forms a protective moisture barrier on the hair strand.

      Two molecular weights work together - low-weight HA penetrates the scalp for deep hydration, while high-weight HA forms a protective moisture barrier.

    1. En la neblina del amanecer, cuando aún no se oía el zumbar de las moscas ni crujido alguno, Lope solía despertar, con la techumbre de barro encima de los ojos

      Esto me hace pensar que la techumbre de barro es figurativo del dolor que le causa estar tan lejos de la ciudad a Lope. Tambien puede ser obstáculos figurativos que lo ciegan de oportunidades.

    1. XX
      • A alienação do controle acionário de empresas públicas e sociedades de economia mista exige autorização legislativa e licitação pública. A transferência do controle de subsidiárias e controladas não exige a anuência do Poder Legislativo e poderá ser operacionalizada sem processo de licitação pública, desde que garantida a competitividade entre os potenciais interessados e observados os princípios da administração pública constantes do art. 37 da Constituição da República.

      [ADI 5.624 MC REF, rel. min. Ricardo Lewandowski, j. 6-6-2019, P, DJE de 29-11-2019.]


      • Pelo inc. XIX do art. 37 da Constituição da República, a autorização legislativa para criação de sociedade de economia mista há de ser dada por lei específica, mas, para a criação das subsidiárias, no inc. XX do mesmo art. 37, exige -se apenas autorização legislativa genérica.
      • No caso da Petróleo Brasileiro S/A – Petrobras, essa autorização foi dada pela Lei n. 9.478/1997, pela qual se dispõe sobre a política energética nacional e sobre as atividades referentes ao monopólio do petróleo e se instituem o Conselho Nacional de Política Energética e a Agência Nacional do Petróleo.

      [Rcl 42.576-MC, red. do ac. min. Alexandre de Moraes, voto da min. Cármen Lúcia, j. 1º-10-2020, P, DJE de 17-6-2021.]


      No que tange às EP, SEM e FP, portanto: - LEI ESPECÍFICA = autoriza a criação de empresa pública, sociedade de economia mista e fundação; - LEI GENÉRICA = autoriza a criação de subsidiárias; - LEI COMPLEMENTAR = fixa a finalidade de fundação pública; - <u>É</u> necessária autorização legislativa para alienação de controle societário de empresa pública e sociedade de economia mista. - <u>Não </u>é necessária autorização legislativa para transferência do controle de subsidiária.

    2. § 1º

      O princípio da anterioridade anual NÃO se aplica para empréstimo compulsório decorrente de despesa extraordinária, IG (imposto de guerra), II, IE, IPI e IOF (6 tributos previstos).

      Já o princípio da noventena NÃO se aplica ao empréstimo compulsório advindo de despesa extraordinária, IG, II, IE, IR e IOF (6 tributos previstos).

      A diferença da não-incidência da anterioridade anual e nonagesimal é sobre o IR e o IPI, havendo previsão de não aplicação da noventena para o IR, ao passo que há previsão de não aplicação da anterioridade anual ao IPI.

      Importante ressaltar também que a noventena não se aplica para a definição de base de cálculo do IPVA e do IPTU


      📑 Comparativo de Anterioridades (Art. 150, § 1º, CF)

      <div style="max-width: 100%; font-family: 'Segoe UI', Tahoma, Geneva, Verdana, sans-serif; line-height: 1.5; color: #333; border: 1px solid #ccc; border-radius: 8px; overflow: hidden; background-color: #fff;"> <div style="background-color: #2c3e50; color: #ffffff; padding: 10px 15px; font-weight: bold; font-size: 1.1em;"> § 1º do Art. 150 da Constituição Federal </div> <div style="background-color: #fdfaf3; border: 1px solid #f39c12; margin: 10px; padding: 10px; border-radius: 4px; font-size: 0.9em;"> § 1º A vedação do inciso III, b, não se aplica aos tributos previstos nos arts. 148, I, 153, I, II, IV e V; e 154, II; e a vedação do inciso III, c, não se aplica aos tributos previstos nos arts. 148, I, 153, I, II, III e V; e 154, II, nem à fixação da base de cálculo dos impostos previstos nos arts. 155, III, e 156, I. </div> <div style="border-left: 5px solid #3498db; padding: 5px 15px; margin: 10px 0;"> Anterioridade Anual O princípio da anterioridade anual NÃO se aplica aos seguintes tributos:
      • a) Imposto sobre Importação (II)
      • b) Imposto sobre Exportação (IE)
      • c) Imposto sobre Produtos Industrializados (IPI)
      • d) Imposto sobre operações de crédito, câmbio e seguro, ou relativas a títulos ou valores mobiliários (IOF)
      • e) Imposto Extraordinário de Guerra (IEG)
      • f) Empréstimo Compulsório para Calamidade Pública ou Guerra Externa (EC-Cala/Gue)
      • g) CIDE-Combustível
      • h) ICMS-Combustível
      </div> <div style="border-left: 5px solid #27ae60; padding: 5px 15px; margin: 10px 0;"> Anterioridade Nonagesimal Já o princípio da noventena NÃO se aplica aos seguintes tributos:
      • a) Imposto sobre Importação (II)
      • b) Imposto sobre Exportação (IE)
      • c) Imposto sobre operações de crédito, câmbio e seguro, ou relativas a títulos ou valores mobiliários (IOF)
      • d) Imposto de Renda (IR)
      • f) Imposto Extraordinário de Guerra
      • g) Empréstimo Compulsório para Calamidade Pública ou Guerra Externa (EC-Cala/Gue)
      • i) base de cálculo do IPTU
      • j) base de cálculo do IPVA
      </div> <div style="border-left: 5px solid #f39c12; padding: 5px 15px; margin: 10px 0;"> Diferenciações Cruciais A diferença da não-incidência da anterioridade anual e nonagesimal é sobre o IR e o IPI, havendo previsão de não aplicação da noventena para o IR, ao passo que há previsão de não aplicação da anterioridade anual ao IPI. Importante ressaltar também que a noventena não se aplica para a definição de base de cálculo do IPVA e do IPTU. </div> </div>
    3. Fundo Nacional de Desenvolvimento Regional

      1) Criado, através da EC 132/2023, o FNDR (Fundo Nacional de Desenvolvimento Regional).

      2) Criado com o objetivo de reduzir as desigualdades <u>regionais</u> e <u>sociais</u>.

      3) Os recursos do fundo são constituídos pela União e Estados/DF.

      4) Servem-se para:

      • Infraestrutura: obras, projetos e estudos;
      • Potencial geração de emprego e renda (inclui-se subvenções);
      • Ações de desenvolvimento tecnológico e científico.

      5) Não previsão para que Municípios entreguem ou recebam recursos do FNDR

      6) Não pode haver nenhuma restrição ao recebimento de recursos do FNDR.

    1. Lo que interpreto es, que existen formas autónomas, abiertas y de autodeterminación para hacer mas democrático el conocimiento, sin filtros y sin temor a la censura. El ejemplo de de la niña Martha Payne es uno muy concreto. Su autodeterminación es retadora y muy comprometida con la idea de cooperar en un mundo para todos.

    1. Clay Shirky: Cómo Internet (algún día) transformará el gobierno

      Lo que interpreto es, que existen formas autónomas, abiertas y de autodeterminación para hacer mas democrático el conocimiento, sin filtros y sin temor a la censura. El ejemplo de de la niña Martha Payne es uno muy concreto. Su autodeterminación es retadora y muy comprometida con la idea de cooperar en un mundo para todos.

    1. Zoals hierboven beschreven ga ik er vanuit dat de bekende e-maildiensten die we dagelijks gebruiken, privé of zakelijk, eruit zullen liggen. Het is dan handig als we snel en makkelijk een nieuw, herkenbaar e-mailadres kunnen krijgen. Dat kan bijvoorbeeld als een Nederlandse hoster zich daarop heeft voorbereid en het in de crisissituatie – of daarvoor al – mogelijk maakt om snel en makkelijk een nieuw e-mailadres te krijgen. Dat kan via de wallet! Daarmee kun je bewijzen wie je bent en kun je een standaard e-mailadres krijgen. In mijn geval zou dat kunnen zijn van de vorm: b.p.f.jacobs@diginoodpakket.nl of b.p.f.jacobs-nijmegen@diginoodpakket.nl. Mijn achternaam, initialen en woonplaats kan ik vanuit mijn wallet aan de hoster tonen, die vervolgens dit e-mailadres voor mij aanmaakt. Dat is geen rocket science. Op zo’n manier kunnen mensen elkaar weer bereiken. Ook daar moeten instructies en uitleg voor komen.

      is het niet eenvoudiger om een domein te registreren en je eigen email adres zo vorm te geven? Dat is toch ook geen rocket science, non?

    1. Mutations familiales et évolutions de la parentalité : Un nouveau dispositif social

      Résumé exécutif

      Ce document synthétise les travaux et l'intervention du sociologue Gérard Neyrand concernant les mutations profondes de la sphère privée et l'émergence du concept de « parentalité ».

      Le passage d'un modèle familialiste, centré sur la structure matrimoniale, à un modèle parentaliste, centré sur la relation parent-enfant, constitue la mutation majeure de ces trente dernières années.

      Les points clés à retenir sont :

      Dissociation structurelle : La rupture entre la conjugalité (vivre en couple) et la parentalité (élever des enfants) est le socle des mutations contemporaines.

      Centralité de l'enfant : L'enfant est devenu le pivot qui fonde la famille, remplaçant l'institution du mariage.

      Pluralité des formes : L'émergence de la monoparentalité, de la recomposition familiale, de la résidence alternée et de l'homoparentalité témoigne d'une complexification des « arrangements parentaux ».

      Dispositif de parentalité : La parentalité est devenue un problème public, oscillant entre une logique de soutien aux familles et une volonté de contrôle social des populations jugées précaires ou incompétentes.

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      1. L'évolution conceptuelle de la parentalité

      La notion de parentalité, bien qu'omniprésente aujourd'hui, est le résultat d'une sédimentation de plusieurs approches issues des sciences humaines.

      Les trois piliers de la notion

      | Approche | Focus principal | Concepts clés | | --- | --- | --- | | Anthropologique | Fonctions universelles | Soins, éducation, nomination, accompagnement vers le statut d'adulte. | | Psychanalytique | Lien psychique | Création d'un lien réciproque ; processus de « parentalisation » (on ne naît pas parent, on le devient). | | Sociologique | Statut social et formes | Caractère construit et évolutif des attachements (monoparentalité, barentalité, homoparentalité). |

      Le passage du familialisme au parentalisme

      Historiquement, le mariage désignait les parents de manière institutionnelle avant même la procréation. Aujourd'hui, c'est la naissance de l'enfant qui constitue la famille.

      En France, en 2013, 57 % des enfants naissaient hors mariage, illustrant ce basculement vers une définition de la famille par les pratiques parentales plutôt que par le contrat matrimonial.

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      2. La dissociation entre conjugalité et parentalité

      La mutation majeure réside dans le fait que le lien parental survit de plus en plus souvent à la rupture du lien conjugal. Ce phénomène a deux conséquences fondamentales :

      1. Le caractère évolutif de la parentalité : De nouveaux acteurs peuvent apparaître dans le champ parental (beaux-parents) tandis que d'autres peuvent s'effacer.

      2. Les processus d'affiliation et de désaffiliation : Le lien parental est une construction dynamique. Il peut se renforcer ou s'affaiblir, comme en témoigne le fait qu'un quart à un tiers des pères ne voient plus leurs enfants quelques années après une séparation.

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      3. Typologie des nouvelles situations parentales

      Le cadre éducatif se renouvelle à travers une diversité de configurations qui, bien que n'étant pas toutes nouvelles dans les faits, reçoivent désormais une reconnaissance sociale et des dénominations spécifiques.

      La monoparentalité

      Majoritairement féminine (9 cas sur 10), elle est souvent marquée par une précarité qui n'est pas seulement économique, mais aussi sociale et psychologique. L'usage du terme est critiqué pour son effet « pervers » : il tend à effacer symboliquement le parent qui ne vit pas dans le foyer (généralement le père), transformant une famille biparentale en foyer monoparental.

      La recomposition familiale et la beau-parentalité

      Contrairement au passé où le beau-parent remplaçait un parent décédé, il est aujourd'hui un parent « additionnel ».

      Statut juridique : En France, il n'existe toujours pas de statut juridique pour les beaux-parents, ce qui crée des situations de « porte-à-faux » éducatif, notamment face aux adolescents.

      Conflit de loyauté : La reconnaissance d'une place officielle pour le beau-parent permettrait de désamorcer le sentiment de trahison de l'enfant envers son parent d'origine.

      La résidence alternée

      Légitimée en France par la loi du 4 mars 2002, elle concerne environ 20 % des enfants de parents séparés.

      Sa réussite repose sur une condition relationnelle stricte : la capacité des parents à dissocier leur conflit conjugal de leur responsabilité éducative.

      L'homoparentalité

      Elle constitue un « contre-modèle » subversif par rapport à la famille traditionnelle car elle repose sur une double dissociation :

      • Entre le conjugal et le parental.

      • Entre le sexuel et le procréatif (grâce aux progrès médicaux). Les études cliniques indiquent que l'équilibre des enfants en famille homoparentale n'est pas inférieur à celui des familles hétérosexuelles ; la souffrance des enfants provient davantage de la stigmatisation sociale que de la structure familiale elle-même.

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      4. Le dispositif social de parentalité : Soutenir ou Contrôler ?

      À partir des années 1990, la parentalité est devenue une cible pour les politiques publiques, aboutissant à la création d'un dispositif social complexe.

      Une logique de soutien

      L'État a institutionnalisé des initiatives issues de la société civile (crèches parentales, Maisons Vertes, médiation familiale).

      En 1999, la mise en place des réseaux d'écoute, d'appui et d'accompagnement des parents (REAAP) visait à aider les parents à mobiliser leurs propres ressources face aux difficultés éducatives.

      Une logique de contrôle

      Parallèlement, un discours sécuritaire a émergé, tenant les parents pour responsables de la délinquance juvénile.

      L'exemple du rapport de l'INSERM (2005) : Une proposition controversée visait à prédire la délinquance dès l'âge de 3 ans chez les enfants agressifs.

      Critique de la « démission parentale » : Cet anathème est souvent lancé contre les populations les plus précaires, sans tenir compte du fait que la précarité des conditions de vie entrave la capacité à tenir une position éducative stable.

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      5. Conclusion : Vers une démocratisation de la famille

      Les mutations familiales reflètent l'accès massif des générations de l'après-guerre aux études supérieures et la montée des valeurs d'autonomie, d'égalité et d'affectivité.

      Bien que le droit reste souvent attaché au principe d'exclusivité de la « bifiliation » (un enfant ne peut avoir que deux parents), la réalité sociale impose la reconnaissance d'une pluriparentalité.

      La complexité croissante des situations familiales n'est pas en soi un facteur de déséquilibre pour l'enfant.

      Comme le souligne l'analyse, ce qui pose problème n'est pas la diversité des formes de vie familiale, mais l'intolérance sociale et l'absence de cadres juridiques adaptés pour sécuriser ces nouveaux liens d'affiliation.

    1. **L’École Inclusive : Défis, Dispositifs et Perspectives de la Rentrée 2019 **

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise les échanges de la table ronde de l'IREPS 2019 consacrée à l'évolution de l'école inclusive en France.

      Le passage d'une école qui se contente de repérer les troubles à une école qui accompagne et s'adapte constitue le pivot central des réformes engagées lors de la rentrée 2019.

      Les points clés à retenir sont :

      Obligation de scolarisation dès 3 ans : L'école maternelle devient un droit plein et entier, intégrant des profils d'enfants de plus en plus diversifiés.

      Renforcement du partenariat médico-social : La création des Équipes Mobiles d'Appui (EMA) illustre une volonté de coopération directe entre les experts du handicap et les équipes pédagogiques.

      Soutien à la communauté éducative : Face à la montée des « troubles à expression comportementale » et à la complexité des classes (allophones, handicaps, précocité), l'accent est mis sur la formation des enseignants et le rôle crucial des Accompagnants des Élèves en Situation de Handicap (AESH).

      Personnalisation des parcours : Les acteurs plaident pour une transition d'une application mécanique de la loi vers une approche singulière du parcours de l'enfant, évitant ainsi l'« exclusion de l'intérieur ».

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      I. Le Cadre de l'École Inclusive et les Évolutions Réglementaires

      La rentrée 2019 marque un tournant politique et institutionnel avec l'affirmation d'une école capable d'accueillir tous les élèves, quelles que soient leurs particularités.

      1. La Scolarisation Obligatoire à 3 ans

      L'un des changements fondamentaux est l'abaissement de l'âge de l'instruction obligatoire.

      Enjeux : Si 98 % des enfants de 3 ans étaient déjà scolarisés, les 2 % restants concernent souvent des élèves à besoins particuliers ou issus de territoires pratiquant l'instruction à domicile.

      Adaptation : L'école maternelle doit s'adapter à la diversité des milieux culturels et sociaux, ainsi qu'aux problématiques de santé.

      Cela exige une vigilance accrue en matière de dépistage précoce.

      2. Protocoles et Procédures de Compensation

      L'institution dispose d'un arsenal de protocoles pour structurer l'aide aux élèves :

      PPRE (Programme Personnalisé de Réussite Éducative) : Pour les difficultés d'apprentissage.

      PAP (Plan d'Accompagnement Personnalisé) : Pour les troubles des apprentissages.

      PAI (Projet d'Accueil Individualisé) : Pour les problèmes de santé.

      Simplification administrative : Une volonté nationale vise à alléger les démarches auprès de la MDPH (Maison Départementale des Personnes Handicapées), souvent jugées « lourdes et fastidieuses » pour les familles.

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      II. Les Acteurs et Dispositifs de Soutien

      Le succès de l'inclusion repose sur une collaboration pluridisciplinaire entre l'Éducation nationale, le secteur médico-social et les familles.

      1. Les Équipes Mobiles d'Appui (EMA)

      Nées de la circulaire du 14 juin 2019, ces équipes constituent un dispositif expérimental majeur.

      Mission : Fournir une prestation indirecte à la communauté éducative (enseignants, AESH, CPE).

      Il ne s'agit pas d'intervenir directement sur l'enfant (rôle des SESSAD), mais de soutenir les professionnels.

      Approche : La « coconstruction » est privilégiée par rapport à une expertise descendante.

      L'objectif est d'apporter des outils, des pistes de réflexion et des actions de sensibilisation au sein des classes.

      Saisine : Elle nécessite le consentement parental et intervient en « niveau 3 », après épuisement des ressources internes (PPRE/PAP et RASED).

      2. Les AESH (Accompagnants des Élèves en Situation de Handicap)

      Environ 60 % des enfants handicapés en maternelle et élémentaire sont accompagnés par des AESH.

      Complexité : L'introduction d'une tierce personne dans la classe exige un travail de coordination complexe avec l'enseignant.

      Dialogue : L'institution encourage désormais des entretiens systématiques entre l'enseignant, l'AESH, la famille et l'enfant dès le début de l'année scolaire.

      3. Les Structures Spécifiques

      Le plan national pour l'autisme prévoit le déploiement de structures dédiées :

      UEM/UEA : Unités d'Enseignement Maternel ou Élémentaire pour l'autisme.

      Aspie-Friendly : Un dispositif d'accompagnement des étudiants autistes à l'université pour assurer la continuité des parcours vers le supérieur.

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      III. Réalités et Défis du Terrain

      Malgré les avancées, les intervenants soulignent des freins concrets liés à la réalité quotidienne des classes.

      1. La Charge des Enseignants

      Un enseignant de maternelle peut gérer plus de 28 élèves, incluant :

      • Une dizaine d'élèves à besoins particuliers.

      • Des élèves allophones (migrants ne maîtrisant pas le français).

      • Des élèves précoces.

      • Des élèves présentant des « troubles à expression comportementale », qui mettent à mal le cadre pédagogique et génèrent de la souffrance pour l'ensemble des acteurs.

      2. Les Troubles du Comportement

      Le constat est unanime sur la montée en puissance de ces troubles.

      Réponse : Il est nécessaire d'agir sur trois niveaux : l'espace pédagogique, le cadre légal (souplesse et règles) et la relation individuelle (empathie et apaisement).

      Limites : Certains élèves ne peuvent devenir « élèves » sans un accompagnement extérieur intensif (soins, médico-social).

      3. La Question du Matériel Pédagogique Adapté

      L'attribution de matériel (ordinateurs, tablettes) via l'ergothérapie rencontre des obstacles majeurs :

      Standardisation : L'Éducation nationale fournit souvent du matériel uniforme qui ne correspond pas toujours aux préconisations précises des ergothérapeutes libéraux.

      Délais : Les délais d'attente après notification sont souvent jugés trop longs, bien que certains départements (comme le Tarn) parviennent à réduire ce délai à 10 jours grâce à des avances de matériel.

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      IV. La Perspective Médico-Sociale et Associative

      1. Rôle des Associations (APEDIS, Avenir Dysphasie)

      Les associations jouent un rôle critique dans le soutien aux familles, souvent confrontées à un « parcours du combattant ».

      • Elles luttent contre l'isolement via des « cafés-rencontres ».

      • Elles travaillent sur l'estime de soi des enfants, souvent dégradée par leurs difficultés d'intégration.

      • Elles participent aux groupes de réflexion académiques pour faire reconnaître les spécificités des troubles « Dys ».

      2. Vers une Inclusion « Singulière »

      Le secteur médico-social (IME, SESSAD, Red Cross) insiste sur le fait que l'inclusion ne doit pas être une application mécanique de la loi.

      L'exclusion de l'intérieur : Une inclusion forcée sans moyens adaptés peut conduire à l'échec et au rejet.

      Aménagements concrets : Utilisation de timers, casques anti-bruit, cloisons de bureau, séquençage des activités et outils de communication alternative (pour coder un monde parfois inaccessible aux enfants autistes).

      Fluidité des parcours : Le parcours doit être singulier et peut inclure des temps partagés entre école, crèche, soins libéraux et institutions spécialisées.

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      V. Citations Clés

      « L'école maternelle est une véritable école pleine et entière à laquelle ont droit tous les enfants, c'est un droit. »M. Dechard

      « Les exclus de l'intérieur [...] sont le produit d'une application mécanique de la loi. »Mme Donati (citant Bourdieu)

      « Faire équipe entre les différents acteurs... il n'y a qu'ensemble qu'on pourra trouver des solutions et pas du tout de manière isolée. »M. Tosi

      « L'humanité est une infinité de singularités où chacun peut participer à sa mesure. »Mme Donati

    1. Briefing : Analyse d'un Féminicide et de ses Répercussions Familiales

      Ce document de synthèse analyse les faits, le déroulement du procès et les conséquences humaines d'un féminicide survenu au sein d'une cellule familiale, sur la base du témoignage des enfants et des éléments présentés lors de l'audience devant la cour d'assises.

      Résumé Exécutif

      L'affaire porte sur le meurtre d'une mère de famille par son époux, commis devant leurs enfants.

      Le procès, tenu trois ans après les faits, a mis en lumière un climat de violence conjugale de longue date, marqué par des signalements de police restés sans suite en 2012.

      Le verdict a condamné l'accusé à 20 ans de réclusion criminelle, assortis d'un retrait total de l'autorité parentale sur son fils mineur.

      Ce dossier souligne le traumatisme profond des orphelins de féminicides, leur précarité soudaine et les failles systémiques dans le traitement des violences domestiques.

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      Chronologie et Faits Marquants

      Le tableau suivant récapitule les événements clés mentionnés dans le dossier :

      | Période | Événement | Détails | | --- | --- | --- | | 2012 | Violences initiales | Interventions policières pour disputes ; signalement de violences durant la grossesse (tentative d'avortement forcé). | | Jour du drame | Le meurtre | La victime est poignardée à mort dans la cuisine familiale devant son fils de 9 ans et sa fille de 19 ans. | | Post-drame | Prise en charge | L'appartement est placé sous scellés pendant 2,5 ans ; les enfants sont confiés à leur tante maternelle. | | 3 ans après | Le procès | Témoignages des enfants à la barre ; confrontation avec le père. | | Verdict | Condamnation | 20 ans de réclusion ; retrait de l'autorité parentale ; dommages et intérêts. |

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      Analyse du Climat de Violence Conjugale

      Le témoignage des enfants et de l'entourage révèle que le meurtre n'était pas un acte isolé mais l'aboutissement d'un processus de contrôle et de violences chroniques.

      Les Précédents de 2012

      Des mains courantes déposées dix ans avant le drame indiquent que des alertes existaient :

      Violences physiques : La victime avait signalé avoir reçu des coups dans le ventre alors qu'elle était enceinte.

      Séquestration et menaces : Elle avait rapporté avoir été séquestrée par sa belle-famille pour l'obliger à avorter et avoir subi des menaces de mort contre elle et ses enfants.

      Réponse institutionnelle : À l'époque, les mains courantes n'entraînaient pas systématiquement d'enquêtes si la victime ne portait pas plainte, une pratique désormais théoriquement proscrite en matière de violences conjugales.

      Le Quotidien sous Emprise

      La fille aînée décrit un système de surveillance permanent :

      Contrôle obsessionnel : L'époux exigeait de voir les tickets de caisse et passait des appels vidéo pour vérifier la localisation de sa femme.

      Violence psychologique et sexuelle : Des faits de viol et de dénigrement constant ont été évoqués à l'audience.

      Menaces de mort explicites : L'accusé aurait déclaré : « Si tu divorces, je te tue. »

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      Les Victimes Collatérales : Les Orphelins

      Le document souligne l'impact dévastateur sur les trois enfants du couple (deux fils et une fille).

      Traumatisme Psychologique

      Témoins directs : Le fils cadet a vu sa mère au sol dans une mare de sang, tandis que le père s'enfuyait avec ses clés.

      Responsabilité précoce : Lors de l'appel aux secours (d'une durée de 9 minutes), la fille aînée a dû tenter de prodiguer des soins d'urgence à sa mère mourante sous les yeux de son frère.

      Sentiment de perte : Les enfants décrivent un « vide immense » et une colère persistante. Le fils cadet exprime avoir perdu ses deux figures d'attachement simultanément.

      Précarité et Rupture de Vie

      Logement : L'appartement familial étant sous scellés pendant plus de deux ans, les enfants ont perdu l'accès à leurs effets personnels.

      Situation financière : La fille aînée, alors étudiante, a dû arrêter ses études pour travailler, frôlant l'expulsion de son logement.

      Éclatement de la fratrie : Si le cadet vit chez sa tante, l'un des frères s'est expatrié en Australie pour s'éloigner du drame, et l'aînée vit désormais seule.

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      Le Déroulement de l'Audience

      La Ligne de Défense de l'Accusé

      L'accusé a maintenu une version des faits centrée sur une perte de contrôle spontanée :

      Le « trou noir » : Il prétend ne pas se souvenir du moment précis où il a porté le coup de couteau, parlant d'un « espace noir ».

      Inversion de culpabilité : Il a suggéré que la victime l'avait provoqué par des paroles insupportables, tentant de présenter l'acte comme le résultat d'un « court-circuit » émotionnel.

      Dénégation des violences : Il a nié les violences antérieures, malgré les témoignages de la famille et les mains courantes.

      Confrontation à la Barre

      Le fils cadet, âgé de 12 ans au moment du procès, a fait preuve d'une grande détermination :

      • Il a demandé à s'exprimer à plusieurs reprises pour démentir les propos de son père, l'accusant de mentir sur les circonstances du drame.

      • Il a exprimé son souhait d'effacer le nom de son père de son identité pour porter uniquement celui de sa mère.

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      Verdict et Implications Juridiques

      La cour d'assises a rendu une décision qui, bien qu'en deçà des réquisitions, comporte des mesures civiles significatives.

      1. Condamnation Pénale : 20 ans de réclusion criminelle (l'avocat général en avait requis 30).

      2. Mesures Civiles :

      ◦ Retrait total de l'autorité parentale sur le fils mineur, en vertu de l'article 378 du code civil.  

      ◦ Provision de 20 000 euros de dommages et intérêts pour chaque enfant, en attente d'une expertise psychiatrique pour évaluer le préjudice définitif.

      3. Réaction des Parties Civiles : La famille a exprimé une certaine déception face à la durée de la peine, jugée insuffisante au regard de la préméditation suspectée (l'enfant ayant vu son père aiguiser des couteaux peu avant les faits).

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      Perspective Nationale

      Le cas présenté s'inscrit dans une problématique systémique en France. Entre 2011 et 2024, environ 1 500 enfants sont devenus orphelins à la suite d'un meurtre au sein du couple.

      Le document met en exergue la nécessité du « protocole féminicide », visant à protéger et accompagner ces mineurs dont la vie bascule instantanément par l'acte d'un de leurs parents contre l'autre.

    1. Le Règlement Intérieur en Milieu Scolaire : Analyse du Cadre, des Enjeux et de l'Application

      Résumé Exécutif

      Le règlement intérieur constitue la pierre angulaire du fonctionnement d'un établissement scolaire, qu'il soit public ou privé, du premier degré à l'enseignement supérieur.

      Bien plus qu'un simple document administratif, il définit les droits et les devoirs de l'ensemble de la communauté éducative : élèves, parents, enseignants et personnels.

      Validé par le conseil d'administration et le recteur d'académie, il fait office de loi au sein de l'établissement.

      Toutefois, son efficacité repose sur une application rigoureuse et une coopération de tous les acteurs.

      Face à un public scolaire en constante mutation, le défi majeur réside dans la transition d'une acceptation passive vers une compréhension pédagogique de la règle, afin de garantir un environnement d'apprentissage sécurisé et neutre.

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      1. Nature et Statut Juridique du Règlement Intérieur

      Le règlement intérieur n'est pas une spécificité scolaire ; il s'inscrit dans un cadre légal plus large, notamment renforcé par la loi PACTE de janvier 2020 qui l'impose à toute entreprise de plus de 50 salariés.

      Une "Loi" d'Établissement

      Bien que le règlement intérieur ne soit pas une prescription étendue au territoire national, il possède une force exécutoire interne :

      Définition juridique : Selon le dictionnaire Larousse, une loi est une "prescription établie par l'autorité souveraine de l'état applicable à tous et définissant les droits et les devoirs de chacun".

      Autorité : Une fois voté par le Conseil d'Administration (CA) et validé administrativement par le recteur d'académie, le document fait office de loi au sein de la structure.

      Adhésion : Contrairement à un contrat, il n'est pas négociable.

      L'inscription de l'élève dans l'établissement vaut acceptation automatique du règlement.

      La signature demandée aux familles est une formalité attestant de la prise de connaissance des règles et de l'engagement à les respecter.

      Champ d'Application

      Le document définit les droits et les devoirs de chaque membre :

      Élèves et familles : Sont les premiers concernés par les règles de vie et les sanctions.

      Personnels et enseignants : Sont tenus de représenter les valeurs de l'établissement et de faire appliquer le règlement, conformément à leur contrat de travail.

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      2. Élaboration et Accessibilité du Cadre

      La création du règlement intérieur suit un processus démocratique et administratif rigoureux visant à refléter l'organisation entière de l'établissement.

      | Étape du Processus | Acteurs Impliqués | | --- | --- | | Concertation | Équipe de direction et communauté éducative. | | Examen et Vote | Conseil d'administration (incluant des représentants de chaque service et des élèves élus). | | Validation finale | Recteur d'académie. |

      Accessibilité de l'Information

      Pour être opposable, le règlement doit être facilement consultable. On le retrouve généralement :

      • Dans le carnet de correspondance (principalement au collège).

      • Affiché aux points de passage importants (salle des profs, points d'affluence).

      • Sur les logiciels de gestion des absences et des retards.

      Spécificité : Les Centres de Documentation et d'Information (CDI) et les internats possèdent souvent leurs propres règlements spécifiques, adaptés à leur contexte particulier.

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      3. Contenu et Objectifs Pédagogiques

      Le règlement intérieur est exhaustif pour éviter tout "vide juridique" qui pourrait mener à des contestations ou des désaccords.

      Domaines Couverts

      Sécurité et Discipline : Sanctions disciplinaires, substances illicites, usage de la violence.

      Vie Scolaire : Tenue vestimentaire (adaptée au contexte), protection des biens personnels contre le vol.

      Outils Numériques : L'usage du téléphone portable est interdit en primaire et au collège.

      Au lycée, il est autorisé sauf mention contraire dans le règlement. Cette restriction vise à préserver les facultés de concentration.

      Sécurité Physique : Interdiction de certains bijoux ou piercings, notamment en Éducation Physique et Sportive (EPS), pour prévenir les blessures.

      Finalités de l'Institution

      Le cadre réglementaire vise à maintenir l'établissement comme un terrain neutre. Sa vocation est de :

      1. Former les jeunes et les responsabiliser.

      2. Préparer à la vie active par des apprentissages formels et informels.

      3. Définir des limites claires là où la vigilance parentale pourrait faire défaut.

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      4. Les Défis de l'Application Pratique

      Il existe un écart significatif entre la théorie (le document écrit) et la pratique quotidienne dans les établissements.

      Les Résistances du Public

      Le public scolaire (élèves et parents) évolue, affichant de nouvelles revendications et parfois un manque de limites.

      Les règles concernant les tatouages, les piercings ou le code vestimentaire sont souvent perçues comme abusives ou sexistes, alors qu'elles répondent à des impératifs de sécurité ou d'adaptation à l'environnement.

      Le Risque du Laxisme

      L'efficacité du règlement dépend de la solidarité de la communauté éducative :

      Cohésion de l'équipe : Si la direction n'applique pas les sanctions prévues par le règlement qu'elle a fait voter, elle est perçue comme laxiste.

      Conséquences : Un manque de fermeté ou de soutien envers les personnels crée une souffrance pour les personnes non protégées au sein de l'institution.

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      5. Perspectives : Vers une Responsabilisation Accrue

      Pour que le règlement ne soit pas perçu comme un simple "bout de papier" que l'on enfreint, des pistes d'évolution pédagogique sont envisagées.

      Le Dialogue Pédagogique : Ouvrir la discussion avec les élèves sur la nécessité des règles communes.

      L'objectif n'est pas de remanier le texte, mais de guider les élèves vers la compréhension de la règle par l'exercice de leur objectivité.

      L'Implication Collective : Faire participer les élèves à la réflexion sur l'application des règles dès l'école primaire pour favoriser leur engagement à long terme.

      Stabilité du Cadre : Malgré les pressions extérieures (manque de moyens, baisse du bon sens), le maintien d'un cadre défini reste indispensable pour travailler dans de bonnes conditions et garantir la neutralité et la tolérance.

      En conclusion, le règlement intérieur est un outil de protection et d'apprentissage qui ne fonctionne que par la coopération active de tous les acteurs.

      Sa légitimité repose sur sa capacité à évoluer avec son public tout en restant un socle ferme et protecteur.

    1. Pilotage et Coordination : Le Rôle du Chef d’Établissement entre Service Public et Management

      Synthèse

      Le rôle du chef d’établissement au sein de l’Éducation nationale fait l'objet d'un débat croissant : doit-il être un coordinateur ou un « Président-Directeur Général » (PDG) ?

      Bien que de plus en plus sollicités pour des responsabilités managériales, les chefs d’établissement évoluent dans un cadre de service public où la rentabilité financière est absente, privilégiant l'intérêt général et la réussite des élèves.

      Leurs missions, définies par des textes réglementaires (Bulletin Officiel de 2014, guide juridique de 2009), oscillent entre responsabilités pédagogiques, administratives et sociales.

      Malgré une tendance à l'autonomie et des expérimentations récentes sur le recrutement des équipes, le chef d'établissement reste un pilote humain dont l'action est limitée par une hiérarchie contraignante et une gestion collégiale.

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      Le Cadre Institutionnel et les Missions du Chef d'Établissement

      L’école française est avant tout un service public régi par des principes fondamentaux : gratuité, laïcité et obligation. Ce service se décline en plusieurs types d'établissements qui influencent le rôle de la direction :

      Enseignement public : Devoir de l'État à tous les degrés.

      Enseignement privé sous contrat : Soumis au contrôle de l'État, il bénéficie d'aides en contrepartie du respect des programmes et règles publiques.

      Le chef d’établissement y possède une responsabilité spécifique sur le projet éducatif et pédagogique.

      Enseignement agricole : Sous la tutelle du ministère de l’Agriculture mais assimilé à l’Éducation nationale.

      Enseignement hors contrat : Entièrement privé, non associé à l'État, avec des diplômes non reconnus.

      Les trois axes de mission

      Selon le réseau Canopée et les textes officiels, les missions se structurent autour de trois piliers :

      1. Pédagogique : Veiller à la fonction d'enseignement, bien que l'autorité directe sur les enseignants soit nuancée (le directeur d'école n'est pas le supérieur hiérarchique direct).

      2. Administratif et juridique : Assurer le fonctionnement régulier, la sécurité des biens et des personnes, l'hygiène et la salubrité.

      3. Social et relationnel : Piloter les relations avec les parents et les partenaires extérieurs.

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      Recrutement et Profils : Une Évolution de Carrière Interne

      Devenir personnel de direction est perçu comme une évolution de carrière plutôt que comme une vocation exogène.

      La majorité des cadres provient des rangs de l'Éducation nationale.

      Données chiffrées (Session 2021)

      | Indicateur | Valeur | | --- | --- | | Inscrits au concours de personnel de direction | 3 940 | | Postes offerts (liste principale) | 560 | | Candidats venant hors Éducation nationale | 3,3 % (131 inscrits pour 6 admis) | | Origine majoritaire | Professeurs certifiés du second degré |

      Il est possible d'exercer en tant que "faisant fonction" sans concours préalable, tant dans le public que dans le privé, afin de découvrir le métier avant une titularisation définitive par concours ou certification (comme le titre de dirigeant des organisations éducatives pour le privé).

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      Le Chef d'Établissement : Coordinateur ou PDG ?

      L'analogie avec le PDG d'entreprise est rejetée en raison de la nature même de l'institution scolaire.

      Absence de profit : Contrairement à une entreprise, l'école ne cherche pas la rentabilité financière mais l'intérêt général.

      Limites du pouvoir managérial : Le chef d'établissement ne contrôle pas les salaires et n'est pas le seul décisionnaire.

      Il travaille avec une équipe de direction (adjoint, gestionnaire, CPE, chef de travaux/DDFPT).

      Pilotage vs Gestion : Le "pilotage" implique de faciliter le travail des équipes et de favoriser la cohésion humaine.

      On ne traite pas des marchandises, mais des humains dans un objectif commun : la réussite de l'élève.

      La réalité humaine : Le métier exige diplomatie, empathie et écoute.

      Le chef d'établissement doit naviguer entre les susceptibilités des équipes et les demandes des familles.

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      Pressions et Défis Contemporains

      La fonction est marquée par une charge de travail lourde et des tensions multifactorielles :

      1. Pression hiérarchique et administrative : Application de consignes descendantes, gestion de la "paperasse", réunions fréquentes et pilotage par les chiffres.

      2. Mise en concurrence : Le développement des options au lycée crée une forme de compétition entre établissements pour attirer les publics.

      3. Souffrance au travail : Le document souligne que les personnels de direction sont aussi victimes de pressions extrêmes, citant l'exemple tragique de Christine Renon ou de chefs d'établissement sans soutien face aux difficultés locales.

      L'expérimentation du recrutement (Annonces de Marseille)

      L'annonce présidentielle de septembre 2021 concernant la possibilité pour les directeurs de 50 écoles de recruter leur équipe pédagogique a suscité une vive controverse :

      Craintes des enseignants : Risque de création d'équipes "homogènes et obéissantes", évitement des établissements difficiles par les candidats, et fin du système de mutation actuel.

      Arguments favorables : Opportunité de construire un projet de long terme avec des personnels engagés de plein gré.

      Contrainte pratique : Cette nouvelle responsabilité alourdirait encore la charge de travail des directeurs (entretiens, lecture de candidatures) dans un quotidien déjà saturé d'urgences.

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      Conclusion

      Le chef d'établissement n'est pas un PDG, car il évolue dans un écosystème où l'humain prime sur l'économique.

      Son rôle est celui d'un pilote et d'un coordinateur au sein d'une communauté éducative.

      Si les compétences managériales sont de plus en plus évoquées, l'essence de la fonction reste ancrée dans le service public.

      La réussite du pilotage dépend de la capacité à maintenir une cohésion d'équipe malgré les pressions institutionnelles et les réformes modifiant l'équilibre de l'autorité locale.

    1. Rapport de synthèse : Les enjeux et réalités de la direction d'établissement scolaire

      Synthèse de direction

      Le rôle de chef d'établissement, qu'il s'agisse d'une école primaire, d'un collège ou d'un lycée, est une fonction pivot de l'Éducation nationale caractérisée par une complexité croissante et une responsabilité multidimensionnelle.

      Ce document met en lumière un métier de "chef d'orchestre" oscillant entre gestion administrative rigoureuse, autorité pédagogique et accompagnement social profond. Les points clés incluent :

      Une responsabilité totale : Le chef d'établissement est l'ultime responsable juridique, financier et sécuritaire, souvent sans "parapluie" en cas de crise.

      La gestion de l'humain au cœur du système : Au-delà de l'enseignement, le rôle implique de gérer des situations sociales précaires, des crises de vie privée des élèves et des relations parfois tendues avec les familles.

      Un métier de terrain et d'engagement : Malgré une charge de travail épuisante et une "musique mentale" permanente, la fonction reste vécue comme une vocation essentielle à la construction des citoyens de demain.

      Innovation et transformation : De nouvelles expérimentations (comme l'École du futur) et la féminisation de la profession redéfinissent les contours de l'autorité et de la pédagogie.

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      1. Une fonction aux multiples facettes : le "Chef d'Orchestre"

      Le chef d'établissement doit jongler avec plusieurs casquettes, passant sans transition d'une tâche de gestionnaire à celle de pédagogue ou de responsable de la sécurité.

      Domaines de responsabilité

      | Domaine | Nature des interventions | | --- | --- | | Administratif | Gestion des inscriptions, organisation des horaires, réponse aux 40+ messages quotidiens, suivi des dossiers. | | Pédagogique | Garant de la mission de service public, animation des conseils pédagogiques, évaluation du socle commun, construction de parcours d'orientation. | | Relationnel | Construction d'une relation de confiance avec les enseignants, les agents, les élèves et les parents. | | Matériel et Financier | Entretien des locaux (souvent vétustes), gestion des budgets de rénovation (ex: 10 000€ pour une porte vandalisée), lien avec les collectivités (Région, Ville). |

      La solitude du premier degré vs la structure du second degré

      Le métier varie considérablement selon la structure.

      En école primaire, le directeur est souvent seul, sans secrétaire ni adjoint, gérant parfois de front la direction et une classe.

      Au collège ou au lycée, l'organisation est plus vaste (jusqu'à 1 400 personnes comme au lycée Diderot), nécessitant un rôle de "meneur d'hommes et de femmes" comparable à celui d'un entraîneur de sport collectif.

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      2. L'accompagnement de l'élève : au-delà des murs de l'école

      Le document souligne que "la scolarité ne s'arrête pas au portail de l'établissement".

      L'élève est considéré comme une personne entière dont les problématiques personnelles impactent directement la réussite scolaire.

      La gestion des crises sociales et psychologiques

      Les chefs d'établissement interviennent sur des situations complexes :

      Situations judiciaires : Collaboration avec la Mission de Prévention et de Contact (MPC) de la police pour des dossiers de cyberharcèlement ou des escroqueries sentimentales sur les réseaux sociaux.

      Précarité : Dans certains quartiers (comme le 3e arrondissement de Marseille), le salaire médian des familles est extrêmement bas (6 000€/an).

      L'école devient alors un relais social crucial pour les familles sans-papiers ou en grande difficulté.

      Éducation vs Sanction : Le choix de la commission éducative est souvent privilégié face à la sanction sèche pour favoriser le travail avec la famille et l'intelligence de l'élève.

      L'enjeu de l'orientation

      L'accompagnement vers le lycée professionnel ou général est un moment de tension.

      Le chef d'établissement doit naviguer entre les angoisses des parents et la réalité scolaire de l'élève, agissant comme un conseiller personnalisé pour "débroussailler" le champ professionnel.

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      3. Sécurité et gestion des infrastructures

      La responsabilité juridique du chef d'établissement est engagée en permanence, particulièrement sur les questions de sécurité et d'accueil du public.

      Sécurité incendie et autorisations : Certains établissements fonctionnent sous une pression constante concernant les commissions de sécurité (ex: problèmes de désenfumage, mise en conformité gaz).

      Le souvenir de catastrophes passées (incendies, AZF) renforce cette vigilance.

      Entretien du bâti : La vétusté de certains locaux (lavabos bouchés depuis 3 ans, dalles dangereuses) oblige les directeurs à multiplier les relances administratives via des applications ou des appels directs aux services techniques.

      Vandalisme : La gestion des dégradations pèse lourdement sur les budgets et l'organisation quotidienne.

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      4. Innovation et ouverture : L'école de demain

      Des initiatives locales montrent une volonté de transformer l'école en un lieu de vie et d'apprentissage plus ouvert.

      L'École du futur (Marseille) : Une expérimentation permettant de bâtir des projets "ascendants" (choisis par l'équipe et non imposés par la hiérarchie), facilitant le financement de mobilier et d'intervenants culturels.

      Coéducation et lien avec les familles :

      ◦ Ouverture des classes aux parents pour lutter contre l'absentéisme et démystifier l'école maternelle.   

      ◦ Cours d'anglais gratuits pour les parents le soir, créant un nouveau rapport de confiance.

      Projets d'éloquence : Collaboration avec des associations (ex: Trouve ta voix) pour améliorer la confiance en soi et le climat de classe.

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      5. Une profession en mutation

      Féminisation et autorité

      Le métier connaît une transformation sociologique. Si le milieu des chefs d'établissement était historiquement masculin, il se féminise par la base (le corps enseignant étant majoritairement féminin).

      Le document note toutefois que l'accession des femmes aux postes de direction est relativement récente, certains lycées techniques historiques (Diderot) n'ayant jamais eu de proviseure femme avant l'actuelle titulaire.

      La charge mentale et le burnout

      La "multicasquette" et l'impossibilité de s'arrêter réellement (le soir, la nuit, les vacances) créent un risque d'épuisement professionnel.

      L'expérience d'un "burnout de deux mois" est citée comme une réalité tangible du métier.

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      Conclusion

      Le chef d'établissement occupe une position unique dans la société : il est le garant de la sécurité physique et morale de centaines de personnes tout en étant le moteur de l'innovation pédagogique.

      Malgré les difficultés matérielles et la fatigue, le sentiment de participer à la construction de "jeunes citoyens de demain" et de voir "briller l'œil d'un élève" constitue le socle de leur engagement professionnel.

    1. Synthèse de l'Immersion en Maison d'Enfants à Caractère Social (MECS)

      Résumé Exécutif

      Ce document analyse le fonctionnement et la philosophie d'une Maison d'Enfants à Caractère Social (MECS) à travers les témoignages de ses résidents et de son personnel.

      La MECS se définit comme un lieu de transition et de protection pour des enfants dont le milieu familial ne permet plus un accueil sécurisant ou adéquat.

      L'objectif central est de normaliser le quotidien des enfants, de maintenir un cadre éducatif et scolaire rigoureux, et de préserver un lien étroit avec les familles.

      Le foyer n'est pas seulement une structure d'hébergement, mais un espace de vie conçu comme une « grande famille » visant la réussite scolaire et, à terme, le retour au domicile parental.

      1. Contexte et Motifs du Placement

      Le placement en MECS répond à des problématiques multifactorielles affectant la cellule familiale. Les sources identifient plusieurs causes majeures qui justifient l'accueil des mineurs :

      | Catégorie de difficulté | Détails et manifestations | | --- | --- | | Carences éducatives et maltraitance | Situations de négligence, de maltraitance physique ou psychologique, ou d'abandon. | | Difficultés sociales et matérielles | Problèmes de logement des parents ou précarité financière (exemple d'un père seul avec cinq enfants et des ressources insuffisantes). | | Santé des parents | Incapacité physique ou psychique des parents à assumer la garde (exemple d'une mère atteinte d'une maladie). | | Séparation parentale | Ruptures familiales complexes rendant le maintien au domicile impossible pour l'enfant. |

      2. La Vie Quotidienne : Entre Normalisation et Esprit de Famille

      L'une des missions prioritaires du foyer est d'offrir aux enfants une vie « la plus normale possible », calquée sur celle de leurs pairs qui ne sont pas placés.

      Intégration dans la cité : Les enfants ne vivent pas en vase clos. Ils participent à la vie sociale extérieure, sont invités à des anniversaires et peuvent aller dormir chez des amis.

      Sentiment d'appartenance : Pour certains résidents présents depuis plusieurs années (jusqu'à 6 ou 7 ans), le foyer est assimilé à un véritable domicile.

      Dynamique fraternelle : Le foyer est décrit comme une « grande famille » où les enfants se considèrent comme frères et sœurs.

      Solidarité intergénérationnelle : Les plus grands assument volontiers un rôle de protecteur ou d'animateur auprès des plus jeunes, notamment en leur lisant des histoires avant le coucher ou en jouant avec eux.

      Atmosphère collective : Le quotidien est marqué par une activité constante et un esprit festif, décrit comme un « Noël général » permanent.

      3. Le Cadre Éducatif et le Suivi Scolaire

      La scolarité occupe une place prépondérante dans l'accompagnement proposé par la MECS. L'encadrement par les éducateurs offre une stabilité que le milieu familial d'origine ne peut parfois plus garantir.

      Rigueur et suivi : Les éducateurs imposent une discipline stricte concernant les devoirs. Chaque jour, les carnets de correspondance sont vérifiés pour suivre le comportement et les résultats.

      Soutien pédagogique : La présence constante de plusieurs éducateurs permet un étayage que les parents, parfois isolés ou malades, ne peuvent assurer seuls.

      Communication avec l'école : Le foyer sert de relais entre l'institution scolaire et les parents, assurant une continuité dans le suivi de l'enfant.

      4. La Relation avec les Familles et l'Objectif de Réinsertion

      Contrairement à une idée reçue, le placement ne signifie pas une rupture avec les parents. La MECS travaille activement à la co-parentalité.

      Maintien de l'autorité parentale : Les parents restent associés aux décisions de la vie quotidienne, même les plus simples (comme le choix d'une coupe de cheveux).

      Espaces de rencontre : Le foyer dispose de lieux dédiés pour que les parents puissent rendre visite à leurs enfants.

      Rythme de vie partagé : De nombreux enfants passent la semaine au foyer mais retournent chez leurs parents le week-end.

      Finalité du placement : L'objectif ultime demeure le retour définitif de l'enfant au domicile familial, une fois que les conditions (sociales, éducatives ou de santé) le permettent.

      5. Perspectives et Résilience des Enfants

      Malgré les épreuves initiales, les enfants et adolescents expriment une forte capacité de résilience et des ambitions claires pour leur avenir.

      Aspirations professionnelles : Le vécu au sein du foyer suscite parfois des vocations, certains jeunes souhaitant devenir éducateurs à leur tour.

      Importance des études : Les jeunes voient dans la réussite scolaire le levier principal pour réaliser leurs rêves.

      Message d'espoir : Les témoignages soulignent que le placement n'est pas un frein à l'ambition : « Même en étant placé, tu peux clairement avoir des rêves et des envies et un jour [...] essayer de les réaliser. »

    1. Rapport de Commission d’Enquête sur l’Aide Sociale à l’Enfance (ASE) : État des Lieux et Perspectives de Réforme

      Synthèse

      Le rapport parlementaire publié en avril 2025, après un an d’enquête et 83 heures d’auditions, dresse un constat accablant du système de protection de l’enfance en France.

      Touchant près de 400 000 enfants, le dispositif de l’Aide Sociale à l’Enfance (ASE) est qualifié de « système à broyer des vies » et de « fabrique du malheur ».

      Les défaillances systémiques incluent des violences institutionnelles, un suivi médical quasi inexistant, une incapacité à protéger les mineurs de la prostitution et un manque criant de moyens humains et financiers.

      Le rapport appelle à une reconnaissance historique de la faillite de l’État et propose 92 recommandations pour transformer l’enfance, jusqu’ici considérée comme un « impensé des politiques publiques », en une priorité nationale.

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      I. Un Système en État d’Implosion : Constats Majeurs

      L’analyse de la commission d’enquête révèle que la protection de l’enfance est au bord de l’effondrement, marquée par des drames récurrents et une application défaillante des lois existantes.

      Des chiffres alarmants

      Population concernée : Environ 396 900 jeunes sont suivis par l’ASE, soit 2 % de la génération des 0-18 ans.

      Mortalité et violences : Un enfant meurt sous les coups de ses parents tous les cinq jours en France. Parmi eux, un sur deux était déjà suivi par les services sociaux.

      Prostitution des mineurs : On estime que 15 000 mineurs suivis par l’ASE seraient victimes de réseaux de prostitution.

      Précarité post-placement : 45 % des sans-abris âgés de 18 à 25 ans sont issus de l’aide sociale à l’enfance.

      Défaillances institutionnelles et législatives

      Non-respect des lois : La loi de 2022 interdisant le placement des mineurs dans des hôtels n'est pas appliquée. Le cas de Lili (15 ans), qui s’est suicidée dans un hôtel en 2024, illustre tragiquement cette faillite.

      Absence de normes : L’ASE est le seul secteur de l’enfance en France sans taux d’encadrement ni normes précises.

      Carences de contrôle : L’affaire de Châteauroux a révélé l’existence de réseaux de familles d’accueil sans agrément, où des enfants ont subi violences et travail dissimulé sans contrôle effectif du département.

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      II. L’Enfance : Un « Impensé » des Politiques Publiques

      Isabelle Santiago, rapporteuse de la commission, souligne que l’enfance n’a jamais été réellement pensée comme une politique publique structurée par l’État, qui a historiquement délégué cette mission sans cadre rigide.

      Un manque de données et de recherche

      • Le budget alloué à la recherche sur la protection de l'enfance est jugé dérisoire.

      • Il existe une opacité persistante : moins d'un quart des départements font remonter leurs données de manière complète, malgré une obligation légale datant de 2002.

      • Les systèmes d'information sont obsolètes et ne permettent pas de suivi longitudinal des parcours des enfants.

      Le déficit de prévention

      Le système se concentre sur l’urgence au détriment de la prévention. L’augmentation de 45 % du nombre d’enfants placés depuis 1998 est attribuée à deux facteurs :

      1. Une baisse du seuil d'intolérance de la société face aux violences faites aux enfants.

      2. Une augmentation de la pauvreté rendant certaines familles incapables de répondre aux besoins fondamentaux de l’enfant.

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      III. Impact Sanitaire et Psychologique sur les Mineurs

      Le Dr Céline Greco souligne que les traumatismes subis durant le placement ont des conséquences physiques et psychiques dévastatrices à long terme, réduisant l'espérance de vie des enfants placés de 20 ans.

      | Pathologie / Risque | Prévalence par rapport à la population générale | | --- | --- | | Maladies cardio-vasculaires | x 2 | | Maladies respiratoires | x 2,3 | | Cancers | x 2 | | Démence | x 11 |

      Constats médicaux critiques :

      • Seuls 28 % des enfants bénéficient d’un bilan de santé lors de leur admission à l’ASE.

      • Seuls 10 % font l’objet d’un suivi médical régulier.

      Syndrome de l’hospitalisme : Des cas de dépression sévère chez les nourrissons (mutilations, retards de développement) sont signalés dans certaines pouponnières en surproduction, où les bébés sont parfois transportés seuls en taxi pour leurs rendez-vous.

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      IV. Recommandations et Leviers de Transformation

      Le rapport formule 92 recommandations visant à instaurer une « sécurité systémique » pour l'enfant.

      Mesures d’urgence et réparations

      Commission Nationale de Réparation : Créer une instance pour reconnaître et réparer les violences institutionnelles subies par des générations d'enfants.

      Avocat obligatoire : Garantir la présence d’un avocat pour chaque enfant dans les procédures judiciaires le concernant.

      Contrôles inopinés : Autoriser les parlementaires à visiter les lieux d’accueil sans préavis.

      Réformes structurelles

      Normes d'encadrement : Instaurer des taux d'encadrement obligatoires pour les éducateurs.

      Soin et santé : Généraliser les bilans de santé à l'entrée et assurer un suivi médical continu.

      Attractivité des métiers : Créer 30 000 postes pour pallier la pénurie actuelle et améliorer la formation des professionnels.

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      V. Débat sur la Responsabilité : État vs Départements

      Le document met en lumière une tension forte entre l'État et les Conseils Départementaux, gestionnaires de l'ASE.

      Critique des Départements : Des militants comme Lias Loufock dénoncent une « déresponsabilisation » de certains élus qui privilégieraient des investissements électoraux (infrastructures) au détriment de la protection de l'enfance. Certains départements excédentaires continuent de placer des enfants en hôtel.

      Défense des Départements : Maël de Calan (Président du Finistère) évoque une « implosion » due à une explosion des troubles mentaux chez les jeunes et à un manque de moyens financiers transférés par l'État.

      Il plaide pour une « cause nationale » accompagnée de financements massifs.

      L'Omertà Institutionnelle : Le journaliste Claude Ardid dénonce une culture du secret au sein des services départementaux qui entrave la révélation des failles du système.

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      Conclusion

      Le rapport Santiago marque une étape historique en reconnaissant le caractère systémique des violences au sein de l’ASE.

      Le consensus politique autour de ce document souligne l'urgence d'une refonte totale.

      La réussite de cette réforme dépendra de la capacité de l'État à reprendre une place de pilote aux côtés des départements, à injecter des moyens financiers à la hauteur des enjeux sanitaires, et à changer radicalement de paradigme pour considérer l'enfant non plus comme un objet d'éducation, mais comme un véritable sujet de droit.

    1. L'Effondrement de l'Aide Sociale à l'Enfance : Synthèse de l'Enquête « La Fabrique du Malheur »

      Résumé Exécutif

      L'enquête menée par le journaliste Claude Ardid, consignée dans l'ouvrage La fabrique du malheur, brosse un portrait alarmant de l'Aide Sociale à l'Enfance (ASE) en France.

      Loin d'un simple effritement, le système est décrit comme étant en plein effondrement.

      Malgré un budget annuel de 9 milliards d'euros consacré à la protection de 400 000 mineurs, l'institution échoue de manière systémique à garantir la sécurité des enfants qui lui sont confiés.

      L'analyse révèle une fracture territoriale majeure, une pénurie de personnel dramatique (70 000 postes manquants) et une défaillance de la chaîne de commandement et de contrôle.

      Le constat est sans appel : entre omerta politique, dysfonctionnements administratifs et drames humains (suicides, assassinats, maltraitances), l'ASE ne parvient plus à remplir sa mission fondamentale.

      La réponse politique actuelle est jugée largement insuffisante face à l'ampleur du désastre.

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      Une Structure Fragmentée et Inégale

      Le fonctionnement de l'ASE repose sur une décentralisation totale, ce qui génère des disparités de traitement critiques selon la localisation géographique.

      Gestion Départementale : Il n'existe pas une ASE unique, mais 90 structures indépendantes gérées par les conseils départementaux.

      La qualité de la prise en charge dépend directement des budgets alloués et de la priorité politique accordée à l'enfance par chaque exécutif local.

      Disparités Territoriales :

      Nord et Bouches-du-Rhône : Qualifiés de « catastrophes » en raison de budgets dérisoires face à l'ampleur de la maltraitance.  

      Puy-de-Dôme : Cité comme un « élève modèle », le président du conseil départemental étant lui-même un ancien enfant placé, sensibilisé à la cause.

      Externalisation : Les départements s'appuient massivement sur des structures associatives pour gérer l'accueil en foyers ou en familles d'accueil.

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      La Réalité des Drames Humains : Études de Cas

      L'enquête s'appuie sur des dossiers précis où la responsabilité de l'ASE et de la chaîne judiciaire est directement mise en cause.

      | Enfant | Localisation | Nature du Drame | Dysfonctionnement Identifié | | --- | --- | --- | --- | | Lili | Auxerre | Suicide par pendaison | Placée dans un hôtel malgré une loi de 2022 censée l'interdire. | | Kimberley | Marseille | Suicide (défenestration) | Dossier jugé totalement « foiré » par l'institution. | | Malakaï (7 ans) | Toulon | Assassinat ultra-violent | Suivi depuis 4 ans, mais les éducateurs et les juges n'ont pas détecté la torture subie. |

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      Le Scandale de Châteauroux : Un Système de Prédation

      Le procès de Châteauroux est présenté comme le point culminant du scandale de l'ASE.

      Il illustre l'absence totale de contrôle sur l'utilisation des fonds publics et le choix des accueillants.

      Absence d'agrément : Des familles d'accueil ont été choisies par l'ASE du Nord sans agrément préalable ni formation adéquate.

      Détournement de fonds : Environ 630 000 € d'argent public ont été versés sur 5 ans à ces familles pour des résultats désastreux.

      Abus criminels : Dans certaines de ces familles, des enfants ont été victimes d'agresseurs sexuels.

      Un cas spécifique mentionne un homme condamné à 20 ans de prison pour avoir violé sa propre fille alors qu'il hébergeait des enfants de l'ASE dans une caravane sans eau ni électricité.

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      Un Système en État de Rupture Logistique et Financière

      Les chiffres clés de l'ASE témoignent d'une inadéquation entre les moyens et les besoins.

      Pénurie de personnel : Il manque environ 70 000 travailleurs sociaux au niveau national, incluant des éducateurs, des puéricultrices, des psychologues et des psychiatres.

      Crise des expertises : À Marseille et ailleurs, des experts médico-légaux (psychiatres) ne sont plus payés par l'État depuis 11 mois.

      Pourtant, leur travail est indispensable pour que les dossiers arrivent sur le bureau des juges pour mineurs.

      Coût de l'accueil : Le coût journalier moyen pour l'entretien d'un enfant (nourriture, soins, loisirs) est estimé à 150 €, soit 300 € pour une famille accueillant deux enfants.

      Épuisement professionnel : Le personnel de terrain subit une pression psychologique insupportable, illustrée par le témoignage d'une puéricultrice en burn-out, incapable de gérer seule des nourrissons et des enfants en détresse.

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      Analyse des Défaillances Politiques

      L'inaction politique est identifiée comme la racine profonde du problème.

      L'Omerta institutionnelle

      Le journaliste rapporte avoir été confronté à une fermeture systématique des portes par les présidents de conseils départementaux et leurs adjoints.

      Le sujet de la protection de l'enfance semble frappé d'un tabou politique majeur.

      Le manque de poids électoral

      Une analyse brutale suggère que l'enfance n'intéresse pas les décideurs car « les enfants ne votent pas ».

      Cela reléguerait la protection de l'enfance derrière des priorités plus visibles comme la culture, le sport ou le tourisme.

      Des réponses jugées dérisoires

      Les annonces ministérielles actuelles, comme la création de postes d'assistantes maternelles, sont qualifiées de « mesurettes » par l'auteur de l'enquête.

      Instabilité ministérielle : L'absence d'un ministère de l'Enfance de plein exercice et le recours à des structures administratives complexes (Haut Commissariat) sont perçus comme des reculs.

      Rapports sans suite : Malgré de nombreux rapports produits depuis 15 ans pointant les mêmes problèmes, aucune réforme d'envergure n'a été pérennisée.

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      Conclusion et Perspectives

      Le constat final est celui d'une institution qui ne protège plus.

      Pour Claude Ardid, le système nécessite une « révolution totale » plutôt que des ajustements marginaux.

      Le contrôle strict des ASE départementales, la revalorisation des métiers du social et un engagement politique au plus haut niveau sont les seules voies identifiées pour éviter que l'ASE ne continue d'être une « fabrique du malheur ».

      Le rapport de la commission parlementaire à venir est attendu comme un test crucial pour déterminer si l'État prendra enfin la mesure de cette catastrophe humaine.

    1. I Verified My LinkedIn Identity. Here's What I Actually Handed Over.
      • The author investigated the privacy implications of LinkedIn's "Identity Verification" badge, which is handled by a third-party provider called Persona.
      • To verify, users must provide a government ID, a live "selfie" (biometric scan), and access to NFC data on their passport.
      • Upon examining the legal disclosures, the author found that data is shared with a surprisingly long list of 17 subprocessors.
      • Notable subprocessors listed include OpenAI, Anthropic, and Groqcloud, raising concerns about biometric and personal data being used for AI training.
      • The privacy policy cites "Legitimate Interest" as the legal basis for processing, which the author suggests is a way to bypass explicit consent for data sharing.
      • The article concludes that the perceived value of a "verified" checkmark on a professional profile does not outweigh the significant privacy risks and the distribution of sensitive biometric data to numerous tech corporations.

      Hacker News Discussion

      • A top comment notes that Persona’s CEO responded to the claims, asserting that no personal data is used for AI training and that biometric data is deleted immediately after processing.
      • The CEO claimed the full list of subprocessors is a "catch-all" for all their services (like background checks), and only 8 subprocessors are actually used for the identity verification product specifically.
      • Many users remained skeptical of the "catch-all" explanation, arguing that if a company is sure about privacy, they should explicitly limit the legal language rather than using broad "CYA" (Cover Your Assets) terms.
      • Commenters discussed the inherent risks of "Know Your Customer" (KYC) processes, noting that even if data is deleted, the initial collection creates a honeypot for potential breaches.
      • Some participants argued that the "Legitimate Interest" justification is often abused in the EU to avoid the stricter requirements of explicit consent under GDPR.
      • There was a general consensus among technical users that a social media badge is insufficient justification for handing over highly sensitive, unchangeable biometric markers.
    1. Synthèse de l'Affaire des Agressions Sexuelles en Milieu Périscolaire à Rezé

      Résumé Exécutif

      Ce document détaille les enjeux entourant le procès d'un ancien animateur périscolaire à Rezé, près de Nantes, jugé les 15 et 16 décembre pour agressions sexuelles sur mineurs.

      L'affaire, qui a éclaté en 2019, concerne initialement une trentaine d'enfants ayant dénoncé des faits de nature sexuelle.

      Le procès porte spécifiquement sur 13 victimes, toutes âgées de moins de 6 ans au moment des faits.

      L'analyse met en lumière un processus judiciaire particulièrement long (près de sept ans d'attente), des défaillances institutionnelles marquées — notamment le transfert de l'accusé d'une école à une autre malgré un signalement préalable — et l'impact psychologique profond sur les familles.

      Ce dossier souligne la difficulté de la parole de l'enfant et le combat des parents, constitués en collectif, face au silence des autorités locales et de l'Éducation Nationale.

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      1. Contexte de l'Affaire et Chronologie des Faits

      L'affaire se cristallise autour de la commune de Rezé, en Loire-Atlantique, et plus précisément au sein de l'école maternelle Chacreux.

      L'accusé : Frédéric, un ancien animateur périscolaire. Avant son affectation à l'école Chacreux, il travaillait à l'école de Houge Diginier.

      Éclatement de l'affaire : Le premier signalement officiel a lieu le 7 mars 2019.

      L'animateur est suspendu dès le lendemain, le 8 mars.

      Les victimes : Environ 30 enfants ont témoigné de gestes inappropriés.

      Finalement, 13 familles se sont constituées parties civiles pour le procès. Les victimes étaient toutes en classe de maternelle (moins de 6 ans) au moment des faits.

      Le délai judiciaire : Il aura fallu attendre près de sept ans entre les révélations initiales et la tenue du procès devant le tribunal correctionnel de Nantes.

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      2. Les Actes Incriminés et le Mode Opératoire

      Les témoignages des enfants décrivent des pratiques systématiques et l'usage de menaces pour garantir leur silence.

      | Nature des faits rapportés | Détails et témoignages | | --- | --- | | Attouchements | "Guilis" sur le sexe. | | Usage d'objets | Utilisation d'une peluche glissée dans les culottes des enfants. | | Contacts physiques forcés | Bisous imposés, parfois sur la commissure des lèvres. | | Contrainte psychologique | Menaces proférées à l'encontre des enfants pour qu'ils ne parlent pas à leurs parents. |

      L'accusé a toujours nié les faits qui lui sont reprochés.

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      3. Défaillances Institutionnelles et Réactions des Autorités

      Le document source met en évidence une gestion administrative et politique critiquée par les familles.

      Le "déplacement" préventif au lieu de la sanction

      Un élément crucial de l'affaire est l'existence d'un signalement antérieur à l'école de Houge Diginier.

      Une élève de 6ème avait alors dénoncé un baiser forcé de la part de l'animateur.

      Au lieu d'être sanctionné ou écarté, Frédéric a simplement été transféré vers l'école maternelle Chacreux, où il a pu poursuivre ses activités auprès d'enfants plus jeunes.

      L'opacité administrative

      Après les dépôts de plaintes en mars 2019, les parents rapportent une période de "silence radio" :

      L'Éducation Nationale : L'institution s'est dédouanée en affirmant que l'affaire relevait de la mairie, l'accusé étant un employé municipal du secteur périscolaire.

      La Mairie de Rezé : Le maire a été accusé de fuir ses responsabilités.

      Lors d'une réunion de quartier en avril 2019, il a refusé d'intégrer les parents à la réunion publique, les recevant séparément pour affirmer qu'il "n'était au courant de rien".

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      4. Impact Psychologique et Social sur les Familles

      Le témoignage de Nicolas Mabon, père d'une victime alors âgée de 5 ans, illustre les conséquences durables de ces violences.

      Changements comportementaux : La victime est devenue renfermée.

      Le père décrit un "rejet" affectif (refus de câlins, de bisous, peur de rester seule avec lui), nécessitant un suivi psychologique.

      Traumatisme familial : La nécessité pour les parents de s'épauler mutuellement face aux "coups de mou" et à la fatigue mentale générée par l'attente du procès.

      Stigmatisation sociale : Les parents engagés ont dû faire face à l'hostilité d'une partie de la population locale, certains les traitant d'"hystériques" ou de "fous furieux" au motif qu'ils en "rajouteraient".

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      5. Mobilisation Collective : "Les Voix de nos Enfants"

      Face à l'isolement, les parents ont créé le collectif "Les Voix de nos Enfants".

      Objectifs : Alerter l'opinion publique via des distributions de flyers et des manifestations, et s'apporter un soutien mutuel.

      Action judiciaire : Plusieurs familles ont engagé une avocate commune pour structurer leur défense et suivre les procédures complexes.

      Solidarité : Malgré les critiques, le collectif a reçu le soutien d'autres parents d'élèves non directement impactés par les agressions.

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      6. Attentes vis-à-vis du Procès

      Après six ans de combat, les familles abordent le procès avec épuisement mais détermination.

      Objectif de reconstruction : Pour Nicolas Mabon, le procès doit "donner du sens au combat" et constituer une étape dans le processus de réparation des enfants, tout en sachant que les victimes porteront ce traumatisme "jusqu'au bout de leur vie".

      Reconnaissance des faits : L'enjeu majeur reste la confrontation avec l'accusé qui n'a jamais reconnu ses actes, et la validation de la parole des enfants par la justice.

      Lutte globale : Le procès est perçu comme une étape nécessaire dans la lutte contre les violences sexuelles faites aux enfants en milieu scolaire et périscolaire.

    1. Failles et Défis du Système Périscolaire : Un État des Lieux

      Synthèse Opérationnelle

      Le secteur périscolaire en France traverse une crise profonde, mise en lumière par des enquêtes journalistiques récentes, notamment celle de Cash Investigation.

      Longtemps considéré comme l'« angle mort » de l'institution scolaire, ce secteur est marqué par des défaillances systémiques graves : violences sexuelles, méthodes d'encadrement brutales et recrutement précaire.

      Le constat est sans appel : une déconsidération sociale et politique du métier d'animateur conduit à une « profession poubelle » où la sécurité et l'épanouissement des enfants sont parfois compromis.

      La transition vers une professionnalisation réelle, passant par des diplômes qualifiants plutôt que par le seul BAFA, et une revalorisation des conditions de travail (salaires, temps de préparation, stabilité des équipes) apparaissent comme les leviers indispensables pour restaurer le « sanctuaire » de l'école.

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      1. Un Secteur sous Haute Tension : Violences et Dysfonctionnements

      Les récentes révélations de presse ont brisé l'omertà sur des faits de violences sexuelles (attouchements, viols) commis au sein des écoles sur les temps périscolaires (midi, soir, mercredi).

      La Nature des Défaillances

      Gestion aléatoire du personnel : L'enquête souligne des cas où des individus dangereux ne sont pas écartés mais simplement « déplacés » d'une structure à une autre.

      Violences Éducatives Ordinaires (VEO) : Au-delà des crimes sexuels, l'immersion en caméra cachée révèle des brimades quotidiennes : cris, interdiction de parler, privation de repas, ou encore l'extinction des lumières pour obtenir le calme.

      Déni et failles de signalement : Il existe un blocage systémique dans la remontée des informations. La précarité et le turnover empêchent la cohésion des équipes, rendant les signalements plus difficiles par peur des conséquences ou par manque de légitimité perçue.

      L'Impact Médiatique et Politique

      L'enquête de Cash Investigation a provoqué des suites immédiates :

      • Saisine du procureur de la République par le ministère de l'Éducation nationale.

      • Suspension d'animateurs par la Ville de Paris.

      • Lancement d'enquêtes administratives.

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      2. La Précarité Structurelle du Métier d'Animateur

      Le secteur souffre d'un manque de moyens financier et d'une dévalorisation sociale qui impactent directement la qualité de l'accueil.

      Des Conditions de Travail « Catastrophiques »

      | Facteur de Précarité | Description et Conséquences | | --- | --- | | Rémunération | Qualifiée de « salaire de misère », de nombreux animateurs vivent sous le seuil de pauvreté. | | Temps Partiel Subi | Travail en horaires fractionnés (matin, midi, soir). Une amplitude de 12h pour seulement 4 à 6h payées. | | Temps de Préparation | Souvent non rémunéré ou limité (parfois 15% du temps). Sans préparation, l'animation devient une simple « garderie ». | | Turnover Élevé | La difficulté du métier pousse les agents à quitter le secteur, empêchant la consolidation de projets pédagogiques. |

      Le Recrutement « à l'arrache »

      Le manque de personnel force les communes à recruter dans l'urgence. L'immersion d'une journaliste montre un accueil de seulement 6 minutes 30 avant d'être mise en responsabilité face aux enfants, sans présentation de la charte de déontologie ni formation préalable.

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      3. Le Débat sur la Professionnalisation et la Formation

      Un point de tension majeur réside dans la distinction entre l'animation comme « petit boulot » étudiant et l'animation comme métier professionnel.

      BAFA vs Diplômes Professionnels

      Le BAFA (Brevet d'Aptitude aux Fonctions d'Animateur) : Conçu pour un engagement temporaire (lycéens de 16 ans, étudiants).

      Il coûte environ 1 000 € aux communes. Bien que formateur sur le plan humain, il est jugé insuffisant pour gérer l'accueil professionnel quotidien à l'année.

      Les Diplômes Professionnels : Allant du CAP au Master, ils coûtent entre 3 000 € et 9 000 €.

      Ils garantissent des compétences en psychologie de l'enfant, gestion de conflits et ingénierie pédagogique.

      La Tolérance Réglementaire : Le code de l'action sociale autorise 20 % de personnel non diplômé et 50 % de détenteurs du BAFA.

      Les experts plaident pour une loi imposant une majorité de professionnels qualifiés.

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      4. Une Dualité Institutionnelle Conflictuelle

      Le périscolaire cohabite dans les mêmes murs que l'école, mais sans véritable dialogue.

      Le « dernier roue du carrosse » : Les animateurs se sentent souvent méprisés par l'équipe enseignante. Ils sont perçus comme moins formés et moins légitimes, malgré une mission éducative complémentaire.

      Absence de continuité éducative : Bien que des dispositifs comme les Projets Éducatifs de Territoire (PEDT) existent, leur mise en œuvre dépend de la volonté politique locale.

      Sans réunions communes, l'enfant subit une rupture entre le temps scolaire (assis, silencieux) et le temps périscolaire (souvent bruyant et désorganisé).

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      5. Perspectives de Réforme : Le Modèle de la Volonté Politique

      L'enquête démontre qu'une amélioration est possible moyennant un investissement financier modéré.

      L'Exemple de la commune d'HMO : En augmentant de 8 % le budget alloué au périscolaire, cette commune a pu systématiser les temps pleins pour les animateurs (en complétant les heures par d'autres missions municipales) et rémunérer les temps de préparation.

      Vers une compétence obligatoire : Contrairement à l'école, le périscolaire n'est pas une compétence obligatoire pour les communes. Le rendre obligatoire permettrait d'imposer des standards de qualité et d'encadrement nationaux.

      Le rôle de « co-éducateur » : L'animateur doit être reconnu comme un référent pour l'enfant et les familles, capable de développer des compétences (autonomie, confiance en soi) que le cadre scolaire strict ne permet pas toujours d'explorer.

      Citations Clés :

      • « Le périscolaire est clairement l'angle mort de l'école. »

      • « C'est le sanctuaire qui se brise. » (À propos des violences à l'école)

      • « Si ça te fait de la peine [qu'un enfant pleure], c'est pas fait pour toi ce travail. » (Parole d'une employée captée en caméra cachée)

      • « Ça vaut combien l'avenir de nos enfants ? »

    1. Rapport de synthèse : Crise de l'Aide Sociale à l'Enfance et pandémie de prostitution des mineurs

      Résumé exécutif

      Le système de l'Aide Sociale à l'Enfance (ASE), qui a la charge de 400 000 mineurs en France, traverse une crise systémique profonde marquée par des défaillances de protection alarmantes.

      Le constat le plus critique est l'émergence d'une véritable « pandémie » de prostitution des mineurs, touchant au moins 20 000 jeunes, dont 75 % sont issus de l'ASE.

      Les réseaux de proxénétisme exploitent la porosité des foyers et la fragilité psychologique des enfants pour transformer le trafic de mineurs en un commerce plus lucratif et moins risqué que le trafic de stupéfiants.

      Malgré un budget annuel de 11,6 milliards d'euros, l'encadrement fait défaut, la prise en charge thérapeutique est quasi inexistante, et les procédures judiciaires actuelles ne permettent pas de garantir les droits fondamentaux de l'enfant.

      Des réformes urgentes, incluant la désinstitutionnalisation et une coordination nationale interministérielle, sont préconisées pour enrayer ce désastre social.

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      I. La prostitution des mineurs : Une réalité pandémique

      La prostitution des mineurs en France n'est plus un phénomène marginal mais une crise de santé publique et de sécurité.

      1. Statistiques et profils

      Volume : On estime à 20 000 le nombre de mineurs se livrant à la prostitution (statistique basse).

      Origine : 75 % de ces enfants sont ou ont été pris en charge par l'ASE.

      Milieux sociaux : Bien que les enfants placés soient les plus vulnérables, le phénomène touche tous les milieux (enfants de cadres, médecins, ouvriers).

      Facteurs de vulnérabilité : 90 % des victimes ont subi des traumatismes initiaux (agressions sexuelles, harcèlement scolaire, difficultés familiales).

      2. Méthodes de recrutement et d'exploitation

      Les réseaux criminels ont industrialisé le recrutement en s'appuyant sur le numérique et la manipulation psychologique :

      Le "Scrolling" : Les proxénètes traquent les profils fragiles sur TikTok et Snapchat.

      La technique du "Lover Boy" : Utilisation de l'affectif pour attirer des jeunes filles en manque de repères.

      Le piège de la dette : Les victimes sont hébergées et nourries (souvent avec de la drogue), puis se voient réclamer des sommes exorbitantes (ex: 6 000 €) les obligeant à se prostituer pour « rembourser ».

      La mobilité : Pour échapper à la police, les réseaux organisent des tournées de ville en ville (Nîmes, Montélimar, Carcassonne) tous les 2 ou 3 jours.

      3. Mutation du crime organisé

      Le trafic de mineurs remplace progressivement le trafic de stupéfiants pour certains réseaux :

      Rentabilité : Les enfants sont considérés comme des « marchandises » extrêmement rentables.

      Risque réduit : Moins de conflits armés entre bandes et des sanctions perçues comme moins dissuasives.

      Logistique simplifiée : Les proxénètes utilisent souvent les foyers de l'ASE comme lieux de « stockage », venant chercher les mineurs à la sortie des établissements ou y pénétrant librement.

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      II. Défaillances structurelles de l'Aide Sociale à l'Enfance (ASE)

      Le cadre de protection offert par les départements est jugé gravement insuffisant, voire dangereux dans certains cas.

      1. Insécurité des lieux de placement

      Porosité des foyers : Les structures sont souvent « ouvertes », permettant des intrusions extérieures et des sorties non contrôlées de mineurs vulnérables durant la nuit.

      Manque d'encadrement nocturne : De nombreux établissements ne disposent que d'un gardien de nuit pour 10 à 20 enfants, sans personnel éducatif qualifié.

      2. Crise des métiers de l'éducation

      Le secteur souffre d'un déclassement professionnel et budgétaire :

      Baisse du niveau de qualification : Les éducateurs spécialisés (Bac+3) sont remplacés par des moniteurs-éducateurs ou des agents moins formés (AMP) pour des raisons d'économie.

      Taux d'encadrement : Il n'existe pas de norme nationale. Un éducateur peut avoir la charge de 14 enfants, rendant tout suivi qualitatif impossible.

      Turnover : L'instabilité des équipes empêche la création de liens de confiance durables avec les enfants.

      3. Violences institutionnelles

      L'actualité a mis en lumière des dérives graves, comme le cas d'un enfant de 8 ans tondu par une éducatrice en guise de punition, sous les moqueries d'autres travailleurs.

      Ces faits, bien que signalés, mettent parfois des mois à entraîner des sanctions judiciaires ou administratives, illustrant une forme d'inertie systémique.

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      III. Obstacles juridiques et institutionnels

      Le système judiciaire actuel est critiqué pour son incapacité à protéger efficacement les droits des enfants.

      | Problématique | Détails et conséquences | | --- | --- | | Accès au dossier | Les avocats des familles n'ont pas toujours accès à l'intégralité du dossier lors des audiences. | | Droit de réponse | Dans les procédures devant le juge des enfants, le juge n'a pas l'obligation de répondre aux demandes légitimes des parents (ex: droits de visite). | | Absence de contre-expertise | Les décisions se basent souvent sur des enquêtes sociales qu'il est impossible de contester par une contre-expertise indépendante. | | Représentation de l'enfant | L'absence d'avocat obligatoire pour l'enfant est vue comme une faille majeure. Une proposition de loi vise à rendre cette présence systématique. |

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      IV. Enjeux de santé et perspectives de réforme

      La prise en charge de l'enfance protégée nécessite une mutation profonde vers le soin et la prévention.

      1. Le désastre sanitaire

      Les statistiques révèlent un impact massif sur la santé des enfants placés :

      Espérance de vie : Inférieure de 20 ans à la moyenne nationale.

      Santé mentale : Un enfant sur deux hospitalisé en psychiatrie est issu de l'ASE.

      Scolarité : Seuls 12 % obtiennent le baccalauréat.

      2. Le besoin de soins spécialisés

      Il existe une nécessité urgente de créer des « forfaits de soins » et des structures dédiées au traitement des traumatismes complexes.

      Sans investissement massif dans le soin psychiatrique et psychologique, les enfants restent des proies faciles pour les réseaux criminels.

      3. Propositions de réforme

      Désinstitutionnalisation : Privilégier le placement dans la famille élargie (tantes, grands-parents) plutôt qu'en foyer collectif, afin de limiter la violence du déracinement.

      Coordination nationale : Créer un organe de pilotage interministériel (Santé, Justice, Éducation, Intérieur) pour harmoniser les politiques départementales, sur le modèle de la CNSA pour le handicap.

      Renforcement répressif : Augmenter le nombre de brigades spécialisées dans le proxénétisme des mineurs (actuellement limitées à trois pour toute la France).

      Transparence budgétaire : Auditer les 11,6 milliards d'euros alloués à l'ASE pour s'assurer que les fonds atteignent directement l'encadrement et le soin des enfants.

      En conclusion, le constat est celui d'un "match perdu" contre les réseaux de prostitution si une mobilisation nationale immédiate n'est pas engagée pour restaurer l'obligation de résultat en matière de protection de l'enfance.

    1. Violences Sexuelles en Milieu Scolaire et Périscolaire : Analyse des Défaillances de Protection et Perspectives de Réforme

      Résumé Exécutif

      La persistance et la multiplication des affaires de violences sexuelles contre les enfants au sein des institutions scolaires et périscolaires révèlent une crise systémique profonde.

      Malgré une libération de la parole et des rapports d'experts alarmants (notamment ceux de la Civise), la protection de l'enfance se heurte à un manque chronique de volonté politique et de moyens financiers.

      Le constat est sans appel : les structures de recrutement sont défaillantes, la formation des personnels est quasi inexistante, et une culture de l'omerta ou de la préservation de la réputation institutionnelle prime trop souvent sur la sécurité des mineurs.

      Le coût de cette inaction est estimé à 9,7 milliards d'euros pour la société.

      Pour inverser cette tendance, une refonte totale de la chaîne de protection est nécessaire, allant du contrôle rigoureux des antécédents à l'éducation affective précoce, en passant par une justice transitionnelle axée sur la réparation et la prévention.

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      1. Un Constat Alarmant : Les Défaillances du Système Actuel

      Les récentes révélations, notamment à Paris, mettent en lumière l'ampleur du risque au sein des services censés protéger les enfants.

      1.1. L'Urgence en Milieu Périscolaire

      Bilan 2025 à Paris : 19 suspensions d'animateurs pour des accusations de faits à caractère sexuel sur mineurs.

      Conditions de travail dégradées : Les syndicats dénoncent des sous-effectifs quotidiens (jusqu'à 1 adulte pour 60 enfants), rendant toute surveillance réelle impossible.

      Recrutements précaires : Des enquêtes révèlent des processus d'embauche de moins de 10 minutes, sans vérification systématique des qualifications ou du casier judiciaire dans certaines académies.

      1.2. Le Manque de Formation et de Ressources Humaines

      Les professionnels au contact des enfants soulignent un vide pédagogique majeur :

      Absence de formation continue : Des enseignants avec 22 ans d'expérience témoignent n'avoir jamais reçu de formation spécifique sur la prise en charge de la parole de l'enfant.

      Désert médical et social scolaire : Pénurie critique de médecins scolaires, de psychologues et d'assistantes sociales, limitant les capacités de détection précoce des traumatismes.

      Suivi médical inexistant : Un enseignant peut effectuer l'intégralité de sa carrière sans jamais rencontrer un médecin du travail après sa visite d'embauche.

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      2. Analyse de la Volonté Politique et Institutionnelle

      L'analyse des experts suggère que le problème n'est pas juridique, mais opérationnel et culturel.

      2.1. L'Inertie face aux Recommandations

      Arnaud Galet, anthropologue, souligne l'inaction publique malgré les preuves accumulées :

      Rapports ignorés : Sur les 82 préconisations de la Civise, une seule a été retenue (la poursuite de la commission elle-même).

      Coût de l'inaction : Le dysfonctionnement de la protection de l'enfance coûte 9,7 milliards d'euros par an à la collectivité, en raison des conséquences psychotraumatiques à long terme.

      Responsabilité déléguée : L'État délègue la gestion aux collectivités sans exercer de tutelle efficace en cas de dysfonctionnements graves.

      2.2. Les Piliers de la Justice Transitionnelle

      Pour répondre aux crimes de masse (11 % de la population française victime d'inceste), Arnaud Galet préconise une approche basée sur quatre piliers inspirés de l'ONU :

      | Pilier | Objectif | | --- | --- | | Vérité | Faire toute la lumière sur ce qui se passe dans les institutions (écoles, périscolaire). | | Justice | Adapter l'appareil judiciaire pour qu'il soit réellement protecteur. | | Réparation | Inclure le soin psychologique et la réparation collective pour la société. | | Prévention | Garantir la non-répétition par la formation obligatoire et l'écoute des victimes. |

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      3. Les Obstacles Judiciaires : L'Héritage d'Outreau

      Le cadre juridique français a été amélioré (allongement des délais de prescription), mais l'application se heurte à un traumatisme historique.

      Le "Spectre d'Outreau" : L'affaire judiciaire des années 2000 a tétanisé l'institution. Il en résulte un doute systématique face à la parole de l'enfant, perçue comme "friable" ou sujette à l'affabulation.

      Chute des condamnations : Entre l'après-Outreau et 2016, les condamnations pour viol sur mineurs ont chuté de 40 %.

      Primauté de la réputation : Les institutions ont tendance à privilégier la réputation de l'adulte ou de l'établissement sur la sécurité immédiate de l'enfant.

      Victimisation secondaire : Les procédures imposent souvent aux enfants de répéter leurs propos ou de subir des confrontations traumatisantes, décourageant les signalements.

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      4. Prévention et Traitement de la Prédation

      La compréhension des profils d'agresseurs et la mise en place de barrières de sécurité sont essentielles.

      4.1. Réalité de la Prédation

      Invisibilité des profils : Les agresseurs ne sont pas des "monstres" identifiables visuellement, mais souvent des individus intégrés, parfois très appréciés professionnellement.

      Lien avec la pédopornographie : Les études montrent une forte corrélation entre la consommation d'images pédopornographiques et le passage à l'acte physique (moyenne d'âge de la victime : 4 ans).

      L'IA, nouvelle menace : L'émergence de logiciels permettant de créer des contenus pédocriminels via l'intelligence artificielle complique la tâche des forces de l'ordre.

      4.2. Dispositifs de Prise en Charge des Auteurs

      Il existe des initiatives pour prévenir le passage à l'acte, bien que sous-financées :

      Numéro "STOP" (0806 23 10 63) : Une ligne d'écoute gérée par des professionnels de santé pour les personnes ayant des penchants pédophiles.

      Expériences étrangères : En Allemagne et au Royaume-Uni, des thérapies cognitives et des suivis pharmacologiques (traitements anti-androgènes) ont permis de faire baisser significativement les taux de récidive.

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      5. Perspectives : Vers une Culture de la Protection

      5.1. Éducation Affective et Relationnelle

      Le déploiement de programmes d'éducation à la vie affective et sexuelle, de la maternelle au lycée, est une étape clé.

      Objectifs : Apprendre à l'enfant la conscience de son corps, la notion de consentement et l'identification des adultes de confiance.

      Défis : Ces programmes souffrent encore d'un manque de formation des enseignants pour les dispenser et de contestations idéologiques.

      5.2. Mesures d'Urgence Proposées

      Audits systématiques : Réaliser des audits de sécurité dans tous les établissements scolaires et périscolaires.

      Principe de précaution : Appliquer une suspension administrative immédiate dès le signalement, tout en respectant la présomption d'innocence par un accompagnement adapté, afin de ne jamais laisser un enfant au contact d'un agresseur potentiel.

      Professionnalisation : Revaloriser les métiers de l'animation pour attirer des profils qualifiés et instaurer des contrôles d'honorabilité rigoureux et réguliers.

      Citation clé : "Plus de 9 fois sur 10, on dit à un enfant : 'Je te crois, mais je ne te protège pas', voire 'Tu es un menteur'. Il faut passer d'une logique à hauteur d'adulte à une logique à hauteur d'enfant." — Arnaud Galet.

    1. Vers une École Éclatée : Les Réseaux d’Échanges Réciproques de Savoirs (R.E.R.S.) et le Territoire Apprenant

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise les réflexions de Claire Héber-Suffrin, pionnière des Réseaux d’Échanges Réciproques de Savoirs (R.E.R.S.), sur la transformation nécessaire de l'institution scolaire.

      La thèse centrale propose de briser l'isolement de l'école en la muant en un "territoire apprenant".

      Cette mutation repose sur le passage d'une logique de besoins à une logique de partage de ressources, où chaque individu — élève, enseignant, personnel administratif ou acteur local — est reconnu à la fois comme porteur de savoirs et comme apprenant.

      En s'appuyant sur la réciprocité et la reconnaissance, cette approche vise non seulement à améliorer les performances académiques par le sens, mais aussi à lutter contre le déterminisme social et à favoriser une culture de la coopération territoriale.

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      1. La Redéfinition du Territoire Apprenant

      La transition vers une école ouverte nécessite un changement de paradigme concernant la notion même de "territoire".

      De la géographie à la ressource : Habituellement, un territoire est perçu comme un espace géographique répondant à des besoins (santé, éducation, emploi).

      L'approche de Claire Héber-Suffrin inverse cette logique : le territoire est le résultat du partage de ressources (savoirs, expériences, projets, utopies).

      La richesse des "savoirs cachés" : Le territoire n'est pas une somme de manques, mais un gisement de compétences sous-estimées.

      L'exemple de l'ouvrier chauffagiste d'Orly illustre cette dynamique : en étant sollicité par une classe pour expliquer son métier, il passe du statut d'exécutant à celui de détenteur d'un savoir valorisé, capable d'évaluer et de transmettre.

      Sortir du cadre : La créativité et l'intelligence des situations émergent dès que l'on sort du cadre préétabli. L'apprentissage ne doit plus être cloisonné par les murs de l'école mais s'ancrer dans le réel.

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      2. Les Trois Étapes de la Transformation Systémique

      Pour un chef d'établissement, la mise en œuvre de cette transformation s'articule autour de trois axes fondamentaux :

      | Étape | Action Centrale | Objectif | | --- | --- | --- | | 1\. Réflexion Partagée | Inverser les représentations sur le territoire. | Passer d'une vision centrée sur les "manques" à une vision centrée sur les "richesses" et les ressources locales. | | 2\. Reconnaissance Interne | Identifier les savoirs au sein de l'établissement. | Faire prendre conscience aux élèves et aux personnels (enseignants, administratifs, agents) qu'ils sont tous porteurs d'intelligence et de savoir-faire. | | 3\. Ouverture Partenariale | Organiser des rencontres avec des acteurs externes. | Solliciter des associations, des foyers de travailleurs, des maisons de retraite non pour un partenariat formel, mais pour un partage de savoirs concrets. |

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      3. La Pédagogie de la Réciprocité

      Le cœur du système R.E.R.S. est la réciprocité, qui redéfinit les rapports de force et les processus cognitifs.

      La parité relationnelle

      Il ne s'agit pas de nier la hiérarchie fonctionnelle (nécessaire à l'institution), mais d'instaurer une parité relationnelle.

      Chacun est alternativement celui qui accompagne et celui qui est accompagné. Cette dynamique crée un droit égal pour tous de donner et de recevoir.

      Les bénéfices cognitifs du partage

      Le fait de transmettre un savoir modifie l'activité mentale de l'apprenant :

      La préparation : Celui qui offre un savoir doit se remémorer son propre apprentissage, identifier ses limites et reformuler sa pensée.

      La parole intrapersonnelle : Selon le concept cité de Philippe Meirieu, enseigner à autrui transforme une parole interpersonnelle en parole intrapersonnelle. On se parle à soi-même du savoir pour mieux le transmettre, ce qui consolide l'appropriation.

      Le savoir cherché vs le savoir subi : Lorsque l'apprentissage répond à un besoin réel (ex: construire un chalet ou calculer les coûts d'un foyer de travailleurs), l'effort cognitif devient une démarche active et désirée.

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      4. Lutte contre le Déterminisme Social

      L'école éclatée agit comme un levier puissant contre l'enfermement social et l'échec scolaire.

      Changer le regard sur soi : Les élèves étiquetés "en difficulté" intègrent souvent cette identité négative.

      La reconnaissance d'un talent (comme l'exemple de l'élève Brigitte excellant en danse) peut dédramatiser l'apprentissage global et servir de tremplin vers les matières académiques.

      La conscience des manques comme moteur : Apprendre à identifier ses propres ignorances sans honte est une étape cruciale.

      Si tout le monde est ignorant de quelque chose, le manque n'est plus une marque d'infériorité mais une opportunité de relation et de curiosité.

      Élargissement des réseaux : En apprenant à construire des réseaux multiples (culturels, sociaux, ethniques), les élèves sortent de leur "clapier" social et développent un esprit critique et une autonomie durable.

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      5. Stratégies de Mise en Œuvre pour les Cadres Éducatifs

      Face à la complexité administrative, le document suggère des approches pragmatiques :

      "Commencer bébé" : Ne pas viser une transformation totale immédiate. Il est conseillé de débuter avec des volontaires et des projets à petite échelle.

      La triangulation stratégique :

      1. Se relier : Créer des liens avec des experts et des pairs qui savent "autrement".   

      2. Apprendre : Le responsable doit lui-même rester dans une posture d'apprenant face à son rôle et son environnement.   

      3. Essayer : Valoriser l'essai et l'erreur comme étapes nécessaires de l'innovation.

      Le projet enthousiasmant : La complexité organisationnelle est mieux acceptée lorsqu'elle est au service d'un projet porteur de sens (voyages, constructions réelles, expositions territoriales).

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      6. Conclusion : De la Bienveillance à la Reconnaissance

      Le document conclut sur une distinction fondamentale entre la bienveillance, qui peut glisser vers la condescendance, et la reconnaissance.

      La reconnaissance au sein de l'école remplit trois fonctions vitales :

      1. Relecture positive de l'histoire : Prendre en compte le parcours de chacun.

      2. Construction de la présence : Valoriser la présence physique et humaine d'autrui dans un monde de plus en plus distanciel.

      3. Fonction de tremplin : "Puisque j'ai réussi ceci, je peux essayer autre chose."

      L'objectif ultime est de transformer la culture scolaire en une "culture apprenante", où l'école devient le point de rassemblement et le ferment d'une société plus solidaire et coopérative.

    1. pasiva morfológica, que funcionaba tan bien en latín y que se usa a diestro ysiniestro en inglés o en alemán, nunca cuajó en las lenguas románicas.

      Me llama la atención que esta forma pasiva no se haya adaptado a las lenguas románicas, aunque en otras lenguas sí sea común. Es interesante ver cómo cada idioma evoluciona de manera distinta.

    2. Las frases negativas son difíciles de entender, porque requieren más atención ytiempo que las afirmativas.

      Me parece interesante esto que menciona el autor, ya que nunca había pensado que una frase negativa requeriría mucho más análisis únicamente por llevar un “no”.

    3. a gramática condena el llamado gerundio copulativo o de posteridad: el queequivale a una oración coordinada con y y que expresa un tiempo posterior al del verboprincipal.

      Me llama la atención cómo el autor utiliza la palabra "condena", ya que nos da a entender que es un no rotundo o que usar el gerundio de esta forma puede resultar muy mal.

    4. La Vanguardia, La Voz de Galicia, Avui; pero no TVE en Mendieta, 1993) rechazanotras construcciones con gerundio: el anglicismo estar siendo + participio (*La oferta estásiendo discutida); el llamado gerundio de «Boletín del Estado» (*Se ha votado unaenmienda regulando...); las ambigüedades; y, en general, expresan bastantesprevenciones respecto a su uso y su abuso

      Tenía conocimiento previo de que sobrecargar un texto con gerundios podría resultar erróneo, pero no conocía que había restricciones tan específicas que existían al momento de utilizarlos.

    5. En cambio, si la prosa esconde a losprotagonistas semánticos en construcciones impersonales o pasivas, el discurso pierdefuerza

      Coincido con lo que afirma el autor, ya que cuando no se identifica claramente quién realiza la acción, el lector puede perder el hilo del texto.

    6. Seproduce un cierto «suspense» en la lectura, porque las ideas empezadas —súbitamenteinterrumpidas por un dato complementario relacionado con la oración básica— noterminan hasta el final del inciso.

      Esto me recuerda a cómo en muchos textos literarios utilizan el suspenso para generar expectativa en el lector. Sin embargo, en textos académicos puede ser desventajoso si llega a afectar la claridad.

    7. Por ello, parece lógico que la información importante del texto,que tendría que vehicularse en la frase principal, ocupe siempre esta posiciónpreeminente.

      Este planteamiento del autor contrasta, en mi opinión, con muchos textos jurídicos o administrativos, ya que, a diferencia de lo que menciona Cassany, estos suelen colocar la información o la idea principal al final de la oración. Esto puede dificultar la comprensión, porque el lector debe leer todo el enunciado antes de entender el punto central.

    8. Pero sospecho que aveces no se trata de una elección personal, sino de limitaciones verbales y, al fin y alcabo, de incapacidad para expresar ideas intrincadas una detrás de otra, de manerasimple y comprensible

      Me siento identificado con lo que menciona el autor en este punto, ya que a veces me sucede que, cuando no sé cómo expresar una idea con claridad, termino escribiendo textos muy rebuscados. Esto me hace pensar que no siempre se trata de querer sonar más culto, sino de no saber organizar las ideas de manera simple y comprensible.

    9. Este estilo vacío de la izquierda, supuestamente formal y culto, sólo consiguedificultar la comunicación.

      Muchas veces, cuando escribo párrafos, tiendo a añadir información o palabras innecesarias para que el texto suene más culto. Sin embargo, este fragmento me hace reflexionar sobre cómo ese estilo puede terminar entorpeciendo la comunicación con el lector.

    10. recomienda refrescar la memoria del lectorrepitiendo la última palabra de la frase después del inciso

      Esta recomendación me parece muy útil, ya que muchas veces se me olvida rápidamente lo que estoy leyendo cuando la oración es extensa. Repetir únicamente la última palabra después del inciso permite refrescar la memoria del lector sin necesidad de repetir toda la frase, lo que hace el texto más claro y eficiente.

    11. La frase principal quedacamuflada entre tantas ramificaciones y al lector le cuesta identificarla

      En mi opinión, cuando ya no puedes encontrar la frase principal, va a ser difícil entenderla, ya que no vas a saber de qué está hablando.

    12. Además, la comunicación depende también de otros factorescomo el nivel cultural del lector destinatario o el tema del texto

      Lo que menciona aquí el autor es muy importante porque esto determina que grupo de personas será capaz de comprender el texto.

    13. Por un lado, la capacidad media de la memoria a corto plazo esde 15 palabras; o sea, nuestra capacidad para recordar palabras, mientras leemos,durante unos pocos segundos, es muy limitada

      Esto me parece interesante, ya que explica el por qué me pierdo muchas veces cuando estoy leyendo; ocurre más cuando leo en digital.

    14. Tengo que reconocer que resulta más difícil entender una oración sola, sacada decontexto, sin conocer previamente el tema de qué trata

      El autor tiene toda la razón, entender una oración o frase sin un contexto previo es complicado.

    15. «las cláusulas largas, las cuales con su excesivo número de conjunciones ypronombres relativos, hacen el estilo confuso, lánguido y pesado»

      Estoy de acuerdo con el autor porque los textos con oraciones muy largas me cansan y me dificultan la comprensión. A veces tengo que releer varias veces para entender la idea principal, lo que demuestra que la claridad es fundamental en la escritura.

    16. Quien quiera entrenarsepuede tapar con un papel la columna de la derecha e intentar mejorar la frase por sucuenta.

      El método que sugiere el autor me parece entretenido y eficiente, puesto que este tipo de ejercicios interactivos ayudan más que solo leer.

    17. Constituyen una oración los enunciados que organizan todos sus constituyentes enrelación con un verbo conjugado en forma personal.

      Me parece interesante lo que menciona, ya que en el colegio aprendí que el verbo es el núcleo de la oración. Esto es importante porque muchas veces se escribimos oraciones incompletas.

    1. Transition to modern information science

      A lo largo de la historia la Ciencia de la Información ha requerido cambiar y adaptarse a las revoluciones sociales y tecnológicas características de cada tiempo, como desde la antigüedad para su almacenamiento, desde la imprenta para la difusión y para hoy en internet, cosa que no ha sido sencilla en ninguna de las tres situaciones, relacionado con eso varios personajes caracteristicos han visto la necesidad de aportar a esta ciencia para el desarrollo de la humanidad en los diferentes sectores de las sociedades pero principalmente en la ciencia en general, por su forma de difusión y comunicación.

    2. Information science operates busily on an ocean of commonsense practical applications

      El manejo de la información no solo se relega a una forma practica sino que en ella recae la la responsabilidad de dirigir las dinámicas que se ejercen con la información misma y al rededor de esta, calificar a la ciencia de la información como una disciplina meramente practica ignora todos los aspectos que la conforman que se ven presentes en organizaciones de todas las indoles y todas los tamaños alrededor del mundo

    1. All students feel they ee ikea jearning to become responsible community members, critic , problem sok ers. fA range O f culturally conn

      I have been reading more about belonging and the importance of belonging for not only students but also staff in a school community. I believe strongly in supporting in this way.

    1. ] capital comienza por subordinar al trabajo bajo lascondiciones técnicas en que, histéricamente, lo encuentra.No cambia inmediatamente, pues, el modo de producci6n.La produccion de plusvalor en la forma considerada hastaaqui, mediante la simple prolongacién de la jornada labo-ral, se presenta por ende como independiente de todocambio en el modo de produccién mismo. No era menosefectiva en Ja arcaica industria panadera que en Ja hilan-deria moderna de algod6n.

      Aquí nuestro camarada Carlos alude a la situación actual de Argentina donde la jornada de trabajo se acaba de aprobar por 12hrs.

    1. Briefing : Violences Sexuelles et Failles Institutionnelles au sein de l'Éducation Nationale

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise les révélations liées à l'affaire Pascal V. au lycée Bayen de Châlons-en-Champagne, ainsi que les défaillances systémiques de l'Éducation nationale face aux prédateurs sexuels en son sein.

      L'analyse met en lumière une culture de l'omerta et du "pas de vague" qui a permis à un enseignant d'abuser de dizaines d'élèves pendant plus de 25 ans.

      Malgré des alertes répétées dès 1997, la hiérarchie (proviseurs, inspecteurs et recteurs) a systématiquement échoué à protéger les mineurs, privilégiant la protection de l'institution et la présomption d'innocence au détriment de la sécurité des élèves.

      Le document souligne également le traitement punitif réservé aux lanceurs d'alerte, contrastant avec la promotion des cadres ayant failli à leurs obligations professionnelles et légales (Article 40 du code de procédure pénale).

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      1. L'Affaire Pascal V. : Un Prédateur Protégé par l'Institution

      Profil et Modus Operandi

      Pascal V., professeur agrégé de lettres et de théorie du cirque au lycée Bayen, a exercé une emprise sur ses élèves de 1997 à 2023.

      Son profil intellectuel et charismatique lui servait de bouclier :

      Manipulation intellectuelle : Il utilisait la littérature (notamment Céline) pour introduire des thématiques sexuelles crues et valorisait les garçons sur leur physique tout en dénigrant la féminité des filles.

      Emprise et isolement : Il invitait les élèves chez lui sous prétexte de discuter de leurs copies, les forçait à l'accepter sur les réseaux sociaux et exigeait des photos suggestives.

      Violences et sévices : Les témoignages font état de viols, de fellations forcées, de séquestrations et de tortures physiques (trombones sous les ongles, peau découpée) sous couvert d'apprentissage de la douleur.

      Usage de drogues : Plusieurs victimes suspectent d'avoir été droguées lors de soirées chez l'enseignant avant de subir des abus dont elles n'ont que des souvenirs fragmentaires.

      La Longévité de l'Omerta

      Les premiers signalements remontent à la fin des années 90 :

      1997 : Un conseiller principal d'éducation (CPE) et une professeure de mathématiques sont informés d'une relation entre Pascal V. et un élève de 16 ans. L'enseignant qualifie l'acte de "consenti".

      2000 : Lors d'un voyage en Italie, un intervenant extérieur (Bernard Namura) surprend un élève en détresse et dénonce les faits aux collègues présents, qui décident de "surveiller" l'enseignant sans plus de suite.

      2016 : La proviseure Catherine Corvélec reçoit un courrier anonyme signalant les comportements suspects de Pascal V. Son supérieur hiérarchique lui conseille une simple "vigilance" faute d'éléments tangibles.

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      2. Les Défaillances de la Chaîne Hiérarchique (2021-2023)

      Le combat de Marie Jacard, professeure de cirque et lanceuse d'alerte, révèle l'incapacité du rectorat de Reims à réagir, même face à une accumulation de preuves.

      Le Rôle des Cadres Locaux

      Le rapport de l'Inspection Générale (IGÉSR), bien que confidentiel, pointe des manquements graves :

      Sabine Bonet (Proviseure) : Elle est accusée de ne pas avoir transmis les informations à sa hiérarchie entre 2021 et 2023, refusant d'entendre les témoignages d'anciens élèves et minimisant l'affaire.

      Les Inspectrices Académiques : Elles ont maintenu l'alerte dans un "cercle à trois" avec la proviseure, omettant d'en informer le cabinet du recteur et décrédibilisant la lanceuse d'alerte.

      Non-application de l'Article 40 : Aucun des responsables informés n'a fait de signalement immédiat au procureur, une obligation légale pour tout fonctionnaire témoin d'un crime ou délit.

      L'Inaction du Rectorat

      Le recteur de l'époque, Olivier Brandouy, a qualifié la situation de "chamaillerie locale" et a invoqué la présomption d'innocence pour justifier l'absence d'enquête administrative interne, alors que celle-ci n'est pas conditionnée par un dépôt de plainte.

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      3. Conséquences : Impunité des Cadres et Sanction de l'Alerte

      Une analyse des trajectoires professionnelles après l'éclatement du scandale montre une inversion des responsabilités :

      | Individu | Rôle dans l'affaire | Issue professionnelle | | --- | --- | --- | | Pascal V. | Prédateur présumé | Suicide en décembre 2023 avant son arrestation. | | Sabine Bonet | Proviseure (a couvert les faits) | Promue dans un lycée prestigieux à Évian. | | Olivier Brandouy | Recteur (inaction) | Promu directeur adjoint de cabinet du Ministre, puis conseiller au Premier Ministre. | | Inspectrices | Rétention d'information | Obtention des Palmes académiques et nominations honorifiques. | | Marie Jacard | Lanceuse d'alerte | Décrédibilisée, poussée à la mutation, perte de 50% de son salaire. |

      Marie Jacard a subi un harcèlement institutionnel : dénigrement de son travail pédagogique, accusation de rivalité personnelle avec Pascal V. et mutation forcée sans poste équivalent à ses compétences.

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      4. Un Phénomène Systémique : De Villefontaine à Châlons

      L'affaire Bayen n'est pas isolée. L'Éducation nationale semble appliquer un schéma récurrent de protection de l'institution au détriment des enfants :

      L'Affaire Romain Farina (2015) : Un instituteur a violé plus de 40 élèves en 15 ans.

      Le rectorat de l'Isère était au courant d'une plainte dès 2001, mais l'enseignant a été muté six fois, accédant même au poste de directeur d'école. Farina s'est également suicidé en prison.

      Le Rapport Parlementaire (2024) : Les députés Violette Spielbout et Paul Vanier dénoncent une "défaillance majeure de l'État" dans le contrôle et la prévention.

      Leur rapport de 330 pages et 50 recommandations appelle à une révolution structurelle du ministère.

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      5. Conclusions et Perspectives Judiciaires

      Le suicide de Pascal V. a privé les victimes d'un procès pénal et d'une reconnaissance judiciaire de leur statut.

      En réponse :

      1. Recours Administratif : Les victimes et leurs familles attaquent l'État devant le tribunal administratif pour faute lourde, visant le mutisme et l'inaction organisée de l'administration.

      2. Enquête pour Non-Dénonciation : L'ex-recteur Olivier Brandouy fait l'objet d'une enquête pour non-dénonciation de crime.

      3. Exigence de Sanctions : Les collectifs de victimes réclament que les cadres ayant failli à l'article 40 soient révoqués et non promus, afin de rompre le cycle de l'omerta institutionnelle.

      L'institution est comparée à l'Église dans sa volonté de placer l'autorité au-dessus de la vérité, transformant les lanceurs d'alerte en "moutons noirs" pour préserver une image de stabilité illusoire.

    1. Synthèse de la liaison école-collège : Enjeux, pilotage et leviers opérationnels

      Résumé exécutif

      La liaison école-collège s'inscrit dans un cadre législatif défini par la loi de refondation de l'école de 2013, visant à lisser la rupture entre le premier et le second degré.

      L'enjeu central est d'assurer une continuité pédagogique, didactique et éducative pour sécuriser le parcours de l'élève, particulièrement lors du passage du CM2 à la 6ème.

      Cette transition est marquée par des ruptures structurelles (organisation du temps et de l'espace) et culturelles (polyvalence des professeurs des écoles versus spécialisation disciplinaire au collège).

      Le pilotage de cette liaison repose sur deux instances clés : le Conseil école-collège, tourné vers le pilotage stratégique, et le Conseil de cycle 3, axé sur la progressivité pédagogique.

      L'efficacité de ce dispositif dépend de la capacité des acteurs (IEN, chefs d'établissement, enseignants) à construire une culture commune, à s'appuyer sur des données objectives (évaluations nationales) et à mobiliser des outils innovants tels que le « Pacte enseignant », les laboratoires de mathématiques ou le dispositif « Devoirs faits ».

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      1. Cadre institutionnel et instances de concertation

      La loi de 2013 a institutionnalisé la nécessité de renforcer la coopération entre les écoles et les collèges pour atténuer la rupture de fin de scolarité primaire.

      Les deux instances piliers

      | Instance | Composition et Présidence | Missions principales | | --- | --- | --- | | Conseil école-collège | Co-présidé par le principal du collège et l'IEN de circonscription. Inclut des professeurs des deux degrés. | Définir les actions de coopération inter-degré et assurer le pilotage stratégique de la transition. | | Conseil de cycle 3 | Enseignants de CM1, CM2 et 6ème. Le président est élu parmi les membres. | Définir la partie pédagogique du projet de cycle et assurer la progressivité des apprentissages du CM vers la 6ème. |

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      2. Analyse des ruptures et obstacles à la continuité

      Le passage au collège est décrit comme une période de transition où l'élève passe du statut de "plus grand de l'école" à celui de "plus jeune du collège". Plusieurs types de ruptures sont identifiés :

      Rupture environnementale et organisationnelle : Passage d'une unité de temps et de lieu (la classe unique) à un emploi du temps segmenté, impliquant une multiplicité d'intervenants et de lieux.

      Rupture didactique : Passage d'un enseignant polyvalent à une culture disciplinaire forte où chaque professeur a ses propres exigences et méthodes (multiplicité des "contrats didactiques").

      Obstacles professionnels :

      ◦ Différences statutaires (les 108 heures de concertation dans le premier degré n'ont pas d'équivalent formel strict dans le second degré). 

      ◦ Questions de légitimité réciproque entre les enseignants des deux degrés.

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      3. Le pilotage pédagogique : outils et indicateurs

      Un pilotage efficace doit s'éloigner du simple "ressenti" pour s'appuyer sur des données robustes.

      Les leviers du pilotage

      Évaluations Nationales : Elles constituent un outil essentiel pour objectiver les besoins des élèves du CP à la 4ème.

      Elles permettent d'adapter les réponses pédagogiques (soutien ou approfondissement).

      Livret Scolaire Unique (LSU) : Outil de traçabilité qui permet au collège de connaître le parcours antérieur et les acquis de chaque élève.

      Dialogue de pilotage pédagogique : Expérimentation (notamment dans l'académie de Strasbourg) réunissant IEN et chefs d'établissement pour travailler sur des thématiques transversales : école inclusive, alliance avec les familles, travail personnel de l'élève.

      "La liaison école-collège est souvent installée et vit là où le pilotage est conjoint entre le chef d'établissement et l'IEN." — Jean-Baptiste Rota, IA-DASEN adjoint.

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      4. Dispositifs et actions de terrain

      La liaison se manifeste par des actions concrètes visant à sécuriser les trajectoires de réussite.

      Dispositifs clés

      Devoirs faits : Généralisé en 6ème, ce dispositif vise à l'autonomie. L'intervention de professeurs des écoles au collège via le "Pacte" permet d'apporter une expertise transversale sur la manière d'apprendre.

      Laboratoires de Mathématiques (LaboMaths) : Espaces de formation et de pratique inter-degré.

      Ils favorisent la rencontre des enseignants et permettent aux élèves de CM2 de s'acculturer aux lieux du collège par le biais des apprentissages.

      Pôles Inclusifs d'Accompagnement Localisés (PIAL) : Le co-pilotage inter-degré des PIAL assure la continuité de l'accompagnement pour les élèves en situation de handicap, évitant des ruptures de service public préjudiciables.

      Immersion et projets communs : Journées de découverte, cross communs, ou projets culturels (PEAC) et citoyens.

      Innovations en cours

      CPE inter-degré : Expérimentation visant à sécuriser le parcours éducatif, travailler les compétences psychosociales dès l'école et maintenir l'alliance éducative avec les familles, qui tend parfois à s'étioler au collège.

      Formations d'Initiative Locale (FIL) : Formations communes incluant des visites croisées, des observations en classe et de la co-construction de séances entre enseignants du premier et du second degré.

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      5. Vers une culture de réseau et de recherche

      L'évolution de la liaison école-collège tend vers une logique de "réseau" où le collège et ses écoles de secteur partagent un langage et des objectifs communs.

      Constats et perspectives

      Le rôle des cadres : Les principaux et les IEN doivent se positionner comme les premiers pilotes pédagogiques et didactiques, parfois en se constituant eux-mêmes en "communautés apprenantes".

      Besoin de recherche : Bien que les initiatives de terrain soient nombreuses, le domaine manque encore de recherches universitaires approfondies.

      Les rapports institutionnels (comme celui de l'IGEN de 2016) soulignent que si les actions sont fréquentes, leur impact pédagogique réel doit être davantage mesuré et structuré.

      Climat scolaire : Un axe de réflexion futur réside dans l'impact de la liaison sur le climat scolaire, une dimension encore peu objectivée par rapport à la performance académique.

      "Il s'agit de lisser au maximum cette transition pour que les élèves puissent exprimer au mieux en 6ème les compétences qu'ils auront acquises dans le premier degré." — François Van Den Broucke, IGESR.

    1. L’Orientation et le Parcours de l’Élève : Analyse d’un Changement de Paradigme

      Ce document de synthèse analyse les interventions et les débats issus de l'émission thématique de l'IH2EF consacrée à l'orientation et au parcours de l'élève.

      Il explore les mutations profondes du système éducatif français, du collège à l'enseignement supérieur, en mettant l'accent sur le continuum « Bac -3 / Bac +3 ».

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      Résumé Exécutif

      L'orientation scolaire ne doit plus être perçue comme une série de paliers administratifs urgents, mais comme un parcours fluide et continu visant à doter l'individu de compétences à s'orienter tout au long de sa vie.

      Le passage d'une logique de « régulation des flux » à une logique de « construction de l'individu » constitue le cœur des réformes actuelles (Baccalauréat, voie professionnelle, loi de 2018).

      Les points clés à retenir :

      Changement de paradigme : L'orientation s'efface au profit du « parcours », une notion transversale qui concerne tous les élèves et abolit les cloisons temporelles et spatiales.

      Accompagnement personnalisé : Le rôle des acteurs change ; l'enseignant devient un contributeur central à l'acquisition des compétences à s'orienter, malgré un besoin de formation exprimé.

      Le continuum Bac -3 / Bac +3 : La réussite repose sur une meilleure articulation entre le lycée (choix de spécialités) et l'université (système de majeure/mineure, entretiens individuels).

      Sécurité juridique : L'orientation est un processus administratif strict où le dialogue avec les familles et la motivation des décisions sont juridiquement contraignants.

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      I. Évolution Conceptuelle : De l'Orientation au Parcours

      Le système éducatif français vit une transformation majeure de sa philosophie de l'orientation, passant d'un modèle statique à une approche dynamique.

      1. Le dépassement du modèle traditionnel

      Historiquement, l'orientation reposait sur un modèle « connexionniste » cherchant à faire correspondre mécaniquement les caractéristiques d'un individu à celles d'un emploi.

      Ce modèle a montré ses limites, laissant place à une approche probabiliste où la linéarité entre formation et métier devient plus rare.

      2. La notion de parcours

      Le parcours est défini comme un itinéraire organisé d'acquisition de connaissances et de compétences, incluant les dimensions éthiques et sociales.

      Universalité : Contrairement à l'ancienne orientation de "crise" pour certains élèves, le parcours concerne désormais l'intégralité des étudiants.

      Continuité : Il s'inscrit dans la durée, dès la classe de 4ème et se poursuit dans l'enseignement supérieur, sous-tendu par l'idée de formation tout au long de la vie.

      Réformes structurantes : Cette notion irrigue la réforme du baccalauréat, la transformation de la voie professionnelle et la loi de 2018 sur la liberté de choisir son avenir professionnel.

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      II. Cadre Juridique et Procédural de l'Orientation

      L'orientation est régie par le Code de l'éducation (articles D331-23 et L331-7), définissant un cadre administratif rigoureux.

      | Étape du Processus | Responsabilités et Obligations | | --- | --- | | Dialogue | Résulte d'une concertation entre la famille et l'autorité administrative. | | Proposition | Le conseil de classe émet des propositions après étude des vœux des familles. | | Décision | Prise exclusivement par le chef d'établissement (ou son adjoint délégué). | | Motivation | Obligatoire si la décision diffère du vœu de la famille. Une mention vague (ex: "niveau insuffisant") est un motif d'annulation juridique. | | Recours | Délai de 3 jours ouvrables pour saisir la commission d'appel académique (recours administratif préalable obligatoire). |

      Implications juridiques : Le juge administratif exerce un contrôle strict sur la compétence de l'autorité, la composition de la commission d'appel et le respect du droit des parents à être entendus.

      Une orientation défaillante peut engager la responsabilité de l'État et mener à des indemnités.

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      III. Le Continuum Bac -3 / Bac +3 : Enjeux et Dispositifs

      La transition entre le lycée et l'enseignement supérieur est identifiée comme un point de fragilité nécessitant une coordination accrue entre les acteurs.

      1. L'adaptation de l'Université (Exemple de La Rochelle)

      L'université doit répondre à un nouveau public issu d'un lycée sans filières, où les élèves choisissent des spécialités.

      Système Majeure/Mineure : Permet à l'étudiant d'élargir son champ de compétences (ex: mineure en entrepreneuriat) ou de sécuriser un parcours pluridisciplinaire.

      Accompagnement dès la L1 : Mise en place d'entretiens individuels en début d'année pour évaluer la projection de l'étudiant et proposer des renforcements disciplinaires ou méthodologiques.

      Droit à l'erreur : La réorientation est désormais perçue comme une trace de maturation du projet plutôt que comme un échec.

      2. La structuration au Lycée

      Au lycée (ex: Lycée Guy Chauvet de Loudun), l'enjeu est de structurer le parcours dès la classe de seconde autour de trois axes :

      Se connaître : Aider l'adolescent à identifier ses goûts et ses compétences dans une phase de mutation rapide.

      Connaître le monde professionnel : Rencontres avec des professionnels, anciens élèves et visites d'entreprises.

      Connaître les mécanismes : Compréhension de Parcoursup et du fonctionnement de la vie étudiante (gestion du budget, santé, bibliothèques).

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      IV. Pilotage Académique et Leviers d'Action

      Le succès du parcours de l'élève repose sur une ingénierie de formation et une coordination des forces vives sur le territoire.

      1. Stratégies de terrain

      Réseaux et Mutualisation : L'établissement est jugé trop petit pour traiter seul l'orientation ; une approche réticulaire est nécessaire.

      Comités Locaux École-Entreprise (CLEE) : Instances essentielles pour la découverte des métiers dès le collège, visant à élargir l'horizon des élèves (passer de 15 à 60 métiers connus).

      Ambassadeurs et Tutorat : Utilisation de jeunes (étudiants en BTS ou CPGE) pour parler aux lycéens, favorisant une proximité pédagogique et émotionnelle.

      2. Dispositifs spécifiques mentionnés

      Ambition BTS : Accompagnement méthodologique des élèves issus de la voie professionnelle durant leurs trois premiers mois en BTS pour éviter le décrochage.

      Moi étudiant dans 3 ans : Immersion de collégiens/lycéens à l'université pour casser les représentations erronées.

      Campus Connectés : Lieux permettant de suivre des études supérieures à distance dans des zones rurales éloignées des centres universitaires (ex: Saintes).

      Procédure "Seconde Chance" : Facilite les passerelles pour les élèves souhaitant réintégrer la voie professionnelle en cours d'année.

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      V. Freins et Défis Majeurs

      L'analyse identifie plusieurs obstacles à la mise en œuvre optimale de ces parcours :

      1. Conception historique rigide : La prédominance de la régulation des flux administratifs au détriment du développement des compétences à s'orienter.

      2. Mobilisation des enseignants : Beaucoup d'enseignants se sentent incompétents ou non formés pour accompagner l'orientation, craignant une perversion de leur rôle premier.

      3. Décalage entre discours et réalité : L'écart persistant entre l'idéal de personnalisation des parcours et les contraintes structurelles ou territoriales (déterminisme social, éloignement géographique).

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      VI. Ressources et Outils de Référence

      Pour accompagner les équipes éducatives, plusieurs ressources sont recommandées par l'IH2EF :

      Vade-mecum de l'accompagnement à l'orientation : Trois guides spécifiques (Collège, Lycée GT, Voie Pro) disponibles sur Éduscol.

      ONISEP : Référentiel des compétences à s'orienter, catalogues de ressources et modules de formation pour les équipes.

      Rapport IGSr (2020) : "L'orientation de la quatrième au Master", piloté par Michel Lunier, offrant un cadre d'analyse national.

      Plateforme Capsule : Outil facilitant l'immersion des élèves dans le supérieur.

    1. 3. Escena de Apertura

      Antes de la escena de apertura nos falta la cronología de Webb y Vance para hacernos una mejor idea de cómo murió el periodista y qué pasó en general.

    2. Tinta Negra es una historia de misterio y horror cósmico para dos personas — un Director que conoce la verdad y un jugador que la descubre. El Director narra el mundo e interpreta a sus personajes; el jugador decide qué hace Phyllis Oakley, una cazalibros de libros raros en el Londres de 1926. No hay tablero ni guion fijo: la historia se construye en la conversación. Este libro es la herramienta del Director. Contiene la verdad detrás del misterio, las escenas de investigación, los personajes y los materiales de juego. Está pensado para leerse como preparación y consultarse por secciones durante la partida.

      esto es nuevo

    1. Analyse du TDAH : Perspectives Cliniques et Expérientielles du Dr Olivier Revol

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise les enseignements du Dr Olivier Revol, pédopsychiatre et spécialiste du Trouble Déficit de l'Attention avec ou sans Hyperactivité (TDAH).

      Le TDAH est un trouble du neurodéveloppement touchant environ 3 % des adultes et 6 % des enfants.

      À travers le récit de son propre parcours — diagnostiqué tardivement à l'âge adulte — et sa pratique clinique, le Dr Revol met en lumière la nécessité d'une approche médicale rigoureuse du diagnostic, dépassant les préjugés sur l'éducation ou la paresse.

      Les points clés incluent l'importance de l'identification des symptômes dès la petite enfance, l'impact du trouble sur l'autonomie scolaire et l'estime de soi, ainsi que l'omniprésence de comorbidités (anxiété, dyspraxie).

      Le Dr Revol prône une stratégie de résilience basée sur l'acceptation et des outils cognitifs simples comme le « Stop, Think and Go », visant à transformer ce trouble en une force plutôt qu'en une fatalité.

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      1. Nature et Prévalence du TDAH

      Le TDAH est défini comme un trouble du neurodéveloppement caractérisé par une inattention, une impulsivité et, dans certains cas, une hyperactivité motrice.

      | Population | Prévalence Estimée | | --- | --- | | Enfants | 6 % | | Adultes | 3 % |

      Le trouble possède une forte composante héréditaire, comme l'illustre le cas du Dr Revol, qui a identifié ses propres symptômes après avoir diagnostiqué son fils.

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      2. Étude de Cas : Le Parcours d'Olivier Revol

      Le parcours d'Olivier Revol illustre comment le TDAH se manifeste à différentes étapes de la vie, souvent dans un contexte où le trouble n'est pas encore identifié par la médecine de l'époque.

      Enfance et Signes Précoces

      Impulsivité néonatale : Dès l'âge de 3 mois, des signes d'impulsivité étaient visibles (colère lors de l'alimentation si le rythme n'était pas assez rapide).

      Agitation motrice : Une difficulté marquée à rester en place, illustrée par l'usage de harnais de sécurité lors des sorties et une aversion pour les moments de repos forcés (siestes).

      Prise de risque : Une tendance aux comportements dangereux de manière inconsciente.

      Scolarité et Défis de l'Autonomie

      Précocité et décalage : Apprentissage autodidacte de la lecture en moyenne section de maternelle, menant à deux ans d'avance scolaire, vécus comme un « boulet » en raison du décalage de maturité avec ses pairs.

      Le virage du secondaire : Si le primaire permet un cadrage par l'enseignant, l'entrée en 6ème marque souvent une chute des résultats. Le manque d'autonomie et d'organisation propre au TDAH entre alors en conflit avec les exigences du collège, altérant l'estime de soi.

      Études Supérieures et Compensation

      Réussite par la passion : Malgré des résultats médiocres en mathématiques et physique au baccalauréat, la passion pour la médecine a permis une hyperfocalisation et une réussite du concours de première année.

      Besoin d'action : Une préférence marquée pour les stages pratiques plutôt que pour les cours théoriques magistraux, souvent difficiles à suivre pour une personne TDAH.

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      3. Méthodologie du Diagnostic Médical

      Le Dr Revol souligne l'importance de passer d'une vision comportementale (enfant « mal élevé » ou « fainéant ») à une véritable démarche clinique.

      Le Processus Diagnostique

      Le diagnostic repose sur une analyse multicritère et pluridisciplinaire :

      1. Anamnèse complète : Étude de l'histoire de l'enfant depuis la grossesse (mouvements fœtaux excessifs) jusqu'aux étapes de socialisation (crèche, école).

      2. Évaluation multisite : Les symptômes doivent être présents dans au moins deux environnements différents (maison, école, loisirs).

      3. Questionnaires standardisés : Remplis par les parents et les différents enseignants pour objectiver le comportement par rapport à la norme.

      4. Tests de QI et neuropsychologie : Exploration du fonctionnement cérébral pour identifier les différences structurelles.

      Observation Clinique : « Le Piège à Enfant »

      Dans son cabinet, le Dr Revol utilise des outils d'observation directe :

      Réaction aux stimuli : Un enfant TDAH papillonne entre les gadgets, les abandonnant rapidement dès qu'une difficulté surgit, contrairement à un enfant à haut potentiel qui s'acharnerait sur un casse-tête.

      Signe pathognomonique : L'exploration physique compulsive de l'environnement (par exemple, manipuler le passage de câbles d'un bureau) est un indicateur typique de l'agitation TDAH.

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      4. Comorbidités et Défis au Quotidien

      Le TDAH voyage rarement seul et engendre des conséquences collatérales importantes.

      Troubles Associés

      Troubles « Dys » : Fréquente association avec la dyslexie ou la dyspraxie (dont souffre le Dr Revol).

      Santé Mentale :

      Anxiété : Développée suite aux erreurs répétées, aux oublis et à la peur de mal faire.    ◦ Dépression : Conséquence du rejet social et de l'autodépréciation constante (« je suis nul »).

      Troubles du Spectre Autistique (TSA) : Parfois associés au tableau clinique.

      Manifestations à l'Âge Adulte

      Même stabilisé, le trouble réapparaît lors de phases de fatigue. Les situations procédurales (aéroports, courses) sont particulièrement anxiogènes et sources d'erreurs :

      • Oublis d'objets (clés USB, affaires personnelles).

      • Difficultés d'organisation (ex: manipuler deux chariots de course sans s'en rendre compte).

      • Décrochage attentionnel lors de conversations suivies.

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      5. Stratégies de Gestion et Résilience

      L'objectif du traitement et du suivi est de permettre au patient de s'accepter et de mettre en place des mécanismes de compensation.

      « Stop, Think and Go » : Une méthode simple consistant à s'arrêter et réfléchir avant d'agir pour contrer l'impulsivité et éviter les oublis.

      L'Empathie Clinique : Pour le Dr Revol, partager son propre diagnostic facilite la relation thérapeutique et aide les jeunes patients à ne plus culpabiliser.

      Diagnostic Tardif : Il n'est jamais trop tard pour se faire diagnostiquer. Comprendre son fonctionnement à 45 ou 60 ans permet de stopper l'auto-flagellation et d'améliorer sa qualité de vie.

      Transformation du Trouble : Le TDAH peut devenir une force s'il est bien géré, favorisant la créativité, l'action et une certaine forme d'énergie positive, comme en témoignent Olivier Revol et Michel Cymes dans leur ouvrage commun.

    1. Briefing : Les Inégalités Sociales de Santé (ISS) en Occitanie

      Ce document synthétise les interventions et les conclusions de la journée DRAPPS du 26 novembre 2024. Il détaille l'état de la mobilisation régionale, les enjeux conceptuels et les stratégies opérationnelles visant à réduire les inégalités sociales de santé (ISS) dans la région Occitanie.

      Résumé Exécutif

      La réduction des inégalités sociales de santé est désormais établie comme une priorité absolue du Projet Régional de Santé (PRS) de l'Occitanie.

      Face au constat d'un succès partiel des politiques antérieures, l'année 2024 a marqué un tournant avec la création d'un groupe de travail dédié par l'ARS et la CRSA.

      Les débats soulignent la nécessité de sortir d'une vision strictement médicale pour adopter une approche globale et intersectorielle. Les points clés de cette mutation incluent :

      La clarification conceptuelle : Lever la confusion entre précarité, accès aux soins et ISS.

      L'opérationnalisation des concepts : Passer de la théorie à la pratique via l'universalisme proportionné et la co-construction avec les usagers.

      L'ancrage territorial : Utiliser les Contrats Locaux de Santé (CLS) comme levier principal d'action.

      Le décloisonnement institutionnel : Rompre avec la segmentation entre le soin médical et l'accompagnement social.

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      I. Cadre Institutionnel et Mobilisation Régionale

      Le Groupe de Travail ISS (2024)

      Initié par le Directeur Général de l'ARS Occitanie et la Conférence Régionale Santé Autonomie (CRSA), ce groupe a été officiellement lancé en janvier 2024.

      Présidé par le Dr Pabert, il réunit une diversité d'acteurs : universitaires, élus, institutions (Assurance Maladie, MSA, DRESS), professionnels de santé et usagers.

      Ses missions principales sont :

      • Initier des échanges intersectoriels.

      • Développer une culture commune sur les ISS.

      • Émettre des recommandations pour des politiques publiques "prometteuses".

      • Assurer une mise en synergie des politiques existantes.

      Une volonté politique réaffirmée

      Les intervenants soulignent que le passage des ISS en priorité de santé publique n'est plus seulement théorique mais devient un engagement politique fort, malgré le constat d'objectifs non atteints lors des cycles précédents.

      L'objectif est de diffuser la connaissance pour que chaque décideur puisse évaluer si son action aggrave ou améliore les inégalités.

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      II. Enjeux Conceptuels et Obstacles Structurels

      Clarification des définitions

      Un constat majeur fait par le groupe de travail est la méconnaissance générale des ISS, marquée par une double confusion fréquente :

      1. ISS vs Accès aux soins : Les inégalités ne se résument pas à la capacité de consulter un médecin.

      2. ISS vs Précarité : Les ISS concernent l'ensemble de la population selon un gradient social, et non uniquement les populations les plus précaires.

      La "Hiérarchie des Vies" et l'Injustice Sociale

      Une réflexion philosophique (portée par Paul Lou Veil Dubuc) introduit l'idée que les ISS sont le symptôme d'un problème plus profond : l'existence d'une hiérarchie perçue de la valeur des vies humaines.

      Cette hiérarchie, parfois intériorisée par les personnes elles-mêmes, limite leur pouvoir d'agir. La lutte contre les ISS est donc présentée comme une lutte contre une injustice fondamentale.

      Obstacles identifiés

      La segmentation professionnelle : La séparation étanche entre le "médical" et le "social" empêche une approche globale de la personne.

      Le temps politique vs le temps de la prévention : La promotion de la santé s'inscrit sur le temps long (30 ans pour des résultats probants), ce qui est parfois incompatible avec les cycles électoraux privilégiant le curatif immédiat.

      Le détricotage des services universels : L'affaiblissement de structures comme la Protection Maternelle et Infantile (PMI) ou la médecine scolaire nuit à la base universelle nécessaire pour réduire les inégalités.

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      III. Stratégies d'Action et Leviers Opérationnels

      Les intervenants préconisent plusieurs approches méthodologiques pour transformer les concepts en actions concrètes.

      Tableau : Leviers de réduction des ISS

      | Levier | Description et Application | | --- | --- | | Universalisme Proportionné | Maintenir des services pour tous (universel) mais moduler l'intensité de l'aide selon les besoins et le gradient social. | | "Aller-Vers" | Dépasser la simple offre de soins pour aller au contact des populations (portage à domicile, unités mobiles), notamment via des "médiateurs pairs". | | Co-construction | Associer les publics cibles dès la conception des programmes (recherche participative) pour éviter les interventions "contre" les personnes. | | Plénitude des Droits | Lutter contre le non-recours en faisant connaître les droits existants et en renforçant le pouvoir d'agir des individus. |

      L'Aller-Vers et la Participation

      L'approche de la Fédération des acteurs de la solidarité (FAS) souligne que l'usager n'est pas un consommateur mais un acteur de sa santé.

      L'intervention doit se faire avec les collectifs existants (quartiers, groupes de pairs) plutôt que de cibler uniquement l'individu isolé, afin de favoriser la transmission communautaire des savoirs.

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      IV. Application Territoriale et Professionnelle

      Le rôle central des Contrats Locaux de Santé (CLS)

      L'échelle de l'intercommunalité est identifiée comme le périmètre idéal pour agir.

      En Occitanie, environ 40 CLS sont actifs. L'enjeu actuel est d'intégrer des indicateurs ISS précis dans les diagnostics locaux pour évaluer l'impact réel des actions territoriales.

      La Mobilisation des Professionnels de Santé

      Le secteur libéral, représenté par l'URPS, insiste sur le rôle crucial du médecin généraliste comme premier recours.

      Formation : Intégrer la connaissance des ISS dès les départements de médecine générale.

      Outils : Utiliser les logiciels métiers pour mieux identifier le contexte de vie (profession, conditions de logement) des patients en quelques secondes.

      Mutualisation : Travailler en interprofessionnalité au sein des CPTS (Communautés Professionnelles Territoriales de Santé).

      Synergies Intersectorielles

      Des initiatives concrètes de désenclavement institutionnel sont mentionnées :

      Agriculture et Alimentation : Création de ponts entre les programmes alimentaires territoriaux (PAT) et les CLS pour agir sur la nutrition en milieu rural.

      Éducation et Prévention : Critique des politiques segmentées (groupes de niveau à l'école) qui peuvent involontairement accroître les inégalités sociales en amont.

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      V. Recommandations et Perspectives

      Le document identifie plusieurs axes de travail pour le groupe ISS en Occitanie :

      1. Développer des outils méthodologiques pour aider les élus et les professionnels à intégrer les ISS dans leurs projets.

      2. Améliorer l'évaluation en ne se contentant pas de compter les participants, mais en caractérisant socialement les publics touchés par les actions de prévention.

      3. Focaliser sur la petite enfance : Renforcer les moyens de la PMI pour intervenir le plus tôt possible, moment où l'action est la plus efficiente.

      4. Diffuser un langage commun : Création de glossaires et de dossiers de connaissances pour harmoniser les pratiques entre acteurs du soin et acteurs du social.

      En conclusion, la lutte contre les ISS en Occitanie nécessite un changement de paradigme où chaque décision publique doit être interrogée sous l'angle de son impact sur le gradient social de santé, sous peine d'aggraver involontairement les disparités existantes.

    1. Document de Synthèse : Interprétariat, Migration et Santé Mentale

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise les interventions de la soirée-débat organisée le 12 octobre par Médecins du Monde et le CHU de Toulouse.

      Le constat central souligne une dégradation de l'accès aux soins pour les personnes précaires en France, exacerbée par une « crise de l'accueil » plutôt que par une simple crise migratoire.

      L'interprétariat professionnel y est identifié comme la « clé de voûte » indispensable pour assurer une prise en charge médicale et psychologique digne.

      Les points saillants incluent :

      • La précarisation croissante des exilés, avec une corrélation forte entre migration et sans-abrisme.

      • L'impact délétère des procédures administratives et des conditions d'accueil sur la santé mentale (traumatismes complexes).

      • Le rôle précurseur du CHU de Toulouse et de l'unité Iker dans l'intégration de l'interprétariat au sein du parcours de soins.

      • La nécessité de structurer et de financer l'interprétariat au-delà des dispositifs hospitaliers spécialisés pour toucher la médecine de ville.

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      I. Panorama de la Précarité et de la Migration en France

      Une crise de l'accueil institutionnalisée

      L'analyse de Nicolas Chambon (Orspere-Samdarra) remplace le terme de « crise migratoire » par celui de « crise de l'accueil ».

      Malgré une augmentation constante de la demande d'asile depuis 15 ans, les structures d'hébergement (CADA) restent insuffisantes.

      Statistiques clés de l'hébergement :

      ◦ 40 % des personnes dans le dispositif national d'accueil ne parlent pas français.   

      ◦ Dans les Centres d'Hébergement et de Réinsertion Sociale (CHRS), on compte 55 % d'étrangers.  

      ◦ Dans l'hébergement d'urgence, ce chiffre monte à 77 %.   

      ◦ L'Aide Médicale d'État (AME) est passée de 75 000 bénéficiaires en 2002 à plus de 400 000 aujourd'hui.

      Profils des populations vulnérables

      Le public rencontré par les structures de santé est de plus en plus hétérogène, incluant :

      Réfugiés et demandeurs d'asile : Environ 310 000 réfugiés et 140 000 demandeurs d'asile, dont beaucoup sont allophones.

      Mineurs Non Accompagnés (MNA) : Environ 50 000 personnes dans cette situation, en attente de reconnaissance de minorité ou en recours, avec des besoins spécifiques en santé mentale.

      Personnes déboutées : Environ 2/3 des demandeurs d'asile sont déboutés, ce qui entraîne une perte de droits et une précarité extrême.

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      II. Dispositifs de Santé et Réponses de Terrain

      Le Service de Médecine Sociale du CHU de Toulouse

      Sous la direction de Karine Parienté, ce service a développé plusieurs unités spécialisées pour répondre à la barrière linguistique et sociale :

      | Unité | Missions Principales | | --- | --- | | Iker | Coordination de l'appui aux professionnels de santé et travailleurs sociaux ; lutte contre l'hospitalo-centrisme ; financement de l'interprétariat en ville. | | PASS (Permanence d'Accès aux Soins de Santé) | Accueil des personnes sans droits (90 % de migrants) ; dispositif mobile pour les personnes à la rue. | | LHSS (Lits Halte Soins de Santé) | Accueil médico-social (séjours d'environ 1 mois) pour les personnes sans domicile nécessitant des soins aigus. | | Santé Sexuelle | Prévention et soins pour les publics à risque, notamment originaires de pays à haute prévalence. |

      L'action de Médecins du Monde (MDM) à Toulouse

      Yann Laperrière détaille une activité en expansion avec 10 salariés et 100 bénévoles, articulée autour de quatre programmes :

      1. CASO (Centre d'Accueil, de Soins et d'Orientation) : Consultations médicales pour les publics sans droits.

      2. Actions Mobiles : Médiation en santé dans les bidonvilles, squats et la rue, avec un focus sur les familles.

      3. Mission MNA : Programme exploratoire dédié aux mineurs isolés.

      4. Santé Mentale et Soutien Psychosocial : Activités collectives (ex: Café du Monde) et évaluations individuelles basées sur les ressources propres des personnes exilées.

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      III. Santé Mentale : Traumatismes et Parcours d'Exil

      La santé mentale est intrinsèquement liée aux conditions sociales. L'exil est décrit comme un parcours de ruptures successives et de violences.

      Pathologies et prévalence

      Trouble de stress post-traumatique (TSPT) : Concerne environ 1/3 de la population réfugiée.

      Troubles dépressifs : Touchent également 1/3 des exilés.

      Traumatismes complexes : Les traumatismes ne sont pas seulement liés au pays d'origine ou au voyage, mais aussi au « non-accueil » en France (vie à la rue, violence en centre d'hébergement).

      Les paradoxes du système de soin

      Nicolas Chambon souligne deux dérives majeures :

      L'utilitarisme administratif : Le soin est souvent réduit à l'obtention d'un certificat médical pour des procédures (titre de séjour « étranger malade », recours CNDA). Cela peut mener à « ouvrir » un traumatisme pour le récit administratif sans assurer de suivi thérapeutique derrière.

      L'inadaptation des dispositifs modernes : Les nouvelles approches de « santé mentale positive » ou de réhabilitation psychosociale sont souvent inaccessibles aux migrants car elles présupposent une stabilité sociale (logement, droits) que ces publics n'ont pas.

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      IV. L'Interprétariat : Un Outil de Soins Fondamental

      L'interprétariat est présenté non pas comme un accessoire, mais comme une condition sine qua non de la pratique clinique en contexte de migration.

      Enjeux cliniques et éthiques

      Précision du diagnostic : Sans interprète, des erreurs graves surviennent (ex: une patiente diagnostiquée par erreur comme souffrant de troubles psychiatriques alors qu'elle était simplement allophone).

      Reconnaissance de l'altérité : Parler dans sa langue maternelle permet de sortir du « récit de victime » imposé par l'administration pour redevenir sujet de son histoire.

      Problématiques de financement et de déploiement

      Une étude de l'ARS en région Auvergne-Rhône-Alpes révèle un décalage entre les besoins et l'utilisation des fonds :

      • Une enveloppe de 600 000 € destinée aux libéraux est consommée à 60 % par les PASS.

      • Les généralistes ne l'utilisent qu'à 2 % et les psychiatres libéraux à 1,8 %.

      Conclusion des intervenants : Il est impératif de structurer l'interprétariat comme un outil professionnel, financé et sensibilisé auprès de l'ensemble du corps médical pour garantir un accueil inconditionnel et un soin de qualité.

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      Citations Clés

      « L'interprétariat est vraiment la clé de voûte de toute cette prise en charge importante. » — Yann Laperrière

      « On s'est rendu compte qu'en fait elle n'était pas folle, elle était vietnamienne. » — Nicolas Chambon (citant un psychiatre en 2017)

      « Soutenir la situation sociale des personnes, c'est soutenir leur santé mentale et inversement. » — Nicolas Chambon

    1. Briefing Doc : Vivre son adolescence dans un monde en crise

      Ce document de synthèse analyse les interventions du Professeur Ludovic Gicquel, pédopsychiatre et responsable de la Maison des Adolescents de la Vienne (Pictadom), lors d'une conférence organisée par la Caisse d'Allocations Familiales (CAF). Il explore les mécanismes biologiques, psychologiques et sociétaux qui définissent l'adolescence contemporaine.

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      Synthèse de la direction (Executive Summary)

      L'adolescence est une période de métamorphose radicale, marquée par un décalage structurel entre un corps qui s'adultise et un cerveau dont la maturité complète n'est atteinte qu'à l'âge de 25 ans.

      Aujourd'hui, ce processus se déroule dans un « bain sociétal » particulièrement anxiogène, caractérisé par une surstimulation numérique et des crises mondiales permanentes.

      Points clés à retenir :

      Santé mentale : Un adolescent sur quatre (11-15 ans) est touché par un trouble anxieux généralisé (sondage Ipsos 2021).

      Neurobiologie : Le cerveau adolescent est régi par les émotions (amygdale) plutôt que par la raison (cortex préfrontal), ce qui explique l'impulsivité.

      Concurrence numérique : Pour la première fois, l'interaction humaine est en concurrence directe avec l'interaction numérique, modifiant le rôle parental de « filtre ».

      Pathologies : 80 à 85 % des adolescents traversent cette période sans encombre majeur, mais les comportements d'auto-régulation dysfonctionnels (scarifications, addictions) sont en forte hausse.

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      1. La biologie de la métamorphose

      L'adolescence ne doit pas être perçue comme une simple transition, mais comme une étape de développement à part entière avec ses propres spécificités physiologiques.

      Le décalage cerveau-corps

      Le cerveau adolescent subit un remaniement profond. La maturation cérébrale est postéro-antérieure : elle commence par l'arrière et se termine par le cortex préfrontal, siège de la décision et de la gestion des émotions.

      Le cerveau émotionnel : L'amygdale est hyperactive, provoquant une réactivité émotionnelle intense.

      Le haut débit nerveux : La gaine de myéline s'épaissit, faisant passer la vitesse de l'influx nerveux de 1 à 100 mètres par seconde (passage de l'ADSL à la fibre optique).

      L'élagage synaptique (Pruning) : Le cerveau élimine les connexions inutilisées pour se spécialiser, rendant cette période cruciale pour l'apprentissage.

      La puberté et le rapport au corps

      La puberté impose un corps « adulte » à un esprit encore infantile. Ce processus est souvent vécu de manière passive : l'adolescent « subit » ses hormones et sa croissance.

      La violence de la métamorphose : Elle est souvent plus marquée chez les filles, créant une discordance entre l'image perçue et l'identité intérieure.

      La parentalité physiologique : Dès la puberté, le corps est apte à la reproduction, créant un décalage avec les normes sociales actuelles où l'autonomie est tardive.

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      2. Le « bain sociétal » et l'impact du numérique

      L'environnement moderne agit comme un incubateur qui influence directement le développement des jeunes.

      Le monde numérique n'est plus un outil, mais un environnement concurrentiel.

      La concurrence de l'interaction

      L'interaction parentale est désormais en concurrence avec l'interaction numérique.

      Le smartphone est décrit comme une « arme de séduction massive » conçue par des industries pour capter le temps de cerveau disponible.

      Le mécanisme de la récompense : Les « likes » activent la dopamine, créant une dépendance à la validation externe (société de l'extimité).

      Le "scrolling" : Un mécanisme hypnotique qui altère la perception du temps et l'effort de concentration.

      Les distorsions de la réalité

      Image de soi : Les filtres et les photos retouchées créent des standards de beauté inaccessibles, générant un sentiment permanent d'anormalité.

      Pornographie : L'exposition précoce via smartphone (souvent dès le collège) est un « abus de faiblesse ».

      Elle propose une vision performative et violente de la sexualité, souvent incompatible avec les capacités de contenance émotionnelle des jeunes.

      | Domaine | Impact du numérique | | --- | --- | | Information | Saturation, difficulté à distinguer l'opinion du fait (Fake News). | | Social | Relations, ruptures et deuils vécus à distance avec une intensité réelle. | | Consommation | L'adolescent n'est plus le client, il est le produit (exploitation des vulnérabilités). |

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      3. Santé mentale : de l'adaptation à la rupture

      Le Professeur Gicquel distingue le développement normal des trajectoires pathologiques.

      Les troubles sont souvent des « aménagements pathologiques d'un développement normal ».

      Typologie des états adolescents

      1. Remaniements adaptatifs (80-85 %) : L'adolescence se déroule normalement.

      2. Troubles adaptatifs (10 %) : Souffrance transitoire et réactionnelle à l'environnement.

      3. Troubles structurels (5 %) : Pathologies lourdes (anorexie mentale, schizophrénie, troubles bipolaires, trouble borderline).

      Les signaux d'alerte

      L'inquiétude parentale est considérée comme le meilleur baromètre. Les symptômes de régulation émotionnelle dysfonctionnelle doivent alerter :

      Scarifications : En hausse de 400 % en 20 ans ; elles servent de « fusible » pour décharger une angoisse psychique insupportable sur le corps.

      Troubles alimentaires : Préoccupations excessives pour la diététique ou perte de poids rapide.

      Déscolarisation : Souvent liée au harcèlement (stigmatisation de la différence).

      Phobie sociale : Incapacité à faire groupe.

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      4. Rôle des parents et accompagnement

      Dans un monde insécurisant (climat, guerres, économie), le parent doit retrouver son rôle de filtre, tout en acceptant sa propre faillibilité.

      Recommandations pour les parents

      Maintenir le dialogue : Ne pas disqualifier les centres d'intérêt numériques (ex: Minecraft, TikTok), mais s'en servir comme base d'échange.

      Cultiver le libre arbitre : Aider l'adolescent à décrypter les images et les sources d'information.

      Accepter l'ingratitude : La séparation-individuation nécessite que l'adolescent se détache des parents, ce qui peut générer des conflits.

      Ne pas être parfait : Les parents ont le droit d'être anxieux ou tristes, à condition de l'expliquer a posteriori pour éviter que l'enfant ne se sente coupable.

      Structures de recours (Exemple de la Vienne)

      Pictadom (Maison des Adolescents) : Accueil gratuit, anonyme et sans rendez-vous pour les jeunes et les parents.

      Mon Psy : Dispositif permettant huit consultations de psychologue remboursées sur orientation médicale.

      Unités d'urgence (AZAP) : Prise en charge intensive de jour pour les crises suicidaires ou les troubles borderline.

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      Citations clés

      « L'adolescent n'est pas un enfant XL ni un adulte miniature. C'est un être à part entière. »

      « Le cerveau est adulte à 25 ans, soit 7 ans après le droit de vote. Il y a un décalage non négligeable. »

      « Nos enfants sont devenus nos parts de marché. Les adolescents vivent dans une société de consommation qui les consomme. »

      « Le parent est un filtre. On ne peut pas filtrer l'environnement si on est soi-même au prise avec des difficultés sans aide. »

    1. Le mot jihad à la base veut dire lutte contre ses péchés

      Similarly unfortunate in cultural context, one of my German schoolmates' surname was quite literally the N-word. Suffice to say she had trouble creating a Facebook account, through no fault of her own.

    1. Public speaking anxiety is a type of CA that produces physiological, cognitive, and behavioral reactions in people when faced with a real or imagined presentation (Bodie, 2010). Physiological responses to public speaking anxiety include increased heart rate, flushing of the skin or face, and sweaty palms, among other things. These reactions are the result of natural chemical processes in the human body. The fight or flight instinct helped early humans survive threatening situations. When faced with a ferocious saber-toothed tiger, for example, the body released adrenaline, cortisol, and other hormones that increased heart rate and blood pressure to get more energy to the brain, organs, and muscles in order to respond to the threat. We can be thankful for this evolutionary advantage, but our physiology hasn’t caught up with our new ways of life. Our body doesn’t distinguish between the causes of stressful situations, so facing down an audience releases the same hormones as facing down a wild beast.

      This reading explains that public speaking anxiety is a common form of communication apprehension (CA), which can be either trait-based (part of someone’s personality) or state-based (triggered by a specific situation). I found it interesting that the body reacts to public speaking the same way it would to a life-threatening danger because of the fight-or-flight response. The physiological reactions—like sweating, increased heart rate, and shaking—combine with negative thoughts such as fear of judgment, which can then lead to avoidance behaviors. This helps me understand that speaking anxiety is not just “being nervous,” but a complex mix of physical, cognitive, and behavioral responses.

    1. Situé à tout juste 2 km de la cathédrale et du centre ville de Reims

      This is important because it tells me the location. It’s not directly in the city center, but it’s close enough to be convenient.

    1. Note de Synthèse Stratégique : Les Compétences Psychosociales (CPS) au Cœur du Pilotage Pédagogique

      Résumé Exécutif

      L'évolution des exigences éducatives, soulignée par les résultats PISA, démontre que l'excellence académique est intrinsèquement liée au bien-être, à la gestion du stress et au développement des compétences psychosociales (CPS).

      Loin d'être une simple réponse au mal-être des élèves et des enseignants, l'intégration des CPS s'impose comme un levier de performance scolaire, avec une augmentation moyenne de 13 % des résultats académiques.

      Le passage d'une approche « décrochée » (ateliers ponctuels) à une approche « intégrée » (fusionnée aux disciplines) est identifié comme le défi majeur.

      Le chef d'établissement joue un rôle de pivot stratégique : il doit légitimer la démarche, harmoniser les pratiques, impulser une culture de l'exemplarité (modeling) et favoriser un environnement propice à l'auto-évaluation plutôt qu'à la sanction.

      --------------------------------------------------------------------------------

      1. Fondements et Enjeux des Compétences Psychosociales

      Un impératif de santé mentale et de performance

      Les CPS ne sont plus perçues comme une option, mais comme un outil de prévention primaire.

      Elles agissent sur deux fronts :

      Côté élèves : Réduction du stress, de l'anxiété et de la dépression ; amélioration des comportements prosociaux et réduction significative du harcèlement scolaire.

      Côté enseignants : Prévention du burn-out (épuisement professionnel) et amélioration de la satisfaction au travail.

      Le contexte français est critique : seuls 55 % des enseignants se disent satisfaits de leur métier, contre 80 % en moyenne dans l'OCDE.

      L'impact sur la réussite académique

      Les méta-analyses citées par l'expert Damien Tessier révèlent que le développement des CPS n'améliore pas seulement le climat scolaire ; il impacte directement les résultats :

      Performance : +13 % de réussite scolaire en moyenne pour les élèves bénéficiant de ces programmes.

      Stabilité : Les gains académiques sont durables, persistant plusieurs mois, voire plusieurs années après l'intervention.

      --------------------------------------------------------------------------------

      2. Évolution des Modèles : Vers l'Approche Intégrée

      Le système éducatif transitionne d'une logique de programmes spécifiques vers une infusion systémique dans les enseignements.

      | Caractéristiques | Approche Décrochée (Ponctuelle) | Approche Intégrée (Curriculaire) | | --- | --- | --- | | Format | Séances « clé en main » (ex: Unplug, Prodas, Kit Empathie). | Stratégies pédagogiques au sein des disciplines (Maths, EPS, Français). | | Temporalité | Ponctuelle, nécessite du temps scolaire supplémentaire. | Continue, quotidienne, sur toute l'année scolaire. | | Mise en œuvre | Souvent perçue comme une « brique en plus » par les enseignants. | Fongible dans les apprentissages disciplinaires existants. | | Objectif | Développement spécifique des CPS. | Développement simultané des CPS et des compétences disciplinaires. |

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      3. Critères d'Efficacité et Qualité d'Implémentation

      Pour que l'intégration des CPS soit efficace, elle doit répondre aux critères SAFE et s'appuyer sur des pratiques didactiques précises.

      Les critères SAFE

      Séquencé (S) : Les interventions doivent suivre une progression pédagogique coordonnée.

      Actif (A) : L'élève doit être acteur (discussions, échanges, mises en situation).

      Focalisé (F) : Chaque séance doit cibler une CPS spécifique pour éviter la dispersion.

      Explicite (E) : Nécessité d'un retour réflexif pour verbaliser les ressentis et les acquis.

      Exemples d'intégration disciplinaire

      Mathématiques : Utiliser des travaux en îlots sur des « problèmes faux » pour travailler la coopération et les habiletés sociales (écoute active, respect du point de vue d'autrui).

      EPS (Escalade) : Utiliser des carnets de bord et des réglettes émotionnelles pour identifier les besoins derrière les émotions (besoin de réassurance derrière la peur) et développer des stratégies de régulation.

      Français : Analyser les processus émotionnels et l'empathie à travers les personnages de fiction (ex: l'Odyssée d'Homère).

      --------------------------------------------------------------------------------

      4. Le Rôle Stratégique de la Direction d'Établissement

      Le chef d'établissement est le garant du passage d'une initiative isolée à une culture d'établissement systémique.

      Levier de Légitimation et de Cadrage

      Institutionnel : Rappeler que les CPS deviennent un pilier central du socle commun (horizon 2026).

      Scientifique : Apporter l'éclairage des méta-analyses pour convaincre les équipes enseignantes du bénéfice sur la performance et le climat.

      Pilotage Opérationnel

      Diagnostic partagé : Identifier ce qui est déjà pratiqué (vie scolaire, cantine, accueil) avant de fixer un ou deux objectifs annuels prioritaires.

      Harmonisation des pratiques : Soutenir le co-enseignement et mettre à disposition des outils ressources (grilles d'observation, pyramides de la réussite, réglettes émotionnelles) en salle des personnels.

      Formation : Encourager les Formations d'Initiative Locale (FIL) intercatégorielles (enseignants, vie scolaire, agents, AESH) et inter-degrés pour sécuriser le parcours de l'élève.

      L'Exemplarité (Modeling)

      Le chef d'établissement doit incarner les CPS dans sa gestion quotidienne.

      Cela implique :

      • • La maîtrise émotionnelle lors des réunions et conseils.
      • • L'utilisation explicite des habiletés sociales.
      • • Le « lâcher-prise » sur le besoin de contrôle absolu, acceptant une posture de pilote plus ouverte et réflexive.

      --------------------------------------------------------------------------------

      5. Évaluation et Transfert des Compétences

      La question des indicateurs

      L'évaluation des CPS est complexe car elle touche à des processus intrapsychiques invisibles.

      Le risque de l'évaluation externe : Une absence de stress visible n'est pas forcément un signe de maîtrise (cela peut être du désengagement).

      L'approche recommandée : Privilégier l'auto-évaluation via des échelles de perception ou des grilles de progrès construites localement.

      Écueil à éviter : Ne jamais transformer les CPS en « note de vie scolaire » ou en outil de menace disciplinaire.

      L'évaluation doit rester positive et soutenante.

      L'objectif final : le transfert

      L'efficacité réelle du travail sur les CPS se mesure à la capacité de l'élève à transférer ces compétences hors du cadre scolaire (famille, clubs de sport, relations sociales).

      Le retour réflexif en classe est l'outil indispensable pour que l'élève conscientise ce transfert possible vers sa vie quotidienne.

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    1. I am able to record its considerable wisdom, shown in evading the plots of its enemy the spider. It is always on the look-out for his ambushes, and in the most circumspect way dodges about, that it may not be caught, netted, and entangled in his meshes

      Agarra cualquier parecido con el humano, primero a nivel fisioólogico y después expande a elementos y cultura compartida con con alos seres vivos.

      En particular la dinámica de depresdadores y presas.

    1. Portrait de la santé mentale chez les jeunes : Analyse et perspectives du Mouvement Jeunes et santé mentale

      Résumé exécutif

      Ce document synthétise les conclusions du « Portrait » mené par le Mouvement Jeunes et santé mentale (MJSM), une initiative de participation citoyenne impliquant plus de 850 jeunes Québécois âgés de 14 à 35 ans.

      L'analyse révèle une fracture profonde entre les besoins réels des jeunes et les réponses institutionnelles actuelles, marquées par une médicalisation excessive et une approche fragmentée des soins.

      Les points saillants incluent :

      Une demande de normalisation : Les jeunes revendiquent le droit de vivre et d'exprimer leur détresse sans être systématiquement pathologisés ou stigmatisés.

      La réalité numérique : Pour cette génération, l'espace virtuel n'est pas distinct de la « vraie vie », mais constitue un continuum essentiel pour le soutien et l'identité.

      L'échec de l'accès aux soins : Le système actuel impose des barrières géographiques, linguistiques et diagnostiques qui découragent la recherche d'aide.

      L'urgence d'un filet social : Face à une perte d'espoir collectif, le mouvement lance la campagne « Fini de patcher, temps de tisser serré », exigeant des solutions collectives plutôt que des interventions individuelles superficielles.

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      1. Contexte et Méthodologie du Portrait

      Le Mouvement Jeunes et santé mentale, récemment incorporé, est né en 2016 d'une initiative de trois regroupements fondateurs (RRASMQ, Auberges du cœur, AGDSMQ), rejoints plus tard par le ROCLD et le ROCAJ.

      Sa mission est de lutter collectivement contre la médicalisation des difficultés vécues par les jeunes.

      Une approche « Par, Pour et Avec »

      Le MJSM se distingue par une gouvernance où les jeunes sont les décideurs et l'équipe permanente l'exécutant.

      Le Portrait a été coconstruit selon trois valeurs fondamentales :

      1. Approche sensible : Écoute active sans jugement, évitant de retraumatiser par des questions intrusives.

      2. Intersectionnalité : Prise en compte de la pluralité des oppressions (classe, race, genre, handicap).

      3. Processus collectif : Priorité donnée à la parole des jeunes à chaque étape.

      Portée de la consultation

      | Outils de collecte | Données recueillies | | --- | --- | | Questionnaires en ligne | Plus de 440 réponses (dont 90 % complètes malgré le caractère facultatif). | | Ateliers en ressources jeunesse | Réalisés dans 12 régions du Québec. | | Focus groups ciblés | Jeunes issus de la DPJ, racisés, neurodivergents, LGBTQ+, en situation de handicap physique. | | Total des jeunes consultés | Plus de 850 individus. |

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      2. Analyse thématique : Les grands constats

      Le Portrait est structuré en huit cahiers thématiques abordant les enjeux cruciaux identifiés par les participants.

      A. Mythes, tabous et normalisation

      Les jeunes rejettent la vision binaire de la santé mentale. Ils affirment que la détresse est une réaction normale au contexte actuel.

      Revendication : Normaliser sans banaliser.

      Il s'agit d'accepter l'expression d'émotions dites négatives (colère, tristesse) sans vouloir les « régler » immédiatement par une pilule ou un diagnostic.

      Besoin d'écoute : Un désir massif de pouvoir s'exprimer dans des espaces sécurisés (écoles, familles) sans conséquences négatives ou jugements.

      B. Soutien et appartenance : Une distinction cruciale

      Les jeunes font une différence nette entre deux types de réseaux :

      Groupe d'appartenance : Des pairs qui partagent les mêmes réalités (souvent en ligne), essentiels pour la validation émotionnelle.

      Réseau de soutien concret : Les personnes capables d'aider lors d'une crise matérielle (prêter de l'argent, aider à un déménagement).

      Le manque de soutien concret transforme souvent une détresse passagère en crise majeure.

      C. L'espace numérique comme continuum

      Contrairement aux générations précédentes, les jeunes ne séparent pas le virtuel du réel.

      Avantages : Accès à l'information, représentation des identités marginalisées, premier contact moins menaçant avec les ressources.

      Risques : Chambres d'écho, haine en ligne, comparaison sociale.

      Recommandation : Les jeunes souhaitent que les professionnels intègrent le numérique comme un outil de transition vers les services en personne, plutôt que de s'y opposer.

      D. Le « Non-Accès » aux services

      Le titre, suggéré par les jeunes, souligne que le système actuel crée activement des barrières.

      Critique du diagnostic : L'obligation d'avoir un diagnostic pour accéder aux soins est perçue comme un frein majeur.

      Érance médicale : Les jeunes sont fatigués de répéter leur histoire en silo à des professionnels qui ne communiquent pas entre eux.

      Rapport de force : Une crainte persistante de se voir imposer des solutions sans être consulté.

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      3. Spécificités des 12-17 ans

      La consultation des plus jeunes a mis en lumière des anxiétés précoces liées à la performance et à l'avenir.

      Milieu scolaire : Pression étouffante des notes et sentiment de détachement de la part des professionnels (profs et psychologues) perçus comme débordés.

      Anxiété face à l'avenir : Des jeunes de 13 ans s'inquiètent déjà de la fiscalité, du logement et de leur capacité à trouver un emploi.

      Espaces de décompression : Un besoin criant de « safe spaces » à l'école où il est permis d'exister sans objectif de performance.

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      4. Évolution des revendications et perspectives politiques

      L'analyse des données a forcé le MJSM à élargir ses revendications initiales, trop centrées sur les services techniques.

      Nouvelle revendication centrale

      « Le droit de vivre des périodes de détresse doit être pleinement reconnu, sans culpabilisation ni conséquences négatives. »

      Le mouvement constate une perte d'espoir collectif : les jeunes ne croient plus que les décideurs prennent en compte leur avenir.

      Campagne : « Fini de patcher, temps de tisser serré »

      Cette campagne vise à transformer l'indignation en force politique pour dénoncer la destruction du filet social.

      | Objectif | Action prévue | | --- | --- | | Responsabilisation | Pressions auprès des élus pour inclure le financement de solutions collectives dans les plateformes électorales. | | Visibilité | Utilisation d'un symbole commun (un « plaster » en feu) pour solidariser les luttes. | | Mobilisation | Lancement public le 16 avril avec une trousse d'outils pour les groupes communautaires. | | Alternative | Promouvoir des approches basées sur la transformation sociale plutôt que sur la gestion individuelle de l'anxiété. |

      5. Citations clés et conclusions incisives

      Sur la médicalisation : « On n’avait pas besoin de pilules, on avait besoin d’aide, on avait besoin qu’on m’écoute. »

      Sur le filet social : « L'absurdité de militer pour des miettes pendant que la maison brûle. »

      Sur la confidentialité : Les jeunes ne veulent pas d'un secret absolu, mais du « contrôle sur le partage de leur information » pour éviter de répéter sans cesse leur trauma.

      En conclusion, le Mouvement Jeunes et santé mentale appelle à un changement de paradigme : passer d'une gestion de crise individuelle à un investissement massif dans des solutions collectives inclusives et porteuses d'espoir.

    1. Briefing : L'Accès au Logement des Familles Sans-Abri avec Enfants

      Résumé Exécutif

      La situation des enfants sans domicile en France atteint des seuils critiques, avec une projection de 80 000 enfants en habitat précaire pour 2025.

      Malgré l'obligation légale d'hébergement d'urgence inconditionnel (Article L345-2-2 du Code de l’Action sociale), la saturation des dispositifs entraîne un tri des publics de plus en plus sévère, excluant désormais des nourrissons et des femmes enceintes.

      Le recours massif à l'hébergement hôtelier, bien que palliatif, s'avère délétère pour le développement de l'enfant en raison de l'insalubrité, de l'instabilité résidentielle et d'un manque criant d'accompagnement social.

      Les représentants associatifs dénoncent une « insincérité budgétaire » et une dilution des responsabilités entre l'État et les départements.

      La solution identifiée réside dans un pilotage national coordonné — inspiré de la gestion de la crise ukrainienne — et une transition structurelle de l'hébergement d'urgence vers le logement social pérenne.

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      I. État des Lieux : Une Crise Humanitaire Invisible

      1. Des indicateurs statistiques alarmants

      Le constat dressé par la Fédération des acteurs de la solidarité et l'UNICEF révèle une dégradation constante :

      Chiffres globaux : 80 000 enfants sans domicile ou en habitat précaire prévus en 2025 ; 70 000 grandissent à l'hôtel ou en structures d'urgence.

      Progression du sans-abrisme : Le nombre d'enfants à la rue a augmenté de 30 % en trois ans. En octobre 2024, environ 2 500 enfants ont été recensés à la rue.

      Saturation du 115 : Environ 69 % des demandes d'hébergement restent non pourvues chaque jour. 79 % des familles ayant sollicité le 115 déclarent avoir dormi à la rue la veille de leur appel.

      2. L'échec de l'inconditionnalité

      La loi prévoit que toute personne en détresse doit avoir accès à un hébergement à tout moment. Or, la pénurie de places force une « valse des précarités » :

      Durcissement des critères : La priorité, autrefois accordée aux enfants de moins de 3 ans et aux femmes enceintes, est désormais restreinte (femmes enceintes de plus de 6 mois, enfants de plus d'un an parfois exclus).

      Rupture de continuité : Des familles sont hébergées pour de très courtes durées (3 à 7 jours) avant d'être remises à la rue pour laisser la place à des profils jugés « plus vulnérables ».

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      II. L'Hébergement Hôtelier : Un Environnement Inadapté

      Le parc hôtelier accueille près de 30 000 enfants, dont près de 10 000 ont moins de trois ans.

      Ce mode d'hébergement présente des défaillances majeures :

      1. Conditions matérielles et sanitaires dégradées

      Vétusté et insalubrité : Présence fréquente de nuisibles (punaises de lit, cafards).

      Absence de besoins fondamentaux : Manque d'espace, absence de cuisine (impossibilité de préparer des repas équilibrés), manque d'intimité pour les familles.

      Éloignement : Localisation souvent périphérique, rendant l'accès aux soins et aux écoles complexe (parfois des heures de transport pour maintenir la scolarité).

      2. Carences de l'accompagnement social

      Désert social : Contrairement aux centres d'hébergement d'urgence (CHU), les hôtels n'ont pas de travailleurs sociaux sur place.

      Inégalité territoriale : En Île-de-France, seules 45 % des familles à l'hôtel bénéficient d'un accompagnement via des plateformes mobiles (PASH).

      Perte de sens : Le manque de moyens réduit l'accompagnement à une variable d'ajustement budgétaire, sacrifiant l'humain au profit du paiement des nuitées.

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      III. Impacts sur le Développement et la Santé des Enfants

      1. Santé mentale et physique

      Troubles psychiques : La prévalence des troubles de la santé mentale est de 19 % chez les enfants hébergés, contre 8 % dans la population générale.

      Insécurité permanente : Le changement constant d'environnement crée une « insécurité psychique » profonde.

      Risques sanitaires : Augmentation des naissances par césarienne (1/3 des accouchements chez les femmes sans domicile) et risques accrus de diabète gestationnel ou d'infections respiratoires.

      2. Scolarité et Socialisation

      L'instabilité résidentielle entrave l'inscription et l'assiduité scolaire.

      Les enfants témoignent de l'impossibilité de nouer des liens sociaux normaux (interdiction d'inviter des amis, stigmatisation liée au lieu de vie).

      3. Protection de l'enfance

      Peur du placement : Une crainte persistante des parents que la précarité du logement soit interprétée comme une défaillance éducative, entraînant un placement des enfants.

      Séparation des familles : Certains dispositifs n'acceptent que les mères et les enfants, excluant le père et brisant la cohésion familiale.

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      IV. Obstacles Institutionnels et Budgétaires

      1. Le « jeu de ping-pong » administratif

      Une confusion persiste sur les compétences : l'État est responsable de l'hébergement d'urgence généraliste, tandis que les Départements sont responsables de l'hébergement des mères avec enfants de moins de 3 ans.

      Cette division crée des « zones grises » où des familles se retrouvent sans aucune prise en charge.

      2. Insincérité budgétaire

      Les acteurs soulignent que les crédits alloués (785 millions d'euros pour le programme 177 en 2024) sont insuffisants pour couvrir les 203 000 places théoriques.

      Cette sous-dotation structurelle empêche la création de places pérennes et de qualité.

      3. Délais administratifs

      La saturation est aggravée par la lenteur du traitement des titres de séjour (jusqu'à 18 mois d'attente).

      Des personnes ayant droit au travail ou au logement social restent bloquées en hébergement d'urgence faute de documents à jour, embolisant ainsi le système.

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      V. Recommandations et Perspectives

      | Axe d'intervention | Actions préconisées | | --- | --- | | Pilotage | Création d'une coordination nationale interministérielle (Santé, Éducation, Logement) sur le modèle de la crise ukrainienne. | | Logement | Investissement massif dans le logement social (PLAI et PLUS) pour libérer le parc d'hébergement d'urgence. | | Qualité de l'accueil | Établissement d'un cahier des charges contraignant pour les structures accueillant des familles (accès cuisine, espaces de jeu, intimité). | | Accompagnement | Revalorisation des prix journaliers pour financer des équipes pluridisciplinaires (éducateurs de jeunes enfants, travailleurs sociaux). | | Petite Enfance | Garantie d'accès aux modes de garde (crèches) pour les familles précaires afin de favoriser la réinsertion. | | Dispositifs SAS | S'assurer que les structures d'accueil et de desserrement (SAS) garantissent une réelle évaluation et une continuité de parcours, sans retour à la rue. |

      Conclusion des intervenants : L'hébergement d'urgence ne doit plus être une solution de long terme.

      La priorité absolue doit être le passage direct au logement (« Logement d'abord »), seul garant de la stabilité nécessaire à la construction des enfants et à la dignité des familles.

    1. Reviewer #3 (Public review):

      Summary:

      In this manuscript, the investigators identified LMOD1 as one of a subset of cytoskeletal proteins that levels increase in early stages of myogenic differentiation. Lmod1 is understudied in striated muscle and in particular in myogenic differentiation. Thus, this is an important study. It is also a very thorough study, with perhaps even too much data presented. Importantly, the investigators observed that LMOD1 appears to be important for skeletal regeneration, myogenic differentiation and that it interacts with SIRT1. Both primary myoblast differentiation and skeletal muscle regeneration were studied. Rescue experiments confirmed these observations: SIRT1 can rescue perturbations of myogenic differentiation as a result of LMOD1 knockdown.

      Strengths:

      Particular strengths include: an important topic, the use of primary skeletal cultures, the use of both cell culture and in vivo approaches, careful biomarker analysis of primary mouse myoblast differentiation, the use of two methods to probe the function of the Lmod1/SIRT1 pathway via using depletion approaches and inhibitors, and the generation of six independent myoblast cultures. Results support their conclusions.

      Weaknesses:

      (1) Figure 1. Images of cells in Figure 1A are too small to be meaningful (especially in comparison to the other data presented in this figure). Perhaps make graphs smaller?

      (2) Line 148 "We found LMOD2 to be the most abundant Lmod in whole skeletal muscle." This is confusing since most, if not all, prior studies have shown that Lmod3 is the predominant isoform in skeletal muscle. The two papers that are cited are incorrectly cited. Clarification to resolve this discrepancy is needed.

      (3) Figure 2. Immunofluorescence (IF) panels are too small to be meaningful. Perhaps the graphs could be made smaller and more space allocated for the IF panels? This issue is apparent for just about all IF panels - they are simply too small to be meaningful. Additionally, in many of the immunofluorescence figures, the colors that were used make it difficult to discern the stained cellular structures. For example, in Figure S1, orange and purple are used - they do not stand out as well as other colors that are more commonly used.

      (4) There is huge variability in many experiments presented - as such, more samples appear to be required to allow for meaningful data to be obtained. For example, Figure S2. Many experimental groups, only have 3 samples - this is highly problematic - I would estimate that 5-6 would be the minimum.

      (5) Ponceau S staining is often used as a loading control in this manuscript for western blots. The area/molecular weight range actually used should be specified. Not clear why in some experiments GAPDH staining is used, in other experiments Ponceau S staining is used, and in some, both are used. In some experiments the variability of total protein loaded from lane-to-lane is disconcerting. For example, in Figure S4C there appears to be more than normal variability. Can the protein assay be redone and the samples run again?

      (6) Figure S3 - Lmod3 is included in the figure but no mention of it occurs in the title of the figure and/or legend.

      (7) Abstract, line 25. "overexpression accelerates and improves the formation of myotubes". This is a confusing sentence. How is it improving the formation? A little more information about how they are different than developing myotubes in normal/healthy muscle would be helpful

      (8) Impossible from IF figures presented to determine where Lmod1 localizes in the myocytes. Information on its subcellular localization is important. Does it localize with Lmod2 and Lmod3 at thin filament pointed ends?

      Comments on revisions:

      Many comments have been adequately addressed. However, some concerns remain.

      Former Concern #2. The issue with the lack of detection of LMOD3 in their muscle samples is troublesome and has not been adequately resolved in the revised manuscript. It is a fact that most, if not all, studies on Lmod3 report that it is the most abundant isoform in skeletal muscle. This issue should be discussed in the manuscript. It is recognized that a different assay was utilized in this paper. The papers that are cited continue to remain incorrect. Specifically:

      Tsukada et al., reports abundance of LMOD2 in cardiac muscle, not in skeletal muscle.

      Nworu et al., 2015 reports on LMOD3 in skeletal muscle.

      Kiss et al.,2020. While this paper reveals an important function for Lmod2 in thin filament length regulation, it is clearly shows many examples of high expression of Lmod3 in various skeletal muscles isolated from mice.

      Former Concern #3. With respect to small sample numbers. Hopefully a statistical editor is available to comment. While this reviewer is happy that other assays were used to verify their data, the problem still remains that many experimental groups only have 3 samples (with high variability).

      Former Concern #3. Many immunofluorescence panels are hard to evaluate because of their small size.

    2. Author response:

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      eLife Assessment

      This valuable study offers insights into the role of Leiomodin-1 (LMOD1) in muscle stem cell biology, advancing our understanding of myogenic differentiation and indicating LMOD1 as a regulator of muscle regeneration, aging, and exercise adaptation. The integration of in vitro and in vivo approaches, complemented by proteomic and imaging methodologies, is solid. However, certain aspects require further attention to improve the clarity, impact, and overall significance of the work, particularly in substantiating the in vivo relevance. This work will provide a starting point that will be of value to medical biologists and biochemists working on LMOD and its variants in muscle biology.

      Thank you for the positive feedback on our manuscript and the constructive criticism provided by the reviewers that helped us improve our manuscript.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public review):

      This manuscript by Ori and colleagues investigates the role of Lmod1 in muscle stem cell activation and differentiation. The study begins with a time-course mass spectrometry analysis of primary muscle stem cells, identifying Lmod1 as a pro-myogenic candidate (Figure 1). While the initial approach is robust, the subsequent characterization lacks depth and clarity. Although the data suggest that Lmod1 promotes myogenesis, the underlying mechanisms remain vague, and key experiments are missing. Please find my comments below.

      We thank the reviewer for the positive feedback on our manuscript and the helpful comments, which helped improve it.

      (1) The authors mainly rely on coarse and less-established readouts such as myotube length and spherical Myh-positive cells. More comprehensive and standard analyses, such as co-staining for Pax7, MyoD, and Myogenin, would allow quantification of quiescent, activated, and differentiating stem cells in knockdown and overexpression experiments. The exact stage at which Lmod1 functions (stem cell, progenitor, or post-fusion) is unclear due to the limited depth of the analysis. Performing similar experiments on cultured single EDL fibers would add valuable insights.

      We thank the reviewer for this comment. In addition to performing standard measurements such as staining for Myogenin and Myosin Heavy Chain (Figure S2H), we focused on morphological readouts, such as myotube formation, because LMOD1 is an actin cytoskeleton-associated protein. Therefore, we reasoned its function would be most directly reflected in structural changes during differentiation, rather than solely in early transcriptional markers. 

      Regarding the use of standard markers, we have already performed co-staining for Myogenin and Myosin Heavy Chain (MHC), which effectively quantifies early myogenic committed (Myogenin+/MHC-) and terminally differentiating (Myogenin+/MHC+) cells (Figure S2H). We did not include Pax7 as our primary culture system consists of already activated myoblasts, where Pax7 is not a reliable marker of quiescence. Our data also suggest that Lmod1 is important in regulating differentiation with comparably only mild effects on proliferation (S2D-E), therefore, we focused on this stage of myogenesis.

      Our focus on differentiation over activation is further supported by multiple lines of evidence. First, analysis of publicly available transcriptome datasets reveals that Lmod1 mRNA levels actually decrease upon Muscle Stem Cell (MuSC) activation, suggesting its primary role is not during this initial phase. We added this data for clarification to Figure S1B. This aligns perfectly with our in vivo data from cardiotoxin-induced muscle regeneration, where abundance of LMOD1 protein peaks at days 4-7 post-injury — a time point coinciding with new myofiber formation and maturation — rather than during the initial activation and proliferation phase (days 1-3) (Figure 4I).

      Given this strong evidence pointing to a primary role for LMOD1 during the later stages of differentiation, we believe our current analyses are the most relevant. While single EDL fiber cultures are valuable for studying the quiescence-to-activation transition, they would not provide significant additional insight into the specific differentiation-centric mechanism we are investigating here. We are confident that our chosen readouts appropriately address Lmod1's function in the differentiation of myoblasts and formation of myotubes.

      (2) In supplementary Figure 2E, the distinction between Hoechst-positive cells and total cell counts is unclear. The authors should clarify why Hoechst-positive cells increase and relabel "reserve cells," as the term is confusing without reading the legend.

      We thank the reviewer for pointing out the confusion regarding the naming of the cell populations and the increase in Hoechst-positive cells. We have now modified this and revised the terminology used in Figure S2E to improve clarity. Specifically, we have relabeled "reserve cells" as "non-proliferating myoblasts (Ki67-/Hoechst+)" to describe these cells more accurately without requiring the legend for interpretation. Regarding the increase in Hoechst-positive cells, we observed a slight (26%) but significant decrease in the number of proliferating myoblasts (Ki67+/Hoechst+) (Figures S2D and S2E). The relative increase in non-proliferating (Ki67-/Hoechst+) cells is a consequence of the significant reduction in the number of proliferating cells (Ki67+/Hoechst+) cells. Importantly, the total cell count (sum of Ki67-/Hoechst+) and (Ki67+/Hoechst+) remained stable. This has been clarified in the revised figure legend and main text as follows:

      “This was accompanied by a proportional increase in non-proliferating myoblasts (Ki67-/Hoechst+), while the total Hoechst-positive cell count (Ki67+/Hoechst+ and Ki67-/Hoechst+) remained unchanged (Figure S2E).”

      (3) The specificity of Lmod1 and Sirt1 immunostaining needs validation using siRNA-treated samples, especially as these data form the basis of the mechanistic conclusions.

      We have validated the specificity of the LMOD1 antibody using multiple approaches. Specifically, we performed immunofluorescence and immunoblotting on Lmod1 siRNA-transfected samples, where we observed a significant reduction in the Lmod1 protein signal compared to control conditions (see manuscript data from Figure S2G).

      Additionally, LMOD1 overexpression experiments demonstrated a corresponding increase in the signal for LMOD1 using immunofluorescence analyses, confirming the specificity of the antibody for detecting LMOD1.

      For the reviewers’ interest, we add Author response image 1:

      Author response image 1.

      Specificity of antibodies detecting LMOD1. Representative immunofluorescence images of LMOD1 in primary myoblast cultures following siLmod1 knockdown, LMOD1 overexpression, or controls transfected with a non-targeting siRNA (siCtrl) after one day of differentiation. LMOD1 (purple), SIRT1 (yellow), and nuclei (Hoechst, blue). Scale bar: 10 µm.

      For the SIRT1 antibody used in our immunostaining, the specificity was validated by transfecting primary myoblasts with siRNA targeting Sirt1 and performing immunoblot analyses (Figure S5A). These showed a significant reduction in SIRT1 protein levels, confirming both the effectiveness of the siRNA and, critically, the antibody's ability to specifically recognize and detect SIRT1 protein. Furthermore, the same SIRT1 antibody was utilized in our nuclear-cytoplasmic fractionation experiments (Figure S4C), and its ability to detect SIRT1 in the expected subcellular compartments further supports its specific binding to SIRT1. While direct immunofluorescence on Sirt1 siRNA-transfected samples was not performed, the robust demonstration of the antibody's specificity for Sirt1 protein via immunoblotting (i.e., correct molecular weight band, significantly reduced by Sirt1 siRNA) and its distribution in subcellular fractions, which is fully consistent with the localization immunostaining performed at the same time points (compare Figure S4C and 5A), provide strong evidence on the antibody’s specificity, also in immunofluorescence experiments.

      (4) The authors must test the effect of Lmod1 siRNA on Sirt1 localization, as only overexpression experiments are shown

      We carefully considered performing this experiment. However, the knockdown of Lmod1 significantly impairs myogenic differentiation, a crucial cellular process that itself can influence protein localization. Consequently, if SIRT1 localization would be altered following knockdown of Lmod1, it would be challenging to disentangle whether this was a direct result of LMOD1 absence impacting SIRT1 trafficking or an indirect consequence of the cells failing to differentiate properly. This would make it difficult to draw clear conclusions regarding a direct causal link between LMOD1 and SIRT1 localization from such an experiment. Therefore, we focused on overexpression experiments, where we could demonstrate that altering LMOD1 levels is sufficient to affect SIRT1 localization. Our nuclear-cytoplasmic fractionation experiments clearly show that LMOD1 overexpression leads to changes in SIRT1 distribution (Figure 5H-K). These findings provide evidence that LMOD1 can directly modulate SIRT1 localization, supporting our mechanistic conclusions.

      (5) In Figure S3, the biotin signal in LMOD2 samples appears weak. The authors need to address whether comparing LMOD1 and LMOD2 is valid given the apparent difference in reaction efficiency. It would also help to highlight where Sirt1 falls on the volcano plot in S3B.

      We agree that the overall biotin signal on the streptavidin blot for the LMOD2-BirA* sample appears weaker than for LMOD1-BirA*. To provide a more direct comparison of the bait proteins themselves, we have now added a bar graph to the revised Figure S3D, which quantifies the relative abundance of LMOD1 and LMOD2 bait proteins in the pull down experiments. This analysis shows that the levels of LMOD1-BirA* and LMOD2-BirA* were comparable in our BioID samples. Furthermore, the validity of the LMOD2 BioID experiment is strongly supported by the identification of several known LMOD1 and LMOD2 interaction partners. As shown in the dataset, well-established interactors such as TMOD1, TPM3, and TMOD3 were identified, with some even showing stronger enrichment with LMOD2 than with LMOD1. This confirms that the biotinylation reaction was efficient enough to capture proximal proteins for both baits.

      Regarding SIRT1, we have now highlighted in yellow its position on the volcano plot in the revised Figure S3E. As can be seen, SIRT1 was identified in the LMOD1-BirA sample and showed enrichment. We believe these clarifications, along with the additional expression data and the successful identification of known interactors, confirm the validity of our comparative BioID analysis.

      (6) The immunostaining data suggest that Lmod1 remains cytoplasmic throughout differentiation, whereas Sirt1 shows transient cytoplasmic localization at day 1 of differentiation. The authors should explain why Sirt1 is not constantly sequestered if Lmod1's cytoplasmic localization is consistent. It is also unclear whether day 1 is the key time point for Lmod1 function, as its precise role during myogenesis remains ambiguous.

      We thank the reviewer for this comment. We have no data explaining why SIRT1 is not constantly sequestered while LMOD1 remains consistently cytoplasmic. We can only speculate that the transient cytoplasmic localization of SIRT1 may be linked to the availability and functional role of LMOD1 throughout the differentiation process. While LMOD1 is present at low levels in proliferating primary myoblasts, its expression increases upon the initiation of differentiation (Figure 2A). Initially, during the early stages of differentiation, LMOD1 may not be required for actin nucleation as the major remodeling of the cytoskeleton has not yet begun. During this phase, LMOD1 might have the capacity to sequester SIRT1 in the cytoplasm.

      However, as differentiation progresses and morphological changes take place, LMOD1 may switch its functional role to actin nucleation, thereby releasing SIRT1. This transition could explain why SIRT1 is free to localize transiently to the cytoplasm, particularly at day 1, when cytoskeletal remodeling is beginning but not yet fully established.

      Additionally, as LMOD1 and SIRT1 are known to colocalize in the nucleus, they may exit the nucleus together. Once in the cytoplasm, LMOD1 may become engaged in actin nucleation, allowing SIRT1 to function independently, which could explain the transient nature of SIRT1’s cytoplasmic localization.

      We have acknowledged this gap in our understanding in the discussion of the revised manuscript:

      “Our immunostaining data show that while LMOD1 is consistently cytoplasmic, its partner SIRT1 is only transiently localized in the cytoplasm. This suggests that their interaction is dynamically regulated. We hypothesize that the function of LMOD1 is determined by the changing availability of its binding partners during differentiation. During the initial phase, LMOD1 may primarily function to sequester SIRT1, a key regulator of myogenic genes. As differentiation proceeds, the increased expression of cytoskeletal components, such as its canonical partners TMODs and TPMs, likely shifts the function of LMOD1 towards its role in actin nucleation. This molecular switch, potentially driven by a change in the interactome of LMOD1, could then result in the release of SIRT1 from the cytoplasm. Such a mechanism may coordinate transcriptional regulation with cytoskeletal remodeling during myoblast differentiation.”

      (7) The introduction does not sufficiently establish the motivation or knowledge gap this work aims to address. Instead, it reads like a narration of disparate topics in a single paragraph. The authors should clarify the statement in line 150, "since this protein has been...,".

      We thank the reviewer for requesting clarification regarding our focus on LMOD1 (Introduction and Line 150 in the original submission). In the revised manuscript, we shortened the introduction and more clearly emphasized the motivation of our study:

      “Although these mechanisms contribute to remodeling the cellular architecture of MuSCs, a comprehensive understanding of the temporal dynamics of proteome remodeling during differentiation remains lacking. To address this knowledge gap, we performed an unbiased proteomic analysis of the early stages of myogenic differentiation to identify previously unrecognized proteins involved in this process and to examine how they functionally interact with established regulatory pathways.”

      Our decision to focus on LMOD1 was driven by its significant upregulation in our temporal proteome dataset, together with its previously uncharacterized role in primary myoblasts. Furthermore, to strengthen the interpretation of LMOD1’s role, particularly in the context of aging, we have integrated a new analysis of published transcriptomic datasets. This can be found in the main text as follows:

      “Surprisingly, we detected LMOD1 in freshly isolated muscle stem cells (MuSCs), but not LMOD2. Additionally, we observed that the protein levels of LMOD1 increased in MuSCs isolated from older mice (Figure 2C and Figure S1B). We further analyzed published transcriptomic data sets that describe changes between young and old MuSCs in both quiescent and activated states in young and old animals (Liu et al. 2013; Lukjanenko et al. 2016). In these analyzed transcriptomic data sets, Lmod1 was found to be significantly downregulated during the activation of MuSCs in both young and old mice (see Figure S1B).

      To assess the in vivo relevance of our finding, we queried two proteomic datasets of freshly isolated MuSCs and four different skeletal muscles (gastrocnemius, G; soleus, S; tibialis anterior, TA; extensor digitorum longus, EDL) (Schüler et al. 2021). We found LMOD2 to be the most abundant leiomodin protein in whole skeletal muscle, consistent with data from (Tsukada et al. 2010; Nworu et al. 2015; Kiss et al. 2020), while the overall abundance of LMOD1 was lower since this protein has been mainly associated with smooth muscle cells (Nanda and Miano 2012; Conley et al. 2001; Nanda et al. 2018) (Figure 2B).”

      Overall, while the identification of Lmod1 as a pro-myogenic factor is convincing, the mechanistic insights are insufficient, and the manuscript would benefit from addressing these concerns.

      We thank the reviewer for their constructive criticism. In the revised manuscript, we have strengthened our mechanistic insights and the validation of our findings by implementing the suggestions of the reviewers and including new experimental data to address their concerns.

      Reviewer #2 (Public review):

      Summary:

      In this manuscript, the authors identify Leiomodin-1 (LMOD1) as a key regulator of early myogenic differentiation, demonstrating its interaction with SIRT1 to influence SIRT1's cellular localization and gene expression. The authors propose that LMOD1 translocates SIRT1 from the nucleus to the cytoplasm to permit the expression of myogenic differentiation genes such as MYOD or Myogenin.

      Strengths:

      A major strength of this work lies in the robust temporal resolution achieved through a time-course mass spectrometry analysis of in vitro muscle differentiation. This provides novel insights into the dynamic process of myogenic differentiation, often under-explored in terms of temporal progression. The authors provide a strong mechanistic case for how LMOD1 exerts its role in muscle differentiation which opens avenues to modulate.

      We thank the reviewer for the positive feedback on our manuscript and the insightful comments which helped to improve the manuscript!

      Weaknesses:

      One limitation of the study is the in vivo data. Although the authors do translate their findings in vivo for LMOD1 localization and expression, the cross-sectional imaging is not highly convincing. Longitudinal cuts or isolated fibers could have been more useful specimens to answer these questions. Moreover, the authors do not assess their in vitro SIRT1 findings in vivo. A few key experiments in regenerating or aged mice would strengthen the mechanistic insight of the findings.

      We agree that longitudinal cuts and isolated fibers can provide excellent morphological detail for specific questions. However, for our primary objective in this study, which was to assess the temporal expression and localization of LMOD1 across the tissue during the regeneration process, we decided that cross-sectional analysis provided the most robust and reliable overview. Cross-sectional imaging effectively captures the spatial distribution of LMOD1 across multiple myofibers and their surrounding microenvironment, simultaneously assessing the whole cross-sectional area. By using this approach, we were able to evaluate the broader tissue architecture and cellular context, which was essential for understanding the dynamic changes occurring during regeneration. We were also able to investigate all myofibers of a muscle, and not only a small proportion, which we would analyze with longitudinal sections and isolated myofibers. Therefore, we continued using cross-sections for further analyses.

      We fully agree with the reviewer that validating our in vitro SIRT1 findings in an in vivo context is an essential next step. To address this, we performed additional analyses on our existing regenerating muscle samples and incorporated new immunostainings for SIRT1 and PAX7 into the regeneration time-course (now shown in revised Figure 4I), providing further in vivo support for our proposed mechanism. We focused specifically on cross-sections collected at day 5 post-injury, a time point selected based on the peak in LMOD1 expression, to assess whether SIRT1 levels increase in parallel with LMOD1 during regeneration. Notably, SIRT1 abundance is elevated at day 5 post-injury, underscoring its involvement in early myogenic differentiation. This conclusion is further supported by the localization of SIRT1 within mononucleated cells and newly formed myofibers at this stage of regeneration.

      Finally, we agree that further mechanistic studies in vivo would be highly valuable. While we were able to address SIRT1 dynamics in our regeneration model as suggested, an aged mouse cohort was unfortunately not available to us for this kind of study. Furthermore, more extensive in vivo experiments, such as those involving genetic manipulation, were beyond the scope of the current study, partly due to constraints related to animal welfare regulations and our approved experimental protocols.

      Discussion:

      Overall, the study emphasizes the importance of understanding the temporal dynamics of molecular players during myogenic differentiation and provides valuable proteomic data that will benefit the field. Future studies should explore whether LMOD1 modulates the nuclear-cytoplasmic shuttling of other transcription factors during muscle development and how these processes are mechanistically achieved. Investigating whether LMOD1 can be therapeutically targeted to enhance muscle regeneration in contexts such as exercise, aging, and disease will be critical for translational applications. Additionally, elucidating the interplay among LMOD1, LMOD2, and LMOD3 could uncover broader implications for actin cytoskeletal regulation in muscle biology.

      We thank the reviewer for this excellent suggestion for future analyses. We have included these important considerations and future avenues in the Discussion of the revised manuscript:

      “Our immunostaining data show that while LMOD1 is consistently cytoplasmic, its partner SIRT1 is only transiently localized in the cytoplasm. This suggests that their interaction is dynamically regulated. We hypothesize that the function of LMOD1 is determined by the changing availability of its binding partners during differentiation. During the initial phase, LMOD1 may primarily function to sequester SIRT1, a key regulator of myogenic genes. As differentiation proceeds, the increased expression of cytoskeletal components, such as its canonical partners TMODs and TPMs, likely shifts the function of LMOD1 towards its role in actin nucleation. This molecular switch, potentially driven by a change in the interactome of LMOD1, could then result in the release of SIRT1 from the cytoplasm. Such a mechanism may coordinate transcriptional regulation with cytoskeletal remodeling during myoblast differentiation.”

      “Moreover, delineating the functional specialization and potential redundancy among leiomodin proteins represents an important next step. Our data indicate that LMOD1 primarily regulates early myogenic differentiation (Figure 3). In contrast, the lack of an early functional phenotype upon LMOD2 depletion, together with its upregulation at later stages (Figure S2A), suggests a temporal shift in regulatory control. Accordingly, a systematic comparative analysis of LMOD1, LMOD2, and LMOD3 will be required to elucidate their distinct roles in actin cytoskeleton regulation across the myogenic program, particularly with respect to myofibril maturation and maintenance.”

      Recommendations for the authors:

      Reviewer #2 (Recommendations for the authors):

      Major Changes:

      (1) In Vivo Data on SIRT1:

      The inclusion of in vivo data on SIRT1 localization and expression would significantly strengthen the manuscript. Similar staining techniques used for LMOD1 could be applied to SIRT1. Additionally, imaging muscle specimens such as longitudinal sections or isolated myofibers would provide clearer insights into SIRT1's spatial distribution and improve upon the less convincing cross-sectional images currently presented (Figure 2).

      We fully agree that providing in vivo data on SIRT1 localization and expression is a crucial step to support our in vitro findings. Following the reviewer's suggestion, we have performed new experiments on muscle regeneration samples using the analyses of cross-sections as done for the analysis of LMOD1 localization. Specifically, we performed immunostaining for SIRT1 on cross-sections from muscle samples collected at day 5 post-injury, a time point selected based on the observed peak in LMOD1 expression. These new data (now included in revised Figure 4I) allowed us to assess whether SIRT1 levels increase during regeneration in parallel with an increase in LMOD1 abundance.

      Regarding the suggestion to use longitudinal sections or isolated myofibers, we agree that these preparations offer excellent answers for certain questions. For the primary goal of our study, to assess the temporal expression changes across the entire regenerating tissue at different time points, we found that cross-sections provided the most comprehensive and robust overview and therefore did not use longitudinal sections or isolated myofibers. 

      Performing additional animal experiments to obtain these specific preparations was beyond the scope of the current study and subject to constraints from our approved animal welfare protocols.

      (2) Morphology of siLmod1 Cells:

      The morphology of siLmod1-treated cells in vitro (Figure 3) raises concerns. Assessing cell viability or cell death in these experiments would help ensure that differences are not due to dead or unhealthy cells being quantified. There is also a notable discrepancy between the control panels in Figures 3C and 3H compared to the experimental conditions in 3F and 3K, particularly in terms of cell length and morphology. These inconsistencies should be addressed or clarified.

      We acknowledge the visual discrepancies in cell morphology noted by the reviewer (e.g., between Figures 3C/3H and 3F/3K). These differences can be attributed to biological variability between primary myoblast cultures isolated from different mice. Such variability includes differences in myogenic potential and the fact that cells are not synchronized, leading to variations in differentiation efficiency, baseline morphology, and cell length across cultures (Cornelison 2008; Vaughan and Lamia 2019). To account for this, we decided to use n=6 biological replicates, i.e., primary myoblast cultures isolated from 6 different mice, for immunofluorescence analysis, ensuring robust quantitative data. Furthermore, we confirmed that this phenotype was not an artifact of culture conditions, as we consistently observed the same effect of Lmod1 knockdown independently of the passage number of the myoblasts or the donor mouse.

      To address the concerns that morphological changes in siLmod1-treated cells might reflect cell death, we performed a TUNEL assay (transfection at day 1, analysis at day 3 of differentiation). This revealed no significant increase in TUNEL-positive (apoptotic) cells in siLmod1- (or siSirt1-) transfected samples versus siCtrl-transfected cells. These new data have been added to the revised manuscript as Supplementary Figure S2I. The TUNEL data indicate that the observed morphological changes upon knockdown of Lmod1 are not due to induced cell death. Supported by these results, our interpretation is that knockdown of Lmod1 impairs or arrests differentiation rather than causing cell death. Furthermore, our quantification of different cell populations showed shifts indicative of impaired differentiation (e.g., accumulation of cells at earlier stages) without exhibiting significant loss in cell numbers. For example, the numbers of myogenin+/MHC- and myogenin+/MHC+ cell populations, and differentiated myotubes, were not significantly reduced after transfection with siLmod1. A slight, not significant trend towards fewer non-proliferating myoblasts/reserve cells characterized by the expression of Myogenin-/MHC-Hoechst+ (Figure S2H) was noted. Overall, cells appeared to be 'stuck' in differentiation, consistent with the role of Lmod1 in impairing differentiation but not causing cell death. We have further clarified this aspect in the revised manuscript.

      (3) LMOD1 and SIRT1 Interaction in Myogenic Cells:

      Strengthening the connection between LMOD1 and SIRT1 within the myogenic system would enhance the manuscript. Could proximity ligation assays (PLA) be performed in myogenic cells, as was done in HEK293T cells? Additionally, investigating whether SIRT1 remains in the nucleus upon LMOD1 knockdown using siRNA would provide mechanistic insight into their interaction during myogenic differentiation.

      We would like to clarify that the Proximity Ligation Assays (PLA) shown in Figure 4H were indeed performed in primary myoblasts, confirming the LMOD1-SIRT1 interaction directly in a myogenic context. We have modified the text to clarify that primary myoblasts were used for the PLA assays.

      Minor Points:

      (1) Was Lmod1 knockdown confirmed in vivo?

      To target Lmod1 in Muscle Stem Cells (MuSCs) in vivo, we utilized self-delivering Accell siRNAs. This delivery system has been previously validated and shown to be highly effective for targeting MuSCs in regenerating muscle (Bentzinger et al., Cell Stem Cell, 2013).

      While this is an established method for delivery, confirming knockdown specifically within the rare MuSC population is technically challenging using bulk tissue analysis, as the target signal is diluted by numerous other cell types. 

      Therefore, to ensure the efficacy of our specific siRNA, we performed in vitro validation. For the reviewers' interest, we add Author response image 2 showing the efficiency of the respective siRNAs:

      Author response image 2.

      Knockdown efficiency of siRNAs targeting Lmod1 and Lmod2 following using the same self-delivering siRNA in proliferating primary myoblasts as used in in vivo experiments. Self-delivering Accell siRNA was added to primary myoblasts cultured in low serum media for 48 hours. Relative mRNA expression levels of Lmod1 and Lmod2 were measured after self-delivering Accell siRNA transfection targeting either Lmod1 (siLmod1) or Lmod2 (siLmod2). Expression levels were compared to control siRNA-transfected cells (siCtrl) and normalized to Gapdh expression.

      Based on the documented efficacy of this delivery system from prior literature and our own validation of the specific siRNAs used here, we are confident in the knockdown efficiency of the respective siRNAs. We decided not to perform additional animal experiments due to animal welfare considerations.

      (2) Some of the western blot bands do not appear to match the expected patterns for the tested proteins compared to controls (e.g., Figure S2J, S4C). Ensure that these are accurately labeled and include the entire membrane for transparency and reproducibility.

      Regarding Figure S2J, we agree that the presentation could be confusing to the reader. The blot shows LMOD1 and LMOD2 knockdown, while the bar plot quantifies only the change in LMOD2 levels. We have now revised the figure legend to explicitly state this. We hope this makes the presentation of our data clearer.

      For Figure S4C, we believe the concern about 'patterns' relates to loading variability. In this experiment, we manually counted the nuclei before lysis to ensure that each nuclear fraction started with an equal amount of material. We then loaded the cytoplasmic fractions in proportion to these counts. The purity of the fractions was additionally confirmed using nuclear (H4) and cytoplasmic (ALDOA) markers. As stated in the figure, the nuclear/cytoplasmic ratio of LMOD1 or SIRT1 was normalized across the entire lane of the Ponceau S staining, which we have now clarified in the relevant figure legends.

      Finally, regarding transparency, the presented immunoblot images are representative crops, which is standard practice for clarity. We are committed to reproducibility and will provide full, uncropped scans of all blots in the final version of the manuscript, in line with eLife publishing guidelines. 

      (3) Figure S1B appears to reuse images from Figure 2D (rotated). Verify that this is acceptable for the journal's guidelines, and if necessary, provide additional justification or clarification.

      We acknowledge that the image presented in Figure S1B was accidentally reused as a representative example in Figure 2D. To address this and prevent any potential redundancy or confusion, we have revised Figure S1B by replacing the duplicated image with a different, representative example from our dataset. The updated figure now contains unique image data, and we believe this revision fully resolves the concern.

      (4) Ensure consistent scale bars across images, particularly in Figures 3C and 3H, where discrepancies might affect interpretation.

      We thank the reviewer for pointing this out, we have now standardized all scale bars throughout the manuscript to ensure consistency. All immunofluorescence images of cultured cells (including Fig 3C and 3H) now have a 50 µm scale bar, and all tissue cross-sections have a 100 µm scale bar. This change has been implemented in the revised figures.

      Reviewer #3 (Public review):

      Summary:

      In this manuscript, the investigators identified LMOD1 as one of a subset of cytoskeletal proteins whose levels increase in the early stages of myogenic differentiation. Lmod1 is understudied in striated muscle and in particular in myogenic differentiation. Thus, this is an important study. It is also a very thorough study - with perhaps even too much data presented. Importantly, the investigators observed that LMOD1 appears to be important for skeletal regeneration, and myogenic differentiation and that it interacts with SIRT1. Both primary myoblast differentiation and skeletal muscle regeneration were studied. Rescue experiments confirmed these observations: SIRT1 can rescue perturbations of myogenic differentiation as a result of LMOD1 knockdown.

      Strengths:

      Particular strengths include: important topic, the use of primary skeletal cultures, the use of both cell culture and in vivo approaches, careful biomarker analysis of primary mouse myoblast differentiation, the use of two methods to probe the function of the Lmod1/SIRT1 pathway via using depletion approaches and inhibitors, and generation of six independent myoblast cultures. Results support their conclusions.

      We thank the reviewer for the positive assessment of our work and the helpful comments for improving our manuscript.

      Weaknesses:

      (1) Figure 1. Images of cells in Figure 1A are too small to be meaningful (especially in comparison to the other data presented in this figure). Perhaps the authors could make graphs smaller?

      We have adjusted the size of the images across all figure panels to ensure better visibility and clarity. We hope these adjustments improve the presentation of the data.

      (2) Line 148 "We found LMOD2 to be the most abundant Lmod in the whole skeletal muscle." This is confusing since most, if not all, prior studies have shown that Lmod3 is the predominant isoform in skeletal muscle. The two papers that are cited are incorrectly cited. Clarification to resolve this discrepancy is needed.

      We acknowledge that LMOD2 and LMOD3 are predominantly expressed in skeletal and cardiac muscles (Tsukada et al. 2010; Nworu et al. 2015), www.proteinatlas.org) and LMOD3’s transcription is directly regulated by MRTF/SRF and MEF2 to coordinate sarcomeric assembly (Cenik et al. 2015). However, our statement refers specifically to the analysis of the proteomic datasets from freshly isolated MuSCs and four distinct skeletal muscles (G, S, TA, EDL) generated by Schüler et al. 2021. Crucially, LMOD3 was not detected in the quantitative mass spectrometry data for the EDL, G, S, or TA muscle samples analyzed in this specific study. In the context of this particular dataset, LMOD2 was the most highly abundant Leiomodin isoform detected in the whole skeletal muscle samples. This finding suggests a differential expression and function between LMOD isoforms depending on the muscle type and/or developmental/regenerative state. We have revised and corrected this clarification in the manuscript, including correcting the initial citations.

      (3) Figure 2. Immunoflorescence (IF) panels are too small to be meaningful. Perhaps the graphs could be made smaller and more space allocated for the IF panels? This issue is apparent for just about all IF panels - they are simply too small to be meaningful. Additionally, in many of the immunofluorescence figures, the colors that were used make it difficult to discern the stained cellular structures. For example, in Figure S1, orange and purple are used - they do not stand out as well as other colors that are more commonly used.

      We agree that the IF panels were too small for optimal interpretation and have adjusted them in Figure 2 and throughout the manuscript. Regarding the color choices, we appreciate the reviewer's comments. Our initial selection (e.g., orange and purple in Figure S1) was intended to enhance accessibility for individuals with common color vision deficiencies, including red-green color blindness. However, we acknowledge the reviewer's point that these combinations provided insufficient contrast for discerning cellular structures. Therefore, we have revised the color schemes to use green, red, and blue, which should offer improved contrast.

      (4) There is huge variability in many experiments presented - as such, more samples appear to be required to allow for meaningful data to be obtained. For example, Figure S2. Many experimental groups, only have 3 samples - this is highly problematic - I would estimate that 5-6 would be the minimum.

      We thank the reviewer for the comment regarding experimental variability and sample size. In our study, n=3 biological replicates, i.e., independent primary cell cultures obtained from different mice, were primarily used for immunoblots. We acknowledge that variability can be observed between distinct primary cell cultures due to factors such as inherent differences in myogenic potential, cell cycle state (as cells were not synchronized), and passage number. Importantly, despite this inter-sample variation, the investigated phenotypes showed consistent trends across biological replicates. Rather than increasing the number of replicates for immunoblots, we opted for validating our key findings using independent approaches with a higher number of replicates. For instance, qRT-PCR analyses (to confirm knockdown efficiency) and immunofluorescence analyses were mostly performed using five to six independent myoblast cultures (biological replicates).

      (5) Ponceau S staining is often used as a loading control in this manuscript for western blots. The area/molecular weight range actually used should be specified. Not clear why in some experiments GAPDH staining is used, in other experiments Ponceau S staining is used, and in some, both are used. In some experiments, the variability of total protein loaded from lane to lane is disconcerting. For example, in Figure S4C there appears to be more than normal variability. Can the protein assay be redone and samples run again?

      We have clarified in the relevant figure legends that Ponceau S normalization, when used, was based on the quantification of the entire lane. Our standard loading control is GAPDH. We used Ponceau S for normalization only when GAPDH was deemed unsuitable, e.g., in nuclear-cytoplasmic fractionation experiments where GAPDH is not present in all fractions.

      Concerning the variability observed in Figure S4C, we manually counted the nuclei before lysis to ensure that each nuclear fraction started with an equal amount of material. We then loaded the cytoplasmic fractions in proportion to these counts. The purity of the fractions was additionally confirmed using nuclear (H4) and cytoplasmic (ALDOA) markers. The nuclear/cytoplasmic ratio of LMOD1 or SIRT1 was normalized across the entire lane of the Ponceau S staining, which we have now clarified in the relevant figure legends.

      (6) Figure S3 - Lmod3 is included in the figure but no mention of it occurs in the title of the figure and/or legend.

      We wish to clarify that the protein identified in Figure S3 is TMOD3 (Tropomodulin 3), not LMOD3. TMOD3 is a known pointed-end capping protein regulating the actin filament nucleation process together with LMODs (Fowler and Dominguez 2017; Boczkowska et al. 2015), so its presence in our dataset was expected and helps validate our results.

      (7) Abstract, line 25. "overexpression accelerates and improves the formation of myotubes". This is a confusing sentence. How is it improving the formation? A little more information about how they are different than developing myotubes in normal/healthy muscles would be helpful.

      We thank the reviewer for the comment. To clarify, we have revised the sentence in line 25 to "improves the initiation of myotube formation." This change reflects our observation that overexpression of LMOD1 leads to a more rapid onset of myotube formation, as evidenced by earlier expression of differentiation markers and accelerated fusion of myoblasts into myotubes compared to GFP overexpression myoblast cell line. These findings suggest that LMOD1 overexpression enhances the efficiency of the early stages of differentiation and fusion, thereby contributing to improved initiation of myotube formation.

      (8) It is impossible from the IF figures presented to determine where Lmod1 localizes in the myocytes. Information on its subcellular localization is important. Does it localize with Lmod2 and Lmod3 at thin filament pointed ends?

      Several publications suggest that LMODs are involved in actin nucleation and interact with TMODs at the thin filament pointed ends (Boczkowska et al. 2015; Fowler and Dominguez 2017; Fowler, Greenfield, and Moyer 2003; Tsukada et al. 2010; Rao, Madasu, and Dominguez 2014). We performed F-actin (Phalloidin) staining together with LMOD1 staining and observed possible co-localization (see Author response image 3). Specifically, we noted an accumulation of LMOD1 at the ends of myocytes, indicating that LMOD1 might play a role in the elongation and guidance of myotube differentiation. For the reviewer’s interest, we include Author response image 3 as it was not part of the original manuscript. While performing subcellular localization stainings, we added the F-actin/Phalloidin staining to explore potential interactions, but this aspect was not further investigated in the current study.

      Author response image 3.

      Co-staining of LMOD1 and Phalloidin in differentiating myocytes.Example image showing immunofluorescence staining of LMOD1 (purple) and F-actin (green; Phalloidin) in differentiating primary myocytes. LMOD1 appears to accumulate at the ends of elongated myocytes and co-localizes with actin structures (highlighted in boxes), suggesting a potential role in myotube elongation and guidance during differentiation.

      Our study focused on a distinct role for LMOD1, independent from its function in actin filament nucleation, and we therefore did not pursue further co-localization staining with LMOD2 or LMOD3. We recognize the potential importance of exploring these interactions and their relevance to thin filament organization in skeletal muscle. However, although this was beyond the scope of our current work, we will investigate this aspect in the future.

      References

      Boczkowska, Malgorzata, Grzegorz Rebowski, Elena Kremneva, Pekka Lappalainen, and Roberto Dominguez. 2015. “How Leiomodin and Tropomodulin Use a Common Fold for Different Actin Assembly Functions.” Nature Communications 6 (1): 8314.

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      Nworu, Chinedu U., Robert Kraft, Daniel C. Schnurr, Carol C. Gregorio, and Paul A. Krieg. 2015. “Leiomodin 3 and Tropomodulin 4 Have Overlapping Functions during Skeletal Myofibrillogenesis.” Journal of Cell Science 128 (2): 239–50.

      Rao, Jampani Nageswara, Yadaiah Madasu, and Roberto Dominguez. 2014. “Mechanism of Actin Filament Pointed-End Capping by Tropomodulin.” Science 345 (6195): 463–67.

      Schüler, Svenja C., Joanna M. Kirkpatrick, Manuel Schmidt, Deolinda Santinha, Philipp Koch, Simone Di Sanzo, Emilio Cirri, Martin Hemberg, Alessandro Ori, and Julia von Maltzahn. 2021. “Extensive Remodeling of the Extracellular Matrix during Aging Contributes to Age-Dependent Impairments of Muscle Stem Cell Functionality.” Cell Reports 35 (10): 109223.

      Tsukada, Takehiro, Christopher T. Pappas, Natalia Moroz, Parker B. Antin, Alla S. Kostyukova, and Carol C. Gregorio. 2010. “Leiomodin-2 Is an Antagonist of Tropomodulin-1 at the Pointed End of the Thin Filaments in Cardiac Muscle.” Journal of Cell Science 123 (Pt 18): 3136–45.

      Vaughan, Megan, and Katja A. Lamia. 2019. “Isolation and Differentiation of Primary Myoblasts from Mouse Skeletal Muscle Explants.” Journal of Visualized Experiments: JoVE, no. 152 (October). https://doi.org/10.3791/60310.

    1. Reviewer #1 (Public review):

      In this study, the noncanonical amino acid acridon-2-ylalanine (Acd) was inserted at various positions within the human Hv1 protein using a genetic code expansion approach. The purified mutants with incorporated fluorophore were shown to be functional using a proton flux assay in proteoliposomes. FRET between native tryptophan and tyrosine residues and Acd were quantified using spectral FRET analysis. Predicted FRET efficiencies calculated from an AlphaFold model of the Hv1 dimer were compared to the corresponding experimental values. Spectral FRET analysis was also used to test whether structural rearrangements caused by Zn2+, a well-known Hv1 inhibitor, could be detected. The experimental data provide a good validation of the approach, but further expansion of the analysis will be necessary to differentiate between intra- and intersubunit structural features.

      Interestingly, the observed rearrangements induced by Zn2+ were not limited to the protein region proximal to the extracellular binding site but extended to the intracellular side of the channel. This finding agrees with previous studies showing that some extracellular Hv1 inhibitors, such as Zn2+ or AGAP/W38F, can cause long-range structural changes propagating to the intracellular vestibule of the channel (De La Rosa et al. J. Gen. Physiol. 2018, and Tang et al. Brit J. Pharm 2020). The authors should consider adding these references.

      Since one of the main goals of this work was to validate Acd incorporation and the spectral FRET analysis approach to detect conformational changes in hHv1 in preparation for future studies, the authors should consider removing one subunit from their dimer model, recalculating FRET efficiencies for the monomer, and comparing the predicted values to the experimental FRET data. This comparison could support the idea that the reported FRET measurements can inform not only on intrasubunit structural features but also on subunit organization.

    1. Reviewer #1 (Public review):

      Summary:

      This revised manuscript describes critical intermediate reaction steps of a HA synthase at the molecular level; specifically, they examine the 2nd step, polymerization, adding GlcA to GlcNAc to form the initial disaccharide of the repeating HA structure. Unlike the vast majority of known glycosyltransferases, the viral HAS (a convenient proxy extrapolated to resemble the vertebrate forms) uses a single pocket to catalyze both monosaccharide transfer steps. The authors work illustrates the interactions needed to bind & proof-read the UDP-GlcA using direct and '2nd layer' amino acid residues. This step also allows the HAS to distinguish the two UDP-sugars; this is very important as the enzymes are not known or observed to make homopolymers of only GlcA or GlcNAc, but only make the HA disaccharide repeats GlcNAc-GlcA.

      Strengths:

      Techniques & analysis; overview of HA synthase mechanisms

      Weaknesses:

      None

      Comments on revisions:

      Previous clarity issues in the original submission were all resolved. Again, this is a very well done body of work!!

    2. Reviewer #2 (Public review):

      Summary:

      The paper by Stephens and co-workers provides important mechanistic insight into how hyaluronan synthase (HAS) coordinates alternating GlcNAc and GlcA incorporation using a single Type-I catalytic centre. Through cryo-EM structures capturing both "proofreading" and fully "inserted" binding poses of UDP-GlcA, combined with detailed biochemical analysis, the authors show how the enzyme selectively recognizes the GlcA carboxylate, stabilizes substrates through conformational gating, and requires a priming GlcNAc for productive turnover.

      These findings clarify how one active site can manage two chemically distinct donor sugars while simultaneously coupling catalysis to polymer translocation.

      The work also reports a DDM-bound, detergent-inhibited conformation that possibly illuminates features of the acceptor pocket, although this appears to be a purification artefact (it is indeed inhibitory) rather than a relevant biological state.

      Overall, the study convincingly establishes a unified catalytic mechanism for Type-I HAS enzymes and represents a significant advance in understanding HA biosynthesis at the molecular level.

      Strengths:

      There are many strengths.

      This is a multi-disciplinary study with very high-quality cryo-EM and enzyme kinetics (backed up with orthogonal methods of product analysis) to justify the conclusions discussed above.

      Comments on revisions:

      The suggestions made in the initial comments have all been responded to very well.

    3. Author response:

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public review):

      Summary:

      This manuscript describes critical intermediate reaction steps of a HA synthase at the molecular level; specifically, it examines the 2nd step, polymerization, adding GlcA to GlcNAc to form the initial disaccharide of the repeating HA structure. Unlike the vast majority of known glycosyltransferases, the viral HAS (a convenient proxy extrapolated to resemble the vertebrate forms) uses a single pocket to catalyze both monosaccharide transfer steps. The authors' work illustrates the interactions needed to bind & proof-read the UDP-GlcA using direct and '2nd layer' amino acid residues. This step also allows the HAS to distinguish the two UDP-sugars; this is very important as the enzymes are not known or observed to make homopolymers of only GlcA or GlcNAc, but only make the HA disaccharide repeats GlcNAc-GlcA.

      Strengths:

      Overall, the strengths of this paper lie in its techniques & analysis.

      The authors make significant leaps forward towards understanding this process using a variety of tools and comparisons of wild-type & mutant enzymes. The work is well presented overall with respect to the text and illustrations (especially the 3D representations), and the robustness of the analyses & statistics is also noteworthy.

      Furthermore, the authors make some strides towards creating novel sugar polymers using alternative primers & work with detergent binding to the HAS. The authors tested a wide variety of monosaccharides and several disaccharides for primer activity and observed that GlcA could be added to cellobiose and chitobiose, which are moderately close structural analogs to HA disaccharides. Did the authors also test the readily available HA tetramer (HA4, [GlcA-GlcNAc]2) as a primer in their system? This is a highly recommended experiment; if it works, then this molecule may also be useful for cryo-EM studies of CvHAS as well.

      The reviewer requested testing whether an HA tetratsaccharide could also serve as an glycosyl transfer acceptor for HAS. The commerically available HA tetrasaccharide (HA4) is terminated at its non-reducing end by GlcA, therein we proceeded to measure its effect on UDP-GlcNAc turnover kientics. Titration of HA4 failed to elicit any detectable change in UDP-GlcNAc turnover rate, indicating no priming. This is now mentioned in the main text and the data is shown in Fig. S9.

      Weaknesses:

      In the past, another report describing the failed attempt of elongating short primers (HA4 & chitin oligosaccharides larger than the cello- or chitobiose that have activity in this report) with a vertebrate HAS, XlHAS1, an enzyme that seems to behave like the CvHAS ( https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10473619/); this work should probably be cited and briefly discussed. It may be that the longer primers in the 1999 paper and/or the different construct or isolation specifics (detergent extract vs crude) were not conducive to the extension reaction, as the authors extracted recombinant enzyme.

      We apologize for the oversight. This reference is now cited (ref. 18) together with the description of the failed elongation of HA4 by CvHAS.

      There are a few areas that should be addressed for clarity and correctness, especially defining the class of HAS studied here (Class I-NR) as the results may (Class I-R) or may not (Class II) align (see comment (a) below), but overall, a very nicely done body of work that will significantly enhance understanding in the field.

      Done as requested

      Reviewer #2 (Public review):

      Summary:

      The paper by Stephens and co-workers provides important mechanistic insight into how hyaluronan synthase (HAS) coordinates alternating GlcNAc and GlcA incorporation using a single Type-I catalytic centre. Through cryo-EM structures capturing both "proofreading" and fully "inserted" binding poses of UDP-GlcA, combined with detailed biochemical analysis, the authors show how the enzyme selectively recognizes the GlcA carboxylate, stabilizes substrates through conformational gating, and requires a priming GlcNAc for productive turnover.

      These findings clarify how one active site can manage two chemically distinct donor sugars while simultaneously coupling catalysis to polymer translocation.

      The work also reports a DDM-bound, detergent-inhibited conformation that possibly illuminates features of the acceptor pocket, although this appears to be a purification artefact (it is indeed inhibitory) rather than a relevant biological state.

      Overall, the study convincingly establishes a unified catalytic mechanism for Type-I HAS enzymes and represents a significant advance in understanding HA biosynthesis at the molecular level.

      Strengths:

      There are many strengths.

      This is a multi-disciplinary study with very high-quality cryo-EM and enzyme kinetics (backed up with orthogonal methods of product analysis) to justify the conclusions discussed above.

      Weaknesses:

      There are few weaknesses.

      The abstract and introduction assume a lot of detailed prior knowledge about hyaluronan synthases, and in doing so, risk lessening the readership pool.

      A lot of discussion focuses on detergents (whose presence is totally inhibitory) and transfer to non-biological acceptors (at high concentrations). This risks weakening the manuscript.

      The abstract and parts of the introduction have been revised to address the reviewer’s concerns.

      Reviewer #1 (Recommendations for the authors):

      (1) As noted above, please state in title, abstract & introduction that this work is focused on a "Class I-NR HAS" (as described in Ref. #4), and NOT all HAS families...this is truly essential to note as someone working with the Pasteurella HAS version (Class II) would be totally misled & at this point, no one knows the Streptococcus HAS (Class-IR) mechanistic details which could be different due to its inverse molecular directionality of elongation compared to the CvHAS Class I-NR enzyme.

      Done as requested.

      (2) Page 6 - for the usefulness of the HAS mutants as being folded correctly, it was stated these mutants are suitable since they all 'purify' similarly...the use of the more proper term should probably be 'chromatograph', similarly suggesting similar hydrodynamic radii without massive folding issues.

      This has been revised to state that they all exhibited comparable size exclusion chromatography profiles.

      “All mutants share similar size exclusion chromatography profiles with the WT enzyme, suggesting that the substitutions do not cause a folding defect (Fig. S3).”

      (3) Page 7 - please check these sentences (& rest of paragraph?) as the meaning is not clear. "First, UDP-GlcNAc was titrated in the presence of excess UDP-GlcA, resulting in a response similar to the acceptor-free condition (Fig. 2C). However, the maximum reaction velocity at 20 mM UDP-GlcNAc was approximately 25% lower than that measured in the presence of UDP-GlcNAc only (Fig. 2C)."

      The paragraph has been revised to avoid confusion.

      (4) In Methods, please use an italicized 'g' for the centrifugation steps globally.

      Changed as requested

      (5) Please note the source/vendor for the HA standards on gels.

      Done

      (6) Page 35 - TLC section.

      (a) 'n-butanol' (with italic n) is the most widespread chemical name (not butan-1-ol).

      Done

      (b) Also, for all of the TLC images, the origin and the solvent front should be marked.

      Changed as suggested.

      Reviewer #2 (Recommendations for the authors):

      A number of minor issues should be addressed.

      (1) Abstract

      Two comments on the Abstract, which I found surprisingly weak given the quality of the work, and lacking a key detail.

      A major conceptual contribution of this work is the demonstration of how a single Type-I catalytic centre discriminates, positions, and transfers two chemically distinct substrates in an alternating pattern. This distinguishes HAS from dual-active-site (Type-II) glycosyltransferases and is important for understanding HA polymerization.

      However, this central point is not clearly articulated in the abstract. I suggest explicitly stating that HAS performs both GlcNAc and GlcA transfer reactions within a single catalytic site, and that the proofreading/inserted poses illuminate how this multifunctionality is achieved.

      The abstract currently ends with the observation of a DDM-bound, detergent-inhibited state. While this is interesting, it absolutely does not represent the central conceptual advance of the study and gives the abstract an artefactual ending.

      I strongly recommend revising the final sentences to emphasize the broader mechanistic insight and not an "artefact" (indeed, the enzyme is inactive in the presence of this detergent; it is thus a very unusual way to conclude an abstract).

      That is, finish with the wider implications of how HAS coordinates alternating substrate use, proofreading, and polymer translocation. Ending on the main mechanistic or biological significance would make the abstract considerably stronger and more aligned with the main message of the paper.

      The abstract has been revised thoroughly to reflect the important insights gained on CvHAS’ catalytic function and HA biogenesis in general.

      (2) Introduction

      The distinction between single active-centre enzymes, which transfer both sugars alternately, and twin catalytic domain enzymes that each perform one addition is surely central to the whole paper. But it is not discussed. Surely this has to be covered. There is a lot of work in this space, including, but not limited to:

      https://doi.org/10.1093/glycob/cwg085

      https://doi.org/10.1093/glycob/10.9.883

      https://doi.org/10.1093/glycob/cwad075 (includes this author team)

      Originally back to https://doi.org/10.1021/bi990270y

      If the authors instead assume such a level of knowledge for the reader, then surely they are writing for a specialist audience, not consistent with the wider readership ambitions of eLife?

      The Introduction has been revised as suggested by the reviewer, providing necessary background to frame our description of the Chlorella virus HAS. We made a deliberate effort to put new insights into a broader context.

      (3) Results and Discussion

      DDM "was observed for >50% of the analysed particles". I struggled with this. I couldn't understand how the authors selected particles that did or did not contain DDM. The main body text states: "To our surprise, careful sorting of the UDP-GlcA supplemented cryo EM dataset revealed a CvHAS subpopulation that was not bound to the substrate, but, instead, a DDM molecule near the active site (Fig 3A and S7). This was observed for >50% of the analyzed particles."

      That reads like there is one sample with two populations. But the figures and the methods section suggest differently: they suggest two samples with different data-collection regimes. That does not match the main text. Could this be clarified?

      Yes, that wasn’t explained well. We clarified the text to stress that the DDM-bound sample came from a dataset that was intended to resolve an UDP-GlcA-bound state, but instead revealed the inhibition by DDM.

      Also in this space, in the modern world, "nominal magnification" has no real meaning, and calibrated pixel size would be more appropriate. Can this be given, please?

      The relevant Methods section now states: “imaging of … was performed at a calibrated pixel size of 0.652 Å”.

      The discovery of DDM in the active site is surprising. But it is an inhibitory artefact. Is this section pushed a little too hard? Also, "The coordination of DDM's maltoside moiety, an αlinked glucose disaccharide, is consistent with priming by cellobiose and chitobiose." I'm not sure why an α-linked maltose is consistent with the binding of a β-linked cellobiose. That makes no sense. There will be no other enzymes where starch and cellulose oligos are mutually accepted. Consider rewriting.

      We like to stress the DDM coordination because it could lead to the development of compounds that can really function as inhibitors, either for HAS or other related enzymes. In the observed DDM binding pose, the alpha-linkage is not recognized. Instead, the reducing end glucosyl unit stacks against Trp342 while the non-reducing unit extends into the catalytic pocket. Hence, a similar binding pose is conceivable for cellobiose and potentially also for chitobiose. The relevant section has been reworded.

    1. Author response:

      The following is the authors’ response to the original reviews

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public review):

      This work shows that resistance profiles to a variety of drugs are variable between different mycobacterial species and are not correlated with growth rate or intrabacterial compound concentration (at least for linezolid, bedaquiline, and Rifampicin). Note that intrabacterial compound concentration does not distinguish between cytosolic and periplasmic/cell wall-associated drugs. The susceptibility profiles for a wide range of mycobacteria tested under the same conditions against 15 commonly used antimycobacterial drugs provide the first recorded cross-species comparison which will be a valuable resource for the scientific community. To understand the reasons for the high Rifampicin resistance seen in many mycobacteria, the authors confirm the presence of the arr gene known to encode a Rif ribosyltransferase involved in Rif resistance in M. smegmatis in the resistant mycobacteria after confirming the absence of on-target mutations in the RpoB RRDR. Metabolomic analyses confirm the presence of ribosylated Rif in some of the naturally resistant mycobacteria which may not be entirely surprising but an important confirmation. Presumably M. branderi is highly resistant despite lacking the arr homolog due to the rpoB S45N mutation. M. flavescens has an MIC similar to that of M. smegmatis, despite having both Arr-1 and Arr-X. Various Arr-1 and Arr-X proteins are expressed and characterized for catalytic activity which shows that Arr-X is a faster enzyme,, especially with respect to more hydrophobic rifamycins. M. flavescens has similar MIC values to Rifapentine and Rifabutin to M. smegmatis. Thus, the Arr-1 versus Arr-X comparison does not provide a complete explanation for the underlying reasons driving natural Rif resistance in mycobacteria. Downregulation of Arr-X expression in M. conceptionense confers increased sensitivity to Rifabutin confirming its role as a rifamycin-inactivating enzyme.

      Overall, the comparison of cross-species susceptibility profiles is novel; the demonstration that MIC is not correlated with intracellular drug concentration is important but not sufficiently interrogated, the demonstration that Arr-X is also a Rif ADP-ribosyltransferase is a good confirmation and shows that it is more efficient than Arr-1 on hydrophobic rifamycins is interesting but maybe not entirely surprising. The manuscript seems to have two parts that are related, but the rifamycin modification aspect of the work is not strongly linked to the first part since it interrogates the modification of one drug but not the common cause of natural resistance for other drugs.

      Reviewer #2 (Public review):

      Summary:

      The authors use a variety of methods to investigate the mechanisms of innate drug resistance in mycobacteria. They end up focusing on two primary determinants - drug accumulation, which correlates rather poorly with resistance for many species, and, for the rifamycins, ADP-ribosyltransferases. The latter enzymes do appear to account for a good deal of resistance, though it is difficult to extrapolate quantitatively what their relative contributions are.

      Overall, they make excellent use of biochemical methods to support their conclusions. Though they set out to draw very broad lessons, much of the focus ends up being on rifamycins. This is still a very interesting set of conclusions.

      Strengths:

      (1) A very interesting approach and set of questions.

      (2) Outstanding technical approaches to measuring intracellular drug concentrations and chemical modification of rifamycins.

      (3) Excellent characterization of variant rifamycin ADP-ribosyltransferases

      Weaknesses:

      (1) Figure 3c/d: These panels show the same experiment done twice, yet they display substantially different results in certain cases. For instance, M. smegmatis appears to show an order of magnitude lower RIF accumulation in panel d compared to M. flavescens, despite them displaying equal accumulation in panel c. The authors should provide justification for this variation, particularly as quantitative intra-species comparisons are central to the conclusions of this figure.

      The data in panels 3c and 3d are from different sets of experiments. The reviewer is correct with regards to M. smegmatis. The data indeed is ~ 1 order of magnitude different. However, the data for other species is very similar. The reviewer may also have noticed that the error bars are also larger in 3d, compared to 3c, indicating a greater variation between independent experiments use in 3d. We do not have a good explanation for this, other than the experiments shown in 3d were associated with greater biological variability.

      (2) There are several technical concerns with Figure 3 that affect how to interpret the work. According to the methods, the authors did not appear to normalize to an internal standard, only to an external antibiotic standard (which may account for some of the technical variation alluded to above).

      We agree that using a labeled drug as an internal standard (IS) would be ideal. However, the experiment initially followed an untargeted metabolomics approach, which later shifted to relative drug quantification. At that stage, normalizing with IS was impractical because proper implementation would require multiple IS across the chromatographic range. Therefore, we opted for total ion current (TIC) normalization, which accounts for variability in overall metabolite abundance—even though the experimental setup was already adjusted for each bacterial species’ growth rate. Additionally, we prepared external standard curves for each drug to enable quantification, and the amount of drug added to each plate was considered when reporting these values.

      Second, the authors used different concentrations of drug for each species to try to match the species' MICs. I appreciate the authors' thinking on this, but I think for an uptake experiment it would be more appropriate to treat with the same concentration of drug since uptake is likely saturable at higher drug concentrations. In the current setup, for the species with higher MIC, they have to be able to uptake substantially more antibiotics than the species with low MIC in order to end up with the same normalized uptake value in Figure 3d. It would be helpful to repeat this experiment with a single drug concentration in the media for all species and test whether that gives the same results seen here.

      We respectfully disagree with the reviewer. Experiments such as the one proposed by the review work well when MIC values are a few fold apart, for strains of the same species, but have not been tested when MIC values are 100-1000-fold apart, with different species. Furthermore, what would be the interpretation of compound uptake at 1000-fold the MIC for one species and MIC level for another? By using antibiotic concentrations at the respective MIC for each species we are at least under conditions where we know the biological effect of the antibiotic across species is the same, based on its potency.

      (3) Figure 4f: This panel seems to argue against the idea that the efficacy of RIF ribosylation is what's driving drug susceptibility. M. flavescens is similarly resistant to RIF as M. smegmatis, yet M. flavescens has dramatically lower riboslyation of RIF. This is perhaps not surprising, as the authors appropriately highlight the number of different rif-modifying enzymes that have been identified that likely also contribute to drug resistance. However, I do think this means that the authors can't make the claim that the resistance they observe is caused by rifamycin modification, so those claims in the text and figure legend should be altered unless the authors can provide further evidence to support them. This experiment also has results that are inconsistent with what appears to be an identical experiment performed in Supplemental Figure 5b. The authors should provide context for why these results differ.

      In regard to enzyme efficiency, the apparent rate of all Arr-1 is relatively similar in converting RIF into ADP-Ribosyl-Rif between species. However, Arr-X is much more efficient when compared to Arr-1 in both M. flavescents and M. conceptionense. This is indicated by the apparent rate measured and displayed on figure 5c.

      Proteomics data shows that there is upregulation of Arr-1 and Arr-X upon rifampicin treatment in M. flavescens and M. conceptionense. However, the same experiment was not performed in Arr-1 KD. Therefore, we can’t verify through this approach if the activity observed in vivo directly correlates with a higher expression of Arr-X alone. Of note, likely both enzymes contribute to resistance to rifamycins, as per our results with the Arr-X KD and sensitization of M. conceptionense to RIF.

      Author response image 1.

      It is also worth mentioning that there are other enzymes in the pathway of RIF ribosylation and their efficiency is unknown (Author response image 2). Therefore ADP-Ribosyl-RIF It is not an “end-metabolite” and maybe not the sole determinant of RIF resistance via ADP-ribosylation. Downstream enzymes can also account for the difference observed between M. flavescens and M. smegmatis.

      Author response image 2.

      It is correct that the Rifampicin MIC for M. flavescens is the same as M. smegmatis.

      (4) Fig 4f/5c: M. flavescens has both Arr-1 and Arr-X, yet it appears to not have ribosylated RIF. This result seems to undermine the authors' reliance on the enzyme assay shown in Fig 5c - in that assay, M. flavescens Arr-X is very capable of modifying rifampicin, yet that doesn't appear to translate to the in vivo setting. This is of importance because the authors use this enzyme assay to argue that Arr-X is a fundamentally more powerful RIF resistance mechanism than Arr-1 and that it has specificity for rifabutin. However, the result in Figure 4f would argue that the enzyme assay results cannot be directly translated to in vivo contexts. For the authors to claim that Arr-X is most potent at modifying rifabutin, they could test their CRISPRi knockdowns of Arr-X and Arr-1 under treatment with each of the rifamycins they use in the enzyme assay. The authors mentioned that they didn't do this because all the strains are resistant to those compounds; however, if Arr-X is important for drug resistance, it would be reasonable to expect to see sensitization of the bacteria to those compounds upon knockdown.

      The reviewer is reading Fig. 4f incorrectly, probably because it is plotted in a linear scale instead of logarithmic scale. Ribosylated Rif is present in M. flavescens, just at lower levels than M. conceptionense and M. smegmatis. In species where there is no Arr-1 or Arr-3, ribosylated RIF is not detected at all (e.g. M. tuberculosis), i.e., concentration is zero. Therefore, any detection of ribosylated RIF can be considered significant. In addition, as mentioned before, ADP-ribosylation of RIF is not the final product of the reaction and further studies need to be undertaken to understand subsequent reactions.

      (5) Figure 5d: The authors use this CRISRPi experiment to claim that ArrX from M. conceptionanse is more potent at inactivating rifabutin than Arr-1. This claim depends on there being equal degrees of knockdown of Arr-1 and Arr-X, so the authors should validate the degree of knockdown they get. This is particularly important because, to my knowledge, nobody has used this system in M. conceptionanse before.

      We agree with the reviewer that a qPCR should have been performed to define the extent of interference in the strain. generated Unfortunately, at this time a qPCR was not performed in the strains tested to confirm the extent of down regulation. Although it is the best practice to validate the strain KD, there is no indication that the effect observed is due to unspecific downregulation. The genetic environment in which Arr-X is positioned is different from Arr-1 and the targeting oligonucleotides are specific and would not promiscuously bind to Arr-1. Said that, this is indeed a fault in our setup.

      (6) The authors' arguments about Arr-X and Arr-1 would be strengthened by showing by LC/MS that Arr-X knockdown in M. conceptionense results in more loss of ribosyl-rifabutin than knockdown of Arr-1.

      We agree with the reviewer that performing the LC-MS analysis of the Arr-x knockdown would have strengthened the argument of our paper. Unfortunately, this experiment was not performed.

      Reviewer #3 (Public review):

      This manuscript presents a macroevolutionary approach to the identification of novel high-level antibiotic resistance determinants that takes advantage of the natural genetic diversity within a genus (mycobacteria, in this case) by comparing antibiotic resistance profiles across related bacterial species and then using computational, molecular, and cellular approaches to identify and characterize the distinguishing mechanisms of resistance. The approach is contrasted with "microevolutionary" approaches based on comparing resistant and susceptible strains of the same species and approaches based on ecological sampling that may not include clinically relevant pathogens or related species. The potential for new discoveries with the macroevolution-inspired approach is evident in the diversity of drug susceptibility profiles revealed amongst the selected mycobacterial species and the identification and characterization of a new group of rifamycin-modifying ADP-ribosyltransferase (Arr) orthologs of previously described mycobacterial Arr enzymes. Additional findings that intra-bacterial antibiotic accumulation does not always predict potency within this genus, that M. marinum is a better proxy for M. tuberculosis drug susceptibility than the commonly used saprophyte M. smegmatis, and that susceptibility to semi-synthetic antibiotic classes is generally less variable than susceptibility to antibiotics more directly derived from natural products strengthen the claim that the macroevolutionary lens is valuable for elucidating general principles of susceptibility within a genus.

      There are some limitations to the work. The argument for the novelty of the approach could be better articulated. While the opportunities for new discoveries presented by the identification of discrepant susceptibility results between related species are evident, it is less clear how the macroevolutionary approach is further leveraged for the discovery of truly novel resistance determinants. The example of the discovery of Arr-X enzymes presented here relied upon foundational knowledge of previously characterized Arr orthologs. There is little clarity on what the pipeline for identifying more novel resistance determinants would look like. In other words, what does the macroevolutionary perspective contribute to discovery from the point of finding interspecies differences in susceptibility? Does the framework still remain distinct from other discovery frameworks and approaches? If so, how?

      Thanks for pointing this out, as this is a critical feature of our study and method. Our approach relies on inter-species comparative genomics and phenotypes, and therefore, it is distinct from inter-strains comparison. This difference is dramatic, and it becomes clearer when we are comparing the core genome of M. tuberculosis (one species) 92% with the core genome of the genus, circa of 1%. While we focus on rifamycin in this manuscript, future manuscripts will investigate many of the other dozens of “inconsistencies” observed between the genetic makeup of different mycobacterial species and there actual performance in the presence of different antibiotics.

      While the experimentation and analyses performed appear well-designed and rigorous, there are a few instances in which broad claims are based on inferences from sample sets or data sets that are too limited to provide robust support. For example, the claim that rifampicin modification, and precisely ADP-ribosylation, is the dominant mechanism of resistance to rifampicin in mycobacteria may be a bit premature or an over-generalization, as other enzymatic modification mechanisms and other mechanisms such as helR-mediated dissociation of rifampicin-stalled RNA polymerases, efflux, etc were not examined nor were CRISPRi knockdown experiments conducted beyond an experiment to tease out the role of Arr-X and Arr-1 in one strain. The general claim that intra-bacterial antibiotic accumulation does not predict potency in mycobacteria may be another over-generalization based on the limited number of drugs and species studied, but perhaps the intended assertion was that antibiotic accumulation ALONE does not predict potency.

      Recommendations for the authors:

      Reviewer #1 (Recommendations for the authors):

      Major comments

      (1) The metabolomics is done using mycobacteria grown on filters. Initially, mycobacterial cells are grown on the filters for 5 doublings before being transferred to drug-containing (or free) agar for one doubling. Is this based on calculated doubling time in liquid culture or a true determination of the fact that the biomass increases to what would amount to 5 doublings?

      The doubling time used is the one determined in liquid media. Although it is possible that the growth kinetics in solid media is slightly different from liquid (±10%), this experimental design is well established for M. tuberculosis (since Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 May 25;107(21):9819-24.) and M. smegmatis (unpublished). Therefore, we used the growth rate as a proxy for having the same biomass of cells for each species tested. A maximum difference of 10% was observed between M. tuberculosis growth in liquid and in solid media, however, cells grow exponentially for much longer in filters. This makes filter-based experiments more reliable, as few growth phase-derived differences are present.

      (2) The demonstration that intrabacterial drug concentrations vary between mycobacterial species in a manner not related to MIC for at least LZD and RIF, is an important finding. However, intrabacterial does not mean cytoplasmic since a considerable fraction could be present in the periplasmic/cell wall layers. Ideally, this would need to be determined but would of course be a massive undertaking since the method needs validation & optimization for each mycobacterial species. Nevertheless, this has to be mentioned. In addition, three drugs are limiting. Measuring additional drug concentrations in these 5 mycobacteria would at least establish some confirmation about the extent of this lack of correlation. Thus, could the authors measure concentrations of additional drugs with intracellular targets?

      Testing additional drugs can be beneficial and would be an expansion of our paper, which will definitely be on future plans for further studies focusing on other antibiotics described here. It would also provide new insights into other possible mechanisms of resistance in mycobacterial species. However, in this study we aimed to first determine the antibiotic response profile in different mycobacterial species, and once we identified interesting resistance phenotypes that could not be readily explained by known mechanisms of resistance, we narrowed it down to certain drugs and species that would potentially provide insights into new mechanisms of antibiotic resistance. Finally, exploring drug concentration across multiple bacterial compartments is a dauting task and it has not been done extensively with any species, not to mention with multiple species, many of which are still lacking any study of their actual cell envelope.

      (3) CRISPRi was used to reduce transcription in M. conceptionense. What was the level of gene downregulation?

      As mentioned previously, a setback from our setup is that the level of KD was not measured at this instance.

      Minor comments:

      (1) The introduction mentions the fast and slow-growing mycobacteria which are classified based on the time that it takes to observe colonies on solid agar. However, in liquid medium, there is less correlation between the reported growth on agar and doubling time in liquid (Figure 1b, Figure 2d). This could be mentioned in the results section. In Figure 2d, the filled circles represent fast-growers but this does not hold well for liquid culture and it might make more sense to not distinguish between fast- and slow-growers in these graphs. A small complication would also be the fact that the doubling time represents growth in a liquid medium with Tyloxapol as a detergent whereas the MIC and metabolomics are done on solid agar with no detergent. The metabolomics is done after a doubling but for those where agar growth and liquid growth have large discrepancies in growth rate, there could be some differences.

      Apologies for this misunderstanding. Fast- and slow-growth phenotypes are determined in Lowenstein-Jensen (LJ) agar, not in 7H10 agar (used in our study and most studies of mycobacteria). Furthermore, this is a qualitative definition, not a quantitative one. Therefore, our measurements do not need to correlate with fast- and slow-growth phenotypes, unless we had used that one specific medium. Furthermore, in liquid medium, we determined growth rate directly, which is never done with LJ medium.

      In addition to adding the same amount of cells to each filter, we also perform TIC normalization, which should account for how rich the samples were – and therefore how much material we had. Therefore, we do not observe discrepancies due to differences in growth rate and the presence/absence of detergent in the media.

      It is also worth mentioning that this experimental set up has been well established in many M. tuberculosis labs that study metabolism. Importantly, the use of detergent drastically affects mass spectrometry, and therefore cannot be used.

      (2) Figure 1g in the text should be Figure 1f.

      Apologies, it has been fixed.

      (3) Figure S1 would be ideal to have in (supplementary) table format.

      This data is now being provided in a table format.

      (4) Table S1 - ethambutol misspelt.

      Spelling has been corrected.

      (5) MIC for species such as M. abscessus could depend on medium (7H9-based medium can give different MIC values than CAMH).

      Indeed, different media can significantly change MIC values, and this is true for many bacterial species, if not all. For this study we used only species that could be grown in 7H9 broth containing 10 % ADC, 0.05% glycerol 0.05% tyloxapol and 7H10 plates containing 10% OADC and 0.05% glycerol. MIC<sub>99</sub> was determined in the latter as we found more efficient and robust to do our tests it in solid media. The goal of our experiment was not to the determined the “true” MIC for the antibiotics tested, as this value does not exist. It was to find lack of correlations between relative values and the presence of genes that can account for it.

      (6) The statement "the experiment was performed at a concentration of antibiotic equal to its MIC" initially seems confusing. It was not equal to the MIC but performed at 6-fold the respective MIC of the species in question. Maybe re-phrasing this would help.

      Apologies for this oversight. It has been corrected.

      (7) Note that some mutations outside the RRDR (eg. V170F and I491F) can also cause Rif resistance.

      Author response image 3.

      A Rainbow diagram of RpoB X-Ray structure coloured according to sequence conservation. Dark purple indicates high conservation, whereas dark orange indicates low conservation. RIF (showed in magenta) is bound to RpoB. Zoomed view displays that the RIF-binding pocket is considerably conserved. B RpoB protein sequence has an 81bp region called Rifampicin Resistance Determining Region (RRDR) that is known to be important for RIF binding and is where most mutations occur in drug-resistant TB. Sequence alignment displays that the RRDR region is conserved with the exception of M. branderi, which has an Asn instead of a Ser residue in position 456 (numbering is related to the M. tuberculosis sequence), highlighted in bold.

      Attached we have a structural alignment of RpoB of the species highlighted on this paper. Although there is variability within the sequences, which is also displayed in Author response image 3 with the conservation analysis, the residues that have been implicated with resistance (including V170 and I491) are conserved. Alignment sent on .fasta file that can be opened in jalview.

      (8) Discuss how the RpoB S450N mutation in M. branderi confers the observed level of resistance.

      That’s a great point, thank you. Now it reads as:

      “The rifampicin (RIF) binding pocket is generally conserved, but Mycobacterium branderi has an S450N mutation in the RRDR region. While this specific mutation hasn't been found in clinical isolates, it's located at the binding site and may confer resistance (273). Although both serine (S) and asparagine (N) have similar side chains, related mutations like S450Q have been linked to resistance (156). Thus, M. branderi may be RIF-resistant due to this mutation. In contrast, M. conceptionense, M. flavescens, and M. smegmatis show no target sequence differences that explain their resistance”

      (9) The statement that the three tested NTM are sensitive to rifabutin ("resistant to all rifamycins except for rifabutin") needs to be interpreted considering what sensitivity means. The MIC is still high (1.6-3.1 ug/mL) when compared to that of Mtb. The 2-fold differences in MIC between M. smegmatis and M. conceptionense do not really prove or disprove the role of Arr-X in rifabutin resistance.

      We fixed the sentence to be more careful with the language on the text. We agree, but it is worth mentioning that generally with bacteria there is a regulation by the CLSI. Each bacterial species has a range that is considered sensitive or resistant, but these are not available for the species used in this study. In general, bacteria with MIC values above 8 µg/mL are considered resistant to rifampin (J Antibiot 2014 67:625).

      (10) Figure 1d: It's hard to quantify the sensitivity of the plates. Can this be done by MIC? Was only rifabutin tested or also rifampicin?

      The initial experiments described on the paper were all performed using Rifampicin only. Then, the MIC for the remaining rifamycins was determined for M. smegmatis, M. flavescens and M. conceptionense, and can be perused on “Supplementary table 4”. Figure 5d is to illustrate the effect of the KD in M. conceptionense sensitivity to rifabutin.

      (11) Is there data to show the ADP-ribosylation of rifabutin in M. conceptionense and the CRISPRi strains?

      Unfortunately, we did not perform LC-MS analysis on M. conceptionense CRISPRi strains exposed to rifabutin to measure potential ADP-ribosylation.

      Reviewer #2 (Recommendations for the authors):

      (1) It would be useful if the authors would complete Figure 1A by determining growth rates for the remaining 18 strains that they currently omitted.

      These growth rates were obtained using roller bottles and in at least 3 independent experiments, unfortunately the throughput is far ideal. The goal of the experiment was to highlight difference in growth rate, beyond fast- and slow-growth, which we did. Adding the remaining values would not change this conclusion. Growth rate variation in 7H9 is significant and the point is made in our figure.

      (2) The authors should justify their choice of species used in Figures 3-4. It would be useful to know, for instance, if the authors chose these species in an unbiased fashion, or if they were chosen because the authors had already determined that they possess rifamycin-modifying enzymes of interest. In that case, they wouldn't necessarily be a representative sample to use for the correlation analysis of antibiotic uptake and potency in Figure 3.

      They were chosen because of their resistance profile for BDQ, LZD and RIF. This has been addressed in the text, which now reads “Given the antibiotic response profiles observed, we selected BDQ, LZD and RIF to explore the molecular causes of these dramatic changes in antibiotic potency observed across the Mycobacterium genus.”

      (3) Figure 4b: The data in this panel appear inconsistent - for instance, M. houstonense appears to grow at 10X Mtb MIC, but fails to grow at 1X Mtb MIC. Repeating this experiment would better establish the validity of the authors' claims about the relative susceptibility of these strains to RIF.

      The figures got rotated when exported from illustrator. Corrected figure is uploaded, and original plate photos are also uploaded for clarity.

      (4) Figure 4e: Does Arr-X get upregulated in these proteomic datasets? The authors' argument that proteomic upregulation correlates with important drug resistance genes would imply that it might be, so that would be useful information to provide.

      Arr-X is slightly upregulated, but not statistically significant – this could be due to the native expression of Arr-1. Data is displayed in a previous answer.

      (5) I wasn't able to find the supplementary tables that the authors allude to - not sure if that was a file mixup, but those tables would be useful for interpreting the manuscript.

      We are sorry that you couldn’t access the table. It must be a file corruption issues, as the other reviewers were able to. We will make sure that all tables are available and accessible.

      (6) For LC/MS, the authors use peak height instead of peak area, which they argue correlates better with the amount of drug in cells because of the poor peak shape they observed for linezolid. This is not standard practice, so the authors should provide evidence to support this claim by running an LC/MS standard curve, then showing the correlation between peak height and amount of compound added as well as the correlation between peak area and compound.

      Thank you for pointing that out, accuracy calculated and displayed. Both peak area and height can be used, but indeed area is standard practice.

      (7) The authors should provide methods information about the LC column and the gradient settings used for LC-MS, as well as the settings of the MS.

      The full method has been added to the paper.

      Reviewer #3 (Recommendations for the authors):

      I have only minor comments aside from the information in the Public Review:

      (1) Results, section on Intra-bacterial antibiotic accumulation, line 8: "experiment was performed at a concentration of antibiotic PROPORTIONAL to its MIC" would be more accurate?

      Agreed and adjusted according to Reviewer’s suggestion.

      (2) Results, section on A minor role for pre-existing target modification, last sentence: the mere presence of RIF-ribosylating enzymes does not, in and of itself indicate that "RIF modification, and precisely ADP-ribosylation, is the dominant mechanism of resistance to RIF in mycobacteria", as other mechanisms and other forms of modifying enzymes are known to confer rifamycin resistance, with redundancy (e.g., other rifampicin-modifying enzymes, or helR-mediated dissociation of rifampicin-stalled RNA polymerases from DNA). It would be more appropriate to suggest the results presented to this point indicate RIF modification is common among mycobacteria. The evidence from the CRISPRi knockdown of Arrs shown in Fig 5d is the kind of evidence that suggests ribosylation as a dominant mechanism, at least against rifabutin in this particular species.

      Absolutely, there are other possible modifying enzymes that could be encoded by these mycobacterial species. There is a possibility that M. flavescens and M. smegmatis encode for a putative helR (attached alignment) but further experiments would need to be carried out to confirm its ability to displace RIF in the RNAP. Interestingly, the presence of both Arr and HelR has been studied in M. abscessus and those mechanisms of resistance are independent from each other (Molecular Cell 2022 82(17):3166-3177.e5).

      (3) Discussion, 2nd sentence needs grammatical editing.

      Rephrased and it reads “Using our mycobacterial library, we identified for the first time high- and ultra-high-level intrinsic resistance (3) to many of the antibiotics tested. Of note, the resistant phenotype is naturally occurring and not a result of mutations due to exposure to the antibiotic in the clinic – which is the more traditional approach for probing mechanisms of antibiotic resistance. Our observations revealed that resistance profiles are highly variable across the genus and do not follow phylogeny, implicating HGT as the key mechanism for acquisition of resistance determinants and evolution of antibiotic resistance in mycobacteria (42).”

      (4) Discussion, page 7, first line: the inclusion of LZD and BDQ in this statement seems at odds with Figure 2c and the statements in the first paragraph of page 5 highlighting these as examples of drugs to which most mycobacteria are susceptible.

      Indeed, many of the species are susceptible, however the MIC<sub>99</sub> levels observed have never been reported before, and therefore we found it to be an interesting finding to highlight. From a treatment perspective, knowing which species are sensitive to which drugs is of course the most useful outcome of our study.

      (5) The next sentence..."We found that resistance to these antibiotics in mycobacteria cannot be explained by uptake/efflux mechanisms..." is a bit of an over-generalization and conflicts with the evidence presented earlier that efflux could be playing a role in BDQ resistance and the published evidence establishing a clinically significant role for efflux-mediated BDQ resistance in M. tuberculosis, M. avium complex and M. abscessus complex.

      We rephrased it to make it more specific to our findings. It reads “We found that resistance to these antibiotics in mycobacteria do not correlate with by uptake/efflux mechanisms in the species tested and it does not correlate with growth rate. Identification of mycobacterial species highly resistant to BDQ and LZD is worrisome as most of this species, if not all, have never been exposed to these drugs.”

      (6) Methods, section on In vitro activity assay of Arr enzymes, line 1: reference(s) should be provided for previously reported methods.

      Reference now added.

      (7) Figure 2d: the low end of the susceptibility range is not well defined.

      In this figure the susceptibility is not defined as the lowest area of the graph, but the lower concentrations are indeed harder to be defined. Hopefully supplementary figure 1 and the additional table containing the MIC can be informative to address this comment.

      (8) Figures 3c,d: the presentation of the relative antibiotic concentrations could be harmonized between the graphs in 3c and those in 3d to enable a more ready comparison.

      We disagree. The goal of these different panels is exactly to illustrate two distinct points. C gives the relative concentration of antibiotic, while D correlates relative concentration with MIC99. The use of log scale in D further clarifies that there is no correlation between intracellular antibiotic concentration and potency (MIC). This information is not present in C.

      (9) Figure 4f and Supplementary Figure 5b: it is difficult to understand the limited amount of ribsosyl-RIF in M. flavescens in Fig 4f relative to Supplementary Figure 5b (esp. when considering M. smeg as a common comparator); and, further, to understand the seeming lack of correlation between RIF susceptibility, ribosylation and Arr number and catalytic efficiency for these two strains without considering additional resistance mechanisms.

      In reality the difference between figure 4f and Supplementary figure 5b is mainly due to M. smegmatis – that has an apparent lower production of ribosyl-RIF in the experiment described in the supplementary figure. The values for M. flavescens are relatively similar. In addition, the ADP-Ribosyl-RIF is not the final metabolite of the pathway.

      In regards of having the entire picture, it is true that we were unable to completely unravel and correlate MIC value, expression of Arr-1, expression of Arr-3, efficiency of each enzyme, production of ADP-Ribosyl-RIF and the presence of other possible mechanisms of resistance and this is indeed a setback in our study, and of most studies ever published, which usually focus on one resistant determinant.

    1. Author response:

      The following is the authors’ response to the original reviews

      Many thanks for your helpful and constructive comments for our work examining the effect of inhibiting both the insulin receptor (IR) and IGF1 receptor (IGF1R) in the podocyte. We are pleased to submit an updated manuscript addressing your concerns.

      (1) A major concern was a lack of mechanistic insight into how deletion (or knock-down) of both receptors caused the spliceosomal phenotype (Reviewer 1 and Reviewer 3).

      We now think this is due to the lack of a network of insulin/IGF phospho-signalling events to a variety of spliceosomal proteins and kinases. The reasons for this are as follows:

      A. Since submitting our paper Turewicz et al have published a comprehensive phospho-proteomic paper examining the effects of 100nM insulin on human primary myotubes (DOI: 10.1038/s41467-025-56335-6). They discovered that multiple post-translational phosphorylation events occur in a variety of spliceosomal proteins at differing time points (1 minute to 60 minutes). Furthermore, they show that mRNA splicing is rapidly modified in response to insulin stimulation in their cells. This follows elegant work from Bastista et al who studied diabetic and non-diabetic iPSC derived human myositis and also detected a spliceosome phosphorylation signature (DOI: 10.1016/j.cmet.2020.08.007).

      B. We have examined phospho-proteosome changes that occur in wild -type podocytes (expressing both the IR and IGF1R) compared to double (IR and IGF1R) knockout cells using phosho-proteomics. We have done this 3 days after inducing receptor knockdown, before major cell loss, and have stimulated the cells with either 10nM insulin or 100mg IGF1.

      Interestingly, we detected several post-translational modifications (PTM) in our data set that are also present in Turewicz’s studies. Of note, 100nM insulin (as used by Turewicz) will signal through both the insulin and IGF1 receptor (and hybrid Insulin/IGF1 receptors) which is relevant to our studies.

      Our work shows a cascade of phospho- signalling events affecting multiple components of the spliceosomal complex and evidence of kinase modulation (phosphorylation) (New Figure 7 and supplementary Figure 5). Also new results section in paper (lines 391-425 in track changes version). We acknowledge that we only studied a single time point after stimulation (10 minutes) and could have missed other PTM in the spliceosomal complex and other kinases. This is mentioned in our new limitations of study section (lines 595-606). This will be a focus of future work. We did not find major PTM differences when stimulating with either insulin or IGF1 in our studies and suspect that the doses of insulin (10nM) and IGF1 (100mg) used are still able to signal through cognate receptors.

      Furthermore, we have examined the relative contributions of the insulin and IGF1 receptor in detail in the model (addressed in point 13 below).

      (2) The phenotype of the mouse is only superficially addressed. The main issues are that the completeness of the mouse KO is never assessed nor is the completeness of the KO in cell lines. The absence of this data is a significant weakness. (Reviewer 1)

      We apologise for not making this clear, but we did assess the level of receptor knockdown in both the animal and cell models. The in vivo model showed variable and non-complete levels of insulin receptor and IGF1 receptor podocyte knock down (shown in supplementary Figure 1C). This is why we made the in vitro floxed podocyte cell lines in which we could robustly knockdown both the IR and IGF1R. We show this using Western blotting (shown in Figure 2A). We agree that calling the models knockout is misleading and have changed all to knock down (KD) now.

      (3) The mouse experiments would be improved if the serum creatinine’s were measured to provide some idea how severe the kidney injury is. (Reviewer 1)

      There is variability in creatinine levels which is not uncommon in transgenic mouse models (probably partly due to variability in receptor knock down levels with cre-lox system). This is part of rationale of developing the robust double receptor knockout cell models where we robustly knocked out both receptors by >80%. We have added measured creatinine levels in a subset of mice in supplementary data (New Supplementary Figure 1E) and mention this in the text (lines 285-286). As some mice died we expect they may have developed acute kidney injury, but we did not serially measure the creatinine’s in every mouse over time. We could have assessed the GFR in a more sensitive way to look at differences. However, we consider the highly significant levels of albuminuria and histological damage observed in our models show a significant kidney phenotype.

      (4) An attempt to rescue the phenotype by overexpression of SF3B4 would also be useful. If this didn't work, an explanation in the text would suffice. (Reviewer 1).

      We did consider doing this but on reflection think it is very unlikely to rescue the phenotype as an array of different spliceosomal proteins quantitatively changed and were differentially phosphorylated / dephosphorylated throughout the complex (as we hope our revised work illustrates now). We think a single protein rescue is highly unlikely to work. We hope this is an appropriate explanation for this action. We have mentioned this in the text now in our discussion (lines 601-602).

      (5) As insulin and IGF are regulators of metabolism, some assessment of metabolic parameters would be an optional add-on. (Reviewer 1).

      Thank you for this suggestion. We did not extensively examine the metabolism of the mice however we did perform blood glucose measurement and weight which are included in the paper (Figure 1A and Figure 1B).

      (6) The authors should caveat the cell experiments by discussing the ramifications of studying the 50% of the cells that survive vs the ones that died. (Reviewer 1).

      We appreciate this and this was the rationale behind cells being studied after 3 days differentiation for total and phospho-proteomics before significant cell loss to avoid the issue of studying the 50% of cells that survive (which happened at 7 days). We have made this clearer in the manuscript. We also have added the data showing less cell death at 3 days in the cell model (New Supp Figure 2B).

      (7) It would be helpful to say that tissue scoring was performed by an investigator masked to sample identity. (Reviewer 2)

      We did this and have added to manuscript (line 113).

      (8) Data are presented as mean/SEM. In general, mean/SD or median/IQR are preferred to allow the reader to evaluate the spread of the data. There may be exceptions where only SEM is reasonable. (Reviewer 2)

      All graphs have now been changed to SD rather than SEM.

      (9) It would be useful to for the reader to be told the number of over-lapping genes (with similar expression between mouse groups) and the results of a statistical test comparing WT and KO mice. The overlap of intron retention events between experimental repeats was about 30% in both knock-out podocytes. This seems low and I am curious to know whether this is typical for this method; a reference could be helpful. (Reviewer 2)

      This is an excellent question. We had 30% overlap as the parameters used for analysis were very stringent. We suspect we could get more than 30% by being less stringent, which still be considered as similar events if requested. Our methods were based on FLAIR analysis (PMID: 32188845). We have added this reference to the manuscript (Line 242 & 680).

      (10) With the GLP1 agonists providing renal protection, there is great interest in understanding the role of insulin and other incretins in kidney cell biology. It is already known that Insulin and IGFR signaling play important roles in other cells of the kidney. So, there is great interest in understanding these pathways in podocytes. The major advance is that these two pathways appear to have a role in RNA metabolism, the major limitations are the lack of information regarding the completeness of the KO's. If, for example, they can determine that in the mice, the KO is complete, that the GFR is relatively normal, then the phenotype they describe is relatively mild. (Reviewer 1)

      Thank you. The receptor knock-out (KO) in the mice is highly unlikely to be complete (Please see comments above and Supplementary Figure 1C). There are many examples of “KO” animal models targeting other tissues showing that complete KO of these receptors seems difficult to achieve, particularly in reference to the IGF1 receptor. In the brain, which also contains terminally differentiated cells, barely 50% of IGF1R knockdown was achieved in the target cells (PMID:28595357). In ovarian granulosa cells (PMID:28407051) -several tissue specific drivers tried but couldn't achieve any better than 80%. The paper states that 10% of IGF1R is sufficient for function in these cells so they conclude that their knockdown animals are probably still responding to IGF1. Finally, in our recent IGF1R podocyte knockdown model we found Cre levels were important for excision of a single homozygous floxed gene (PMID: 38706850) hence we were not surprised that trying to excise two homozygous floxed genes (insulin receptor and IGF1 receptor) was challenging. This was the rationale for making the double receptor knockout cell lines to understand processes / biology in more detail. As stated earlier, we have changed our description of the mice and cell lines from knock-out to knock-down throughout the revised manuscript as this is more accurate.

      (11) For the in vivo studies, the only information given is for mice at 24 weeks of age. There needs to be a full-time course of when the albuminuria was first seen and the rate of development. Also, GFR was not measured. Since the podocin-Cre utilized was not inducible, there should be a determination of whether there was a developmental defect in glomeruli or podocytes. Were there any differences in wither prenatal post-natal development or number of glomeruli? (Reviewer 3)

      We have added further urinary Albumin:creatinine ratio (uACR) data at 12, 16 and 20 weeks to manuscript. We do not think there was a major developmental phenotype as albuminuria did not become significantly different until several months of age (new Supp Figure 1B). We did consider using a doxycycline inducible model but we know the excision efficiency is much less than the constitutive podocin-cre driven model Author response image 1. This would likely give a very mild (if any) phenotype when attempting to knockout both receptors and not reveal the biology adequately. We acknowledge the weaknesses of the animal model and this was the rationale for generating the cell models.

      (12) Although the in vitro studies are of interest, there are no studies to determine if this is the underlying mechanism for the in vivo abnormalities seen in the mice. Cultured podocytes may not necessarily reflect what is occurring in podocytes in vivo. (Reviewer 3)

      This is a good point. We have now immune-stained the DKD and WT mice for Sf3b4 (a spliceosomal change in our in vitro proteomics) and also find a significant reduction in this protein in podocytes of the DKD mice (New Figure 3F).

      (13) Given that both receptors are deleted in the podocyte cell line, it is not clear if the spliceosome defect requires deletion of both receptors or if there is redundancy in the effect. The studies need to be repeated in podocyte cell lines with either IR or IGFR single deletions. (Reviewer 3)

      We have now performed proteomics and phospho-proteomics in all 4 cell types (Wild-type, Insulin receptor knock down, IGF1R knockdown and double knockdown) at 3 days (New Figure 8 and supplementary Figure 6. Also new results section lines 425 to 450). This shows that both receptors contribute to the pathways (and hence there is a high level of compensation built into the system). For total proteins we detected that spliceosomal tri-snRNP was only reduced when both receptors were lacking but other proteins / pathways had an incremental effect of losing the insulin or IGF1 receptor. Likewise, the spliceosomal phospho-signaling events can go through either the insulin or igf1 receptors predominantly or through both. We think this reflects the complexity of this system and how evolutioatily it has developed in mammals to protect against its loss.

      Finally in revision we have rewritten the discussion with a “limitations of the study” section and hopefully in an easier to read fashion for the readership.

      Author response image 1.

      (A) mT/mG reporter mouse crossed to constitutional podocin Cre heterozygous mouse. Illustrates podocyte specificity for Cre driver and excision Of reporter Figure shows GFP expression in Cre producing cells (top panel scale bar=250vm; bottom panel scale bar=50pm). Cre expression causes GFP to be switched on. (B) mT/mG reporter mouse crossed to podocin RtTA— tet-o-cre heterozygous mouse shows podocyte specificity for driver and approximately 60% excision. (top and bottom panels scale bar=250pm; middle panel scale bar=50pm). Doxycycline required for expression showing not leaky.

    1. L'Exclusion Scolaire et la Fabrique du Décrochage : Enjeux et Mécanismes

      Résumé Exécutif

      L'exclusion d'un élève, qu'elle soit ponctuelle ou définitive, est devenue un fait banalisé dans le système éducatif français.

      Pourtant, les recherches de Julien Garric, enseignant-chercheur en sciences de l'éducation, révèlent que cette pratique constitue un levier majeur du décrochage scolaire.

      La France se distingue par une culture de la sanction particulièrement marquée, facilitée par une structure unique : le service de "Vie scolaire".

      Ce système permet une externalisation rapide des conflits de classe, mais crée un cercle vicieux où l'élève, de plus en plus éloigné des apprentissages, finit par intérioriser son exclusion.

      Le manque de données nationales et de formation sur le sujet occulte une réalité sociale brutale : le décrochage touche de manière disproportionnée les garçons et les élèves issus de milieux défavorisés (REP+), transformant l'école en un lieu où la réussite des uns semble parfois dépendre de l'éviction des plus fragiles.

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      I. Une Spécificité Française : La Structure de la Sanction

      Le système éducatif français présente des caractéristiques uniques en Europe concernant la gestion des comportements des élèves.

      L'appel d'air de la "Vie Scolaire" : Contrairement à ses voisins européens, l'établissement français dispose d'un service dédié (CPE, AED) qui permet de prendre en charge l'élève en dehors de la salle de classe. Cette existence d'un "ailleurs" facilite l'éviction ponctuelle des élèves perturbateurs.

      Externalisation du traitement : Cette structure permet aux enseignants du secondaire de ne pas avoir à gérer seuls les difficultés de comportement, à l'inverse des enseignants du primaire ou de leurs homologues européens qui doivent trouver des solutions internes à la classe.

      Une culture punitive forte : Les enquêtes de comparaison internationale suggèrent que la France punit davantage et plus sévèrement que les autres pays européens.

      Ce recours massif à la sanction (exclusion de cours, retenues, exclusions temporaires ou définitives) crée un paradoxe : les enseignants réclament plus de sévérité alors que les élèves français ressentent un sentiment d'injustice plus fort que partout ailleurs en Europe.

      II. L'Angle Mort de l'Institution : Des Données Introuvables

      Malgré l'existence d'outils numériques comme Pronote qui recensent chaque punition, le phénomène de l'exclusion reste largement sous-étudié et peu quantifié à l'échelle nationale.

      | Type de donnée | État des lieux | | --- | --- | | Données locales (Pronote) | Mine d'informations inexploités au niveau global ; recense les exclusions formelles. | | Pratiques informelles | Non quantifiées (élèves laissés dans le couloir ou chez un voisin). | | Communications institutionnelles | Absence de notes d'information régulières de la DEPP sur les sanctions et les conseils de discipline. | | Formation des personnels | Sujet largement absent de la formation initiale et continue des enseignants. |

      Cette absence de volonté politique de centraliser les données suggère un désintérêt pour une pratique jugée "peu glorieuse" et souvent réduite, dans les rapports d'inspection, à une responsabilité individuelle du personnel.

      III. Le Lien de Causalité entre Exclusion et Décrochage

      Les recherches mettent en évidence une corrélation forte entre les politiques de "tolérance zéro" et l'augmentation de la violence et du décrochage.

      1. Le cercle vicieux de l'apprentissage : L'élève exclu passe plus de temps en Vie scolaire qu'en classe. Cet éloignement physique des cours aggrave ses difficultés scolaires initiales, le rendant encore moins apte à suivre les enseignements à son retour.

      2. La rupture relationnelle : L'exclusion répétée provoque une escalade dans le conflit. L'élève se sent rejeté et construit des comportements de plus en plus déviants, tandis que l'enseignant, à bout de ressources, multiplie les évictions.

      3. Le paradoxe de la Vie scolaire : Pour certains élèves fragiles, la Vie scolaire devient un refuge où ils trouvent l'écoute et le réconfort qu'ils ne trouvent plus en classe.

      Cependant, ce réconfort les éloigne définitivement du cœur de la mission scolaire : l'acquisition de connaissances.

      IV. Profils des Élèves Exclus et Déterminisme Social

      L'exclusion ne frappe pas au hasard ; elle suit des lignes de fracture sociales et de genre très nettes.

      Le genre (80 % de garçons) : Les garçons sont massivement plus punis.

      Ce phénomène repose sur des stéréotypes de genre ancrés chez les adultes (parents et personnels), qui attendent des garçons des comportements plus agités.

      En réaction, certains garçons ne trouvant pas de valorisation par les notes cherchent une forme de reconnaissance perverse à travers la punition.

      Le déterminisme social :

      ◦ Familles les plus favorisées : moins de 1 % de décrochage.  

      ◦ Éducation prioritaire renforcée (REP+) : plus d'un tiers des élèves décrochent.

      Le destin scolaire anticipé : Dans les quartiers les plus pauvres, le décrochage est un aboutissement courant.

      Dès la classe de sixième, certains élèves font le "deuil" d'une scolarité longue et intériorisent qu'ils ne sont pas des élèves comme les autres.

      V. Les Impacts Multidimensionnels de l'Exclusion

      L'acte d'exclure n'est jamais anodin et produit des effets délétères sur l'ensemble de la communauté éducative.

      Pour l'élève exclu : Une attaque violente contre l'estime de soi.

      L'exclusion est une désignation publique devant les pairs qui force l'élève à adopter des stratégies pour "sauver la face", souvent par le défi ou l'indifférence feinte.

      Pour les enseignants : Un sentiment de souffrance et de contradiction avec leurs propres valeurs.

      Personne ne s'engage dans l'enseignement pour "mettre des élèves à la porte", mais l'absence de pratiques collectives alternatives mène à ces situations par défaut.

      Pour les élèves non-exclus : Une éducation à la citoyenneté paradoxale où les "vainqueurs" du système assistent, impuissants ou spectateurs, à l'élimination progressive des "perdants" (les plus fragiles).

      VI. Perspectives : Vers une Gestion Collective et Réparatrice

      Pour sortir de l'impasse, le passage d'une sanction individuelle à une réflexion d'équipe est nécessaire.

      Le "moment du retour" : La faille majeure de l'exclusion réside dans l'absence de médiation lors du retour de l'élève.

      La punition ne devient éducative que si elle est suivie d'un temps de réparation où l'enseignant et l'élève reconstruisent le lien cassé.

      Le théorème de la protection du groupe : Il faut déconstruire l'idée que le sacrifice d'une minorité (1 ou 2 élèves par classe) est le seul moyen de protéger la majorité.

      Cumulés à l'échelle d'un collège, ces "sacrifices" constituent une part massive de la jeunesse exclue du système de certification.

      Apprentissage des codes : Les normes de comportement font partie du "curriculum caché". L'école doit enseigner explicitement comment se comporter, au lieu de sanctionner des élèves qui tâtonnent et ne possèdent pas les codes implicites attendus au collège.

      Citation clé : « On peut travailler autant qu'on veut sur l'amélioration des savoirs fondamentaux, si un certain nombre d'élèves n'assistent pas aux cours parce que le système pense qu'ils n'y ont pas leur place, on n'y arrivera pas. » — Julien Garric

    1. Analyse du Binôme de Direction en Milieu Scolaire : Vers un Modèle de Coresponsabilité

      Résumé Exécutif

      Ce document analyse les dynamiques complexes au sein du binôme de direction (chef d’établissement et adjoint) dans le système éducatif français.

      Fondé sur les recherches de Rosenne Descré Rouillard, il met en lumière l'obsolescence du modèle traditionnel pyramidal qui conduit souvent à l'épuisement du dirigeant et à la frustration de l'adjoint.

      L'analyse révèle que le binôme fonctionne comme un « couple forcé » où l'intime et le professionnel s'entremêlent, rendant la relation soit extrêmement puissante, soit pathogène.

      Pour transformer cette tension en partenariat efficace, il est impératif de passer d'une répartition des tâches subie à une coresponsabilité basée sur la confiance, la transparence et la reconnaissance des compétences individuelles.

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      1. La Déconstruction du Modèle Traditionnel

      Le modèle classique de direction est marqué par une division du travail héritée et sociale, bien que non inscrite officiellement dans les textes.

      Une division sociale et morale du travail

      La répartition hiérarchique : Traditionnellement, le chef d'établissement conserve le pilotage stratégique et pédagogique, tandis que l'adjoint est cantonné à l'organisationnel, au technique et à l'exécution.

      Le « sale boulot » : Les recherches décrivent l'adjoint comme un « artisan du quotidien » occupant une fonction intervalle.

      Il récupère souvent les tâches les moins valorisées et les plus invisibles, ce que la sociologie qualifie de « sale boulot ».

      L’asymétrie de fonction : Bien qu'appartenant au même corps de métier (personnel de direction), l'adjoint doit rester en « seconde cordée » ou agir comme un « copilote », ce qui crée un décalage entre sa formation de chef et sa réalité opérationnelle.

      Conséquences du modèle conventionnel

      Charge mentale explosive : Le chef d'établissement, seul responsable légal et comptable, subit une pression qui freine la délégation.

      Sous-utilisation des compétences : L'adjoint peut ressentir une frustration légitime lorsque ses compétences stratégiques sont ignorées au profit d'une gestion purement logistique.

      Atterrissage brutal : Pour beaucoup de nouveaux adjoints, le passage du concours à la réalité du terrain est vécu comme un choc, car ils sont formés pour diriger mais se retrouvent en position subalterne.

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      2. L'Épreuve Bicéphale : Le Binôme comme « Couple »

      La relation entre le chef et l'adjoint dépasse le simple cadre fonctionnel pour toucher à la sphère de l'intime.

      Un « mariage forcé » professionnel

      L'absence de choix : Les membres du binôme ne se choisissent pas.

      Cette union imposée par l'institution crée une « épreuve bicéphale » où partager le pouvoir et l'autorité devient un défi quotidien.

      L'isolement à deux : Contrairement aux enseignants ou aux CPE qui travaillent en communauté, le binôme de direction est souvent isolé.

      Cette solitude partagée renforce la nécessité d'une entente parfaite.

      L'impact de la personnalité : Quand le binôme « matche », il devient une force extrême.

      Quand il « clashe », cela peut mener à des maladies professionnelles tant l'implication personnelle est forte.

      La métaphore du couple parental

      Le binôme doit « parler d'une seule voix » devant la communauté éducative (enseignants, élèves, parents), à l'instar d'un couple de parents devant ses enfants.

      Les désaccords doivent être réglés en privé pour éviter que les tiers ne s'engouffrent dans les failles de la direction.

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      3. Piliers d'un Partenariat Puissant

      Pour sortir des tensions, le binôme doit instaurer un modèle de coresponsabilité.

      | Pilier | Description et Mise en Œuvre | | --- | --- | | Loyauté et Confiance | Socle indispensable qui doit être total et réciproque pour permettre au binôme de « faire front » face aux pressions institutionnelles. | | Transparence Absolue | Partage intégral des informations pour qu'aucun membre ne soit pris au dépourvu. | | Complémentarité | S'appuyer sur les appétences et les métiers d'origine (ex: un ancien CPE sur le leadership éducatif, un enseignant sur la pédagogie). | | Unité de Façade | Adopter une position commune indéfectible à l'extérieur, même si les tonalités de voix diffèrent. | | Égalité de Coopération | Considérer l'adjoint comme un véritable partenaire d'égal à égal plutôt que comme un « super secrétaire ». |

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      4. Stratégies et Bonnes Pratiques Opérationnelles

      La transition vers une direction partagée nécessite des actions concrètes et des rituels de communication.

      Clarification et Autonomie

      Délégation complète : Le chef doit autoriser l'adjoint à gérer des dossiers de A à Z sans intervenir de manière intempestive, favorisant ainsi l'autonomie et la montée en compétences.

      Lettre de mission évolutive : Cet outil doit être coconstruit et révisé à chaque changement de binôme pour refléter les compétences réelles et non une répartition automatique.

      Interchangeabilité : Dans un binôme fluide, chaque membre doit être capable de prendre le relais sur les dossiers de l'autre en cas d'absence.

      Rituels de Communication

      Échanges informels quotidiens : Maintenir une politique de « bureau porte ouverte » pour une interconnexion permanente.

      Le point hebdomadaire : Se réserver un temps dédié (par exemple le vendredi soir) pour « rembobiner le fil de la semaine », analyser les pratiques et évacuer les tensions.

      Prendre soin de l'autre

      Protection mutuelle : Le chef a un rôle de protecteur ultime envers l'adjoint, mais l'adjoint doit aussi veiller sur le chef.

      Balises horaires : S'imposer des limites mutuelles sur le temps de travail et l'usage du numérique pour prévenir l'épuisement, particulièrement complexe dans le cadre des logements de fonction.

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      5. Perspectives et Évolutions Institutionnelles

      L'analyse conclut que l'institution doit évoluer pour soutenir ces nouvelles formes de gouvernance.

      Vers la coresponsabilité légale : Une évolution législative pourrait instaurer une véritable codirection, soulageant ainsi la responsabilité unique du chef.

      Amélioration des RH : Dépasser les règles d'ancienneté pour former des binômes basés sur la complémentarité des profils.

      Formation continue : Intégrer la gestion de la relation humaine et du binôme dès la préparation au concours pour éviter « l'atterrissage brutal ».

      Espaces de parole : Développer des temps d'analyse de pratique ou de coaching collectif, extérieurs à la hiérarchie, pour permettre aux personnels de direction de se « resocialiser professionnellement » à chaque changement de partenaire.

      En résumé, le succès d'un binôme de direction repose sur sa capacité à transformer une hiérarchie rigide en un management horizontal partagé, où l'humain est placé au centre de la stratégie de pilotage.

    1. Gestion des élèves perturbateurs : approches psychopédagogiques et cadres éthiques

      Résumé analytique

      Le comportement perturbateur d'un élève ne doit pas être perçu comme une simple transgression, mais comme le symptôme d'un mal-être profond, souvent enraciné dans un vécu personnel ou scolaire difficile.

      La gestion efficace de ces situations repose sur la reconnaissance des besoins psychologiques fondamentaux de l'élève (sécurité, reconnaissance, justice, estime de soi) et sur la mise en place d'espaces de parole institutionnalisés.

      L'analyse souligne que de nombreux élèves perturbateurs, y compris les harceleurs, sont eux-mêmes en situation de souffrance.

      Pour répondre à ces défis, les personnels de direction et les équipes éducatives doivent naviguer entre quatre orientations éthiques :

      • la déontologie (la règle),
      • le conséquentialisme (l'impact de la sanction),
      • la vertu (la confiance) et
      • l'éthique du care (le soin).

      L'équilibre entre ces dimensions permet de maintenir le lien de confiance entre l'élève et l'institution, évitant ainsi le décrochage ou l'exclusion définitive des profils les plus vulnérables.

      La nature du comportement perturbateur : un symptôme de mal-être

      Le comportement perturbateur est défini comme une manifestation de symptômes liés à une insatisfaction des besoins psychologiques fondamentaux.

      Aider un élève nécessite d'être attentif à ces signes, qu'ils soient émotionnels ou plus subtils.

      Les besoins psychologiques fondamentaux

      Pour remédier aux comportements problématiques, l'institution doit prendre en considération :

      • • Le besoin de sécurité (affective et physique).
      • • Le besoin de reconnaissance et de justice.
      • • Le besoin d'écoute et d'expression de soi.
      • • Le besoin d'estime de soi.

      Stratégies d'intervention et espaces de parole

      L'intervention repose sur une distinction claire entre les problématiques collectives et individuelles, ainsi que sur la création de structures d'échange formelles.

      La règle d'or de la communication

      Problème collectif : Doit faire l'objet d'une discussion collective.

      Problème individuel : Le comportement d'un élève spécifique doit être traité exclusivement avec lui, afin de préserver sa dignité et de favoriser un dialogue constructif.

      Institutionnalisation de l'écoute

      La mise en place de "cellules d'écoute" ou d'espaces de parole sécurisés est présentée comme une solution aux résultats rapides et significatifs.

      L'écoute active : Les adultes doivent être formés pour permettre à l'élève d'élaborer lui-même le sens de son vécu.

      Efficacité constatée : Des exemples, notamment dans l'académie de Grenoble, montrent qu'une participation à deux ou trois reprises à ces espaces peut transformer le comportement des jeunes.

      Sécurité affective : L'espace doit permettre à l'élève de dire ce qu'il ressent sans crainte immédiate de jugement ou de répression.

      Le cadre disciplinaire et le conseil de discipline

      Face à des actes graves (comme des injures envers un enseignant), la sanction demeure nécessaire.

      Cependant, la procédure doit respecter des principes éthiques et réglementaires stricts.

      Le principe du contradictoire : Avant et pendant le conseil de discipline, toutes les parties doivent pouvoir s'exprimer et clarifier les faits.

      L'analyse de la souffrance : Il est impératif de considérer que l'élève auteur d'actes délictueux est souvent un élève qui souffre.

      Le document note par exemple qu'un grand nombre de harceleurs sont eux-mêmes victimes de harcèlement.

      Dialogue avec la famille : La compréhension du contexte familial est cruciale pour identifier les racines du comportement de l'adolescent.

      Les quatre orientations de l'éthique professionnelle

      Le chef d'établissement et son équipe doivent composer avec quatre dimensions éthiques lors de la prise de décision disciplinaire :

      | Orientation éthique | Définition et application | | --- | --- | | Déontologique | Respect strict du règlement intérieur et de la loi. C'est l'approche systématique : "à tel acte correspond telle sanction". Essentiel pour la responsabilité professionnelle du chef d'établissement. | | Conséquentialiste | Attention portée aux conséquences de la sanction sur l'avenir de l'élève. Par exemple, éviter d'informer des parents violents d'une faute mineure pour ne pas infliger une "double peine" à l'enfant. | | Exercice des vertus | Mise sur la patience, la prudence et la confiance. On donne du temps à l'élève pour s'améliorer en privilégiant un blâme ou un avertissement plutôt qu'une exclusion. | | Éthique du Care (Soin) | Posture indispensable vis-à-vis des élèves les plus vulnérables traversant des souffrances psychiques graves. Il s'agit de maintenir la "tête hors de l'eau" pour l'élève par un regard attentif et bienveillant. |

      Conclusion : Le rôle de l'arbitrage institutionnel

      Le chef d'établissement a la responsabilité première de garantir le respect de la règle et du droit (réflexe déontologique) pour éviter toute faute professionnelle. Toutefois, la réalité du terrain impose une composition entre ces différentes éthiques.

      Une décision efficace est souvent hybride : elle rappelle la règle (déontologie), tout en tempérant la sanction au regard du contexte (conséquentialisme) et en demandant à l'équipe pédagogique une "bienveillance attentive" (care).

      Cette approche intégrée est présentée comme le seul moyen de préserver la confiance des élèves les plus fragiles envers l'école et les adultes, prévenant ainsi leur exclusion définitive du système scolaire.

    1. Author response:

      The following is the authors’ response to the original reviews.

      Public Reviews:

      Reviewer #1 (Public review):

      Summary:

      The authors show that genetic deletion of the orphan tumor necrosis factor receptor DR6 in mice does not protect peripheral axons against degeneration after axotomy. Similarly, Schwann cells in DR6 mutant mice react to axotomy similarly to wild-type controls. These negative results are important because previous work has indicated that loss or inhibition of DR6 is protective in disease models and also against Wallerian degeneration of axons following injury. This carefully executed counterexample is important for the field to consider.

      Strengths:

      A strength of the paper is the use of two independent mouse strains that knock out DR6 in slightly different ways. The authors confirm that DR6 mRNA is absent in these models (western blots for DR6 protein are less convincingly null, but given the absence of mRNA, this is likely an issue of antibody specificity). One of the DR6 knockout strains used is the same strain used in a previous paper examining the effects of DR6 on Wallerian degeneration.

      The authors use a series of established assays to evaluate axon degeneration, including light and electron microscopy on nerve histological samples and cultured dorsal root ganglion neurons in which axons are mechanically severed and degeneration is scored in time-lapse microscopy. These assays consistently show a lack of effect of loss of DR6 on Wallerian degeneration in both mouse strains examined.

      Therefore, in the specific context of these experiments, the author's data support their conclusion that loss of DR6 does not protect against Wallerian degeneration.

      Weaknesses:

      (1) The major weaknesses of this paper include the tone of correcting previously erroneous results and the lack of reporting on important details around animal experiments that would help determine whether the results here really are discordant with previous studies, and if so, why.

      The authors do not report the genetic strain background of the mice used, the sex distributions of their experimental cohorts, or the age of the mice at the time the experiments were performed. All of these are important variables.

      (Response 1) We thank the reviewer for emphasizing the importance of reporting the sex, age, and genetic background of the experimental animals used in our axon protection analyses. We have incorporated this information into the revised manuscript wherever available. The sole exception concerns the genetic background of the conditional DR6 mice generated by Genentech, which remains unknown. The original publication describing these mice (Tam et al., 2012, Dev Cell, PMID 22340501) did not report this information, and we were unable to obtain it directly from Genentech. Details regarding the genetic background of the Wld<sup>S</sup> and aPhr1 mutant mice are provided in their respective original publications, which are cited in our manuscript. Because the Gamage et al. study from the Deppmann laboratory did not report the sex or age of the animals used, we were unable to assess whether these variables might contribute to the differences observed between the two studies. Moreover, we are not aware of published evidence identifying sex or age as modifiers of structural axon preservation in axotomized peripheral nerve stumps in mouse models of delayed Wallerian degeneration. Furthermore, in the original publications describing the phenotypes of transgenic Nmnat2 and Wld<sup>S</sup> mice, as well as Sarm1 or Phr1 knockout mice, sex and age of the animals used in the Wallerian degeneration assays were not reported (PMIDs 23995269, 12106171, 22678360, 23665224). Although, to our knowledge, no large-scale systematic studies have been conducted, over the last 15 years we have never observed any sex-based differences in Wallerian degeneration phenotypes in these mutants exhibiting prominent axon protection. This topic was discussed informally at conferences, and we are also not aware of other investigators having observed such effects.

      In response to the reviewer’s comment regarding “tone”, we made sure that our data and interpretations are presented in a professional, balanced, and objective manner, including a detailed discussion of potential alternative explanations for the discrepant findings.

      (2) The DR6 knockout strain reported in Gamage et al. (2017) was on a C57BL/6.129S segregating background. Gamage et al. reported that loss of DR6 protected axons from Wallerian degeneration for up to 4 weeks, but importantly, only in 38.5% (5 out of 13) mice they examined. In the present paper, the authors speculate on possible causes for differences between the lack of effect seen here and the effects reported in Gamage et al., including possible spontaneous background mutations, epigenetic changes, genetic modifiers, neuroinflammation, and environmental differences. A likely explanation of the incomplete penetrance reported by Gamage et al. is the segregating genetic background and the presence of modifier loci between C57BL/6 and 129S. The authors do not report the genetic background of the mice used in this study, other than to note that the knockout strain was provided by the group in Gamage et al. However, if, for example, that mutation has been made congenic on C57BL/6 in the intervening years, this would be important to know. One could also argue that the results presented here are consistent with 8 out of 13 mice presented in Gamage et al.

      (Response 2) As noted above, we now provide information on the genetic background of the mice in the revised manuscript, where available. We have not backcrossed the constitutive DR6 knockout mice obtained from the Deppmann laboratory (Gamage et al.) to a C57BL/6 background; our colony was maintained primarily through intercrosses of heterozygous animals. Similarly, the conditional DR6 mutant mice used in this study were also not backcrossed to C57BL/6 mice.

      We respectfully hold a different view regarding the reviewer’s final point. We understand it is not appropriate to infer consistency between two datasets by disregarding the subset of results that do not align. By the same logic, it would be flawed to draw conclusions from the Gamage et al. study based solely on the single Wld<sup>S</sup> mouse out of five that did not show axon preservation after nerve injury. Selectively omitting conflicting data does not provide a valid basis for establishing phenotype concordance across studies.

      To further strengthen our study, we note that we performed additional analyses on three more nerve samples from constitutive DR6 null mice during the revision process and have incorporated the resulting data in Fig. 1.

      (3) Age is also an important variable. The protective effects of the spontaneous WldS mutation decrease with age, for example. It is unclear whether the possible protective effects of DR6 also change with age; perhaps this could explain the variable response seen in Gamage et al. and the lack of response seen here.

      (Response 3) As discussed above, we now provide the age information for the mice used for the Wallerian degeneration assessments in the respective figure legends. To our knowledge, there are no prior reports suggesting that age is a significant determinant of structural axon preservation in the indicated mutants. Electrophysiological function and neuromuscular junction preservation decrease with age in axotomized Wld<sup>S</sup> mice (e.g., PMIDs 12231635, 19158292, 15654865), but these parameters are not subject of our study, and we have not studied them. Unfortunately, a direct comparison of ages between our DR6 mutant mice and those used in Gamage et al. (2017) is not possible, as the earlier study from the Deppmann laboratory did not report this information.

      (4) It is unclear if sex is a factor, but this is part of why it should be reported.

      (Response 4) We now report the requested sex information for our axon preservation analyses during nerve injury-induced Wallerian degeneration in the DR6 mouse models in Figs. 1 and 2.

      (5) The authors also state that they do not see differences in the Schwann cell response to injury in the absence of DR6 that were reported in Gamage et al., but this is not an accurate comparison. In Gamage et al., they examined Schwann cells around axons that were protected from degeneration 2 and 4 weeks post-injury. Those axons had much thinner myelin, in contrast to axons protected by WldS or loss of Sarm1, where the myelin thickness remained relatively normal. Thus, Gamage et al. concluded that the protection of axons from degeneration and the preservation of Schwann cell myelin thickness are separate processes. Here, since no axon protection was seen, the same analysis cannot be done, and we can only say that when axons degenerate, the Schwann cells respond the same whether DR6 is expressed or not.

      (Response 5) We appreciate the reviewer’s detailed comments. Our intention was not to directly compare our findings with those of Gamage et al. regarding the myelin behavior at these time points (because we never observed axon protection), but rather to note that we did not observe any DR6-dependent alterations in Schwann cell responses under conditions where axons undergo normal Wallerian degeneration. As the reviewer correctly points out, Gamage et al. analyzed Schwann cell myelin surrounding axons that were protected from degeneration for extended periods, a context fundamentally different from the complete lack of axon protection observed in our DR6-deficient models. Therefore, the specific dissociation between axon preservation and myelin maintenance claimed by Gamage et al. cannot be evaluated in our study. A statement to make this point clearer has been incorporated in the revised manuscript.

      We fully agree with the reviewer’s concluding point: in our experiments, once axons degenerate, Schwann cell responses proceed similarly regardless of DR6 expression. This agreement reinforces one of the central conclusions of our work.

      (6) The authors also take issue with Colombo et al. (2018), where it was reported that there is an increase in axon diameter and a change in the g-ratio (axon diameter to fiber diameter - the axon + myelin) in peripheral nerves in DR6 knockout mice. This change resulted in a small population of abnormally large axons that had thinner myelin than one would expect for their size. The change in g-ratio was specific to these axons and driven by the increased axon diameter, not decreased myelin thickness, although those two factors are normally loosely correlated. Here, the authors report no changes in axon size or g-ratio, but this could also be due to how the distribution of axon sizes was binned for analysis, and looking at individual data points in supplemental figure 3A, there are axons in the DR6 knockout mice that are larger than any axons in wild type. Thus, this discrepancy may be down to specifics and how statistics were performed or how histograms were binned, but it is unclear if the results presented here are dramatically at odds with the results in Colombo et al. (2018).

      (Response 6) Several points raised by the reviewer appear to reflect differences in interpretation of the findings reported in Colombo et al. (2018). That study did not report altered myelination in DR6 null mice at stages when myelination is largely complete (P21). Instead, modest changes were observed at P1, which were reduced by P7, and P21 mutants were reported to be indistinguishable from controls. No analyses of peripheral nerves in older animals were presented, and the authors concluded in the discussion that myelination in young adult DR6 null mice appears normal. In contrast, our analysis of constitutive DR6 null mice at P1 does not reproduce the increase in the number of myelinated fibers per unit area reported by Colombo et al. We obtained similar results in the independent conditional DR6 knockout mouse line. Differences in nerve tissue processing, embedding, staining, or in the microscopic imaging and quantification of thinly myelinated axons in P1 sciatic nerve cross-sections may have contributed to the observed discrepancy. However, because the relevant methodological details were not described in Colombo et al., the underlying reasons for these differences cannot be determined and remain speculative.

      (7) Finally, it is important to note that previously reported effects of DR6 inhibition, such as protection of cultured cortical neurons from beta-amyloid toxicity, are not necessarily the same as Wallerian degeneration of axons distal to an injury studied here. The negative results presented here, showing that loss of DR6 is not protective against Wallerian degeneration induced by injury, are important given the interest in DR6 as a therapeutic target, but they are specific to these mice and this mechanism of induced axon degeneration. The extent to which these findings contradict previous work is difficult to assess due to the lack of detail in describing the mouse experiments, and care should be taken in attempting to extrapolate these results to other disease contexts, such as ALS or Alzheimer's disease.

      (Response 7) We agree with the reviewer’s point and emphasize that our manuscript carefully differentiates our data regarding the function of DR6 in Wallerian degeneration from the potential involvement of DR6 in other forms of axon degeneration. Our findings do not conflict with previous work on DR6 in the context of in vitro beta-amyloid and prion toxicity as well as in vitro models of ALS and multiple sclerosis. We believe these distinctions are explicitly and appropriately articulated throughout the entire manuscript and in more detail in the discussion section.

      Reviewer #1 (Recommendations for the authors):

      (1) The authors should include additional information about the mice used, including strain background for both the DR6 mice and the Cre transgenes crossed into the DR6 conditional knockout, the age of the mice when the nerve crush experiments were performed, and the sex distributions of the experimental cohorts. This information is critical for reproducibility in animal experiments, and that point is compounded here, where the major focus of this paper is taking issue with the reproducibility of previous work.

      (Response 8) This information has been included in the revision. See above responses.

      (2) In the abstract, reference 5 is cited as a study on the response to Schwann cells to injury in a DR6 background, but this probably should be reference 10.

      (Response 9) This typo has been corrected.

      (3) "Site-by-site comparison" in line 201 should be side-by-side?

      (Response 10) This typo has been corrected.

      (4) The paper contains a lot of self-evaluative wording, "surprising contrast," "compelling evidence," "robust results." Whether those adjectives apply should be for the reader to decide, and a drier, more objective tone in the presentation would improve the paper.

      (Response 11) We agree that excessive self-evaluative wording can weaken objectivity. In the manuscript, such phrasing is used sparingly and intentionally to highlight differences from previously published studies, guide the reader, and convey scholarly judgment. We do not consider this limited use to be counterproductive. The adjectives “surprising,” “compelling,” and “robust” each appear only one to three times across the entire manuscript, and the specific phrase “robust results” does not appear at all.

      (5) In Figure 2A, DR6-/-, there is no significant difference, but there is also a lot of variability, and one could argue the authors are seeing axon protection comparable to WldS in 40% of their samples (2/5), which is very similar to Gamage et al.

      (Response 12) We respectfully disagree with this reasoning as it relies on selectively emphasizing only a subset of the data. Please also see our response #2 for more detailed discussion.

      (6) Overall, the data presented here are convincing and support the conclusions drawn, but the paper needs to focus more on the negative results at hand and less on bashing previous studies, particularly when the results presented here do definitively show that the previous studies were incorrect and plausible explanations for differences in outcome exist.

      (Response 13) We have carefully revisited the wording of the manuscript and are confident that our emphasis remains on the central negative finding that DR6 does not regulate axon degeneration and Schwann cell injury responses during Wallerian degeneration. We do not believe the manuscript “bashes” previous studies; nonetheless, we thoroughly re-examined all relevant sections to ensure that our language is neutral, accurate, and non-inflammatory. We believe the current phrasing presents our interpretations in an appropriately balanced, objective, and professional manner.

      Reviewer #2 (Public review):

      Summary:

      This manuscript by Beirowski, Huang, and Babetto revisits the proposed role of Death Receptor 6 (DR6/Tnfrsf21) in Wallerian degeneration (WD). A prior study (Gamage et al., 2017) suggested that DR6 deletion delays axon degeneration and alters Schwann cell responses following peripheral nerve injury. Here, the authors comprehensively test this claim using two DR6 knockout mouse models (the line used in the earlier report plus a CMV-Cre derived floxed ko line) and multiple WD assays in vivo and in vitro, aligned with three positive controls, Sarm1 WldS and Phr1/Mycbp2 mutants. Contrary to the prior findings, they find no evidence that DR6 deletion affects axon degeneration kinetics or Schwann cell dynamics (assessed by cJun expression or [intact+degenerating] myelin abundance after injury) during WD. Importantly, in DRG explant assays, neurites from DR6-deficient mice degenerated at rates indistinguishable from controls. The authors conclude that DR6 is dispensable for WD, and that previously reported protective effects may have been due to confounding factors such as genetic background or spontaneous mutations.

      Strengths:

      The authors employ two independently generated DR6 knockout models, one overlapping with the previously published study, and confirm loss of DR6 expression by qPCR and Western blotting. Multiple complementary readouts of WD are applied (structural, ultrastructural, molecular, and functional), providing a robust test of the hypothesis.

      Comparisons are drawn with established positive controls (WldS, SARM1, Phr1/Mycbp2 mutants), reinforcing the validity of the assays.

      By directly addressing an influential but inconsistent prior report, the manuscript clarifies the role of DR6 and prevents potential misdirection of therapeutic strategies aimed at modulating WD in the PNS. The discussion thoughtfully considers possible explanations for the earlier results, including colony-specific second-site mutations that could explain the incomplete penetrance of the earlier reported phenotype of only 36%.

      Weaknesses:

      (1) The study focuses on peripheral nerves. The manuscript frequently refers to CNS studies to argue for consistency with their findings. It would be more accurate to frame PNS/CNS similarities as reminiscences rather than as consistencies (e.g., line 205ff in the Discussion).

      (Response 14) Axon protection in all key genetic models of delayed axon degeneration, including Wld<sup>S</sup>, SARM1, Phr1/Mycbp2 mutants, has been demonstrated in both the peripheral and central nervous systems. This observation supports the view that core molecular mechanisms regulating axon degeneration are conserved across neuronal populations throughout the entire nervous system. We have scrutinized the wording in our manuscript and are not aware that we frequently refer to CNS studies in regards to axon degeneration. Nevertheless, we have replaced the term “consistent” to avoid potential ambiguity when we discuss the earlier study showing normal Wallerian degeneration in the optic nerves from DR6 knockout mice.

      (2) The DRG explant assays are convincing, though the slight acceleration of degeneration in the DR6 floxed/Cre condition is intriguing (Figure 4E). Could the authors clarify whether this is statistically robust or biologically meaningful?

      (Response 15) We thank the reviewer for noting this aspect of our in vitro data in Fig. 4. The difference observed in the DR6 floxed/Cre condition is statistically significant at the 6h time point following disconnection, as indicated by the p value shown in Fig. 4E. However, a similarly statistically significant acceleration of axon degeneration was not observed in DRG axotomy experiments using constitutive DR6 knockout preparations, although a trend toward more rapid axon breakdown is apparent at 6 h post-axotomy (Fig. 4B). These observations may suggest reduced stability of DR6-deficient axons in this specific neuron-only in vitro context. Further investigation would be required to determine the biological significance of this effect. In contrast, our in vitro quantitative analyses of the initiation and early phases of Wallerian degeneration (Fig. 2) revealed no evidence of accelerated axon disintegration in the DR6 mutant mouse models, highlighting potential differences between in vitro and in vitro systems.

      (3) In the summary (line 43), the authors refer to Hu et al. (2013) (reference 5) as the study that previously reported AxD delay and SC response alteration after injury. However, this study did not investigate the PNS, and I believe the authors intended to reference Gamage et al. (2017) (reference 10) at this point.

      (Response 16) Thanks for pointing this out. We have corrected this typo in the revised manuscript.

      (4) In line 74ff of the results section, the authors claim that developmental myelination is not altered in DR6 mutants at postnatal day 1. However, the variability in Figure S2 appears substantial, and the group size seems underpowered to support this claim. Colombo et al. (2018) (reference 11) reported accelerated myelination at P1, but this study likewise appears underpowered. Possible reasons for these discrepancies and the large variability could be that only a defined cross-sectional area was quantified, rather than the entire nerve cross-section.

      (Response 17) We confirm that the quantification of thinly myelinated axons was performed on entire sciatic nerves from P1 mouse pups, as described in the methods section in our original manuscript. The data shown in Fig. S2 were obtained from 5-9 pups per experimental group. Sample sizes were determined based on a priori power analyses using pilot data, which indicated that a minimum of five biological replicates was sufficient to detect statistically significant differences with acceptable confidence. Comparable sample sizes have been used in our previous studies and by other groups to assess early postnatal myelination (e.g., PMIDs 21949390, 28484008). Several published studies have reported analyses using 3-4 animals per group (e.g., PMIDs 28484008, 25310982, 29367382). For comparison, the study by Colombo et al. used 3-8 pups for the analysis presented in their Fig. 3. We note that the apparent variability in Fig. S2 may be accentuated by the scaling of the y-axis, which was chosen to ensure that individual data points are clearly resolved and visible.

      (5) The authors stress the data of Gamage et al. (2017) on altered SC responses in DR6 mutants after injury. They employed cJun quantification to show that SC reprogramming after injury is not altered in DR6 mutants. This approach is valid and the conclusion trustworthy. Here, the addition of data showing the combined abundance of intact and degenerated myelin does not add much insight. However, Gamage et al. (2017) reported altered myelin thickness in a subset of axons at 14 days after injury, which is considerably later than the time points analyzed in the present study. While, in the Reviewer's view, the thin myelin observed by Gamage et al. in fact resembles remyelination, the authors may wish to highlight the difference in the time points analyzed.

      (Response 18) We consider the additional quantification of the area occupied by intact myelin and myelin debris to provide complementary information that supports the c-Jun-based conclusion that Schwann cell injury responses are normal in DR6-deficient nerves following lesion. We agree with this reviewer that the thin myelin observed by Gamage et al. resembles remyelination, raising the possibility that axon regeneration occurred into the distal nerve stump at the studied 14d post-injury time point (see their Fig. 3). This may have been interpreted as axon protection in this study. In our study, it was impossible to examine such myelin effects since axon protection was never observed in any of the DR6 mutant models at any of the time point we investigated. We have incorporated appropriate additional text to highlight this difference. See also response #5 above.

      Reviewer #3 (Public review):

      Summary:

      The authors revisit the role of DR6 in axon degeneration following physical injury (Wallerian degeneration), examining both its effects on axons and its role in regulating the Schwann cell response to injury. Surprisingly, and in contrast to previous studies, they find that DR6 deletion does not delay the rate of axon degeneration after injury, suggesting that DR6 is not a mediator of this process.

      Overall, this is a valuable study. As the authors note, the current literature on DR6 is inconsistent, and these results provide useful new data and clarification. This work will help other researchers interpret their own data and re-evaluate studies related to DR6 and axon degeneration.

      Strengths:

      (1) The use of two independent DR6 knockout mouse models strengthens the conclusions, particularly when reporting the absence of a phenotype.

      (2) The focus on early time points after injury addresses a key limitation of previous studies. This approach reduces the risk of missing subtle protective phenotypes and avoids confounding results with regenerating axons at later time points after axotomy.

      Weaknesses:

      (1) The study would benefit from including an additional experimental paradigm in which DR6 deficiency is expected to have a protective effect, to increase confidence in the experimental models, and to better contextualize the findings within different pathways of axon degeneration. For example, DR6 deletion has been shown in more than one study to be partially axon protective in the NGF deprivation model in DRGs in vitro. Incorporating such an experiment could be straightforward and would strengthen the paper, especially if some of the neuroprotective effects previously reported are confirmed.

      (Response 19) We thank the reviewer for these suggestions. We would like to highlight that our study addresses the role of DR6 in Wallerian degeneration, whereas in vitro NGF deprivation has been used to model developmental axon pruning. Previous work indicates fundamental biological differences between these regressive pathways regulating the stereotyped removal of axon segments. We feel that studying this alternative form of axon degeneration is beyond the scope of the current work and could be addressed in a separate manuscript. Although additional tests will be needed, we note that our preliminary data using samples from both DR6 knockout mouse models suggest no axon protection after NGF-deprivation in DRG neuron preparations in our hands (deprivation of the growth factor and administration of anti-NGF antibody).

      (2) The quality of some figures could be improved, particularly the EM images in Figure 2. As presented, they make it difficult to discern subtle differences.

      (Response 20) We have pseudocolored intact (turquoise) and degenerated (magenta) myelinated fibers on the high-resolution semithin micrographs (not electron micrographs) in the new Fig. 2 to make the distinction between the two fiber categories clearer.

      Reviewer #3 (Recommendations for the authors):

      (1) Line 121: The authors mention toluidine blue staining, but it does not appear to be shown in Figure S5.

      (Response 21) This appears to be a misunderstanding. Fig. S5A shows the ultrastructure of dedifferentiated Schwann cells in transmission electron micrographs, while Figs. S5B and C show quantification of the area occupied by myelin sheaths and myelin debris profiles on osmium tetroxide and toluidine blue stained nerve sections from the two DR6 mutant models, based on semithin light microscopy. These are two different aspects of the analysis. The text has been modified in the revised manuscript to make the distinction clearer.

      (2) Line 175: The authors should add NMNAT2 to the list of enzymes implicated in the regulation of Wallerian degeneration in mammals.

      (Response 22) Nmnat2 and a literature reference (Milde et al., 2013) has been incorporated in the discussion of the revised manuscript to address this point.

      (3) Line 201: Please correct the typo "site-by-site" to "side-by-side."

      (Response 23) This typo has been corrected.

    1. Guide de Scolarisation des Élèves Présentant des Troubles à Expression Comportementale

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise les stratégies et outils destinés aux enseignants pour scolariser efficacement les élèves manifestant des troubles du comportement.

      La distinction fondamentale repose sur la différence entre une opposition ponctuelle (réactionnelle et passagère) et des troubles du comportement avérés (crises intenses, incapacité de régulation, dangerosité).

      La prise en charge repose sur trois piliers :

      1. La Prévention : Création d’un environnement sécurisant par une organisation spatiale et temporelle stable et une posture d'enseignant prévisible.

      2. L’Adaptation : Utilisation d’outils de structuration (contrats de comportement, thermomètres émotionnels, espaces de répit) pour répondre aux besoins spécifiques de l'élève.

      3. La Gestion de Crise : Application de protocoles de désescalade et mise en sécurité, suivies d'une phase d'analyse rigoureuse pour ajuster les interventions futures.

      L'objectif central est de passer d'une gestion réactive à une approche proactive, visant l'apaisement de l'élève et la préservation du climat d'apprentissage pour l'ensemble de la classe.

      --------------------------------------------------------------------------------

      I. Définitions et Cadre d'Analyse

      Il est crucial pour l'enseignant de diagnostiquer la nature de la perturbation afin d'y apporter la réponse appropriée.

      1. Opposition Ponctuelle vs Troubles Avérés

      Le tableau suivant distingue les deux types de manifestations comportementales :

      | Caractéristiques | Opposition Ponctuelle | Troubles du Comportement Avérés | | --- | --- | --- | | Manifestations | Refus temporaire, frustration verbale, énervement bref. | Crises fréquentes, violences physiques (soi, autres, matériel), agressivité constante. | | Capacité de régulation | Retrouve son calme après un rappel ou une redirection. | Incapacité à se réguler seul, même avec soutien. | | Origine | Fatigue, difficulté de compréhension, test des limites. | Épuisement émotionnel ou sensoriel, déconnecté de la situation immédiate. | | Impact | Ne perturbe pas durablement la classe. | Perturbation majeure du climat de classe et des apprentissages. |

      2. La Crise Majeure

      Une crise majeure se définit par une perte totale de contrôle. Elle est caractérisée par une intensité forte (hurlements, violences), une durée significative (minutes à heures), et un danger potentiel. Dans cet état, l'élève n'est plus dans une logique de calcul ou d'opposition délibérée.

      --------------------------------------------------------------------------------

      II. Stratégies de Prévention : L'Environnement Sécurisant

      La prévention consiste à être proactif pour minimiser les déclencheurs comportementaux.

      1. Organisation Spatiale et Temporelle

      Stabilité Spatiale : Les places doivent être fixées. L'enseignant doit voir et être vu de tous. Les déplacements doivent être aisés et les procédures de rangement enseignées.

      Stabilité Temporelle : Utilisation d'un emploi du temps hebdomadaire stable, affichage de l'emploi du temps quotidien et mise en place de rituels et routines systématiques.

      2. La Prévisibilité de l'Adulte

      L'enseignant doit incarner un modèle de stabilité :

      • Élaborer le règlement de classe avec les élèves et l'afficher.

      • Formuler les règles de manière affirmative (expliciter le comportement attendu plutôt que l'interdit).

      • Avoir des réactions prévisibles et mesurées.

      • Agir avec crédibilité : "Dire ce que je fais et faire ce que je dis."

      --------------------------------------------------------------------------------

      III. Réponses aux Besoins Spécifiques et Aménagements

      Chaque besoin identifié doit correspondre à un aménagement technique ou pédagogique précis.

      1. Outils de Structuration

      Espace : Prévoir un espace de travail individualisé et un espace d'apaisement (coin détente avec livres, casque de musique) dont le temps d'accès est limité par un timer.

      Temps : Utiliser des supports visuels (horloges, sabliers, timers) et des emplois du temps individualisés pour rendre les durées concrètes.

      Émotions : Utiliser le "thermomètre des émotions" ou "l'humeur du jour" pour aider l'élève à identifier son état interne.

      Relation aux autres : Mettre en place des signaux discrets, comme le Tétra-aide, pour que l'élève puisse appeler à l'aide sans perturber le groupe.

      2. Le Contrat de Comportement

      Cet outil d'engagement mutuel vise à valoriser les comportements adaptés :

      • Fixation d'objectifs simples.

      • Auto-évaluation quotidienne par l'élève.

      • Valorisation systématique des réussites (parole positive ou accès à une activité appréciée).

      • Implication de la famille dans le suivi des progrès.

      3. Adaptations Pédagogiques et Numériques

      Il est nécessaire d'adapter les exigences aux capacités de l'élève (via PAP ou PPRE) :

      • Détailler spécifiquement le comportement attendu pour chaque tâche.

      • Privilégier les appels positifs ("Tu rejoins la table") plutôt que les questions ouvertes.

      Ressources numériques : Utiliser des sites comme Cap Ecole Inclusive ou Araasac (pictogrammes), et des logiciels comme Lire Couleur (aide à la lecture) ou Dicom (prédiction de mots).

      --------------------------------------------------------------------------------

      IV. La Gestion de Crise : Du Passage à l'Acte à l'Analyse

      La gestion d'une crise suit un cycle spécifique nécessitant des interventions ciblées à chaque phase.

      1. Les Phases du Passage à l'Acte

      L'objectif est d'intervenir idéalement dès la phase d'activation pour éviter l'escalade :

      1. Calme

      2. Activation : Signes subtils (anxiété, erreurs de jugement, maux de tête/ventre).

      3. Agitation / Accélération : Difficulté à réguler la parole, besoin d'attention, agitation psychomotrice.

      4. Point culminant (Crise) : Perte de contrôle.

      5. Décélération / Récupération

      2. Posture et Protocole d'Intervention

      Fermeté : Sur les actes inacceptables (violence, jet de matériel) entraînant un écart immédiat du groupe.

      Apaisement : Utiliser une voix basse et des paroles contenantes ("Tout va bien", "Je vais t'aider", "Ton bien-être compte pour moi").

      Protocole : Un protocole écrit doit définir qui prend en charge l'élève, qui gère le reste de la classe, et qui prévient la famille ou les secours (le 15 en cas de gravité extrême).

      3. Phase d'Analyse (Post-Crise)

      Une fois le calme revenu, un travail d'analyse est indispensable :

      Constater : Consigner les faits (avant, pendant, après).

      Analyser : Échanger avec l'élève et la famille pour identifier les déclencheurs ou les éléments renforçateurs.

      Réajuster : Proposer de nouvelles adaptations ou modifier le protocole de crise si nécessaire.

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      V. Citations et Principes Clés

      "Dans une crise majeure, l’élève n’est pas dans une logique d’opposition ou de calcul, mais dans un état d’épuisement émotionnel ou sensoriel."

      "Dire ce que je fais et faire ce que je dis. (paroles suivies des actions)"

      "L’objectif de ce protocole est de viser l’extinction des crises en gardant les exigences pour l’élève."

    1. La Bienveillance en Milieu Scolaire : Enjeux, Défis et Pratiques Professionnelles

      Résumé Exécutif

      Ce document synthétise les échanges issus d'une table ronde portant sur le concept de bienveillance à l'école.

      Loin d'être synonyme de laxisme ou de complaisance, la bienveillance est définie comme une condition essentielle de l'équité et de l'efficacité du système éducatif, particulièrement pour les élèves les plus vulnérables.

      Elle repose sur une tension constructive entre exigence et soutien, visant le développement à long terme de l'élève.

      Sa mise en œuvre nécessite une clarification conceptuelle pour lever les résistances professionnelles, l'adoption de gestes professionnels spécifiques (feedback positif, écoute active) et une réinvention des espaces et des modalités d'évaluation.

      En somme, la bienveillance est un levier de réussite qui engage tant la posture individuelle de l'enseignant que la stratégie collective de l'établissement.

      --------------------------------------------------------------------------------

      1. Définition et Clarification Conceptuelle

      La bienveillance en éducation souffre souvent de représentations simplistes ou erronées. Il est nécessaire d'en préciser les contours épistémologiques :

      Étymologie et intention : Littéralement, la bienveillance consiste à « vouloir du bien à autrui ».

      C'est une disposition favorable qui vise la réussite et la réalisation personnelle de l'autre.

      Temporalité (Court terme vs Long terme) : La bienveillance peut impliquer de sacrifier le confort immédiat pour le bien de l'élève à long terme.

      Ainsi, la fermeté, l'exigence ou même une sanction peuvent être des actes bienveillants s'ils sont explicités et pratiqués dans le respect de l'élève.

      Distinction fondamentale : Elle ne doit pas être confondue avec :

      • ◦ Le laxisme.  
      • ◦ La complaisance.   
      • ◦ La mansuétude.

      Cadre institutionnel : La notion est devenue une valeur centrale de l'Éducation nationale depuis la circulaire de 2014, bien qu'elle fût déjà présente dans le secteur privé et les services publics.

      La DGESCO (2013) l'associe à un ensemble d'attitudes physiques, morales et psycho-affectives positives et constantes (respect, confiance, encouragement).

      --------------------------------------------------------------------------------

      2. Analyse des Résistances Professionnelles

      Malgré un consensus apparent, le terme suscite des tensions sur le terrain :

      | Type de résistance | Argumentation observée | | --- | --- | | Sentiment de jugement | Certains enseignants perçoivent l'injonction à la bienveillance comme une critique de leurs pratiques passées, sous-entendant qu'ils ne l'auraient pas été auparavant. | | Opposition à l'exigence | Une crainte que l'attention portée au bien-être des élèves ne se fasse au détriment de l'effort nécessaire à la réussite académique. | | Crise de l'autorité | La bienveillance est parfois vue comme une entrave à l'autorité face à des manquements disciplinaires chroniques. | | Complexité systémique | La multiplication des élèves à besoins éducatifs particuliers (EBEP) met les équipes sous pression, rendant la posture bienveillante difficile à maintenir sans formation adéquate. |

      --------------------------------------------------------------------------------

      3. Les Gestes Professionnels de la Bienveillance

      La bienveillance se traduit par des actes concrets et une posture éthique dans la relation pédagogique :

      La puissance du Feedback

      Le levier le plus efficace pour la réussite des élèves est le feedback positif. Il doit être :

      • Centré sur l'activité et la méthodologie de l'élève.

      • Formulé chaleureusement.

      • Porteur de confiance et d'espoir dans les capacités de l'élève.

      L'attention aux signaux de vulnérabilité

      Le professionnel bienveillant doit être attentif aux signes de fragilité qui peuvent mener au décrochage :

      • Signes de découragement ou discours négatif sur l'école.

      • Absentéisme et arythmies.

      • Sentiments d'insécurité (peur de prendre la parole, honte).

      • Mutisme, isolement ou passages fréquents à l'infirmerie/vie scolaire.

      Une communication renouvelée

      L'horizontalité et l'authenticité sont cruciales pour les nouvelles générations :

      • Passer d'un rôle purement académique à une relation de personne à personne.

      • Pratiquer l'écoute active (savoir se taire pour laisser l'élève s'exprimer).

      • Faire preuve de transparence et de prévisibilité.

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      4. Domaines d'Application et Leviers d'Action

      L'Évaluation comme espace de sécurisation

      L'évaluation est une source majeure de stress (environ 60 % des élèves se disent angoissés par les évaluations). Une évaluation bienveillante implique :

      • La suppression de l'implicite.

      • Le droit à l'erreur et à la remédiation (possibilité de recommencer).

      • Un cadre rassurant qui ne sacrifie pas l'exigence intellectuelle.

      La lutte contre le harcèlement (Programme PHARE)

      La bienveillance s'incarne dans la création d'une « communauté protectrice » :

      • Utilisation de la méthode de la « préoccupation partagée ».

      • Recherche d'alternatives à la sanction punitive immédiate pour l'intimidateur, en visant le développement de compétences psychosociales.

      La transformation des espaces

      La bienveillance passe par une réflexion sur le cadre de vie :

      • Création de « jardins zen » ou de salles de calme.

      • Réinvention des salles d'étude (espaces de coworking, possibilité de travailler debout ou dans des fauteuils).

      • Mise en place de dispositifs permettant le mouvement (ballons, vélos-bureaux) pour favoriser la concentration, notamment des élèves hyperactifs.

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      5. Éthique et Pilotage : La Bienveillance Collective

      La bienveillance ne doit pas être une initiative isolée mais une stratégie d'établissement.

      Le rôle du diagnostic : Utiliser l'auto-évaluation (domaine du climat scolaire et du bien-être) pour identifier les besoins réels des élèves et des familles, en évitant les solutions préconçues.

      La Qualité de Vie au Travail (QVT) : Il existe un lien direct entre le bien-être des personnels et celui des élèves. Un encadrement bienveillant (feedback positif du chef d'établissement, convivialité, confiance déléguée) favorise l'engagement des équipes.

      L'éthique de la rencontre : S'intéresser à la singularité de ce que vit l'élève, au-delà de ses difficultés scolaires. Comme le souligne la sociologie, l'éducation par la rencontre est un levier de raccrochage puissant.

      Le partage et la convivialité : Des actions simples, comme le partage de nourriture (fruits en libre-service, repas de Noël partagé entre agents, élèves et chefs étoilés), peuvent transformer radicalement la relation sociale au sein d'un établissement.

      Conclusion sur l'autorité bienveillante

      L'autorité et la bienveillance sont compatibles. L'autorité s'exerce de manière éthique lorsqu'elle respecte l'intégrité morale de l'élève.

      La sincérité de l'adulte, y compris dans l'expression de ses propres limites ou l'admission d'une erreur, renforce paradoxalement sa légitimité auprès des jeunes.

    1. Note de Synthèse : Les Enjeux de la Professionnalité Enseignante et de l'Éthique Relationnelle

      Résumé Analytique

      Ce document synthétise les interventions du webinaire du 12 avril 2023, animé par Christophe Marsollier, Inspecteur général de l'éducation, du sport et de la recherche.

      L'analyse explore la mutation profonde du métier d'enseignant face à la complexité croissante du milieu scolaire. Les points de bascule majeurs identifiés incluent l'intégration systémique des compétences psychosociales (CPS), l'adoption de pédagogies institutionnelles et coopératives, et le passage d'une posture de « sachant » à celle d'« écoutant ».

      La réussite de l'élève est ici pensée non seulement par la transmission académique, mais par une « éthique relationnelle » fondée sur la confiance, la reconnaissance de la vulnérabilité et le bien-être eudémonique.

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      I. Les Compétences Psychosociales (CPS) : Socle de la Réussite et de l'Équilibre

      Le développement des CPS n'est plus considéré comme une activité périphérique, mais comme la « trame de fond » de la réussite scolaire et de la santé mentale.

      1. Définition et Objectifs

      Les CPS englobent les capacités permettant à l’élève de :

      Gérer ses émotions : Appréhender son ressenti et celui d'autrui.

      S'auto-réguler : Gérer les conflits en autonomie et appartenir au groupe.

      Développer sa citoyenneté : Favoriser le dialogue, l’échange et la collaboration.

      2. Impact sur la Pratique de Classe

      Les témoignages d'enseignants (notamment du réseau Jean Lolive à Pantin) soulignent une transformation concrète :

      Apaisement du climat : Moins de besoin de « faire le gendarme » ; les élèves règlent les conflits en amont.

      Disponibilité cognitive : Des élèves sereins et empathiques sont plus aptes à entrer dans les apprentissages pédagogiques.

      Transformation de l'enseignant : Le passage d'un scepticisme initial à une confiance réelle en la capacité d'agir des élèves.

      3. Institutionnalisation et Formation

      Une instruction interministérielle, rédigée par Santé Publique France, fixe un horizon à 2037 pour la formation généralisée de la population aux CPS.

      Cadre de référence : Publication d'un référentiel en février 2022 pour uniformiser les pratiques.

      Pédagogies préconisées : Utilisation de méthodes expérientielles comme le « théâtre forum » ou le « jeu des trois figures » pour favoriser le changement de rôle et l'empathie.

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      II. Pédagogie Institutionnelle et Autonomie de l'Élève

      L'analyse met en lumière la pédagogie institutionnelle (PI) comme levier de transformation, particulièrement en éducation prioritaire (REP+).

      1. Le Système des « Ceintures d'Apprentissage »

      Inspiré du mouvement Freinet, ce dispositif permet d'articuler éducation (épanouissement) et transmission (connaissances).

      | Caractéristique | Fonctionnement et Bénéfices | | --- | --- | | Différenciation | L'élève choisit son niveau de ceinture par compétence (ex: se repérer dans le temps). | | Auto-évaluation | Utilisation de fichiers autocorrectifs ; l'élève identifie ses stratégies d'apprentissage. | | Évaluation Positive | La ceinture sanctionne la réussite (100% requis) et non le manque. L'échec est une étape formative. | | Coopération | Les élèves ayant validé des ceintures deviennent des « aides » pour leurs pairs. |

      2. Les Institutions de la Classe

      La classe est pensée comme une « petite société » régulée par :

      Le Conseil : Lieu de décision collective où l'on critique l'organisation et propose des améliorations.

      Les Responsabilités : Métiers spécifiques (responsable du temps, du matériel, des affichages) qui donnent une place à chacun.

      L'Espace de parole : Le « Quoi de neuf » et les temps de météo intérieure pour intégrer les affects.

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      III. La Métaphore du Tisseur : Penser la Complexité

      Le métier d'enseignant est comparé à celui d'un tisseur, créateur de liens et de sens dans un monde « déchiré ».

      1. La Triple Reliance

      S'appuyant sur les travaux d'Edgar Morin et d'Adrien Rivard, Christophe Marsollier évoque la nécessité de cultiver :

      • 1. La reliance à soi : Apprendre à se connaître et à être présent à ses propres émotions.
      • 2. La reliance aux autres : Développer des relations saines et authentiques.
      • 3. La reliance à la nature : Répondre à l'anxiété climatique des jeunes générations par un retour à l'essentiel.

      2. Les Quatre Réciprocités Fondamentales

      Pour maintenir le « tissu » de la relation pédagogique, quatre piliers sont identifiés :

      La Confiance : Elle doit être mutuelle et engagée.

      Le Respect : L'élève doit être considéré comme une personne à part entière, avec sa dignité propre.

      L'Écoute : Sortir de l'écoute passive pour une écoute active des difficultés et erreurs.

      Le Droit à l'erreur : Admis pour l'élève, mais aussi pour l'enseignant qui doit pouvoir s'excuser.

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      IV. Vulnérabilité et Éthique de l'Accompagnement

      L'enseignement, particulièrement en milieu défavorisé, exige une attention particulière à la vulnérabilité des élèves.

      La Blessure Psychologique : Les élèves en grande vulnérabilité sont souvent touchés dans leurs besoins fondamentaux (sécurité, reconnaissance, justice).

      L'Intérêt pour la Singularité : Les recherches (Virginie Muniglia) montrent que le besoin premier des jeunes vulnérables est que l'adulte s'intéresse à leur singularité, et non qu'il les traite de manière standardisée.

      Le Tact Pédagogique : Capacité (théorisée par Éric Prairat) à trouver le bon geste et le bon mot au bon moment, en s'adaptant à l'imprévu.

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      V. Vers une Redéfinition du Bien-être à l'École

      Le document clarifie la notion de bien-être, souvent mal comprise dans le cadre scolaire.

      1. Bien-être Hédonique vs Eudémonique

      Bien-être Hédonique : Recherche du plaisir immédiat (souvent critiqué à l'école).

      Bien-être Eudémonique : Sentiment de satisfaction ressenti lorsqu'on est captivé par une activité, qu'on dépasse une difficulté ou que l'on progresse.

      C'est le « bien-être optimal » ou l'expérience autotélique.

      2. Le Bien-être comme Condition, non comme Finalité

      Le bien-être n'est pas le but ultime de l'école, mais la condition indispensable pour favoriser la réussite, notamment pour les élèves les plus fragiles.

      Il permet de transformer la « souffrance relationnelle » en un climat d'exigence bienveillante.

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      VI. Perspectives pour la Professionnalité Enseignante

      En conclusion, le métier d'enseignant est décrit comme une profession de la relation, nécessitant :

      Le Travail Collectif : Créer des communautés d'apprentissage professionnel pour rompre l'isolement et penser la pratique (monographies, analyses de pratiques).

      La Foi en l'Éducabilité : Posture philosophique (Philippe Meirieu) consistant à croire inconditionnellement en la capacité de chaque élève à progresser.

      La Joie comme Boussole : Pour les jeunes enseignants, le critère de la joie et de l'alignement personnel est présenté comme le meilleur garant de la créativité et de l'efficacité pédagogique.

      « La question n'est pas quel monde laisserons-nous à nos enfants, mais quels enfants laisserons-nous au monde. » — Philippe Meirieu (cité en conclusion).

    1. Reviewer #1 (Public review):

      Summary:

      This computational modelling study addresses the important question of how neurons can learn non-linear functions using biologically realistic plasticity mechanisms. The study extends the previous related work on metaplasticity by Khodadadi et al. (2025), using the same detailed biophysical model and basic study design, while significantly simplifying the synaptic plasticity rule by removing non-linearities, reducing the number of free parameters, and limiting plasticity to only excitatory synapses. The rule itself is supervised by the presence or absence of a binary dopamine reward signal, and gated by separate calcium-sensitive thresholds for potentiation and depression. The author shows that, when paired with a strong form of dendritic non-linearity called a "plateau potential" and appropriate pre-existing dendritic clustering of features, this simpler learning mechanism can solve a non-linear classification task similar to the classic XOR logic operator, with equal or better performance than the previous publication. The primary claims of this publication are that metaplasticity is required for learning non-linear feature classification, and that simultaneous dynamics in two separate thresholds (for potentiation and depression) are critical in this process. By systematically studying the properties of a biophysically plausible supervised learning rule, this paper adds interesting insights into the mechanics of learning complex computations in single neurons.

      Strengths:

      The simplified form of the learning rule makes it easier to understand and study than previous metaplasticity rules, and makes the conclusions more generalizable, while preserving biological realism. Since similar biophysical mechanisms and dynamics exist in many different cell types across the whole brain, the proposed rule could easily be integrated into a wide range of computational models specializing in brain regions beyond the striatum (which is the focus of this study), making it of broad interest to computational neuroscientists. The general approach of systematically fixing or modifying each variable while observing the effects and interactions with other variables is sound and brings great clarity to understanding the dynamic properties and mechanics of the proposed learning rule.

      Weaknesses:

      General notes

      (1) The credibility of the main claims is mainly limited by the very narrow range of model parameters that was explored, including several seemingly arbitrary choices that were not adequately justified or explored.

      (2) The choice to use a morphologically detailed biophysical model, rather than a simpler multi-compartment model, adds a great deal of complexity that further increases uncertainty as to whether the conclusions can generalize beyond the specific choices of model and morphology studied in this paper.

      (3) The requirement for pre-existing synaptic clustering, while not implausible, greatly limits the flexibility of this rule to solve non-linear problems more generally.

      (4) In order to claim that two thresholds are truly necessary, the author would have to show that other well-known rules with a single threshold (e.g., BCM) cannot solve this problem. No such direct head-to-head comparisons are made, raising the question of whether the same task could be achieved without having two separate plasticity thresholds.

      Specific notes

      (1) Regarding the limited hyperparameter search:

      (a) On page 5, the author introduces the upper LTP threshold Theta_LTP. It is not clear why this upper threshold is necessary when the weights are already bounded by w_max. Since w_max is just another hyperparameter, why not set it to a lower value if the goal is to avoid excessively strong synapses? The values of w_max and Theta_LTP appear to have been chosen arbitrarily, but this question could be resolved by doing a proper hyperparameter search over w_max in the absence of an upper Theta_LTP.

      (b) The author does not explore the effect of having separate learning rates for theta_LTP and theta_LTD, which could also improve learning performance in the NFBP. A more comprehensive exploration of these parameters would make the inclusion of theta_max (and the specific value chosen) a lot less arbitrary.

      (c) Figure 4 Supplements 3-4: The author shows results for a hyperparameter search of the learning rule parameters, which is important to see. However, the parameter search is very limited: only 3 parameter values were tried, and there is no explanation or rationale for choosing these specific parameters. In particular, the metaplasticity learning rates do not even span one order of magnitude. If the author wants to claim that the learning rule is insensitive to this parameter, it should be explored over a much broader range of values (e.g., something like the range [0.1-10]).

      (2) Regarding the similarity to BCM, the author would ideally directly implement the BCM learning rule in their model, but at the least the author could have shown whether a slight variant of their rule presented here can be effective: for example having a single (plastic, not fixed) Ca-dependent threshold that applies to both LTP and LTD, with a single learning rate parameter.

      (3) This paper is extremely similar (and essentially an extension) to the work of Khodadadi et al. (2025). Yet this paper is not mentioned at all in the introduction, and the relation between these papers is not made clear until the discussion, leaving me initially puzzled as to what problems this paper addresses that have not already been extensively solved. The introduction could be reworked to make this connection clearer while pointing out the main differences in approach (e.g., the important distinction between "boosting" nonlinearities and plateau potentials).

      (4) The introduction is missing some citations of other recent work that has addressed single-neuron non-linear computation and learning, such as Gidon et al (2020); Jones & Kording (2021).

      (5) Figure 1: The figure prominently features mGluR next to the CaV channel, but there is no mention of mGluR in the introduction. The introduction should be updated to include this.

      (6) Could the author explain why there is a non-monotonic increase/decrease in the [Ca]_L in Figure 2B_4? Perhaps my confusion comes from not understanding what a single line represents. Does each line represent the [Ca] in a single spine (and if so, which spine), or is each line an average of all the spines in a given stim condition?

      (7) Row 124 (page 4): L-type Ca microdomains (in which ions don't diffuse and therefore don't interact with Ca_NMDA) is a critical assumption of this model. The references for this appear only in the discussion, so when reading this paper, I found myself a bit confused about why the same ion is treated as two completely independent variables with separate dynamics. Highlighting the assumption (with citations) a bit more clearly in the results section when describing the rule would help with understanding.

      (8) Row 149 (page 5): The current formulation of the update rule is not actually multiplicative. The fact that the update is weight-dependent alone does not make it a multiplicative rule, and judging by equation (1) it appears to simply be an additive rule with a weight regularization term that guarantees weight bounds. For example, a similar weight-dependent update is also a core component of BTSP (Milstein et al. 2021; Galloni et al. 2025), which is another well-known *additive* rule. An actual multiplicative rule implies that the update itself is applied via a multiplication, i.e. w_new = w_old * delta_w

      For an example of a genuinely multiplicative rule, see: Cornford et al. 2024, "Brain-like learning with exponentiated gradients"). Multiplicative rules have very different properties to additive rules, since larger weights tend to grow quickly while small weights shrink towards 0.

      (9) Equation 1 (page 5): Shouldn't the depression term be written as: (w_min - w)? This term would be negative if w is larger than w_min, leading to LTD. As it is written now, a large w and small w_min would just cause further potentiation instead of depression.

      (10) In the introduction, the teaching signal is described in binary terms (DA peak, or DA pause), but in Equation 1, it actually appears to take on 3 different values. Could the author clarify what the difference is between a "DA pause" and the "no DA" condition? The way I read it, pause = absence of DA = no DA

      (11) Figure 3: In these experimental simulations, DA feedback comes in 400ms after the stimulus. The author could motivate this choice a bit better and explain the significance of this delay. Clearly, the equations have a delta_t term, but as far as the learning algorithm is concerned, it seems like learning would be more effective at delta_t=0. Is the choice of 400ms mainly motivated by experimental observations? On a related note, is it meaningful that the 200ms delta_t before the next stimulus is shorter than the 400ms pause from the first stimulus? Wouldn't the DA that arrives shortly before a stimulus also have an effect on the learning rule?

      (12) Figure 4C: How is it possible that the theta_LTP value goes higher than the upper threshold (dashed line)? Equation 3 implies that it should always be lower.

      (13) Row 429 (page 11): The statement that "without metaplasticity the NFBP cannot be solved" is overly general and not supported by the evidence presented. There exist many papers in which people solve similar non-linear feature learning problems with Hebbian or other bio-plausible rules that don't have metaplasticity. A more accurate statement that can be made here is that the specific rule presented in this paper requires metaplasticity.

      (14) The methods section does not make any mention of publicly available code or a GitHub repository. The author should add a link to the code and put some effort into improving the documentation so that others can more easily assess the code and reproduce the simulations.

    1. L’Évolution du Rôle Paternel : Fondements Biologiques, Neurobiologiques et Sociaux

      Résumé Exécutif

      Ce document analyse la transformation du rôle des pères à travers le prisme de l'anthropologie évolutionniste et des neurosciences.

      Contrairement aux autres grands singes africains où le soin paternel est quasi inexistant, l'être humain a développé une capacité unique de "coopérative breeding" (élevage coopératif).

      Cette évolution, dictée par les contraintes climatiques du Pléistocène et l'augmentation massive du volume cérébral des nourrissons, a nécessité l'implication des pères et d'autres membres du groupe pour assurer la survie de l'espèce.

      Les recherches récentes démontrent que les hommes disposent de circuits neuronaux et hormonaux ancestraux, partagés avec d'autres vertébrés, qui s'activent lors d'un contact prolongé et intime avec le nouveau-né.

      L'éloignement historique des pères du soin direct est identifié non pas comme une barrière biologique, mais comme une construction sociale datant de la révolution néolithique.

      La réengagement des pères aujourd'hui présente des bénéfices psychologiques et physiologiques majeurs, tant pour l'enfant que pour le parent.

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      I. Le Paradoxe Évolutionnaire de la Paternité Humaine

      L'exception humaine chez les primates

      Dans la lignée des grands singes africains dont l'humain descend, le soin des nourrissons est traditionnellement l'apanage exclusif des mères.

      Chez la plupart des 5 500 espèces de mammifères, l'investissement mâle est rare, limité souvent aux espèces monogames où la certitude de paternité est élevée.

      La rupture du Pléistocène

      L'émergence du soin paternel humain s'enracine dans les conditions extrêmes du Pléistocène en Afrique :

      Contraintes environnementales : Un climat devenant plus frais et sec, marqué par des précipitations instables.

      Le coût du cerveau : Le cerveau humain a triplé de volume, passant de 900 cm³ chez Homo erectus à 1 350 cm³ chez Homo sapiens.

      La dépendance du nourrisson : Les bébés humains sont les plus "coûteux" de la planète en termes de ressources et de temps de maturation.

      Une mère seule ne pouvait assurer leur survie sans aide extérieure (soins alloparentaux et paternels).

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      II. Mécanismes Neurobiologiques et Hormonaux

      Les pères ne sont pas biologiquement "désarmés" face aux soins des nourrissons ; ils possèdent un équipement physiologique latent qui s'active sous certaines conditions.

      Transformations Hormonales

      Lorsqu'un père s'occupe activement d'un bébé, son profil hormonal se modifie de manière significative :

      Prolactine : Les niveaux augmentent, favorisant les réponses de soin (une hormone originellement liée à la lactation chez la mère).

      Ocytocine : Des poussées de cette "hormone du lien" sont observées chez les pères impliqués.

      Testostérone : On observe une diminution du taux de testostérone, facilitant une attitude plus douce et attentive.

      Activation Cérébrale

      Une étude de 2014 (Ruth Feldman et son équipe) a révélé des données cruciales sur les pères agissant comme soignants principaux :

      Activation de l'amygdale : Chez les pères en contact prolongé et intime avec leur bébé dès la naissance, l'activation de l'amygdale (zone liée à la vigilance et au soin maternel) est quatre fois supérieure à celle des pères n'apportant qu'une aide secondaire.

      Anciens circuits : Ces circuits neuronaux sont hautement conservés et se trouvent dans des zones primitives du cerveau (hypothalamus), similaires à celles activées chez les mères.

      | Hormone / Zone | Effet chez le père impliqué | | --- | --- | | Prolactine | Augmentation des réponses de soin et d'attention. | | Ocytocine | Renforcement du lien affectif et de l'affiliation. | | Testostérone | Diminution des niveaux circulants. | | Amygdale | Vigilance accrue et réaction immédiate aux besoins du bébé. |

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      III. Les Racines Ancestrales : De l'Eau à la Terre

      L'anthropologie évolutionniste suggère que les capacités de soin mâle sont bien plus anciennes que les mammifères eux-mêmes.

      L'héritage des poissons : Il y a 400 millions d'années, certains poissons mâles pratiquaient déjà le soin des œufs (ex: le cichlidé du Tanganyika ou le poisson-mâchoire qui porte sa progéniture dans sa bouche).

      La plasticité de la Prolactine : À l'origine, cette hormone servait à réguler l'équilibre hydrique chez les organismes aquatiques avant d'être "réutilisée" par l'évolution pour les fonctions de reproduction et de soin.

      Conservation génétique : Les gènes responsables de la production de molécules comme l'isotocine chez les poissons sont les précurseurs directs de l'ocytocine chez les mammifères.

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      IV. La Construction Sociale de la Masculinité

      Si la biologie prédispose les hommes au soin, l'histoire récente a créé une rupture.

      Le tournant du Néolithique

      L'adoption de l'agriculture et de l'élevage a transformé les structures sociales :

      Apparition de la propriété : La nécessité de protéger les terres et les troupeaux a favorisé l'émergence de sociétés patriarcales.

      Redéfinition de la masculinité : L'identité masculine s'est déplacée vers la protection des institutions, du statut et de la propriété, éloignant physiquement les hommes de la sphère domestique et des nourrissons.

      Institutions patrilinéaires : Ces structures ont perduré jusqu'à l'époque moderne, excluant souvent les femmes et confinant les hommes à des rôles de pourvoyeurs distants.

      La "Sélection Sociale" par le bébé

      Le nourrisson humain a lui-même évolué pour encourager ce soin. Dès son plus jeune âge, le bébé utilise son cortex préfrontal médial pour :

      • Monitorer son entourage.

      • Apprendre à s'ingratiatier et attirer l'attention.

      • Compétiter pour obtenir des soins alloparentaux par son attrait physique et comportemental.

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      V. Implications et Bénéfices Modernes

      Le réengagement des pères dans les soins primaires n'est pas seulement un retour à une nécessité biologique ancienne, mais un levier de santé publique.

      Santé mentale et longévité : Les relations de soin augmentent l'espérance de vie et réduisent les risques de dépression.

      Lutte contre les addictions : Les circuits de la récompense (dopamine) activés par l'amour parental sont les mêmes que ceux sollicités par les drogues.

      Un engagement profond envers un enfant pourrait agir comme un protecteur contre les "décès par désespoir" et les addictions.

      Sens et finalité : Le soin direct apporte un sentiment immédiat d'utilité et de but, contrecarrant la solitude et l'aliénation sociale.

      "Les mâles d'aujourd'hui, lorsqu'ils sont en contact suffisant et en proximité intime prolongée avec les bébés, possèdent l'équipement nécessaire. Ils sont aussi équipés pour s'occuper des bébés que les mères le sont."

    1. Capulet. When the sun sets, the air doth drizzle dew; But for the sunset of my brother's son It rains downright. 2235How now! a conduit, girl? what, still in tears? Evermore showering? In one little body Thou counterfeit'st a bark, a sea, a wind; For still thy eyes, which I may call the sea, Do ebb and flow with tears; the bark thy body is, 2240Sailing in this salt flood; the winds, thy sighs; Who, raging with thy tears, and they with them, Without a sudden calm, will overset Thy tempest-tossed body. How now, wife! Have you deliver'd to her our decree? 2245 Lady Capulet. Ay, sir; but she will none, she gives you thanks. I would the fool were married to her grave! Capulet. Soft! take me with you, take me with you, wife. How! will she none? doth she not give us thanks? Is she not proud? doth she not count her blest, 2250Unworthy as she is, that we have wrought So worthy a gentleman to be her bridegroom? Juliet. Not proud, you have; but thankful, that you have: Proud can I never be of what I hate; But thankful even for hate, that is meant love. 2255 Capulet. How now, how now, chop-logic! What is this? 'Proud,' and 'I thank you,' and 'I thank you not;' And yet 'not proud,' mistress minion, you, Thank me no thankings, nor, proud me no prouds, But fettle your fine joints 'gainst Thursday next, 2260To go with Paris to Saint Peter's Church, Or I will drag thee on a hurdle thither. Out, you green-sickness carrion! out, you baggage! You tallow-face! Lady Capulet. Fie, fie! what, are you mad? 2265 Juliet. Good father, I beseech you on my knees, Hear me with patience but to speak a word. Capulet. Hang thee, young baggage! disobedient wretch! I tell thee what: get thee to church o' Thursday, Or never after look me in the face: 2270Speak not, reply not, do not answer me; My fingers itch. Wife, we scarce thought us blest That God had lent us but this only child; But now I see this one is one too much, And that we have a curse in having her: 2275Out on her, hilding! Nurse. God in heaven bless her! You are to blame, my lord, to rate her so. Capulet. And why, my lady wisdom? hold your tongue, Good prudence; smatter with your gossips, go. 2280 Nurse. I speak no treason. Capulet. O, God ye god-den. Nurse. May not one speak? Capulet. Peace, you mumbling fool! Utter your gravity o'er a gossip's bowl; 2285For here we need it not. Lady Capulet. You are too hot. Capulet. God's bread! it makes me mad: Day, night, hour, tide, time, work, play, Alone, in company, still my care hath been 2290To have her match'd: and having now provided A gentleman of noble parentage, Of fair demesnes, youthful, and nobly train'd, Stuff'd, as they say, with honourable parts, Proportion'd as one's thought would wish a man; 2295And then to have a wretched puling fool, A whining mammet, in her fortune's tender, To answer 'I'll not wed; I cannot love, I am too young; I pray you, pardon me.' But, as you will not wed, I'll pardon you: 2300Graze where you will you shall not house with me: Look to't, think on't, I do not use to jest. Thursday is near; lay hand on heart, advise: An you be mine, I'll give you to my friend; And you be not, hang, beg, starve, die in 2305the streets, For, by my soul, I'll ne'er acknowledge thee, Nor what is mine shall never do thee good: Trust to't, bethink you; I'll not be forsworn. [Exit]

      lord Capulet enters and mocks Juliet's grief however after he learns that Juliet is rejecting the wedding he gets enraged saying that he would drag her to the church himself he then gives juliet a ultimatium saying if he doesnt marry paris he would disown juliet and leave her a beggar on the streets

    2. Lady Capulet. Why, how now, Juliet! Juliet. Madam, I am not well. Lady Capulet. Evermore weeping for your cousin's death? What, wilt thou wash him from his grave with tears? An if thou couldst, thou couldst not make him live; 2175Therefore, have done: some grief shows much of love; But much of grief shows still some want of wit. Juliet. Yet let me weep for such a feeling loss. Lady Capulet. So shall you feel the loss, but not the friend Which you weep for. 2180 Juliet. Feeling so the loss, Cannot choose but ever weep the friend. Lady Capulet. Well, girl, thou weep'st not so much for his death, As that the villain lives which slaughter'd him. Juliet. What villain madam? 2185 Lady Capulet. That same villain, Romeo. Juliet. [Aside] Villain and he be many miles asunder.— God Pardon him! I do, with all my heart; And yet no man like he doth grieve my heart. Lady Capulet. That is, because the traitor murderer lives. 2190 Juliet. Ay, madam, from the reach of these my hands: Would none but I might venge my cousin's death! Lady Capulet. We will have vengeance for it, fear thou not: Then weep no more. I'll send to one in Mantua, Where that same banish'd runagate doth live, 2195Shall give him such an unaccustom'd dram, That he shall soon keep Tybalt company: And then, I hope, thou wilt be satisfied. Juliet. Indeed, I never shall be satisfied With Romeo, till I behold him—dead— 2200Is my poor heart for a kinsman vex'd. Madam, if you could find out but a man To bear a poison, I would temper it; That Romeo should, upon receipt thereof, Soon sleep in quiet. O, how my heart abhors 2205To hear him named, and cannot come to him. To wreak the love I bore my cousin Upon his body that slaughter'd him! Lady Capulet. Find thou the means, and I'll find such a man. But now I'll tell thee joyful tidings, girl. 2210 Juliet. And joy comes well in such a needy time: What are they, I beseech your ladyship? Lady Capulet. Well, well, thou hast a careful father, child; One who, to put thee from thy heaviness, Hath sorted out a sudden day of joy, 2215That thou expect'st not nor I look'd not for. Juliet. Madam, in happy time, what day is that? Lady Capulet. Marry, my child, early next Thursday morn, The gallant, young and noble gentleman, The County Paris, at Saint Peter's Church, 2220Shall happily make thee there a joyful bride. Juliet. Now, by Saint Peter's Church and Peter too, He shall not make me there a joyful bride. I wonder at this haste; that I must wed Ere he, that should be husband, comes to woo. 2225I pray you, tell my lord and father, madam, I will not marry yet; and, when I do, I swear, It shall be Romeo, whom you know I hate, Rather than Paris. These are news indeed! Lady Capulet. Here comes your father; tell him so yourself, 2230And see how he will take it at your hands.

      lady capulet mistakens juliets grief for romeo as mourning for tybalt so she offered to send a assassin to mantua to poison romeo and she also tells juliet she is going to marry paris on thursday juliet flat out refuses and say she would rather marry her enemy romeo

    3. Nurse. Madam! 2135 Juliet. Nurse? Nurse. Your lady mother is coming to your chamber: The day is broke; be wary, look about. [Exit] Juliet. Then, window, let day in, and let life out. 2140 Romeo. Farewell, farewell! one kiss, and I'll descend. [He goeth down] Juliet. Art thou gone so? love, lord, ay, husband, friend! I must hear from thee every day in the hour, For in a minute there are many days: 2145O, by this count I shall be much in years Ere I again behold my Romeo! Romeo. Farewell! I will omit no opportunity That may convey my greetings, love, to thee. 2150 Juliet. O think'st thou we shall ever meet again? Romeo. I doubt it not; and all these woes shall serve For sweet discourses in our time to come. Juliet. O God, I have an ill-divining soul! Methinks I see thee, now thou art below, 2155As one dead in the bottom of a tomb: Either my eyesight fails, or thou look'st pale. Romeo. And trust me, love, in my eye so do you: Dry sorrow drinks our blood. Adieu, adieu! [Exit] Juliet. O fortune, fortune! all men call thee fickle: If thou art fickle, what dost thou with him. That is renown'd for faith? Be fickle, fortune; For then, I hope, thou wilt not keep him long, But send him back. 2165 Lady Capulet. [Within] Ho, daughter! are you up? Juliet. Who is't that calls? is it my lady mother? Is she not down so late, or up so early? What unaccustom'd cause procures her hither?

      the nurse comes telling the couple that lady capulet is approaching as romeo is desending the windows juliet had a vision of romeo looking like a corpse

    4. Capulet. Things have fall'n out, sir, so unluckily, That we have had no time to move our daughter: 2060Look you, she loved her kinsman Tybalt dearly, And so did I:—Well, we were born to die. 'Tis very late, she'll not come down to-night: I promise you, but for your company, I would have been a-bed an hour ago. 2065 Paris. These times of woe afford no time to woo. Madam, good night: commend me to your daughter. Lady Capulet. I will, and know her mind early to-morrow; To-night she is mew'd up to her heaviness. Capulet. Sir Paris, I will make a desperate tender 2070Of my child's love: I think she will be ruled In all respects by me; nay, more, I doubt it not. Wife, go you to her ere you go to bed; Acquaint her here of my son Paris' love; And bid her, mark you me, on Wednesday next— 2075But, soft! what day is this? Paris. Monday, my lord, Capulet. Monday! ha, ha! Well, Wednesday is too soon, O' Thursday let it be: o' Thursday, tell her, She shall be married to this noble earl. 2080Will you be ready? do you like this haste? We'll keep no great ado,—a friend or two; For, hark you, Tybalt being slain so late, It may be thought we held him carelessly, Being our kinsman, if we revel much: 2085Therefore we'll have some half a dozen friends, And there an end. But what say you to Thursday? Paris. My lord, I would that Thursday were to-morrow. Capulet. Well get you gone: o' Thursday be it, then. Go you to Juliet ere you go to bed, 2090Prepare her, wife, against this wedding-day. Farewell, my lord. Light to my chamber, ho! Afore me! it is so very very late, That we may call it early by and by. Good night.

      lord capulet is talking to paris and is planning to speed up the wedding between the two he schedule the wedding for thursday opting for a small and private party

    5. [Enter FRIAR LAURENCE] Friar Laurence. Romeo, come forth; come forth, thou fearful man: 1870Affliction is enamour'd of thy parts, And thou art wedded to calamity. [Enter ROMEO] Romeo. Father, what news? what is the prince's doom? What sorrow craves acquaintance at my hand, 1875That I yet know not? Friar Laurence. Too familiar Is my dear son with such sour company: I bring thee tidings of the prince's doom. Romeo. What less than dooms-day is the prince's doom? 1880 Friar Laurence. A gentler judgment vanish'd from his lips, Not body's death, but body's banishment. Romeo. Ha, banishment! be merciful, say 'death;' For exile hath more terror in his look, Much more than death: do not say 'banishment.' 1885 Friar Laurence. Hence from Verona art thou banished: Be patient, for the world is broad and wide. Romeo. There is no world without Verona walls, But purgatory, torture, hell itself. Hence-banished is banish'd from the world, 1890And world's exile is death: then banished, Is death mis-term'd: calling death banishment, Thou cutt'st my head off with a golden axe, And smilest upon the stroke that murders me. Friar Laurence. O deadly sin! O rude unthankfulness! 1895Thy fault our law calls death; but the kind prince, Taking thy part, hath rush'd aside the law, And turn'd that black word death to banishment: This is dear mercy, and thou seest it not. Romeo. 'Tis torture, and not mercy: heaven is here, 1900Where Juliet lives; and every cat and dog And little mouse, every unworthy thing, Live here in heaven and may look on her; But Romeo may not: more validity, More honourable state, more courtship lives 1905In carrion-flies than Romeo: they my seize On the white wonder of dear Juliet's hand And steal immortal blessing from her lips, Who even in pure and vestal modesty, Still blush, as thinking their own kisses sin; 1910But Romeo may not; he is banished: Flies may do this, but I from this must fly: They are free men, but I am banished. And say'st thou yet that exile is not death? Hadst thou no poison mix'd, no sharp-ground knife, 1915No sudden mean of death, though ne'er so mean, But 'banished' to kill me?—'banished'? O friar, the damned use that word in hell; Howlings attend it: how hast thou the heart, Being a divine, a ghostly confessor, 1920A sin-absolver, and my friend profess'd, To mangle me with that word 'banished'?

      friar tells romeo that the prince had shown him mercy instead of killing him he decided to banish him but romeo insist that this is worse then executing him because he would be separated from Juliet

    6. Juliet. Ay me! what news? why dost thou wring thy hands? Nurse. Ah, well-a-day! he's dead, he's dead, he's dead! We are undone, lady, we are undone! Alack the day! he's gone, he's kill'd, he's dead! 1760 Juliet. Can heaven be so envious? Nurse. Romeo can, Though heaven cannot: O Romeo, Romeo! Who ever would have thought it? Romeo! Juliet. What devil art thou, that dost torment me thus? 1765This torture should be roar'd in dismal hell. Hath Romeo slain himself? say thou but 'I,' And that bare vowel 'I' shall poison more Than the death-darting eye of cockatrice: I am not I, if there be such an I; 1770Or those eyes shut, that make thee answer 'I.' If he be slain, say 'I'; or if not, no: Brief sounds determine of my weal or woe. Nurse. I saw the wound, I saw it with mine eyes,— God save the mark!—here on his manly breast: 1775A piteous corse, a bloody piteous corse; Pale, pale as ashes, all bedaub'd in blood, All in gore-blood; I swounded at the sight. Juliet. O, break, my heart! poor bankrupt, break at once! To prison, eyes, ne'er look on liberty! 1780Vile earth, to earth resign; end motion here; And thou and Romeo press one heavy bier! Nurse. O Tybalt, Tybalt, the best friend I had! O courteous Tybalt! honest gentleman! That ever I should live to see thee dead! 1785 Juliet. What storm is this that blows so contrary? Is Romeo slaughter'd, and is Tybalt dead? My dear-loved cousin, and my dearer lord? Then, dreadful trumpet, sound the general doom! For who is living, if those two are gone? 1790 Nurse. Tybalt is gone, and Romeo banished; Romeo that kill'd him, he is banished. Juliet. O God! did Romeo's hand shed Tybalt's blood? Nurse. It did, it did; alas the day, it did! Juliet. O serpent heart, hid with a flowering face! 1795Did ever dragon keep so fair a cave? Beautiful tyrant! fiend angelical! Dove-feather'd raven! wolvish-ravening lamb! Despised substance of divinest show! Just opposite to what thou justly seem'st, 1800A damned saint, an honourable villain! O nature, what hadst thou to do in hell, When thou didst bower the spirit of a fiend In moral paradise of such sweet flesh? Was ever book containing such vile matter 1805So fairly bound? O that deceit should dwell In such a gorgeous palace! Nurse. There's no trust, No faith, no honesty in men; all perjured, All forsworn, all naught, all dissemblers. 1810Ah, where's my man? give me some aqua vitae: These griefs, these woes, these sorrows make me old. Shame come to Romeo! Juliet. Blister'd be thy tongue For such a wish! he was not born to shame: 1815Upon his brow shame is ashamed to sit; For 'tis a throne where honour may be crown'd Sole monarch of the universal earth. O, what a beast was I to chide at him! Nurse. Will you speak well of him that kill'd your cousin?

      the nurse runs in crying and juliet thinks that romeo is dead but found out that tybalt is the one who died and was killed by romeo so now she is torn between loyalty to her family or her love for romeo

    7. Juliet. Gallop apace, you fiery-footed steeds, Towards Phoebus' lodging: such a wagoner 1720As Phaethon would whip you to the west, And bring in cloudy night immediately. Spread thy close curtain, love-performing night, That runaway's eyes may wink and Romeo Leap to these arms, untalk'd of and unseen. 1725Lovers can see to do their amorous rites By their own beauties; or, if love be blind, It best agrees with night. Come, civil night, Thou sober-suited matron, all in black, And learn me how to lose a winning match, 1730Play'd for a pair of stainless maidenhoods: Hood my unmann'd blood, bating in my cheeks, With thy black mantle; till strange love, grown bold, Think true love acted simple modesty. Come, night; come, Romeo; come, thou day in night; 1735For thou wilt lie upon the wings of night Whiter than new snow on a raven's back. Come, gentle night, come, loving, black-brow'd night, Give me my Romeo; and, when he shall die, Take him and cut him out in little stars, 1740And he will make the face of heaven so fine That all the world will be in love with night And pay no worship to the garish sun. O, I have bought the mansion of a love, But not possess'd it, and, though I am sold, 1745Not yet enjoy'd: so tedious is this day As is the night before some festival To an impatient child that hath new robes And may not wear them. O, here comes my nurse, And she brings news; and every tongue that speaks 1750But Romeo's name speaks heavenly eloquence. [Enter Nurse, with cords] Now, nurse, what news? What hast thou there? the cords That Romeo bid thee fetch? Nurse. Ay, ay, the cords.

      juliet eagerly wait for romeo to visit her after her secret marriage juliet expresses her excitement and starts making up senarios about their relationships

    8. Romeo. Gentle Mercutio, put thy rapier up. Mercutio. Come, sir, your passado. 1585 [They fight] Romeo. Draw, Benvolio; beat down their weapons. Gentlemen, for shame, forbear this outrage! Tybalt, Mercutio, the prince expressly hath Forbidden bandying in Verona streets: 1590Hold, Tybalt! good Mercutio! [TYBALT under ROMEO's arm stabs MERCUTIO, and flies with his followers] Mercutio. I am hurt. A plague o' both your houses! I am sped. Is he gone, and hath nothing? 1595 Benvolio. What, art thou hurt? Mercutio. Ay, ay, a scratch, a scratch; marry, 'tis enough. Where is my page? Go, villain, fetch a surgeon. [Exit Page] Romeo. Courage, man; the hurt cannot be much. 1600 Mercutio. No, 'tis not so deep as a well, nor so wide as a church-door; but 'tis enough,'twill serve: ask for me to-morrow, and you shall find me a grave man. I am peppered, I warrant, for this world. A plague o' both your houses! 'Zounds, a dog, a rat, a mouse, a 1605cat, to scratch a man to death! a braggart, a rogue, a villain, that fights by the book of arithmetic! Why the devil came you between us? I was hurt under your arm. Romeo. I thought all for the best. 1610 Mercutio. Help me into some house, Benvolio, Or I shall faint. A plague o' both your houses! They have made worms' meat of me: I have it, And soundly too: your houses! [Exeunt MERCUTIO and BENVOLIO] Romeo. This gentleman, the prince's near ally, My very friend, hath got his mortal hurt In my behalf; my reputation stain'd With Tybalt's slander,—Tybalt, that an hour Hath been my kinsman! O sweet Juliet, 1620Thy beauty hath made me effeminate And in my temper soften'd valour's steel!

      romeo steps inbetween them to stop the fight but tybalt stabes mercutio and runs aways romeo gets sad and blames himself for mercutios injuries

    1. Investigation of the prevalence and clinical implications of ERBB2 exon 16 skipping mutations in Chinese pan-cancer patients

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC9859631

      Evidence Type(s): Oncogenic, Predictive, Functional

      Justification: Oncogenic: The text describes various ERBB2 alterations, including ERBB2DeltaEx16 variants, which are suggested to play a role in resistance to targeted therapies, indicating their potential oncogenic nature. Predictive: The presence of specific mutations such as L858R, L755S, D769Y, and others in the context of treatment resistance suggests that these variants may predict response to therapies and disease progression. Functional: The identification of multiple ERBB2 alterations and their association with resistance mechanisms implies that these variants may have functional consequences on the gene's activity and its role in cancer progression.

      Gene→Variant (gene-first): SLTM(79811):D1288N L1195I SLTM(79811):L1195V SLTM(79811):Y1230H ERBB2(2064):c.1899-936_1946+520del ERBB2(2064):D769Y ERBB2(2064):L755S EGFR(1956):L858R ERBB2(2064):c.1899-32_1909del ERBB2(2064):c.1899-2A>G ERBB2(2064):c.1899-880_1946+761del

      Genes: SLTM(79811) ERBB2(2064) EGFR(1956)

      Variants: D1288N L1195I L1195V Y1230H c.1899-936_1946+520del D769Y L755S L858R c.1899-32_1909del c.1899-2A>G c.1899-880_1946+761del

    2. Of the 21 unique ERBB2DeltaEx16 variants detected from Chinese patients, 9 involved complete deletion of exon 16, 3 were deletions or point mutations involving splice donors, and 9 deletions or point mutations affecting

      [Paragraph-level] PMCID: PMC9859631 Section: RESULTS PassageIndex: 5

      Evidence Type(s): Diagnostic, Predictive

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the detection of ERBB2 variants in patients, indicating their association with specific cases, which supports their use in defining or classifying a disease subtype. Predictive: The mention of the novel variant ERBB2 c.1899-2A>G being detected after treatment suggests a potential correlation with treatment response, indicating its relevance in predicting therapy outcomes.

      Gene→Variant (gene-first): 2064:c.1899-2A>G 2064:c.1899-880_1946+761del

      Genes: 2064

      Variants: c.1899-2A>G c.1899-880_1946+761del

    1. Clinical response to dabrafenib plus trametinib in a pediatric ganglioglioma with BRAF p.T599dup mutation

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC8040738

      Evidence Type(s): Oncogenic, Predictive, Prognostic

      Justification: Oncogenic: The presence of the BRAF p.T599dup mutation in the tumor is associated with tumor growth and progression, indicating its role in oncogenesis. Predictive: The identification of BRAF alterations, including p.T599dup, may assist clinicians in determining alternative targeted treatment strategies, suggesting its predictive value for treatment response. Prognostic: The report discusses the poor prognosis associated with many central nervous system diagnoses, indicating that BRAF mutations may have implications for patient outcomes.

      Gene→Variant (gene-first): BRAF(673):V600E BRAF(673):p.T599dup BRAF(673):p.V600E NA:p.T599dup BRAF

      Genes: BRAF(673) NA

      Variants: V600E p.T599dup p.V600E p.T599dup BRAF

    2. Routine MRI surveillance again showed enlargement of the tumor over the next 6 months following the partial resection (Table 1A). The radiologist reported increases in the size and degree of contrast enhancement of the m

      [Paragraph-level] PMCID: PMC8040738 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the patient's lack of response to vinblastine treatment, indicating that the p.T599dup BRAF variant may be associated with resistance to this therapy. Oncogenic: The p.T599dup BRAF variant is mentioned in the context of tumor sequencing, suggesting that it contributes to tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): NA:p.T599dup BRAF

      Genes: NA

      Variants: p.T599dup BRAF

    1. Strong functional data for pathogenicity or neutrality classify BRCA2 DNA-binding-domain variants of uncertain significance

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC8008494

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic, Predictive

      Justification: Functional: The text describes a functional assay (HDR) that evaluates the impact of various variants on protein function, indicating that certain variants resulted in loss of function or maintained functionality based on their HDR scores. Oncogenic: The mention of variants being associated with probabilities of pathogenicity >0.99 suggests that these variants may contribute to cancer development, indicating their potential oncogenic nature. Predictive: The text discusses the ability of certain variants to influence sensitivity to PARP inhibitors, which can be used to predict treatment responses in BRCA2-deficient cell lines.

      Gene→Variant (gene-first): NA:2619 from Trp to Gly BRCA2(675):2723 from Asp to Asn APRT(353):7522G>A APRT(353):7807G>T APRT(353):7874G>A APRT(353):7879A>G NA:Leu3180 APRT(353):Phe/Asn APRT(353):c.7522G>C BRCA2(675):c.7880T>A BRCA2(675):c.9370A>C BRCA2(675):c.9371A>T BRCA2(675):c.9539T>C BRCA2(675):p.Ala2603Ser BRCA2(675):p.Arg2625Lys BRCA2(675):p.Asn3124His APRT(353):p.Gly2508Arg BRCA2(675):p.Gly2508Ser BRCA2(675):p.Ile2627Val BRCA2(675):c.8723T>G BRCA2(675):c.8905G>A BRCA2(675):p.Val2908Gly BRCA2(675):p.Val2969Met

      Genes: NA BRCA2(675) APRT(353)

      Variants: 2619 from Trp to Gly 2723 from Asp to Asn 7522G>A 7807G>T 7874G>A 7879A>G Leu3180 Phe/Asn c.7522G>C c.7880T>A c.9370A>C c.9371A>T c.9539T>C p.Ala2603Ser p.Arg2625Lys p.Asn3124His p.Gly2508Arg p.Gly2508Ser p.Ile2627Val c.8723T>G c.8905G>A p.Val2908Gly p.Val2969Met

    1. KAT6A amplifications are associated with shorter progression-free survival and overall survival in patients with endometrial serous carcinoma

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC7467277

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional

      Justification: Oncogenic: The text indicates that the genomic segment on chr8:208343-27992852 is associated with somatic copy number alterations (CNA), specifically deletions, which can contribute to tumorigenesis, suggesting an oncogenic role. Functional: The mention of somatic CNAs implies that the alterations may affect gene function, indicating a potential functional impact on the genes located within the specified genomic segment.

      Gene→Variant (gene-first): NA:chr8:208343-27992852

      Genes: NA

      Variants: chr8:208343-27992852

    2. 1,449 genes with somatic CNA were observed in at least 10% of tumors (S1 Table) and were located on 26 genomic segments on chromosomes 1, 2, 3, 5, 8, 10, 11, 17, 18, 19 and 20. The size of these genomic loci ranged from

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7467277 Section: RESULTS PassageIndex: 5

      Evidence Type(s): Oncogenic

      Justification: Oncogenic: The passage discusses somatic copy number alterations (CNAs) and specifically mentions a segment on chromosome 8 that exhibits deletion, indicating a potential role in tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): NA:chr8:208343-27992852

      Genes: NA

      Variants: chr8:208343-27992852

    1. SLC6A14, a Na+/Cl−-coupled amino acid transporter, functions as a tumor promoter in colon and is a target for Wnt signaling

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC7182441

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The text describes the use of alpha-MT to block SLC6A14 function in colon cancer cells, demonstrating that this blockade leads to amino acid starvation and subsequent changes in marker expression, indicating a functional role of SLC6A14 in amino acid nutrition. Oncogenic: The study evaluates the effects of SLC6A14 blockade in a colon cancer cell line (LS174T), suggesting that SLC6A14 may play a role in the oncogenic process by influencing amino acid availability and mTOR signaling in cancer cells.

      Gene→Variant (gene-first): RPS6KB1(6198):S6

      Genes: RPS6KB1(6198)

      Variants: S6

    1. Genetic Variants Were Associated With the Prognosis of Head and Neck Squamous Carcinoma

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC7099049

      Evidence Type(s): Prognostic, Functional

      Justification: Prognostic: The SNPs rs16879870, rs2641256, rs2761591, and rs854936 were significantly associated with HNSCC survival, indicating their potential role in predicting patient outcomes. Functional: The genotypes of rs16879870 and rs854936 were significantly associated with the expression of genes GJB7 and RTN4R, respectively, suggesting a functional impact on gene expression related to HNSCC.

      Gene→Variant (gene-first): FGFR4(2264):AUC from 0 NA:rs16879870 SCIMP(388325):rs2641256 DCDC1(341019):rs2761591 NA:rs854936

      Genes: FGFR4(2264) NA SCIMP(388325) DCDC1(341019)

      Variants: AUC from 0 rs16879870 rs2641256 rs2761591 rs854936

    2. To further explore potential functions of these SNPs, we performed the eQTL analysis for selected SNPs and mRNA expression of their corresponding genes in cancer tissues by using TCGA dataset. As shown in Figure 3, the a

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7099049 Section: RESULTS PassageIndex: 13

      Evidence Type(s): Functional, Prognostic

      Justification: Functional: The passage discusses how the alleles of rs16879870 and rs854936 are associated with increased mRNA expression levels of their corresponding genes, indicating an alteration in molecular function. Prognostic: The passage reports that higher expression levels of the genes GJB7 and RTN4R correlate with worse prognosis in HNSCC patients, indicating a relationship with disease outcome independent of therapy.

      Gene→Variant (gene-first): NA:rs16879870 NA:rs854936

      Genes: NA

      Variants: rs16879870 rs854936

    3. To provide a better estimation of the hazards of survival, the risk genotypes (i.e., rs16879870 CA+AA, rs2641256 AA, rs2761591 GA, and rs854936 AC) were combined into one variable as the number of risk genotypes (NRG), w

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7099049 Section: RESULTS PassageIndex: 7

      Evidence Type(s): Prognostic, Diagnostic

      Justification: Prognostic: The passage discusses how the number of risk genotypes (NRG) correlates with the hazard of death in patients with HNSCC, indicating a relationship between the variants and disease outcome. Diagnostic: The variants are used to define and classify patients into groups based on the number of risk genotypes, which is associated with survival outcomes in HNSCC.

      Gene→Variant (gene-first): NA:rs16879870 388325:rs2641256 341019:rs2761591 NA:rs854936

      Genes: NA 388325 341019

      Variants: rs16879870 rs2641256 rs2761591 rs854936

    4. In the discovery stage, univariate and multivariable Cox regression analysis were further performed to evaluate the effects on risk of death for each of selected SNPs (Table 2), with adjusting of age, gender, smoking, dr

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7099049 Section: RESULTS PassageIndex: 6

      Evidence Type(s): Prognostic, Diagnostic

      Justification: Prognostic: The passage discusses the association of specific SNP genotypes with survival outcomes in HNSCC, indicating that these variants correlate with risk of death independent of therapy. Diagnostic: The passage mentions the classification performance of risk genotypes of selected SNPs, suggesting their use in defining or classifying disease risk.

      Gene→Variant (gene-first): NA:rs16879870 388325:rs2641256 341019:rs2761591 NA:rs854936

      Genes: NA 388325 341019

      Variants: rs16879870 rs2641256 rs2761591 rs854936

    5. As shown in Supplementary Figure 1, after QC, we performed Cox proportional hazards regression models to assess associations of 31,075 qualified genetic variants with HNSCC survival, with adjustment for age, gender, smok

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7099049 Section: RESULTS PassageIndex: 5

      Evidence Type(s): Prognostic

      Justification: Prognostic: The passage discusses the correlation of specific SNPs with HNSCC patients' survival, indicating that these variants are associated with disease outcome independent of therapy.

      Gene→Variant (gene-first): NA:rs16879870 388325:rs2641256 341019:rs2761591 NA:rs854936

      Genes: NA 388325 341019

      Variants: rs16879870 rs2641256 rs2761591 rs854936

    1. Mosaic RAS/MAPK variants cause sporadic vascular malformations which respond to targeted therapy

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC5873857

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional, Predictive

      Justification: Oncogenic: The BRAFV600E variant is described as leading to disordered vessel formation and recapitulating clinical features of vascular malformations (VMs), indicating its role in tumorigenesis. Functional: The structural modeling of variants, including deletions and missense mutations, suggests that they affect the integrity of the protein structure and function of MAP2K1, indicating a functional impact on the protein's activity. Predictive: The study demonstrates that treatment with vemurafenib, a BRAF inhibitor, improved blood flow in zebrafish models expressing BRAFV600E, suggesting predictive value for therapeutic response based on the presence of this variant.

      Gene→Variant (gene-first): BRAF(673):BRAFV600E MAP2K1(5604):E62del NA:K57 MAP2K1(5604):c.159_173del MAP2K1(5604):c.173_187del MAP2K1(5604):p.[K57N]

      Genes: BRAF(673) MAP2K1(5604) NA

      Variants: BRAFV600E E62del K57 c.159_173del c.173_187del p.[K57N]

    2. Structural modeling was undertaken of the 4 mosaic variants detected in exon 2 of the MAP2K1 gene, 2 identical missense variants (p.[K57N]), and 2 small intraexonic deletions removing, respectively, codons 53-58 (novel c

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5873857 Section: RESULTS PassageIndex: 4

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how the variants affect the 3D protein structure and stability of helix A in the MAP2K1 gene, indicating that they alter molecular function. Oncogenic: The variants are described as contributing to the destabilization of the conformation of the inactive state of the protein, which suggests a role in tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 5604:E62del NA:K57 5604:c.159_173del 5604:c.173_187del 5604:p.[K57N]

      Genes: 5604 NA

      Variants: E62del K57 c.159_173del c.173_187del p.[K57N]

    1. Genetic variations associated with gemcitabine treatment outcome in pancreatic cancer

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC5083195

      Evidence Type(s): Predictive, Functional, Prognostic

      Justification: Predictive: The study indicates that certain SNPs, including rs9637468 and rs4925193, may serve as genetic biomarkers for predicting gemcitabine response during pancreatic cancer therapy, suggesting their role in predicting treatment outcomes. Functional: The research includes an eQTL analysis that investigates the influence of SNPs on gene expression, specifically showing that rs1122269 and rs4925193 have correlations with CDH4 expression, indicating a functional relationship between these variants and gene expression. Prognostic: The association of SNPs with overall survival (OS) in pancreatic cancer patients suggests that these genetic variants may have prognostic implications regarding patient outcomes following treatment.

      Gene→Variant (gene-first): NA:rs10979372 CDH4(1002):rs1122269 NA:rs1374679 LRRC7(57554):rs7515290 CDH4(1002):rs4925193 NA:rs9637468

      Genes: NA CDH4(1002) LRRC7(57554)

      Variants: rs10979372 rs1122269 rs1374679 rs7515290 rs4925193 rs9637468

    2. Next, we tested the hypothesis of whether these four SNPs located in the downstream of KRT8P35 and the intron of CDH4 might also influence the expression of these two genes in a cis-manner. We carried out an eQTL (expres

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5083195 Section: RESULTS PassageIndex: 12

      Evidence Type(s): Functional, Prognostic

      Justification: Functional: The passage discusses the influence of SNPs (rs9637468 and rs4925193) on the expression of genes in a cis-manner, indicating that these variants alter molecular function related to gene expression. Prognostic: The mRNA expression levels of CDH4 were associated with overall survival (OS) of pancreatic cancer patients, suggesting that the variants may correlate with disease outcome independent of therapy.

      Gene→Variant (gene-first): 1002:rs1122269 1002:rs4925193 NA:rs9637468

      Genes: 1002 NA

      Variants: rs1122269 rs4925193 rs9637468

    3. After imputation analysis with the 1000 Genome Project, we selected the four top OS-associated imputed SNPs plus the four genotyped SNPs for validation with 537 additional Mayo samples from a second independent cohort us

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5083195 Section: RESULTS PassageIndex: 10

      Evidence Type(s): Predictive, Prognostic

      Justification: Predictive: The passage discusses the association of the SNPs rs9637468 and rs4925193 with overall survival (OS) in the context of gemcitabine treatment, indicating their potential as genetic biomarkers for predicting response to therapy. Prognostic: The passage mentions that the SNPs are associated with overall survival (OS) outcomes, suggesting that they may correlate with disease outcome independent of therapy.

      Gene→Variant (gene-first): 1002:rs4925193 NA:rs9637468

      Genes: 1002 NA

      Variants: rs4925193 rs9637468

    4. Those four SNPs (rs7515290, rs1374679, rs10979372, and rs1122269) were mapped to four genomic regions containing four HGNC symbols: LOC100533666, KRT8P35, RPL36P14, and CDH4. Similar to other complex diseases, multiple c

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5083195 Section: RESULTS PassageIndex: 7

      Evidence Type(s): Predictive, Diagnostic

      Justification: Predictive: The passage discusses trends of the SNPs being associated with drug response (gemcitabine IC50 values) and mentions pharmacogenomic effects on gemcitabine during pancreatic cancer treatment. Diagnostic: The SNPs are described as influencing disease risk in pancreatic cancer, indicating their potential role in classifying or associating with the disease.

      Gene→Variant (gene-first): NA:rs10979372 1002:rs1122269 NA:rs1374679 57554:rs7515290

      Genes: NA 1002 57554

      Variants: rs10979372 rs1122269 rs1374679 rs7515290

    1. KRAS insertion mutations are oncogenic and exhibit distinct functional properties

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC4748120

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional, Predictive

      Justification: Oncogenic: The text describes a partial duplication of the switch 2 domain of K-Ras, which is associated with transforming growth in myeloid progenitors and Ba/F3 cells, indicating its role as an oncogenic mutation. Functional: The study demonstrates that K-Ras proteins with switch 2 insertions exhibit reduced intrinsic GTP hydrolysis rates and accumulate in the GTP-bound conformation, indicating altered functional properties of these mutant proteins. Predictive: The findings suggest that K-Ras mutations, including the switch 2 duplications, may influence the sensitivity of transformed cells to MEK and PI3K inhibitors, indicating potential predictive value for therapeutic responses.

      Gene→Variant (gene-first): PIK3R1(5295):A66dup KRAS(3845):K-RasG12D PIK3CA(5290):Y64G KRAS(3845):Glutamine 61 KRAS(3845):Q61 KRAS(3845):c.178_198dup KRAS(3845):c.184_198dup

      Genes: PIK3R1(5295) KRAS(3845) PIK3CA(5290)

      Variants: A66dup K-RasG12D Y64G Glutamine 61 Q61 c.178_198dup c.184_198dup

    2. Oncogenic KRAS mutations introduce discrete amino acid substitutions that reduce intrinsic Ras GTPase activity and confer resistance to GTPase-activating proteins (GAPs). Here we discover a partial duplication of the swi

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4748120 Section: ABSTRACT PassageIndex: 1

      Evidence Type(s): Oncogenic, Predictive, Diagnostic

      Justification: Oncogenic: The passage describes how the A66dup variant contributes to tumor development by transforming the growth of primary myeloid progenitors and Ba/F3 cells, indicating its role in oncogenesis. Predictive: The passage mentions that K-Ras proteins with the A66dup variant are hypersensitive to MEK inhibition, suggesting a correlation with response to a specific therapy. Diagnostic: The discovery of the A66dup variant in a child with an atypical myeloproliferative neoplasm suggests its potential use in defining or classifying this disease.

      Gene→Variant (gene-first): 5295:A66dup

      Genes: 5295

      Variants: A66dup

    3. The observation that K-RasG12D and switch 2 insertion mutant proteins are defective for PI3K binding and Akt activation suggested that this might alter effector pathway dependencies. To address this question, we exposed

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4748120 Section: RESULTS PassageIndex: 15

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the sensitivity of cells expressing K-RasG12D to specific therapies, indicating a correlation between the variant and response to treatment with MEK and PI3K inhibitors. Oncogenic: The mention of K-RasG12D in the context of transformed Ba/F3 cells suggests that this somatic variant contributes to tumor development or progression, as it is involved in cytokine-independent growth.

      Gene→Variant (gene-first): 3845:K-RasG12D

      Genes: 3845

      Variants: K-RasG12D

    4. To assess how acute activation of K-Ras duplication mutants modulates effector pathway activation, we engineered tetracycline inducible GFP-K-Ras constructs and introduced them into Ba/F3 cells (Supplementary Fig. 4). In

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4748120 Section: RESULTS PassageIndex: 12

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how the K-RasG12D variant alters the levels of pERK and pAkt, indicating a change in molecular function related to signaling pathways. Oncogenic: The K-RasG12D variant is implicated in modulating effector pathway activation, which suggests its role in tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 3845:K-RasG12D

      Genes: 3845

      Variants: K-RasG12D

    5. Expression of K-RasG12D and each tandem duplication mutant, but not WT K-Ras, transformed interleukin 3 (IL-3)-dependent Ba/F3 cells to cytokine-independent growth (Supplementary Fig. 3a). Ba/F3 cells expressing K-RasG12

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4748120 Section: RESULTS PassageIndex: 11

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional

      Justification: Oncogenic: The passage describes how the K-RasG12D variant and tandem duplication mutants transform Ba/F3 cells to cytokine-independent growth, indicating their role in tumor development or progression. Functional: The passage mentions that Ba/F3 cells expressing K-RasG12D and the tandem duplication mutants had elevated levels of Ras-GTP, suggesting that these variants alter molecular function related to Ras signaling.

      Gene→Variant (gene-first): 5295:A66dup 3845:K-RasG12D

      Genes: 5295 3845

      Variants: A66dup K-RasG12D

    1. Oncogenic RIT1 mutations in lung adenocarcinoma

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC4150988

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional, Predictive

      Justification: Oncogenic: The text indicates that RIT1 mutations, particularly in the switch II domain, are associated with the ability to induce cellular transformation and tumor formation, suggesting their role as oncogenes in lung adenocarcinoma. Functional: The study demonstrates that mutated RIT1 can activate signaling pathways (MEK/ERK and PI3K/AKT) and induce cellular transformation, indicating a functional impact of these mutations on cellular behavior. Predictive: The presence of RIT1 mutations, particularly in the context of lung adenocarcinoma, may predict the activation of specific signaling pathways and the potential for tumor formation, as evidenced by the transformation assays conducted in the study.

      Gene→Variant (gene-first): RIT1(6016):F82L RIT1(6016):M90I RIT1(6016):p.M90I KRAS(3845):G12V EGFR(1956):L858R RIT1(6016):Q40 RIT1(6016):Q40L RIT1(6016):Q79L NA:alanine 77 RIT1(6016):p.A77P RIT1(6016):p.A77S RIT1(6016):p.R122L

      Genes: RIT1(6016) KRAS(3845) EGFR(1956) NA

      Variants: F82L M90I p.M90I G12V L858R Q40 Q40L Q79L alanine 77 p.A77P p.A77S p.R122L

    1. Regulation of lipid binding underlies the activation mechanism of class IA PI3-kinases

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC3378484

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional, Predictive, Prognostic

      Justification: Oncogenic: The text discusses somatic mutations in PIK3CA, including several specific variants (e.g., E545K, H1047R, C420R) that are characterized as activating mutations associated with increased lipid kinase activity, which is a hallmark of oncogenic mutations in cancer. Functional: The evidence indicates that specific mutations (e.g., C420R, E545K, H1047R) enhance lipid binding and kinase activity, demonstrating a functional impact on the protein's activity and its role in signaling pathways. Predictive: The text suggests that the presence of certain mutations correlates with enhanced lipid binding and kinase activity, which could be used to predict the functional outcomes of these mutations in cancer contexts. Prognostic: The correlation between specific mutations and increased lipid kinase activity implies that these mutations could serve as prognostic markers for cancer progression and response to therapies targeting the PI3K pathway.

      Gene→Variant (gene-first): PIK3CA(5290):C420 PIK3CA(5290):C420R PIK3CA(5290):E545K PIK3R1(5295):N345 PIK3R1(5295):N564 PIK3R1(5295):N564D PIK3CA(5290):G1049R PIK3CA(5290):H1047L PIK3CA(5290):H1047R PIK3CA(5290):M1043I PIK3CA(5290):D915N PIK3CA(5290):H1047 PIK3CG(5294):K942 PIK3CG(5294):R949 PIK3CG(5294):K942Q PIK3CG(5294):R949D PIK3CA(5290):deletion of residues 1051-1068

      Genes: PIK3CA(5290) PIK3R1(5295) PIK3CG(5294)

      Variants: C420 C420R E545K N345 N564 N564D G1049R H1047L H1047R M1043I D915N H1047 K942 R949 K942Q R949D deletion of residues 1051-1068

    2. Activation of p110beta/p85alpha-nicSH2 and p110delta/p85alpha-nicSH2 complexes by phosphopeptide also induces lipid binding (Figure 5a). This is in agreement with the recent report for p110delta in a complex with full-le

      [Paragraph-level] PMCID: PMC3378484 Section: RESULTS PassageIndex: 24

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the variant H1047L alters the lipid binding capabilities of the p110alpha isoform, indicating a change in molecular function.

      Gene→Variant (gene-first): 5290:H1047 5290:H1047L

      Genes: 5290

      Variants: H1047 H1047L

    3. The p85alpha nSH2 does not contact the lipid binding elements in the kinase C-lobe (Figure 4a) but appears to control their access to membrane (Figure 3f-j). This suggests the activation mechanism by nSH2 to be allosteri

      [Paragraph-level] PMCID: PMC3378484 Section: RESULTS PassageIndex: 22

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how the H1047R variant leads to a global conformational change in the p110alpha/p85alpha structure, suggesting that it alters molecular function and potentially impacts activity. Oncogenic: The context implies that the H1047R variant contributes to tumor development or progression through its role in altering the conformational dynamics of the kinase, which is relevant in cancer biology.

      Gene→Variant (gene-first): 5290:H1047R

      Genes: 5290

      Variants: H1047R

    4. To gain a broader view of the effects of cancer-linked mutations, we studied seven mutations that have previously been characterized to be activating. They cover three structurally distinct regions (Figure 3a-c), namely,

      [Paragraph-level] PMCID: PMC3378484 Section: RESULTS PassageIndex: 16

      Evidence Type(s): Oncogenic

      Justification: Oncogenic: The passage discusses mutations that are characterized as activating, indicating that they contribute to tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 5290:C420R 5290:E545K 5290:G1049R 5290:H1047L 5290:H1047R 5290:M1043I 5295:N564D

      Genes: 5290 5295

      Variants: C420R E545K G1049R H1047L H1047R M1043I N564D

    1. Clinical implications of novel activating EGFR mutations in malignant peritoneal mesothelioma

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC2970593

      Evidence Type(s): Oncogenic, Predictive, Functional

      Justification: Oncogenic: The mutations identified in the EGFR tyrosine kinase domain, including L858R, are described as activating mutations that increase sensitivity to the EGFR inhibitor Erlotinib, indicating their role in promoting cancer progression. Predictive: The presence of the L858R mutation is associated with increased sensitivity to the EGFR inhibitor Erlotinib, suggesting its utility in predicting response to targeted therapy in patients with non-small cell lung cancer. Functional: The text states that all missense mutations, including the novel ones, were found to be activating mutations, indicating their functional impact on EGFR activity.

      Gene→Variant (gene-first): EGFR(1956):C797 NA:E734 NA:T785 EGFR(1956):E868 EGFR(1956):L858 EGFR(1956):R831 NA:W731 EGFR(1956):Y801 EGFR(1956):C797Y EGFR(1956):E734Q EGFR(1956):E868G EGFR(1956):L831H EGFR(1956):L858R EGFR(1956):T785A EGFR(1956):W731L EGFR(1956):Y801H

      Genes: EGFR(1956) NA

      Variants: C797 E734 T785 E868 L858 R831 W731 Y801 C797Y E734Q E868G L831H L858R T785A W731L Y801H

    1. Correlations of EGFR mutations and increases in EGFR and HER2 copy number to gefitinib response in a retrospective analysis of lung cancer patients

      [Paper-level Aggregated] PMCID: PMC1952070

      Evidence Type(s): Oncogenic, Predictive

      Justification: Oncogenic: The L858R mutation in exon 21 is a well-known oncogenic mutation associated with non-small cell lung cancer and has been previously correlated with gefitinib sensitivity, although in this study it was found in a non-responder. Predictive: The presence of mutations in the EGFR tyrosine kinase domain, including L858R, has been previously associated with response to gefitinib, indicating a potential predictive value for treatment outcomes.

      Gene→Variant (gene-first): TXK(7294):G/A NA:rs10251977 NA:rs17290643 EGFR(1956):L858R EGFR(1956):T790M

      Genes: TXK(7294) NA EGFR(1956)

      Variants: G/A rs10251977 rs17290643 L858R T790M

    2. We detected two previously documented single nucleotide polymorphisms (dbSNP rs10251977, rs17290643). Exon 20 harbours the synonymous G/A SNP rs10251977 while exon 23 contains the synonymous SNP T/C rs17290643. There was

      [Paragraph-level] PMCID: PMC1952070 Section: RESULTS PassageIndex: 8

      Evidence Type(s): Diagnostic, Predictive

      Justification: Diagnostic: The passage mentions the detection of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and their association with specific exons, indicating their role in defining or classifying genetic variants. Predictive: The passage explicitly states that there was "no correlation between these alleles and gefitinib response," which implies that the variants were evaluated for their predictive value regarding treatment response.

      Gene→Variant (gene-first): 7294:G/A NA:rs10251977 NA:rs17290643

      Genes: 7294 NA

      Variants: G/A rs10251977 rs17290643

    1. Since specific residues from the positively charged motif at the PTEN N-terminus NLS (Lys13Arg14Arg15; KRR motif) (Fig 2A) are important for nuclear localization or phosphatase activity in vivo, we performed additional a

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4398541 Section: RESULTS PassageIndex: 10

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how specific mutations (K13R, R14K, K13E, etc.) affect the molecular functions of PTEN, including its nuclear localization and phosphatase activity, indicating alterations in biochemical function. Oncogenic: The mutations are described in the context of their role in PTEN's function related to tumor development, particularly in terms of phosphatase activity and localization, which are critical for its tumor suppressor role.

      Gene→Variant (gene-first): 100329167:Arg14 5728:Arg15 5728:K13A 5728:K13E 5728:K13R 5728:Lys13 100329167:R14A 100329167:R14K 5728:R15A 5728:R15K

      Genes: 100329167 5728

      Variants: Arg14 Arg15 K13A K13E K13R Lys13 R14A R14K R15A R15K

    2. The PTEN N-terminal region contains motifs important for PTEN subcellular localization and function (Fig 2A). To analyze the contribution of this region to PTEN tumor suppressor function in vivo, we performed a functiona

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4398541 Section: RESULTS PassageIndex: 4

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how various PTEN mutations alter the nuclear/cytosolic localization and function of the protein, indicating changes in molecular or biochemical function.

      Gene→Variant (gene-first): 5728:A34D 5728:A34V 5728:D24Y 5728:G36R 5728:I33S 5728:K13E 5728:L23F 5728:L42P 5728:M35R 5728:R15I 5728:R15S 5728:S10N 5728:Y16C

      Genes: 5728

      Variants: A34D A34V D24Y G36R I33S K13E L23F L42P M35R R15I R15S S10N Y16C

    1. Given the aforementioned differences in H3.1- and H3.3-K27M tumours, we next compared their clinical characteristics. We did not find any significant difference in terms of sex ratio (Fig. 5a), but found an earlier onset

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4654747 Section: RESULTS PassageIndex: 14

      Evidence Type(s): Diagnostic, Prognostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the association of H3.1-K27M tumors with clinical characteristics and outcomes, indicating its role in defining and classifying the disease. Prognostic: The variant K27M is correlated with overall survival outcomes, with H3.1 mutations showing a better prognosis compared to H3.3 mutations, independent of therapy. Oncogenic: The mention of H3.1-K27M tumors suggests that this somatic variant contributes to tumor development or progression, as it is associated with clinical characteristics and outcomes in cancer patients.

      Gene→Variant (gene-first): 3021:K27M

      Genes: 3021

      Variants: K27M

    2. In-depth analysis of GE profiling of the two subtypes showed a strong enrichment for the proneural-glioblastoma multiforme (GBM), oligodendrocytic or neural signatures in H3.3-K27M tumours (Figs. 3a, S4a). With respect t

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4654747 Section: RESULTS PassageIndex: 11

      Evidence Type(s): Diagnostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the strong enrichment of the K27M variant in specific tumor subtypes, indicating its association with the proneural-glioblastoma multiforme (GBM) and oligodendrocytic or neural signatures, which helps classify the disease. Oncogenic: The K27M variant is implicated in tumor development, as evidenced by its association with oligodendroglial differentiation and the observation of metastatic relapse in patients with H3F3A mutations, suggesting a role in tumor progression.

      Gene→Variant (gene-first): 3021:K27M

      Genes: 3021

      Variants: K27M

    3. We analysed a cohort of 62 DIPG biopsy samples obtained at diagnosis for (1) histone H3 lysine 27 trimethylation (Fig. 1a) and (2) immunodetection of the mutated H3-K27M histone (Fig. 1b) by IHC, and correlated these dat

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4654747 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): Diagnostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the correlation of the H3-K27M mutation with the classification of DIPG samples, indicating its role in defining or confirming the disease subtype. Oncogenic: The mention of the H3-K27M mutation in the context of tumor samples suggests that it contributes to tumor development or progression, characteristic of oncogenic variants.

      Gene→Variant (gene-first): 3021:K27M 3021:lysine 27

      Genes: 3021

      Variants: K27M lysine 27

    1. There was a qualitative correlation of these genotypes with the overall phenotypes. Twenty-five of 35 (71%) patients had a phenotype most consistent with the either FAO, Hemihyperplasia- Multiple Lipomatosis (HHML) or ma

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4320693 Section: RESULTS PassageIndex: 4

      Evidence Type(s): Diagnostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the correlation of specific genotypes with phenotypes, indicating that the variants are associated with defining or classifying certain conditions such as FAO, HHML, or CLOVES syndrome. Oncogenic: The variants mentioned are associated with specific phenotypes that suggest a role in tumor development or progression, particularly in the context of CLOVES syndrome and other related conditions.

      Gene→Variant (gene-first): 5290:p.Cys420Arg 5290:p.Glu542Lys 5290:p.Glu545Lys 5290:p.His1047Arg 5290:p.His1047Leu

      Genes: 5290

      Variants: p.Cys420Arg p.Glu542Lys p.Glu545Lys p.His1047Arg p.His1047Leu

    1. Whole-genome sequencing of fresh-frozen tumour DNA (116x average depth) and matched germline DNA (43x average depth) revealed a t(12;15)(p13.2;q25.3) translocation, resulting in an ETV6-NTRK3 fusion (Fig. 1a). The result

      [Paragraph-level] PMCID: PMC6173734 Section: RESULTS PassageIndex: 2

      Evidence Type(s): Oncogenic

      Justification: Oncogenic: The passage describes a pathogenic TP53 missense variant c.422G>A (p.Cys141Tyr) in the context of tumor development, indicating its contribution to tumor progression through the loss of heterozygosity and clonal biallelic loss of TP53.

      Gene→Variant (gene-first): 7157:c.422G>A 7157:p.Cys141Tyr

      Genes: 7157

      Variants: c.422G>A p.Cys141Tyr

    1. We validated expression of the Ezh2Y641F allele by Southern blot, PCR and qRT-PCR (Fig. 1a, Supplementary Fig. 1a-d). In the absence of CRE-mediated recombination, the allele produces a wild-type transcript (Fig. 1a) and

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4899144 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how the Y641F mutation alters the expression of Ezh2 transcripts and leads to a gain-of-function effect, evidenced by the increase in H3K27me3 levels in B-cells, indicating a change in molecular function. Oncogenic: The Y641F mutation is described as equivalent to a common EZH2 missense mutation found in human cancers, suggesting its role in tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 2146:Y641F 2146:Y646F

      Genes: 2146

      Variants: Y641F Y646F

    1. Presumed loss of the enrolling RET fusion in one or more post-combination therapy progression samples was noted in four of six cases (67%, Figure 2A). In three of these cases, post-progression genomics were limited to a

      [Paragraph-level] PMCID: PMC10524391 Section: RESULTS PassageIndex: 24

      Evidence Type(s): Oncogenic

      Justification: Oncogenic: The passage discusses an acquired RET G810S mutation in the context of tumor progression, indicating that this somatic variant may contribute to tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 5979:G810S

      Genes: 5979

      Variants: G810S

    1. We then tested whether the C-terminal ubiquitin tag can rescue the nuclear localization defect of PTENL320S. We found that PTENL320S,A4-Ub-GFP significantly accumulated in the nucleus (Figures 7a and b). To determine whe

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5491373 Section: RESULTS PassageIndex: 29

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the variant Lys48 affects the molecular function of PTENL320S by influencing its nuclear localization, indicating a change in biochemical activity related to polyubiquitination.

      Gene→Variant (gene-first): 5728:Lys48

      Genes: 5728

      Variants: Lys48

    2. To determine whether the altered protein conformations of PTENT277A and PTENL320S change the ubiquitination of PTEN, we co-expressed HA-ubiquitin with various GFP-PTEN constructs. GFP fusions were immunoprecipitated and

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5491373 Section: RESULTS PassageIndex: 24

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the variants PTENT277A and PTENL320S alter the ubiquitination of the PTEN protein, indicating a change in molecular function related to protein stability.

      Gene→Variant (gene-first): 4734:L320S 5728:T277A

      Genes: 4734 5728

      Variants: L320S T277A

    1. The French FPD/AML cohort consists of nine pedigrees (A to I) and two syndromic patients (J and K) with germline RUNX1 alterations identified in eight hospitals (La Timone and Paoli-Calmettes in Marseille; Nancy; La Piti

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4845427 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): Predisposing

      Justification: Predisposing: The passage discusses germline RUNX1 alterations identified in pedigrees, indicating inherited risk for developing disease.

      Gene→Variant (gene-first): 861:A to I

      Genes: 861

      Variants: A to I

    1. We compared the transcriptional landscape of lung cancers between ever-smokers and never-smokers. There was a significant difference in the number of point mutations between the two groups (Fig. 4A). On average, smokers

      [Paragraph-level] PMCID: PMC3483540 Section: RESULTS PassageIndex: 12

      Evidence Type(s): Oncogenic, Diagnostic

      Justification: Oncogenic: The passage discusses the presence of somatic point mutations, specifically the C > A and T > G transversions, in lung cancers of smokers, indicating their contribution to tumor development or progression. Diagnostic: The differences in mutational spectrums between lung cancers of smokers and never-smokers suggest that these variants can be used to classify or define the disease based on smoking status.

      Gene→Variant (gene-first): 2199:C > A 2199:T > G

      Genes: 2199

      Variants: C > A T > G

    1. PLX4032 also had physiological effects on advanced melanoma cells. We observed enhanced detachment of BRAFWT melanoma cells after treatment with PLX4032 for several hours that were 99% viable (Figure 6A). In contrast, th

      [Paragraph-level] PMCID: PMC2848976 Section: RESULTS PassageIndex: 23

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the effects of PLX4032 on melanoma cells, indicating a difference in response between BRAFWT and BRAFV600E cells, which suggests a correlation with treatment response. Oncogenic: The mention of BRAFV600E in the context of advanced melanoma cells implies that this somatic variant contributes to tumor development or progression, as it is associated with specific cellular behaviors in the study.

      Gene→Variant (gene-first): 673:BRAFV600E

      Genes: 673

      Variants: BRAFV600E

    1. We identified potentially targetable mutations in PIK3CA and CDKN2A. An established canonical mutation, PIK3CA E545K missense mutation were identified in five patients (5%) (Fig. 4A), while CDKN2A R58X nonsense mutation

      [Paragraph-level] PMCID: PMC6333965 Section: RESULTS PassageIndex: 12

      Evidence Type(s): Diagnostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the identification of specific mutations in PIK3CA and CDKN2A, indicating their association with patient populations, which suggests their role in defining or classifying disease subtypes. Oncogenic: The mention of TP53 inactivating mutations (R209Q/W, R243W/Q) causing cell cycle deregulation implies that these somatic variants contribute to tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 5290:E545K 7157:R209Q/W 7157:R243W/Q 1029:R58X

      Genes: 5290 7157 1029

      Variants: E545K R209Q/W R243W/Q R58X

    1. For PIK3CA, considering both treatment arms, 39 variants in 37 patients (37/195, 19.0%) were identified in the day 1 samples (Figure 2A), consistent with previous findings and indicating low levels of polyclonality. Almo

      [Paragraph-level] PMCID: PMC6368247 Section: RESULTS PassageIndex: 14

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional

      Justification: Oncogenic: The passage discusses the acquisition of PIK3CA mutations, including E542K, E545K, H1047L, and H1047R, in patients during treatment, indicating that these somatic variants contribute to tumor development or progression. Functional: The validation of acquired PIK3CA mutations using ddPCR and the mention of their allele fraction estimation suggest that these variants alter molecular or biochemical function, supporting their functional impact in the context of cancer.

      Gene→Variant (gene-first): 5290:E542K 5290:E545K 5290:H1047L 5290:H1047R

      Genes: 5290

      Variants: E542K E545K H1047L H1047R

    2. A second patient, 253, during treatment with palbociclib plus fulvestrant exhibited marked selection of a subclone featuring an activating mutation in the tyrosine kinase domain of FGFR2 p.K569E, not detectable in the da

      [Paragraph-level] PMCID: PMC6368247 Section: RESULTS PassageIndex: 6

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the selection of a subclone featuring the FGFR2 p.K569E mutation during treatment with palbociclib plus fulvestrant, indicating a correlation with resistance to therapy. Oncogenic: The FGFR2 p.K569E mutation is described as an activating mutation that contributes to the development of a resistant subclone, suggesting its role in tumor progression.

      Gene→Variant (gene-first): 2263:D538G 2099:Q75E 2263:p.K569E

      Genes: 2263 2099

      Variants: D538G Q75E p.K569E

    1. Constitutive phosphorylation of mutant EGFR on Y1068 (see Figure 2A), the binding site for the phosphatidylinositol 3-kinase interacting protein Gab1, indicated that signaling pathways downstream of phosphatidylinositol

      [Paragraph-level] PMCID: PMC1240052 Section: RESULTS PassageIndex: 14

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the mutant EGFR leads to the constitutive activation of the serine/threonine kinase Akt, indicating an alteration in molecular function related to cell survival signaling pathways.

      Gene→Variant (gene-first): 207:serine/threonine

      Genes: 207

      Variants: serine/threonine

    1. Driver mutations were detected in 55 patients of 265 tested AC patients (20.8%). The distribution and frequency of the 55 patients with an oncogenic driver mutation are shown in Figure 1A. Sensitizing EGFR-mutations were

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5652823 Section: RESULTS PassageIndex: 6

      Evidence Type(s): Oncogenic

      Justification: Oncogenic: The passage indicates that the BRAF mutation V600E is classified as an oncogenic driver mutation, suggesting its role in tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 673:V600E

      Genes: 673

      Variants: V600E

    1. Since mutations within the TKD of FLT3 (eg, FLT3-D835Y or FLT3-F691) often confer resistance to FLT3 inhibitors that were previously effective against FLT3-ITD, the effect of gilteritinib on these resistance mutations wa

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5613053 Section: RESULTS PassageIndex: 10

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses how mutations such as FLT3-D835Y and FLT3-F691 confer resistance to FLT3 inhibitors, indicating a correlation with treatment response and sensitivity to specific therapies like gilteritinib and quizartinib. Oncogenic: The variants FLT3-D835Y and FLT3-F691 are implicated in tumor development and progression, as evidenced by their expression in Ba/F3 cells and the observed antitumor efficacy of gilteritinib in xenograft models.

      Gene→Variant (gene-first): 2322:D835Y 2322:F691 2322:F691 L 2322:F691I

      Genes: 2322

      Variants: D835Y F691 F691 L F691I

    1. Three cases involving p.K642E mutation (c.1924A>G) [Figure 4a], 2/3 were in elderly men, at gastric, an anorectal site with mixed morphology. One was a double mutation in association with exon 11 [Table 2].

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5615879 Section: RESULTS PassageIndex: 18

      Evidence Type(s): None

      Justification: Not enough information in this passage.

      Gene→Variant (gene-first): 3815:c.1924A>G 3815:p.K642E

      Genes: 3815

      Variants: c.1924A>G p.K642E

    1. We further examined the effects of the inhibitors on HER-related signaling activity and survival using the Ba/F3 model system. Afatinib (100nmol/L) potently inhibited NRG1beta-induced phosphorylation of HER3, wild type H

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4823091 Section: RESULTS PassageIndex: 23

      Evidence Type(s): Predictive

      Justification: Predictive: The passage indicates that tumors harboring HER3-V855A may predict response to targeted therapy, suggesting a correlation between the variant and treatment response.

      Gene→Variant (gene-first): 324:V855A

      Genes: 324

      Variants: V855A

    2. To assess the effect of the inhibitors on colony formation, Ba/F3 co-transfectants were seeded onto methyl-cellulose and treated with HER inhibitors in the presence of NRG1beta. As shown in Fig 6b, afatinib (100 nmol/L)

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4823091 Section: RESULTS PassageIndex: 22

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the effectiveness of HER inhibitors on colony formation in the presence of the V855A variant, indicating a correlation with response to therapy. Oncogenic: The V855A variant is mentioned in the context of colony formation assays, suggesting it contributes to tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 324:V855A

      Genes: 324

      Variants: V855A

    3. To further confirm that the V855A mutation provides increased activity to HER3 through enhanced physical interaction with HER2, we performed co-immunoprecipitaton experiments on Ba/F3 co-transfectants stimulated with or

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4823091 Section: RESULTS PassageIndex: 19

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the V855A mutation alters the physical interaction between HER3 and HER2, indicating a change in molecular function through enhanced interaction, which is supported by co-immunoprecipitation experiments.

      Gene→Variant (gene-first): 324:V855A

      Genes: 324

      Variants: V855A

    4. Tyrosine trans-phosphorylation is a major event in HER signaling. To examine if HER3-V855A enhances trans-phosphorylation of HER2, we performed immunoblot analysis on Ba/F3 and HEK 293Tlysates after 16hr incubation in se

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4823091 Section: RESULTS PassageIndex: 16

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the HER3-V855A variant enhances trans-phosphorylation of HER2, indicating an alteration in molecular function related to signaling pathways.

      Gene→Variant (gene-first): 324:V855A

      Genes: 324

      Variants: V855A

    5. We next examined the effect of chronic treatment with NRG1beta on HER3/HER2 phosphorylation and their downstream targets AKT and ERK 1/2 in the Ba/F3 co-transfectants. As shown in Figure 3e, a five-day chronic treatment

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4823091 Section: RESULTS PassageIndex: 14

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how the V855A variant alters the phosphorylation levels of HER3 and AKT, indicating a change in molecular function related to signaling pathways. Oncogenic: The text implies that the V855A variant contributes to transforming activity, suggesting its role in tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 324:V855A

      Genes: 324

      Variants: V855A

    6. We also investigated the functional relevance of stable Ba/F3 transfectants co-expressing HER3-V855A and EGFR (Supplemental Fig. 1a). While Ba/F3 cells co-expressing HER3-V855A and EGFR exerted a robust growth response t

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4823091 Section: RESULTS PassageIndex: 13

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses the functional relevance of the HER3-V855A variant, indicating that it alters the growth response of Ba/F3 cells when co-expressed with EGFR, demonstrating a change in molecular function related to TGFalpha treatment. Oncogenic: The passage implies that the HER3-V855A mutation has pathogenic effects, suggesting a role in tumor development or progression, particularly in the context of its interaction with EGFR and response to growth factors.

      Gene→Variant (gene-first): 324:V855A

      Genes: 324

      Variants: V855A

    7. To determine the transforming potential of HER3-V855A in the context of IL-3 -independent growth, Ba/F3 transfectants were grown in the absence or presence of IL-3, or HER cognate ligands (neuregulin1beta (NRG1beta) or t

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4823091 Section: RESULTS PassageIndex: 11

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional

      Justification: Oncogenic: The passage discusses the transforming potential of the HER3-V855A variant in the context of IL-3-independent growth, indicating that this somatic variant contributes to tumor development or progression as evidenced by the growth response in Ba/F3 cells. Functional: The variant HER3-V855A alters the growth response of Ba/F3 cells when stimulated with NRG1beta, demonstrating a change in molecular function related to HER3/HER2 biological activity.

      Gene→Variant (gene-first): 324:V855A

      Genes: 324

      Variants: V855A

    1. Crystal structures of BCL-2 with ABT-263 and various analogues of venetoclax have been deposited in the PDB and described in the literature (Fig. 1a, b). One of those analogues is 4-[4-((4'-chloro-3-[2-(dimethylamino)eth

      [Paragraph-level] PMCID: PMC6547681 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): None

      Justification: Not enough information in this passage.

      Gene→Variant (gene-first): 596:F104

      Genes: 596

      Variants: F104

    1. Fibroblast and lymphocyte DNA from the proband with ALL and parents in Kindred 2 were analyzed by clinical whole exome sequencing (Ambry Genetics, Aliso Viejo, CA, USA). The proband and his mother harbored a heterozygous

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4477877 Section: RESULTS PassageIndex: 6

      Evidence Type(s): Diagnostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the identification of a heterozygous deletion in ETV6 that is associated with the diagnosis of acute lymphoblastic leukemia (ALL) in the proband, indicating its role in defining the disease. Oncogenic: The variant N385fs is described as leading to a truncation of the ETV6 protein, which is implicated in tumor development, specifically in the context of acute lymphoblastic leukemia (ALL).

      Gene→Variant (gene-first): 2120:N385fs 2120:c.1153-5_1153_1delAACAG

      Genes: 2120

      Variants: N385fs c.1153-5_1153_1delAACAG

    1. An in-house database search for insertions comparable to the VMOS RAS variants revealed one in-frame insertion in KRAS in a case suspected for Noonan syndrome (Fig. 7A). Furthermore, a screen of the current literature an

      [Paragraph-level] PMCID: PMC6547725 Section: RESULTS PassageIndex: 27

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the impact of the insertions on the catalytic Gln61 might be stronger, indicating an alteration in molecular function related to GTP hydrolysis.

      Gene→Variant (gene-first): 5921:Gln61

      Genes: 5921

      Variants: Gln61

    2. On amino acid level the DNA duplications and insertions found in the VMOS RAS variants resulted in an insertion of mainly duplicated sequence around position 65 (Fig. 2A). It is difficult to predict to what extent the in

      [Paragraph-level] PMCID: PMC6547725 Section: RESULTS PassageIndex: 10

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the insertions around Gln61 likely alter the molecular interactions and functions of the protein, particularly affecting GTP hydrolysis and interactions with GEFs and GAPs.

      Gene→Variant (gene-first): 5921:Gln61

      Genes: 5921

      Variants: Gln61

    1. In vivo efficacy studies of JAK1/2 inhibitor, ruxolitinib, were conducted in these four JAK1-mutant models and a JAK1-WT PDX model as a control (Figure 3A). The results showed that, only in LI-03-0191 model bearing JAK1S

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4868698 Section: RESULTS PassageIndex: 11

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the sensitivity of the JAK1S703I mutation to the JAK1/2 inhibitor ruxolitinib, indicating a correlation with treatment response. Oncogenic: The passage suggests that the JAK1S703I mutation may play a critical role in tumorigenesis, indicating its contribution to tumor development.

      Gene→Variant (gene-first): 3716:S703I

      Genes: 3716

      Variants: S703I

    2. To further evaluate the transformation ability of these JAK1 mutations, Ba/F3 cells were stably infected with lentivirus expressing EGFP, wild-type JAK1, JAK1N451S, JAK1E483D, JAK1S703I, JAK1A1086S, and JAK1S729C, respec

      [Paragraph-level] PMCID: PMC4868698 Section: RESULTS PassageIndex: 9

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional

      Justification: Oncogenic: The passage discusses the transformation ability of JAK1 mutations, specifically noting that JAK1S703I and JAK1S729C are capable of continual proliferation in the absence of IL-3, indicating their contribution to tumor development or progression. Functional: The passage mentions that JAK1S703I activates the JAK-STAT signaling pathway, which indicates an alteration in molecular function related to the variant.

      Gene→Variant (gene-first): 3716:E483D 3716:S703I 3716:S729C

      Genes: 3716

      Variants: E483D S703I S729C

    1. The clinical activity of repotrectinib against ROS1 SFM was seen in a 49-year-old female ROS1-rearranged patient who progressed after 44 months of crizotinib treatment with an identified CD74-ROS1 G2032R mutation. The pa

      [Paragraph-level] PMCID: PMC10283448 Section: RESULTS PassageIndex: 12

      Evidence Type(s): Predictive, Diagnostic

      Justification: Predictive: The passage discusses the clinical activity of repotrectinib in a patient with the G2032R mutation, indicating a response to therapy, which aligns with predictive evidence. Diagnostic: The G2032R mutation is identified in the context of a ROS1-rearranged patient, suggesting its role in defining the patient's disease subtype.

      Gene→Variant (gene-first): 6098:G2032R

      Genes: 6098

      Variants: G2032R

    2. We identified the ROS1-G2032R mutation in YU1079, which was serially established in the same patient as YU1078 but after progressing on crizotinib treatment. Based on recent studies examining lorlatinib and cabozantinib

      [Paragraph-level] PMCID: PMC10283448 Section: RESULTS PassageIndex: 10

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the response of the ROS1-G2032R mutation to various therapies, specifically mentioning the effectiveness of cabozantinib and repotrectinib in inhibiting growth, which correlates with treatment response. Oncogenic: The ROS1-G2032R mutation is implicated in tumor growth, as indicated by the investigation of its effects in Ba/F3 cells and the context of progression on crizotinib treatment, suggesting its role in tumor development.

      Gene→Variant (gene-first): 6098:G2032R

      Genes: 6098

      Variants: G2032R

    1. More than 400 types of FGFR compound mutations were observed in the COSMIC database, and 34 types of those were reported in more than two samples (Fig. 7a). The most frequent compound mutation is the combination of S249C

      [Paragraph-level] PMCID: PMC8285406 Section: RESULTS PassageIndex: 20

      Evidence Type(s): Oncogenic, Predictive

      Justification: Oncogenic: The passage discusses the transforming activities of FGFR3 S249C compound mutations, indicating that these mutations contribute to tumor development or progression as demonstrated by their evaluation in 3T3 and Ba/F3 cells. Predictive: The passage mentions the sensitivity to E7090 and erdafitinib in relation to the mutations, indicating a correlation with treatment response, which aligns with predictive evidence.

      Gene→Variant (gene-first): 2261:K650E 2261:K650M 2261:S249C 2261:Y373C

      Genes: 2261

      Variants: K650E K650M S249C Y373C

    2. FGFRs are highly conserved transmembrane receptor tyrosine kinases, comprised of an extracellular domain with three Ig-like domains, followed by a transmembrane domain and a tyrosine kinase domain (Fig. 1a). Firstly, the

      [Paragraph-level] PMCID: PMC8285406 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): Oncogenic

      Justification: Oncogenic: The V550L mutation in FGFR4 is mentioned in the context of rhabdomyosarcoma, suggesting its contribution to tumor development.

      Gene→Variant (gene-first): 2260:K656E 2260:N546K 2261:S249C 2263:S252W 2263:V550L

      Genes: 2260 2261 2263

      Variants: K656E N546K S249C S252W V550L

    1. In TERT-NHUC, abolishing PLCgamma1 phosphorylation significantly reduced the increase in saturation density associated with S249C FGFR3 (13% vs. 24%, p=0.05) (Figure 6a), suggesting that PLCgamma1 signaling contributes t

      [Paragraph-level] PMCID: PMC2789045 Section: RESULTS PassageIndex: 23

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how the S249C and K652E mutations affect cell viability and signaling pathways, indicating that these variants alter molecular or biochemical functions related to cell growth and density. Oncogenic: The evidence suggests that the S249C and K652E mutations contribute to tumor development or progression by affecting cell cycle phases and viability, which are indicative of cancer-driving behavior.

      Gene→Variant (gene-first): 2261:K652E 2261:S249C 2261:Y762F

      Genes: 2261

      Variants: K652E S249C Y762F

    2. We next examined whether cells expressing wildtype and mutant FGFR3 were responsive to FGF1 stimulation in terms of receptor activation (Figure 4a, Supplementary Figure 5) and signaling (Figure 4b, Supplementary Figure 5

      [Paragraph-level] PMCID: PMC2789045 Section: RESULTS PassageIndex: 19

      Evidence Type(s): Predictive, Functional

      Justification: Predictive: The passage discusses the response of cells expressing mutant FGFR3 variants (S249C, Y375C, K652E) to FGF1 stimulation, indicating a correlation with receptor activation and signaling, which relates to treatment response. Functional: The passage describes how the variants S249C, Y375C, and K652E affect the phosphorylation of FGFR3, indicating that these mutations alter the molecular function of the receptor in response to ligand stimulation.

      Gene→Variant (gene-first): 2261:K652E 2261:S249C 2261:Y375C

      Genes: 2261

      Variants: K652E S249C Y375C

    3. Consistent with their altered cell cycle profile, confluent TERT-NHUC expressing mutant FGFR3 exhibited changes in cell cycle-related proteins (Figure 2d, Supplementary Figure 3a). Whilst in control cells the expression

      [Paragraph-level] PMCID: PMC2789045 Section: RESULTS PassageIndex: 12

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the variants S249C, Y375C, and K652E FGFR3 alter the expression and phosphorylation of cell cycle-related proteins, indicating a change in molecular function.

      Gene→Variant (gene-first): 2261:K652E 2261:S249C 2261:Y375C

      Genes: 2261

      Variants: K652E S249C Y375C

    1. PTEN expression loss was found in 18 patients (31.6%, Figure 2a). Thirty-nine patients were positive for PTEN expression, in which 17 (29.8%), 14 (24.6%), and 8 (14%) specimens were weak positive, positive and strong pos

      [Paragraph-level] PMCID: PMC3141770 Section: RESULTS PassageIndex: 6

      Evidence Type(s): Oncogenic

      Justification: Oncogenic: The passage indicates that the H1047R mutation is associated with PTEN loss in patients, suggesting that it contributes to tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 5290:H1047R

      Genes: 5290

      Variants: H1047R

    2. The overall incidence of PIK3CA mutations was 12.3% (7 in 57 samples). The majority of mutations occurred at two hotspots, H1047R (7%, 4 samples) at exon 20 encoding the kinase domain (Figure 1a), and E542K (1.8%, 1 samp

      [Paragraph-level] PMCID: PMC3141770 Section: RESULTS PassageIndex: 5

      Evidence Type(s): Diagnostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the incidence of PIK3CA mutations and their occurrence in specific samples, indicating their association with the disease. Oncogenic: The mention of PIK3CA mutations, including E542K and H1047R, suggests their role in tumor development, as they are described as mutations found in tumor samples.

      Gene→Variant (gene-first): 5290:E542K 5290:H1047R 5728:T1052A

      Genes: 5290 5728

      Variants: E542K H1047R T1052A

    1. In our first approach, we examined patterns among five computational scores (one protein sequence and four 3D structure-based scores) that correlate with the GAP-mediated hydrolysis rate (Fig. 3A and B). All four structu

      [Paragraph-level] PMCID: PMC8688876 Section: RESULTS PassageIndex: 12

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how mutations, including G13C, A146V, K117N, and G13V, alter local stability and modulate local unfolding, indicating a change in molecular function related to the hydrolysis rate.

      Gene→Variant (gene-first): 3265:A146V 3845:G13C 3265:G13V 3845:K117N

      Genes: 3265 3845

      Variants: A146V G13C G13V K117N

    1. Kaplan-Meier curves of PFS and OS for TYMS rs3786362 in mCRC patients were depicted choosing the dominant model. Patients with AG/GG genotypes exhibited reduced PFS and OS compared with AA genotype (Figure 2).

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7545690 Section: RESULTS PassageIndex: 11

      Evidence Type(s): Prognostic, Diagnostic

      Justification: Prognostic: The passage discusses the correlation of the rs3786362 variant with progression-free survival (PFS) and overall survival (OS) in mCRC patients, indicating its association with disease outcome independent of therapy. Diagnostic: The variant rs3786362 is used to classify patients based on their genotypes (AG/GG vs. AA), which suggests its role in defining or associating with a disease subtype in mCRC.

      Gene→Variant (gene-first): 7298:rs3786362

      Genes: 7298

      Variants: rs3786362

    2. Owing to the positive findings of TYMS rs3786362 on PFS in our previous study, the correlation analysis of the selected SNP with OS was further conducted. Interestingly, TYMS rs3786362 was also associated with reduced OS

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7545690 Section: RESULTS PassageIndex: 10

      Evidence Type(s): Prognostic, Diagnostic

      Justification: Prognostic: The passage discusses the association of the variant rs3786362 with reduced overall survival (OS) and progression-free survival (PFS), indicating its correlation with disease outcomes independent of therapy. Diagnostic: The variant rs3786362 is associated with different genotypes (AG and AA) that correlate with reduced PFS and OS, suggesting its role in classifying disease outcomes based on genotype.

      Gene→Variant (gene-first): 7298:rs3786362

      Genes: 7298

      Variants: rs3786362

    1. Twenty-five patients had serial plasma available for ctDNA analyses (Fig. 3A). Baseline pretreatment plasma DNA analyzed by droplet digital PCR (ddPCR) was positive for BRAF V600E mutant ctDNA in 21 of 25 patients (84%).

      [Paragraph-level] PMCID: PMC10011885 Section: RESULTS PassageIndex: 15

      Evidence Type(s): Diagnostic, Prognostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage indicates that BRAF V600E mutant ctDNA is detected in a significant proportion of patients, suggesting its use in defining or confirming the presence of a specific disease. Prognostic: The passage states that higher levels of ctDNA at baseline are associated with inferior progression-free survival (PFS) and overall survival (OS), indicating a correlation with disease outcome independent of therapy. Oncogenic: The presence of the BRAF V600E variant in ctDNA suggests its role in tumor development or progression, as it is a known somatic mutation associated with cancer.

      Gene→Variant (gene-first): 673:V600E

      Genes: 673

      Variants: V600E

    2. A total of 40 patients were enrolled across the dose escalation and dose expansion phases (mCRC n = 33 and non-CRC cohort n = 7) between July 2014 and August 2017 (Fig. 1A). The non-colorectal cancer cohort included 7 pa

      [Paragraph-level] PMCID: PMC10011885 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): Diagnostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage mentions that the non-colorectal cancer cohort included patients who were BRAF V600E mutation positive, indicating that this variant is used to classify or define a specific group of patients with selected cancers. Oncogenic: The BRAF V600E mutation is associated with tumor development in various cancers, as indicated by its presence in patients with selected cancers, suggesting its role in oncogenesis.

      Gene→Variant (gene-first): 673:V600E

      Genes: 673

      Variants: V600E

    1. Our aforementioned preclinical results confirmed the structural modeling of EGFR-D770>GY (Figure 1A) and led us to speculate that patients with advanced lung cancers harboring EGFR exon 20 insertion mutations with a G770

      [Paragraph-level] PMCID: PMC8700411 Section: RESULTS PassageIndex: 8

      Evidence Type(s): Predictive

      Justification: Predictive: The passage discusses the potential response of patients with advanced lung cancers harboring the G770 variant to specific therapies, indicating a correlation with treatment response.

      Gene→Variant (gene-first): 1956:G770

      Genes: 1956

      Variants: G770

    2. To highlight the differences in proliferation assays between Ba/F3 cells driven by the EGFR-D770>GY mutant and the more typical EGFR-A767_V769dupASV mutant, we show the dose-response curve for increasing concentrations o

      [Paragraph-level] PMCID: PMC8700411 Section: RESULTS PassageIndex: 6

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the response of cells with the A767_V769dupASV mutant to specific therapies (afatinib and dacomitinib), indicating a correlation between the variant and treatment sensitivity. Oncogenic: The variant A767_V769dupASV is mentioned in the context of proliferation assays, suggesting that it contributes to tumor development or progression in the tested cell lines.

      Gene→Variant (gene-first): 1956:V769dupASV

      Genes: 1956

      Variants: V769dupASV

    3. Our group generated a Ba/F3 cell line driven by the EGFR-D770>GY mutant in order to compare its properties with our previously described isogenic Ba/F3 preclinical models of exon 20 insertion mutants (Figure 2). To evalu

      [Paragraph-level] PMCID: PMC8700411 Section: RESULTS PassageIndex: 5

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses the sensitivity and resistance of various EGFR mutations, including D770_N771insSVD, V769dupASV, and Y764insFQEA, to different EGFR TKIs, indicating a correlation with response to therapy. Oncogenic: The variants mentioned are associated with the development of cancer, as they are described in the context of a Ba/F3 cell line model driven by specific EGFR mutations, which contribute to tumor behavior.

      Gene→Variant (gene-first): 1956:D770_N771insSVD 1956:V769dupASV 1956:Y764insFQEA

      Genes: 1956

      Variants: D770_N771insSVD V769dupASV Y764insFQEA

    1. Analysis of the FGFR3 R669G NIH3T3 cell line has shown that despite low expression levels, downstream signaling appeared to be enhanced as well as FGFR3 phosphorylation (Figure 4A).

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5029699 Section: RESULTS PassageIndex: 18

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the R669G variant alters downstream signaling and FGFR3 phosphorylation, indicating a change in molecular function.

      Gene→Variant (gene-first): 2261:R669G

      Genes: 2261

      Variants: R669G

    2. Two mutations, D617G and G637W, completely abolished kinase activity (Figure 2A and 2B, bottom panel). Both residues are strongly conserved among protein kinases and some of the replacements of these residues in various

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5029699 Section: RESULTS PassageIndex: 15

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how the mutations D617G and G637W abolish kinase activity, indicating that these variants alter the molecular function of the protein. Oncogenic: The passage mentions that the importance of these inactivating mutations for cancer development remains unclear, suggesting a potential role in tumor development or progression.

      Gene→Variant (gene-first): 2261:D617 2261:D617G 2261:G to W 2260:G637 2260:G637W

      Genes: 2261 2260

      Variants: D617 D617G G to W G637 G637W

    3. Twelve out of 26 analyzed mutations had very little or no effect on FGFR3 KD activity (Figure 2A and 2B, bottom panel). The number of observations in cancer for most of these mutations is low with the exception of G697C

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5029699 Section: RESULTS PassageIndex: 14

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses the effect of the G697C mutation on FGFR3 KD activity, indicating that it alters molecular function. Oncogenic: The mention of G697C as one of the hotspots suggests its potential role in tumor development or progression, which aligns with oncogenic behavior.

      Gene→Variant (gene-first): 2261:G697C

      Genes: 2261

      Variants: G697C

    4. Several other mutations, including V555M, D641G and D641N resulted in an increase of auto-phosphorylation up to 7-fold (Figure 2A) and a similar increase in substrate phosphorylation (Figure 2B, middle panel). The V555M

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5029699 Section: RESULTS PassageIndex: 13

      Evidence Type(s): Predictive, Functional

      Justification: Predictive: The V555M mutation is described as an acquired resistance mutation to an FGFR inhibitor, indicating a correlation with resistance to therapy. Functional: The passage discusses how the mutations, including V555M, D641G, and D641N, resulted in an increase in auto-phosphorylation and substrate phosphorylation, indicating an alteration in molecular function.

      Gene→Variant (gene-first): 2260:D641G 2260:D641N 2261:V555 2261:V555M

      Genes: 2260 2261

      Variants: D641G D641N V555 V555M

    1. To identify molecules that could be pharmacologically targeted in NF1Mut melanomas, we first established 32 STCs from subcutaneous, lymph node, and brain metastases of 30 patients with melanoma (Fig. 1A; Supplementary Ta

      [Paragraph-level] PMCID: PMC12221223 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): Diagnostic, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the identification of mutational profiles in melanoma, specifically mentioning that C>T transitions are characterized as cutaneous melanoma-defining features, which indicates a role in classifying or defining the disease. Oncogenic: The mention of C>T transitions as part of the mutational profile in melanoma suggests that these somatic variants contribute to tumor development or progression, particularly in the context of melanoma.

      Gene→Variant (gene-first): 4763:C>T

      Genes: 4763

      Variants: C>T

    1. In order to assess if oncogenic BRAF signaling may induce venetoclax resistance, we overexpressed mutated BRAF (p.V600E) in a venetoclax-sensitive cell line OCI-LY19 (Fig. 3a). Exome sequencing of this cell line revealed

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5820258 Section: RESULTS PassageIndex: 16

      Evidence Type(s): Predictive, Oncogenic

      Justification: Predictive: The passage discusses how the BRAFV600E variant correlates with venetoclax resistance, indicating a relationship between the variant and treatment response. Oncogenic: The passage describes the overexpression of the mutated BRAF (p.V600E) in a cell line, which is associated with increased resistance to venetoclax, suggesting that this somatic variant contributes to tumor progression.

      Gene→Variant (gene-first): 673:BRAFV600E 673:p.V600E 7157:p.W110*

      Genes: 673 7157

      Variants: BRAFV600E p.V600E p.W110*

    1. We isolated breast organoids from WT, H, P, HP mice (Fig. 2A) in order to obtain an enriched epithelial cell population. To assess the cellular migration and invasion signature of HER2V777L and PIK3CAH1047R breast epithe

      [Paragraph-level] PMCID: PMC10527017 Section: RESULTS PassageIndex: 7

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional

      Justification: Oncogenic: The passage discusses how the combination of HP mutations, including HER2V777L, promotes cancer cell invasion and migration, indicating a role in tumor development or progression. Functional: The passage describes the effects of the HER2V777L variant on cellular migration and invasion, suggesting that it alters molecular or biochemical functions related to these processes.

      Gene→Variant (gene-first): 2064:V777L

      Genes: 2064

      Variants: V777L

    1. Interestingly, we found two mutations in EPHB4 (V871I) and in EphB6 (A417S) genes, both involved in axon guidance pathway. The variant V871I in the kinase domain of EPHB4 showed a high pathogenic score (Figure 1A and Tab

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7294133 Section: RESULTS PassageIndex: 4

      Evidence Type(s): Oncogenic, Functional

      Justification: Oncogenic: The passage discusses mutations in EPHB4 and EphB6 genes, indicating that the variant V871I is associated with a high pathogenic score, suggesting its contribution to tumor development or progression. Functional: The mention of the variant V871I being located in the kinase domain of EPHB4 implies a potential alteration in molecular or biochemical function related to its role in the axon guidance pathway.

      Gene→Variant (gene-first): 4613:A417S 2050:V871I

      Genes: 4613 2050

      Variants: A417S V871I

    1. We established a human cell system to model MSH2 variant function using the near-haploid, mismatch repair proficient cell line HAP1 (Figures 1A and 1C). First, to disrupt MMR, we derived clonal MSH2 knockout cells bearin

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7820803 Section: RESULTS PassageIndex: 3

      Evidence Type(s): Functional, Oncogenic

      Justification: Functional: The passage discusses how the p.Ala636Pro variant affects the expression levels of MSH2 protein, indicating that it alters molecular function by being barely detectable compared to wild-type MSH2, which demonstrates its destabilizing effect. Oncogenic: The passage describes the use of the p.Ala636Pro variant in a model to disrupt mismatch repair (MMR), suggesting that this somatic variant contributes to tumor development or progression by affecting MSH2 function.

      Gene→Variant (gene-first): 4436:p.Ala636Pro

      Genes: 4436

      Variants: p.Ala636Pro

    1. Targeted sequencing results show a common driver mutation KRAS p.G12V (8.72%) along with two splicing mutations of DDR gene PALB2 in her resected primary lesion (online supplementary table S1). No alterations of other ma

      [Paragraph-level] PMCID: PMC7342819 Section: RESULTS PassageIndex: 2

      Evidence Type(s): Diagnostic, Predisposing, Oncogenic

      Justification: Diagnostic: The passage discusses the identification of the KRAS p.G12V mutation and the PALB2 mutations in the context of a primary lesion, indicating their association with the disease. Predisposing: The PALB2 c.3114-1G>A mutation is explicitly described as a germline mutation detected in peripheral blood cells, suggesting it confers inherited risk for developing disease. Oncogenic: The PALB2 c.2514+1G>C mutation is described as a somatic mutation, which is associated with tumor development in the context of the primary lesion.

      Gene→Variant (gene-first): 79728:c.2514+1G>C 79728:c.3114-1G>A 3845:p.G12V

      Genes: 79728 3845

      Variants: c.2514+1G>C c.3114-1G>A p.G12V

    1. We also expressed selected EGFR mutants (R108K, T263P, A289V, G598V, L861Q) in murine hematopoietic cells (Ba/F3 cells) which do not express any EGFR family members but otherwise retain functional properties of the EGF-s

      [Paragraph-level] PMCID: PMC1702556 Section: RESULTS PassageIndex: 14

      Evidence Type(s): Functional

      Justification: Functional: The passage discusses how the EGFR mutants (R108K, T263P, A289V, G598V, L861Q) alter the molecular function of the EGF-signaling pathway, specifically showing increased tyrosine phosphorylation and differences in receptor downregulation in response to EGF stimulation.

      Gene→Variant (gene-first): 1956:A289V 1956:G598V 1956:L861Q 1956:R108K 1956:T263P

      Genes: 1956

      Variants: A289V G598V L861Q R108K T263P

    1. In order to better define CHMFL-KIT-031's inhibitory effect against KIT V559D mutant, we then tested it with purified KIT wt/V559D kinase protein by ADP-Glo assay (Figure 2A). The results showed that it could potently in

      [Paragraph-level] PMCID: PMC5762309 Section: RESULTS PassageIndex: 9

      Evidence Type(s): Predictive, Functional

      Justification: Predictive: The passage discusses the inhibitory effect of CHMFL-KIT-031 against the KIT V559D mutant, indicating a correlation with response to therapy, as evidenced by the IC50 values and selectivity over the wild-type KIT. Functional: The variant KIT V559D is shown to alter the molecular function by affecting the phosphorylation of specific sites and downstream mediators, demonstrating its role in biochemical activity as tested in various assays.

      Gene→Variant (gene-first): 3815:V559D

      Genes: 3815

      Variants: V559D